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加藤 有己

Yuki Kato

医学系研究科 医学専攻,助教

keyword バイオインフォマティクス

経歴

  • 2020年10月 ~ 継続中,大阪大学,医学部,学部内講師
  • 2016年04月 ~ 継続中,大阪大学,大学院医学系研究科,助教
  • 2014年05月 ~ 2016年03月,京都大学,iPS細胞研究所,特定拠点助教
  • 2010年10月 ~ 2014年04月,奈良先端科学技術大学院大学,情報科学研究科,助教
  • 2012年09月 ~ 2013年03月,コペンハーゲン大学,健康医科学部,客員研究員
  • 2007年04月 ~ 2008年03月,日本学術振興会,特別研究員PD(京都大学)
  • 2005年04月 ~ 2007年03月,日本学術振興会,特別研究員DC1(奈良先端科学技術大学院大学)
  • 2020年09月 ~ 継続中,大阪大学,先導的学際研究機構 生命医科学融合フロンティア研究部門,助教
  • 2014年07月 ~ 2017年08月,奈良先端科学技術大学院大学,バイオサイエンス研究科,非常勤講師
  • 2008年04月 ~ 2010年10月,京都大学,化学研究所,特定研究員
  • 2002年04月 ~ 2003年03月,同志社大学,工学部,研究補助員

研究内容・専門分野

  • ライフサイエンス,システムゲノム科学
  • 情報通信,生命、健康、医療情報学
  • 情報通信,情報学基礎論

所属学会

  • International Society for Computational Biology (ISCB)
  • 日本分子生物学会
  • 情報処理学会

論文

  • Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences,Kengo Sato,Yuki Kato,Briefings in Bioinformatics,Oxford University Press (OUP),2021年10月02日,研究論文(学術雑誌)
  • Bivartect: accurate and memory-saving breakpoint detection by direct read comparison,Keisuke Shimmura,Yuki Kato,Yukio Kawahara,Bioinformatics,Oxford University Press (OUP),Vol. 36,No. 9,p. 2725-2730,2020年05月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots,Yuki Kato,Jan Gorodkin,Jakob Hull Havgaard,BMC Genomics,Springer Science and Business Media LLC,Vol. 18,No. 1,2017年12月,研究論文(学術雑誌)
  • An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA–RNA interactions from sequence data,Yuki Kato,Tomoya Mori,Kengo Sato,Shingo Maegawa,Hiroshi Hosokawa,Tatsuya Akutsu,Bioinformatics,Oxford University Press (OUP),Vol. 33,No. 2,p. 202-209,2017年01月15日,研究論文(学術雑誌)
  • Using hidden Markov models to investigate G-quadruplex motifs in genomic sequences,Masato Yano,Yuki Kato,BMC GENOMICS,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 15,No. Suppl 9,2014年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming,Y. Kato,K. Sato,K. Asai,T. Akutsu,Nucleic Acids Research,Oxford University Press (OUP),Vol. 40,No. W1,p. W29-W34,2012年07月01日,研究論文(学術雑誌)
  • IPknot: fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming,Kengo Sato,Yuki Kato,Michiaki Hamada,Tatsuya Akutsu,Kiyoshi Asai,Bioinformatics,Oxford University Press (OUP),Vol. 27,No. 13,p. i85-i93,2011年07月01日,研究論文(学術雑誌)
  • RactIP: fast and accurate prediction of RNA-RNA interaction using integer programming,Yuki Kato,Kengo Sato,Michiaki Hamada,Yoshihide Watanabe,Kiyoshi Asai,Tatsuya Akutsu,Bioinformatics,Oxford University Press (OUP),Vol. 26,No. 18,p. i460-i466,2010年09月15日,研究論文(学術雑誌)
  • An Aicardi-Goutières Syndrome–Causative Point Mutation in Adar1 Gene Invokes Multiorgan Inflammation and Late-Onset Encephalopathy in Mice,Maal Inoue,Taisuke Nakahama,Ryuichiro Yamasaki,Toshiharu Shibuya,Jung In Kim,Hiroyuki Todo,Yanfang Xing,Yuki Kato,Eiichi Morii,Yukio Kawahara,The Journal of Immunology,The American Association of Immunologists,p. ji2100526-ji2100526,2021年11月12日,研究論文(学術雑誌)
  • Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 as a novel regulator of oligodendrocyte differentiation in the central nervous system remyelination,Akiko Uyeda,Lili Quan,Yuki Kato,Nagaaki Muramatsu,Shogo Tanabe,Kazuhisa Sakai,Noritaka Ichinohe,Yukio Kawahara,Tatsunori Suzuki,Rieko Muramatsu,Glia,Wiley,Vol. 69,No. 11,p. 2591-2604,2021年11月,研究論文(学術雑誌)
  • Mutations in the adenosine deaminase ADAR1 that prevent endogenous Z-RNA binding induce Aicardi-Goutières-syndrome-like encephalopathy,Taisuke Nakahama,Yuki Kato,Toshiharu Shibuya,Maal Inoue,Jung In Kim,Tuangtong Vongpipatana,Hiroyuki Todo,Yanfang Xing,Yukio Kawahara,Immunity,Elsevier BV,Vol. 54,No. 9,p. 1976-1988.e7,2021年09月,研究論文(学術雑誌)
  • RNA editing at a limited number of sites is sufficient to prevent MDA5 activation in the mouse brain,Jung In Kim,Taisuke Nakahama,Ryuichiro Yamasaki,Pedro Henrique Costa Cruz,Tuangtong Vongpipatana,Maal Inoue,Nao Kanou,Yanfang Xing,Hiroyuki Todo,Toshiharu Shibuya,Yuki Kato,Yukio Kawahara,PLOS Genetics,Public Library of Science (PLoS),Vol. 17,No. 5,p. e1009516-e1009516,2021年05月13日,研究論文(学術雑誌)
  • Age-dependent decline in remyelination capacity is mediated by apelin–APJ signaling,Masumi Ito,Rieko Muramatsu,Yuki Kato,Bikram Sharma,Akiko Uyeda,Shogo Tanabe,Harutoshi Fujimura,Hiroyasu Kidoya,Nobuyuki Takakura,Yukio Kawahara,Masaki Takao,Hideki Mochizuki,Akiyoshi Fukamizu,Toshihide Yamashita,Nature Aging,Vol. 1,No. 3,p. 284-294,2021年03月,研究論文(学術雑誌)
  • ADAR1 Regulates Early T Cell Development via MDA5-Dependent and -Independent Pathways.,Tuangtong Vongpipatana,Taisuke Nakahama,Toshiharu Shibuya,Yuki Kato,Yukio Kawahara,Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950),Vol. 204,No. 8,p. 2156-2168,2020年04月15日,研究論文(学術雑誌)
  • A comparative analysis of ADAR mutant mice reveals site-specific regulation of RNA editing.,Pedro Henrique Costa Cruz,Yuki Kato,Taisuke Nakahama,Toshiharu Shibuya,Yukio Kawahara,RNA (New York, N.Y.),2020年01月15日
  • ADAR1-mediated RNA editing is required for thymic self-tolerance and prevention of autoimmunity,Taisuke Nakahama,Yuki Kato,Jung In Kim,Tuangtong Vongpipatana,Yutaka Suzuki,Carl Walkley,Yukio Kawahara,EMBO Reports,Vol. 19,2018年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Myotube-derived factor promotes oligodendrocyte precursor cell proliferation,Akino Nakasone,Rieko Muramatsu,Yuki Kato,Yukio Kawahara,Toshihide Yamashita,Biochemical and Biophysical Research Communications,Elsevier B.V.,Vol. 500,No. 3,p. 609-613,2018年06月07日,研究論文(学術雑誌)
  • Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences,Michiaki Hamada,Yukiteru Ono,Hisanori Kiryu,Kengo Sato,Yuki Kato,Tsukasa Fukunaga,Ryota Mori,Kiyoshi Asai,NUCLEIC ACIDS RESEARCH,OXFORD UNIV PRESS,Vol. 44,No. W1,p. W302-W307,2016年07月,研究論文(学術雑誌)
  • DAFS: simultaneous aligning and folding of RNA sequences via dual decomposition,Kengo Sato,Yuki Kato,Tatsuya Akutsu,Kiyoshi Asai,Yasubumi Sakakibara,BIOINFORMATICS,OXFORD UNIV PRESS,Vol. 28,No. 24,p. 3218-3224,2012年12月,研究論文(学術雑誌)
  • USING BINDING PROFILES TO PREDICT BINDING SITES OF TARGET RNAs,UNYANEE POOLSAP,YUKI KATO,KENGO SATO,TATSUYA AKUTSU,Journal of Bioinformatics and Computational Biology,World Scientific Pub Co Pte Lt,Vol. 09,No. 06,p. 697-713,2011年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Branch-and-Bound Algorithms for Enumerating Treelike Chemical Graphs with Given Path Frequency Using Detachment-Cut,Yusuke Ishida,Yuki Kato,Liang Zhao,Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu,Journal of Chemical Information and Modeling,American Chemical Society (ACS),Vol. 50,No. 5,p. 934-946,2010年05月24日,研究論文(学術雑誌)
  • Dynamic Programming Algorithms and Grammatical Modeling for Protein Beta-Sheet Prediction,Yuki Kato,Tatsuya Akutsu,Hiroyuki Seki,Journal of Computational Biology,Mary Ann Liebert Inc,Vol. 16,No. 7,p. 945-957,2009年07月,研究論文(学術雑誌)
  • A grammatical approach to RNA–RNA interaction prediction,Yuki Kato,Tatsuya Akutsu,Hiroyuki Seki,Pattern Recognition,Elsevier BV,Vol. 42,No. 4,p. 531-538,2009年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming,Unyanee Poolsap,Yuki Kato,Tatsuya Akutsu,BMC Bioinformatics,Springer Science and Business Media LLC,Vol. 10,No. S1,2009年01月,研究論文(学術雑誌)
  • On the generative power of multiple context-free grammars and macro grammars,Hiroyuki Seki,Yuki Kato,IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS,IEICE-INST ELECTRONICS INFORMATION COMMUNICATIONS ENG,Vol. E91D,No. 2,p. 209-221,2008年02月,研究論文(学術雑誌)
  • RNA pseudoknotted structure prediction using stochastic multiple context-free grammar,Yuki Kato,Hiroyuki Seki,Tadao Kasami,IPSJ Transactions on Bioinformatics,Vol. 47,No. SIG17 (TBIO1),p. 12-21,2006年11月,研究論文(学術雑誌)
  • On the generative power of grammars for RNA secondary structure,Y Kato,H Seki,T Kasammi,IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS,IEICE-INST ELECTRONICS INFORMATION COMMUNICATIONS ENG,Vol. E88D,No. 1,p. 53-64,2005年01月,研究論文(学術雑誌)

MISC

  • Deep learning-based prediction of potential RNA G-quadruplexes with D-Quartet,Yuki Kato,Kengo Sato,Jakob Hull Havgaard,Yukio Kawahara,29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2021),2021年07月,研究発表ペーパー・要旨(国際会議)
  • CAPITALによるシングルセルデータの疑似時系列比較解析,加藤 有己,杉原 礼一,森 智弥,河原 行郎,第43回日本分子生物学会年会,2020年12月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)
  • Alignment of complex single-cell trajectories with CAPITAL,Yuki Kato,Reiichi Sugihara,Tomoya Mori,Yukio Kawahara,28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2020),2020年07月,研究発表ペーパー・要旨(国際会議)
  • Evaluating Effectiveness of Accessibility to Infer RNA-RNA Interactions,Yuki Kato,Tomoya Mori,Kengo Sato,Shingo Maegawa,Hiroshi Hosokawa,Tatsuya Akutsu,研究報告バイオ情報学(BIO),一般社団法人情報処理学会,Vol. 2013,No. 3,p. 1-2,2013年09月12日
  • A Grammar-Based Approach to RNA Pseudoknotted Structure Prediction for Aligned Sequences,Nobuyoshi Mizoguchi,Yuki Kato,Hiroyuki Seki,1st IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences,2011年02月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)
  • Pairwise RNA Pseudoknotted Structure Prediction Based on Stochastic Grammar,Nobuyoshi Mizoguchi,Yuki Kato,Hiroyuki Seki,20th International Conference on Genome Informatics,2009年12月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)
  • Prediction of Protein Beta-Sheets: Dynamic Programming versus Grammatical Approach,Yuki Kato,Tatsuya Akutsu,Hiroyuki Seki,Third IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics,Vol. LNB 5265,2008年10月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)
  • Stochastic Multiple Context-Free Grammar for RNA Pseudoknot Modeling,Yuki Kato,Hiroyuki Seki,Tadao Kasami,8th International Workshop on Tree Adjoining Grammar and Related Formalisms,2006年07月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)
  • Subclasses of Tree Adjoining Grammar for RNA Secondary Structure,Yuki Kato,Hiroyuki Seki,Tadao Kasami,7th International Workshop on Tree Adjoining Grammar and Related Formalisms,2004年05月,研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)

受賞

  • 2011年度情報処理学会山下記念研究賞,加藤 有己,2012年03月
  • 2009 Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize (GIW2009 Best Poster Award),2009年12月
  • 2006年度バイオ情報学研究会論文賞,2008年12月
  • 平成19年度情報処理学会論文賞,2008年05月
  • 2006年度IPSJ Digital Courier船井若手奨励賞,2007年03月

委員歴

  • 学協会,情報処理学会,調査研究運営委員会 バイオ情報学研究運営委員会 運営委員,2020年04月 ~ 継続中
  • 学協会,情報処理学会,The Editorial Committee of IPSJ Transactions on Bioinformatics (TBIO) 副委員長,2019年04月 ~ 継続中
  • 情報処理学会,学会論文誌運営委員会 The Editorial Committee of IPSJ Transactions on Bioinformatics (TBIO),2015年04月 ~ 継続中
  • 学協会,情報処理学会,調査研究運営委員会 バイオ情報学研究運営委員,2015年04月 ~ 2019年03月
  • 情報処理学会,論文誌ジャーナル/JIP編集委員会 小委員会(基盤グループ [Computing Group])編集委員,2016年06月 ~ 2018年05月
  • The 25th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 16th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2017),Program Committee,2017年 ~ 2017年
  • The 9th IAPR conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2014),Program Committee,2014年 ~ 2014年
  • The Tenth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB2013) and the Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2013),Program Committee,2013年 ~ 2013年
  • First International Conference on Bioinformatics (BIOINFORMATICS2010),Program Committee,2010年 ~ 2010年
  • 2009 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2009),Program Committee,2009年 ~ 2009年