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Takaya Daisuke
髙谷　大輔
Takaya Daisuke
髙谷　大輔
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Graduate School of Pharmaceutical Sciences　Advanced Pharmaco-science, Associate Professor (Lecturer)
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Research History 2

  1. 2022/06 - Present
    RIKEN

  2. 2020/10 - 2022/05
    RIKEN

Committee Memberships 8

  1. 日本薬学会 構造活性相関部会　第53回構造活性相関シンポジウム

    2025/04 - 2025/12

  2. 日本薬学会 構造活性相関部会　構造活性フォーラム 2024　Academic society

    2024/01 - 2024/06

  3. CBI学会　CBI学会2022年大会プログラム委員　Academic society

    2021/12 - 2022/10

  4. CBI 学会 2022 年大会実行委員　Academic society

    2021/09 - 2022/10

  5. 第49回構造活性相関シンポジウム　第49回構造活性相関シンポジウム実行委員　Academic society

    2021/05 - 2021/11

  6. CBI学会 2021年大会プログラム委員　Other

    2021/01 - 2021/10

  7. 第48回構造活性相関シンポジウム実行委員　Academic society

    2020/01 - 2020/12

  8. 構造活性フォーラム2013実行委員会　構造活性相関フォーラム2013 実行委員会 事務局　Academic society

    2013 - 2013/06

Professional Memberships 2

  1. THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN

  2. 日本蛋白質科学会

Awards 1

  1. SAR Presentation Award（第50回構造活性相関シンポジウム)

    高谷大輔, 田雨時, 福澤薫　日本薬学会 構造活性相関部会　2022/12

Papers 33

  1. Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method

    Daisuke Takaya, Shu Ohno, Toma Miyagishi, Sota Tanaka, Koji Okuwaki, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Yu-Shi Tian, Kaori Fukuzawa

    Scientific Data　2024/10/23　Research paper (scientific journal)

  2. Computer-Aided Drug Design Using the Fragment Molecular Orbital Method: Current Status and Future Applications for SBDD

    Daisuke Takaya

    Chemical and Pharmaceutical Bulletin　Vol. 72　No. 9　p. 781-786　2024/09/01　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Pharmaceutical Society of Japan

  3. FMODB: The World's First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi, Tatsuya Takagi, Norihito Kawashita, Kenichiro Takaba, Tomonaga Ozawa, Midori Takimoto-Kamimura, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　Vol. 61　No. 2　p. 777-794　2021/02/22　Research paper (scientific journal)

  4. Protein ligand interaction analysis against new CaMKK2 inhibitors by use of X-ray crystallography and the fragment molecular orbital (FMO) method

    Daisuke Takaya, Hideaki Niwa, Junko Mikuni, Kana Nakamura, Noriko Handa, Akiko Tanaka, Shigeyuki Yokoyama, Teruki Honma

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING　Vol. 99　p. 107599-107599　2020/09　Research paper (scientific journal)

  5. Characterization of crystal water molecules in a high-affinity inhibitor and hematopoietic prostaglandin D synthase complex by interaction energy studies

    Daisuke Takaya, Koji Inaka, Akifumi Omura, Kenji Takenuki, Masashi Kawanishi, Yukako Yabuki, Yukari Nakagawa, Keiko Tsuganezawa, Naoko Ogawa, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Kosuke Aritake, Yoshihiro Urade, Mikako Shirouzu, Akiko Tanaka

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 26　No. 16　p. 4726-4734　2018/09　Research paper (scientific journal)

  6. Targeting Ras-Driven Cancer Cell Survival and Invasion through Selective Inhibition of DOCK1

    Hirotada Tajiri, Takehito Uruno, Takahiro Shirai, Daisuke Takaya, Shigeki Matsunaga, Daiki Setoyama, Mayuki Watanabe, Mutsuko Kukimoto-Niino, Kounosuke Oisaki, Miho Ushijima, Fumiyuki Sanematsu, Teruki Honma, Takaho Terada, Eiji Oki, Senji Shirasawa, Yoshihiko Maehara, Dongchon Kang, Jean-Francois Cote, Shigeyuki Yokoyama, Motomu Kanai, Yoshinori Fukui

    CELL REPORTS　Vol. 19　No. 5　p. 969-980　2017/05　Research paper (scientific journal)

  7. Prediction of Ligand-Induced Structural Polymorphism of Receptor Interaction Sites Using Machine Learning

    Daisuke Takaya, Tomohiro Sato, Hitomi Yuki, Shunta Sasaki, Akiko Tanaka, Shigeyuki Yokoyama, Teruki Honma

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　Vol. 53　No. 3　p. 704-716　2013/03　Research paper (scientific journal)

  8. A new method for induced fit docking (GENIUS) and its application to virtual screening of novel HCV NS3-4A protease inhibitors

    Daisuke Takaya, Atsuya Yamashita, Kazue Kamijo, Junko Gomi, Masahiko Ito, Shinya Maekawa, Nobuyuki Enomoto, Naoya Sakamoto, Yoshiaki Watanabe, Ryoichi Arai, Hideaki Umeyama, Teruki Honma, Takehisa Matsumoto, Shigeyuki Yokoyama

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 19　No. 22　p. 6892-6905　2011/11　Research paper (scientific journal)

  9. Bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening

    Daisuke Takaya, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN　Vol. 56　No. 5　p. 742-744　2008/05　Research paper (scientific journal)

  10. The Effectiveness of Local Fine-Tuned LLMs: Assessment of the Japanese National Examination for Pharmacists

    Hiroto Asano, Daisuke Takaya, Asuka Hatabu, Minako Ohishi, Kaori Fukuzawa, Kenji Ikeda, Yu-Shi Tian

    2025/04/15

  11. Docosahexaenoic acid enhances the treatment efficacy for castration-resistant prostate cancer by inhibiting autophagy through Atg4B inhibition.

    Yudai Kudo, Kana Nakamura, Honoka Tsuzuki, Kotaro Hirota, Mina Kawai, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma, Yuta Yoshino, Mitsuhiro Nakamura, Masaki Shiota, Naohiro Fujimoto, Akira Ikari, Satoshi Endo

    Archives of biochemistry and biophysics　Vol. 760　p. 110135-110135　2024/08/23　Research paper (scientific journal)

  12. Statistical analysis of interactions among amino acid residues in apo structures using fragment molecular orbital method

    Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

    Chem-Bio Informatics Journal　Vol. 24　p. 25-47　2024/06/28　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Chem-Bio Informatics Society

  13. Structural Stability and Binding Ability of SARS-CoV-2 Main Protease with GC376: A Stereoisomeric Covalent Ligand Analysis by FMO calculation

    Yuya Seki, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Kikuko Kamisaka, Tatsuya Ohyama, Daisuke Takaya, Teruki Honma

    Chem-Bio Informatics Journal　Vol. 24　p. 13-24　2024/05/17　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Chem-Bio Informatics Society

  14. Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir Compared with Its Initial Screening Hit

    Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    The Journal of Physical Chemistry Letters　p. 3609-3620　2023/04/06　Research paper (scientific journal)

    Publisher: American Chemical Society (ACS)

  15. New antimalarials identified by a cell-based phenotypic approach: Structure-activity relationships of 2,3,4,9-tetrahydro-1H-β-carboline derivatives possessing a 2-((coumarin-5-yl)oxy)alkanoyl moiety.

    Nobuo Cho, Ko Kikuzato, Yushi Futamura, Takeshi Shimizu, Hiroki Hayase, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma, Mamoru Niikura, Fumie Kobayashi, Nobumoto Watanabe, Hiroyuki Osada, Hiroo Koyama

    Bioorganic & medicinal chemistry　Vol. 66　p. 116830-116830　2022/05/14　Research paper (scientific journal)

  16. Pharmacological intervention of cholesterol sulfate-mediated T cell exclusion promotes antitumor immunity

    Takaaki Tatsuguchi, Takehito Uruno, Yuki Sugiura, Kounosuke Oisaki, Daisuke Takaya, Daiji Sakata, Yoshihiro Izumi, Takaya Togo, Yuko Hattori, Kazufumi Kunimura, Testuya Sakurai, Teruki Honma, Takeshi Bamba, Masafumi Nakamura, Motomu Kanai, Makoto Suematsu, Yoshinori Fukui

    Biochemical and Biophysical Research Communications　Vol. 609　p. 183-188　2022/04　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV

  17. Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti

    Kazue Inaba, Kana Ebihara, Miki Senda, Ryunosuke Yoshino, Chisako Sakuma, Kotaro Koiwai, Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Akira Watanabe, Yusuke Kawashima, Kaori Fukuzawa, Riyo Imamura, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Nozomi Uemura, Shinji Kasai, Hirotaka Kanuka, Takashi Nishimura, Kodai Watanabe, Hideshi Inoue, Yuuta Fujikawa, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa

    BMC Biology　Vol. 20　No. 43　p. 43-43　2022/02/17　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Springer Science and Business Media LLC

  18. Special Features of COVID-19 in the FMODB: Fragment Molecular Orbital Calculations and Interaction Energy Analysis of SARS-CoV-2-Related Proteins

    Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Teruki Honma

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　Vol. 61　No. 9　p. 4594-4612　2021/09/10　Research paper (scientific journal)

  19. Development of an Automated FMO Calculation Protocol to Construction of FMO Database

    Watanabe, C., Watanabe, H., Okiyama, Y., Takaya, D.

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability　2021　Research paper (scientific journal)

  20. Interruption of Vif/Elongin C interaction: In silico and experimental elucidation of the underlying molecular mechanism of benzimidazole-based APOBEC3G stabilizers

    Mohamed O. Radwan, Daisuke Takaya, Ryoko Koga, Kana Iwamaru, Hiroshi Tateishi, Taha F. S. Ali, Akifumi Takaori-Kondo, Masami Otsuka, Teruki Honma, Mikako Fujita

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 28　No. 8　2020/04　Research paper (scientific journal)

  21. Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules

    Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Teruki Honma

    CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL　Vol. 19　p. 5-18　2019　Research paper (scientific journal)

  22. HCV NS3 protease enhances liver fibrosis via binding to and activating TGF-beta type I receptor

    Kotaro Sakata, Mitsuko Hara, Takaho Terada, Noriyuki Watanabe, Daisuke Takaya, So-ichi Yaguchi, Takehisa Matsumoto, Tomokazu Matsuura, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Tokio Yamaguchi, Keiji Miyazawa, Hideki Aizaki, Tetsuro Suzuki, Takaji Wakita, Masaya Imoto, Soichi Kojima

    SCIENTIFIC REPORTS　Vol. 3　2013/11　Research paper (scientific journal)

  23. Application of Support Vector Machine to Three-Dimensional Shape-Based Virtual Screening Using Comprehensive Three-Dimensional Molecular Shape Overlay with Known Inhibitors

    Tomohiro Sato, Hitomi Yuki, Daisuke Takaya, Shunta Sasaki, Akiko Tanaka, Teruki Honma

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　Vol. 52　No. 4　p. 1015-1026　2012/04　Research paper (scientific journal)

  24. Structural basis for compound C inhibition of the human AMP-activated protein kinase alpha 2 subunit kinase domain

    Noriko Handa, Tetsuo Takagi, Shinya Saijo, Seiichiro Kishishita, Daisuke Takaya, Mitsutoshi Toyama, Takaho Terada, Mikako Shirouzu, Atsushi Suzuki, Suni Lee, Toshimasa Yamauchi, Miki Okada-Iwabu, Masato Iwabu, Takashi Kadowaki, Yasuhiko Minokoshi, Shigeyuki Yokoyama

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY　Vol. 67　No. Pt 5　p. 480-487　2011/05　Research paper (scientific journal)

  25. Community-wide assessment of GPCR structure modelling and ligand docking: GPCR Dock 2008

    Mayako Michino, Enrique Abola, Charles L. Brooks, J. Scott Dixon, John Moult, Raymond C. Stevens, Arthur Olson, Wiktor Jurkowski, Arne Elofsson, Slawomir Filipek, Irina Pogozheva, Andrei Lomize, Bernard Maigret, Jeremy Horst, Brady Bernard, Shyamala Iyer, Ram Samudrala, Ambrish Roy, Yang Zhang, Osman Ugur Sezerman, Gregory V. Nikiforovich, Christina M. Taylor, Stefano Costanzi, Y. Vorobjev, N. Bakulina, V. Solovyev, Kazuhiko Kanou, Daisuke Takaya, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Hideaki Umeyama, William A. Goddard, Youyong Li, Soo-Kyung Kim, Bartosz Trzaskowski, Ravinder Abrol, Adam Griffith, Vsevolod Katritch, Manuel Rueda, Ian Davis, Patrick Barth, David Baker, Michael Feig, Michal Brylinski, Hongyi Zhou, Seung Yup Lee, Jeffrey Skolnick, Liliana Ostopovici-Halip, Cristian Bologa, Polo Lam, Ruben Abagyan, Eric S. Dawson, Kristian Kaufmann, Nils Woetzel, Jens Meiler, Feng Ding, Adrian Serohijos, Shuangye Yin, Nikolay V. Dokholyan, David Rodriguez, Hugo Gutierrez-de-Teran, Henri Xhaard

    NATURE REVIEWS DRUG DISCOVERY　Vol. 8　No. 6　p. 455-463　2009/06　Research paper (scientific journal)

  26. The SKE-DOCK server and human teams based on a combined method of shape complementarity and free energy estimation

    Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　Vol. 69　No. 4　p. 866-872　2007/12　Research paper (scientific journal)

  27. fams-ace: A combined method to select the best model after remodeling all server models

    Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate, Daisuke Takaya, Akio Hosoi, Kazuhiro Ohta, Hideaki Umeyama

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　Vol. 69　p. 98-107　2007　Research paper (scientific journal)

  28. FAMS Complex: A Fully Automated Homology Modeling System for Protein Complex Structures

    Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Chieko Chiba, Daisuke Takaya, Hideaki Umeyama

    MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 2　No. 2　p. 191-201　2006/03　Research paper (scientific journal)

  29. Searching for protein-protein interaction sites and docking by the methods of molecular dynamics, grid scoring, and the pairwise interaction potential of amino acid residues

    G Terashi, M Takeda-Shitaka, D Takaya, K Komatsu, H Umeyama

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　Vol. 60　No. 2　p. 289-295　2005/08　Research paper (scientific journal)

  30. Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS

    M Takeda-Shitaka, G Terashi, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　Vol. 61　p. 122-127　2005　Research paper (scientific journal)

  31. Remarkably different structures and reaction mechanisms of ketoreductases for the opposite stereochemical control in the biosynthesis of BIQ antibiotics

    T Taguchi, K Kunieda, M Takeda-Shitaka, D Takaya, N Kawano, MR Kimberley, KI Booker-Milburn, GR Stephenson, H Umeyama, Y Ebizuka, K Ichinose

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 12　No. 22　p. 5917-5927　2004/11　Research paper (scientific journal)

  32. Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design

    M Takeda-Shitaka, H Nojima, D Takaya, K Kanou, M Iwadate, H Umeyama

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN　Vol. 52　No. 5　p. 643-645　2004/05　Research paper (scientific journal)

  33. Protein structure prediction in structure based drug design

    M Takeda-Shitaka, D Takaya, C Chiba, H Tanaka, H Umeyama

    CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 11　No. 5　p. 551-558　2004/03　Research paper (scientific journal)

Misc. 33

  1. COMT-Ligand Molecular Interactions Based on Crystal Structures and Quantum Chemical Calculations

    福澤薫, 福澤薫, 白井智子, 武部克希, 高谷大輔, 飯島洋, 飯島洋

    日本薬学会年会要旨集(Web)　Vol. 144th　2024

  2. Interaction Analysis Between Xanthine Oxidoreductase and Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Calculation

    TIAN Yu-Shi, MARTIN, MARTIN, NASUTION Mochammad Arfin Fardiansyah, 高谷大輔, 水口賢司, 水口賢司, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　Vol. 144th　2024

  3. Study of novel inhibitors of m-Glu5 using fragment molecular orbital method

    小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　Vol. 144th　2024

  4. Molecular design based on interaction analysis between IL-10 receptor complexes using FMO calculations

    上村憲汰, 半田佑磨, 半田佑磨, 宮岸澄真, 古石誉之, 米持悦生, 遠藤真弓, 上村みどり, TIAN Yushi, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　Vol. 144th　2024

  5. Structure and interaction analysis of complexes between BzDANP and bulged RNAs using NMR and dynamical FMO calculation

    OHNO Shu, FUJIWARA Aina, KAWAI Gota, NAKATANI Kazuhiko, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori

    CBI学会大会(CD-ROM)　Vol. 2023　2023

  6. Interaction analysis of IL-10 receptor complex using MD and FMO calculations

    MIYAGISHI Toma, KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi, OKUWAKI Koji, MORI Yoshiharu, TANAKA Shigenori, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori

    CBI学会大会(CD-ROM)　Vol. 2023　2023

  7. Applicabilities of Neural Network Potential to Predict ligand-RNA Interactions

    ASANO Hiroto, MATSUMOTO Hiromu, OHNO Shu, HANDA Yuma, HANDA Yuma, HATABU Asuka, TAKAYA Daisuke, IKEDA Kenji, TIAN Yu-Shi, FUKUZAWA Kaori, KATO Koichiro

    CBI学会大会(CD-ROM)　Vol. 2023　2023

  8. Computational Interaction analysis between Interleukin-10 and Interleukin-10 receptor Using the Fragment Molecular Orbital Method

    KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, FURUISHI Takayuki, YONEMOTI Etuto, TIAN Yu-shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori, FUKUZAWA Kaori, MIYAGISHI Toma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi

    CBI学会大会(CD-ROM)　Vol. 2023　2023

  9. フラグメント分子軌道法を活用した代謝型グルタミン酸受容体5阻害剤の分子設計

    小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 51st　2023

  10. Mode of action of new compounds against glutathione S-transferase Noppera-bo from Aedes aegypti

    海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 安孫子ユミ, 佐久間知佐子, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 嘉糠洋陸, 藤川雄太, 井上英史, 本間光貴, 千田俊哉, 丹羽隆介

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2023　2023

  11. インシリコスクリーニング(LBDD)のための最近のフィンガープリントの性能検討

    高谷大輔, 田雨時, 福澤薫

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2022

  12. FMO計算を用いたIL10-IL10受容体複合体間の相互作用解析

    上村憲汰, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 上村みどり, 遠藤真弓, 田雨時, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　Vol. 66th (CD-ROM)　2022

  13. FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

    渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 50th (CD-ROM)　2022

  14. ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成制御因子Noppera-boに対する阻害剤の作用機序に関する構造生物学的研究

    海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子, 嘉糠洋陸, 藤川雄太, 井上英史, 本間光貴, 千田俊哉, 丹羽隆介

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 22nd (Web)　2022

  15. Novel Insecticides Targeting the Molting Hormone Biosynthetic Pathway in Aedes aegypti

    海老原佳奈, 稲葉和恵, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子, 嘉糠洋陸, 藤川雄太, 井上英史, 本間光貴, 千田俊哉, 丹羽隆介

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2022　2022

  16. Special feature of COVID-19 in FMODB: Fragment molecular orbital calculations and interaction energy analysis of SARS-CoV-2 related proteins

    Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Teruki Honma

    2021/06/18

    Publisher: Cambridge University Press (CUP)

  17. Development of FMODB and recent updates, 2021

    TAKAYA Daisuke, WATANABE Chiduru, WATANABE Chiduru, KAMISAKA Kikuko, HANDA Yuma, WATANABE Kazuki, FUKUZAWA Kaori, HONMA Teruki

    CBI学会大会　Vol. 2021 (CD-ROM)　2021

  18. VISCANAによるSARS-CoV-2main proteaseとリガンドの網羅的相互作用解析

    大山達也, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 49th (CD-ROM)　2021

  19. 脱皮ホルモン生合成経路を標的とした昆虫成長阻害剤に関する横断的創薬研究

    海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 今村理世, 小島宏建, 岡部隆義, 佐久間知佐子, 嘉糠洋陸, 藤川雄太, 井上英史, 本間光貴, 千田俊哉, 丹羽隆介, 丹羽隆介

    日本農芸化学会関東支部講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 2021　2021

  20. FMODBの開発および相互作用データ解析

    高谷大輔, 神坂紀久子

    CBI学会大会　Vol. 2020 (CD-ROM)　2020

  21. COVID-19関連タンパク質の量子化学計算のFMODBへの登録

    山本亜美, 半田佑磨, 川嶋裕介, 渡邉一樹, 加藤幸一郎, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 大山達也, 神坂紀久子, 高谷大輔, 本間光貴, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　Vol. 64th　2020

  22. 新型コロナウイルスによるパンデミックに対するFMODBの取り組み

    渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 大山達也, 高谷大輔, 加藤幸一郎, 川嶋裕介, 半田佑磨, 山本亜美, 渡邉一樹, 福澤薫, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 48th (CD-ROM)　2020

  23. FMO法に基づく相互作用記述子を用いたp38MAPキナーゼの阻害剤活性予測

    神坂紀久子, 渡邉千鶴, 高谷大輔, 原田俊幸, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 48th (CD-ROM)　2020

  24. Development of FMODB and analysis of the interaction data

    高谷大輔, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 47th (CD-ROM)　2019

  25. FMO and ML based QSAR Approach for Aurora Kinase Inhibitors

    原田俊幸, 原田俊幸, 渡邉千鶴, 森脇寛智, 神坂紀久子, 原田祐希, 佐藤朋広, 高谷大輔, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 47th (CD-ROM)　2019

  26. A new docking and screening method based upon bio-informatics

    H. Umeyama, M. Takeda-Shitaka, D. Takaya, K. Kanou, G. Terashi

    FEBS JOURNAL　Vol. 275　p. 179-179　2008/06　Research paper, summary (international conference)

  27. 高能率インシリコパイプライン研究とドッキング医薬品候補化合物の選択

    梅山秀明, 高谷大輔, 寺師玄記, 加納和彦, 竹田(志鷹)真由子

    構造活性フォーラム　Vol. 2008　2008

  28. In silico関係で創薬に関わる最近の話題

    梅山秀明, 竹田(志鷹, 真由子, 岩舘満雄, 寺師玄記, 加納和彦, 高谷大輔

    日本薬物動態学会ワークショップ　Vol. 21st　p. 57-63　2007/03/30

  29. fams-ace: Refinement of 3D models and development of assessment method for selecting the best model in CASP7.

    竹田(志鷹)真由子, 寺師玄記, 加納和彦, 岩舘満雄, 高谷大輔, 酒井博子, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 35th　2007

  30. エイコサノイドとグルタチオンの代謝に関係する一群の3量体膜タンパク質の網羅的モデリング

    加納和彦, 竹田(志鷹)真由子, 岩舘満雄, 寺師玄記, 高谷大輔, 酒井博子, 梅山秀明

    生化学　2007

  31. タンパク質モデリングと生物分子設計

    岩舘満雄, 岩舘満雄, 加納和彦, 寺師玄記, 高谷大輔, 高谷大輔, 竹田(志鷹)真由子, 竹田(志鷹)真由子, 梅山秀明, 梅山秀明

    生化学　2007

  32. Ligand docking system in consideration o the induced-fit effect

    渡辺佳晃, 竹田(志鷹)真由子, 荒井亮一, 加納和彦, 高谷大輔, 小松克一朗, 岩館満雄, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 32nd　2004

  33. Development of full automatic modeling system forprotein-protein complex including ligand (FAMS Ligand & Complex).

    竹田(志鷹)真由子, 田中宏和, 高谷大輔, 千葉千恵子, 渡辺佳晃, 寺師玄記, 岩舘満雄, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　Vol. 31st　2003

Publications 7

  1. タンパク質の構造解析手法と In silicoスクリーニングへの応用事例

    2023/07/31

    ISBN: 9784861049712

  2. SAR News No.40; 理論創薬及び関連分野における SARS-CoV-2 研究動向 2020~2021/3

    高谷大輔

    日本薬学会 構造活性相関部会　2021/04/01　Textbook, survey, introduction

  3. 次世代創薬テクノロジー : 実践 : インシリコ創薬の最前線

    高谷大輔, 竹田(志鷹)真由子, 梅山秀明

    メディカルドゥ　2009/09

    ISBN: 9784944157440

  4. 口頭発表 O6 「計算化学（分子認識）/ 構造相関解析 / 量子構造生命科学」

    岡田 晃季, 高谷 大輔, 高橋 一敏

    CBI学会誌第10巻第4号　2022/12　Report

  5. TS-02 第 29 回 FMO 研究会 「FMO データベースの実践チュートリアル - 生体高分子の認識機構解析： MD 連携、核酸分子解析 -」報告書

    加藤 幸一郎, 高谷 大輔, 渡邉 千鶴

    2022/12　Report

  6. チュートリアル「第24回FMO研究会 FMOデータベースの最新機能紹介と実践チュートリアル-COVID-19関連タンパク質の分子認識機構解析-」報告書

    高谷大輔

    CBI学会誌 第9巻第4号　2021/12　Report

  7. Development of an Automated FMO Calculation Protocol to Construction of FMO Database

    Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya

    Springer, Singapore　2021/01/05

    ISBN: 9789811592355

Presentations 44

  1. FMODBにおける生体高分子の量子化学的相互作用データ収集及び活用の試み

    高谷大輔

    CBI学会2024年大会　2024/10/30

  2. Collection of quantum chemical calculation data covering the basic folds of proteins and the development of methodologies

    Daisuke Takaya, Yu-Shi Tian, Shu Ohno, Sota Tanaka, Toma Miyagishi, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Koji Okuwaki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa

    第24回日本蛋白質科学会　2024/06/12

  3. インシリコスクリーニング(LBDD)のための最近のフィンガープリントの性能検討

    高谷大輔, 田雨時, 福澤薫

    第50回構造活性相関シンポジウム　2022/11/10

  4. Recent Progress in the Development of FMODB: A Database of QM-based Interaction Data of Biomolecules for Drug Discovery and Protein Functional Analysis

    Daisuke Takaya

    Biologics By Design Asia 2022　2022/07/28

  5. Development of FMODB and recent updates, 2021

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yuma Handa, Kazuki Watanabe, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    CBI 2021 年大会　2021/10/26

  6. Development of FMODB and analysis of the inter- and intramolecular interaction data of biomolecules

    Daisuke Takaya

    RIKEN BDR Symposium 2021　2021/03/01

  7. 第22回FMO研究会 「FMOデータベースの紹介と解析チュートリアル」FMODB の開発および相互作用データ解析」\

    高谷大輔

    CBI学会2020年大会　2020/10/29

  8. FMODBの開発〜生体高分子の精密な相互作用エネルギーデータの蓄積と解析

    高谷 大輔

    第411回CBI学会講演会（兼第21回FMO研究会）　2019/12/11

  9. FMO計算によるH‐PGDS阻害剤及び結晶水の相互作用解析

    高谷大輔, 伊中浩治, 大村明史, 竹貫健二, 河西真史, 矢吹有香子, 中川ゆかり, 津金沢恵子, 小川直子, 渡邉千鶴, 本間光貴, 有竹浩介, 有竹浩介, 裏出良博, 白水美香子, 田仲昭子

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2018/12

  10. Development of FMO database and its recent update, 2018

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Teruki Honma

    CBI学会2018年大会　2018/10/09

  11. Application of FMO to drug design and development of FMO database

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Teruki Honma

    2018 China-Japan Symposium on Molecular Drug Design and Development　2018/06

  12. CaMKK2阻害剤のインシリコスクリーニングとフラグメント分子軌道法による相互作用解析

    高谷大輔, 丹羽英明, 三國順子, 半田徳子, 田仲昭子, 横山茂之, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2017/11

  13. 医薬品設計を目指したタンパク質の誘導適合部位予測法開発とMOE Kinase DBの使用例

    高谷大輔

    MOEフォーラム2013　2013/07/10

  14. New method for induced fit docking (GENIUS) and its applicationto virtual screening of novel HCV NS3-4A protease inhibitors

    Daisuke Takaya, Atsuya Yamashita, Kazue Kamijo, Junko Gomi, Masahiko Ito, Shinya Maekawa, Nobuyuki Enomoto, Naoya Sakamoto, Yoshiaki Watanabe, Ryoichi Arai, Hideaki Umeyama, Teruki Honma, Takehisa Matsumoto, Shigeyuki Yokoyama

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　2012/08

  15. 第24回FMO研究会 FMOデータベースの最新機能紹介と実践チュートリアル-COVID-19関連タンパク質の分子認識機構解析-

    高谷大輔

    CBI学会2021年大会　2021/10/25

  16. Constructing QSAR models for c-Met inhibitors

    Yu-Shi Tian, Miho Sasaoka, Daisuke Takaya, Tatsuya Takagi, Kaori Fukuzawa

    CBI 2022 年大会　2022/10/25

  17. Development of small chemical compounds that specifically inhibit the deubiquitinating enzyme USP15

  18. VISCANA による SARS-CoV-2 main protease とリガンドの網羅的相互作用解析

    大山達也, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

    第49回構造活性相関シンポジウム プログラム　2021/11/18

  19. 脱ユビキチン化酵素USP15を標的とした特異的阻害剤の探索

    檜垣 佳奈, 山中 聡士, 佐藤 裕介, 髙谷 大輔, 本間 光貴, 徳永 文稔, 高橋 宏隆, 澤崎 達也

    第62回 日本生化学会 中国・四国支部例会(Zoom)

  20. Inhibition of insect steroid hormone biosynthetic enzyme Noppera-bo by flavonoid compounds: Structural biological analysis and biological activity assay

    海老原佳奈, 稲葉和恵, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子, 嘉糠洋陸, 藤川雄太, 井上英史, 本間光貴, 千田俊哉, 丹羽隆介, 丹羽隆介

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2021

  21. 新型コロナウイルスによるパンデミックに対する FMODB の取り組み

    渡邉千鶴, 神坂紀久子, 大山達也, 高谷大輔, 加藤幸一郎, 川嶋裕介, 半田佑磨, 山本亜美, 渡邉一樹, 福澤薫, 本間光貴

    第48回構造活性相関シンポジウム　2020/12/11

  22. FMODB の開発と相互作用データの適用に関する研究

    高谷大輔, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 本間光貴

    第47回構造活性相関シンポジウム　2019/12/12

  23. 構造インフォマティクスとFMO計算を融合したインシリコスクリーニング支援研究

    高谷大輔, 渡邉千鶴, 福澤薫, 本間光貴

    2019年度BINDS公開シンポジウム　2019/11/19

  24. Analysis of FMO-based intramolecular interaction energies for structural stability of apo structures

    Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

    CBI学会2019年大会

  25. Development of FMODB for analyzing protein-ligand interactions in 2019

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Teruki Honma

    CBI学会2019年大会　2019/10/24

  26. 世界初のタンパク質の量子化学計算データベースと創薬への活用 FMOデータベースの概要と登録方法

    高谷 大輔

    日本薬学会年会要旨集　2019/03

  27. Influence of Molecular Force Field on Performance of Protein Ligand Docking

    Daisuke Takaya, Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Teruki Honma

    CBI学会2017年大会　2017/10/03

  28. Prediction of the Interactive residues For Drug Design Based on Amino Acid Sequences and 3D Environmental Properties

    Daisuke Takaya, Teruki Honma

    CBI学会2015年大会　2015/10/27

  29. 機械学習を用いたinduced fit部位の予測とkinase DFG loopなどへの応用

    高谷大輔, 佐藤朋広, 幸瞳, 田仲昭子, 本間光貴, 横山茂之

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2012/11/12

  30. C型肝炎ウイルスNS3プロテアーゼによるTGF‐β疑似活性を介する肝線維化

    小嶋聡一, 坂田幸大郎, 原詳子, 鈴木哲朗, 渡邊則幸, 相崎英樹, 高谷大輔, 松本武久, 立野知世, 脇田隆字

    肝細胞研究会プログラム・抄録集　2012

  31. 誘導適合を考慮したバーチャルスクリーニングによる新規HCV NS3‐4Aプロテアーゼ阻害剤の探索

    高谷大輔, 上條加寿恵, 山下篤哉, 前川伸哉, 雨宮史武, 坂本直哉, 脇田隆字, 榎本信幸, 伊藤正彦, 本間光貴, 梅山秀明, 松本武久, 横山茂之

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2010/10/22

  32. In silico screeningによるHCV NS3プロテアーゼ阻害化合物の検索(第2報)

    山下篤哉, 松本武久, 高谷大輔, 上條加寿恵, 前川伸哉, 雨宮史武, 坂本直哉, 池田正徳, 加藤宣之, 梅山秀明, 横山茂之, 榎本信幸, 伊藤正彦

    日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集　2009/10/01

  33. In silico screeningによるHCV NS3プロテアーゼ阻害化合物の検索

    山下篤哉, 松本武久, 高谷大輔, 上條加寿恵, 前川伸哉, 雨宮史武, 坂本直哉, 脇田隆字, 梅山秀明, 横山茂之, 榎本信幸, 伊藤正彦

    日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集　2008/10/01

  34. 高能率インシリコパイプライン研究とドッキング医薬品候補化合物の選択

    梅山秀明, 高谷大輔, 寺師玄記, 加納和彦, 竹田(志鷹)真由子

    構造活性フォーラム　2008

  35. SKE-DOCK server and human teams: protein-protein docking based on the shape complementarity and free energy estimation.

    寺師玄記, 竹田(志鷹, 真由子, 加納和彦, 岩舘満雄, 高谷大輔, 酒井博子, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2007/11/08

  36. fams-ace: Refinement of 3D models and development of assessment method for selecting the best model in CASP7.

    竹田(志鷹, 真由子, 寺師玄記, 加納和彦, 岩舘満雄, 高谷大輔, 酒井博子, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2007/11/08

  37. ホモロジーモデリングによる有機アニオントランスポーターOATP2B1の立体構造構築と基質結合部位の同定

    内田めぐみ, 高野修平, 高谷大輔, 加納和彦, 竹田(志鷹, 真由子, 梅山秀明, 伊藤智夫

    日本薬学会年会要旨集　2007/03/05

  38. タンパク質モデリングと生物分子設計

    岩舘満雄, 加納和彦, 寺師玄記, 高谷大輔, 竹田(志鷹, 真由子, 梅山秀明

    生化学　2007

  39. エイコサノイドとグルタチオンの代謝に関係する一群の3量体膜タンパク質の網羅的モデリング

    加納和彦, 竹田(志鷹, 真由子, 岩舘満雄, 寺師玄記, 高谷大輔, 酒井博子, 梅山秀明

    生化学　2007

  40. SARSコロナウイルス(SARS‐CoV)3CL‐Proタンパク質の立体構造に基づく抗ウイルス感染症薬候補化合物の探索

    松本武久, 上條加寿恵, 山本典生, 高谷大輔, 佐藤万仁, 大貫裕之, 倉根一郎, 西條政幸, 竹田(志鷹, 真由子, 廣田洋, 梅山秀明, 森川茂, 山本直樹, 横山茂之

    生化学　2007

  41. Automated Homology Modeling Servers in CASP7 2006

    岩舘満雄, 寺師玄記, 加納和彦, 高谷大輔, 細井亜紀男, 大田数広, 竹田(志鷹, 真由子, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2006/11/07

  42. ヒト・ラット・マウスの高精度プロテオーム立体構造全自動モデリング・データベース・創薬

    岩舘満雄, 加納和彦, 高谷大輔, 寺師玄記, 竹田(志鷹, 真由子, 渕上欣司, 小松克一郎, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2005/11/08

  43. Ligand docking system in consideration o the induced-fit effect

    渡辺佳晃, 竹田(志鷹, 真由子, 荒井亮一, 加納和彦, 高谷大輔, 小松克一朗, 岩館満雄, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2004/11/10

  44. Development of full automatic modeling system forprotein-protein complex including ligand (FAMS Ligand & Complex).

    竹田(志鷹, 真由子, 田中宏和, 高谷大輔, 千葉千恵子, 渡辺佳晃, 寺師玄記, 岩舘満雄, 梅山秀明

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　2003/11/05

Works 4

  1. FMODB: The database of quantum mechanical data based on the FMO method

    2019/02/20 - Present

  2. Cover art, Journal of Chemical Information and Modeling, Volume 61, Issue 2

    2021/02 -

  3. FMODBチュートリアル資料2021

    高谷大輔

    オンライン形式 2021/10/25 -

  4. 公開用githubリポジトリ

Media Coverage 5

  1. タンパク質の代表的な「形」を網羅した FMOデータセットを公開 創薬AIのさらなる加速に向けて

    国立大学法人大阪大学

    2024/11/08

  2. 蚊の発育止める植物色素 筑波大、環境に優しい殺虫剤に

    2022/04/15

  3. 昆虫ホルモンの生合成を撹乱する蚊の発育阻害剤の発見〜環境に優しい農薬の開発に向けて〜

    国立大学法人筑波大学

    2022/02/17

  4. 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に役立つウイルスタンパク質と治療薬候補化合物の相互作用データを公開

    国立研究開発法人日本医療研究開発機構

    2020/04/17

  5. がん細胞の生存・転移に重要なタンパク質を狙い撃ちする化合物を開発

    国立研究開発法人 日本医療研究開発機構

    2017/05

Academic Activities 12

  1. 第51回構造活性相関シンポジウム

    日本薬学会構造活性相関部会　日本薬学会長井記念ホール

    2023/11/20 - 2023/11/21

  2. CBI学会 2023 年大会

    2023/01/10 - 2023/10/31

  3. CBI学会 2022 年大会

    2022/10/25 - 2022/10/27

  4. 第48回構造活性相関シンポジウム

    2020/12/10 - 2020/12/11

  5. 構造活性フォーラム2013

    2013/06/28 -

  6. 第49回構造活性相関シンポジウム

    オンライン

    2021/11/18 - 2021/11/19

  7. CBI学会 2021 年大会

    2021/10/26 - 2021/10/28

  8. journal of molecular graphics and modelling

    2022/12 -

  9. CBI学会 2022 年大会 ＜口頭発表O6＞ ≫『計算化学（分子認識）/構造相関解析/量子構造生命科学』

    2022/10/26 -

  10. 第29回FMO研究会 「FMOデータベースの実践チュートリアル -生体高分子の認識機構解析： MD連携、核酸分子解析-」

    加藤 幸一郎（九州大学）、高谷 大輔（大阪大学）、渡邉 千鶴（理化学研究所）

    2022/10/24 -

  11. FMOデータベースの最新機能紹介と実践チュートリアル -COVID-19関連タンパク質の分子認識機構解析-

    福澤 薫, 高谷 大輔　オンライン

    2021/10/25 -

  12. 第47回構造活性相関シンポジウム［口頭発表 1］（10:10-11:10）

    2019/12/12 -

Institutional Repository 1

Content Published in the University of Osaka Institutional Repository (OUKA)

  1. Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method

    Takaya Daisuke, Ohno Shu, Miyagishi Toma, Tanaka Sota, Okuwaki Koji, Watanabe Chiduru, Kato Koichiro, Tian Yu-Shi, Fukuzawa Kaori

    Scientific Data　Vol. 11　2024/10/23