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松田 史生

Matsuda Fumio

情報科学研究科 バイオ情報工学専攻,教授

keyword 代謝プロファイリング分析 代謝フラックス分析 植物感染生理

学歴

  • ~ 2002年,京都大学,農学研究科,応用生命科学
  • ~ 2002年,京都大学

研究内容・専門分野

  • ライフサイエンス,システムゲノム科学
  • ものづくり技術(機械・電気電子・化学工学),バイオ機能応用、バイオプロセス工学,代謝工学
  • ライフサイエンス,生物有機化学

所属学会

  • 日本分子生物学会
  • 日本植物バイオテクノロジー学会
  • 日本質量分析学会
  • 日本生物工学会
  • 日本農芸化学会
  • 日本植物生理学会
  • 日本農薬学会

論文

  • Synthetic production of prenylated naringenins in yeast using promiscuous microbial prenyltransferases.,Shota Isogai,Nobuyuki Okahashi,Ririka Asama,Tomomi Nakamura,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,Jun Ishii,Akihiko Kondo,Metabolic engineering communications,Vol. 12,2021年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Comparative 13 C-metabolic flux analysis indicate elevation of ATP regeneration, carbon dioxide, and heat production in industrial Saccharomyces cerevisiae strains.,Futa Yatabe,Nobuyuki Okahashi,Taisuke Seike,Fumio Matsuda,Biotechnology journal,2021年05月13日,研究論文(学術雑誌)
  • Soft-sensor development for monitoring the lysine fermentation process.,Kento Tokuyama,Yoshiki Shimodaira,Yohei Kodama,Ryuzo Matsui,Yasuhiro Kusunose,Shunsuke Fukushima,Hiroaki Nakai,Yuichiro Tsuji,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Journal of bioscience and bioengineering,2021年05月03日,研究論文(学術雑誌)
  • Treatment of RB1-intact hepatocellular carcinoma with CDK4/6 inhibitor combination therapy.,Jindan Sheng,Susumu Kohno,Nobuhiro Okada,Nobuyuki Okahashi,Kana Teranishi,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Paing Linn,Naoko Nagatani,Minako Yamamura,Kenichi Harada,Shin-Ichi Horike,Hiroshi Inoue,Seiji Yano,Sharad Kumar,Shunsuke Kitajima,Itsuki Ajioka,Chiaki Takahashi,Hepatology (Baltimore, Md.),2021年04月30日,研究論文(学術雑誌)
  • Elevated Sporulation Efficiency in Fission Yeast Schizosaccharomyces japonicus Strains Isolated from Drosophila.,Taisuke Seike,Natsue Sakata,Fumio Matsuda,Chikara Furusawa,Journal of fungi (Basel, Switzerland),Vol. 7,No. 5,2021年04月29日,研究論文(学術雑誌)
  • Random Transfer of Ogataea polymorpha Genes into Saccharomyces cerevisiae Reveals a Complex Background of Heat Tolerance.,Taisuke Seike,Yuki Narazaki,Yoshinobu Kaneko,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Journal of fungi (Basel, Switzerland),Vol. 7,No. 4,2021年04月15日,研究論文(学術雑誌)
  • Analyses of Lipid A Diversity in Gram-Negative Intestinal Bacteria Using Liquid Chromatography-Quadrupole Time-of-Flight Mass Spectrometry.,Nobuyuki Okahashi,Masahiro Ueda,Fumio Matsuda,Makoto Arita,Metabolites,Vol. 11,No. 4,2021年03月26日,研究論文(学術雑誌)
  • Seed-coat protective neolignans are produced by the dirigent protein AtDP1 and the laccase AtLAC5 in Arabidopsis.,Keiko Yonekura-Sakakibara,Masaomi Yamamura,Fumio Matsuda,Eiichiro Ono,Ryo Nakabayashi,Satoko Sugawara,Tetsuya Mori,Yuki Tobimatsu,Toshiaki Umezawa,Kazuki Saito,The Plant cell,Vol. 33,No. 1,p. 129-152,2021年03月22日,研究論文(学術雑誌)
  • Mutations in hik26 and slr1916 lead to high-light stress tolerance in Synechocystis sp. PCC6803.,Katsunori Yoshikawa,Kenichi Ogawa,Yoshihiro Toya,Seiji Akimoto,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Communications biology,Vol. 4,No. 1,p. 343-343,2021年03月16日,研究論文(学術雑誌)
  • Fake metabolomics chromatogram generation for facilitating deep learning of peak-picking neural networks.,Shinji Kanazawa,Akira Noda,Arisa Ito,Kyoko Hashimoto,Akihiro Kunisawa,Tsuyoshi Nakanishi,Shigeki Kajihara,Norio Mukai,Junko Iida,Eiichiro Fukusaki,Fumio Matsuda,Journal of bioscience and bioengineering,Vol. 131,No. 2,p. 207-212,2021年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Novel allosteric inhibition of phosphoribulokinase identified by ensemble kinetic modeling of Synechocystis sp. PCC 6803 metabolism.,Hiroki Nishiguchi,James Liao,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Metabolic engineering communications,Vol. 11,2020年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Data science-based modeling of the lysine fermentation process.,Kento Tokuyama,Yoshiki Shimodaira,Takahiro Terawaki,Yasuhiro Kusunose,Hiroaki Nakai,Yuichiro Tsuji,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Journal of bioscience and bioengineering,Vol. 130,No. 4,p. 409-415,2020年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Assessment of Protein Content and Phosphorylation Level in Synechocystis sp. PCC 6803 under Various Growth Conditions Using Quantitative Phosphoproteomic Analysis.,Masakazu Toyoshima,Yuma Tokumaru,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Molecules (Basel, Switzerland),Vol. 25,No. 16,2020年08月06日,研究論文(学術雑誌)
  • Direct and quantitative analysis of altered metabolic flux distributions and cellular ATP production pathway in fumarate hydratase-diminished cells.,Shingo Noguchi,Hirokazu Ishikawa,Kenichi Wakita,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Scientific reports,Vol. 10,No. 1,p. 13065-13065,2020年08月03日,研究論文(学術雑誌)
  • Effects of mutations of GID protein-coding genes on malate production and enzyme expression profiles in Saccharomyces cerevisiae.,Hiroaki Negoro,Kengo Matsumura,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Yoji Hata,Hiroki Ishida,Applied microbiology and biotechnology,Vol. 104,No. 11,p. 4971-4983,2020年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Drought Stress Responses in Context-Specific Genome-Scale Metabolic Models of Arabidopsis thaliana,Ratklao Siriwach,Fumio Matsuda,Kentaro Yano,Masami Yokota Hirai,Metabolites,MDPI AG,Vol. 10,No. 4,p. 159-159,2020年04月18日,研究論文(学術雑誌)
  • Computational data mining method for isotopomer analysis in the quantitative assessment of metabolic reprogramming,Fumio Matsuda,Kousuke Maeda,Nobuyuki Okahashi,Scientific Reports,Springer Science and Business Media LLC,Vol. 10,No. 1,2020年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Comparison of metabolic profiles of yeasts based on the difference of the Crabtree positive and negative.,Makoto Imura,Katsuaki Nitta,Ryo Iwakiri,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Eiichiro Fukusaki,Journal of bioscience and bioengineering,Vol. 129,No. 1,p. 52-58,2020年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Survival of membrane-damaged Escherichia coli in a cytosol-mimicking solution,Rikuto Kamiura,Fumio Matsuda,Norikazu Ichihashi,Journal of Bioscience and Bioengineering,Elsevier BV,Vol. 128,No. 5,p. 558-563,2019年11月,研究論文(学術雑誌)
  • Inter-Laboratory Comparison of Metabolite Measurements for Metabolomics Data Integration,Yoshihiro Izumi,Fumio Matsuda,Akiyoshi Hirayama,Kazutaka Ikeda,Yoshihiro Kita,Kanta Horie,Daisuke Saigusa,Kosuke Saito,Yuji Sawada,Hiroki Nakanishi,Nobuyuki Okahashi,Masatomo Takahashi,Motonao Nakao,Kosuke Hata,Yutaro Hoshi,Motohiko Morihara,Kazuhiro Tanabe,Takeshi Bamba,Yoshiya Oda,Metabolites,MDPI AG,Vol. 9,No. 11,p. 257-257,2019年10月31日,研究論文(学術雑誌)
  • Repression of mitochondrial metabolism for cytosolic pyruvate-derived chemical production in Saccharomyces cerevisiae.,Keisuke Morita,Fumio Matsuda,Koji Okamoto,Jun Ishii,Akihiko Kondo,Hiroshi Shimizu,Microbial cell factories,Vol. 18,No. 1,p. 177-177,2019年10月15日
  • Time-resolved analysis of short term metabolic adaptation at dark transition in Synechocystis sp. PCC 6803,Masaharu Maruyama,Hiroki Nishiguchi,Masakazu Toyoshima,Nobuyuki Okahashi,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Journal of Bioscience and Bioengineering,Vol. 128,No. 4,p. 424-428,2019年10月,研究論文(学術雑誌)
  • A Fusion Method to Develop an Expanded Artificial Genomic RNA Replicable by Qβ Replicase,Kensuke Ueda,Ryo Mizuuchi,Fumio Matsuda,Norikazu Ichihashi,ChemBioChem,Wiley,Vol. 20,No. 18,p. 2331-2335,2019年09月16日,研究論文(学術雑誌)
  • Theophylline-inducible riboswitch accurately regulates protein expression at low level in Escherichia coli.,Rikuto Kamiura,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Biotechnology letters,Vol. 41,No. 6-7,p. 743-751,2019年07月
  • 代謝工学におけるバイオインフォマティクスの利用,戸谷吉博,松田史生,生物工学誌,Vol. 97,No. 5,p. 261-264,2019年05月
  • Transomics data-driven, ensemble kinetic modeling for system-level understanding and engineering of the cyanobacteria central metabolism,Hiroki Nishiguchi,Natsuki Hiasa,Kiyoka Uebayashi,James Liao,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Metabolic Engineering,Elsevier BV,Vol. 52,p. 273-283,2019年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Magnesium starvation improves production of malonyl-CoA-derived metabolites in Escherichia coli.,Kento Tokuyama,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Brady F Cress,Mattheos A G Koffas,Hiroshi Shimizu,Metabolic engineering,Vol. 52,p. 215-223,2019年03月
  • Fragmentation of Dicarboxylic and Tricarboxylic Acids in the Krebs Cycle Using GC-EI-MS and GC-EI-MS/MS.,Nobuyuki Okahashi,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Mass spectrometry (Tokyo, Japan),Vol. 8,No. 1,2019年,研究論文(学術雑誌)
  • Sugar phosphate analysis with baseline separation and soft ionization by gas chromatography-negative chemical ionization-mass spectrometry improves flux estimation of bidirectional reactions in cancer cells,Nobuyuki Okahashi,Kousuke Maeda,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Metabolic Engineering,Vol. 51,p. 43-49,2019年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Editorial overview: Recent progress in analytical technologies for design-build-test-learn cycle in biotechnology.,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Current opinion in biotechnology,Vol. 54,p. 145-147,2018年12月
  • Targeted proteome analysis of microalgae under high-light conditions by optimized protein extraction of photosynthetic organisms,Masakazu Toyoshima,Masumi Sakata,Kazuki Ohnishi,Yuma Tokumaru,Yusuke Kato,Ryutaro Tokutsu,Wataru Sakamoto,Jun Minagawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Journal of Bioscience and Bioengineering,Elsevier {BV},2018年09月
  • Metabolic flux of the oxidative pentose phosphate pathway under low light conditions in Synechocystis sp. PCC 6803,Kentaro Ueda,Tsubasa Nakajima,Katsunori Yoshikawa,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Journal of Bioscience and Bioengineering,Elsevier B.V.,Vol. 126,No. 1,p. 38-43,2018年07月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Molecular Components of Arabidopsis Intact Vacuoles Clarified with Metabolomic and Proteomic Analyses.,Miwa Ohnishi,Aya Anegawa,Yuko Sugiyama,Kazuo Harada,Akira Oikawa,Yasumune Nakayama,Fumio Matsuda,Yukiko Nakamura,Ryosuke Sasaki,Chizuko Shichijo,Patrick G Hatcher,Hidehiro Fukaki,Shigehiko Kanaya,Koh Aoki,Mami Yamazaki,Eiichiro Fukusaki,Kazuki Saito,Tetsuro Mimura,Plant & cell physiology,Vol. 59,No. 7,p. 1353-1362,2018年07月01日
  • Comparative analysis of fermentation and enzyme expression profiles among industrial Saccharomyces cerevisiae strains,Kiyoka Uebayashi,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Applied Microbiology and Biotechnology,Springer Verlag,p. 1-11,2018年06月07日,研究論文(学術雑誌)
  • Transcriptome analysis of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and mechanisms of photoinhibition tolerance under extreme high light conditions.,Ogawa K,Yoshikawa K,Matsuda F,Toya Y,Shimizu H,Journal of bioscience and bioengineering,2018年06月
  • Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain,Kento Tokuyama,Yoshihiro Toya,Takaaki Horinouchi,Chikara Furusawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Biotechnology and Bioengineering,John Wiley and Sons Inc.,Vol. 115,No. 6,p. 1542-1551,2018年06月01日,研究論文(学術雑誌)
  • A pyruvate carbon flux tugging strategy for increasing 2,3-butanediol production and reducing ethanol subgeneration in the yeast Saccharomyces cerevisiae,Jun Ishii,Keisuke Morita,Kengo Ida,Hiroko Kato,Shohei Kinoshita,Shoko Hataya,Hiroshi Shimizu,Akihiko Kondo,Fumio Matsuda,Biotechnology for Biofuels,BioMed Central,No. 11,2018年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic engineering of mevalonate-producing Escherichia coli strains based on thermodynamic analysis,Hikaru Nagai,Ami Masuda,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Metabolic Engineering,Academic Press Inc.,Vol. 47,p. 1-9,2018年05月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Expression of Saccharomyces cerevisiae cDNAs to enhance the growth of non-ethanol-producing S. cerevisiae strains lacking pyruvate decarboxylases,Yuki Narazaki,Yuta Nomura,Keisuke Morita,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Journal of Bioscience and Bioengineering,Elsevier B.V.,2018年,研究論文(学術雑誌)
  • Mass Spectrometry-Based Method to Study Inhibitor-Induced Metabolic Redirection in the Central Metabolism of Cancer Cells.,Chie Araki,Nobuyuki Okahashi,Kousuke Maeda,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Mass spectrometry (Tokyo, Japan),Vol. 7,No. 1,2018年
  • Comparative Targeted Proteomics of the Central Metabolism and Photosystems in SigE mutant strains of synechocystis sp. PCC 6803,Yuma Tokumaru,Kiyoka Uebayashi,Masakazu Toyoshima,Takashi Osanai,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Molecules,MDPI AG,Vol. 23,No. 5,2018年,研究論文(学術雑誌)
  • Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism,Fumio Matsuda,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu,Biotechnology Advances,Elsevier Inc.,Vol. 35,No. 8,p. 971-980,2017年12月01日
  • Metabolic engineering of isopropyl alcohol-producing Escherichia coli strains with C-13-metabolic flux analysis,Nobuyuki Okahashi,Fumio Matsuda,Katsunori Yoshikawa,Tomokazu Shirai,Yoshiko Matsumoto,Mitsufumi Wada,Hiroshi Shimizu,BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING,WILEY,Vol. 114,No. 12,p. 2782-2793,2017年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic engineering of Synechococcus elongatus PCC 7942 for improvement of 1,3-propanediol and glycerol production based on in silico simulation of metabolic flux distribution,Yasutaka Hirokawa,Shingo Matsuo,Hiroyuki Hamada,Fumio Matsuda,Taizo Hanai,Microbial Cell Factories,BioMed Central Ltd.,Vol. 16,No. 1,2017年11月25日,研究論文(学術雑誌)
  • The RB-IL-6 axis controls self-renewal and endocrine therapy resistance by fine-tuning mitochondrial activity.,S Kitajima,A Yoshida,S Kohno,F Li,S Suzuki,N Nagatani,Y Nishimoto,N Sasaki,H Muranaka,Y Wan,T C Thai,N Okahashi,F Matsuda,H Shimizu,T Nishiuchi,Y Suzuki,K Tominaga,N Gotoh,M Suzuki,M E Ewen,D A Barbie,O Hirose,T Tanaka,C Takahashi,Oncogene,Vol. 36,No. 36,p. 5145-5157,2017年09月07日,研究論文(学術雑誌)
  • Heterologous expression of bacterial phosphoenol pyruvate carboxylase and Entner-Doudoroff pathway in Saccharomyces cerevisiae for improvement of isobutanol production,Keisuke Morita,Yuta Nomura,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 124,No. 3,p. 263-270,2017年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Erratum: Acetate-mediated novel survival strategy against drought in plants (Nature Plants (2017) 3 (17097) DOI: 10.1038/nplants.2017.97),Jong-Myong Kim,Taiko Kim To,Akihiro Matsui,Keitaro Tanoi,Natsuko I. Kobayashi,Fumio Matsuda,Yoshiki Habu,Daisuke Ogawa,Takuya Sakamoto,Sachihiro Matsunaga,Khurram Bashir,Sultana Rasheed,Marina Ando,Hiroko Takeda,Kanako Kawaura,Miyako Kusano,Atsushi Fukushima,Takaho A. Endo,Takashi Kuromori,Junko Ishida,Taeko Morosawa,Maho Tanaka,Chieko Torii,Yumiko Takebayashi,Hitoshi Sakakibara,Yasunari Ogihara,Kazuki Saito,Kazuo Shinozaki,Alessandra Devoto,Motoaki Seki,Nature Plants,Palgrave Macmillan Ltd.,Vol. 3,2017年07月17日,研究論文(学術雑誌)
  • Synthetic metabolic bypass for a metabolic toggle switch enhances acetyl-CoA supply for isopropanol production by Escherichia coli,Yuki Soma,Taiki Yamaji,Fumio Matsuda,Taizo Hanai,Journal of Bioscience and Bioengineering,Elsevier B.V.,Vol. 123,No. 5,p. 625-633,2017年05月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.,Nakajima T,Yoshikawa K,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H,Plant & cell physiology,Vol. 58,No. 5,p. 976-976,2017年05月
  • Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.,Nakajima T,Yoshikawa K,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H,Plant & cell physiology,Vol. 58,No. 3,p. 537-545,2017年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Targeted proteome analysis of single-gene deletion strains of Saccharomyces cerevisiae lacking enzymes in the central carbon metabolism,Fumio Matsuda,Syohei Kinoshita,Shunsuke Nishino,Atsumi Tomita,Hiroshi Shimizu,PLOS ONE,PUBLIC LIBRARY SCIENCE,Vol. 12,No. 2,2017年02月,研究論文(学術雑誌)
  • C-13-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coli,Keisuke Wada,Yoshihiro Toya,Satomi Banno,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 123,No. 2,p. 177-182,2017年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Rewiring of embryonic glucose metabolism via suppression of PFK-1 and aldolase during mouse chorioallantoic branching.,Hidenobu Miyazawa,Yoshifumi Yamaguchi,Yuki Sugiura,Kurara Honda,Koki Kondo,Fumio Matsuda,Takehiro Yamamoto,Makoto Suematsu,Masayuki Miura,Development (Cambridge, England),Vol. 144,No. 1,p. 63-73,2017年01月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Lipoprotein profiling methodology based on determination of apolipoprotein concentration.,Hiroaki Takeda,Yoshihiro Izumi,Atsumi Tomita,Tomonari Koike,Masashi Shiomi,Eiichiro Fukusaki,Fumio Matsuda,Takeshi Bamba,Bioanalysis,Vol. 9,No. 1,p. 9-19,2017年01月
  • Differences in glucose yield of residues from among varieties of rice, wheat, and sorghum after dilute acid pretreatment,Hiroshi Teramura,Kengo Sasaki,Hideo Kawaguchi,Fumio Matsuda,Jun Kikuchi,Tomokazu Shirai,Takashi Sazuka,Masanori Yamasaki,Shigeo Takumi,Chiaki Ogino,Akihiko Kondo,Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,Vol. 81,No. 8,p. 1650-1656,2017年,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic Adaptation to Nutritional Stress in Human Colorectal Cancer.,Masaaki Miyo,Masamitsu Konno,Naohiro Nishida,Toshinori Sueda,Kozo Noguchi,Hidetoshi Matsui,Hugh Colvin,Koichi Kawamoto,Jun Koseki,Naotsugu Haraguchi,Junichi Nishimura,Taishi Hata,Noriko Gotoh,Fumio Matsuda,Taroh Satoh,Tsunekazu Mizushima,Hiroshi Shimizu,Yuichiro Doki,Masaki Mori,Hideshi Ishii,Scientific reports,Vol. 6,p. 38415-38415,2016年12月07日
  • Investigation of useful carbon tracers for <sup>13</sup>C-metabolic flux analysis of Escherichia coli by considering five experimentally determined flux distributions,Kousuke Maeda,Nobuyuki Okahashi,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Metabolic Engineering Communications,Vol. 3,p. 187-195,2016年12月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Positive effects of proline addition on the central metabolism of wild-type and lactic acid-producing Saccharomyces cerevisiae strains,Riyanto Heru Nugroho,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING,SPRINGER,Vol. 39,No. 11,p. 1711-1716,2016年11月,研究論文(学術雑誌)
  • GC-MS/MS survey of collision-induced dissociation of tert-butyldimethylsilyl-derivatized amino acids and its application to C-13-metabolic flux analysis of Escherichia coli central metabolism,Nobuyuki Okahashi,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY,SPRINGER HEIDELBERG,Vol. 408,No. 22,p. 6133-6140,2016年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Toward the complete utilization of rice straw: Methane fermentation and lignin recovery by a combinational process involving mechanical milling, supporting material and nanofiltration,Kengo Sasaki,Mami Okamoto,Tomokazu Shirai,Yota Tsuge,Ayami Fujino,Daisuke Sasaki,Masahiko Morita,Fumio Matsuda,Jun Kikuchi,Akihiko Kondo,BIORESOURCE TECHNOLOGY,ELSEVIER SCI LTD,Vol. 216,p. 830-837,2016年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Regular expressions of MS/MS spectra for partial annotation of metabolite features,Fumio Matsuda,Metabolomics,Springer New York LLC,Vol. 12,No. 7,2016年07月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Overexpressing enzymes of the Ehrlich pathway and deleting genes of the competing pathway in Saccharomyces cerevisiae for increasing 2-phenylethanol production from glucose,Li Shen,Yuya Nishimura,Fumio Matsuda,Jun Ishii,Akihiko Kondo,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 122,No. 1,p. 34-39,2016年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Organosolv pretreatment of sorghum bagasse using a low concentration of hydrophobic solvents such as 1-butanol or 1-pentanol,Hiroshi Teramura,Kengo Sasaki,Tomoko Oshima,Fumio Matsuda,Mami Okamoto,Tomokazu Shirai,Hideo Kawaguchi,Chiaki Ogino,Ko Hirano,Takashi Sazuka,Hidemi Kitano,Jun Kikuchi,Akihiko Kondo,BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 9,2016年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic characterization of cultured mammalian cells by mass balance analysis, tracer labeling experiments and computer-aided simulations,Nobuyuki Okahashi,Susumu Kohno,Shunsuke Kitajima,Fumio Matsuda,Chiaki Takahashi,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 120,No. 6,p. 725-731,2015年12月,研究論文(学術雑誌)
  • C-13-metabolic flux analysis in S-adenosyl-L-methionine production by Saccharomyces cerevisiae,Kenshi Hayakawa,Shuichi Kajihata,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 120,No. 5,p. 532-538,2015年11月,研究論文(学術雑誌)
  • Absolute quantitation of glycolytic intermediates reveals thermodynamic shifts in Saccharomyces cerevisiae strains lacking PFK1 or ZWF1 genes,Shunsuke Nishino,Nobuyuki Okahashi,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 120,No. 3,p. 280-286,2015年09月,研究論文(学術雑誌)
  • C-13-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect,Shuichi Kajihata,Fumio Matsuda,Mika Yoshimi,Kenshi Hayakawa,Chikara Furusawa,Akihisa Kanda,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 120,No. 2,p. 140-144,2015年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Precipitate obtained following membrane separation of hydrothermally pretreated rice straw liquid revealed by 2D NMR to have high lignin content,Kengo Sasaki,Mami Okamoto,Tomokazu Shirai,Yota Tsuge,Hiroshi Teramura,Daisuke Sasaki,Hideo Kawaguchi,Tomohisa Hasunuma,Chiaki Ogino,Fumio Matsuda,Jun Kikuchi,Akihiko Kondo,BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 8,2015年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Changes in Lignin and Polysaccharide Components in 13 Cultivars of Rice Straw following Dilute Acid Pretreatment as Studied by Solution-State 2D H-1-C-13 NMR,Hiroshi Teramura,Kengo Sasaki,Tomoko Oshima,Shimpei Aikawa,Fumio Matsuda,Mami Okamoto,Tomokazu Shirai,Hideo Kawaguchi,Chiaki Ogino,Masanori Yamasaki,Jun Kikuchi,Akihiko Kondo,PLOS ONE,PUBLIC LIBRARY SCIENCE,Vol. 10,No. 6,2015年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Evaluation of Brachypodium distachyon L-Tyrosine Decarboxylase Using L-Tyrosine Over-Producing Saccharomyces cerevisiae,Shuhei Noda,Tomokazu Shirai,Keiichi Mochida,Fumio Matsuda,Sachiko Oyama,Mami Okamoto,Akihiko Kondo,PLOS ONE,PUBLIC LIBRARY SCIENCE,Vol. 10,No. 5,2015年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Eliminating the isoleucine biosynthetic pathway to reduce competitive carbon outflow during isobutanol production by Saccharomyces cerevisiae,Kengo Ida,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Takashi Kondo,Akihiko Kondo,Microbial Cell Factories,Vol. 14,2015年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Nano-scale liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry using the multiple reaction monitoring mode based quantitative platform for analyzing multiple enzymes associated with central metabolic pathways of Saccharomyces cerevisiae using ultra fast mass spectrometry,Fumio Matsuda,Tairo Ogura,Atsumi Tomita,Ichiro Hirano,Hiroshi Shimizu,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 119,No. 1,p. 117-120,2015年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolome-genome-wide association study dissects genetic architecture for generating natural variation in rice secondary metabolism,Matsuda Fumio,Nakabayashi Ryo,Yang Zhigang,Okazaki Yozo,Yonemaru Jun-ichi,Ebana Kaworu,Yano Masahiro,Saito Kazuki,Plant Journal,Vol. 81,No. 1,p. 13-23,2015年
  • Tyramine biosynthesis from glucose using Brachypodium distachyon tyrosine decarboxylase expressing Saccharomyces cerevisiae,Shuhei Noda,Tomokazu Shirai,Keiichi Mochida,Sachiko Oyama,Mami Okamoto,Fumio Matsuda,Kondo Akihiko,JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,ELSEVIER SCIENCE BV,Vol. 185,p. S102-S102,2014年09月
  • Integrated Metabolic Flux and Omics Analysis of Synechocystis sp PCC 6803 under Mixotrophic and Photoheterotrophic Conditions,Tsubasa Nakajima,Shuichi Kajihata,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu,PLANT AND CELL PHYSIOLOGY,OXFORD UNIV PRESS,Vol. 55,No. 9,p. 1605-1612,2014年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Three gene expression vector sets for concurrently expressing multiple genes in Saccharomyces cerevisiae,Jun Ishii,Takashi Kondo,Harumi Makino,Akira Ogura,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,FEMS YEAST RESEARCH,WILEY-BLACKWELL,Vol. 14,No. 3,p. 399-411,2014年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Increased biomass production and glycogen accumulation in apcE gene deleted Synechocystis sp PCC 6803,Ancy Joseph,Shimpei Aikawa,Kengo Sasaki,Fumio Matsuda,Tomohisa Hasunuma,Akihiko Kondo,AMB EXPRESS,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 4,2014年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Enhancement of oxidative and drought tolerance in Arabidopsis by overaccumulation of antioxidant flavonoids.,Ryo Nakabayashi,Keiko Yonekura-Sakakibara,Kaoru Urano,Makoto Suzuki,Yutaka Yamada,Tomoko Nishizawa,Fumio Matsuda,Mikiko Kojima,Hitoshi Sakakibara,Kazuo Shinozaki,Anthony J Michael,Takayuki Tohge,Mami Yamazaki,Kazuki Saito,The Plant journal : for cell and molecular biology,Vol. 77,No. 3,p. 367-79,2014年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Rre37 stimulates accumulation of 2-oxoglutarate and glycogen under nitrogen starvation in Synechocystis sp PCC 6803,Joseph Ancy,Aikawa Shimpei,Sasaki Kengo,Teramura Hiroshi,Hasunuma Tomohisa,Matsuda Fumio,Osanai Takashi,Hirai Masami Yokota,Kondo Akihiko,FEBS LETTERS,Vol. 588,No. 3,p. 466-471,2014年01月31日
  • OpenMebius: An Open Source Software for Isotopically Nonstationary C-13-Based Metabolic Flux Analysis,Shuichi Kajihata,Chikara Furusawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL,HINDAWI PUBLISHING CORPORATION,2014年,研究論文(学術雑誌)
  • Rre37 stimulates accumulation of 2-oxoglutarate and glycogen under nitrogen starvation in Synechocystis sp PCC 6803,Ancy Joseph,Shimpei Aikawa,Kengo Sasaki,Hiroshi Teramura,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,Takashi Osanai,Masami Yokota Hirai,Akihiko Kondo,FEBS LETTERS,ELSEVIER SCIENCE BV,Vol. 588,No. 3,p. 466-471,2014年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Production of indole alkaloids by metabolic engineering of the tryptophan pathway in rice,Joseph G. Dubouzet,Fumio Matsuda,Atsushi Ishihara,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Plant Biotechnology Journal,Vol. 11,No. 9,p. 1103-1111,2013年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Glucose content in the liquid hydrolysate after dilute acid pretreatment is affected by the starch content in rice straw,Hiroshi Teramura,Tomoko Oshima,Fumio Matsuda,Kengo Sasaki,Chiaki Ogino,Masanori Yamasaki,Akihiko Kondo,BIORESOURCE TECHNOLOGY,ELSEVIER SCI LTD,Vol. 149,p. 520-524,2013年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Increased isobutanol production in Saccharomyces cerevisiae by eliminating competing pathways and resolving cofactor imbalance,Fumio Matsuda,Jun Ishii,Takashi Kondo,Kengo Ida,Hironori Tezuka,Akihiko Kondo,MICROBIAL CELL FACTORIES,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 12,2013年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic pathway engineering of yeast Saccharomyces cerevisiae for isobutanol production,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,YEAST,WILEY-BLACKWELL,Vol. 30,p. 210-210,2013年09月
  • Method for Assessing the Statistical Significance of Mass Spectral Similarities Using Basic Local Alignment Search Tool Statistics,Fumio Matsuda,Hiroshi Tsugawa,Eiichiro Fukusaki,ANALYTICAL CHEMISTRY,AMER CHEMICAL SOC,Vol. 85,No. 17,p. 8291-8297,2013年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Evaluation of control mechanisms for Saccharomyces cerevisiae central metabolic pathway using metabolic analysis of single-gene deletion mutants,Shuhei Noda,Tomokazu Shirai,Fumio Matsuda,Mami Okamoto,Akihiko Kondo,YEAST,WILEY-BLACKWELL,Vol. 30,p. 170-170,2013年09月
  • Cocktail delta-integration of xylose assimilation genes for efficient ethanol production from xylose in Saccharomyces cerevisiae,Hiroko Kato,Fumio Matsuda,Ryosuke Yamada,Kento Nagata,Tomokazu Shirai,Tomohisa Hasunuma,Akihiko Kondo,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 116,No. 3,p. 333-336,2013年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Aqueous size-exclusion chromatographic method for the quantification of cyanobacterial native glycogen,Yoshihiro Izumi,Shimpei Aikawa,Fumio Matsuda,Tomohisa Hasunuma,Akihiko Kondo,Journal of Chromatography B: Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences,Vol. 930,p. 90-97,2013年07月01日,研究論文(学術雑誌)
  • Regulation of central carbon metabolism in Saccharomyces cerevisiae by metabolic inhibitors,Fumio Matsuda,Tomokazu Shirai,Jun Ishii,Akihiko Kondo,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 116,No. 1,p. 59-64,2013年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Direct conversion of Spirulina to ethanol without pretreatment or enzymatic hydrolysis processes,Shimpei Aikawa,Ancy Joseph,Ryosuke Yamada,Yoshihiro Izumi,Takahiro Yamagishi,Fumio Matsuda,Hiroshi Kawai,Jo-Shu Chang,Tomohisa Hasunuma,Akihiko Kondo,ENERGY & ENVIRONMENTAL SCIENCE,ROYAL SOC CHEMISTRY,Vol. 6,No. 6,p. 1844-1849,2013年06月,研究論文(学術雑誌)
  • Display of active beta-glucosidase on the surface of Schizosaccharomyces pombe cells using novel anchor proteins,Tsutomu Tanaka,Sayoko Matsumoto,Mari Yamada,Ryosuke Yamada,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,Applied Microbiology and Biotechnology,Vol. 97,No. 10,p. 4343-4352,2013年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Utilization of Lactic Acid Bacterial Genes in Synechocystis sp PCC 6803 in the Production of Lactic Acid,Ancy Joseph,Shimpei Aikawa,Kengo Sasaki,Yota Tsuge,Fumio Matsuda,Tsutomu Tanaka,Akihiko Kondo,BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY,TAYLOR & FRANCIS LTD,Vol. 77,No. 5,p. 966-970,2013年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Integrative Analysis of Secondary Metabolism and Transcript Regulation in Arabidopsis Thaliana,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,The Handbook of Plant Metabolomics,Wiley-VCH,p. 175-195,2013年04月12日,論文集(書籍)内論文
  • Evaluation of control mechanisms for Saccharomyces cerevisiae central metabolic reactions using metabolome data of eight single-gene deletion mutants,Tomokazu Shirai,Fumio Matsuda,Mami Okamoto,Akihiko Kondo,APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY,SPRINGER,Vol. 97,No. 8,p. 3569-3577,2013年04月,研究論文(学術雑誌)
  • PRIMe Update: Innovative content for plant metabolomics and integration of gene expression and metabolite accumulation,Tetsuya Sakurai,Yutaka Yamada,Yuji Sawada,Fumio Matsuda,Kenji Akiyama,Kazuo Shinozaki,Masami Yokota Hirai,Kazuki Saito,Plant and Cell Physiology,Vol. 54,No. 2,2013年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Implementation of a transhydrogenase-like shunt to counter redox imbalance during xylose fermentation in Saccharomyces cerevisiae,Hiroyuki Suga,Fumio Matsuda,Tomohisa Hasunuma,Jun Ishii,Akihiko Kondo,APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY,SPRINGER,Vol. 97,No. 4,p. 1669-1678,2013年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Ability of a perfluoropolymer membrane to tolerate by-products of ethanol fermentation broth from dilute acid-pretreated rice straw,Kengo Sasaki,Fumio Matsuda,Tomohisa Hasunuma,Chiaki Ogino,Masakatsu Urairi,Kazuhito Yoshida,Akihiko Kondo,Biochemical Engineering Journal,Vol. 70,p. 135-139,2013年01月15日,研究論文(学術雑誌)
  • メタボローム&ndash;QTL解析を用いた玄米代謝物組成にかかわる自然変異の探索:コメ品質の遺伝的な差をメタボローム分析で探索する,松田 史生,岡咲 洋三,斉藤 和季,化学と生物,公益社団法人 日本農芸化学会,Vol. 51,No. 12,p. 792-794,2013年
  • Development of microbial cell factories for bio-refinery through synthetic bioengineering,Akihiko Kondo,Jun Ishii,Kiyotaka Y. Hara,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,ELSEVIER SCIENCE BV,Vol. 163,No. 2,p. 204-216,2013年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Changes in primary and secondary metabolite levels in response to gene targeting-mediated site-directed mutagenesis of the anthranilate synthase gene in rice,Hiroaki Saika,Akira Oikawa,Ryo Nakabayashi,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,Seiichi Toki,Metabolites,MDPI AG,Vol. 2,No. 4,p. 1123-1138,2012年12月18日,研究論文(学術雑誌)
  • RIKEN tandem mass spectral database (ReSpect) for phytochemicals: A plant-specific MS/MS-based data resource and database,Yuji Sawada,Ryo Nakabayashi,Yutaka Yamada,Makoto Suzuki,Muneo Sato,Akane Sakata,Kenji Akiyama,Tetsuya Sakurai,Fumio Matsuda,Toshio Aoki,Masami Yokota Hirai,Kazuki Saito,Phytochemistry,Vol. 82,p. 38-45,2012年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Design of superior cell factories for a sustainable biorefinery by synthetic bioengineering,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,Systems Metabolic Engineering,Springer Netherlands,Vol. 9789400745346,p. 329-348,2012年08月01日,論文集(書籍)内論文
  • Genetic engineering to enhance the Ehrlich pathway and alter carbon flux for increased isobutanol production from glucose by Saccharomyces cerevisiae,Takashi Kondo,Hironori Tezuka,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Chiaki Ogino,Akihiko Kondo,Journal of Biotechnology,Vol. 159,No. 1-2,p. 32-37,2012年05月31日,研究論文(学術雑誌)
  • Dissection of genotype-phenotype associations in rice grains using metabolome quantitative trait loci analysis,Fumio Matsuda,Yozo Okazaki,Akira Oikawa,Miyako Kusano,Ryo Nakabayashi,Jun Kikuchi,Jun-Ichi Yonemaru,Kaworu Ebana,Masahiro Yano,Kazuki Saito,Plant Journal,Vol. 70,No. 4,p. 624-636,2012年05月
  • Widely targeted metabolic profiling analysis of yeast central metabolites,Hiroko Kato,Yoshihiro Izumi,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING,SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN,Vol. 113,No. 5,p. 665-673,2012年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Synergistic enhancement of glycogen production in Arthrospira platensis by optimization of light intensity and nitrate supply,Shimpei Aikawa,Yoshihiro Izumi,Fumio Matsuda,Tomohisa Hasunuma,Jo-Shu Chang,Akihiko Kondo,BIORESOURCE TECHNOLOGY,ELSEVIER SCI LTD,Vol. 108,p. 211-215,2012年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Coupled transcript-metabolite profiling: Towards systems biology approaches to unravel regulation of seed secondary metabolism,Thierry Joët,Eleanore T. Wurtzel,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,Stéphane Dussert,Seed Development: OMICS Technologies Toward Improvement of Seed Quality and Crop Yield: OMICS in Seed Biology,Springer Netherlands,p. 367-385,2012年01月01日,論文集(書籍)内論文
  • Two glycosyltransferases involved in anthocyanin modification delineated by transcriptome independent component analysis in Arabidopsis thaliana,Keiko Yonekura-Sakakibara,Atsushi Fukushima,Ryo Nakabayashi,Kousuke Hanada,Fumio Matsuda,Satoko Sugawara,Eri Inoue,Takashi Kuromori,Takuya Ito,Kazuo Shinozaki,Bunyapa Wangwattana,Mami Yamazaki,Kazuki Saito,Plant Journal,Vol. 69,No. 1,p. 154-167,2012年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Construction of an artificial pathway for isobutanol biosynthesis in the cytosol of saccharomyces cerevisiae,Fumio Matsuda,Takashi Kondo,Kengo Ida,Hironori Tezuka,Jun Ishii,Akihiko Kondo,Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,Vol. 76,No. 11,p. 2139-2141,2012年,研究論文(学術雑誌)
  • Effects of freeze-drying of samples on metabolite levels in metabolome analyses,Akira Oikawa,Takao Otsuka,Yusuke Jikumaru,Shinjiro Yamaguchi,Fumio Matsuda,Ryo Nakabayashi,Tadashi Takashina,Kanji Isuzugawa,Kazuki Saito,Katsuhiro Shiratake,Journal of Separation Science,Vol. 34,No. 24,p. 3561-3567,2011年12月,研究論文(学術雑誌)
  • Comparative Profiling Analysis of Central Metabolites in Euglena gracilis under Various Cultivation Conditions,Fumio Matsuda,Masahiro Hayashi,Akihiko Kondo,BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY,TAYLOR & FRANCIS LTD,Vol. 75,No. 11,p. 2253-2256,2011年11月,研究論文(学術雑誌)
  • Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics,Henning Redestig,Miyako Kusano,Kaworu Ebana,Makoto Kobayashi,Akira Oikawa,Yozo Okazaki,Fumio Matsuda,Masanori Arita,Naoko Fujita,Kazuki Saito,BMC Systems Biology,Vol. 5,2011年10月28日,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolomics of a single vacuole reveals metabolic dynamism in an alga Chara australis,Akira Oikawa,Fumio Matsuda,Munehiro Kikuyama,Tetsuro Mimura,Kazuki Saito,Plant Physiology,Vol. 157,No. 2,p. 544-551,2011年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Repeated-batch fermentation of lignocellulosic hydrolysate to ethanol using a hybrid Saccharomyces cerevisiae strain metabolically engineered for tolerance to acetic and formic acids,Tomoya Sanda,Tomohisa Hasunuma,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,BIORESOURCE TECHNOLOGY,ELSEVIER SCI LTD,Vol. 102,No. 17,p. 7917-7924,2011年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Engineering strategy of yeast metabolism for higher alcohol production,Fumio Matsuda,Chikara Furusawa,Takashi Kondo,Jun Ishii,Hiroshi Shimizu,Akihiko Kondo,MICROBIAL CELL FACTORIES,BIOMED CENTRAL LTD,Vol. 10,2011年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Mass spectra-based framework for automated structural elucidation of metabolome data to explore phytochemical diversity,Fumio Matsuda,Ryo Nakabayashi,Yuji Sawada,Makoto Suzuki,Masami Y. Hirai,Shigehiko Kanaya,Kazuki Saito,Frontiers in Plant Science,Frontiers Research Foundation,Vol. 2,2011年08月22日,研究論文(学術雑誌)
  • Enzymatic glutathione production using metabolically engineered Saccharomyces cerevisiae as a whole-cell biocatalyst,Hideyo Yoshida,Kiyotaka Y. Hara,Kentaro Kiriyama,Hideki Nakayama,Fumiyoshi Okazaki,Fumio Matsuda,Chiaki Ogino,Hideki Fukuda,Akihiko Kondo,APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY,SPRINGER,Vol. 91,No. 4,p. 1001-1006,2011年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Variation in Biomass Properties among Rice Diverse Cultivars,Fumio Matsuda,Masanori Yamasaki,Tomohisa Hasunuma,Chiaki Ogino,Akihiko Kondo,BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY,TAYLOR & FRANCIS LTD,Vol. 75,No. 8,p. 1603-1605,2011年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolomics reveals comprehensive reprogramming involving two independent metabolic responses of Arabidopsis to UV-B light,Miyako Kusano,Takayuki Tohge,Atsushi Fukushima,Makoto Kobayashi,Naomi Hayashi,Hitomi Otsuki,Youichi Kondou,Hiroto Goto,Mika Kawashima,Fumio Matsuda,Rie Niida,Minami Matsui,Kazuki Saito,Alisdair R. Fernie,Plant Journal,Vol. 67,No. 2,p. 354-369,2011年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Application of gene targeting to designed mutation breeding of high-tryptophan rice,Hiroaki Saika,Akira Oikawa,Fumio Matsuda,Haruko Onodera,Kazuki Saito,Seiichi Toki,Plant Physiology,Vol. 156,No. 3,p. 1269-1277,2011年07月,研究論文(学術雑誌)
  • Efficient fermentation of xylose to ethanol at high formic acid concentrations by metabolically engineered Saccharomyces cerevisiae,Tomohisa Hasunuma,Kyung-mo Sung,Tomoya Sanda,Kazuya Yoshimura,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY,SPRINGER,Vol. 90,No. 3,p. 997-1004,2011年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolomics in Plant Biotechnology,Yozo Okazaki,Akira Oikawa,Miyako Kusano,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,Plant Metabolism and Biotechnology,John Wiley and Sons,p. 373-388,2011年03月28日,論文集(書籍)内論文
  • Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment,Miyako Kusano,Henning Redestig,Tadayoshi Hirai,Akira Oikawa,Fumio Matsuda,Atsushi Fukushima,Masanori Arita,Shin Watanabe,Megumu Yano,Kyoko Hiwasa-Tanase,Hiroshi Ezura,Kazuki Saito,PLoS ONE,Vol. 6,No. 2,2011年,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolomics for functional genomics, systems biology, and biotechnology,Kazuki Saito,Fumio Matsuda,Annual Review of Plant Biology,Vol. 61,p. 463-489,2010年06月02日,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic profiling and cytological analysis of proanthocyanidins in immature seeds of Arabidopsis thaliana flavonoid accumulation mutants,Satoshi Kitamura,Fumio Matsuda,Takayuki Tohge,Keiko Yonekura-Sakakibara,Mami Yamazaki,Kazuki Saito,Issay Narumi,PLANT JOURNAL,WILEY-BLACKWELL,Vol. 62,No. 4,p. 549-559,2010年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis,Henning Redestig,Miyako Kusano,Atsushi Fukushima,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,Masanori Arita,BMC Bioinformatics,Vol. 11,2010年04月29日,研究論文(学術雑誌)
  • AtMetExpress development: A phytochemical atlas of Arabidopsis development,Fumio Matsuda,Masami Y. Hirai,Eriko Sasaki,Kenji Akiyama,Keiko Yonekura-Sakakibara,Nicholas J. Provart,Tetsuya Sakurai,Yukihisa Shimada,Kazuki Saito,Plant Physiology,Vol. 152,No. 2,p. 566-578,2010年02月,研究論文(学術雑誌)
  • MassBank: A public repository for sharing mass spectral data for life sciences,Hisayuki Horai,Masanori Arita,Shigehiko Kanaya,Yoshito Nihei,Tasuku Ikeda,Kazuhiro Suwa,Yuya Ojima,Kenichi Tanaka,Satoshi Tanaka,Ken Aoshima,Yoshiya Oda,Yuji Kakazu,Miyako Kusano,Takayuki Tohge,Fumio Matsuda,Yuji Sawada,Masami Yokota Hirai,Hiroki Nakanishi,Kazutaka Ikeda,Naoshige Akimoto,Takashi Maoka,Hiroki Takahashi,Takeshi Ara,Nozomu Sakurai,Hideyuki Suzuki,Daisuke Shibata,Steffen Neumann,Takashi Iida,Ken Tanaka,Kimito Funatsu,Fumito Matsuura,Tomoyoshi Soga,Ryo Taguchi,Kazuki Saito,Takaaki Nishioka,Journal of Mass Spectrometry,John Wiley and Sons Ltd,Vol. 45,No. 7,p. 703-714,2010年,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic profiling analysis of genetically modified rice seedlings that overproduce tryptophan reveals the occurrence of its inter-tissue translocation,Fumio Matsuda,Atsushi Ishihara,Kojiro Takanashi,Keiko Morino,Haruna Miyazawa,Kyo Wakasa,Hisashi Miyagawa,Plant Biotechnology,Japanese Society for Plant Cell and Molecular Biology,Vol. 27,No. 1,p. 17-27,2010年,研究論文(学術雑誌)
  • Expression of bacterial tyrosine ammonia-lyase creates a novel p-coumaric acid pathway in the biosynthesis of phenylpropanoids in Arabidopsis,Yasutaka Nishiyama,Choong-Soo Yun,Fumio Matsuda,Tadamasa Sasaki,Kazuki Saito,Yuzuru Tozawa,Planta,Vol. 232,No. 1,p. 209-218,2010年,研究論文(学術雑誌)
  • Evaluation of amino acid content and nutritional quality of transgenic soybean seeds with high-level tryptophan accumulation,Masao Ishimoto,Shaikh M. Rahman,Moemen S. Hanafy,Mutasim M. Khalafalla,Hany A. El-Shemy,Yumi Nakamoto,Yoichi Kita,Kojiro Takanashi,Fumio Matsuda,Yoshihiro Murano,Tomoko Funabashi,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Molecular Breeding,Vol. 25,No. 2,p. 313-326,2010年01月,研究論文(学術雑誌)
  • Members of the LBD Family of Transcription Factors Repress Anthocyanin Synthesis and Affect Additional Nitrogen Responses in Arabidopsis,Grit Rubin,Takayuki Tohge,Fumio Matsuda,Kazuki Saito,Wolf-Ruediger Scheible,PLANT CELL,AMER SOC PLANT BIOLOGISTS,Vol. 21,No. 11,p. 3567-3584,2009年11月
  • Assessment of metabolome annotation quality: A method for evaluating the false discovery rate of elemental composition searches,Fumio Matsuda,Yoko Shinbo,Akira Oikawa,Masami Yokota Hirai,Oliver Flehn,Shigehiko Kanaya,Kazuki Saito,PLoS ONE,Vol. 4,No. 10,2009年10月16日,研究論文(学術雑誌)
  • A Chloroplastic UDP-Glucose Pyrophosphorylase from Arabidopsis Is the Committed Enzyme for the First Step of Sulfolipid Biosynthesis,Okazaki Yozo,Shimojima Mie,Sawada Yuji,Toyooka Kiminori,Narisawa Tomoko,Mochida Keiichi,Tanaka Hironori,Matsuda Fumio,Hirai Akiko,Hirai Masami Yokota,Ohta Hiroyuki,Saito Kazuki,PLANT CELL,Vol. 21,No. 3,p. 892-909,2009年03月
  • MS/MS spectral tag-based annotation of non-targeted profile of plant secondary metabolites,Fumio Matsuda,Keiko Yonekura-Sakakibara,Rie Niida,Takashi Kuromori,Kazuo Shinozaki,Kazuki Saito,Plant Journal,Vol. 57,No. 3,p. 555-577,2009年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Visualization of metabolite identifier information,Matsuda Fumio,Redestig Henning,Sawada Yuji,Shinbo Yoko,Hirai Masami Yokota,Kanaya Shigehiko,Saito Kazuki,Plant Biotechnology,Vol. 26,No. 5,p. 479-483,2009年
  • Rice metabolomics,Akira Oikawa,Fumio Matsuda,Miyako Kusano,Yozo Okazaki,Kazuki Saito,Rice,Vol. 1,No. 1,p. 63-71,2008年09月
  • Comprehensive flavonol profiling and transcriptome coexpression analysis leading to decoding gene-metabolite correlations in Arabidopsis,Keiko Yonekura-Sakakibara,Takayuki Tohge,Fumio Matsuda,Ryo Nakabayashi,Hiromitsu Takayama,Rie Niida,Akiko Watanabe-Takahashi,Eri Inoue,Kazuki Saito,Plant Cell,Vol. 20,No. 8,p. 2160-2176,2008年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Mutation of a rice gene encoding a phenylalanine biosynthetic enzyme results in accumulation of phenylalanine and tryptophan,Tetsuya Yamada,Fumio Matsuda,Koji Kasai,Shuichi Fukuoka,Keisuke Kitamura,Yuzuru Tozawa,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Plant Cell,Vol. 20,No. 5,p. 1316-1329,2008年05月,研究論文(学術雑誌)
  • The tryptophan pathway is involved in the defense responses of rice against pathogenic infection via serotonin production,Atsushi Ishihara,Yumi Hashimoto,Chihiro Tanaka,Joseph G. Dubouzet,Takahito Nakao,Fumio Matsuda,Takaaki Nishioka,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Plant Journal,Vol. 54,No. 3,p. 481-495,2008年05月,研究論文(学術雑誌)
  • メタボローム解析技術の現状と展望 : 2. データ処理技術,松田 史生,及川 彰,草野 都,菊地 淳,斉藤 和季,化学と生物,日本農芸化学会,Vol. 45,No. 12,p. 834-842,2007年12月01日
  • メタボローム解析技術の現状と展望 : 1. 試料調製, 計測技術,松田 史生,及川 彰,草野 都,菊地 淳,斉藤 和季,化学と生物,日本農芸化学会,Vol. 45,No. 11,p. 754-760,2007年11月01日
  • Integrated metabolomic and transcriptomic analyses of high-tryptophan rice expressing a mutant anthranilate synthase alpha subunit,Joseph G. Dubouzet,Atsushi Ishihara,Fumio Matsuda,Hisashi Miyagawa,Hiroyoshi Iwata,Kyo Wakasa,Journal of Experimental Botany,Vol. 58,No. 12,p. 3309-3321,2007年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolomics for metabolically manipulated plants: Effects of tryptophan overproduction,Atsushi Ishihara,Fumio Matsuda,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Metabolomics,Vol. 3,No. 3,p. 319-334,2007年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic flux analysis in plants using dynamic labeling technique: Application to tryptophan biosynthesis in cultured rice cells,Fumio Matsuda,Kyo Wakasa,Hisashi Miyagawa,Phytochemistry,Vol. 68,No. 16-18,p. 2290-2301,2007年08月,研究論文(学術雑誌)
  • 【最新プロテオミクス・メタボロミクス 質量分析の基礎からバイオ医薬への応用】 メタボローム解析 マススペクトロメトリーによる植物メタボローム解析,草野 都,峠 隆之,松田 史生,岡咲 洋三,及川 彰,斉藤 和季,細胞工学,(株)学研メディカル秀潤社,Vol. 別冊,No. プロテオミクス・メタボロミクス,p. 146-156,2007年07月
  • Estimation of metabolic fluxes, expression levels and metabolite dynamics of a secondary metabolic pathway in potato using label pulse-feeding experiments combined with kinetic network modelling and simulation,Elmar Heinzle,Fumio Matsuda,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Takaaki Nishioka,Plant Journal,Vol. 50,No. 1,p. 176-187,2007年04月,研究論文(学術雑誌)
  • High-level tryptophan accumulation in seeds of transgenic rice and its limited effects on agronomic traits and seed metabolite profile,Kyo Wakasa,Hisakazu Hasegawa,Hiroshi Nemoto,Fumio Matsuda,Haruna Miyazawa,Yuzuru Tozawa,Keiko Morino,Akira Komatsu,Tetsuya Yamada,Teruhiko Terakawa,Hisashi Miyagawa,Journal of Experimental Botany,Vol. 57,No. 12,p. 3069-3078,2006年09月,研究論文(学術雑誌)
  • Characterization of tryptophan-overproducing potato transgenic for a mutant rice anthranilate synthase α-subunit gene (OASA1D),Fumio Matsuda,Tetsuya Yamada,Haruna Miyazawa,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Planta,Vol. 222,No. 3,p. 535-545,2005年10月,研究論文(学術雑誌)
  • Quantification of indole-3-acetic acid and amino acid conjugates in rice by liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometry,Fumio Matsuda,Haruna Miyazawa,Kyo Wakasa,Hisashi Miyagawa,Bioscience, Biotechnology and Biochemistry,Vol. 69,No. 4,p. 778-783,2005年04月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic flux analysis of the phenylpropanoid pathway in elicitor-treated potato tuber tissue,Fumio Matsuda,Keiko Morino,Rieko Ano,Masaki Kuzawa,Kyo Wakasa,Hisashi Miyagawa,Plant and Cell Physiology,Vol. 46,No. 3,p. 454-466,2005年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic profiling of tryptophan-overproducing rice calli that express a feedback-insensitive α subunit of anthranilate synthase,Keiko Morino,Fumio Matsuda,Haruna Miyazawa,Akiko Sukegawa,Hisashi Miyagawa,Kyo Wakasa,Plant and Cell Physiology,Vol. 46,No. 3,p. 514-521,2005年03月,研究論文(学術雑誌)
  • In vitro biosynthesis of volicitin in Spodoptera litura,Naoko Yoshinaga,Nobuyoshi Morigaki,Fumio Matsuda,Ritsuo Nishida,Naoki Mori,Insect Biochemistry and Molecular Biology,Vol. 35,No. 2,p. 175-184,2005年02月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolism of avenanthramide phytoalexins in oats,Yozo Okazaki,Taishi Isobe,Yoichi Iwata,Tetsuya Matsukawa,Fumio Matsuda,Hisashi Miyagawa,Atsushi Ishihara,Takaaki Nishioka,Hajime Iwamura,Plant Journal,Vol. 39,No. 4,p. 560-572,2004年08月,研究論文(学術雑誌)
  • Determination of potato glycoalkaloids using high-pressure liquid chromatography-electrospray ionisation/mass spectrometry,Fumio Matsuda,Keiko Morino,Haruna Miyazawa,Masahiro Miyashita,Hisashi Miyagawa,Phytochemical Analysis,Vol. 15,No. 2,p. 121-124,2004年03月,研究論文(学術雑誌)
  • Metabolic flux analysis of phenylpropanoid pathway in wound-healing potato tuber tissue,F Matsuda,H Miyagawa,PLANT AND CELL PHYSIOLOGY,OXFORD UNIV PRESS,Vol. 44,p. S192-S192,2003年
  • Involvement of reactive oxygen species in the induction of (S)-N-p-coumaroyloctopamine accumulation by beta-1,3-glucooligosaccharide elicitors in potato tuber tissues,F Matsuda,H Miyagawa,T Ueno,ZEITSCHRIFT FUR NATURFORSCHUNG C-A JOURNAL OF BIOSCIENCES,VERLAG Z NATURFORSCH,Vol. 56,No. 3-4,p. 228-234,2001年03月,研究論文(学術雑誌)
  • beta-1,3-glucooligosaccharide induced activation of four enzymes responsible for N-p-coumaroyloctopamine biosynthesis in potato (Solanum tuberosum cv.) tuber tissue,F Matsuda,H Miyagawa,T Ueno,ZEITSCHRIFT FUR NATURFORSCHUNG SECTION C-A JOURNAL OF BIOSCIENCES,WALTER DE GRUYTER GMBH,Vol. 55,No. 5-6,p. 373-382,2000年05月,研究論文(学術雑誌)
  • Absolute structure of N-p-coumaroyloctopamine in elicitor-treated potato tuber tissue,F Matsuda,H Miyagawa,T Ueno,BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY,TAYLOR & FRANCIS LTD,Vol. 64,No. 3,p. 625-627,2000年03月,研究論文(学術雑誌)

MISC

  • ターゲットプロテオミクスを用いたスマートセルの評価,松田 史生,バイオサイエンスとインダストリー,Vol. 77,No. 6,p. 514-515,2019年11月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
  • 糖リン酸の精密計測が明らかにする中心代謝フラックス,岡橋 伸幸,松田 史生,バイオサイエンスとインダストリー,バイオインダストリー協会,Vol. 77,No. 2,p. 116-118,2019年
  • メタボロミクスにおける動態解析 ―質量分析と同位体標識を用いて代謝の流れを測定する―,中山泰宗,松田史生,質量分析,一般社団法人 日本質量分析学会,Vol. 65,No. 5,p. 210-214,2017年08月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
  • 代謝デザインと<sup>13</sup>C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用,清水浩,松田史生,戸谷吉博,化学と生物,Vol. 53,No. 7,p. 455-461,2015年06月20日
  • 代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用 (特集 産業微生物の力を深化させる日本の技~育種の最前線~我が国独自の起点・技術から),松田 史生,吉川 勝徳,清水 浩,生物工学会誌,日本生物工学会,Vol. 92,No. 11,p. 593-597,2014年
  • バイオリファイナリー社会に向けた燃料・化学品生産,石井 純,蓮沼 誠久,松田 史生,近藤 昭彦,安全工学,Vol. 52,No. 4,p. 249-255,2013年08月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)
  • 革新的なものづくり実現のための「合成生物工学」,石井 純,蓮沼 誠久,松田 史生,近藤 昭彦,生物工学会誌,Vol. 91,No. 6,p. 314-318,2013年06月,記事・総説・解説・論説等(学術雑誌)

著書

  • 医薬品開発におけるオミクス解析技術,松田史生,情報機構,ISBN:9784865021844,2020年03月
  • スマートセルインダストリー : 微生物細胞を用いた物質生産の展望,久原哲,松田史生,シーエムシー出版,ISBN:9784781313344,2018年06月

特許・実用新案・意匠

  • 解析装置および解析方法,松田史生,金澤慎司,特願2019-089616,出願日:2019年05月10日

作品

  • blankmaps,松田史生,2020年04月 ~ 継続中
  • mfapy,松田史生,2019年04月 ~ 継続中

受賞

  • ポスター賞,丸山正晴,荒木千絵,岡橋伸幸,松田 史生,2018年10月
  • 第26回生物工学論文賞,和田 圭介,戸谷 吉博,坂野 聡美,吉川 勝徳,松田 史生,清水 浩,日本生物工学会,2018年09月
  • 奨励賞,松田史生,日本質量分析学会,2018年05月

講演・口頭発表等

  • Trans omics analysis of metabolic rewiring in inhibitor treated cancer cells by integrating 13C metabolic flux and metabolome analyses,Fumio Matsuda,The 29th Hot Spring Harbor International Symposium Cutting Edge of Technical Innovations in Trans Omics,2020年02月06日
  • 出芽酵母中心代謝の計測と応用,松田史生,第116回醗酵学懇話会,2020年01月31日
  • Trans-omic analysis of the central metabolism of Saccharomyces cerevisiae by integration of metabolome, metabolic flux, and proteome data,2019年11月04日
  • How to use targeted proteomics in synthetic and systems biology,Asian Synthetic Biology Association 2019,2019年10月27日
  • 定量プロテオミクスで代謝を解析してみる,松田史生,第8回植物二次代謝フロンティア研究会,2019年10月20日
  • 乳がん細胞MCF-7の呼吸鎖阻害剤処理に対する代謝アダプテーションの解析,岡橋伸幸,辻周真,小倉泰郎,飯田順子,松田史生,第13回メタボロームシンポジウム,2019年10月17日
  • 13C-代謝フラックス解析を用いた薬剤耐性代謝アダプテーション機構の解析,松田史生,第92回日本生化学会大会,2019年09月20日
  • データ駆動型代謝数理モデル構築とシアノバクテリア代謝工学への応用,松田史生,第71回日本生物工学会大会,2019年09月16日
  • デルタロドプシン発現が出芽酵母の代謝に及ぼす影響,大塚健介,弘埜陽子,石井寛子,石井純,岡橋伸幸,戸谷吉博,原清敬,松田史生,2019年09月
  • 大腸菌によるメバロン酸高生産のための流加培養条件の評価,前田健仁,戸谷吉博,松田史生,清水浩,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2018年09月18日
  • 増殖連動型物質生産のin silico解析における反応律速点の同定法の開発と実験検証,清水浩,徳山健斗,戸谷吉博,松田史生,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2018年09月18日
  • 動的代謝モデルアンサンブルを用いたエタノール生産シアノバクテリアの代謝工学,西口大貴,永井暉,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2018年08月07日
  • 様々な波長の光照射下におけるシアノバクテリアの解析,豊島正和,阪田真澄,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2018年08月07日
  • 出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産に向けた不活性型Cas9によるエタノール生合成経路の抑制,森田啓介,松田史生,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2018年08月07日
  • 代謝工学による光合成の統合解析と工学応用,豊島正和,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2018年08月07日
  • ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生,鎌田健太郎,戸谷吉博,弘埜陽子,原清敬,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2018年08月07日
  • 安定同位体非定常の<sup>13</sup>C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析によるn‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatus PCC7942の代謝状態の推定,和田圭介,植林希代加,戸谷吉博,傳寶雄大,PUTRI Sastia,松田史生,福崎英一郎,LIAO James C,清水浩,化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2018年03月13日
  • ミトコンドリア代謝の抑制による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産能力の向上,森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2018年03月05日
  • FBAを用いた出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価,神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2018年03月05日
  • Synechocystis sp.PCC6803の中心代謝経路と光化学系の制御メカニズムの解析,和田圭介,戸谷吉博,吉川勝徳,松田史生,清水浩,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2017年09月20日
  • 光合成微生物の代謝モデルの開発と応用,豊島正和,戸谷吉博,吉川勝徳,松田史生,清水浩,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2017年09月20日
  • <sup>13</sup>C代謝フラックス解析による細胞の生理状態の理解と工学応用,清水浩,松田史生,戸谷吉博,岡橋伸幸,前田昂亮,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2017年09月20日
  • シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803の光化学反応を精緻化したゲノムスケールモデルを用いた様々な光条件における代謝シミュレーション,豊島正和,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • 出芽酵母中心代謝酵素欠損株のトランスオミクス解析,松田史生,西野駿佑,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • ピルビン酸代謝フローの転換による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産性の向上,森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • <sup>13</sup>C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析を用いたn‐ブタノール生産シアノバクテリア株の代謝解析,和田圭介,植林希代加,戸谷吉博,傳寶雄大,PUTRI Sastia,松田史生,福崎英一郎,LIAO James,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • 代謝シミュレーションに基づいた有用発酵微生物の育種,徳山健斗,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • 枯草菌中枢代謝経路における酵素発現レベルとフラックス分布の関係,戸谷吉博,富田淳美,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • 出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価,神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2017年08月08日
  • Garuda platformを用いた質量分析トランスオミクスデータの自動可視化,山田洋平,松田史生,GHOSH Samik,長谷武志,木下翔平,西野駿佑,富田淳美,TSORMAN Nikolaos,遠山敦彦,梶原茂樹,向紀雄,松岡由希子,清水浩,福崎英一郎,北野宏明,飯田順子,飯田順子,質量分析総合討論会講演要旨集,2017年05月01日
  • QconCAT法を用いたシアノバクテリア光化学装置の定量プロテオミクス,徳丸雄磨,植林希代加,徳山健斗,和田圭介,松田史生,清水浩,質量分析総合討論会講演要旨集,2017年05月01日
  • 出芽酵母のメバロン酸経路の強化に有効な遺伝子破壊の探索,神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩,化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2017年03月06日
  • マイトファジー抑制による出芽酵母の細胞質物質生産能力向上,森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2017年03月05日
  • n‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatusの<sup>13</sup>C代謝フラックス解析,和田圭介,戸谷吉博,松田史生,LIAO James C,清水浩,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2016年09月06日
  • 大腸菌による効率的なメバロン酸生産のための代謝解析,戸谷吉博,和田圭介,増田亜美,徳山健斗,坂野聡美,吉川勝徳,松田史生,清水浩,化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2016年09月06日
  • イソブタノール生産酵母の構築:オルガネラ局在の検討,森田啓介,松田史生,伊田賢吾,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2016年08月25日
  • メバロン酸生産大腸菌の細胞内代謝状態の定量的な評価,永井暉,戸谷吉博,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2016年08月25日
  • 質量分析装置を用いた酵母中心代謝のトランスオミクス解析,松田史生,西野駿佑,清水浩,質量分析総合討論会講演要旨集,2016年05月09日
  • 蛍光タンパク質を利用した細胞内代謝状態の可視化と評価,戸谷吉博,渡辺祥,後野直哉,増田亜美,徳山健斗,松田史生,清水浩,化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2016年03月13日
  • 細胞増殖定常期の制限基質による3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌への影響,徳山健斗,戸谷吉博,松田史生,清水浩,化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM),2016年03月13日
  • 2,3‐ブタンジオール高生産出芽酵母株の構築,松田史生,伊田賢吾,木下翔平,森田啓介,石井寛子,富田淳美,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2016年03月05日
  • 異種遺伝子発現による出芽酵母イソブタノール合成活性化,森田啓介,松田史生,石井純,近藤昭彦,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2016年03月05日
  • 解糖系フラックスセンサーを利用した高効率物質生産のための代謝制御手法の開発,戸谷吉博,渡辺祥,徳山健斗,吉川勝徳,松田史生,清水浩,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2016年03月05日
  • 代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発,清水浩,松田史生,戸谷吉博,日本農芸化学会大会講演要旨集(Web),2016年03月05日
  • Saccharomyces cerevisiaeのS‐adenosyl‐L‐methionine生産機構の解析,早川謙嗣,早川謙嗣,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2015年09月25日
  • 蛍光タンパク質を用いた代謝フラックスの可視化とその応用,戸谷吉博,渡辺祥,後野直哉,増田亜美,徳山健斗,吉川勝徳,松田史生,清水浩,日本生物工学会大会講演要旨集,2015年09月25日
  • 次世代バイオアルコール生産酵母の代謝デザイン,松田史生,古澤力,石井純,近藤貴志,清水浩,近藤昭彦,日本生物工学会大会講演要旨集,2011年08月25日
  • シロイヌナズナにおけるフラボノイド生合成経路の非生物学的ストレス緩和能,中林 亮,榊原 圭子,浦野 薫,松田 史生,小嶋 美紀子,榊原 均,篠崎 一雄,峠 隆之,山崎 真巳,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2011年
  • ReSpect: 植物代謝産物のMS/MSデータベースとデータリソース,澤田 有司,中林 亮,山田 豊,鈴木 実,秋山 顕治,櫻井 哲也,松田 史生,平井 優美,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2011年
  • 代謝および転写プロファイルデータの統合解析によるシロイヌナズナUV-B防御代謝機構の解明,草野 都,峠 隆之,福島 敦史,小林 誠,林 尚美,大槻 瞳,近藤 陽一,後藤 裕人,川島 美香,松田 史生,新井田 理絵,松井 南,斉藤 和季,Fernie Alisdair,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2011年
  • シロイヌナズナのオミクスデータを利用した植物ホルモンによる代謝制御の一斉解析,佐々木 江理子,松田 史生,草野 都,岡咲 洋三,及川 彰,平井 優美,福島 敦史,平山 隆志,山本 興太朗,鈴木 優志,村中 俊哉,山口 信次郎,中野 雄司,榊原 均,南原 英司,浅見 忠男,斉藤 和季,嶋田 幸久,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2010年
  • MS-based metabolomicsによる 遺伝子組み換えトマトの実質的同等性評価法,草野 都,Redestig Henning,及川 彰,松田 史生,福島 敦史,平井 正良,棚瀬(日和佐,京子,渡辺 信,矢野 めぐむ,有田 正規,江面 浩,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2010年
  • シロイヌナズナにおける二つのMYB遺伝子同時過剰発現による遺伝子発現及びフラボノイド蓄積の効果,中林 亮,榊原 圭子,松田 史生,峠 隆之,北島 満里子,高山 廣光,山崎 真巳,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2010年
  • 花粉成熟に必須なシロイヌナズナMS1転写因子が制御するアシル基転移酵素遺伝子の機能解析,伊藤 卓也,松田 史生,峠 隆之,長田 裕之,斉藤 和季,篠崎 一雄,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • シロイヌナズナ未熟種子におけるフラボノイド変異体の代謝産物解析,北村 智,峠 隆之,松田 史生,榊原 圭子,斉藤 和季,鳴海 一成,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • 遺伝子共発現解析によるシロイヌナズナ・アントシアニン糖転移酵素遺伝子の機能同定,榊原 圭子,井上 恵理,松田 史生,Wangwattana Bunyapa,山崎 真巳,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • シロイヌナズナ二次代謝産物の部位別プロファイルデータベースAtMetExpress Developmentの構築,松田 史生,秋山 顕治,佐々木 江理子,嶋田 幸久,櫻井 哲也,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • LCMSを用いた植物のリピドミクス解析系と脂質生合成新規遺伝子機能同定への応用,岡咲 洋三,下嶋 美恵,澤田 有司,豊岡 公徳,成澤 知子,持田 恵一,田中 宏憲,松田 史生,平井 晶子,平井 優美,太田 啓之,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • 単一細胞・単一液胞メタボロミクス,及川 彰,松田 史生,三村 徹郎,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2009年
  • 代謝プロファイル分析を用いたイネ擬似病斑誘導関連遺伝子OsAT1の機能予測,松田 史生,森 昌樹,斉藤 和季,日本農薬学会大会講演要旨集,2008年03月11日
  • イネ胚乳中のアミノ酸含量に関するQTL解析,松田 史生,及川 彰,澤田 有司,平井 優美,矢野 昌裕,斉藤 和季,日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集,2008年

社会貢献

  • Pythonデータ解析入門,日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会,バイオ計測サイエンス研究部会第4回企画,2019年09月23日 ~

委員歴

  • 学協会,日本質量分析学会,和文誌編集委員,2020年04月 ~ 継続中
  • 学協会,日本生物工学会,和文誌編集員,2019年04月 ~ 継続中
  • 学協会,日本質量分析学会,理事,2017年04月 ~ 継続中
  • 学協会,日本質量分析学会,日本質量分析総合討論会2020実行委員,2020年05月 ~ 2020年05月
  • 学協会,日本生物工学会,英文誌編集員, ~ 2016年03月