顔写真

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BEKKER GERARDUS GERTRUDIS THEODORUS BERNARDUS
BEKKER GERARDUS GERTRUDIS THEODORUS BERNARDUS
BEKKER GERARDUS GERTRUDIS THEODORUS BERNARDUS
BEKKER GERARDUS GERTRUDIS THEODORUS BERNARDUS
機関リポジトリ
蛋白質研究所，特任講師（常勤）
機関リポジトリ

学歴 3

  1. 大阪大学　大学院生命機能研究科

    2014年 ～ 2017年

  2. Radboud University　Msc Medical Biology

    2008年 ～ 2012年

  3. HAN University of Applied Sciences　B Bioinformatics

    2004年 ～ 2008年

研究内容・専門分野 3

  1. 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

  2. 情報通信 / 計算科学 /

  3. ライフサイエンス / 生物物理学 /

受賞 1

  1. 大阪大学賞

    大阪大学　2024年11月

論文 39

  1. Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures

    Gert‐Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

    Protein Science　2025年3月　研究論文（学術雑誌）

  2. Protein Data Bank Japan: Computational resources for analysis of protein structures

    Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu

    Journal of Molecular Biology　2025年2月　研究論文（学術雑誌）

  3. Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity

    Nobutaka Numoto, Fumiya Kondo, Gert-Jan Bekker, Zengwei Liao, Mitsuaki Yamashita, Akira Iida, Nobutoshi Ito, Narutoshi Kamiya, Masayuki Oda

    International Journal of Biological Macromolecules　Vol. 281　p. 136597-136597　2024年11月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Elsevier BV

  4. Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase

    Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno

    Journal of the American Chemical Society　2024年10月12日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

  5. Familial Episodic Pain Syndrome: A Japanese Family Harboring the Novel Variant c.2431C>T (p.Leu811Phe) in SCN11A

    Chioko Nagao, Hiroko Okuda, Gert-Jan Bekker, Atsuko Noguchi, Tsutomu Takahashi, Akio Koizumi, Shohab Youssefian, Tohru Tezuka, Shinji Akioka

    Biochemical Genetics　2024年7月25日　研究論文（学術雑誌）

  6. Binding Mechanism between Platelet Glycoprotein and Cyclic Peptide Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking

    Gert-Jan Bekker, Kanji Oshima, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

    Journal of Chemical Information and Modeling　Vol. 64　No. 10　p. 4158-4167　2024年5月16日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

  7. Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations

    Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

    ACS Omega　2024年1月10日　研究論文（学術雑誌）

  8. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model

    Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

    Journal of Chemical Theory and Computation　2024年1月9日　研究論文（学術雑誌）

  9. Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02

    Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda, Narutoshi Kamiya

    Protein Science　2023年9月4日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  10. Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL

    Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

    Communications Biology　Vol. 6　No. 1　2023年3月30日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  11. Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics

    Junichi Higo, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Yoshifumi Fukunishi

    Biophysics and Physicobiology　2023年　研究論文（学術雑誌）

  12. Thermal Stability Estimation of Single Domain Antibodies Using Molecular Dynamics Simulations

    Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

    Computer-Aided Antibody Design　p. 151-163　2023年　論文集(書籍)内論文

    出版者・発行元：Springer US

  13. History of Protein Data Bank Japan: standing at the beginning of the age of structural genomics

    Genji Kurisu, Gert-Jan Bekker, Atsushi Nakagawa

    Biophysical Reviews　2022年12月9日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  14. Advancing the field of computational drug design using multicanonical molecular dynamics-based dynamic docking

    Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

    Biophysical Reviews　Vol. 14　No. 6　p. 1349-1358　2022年11月19日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  15. Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule

    Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura

    Scientific Reports　Vol. 12　No. 1　2022年8月13日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  16. Protein Data Bank Japan: Celebrating our 20th anniversary during a global pandemic as the Asian hub of three dimensional macromolecular structural data.

    Gert-Jan Bekker, Masashi Yokochi, Hirofumi Suzuki, Yasuyo Ikegawa, Takeshi Iwata, Takahiro Kudou, Kei Yura, Toshimichi Fujiwara, Takeshi Kawabata, Genji Kurisu

    Protein science : a publication of the Protein Society　Vol. 31　No. 1　p. 173-186　2022年1月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  17. N-Terminal-Driven Binding Mechanism of an Antigen Peptide to Human Leukocyte Antigen-A*2402 Elucidated by Multicanonical Molecular Dynamic-Based Dynamic Docking and Path Sampling Simulations

    Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

    The Journal of Physical Chemistry B　2021年12月3日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)

  18. Exploring ligand binding pathways on proteins using hypersound-accelerated molecular dynamics

    Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Gert-Jan Bekker, Yuta Isaka, Yukari Sagae, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno

    Nature Communications　Vol. 12　No. 1　2021年12月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  19. Cryptic-site binding mechanism of medium-sized Bcl-xL inhibiting compounds elucidated by McMD-based dynamic docking simulations

    Gert-Jan Bekker, Ikuo Fukuda, Junichi Higo, Yoshifumi Fukunishi, Narutoshi Kamiya

    Scientific Reports　Vol. 11　No. 1　2021年12月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  20. Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking

    Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

    Journal of Chemical Information and Modeling　Vol. 61　No. 10　p. 5161-5171　2021年10月25日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

  21. Structural basis of mutants of PET-degrading enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 with high activity and thermal stability.

    Miho Emori, Nobutaka Numoto, Akane Senga, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Yuma Kobayashi, Nobutoshi Ito, Fusako Kawai, Masayuki Oda

    Proteins　Vol. 89　No. 5　p. 502-511　2021年5月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  22. Dynamical Methods to Study Interaction in Proteins Facilitating Molecular Understanding of Cancer

    Bhaskar Dasgupta, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

    Handbook of Oxidative Stress in Cancer: Mechanistic Aspects　p. 1-17　2021年

    出版者・発行元：Springer Singapore

  23. Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level

    Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya

    Methods in Molecular Biology　p. 187-202　2021年　論文集(書籍)内論文

    出版者・発行元：Springer US

  24. Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization

    Masayuki Oda, Nobutaka Numoto, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Fusako Kawai

    Methods in Enzymology　p. 159-185　2021年　論文集(書籍)内論文

    出版者・発行元：Elsevier

  25. Exhaustive search of the configurational space of heat‐shock protein 90 with its inhibitor by multicanonical molecular dynamics based dynamic docking

    Gert‐Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

    Journal of Computational Chemistry　Vol. 41　No. 17　p. 1606-1615　2020年6月30日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  26. The Biological Structure Model Archive (BSM-Arc): an archive for in silico models and simulations

    Gert-Jan Bekker, Takeshi Kawabata, Genji Kurisu

    Biophysical Reviews　Vol. 12　No. 2　p. 371-375　2020年4月5日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media {LLC}

  27. Mutual population-shift driven antibody-peptide binding elucidated by molecular dynamics simulations

    Gert-Jan Bekker, Ikuo Fukuda, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya

    Scientific Reports　Vol. 10　No. 1　2020年1月29日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media {LLC}

  28. PDBx/mmCIF Format Mandatory for Protein Data Bank Deposition

    Gert-Jan Bekker

    Nihon Kessho Gakkaishi　Vol. 61　No. 3　p. 159-160　2019年8月31日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：The Crystallographic Society of Japan

  29. Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor by Multicanonical MD Simulations

    Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya

    The Journal of Physical Chemistry B　2019年3月21日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

  30. Metal binding to cutinase-like enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 and its effects on enzyme activity and stability

    Akane Senga, Yoshiji Hantani, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Yuki Kimura, Fusako Kawai, Masayuki Oda

    The Journal of Biochemistry　2019年3月2日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

  31. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data

    wwPDB consortium

    Nucleic Acids Research　Vol. 47　No. D1　p. D520-D528　2018年10月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

  32. Structural Dynamics of the PET-Degrading Cutinase-like Enzyme from Saccharomonospora viridis AHK190 in Substrate-Bound States Elucidates the Ca2+-Driven Catalytic Cycle

    Nobutaka Numoto, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Yuri Yamagami, Satomi Inaba, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Fusako Kawai, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

    Biochemistry　Vol. 57　No. 36　p. 5289-5300　2018年9月11日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

  33. Folding thermodynamics of PET-hydrolyzing enzyme Cut190 depending on Ca2+ concentration

    Satomi Inaba, Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Fusako Kawai, Masayuki Oda

    Journal of Thermal Analysis and Calorimetry　Vol. 135　No. 5　p. 2655-2663　2018年6月4日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Nature

  34. Structural and thermodynamic characterization of endo-1,3-β-glucanase: Insights into the substrate recognition mechanism.

    Oda M, Inaba S, Kamiya N, Bekker GJ, Mikami B

    Biochimica et biophysica acta　Vol. 1866　No. 3　p. 415-425　2018年3月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Elsevier {BV}

  35. Thermal stability of single-domain antibodies estimated by molecular dynamics simulations

    Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Narutoshi Kamiya

    Protein Science　Vol. 28　No. 2　p. 429-438　2018年　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  36. New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj)

    Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hiroshi Wako, Shigeru Endo, Yuko Tsuchiya, Hiromu Sato, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita, Hirofumi Suzuki, Takeshi Kawabata, Masashi Yokochi, Takeshi Iwata, Naohiro Kobayashi, Toshimichi Fujiwara, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

    Protein Science　Vol. 27　No. 1　p. 95-102　2017年9月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  37. Accurate Prediction of Complex Structure and Affinity for a Flexible Protein Receptor and Its Inhibitor

    Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Mitsugu Araki, Ikuo Fukuda, Yasushi Okuno, Haruki Nakamura

    Journal of Chemical Theory and Computation　Vol. 13　No. 6　p. 2389-2399　2017年5月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})

  38. Protein Data Bank Japan (PDBj): updated user interfaces, resource description framework, analysis tools for large structures

    Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hirofumi Suzuki, Yuko Tsuchiya, Takeshi Kawabata, Yasuyo Ikegawa, Haruki Nakamura

    Nucleic Acids Research　Vol. 45　No. D1　p. D282-D288　2016年10月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

  39. Molmil: a molecular viewer for the PDB and beyond

    Gert-Jan Bekker, Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo

    Journal of Cheminformatics　Vol. 8　No. 1　2016年8月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Nature

MISC 32

  1. 大腸菌由来ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ変異体の構造機能

    三宅智哉, 西村和樹, 松田佳央理, 藤田純三, 藤田純三, 藤田純三, 難波啓一, 難波啓一, 徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩, 栗栖源嗣, GERT-JAN Bekker, 上原了, 松村浩由

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 46th　2023年

  2. PDBjが提供する,構造データを分析,編集・登録するためのツールやサービス

    BEKKER Gert-Jan

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 21st　2021年

  3. 構造データの解析と可視化のためのPDBjツールとサービス

    BEKKER Gert-Jan

    生物物理(Web)　Vol. 61　No. Supplement 1-2　2021年

  4. RDFグラフデータモデルによるwwPDBコアアーカイブの拡張

    横地政志, BEKKER Gert-Jan, 栗栖源嗣

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 44th　2021年

  5. Flexible Docking between Enzyme and Its Inhibitor Using Multicanonical MD Simulations and Binding Free Energy Calculations

    Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker

    BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 118　No. 3　p. 361A-361A　2020年2月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  6. 生物学的構造モデルアーカイブ(BSM-ARC):in silicoモデルとシミュレーションのためのアーカイブ【JST・京大機械翻訳】

    Bekker Gert-Jan, Kawabata Takeshi, Kurisu Genji

    Biophysical Reviews　Vol. 12　No. 2　2020年

  7. DYNAMIC DOCKING BETWEEN AN ENZYME AND ITS INHIBITOR USING MULTICANONICAL MD SIMULATIONS

    Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker

    PROTEIN SCIENCE　Vol. 28　p. 157-157　2019年9月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  8. Thermal Stability of Single-Domain-Antibodies Estimated by MD Simulations

    Narutoshi Kamiya, Benson Ma, Gert-Jan Bekker

    BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 116　No. 3　p. 59A-59A　2019年2月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  9. マルチカノニカルMDを用いる酵素とその阻害剤との間の動的ドッキング

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi

    日本細胞生物学会大会(Web)　Vol. 71st　2019年

  10. マルチカノニカル分子動力学シミュレーションと結合自由エネルギー計算を用いたフレキシブル酵素とその阻害剤との間の動的ドッキング

    KAMIYA Narutoshi, BEKKER Gert-Jan

    生物物理(Web)　Vol. 59　No. Supplement 1-2　2019年

  11. Biological Structure Model Archive:計算機で得られた生体分子モデルのアーカイブ

    BEKKER Gert-Jan, KAWABATA Takeshi, KURISU Genji

    生物物理(Web)　Vol. 59　No. Supplement 1-2　2019年

  12. 構造データの編集と注釈のための新規ツール

    BEKKER Gert-Jan

    生物物理(Web)　Vol. 59　No. Supplement 1-2　2019年

  13. ウエブベースCIFエジターによるPDBX/mmCァイルの編集

    BEKKER Gert-Jan

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2019　2019年

  14. Stability of Single Domain Antibodies Estimated by Molecular Dynamics Simulation

    Narutoshi Kamiya, Benson Ma, Gert-Jan Bekker

    PROTEIN SCIENCE　Vol. 27　p. 194-195　2018年11月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  15. PET分解活性を有する酵素クチナーゼの基質結合型構造

    沼本修孝, 神谷成敏, 神谷成敏, BEKKER Gert-Jan, 山上由莉, 稲葉理美, 稲葉理美, 河合富佐子, 織田昌幸, 伊藤暢聡

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2018　2018年

  16. 分子動力学シミュレーションによる単一ドメイン抗体に対する安定性の評価

    BEKKER Gert-Jan, MA Benson, KAMIYA Narutoshi

    生物物理(Web)　Vol. 58　No. Supplement 1-2　2018年

  17. 蛋白質データバンクジャパンによるPDBに対する進歩した探索および可視化ツール

    BEKKER Gert-Jan, KINJO Akira, NAKAMURA Haruki, KURISU Genji

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 18th　2018年

  18. 糖加水分解酵素グルカナーゼの糖結合構造モデルと結合熱力学解析

    織田昌幸, 稲葉理美, 稲葉理美, BEKKER Gert-Jan, 神谷成敏, 神谷成敏

    熱測定討論会講演要旨集　Vol. 53rd　2017年

  19. Molmil:汎用WebGL基盤の分子ビュアー

    BEKKER Gert-Jan

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 17th　2017年

  20. 多重カノニカルMDおよび熱力学統合シミュレーションを用いたサイクリン依存性キナーゼ2およびその阻害剤の間のフレキシブルドッキング

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, KAMIYA Narutoshi, ARAKI Mitsugu, FUKUDA Ikuo, OKUNO Yasushi, NAKAMURA Haruki

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 17th　2017年

  21. マルチ標準的分子動力学及び熱力学的統合を用いたCDK2及びその阻害剤CS3間の柔軟な結合と親和性計算

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, ARAKI Mitsugu, FUKUDA Ikuo, OKUNO Yasushi, NAKAMURA Haruki

    生物物理(Web)　Vol. 57　No. Supplement 1-2　2017年

  22. Play with 3D structure data of biomolecules - PDBj

    Hirofumi Suzuki, Gert-Jan Bekker, Takahiro Kudo, Akira R. Kinjo, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 73　p. C579-C579　2017年　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  23. Searching and viewing hybrid structure data

    Hirofumi Suzuki, Gert-Jan Bekker, Takeshi Kawabata, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 73　p. C974-C974　2017年　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  24. 経路解析と結合自由エネルギー計算のための効率的な新規計算法

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, NAKAMURA Haruki

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016年

  25. EMDB,PDB,SASBDB中の多階層構造データを対象としたウェブベースのサービス

    SUZUKI Hirofumi, SUZUKI Hirofumi, KAWABATA Takeshi, BEKKER Gert-Jan, BEKKER Gert-Jan, NAKAMURA Haruki, NAKAMURA Haruki

    生物物理(Web)　Vol. 56　No. Supplement 1-2　2016年

  26. マルチカノニカルMD法を用いたサイクリン依存性キナーゼ2とその阻害剤間のフレキシブルドッキングシミュレーション

    KAMIYA Narutoshi, BEKKER Gert-Jan, ARAKI Mitsugu, OKUNO Yasushi

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016年

  27. マルチカノニカルMDを使用するサイクリン依存性キナーゼ2とその阻害剤との間のフレキシブルドッキング

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, ARAKI Mitsugu, OKUNO Yasushi, NAKAMURA Haruki

    生物物理(Web)　Vol. 56　No. Supplement 1-2　2016年

  28. In-vitro and in-silico studies of ligand binding to the nuclear receptor PPARgamma using FRET and MD

    Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker, Takuma Shiraki, Haruki Nakamura

    PROTEIN SCIENCE　Vol. 24　p. 151-151　2015年10月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  29. FRETとRAMDを使用した核受容体PPARγに対するリガンド結合の実験的ならびに理論的研究

    KAMIYA Narutoshi, BEKKER Gert-Jan, SHIRAKI Takuma, NAKAMURA Haruki

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015年

  30. 分子動力学シミュレーションを用いたリガンド-レセプター間の最適解離経路を決定するための新規方法

    BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, NAKAMURA Haruki

    生物物理(Web)　Vol. 55　No. Supplement 1-2　2015年

  31. 抗体CDR-H3ループ領域の立体構造予測

    NISHIGAMI Hiroshi, BEKKER Gert-Jan, KAMIYA Narutoshi, HIGO Junichi, NAKAMURA Haruki

    生物物理(Web)　Vol. 55　No. Supplement 1-2　2015年

  32. 新規PDBj Webインタフェイス:改造可能,現代型で使いやすい

    BEKKER Gert-Jan

    生物物理　Vol. 53　No. Supplement 1-2 (Web)　2013年

著書 2

  1. バイオDBとウェブツール : ラボで使える最新70選 : 知る・学ぶ・使う、バイオDX時代の羅針盤

    小野, 浩雅

    羊土社　2022年11月

    ISBN: 9784758104067

  2. どうして心臓は動き続けるの? : 生命をささえるタンパク質のなぞにせまる

    大阪大学蛋白質研究所

    化学同人　2018年11月

    ISBN: 9784759819816

機関リポジトリ 1

大阪大学の学術機関リポジトリ（OUKA）に掲載されているコンテンツ

  1. Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures

    Bekker Gert-Jan, Nagao Chioko, Shirota Matsuyuki, Nakamura Tsukasa, Katayama Toshiaki, Kihara Daisuke, Kinoshita Kengo, Kurisu Genji

    Protein Science　Vol. 34　No. 3　2025年3月1日