keyword 分子進化，光生物，核酸化学，光回復酵素，DNA損傷，DNA修復
大阪大学 大学院基礎工学研究科 物質創成専攻機能物質化学領域
2005年4月 ～ 2009年9月
大阪大学 基礎工学部 化学応用科学科
2001年4月 ～ 2005年3月
日本化学会近畿支部 幹事 学協会
2018年3月 ～ 2020年2月
日本生物物理学会
日本分子生物学会
ライフサイエンス / 機能生物化学 /
ナノテク・材料 / 生体化学 /
ライフサイエンス / 生物物理学 / 光生物
第10回若手奨励賞
山元淳平 日本生物物理学会 2014年9月
Outstanding Oral Presentation Award
山元淳平 The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2012年11月
Best Poster Award （Nucleic Acids Research Award）
山元淳平 The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2009年9月
Revisiting the co-crystal structure of a DNA glycosylase with photocaged substrate: a suitable time-resolved crystallography target?
Tomoki Imura, Yuhei Hosokawa, Kai-Chun Yang, Yuki Ban, Hsuan-Yu Shih, Junpei Yamamoto, Manuel Maestre-Reyna
IUCrJ Vol. 12 2025年7月14日 研究論文（学術雑誌）
Capturing structural intermediates in an animal-like cryptochrome photoreceptor by time-resolved crystallography
Manuel Maestre-Reyna, Yuhei Hosokawa, Po-Hsun Wang, Martin Saf, Nicolas Caramello, Sylvain Engilberge, Sophie Franz-Badur, Eka Putra Gusti Ngurah Putu, Mai Nakamura, Wen-Jin Wu, Hsiang-Yi Wu, Cheng-Chung Lee, Wei-Cheng Huang, Kai-Fa Huang, Yao-Kai Chang, Cheng-Han Yang, Meng-Iao Fong, Wei-Ting Lin, Kai-Chun Yang, Yuki Ban, Tomoki Imura, Atsuo Kazuoka, Eisho Tanida, Shigeki Owada, Yasumasa Joti, Rie Tanaka, Tomoyuki Tanaka, Jungmin Kang, Fangjia Luo, Kensuke Tono, Stephan Kiontke, Lukas Korf, Yasufumi Umena, Takehiko Tosha, Yoshitaka Bessho, Eriko Nango, So Iwata, Antoine Royan, Ming-Daw Tsai, Junpei Yamamoto, Lars-Oliver Essen
Science Advances Vol. 11 2025年5月17日 研究論文（学術雑誌）
Redox-State-Dependent Structural Changes within a Prokaryotic 6–4 Photolyase
Po-Hsun Wang, Yuhei Hosokawa, Jessica C Soares, Hans-Joachim Emmerich, Valeri Fuchs, Nicolas Caramello, Sylvain Engilberge, Andrea Bologna, Christian Joshua Rosner, Mai Nakamura, Mohamed Watad, Fangjia Luo, Shigeki Owada, Takehiko Tosha, Jungmin Kang, Kensuke Tono, Yoshitaka Bessho, Eriko Nango, Antonio J. Pierik, Antoine Royan, Ming-Daw Tsai, Junpei Yamamoto, Manuel Maestre-Reyna, Lars-Oliver Essen
Journal of the American Chemical Society Vol. 147 No. 19 p. 16084-16098 2025年4月 研究論文（学術雑誌）
Profiling of i-motif-binding proteins reveals functional roles of nucleolin in regulation of high-order DNA structures
Yuki Ban, Yuka Ando, Yuma Terai, Risa Matsumura, Keita Nakane, Shigenori Iwai, Shinichi Sato, Junpei Yamamoto
Nucleic Acids Research Vol. 52 No. 22 p. 13530-13543 2024年11月19日 研究論文（学術雑誌）
Structure-specific DNA endonuclease T7 endonuclease I cleaves DNA containing UV-induced DNA lesions
Kazuki Matsubara, Shouta Ueda, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Narumi Aoki Shioi, Arato Takedachi, Isao Kuraoka
The Journal of Biochemistry Vol. 176 No. 1 p. 35-42 2024年3月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution
Manuel Maestre-Reyna, Po-Hsun Wang, Eriko Nango, Yuhei Hosokawa, Martin Saf, Antonia Furrer, Cheng-Han Yang, Eka Putra, Gusti Ngurah Putu, Wen-Jin Wu, Hans-Joachim Emmerich, Nicolas Caramello, Sophie Franz-Badur, Chao Yang, Sylvain Engilberge, Maximilian Wranik, Hannah Louise Glover, Tobias Weiner, Hsiang-Yi Wu, Cheng-Chung Lee, Wei-Cheng Huang, Kai-Fa Huang, Yao-Kai Chang, Jiahn-Haur Liao, Jui-Hung Weng, Wael Gad, Chiung-Wen Chang, Allan H. Pang, Kai-Chun Yang, Wei-Ting Lin, Yu-Chen Chang, Dardan Gashi, Emma Beale, Dmitry Ozerov, Karol Nass, Gregor Knopp, Philip J. M. Johnson, Claudio Cirelli, Chris Milne, Camila Bacellar, Michihiro Sugahara, Shigeki Owada, Yasumasa Joti, Ayumi Yamashita, Rie Tanaka, Tomoyuki Tanaka, Fangjia Luo, Kensuke Tono, Wiktoria Zarzycka, Pavel Müller, Maisa Alkheder Alahmad, Filipp Bezold, Valerie Fuchs, Petra Gnau, Stephan Kiontke, Lukas Korf, Viktoria Reithofer, Christian Joshua Rosner, Elisa Marie Seiler, Mohamed Watad, Laura Werel, Roberta Spadaccini, Junpei Yamamoto, So Iwata, Dongping Zhong, Joerg Standfuss, Antoine Royan, Yoshitaka Bessho, Lars-Oliver Essen, Ming-Daw Tsai
Science Vol. 382 2023年12月 研究論文（学術雑誌）
A deazariboflavin chromophore kinetically stabilizes reduced FAD state in a bifunctional cryptochrome
Yuhei Hosokawa, Hiroyoshi Morita, Mai Nakamura, Junpei Yamamoto
Scientific Reports Vol. 13 2023年10月 研究論文（学術雑誌）
Repair of topoisomerase 1-induced DNA damage by tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 (TDP2) is dependent on its magnesium binding
Naoto Shimizu, Yusaku Hamada, Ryosuke Morozumi, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Kei-ichi Sugiyama, Hiroshi Ide, Masataka Tsuda
Journal of Biological Chemistry p. 104988-104988 2023年6月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Serial crystallography captures dynamic control of sequential electron and proton transfer events in a flavoenzyme
Manuel Maestre-Reyna, Cheng-Han Yang, Eriko Nango, Wei-Cheng Huang, Eka Putra Gusti Ngurah Putu, Wen-Jin Wu, Po-Hsun Wang, Sophie Franz-Badur, Martin Saft, Hans-Joachim Emmerich, Hsiang-Yi Wu, Cheng-Chung Lee, Kai-Fa Huang, Yao-Kai Chang, Jiahn-Haur Liao, Jui-Hung Weng, Wael Gad, Chiung-Wen Chang, Allan H. Pang, Michihiro Sugahara, Shigeki Owada, Yuhei Hosokawa, Yasumasa Joti, Ayumi Yamashita, Rie Tanaka, Tomoyuki Tanaka, Luo Fangjia, Kensuke Tono, Kai-Cheng Hsu, Stephan Kiontke, Igor Schapiro, Roberta Spadacini, Antoine Royant, Junpei Yamamoto, So Iwata, Lars-Oliver Essen, Yoshitaka Bessho, Ming-Daw Tsai
Nature Chemistry Vol. 14 p. 677-685 2022年4月 研究論文（学術雑誌）
Limited solvation of an electron donating tryptophan stabilizes a photoinduced charge-separated state in plant (6-4) photolyase
Yuhei Hosokawa, Pavel Müller, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
Scientific Reports Vol. 12 2022年3月 研究論文（学術雑誌）
Kinetics of electron returns in successive two-photon DNA repair by (6-4) photolyase
Klaus Brettel, Pavel Müller, Junpei Yamamoto
ACS Catalysis Vol. 12 p. 3041-3045 2022年2月 研究論文（学術雑誌）
Structural changes during the photorepair and binding processes of Xenopus (6–4) photolyase with (6–4) photoproducts in single- and double-stranded DNA
Daichi Yamada, Junpei Yamamoto, Elizabeth D. Getzoff, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori
Biochemistry Vol. 60 No. 43 p. 3253-3261 2021年10月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Key interactions with deazariboflavin cofactor for light-driven energy transfer in Xenopus (6–4) photolyase
Ayaka Morimoto, Yuhei Hosokawa, Hiromu Miyamoto, Rajiv Kumar Verma, Shigenori Iwai, Ryuma Sato, Junpei Yamamoto
Photochemical & Photobiological Sciences Vol. 20 No. 7 p. 875-887 2021年6月 研究論文（学術雑誌）
Theoretical insights into the DNA repair function of Arabidopsis thaliana cryptochrome-DASH
Ryuma Sato, Yoshiharu Mori, Risa Matsui, Noriaki Okimoto, Junpei Yamamoto, Makoto Taiji
Biophysics and Physicobiology Vol. 17 No. 0 p. 113-124 2020年9月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Enhanced DNA repair by DNA photolyase bearing an artificial light-harvesting chromophore
Yuma Terai, Ryuma Sato, Risa Matsumura, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
Nucleic Acids Research Vol. 48 No. 18 p. 10076-10086 2020年9月 研究論文（学術雑誌）
Mutational analysis of Thermococcus kodakarensis endonuclease III reveals the roles of evolutionarily conserved residues
Miyako Shiraishi, Kento Mizutani, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai
DNA Repair Vol. 90 2020年6月 研究論文（学術雑誌）
Plant organellar DNA polymerases bypass Thymine Glycol using two conserved lysine residues
Noe Baruch-Torres, Junpei Yamamoto, Victor Juárez-Quintero, Shigenori Iwai, Luis G Brieba
Biochemical Journal Vol. 477 No. 5 p. 1049-1059 2020年2月 研究論文（学術雑誌）
Inhibiting guanine oxidation and enhancing excess-electron-transfer efficiency of a pyrene-modified oligonucleotide by introducing an electron-donating group on pyrene
Takumi Okuda, Yusuke Kawashima, Yuuya Kasahara, Tatsuya Takagi, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Satoshi Obika
Chemical Communications Vol. 55 No. 93 p. 14062-14065 2019年10月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Implications of a water molecule for photoactivation of plant (6-4) photolyase
Yuhei Hosokawa, Ryuma Sato, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
Journal of Physical Chemistry B Vol. 123 No. 24 p. 5059-5068 2019年6月 研究論文（学術雑誌）
DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting
Syota Matsumoto, Simone Cavadini, Richard D. Bunker, Ralph S. Grand, Alessandro Potenza, Julius Rabl, Junpei Yamamoto, Andreas D. Schenk, Dirk Schubeler, Shigenori Iwai, Kaoru Sugasawa, Hitoshi Kurumizaka, Nicolas H. Thoma
Nature Vol. 571 p. 79-84 2019年6月 研究論文（学術雑誌）
Acetaldehyde forms covalent GG intrastrand crosslinks in DNA
Yuina Sonohara, Junpei Yamamoto, Kosuke Tohashi, Reine Takatsuka, Tomonari Matsuda, Shigenori Iwai, Isao Kuraoka
Scientific Reports Vol. 9 No. 1 p. 660-660 2019年1月 研究論文（学術雑誌）
Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA
Manuel Maestre-Reyna, Junpei Yamamoto, Wei-Cheng Huang, Ming-Daw Tsai, Lars-Oliver Essen, Yoshitaka Bessho
IUCrJ Vol. 5 No. 5 p. 608-618 2018年9月 研究論文（学術雑誌）
Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii
Sophie Franz, Elisabeth Ignatz, Sandra Wenzel, Hannah Zielosko, Eka Putra, Gusti Ngurah Putu, Manuel Maestre-Reyna, Ming-Daw Tsai, Junpei Yamamoto, Maria Mittag, Lars-Oliver Essen
Nucleic Acids Research Vol. 46 No. 15 p. 8010-8022 2018年9月 研究論文（学術雑誌）
Fluorescence detection of DNA mismatch repair in human cells
Shunsuke Ito, Miyako Shiraishi, Kazuki Tsuchihashi, Reine Takatsuka, Junpei Yamamoto, Isao Kuraoka, Shigenori Iwai
Scientific Reports Vol. 8 2018年8月 研究論文（学術雑誌）
Coulomb and CH–π interactions in (6–4) photolyase–DNA complex dominate DNA binding and repair abilities
Yuma Terai, Ryuma Sato, Takahiro Yumiba, Ryuhei Harada, Kohei Shimizu, Tatsuya Toga, Tomoko Ishikawa-Fujiwara, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Yasuteru Shigeta, Junpei Yamamoto
Nucleic Acids Research Vol. 46 No. 13 p. 6761-6772 2018年7月 研究論文（学術雑誌）
Loss of Fourth Electron-Transferring Tryptophan in Animal (6-4) Photolyase Impairs DNA Repair Activity in Bacterial Cells
Junpei Yamamoto, Kohei Shimizu, Takahiro Kanda, Yuhei Hosokawa, Shigenori Iwai, Pascal Plaza, Pavel Mueller
BIOCHEMISTRY Vol. 56 No. 40 p. 5356-5364 2017年10月 研究論文（学術雑誌）
Ultrafast flavin photoreduction in an oxidized animal (6-4) photolyase through an unconventional tryptophan tetrad
Ryan Martin, Fabien Lacombat, Agathe Espagne, Nadia Dozova, Pascal Plaza, Junpei Yamamoto, Pavel Mueller, Klaus Brettel, Aurelien de la Lande
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Vol. 19 No. 36 p. 24493-24504 2017年9月 研究論文（学術雑誌）
The dominant role of proofreading exonuclease activity of replicative polymerase ε in cellular tolerance to cytarabine (Ara-C)
Masataka Tsuda, Kazuhiro Terada, Masato Ooka, Koji Kobayashi, Hiroyuki Sasanuma, Ryo Fujisawa, Toshiki Tsurimoto, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Kei Kadoda, Remi Akagawa, Shar-Yin Naomi Huang, Yves Pommier, Julian E. Sale, Shunichi Takeda, Kouji Hirota
Oncotarget Vol. 8 No. 20 p. 33457-33474 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
Post-synthetic modification of 3’ terminus of RNA with propargylamine: a versatile scaffold for RNA labeling through copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition
Junpei Yamamoto, Shohei Ebisuda, Lingqi Kong, Haruka Yamago, Shigenori Iwai
Chemistry Letters Vol. 46 No. 5 p. 767-770 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation
Daichi Yamada, Hisham M. Dokainish, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Tomoko Ishikawa, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Akio Kitao, Hideki Kandori
BIOCHEMISTRY Vol. 55 No. 30 p. 4173-4183 2016年8月 研究論文（学術雑誌）
Chemical incorporation of chain-terminating nucleoside analogs as 3’-blocking DNA damage and their removal by human ERCC1-XPF endonuclease
Junpei Yamamoto, Chiaki Takahara, Isao Kuraoka, Kouji Hirota, Shigenori Iwai
Molecules Vol. 21 No. 6 2016年6月 研究論文（学術雑誌）
Structural Changes of the Active Center during the Photoactivation of Xenopus (6-4) Photolyase
Daichi Yamada, Junpei Yamamoto, Yu Zhang, Tatsuya Iwata, Kenichi Hitomi, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai, Hideki Kandori
BIOCHEMISTRY Vol. 55 No. 4 p. 715-723 2016年2月 研究論文（学術雑誌）
Repriming by PrimPol is critical for DNA replication restart downstream of lesions and chain-terminating nucleosides
Kaori Kobayashi, Thomas A. Guilliam, Masataka Tsuda, Junpei Yamamoto, Laura J. Bailey, Shigenori Iwai, Shunichi Takeda, Aidan J. Doherty, Kouji Hirota
CELL CYCLE Vol. 15 No. 15 p. 1997-2008 2016年 研究論文（学術雑誌）
Structural role of two histidines in the (6-4) photolyase reaction
Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Hideki Kandori
Biophysics and Physicobiology Vol. 12 p. 139-144 2015年12月 研究論文（学術雑誌）
Structural basis of pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct recognition by UV-DDB in the nucleosome.
Akihisa Osakabe, Hiroaki Tachiwana, Wataru Kagawa, Naoki Horikoshi, Syota Matsumoto, Mayu Hasegawa, Naoyuki Matsumoto, Tatsuya Toga, Junpei Yamamoto, Fumio Hanaoka, Nicolas H Thomä, Kaoru Sugasawa, Shigenori Iwai, Hitoshi Kurumizaka
Scientific reports Vol. 5 p. 16330-16330 2015年11月17日 研究論文（学術雑誌）
Abacavir, an anti-HIV-1 drug, targets TDP1-deficient adult T cell leukemia
Kohei Tada, Masayuki Kobayashi, Yoko Takiuchi, Fumie Iwai, Takashi Sakamoto, Kayoko Nagata, Masanobu Shinohara, Katsuhiro Io, Kotaro Shirakawa, Masakatsu Hishizawa, Keisuke Shindo, Norimitsu Kadowaki, Kouji Hirota, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai, Hiroyuki Sasanuma, Shunichi Takeda, Akifumi Takaori-Kondo
SCIENCE ADVANCES Vol. 1 No. 3 2015年4月 研究論文（学術雑誌）
Analysis of Structural Flexibility of Damaged DNA Using Thiol-Tethered Oligonucleotide Duplexes
Masashi Fujita, Shun Watanabe, Mariko Yoshizawa, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai
PLOS ONE Vol. 10 No. 2 2015年2月 研究論文（学術雑誌）
Ftir study of CPD photolyase with substrate in single strand DNA
I. M. Mahaputra Wijaya, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Hideki Kandori
Biophysics (Japan) Vol. 11 p. 39-45 2015年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Biophysical Society of Japan
Analysis of ATP and AMP binding to a DNA aptamer and its imidazole-tethered derivatives by surface plasmon resonance
Jing Zhao, Satoshi Katsube, Junpei Yamamoto, Kazuhiko Yamasaki, Makoto Miyagishi, Shigenori Iwai
ANALYST Vol. 140 No. 17 p. 5881-5884 2015年 研究論文（学術雑誌）
Discovery and functional analysis of a 4th electron-transferring tryptophan conserved exclusively in animal cryptochromes and (6-4) photolyases
Pavel Mueller, Junpei Yamamoto, Ryan Martin, Shigenori Iwai, Klaus Brettel
CHEMICAL COMMUNICATIONS Vol. 51 No. 85 p. 15502-15505 2015年 研究論文（学術雑誌）
Flavin Adenine Dinucleotide Chromophore Charge Controls the Conformation of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase alpha-Helices
I. M. Mahaputra Wijaya, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, John T. M. Kennis, Tilo Mathes, Hideki Kandori
BIOCHEMISTRY Vol. 53 No. 37 p. 5864-5875 2014年9月 研究論文（学術雑誌）
A cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer is resistant to hydrolysis but strongly blocks DNA synthesis.
Junpei Yamamoto, Tomoko Oyama, Tomohiro Kunishi, Chikahide Masutani, Fumio Hanaoka, Shigenori Iwai
Nucleic acids research Vol. 42 No. 3 p. 2075-84 2014年2月 研究論文（学術雑誌）
Deformable nature of various damaged DNA duplexes estimated by an electrochemical analysis on electrodes
J. Chiba, S. Aoki, J. Yamamoto, S. Iwai, M. Inouye
CHEMICAL COMMUNICATIONS Vol. 50 No. 76 p. 11126-11128 2014年 研究論文（学術雑誌）
Repair of the (6-4) Photoproduct by DNA Photolyase Requires Two Photons
Junpei Yamamoto, Ryan Martin, Shigenori Iwai, Pascal Plaza, Klaus Brettel
ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION Vol. 52 No. 29 p. 7432-7436 2013年7月 研究論文（学術雑誌）
Detection of Distinct alpha-Helical Rearrangements of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase upon Substrate Binding by Fourier Transform Infrared Spectroscopy
I. M. Mahaputra Wijaya, Yu Zhang, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Hideki Kandori
BIOCHEMISTRY Vol. 52 No. 6 p. 1019-1027 2013年2月 研究論文（学術雑誌）
Strand breakage of a (6-4) photoproduct-containing DNA at neutral pH and its repair by the ERCC1-XPF protein complex
Norihito Arichi, Junpei Yamamoto, Chiaki Takahata, Emi Sano, Yuji Masuda, Isao Kuraoka, Shigenori Iwai
ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY Vol. 11 No. 21 p. 3526-3534 2013年 研究論文（学術雑誌）
Effects of 5 ',8-Cyclodeoxyadenosine Triphosphates on DNA Synthesis
Naoto Kamakura, Junpei Yamamoto, Philip J. Brooks, Shigenori Iwai, Isao Kuraoka
CHEMICAL RESEARCH IN TOXICOLOGY Vol. 25 No. 12 p. 2718-2724 2012年12月 研究論文（学術雑誌）
Eukaryotic Class II Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Structure Reveals Basis for Improved Ultraviolet Tolerance in Plants
Kenichi Hitomi, Andrew S. Arvai, Junpei Yamamoto, Chiharu Hitomi, Mika Teranishi, Tokuhisa Hirouchi, Kazuo Yamamoto, Shigenori Iwai, John A. Tainer, Jun Hidema, Elizabeth D. Getzoff
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Vol. 287 No. 15 p. 12060-12069 2012年4月 研究論文（学術雑誌）
Mechanism of the alkali degradation of (6-4) photoproduct-containing DNA
Norihito Arichi, Aki Inase, Sachise Eto, Toshimi Mizukoshi, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai
ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY Vol. 10 No. 11 p. 2318-2325 2012年 研究論文（学術雑誌）
Substrate Assignment of the (6-4) Photolyase Reaction by FTIR Spectroscopy
Yu Zhang, Junpei Yamamoto, Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Kenichi Hitomi, Takeshi Todo, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai, Hideki Kandorit
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS Vol. 2 No. 21 p. 2774-2777 2011年11月 研究論文（学術雑誌）
FTIR Study of Light-Dependent Activation and DNA Repair Processes of (6-4) Photolyase
Yu Zhang, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Shigenori Iwai, Takeshi Todo, Elizabeth D. Getzoff, Hideki Kandori
BIOCHEMISTRY Vol. 50 No. 18 p. 3591-3598 2011年5月 研究論文（学術雑誌）
Light-Induced Conformational Change and Product Release in DNA Repair by (6-4) Photolyase
Masato Kondoh, Kenichi Hitomi, Junpei Yamamoto, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Masahide Terazima
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY Vol. 133 No. 7 p. 2183-2191 2011年2月 研究論文（学術雑誌）
Photosensitized [2 + 2] cycloaddition of N-acetylated cytosine affords stereoselective formation of cyclobutane pyrimidine dimer.
Junpei Yamamoto, Kosuke Nishiguchi, Koichiro Manabe, Chikahide Masutani, Fumio Hanaoka, Shigenori Iwai
Nucleic acids research Vol. 39 No. 3 p. 1165-75 2011年2月 研究論文（学術雑誌）
Human replicative DNA polymerase delta can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strands
Takeo Narita, Toshiki Tsurimoto, Junpei Yamamoto, Kana Nishihara, Kaori Ogawa, Eiji Ohashi, Terry Evans, Shigenori Iwai, Shunichi Takeda, Kouji Hirota
GENES TO CELLS Vol. 15 No. 12 p. 1228-1239 2010年12月 研究論文（学術雑誌）
Role of the carbonyl group of the (6-4) photoproduct in the (6-4) photolyase reaction
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Ryosuke Hayashi, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai
BIOCHEMISTRY Vol. 48 No. 39 p. 9306-9312 2009年10月 研究論文（学術雑誌）
Functional motifs in the (6-4) photolyase crystal structure make a comparative framework for DNA repair photolyases and clock cryptochromes
Kenichi Hitomi, Luciano DiTacchio, Andrew S. Arvai, Junpei Yamamoto, Sang-Tae Kim, Takeshi Todo, John A. Tainer, Shigenori Iwai, Satchidananda Panda, Elizabeth D. Getzoff
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 106 No. 17 p. 6962-6967 2009年4月 研究論文（学術雑誌）
Efficient conversion of thymine glycol into the formamide lesion in oligonucleotides
Tatsuya Toga, Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai
TETRAHEDRON LETTERS Vol. 50 No. 6 p. 723-726 2009年2月 研究論文（学術雑誌）
Spectroscopic analysis of the pyrimidine(6-4)pyrimidone photoproduct: insights into the (6-4) photolyase reaction
Junpei Yamamoto, Yoshiyuki Tanaka, Shigenori Iwai
ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY Vol. 7 No. 1 p. 161-166 2009年 研究論文（学術雑誌）
Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing the Dewar valence isomer of the (6-4) photoproduct and their use in (6-4) photolyase studies
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Takeshi Todo, Shigenori Iwai
NUCLEIC ACIDS RESEARCH Vol. 34 No. 16 p. 4406-4415 2006年9月 研究論文（学術雑誌）
SACLAで捉えたフラビンタンパク質中の逐次的電子・プロトン移動の動的制御
山元淳平, Manuel Maestre-Reyna, Lars-Oliver Essen, Ming-Daw Tsai, 別所義隆
SPring-8/SACLA利用者情報 Vol. 28 No. 2 p. 113-118 2023年5月 記事・総説・解説・論説等（大学・研究所紀要）
DASH型クリプトクロムのDNA修復機能発現に関する理論的考察
佐藤竜馬, 森義治, 松井理紗, 沖本憲明, 山元淳平, 泰地真弘人
生物物理(Web) Vol. 62 No. 2 2022年
(6–4)光回復酵素によるDNA認識および修復機構
山元淳平
日本核酸化学会誌 Vol. 2 p. 21-25 2018年11月 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
Repair of (6-4) Lesions in DNA by (6-4) Photolyase: 20 Years of Quest for the Photoreaction Mechanism
Junpei Yamamoto, Pascal Plaza, Klaus Brettel
PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY Vol. 93 No. 1 p. 51-66 2017年1月 書評論文,書評,文献紹介等
(6-4)光回復酵素によるDNA修復の新規反応機能の提唱
山元淳平
放射線生物研究 Vol. 50 No. 2 p. 174-184 2015年5月 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
(6-4)光回復酵素による 2光子DNA修復の分子メカニズム
山元淳平
生物物理 Vol. 55 No. 3 p. 157-158 2015年5月 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
Recognition and reaction mechanisms of the (6-4) photolyase as determined by using a (6-4) photoproduct analog.
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Ryosuke Hayashi, Elizabeth D Getzoff, Shigenori Iwai
Nucleic acids symposium series (2004) No. 53 p. 221-222 2009年
Spectroscopic studies on a novel intramolecular hydrogen bond within the (6-4) photoproduct
Junpei Yamamoto, Yoshiyuki Tanaka, Kenichi Hitomi, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai
Nucleic Acids Symposium Series Vol. 51 p. 79-80 2007年
Synthesis of oligonucleotides containing the Dewar valence isomer of the (6-4) photoproduct and their application to (6-4) photolyase studies.
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Takeshi Todo, Shigenori Iwai
Nucleic acids symposium series (2004) No. 50 p. 61-62 2006年
Cinematography of enzymatic reactions at atomic resolutions
Junpei Yamamoto
The 4th UK-Japan Frontier of Science Symposium 2025年6月19日
Profiling of i-motif-binding proteins via fingerprint-targeting enrichment
Junpei Yamamoto
Nucleic Acids Secondary Structures: G4s and beyond 2025年3月27日
Enhanced light-driven DNA repair by a photolyase bearing an artificial light-harvesting chromophore
Junpei Yamamoto
The 18th International Congress on Photobiology 2024年8月26日
Visualizing the DNA repair process by DNA photolyase at attic resolution via time-resolved serial femtosecond X-ray crystallography
Junpei Yamamoto, Manuel Maestre-Reyna, Yoshitaka Bessho, Lars-Oliver Essen, Ming-Daw Tsai
Supra FIBER International Summit for Nucleic Acids 2024年3月1日
時分割シリアルフェムト秒X線結晶構造解析によるDNA光回復酵素の全修復過程の原子分解能観測
山元淳平, Manuel Maestre-Reyna, 別所義隆, Lars-Oliver Essen, Ming-Daw Tsai
日本放射線影響学会第66回年次大会 2023年11月8日
時分割X線結晶構造解析で捉えたDNA光回復酵素によるDNA修復過程
山元淳平, Manuel Maestre-Reyna, 別所義隆, Lars-Oliver Essen, 蔡明道
第23回日本光生物学協会年会 2023年8月30日
二元機能性動物類縁型クリプトクロムの 光活性化過程の動的構造解析
山元淳平
令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2023年5月10日
放射光レーザーを用いた生体分子時分割構造解析のイマとミライ
山元淳平
創発の場 -フォトニクス討論会- in 徳島 2022年9月2日
(6-4)光回復酵素による逐次2光子DNA修復反応の時間領域の決定
山元淳平, Klaus Brettel, Pavel MÜLLER
第48回生体分子科学討論会 2022年7月1日
(6-4)光回復酵素によるDNA修復過程の捕捉に向けて
山元淳平
令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム 2021年11月1日
ゲノム恒常性維持における量子性:青色光受容タンパク質による逐次2光子DNA修復
山元淳平
量子生命科学会 第２回大会 2020年12月24日
人工集光アンテナ分子修飾による光回復酵素のDNA修復能の向上
寺井悠馬, 川上由夏, 佐藤竜馬, 岩井成憲, 山元淳平
第14回バイオ関連化学シンポジウム 2020年9月7日
集光クマリン色素を有するDNA光回復酵素による高効率光駆動DNA修復
Yuma Terai, Ryuma Sato, Risa Matsumura, Shigenori Iwai, Junpei Yamamoto
第57回日本生物物理学会年会 2019年9月24日
Facile post-synthetic functionalization of 3' terminus of DNA with alkyne and thiol
Junpei Yamamoto, Tatsuya Yajima, Shigenori Iwai
Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry 2019 2019年7月23日
(6-4)光回復酵素のDNA分子認識・修復機構
山元淳平
日本放射線影響学会 第６１回大会 2018年11月8日
DNA binding and light-dependent DNA repair abilities of photolyases
山元淳平
第56回日本生物物理学会年会 2018年9月17日
DNA-光回復酵素間の静電相互作用とCH–π相互作用が DNA結合能と修復能を支配する
寺井悠馬, 佐藤竜馬, 弓場貴広, 原田隆平, 岩井成憲, 重田育照, 山元淳平
第12回バイオ関連化学シンポジウム 2018年9月9日
Post synthetic modification of 3'-terminus of DNA for universal labeling
Junpei Yamamoto, Tatsuya Yajima, Shigenori Iwai
The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2017年11月14日
An arginine side chain in the (6-4) photolyase governs formation of a robust repair-active complex with UV-damaged DNA
Junpei Yamamoto, Yuma Terai, Ryuma Sato, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Shigenori Iwai
第55回日本生物物理学会年会 2017年9月19日
Monitoring of the back electron transfer in the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase
Junpei Yamamoto, Kohei Shimizu, Shigenori Iwai, Klaus Brettel
第54回日本生物物理学会年会 2016年11月26日
Post-synthetic conjugation of propargylamine at the 3' terminus of RNA: a versatile scaffold for RNA modification by copper-catalyzed alkyne-azide cycloaddition
Junpei Yamamoto, Shohei Ebisuda, Shigenori Iwai
The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2016年9月27日
Molecular mechanism of the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase
Junpei Yamamoto, Kohei Shimizu, Klaus Brettel, Shigenori Iwai
日本化学会第96春季年会 2016年3月24日
Human ERCC1-XPF endonuclease removes chain-terminating nucleoside analogs in DNA
Junpei Yamamoto, Chiaki Takahata, Isao Kuraoka, Kouji Hirota, Shigenori Iwai
BMB2015 2015年12月1日
Removal of chain-terminating nucleoside analogues in DNA by human ERCC1-XPF endonuclease
Junpei Yamamoto, Chiaki Takahata, Isao Kuraoka, Kouji Hirota, Shigenori Iwai
The 42nd International Symposium on Nucleic Acid Chemistry 2015年9月26日
(6-4)光回復酵素の拡張された電子移動経路
Junpei Yamamoto, Pavel Muller, Kohei Shimizu, Klaus Brettel, Shigenori Iwai
第53回日本生物物理学会年会 2015年9月13日
Synthesis of oligonucleotides containing chain-terminating antiviral drugs and their use in biochemical analyses
Junpei Yamamoto, Shigenori Iwai
The 41th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2014年11月6日
Molecular mechanism of the two photon DNA repair by the (6-4) photolyas
Junpei Yamamoto, Kohei Shimizu, Tomoko Fujiwara, Takeshi Todo, Pascal Plaza, Klaus Brettel, Shigenori Iwai
第52回日本生物物理学会年会 2014年9月25日
抗ウイルス剤を末端に有するオリゴヌクレオチドの合成とそれを用いた生化学解析
山元淳平, 岩井成憲
第8回バイオ関連化学シンポジウム 2014年9月11日
紫外線損傷DNAの化学合成及びその修復反応・変異機構解析
山元淳平
変異機構研究会第27回夏の学校 2014年6月21日
Biochemical and thermodynamic properties of a cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer
Junpei Yamamoto, Tomoko Oyama, Tomohiro Kunishi, Shigenori Iwai
The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2013年11月13日
A two photon DNA repair mechanism of the (6-4) photolyase
Junpei Yamamoto, Ryan Martin, Shigenori Iwai, Pascal Plaza, Klaus Brettel
第51回日本生物物理学会年会 2013年10月28日
シトシン塩基由来シクロブタン型紫外線損傷DNAの安定アナログの合成とその性質
山元淳平, 小山智子, 國司知宏, 岩井成憲
日本化学会第93春季年会 2013年3月24日
紫外線損傷DNAにおける光回復酵素系の役割
山元淳平
太陽紫外線防御研究委員会第23回シンポジウム 2013年3月15日
Recognition and repair of the (6-4) photoproduct by DNA photolyase
Junpei Yamamoto, Ryan Martin, Shigenori Iwai, Pascal Plaza, Klaus Brettel
The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2012年11月15日
(6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構
山元淳平, Ryan Martin, 岩井成憲, Pascal Plaza, Klaus Brettel
第6回バイオ関連化学シンポジウム 2012年9月6日
(6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構
山元淳平, Ryan Martin, 岩井成憲, Pascal Plaza, Klaus Brettel
第17回光生物学協会年会 2012年8月18日
化学合成基質アナログの構造活性相関解析による(6-4)光回復酵素の基質認識・修復反応機構解析
山元淳平, 藤堂剛, 岩井成憲
第16回光生物学協会年会 2010年8月10日
DNA化学合成のためのシクロブタン型紫外線損傷の立体選択的形成
山元淳平, 西口浩佑, 岩井成憲
日本化学会第90春季年会 2010年3月28日
Recognition and reaction mechanism of the (6-4) photolyase as determined by using a (6-4) photoproduct analog
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Ryosuke Hayashi, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai
The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2009年9月28日
Translesion synthesis across the (6-4) photoproduct and its Dewar valence isomer by the Y-family and engineered DNA polymerases
Junpei Yamamoto, David Roakes, Chikahide Masutani, Shizu Simmyo, Kumiko Urabe, Fumio Hanaoka, Philipp Holliger, Shigenori Iwai
Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids and the 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2008年9月9日
Spectroscopic studies on a novel intramolecular hydrogen bond within the (6-4) photoproduct
Junpei Yamamoto, Yoshiyuki Tanaka, Kenichi Hitomi, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai
The 5th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2007年11月20日
A novel photodamage recognition mechanisms for eukaryotic CPD photolyase
Junpei Yamamoto, Kenichi Hitomi, Andrew S. Arvai, John A. Tainer, Kazuo Yamamoto, Mika Teranishi, Jun Hidema, Tadashi Kumagai, Tomoko Ishikawa, Takeshi Todo, Elizabeth D. Getzoff, Shigenori Iwai
The 4th International 3R (DNA Replication, Recombination, and Repair) Symposium 2005年11月16日
ぶらっとラボ「光で治せ、紫外線由来の病気」
2020年10月26日
Profiling of i-motif-binding proteins reveals functional roles of nucleolin in regulation of high-order DNA structures
Ban Yuki, Ando Yuka, Terai Yuma, Matsumura Risa, Nakane Keita, Iwai Shigenori, Sato Shinichi, Yamamoto Junpei
Nucleic Acids Research Vol. 52 No. 22 p. 13530-13543 2024年11月19日
A deazariboflavin chromophore kinetically stabilizes reduced FAD state in a bifunctional cryptochrome
Hosokawa Yuhei, Morita Hiroyoshi, Nakamura Mai, Yamamoto Junpei
Scientific Reports Vol. 13 No. 1 2023年10月4日
紫外線損傷DNAの合成とそれを用いた光回復酵素によるDNA修復に関する研究
山元 淳平
