研究者総覧 - 大阪大学

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松林　伸幸

Matsubayashi Nobuyuki

松林　伸幸

Matsubayashi Nobuyuki

基礎工学研究科　物質創成専攻，教授

keyword 理論化学

経歴 2

2014年4月～継続中

大阪大学　大学院基礎工学研究科物性創成専攻化学工学領域　教授
2007年4月～ 2014年3月

京都大学　化学研究所　准教授

委員歴 41

分子シミュレーション学会　会長および国際連携担当幹事　学協会

2025年1月～継続中
日本化学会理論化学・情報化学・計算化学ディビジョン　主査

2023年4月～継続中
科学技術振興機構　領域アドバイザー

2021年6月～継続中
計算物質科学協議会　運営委員

2020年10月～継続中
日本水・蒸気性質協会　副会長

2020年6月～継続中
近畿化学協会コンピュータ化学部会　幹事

2017年8月～継続中
高度情報科学技術研究機構　アプリケーションソフトウェア利用環境整備アドバイザリWG メンバー

2016年11月～継続中
溶液化学研究会　運営委員

2010年1月～継続中
International Association for the Properties of Water and Steam Physical Chemistry of Aqueous Systems Working Group　Member

2008年9月～継続中
分子シミュレーション学会　事務局長および国際連携担当幹事

2021年1月～ 2024年12月
理論化学会　幹事

2019年6月～ 2023年9月
日本化学会理論化学・情報化学・計算化学ディビジョン　副主査

2018年4月～ 2023年3月
分子シミュレーション学会　編集委員長および国際連携担当幹事

2017年1月～ 2020年12月
日本化学会化学便覧基礎編改訂６版編集委員会　編集委員

2015年6月～ 2020年12月
日本学術振興会　科学研究費委員会専門委員

2019年12月～ 2020年11月
日本学術振興会蒸気性質第139委員会　運営委員

2007年11月～ 2020年3月
理論化学討論会　第4期世話人

2016年6月～ 2019年5月
化学工学会関西支部　幹事

2017年4月～ 2019年3月
日本化学会理論化学・情報化学・計算化学ディビジョン　幹事

2015年4月～ 2018年3月
第40回溶液化学シンポジウム　実行委員

2017年1月～ 2017年12月
日本化学会近畿支部　代議員

2015年10月～ 2017年10月
第30回分子シミュレーション討論会　実行委員長

2016年1月～ 2016年12月
日本学術振興会　科学研究費委員会専門委員

2016年1月～ 2016年12月
The 4th International Conference on Molecular Simulation　Member of the International Steering Committee

2016年1月～ 2016年11月
東京大学物性研究所次世代スパコン戦略プログラム分野2 計算物質科学イニシャティブ戦略課題小委員会（第3部会）　委員

2010年9月～ 2016年3月
West of Scotland Academia-Industry Supercomputing Centre International Advisory Board　Member

2012年9月～ 2015年8月
第18回理論化学討論会　実行委員

2015年1月～ 2015年5月
分子シミュレーション研究会　幹事

2014年1月～ 2014年12月
分子シミュレーション研究会　国際会議担当幹事

2011年1月～ 2013年12月
The 3rd International Conference on Molecular Simulation　Member of the Organizing Committee

2011年11月～ 2013年11月
第7回分子科学討論会2013京都　実行委員

2013年1月～ 2013年8月
33rd International Conference on Solution Chemistry　Chair of the Local Organizing Committee

2012年6月～ 2013年7月
文部科学省科学研究費補助金における評価に関する委員会　評価者

2010年12月～ 2011年11月
自然科学研究機構分子科学研究所次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発次世代エネルギー・グランドチャレンジ　サブリーダー

2009年1月～ 2011年3月
自然科学研究機構分子科学研究所次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発運営委員会　委員

2009年1月～ 2011年3月
分子シミュレーション研究会　編集幹事

2009年1月～ 2010年12月
日本高圧力学会　評議員・会計幹事

2008年9月～ 2010年8月
第22回高圧力の科学と技術に関する国際会議組織委員会　出版委員

2009年1月～ 2009年7月
文部科学省科学研究費補助金における評価に関する委員会　評価者

2009年4月～ 2009年6月
分子シミュレーション研究会　編集委員　学協会

2004年9月～ 2008年8月
日本高圧力学会　編集委員　学協会

2004年9月～ 2007年8月

所属学会 8

分子科学会
化学工学会
日本生物物理学会
理論化学会
分子シミュレーション学会
溶液化学研究会
日本高圧力学会
日本化学会

研究内容・専門分野 1

ナノテク・材料 / 基礎物理化学 /

受賞 9

学術賞

日本化学会　2019年3月
総長顕彰

大阪大学　2015年7月
HPCIシステム利用研究課題優秀成果賞

高度情報科学技術研究機構　2014年11月
学術賞および能勢賞

分子シミュレーション研究会　2008年11月
学術賞

溶液化学研究会　2007年11月
若手科学者賞

文部科学大臣表彰　2006年4月
分子科学奨励森野基金

2004年
日本高圧力学会奨励賞

2001年
International Association for the Properties of Water and Steam, Helmholtz Award

2001年

論文 279

Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinates

Kyohei Kawashima, Takumi Sato, Kei-ichi Okazaki, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi, Toshifumi Mori

APL Machine Learning　Vol. 3　No. 1　2025年3月1日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Atomistic analysis of nematic phase transition in 4-cyano-4′-n-alkyl biphenyl liquid crystals: Sampling for the first-order phase transition and the free-energy decomposition

Shunsuke Ogita, Yoshiki Ishii, Go Watanabe, Hitoshi Washizu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 162　No. 5　2025年2月4日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Solvent-Environment Dependence of the Excess Chemical Potential and Its Computation Scheme Formulated through Error Minimization

Stefan Hervø-Hansen, Kazuya Okita, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Theory and Computation　Vol. 21　No. 3　p. 1064-1077　2025年1月29日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution

Kazuya Okita, Yusei Maruyama, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 162　No. 3　2025年1月15日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation

Yuya Matsubara, Ryo Okabe, Ren Masayama, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 161　No. 2　2024年7月10日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Influence of cholesterol on hydrogen-bond dynamics of water molecules in lipid-bilayer systems at varying temperatures

Kokoro Shikata, Kento Kasahara, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 161　No. 1　2024年7月3日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach

Kazushi Okada, Takuma Kikutsuji, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 160　No. 17　2024年5月7日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Solvation dynamics on the diffusion timescale elucidated using energy-represented dynamics theory

Kazuya Okita, Natsuumi Ito, Nozomi Morishita-Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　2024年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)
Free-energy decomposition of salt effects on the solubilities of small molecules and the role of excluded-volume effects

Stefan Hervø-Hansen, Daoyang Lin, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

Chemical Science　Vol. 15　No. 2　p. 477-489　2024年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)
Elucidating protein–ligand binding kinetics based on returning probability theory

Kento Kasahara, Ren Masayama, Kazuya Okita, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 159　No. 13　2023年10月3日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Unraveling the Glass-like Dynamic Heterogeneity in Ring Polymer Melts: From Semiflexible to Stiff Chain

Shota Goto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

ACS Polymers Au　2023年8月22日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Revealing the hidden dynamics of confined water in acrylate polymers: Insights from hydrogen-bond lifetime analysis

Kokoro Shikata, Takuma Kikutsuji, Nobuhiro Yasoshima, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 158　No. 17　2023年5月1日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase

Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami

ACS Chemical Biology　Vol. 18　No. 2　p. 340-346　2023年1月20日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Prediction of Water Diffusion in Wide Varieties of Polymers with All-Atom Molecular Dynamics Simulations and Deep Generative Models

Ryo Kawada, Katsuhiro Endo, Kenji Yasuoka, Hidekazu Kojima, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Information and Modeling　Vol. 63　No. 1　p. 76-86　2023年1月9日　研究論文（学術雑誌）
Diffusion theory of molecular liquids in the energy representation and application to solvation dynamics

Kazuya Okita, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 157　No. 24　p. 244505-244505　2022年12月28日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Hyper-mobile Water and Raman 2900 cm-1 Peak Band of Water Observed around Backbone Phosphates of Double Stranded DNA by High-Resolution Spectroscopies and MD Structural Feature Analysis of Water.

Makoto Suzuki, Akira Tsuchiko, Yoshiyuki Tanaka, Nobuyuki Matubayasi, George Mogami, Nobuyuki Uozumi, Satoshi Takahashi

The journal of physical chemistry. B　2022年12月27日　研究論文（学術雑誌）
Erratum: Construction of isostructural hydrogen-bonded organic frameworks: limitations and possibilities of pore expansion (Chem. Sci. (2021) 12 (9607–9618) DOI: 10.1039/D1SC02690A)

Yuto Suzuki, Mario Gutiérrez, Senri Tanaka, Eduardo Gomez, Norimitsu Tohnai, Nobuhiro Yasuda, Nobuyuki Matubayasi, Abderrazzak Douhal, Ichiro Hisaki

Chemical Science　Vol. 13　No. 48　2022年11月29日　研究論文（学術雑誌）
Corrigendum to “Ensemble transformations in the fluctuation theory” [Physica A 585 (2022) 126430] (Physica A: Statistical Mechanics and its Applications (2022) 585, (S0378437121007032), (10.1016/j.physa.2021.126430))

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　Vol. 605　2022年11月1日　研究論文（学術雑誌）
Cooperative Sorption on Heterogeneous Surfaces

Olivia P.L. Dalby, Steven Abbott, Nobuyuki Matubayasi, Seishi Shimizu

Langmuir　Vol. 38　No. 43　p. 13084-13092　2022年11月1日　研究論文（学術雑誌）
Constructing a Memory Kernel of the Returning Probability to Efficiently Describe Molecular Binding Processes

Kento Kasahara, Ren Masayama, Yuya Matsubara, Nobuyuki Matubayasi

Chemistry Letters　Vol. 51　No. 8　p. 823-827　2022年8月　研究論文（学術雑誌）
Crystal Growth of Urea and Its Modulation by Additives as Analyzed by All-Atom MD Simulation and Solution Theory

Senri Tanaka, Naoki Yamamoto, Kento Kasahara, Yoshiki Ishii, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Physical Chemistry B　Vol. 126　No. 28　p. 5274-5290　2022年7月6日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Surface Area Estimation: Replacing the Brunauer-Emmett-Teller Model with the Statistical Thermodynamic Fluctuation Theory

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Langmuir　Vol. 38　No. 26　p. 7989-8002　2022年7月5日　研究論文（学術雑誌）
All-atom molecular simulation study of cellulose acetate: amorphous structure and the dissolution of small molecule

Ryota Matsuba, Hiroyuki Kubota, Nobuyuki Matubayasi

Cellulose　Vol. 29　No. 10　p. 5463-5478　2022年7月　研究論文（学術雑誌）
Nonpolarizable Force Fields through the Self-Consistent Modeling Scheme with MD and DFT Methods: From Ionic Liquids to Self-Assembled Ionic Liquid Crystals.

Yoshiki Ishii, Nobuyuki Matubayasi, Hitoshi Washizu

The journal of physical chemistry. B　2022年6月13日　研究論文（学術雑誌）
Adsorption Energetics of Amino Acid Analogs on Polymer/Water Interfaces Studied by All-Atom Molecular Dynamics Simulation and a Theory of Solutions

Nobuhiro Yasoshima, Tatsuya Ishiyama, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Physical Chemistry B　2022年6月2日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI)

Takuma Kikutsuji, Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　2022年3月31日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Anion-cation contrast of small molecule solvation in salt solutions

Stefan Hervø-Hansen, Jan Heyda, Mikael Lund, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 24　No. 5　p. 3238-3249　2022年2月7日　研究論文（学術雑誌）
Simulating the nematic-isotropic phase transition of liquid crystal model via generalized replica-exchange method.

Kengo Takemoto, Yoshiki Ishii, Hitoshi Washizu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of chemical physics　Vol. 156　No. 1　p. 014901-014901　2022年1月7日　研究論文（学術雑誌）
Ensemble transformation in the fluctuation theory

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　Vol. 585　2022年1月1日　研究論文（学術雑誌）
Molecular dynamics study of the interactions between a hydrophilic polymer brush on graphene and amino acid side chain analogues in water

Takuma Yagasaki, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 24　No. 37　p. 22877-22888　2022年　研究論文（学術雑誌）
Atomistic description of molecular binding processes based on returning probability theory

Kento Kasahara, Ren Masayama, Kazuya Okita, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Physics　Vol. 155　No. 20　2021年11月28日　研究論文（学術雑誌）
Molecular Structure and Vibrational Spectra of Water Molecules Sorbed in Poly(2-methoxyethylacrylate) Revealed by Molecular Dynamics Simulation

Nobuhiro Yasoshima, Tatsuya Ishiyama, Makoto Gemmei-Ide, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Physical Chemistry B　Vol. 125　No. 43　p. 12095-12103　2021年11月4日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Solvation energetics of proteins and their aggregates analyzed by all-atom molecular dynamics simulations and the energy-representation theory of solvation.

Nobuyuki Matubayasi

Chemical communications (Cambridge, England)　Vol. 57　No. 78　p. 9968-9978　2021年9月30日　研究論文（学術雑誌）
Crystallization of Polyethylene Brushes and Its Effect on Interactions with Water

Takuma Yagasaki, Nobuyuki Matubayasi

Macromolecules　Vol. 54　No. 18　p. 8303-8313　2021年9月28日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})
Effects of chain length on Rouse modes and non-Gaussianity in linear and ring polymer melts

Shota Goto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 155　No. 12　p. 124901-124901　2021年9月28日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Temperature Dependence of Sorption

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Langmuir　Vol. 37　No. 37　p. 11008-11017　2021年9月21日　研究論文（学術雑誌）
Breakdown of the Stokes–Einstein relation in supercooled liquids: A cage-jump perspective

Raffaele Pastore, Takuma Kikutsuji, Francesco Rusciano, Nobuyuki Matubayasi, Kang Kim, Francesco Greco

The Journal of Chemical Physics　Vol. 155　No. 11　p. 114503-114503　2021年9月21日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Cooperative Sorption on Porous Materials

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Langmuir　Vol. 37　No. 34　p. 10279-10290　2021年8月31日　研究論文（学術雑誌）
Water Dissolved in a Variety of Polymers Studied by Molecular Dynamics Simulation and a Theory of Solutions

Hidekazu Kojima, Kazuya Handa, Kazuo Yamada, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 125　No. 32　p. 9357-9371　2021年8月19日　研究論文（学術雑誌）
Adsorbate-adsorbate interactions on microporous materials

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Microporous and Mesoporous Materials　Vol. 323　2021年8月　研究論文（学術雑誌）
Construction of isostructural hydrogen-bonded organic frameworks: limitations and possibilities of pore expansion.

Yuto Suzuki, Mario Gutiérrez, Senri Tanaka, Eduardo Gomez, Norimitsu Tohnai, Nobuhiro Yasuda, Nobuyuki Matubayasi, Abderrazzak Douhal, Ichiro Hisaki

Chemical science　Vol. 12　No. 28　p. 9607-9618　2021年7月21日　研究論文（学術雑誌）
Molecular insights on confined water in the nanochannels of self-assembled ionic liquid crystal

Yoshiki Ishii, Nobuyuki Matubayasi, Go Watanabe, Takashi Kato, Hitoshi Washizu

Science Advances　Vol. 7　No. 31　p. eabf0669-eabf0669　2021年7月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Sorption: A Statistical Thermodynamic Fluctuation Theory

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Langmuir　Vol. 37　No. 24　p. 7380-7391　2021年6月22日　研究論文（学術雑誌）
Transition pathway of hydrogen bond switching in supercooled water analyzed by the Markov state model

Takuma Kikutsuji, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Chemical Physics　Vol. 154　No. 23　p. 234501-234501　2021年6月21日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Implicit function theorem and Jacobians in solvation and adsorption

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　Vol. 570　2021年5月15日　研究論文（学術雑誌）
Understanding the scaling of boson peak through elastic heterogeneity insensitive to bending rigidity in polymer glasses

Naoya Tomoshige, Shota Goto, Hideyuki Mizuno, Tatsuya Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Physics: Condensed Matter　2021年4月30日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：IOP Publishing
Cooperativity in micellar solubilization

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 23　No. 14　p. 8705-8716　2021年4月　研究論文（学術雑誌）
Spatial-Decomposition Analysis of Electrical Conductivity in Mixtures of Ionic Liquid and Sodium Salt for Sodium-Ion Battery Electrolytes

Lukman Hakim, Yoshiki Ishii, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Physical Chemistry B　2021年3月24日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Phase stability condition and liquid–liquid phase separation under mesoscale confinement

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　Vol. 563　2021年2月1日　研究論文（学術雑誌）
5CB 液晶のネマチック相転移の分子動力学解析におけるレプリカ交換法の適用

竹本健吾, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

日本液晶学会討論会講演予稿集　Vol. 2021　2021年
出版者・発行元：一般社団法人日本液晶学会
Solvation Thermodynamics from the Perspective of Endpoints DFT

Ronald M. Levy, Nobuyuki Matubayasi, Bin W. Zhang

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 124　No. 52　p. 11771-11782　2020年12月31日　研究論文（学術雑誌）
Fluctuation adsorption theory: Quantifying adsorbate-adsorbate interaction and interfacial phase transition from an isotherm

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 22　No. 48　p. 28304-28316　2020年12月28日　研究論文（学術雑誌）
Intensive nature of fluctuations: Reconceptualizing Kirkwood-Buff theory via elementary algebra

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Molecular Liquids　Vol. 318　2020年11月15日　研究論文（学術雑誌）
Solubilization power of surfactant-free microemulsions

Sebastian Schöttl, Nobuyuki Matubayasi, Dominik Horinek

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 22　No. 39　p. 22185-22189　2020年10月21日　研究論文（学術雑誌）
Thermodynamic stability condition can judge whether a nanoparticle dispersion can be considered a solution in a single phase

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Colloid and Interface Science　Vol. 575　p. 472-479　2020年9月1日　研究論文（学術雑誌）
Transport Properties of Ionic Liquid and Sodium Salt Mixtures for Sodium-Ion Battery Electrolytes from Molecular Dynamics Simulation with a Self-Consistent Atomic Charge Determination

Lukman Hakim, Yoshiki Ishii, Kazuhiko Matsumoto, Rika Hagiwara, Koji Ohara, Yasuhiro Umebayashi, Nobuyuki Matubayasi

The Journal of Physical Chemistry B　Vol. 124　No. 33　p. 7291-7305　2020年8月6日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Cavity Particle in Aqueous Solution with a Hydrophobic Solute: Structure, Energetics, and Functionals

Bin W. Zhang, Nobuyuki Matubayasi, Ronald M. Levy

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 124　No. 25　p. 5220-5237　2020年6月25日　研究論文（学術雑誌）
周期境界DFT計算とBlöchl電荷解析を基にした非分極力場の開発：イオン液体の輸送物性予測への応用

石井良樹, 松林伸幸

アンサンブル　Vol. 22　p. 142-150　2020年4月　研究論文（学術雑誌）
Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide

Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

2020年3月30日
ガラス形成液体の振動状態とそのフラジリティ依存性

大門翔太, 水野英如, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 75.1　p. 2508-2508　2020年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
Chain-Increment Method for Free-Energy Computation of a Polymer with All-Atom Molecular Simulations

Yamada, K., Matubayasi, N.

Macromolecules　Vol. 53　No. 3　p. 775-788　2020年　研究論文（学術雑誌）
Self-Consistent Scheme Combining MD and Order-N DFT Methods: An Improved Set of Nonpolarizable Force Fields for Ionic Liquids

Ishii, Y., Matubayasi, N.

Journal of Chemical Theory and Computation　Vol. 16　No. 1　p. 651-665　2020年　研究論文（学術雑誌）
Boson peak, elasticity, and glass transition temperature in polymer glasses: Effects of the rigidity of chain bending

Naoya Tomoshige, Hideyuki Mizuno, Tatsuya Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

Scientific Reports　Vol. 9　No. 1　2019年12月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
Consistency of geometrical definitions of hydrogen bonds based on the two-dimensional potential of mean force with respect to the time correlation in liquid water over a wide range of temperatures

Takuma Kikutsuji, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Molecular Liquids　Vol. 294　No. 15　p. 111603-111603　2019年11月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Local viscoelasticity at resin-metal interface analyzed with spatial-decomposition formula for relaxation modulus.

Mori H, Matubayasi N

The Journal of chemical physics　Vol. 151　No. 11　2019年9月　研究論文（学術雑誌）
Spatially-Decomposed Free Energy of Solvation Based on the Endpoint Density-Functional Method.

Ishii Y, Yamamoto N, Matubayasi N, Zhang BW, Cui D, Levy RM

Journal of chemical theory and computation　Vol. 15　No. 5　p. 2896-2912　2019年5月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of the hydration and cosolvent effects on the β-sheet aggregation through all-atom molecular dynamics simulation.

Masutani K, Yamamori Y, Kim K, Matubayasi N

The Journal of chemical physics　Vol. 150　No. 14　2019年4月　研究論文（学術雑誌）
Structure and Dynamics of the Hydration Shell: Spatially Decomposed Time Correlation Approach.

Pluhařová E, Jungwirth P, Matubayasi N, Marsalek O

Journal of chemical theory and computation　Vol. 15　No. 2　p. 803-812　2019年2月　研究論文（学術雑誌）
The mechanism of salt effects on starch gelatinization from a statistical thermodynamic perspective

Nicol Thomas W. J, Isobe Noriyuki, Clark James H, Matubayasi Nobuyuki, Shimizu Seishi

FOOD HYDROCOLLOIDS　Vol. 87　p. 593-601　2019年2月　研究論文（学術雑誌）
粗視化分子動力学シミュレーションを用いた高分子溶融体の振動状態密度解析

友重直也, 水野英如, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 74.1　p. 2881-2881　2019年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
シリカガラスのモデル依存性の分子動力学解析

大門翔太, 水野英如, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 74.2　p. 2619-2619　2019年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
Energy-representation theory of solutions: Its formulation and application to soft, molecular aggregates

Matubayasi, N.

Bulletin of the Chemical Society of Japan　Vol. 92　No. 11　p. 1910-1927　2019年　研究論文（学術雑誌）
Bridging the gap between molecular dynamics and hydrodynamics in nanoscale Brownian motions

Mizuta, K., Ishii, Y., Kim, K., Matubayasi, N.

Soft Matter　Vol. 15　No. 21　p. 4380-4390　2019年　研究論文（学術雑誌）
Diffusion dynamics of supercooled water modeled with the cage-jump motion and hydrogen-bond rearrangement

Kikutsuji, T., Kim, K., Matubayasi, N.

Journal of Chemical Physics　Vol. 150　No. 20　2019年　研究論文（学術雑誌）
Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein complex models achieved by MD optimization and use of multiple conformations

Shinobu Ai, Takemura Kazuhiro, Matubayasi Nobuyuki, Kitao Akio

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 149　No. 19　p. 195101-195101　2018年11月21日　研究論文（学術雑誌）
Statistical thermodynamics of regular solutions and solubility parameters

Matubayasi Nobuyuki, Shimizu Seishi

J. Mol. Liq.　Vol. 273　p. 626-633　2018年10月　研究論文（学術雑誌）
Spatial-Decomposition Analysis of Electrical Conductivity.

Matubayasi N

Chemical record (New York, N.Y.)　Vol. 19　No. 4　p. 723-734　2018年10月　研究論文（学術雑誌）
Resin filling into nano-sized pore on metal surface analyzed by all-atom molecular dynamics simulation over a variety of resin and pore sizes

Mori Hodaka, Matubayasi Nobuyuki

POLYMER　Vol. 150　p. 360-370　2018年8月15日　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of physisorption on solid-liquid interface with the solution theory in the energy representation

Yamamoto Naoki, Nakakuki Ippei, Matubayasi Nobuyuki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 149　No. 1　2018年7月7日　研究論文（学術雑誌）
How do hydrogen bonds break in supercooled water?: Detecting pathways not going through saddle point of two-dimensional potential of mean force

Kikutsuji Takuma, Kim Kang, Matubayasi Nobuyuki

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 148　No. 24　2018年6月28日　研究論文（学術雑誌）
Structure and permeability of ionomers studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation

Tomonori Kawakami, Isamu Shigemoto, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Physics　Vol. 148　No. 21　2018年6月7日　研究論文（学術雑誌）
Novel intermolecular surface force unveils the driving force of the actomyosin system

Makoto Suzuki, George Mogami, Takahiro Watanabe, Nobuyuki Matubayasi

The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery　p. 257-274　2018年5月7日　論文集(書籍)内論文
All-atom analysis of free energy of protein solvation through molecular simulation and solution theory

Nobuyuki Matubayasi

The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery　p. 141-155　2018年5月7日　論文集(書籍)内論文
Spatial distribution of ionic hydration energy and hyper-mobile water

George Mogami, Makoto Suzuki, Nobuyuki Matubayasi

The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery　p. 33-52　2018年5月7日　論文集(書籍)内論文
The Excess Chemical Potential of Water at the Interface with a Protein from End Point Simulations

Bin W. Zhang, Di Cui, Nobuyuki Matubayasi, Ronald M. Levy

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 122　No. 17　p. 4700-4707　2018年5月3日　研究論文（学術雑誌）
Free-Energy Analysis of Peptide Binding in Lipid Membrane Using All-Atom Molecular Dynamics Simulation Combined with Theory of Solutions

Tomoko Mizuguchi, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 122　No. 13　p. 3219-3229　2018年4月5日　研究論文（学術雑誌）
Probabilistic analysis for identifying the driving force of protein folding

Yoshihiko Tokunaga, Yu Yamamori, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Physics　Vol. 148　No. 12　2018年3月28日　研究論文（学術雑誌）
Binding free energy analysis of protein-protein docking model structures by evERdock

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

Journal of Chemical Physics　Vol. 148　No. 10　2018年3月14日　研究論文（学術雑誌）
Spatial-decomposition analysis of viscosity with application to Lennard-Jones fluid

Kai-Min Tu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Physics　Vol. 148　No. 9　2018年3月7日　研究論文（学術雑誌）
A unified perspective on preferential solvation and adsorption based on inhomogeneous solvation theory

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　Vol. 492　p. 1988-1996　2018年2月15日　研究論文（学術雑誌）
The Role of Interfacial Water in Protein-Ligand Binding: Insights from the Indirect Solvent Mediated Potential of Mean Force

Di Cui, Bin W. Zhang, Nobuyuki Matubayasi, Ronald M. Levy

Journal of Chemical Theory and Computation　Vol. 14　No. 2　p. 512-526　2018年2月13日　研究論文（学術雑誌）
A molecular thermodynamics approach to capture non-specific flavour-macromolecule interactions

Seishi Shimizu, Steven Abbott, Nobuyuki Matubayasi

Encyclopedia of Food Chemistry　p. 522-527　2018年1月1日　論文集(書籍)内論文
MD simulation analysis of resin filling into nano-sized pore formed on metal surface

Hodaka Mori, Nobuyuki Matubayasi

APPLIED SURFACE SCIENCE　Vol. 427　p. 1084-1091　2018年1月　研究論文（学術雑誌）
Ion hydration: Linking self-diffusion and reorientational motion to water structure

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 20　No. 8　p. 5909-5917　2018年　研究論文（学術雑誌）
Statistical thermodynamic foundation for mesoscale aggregation in ternary mixtures

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 20　No. 20　p. 13777-13784　2018年　研究論文（学術雑誌）
Water activity in liquid food systems: A molecular scale interpretation

Andrew J. Maneffa, Richard Stenner, Avtar S. Matharu, James H. Clark, Nobuyuki Matubayasi, Seishi Shimizu

FOOD CHEMISTRY　Vol. 237　p. 1133-1138　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Osmolyte depletion viewed in terms of the dividing membrane and its work of expansion against osmotic pressure

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

BIOPHYSICAL CHEMISTRY　Vol. 231　p. 111-115　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Physical driving force of actomyosin motility based on the hydration effect

Makoto Suzuki, George Mogami, Hideyuki Ohsugi, Takahiro Watanabe, Nobuyuki Matubayasi

CYTOSKELETON　Vol. 74　No. 12　p. 512-527　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Effective Charges of Ionic Liquid Determined Self-Consistently through Combination of Molecular Dynamics Simulation and Density-Functional Theory

Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　Vol. 38　No. 30　p. 2559-2569　2017年11月　研究論文（学術雑誌）
Hydrotropy and scattering: pre-ouzo as an extended near-spinodal region

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 19　No. 39　p. 26734-26742　2017年10月　研究論文（学術雑誌）
Unifying hydrotropy under Gibbs phase rule

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 19　No. 35　p. 23597-23605　2017年9月　研究論文（学術雑誌）
Quantifying non-specific interactions between flavour and food biomolecules

Seishi Shimizu, Steven Abbott, Nobuyuki Matubayasi

FOOD & FUNCTION　Vol. 8　No. 9　p. 2999-3009　2017年9月
Computing conformational free energy differences in explicit solvent: An efficient thermodynamic cycle using an auxiliary potential and a free energy functional constructed from the end points

Robert C. Harris, Nanjie Deng, Ronald M. Levy, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　Vol. 38　No. 15　p. 1198-1208　2017年6月　研究論文（学術雑誌）
Interaction-component analysis of the effects of urea and its alkylated derivatives on the structure of T4-lysozyme

Yu Yamamori, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 146　No. 22　2017年6月　研究論文（学術雑誌）
Energetic Analysis of Adsorption and Absorption of Small Molecule to Nanodroplet of Water

Minoru Sayou, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 121　No. 24　p. 5995-6001　2017年6月　研究論文（学術雑誌）
Fragment ER: Efficient and accurate binding free energy calculation method for protein-ligand complex

Masuda Tomohide, Tanimura Ryuji, Matubayasi Nobuyuki

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　Vol. 253　2017年4月2日
Relationship between Solvation Thermodynamics from IST and DFT Perspectives

Ronald M. Levy, Di Cui, Bin W. Zhang, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 121　No. 15　p. 3825-3841　2017年4月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of protein solvation with all-atom molecular dynamics simulation combined with a theory of solutions

Nobuyuki Matubayasi

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY　Vol. 43　p. 45-54　2017年4月　研究論文（学術雑誌）
Drastic Compensation of Electronic and Solvation Effects on ATP Hydrolysis Revealed through Large-Scale QM/MM Simulations Combined with a Theory of Solutions

Hideaki Takahashi, Satoru Umino, Yuji Miki, Ryosuke Ishizuka, Shu Maeda, Akihiro Morita, Makoto Suzuki, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 121　No. 10　p. 2279-2287　2017年3月　研究論文（学術雑誌）
Protein-Protein Complex Structure Prediction using the Solution Theory in the Energy Representation

Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Nobuyuki Matubayasi

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 112　No. 3　p. 53A-54A　2017年2月
Gastrophysics: Statistical thermodynamics of biomolecular denaturation and gelation from the Kirkwood-Buff theory towards the understanding of tofu

Seishi Shimizu, Richard Stenner, Nobuyuki Matubayasi

FOOD HYDROCOLLOIDS　Vol. 62　p. 128-139　2017年1月
Pseudomonas aeruginosa cytochrome c(551) denaturation by five systematic urea derivatives that differ in the alkyl chain length

Shinya Kobayashi, Sotaro Fujii, Aya Koga, Satoshi Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Yoshihiro Sambongi

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　Vol. 81　No. 7　p. 1274-1278　2017年　研究論文（学術雑誌）
The origin of cooperative solubilisation by hydrotropes

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 18　No. 36　p. 25621-25628　2016年9月　研究論文（学術雑誌）
Origin of non-linearity in phase solubility: solubilisation by cyclodextrin beyond stoichiometric complexation

Thomas W. J. Nicol, Nobuyuki Matubayasi, Seishi Shimizu

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 18　No. 22　p. 15205-15217　2016年6月　研究論文（学術雑誌）
Morphology study of DMPC/DHPC mixtures by solution-state H-1, P-31 NMR, and NOE measurements

Megumi Shintani, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 217　p. 62-69　2016年5月　研究論文（学術雑誌）
Energetics of nonpolar and polar compounds in cationic, anionic, and nonionic micelles studied by all-atom molecular dynamics simulation combined with a theory of solutions

Atsushi Date, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 18　No. 19　p. 13223-13231　2016年5月　研究論文（学術雑誌）
Effect of Diffuseness of Micelle Boundary on the Solute Bound to Micelle

Tomoko Mizuguchi, Nobuyuki Matubayasi

SEN-I GAKKAISHI　Vol. 72　No. 5　p. 266-269　2016年5月　研究論文（学術雑誌）
Gelation of carrageenan: Effects of sugars and polyols

Richard Stenner, Nobuyuki Matubayasi, Seishi Shimizu

FOOD HYDROCOLLOIDS　Vol. 54　p. 284-292　2016年3月　研究論文（学術雑誌）
Spatial-Decomposition Analysis of Energetics of Ionic Hydration

George Mogami, Makoto Suzuki, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 120　No. 8　p. 1813-1821　2016年3月　研究論文（学術雑誌）
Self-Consistent Determination of Atomic Charges of Ionic Liquid through a Combination of Molecular Dynamics Simulation and Density Functional Theory

Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION　Vol. 12　No. 2　p. 804-811　2016年2月　研究論文（学術雑誌）
Interaction-component analysis of the hydration and urea effects on cytochrome c

Yu Yamamori, Ryosuke Ishizuka, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 144　No. 8　2016年2月　研究論文（学術雑誌）
An Accurate and Efficient, Computational Method for the Hydration Free Energy of Large and Complex Molecules

Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 110　No. 3　p. 328A-329A　2016年2月
Effect of rotation on vibrational spectrum of supercritical water: Analysis of dependencies on density and hydrogen isotopes

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara, Yasuhiro Uosaki

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 26　No. 4　p. 323-332　2016年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Japan Society of High Pressure Science and Technology
Correlation analysis for heat denaturation of Trp-cage miniprotein with explicit solvent

Fumitaka Kamo, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

PROTEIN SCIENCE　Vol. 25　No. 1　p. 56-66　2016年1月　研究論文（学術雑誌）
Free-Energy Analysis of the Preferred Configuration of Transmembrane Protein in Model Membrane: Roles of Lipid and Water

Acep Purqon, Nobuyuki Matubayasi

2ND PADJADJARAN INTERNATIONAL PHYSICS SYMPOSIUM 2015 (PIPS-2015): MATERIALS FUNCTIONALIZATION AND ENERGY CONSERVATIONS　Vol. 1712　2016年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
An accurate and efficient computation method of the hydration free energy of a large, complex molecule

Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 142　No. 17　2015年5月　研究論文（学術雑誌）
Effect of diffuseness of micelle boundary on the solute distribution upon solubilization

Tomoko Mizuguchi, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 624　p. 19-23　2015年3月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy Analysis of Binding Functions of Soft Molecular Aggregates on the Basis of the Extended Concept of Solvation

Nobuyuki Matubayasi

BUNSEKI KAGAKU　Vol. 64　No. 3　p. 185-188　2015年3月　研究論文（学術雑誌）
Development of a massively parallel QM/MM approach combined with a theory of solutions

Hideaki Takahashi, Nobuyuki Matubayasi

Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics　Vol. 21　p. 153-196　2015年　論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer
Energetic Contributions from the Cation and Anion to the Stability of Carbon Dioxide Dissolved in Imidazolium-Based Ionic Liquids

Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi, Kai-Min Tu, Yasuhiro Umebayashi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 119　No. 4　p. 1579-1587　2015年1月　研究論文（学術雑誌）
Finite-Size Effect on the Charging Free Energy of Protein in Explicit Solvent

Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Mitsunori Ikeguchi

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION　Vol. 11　No. 1　p. 215-223　2015年1月　研究論文（学術雑誌）
Spatial-decomposition analysis of electrical conductivity in ionic liquid

Kai-Min Tu, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 141　No. 24　2014年12月　研究論文（学術雑誌）
Gelation: The Role of Sugars and Polyols on Gelatin and Agarose

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 118　No. 46　p. 13210-13216　2014年11月　研究論文（学術雑誌）
Effect of Rotational Couplings on Vibrational Spectrum Line Shape of the Bending Mode in Low-Density Supercritical Water: Density and Hydrogen Isotopes Dependencies

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Yasuhiro Uosaki, Masaru Nakahara

JOURNAL OF SOLUTION CHEMISTRY　Vol. 43　No. 9-10　p. 1499-1508　2014年10月　研究論文（学術雑誌）
Hydrotropy: Monomer-Micelle Equilibrium and Minimum Hydrotrope Concentration

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 118　No. 35　p. 10515-10524　2014年9月　研究論文（学術雑誌）
ERmod: Fast and Versatile Computation Software for Solvation Free Energy with Approximate Theory of Solutions

Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　Vol. 35　No. 21　p. 1592-1608　2014年8月　研究論文（学術雑誌）
Spatial-decomposition analysis of electrical conductivity in concentrated electrolyte solution

Kai-Min Tu, Ryosuke Ishizuka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 141　No. 4　2014年7月　研究論文（学術雑誌）
Preferential Solvation: Dividing Surface vs Excess Numbers

Seishi Shimizu, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 118　No. 14　p. 3922-3930　2014年4月　研究論文（学術雑誌）
Comparative Study on the Properties of Hydration Water of Na- and K-Halide Ions by Raman OH/OD-stretching Spectroscopy and Dielectric Relaxation Data

Yuichiro Okazaki, Tetsuo Taniuchi, George Mogami, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 118　No. 16　p. 2922-2930　2014年4月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation (vol 137, 234903, 2012)

Tomonori Kawakami, Isamu Shigemoto, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 140　No. 16　2014年4月
Hydration Structure of CO2-Absorbed 2-Aminoethanol Studied by Neutron Diffraction with the N-14/N-15 Isotopic Substitution Method

Yasuo Kameda, Hiroshi Deguchi, Hirotoshi Furukawa, Yoshiyuki Kubota, Yasuyuki Yagi, Yoshihiro Imai, Noriko Yamazaki, Noriko Watari, Takuya Hirata, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 118　No. 5　p. 1403-1410　2014年2月　研究論文（学術雑誌）
2SDP-06 タンパク質の構造ゆらぎと変化に対する相互作用成分解析(生体分子機械の動作機構を周りの水から眺めてみる,シンポジウム,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

松林伸幸

生物物理　Vol. 54　No. 1　2014年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
3P132 誘電緩和分光法と分子動力学法を用いたアルカリハライドとアルカリリン酸イオンの水和ダイナミクスおよびエネルギー論(07. 水・水和/電解質,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Mogami George, Ishimori Kazuki, Matubayasi Nobuyuki, Takahashi Hideaki, Suzuki Makoto

生物物理　Vol. 54　No. 1　2014年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
1P007 エネルギー表示溶液理論を用いた蛋白質複合体構造予測(蛋白質 : 構造,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

生物物理　Vol. 54　No. 1　2014年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Anion-Dependence of Fast Relaxation Component in Na-, K-Halide Solutions at Low Concentrations Measured by High-Resolution Microwave Dielectric Spectroscopy

George Mogami, Takashi Miyazaki, Tetsuichi Wazawa, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 117　No. 23　p. 4851-4862　2013年6月　研究論文（学術雑誌）
Effect of heavy hydrogen isotopes on the vibrational line shape for supercritical water through rotational couplings

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Yasuhiro Uosaki, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 138　No. 13　2013年4月　研究論文（学術雑誌）
Solvent effect on pathways and mechanisms for d-fructose conversion to 5-hydroxymethyl-2-furaldehyde: In situ 13C NMR study

Hiroshi Kimura, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

Journal of Physical Chemistry A　Vol. 117　No. 10　p. 2102-2113　2013年3月14日　研究論文（学術雑誌）
Molecular Dynamics Simulations of Yeast F-1-ATPase before and after 16 degrees Rotation of the gamma Subunit

Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 117　No. 12　p. 3298-3307　2013年3月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of lysozyme-triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation

Kazuhiro Takemura, Raghunadha Reddy Burri, Takeshi Ishikawa, Takakazu Ishikura, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 559　p. 94-98　2013年2月　研究論文（学術雑誌）
3P164 F1-ATPase βサブユニットの全原子溶媒和自由エネルギー解析(11.分子モーター,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Ekimoto Toru, Ikeguchi Mitsunori, Matubayasi Nobuyuki

生物物理　Vol. 53　No. 1　2013年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method

Takeshi Ishikawa, Raghunadha Reddy Burri, Yuji O. Kamatari, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao, Kazuo Kuwata

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 15　No. 10　p. 3646-3654　2013年　研究論文（学術雑誌）
Interaction-component analysis of the urea effect on amino acid analogs

Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 15　No. 12　p. 4377-4391　2013年　研究論文（学術雑誌）
High-Energy X-ray Diffraction Study on the Intramolecular Structure of 2-Aminoethanol in the Liquid State

Yasuo Kameda, Hiroshi Deguchi, Yoshiyuki Kubota, Hirotoshi Furukawa, Yasuyuki Yagi, Yoshihiro Imai, Masahiko Tatsumi, Noriko Yamazaki, Noriko Watari, Takuya Hirata, Nobuyuki Matubayasi

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN　Vol. 86　No. 1　p. 99-103　2013年1月　研究論文（学術雑誌）
Molecular Dynamics Simulations of Yeast F-1-ATPase Before and after 16-Degree Rotation of the Gamma Subunit

Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 104　No. 2　p. 332A-332A　2013年1月
Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation

Kazuhiro Takemura, Hao Guo, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 21　2012年12月　研究論文（学術雑誌）
Molecular dynamics study of fast dielectric relaxation of water around a molecular-sized ion

Yoji Kubota, Akira Yoshimori, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki, Ryo Akiyama

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 22　2012年12月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation

Tomonori Kawakami, Isamu Shigemoto, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 23　2012年12月　研究論文（学術雑誌）
Nuclear magnetic resonance study on rotational dynamics of water and benzene in a series of ionic liquids: Anion and cation effects

Hiroshi Kimura, Yoshiro Yasaka, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 19　2012年11月　研究論文（学術雑誌）
Density effect on infrared spectrum for supercritical water in the low- and medium-density region studied by molecular dynamics simulation

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Yasuhiro Uosaki, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 19　2012年11月　研究論文（学術雑誌）
Noncatalytic Hydrothermal Elimination of the Terminal D-Glucose Unit from Malto- and Cello-Oligosaccharides through Transformation to D-Fructose

Hiroshi Kimura, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 116　No. 41　p. 10039-10049　2012年10月　研究論文（学術雑誌）
A possible molecular mechanism for the pressure reversal of general anaesthetics: Aggregation of halothane in POPC bilayers at high pressure

K. M. Tu, N. Matubayasi, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. L. Chan, P. -L. Chau

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 543　p. 148-154　2012年8月　研究論文（学術雑誌）
Structural characteristics of yeast F-1-ATPase before and after 16-degree rotation of the gamma subunit: Theoretical analysis focused on the water-entropy effect

Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 137　No. 3　2012年7月　研究論文（学術雑誌）
Free-Energy and Structural Analysis of Ion Solvation and Contact Ion-Pair Formation of Li+ with BF4- and PF6- in Water and Carbonate Solvents

Munetaka Takeuchi, Nobuyuki Matubayasi, Yasuo Kameda, Babak Minofar, Shin-ichi Ishiguro, Yasuhiro Umebayashi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 116　No. 22　p. 6476-6487　2012年6月　研究論文（学術雑誌）
Simple and exact approach to the electronic polarization effect on the solvation free energy: Formulation for quantum-mechanical/molecular-mechanical system and its applications to aqueous solutions

Hideaki Takahashi, Atsushi Omi, Akihiro Morita, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 136　No. 21　2012年6月　研究論文（学術雑誌）
Rotational dynamics of benzene and water in an ionic liquid explored via molecular dynamics simulations and NMR T-1 measurements

Yoshiro Yasaka, Michael L. Klein, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 136　No. 7　2012年2月　研究論文（学術雑誌）
1PS034 分子動力学計算を用いて明らかにするγ16°回転前後のYeast F1-ATPaseの構造的特徴(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Ito Yuko, Yoshidome Takashi, Matsubayashi Nobuyuki, Kinoshita Masahiro, Ikeguchi Mitsunori

生物物理　Vol. 52　2012年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Free-energy analysis of the electron-density fluctuation in the quantum-mechanical/molecular-mechanical simulation combined with the theory of energy representation

Nobuyuki Matubayasi, Hideaki Takahashi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 136　No. 4　2012年1月　研究論文（学術雑誌）
Pathways and Kinetics of Anisole Pyrolysis Studied by NMR and Selective C-13 Labeling. Heterolytic Carbon Monoxide Generation

Yasuo Tsujino, Yoshiro Yasaka, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN　Vol. 85　No. 1　p. 124-132　2012年1月　研究論文（学術雑誌）
The effect of pressure on halothane binding to hydrated DMPC bilayers

P. -L. Chau, K. M. Tu, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. J. Roser, Robert Barker, Nobuyuki Matubayasi

MOLECULAR PHYSICS　Vol. 110　No. 13　p. 1461-1467　2012年　研究論文（学術雑誌）
Interaction of naphthalene derivatives with lipids in membranes studied by the H-1-nuclear Overhauser effect and molecular dynamics simulation

Megumi Shintani, Yushi Matsuo, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　Vol. 14　No. 40　p. 14049-14060　2012年　研究論文（学術雑誌）
A Novel Rotation Mechanism of F1-ATPase Based on the Water-Entropy Effect

Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 102　No. 3　p. 246A-246A　2012年1月
In Situ Kinetic Study on Hydrothermal Transformation of D-Glucose into 5-Hydroxymethylfurfural through D-Fructose with C-13 NMR

Hiroshi Kimura, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 115　No. 48　p. 14013-14021　2011年12月　研究論文（学術雑誌）
Frequency-Domain Investigation of the Ionic Mobility of Inflate Salts in Tetrahydrofuran

Tsuyoshi Yamaguchi, Yukihiro Yamada, Tatsuro Matsuoka, Shinobu Koda, Yoshiro Yasaka, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 115　No. 43　p. 12558-12565　2011年11月　研究論文（学術雑誌）
Hydration structure around CO2 captured in aqueous amine solutions observed by high energy X-ray scattering

Hiroshi Deguchi, Yoshiyuki Kubota, Hirotoshi Furukawa, Yasuyuki Yagi, Yoshihiro Imai, Masahiko Tatsumi, Noriko Yamazaki, Noriko Watari, Takuya Hirata, Nobuyuki Matubayasi, Yasuo Kameda

INTERNATIONAL JOURNAL OF GREENHOUSE GAS CONTROL　Vol. 5　No. 6　p. 1533-1539　2011年11月　研究論文（学術雑誌）
Distribution-function approach to free energy computation

Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 135　No. 11　2011年9月　研究論文（学術雑誌）
NMR-NOE and MD Simulation Study on Phospholipid Membranes: Dependence on Membrane Diameter and Multiple Time Scale Dynamics

Megumi Shintani, Ken Yoshida, Shun Sakuraba, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 115　No. 29　p. 9106-9115　2011年7月　研究論文（学術雑誌）
Communication: Exploring the reorientation of benzene in an ionic liquid via molecular dynamics: Effect of temperature and solvent effective charge on the slow dynamics

Yoshiro Yasaka, Michael L. Klein, Masaru Nakahara, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 134　No. 19　2011年5月　研究論文（学術雑誌）
Energetic Origin of Proton Affinity to the Air/Water Interface

Hideaki Takahashi, Kunihiro Maruyama, Yasuhito Karino, Akihiro Morita, Masayoshi Nakano, Pavel Jungwirth, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 115　No. 16　p. 4745-4751　2011年4月　研究論文（学術雑誌）
1SG-07 「水とATPがつくる非対称性」シンポジウムのまとめと展望(1SG 水とATPがつくる非対称性,日本生物物理学会第49回年会(2011年度))

松林伸幸

生物物理　Vol. 51　2011年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Free-energy analysis of hydration effect on protein with explicit solvent: Equilibrium fluctuation of cytochrome c

Yasuhito Karino, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 134　No. 4　2011年1月　研究論文（学術雑誌）
Hydration property of globular proteins: An analysis of solvation free energy by energy representation method

Hiroaki Saito, Nobuyuki Matubayasi, Kiyoshi Nishikawa, Hidemi Nagao

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 497　No. 4-6　p. 218-222　2010年9月　研究論文（学術雑誌）
Insights into the Origins of Configurational Stability of Axially Chiral Biaryl Amines with an Intramolecular N-H-N Hydrogen Bond

Kazuhiro Hayashi, Nobuyuki Matubayasi, Changsheng Jiang, Tomoyuki Yoshimura, Swapan Majumdar, Takahiro Sasamori, Norihiro Tokitoh, Takeo Kawabata

JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY　Vol. 75　No. 15　p. 5031-5036　2010年8月　研究論文（学術雑誌）
Scaled Polynomial Expression for Self-Diffusion Coefficients for Water, Benzene, and Cyclohexane over a Wide Range of Temperatures and Densities

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Yasuhiro Uosaki, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL AND ENGINEERING DATA　Vol. 55　No. 8　p. 2815-2823　2010年8月　研究論文（学術雑誌）
End-point calculation of solvation free energy of amino-acid analogs by molecular theories of solution

Yasuhito Karino, Maxim V. Fedorov, Nobuyuki Matubayasi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 496　No. 4-6　p. 351-355　2010年8月　研究論文（学術雑誌）
Controlling the Equilibrium of Formic Acid with Hydrogen and Carbon Dioxide Using Ionic Liquid

Yoshiro Yasaka, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 114　No. 10　p. 3510-3515　2010年3月　研究論文（学術雑誌）
2SB1105 機能性分子およびイオンの水和の構造論とエネルギー論(2SB ATPエネルギーの分子論,第48回日本生物物理学会年会)

松林伸幸

生物物理　Vol. 50　No. 2　2010年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Recent advances in studies on organic reactions in water at high temperatures and high pressures

Masaru Nakahara, Yasuo Tsujino, Yoshiro Yasaka, Ken Yoshida, Yasuhiro Uosaki, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 20　No. 1　p. 40-49　2010年　研究論文（学術雑誌）
Newly Designed Neutron Diffraction Cell for Fluids at High Temperatures and High Pressures

Hiroki Iwase, Nobuyuki Matubayasi, Yasuo Kameda, Keiji Itoh, Toshiya Otomo, Masaru Nakahara

JAPANESE JOURNAL OF APPLIED PHYSICS　Vol. 49　No. 1　2010年　研究論文（学術雑誌）
Development of a Quantum Chemical Method Combined with a Theory of Solutions-Free-Energy Calculation for Chemical Reactions by Condensed Phase Simulations

Hideaki Takahashi, Nobuyuki Matubayasi, Masayoshi Nakano

ADVANCES IN QUANTUM CHEMISTRY, VOL 59　Vol. 59　p. 283-351　2010年　論文集(書籍)内論文
Self-Diffusion in Supercritical Water and Benzene in High-Temperature High-Pressure Conditions Studied by NMR and Dynamic Solvation-Shell Model

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Yasuhiro Uosaki, Masaru Nakahara

INTERNATIONAL CONFERENCE ON HIGH PRESSURE SCIENCE AND TECHNOLOGY, JOINT AIRAPT-22 AND HPCJ-50　Vol. 215　2010年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Self-diffusion coefficients for water and organic solvents in extremely low-density supercritical states

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 147　No. 1-2　p. 96-101　2009年7月　研究論文（学術雑誌）
Water as an in Situ NMR Indicator for Impurity Acids in Ionic Liquids

Yoshiro Yasaka, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

ANALYTICAL CHEMISTRY　Vol. 81　No. 1　p. 400-407　2009年1月　研究論文（学術雑誌）
Free-Energy Analysis of Solvation with the Method of Energy Representation

Nobuyuki Matubayasi

FRONTIERS IN BIOSCIENCE　Vol. 14　p. 3536-3549　2009年1月　研究論文（学術雑誌）
Self-diffusion coefficients for water and organic solvents at high temperatures along the coexistence curve

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 129　No. 21　2008年12月　研究論文（学術雑誌）
Computation of the free energy change associated with one-electron reduction of coenzyme immersed in water: A novel approach within the framework of the quantum mechanical/molecular mechanical method combined with the theory of energy representation

Hideaki Takahashi, Hajime Ohno, Ryohei Kishi, Masayoshi Nakano, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 129　No. 20　2008年11月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy change of inserting halothane into different depths of a hydrated DMPC bilayer

P. -L. Chau, K. -M. Tu, K. K. Liang, S. L. Chan, Nobuyuki Matubayasi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 462　No. 1-3　p. 112-115　2008年9月　研究論文（学術雑誌）
Hydrothermal C - C bond formation and disproportionation of acetaldehyde with formic acid

Saiko Morooka, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 112　No. 30　p. 6950-6959　2008年7月　研究論文（学術雑誌）
Computation of the reduction free energy of coenzyme in aqueous solution by the QM/MM-ER method

Hideaki Takahashi, Hajime Ohno, Ryohei Kishi, Masayoshi Nakano, Nobuyuki Matubayasi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 456　No. 4-6　p. 176-180　2008年5月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of the molecular binding into lipid membrane with the method of energy representation

Nobuyuki Matubayasi, Wataru Shinoda, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 128　No. 19　2008年5月　研究論文（学術雑誌）
Partial pair correlation functions of low-density Supercritical water determined by neutron diffraction with the H/D isotopic substitution method

Toshiya Otomo, Hiroki Iwase, Yasuo Kameda, Nobuyuki Matubayasi, Keiji Itoh, Susumu Ikeda, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 112　No. 15　p. 4687-4693　2008年4月　研究論文（学術雑誌）
Cholesterol location and orientation in aqueous suspension of large unilamellar vesicles of phospholipid revealed by intermolecular nuclear Overhauser effect

Cristiano Giordani, Chihiro Wakai, Ken Yoshida, Erniko Okamura, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 112　No. 9　p. 2622-2628　2008年3月　研究論文（学術雑誌）
Investigation of the dominant hydration structures among the ionic species in aqueous solution: Novel quantum mechanics/molecular mechanics simulations combined with the theory of energy representation

Hideaki Takahashi, Hajime Ohno, Toshihiko Yamauchi, Ryohei Kishi, Shin-ichi Furukawa, Masayoshi Nakano, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 128　No. 6　2008年2月　研究論文（学術雑誌）
Solvation shell dynamics studied by molecular dynamics simulation in relation to the translational and rotational dynamics of supercritical water and benzene

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 127　No. 17　2007年11月　研究論文（学術雑誌）
High-sensitivity Raman Spectroscopy of Supercritical water and methanol over a wide range of density

Yoshiro Yasaka, Masahito Kubo, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN　Vol. 80　No. 9　p. 1764-1769　2007年9月　研究論文（学術雑誌）
Rotational dynamics of water and benzene controlled by anion field in ionic liquids: 1-butyl-3-methylimidazolium chloride and hexafluorophosphate

Yoshiro Yasaka, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 127　No. 10　2007年9月　研究論文（学術雑誌）
Chemical equilibrium of formaldehyde and methanediol in hot water: Free-energy analysis of the solvent effect

Nobuyuki Matubayasi, Saiko Morooka, Masaru Nakahara, Hideaki Takahashi

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 134　No. 1-3　p. 58-63　2007年5月　研究論文（学術雑誌）
Kinetic study on disproportionations of C1 aldehydes in supercritical water: Methanol from formaldehyde and formic acid

Saiko Morooka, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 111　No. 14　p. 2697-2705　2007年4月　研究論文（学術雑誌）
Self-diffusion of supercritical water in extremely low-density region (vol 125, pg 074307, 2006)

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 126　No. 8　2007年2月
Slowdown of H/D exchange reaction rate and water dynamics in ionic liquids: Deactivation of solitary water solvated by small anions in 1-butyl-3-methyl-imidazolium chloride

Yoshiro Yasaka, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 111　No. 4　p. 541-543　2007年2月
Hydration free energy of hard-sphere solute over a wide range of size studied by various types of solution theories

N. Matubayasi, M. Kinoshita, M. Nakahara

CONDENSED MATTER PHYSICS　Vol. 10　No. 4　p. 471-480　2007年　研究論文（学術雑誌）
Free energy of solvation in the energetic perspective

Nobuyuki Matubayasi

COMPUTATION IN MODERN SCIENCE AND ENGINEERING VOL 2, PTS A AND B　Vol. 2　p. 342-345　2007年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Intermolecular proton transfer from formaldehyde intermediate to anisole in noncatalytic pyrolysis: Phenol produced without hydrolysis

Yasuo Tsujino, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 35　No. 12　p. 1334-1335　2006年12月　研究論文（学術雑誌）
Kinetic and equilibrium study on formic acid decomposition in relation to the water-gas-shift reaction

Yoshiro Yasaka, Ken Yoshida, Chihiro Wakai, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 110　No. 38　p. 11082-11090　2006年9月　研究論文（学術雑誌）
Dynamic and 2D NMR studies on hydrogen-bonding aggregates of cholesterol in low-polarity organic solvents

Cristiano Giordani, Chihiro Wakai, Emiko Okamura, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 110　No. 31　p. 15205-15211　2006年8月　研究論文（学術雑誌）
Self-diffusion of supercritical water in extremely low-density region

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 125　No. 7　2006年8月　研究論文（学術雑誌）
エネルギー表示法による溶液系の自由エネルギー解析

松林伸幸

生物物理　Vol. 46　No. 4　p. 228-231　2006年7月25日
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
The Hofmeister series and protein-salt interactions

S Shimizu, WM McLaren, N Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 124　No. 23　2006年6月　研究論文（学術雑誌）
Free-energy analysis of solubilization in micelle

N Matubayasi, KK Liang, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 124　No. 15　2006年4月　研究論文（学術雑誌）
Preferential hydration of proteins: A Kirkwood-Buff approach

S Shimizu, N Matubayasi

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 420　No. 4-6　p. 518-522　2006年3月　研究論文（学術雑誌）
New method for precise measurement of density of supercritical fluid over a wide range of pressure

Ken Yoshida, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 16　No. 4　p. 379-380　2006年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Japan Society of High Pressure Science and Technology
Pair-correlation entropy of hydrophobic hydration: Decomposition into translational and orientational contributions and analysis of solute-size effects

M Kinoshita, N Matubayasi, Y Harano, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 124　No. 2　2006年1月　研究論文（学術雑誌）
A new high-temperature multinuclear-magnetic-resonance probe and the self-diffusion of light and heavy water in sub- and supercritical conditions

K Yoshida, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 123　No. 16　2005年10月　研究論文（学術雑誌）
Hydrothermal carbon-carbon bond formation and disproportionations of C1 aldehydes: Formaldehyde and formic acid

S Morooka, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 109　No. 29　p. 6610-6619　2005年7月　研究論文（学術雑誌）
Real-time in-cell F-19 NMR study on uptake of fluorescent and nonfluorescent F-19-octaarginines into human Jurkat cells

E Okamura, K Ninomiya, S Futaki, Y Nagai, T Kimura, C Wakai, N Matubayasi, Y Sugiura, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 34　No. 7　p. 1064-1065　2005年7月　研究論文（学術雑誌）
Mechanisms and kinetics of noncatalytic ether reaction in supercritical water. 2. Proton-transferred fragmentation of dimethyl ether to formaldehyde in competition with hydrolysis

Y Nagai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 109　No. 16　p. 3558-3564　2005年4月　研究論文（学術雑誌）
Mechanisms and kinetics of noncatalytic ether reaction in supercritical water. 1. Proton-transferred fragmentation of diethyl ether to acetaldehyde in competition with hydrolysis

Y Nagai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 109　No. 16　p. 3550-3557　2005年4月　研究論文（学術雑誌）
Hydrothermal reactions of formaldehyde and formic acid: Free-energy analysis of equilibrium

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 122　No. 7　2005年2月　研究論文（学術雑誌）
46 Nuclear magnetic resonance and molecular dynamics simulation study on the reorientational relaxation of solutes in supercritical methanol T. Yamaguchi, N. Matubayasi, and M. Nakahara

J. Mol. Liq.　Vol. 119, 119-123　2005年
45 An approach to the solvation free energy in terms of the distributions functions of the solute-solvent interaction energy N. Matubayasi and M. Nakahara

J. Mol. Liq.　Vol. 119, 23-29　2005年
Limited slowdown of endocrine-disruptor diffusion in confined fluid lipid membranes

E Okamura, C Wakai, N Matubayasi, Y Sugiura, M Nakahara

PHYSICAL REVIEW LETTERS　Vol. 93　No. 24　2004年12月　研究論文（学術雑誌）
Mechanisms and kinetics of acetaldehyde reaction in supercritical water: Noncatalytic disproportionation, condensation, and decarbonylation

Y Nagai, S Morooka, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 108　No. 52　p. 11635-11643　2004年12月　研究論文（学術雑誌）
A quantum chemical approach to the free energy calculations in condensed systems: The QM/MM method combined with the theory of energy representation

H Takahashi, N Matubayasi, M Nakahara, T Nitta

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 121　No. 9　p. 3989-3999　2004年9月　研究論文（学術雑誌）
NMR spectroscopic evidence for an intermediate of formic acid in the water-gas-shift reaction

K Yoshida, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 108　No. 37　p. 7479-7482　2004年9月
Noncatalytic kinetic study on site-selective H/D exchange reaction of phenol in sub- and supercritical water

M Kubo, T Takizawa, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 121　No. 2　p. 960-969　2004年7月　研究論文（学術雑誌）
Acid-catalyzed hydrothermal formation of carbon-carbon bond in glycolic acid from a series of formaldehyde producers

S Morooka, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 33　No. 5　p. 624-625　2004年5月　研究論文（学術雑誌）
Noncatalytic disproportionation and decarbonylation reactions of benzaldehyde in supercritical water

Y Nagai, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 33　No. 5　p. 622-623　2004年5月　研究論文（学術雑誌）
Effect of concentration, acid, temperature, and metal on competitive reaction pathways for decarbonylation and decarboxylation of formic acid in hot water

C Wakai, K Yoshida, Y Tsujino, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 33　No. 5　p. 572-573　2004年5月　研究論文（学術雑誌）
Hot water induces an acid-catalyzed reaction in its undissociated form

Y Nagai, N Matubayasi, M Nakahara

BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN　Vol. 77　No. 4　p. 691-697　2004年4月　研究論文（学術雑誌）
Synthesis of dimethyl ether from supercritical methanol in the presence of aluminum

Y Usui, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 33　No. 4　p. 394-395　2004年4月　研究論文（学術雑誌）
Carbon-carbon bond formation in glycolic acid generated spontaneously from dichloromethane in hot water

C Wakai, S Morooka, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 33　No. 3　p. 302-303　2004年3月　研究論文（学術雑誌）
Side-chain conformational thermodynamics of aspartic acid residue in the peptides and achatin-I in aqueous solution

T Kimura, N Matubayasi, M Nakahara

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 86　No. 2　p. 1124-1137　2004年2月　研究論文（学術雑誌）
NMR study on the reorientational relaxation in supercritical alcohols

T Yamaguchi, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 108　No. 8　p. 1319-1324　2004年2月　研究論文（学術雑誌）
NMR study on the binding of neuropeptide achatin-I to phospholipid bilayer: The equilibrium, location, and peptide conformation

Kimura, T., Okamura, E., Matubayasi, N., Asami, K., Nakahara, M.

Biophysical Journal　Vol. 87　No. 1　2004年　研究論文（学術雑誌）
Theory of solutions in the energy representation. III. Treatment of the molecular flexibility

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 119　No. 18　p. 9686-9702　2003年11月　研究論文（学術雑誌）
Noncatalytic Cannizzaro-type reaction of acetaldehyde in supercritical water

Y Nagai, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　Vol. 32　No. 3　p. 310-311　2003年3月　研究論文（学術雑誌）
Erratum: Theory of solutions in the energy representation II. Functional for the chemical potential (J. Chem. Phys. (2002) 117 (3605))

Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

Journal of Chemical Physics　Vol. 118　No. 5　2003年2月1日　研究論文（学術雑誌）
Enthalpy and entropy decomposition of free-energy changes for side-chain conformations of aspartic acid and asparagine in acidic, neutral, and basic aqueous solutions

T Kimura, N Matubayasi, H Sato, F Hirata, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 106　No. 47　p. 12336-12343　2002年11月　研究論文（学術雑誌）
Theory of solutions in the energy representation. II. Functional for the chemical potential

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 117　No. 8　p. 3605-3616　2002年8月　研究論文（学術雑誌）
超臨界水の構造・ダイナミクス・反応

松林伸幸

高圧力の科学と技術 = The Review of high pressure science and technology　Vol. 12　No. 2　p. 159-166　2002年5月20日
出版者・発行元：The Japan Society of High Pressure Science and Technology
Chloride ion hydration and diffusion in supercritical water using a polarizable water model

Masahito Kubo, Ronald M. Levy, Peter J. Rossky, Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 106　No. 15　p. 3979-3986　2002年4月18日　研究論文（学術雑誌）
Chloride ion hydration and diffusion in supercritical water using a polarizable water model

M Kubo, RM Levy, PJ Rossky, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 106　No. 15　p. 3979-3986　2002年4月　研究論文（学術雑誌）
A mode-coupling approach to the attractive interaction effect on the solute diffusion in liquids

T Yamaguchi, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 115　No. 1　p. 422-432　2001年7月　研究論文（学術雑誌）
Structural study of supercritical water. III. Rotational dynamics

N Matubayasi, N Nakao, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 114　No. 9　p. 4107-4115　2001年3月　研究論文（学術雑誌）
Structure and dynamics of water: from ambient to supercritical

M Nakahara, N Matubayasi, C Wakai, Y Tsujino

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 90　No. 1-3　p. 75-83　2001年2月　研究論文（学術雑誌）
Association and dissociation of nonpolar solutes in super- and subcritical water

N Matubayasi, N Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 104　No. 44　p. 10352-10358　2000年11月　研究論文（学術雑誌）
Theory of solutions in the energetic representation. I. Formulation

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 113　No. 15　p. 6070-6081　2000年10月　研究論文（学術雑誌）
Which carbon oxide is more soluble? Ab initio study on carbon monoxide and dioxide in aqueous solution

H Sato, N Matubayasi, M Nakahara, F Hirata

CHEMICAL PHYSICS LETTERS　Vol. 323　No. 3-4　p. 257-262　2000年6月　研究論文（学術雑誌）
Super- and subcritical hydration of nonpolar solutes. I. Thermodynamics of hydration

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 112　No. 18　p. 8089-8109　2000年5月
Dynamic structural analysis of supercritical water

N. Matubayasi, N. Nakao, M. Nakahara

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 10　No. 4　p. 283-289　2000年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Japan Society of High Pressure Science and Technology
Tumbling and spinning diffusions of acetonitrile in water and organic solvents

C Wakai, H Saito, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 112　No. 3　p. 1462-1473　2000年1月　研究論文（学術雑誌）
Physical properties and structure of supercritical water

M Nakahara, N Matubayasi

ELECTROCHEMISTRY　Vol. 67　No. 10　p. 988-993　1999年10月　研究論文（学術雑誌）
Pressure effect on hydrophobic hydration: Rotational dynamics of benzene

C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　Vol. 103　No. 34　p. 6685-6690　1999年8月　研究論文（学術雑誌）
Structural study of supercritical water. II. Computer simulations

N Matubayasi, C Wakai, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 110　No. 16　p. 8000-8011　1999年4月　研究論文（学術雑誌）
Reversible molecular dynamics for rigid bodies and hybrid Monte Carlo

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 110　No. 7　p. 3291-3301　1999年2月　研究論文（学術雑誌）
Noncatalytic cannizzaro-type reaction of formaldehyde in hot water

Tsujino, Y., Wakai, C., Matubayashi, N., Nakahara, M.

Chemistry Letters　No. 4　1999年　研究論文（学術雑誌）
On the local and nonlocal components of solvation thermodynamics and their relation to solvation shell models

N Matubayasi, E Gallicchio, RM Levy

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 109　No. 12　p. 4864-4872　1998年9月　研究論文（学術雑誌）
Protein hydration and unfolding - insights from experimental partial specific volumes and unfolded protein models

LR Murphy, N Matubayasi, VA Payne, RM Levy

FOLDING & DESIGN　Vol. 3　No. 2　p. 105-118　1998年　研究論文（学術雑誌）
Structural study of supercritical water .1. Nuclear magnetic resonance spectroscopy

N Matubayasi, C Wakai, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 107　No. 21　p. 9133-9140　1997年12月　研究論文（学術雑誌）
Monte Carlo study of the effect of pressure on hydrophobic association

VA Payne, N Matubayasi, LR Murphy, RM Levy

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 101　No. 11　p. 2054-2060　1997年3月　研究論文（学術雑誌）
NMR study of water structure in super- and subcritical conditions

N Matubayasi, C Wakai, M Nakahara

PHYSICAL REVIEW LETTERS　Vol. 78　No. 13　p. 2573-2576　1997年3月　研究論文（学術雑誌）
Structure of Water at High Temperatures and Pressures

Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 6　No. 1　p. 16-23　1997年　研究論文（学術雑誌）
N-14 NMR spectra sensitively reflect surface curvature and segmental motion of hydrophilic headgroups in lipid bilayers and micelles

E Okamura, C Wakai, N Matubayasi, M Nakahara

CHEMISTRY LETTERS　No. 10　p. 1061-1062　1997年　研究論文（学術雑誌）
Thermodynamics of the hydration shell .2. Excess volume and compressibility of a hydrophobic solute

N Matubayasi, RM Levy

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY　Vol. 100　No. 7　p. 2681-2688　1996年2月　研究論文（学術雑誌）
Dynamics of hydrophobic hydration of benzene

M Nakahara, C Wakai, Y Yoshimoto, N Matubayasi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY　Vol. 100　No. 4　p. 1345-1349　1996年1月　研究論文（学術雑誌）
Mean-field theory of solutions: Chemical potential and solution structure in the superposition approximation

Nobuyuki Matubayasi

Journal of Chemical Physics　Vol. 104　No. 13　p. 5265-5278　1996年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
JUMP IN THE ROTATIONAL MOBILITY OF BENZENE INDUCED BY THE CLATHRATE HYDRATE FORMATION

M NAKAHARA, C WAKAI, N MATUBAYASI

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY　Vol. 99　No. 5　p. 1377-1379　1995年2月
THERMODYNAMICS OF THE HYDRATION SHELL .1. EXCESS ENERGY OF A HYDROPHOBIC SOLUTE

N MATUBAYASI, LH REED, RM LEVY

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY　Vol. 98　No. 41　p. 10640-10649　1994年10月　研究論文（学術雑誌）
MATCHING-MISMATCHING OF WATER GEOMETRY AND HYDROPHOBIC HYDRATION

N MATUBAYASI

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　Vol. 116　No. 4　p. 1450-1456　1994年2月　研究論文（学術雑誌）
DYNAMICS IN REGULAR SOLUTIONS - CONCENTRATION AND VISCOSITY DEPENDENCE OF ORIENTATIONAL CORRELATION TIME OF A BENZENE MOLECULE

N MATSUBAYASHI, M NAKAHARA

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 94　No. 1　p. 653-661　1991年1月　研究論文（学術雑誌）

MISC 61

ネマチック-等方相転移の拡張アンサンブルによる高効率サンプリングと自由エネルギー解析

荻田隼輔, 石井良樹, 鷲津仁志, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 37th　2023年
ガラス形成液体のフラジリティとボゾンピークによるスケーリング性の検討

大門翔太, 水野英如, KIM K., 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 76　No. 1　2021年
ガラス形成液体の振動状態とフラジリティ依存性

大門翔太, 水野英如, KIM K., 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 75　No. 1　2020年
環状高分子メルトの振動状態およびダイナミクスの粗視化分子動力学シミュレーションによる解析

後藤頌太, 水野英如, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 34th (CD-ROM)　2020年
ガラス形成液体のフラジリティとスケーリング関係の考察

大門翔太, 水野英如, KIM K., 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 75　No. 2　2020年
分子動力学シミュレーションは流体力学をどこまで記述できるのか?:流体力学半径の分子論的な描像

金鋼, 水田圭亮, 石井良樹, 松林伸幸

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 85th　2020年
5CB液晶のネマチック相転移における秩序化の分子動力学解析

竹本健吾, 石井良樹, KIM K., 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 75　No. 2　2020年
5CB液晶のネマチック相転移における秩序化の分子動力学解析

竹本健吾, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 34th (CD-ROM)　2020年
粗視化分子動力学シミュレーションを用いた高分子溶融体の振動状態密度解析

友重直也, 水野英如, KIM Kang, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 74　No. 1　2019年
シリカガラスのモデル依存性の分子動力学解析

大門翔太, 水野英如, KIM K., 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 74　No. 2　2019年
高分子ガラスのボゾンピーク:粗視化分子動力学シミュレーションによる起源解明

友重直也, 水野英如, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 33rd　2019年
Energetics of cosolvent effect on peptide aggregation

Nobuyuki Matubayasi, Keiichi Masutani

Biophysics and physicobiology　Vol. 16　p. 185-195　2019年　書評論文,書評,文献紹介等
メゾ不均一溶液における疎水溶質の溶解性と拡散性のMDによる解析

原健太, 石井良樹, 松林伸幸

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 84th　2019年
メゾ不均一溶液における疎水性溶質の溶解性と拡散性のMDシミュレーションにおける解析

原健太, 石井良樹, 松林伸幸

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM)　Vol. 99th　2019年
メゾスケール不均一性を有する3成分溶液のMDによる溶解性と拡散性の解析

原健太, 石井良樹, SHIMIZU Seishi, HORINEK Dominik, 松林伸幸

溶液化学シンポジウム講演要旨集　Vol. 42nd　2019年
メゾ不均一性を有する新規可溶化システムのMD解析

原健太, 石井良樹, SHIMIZU Seishi, HORINEK Dominik, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 33rd　2019年
溶媒中ナノ粒子の流体力学挙動と溶媒和構造:物理化学と流体力学の融合による横断的解析

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 32nd　2018年11月28日
メゾスケールの過渡的凝集体を形成する3成分溶媒における疎水溶質の溶解性と拡散性

原健太, 石井良樹, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 32nd　2018年11月28日
アルミノケイ酸塩融体における局所構造とイオン伝導性の分子動力学研究

石井良樹, SALANNE Mathieu, 石塚良介, 松林伸幸, 大鳥範和

溶融塩化学討論会要旨集　Vol. 50th　2018年11月14日
Blochl電荷解析とForce Fitting法を用いたイオン液体の非分極力場の開発

石井良樹, 石塚良介, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 32nd　2018年11月
メゾ不均一溶媒を用いた新規可溶化システムの探索

原健太, 石井良樹, 松林伸幸

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2018年9月18日
分子動力学法による長鎖イミダゾリウムイオン液体の小分子吸収能と輸送物性解析

石井良樹, 石塚良介, 松林伸幸

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2018年9月18日
溶媒中フラーレンの全分子動力学シミュレーション:ダイナミクスと溶媒和自由エネルギー

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 83rd　p. ROMBUNNO.PC236-2967　2018年3月13日
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
イミダゾリウム系イオン液体における輸送係数とナノ相分離の計算評価

石井良樹, 石塚良介, 松林伸幸

電気化学会大会講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 85th　2018年2月23日
溶媒中フラーレンの全分子動力学シミュレーション：ダイナミクスと溶媒和自由エネルギー

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 73　No. 0　p. 2967-2967　2018年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
ナノ流体の流体力学半径に対する溶媒和構造による特徴付け

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 73　No. 0　p. 2516-2516　2018年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
Bloechl電荷解析による分極力場構築法の検討

石井良樹, 石塚良介, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 31st　2017年11月29日
分子シミュレーションを用いたナノスケールフラーレン分散液の示す流体力学的挙動の分子論的議論

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

分子シミュレーション討論会講演要旨集　Vol. 31st　2017年11月29日
ナノスケールフラーレンが示す流体力学的挙動の分子動力学シミュレーションによる解析

水田圭亮, 石井良樹, KIM Kang, 松林伸幸

溶液化学シンポジウム講演要旨集　Vol. 40th　2017年10月18日
ナノスケールフラーレンが示す流体力学的挙動の分子動力学シミュレーションによる解析

水田圭亮, 石井良樹, KIM K, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 72　No. 2　2017年9月25日
シトクロムcに対する水および尿素の溶媒和効果の相互作用成分解析 (特集京コンピュータによる分子シミュレーションの新展開)

山守優, 松林伸幸

アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌　Vol. 19　No. 2　p. 88-93　2017年4月
出版者・発行元：分子シミュレーション研究会
ナノスケールフラーレンが示す流体力学的挙動の分子シミュレーションによる解析

水田圭亮, 石井良樹, 金鋼, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 72　No. 0　p. 2730-2730　2017年
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
A novel computation method of hydration free energy: A hybrid of the method of energy representation and the morphometric approach

T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, R. Roth, Y. Harano, M. Kinoshita, M. Ikeguchi

7th Mini-Symposium on Liquids　2013年7月
19aAB-8 分子動力学シミュレーションで探る溶質分子周りの水の速い誘電緩和(19aAB 化学物理1,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

久保田陽二, 吉森明, 松林伸幸, 鈴木誠, 秋山良

日本物理学会講演概要集　Vol. 67　No. 2　p. 329-329　2012年8月24日
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
サブユニットの16度回転前後におけるイーストF1-ATPase の構造特性：水のエントロピー効果に焦点をあてた理論解析

吉留崇, 伊藤祐子, 松林伸幸, 池口満徳, 木下正弘

新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議，岩沼屋，仙台，2012.3.7-9　2012年
不斉軸に直結した中心金属を持つビナフチル化合物の合成と物性

林一広, 中島, 裕美子, 小澤文幸, 松林伸幸, 笹森貴裕, 時任宣博, 川端猛夫

第131日本薬学会年会 ,静岡　2011年3月31日
異常な軸性不斉安定性を持つ水素結合性ビナフチル型分子のラセミ化挙動

林一広, 松林伸幸, Changsheng J, 吉村智之, 椿一典, 川端猛夫

第40回複素環化学討論会 ,宮城　2010年10月14日
分子動力学法による超臨界水中の並進拡散に対する相互作用の異方性の影響の解析

吉田健, 中原勝, 松林伸幸, 魚崎泰弘

高圧討論会講演集　Vol. 51　p. 63-63　2010年10月11日
研究物語イオン液体の不純物戦記--水という「pH指示薬」を用いた不純物の検出法

八坂能郎, 中原勝, 松林伸幸

化学　Vol. 65　No. 7　p. 46-51　2010年7月
出版者・発行元：化学同人
22pEC-11 誘電緩和分光法によるリン酸バッファーの水和解析(22pEC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

最上譲二, 和沢鉄一, 森本展行, 鈴木誠, 松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 65　No. 1　p. 391-391　2010年3月1日
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
超臨界水・熱水の性質を理解する--水素エネルギー技術の創出に向けて

松林伸幸, 中原勝

化学　Vol. 63　No. 8　p. 12-16　2008年8月
出版者・発行元：化学同人
A Quantum Chemical Approach to Free Energy Calculation for Chemical Reactions in Condensed System: Combination of a Quantum Chemical Method with a Theory of Statistical Mechanics

Takahashi, H., Matubayasi, N., Nakano, M.

Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics　Vol. 6　p. 455-505　2008年1月1日
水素エネルギーの実現に向けたギ酸への期待--低炭素社会を可能にする新アプローチ

中原勝, 松林伸幸, 八坂能郎

化学　Vol. 62　No. 10　p. 12-16　2007年10月
出版者・発行元：化学同人
28aRH-6 エネルギー表示法による溶媒和の自由エネルギー解析(28aRH 領域12,領域11合同シンポジウム:分子シミュレーションと熱力学量,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

松林伸幸

日本物理学会講演概要集　Vol. 61　No. 1　p. 357-357　2006年3月4日
出版者・発行元：一般社団法人日本物理学会
A novel quantum mechanical/molecular mechanical approach to the free energy calculation for isomerization of glycine in aqueous solution

H Takahashi, Y Kawashima, T Nitta, N Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 123　No. 12　2005年9月
水と生体分子が織りなす生命現象(5)水和の統計熱力学と超臨界水・熱水のエネルギー・環境化学

松林伸幸, 中原勝

現代化学　No. 410　p. 40-44　2005年5月
出版者・発行元：東京化学同人
Nuclear magnetic resonance and molecular dynamics simulation study on the reorientational relaxation of solutes in supercritical methanol

T Yamaguchi, N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 119　No. 1-3　p. 119-123　2005年5月
An approach to the solvation free energy in terms of the distribution functions of the solute-solvent interaction energy

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS　Vol. 119　No. 1-3　p. 23-29　2005年5月
疎水性水和のエントロピー：水分子の回転運動と並進運動の制限からの寄与の割合

木下正弘, 松林伸幸, 原野雄一, 中原勝

第28回溶液化学シンポジウム，同志社大学室町キャンパス，2005.11.17-19　2005年
超臨界水の構造と反応

中原勝, 松林伸幸

ぶんせき　No. 355　p. 399-402　2004年7月5日
出版者・発行元：日本分析化学会
Location and side-chain conformation of a neuropeptide, achatin-i in phospholipid bilayer membrane: A high-resolution NMR study

T Kimura, E Okamura, N Matubayasi, M Nakahara

BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 86　No. 1　p. 559A-559A　2004年1月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Theory of solutions in the energy representation. II. Functional for the chemical potential (vol 117, pg 3605, 2002)

N Matubayasi, M Nakahara

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　Vol. 118　No. 5　p. 2446-2446　2003年2月　その他
NMR Study of the Structure and Dynamics of Supercritical Water

Nobuyuki Matubayasi, Masaru Nakahara

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 13　No. 4　p. 320-327　2003年　書評論文,書評,文献紹介等
出版者・発行元：Japan Society of High Pressure Science and Technology
Dynamics of Supercritical Water (INTERFACE SCIENCE-Solutions and Interfaces)

Matubayasi Nobuyuki, Nakao Naoko, Nakahara Masaru

ICR annual report　Vol. 7　p. 10-11　2001年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University
In-situ NMR Study of Hydrothermal Reactions of Hazardous Chlorinated Organic Compounds: CH2Cl2 (INTERFACE SCIENCE-Solutions and Interfaces)

Wakai Chihiro, Nakahara Masaru, Tsujino Yasuo, Matubayasi Nobuyuki

ICR annual report　Vol. 6　p. 10-11　2000年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University
Noncatalytic Cannizzaro-type Reaction of Formaldehyde in Hot Water (INTERFACE SCIENCE-Solutions and Interfaces)

Tsujino Yasuo, Wakai Chihiro, Matubayasi Nobuyuki, Nakahara Masaru

ICR annual report　Vol. 5　p. 10-11　1999年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University
14N NMR Spectra Sensitive to Membrane Curvature and Segmental Motions of Phospholipid Headgroup (INTERFACE SCIENCE-Solutions and Interfaces)

Okamura Emiko, Wakai Chihiro, Matubayasi Nobuyuki, Nakahara Masaru

ICR annual report　Vol. 4　p. 10-11　1998年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University
NMR Study of Water Structure ie Supercritical Conditions

N. Matubayasi, C. Wakai, M. Nakahara

Review of High Pressure Science and Technology/Koatsuryoku No Kagaku To Gijutsu　Vol. 7　p. 1112-1114　1998年
NMR study of water structure in super- and subcritical conditions (vol 78, pg 2573, 1997)

N Matubayasi, C Wakai, M Nakahara

PHYSICAL REVIEW LETTERS　Vol. 78　No. 22　p. 4309-4309　1997年6月　その他
NMR Study of Water Structure in Supercritical States (INTERFACE SCIENCE-Solutions and Interfaces)

Nakahara Masaru, Matubayasi Nobuyuki, Wakai Chihiro

ICR annual report　Vol. 3　p. 10-11　1997年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University
Jump in the Rotational Mobility of Benzene Induced by the Clathrate Hydrate Formation (INTERFACE SCIENCE - Solutions and Interfaces)

Nakahara Masaru, Wakai Chihiro, Matubayasi Nobuyuki

ICR annual report　Vol. 1　p. 10-11　1995年3月
出版者・発行元：Institute for Chemical Research, Kyoto University

機関リポジトリ 10

大阪大学の学術機関リポジトリ（OUKA）に掲載されているコンテンツ

Characterizing the embedded states of a fluorescent probe within a lipid bilayer using molecular dynamics simulations

Okabe Ryo, Ito Natsuumi, Matsubara Yuya, Morishita Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki

The Journal of Chemical Physics　Vol. 163　No. 3　2025年7月16日
Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution

Okita Kazuya, Maruyama Yusei, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Chemical Physics　Vol. 162　No. 3　2025年1月15日
A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation

Matsubara Yuya, Okabe Ryo, Masayama Ren, Morishita Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Chemical Physics　Vol. 161　No. 2　2024年7月14日
Solvation dynamics on the diffusion timescale elucidated using energy-represented dynamics theory

Okita Kazuya, Ito Natsuumi, Morishita-Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki

Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 26　No. 16　p. 12852-12861　2024年4月16日
Biased Bowl-Direction of Monofluorosumanene in the Solid State

Yakiyama Yumi, Li Minghong, Zhou Dongyi, Abe Tsuyoshi, Sato Chisato, Sambe Kohei, Akutagawa Tomoyuki, Matsumura Teppei, Matubayasi Nobuyuki, Sakurai Hidehiro

Journal of the American Chemical Society　Vol. 146　No. 8　p. 5224-5231　2024年2月28日
Elucidating protein-ligand binding kinetics based on returning probability theory

Kasahara Kento, Masayama Ren, Okita Kazuya, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Chemical Physics　Vol. 159　No. 13　2023年10月7日
Diffusion theory of molecular liquids in the energy representation and application to solvation dynamics

Okita Kazuya, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Chemical Physics　Vol. 157　No. 24　2022年12月28日
Adsorption Energetics of Amino Acid Analogs on Polymer/Water Interfaces Studied by All-Atom Molecular Dynamics Simulation and a Theory of Solutions

Yasoshima Nobuhiro, Ishiyama Tatsuya, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Physical Chemistry B　Vol. 126　No. 23　p. 4389-4400　2022年6月16日
Atomistic description of molecular binding processes based on returning probability theory

Kasahara Kento, Masayama Ren, Okita Kazuya, Matubayasi Nobuyuki

Journal of Chemical Physics　Vol. 155　No. 20　2021年11月28日
高分子系における化学ポテンシャルのChain-Increment法による全原子計算

山田一雄, 松林伸幸

サイバーメディアHPCジャーナル　Vol. 10　p. 3-8　2021年1月