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山元　淳平

Yamamoto Jumpei

基礎工学研究科　物質創成専攻，准教授

keyword 分子進化，光生物，核酸化学，光回復酵素，DNA損傷，DNA修復

学歴

  • 2005年04月 ～ 2009年09月，大阪大学，大学院基礎工学研究科，物質創成専攻機能物質化学領域
  • 2001年04月 ～ 2005年03月，大阪大学，基礎工学部，化学応用科学科

経歴

  • 2021年04月 ～ 継続中，JST創発的研究支援事業，研究者
  • 2019年07月 ～ 継続中，大阪大学大学院基礎工学研究科，准教授
  • 2017年04月 ～ 2019年06月，大阪大学，大学院基礎工学研究科，講師
  • 2009年10月 ～ 2017年03月，大阪大学，大学院基礎工学研究科，助教
  • 2014年09月 ～ 2014年11月，原子力代替エネルギー庁サクレー，客員研究員
  • 2011年03月 ～ 2012年02月，パリ高等師範学校，客員研究員
  • 2008年04月 ～ 2009年09月，独立行政法人日本学術振興会，特別研究員（DC2)

研究内容・専門分野

  • ライフサイエンス，機能生物化学
  • ナノテク・材料，生体化学
  • ライフサイエンス，生物物理学，光生物

所属学会

  • 日本核酸化学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本分子生物学会
  • 日本化学会

論文

  • Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution，Manuel Maestre-Reyna,Po-Hsun Wang,Eriko Nango,Yuhei Hosokawa,Martin Saf,Antonia Furrer,Cheng-Han Yang,Eka Putra,Gusti Ngurah Putu,Wen-Jin Wu,Hans-Joachim Emmerich,Nicolas Caramello,Sophie Franz-Badur,Chao Yang,Sylvain Engilberge,Maximilian Wranik,Hannah Louise Glover,Tobias Weiner,Hsiang-Yi Wu,Cheng-Chung Lee,Wei-Cheng Huang,Kai-Fa Huang,Yao-Kai Chang,Jiahn-Haur Liao,Jui-Hung Weng,Wael Gad,Chiung-Wen Chang,Allan H. Pang,Kai-Chun Yang,Wei-Ting Lin,Yu-Chen Chang,Dardan Gashi,Emma Beale,Dmitry Ozerov,Karol Nass,Gregor Knopp,Philip J. M. Johnson,Claudio Cirelli,Chris Milne,Camila Bacellar,Michihiro Sugahara,Shigeki Owada,Yasumasa Joti,Ayumi Yamashita,Rie Tanaka,Tomoyuki Tanaka,Fangjia Luo,Kensuke Tono,Wiktoria Zarzycka,Pavel Müller,Maisa Alkheder Alahmad,Filipp Bezold,Valerie Fuchs,Petra Gnau,Stephan Kiontke,Lukas Korf,Viktoria Reithofer,Christian Joshua Rosner,Elisa Marie Seiler,Mohamed Watad,Laura Werel,Roberta Spadaccini,Junpei Yamamoto,So Iwata,Dongping Zhong,Joerg Standfuss,Antoine Royan,Yoshitaka Bessho,Lars-Oliver Essen,Ming-Daw Tsai，Science，Vol. 382，2023年12月，研究論文（学術雑誌）
  • A deazariboflavin chromophore kinetically stabilizes reduced FAD state in a bifunctional cryptochrome，Yuhei Hosokawa,Hiroyoshi Morita,Mai Nakamura,Junpei Yamamoto，Scientific Reports，Vol. 13，2023年10月，研究論文（学術雑誌）
  • Repair of topoisomerase 1-induced DNA damage by tyrosyl-DNA phosphodiesterase 2 (TDP2) is dependent on its magnesium binding，Naoto Shimizu,Yusaku Hamada,Ryosuke Morozumi,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Kei-ichi Sugiyama,Hiroshi Ide,Masataka Tsuda，Journal of Biological Chemistry，p. 104988-104988，2023年06月，研究論文（学術雑誌）
  • Serial crystallography captures dynamic control of sequential electron and proton transfer events in a flavoenzyme，Manuel Maestre-Reyna,Cheng-Han Yang,Eriko Nango,Wei-Cheng Huang,Eka Putra Gusti Ngurah Putu,Wen-Jin Wu,Po-Hsun Wang,Sophie Franz-Badur,Martin Saft,Hans-Joachim Emmerich,Hsiang-Yi Wu,Cheng-Chung Lee,Kai-Fa Huang,Yao-Kai Chang,Jiahn-Haur Liao,Jui-Hung Weng,Wael Gad,Chiung-Wen Chang,Allan H. Pang,Michihiro Sugahara,Shigeki Owada,Yuhei Hosokawa,Yasumasa Joti,Ayumi Yamashita,Rie Tanaka,Tomoyuki Tanaka,Luo Fangjia,Kensuke Tono,Kai-Cheng Hsu,Stephan Kiontke,Igor Schapiro,Roberta Spadacini,Antoine Royant,Junpei Yamamoto,So Iwata,Lars-Oliver Essen,Yoshitaka Bessho,Ming-Daw Tsai，Nature Chemistry，Vol. 14，p. 677-685，2022年04月，研究論文（学術雑誌）
  • Limited solvation of an electron donating tryptophan stabilizes a photoinduced charge-separated state in plant (6-4) photolyase，Yuhei Hosokawa,Pavel Müller,Hirotaka Kitoh-Nishioka,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto，Scientific Reports，Vol. 12，2022年03月，研究論文（学術雑誌）
  • Kinetics of electron returns in successive two-photon DNA repair by (6-4) photolyase，Klaus Brettel,Pavel Müller,Junpei Yamamoto，ACS Catalysis，Vol. 12，p. 3041-3045，2022年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Structural changes during the photorepair and binding processes of Xenopus (6–4) photolyase with (6–4) photoproducts in single- and double-stranded DNA，Daichi Yamada,Junpei Yamamoto,Elizabeth D. Getzoff,Tatsuya Iwata,Hideki Kandori，Biochemistry，Vol. 60，No. 43，p. 3253-3261，2021年10月，研究論文（学術雑誌）
  • Key interactions with deazariboflavin cofactor for light-driven energy transfer in Xenopus (6–4) photolyase，Ayaka Morimoto,Yuhei Hosokawa,Hiromu Miyamoto,Rajiv Kumar Verma,Shigenori Iwai,Ryuma Sato,Junpei Yamamoto，Photochemical & Photobiological Sciences，Vol. 20，No. 7，p. 875-887，2021年06月，研究論文（学術雑誌）
  • Theoretical insights into the DNA repair function of Arabidopsis thaliana cryptochrome-DASH，Ryuma Sato,Yoshiharu Mori,Risa Matsui,Noriaki Okimoto,Junpei Yamamoto,Makoto Taiji，Biophysics and Physicobiology，Vol. 17，No. 0，p. 113-124，2020年09月，研究論文（学術雑誌）
  • Enhanced DNA repair by DNA photolyase bearing an artificial light-harvesting chromophore，Yuma Terai,Ryuma Sato,Risa Matsumura,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto，Nucleic Acids Research，Vol. 48，No. 18，p. 10076-10086，2020年09月，研究論文（学術雑誌）
  • Mutational analysis of Thermococcus kodakarensis endonuclease III reveals the roles of evolutionarily conserved residues，Miyako Shiraishi,Kento Mizutani,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai，DNA Repair，Vol. 90，2020年06月，研究論文（学術雑誌）
  • Plant organellar DNA polymerases bypass Thymine Glycol using two conserved lysine residues，Noe Baruch-Torres,Junpei Yamamoto,Victor Juárez-Quintero,Shigenori Iwai,Luis G Brieba，Biochemical Journal，Vol. 477，No. 5，p. 1049-1059，2020年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Inhibiting guanine oxidation and enhancing excess-electron-transfer efficiency of a pyrene-modified oligonucleotide by introducing an electron-donating group on pyrene，Takumi Okuda,Yusuke Kawashima,Yuuya Kasahara,Tatsuya Takagi,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Satoshi Obika，Chemical Communications，Vol. 55，No. 93，p. 14062-14065，2019年10月，研究論文（学術雑誌）
  • Implications of a water molecule for photoactivation of plant (6-4) photolyase，Yuhei Hosokawa,Ryuma Sato,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto，Journal of Physical Chemistry B，Vol. 123，No. 24，p. 5059-5068，2019年06月，研究論文（学術雑誌）
  • DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting，Syota Matsumoto,Simone Cavadini,Richard D. Bunker,Ralph S. Grand,Alessandro Potenza,Julius Rabl,Junpei Yamamoto,Andreas D. Schenk,Dirk Schubeler,Shigenori Iwai,Kaoru Sugasawa,Hitoshi Kurumizaka,Nicolas H. Thoma，Nature，Vol. 571，p. 79-84，2019年06月，研究論文（学術雑誌）
  • Acetaldehyde forms covalent GG intrastrand crosslinks in DNA，Yuina Sonohara,Junpei Yamamoto,Kosuke Tohashi,Reine Takatsuka,Tomonari Matsuda,Shigenori Iwai,Isao Kuraoka，Scientific Reports，Vol. 9，No. 1，p. 660-660，2019年01月，研究論文（学術雑誌）
  • Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA，Manuel Maestre-Reyna,Junpei Yamamoto,Wei-Cheng Huang,Ming-Daw Tsai,Lars-Oliver Essen,Yoshitaka Bessho，IUCrJ，Vol. 5，No. 5，p. 608-618，2018年09月，研究論文（学術雑誌）
  • Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii，Sophie Franz,Elisabeth Ignatz,Sandra Wenzel,Hannah Zielosko,Eka Putra,Gusti Ngurah Putu,Manuel Maestre-Reyna,Ming-Daw Tsai,Junpei Yamamoto,Maria Mittag,Lars-Oliver Essen，Nucleic Acids Research，Vol. 46，No. 15，p. 8010-8022，2018年09月，研究論文（学術雑誌）
  • Fluorescence detection of DNA mismatch repair in human cells，Shunsuke Ito,Miyako Shiraishi,Kazuki Tsuchihashi,Reine Takatsuka,Junpei Yamamoto,Isao Kuraoka,Shigenori Iwai，Scientific Reports，Vol. 8，2018年08月，研究論文（学術雑誌）
  • Coulomb and CH–π interactions in (6–4) photolyase–DNA complex dominate DNA binding and repair abilities，Yuma Terai,Ryuma Sato,Takahiro Yumiba,Ryuhei Harada,Kohei Shimizu,Tatsuya Toga,Tomoko Ishikawa-Fujiwara,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Yasuteru Shigeta,Junpei Yamamoto，Nucleic Acids Research，Vol. 46，No. 13，p. 6761-6772，2018年07月，研究論文（学術雑誌）
  • Loss of Fourth Electron-Transferring Tryptophan in Animal (6-4) Photolyase Impairs DNA Repair Activity in Bacterial Cells，Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Takahiro Kanda,Yuhei Hosokawa,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Pavel Mueller，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 56，No. 40，p. 5356-5364，2017年10月，研究論文（学術雑誌）
  • Ultrafast flavin photoreduction in an oxidized animal (6-4) photolyase through an unconventional tryptophan tetrad，Ryan Martin,Fabien Lacombat,Agathe Espagne,Nadia Dozova,Pascal Plaza,Junpei Yamamoto,Pavel Mueller,Klaus Brettel,Aurelien de la Lande，PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 19，No. 36，p. 24493-24504，2017年09月，研究論文（学術雑誌）
  • The dominant role of proofreading exonuclease activity of replicative polymerase ε in cellular tolerance to cytarabine (Ara-C)，Masataka Tsuda,Kazuhiro Terada,Masato Ooka,Koji Kobayashi,Hiroyuki Sasanuma,Ryo Fujisawa,Toshiki Tsurimoto,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Kei Kadoda,Remi Akagawa,Shar-Yin Naomi Huang,Yves Pommier,Julian E. Sale,Shunichi Takeda,Kouji Hirota，Oncotarget，Vol. 8，No. 20，p. 33457-33474，2017年05月，研究論文（学術雑誌）
  • Post-synthetic modification of 3’ terminus of RNA with propargylamine: a versatile scaffold for RNA labeling through copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition，Junpei Yamamoto,Shohei Ebisuda,Lingqi Kong,Haruka Yamago,Shigenori Iwai，Chemistry Letters，Vol. 46，No. 5，p. 767-770，2017年05月，研究論文（学術雑誌）
  • Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation，Daichi Yamada,Hisham M. Dokainish,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Tomoko Ishikawa,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Akio Kitao,Hideki Kandori，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 55，No. 30，p. 4173-4183，2016年08月，研究論文（学術雑誌）
  • Chemical incorporation of chain-terminating nucleoside analogs as 3’-blocking DNA damage and their removal by human ERCC1-XPF endonuclease，Junpei Yamamoto,Chiaki Takahara,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai，Molecules，Vol. 21，No. 6，2016年06月，研究論文（学術雑誌）
  • Structural Changes of the Active Center during the Photoactivation of Xenopus (6-4) Photolyase，Daichi Yamada,Junpei Yamamoto,Yu Zhang,Tatsuya Iwata,Kenichi Hitomi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai,Hideki Kandori，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 55，No. 4，p. 715-723，2016年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Repriming by PrimPol is critical for DNA replication restart downstream of lesions and chain-terminating nucleosides，Kaori Kobayashi,Thomas A. Guilliam,Masataka Tsuda,Junpei Yamamoto,Laura J. Bailey,Shigenori Iwai,Shunichi Takeda,Aidan J. Doherty,Kouji Hirota，CELL CYCLE，TAYLOR & FRANCIS INC，Vol. 15，No. 15，p. 1997-2008，2016年，研究論文（学術雑誌）
  • Structural role of two histidines in the (6-4) photolyase reaction，Daichi Yamada,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Hideki Kandori，Biophysics and Physicobiology，Vol. 12，p. 139-144，2015年12月，研究論文（学術雑誌）
  • Structural basis of pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct recognition by UV-DDB in the nucleosome.，Akihisa Osakabe,Hiroaki Tachiwana,Wataru Kagawa,Naoki Horikoshi,Syota Matsumoto,Mayu Hasegawa,Naoyuki Matsumoto,Tatsuya Toga,Junpei Yamamoto,Fumio Hanaoka,Nicolas H Thomä,Kaoru Sugasawa,Shigenori Iwai,Hitoshi Kurumizaka，Scientific reports，Vol. 5，p. 16330-16330，2015年11月17日，研究論文（学術雑誌）
  • Abacavir, an anti-HIV-1 drug, targets TDP1-deficient adult T cell leukemia，Kohei Tada,Masayuki Kobayashi,Yoko Takiuchi,Fumie Iwai,Takashi Sakamoto,Kayoko Nagata,Masanobu Shinohara,Katsuhiro Io,Kotaro Shirakawa,Masakatsu Hishizawa,Keisuke Shindo,Norimitsu Kadowaki,Kouji Hirota,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Hiroyuki Sasanuma,Shunichi Takeda,Akifumi Takaori-Kondo，SCIENCE ADVANCES，AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE，Vol. 1，No. 3，2015年04月，研究論文（学術雑誌）
  • Analysis of Structural Flexibility of Damaged DNA Using Thiol-Tethered Oligonucleotide Duplexes，Masashi Fujita,Shun Watanabe,Mariko Yoshizawa,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai，PLOS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 10，No. 2，2015年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Ftir study of CPD photolyase with substrate in single strand DNA，I. M. Mahaputra Wijaya,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Hideki Kandori，Biophysics (Japan)，Biophysical Society of Japan，Vol. 11，p. 39-45，2015年，研究論文（学術雑誌）
  • Analysis of ATP and AMP binding to a DNA aptamer and its imidazole-tethered derivatives by surface plasmon resonance，Jing Zhao,Satoshi Katsube,Junpei Yamamoto,Kazuhiko Yamasaki,Makoto Miyagishi,Shigenori Iwai，ANALYST，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 140，No. 17，p. 5881-5884，2015年，研究論文（学術雑誌）
  • Discovery and functional analysis of a 4th electron-transferring tryptophan conserved exclusively in animal cryptochromes and (6-4) photolyases，Pavel Mueller,Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Klaus Brettel，CHEMICAL COMMUNICATIONS，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 51，No. 85，p. 15502-15505，2015年，研究論文（学術雑誌）
  • Flavin Adenine Dinucleotide Chromophore Charge Controls the Conformation of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase alpha-Helices，I. M. Mahaputra Wijaya,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,John T. M. Kennis,Tilo Mathes,Hideki Kandori，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 53，No. 37，p. 5864-5875，2014年09月，研究論文（学術雑誌）
  • A cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer is resistant to hydrolysis but strongly blocks DNA synthesis.，Junpei Yamamoto,Tomoko Oyama,Tomohiro Kunishi,Chikahide Masutani,Fumio Hanaoka,Shigenori Iwai，Nucleic acids research，Vol. 42，No. 3，p. 2075-84，2014年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Deformable nature of various damaged DNA duplexes estimated by an electrochemical analysis on electrodes，J. Chiba,S. Aoki,J. Yamamoto,S. Iwai,M. Inouye，CHEMICAL COMMUNICATIONS，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 50，No. 76，p. 11126-11128，2014年，研究論文（学術雑誌）
  • Repair of the (6-4) Photoproduct by DNA Photolyase Requires Two Photons，Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Klaus Brettel，ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION，WILEY-V C H VERLAG GMBH，Vol. 52，No. 29，p. 7432-7436，2013年07月，研究論文（学術雑誌）
  • Detection of Distinct alpha-Helical Rearrangements of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase upon Substrate Binding by Fourier Transform Infrared Spectroscopy，I. M. Mahaputra Wijaya,Yu Zhang,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Hideki Kandori，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 52，No. 6，p. 1019-1027，2013年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Strand breakage of a (6-4) photoproduct-containing DNA at neutral pH and its repair by the ERCC1-XPF protein complex，Norihito Arichi,Junpei Yamamoto,Chiaki Takahata,Emi Sano,Yuji Masuda,Isao Kuraoka,Shigenori Iwai，ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 11，No. 21，p. 3526-3534，2013年，研究論文（学術雑誌）
  • Effects of 5 ',8-Cyclodeoxyadenosine Triphosphates on DNA Synthesis，Naoto Kamakura,Junpei Yamamoto,Philip J. Brooks,Shigenori Iwai,Isao Kuraoka，CHEMICAL RESEARCH IN TOXICOLOGY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 25，No. 12，p. 2718-2724，2012年12月，研究論文（学術雑誌）
  • Eukaryotic Class II Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Structure Reveals Basis for Improved Ultraviolet Tolerance in Plants，Kenichi Hitomi,Andrew S. Arvai,Junpei Yamamoto,Chiharu Hitomi,Mika Teranishi,Tokuhisa Hirouchi,Kazuo Yamamoto,Shigenori Iwai,John A. Tainer,Jun Hidema,Elizabeth D. Getzoff，JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 287，No. 15，p. 12060-12069，2012年04月，研究論文（学術雑誌）
  • Mechanism of the alkali degradation of (6-4) photoproduct-containing DNA，Norihito Arichi,Aki Inase,Sachise Eto,Toshimi Mizukoshi,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai，ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 10，No. 11，p. 2318-2325，2012年，研究論文（学術雑誌）
  • Substrate Assignment of the (6-4) Photolyase Reaction by FTIR Spectroscopy，Yu Zhang,Junpei Yamamoto,Daichi Yamada,Tatsuya Iwata,Kenichi Hitomi,Takeshi Todo,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai,Hideki Kandorit，JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 2，No. 21，p. 2774-2777，2011年11月，研究論文（学術雑誌）
  • FTIR Study of Light-Dependent Activation and DNA Repair Processes of (6-4) Photolyase，Yu Zhang,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Shigenori Iwai,Takeshi Todo,Elizabeth D. Getzoff,Hideki Kandori，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 50，No. 18，p. 3591-3598，2011年05月，研究論文（学術雑誌）
  • Light-Induced Conformational Change and Product Release in DNA Repair by (6-4) Photolyase，Masato Kondoh,Kenichi Hitomi,Junpei Yamamoto,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Masahide Terazima，JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 133，No. 7，p. 2183-2191，2011年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Photosensitized [2 + 2] cycloaddition of N-acetylated cytosine affords stereoselective formation of cyclobutane pyrimidine dimer.，Junpei Yamamoto,Kosuke Nishiguchi,Koichiro Manabe,Chikahide Masutani,Fumio Hanaoka,Shigenori Iwai，Nucleic acids research，Vol. 39，No. 3，p. 1165-75，2011年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Human replicative DNA polymerase delta can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strands，Takeo Narita,Toshiki Tsurimoto,Junpei Yamamoto,Kana Nishihara,Kaori Ogawa,Eiji Ohashi,Terry Evans,Shigenori Iwai,Shunichi Takeda,Kouji Hirota，GENES TO CELLS，WILEY-BLACKWELL，Vol. 15，No. 12，p. 1228-1239，2010年12月，研究論文（学術雑誌）
  • Role of the carbonyl group of the (6-4) photoproduct in the (6-4) photolyase reaction，Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Ryosuke Hayashi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai，BIOCHEMISTRY，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 48，No. 39，p. 9306-9312，2009年10月，研究論文（学術雑誌）
  • Functional motifs in the (6-4) photolyase crystal structure make a comparative framework for DNA repair photolyases and clock cryptochromes，Kenichi Hitomi,Luciano DiTacchio,Andrew S. Arvai,Junpei Yamamoto,Sang-Tae Kim,Takeshi Todo,John A. Tainer,Shigenori Iwai,Satchidananda Panda,Elizabeth D. Getzoff，PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA，NATL ACAD SCIENCES，Vol. 106，No. 17，p. 6962-6967，2009年04月，研究論文（学術雑誌）
  • Efficient conversion of thymine glycol into the formamide lesion in oligonucleotides，Tatsuya Toga,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai，TETRAHEDRON LETTERS，PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD，Vol. 50，No. 6，p. 723-726，2009年02月，研究論文（学術雑誌）
  • Spectroscopic analysis of the pyrimidine(6-4)pyrimidone photoproduct: insights into the (6-4) photolyase reaction，Junpei Yamamoto,Yoshiyuki Tanaka,Shigenori Iwai，ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 7，No. 1，p. 161-166，2009年，研究論文（学術雑誌）
  • Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing the Dewar valence isomer of the (6-4) photoproduct and their use in (6-4) photolyase studies，Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Takeshi Todo,Shigenori Iwai，NUCLEIC ACIDS RESEARCH，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 34，No. 16，p. 4406-4415，2006年09月，研究論文（学術雑誌）

MISC

  • SACLAで捉えたフラビンタンパク質中の逐次的電子・プロトン移動の動的制御，山元淳平,Manuel Maestre-Reyna,Lars-Oliver Essen,Ming-Daw Tsai,別所義隆，SPring-8/SACLA利用者情報，Vol. 28，No. 2，p. 113-118，2023年05月，記事・総説・解説・論説等（大学・研究所紀要）
  • DASH型クリプトクロムのDNA修復機能発現に関する理論的考察，佐藤竜馬,森義治,松井理紗,沖本憲明,山元淳平,泰地真弘人，生物物理(Web)，Vol. 62，No. 2，2022年
  • (6–4)光回復酵素によるDNA認識および修復機構，山元淳平，日本核酸化学会誌，Vol. 2，p. 21-25，2018年11月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
  • Repair of (6-4) Lesions in DNA by (6-4) Photolyase: 20 Years of Quest for the Photoreaction Mechanism，Junpei Yamamoto,Pascal Plaza,Klaus Brettel，PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY，WILEY，Vol. 93，No. 1，p. 51-66，2017年01月，書評論文,書評,文献紹介等
  • (6-4)光回復酵素によるDNA修復の新規反応機能の提唱，山元淳平，放射線生物研究，Vol. 50，No. 2，p. 174-184，2015年05月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
  • (6-4)光回復酵素による 2光子DNA修復の分子メカニズム，山元淳平，生物物理，Vol. 55，No. 3，p. 157-158，2015年05月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

受賞

  • 第10回若手奨励賞，山元淳平，日本生物物理学会，2014年09月
  • Outstanding Oral Presentation Award，山元淳平，The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2012年11月
  • Best Poster Award （Nucleic Acids Research Award），山元淳平，The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2009年09月

講演・口頭発表等

  • 時分割シリアルフェムト秒X線結晶構造解析によるDNA光回復酵素の全修復過程の原子分解能観測，山元淳平,Manuel Maestre-Reyna,別所義隆,Lars-Oliver Essen,Ming-Daw Tsai，日本放射線影響学会第66回年次大会，2023年11月08日
  • 時分割X線結晶構造解析で捉えたDNA光回復酵素によるDNA修復過程，山元淳平,Manuel Maestre-Reyna,別所義隆,Lars-Oliver Essen,蔡明道，第23回日本光生物学協会年会，2023年08月30日
  • 二元機能性動物類縁型クリプトクロムの 光活性化過程の動的構造解析，山元淳平，令和5年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム，2023年05月10日
  • 放射光レーザーを用いた生体分子時分割構造解析のイマとミライ，山元淳平，創発の場 -フォトニクス討論会- in 徳島，2022年09月02日
  • (6-4)光回復酵素による逐次2光子DNA修復反応の時間領域の決定，山元淳平,Klaus Brettel,Pavel MÜLLER，第48回生体分子科学討論会，2022年07月01日
  • (6-4)光回復酵素によるDNA修復過程の捕捉に向けて，山元淳平，令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム，2021年11月01日
  • ゲノム恒常性維持における量子性:青色光受容タンパク質による逐次2光子DNA修復，山元淳平，量子生命科学会 第２回大会，2020年12月24日
  • 人工集光アンテナ分子修飾による光回復酵素のDNA修復能の向上，寺井悠馬,川上由夏,佐藤竜馬,岩井成憲,山元淳平，第14回バイオ関連化学シンポジウム，2020年09月07日
  • 集光クマリン色素を有するDNA光回復酵素による高効率光駆動DNA修復，Yuma Terai,Ryuma Sato,Risa Matsumura,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto，第57回日本生物物理学会年会，2019年09月24日
  • Facile post-synthetic functionalization of 3' terminus of DNA with alkyne and thiol，Junpei Yamamoto,Tatsuya Yajima,Shigenori Iwai，Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry 2019，2019年07月23日
  • (6-4)光回復酵素のDNA分子認識・修復機構，山元淳平，日本放射線影響学会 第６１回大会，2018年11月08日
  • DNA binding and light-dependent DNA repair abilities of photolyases，山元淳平，第56回日本生物物理学会年会，2018年09月17日
  • DNA-光回復酵素間の静電相互作用とCH–π相互作用が DNA結合能と修復能を支配する，寺井悠馬,佐藤竜馬,弓場貴広,原田隆平,岩井成憲,重田育照,山元淳平，第12回バイオ関連化学シンポジウム，2018年09月09日
  • Post synthetic modification of 3'-terminus of DNA for universal labeling，Junpei Yamamoto,Tatsuya Yajima,Shigenori Iwai，The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2017年11月14日
  • An arginine side chain in the (6-4) photolyase governs formation of a robust repair-active complex with UV-damaged DNA，Junpei Yamamoto,Yuma Terai,Ryuma Sato,Ryuhei Harada,Yasuteru Shigeta,Shigenori Iwai，第55回日本生物物理学会年会，2017年09月19日
  • Monitoring of the back electron transfer in the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase，Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Shigenori Iwai,Klaus Brettel，第54回日本生物物理学会年会，2016年11月26日
  • Post-synthetic conjugation of propargylamine at the 3' terminus of RNA: a versatile scaffold for RNA modification by copper-catalyzed alkyne-azide cycloaddition，Junpei Yamamoto,Shohei Ebisuda,Shigenori Iwai，The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2016年09月27日
  • Molecular mechanism of the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase，Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Klaus Brettel,Shigenori Iwai，日本化学会第96春季年会，2016年03月24日
  • Human ERCC1-XPF endonuclease removes chain-terminating nucleoside analogs in DNA，Junpei Yamamoto,Chiaki Takahata,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai，BMB2015，2015年12月01日
  • Removal of chain-terminating nucleoside analogues in DNA by human ERCC1-XPF endonuclease，Junpei Yamamoto,Chiaki Takahata,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai，The 42nd International Symposium on Nucleic Acid Chemistry，2015年09月26日
  • (6-4)光回復酵素の拡張された電子移動経路，Junpei Yamamoto,Pavel Muller,Kohei Shimizu,Klaus Brettel,Shigenori Iwai，第53回日本生物物理学会年会，2015年09月13日
  • Synthesis of oligonucleotides containing chain-terminating antiviral drugs and their use in biochemical analyses，Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai，The 41th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2014年11月06日
  • Molecular mechanism of the two photon DNA repair by the (6-4) photolyas，Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Tomoko Fujiwara,Takeshi Todo,Pascal Plaza,Klaus Brettel,Shigenori Iwai，第52回日本生物物理学会年会，2014年09月25日
  • 抗ウイルス剤を末端に有するオリゴヌクレオチドの合成とそれを用いた生化学解析，山元淳平,岩井成憲，第8回バイオ関連化学シンポジウム，2014年09月11日
  • 紫外線損傷DNAの化学合成及びその修復反応・変異機構解析，山元淳平，変異機構研究会第27回夏の学校，2014年06月21日
  • Biochemical and thermodynamic properties of a cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer，Junpei Yamamoto,Tomoko Oyama,Tomohiro Kunishi,Shigenori Iwai，The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2013年11月13日
  • A two photon DNA repair mechanism of the (6-4) photolyase，Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Klaus Brettel，第51回日本生物物理学会年会，2013年10月28日
  • シトシン塩基由来シクロブタン型紫外線損傷DNAの安定アナログの合成とその性質，山元淳平,小山智子,國司知宏,岩井成憲，日本化学会第93春季年会，2013年03月24日
  • 紫外線損傷DNAにおける光回復酵素系の役割，山元淳平，太陽紫外線防御研究委員会第23回シンポジウム，2013年03月15日
  • Recognition and repair of the (6-4) photoproduct by DNA photolyase，Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Klaus Brettel，The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2012年11月15日
  • (6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構，山元淳平,Ryan Martin,岩井成憲,Pascal Plaza,Klaus Brettel，第6回バイオ関連化学シンポジウム，2012年09月06日
  • (6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構，山元淳平,Ryan Martin,岩井成憲,Pascal Plaza,Klaus Brettel，第17回光生物学協会年会，2012年08月18日
  • 化学合成基質アナログの構造活性相関解析による(6-4)光回復酵素の基質認識・修復反応機構解析，山元淳平,藤堂剛,岩井成憲，第16回光生物学協会年会，2010年08月10日
  • DNA化学合成のためのシクロブタン型紫外線損傷の立体選択的形成，山元淳平,西口浩佑,岩井成憲，日本化学会第90春季年会，2010年03月28日
  • Recognition and reaction mechanism of the (6-4) photolyase as determined by using a (6-4) photoproduct analog，Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Ryosuke Hayashi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai，The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2009年09月28日
  • Translesion synthesis across the (6-4) photoproduct and its Dewar valence isomer by the Y-family and engineered DNA polymerases，Junpei Yamamoto,David Roakes,Chikahide Masutani,Shizu Simmyo,Kumiko Urabe,Fumio Hanaoka,Philipp Holliger,Shigenori Iwai，Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids and the 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2008年09月09日
  • Spectroscopic studies on a novel intramolecular hydrogen bond within the (6-4) photoproduct，Junpei Yamamoto,Yoshiyuki Tanaka,Kenichi Hitomi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai，The 5th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry，2007年11月20日
  • A novel photodamage recognition mechanisms for eukaryotic CPD photolyase，Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Andrew S. Arvai,John A. Tainer,Kazuo Yamamoto,Mika Teranishi,Jun Hidema,Tadashi Kumagai,Tomoko Ishikawa,Takeshi Todo,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai，The 4th International 3R (DNA Replication, Recombination, and Repair) Symposium，2005年11月16日

報道

  • ぶらっとラボ「光で治せ、紫外線由来の病気」，2020年10月26日

社会貢献

  • 構造生物学のフロンティアーDNA修復反応の直接検出に向けてー，大阪大学基礎工学部，第43回公開講座，2022年08月03日 ～ 2022年08月05日
  • 大阪府立天王寺高等学校SSH研究指導，2012年10月 ～ 2013年03月
  • 化学スーパーレッスン，大阪府立天王寺高等学校，2013年02月06日 ～ 2013年02月06日
  • サイエンスカフェ＠待兼山，2009年10月31日 ～ 2009年10月31日
  • 構造生物学のフロンティア，大阪大学SEEDSプログラム，2022年体感科学技術，2022年08月06日 ～
  • SSセミナー「化学の言葉で紡ぐ生命現象への誘い」，高槻高校，2020年10月02日 ～

委員歴

  • 学協会，日本化学会近畿支部，幹事，2018年03月 ～ 2020年02月