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A cancer-associated METTL14 mutation induces aberrant m6A modification, affecting tumor growth
Kotaro Miyake, Pedro Henrique Costa Cruz, Izumi Nagatomo, Yuki Kato, Daisuke Motooka, Shingo Satoh, Yuichi Adachi, Yoshito Takeda, Yukio Kawahara, Atsushi Kumanogoh
Cell Reports Vol. 42 No. 7 p. 112688-112688 2023年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
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Alignment of single-cell trajectory trees with CAPITAL
Reiichi Sugihara, Yuki Kato, Tomoya Mori, Yukio Kawahara
Nature Communications Vol. 13 No. 1 2022年10月14日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
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Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences
Kengo Sato, Yuki Kato
Briefings in Bioinformatics Vol. 23 No. 1 2021年10月2日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)
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Mutations in the adenosine deaminase ADAR1 that prevent endogenous Z-RNA binding induce Aicardi-Goutières-syndrome-like encephalopathy
Taisuke Nakahama, Yuki Kato, Toshiharu Shibuya, Maal Inoue, Jung In Kim, Tuangtong Vongpipatana, Hiroyuki Todo, Yanfang Xing, Yukio Kawahara
Immunity Vol. 54 No. 9 p. 1976-1988.e7 2021年9月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
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Age-dependent decline in remyelination capacity is mediated by apelin–APJ signaling
Masumi Ito, Rieko Muramatsu, Yuki Kato, Bikram Sharma, Akiko Uyeda, Shogo Tanabe, Harutoshi Fujimura, Hiroyasu Kidoya, Nobuyuki Takakura, Yukio Kawahara, Masaki Takao, Hideki Mochizuki, Akiyoshi Fukamizu, Toshihide Yamashita
Nature Aging Vol. 1 No. 3 p. 284-294 2021年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
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Bivartect: accurate and memory-saving breakpoint detection by direct read comparison
Keisuke Shimmura, Yuki Kato, Yukio Kawahara
Bioinformatics Vol. 36 No. 9 p. 2725-2730 2020年5月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)
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ADAR1-mediated RNA editing is required for thymic self-tolerance and prevention of autoimmunity
Taisuke Nakahama, Yuki Kato, Jung In Kim, Tuangtong Vongpipatana, Yutaka Suzuki, Carl Walkley, Yukio Kawahara
EMBO Reports Vol. 19 2018年10月 研究論文（学術雑誌）
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Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Yuki Kato, Jan Gorodkin, Jakob Hull Havgaard
BMC Genomics Vol. 18 No. 1 2017年12月 研究論文（学術雑誌）
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An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA–RNA interactions from sequence data
Yuki Kato, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa, Hiroshi Hosokawa, Tatsuya Akutsu
Bioinformatics Vol. 33 No. 2 p. 202-209 2017年1月15日 研究論文（学術雑誌）
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Using hidden Markov models to investigate G-quadruplex motifs in genomic sequences
Masato Yano, Yuki Kato
BMC Genomics Vol. 15 No. Suppl 9 2014年12月 研究論文（学術雑誌）
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Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming
Y. Kato, K. Sato, K. Asai, T. Akutsu
Nucleic Acids Research Vol. 40 No. W1 p. W29-W34 2012年7月1日 研究論文（学術雑誌）
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IPknot: fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming
Kengo Sato, Yuki Kato, Michiaki Hamada, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai
Bioinformatics Vol. 27 No. 13 p. i85-i93 2011年7月1日 研究論文（学術雑誌）
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RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming
Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu
Bioinformatics Vol. 26 No. 18 p. i460-i466 2010年9月15日 研究論文（学術雑誌）
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Branch- and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut
Yusuke Ishida, Yuki Kato, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 50 No. 5 p. 934-946 2010年5月24日 研究論文（学術雑誌）
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Dynamic Programming Algorithms and Grammatical Modeling for Protein Beta-Sheet Prediction
Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
Journal of Computational Biology Vol. 16 No. 7 p. 945-957 2009年7月 研究論文（学術雑誌）
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A grammatical approach to RNA–RNA interaction prediction
Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
Pattern Recognition Vol. 42 No. 4 p. 531-538 2009年4月 研究論文（学術雑誌）
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Synaptotagmin 4 supports spontaneous axon sprouting after spinal cord injury
Kyoka Higuchi, Akiko Uyeda, Lili Quan, Shogo Tanabe, Yuki Kato, Yukio Kawahara, Rieko Muramatsu
The Journal of Neuroscience p. e1593232024-e1593232024 2024年9月12日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society for Neuroscience
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RNA editing of AZIN1 coding sites is catalyzed by ADAR1 p150 after splicing
Yanfang Xing, Taisuke Nakahama, Yuke Wu, Maal Inoue, Jung In Kim, Hiroyuki Todo, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato, Yukio Kawahara
Journal of Biological Chemistry p. 104840-104840 2023年5月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
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An Aicardi-Goutières Syndrome–Causative Point Mutation in Adar1 Gene Invokes Multiorgan Inflammation and Late-Onset Encephalopathy in Mice
Maal Inoue, Taisuke Nakahama, Ryuichiro Yamasaki, Toshiharu Shibuya, Jung In Kim, Hiroyuki Todo, Yanfang Xing, Yuki Kato, Eiichi Morii, Yukio Kawahara
The Journal of Immunology p. ji2100526-ji2100526 2021年11月12日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：The American Association of Immunologists
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Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 as a novel regulator of oligodendrocyte differentiation in the central nervous system remyelination
Akiko Uyeda, Lili Quan, Yuki Kato, Nagaaki Muramatsu, Shogo Tanabe, Kazuhisa Sakai, Noritaka Ichinohe, Yukio Kawahara, Tatsunori Suzuki, Rieko Muramatsu
Glia Vol. 69 No. 11 p. 2591-2604 2021年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley
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RNA editing at a limited number of sites is sufficient to prevent MDA5 activation in the mouse brain
Jung In Kim, Taisuke Nakahama, Ryuichiro Yamasaki, Pedro Henrique Costa Cruz, Tuangtong Vongpipatana, Maal Inoue, Nao Kanou, Yanfang Xing, Hiroyuki Todo, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato, Yukio Kawahara
PLOS Genetics Vol. 17 No. 5 p. e1009516-e1009516 2021年5月13日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Public Library of Science (PLoS)
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ADAR1 Regulates Early T Cell Development via MDA5-Dependent and -Independent Pathways.
Tuangtong Vongpipatana, Taisuke Nakahama, Toshiharu Shibuya, Yuki Kato, Yukio Kawahara
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) Vol. 204 No. 8 p. 2156-2168 2020年4月15日 研究論文（学術雑誌）
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A comparative analysis of ADAR mutant mice reveals site-specific regulation of RNA editing.
Pedro Henrique Costa Cruz, Yuki Kato, Taisuke Nakahama, Toshiharu Shibuya, Yukio Kawahara
RNA (New York, N.Y.) 2020年1月15日
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Myotube-derived factor promotes oligodendrocyte precursor cell proliferation
Akino Nakasone, Rieko Muramatsu, Yuki Kato, Yukio Kawahara, Toshihide Yamashita
Biochemical and Biophysical Research Communications Vol. 500 No. 3 p. 609-613 2018年6月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier B.V.
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Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences
Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Hisanori Kiryu, Kengo Sato, Yuki Kato, Tsukasa Fukunaga, Ryota Mori, Kiyoshi Asai
Nucleic Acids Research Vol. 44 No. W1 p. W302-W307 2016年7月 研究論文（学術雑誌）
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DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition
Kengo Sato, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Kiyoshi Asai, Yasubumi Sakakibara
Bioinformatics Vol. 28 No. 24 p. 3218-3224 2012年12月 研究論文（学術雑誌）
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Using binding profiles to predict binding sites of target RNAs
UNYANEE POOLSAP, YUKI KATO, KENGO SATO, TATSUYA AKUTSU
Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol. 09 No. 06 p. 697-713 2011年12月 研究論文（学術雑誌）
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A grammar-based approach to RNA pseudoknotted structure prediction for aligned sequences
Nobuyoshi Mizoguchi, Yuki Kato, Hiroyuki Seki
2011 IEEE 1st International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS) 2011年2月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：IEEE
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Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites
UNYANEE POOLSAP, YUKI KATO, TATSUYA AKUTSU
Biocomputing 2010 p. 98-107 2009年10月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：WORLD SCIENTIFIC
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Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming
Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
BMC Bioinformatics Vol. 10 No. S1 2009年1月 研究論文（学術雑誌）
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On the generative power of multiple context-free grammars and macro grammars
Hiroyuki Seki, Yuki Kato
IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS Vol. E91D No. 2 p. 209-221 2008年2月 研究論文（学術雑誌）
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Prediction of Protein Beta-Sheets: Dynamic Programming versus Grammatical Approach
Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
Pattern Recognition in Bioinformatics p. 66-77 2008年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Springer Berlin Heidelberg
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RNA pseudoknotted structure prediction using stochastic multiple context-free grammar
Yuki Kato, Hiroyuki Seki, Tadao Kasami
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 47 No. SIG17 (TBIO1) p. 12-21 2006年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
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On the generative power of grammars for RNA secondary structure
Y Kato, H Seki, T Kasammi
IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS Vol. E88D No. 1 p. 53-64 2005年1月 研究論文（学術雑誌）
