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山元 淳平

Yamamoto Jumpei

基礎工学研究科 物質創成専攻,准教授

keyword 分子進化,光生物,核酸化学,光回復酵素,DNA損傷,DNA修復

学歴

  • 2005年04月 ~ 2009年09月,大阪大学,大学院基礎工学研究科,物質創成専攻機能物質化学領域
  • 2001年04月 ~ 2005年03月,大阪大学,基礎工学部,化学応用科学科

経歴

  • 2019年07月 ~ 継続中,大阪大学大学院基礎工学研究科,准教授
  • 2017年04月 ~ 2019年06月,大阪大学,大学院基礎工学研究科,講師
  • 2009年10月 ~ 2017年03月,大阪大学,大学院基礎工学研究科,助教
  • 2014年09月 ~ 2014年11月,原子力代替エネルギー庁サクレー,客員研究員
  • 2011年03月 ~ 2012年02月,パリ高等師範学校,客員研究員
  • 2008年04月 ~ 2009年09月,独立行政法人日本学術振興会,特別研究員(DC2)

研究内容・専門分野

  • ライフサイエンス,機能生物化学
  • ナノテク・材料,生体化学
  • ライフサイエンス,生物物理学,光生物

所属学会

  • 日本核酸化学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本分子生物学会
  • 日本化学会

論文

  • Theoretical insights into the DNA repair function of Arabidopsis thaliana cryptochrome-DASH,Ryuma Sato,Yoshiharu Mori,Risa Matsui,Noriaki Okimoto,Junpei Yamamoto,Makoto Taiji,Biophysics and Physicobiology,Vol. 17,p. 113-124,2020年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Enhanced DNA repair by DNA photolyase bearing an artificial light-harvesting chromophore,Yuma Terai,Ryuma Sato,Risa Matsumura,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto,Nucleic Acids Research,Vol. 48,No. 18,p. 10076-10086,2020年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Mutational analysis of Thermococcus kodakarensis endonuclease III reveals the roles of evolutionarily conserved residues,Vol. 90,2020年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Plant organellar DNA polymerases bypass Thymine Glycol using two conserved lysine residues,Noe Baruch-Torres,Junpei Yamamoto,Victor Juárez-Quintero,Shigenori Iwai,Luis G Brieba,Biochemical Journal,Vol. 477,No. 5,p. 1049-1059,2020年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Inhibiting guanine oxidation and enhancing excess-electron-transfer efficiency of a pyrene-modified oligonucleotide by introducing an electron-donating group on pyrene,Takumi Okuda,Yusuke Kawashima,Yuuya Kasahara,Tatsuya Takagi,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Satoshi Obika,Chemical Communications,Vol. 55,p. 14062-14065,2019年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Implications of a water molecule for photoactivation of plant (6-4) photolyase,Yuhei Hosokawa,Ryuma Sato,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto,Journal of Physical Chemistry B,Vol. 123,No. 24,p. 5059-5068,2019年06月,研究論文(学術雑誌)
  • DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting,Syota Matsumoto,Simone Cavadini,Richard D. Bunker,Ralph S. Grand,Alessandro Potenza,Julius Rabl,Junpei Yamamoto,Andreas D. Schenk,Dirk Schubeler,Shigenori Iwai,Kaoru Sugasawa,Hitoshi Kurumizaka,Nicolas H. Thoma,Nature,Vol. 571,p. 79-84,2019年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Acetaldehyde forms covalent GG intrastrand crosslinks in DNA,Yuina Sonohara,Junpei Yamamoto,Kosuke Tohashi,Reine Takatsuka,Tomonari Matsuda,Shigenori Iwai,Isao Kuraoka,Scientific Reports,Vol. 9,2019年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Twist and turn: a revised structural view on the unpaired bubble of class II CPD photolyase in complex with damaged DNA,Manuel Maestre-Reyna,Junpei Yamamoto,Wei-Cheng Huang,Ming-Daw Tsai,Lars-Oliver Essen,Yoshitaka Bessho,IUCrJ,Vol. 5,No. 5,p. 608-618,2018年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii,Sophie Franz,Elisabeth Ignatz,Sandra Wenzel,Hannah Zielosko,Eka Putra,Gusti Ngurah Putu,Manuel Maestre-Reyna,Ming-Daw Tsai,Junpei Yamamoto,Maria Mittag,Lars-Oliver Essen,Nucleic Acids Research,Vol. 46,No. 15,p. 8010-8022,2018年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Fluorescence detection of DNA mismatch repair in human cells,Shunsuke Ito,Miyako Shiraishi,Kazuki Tsuchihashi,Reine Takatsuka,Junpei Yamamoto,Isao Kuraoka,Shigenori Iwai,Scientific Reports,Vol. 8,2018年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Coulomb and CH–π interactions in (6–4) photolyase–DNA complex dominate DNA binding and repair abilities,Yuma Terai,Ryuma Sato,Takahiro Yumiba,Ryuhei Harada,Kohei Shimizu,Tatsuya Toga,Tomoko Ishikawa-Fujiwara,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Yasuteru Shigeta,Junpei Yamamoto,Nucleic Acids Research,Vol. 46,No. 13,p. 6761-6772,2018年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Loss of Fourth Electron-Transferring Tryptophan in Animal (6-4) Photolyase Impairs DNA Repair Activity in Bacterial Cells,Vol. 56,No. 40,p. 5356-5364,2017年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Ultrafast flavin photoreduction in an oxidized animal (6-4) photolyase through an unconventional tryptophan tetrad,Vol. 19,No. 36,p. 24493-24504,2017年09月,研究論文(学術雑誌)
  • The dominant role of proofreading exonuclease activity of replicative polymerase ε in cellular tolerance to cytarabine (Ara-C),Masataka Tsuda,Kazuhiro Terada,Masato Ooka,Koji Kobayashi,Hiroyuki Sasanuma,Ryo Fujisawa,Toshiki Tsurimoto,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,Kei Kadoda,Remi Akagawa,Shar-Yin Naomi Huang,Yves Pommier,Julian E. Sale,Shunichi Takeda,Kouji Hirota,Oncotarget,Vol. 8,No. 20,p. 33457-33474,2017年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Post-synthetic modification of 3’ terminus of RNA with propargylamine: a versatile scaffold for RNA labeling through copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition,Junpei Yamamoto,Shohei Ebisuda,Lingqi Kong,Haruka Yamago,Shigenori Iwai,Chemistry Letters,Vol. 46,No. 5,p. 767-770,2017年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation,Vol. 55,No. 30,p. 4173-4183,2016年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Chemical incorporation of chain-terminating nucleoside analogs as 3’-blocking DNA damage and their removal by human ERCC1-XPF endonuclease,Junpei Yamamoto,Chiaki Takahara,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai,Molecules,Vol. 21,No. 6,2016年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Structural Changes of the Active Center during the Photoactivation of Xenopus (6-4) Photolyase,Vol. 55,No. 4,p. 715-723,2016年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Repriming by PrimPol is critical for DNA replication restart downstream of lesions and chain-terminating nucleosides,Vol. 15,No. 15,p. 1997-2008,2016年,研究論文(学術雑誌)
  • Structural role of two histidines in the (6-4) photolyase reaction,Daichi Yamada,Tatsuya Iwata,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Takeshi Todo,Shigenori Iwai,Elizabeth D. Getzoff,Hideki Kandori,Biophysics and Physicobiology,Vol. 12,p. 139-144,2015年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Structural basis of pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct recognition by UV-DDB in the nucleosome.,Vol. 5,p. 16330-16330,2015年11月17日,研究論文(学術雑誌)
  • Abacavir, an anti-HIV-1 drug, targets TDP1-deficient adult T cell leukemia,Vol. 1,No. 3,2015年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Analysis of Structural Flexibility of Damaged DNA Using Thiol-Tethered Oligonucleotide Duplexes,Vol. 10,No. 2,2015年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Ftir study of CPD photolyase with substrate in single strand DNA,Vol. 11,p. 39-45,2015年,研究論文(学術雑誌)
  • Analysis of ATP and AMP binding to a DNA aptamer and its imidazole-tethered derivatives by surface plasmon resonance,Vol. 140,No. 17,p. 5881-5884,2015年,研究論文(学術雑誌)
  • Discovery and functional analysis of a 4th electron-transferring tryptophan conserved exclusively in animal cryptochromes and (6-4) photolyases,Vol. 51,No. 85,p. 15502-15505,2015年,研究論文(学術雑誌)
  • FAD Chromophore Charge Controls the Conformation of CPD-Photolyase α-Helices,I M. M. Wijaya,T. Iwata,J. Yamamoto,K. Hitomi,S. Iwai,E. D. Getzoff,J. T,M. Kennis,T. Mathes,H. Kandori,Biochemistry,2014年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Flavin Adenine Dinucleotide Chromophore Charge Controls the Conformation of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase alpha-Helices,Vol. 53,No. 37,p. 5864-5875,2014年09月,研究論文(学術雑誌)
  • A cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer is resistant to hydrolysis but strongly blocks DNA synthesis.,Vol. 42,No. 3,p. 2075-84,2014年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Deformable nature of various damaged DNA duplexes estimated by an electrochemical analysis on electrodes,Vol. 50,No. 76,p. 11126-11128,2014年,研究論文(学術雑誌)
  • Repair of the (6-4) Photoproduct by DNA Photolyase Requires Two Photons,Vol. 52,No. 29,p. 7432-7436,2013年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Detection of Distinct alpha-Helical Rearrangements of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase upon Substrate Binding by Fourier Transform Infrared Spectroscopy,Vol. 52,No. 6,p. 1019-1027,2013年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Strand breakage of a (6-4) photoproduct-containing DNA at neutral pH and its repair by the ERCC1-XPF protein complex,Vol. 11,No. 21,p. 3526-3534,2013年,研究論文(学術雑誌)
  • Effects of 5 ',8-Cyclodeoxyadenosine Triphosphates on DNA Synthesis,Vol. 25,No. 12,p. 2718-2724,2012年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Eukaryotic Class II Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Structure Reveals Basis for Improved Ultraviolet Tolerance in Plants,Vol. 287,No. 15,p. 12060-12069,2012年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Mechanism of the alkali degradation of (6-4) photoproduct-containing DNA,Vol. 10,No. 11,p. 2318-2325,2012年,研究論文(学術雑誌)
  • Substrate Assignment of the (6-4) Photolyase Reaction by FTIR Spectroscopy,Vol. 2,No. 21,p. 2774-2777,2011年11月,研究論文(学術雑誌)
  • FTIR Study of Light-Dependent Activation and DNA Repair Processes of (6-4) Photolyase,Vol. 50,No. 18,p. 3591-3598,2011年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Light-Induced Conformational Change and Product Release in DNA Repair by (6-4) Photolyase,Vol. 133,No. 7,p. 2183-2191,2011年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Photosensitized [2 + 2] cycloaddition of N-acetylated cytosine affords stereoselective formation of cyclobutane pyrimidine dimer.,Vol. 39,No. 3,p. 1165-75,2011年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Human replicative DNA polymerase delta can bypass T-T (6-4) ultraviolet photoproducts on template strands,Vol. 15,No. 12,p. 1228-1239,2010年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Role of the carbonyl group of the (6-4) photoproduct in the (6-4) photolyase reaction,Vol. 48,No. 39,p. 9306-9312,2009年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Functional motifs in the (6-4) photolyase crystal structure make a comparative framework for DNA repair photolyases and clock cryptochromes,Vol. 106,No. 17,p. 6962-6967,2009年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Efficient conversion of thymine glycol into the formamide lesion in oligonucleotides,Vol. 50,No. 6,p. 723-726,2009年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Spectroscopic analysis of the pyrimidine(6-4)pyrimidone photoproduct: insights into the (6-4) photolyase reaction,Vol. 7,No. 1,p. 161-166,2009年,研究論文(学術雑誌)
  • Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides containing the Dewar valence isomer of the (6-4) photoproduct and their use in (6-4) photolyase studies,Vol. 34,No. 16,p. 4406-4415,2006年09月,研究論文(学術雑誌)

MISC

  • (6–4)光回復酵素によるDNA認識および修復機構,山元淳平,日本核酸化学会誌,Vol. 2,p. 21-25,2018年11月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
  • Repair of (6-4) Lesions in DNA by (6-4) Photolyase: 20 Years of Quest for the Photoreaction Mechanism,Vol. 93,No. 1,p. 51-66,2017年01月,書評論文,書評,文献紹介等
  • (6-4)光回復酵素によるDNA修復の新規反応機能の提唱,山元淳平,放射線生物研究,Vol. 50,No. 2,p. 174-184,2015年05月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
  • (6-4)光回復酵素による 2光子DNA修復の分子メカニズム,山元淳平,生物物理,Vol. 55,No. 3,p. 157-158,2015年05月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

受賞

  • 第10回若手奨励賞,山元淳平,日本生物物理学会,2014年09月
  • Outstanding Oral Presentation Award,山元淳平,The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2012年11月
  • Best Poster Award (Nucleic Acids Research Award),山元淳平,The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2009年09月

講演・口頭発表等

  • ゲノム恒常性維持における量子性:青色光受容タンパク質による逐次2光子DNA修復,山元淳平,量子生命科学会 第2回大会,2020年12月24日
  • 人工集光アンテナ分子修飾による光回復酵素のDNA修復能の向上,寺井悠馬,川上由夏,佐藤竜馬,岩井成憲,山元淳平,第14回バイオ関連化学シンポジウム,2020年09月07日
  • 集光クマリン色素を有するDNA光回復酵素による高効率光駆動DNA修復,Yuma Terai,Ryuma Sato,Risa Matsumura,Shigenori Iwai,Junpei Yamamoto,第57回日本生物物理学会年会,2019年09月24日
  • Facile post-synthetic functionalization of 3' terminus of DNA with alkyne and thiol,Junpei Yamamoto,Tatsuya Yajima,Shigenori Iwai,Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry 2019,2019年07月23日
  • (6-4)光回復酵素のDNA分子認識・修復機構,山元淳平,日本放射線影響学会 第61回大会,2018年11月08日
  • DNA binding and light-dependent DNA repair abilities of photolyases,山元淳平,第56回日本生物物理学会年会,2018年09月17日
  • DNA-光回復酵素間の静電相互作用とCH–π相互作用が DNA結合能と修復能を支配する,寺井悠馬,佐藤竜馬,弓場貴広,原田隆平,岩井成憲,重田育照,山元淳平,第12回バイオ関連化学シンポジウム,2018年09月09日
  • Post synthetic modification of 3'-terminus of DNA for universal labeling,Junpei Yamamoto,Tatsuya Yajima,Shigenori Iwai,The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2017年11月14日
  • An arginine side chain in the (6-4) photolyase governs formation of a robust repair-active complex with UV-damaged DNA,Junpei Yamamoto,Yuma Terai,Ryuma Sato,Ryuhei Harada,Yasuteru Shigeta,Shigenori Iwai,第55回日本生物物理学会年会,2017年09月19日
  • Monitoring of the back electron transfer in the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase,Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Shigenori Iwai,Klaus Brettel,第54回日本生物物理学会年会,2016年11月26日
  • Post-synthetic conjugation of propargylamine at the 3' terminus of RNA: a versatile scaffold for RNA modification by copper-catalyzed alkyne-azide cycloaddition,Junpei Yamamoto,Shohei Ebisuda,Shigenori Iwai,The 43rd International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2016年09月27日
  • Molecular mechanism of the successive two-photon DNA repair by the (6-4) photolyase,Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Klaus Brettel,Shigenori Iwai,日本化学会第96春季年会,2016年03月24日
  • Human ERCC1-XPF endonuclease removes chain-terminating nucleoside analogs in DNA,Junpei Yamamoto,Chiaki Takahata,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai,BMB2015,2015年12月01日
  • Removal of chain-terminating nucleoside analogues in DNA by human ERCC1-XPF endonuclease,Junpei Yamamoto,Chiaki Takahata,Isao Kuraoka,Kouji Hirota,Shigenori Iwai,The 42nd International Symposium on Nucleic Acid Chemistry,2015年09月26日
  • (6-4)光回復酵素の拡張された電子移動経路,Junpei Yamamoto,Pavel Muller,Kohei Shimizu,Klaus Brettel,Shigenori Iwai,第53回日本生物物理学会年会,2015年09月13日
  • Synthesis of oligonucleotides containing chain-terminating antiviral drugs and their use in biochemical analyses,Junpei Yamamoto,Shigenori Iwai,The 41th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2014年11月06日
  • Molecular mechanism of the two photon DNA repair by the (6-4) photolyas,Junpei Yamamoto,Kohei Shimizu,Tomoko Fujiwara,Takeshi Todo,Pascal Plaza,Klaus Brettel,Shigenori Iwai,第52回日本生物物理学会年会,2014年09月25日
  • 抗ウイルス剤を末端に有するオリゴヌクレオチドの合成とそれを用いた生化学解析,山元淳平,岩井成憲,第8回バイオ関連化学シンポジウム,2014年09月11日
  • 紫外線損傷DNAの化学合成及びその修復反応・変異機構解析,山元淳平,変異機構研究会第27回夏の学校,2014年06月21日
  • Biochemical and thermodynamic properties of a cyclobutane thymine-N4-methylcytosine dimer,Junpei Yamamoto,Tomoko Oyama,Tomohiro Kunishi,Shigenori Iwai,The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2013年11月13日
  • A two photon DNA repair mechanism of the (6-4) photolyase,Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Klaus Brettel,第51回日本生物物理学会年会,2013年10月28日
  • シトシン塩基由来シクロブタン型紫外線損傷DNAの安定アナログの合成とその性質,山元淳平,小山智子,國司知宏,岩井成憲,日本化学会第93春季年会,2013年03月24日
  • 紫外線損傷DNAにおける光回復酵素系の役割,山元淳平,太陽紫外線防御研究委員会第23回シンポジウム,2013年03月15日
  • Recognition and repair of the (6-4) photoproduct by DNA photolyase,Junpei Yamamoto,Ryan Martin,Shigenori Iwai,Pascal Plaza,Klaus Brettel,The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2012年11月15日
  • (6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構,山元淳平,Ryan Martin,岩井成憲,Pascal Plaza,Klaus Brettel,第6回バイオ関連化学シンポジウム,2012年09月06日
  • (6-4)光回復酵素による紫外線損傷DNA修復反応機構,山元淳平,Ryan Martin,岩井成憲,Pascal Plaza,Klaus Brettel,第17回光生物学協会年会,2012年08月18日
  • 化学合成基質アナログの構造活性相関解析による(6-4)光回復酵素の基質認識・修復反応機構解析,山元淳平,藤堂剛,岩井成憲,第16回光生物学協会年会,2010年08月10日
  • DNA化学合成のためのシクロブタン型紫外線損傷の立体選択的形成,山元淳平,西口浩佑,岩井成憲,日本化学会第90春季年会,2010年03月28日
  • Recognition and reaction mechanism of the (6-4) photolyase as determined by using a (6-4) photoproduct analog,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Ryosuke Hayashi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai,The 6th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2009年09月28日
  • Translesion synthesis across the (6-4) photoproduct and its Dewar valence isomer by the Y-family and engineered DNA polymerases,Junpei Yamamoto,David Roakes,Chikahide Masutani,Shizu Simmyo,Kumiko Urabe,Fumio Hanaoka,Philipp Holliger,Shigenori Iwai,Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids and the 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2008年09月09日
  • Spectroscopic studies on a novel intramolecular hydrogen bond within the (6-4) photoproduct,Junpei Yamamoto,Yoshiyuki Tanaka,Kenichi Hitomi,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai,The 5th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry,2007年11月20日
  • A novel photodamage recognition mechanisms for eukaryotic CPD photolyase,Junpei Yamamoto,Kenichi Hitomi,Andrew S. Arvai,John A. Tainer,Kazuo Yamamoto,Mika Teranishi,Jun Hidema,Tadashi Kumagai,Tomoko Ishikawa,Takeshi Todo,Elizabeth D. Getzoff,Shigenori Iwai,The 4th International 3R (DNA Replication, Recombination, and Repair) Symposium,2005年11月16日

報道

  • ぶらっとラボ「光で治せ、紫外線由来の病気」,2020年10月26日

社会貢献

  • 大阪府立天王寺高等学校SSH研究指導,2012年10月 ~ 2013年03月
  • 化学スーパーレッスン,大阪府立天王寺高等学校,2013年02月06日 ~ 2013年02月06日
  • サイエンスカフェ@待兼山,2009年10月31日 ~ 2009年10月31日
  • SSセミナー「化学の言葉で紡ぐ生命現象への誘い」,高槻高校,2020年10月02日 ~

委員歴

  • 学協会,日本化学会近畿支部,幹事,2018年03月 ~ 2020年02月