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Iida Keita
飯田 渓太
Iida Keita
飯田 渓太
Institute for Protein Research, Associate Professor

keyword Cancer plasticity,Cancer biology,Bifurcation analysis,Biological data analysis,Medical data analysis,Self-driven particle,Rosalind Franklin,Semiology-based clustering,Chemical master equation,Reaction-diffusion equation,Generalized hypergeometric series,Generalized Fokker-Planck equation,Markov jump process,Applied mathematics,Bioinformatics

Research History 9

  1. 2023/04 - Present
    Osaka University Laboratory for Cell Systems, Institute for Protein Research, Osaka University Associate Professor

  2. 2024/10 - 2028/03
    PRESTO researcher "Mathematical Sciences for the Future", Japan Science and Technology Agency

  3. 2019/04 - 2023/03
    Osaka University Laboratory for Cell Systems, Institute for Protein Research, Osaka University Assistant Professor

  4. 2018/07 - 2019/03
    University of Tokyo Institute of industrial science, Laboratory for Quantitative Biology Project assistant professor

  5. 2017/01 - 2018/06
    Tohoku University Tohoku Medical Megabank Organization Additional

  6. 2017/01 - 2018/06
    Tohoku University International Research Institute of Disaster Science, Department of Disaster Psychiatry Assistant Professor

  7. 2015/05 - 2016/12
    Tohoku University Hospital Clinical Research, Innovation and Education Center Project assistant professor

  8. 2015/04 - 2015/04
    Tohoku University Hospital Assistant Professor

  9. 2013/04 - 2015/03
    Graduate School of Medicine, Tohoku University International Disciplinary Biomedical Engineering Research Associate

Professional Memberships 2

  1. The Mathematical Society of Japan

  2. The Japanese Cancer Association

Research Areas 2

  1. Natural sciences / Applied mathematics and statistics /

  2. Life sciences / Systems genomics /

Awards 2

  1. The 2019 MSJ Prize for Exellent Applied Mathematicians

    Keita Iida The Mathematical Society of Japan 2020/02

  2. Editage Edge Fundamental Research Grant

    Keita Iida Editage Edge (1/76) 2018/12

Papers 20

  1. An Attention‐Based Deep Neural Network Model to Detect Cis‐Regulatory Elements at the Single‐Cell Level From Multi‐Omics Data

    Ken Murakami, Keita Iida, Mariko Okada

    Genes to Cells Vol. 30 No. 2 2025/02/04 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Wiley
  2. Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome

    Keita Iida, Mariko Okada

    Cancers Vol. 16 No. 10 p. 1-21 2024/05/15 Research paper (scientific journal)

  3. Positive and negative feedback regulation of the TGF-β1 explains two equilibrium states in skin aging

    Masatoshi Haga, Keita Iida, Mariko Okada

    iScience Vol. 27 No. 5 p. 109708-109708 2024/05 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV
  4. Clonal origin and lineage ambiguity in mixed neuroendocrine carcinoma of the uterine cervix

    Masamune Masuda, Keita Iida, Sadahiro Iwabuchi, Mie Tanaka, Satoshi Kubota, Hiroyuki Uematsu, Kunishige Onuma, Yoji Kukita, Kikuya Kato, Shoji Kamiura, Aya Nakajima, Roberto Coppo, Mizuki Kanda, Kiyoshi Yoshino, Yutaka Ueda, Eiichi Morii, Tadashi Kimura, Jumpei Kondo, Mariko Okada-Hatakeyama, Shinichi Hashimoto, Masahiro Inoue

    The American Journal of Pathology 2023/12/14 Research paper (scientific journal)

  5. Distinct but interchangeable subpopulations of colorectal cancer cells with different growth fates and drug sensitivity

    Roberto Coppo, Jumpei Kondo, Keita Iida, Mariko Okada, Kunishige Onuma, Yoshihisa Tanaka, Mayumi Kamada, Masayuki Ohue, Kenji Kawada, Kazutaka Obama, Masahiro Inoue

    iScience Vol. 26 No. 2 p. 1-25 2023/01/13 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory
  6. TGF-β generates a population of cancer cells residing in G1 phase with high motility and metastatic potential via KRTAP2-3

    Kazuki Takahashi, Katarzyna A. Podyma-Inoue, Maki Saito, Shintaro Sakakitani, Akinari Sugauchi, Keita Iida, Sadahiro Iwabuchi, Daizo Koinuma, Kyoko Kurioka, Toru Konishi, Susumu Tanaka, Atsushi Kaida, Masahiko Miura, Shinichi Hashimoto, Mariko Okada, Toshihiro Uchihashi, Kohei Miyazono, Tetsuro Watabe

    Cell Reports Vol. 40 No. 13 p. 1-16 2022/09/27 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV
  7. ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes

    Keita Iida, Jumpei Kondo, Johannes Nicolaus Wibisana, Masahiro Inoue, Mariko Okada

    Bioinformatics Vol. 38 No. 18 p. 4330-4336 2022/08/04 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory
  8. ASURAT: Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data

    Keita Iida

    Bioconductor 2022/04/05

  9. dbTMM: an integrated database of large-scale cohort, genome and clinical data for the Tohoku Medical Megabank Project

    Soichi Ogishima, Satoshi Nagaie, Satoshi Mizuno, Ryosuke Ishiwata, Keita Iida, Kazuro Shimokawa, Takako Takai-Igarashi, Naoki Nakamura, Sachiko Nagase, Tomohiro Nakamura, Naho Tsuchiya, Naoki Nakaya, Keiko Murakami, Fumihiko Ueno, Tomomi Onuma, Mami Ishikuro, Taku Obara, Shunji Mugikura, Hiroaki Tomita, Akira Uruno, Tomoko Kobayashi, Akito Tsuboi, Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka, Akira Narita, Mika Sakurai, Satoshi Makino, Gen Tamiya, Yuichi Aoki, Ritsuko Shimizu, Ikuko N. Motoike, Seizo Koshiba, Naoko Minegishi, Kazuki Kumada, Takahiro Nobukuni, Kichiya Suzuki, Inaho Danjoh, Fuji Nagami, Kozo Tanno, Hideki Ohmomo, Koichi Asahi, Atsushi Shimizu, Atsushi Hozawa, Shinichi Kuriyama, Masayuki Yamamoto, Michiaki Abe, Yayoi Aizawa, Yuichi Aoki, Koichi Chida, Inaho Danjoh, Shinichi Egawa, Ai Eto, Takamitsu Funayama, Nobuo Fuse, Yohei Hamanaka, Yuki Harada, Hiroaki Hashizume, Shinichi Higuchi, Sachiko Hirano, Takumi Hirata, Masahiro Hiratsuka, Atsushi Hozawa, Kazuhiko Igarashi, Jin Inoue, Noriko Ishida, Naoto Ishii, Tadashi Ishii, Mami Ishikuro, Kiyoshi Ito, Sadayoshi Ito, Maiko Kageyama, Fumiki Katsuoka, Hiroshi Kawame, Junko Kawashima, Masahiro Kikuya, Kengo Kinoshita, Kazuyuki Kitatani, Tomomi Kiyama, Hideyasu Kiyomoto, Tomoko Kobayashi, Eiichi Kodama, Mana Kogure, Kaname Kojima, Sachie Koreeda, Seizo Koshiba, Shihoko Koyama, Hisaaki Kudo, Kazuki Kumada, Shigeo Kure, Miho Kuriki, Shinichi Kuriyama, Yoko Kuroki, Norihide Maikusa, Satoshi Makino, Hiroko Matsubara, Hiroyuki Matsui, Hirohito Metoki, Takahiro Mimori, Naoko Minegishi, Kazuharu Misawa, Masako Miyashita, Satoshi Mizuno, Hozumi Motohashi, Ikuko N. Motoike, Satoshi Nagaie, Masato Nagai, Fuji Nagami, Masao Nagasaki, Sachiko Nagase, Naoki Nakamura, Tomohiro Nakamura, Naoki Nakaya, Keiko Nakayama, Akira Narita, Ichiko Nishijima, Takahiro Nobukuni, Kotaro Nochioka, Taku Obara, Soichi Ogishima, Noriaki Ohuchi, Gervais Olivier, Noriko Osumi, Hiroshi Otsu, Akihito Otsuki, Daisuke Saigusa, Sakae Saito, Tomo Saito, Masaki Sakaida, Mika Sakurai-Yageta, Yuki Sato, Yukuto Sato, Atsushi Sekiguchi, Chen-Yang Shen, Tomoko F. Shibata, Ritsuko Shimizu, Kazuro Shimokawa, Matsuyuki Shirota, Junichi Sugawara, Kichiya Suzuki, Yoichi Suzuki, Shu Tadaka, Makiko Taira, Takako Takai-Igarashi, Yuji Takano, Yasuyuki Taki, Gen Tamiya, Osamu Tanabe, Hiroshi Tanaka, Yukari Tanaka, Shunsuke Teraguchi, Takahiro Terakawa, Teiji Tominaga, Hiroaki Tomita, Akito Tsuboi, Naho Tsuchiya, Ichiro Tsuji, Masao Ueki, Akira Uruno, Nobuo Yaegashi, Junya Yamagishi, Yumi Yamaguchi-Kabata, Chizuru Yamanaka, Riu Yamashita, Jun Yasuda, Junji Yokozawa, Kazunori Waki, Makoto Sasaki, Junko Akai, Ryujin Endo, Akimune Fukushima, Ryohei Furukawa, Tsuyoshi Hachiya, Kouhei Hashizume, Jiro Hitomi, Yasushi Ishigaki, Shohei Komaki, Yuka Kotozaki, Takahiro Mikami, Motoyuki Nakamura, Naoyuki Nishiya, Satoshi Nishizuka, Yoko Nomura, Kuniaki Ogasawara, Hideki Ohmomo, Shinichi Omama, Ryo Otomo, Kotaro Otsuka, Kotaro Oyama, Kiyomi Sakata, Ryohei Sasaki, Mamoru Satoh, Namie Sato, Atsushi Shimizu, Yu Shiwa, Yoichi Sutoh, Nobuyuki Takanashi, Noriko Takebe, Fumitaka Tanaka, Ryoichi Tanaka, Kozo Tanno, Tomoharu Tokutomi, Kayono Yamamoto, Fumio Yamashita, Nobuo Fuse, Teiji Tominaga, Shigeo Kure, Nobuo Yaegashi, Kengo Kinoshita, Makoto Sasaki, Hiroshi Tanaka, Masayuki Yamamoto

    Human Genome Variation Vol. 8 No. 1 p. 44-44 2021/12 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Springer Science and Business Media LLC
  10. Building patient‐specific models for receptor tyrosine kinase signaling networks

    Kyoichi Ebata, Sawa Yamashiro, Keita Iida, Mariko Okada

    The FEBS Journal 2021/05/14 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Wiley
  11. Novel candidates of pathogenic variants of the BRCA1 and BRCA2 genes from a dataset of 3,552 Japanese whole genomes (3.5KJPNv2)

    Hideki Tokunaga, Keita Iida, Atsushi Hozawa, Soichi Ogishima, Yoh Watanabe, Shogo Shigeta, Muneaki Shimada, Yumi Yamaguchi-Kabata, Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka, Shin Ito, Kazuki Kumada, Yohei Hamanaka, Nobuo Fuse, Kengo Kinoshita, Masayuki Yamamoto, Nobuo Yaegashi, Jun Yasuda

    PLOS ONE Vol. 16 No. 1 p. e0236907-e0236907 2021/01/11 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Public Library of Science (PLoS)
  12. Quantifying heterogeneity of stochastic gene expression

    Keita Iida, Nobuaki Obata, Yoshitaka Kimura

    Journal of Theoretical Biology, Elsevier Vol. 465 p. 56-62 2019/03 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV
  13. Self-organized Motion: Physicochemical Design based on Nonlinear Dynamics

    Hiroyuki Kitahata, Yuki Koyano, Keita Iida, Masaharu Nagayama

    Theoretical and Computational Chemistry Series 2018/11/01

    Publisher: Royal Society of Chemistry
  14. Mathematical Theory to Compute Stochastic Cellular Processes

    Keita Iida, Yoshitaka Kimura

    APPLICATIONS + PRACTICAL CONCEPTUALIZATION + MATHEMATICS = FRUITFUL INNOVATION, Springer Vol. 11 p. 117-120 2016 Research paper (international conference proceedings)

  15. Vaginal LPS changed gene transcriptional regulation response to ischemic reperfusion and increased vulnerability of fetal brain hemorrhage

    Yupeng Dong, Yoshitaka Kimura, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Takafumi Sato, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Kudo Hitomi, Keita Iida, Miyuki Endo, Naoaki Sato, Nobuo Yaegashi

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS Vol. 468 No. 1-2 p. 228-233 2015/12 Research paper (scientific journal)

  16. Intrauterine Ischemic Reperfusion Switches the Fetal Transcriptional Pattern from HIF-1α- to P53-Dependent Regulation in the Murine Brain

    Yupeng Dong, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Takafumi Sato, Keita Iida, Miyuki Endo, Kiyoe Funamoto, Naoaki Sato, Nobuo Yaegashi, Yoshitaka Kimura

    PLoS ONE Vol. 9 No. 10 p. e110577-e110577 2014/10/17 Research paper (scientific journal)

  17. Theoretical study on the translation and rotation of an elliptic camphor particle

    Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama

    PHYSICA D-NONLINEAR PHENOMENA Vol. 272 p. 39-50 2014/04 Research paper (scientific journal)

  18. Molecular Patterns of Neurodevelopmental Preconditioning: A Study of the Effects of Antenatal Steroid Therapy in a Protein-Restriction Mouse Model

    Clarissa Velayo, Takuya Ito, Yupeng Dong, Miyuki Endo, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Keita Iida, Nobuo Yaegashi, Yoshitaka Kimura

    ISRN Obstetrics and Gynecology Vol. 2014 p. 1-13 2014/03/13 Research paper (scientific journal)

    Publisher: Hindawi Limited
  19. Spontaneous motion of an elliptic camphor particle

    Hiroyuki Kitahata, Keita Iida, Masaharu Nagayama

    PHYSICAL REVIEW E Vol. 87 No. 1 2013/01 Research paper (scientific journal)

  20. Experimental and theoretical studies on the self-motion of a phenanthroline disk coupled with complex formation

    Keita Iida, Nobuhiko J. Suematsu, Yumi Miyahara, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama, Satoshi Nakata

    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Vol. 12 No. 7 p. 1557-1563 2010 Research paper (scientific journal)

Misc. 15

  1. がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility)

    井上 カタジナアンナ, 高橋 和樹, 須河内 昭成, 飯田 渓太, 岩淵 禎弘, 鯉沼 代造, 栗岡 恭子, 小西 徹, 田中 晋, 戒田 篤志, 三浦 雅彦, 橋本 真一, 岡田 眞里子, 内橋 俊大, 宮園 浩平, 渡部 徹郎

    日本癌学会総会記事 Vol. 81回 p. SS1-5 2022/09

    Publisher: (一社)日本癌学会
  2. PHLDA3は膵島細胞の分化と代謝を制御することで非機能性膵神経内分泌腫瘍の悪性化を抑制する(PHLDA3 suppresses the malignant progression of non-functional PanNET by regulating cell differentiation and metabolism)

    陳 ヨ, 岩淵 禎弘, 清野 透, 平岡 伸介, 飯田 渓太, 新井 康仁, 横山 明彦, 岡田 眞里子, 橋本 真一, 大木 理恵子

    日本癌学会総会記事 Vol. 81回 p. P-2033 2022/09

    Publisher: (一社)日本癌学会
  3. PHLDA3機能欠損によるAktの活性化は細胞の分化と代謝異常を引き起こし、膵臓神経内分泌腫瘍の悪性化を促進する

    陳 ヨ, 岩淵 禎弘, 清野 透, 平岡 伸介, 飯田 渓太, 新井 康仁, 横山 明彦, 岡田 眞里子, 橋本 真一, 仙波 憲太郎, 大木 理恵子

    日本癌学会総会記事 Vol. 80回 p. [J4-3] 2021/09

    Publisher: (一社)日本癌学会
  4. Variants of uncertain significance of the cancer-predisposing genes in two thousand Japanese whole-genome sequencing data

    Jun Yasuda, Keita Iida, Kazuki Kumada, Soichi Ogishima, Yusuke Shibuya, Hideki Tokunaga, Nobuo Yaegashi

    CANCER RESEARCH Vol. 78 No. 13 2018/07 Research paper, summary (international conference)

  5. 妊娠高血圧症候群(HDP)フェノタイピングのためのアルゴリズムの検討

    水野 聖士, 永家 聖, 飯田 渓太, 笠原 直子, 田宮 元, 栗山 進一, 八重樫 伸生, 田中 博, 菅原 準一, 荻島 創一

    日本疫学会学術総会講演集(Web) Vol. 28th 2018/02/01

  6. Effects of Maternal Inflammation on the Fetal Brain in a Murine Model

    Yupeng Dong, Takuya Ito, Clarissa Velayo, Rika Sugibayashi, Kiyoe Funamoto, Keita Iida, Miyuki Endo, Naoaki Sato, Takahiro Minato, Ken Haneda, Sayaka Oshio, Motoyoshi Kawataki, Nobuo Yaegashi, Yoshitaka Kimura

    REPRODUCTIVE SCIENCES Vol. 22 p. 368A-368A 2015/03 Research paper, summary (international conference)

  7. ISP-14-1 Intrauterine Ischemic reperfusion switches the fetal transcriptional pattern from HIF-1α-to P53-dependent regulation in the murine brain(Group 14 Perinatology 4,IS Poster,International Session) :

    Dong Yupeng, Ito Takuya, Sugibayashi Rika, Iida Keita, Sato Naoaki, Yaegashi Nobuo, Kimura Yoshitaka

    Vol. 67 No. 2 p. 1039-1039 2015

    Publisher: 日本産科婦人科学会
  8. 繰り返す虚血再灌流負荷は母体低栄養マウス胎仔の脳出血発症リスクを増大させる

    伊藤 拓哉, 杉林 里佳, 木村 芳孝, 董 宇鵬, 飯田 渓太, 佐藤 尚明, 八重樫 伸生

    日本産科婦人科学会雑誌 Vol. 66 No. 2 p. 580-580 2014/02

    Publisher: (公社)日本産科婦人科学会
  9. 胎児心拍細変動における胎児心電図の抽出アルゴリズムの検討(I)

    飯田 渓太, 木村 芳孝, 伊藤 拓哉, 董 宇鵬, 羽根田 健, 大塩 清佳, 西郡 秀和, 八重樫 伸生

    日本産科婦人科学会雑誌 Vol. 66 No. 2 p. 719-719 2014/02

    Publisher: (公社)日本産科婦人科学会
  10. 胎児心拍細変動における胎児心電図の抽出アルゴリズムの検討(II)

    木村 芳孝, 飯田 渓太, 伊藤 拓哉, 董 宇鵬, 羽根田 健, 大塩 清佳, 西郡 秀和, 八重樫 伸生

    日本産科婦人科学会雑誌 Vol. 66 No. 2 p. 719-719 2014/02

    Publisher: (公社)日本産科婦人科学会
  11. ISP-9-7 Phosphorylation of ATF2 at Thr71 in the fetal brain response to global Ischemic Reperfusion is triggered by vaginal LPS administration(Group 9 Perinatology 1,IS Poster,International Session) :

    Dong Yupeng, Ito Takuya, Sugibayashi Rika, Iida Keita, Sato Naoaki, Kimura Yoshitaka, Yaegashi Nobuo

    Vol. 66 No. 2 p. 944-944 2014

    Publisher: 日本産科婦人科学会
  12. Coupling between shape and motion of a particle driven by surface tension gradient

    Kitahata Hiroyuki, Iida Keita, Nagayama Masaharu

    Meeting abstracts of the Physical Society of Japan Vol. 68 No. 2 p. 234-234 2013/08/26

    Publisher: The Physical Society of Japan (JPS)
  13. 樟脳粒の自発運動:粒子形状と運動の関係について

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 長山 雅晴

    日本計算工学会講演会論文集 Vol. 18 2013/06

  14. 19aPSA-20 Motion of an elliptic camphor disk driven by surface tension

    Kitahata Hiroyuki, Iida Keita, Nagayama Masaharu

    Meeting abstracts of the Physical Society of Japan Vol. 67 No. 2 p. 249-249 2012/08/24

    Publisher: The Physical Society of Japan (JPS)
  15. Numerical simulation of camphor motions at the air-water interface

    Vol. 17 2012/05

Publications 4

  1. 改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ

    飯田 渓太, 粕川 雄也

    羊土社 2023/09/28

    ISBN: 9784758122672

  2. 生体の科学:未病の科学

    飯田 渓太

    医学書院 2023/04/15

  3. 実験医学別冊:空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

    飯田 渓太, 岡田 眞里子

    羊土社 2022/12/05

    ISBN: 9784758122610

  4. 医学のあゆみ:1細胞解析―技術と応用

    Johannes Nicolaus Wibisana, 飯田 渓太, 岡田 眞里子

    医歯薬出版株式会社 2021/03/06

Presentations 91

  1. Analyzing a probabilistic generative model for Markov jump process using generalized hypergeometric series

    Keita Iida

    Spring Meeting 2024, The Mathematical Society of Japan 2025/03/20

  2. 一般超幾何級数のラプラス逆変換と確率的生成モデル

    飯田 渓太

    超幾何方程式研究会 2025/01/06

  3. 生体システムの動態を予測・制御する 解析基盤の開発

    飯田 渓太

    さきがけ未来数理科学領域 第一回領域会議 2024/12/27

  4. 疾患予測に向けた、オミクスデータの記号学的分類と動態予測モデル

    飯田 渓太

    MS2バイオ数理連携会議/ワークショップ 2024/12/24

  5. scRNA-seq データを用いた細胞分類入門

    飯田 渓太

    AJACS「シングルセルRNA-seqを知って・学んで・使う」 2024/12/23

  6. Single-cell gene expression noise: Models, applications, and perspectives

    Keita Iida

    Seminar at the Laboratory for Quantitative Biology 2024/12/20

  7. 一般超幾何級数を用いた確率モデルの解析

    飯田 渓太

    2024年度応用数学合同研究集会 2024/12/05

  8. 記号学と数理科学によるオミクスデータの分類と細胞運命制御

    飯田 渓太

    The 47th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan 2024/11/27

  9. Single-cell and spatial omics: Informatics and model-based approaches for detecting hidden cell states

    Keita Iida

    Seminar for Computational Systems Medicine & Biology, Imperial College London 2024/11/18

  10. Single-cell and spatial omics: Informatics and model-based approaches for detecting hidden disease state

    Keita Iida

    Guest seminar at Clinical and Experimental Medicine Department, University of Sussex 2024/11/15

  11. オミクスデータ駆動型モデリングに期待することと大変危惧すること

    飯田 渓太

    軽井沢グラフと解析研究集会 2024/10/21

  12. 医学・数理連携研究のための包括的データベース構築 II

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第34回進捗報告会 2024/09/30

  13. Semiology-based clustering method for single-cell data

    Keita Iida

    Autumn Meeting 2024, The Mathematical Society of Japan 2024/09/06

  14. シングルセル・空間オミクスデータ解析入門

    飯田 渓太

    岡山理科大学教育改革推進事業, 第133回 岡山県医用工学研究会 令和6年度第1回セミナー 2024/08/27

  15. シングルセルデータの記号学的分類と擬時間解析 〜細胞変容の検知と解明へ〜

    飯田 渓太

    学術変革領域(A)「データ記述科学」Meetシリーズ 第4回 Single-cell Meets Data 2024/07/31

  16. シングルセルデータの記号学的分類:ASURAT2の開発

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第31回進捗報告会 2024/06/14

  17. シングルセルデータ解析入門と数理解析への展開

    飯田 渓太

    合原ムーンショット制御グループミーティング 2024/05/09

  18. シングルセルデータの記号学的分類と擬時間解析

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第29回進捗報告会 2024/04/11

  19. Multifaceted approach towards understanding complex biological systems

    Keita Iida

    合原ムーンショット、アドバイザリーボード会議 2024/03/17

  20. 1細胞トランスクリプトームの記号学的分類

    飯田 渓太

    定量生物学の会 第十一回年会 2024/01/06

  21. 1細胞オミクス解析における記号学の応用可能性

    飯田 渓太

    第63回生物物理夏の学校 2023/09/05

  22. Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data

    Keita Iida

    10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2023 TOKYO) 2023/08/25

  23. シングルセルデータを生物機能の空間で解析するソフトウェア ASURAT の紹介

    飯田 渓太

    第6回OUバイオインフォマティクスセンターセミナー 2023/08/02

  24. がん可塑性の機構解明に向けた 知識データ活用型の革新的オミクス解析

    飯田 渓太, 近藤 純平, 井上 正宏

    蛋白質研究所新分野開拓支援プログラム成果報告会 2023/06/28

  25. ASURAT: Functional annotation unsupervised clustering for single data

    飯田 渓太

    ムーンショット目標2x7技術交流会 2023/06/16

  26. MS目標2の他のプロジェクトとの数理的連携研究 および包括的データベース構築 II

    飯田 渓太

    合原ムーンショットプロジェクト内部中間評価会(兼 第23回進捗報告会) 2023/06/02

  27. がんの空間トランスクリプトームを生物機能の空間で解析する

    飯田 渓太

    大野MS x 合原MS 合同シンポジウム2023 2023/04/12

  28. 遺伝子発現の“ばらつき”と“調節”の理論

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第20回進捗報告会 2023/03/27

  29. 遺伝子発現調節の確率モデリングとパラメータ推定

    飯田 渓太

    若手数学者交流会2023 2023/03/14

  30. 遺伝子発現の確率モデリング 〜転写制御パラメータの推定を目指して〜

    飯田 渓太

    札幌非線形現象研究会 2022/08/31

  31. Clustering single-cell and spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

    Keita Iida

    1st International Symposium on Aihara Moonshot Project (ISAMS2022) 2022/06/08

  32. ASURAT clusters single-cell transcriptomes through multifaceted biological aspects

    Keita Iida, Johannes Nicolaus Wibisana, Mariko Okada

    The Biology of Genomes 2022/05/13

  33. 遺伝子発現の1細胞データ解析

    The Mathematical Society of Japan (2021) 2022/03/31

  34. シーケンスデータの分類と解釈を同時に実現する

    飯田 渓太

    応用数学合同研究集会 2021/12/17

  35. Functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes

    Keita Iida, Jumpei Kondo, Johannes, Nicolaus Wibisana, Masahiro Inoue, Mariko Okada

    2021/11/21

  36. Mathematical and semiological approach to single-cell and spatial transcriptomics

    Keita Iida

    The 16th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences 2021/11/11

  37. 生物データの分類と解釈問題に対する記号学・数学的アプローチ

    飯田 渓太

    AMSとMS数理科学分科会の共催ワークショップ 2021/10/02

  38. 生物データの分類と解釈問題に対する記号学・数学的アプローチ

    飯田 渓太

    関西学院大学理工学部セミナー 2021/09/30

  39. 生物データの解釈問題に対する記号学・数学的アプローチ

    Keita Iida

    2021/08/04

  40. 記号学と情報科学にもとづく解釈可能な一細胞トランスクリプトーム解析

    飯田 渓太

    公開セミナー(於下平英寿研究室) 2021/05/07

  41. トランスクリプトームデータから生物学的意味の体系を抽出する

    飯田 渓太

    医学研究における数理的方法 2021/02/24

  42. Extracting systems of biological meanings from transcriptome data

    Keita Iida

    IPR Colloquium 2021/01/15

  43. 記号学と数理情報科学にもとづく遺伝子発現データの多層解析

    飯田 渓太

    IPR Seminar 2021/01/15

  44. 一般超幾何関数を用いた遺伝子発現モデルの解析

    飯田 渓太

    工学と数学の接点を求めて 2020/11/18

  45. Probabilistic model of eukaryotic gene expressions

    IIDA Keita

    2019/12/14

  46. Analytical solution of a gene expression model with generalized hypergeometric functions and its application

    IIDA Keita

    2019/10/23

  47. 一般超幾何関数を用いた遺伝子発現モデルの解表示、生命データに基づく便利なパラメータ推定法の探求、複雑系分野への展開について

    飯田 渓太

    軽井沢グラフと解析研究集会 2019/10/06

  48. コラボ研究について

    飯田 渓太

    代謝統合オミクス若手の会 2019/08/29

  49. Quantifying biological parameters on genetic switches

    Keita Iida

    ICIAM2019 2019/07/18

  50. Stochastic modeling, analysis, and parameter estimation for single-cell gene expressions

    IIDA Keita

    2019/07/11

  51. Quantitative modeling of stochastic gene expression

    IIDA Keita, OBATA Nobuaki, KIMURA Yoshitaka

    2018/12/16

  52. 遺伝子発現ゆらぎの確率論的定式化と生物学への応用

    飯田 渓太, 尾畑 伸明, 木村 芳孝

    数学と諸分野の連携を通した知の創造 2018/12/08

  53. 1細胞データを用いた遺伝子発現モデルのパラメータ推定

    飯田 渓太

    軽井沢グラフと解析研究集会 2018/10/07

  54. Quantifying heterogeneity of stochastic gene expression

    Keita Iida, Nobuaki Obata, Yoshitaka Kimura

    2018/09/16

  55. Theoretical framework for single-cell gene expression analysis

    2018/09/12

  56. Mathematical framework for single-cell gene expression analysis

    Keita Iida, Nobuaki Obata, Yoshitaka Kimura

    Czech-Japanese Seminar in Applied Mathematics 2018 2018/07/14

  57. 遺伝子発現ノイズの確率論的定式化とパラメータ推定

    飯田 渓太, 尾畑 伸明, 木村 芳孝

    軽井沢グラフと解析研究集会 2018/02/13

  58. 遺伝子発現ノイズの確率論的定式化とパラメータ推定

    飯田 渓太, 尾畑 伸明, 木村 芳孝

    細胞内ネットワークのダイナミクス 2018/01/31

  59. うつ病の個別化予防、個別化医療技術開発に向けた数理、機械学習の応用

    飯田 渓太, 高橋 雄太, 兪 志前, 小柴 生造, 瀧 靖之, 菅原 準一, 寳澤 篤, 田宮 元, 栗山 進一, 布施 昇男, 木下 賢吾, 荻島 創一, 富田 博秋

    第2回東北メディカル・メガバンク計画合同研究会 2017/12/22

  60. 遺伝子発現ゆらぎの確率論的定式化と生物学への応用

    飯田 渓太, 尾畑 伸明, 木村 芳孝

    応用数学合同研究集会 2017/12/15

  61. 遺伝子発現ゆらぎの確率論的定式化

    飯田 渓太, 尾畑 伸明, 木村 芳孝

    水戸数学・情報数理研究会2017 2017/08/19

  62. 遺伝⼦発現系の数理モデリング 〜確率論と決定論の視点から〜

    飯田 渓太, 木村 芳孝, 荻島 創一, 尾畑 伸明

    第16回講演会兼第63回応用数学連携フォーラム 2017/06/29

  63. Single-cell遺伝⼦発現解析への数理的アプローチ

    飯田 渓太, 水野 聖士, 永家 聖, 笠原 直子, 木村 芳孝, 荻島 創一

    第5回NGS現場の会 2017/05/22

  64. 「遺伝子発現ノイズの働き」についての生物学的,数理的考察

    飯田 渓太, 木村 芳孝

    超幾何方程式研究会2017 2017/01/07

  65. Complex systems found in life systems

    Keita Iida

    Mathematical Approaches to Medical and Life Sciences 2016/06/04

  66. Mathematical Model to Compute Stochastic Genes Expression

    Keita Iida, Yoshitaka Kimura

    Complex Biodynamics & Networks 2015/05/11

  67. 遺伝子発現パターンにみる生命の多様性

    飯田 渓太, 木村 芳孝

    応用数学合同研究集会 2014/12/19

  68. 遺伝子発現パターンにみる生命の多様性と調和性

    飯田 渓太, 木村 芳孝

    確率論と数理物理学 2014/11/25

  69. Research to Construct a Mathematical Theory that can Compute Stochastic Cellular Processes

    Keita Iida, Yoshitaka Kimura

    Forum "Math-for-Industry" 2014 2014/10/28

  70. Changes in the Expression of Transcription Factors in Fetal Brains according with Maternal Diet

    Keita Iida, Kiyoe Funamoto, Miyuki Endo, Yupeng Dong, Takuya Ito, Naoaki Sato, Motoyoshi Kawataki, Yoshitaka Kimura, Nobuo Yaegashi

    13th World Congress in Fetal Medicine 2014/06/29

  71. Changes in the Expression of Transcription Factors in Fetal Brains according with Maternal Diet

    2014/04/19

  72. 樟脳粒の自発運動:粒子形状と運動の関係について

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 長山 雅晴

    日本計算工学会 2013/06/21

  73. Spontaneous Motion of a Deformed Camphor Disk

    Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama

    2012/12/21

  74. Self-Propelled Motion of a Deformed Camphor Disk

    2012/08/31

  75. Numerical simulation of camphor motions at the air-water interface

    Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama

    2012/05/31

  76. 楕円形状樟脳粒子に対する2次元数理モデルの解析

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 長山 雅晴

    日本数学会 2012/03/29

  77. 楕円形状樟脳粒子に対する2次元数理モデルの解析

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 長山 雅晴

    応用数学合同研究集会 2011/12/16

  78. Mathematical studies on the self-motion of surfactant scrapings at the air-water interface

    Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Satoshi Nakata, Masaharu Nagayam

    The 7th East Asia SIAM Conference 2011/07/28

  79. Mathematical studies on the two-dimensional self-motion of camphor scrapings

    Keita Iida, Hiroyuki Kitahata, Satoshi Nakata, Masaharu Nagayam

    Far-From-Equilibrium-Dynamics 2011 2011/01/06

  80. 粒子形状に依存した樟脳運動について

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 中田 聡, 長山 雅晴

    応用数学合同研究集会 2010/12/14

  81. 気水界面における界面活性粒子運動の数理モデルの解析

    飯田 渓太, 北畑 裕之, 中田 聡, 長山 雅晴

    日本応用数理学会 2010/09/08

  82. Mathematical model for the motion of a phenanthroline disk

    Keita Iida, Nobuhiko J. Suematsu, Hiroyuki Kitahata, Masaharu Nagayama, Satoshi Nakata

    2009/12/17

  83. フェナントロリン円板運動の実験的・数理的研究

    飯田 渓太, 末松 信彦, 北畑 裕之, 長山 雅晴, 中田 聡

    日本応用数理学会 2009/09/28

  84. Stochastic analysis of single-cell gene expression

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第17回進捗報告会 2022/12/28

  85. 細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記

    飯田 渓太

    Bio"Pack"athon 2022/11/02

  86. MS目標2の他のプロジェクトとの数理的連携研究 および包括的データベース構築(Part II)

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第2回プロジェクト会議(兼 第15回進捗報告会) 2022/09/16

  87. がんの空間トランスクリプトームの記号学的分類

    飯田 渓太

    第3回ゲノム生物物理学セミナー 2022/08/29

  88. Clustering spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第13回進捗報告会 2022/07/23

  89. Clustering single-cell transcriptomes through multifaceted biological aspects

    飯田 渓太

    合原ムーンショット第11回進捗報告会 2022/05/23

  90. Clustering single-cell and spatial transcriptomes through multifaceted biological aspects

    Keita Iida

    Open seminar at Laboratory of Hiroshi Mamitsuka 2022/05/18

  91. 記号学と情報科学にもとづく解釈可能な1細胞RNA-seq解析

    Q-bio Seminar at Laboratory of Tetsuya Kobayashi 2021/09/06

Works 3

  1. EASY1CELL

    Keita Iida

    2025/06/11 - Present

  2. ASURAT

    Keita Iida

    Bioconductor 2022/04/05 -

  3. Immune Cell Quest

    Keita Iida

Social Activities 2

  • 第18回女子中高生のための関西科学塾

    奈良女子大学理学部、(一社)関西科学塾コンソーシアム 【共催】 大阪大学、神戸大学インクルーシブキャンパス&ヘルスケアセンタージェンダー平等推進部門、大阪公立大学

    2023/10/29 -

  • 第16回女子中高生のための関西科学塾

    大阪府立大学、一般社団法人関西科学塾コンソーシアム

    2021/10/24 -

Media Coverage 3

  1. scRNA-seqデータを用いた細胞分類入門

    Togo TV

    2024/12/23

  2. 細胞の多面的な遺伝子解析ソフトウェアASURATを開発 ―専門家の経験に依存しない”機能アノテーション”を用いた細胞分類法―

    2022/09/07

  3. 生物学と数学の両面から細胞の分子過程を探る

    2019/08/25

Academic Activities 6

  1. International Congress on Industrial and Applied Mathematics 2023 (ICIAM2023)

    Yusuke Imoto, Kazumitsu Maehara, Keita Iida

    2023/08/25 - 2023/08/26

  2. 1st International Symposium on Aihara Moonshot Project (ISAMS2022)

    Keita Iida, Koji Noshita, Shingo Iwami

    2022/06/06 - 2022/06/08

  3. International Congress on Industrial and Applied Mathematics 2019 (ICIAM2019)

    Keita Iida, Keiji Miura Valencia, Spain

    2019/07/18 - 2019/07/18

  4. Multidisciplinary Approach Forum 2014 (MAF2014)

    Keita Iida, Kazuyuki Kitatani, Fumiaki Takahashi, Satoshi Mizuno, Keiji Miura, Nobuaki Obata

    2014/09/20 - 2014/09/21

  5. IPR Seminar: オミクス解析における実験と数理の協働

    飯田 渓太, 市川 彩花

    2021/01/15 -

  6. 2020年度若手技術セミナー

    市川 彩花, 岡橋 伸幸, 和泉 自泰, 梅山 大地, 大野 聡, 堀之内 貴明, 飯田 渓太

    2020/08/28 -

Other 5

  1. シングルセルデータの記号学的分類と擬時間解析: 細胞変容の検知と解明へ

    2024/07 - 2024/07

  2. 細胞の多面的分類を行う遺伝子発現解析ツールの開発とBioconductor奮闘記

    2022/11 -

  3. AMS News Letter

    2022/07 -

  4. 2020年度若手技術セミナー

    2020/08 -

  5. 2018年度応用数学合同研究集会に参加して

    2019/02 -

Institutional Repository 1

Content Published in the University of Osaka Institutional Repository (OUKA)
  1. An Attention-Based Deep Neural Network Model to Detect Cis-Regulatory Elements at the Single-Cell Level From Multi-Omics Data

    Murakami Ken, Iida Keita, Okada Mariko

    Genes to Cells 2025/03/01