keyword システム生物学，微生物，細胞シミュレーション，代謝フラックス解析，ゲノムスケール代謝モデル，代謝工学
慶応義塾大学 政策メディア研究科
2007年3月 ～ 2010年3月
慶応義塾大学 政策メディア研究科
2005年4月 ～ 2007年3月
慶応義塾大学 環境情報学部
2001年4月 ～ 2005年3月
日本生物工学会 関西支部, 支部幹事（企画）
2023年5月 ～ 継続中
化学工学会 バイオ部会 生物情報分野分科会 代表
2021年4月 ～ 継続中
化学工学会 バイオ部会 庶務幹事
2020年4月 ～ 2024年3月
日本生物工学会 バイオミディア委員
2021年4月 ～ 2023年3月
2022年日本バイオインフォマティクス学会年会 プログラム委員
2022年9月 ～ 2022年9月
日本農芸化学会
化学工学会
日本生物工学会
ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / バイオ機能応用、バイオプロセス工学 /
第32回生物工学論文賞
Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu 日本生物工学会 2024年9月
第31回生物工学論文賞
Toya Y, Shimizu H 日本生物工学会 2023年9月
生物工学奨励賞（照井賞）
戸谷 吉博 日本生物工学会 2022年10月
トピックス賞
佐野 海瑚人, 田中 涼, 鎌田 健太郎, 松田 史生, 石井 純, 弘埜 陽子, 原 清敬, 戸谷 吉博, 清水 浩 日本生物工学会 2021年10月
第29回生物工学論文賞
Tokuyama K, Shimodaira Y, Terawaki T, Kusunose Y, Nakai H, Tsuji Y, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H 日本生物工学会 2021年
大阪大学賞（若手教員部門）
戸谷吉博 大阪大学 2019年
第26回生物工学論文賞
Wada K, Toya Y, Banno S, Yoshikawa K, Matsuda F, Shimizu H 日本生物工学会 2018年
Glycolaldehyde affects the growth of and metabolic flux distribution in Synechocystis sp. PCC 6803
Tatsumi Imada, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 2025年4月4日 研究論文（学術雑誌）
Modification of intracellular metabolism by expression of a C-terminal variant of phosphoribulokinase from Synechocystis sp. PCC 6803.
Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Bioscience, biotechnology, and biochemistry 2025年2月3日 研究論文（学術雑誌）
13C-metabolic flux analysis of respiratory chain disrupted strain ΔndhF1 of Synechocystis sp. PCC 6803
Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Applied Biochemistry and Biotechnology 2025年1月15日 研究論文（学術雑誌）
Growth inhibition by ppc deletion is rescued by isocitrate dehydrogenase mutations in Escherichia coli
Yoshihiro Toya, Tatsumi Imada, Mai Ishibashi, Yuichi Kawamoto, Kinuka Isshiki, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
FEMS Microbiology Letters 2025年1月10日 研究論文（学術雑誌）
Identification of a novel NADPH generation reaction in the pentose phosphate pathway in Escherichia coli using mBFP.
Koichiro Ueno, Shogo Sawada, Mai Ishibashi, Yoshiki Kanda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
Journal of bacteriology Vol. 206 No. 11 2024年11月21日 研究論文（学術雑誌）
A genome-scale metabolic model of a globally disseminated hyperinvasive M1 strain of Streptococcus pyogenes.
Yujiro Hirose, Daniel C Zielinski, Saugat Poudel, Kevin Rychel, Jonathon L Baker, Yoshihiro Toya, Masaya Yamaguchi, Almut Heinken, Ines Thiele, Shigetada Kawabata, Bernhard O Palsson, Victor Nizet
mSystems Vol. 9 No. 9 2024年8月19日 研究論文（学術雑誌）
Utilizing Ribose 1,5-Bisphosphate Isomerase and RuBisCO-Equipped Escherichia coli Nissle for Low-Carbon Footprint GABA Production
Sefli Sri Wahyu Effendi, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Chengfeng Xue, I-Son Ng
ACS Sustainable Chemistry & Engineering Vol. 12 No. 30 p. 11093-11098 2024年7月16日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Engineering Escherichia coli for efficient glutathione production.
Hiroki Mori, Misato Matsui, Takahiro Bamba, Yoshimi Hori, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Ryota Hidese, Hisashi Yasueda, Tomohisa Hasunuma, Hiroshi Shimizu, Naoaki Taoka, Shingo Kobayashi
Metabolic engineering Vol. 84 p. 180-190 2024年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals
Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Current Opinion in Biotechnology Vol. 87 2024年6月 研究論文（学術雑誌）
Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin
Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda
Journal of Bioscience and Bioengineering Vol. 137 No. 3 p. 187-194 2024年3月 研究論文（学術雑誌）
Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli.
Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
Biotechnology and bioengineering 2023年12月20日 研究論文（学術雑誌）
Effects of n-butanol production on metabolism and the photosystem in Synecococcus elongatus PCC 7942 based on metabolic flux and target proteome analyses.
Keisuke Wada, Kiyoka Uebayashi, Yoshihiro Toya, Sastia Prama Putri, Fumio Matsuda, Eiichiro Fukusaki, James C Liao, Hiroshi Shimizu
The Journal of general and applied microbiology 2023年3月20日 研究論文（学術雑誌）
Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions.
Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 135 No. 4 p. 291-297 2023年1月29日 研究論文（学術雑誌）
Effect of light fluctuations on photosynthesis and metabolic flux in Synechocystis sp. PCC 6803.
Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology progress 2023年1月26日 研究論文（学術雑誌）
Conversion of Mevalonate to Isoprenol Using Light Energy in Escherichia coli without Consuming Sugars for ATP Supply.
Mikoto Sano, Ryo Tanaka, Kentaro Kamata, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Fumio Matsuda, Kiyotaka Y Hara, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
ACS synthetic biology Vol. 11 No. 12 p. 3966-3972 2022年11月28日 研究論文（学術雑誌）
Logistic Regression-Guided Identification of Cofactor Specificity-Contributing Residues in Enzyme with Sequence Datasets Partitioned by Catalytic Properties.
Sou Sugiki, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
ACS synthetic biology 2022年11月2日 研究論文（学術雑誌）
Evolutionary approach for improved proton pumping activity of heterologous rhodopsin expressed in Escherichia coli.
Kensuke Otsuka, Taisuke Seike, Yoshihiro Toya, Jun Ishii, Yoko Hirono-Hara, Kiyotaka Y Hara, Fumio Matsuda
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 134 No. 6 p. 484-490 2022年9月25日 研究論文（学術雑誌）
Metabolic pathway design for growth-associated phenylalanine production using synthetically designed mutualism.
Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Bioprocess and biosystems engineering Vol. 45 No. 9 p. 1539-1546 2022年8月5日 研究論文（学術雑誌）
Optogenetic reprogramming of carbon metabolism using light-powering microbial proton pump systems
Yoshihiro Toya, Yoko Hirono-Hara, Hidenobu Hirayama, Kentaro Kamata, Ryo Tanaka, Mikoto Sano, Sayaka Kitamura, Kensuke Otsuka, Rei Abe-Yoshizumi, Satoshi P. Tsunoda, Hiroshi Kikukawa, Hideki Kandori, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda, Jun Ishii, Kiyotaka Y. Hara
Metabolic Engineering Vol. 72 p. 227-236 2022年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Constitutive expression of the global regulator AbrB restores the growth defect of a genome-reduced Bacillus subtilis strain and improves its metabolite production.
Junya Yamamoto, Onuma Chumsakul, Yoshihiro Toya, Takuya Morimoto, Shenghao Liu, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Takashi Hirasawa, Fumio Matsuda, Naotake Ogasawara, Hiroshi Shimizu, Ken-Ichi Yoshida, Taku Oshima, Shu Ishikawa
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes Vol. 29 No. 3 2022年5月24日 研究論文（学術雑誌）
Metabolic pathway engineering for the non-growth-associated succinate production in Escherichia coli based on flux solution space.
Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 134 No. 1 p. 29-33 2022年5月8日 研究論文（学術雑誌）
Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution.
Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
Biotechnology and bioengineering Vol. 119 No. 3 p. 936-945 2021年12月16日 研究論文（学術雑誌）
Reactor control system in bacterial co-culture based on fluorescent proteins using an Arduino-based home-made device.
Minori Kusuda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
Biotechnology journal Vol. 16 No. 12 2021年12月 研究論文（学術雑誌）
Recent advances in metabolic engineering-integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways.
Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 132 No. 5 p. 429-436 2021年9月8日 研究論文（学術雑誌）
Proteome analysis of response to different spectral light irradiation in Synechocystis sp. PCC 6803.
Masakazu Toyoshima, Masumi Sakata, Yoshifumi Ueno, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Seiji Akimoto, Hiroshi Shimizu
Journal of proteomics Vol. 246 p. 104306-104306 2021年8月30日 研究論文（学術雑誌）
Soft-sensor development for monitoring the lysine fermentation process.
Kento Tokuyama, Yoshiki Shimodaira, Yohei Kodama, Ryuzo Matsui, Yasuhiro Kusunose, Shunsuke Fukushima, Hiroaki Nakai, Yuichiro Tsuji, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 132 No. 2 p. 183-189 2021年8月 研究論文（学術雑誌）
Mutations in hik26 and slr1916 lead to high-light stress tolerance in Synechocystis sp. PCC6803.
Katsunori Yoshikawa, Kenichi Ogawa, Yoshihiro Toya, Seiji Akimoto, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Communications biology Vol. 4 No. 1 p. 343-343 2021年3月16日 研究論文（学術雑誌）
Role of type I NADH dehydrogenase in Synechocystis sp. PCC 6803 under phycobilisome excited red light.
Masakazu Toyoshima, Chiaki Yamamoto, Yoshifumi Ueno, Yoshihiro Toya, Seiji Akimoto, Hiroshi Shimizu
Plant science : an international journal of experimental plant biology Vol. 304 p. 110798-110798 2021年3月 研究論文（学術雑誌）
Estimation of linear and cyclic electron flows in photosynthesis based on 13C-metabolic flux analysis.
Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Sayaka Kitamura, Yoshifumi Ueno, Seiji Akimoto, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 131 No. 3 p. 277-282 2020年11月20日 研究論文（学術雑誌）
Identification of a rate-limiting step in a metabolic pathway using the kinetic model and in vitro experiment.
Sayaka Kitamura, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 131 No. 3 p. 271-276 2020年11月7日 研究論文（学術雑誌）
Flux controlling technology for central carbon metabolism for efficient microbial bio-production.
Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Current opinion in biotechnology Vol. 64 p. 169-174 2020年8月 研究論文（学術雑誌）
Data science-based modeling of the lysine fermentation process.
Kento Tokuyama, Yoshiki Shimodaira, Takahiro Terawaki, Yasuhiro Kusunose, Hiroaki Nakai, Yuichiro Tsuji, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 130 No. 4 p. 409-415 2020年7月21日 研究論文（学術雑誌）
Transcription Factor ArcA is a Flux Sensor for the Oxygen Consumption Rate in Escherichia coli.
Naoya Nochino, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology journal Vol. 15 No. 6 2020年6月 研究論文（学術雑誌）
Flux balance analysis of cyanobacteria reveals selective use of photosynthetic electron transport components under different spectral light conditions.
Toyoshima M, Toya Y, Shimizu H
Photosynthesis research Vol. 143 No. 1 p. 31-43 2020年1月 研究論文（学術雑誌）
Light-inducible flux control of triosephosphate isomerase on glycolysis in Escherichia coli.
Sachie Senoo, Sebastian Tommi Tandar, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology and bioengineering Vol. 116 No. 12 p. 3292-3300 2019年12月 研究論文（学術雑誌）
High-yielding rice Takanari has superior photosynthetic response to a commercial rice Koshihikari under fluctuating light.
Shunsuke Adachi, Yu Tanaka, Atsuko Miyagi, Makoto Kashima, Ayumi Tezuka, Yoshihiro Toya, Shunzo Kobayashi, Satoshi Ohkubo, Hiroshi Shimizu, Maki Kawai-Yamada, Rowan F Sage, Atsushi J Nagano, Wataru Yamori
Journal of experimental botany Vol. 70 No. 19 p. 5287-5297 2019年10月15日 研究論文（学術雑誌）
In vitro production of cysteine from glucose.
Yohei Hanatani, Makoto Imura, Hironori Taniguchi, Kenji Okano, Yoshihiro Toya, Ryo Iwakiri, Kohsuke Honda
Applied microbiology and biotechnology Vol. 103 No. 19 p. 8009-8019 2019年10月 研究論文（学術雑誌）
Optogenetic switch for controlling the central metabolic flux of Escherichia coli.
Sebastian Tommi Tandar, Sachie Senoo, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Metabolic engineering Vol. 55 p. 68-75 2019年9月 研究論文（学術雑誌）
Prediction of Rate-Limiting Reactions for Growth-Associated Production Using a Constraint-Based Approach.
Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology journal Vol. 14 No. 9 2019年9月 研究論文（学術雑誌）
Theophylline-inducible riboswitch accurately regulates protein expression at low level in Escherichia coli.
Rikuto Kamiura, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Biotechnology letters Vol. 41 No. 6-7 p. 743-751 2019年7月 研究論文（学術雑誌）
Effect of precise control of flux ratio between the glycolytic pathways on mevalonate production in Escherichia coli.
Kentaro Kamata, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology and bioengineering Vol. 116 No. 5 p. 1080-1088 2019年5月 研究論文（学術雑誌）
Magnesium starvation improves production of malonyl-CoA-derived metabolites in Escherichia coli.
Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Brady F Cress, Mattheos A G Koffas, Hiroshi Shimizu
Metabolic engineering Vol. 52 p. 215-223 2019年3月 研究論文（学術雑誌）
13C-Metabolic Flux Analysis Reveals Effect of Phenol on Central Carbon Metabolism in Escherichia coli.
Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Frontiers in microbiology Vol. 10 p. 1010-1010 2019年 研究論文（学術雑誌）
Transcriptome analysis of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and mechanisms of photoinhibition tolerance under extreme high light conditions.
Kenichi Ogawa, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 126 No. 5 p. 596-602 2018年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier B.V.
Characterization of oil-producing yeast Lipomyces starkeyi on glycerol carbon source based on metabolomics and 13C-labeling.
Yuki Maruyama, Yoshihiro Toya, Hiroshi Kurokawa, Yuka Fukano, Atsushi Sato, Hiroyasu Umemura, Kaoru Yamada, Hideaki Iwasaki, Norio Tobori, Hiroshi Shimizu
Applied microbiology and biotechnology Vol. 102 No. 20 p. 8909-8920 2018年10月 研究論文（学術雑誌）
Metabolic flux of the oxidative pentose phosphate pathway under low light conditions in Synechocystis sp. PCC 6803.
Kentaro Ueda, Tsubasa Nakajima, Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 126 No. 1 p. 38-43 2018年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier B.V.
Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain.
Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Biotechnology and bioengineering Vol. 115 No. 6 p. 1542-1551 2018年6月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：John Wiley and Sons Inc.
Metabolic engineering of mevalonate-producing Escherichia coli strains based on thermodynamic analysis.
Hikaru Nagai, Ami Masuda, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Metabolic engineering Vol. 47 p. 1-9 2018年5月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Academic Press Inc.
Optimal 13C-labeling of glycerol carbon source for precise flux estimation in Escherichia coli.
Yoshihiro Toya, Shugo Ohashi, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 125 No. 3 p. 301-305 2018年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier B.V.
Metabolic impact of nutrient starvation in mevalonate-producing Escherichia coli.
Ami Masuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Bioresource technology Vol. 245 No. Pt B p. 1634-1640 2017年12月 研究論文（学術雑誌）
Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism.
Fumio Matsuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology advances Vol. 35 No. 8 p. 971-980 2017年12月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier Inc.
Metabolic engineering of Synechocystis sp. PCC 6803 for enhanced ethanol production based on flux balance analysis.
Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Bioprocess and biosystems engineering Vol. 40 No. 5 p. 791-796 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.
Nakajima T, Yoshikawa K, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H
Plant & cell physiology Vol. 58 No. 3 p. 537-545 2017年3月1日 研究論文（学術雑誌）
13C-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coli.
Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Satomi Banno, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Journal of bioscience and bioengineering Vol. 123 No. 2 p. 177-182 2017年2月 研究論文（学術雑誌）
Omics-integrated approach for metabolic state analysis of microbial processes
Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Tomokazu Shirai, Fumio Matsuda
Applied Bioengineering: Innovations and Future Directions p. 213-236 2017年1月1日 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：wiley
Identification of alcohol stress tolerance genes of Synechocystis sp. PCC 6803 using adaptive laboratory evolution.
Takuya Matsusako, Yoshihiro Toya, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu
Biotechnology for biofuels Vol. 10 p. 307-307 2017年 研究論文（学術雑誌）
Combinatorial deletions of glgC and phaCE enhance ethanol production in Synechocystis sp. PCC 6803.
Katsunori Namakoshi, Tubasa Nakajima, Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Journal of biotechnology Vol. 239 p. 13-19 2016年12月10日 研究論文（学術雑誌）
Investigation of useful carbon tracers for 13C-metabolic flux analysis of Escherichia coli by considering five experimentally determined flux distributions.
Kousuke Maeda, Nobuyuki Okahashi, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu
Metabolic engineering communications Vol. 3 p. 187-195 2016年12月 研究論文（学術雑誌）
SSDesign: Computational metabolic pathway design based on flux variability using elementary flux modes.
Yoshihiro Toya, Takanori Shiraki, Hiroshi Shimizu
Biotechnology and bioengineering Vol. 112 No. 4 p. 759-68 2015年4月 研究論文（学術雑誌）
Enhanced dipicolinic acid production during the stationary phase in Bacillus subtilis by blocking acetoin synthesis.
Yoshihiro Toya, Takashi Hirasawa, Shu Ishikawa, Onuma Chumsakul, Takuya Morimoto, Shenghao Liu, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Katsuya Ozaki, Naotake Ogasawara, Hiroshi Shimizu
Bioscience, biotechnology, and biochemistry Vol. 79 No. 12 p. 2073-80 2015年 研究論文（学術雑誌）
Integrating Kinetic Model of E. coli with Genome Scale Metabolic Fluxes Overcomes Its Open System Problem and Reveals Bistability in Central Metabolism.
Ahmad A Mannan, Yoshihiro Toya, Kazuyuki Shimizu, Johnjoe McFadden, Andrzej M Kierzek, Andrea Rocco
PloS one Vol. 10 No. 10 2015年 研究論文（学術雑誌）
Construction of a Genome-Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis NIES-39 and Metabolic Design for Cyanobacterial Bioproduction.
Katsunori Yoshikawa, Shimpei Aikawa, Yuta Kojima, Yoshihiro Toya, Chikara Furusawa, Akihiko Kondo, Hiroshi Shimizu
PloS one Vol. 10 No. 12 2015年 研究論文（学術雑誌）
13C-metabolic flux analysis in heterologous cellulase production by Bacillus subtilis genome-reduced strain.
Yoshihiro Toya, Takashi Hirasawa, Takuya Morimoto, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Katsuya Ozaki, Naotake Ogasawara, Hiroshi Shimizu
Journal of biotechnology Vol. 179 p. 42-9 2014年6月10日 研究論文（学術雑誌）
Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms.
Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
Biotechnology advances Vol. 31 No. 6 p. 818-26 2013年11月 研究論文（学術雑誌）
Time-resolved metabolomics of a novel trebouxiophycean alga using (CO2)-C-13 feeding
Takuro Ito, Masahiro Sugimoto, Yoshihiro Toya, Yoshitaka Ano, Norihide Kurano, Tomoyoshi Soga, Masaru Tomita
JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING Vol. 116 No. 3 p. 408-415 2013年9月 研究論文（学術雑誌）
Glycogen is the primary source of glucose during the lag phase of E. coli proliferation.
Tomoaki Yamamotoya, Hitomi Dose, Zhongyuan Tian, Adrien Fauré, Yoshihiro Toya, Masayuki Honma, Kaori Igarashi, Kenji Nakahigashi, Tomoyoshi Soga, Hirotada Mori, Hiroshi Matsuno
Biochimica et biophysica acta Vol. 1824 No. 12 p. 1442-8 2012年12月 研究論文（学術雑誌）
Metabolic regulation analysis of wild-type and arcA mutant Escherichia coli under nitrate conditions using different levels of omics data.
Yoshihiro Toya, Kenji Nakahigashi, Masaru Tomita, Kazuyuki Shimizu
Molecular bioSystems Vol. 8 No. 10 p. 2593-604 2012年10月 研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering innovation and developmentintegration of omics research and analysis of metabolism
Shimizu, H., Furusawa, C., Hirasawa, Katsunori, Y., Ono, N., Yoshihiro, T., Satoru, S.
Seibutsu-kogaku Kaishi Vol. 90 No. 10 2012年 研究論文（学術雑誌）
Metabolic flux analysis and visualization.
Yoshihiro Toya, Nobuaki Kono, Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
Journal of proteome research Vol. 10 No. 8 p. 3313-23 2011年8月5日 研究論文（学術雑誌）
13C-Metabolic Flux Analysis for Batch Culture of Escherichia coli and Its pyk and pgi Gene Knockout Mutants Based on Mass Isotopomer Distribution of Intracellular Metabolites
Yoshihiro Toya, Nobuyoshi Ishii, Kenji Nakahigashi, Takashi Hirasawa, Tomoyoshi Soga, Masaru Tomita, Kazuyuki Shimizu
BIOTECHNOLOGY PROGRESS Vol. 26 No. 4 p. 975-992 2010年7月 研究論文（学術雑誌）
Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism.
Kenji Nakahigashi, Yoshihiro Toya, Nobuyoshi Ishii, Tomoyoshi Soga, Miki Hasegawa, Hisami Watanabe, Yuki Takai, Masayuki Honma, Hirotada Mori, Masaru Tomita
Molecular systems biology Vol. 5 p. 306-306 2009年 研究論文（学術雑誌）
Direct measurement of isotopomer of intracellular metabolites using capillary electrophoresis time-of-flight mass spectrometry for efficient metabolic flux analysis.
Yoshihiro Toya, Nobuyoshi Ishii, Takashi Hirasawa, Miki Naba, Kenta Hirai, Kaori Sugawara, Saori Igarashi, Kazuyuki Shimizu, Masaru Tomita, Tomoyoshi Soga
Journal of chromatography. A Vol. 1159 No. 1-2 p. 134-41 2007年8月3日 研究論文（学術雑誌）
Multiple high-throughput analyses monitor the response of E. coli to perturbations.
Nobuyoshi Ishii, Kenji Nakahigashi, Tomoya Baba, Martin Robert, Tomoyoshi Soga, Akio Kanai, Takashi Hirasawa, Miki Naba, Kenta Hirai, Aminul Hoque, Pei Yee Ho, Yuji Kakazu, Kaori Sugawara, Saori Igarashi, Satoshi Harada, Takeshi Masuda, Naoyuki Sugiyama, Takashi Togashi, Miki Hasegawa, Yuki Takai, Katsuyuki Yugi, Kazuharu Arakawa, Nayuta Iwata, Yoshihiro Toya, Yoichi Nakayama, Takaaki Nishioka, Kazuyuki Shimizu, Hirotada Mori, Masaru Tomita
Science (New York, N.Y.) Vol. 316 No. 5824 p. 593-7 2007年4月27日 研究論文（学術雑誌）
大腸菌の改変によるレチナールの生産
雨宮彩恵, 弘埜陽子, 松田史生, 戸谷吉博, 石井純, 原清敬, 原清敬
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 76th 2024年
大腸菌によるレチナール生産
雨宮彩恵, 弘埜陽子, 松田史生, 戸谷吉博, 石井純, 原清敬
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2024 2024年
人工代謝経路との共役による非標準型補酵素利用酵素のスクリーニング法の開発
二井手哲平, 青木南都, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 76th 2024年
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基の予測と実証
森聖也, 戸谷吉博, 清水浩, 二井手哲平
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 76th 2024年
速度論的代謝解析におけるアンサンブルモデリングの高速化に向けた経験的棄却法の提案と検証
竹谷友之, 戸谷吉博, 佐藤美和, 二井手哲平, 田邉麻衣子, 清水浩, 神鳥明彦
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2024 2024年
代謝酵素の基質認識に寄与するアミノ酸残基の推定と機能創出
二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
生化学 Vol. 96 No. 5 2024年
化学工学年鑑2024 8.バイオテクノロジー
石川聖人, 山本修一, 蟹江慧, 戸谷吉博, 小西正朗, 中川究也
化学工学 Vol. 88 No. 10 2024年
同位体標識を利用した大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価
寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 76th 2024年
大腸菌における非酸化的解糖経路フラックス評価のための13Cグルコース標識方法
三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 76th 2024年
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換
二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 54th 2023年
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製
清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 54th 2023年
光駆動プロトンポンプを利用した大腸菌の酸耐性の強化と有用物質生産への応用
小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 75th 2023年
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジスティック回帰モデルの有用性
二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 75th 2023年
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン
宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 75th 2023年
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変
三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 75th 2023年
機械学習を用いた代謝酵素の基質特異性決定残基の推定と変換
森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 75th 2023年
様々な光環境におけるシアノバクテリアの中枢代謝ロジスティクスの解析
戸谷吉博
日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) Vol. 87th 2023年
モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放
戸谷吉博, 三吉健太, 川本優一, 芝井厚, 古澤力, 古澤力, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 88th 2023年
エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン
三吉健太, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 88th 2023年
化学工学年鑑2023 8.バイオテクノロジー
吉本則子, 田中祐圭, 山本修一, 蟹江慧, 戸谷吉博, 中島田豊, 中川究也
化学工学 Vol. 87 No. 10 2023年
大腸菌由来ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ変異体の構造機能
三宅智哉, 西村和樹, 松田佳央理, 藤田純三, 藤田純三, 藤田純三, 難波啓一, 難波啓一, 徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩, 栗栖源嗣, GERT-JAN Bekker, 上原了, 松村浩由
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) Vol. 46th 2023年
SFCバイオの軌跡【第2章 SFCから羽ばたくバイオサイエンス】数理モデルを基盤とした微生物代謝システムの設計・評価の方法
戸谷吉博
Keio SFC Journal Vol. 22 No. 2 2023年
光を利用したバイオプロセスの開発に関する研究
戸谷吉博
生物工学会誌 Vol. 101 No. 2 2023年
Interview 1
戸谷 吉博
生物工学会誌 Vol. 100 No. 9 p. 516-517 2022年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人 日本生物工学会
多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー—Systems Biology of Cyanobacteria for Investigating Light Adaptive Mechanisms
清水 浩, 戸谷 吉博
生物物理 / 日本生物物理学会 編 Vol. 62 No. 2 p. 104-109 2022年4月
出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会
データサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリング
徳山 健斗, 下平 祥貴, 寺脇 貴弘, 楠瀬 泰弘, 中井 裕章, 辻 雄一郎, 戸谷 吉博, 松田 史生, 清水 浩
生物工学会誌 Vol. 100 No. 2 p. 80-80 2022年2月25日
出版者・発行元：公益社団法人 日本生物工学会
多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー
清水浩, 戸谷吉博
生物物理(Web) Vol. 62 No. 2 2022年
微生物共培養のための精製タンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発
川本優一, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性変換
杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
共培養代謝工学のための経路分断方法の検討
多田一紀, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
マルチカラー光による大腸菌の代謝経路のフラックス制御に向けた検討
赤木駿斗, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討
三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発
宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
化学工学年鑑2022 8.バイオテクノロジー
田中祐圭, 吉本則子, 山本修一, 堺裕輔, 戸谷吉博, 中島田豊, 本田真己
化学工学 Vol. 86 No. 10 2022年
青色光応答タンパク質を利用した中枢代謝フラックスの制御技術の開発
赤木駿斗, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化
松本拓也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案
杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
アンチセンスRNAを利用した光照射による代謝フラックス制御技術の開発
櫻井翔太, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発
川本優一, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン
三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
配列保存度情報を組み入れた酵素工学
二井手哲平, 杉木創, 宮脇佳汰, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発
宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
マイクロドロップレットを用いた大腸菌指向進化実験のとりくみ
佐藤玲子, 大竹理寛, 高イクサイ, 戸谷吉博, 清水浩, 鈴木宏明
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割
今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
CO2排出を抑制した物質生産に向けた大腸菌における逆グリオキシル酸経路の利用
田中恒作, 清水浩, 戸谷吉博
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 53rd 2022年
共培養チロシン生産に適した代謝改変の検討
多田一紀, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 53rd 2022年
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案
二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 53rd 2022年
人工的な相利共生関係を利用した指向性進化による有用物質生産菌の開発
川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 53rd 2022年
指向性進化を目的としたマイクロ流路細胞培養システムの開発
大竹理寛, 佐藤玲子, 戸谷吉博, 清水浩, 鈴木宏明
日本機械学会年次大会講演論文集(CD-ROM) Vol. 2022 2022年
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産
村上茉奈美, 川井隆太郎, 三吉健太, 芝井厚, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
ロドプシンによる光駆動プロトンポンプが大腸菌の弱酸耐性に及ぼす影響
小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上
戸谷吉博, 佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 87th 2022年
微生物生産能向上を目的とした微生物ロドプシンの改変
佐藤良樹, 川崎真由, 弘埜陽子, 菊川寛史, 菊川寛史, 中野祥吾, 石井純, 松田史生, 戸谷吉博, 伊藤創平, 原清敬, 原清敬
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2022 2022年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変を利用した最適メバロン酸生産
澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響
小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 74th 2022年
大腸菌の染色体上リボゾーム結合部位改変を利用した中枢炭素代謝フラックスの精密制御
澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 53rd 2022年
大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価
三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
FBAシミュレーションによるシアノバクテリアにおける光合成電子伝達フラックスの解析
豊島正和, 豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
mBFPセンサーを使った栄養飢餓大腸菌における細胞内NADPHレベルの摂動解析
上野航一郎, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
逆グリオキシル酸経路を導入した大腸菌の創出と代謝評価
田中恒作, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析
田島遼太郎, 池原万由, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
機械学習を利用した代謝酵素の補酵素特異性の設計と活性測定による検証
杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
目的物質生産フラックス強化のためのシミュレーションに基づく増殖連動型の代謝設計
戸谷吉博, 一色衣香, SHI Xinchi, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
シアノバクテリアの代謝工学
清水浩, 戸谷吉博, 豊島正和, 山本千晶
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 52nd 2021年
機械学習を用いたリンゴ酸酵素の補酵素特異性の予測
杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 52nd 2021年
青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討
赤木駿斗, 塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 52nd 2021年
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析
村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発
戸谷吉博, 川井隆太郎, 三吉健太, 村上茉奈美, 一色衣香, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 52nd 2021年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変による中枢代謝フラックスの調節
澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換
佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
H+ポンプ能向上を目的とした微生物ロドプシンの改変
佐藤良樹, 川崎真由, 弘埜陽子, 菊川寛史, 中野祥吾, 石井純, 松田史生, 戸谷吉博, 伊藤創平, 原清敬
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
Xanthophyllomyces dendrorhousによるレチナールの生産
藤野紗代, 景山裕也, 弘埜陽子, 菊川寛史, 菊川寛史, 松田史生, 戸谷吉博, 石井純, 原清敬, 原清敬
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
光駆動プロトンポンプを発現させたメバロン酸生産大腸菌の代謝解析
松山千夏, 清家泰介, 岡橋伸幸, 戸谷吉博, 弘埜陽子, 平山英伸, 石井純, 清水浩, 原清敬, 松田史生
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2021年
Synechocystis sp.PCC6803のΔndhD1/D2株を用いたレドックスバランス感知フィコビリソーム分解制御機構の解析
豊島正和, 阪田真澄, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩
日本植物生理学会年会(Web) Vol. 62nd 2021年
連続培養を用いた指向性進化実験による大腸菌のメバロン酸取り込み能力の強化
村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2021 2021年
蛍光タンパク質を利用した共培養のための菌体比率制御技術の開発
楠田みのり, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 86th 2021年
フラックス解析のいろいろ
戸谷吉博
生物工学会誌 Vol. 99 No. 1 p. 36-36 2021年
出版者・発行元：公益社団法人 日本生物工学会
異なる波長の光照射下におけるシアノバクテリアの光合成と代謝のシミュレーション予測による適応機構の解析
豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩
日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) Vol. 84th 2020年
代謝経路の動的モデルを使ったin vitroの酵素反応系による複数酵素Vmaxの予測
北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2020 2020年
in silico代謝デザインに基づく非酸化的解糖系依存の大腸菌株の創出
三吉健太, 川井隆太郎, 堀之内貴明, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2020 2020年
シアノバクテリアのカルビン回路の反応速度論モデルの開発
田島遼太郎, 池原万由, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 85th 2020年
デルタロドプシンの変異体解析
佐藤良樹, 弘埜陽子, 石井純, 柘植謙爾, 松田史生, 戸谷吉博, 原清敬
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2020 2020年
デルタロドプシンによるATP再生を伴う物質生産性の向上
塩澤優稀, 弘埜陽子, 石井純, 柘植謙爾, 松田史生, 戸谷吉博, 原清敬
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2020 2020年
試験管内反応系を利用した代謝経路の律速段階の同定
北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2020年
微生物物質生産の代謝デザインと細胞性能評価
清水浩, 戸谷吉博
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2020年
相利共生関係を利用した増殖連動型の有用物質生産株の代謝設計
川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2020年
実験室進化実験による大腸菌の非酸化的解糖経路のフラックス増強
三吉健太, 川井隆太郎, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2020年
光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発
塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2020年
光照射により代謝フラックスをコントロールする技術の開発
戸谷吉博, 清水浩
バイオサイエンスとインダストリー Vol. 78 No. 1 p. 31-32 2020年
植物生理学から生物工学へ(From plant physiology to biotechnology)シアノバクテリア由来の光応答スイッチの大腸菌代謝工学への利用
戸谷吉博
生物工学会誌 Vol. 98 No. 11 p. 608-610 2020年
出版者・発行元：日本生物工学会
光合成誘導反応のイネ品種間差に関わる生理的要因の解析
安達俊輔, 田中佑, 宮城敦子, 鹿島誠, 手塚あゆみ, 戸谷吉博, 小林俊造, 大久保智司, 清水浩, 川合真紀, 永野惇, 矢守航
日本作物学会講演会要旨集 Vol. 247th 2019年
出版者・発行元：日本作物学会
生物工学分野におけるバイオインフォマティクス技術の利活用の現状と展望 代謝工学におけるバイオインフォマティクスの利用
戸谷吉博, 松田史生
生物工学会誌 Vol. 97 No. 5 p. 261-264 2019年
出版者・発行元：日本生物工学会
オプトジェネティックスイッチによる代謝フラックス制御技術の開発
タンダル セバスティアントミ, 妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 84th 2019年
光照射による大腸菌の中心代謝経路のフラックス制御
TANDAR Sebastian Tommi, 妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2019 2019年
解糖系とペントースリン酸経路のフラックス比がメバロン酸の生産に及ぼす影響
鎌田健太郎, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2019 2019年
大腸菌イソプレノール合成フラックス強化のための代謝工学
川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 84th 2019年
13C代謝フラックス解析に基づくシアノバクテリアの単波長光照射下に対する応答解析
山本千晶, 北村さや香, 豊島正和, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st 2019年
大腸菌の共培養によるイソプレノール合成経路のボトルネックの解消
川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st 2019年
光を利用した微生物の代謝の制御と可視化
戸谷吉博, TANDAR Sebastian Tommi, 妹尾幸枝, 鎌田健太郎, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st 2019年
FBAシミュレーションによる単波長光照射下におけるシアノバクテリアの光合成電子伝達経路のフラックス状態の解析
豊島正和, 山本千晶, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st 2019年
蛍光タンパク質を指標としたリアクター制御プロセスの開発
楠田みのり, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 84th 2019年
光駆動ATP再生系を導入したVmax細胞の開発
弘埜陽子, 戸谷吉博, 石井純, 柘植謙爾, 松田史生, 原清敬
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2019 2019年
デルタロドプシン発現が出芽酵母の代謝に及ぼす影響
大塚健介, 弘埜陽子, 石井寛子, 石井純, 岡橋伸幸, 戸谷吉博, 原清敬, 松田史生
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st 2019年
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生の物質生産への応用
田中涼, 鎌田健太郎, 戸谷吉博, 松田史生, 石井純, 柘植謙爾, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st p. 170-170 2019年
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
大腸菌による物質生産への光駆動ATP再生の利用に向けて
田中涼, 鎌田健太郎, 戸谷吉博, 松田史生, 石井純, 柘植謙爾, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 84th 2019年
大腸菌共培養に向けたリアクター制御プロセスの開発
楠田みのり, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 71st p. 129-129 2019年
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
増殖連動型物質生産のin silico解析における反応律速点の同定法の開発と実験検証
清水浩, 徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 50th 2018年9月18日
大腸菌によるメバロン酸高生産のための流加培養条件の評価
前田健仁, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 50th 2018年9月18日
フェノールが大腸菌の中枢代謝に及ぼす影響の解析
北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th p. 279-279 2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生
鎌田健太郎, 戸谷吉博, 弘埜陽子, 原清敬, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th p. 110-110 2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
代謝工学による光合成の統合解析と工学応用
豊島正和, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th 2018年8月7日
様々な波長の光照射下におけるシアノバクテリアの解析
豊島正和, 阪田真澄, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th 2018年8月7日
大腸菌のArcAによる酸素消費速度の感知システム
後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th p. 280-280 2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
代謝工学に基づく大腸菌フェノール生産株の育種
北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 83rd 2018年3月13日
安定同位体非定常の13C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析によるn‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatus PCC7942の代謝状態の推定
和田圭介, 植林希代加, 戸谷吉博, 傳寶雄大, PUTRI Sastia, 松田史生, 福崎英一郎, LIAO James C, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 83rd 2018年3月13日
光照射による大腸菌の中枢代謝経路のフラックス制御
妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 83rd 2018年3月13日
酸素レベルに応答した大腸菌の代謝制御の可視化と解明
後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 83rd 2018年3月13日
FBAを用いた出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価
神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2018 2018年3月5日
大腸菌中枢代謝経路のフラックス制御が物質生産に及ぼす影響の解析
戸谷吉博, 鎌田健太郎, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 50th 2018年
光駆動ATP再生系によるVmax細胞の創製
弘埜陽子, 戸谷吉博, YE Xiaoting, 石井純, 柘植謙爾, 松田史生, 原清敬
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 70th p. 110-110 2018年
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
13C代謝フラックス解析による細胞の生理状態の理解と工学応用
清水浩, 松田史生, 戸谷吉博, 岡橋伸幸, 前田昂亮
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 49th 2017年9月20日
光による遺伝子発現制御系を利用した大腸菌代謝制御の検討
妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 49th 2017年9月20日
光合成微生物の代謝モデルの開発と応用
豊島正和, 戸谷吉博, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 49th 2017年9月20日
中枢代謝のフラックス制御がメバロン酸経路に及ぼす影響の解析
鎌田健太郎, 増田亜美, 和田圭介, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 49th 2017年9月20日
Synechocystis sp.PCC6803の中心代謝経路と光化学系の制御メカニズムの解析
和田圭介, 戸谷吉博, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 49th 2017年9月20日
出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価
神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th 2017年8月8日
枯草菌中枢代謝経路における酵素発現レベルとフラックス分布の関係
戸谷吉博, 富田淳美, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th 2017年8月8日
13C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析を用いたn‐ブタノール生産シアノバクテリア株の代謝解析
和田圭介, 植林希代加, 戸谷吉博, 傳寶雄大, PUTRI Sastia, 松田史生, 福崎英一郎, LIAO James, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th 2017年8月8日
シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803の光化学反応を精緻化したゲノムスケールモデルを用いた様々な光条件における代謝シミュレーション
豊島正和, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th 2017年8月8日
代謝シミュレーションに基づいた有用発酵微生物の育種
徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th p. 93-93 2017年8月8日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
任意の栄養要求生変異株構築に向けた代謝シミュレーション法の開発
徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 69th 2017年8月8日
出芽酵母のメバロン酸経路の強化に有効な遺伝子破壊の探索
神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 82nd 2017年3月6日
定常期における大腸菌メバロン酸生産株の13C代謝フラックス解析
増田亜美, 徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 82nd 2017年3月6日
実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定
徳山健斗, 戸谷吉博, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 82nd 2017年3月6日
計算機シミュレーションを利用した代謝デザイン技術 効率的に基質から目的物質に変換するための代謝経路の改変
戸谷吉博
化学と生物 Vol. 55 No. 2 2017年1月20日
計算機シミュレーションを利用した代謝デザイン技術 効率的に基質から目的物質に変換するための代謝経路の改変
戸谷 吉博
化学と生物 Vol. 55 No. 2 p. 83-84 2017年1月
出版者・発行元：(公社)日本農芸化学会
in silico代謝設計と実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築
徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 48th 2016年9月6日
大腸菌による効率的なメバロン酸生産のための代謝解析
戸谷吉博, 和田圭介, 増田亜美, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 48th 2016年9月6日
蛍光タンパク質を利用した大腸菌の酸素レベルに応じた代謝解析
後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 48th 2016年9月6日
n‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatusの13C代謝フラックス解析
和田圭介, 戸谷吉博, 松田史生, LIAO James C, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 48th 2016年9月6日
メバロン酸生産大腸菌の細胞内代謝状態の定量的な評価
永井暉, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 68th 2016年8月25日
メバロン酸生産大腸菌株の定常期における代謝状態の解明
増田亜美, 戸谷吉博, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 68th 2016年8月25日
in silico代謝シミュレーションと実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築
徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 68th 2016年8月25日
代謝経路解析に基づく定常期にコハク酸を生産する大腸菌の開発
戸谷吉博, 白木孝典, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 68th 2016年8月25日
細胞増殖定常期の制限基質による3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌への影響
徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 81st 2016年3月13日
蛍光タンパク質を利用した細胞内代謝状態の可視化と評価
戸谷吉博, 渡辺祥, 後野直哉, 増田亜美, 徳山健斗, 松田史生, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 81st 2016年3月13日
代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発
清水浩, 松田史生, 戸谷吉博
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2016 2016年3月5日
代謝フラックス解析に基づいた枯草菌ゲノム縮小株MGB874のジピコリン酸生産性の向上
LIU Shenghao, 増田健太, 戸谷吉博, 平沢敬, 平沢敬, 森本拓也, 影山泰, 吉田健一, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也, 萩原浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2016 2016年3月5日
枯草菌ゲノム縮小株における代謝工学によるポリグルタミン酸の生産性向上
増田健太, LIU Shenghao, 戸谷吉博, 平沢敬, 平沢敬, 森本拓也, 影山泰, 吉田健一, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也, 萩原浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2016 2016年3月5日
解糖系フラックスセンサーを利用した高効率物質生産のための代謝制御手法の開発
戸谷吉博, 渡辺祥, 徳山健斗, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2016 2016年3月5日
3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌の定常期におけるメタボローム解析
徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 67th p. 204-204 2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
蛍光タンパク質を用いた代謝フラックスの可視化とその応用
戸谷吉博, 渡辺祥, 後野直哉, 増田亜美, 徳山健斗, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 67th p. 204-204 2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
微生物がもたらす未来
板谷光泰, 柘植謙爾, MURRAY Douglas B, 戸谷吉博, 中東憲治
Keio SFC J Vol. 15 No. 1 p. 284-301 2015年9月15日
出版者・発行元：慶應義塾大学湘南藤沢学会
13Cフラックス解析に基づくグリセロール炭素源における大腸菌の中枢代謝の理解
戸谷吉博, 大橋秀伍, 清水浩
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 47th 2015年9月9日
代謝工学的アプローチに基づく枯草菌のジピコリン酸生産の強化
戸谷吉博, 平沢敬, 劉生浩, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 萩原浩, 小笠原直毅, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 80th 2015年3月19日
大腸菌を用いた定常期におけるメバロン酸生産
増田亜美, 戸谷吉博, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2015 2015年3月5日
グリセロール炭素源における大腸菌中枢代謝経路の13Cフラックス解析
大橋秀伍, 戸谷吉博, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2015 2015年3月5日
微生物がもたらす未来
板谷 光泰, 柘植 謙爾, Murray Douglas B., 戸谷 吉博, 中東 憲治
Keio SFC journal Vol. 15 No. 1 p. 284-301 2015年
出版者・発行元：慶應義塾大学湘南藤沢学会
代謝デザインと13C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用
清水浩, 松田史生, 戸谷吉博
化学と生物 Vol. 53 No. 7 p. 455-461 2015年
出版者・発行元：公益社団法人 日本農芸化学会
微生物の代謝を観測・デザインするための技術とその応用
戸谷吉博
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 Vol. 9th 2015年
2P-118 メバロン酸を生産する大腸菌の増殖期における^<13>C 代謝フラックス解析(代謝工学,一般講演)
和田 圭介, 戸谷 吉博, 松田 史生, 清水 浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 67 p. 204-204 2015年
出版者・発行元：日本生物工学会
SSDesiga:エレメンタリーモード解析を利用した解空間に基づく代謝経路デザイン
戸谷吉博, 白木孝典, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 66th p. 133-133 2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
グリセロール単一炭素源における正確な代謝フラックス推定のための13C標識条件の検討
大橋秀伍, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 66th p. 133-133 2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
枯草菌ゲノム縮小株によるケミカル代替素材の生産
増田健太, 森本拓也, 戸谷吉博, 平沢敬, ONUMA Chumsakul, 石川周, 影山泰, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2014 2014年3月5日
定常期の枯草菌によるジピコリン酸生産における13C代謝フラックス解析
戸谷吉博, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 小笠原直毅, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2014 2014年3月5日
フラックスバランス解析に基づく有用物質生産微生物の構築
清水浩, 吉川勝徳, 古澤力, 平沢敬, 戸谷吉博, 松田史生
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 46th 2014年
エレメンタリーモード解析を利用した有用物質生産のための代謝経路デザイン
白木孝典, 戸谷吉博, 清水浩
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 Vol. 8th 2014年
定常期における有用物質生産を目的としたElementary mode analysisに基づく代謝デザイン
白木孝典, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 65th p. 56-56 2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における13C代謝フラックス解析
戸谷吉博, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 65th p. 55-55 2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
メタボロミクスデータを用いた代謝フラックス解析
清水浩, 松田史生, 平沢敬, 吉川勝徳, 戸谷吉博, 小野直亮, 古澤力
化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 45th 2013年8月16日
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における転写,代謝フラックス解析
戸谷吉博, 河崎優樹, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, ONUMA Chumsakul, 石川周, 大島拓, 影山泰, 尾崎克也, 小笠原直毅, 清水浩
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2013 2013年3月5日
高効率なバイオプロセスを実現する宿主細胞の創製に向けた枯草菌の代謝解析
平沢敬, 戸谷吉博, 河崎優樹, 白木孝典, 清水浩
化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM) Vol. 78th 2013年2月17日
ダイナミックモデルを用いたメタボロミクスの評価系の構築
小野直亮, 犬石浩嗣, 戸谷吉博, 清水浩
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 64th p. 218-218 2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
2Ap10 Systems metabolic engineering : Rational design of microbial cell factories(Bio-Based Production) :
SHIMIZU Hiroshi, FURUSAWA Chikara, HIRASAWA Takashi, ONO Naoaki, YOSHIKAWA Katsunori, TOYA Yoshihiro
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 64 p. 46-46 2012年
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝工学 代謝工学の創成と発展-代謝解析とオミクス研究との融合
清水浩, 古澤力, 古澤力, 平沢敬, 吉川勝徳, 小野直亮, 戸谷吉博, 白井智量
生物工学会誌 Vol. 90 No. 10 p. 619-620 2012年
出版者・発行元：日本生物工学会
複数炭素源における枯草菌の13C代謝フラックス解析
河崎優樹, 戸谷吉博, 平沢敬, 清水浩
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) Vol. 35th 2012年
Ribosome profilingと抗生物質の特性を利用した大腸菌翻訳開始部位の再アノテーション
中東憲治, 戸谷吉博, 中屋敷徹, 志波優, 吉川博文, 森浩禎, 冨田勝
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) Vol. 35th 2012年
汎用的高効率バイオプロセス細胞の創製を目的とした枯草菌の代謝デザインと評価
戸谷吉博, 河崎優樹, 白木孝典, 平沢敬, 清水浩, CHATSURACHAI Sunisa
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) Vol. 35th 2012年
13CO2を用いた経時的メタボローム解析によるオイル産生微細藻の代謝解析
伊藤卓朗, 戸谷吉博, 杉本昌弘, 阿野嘉孝, 藏野憲秀, 曽我朋義, 冨田勝
藻類 Vol. 59 No. 1 2011年3月10日
大腸菌多重遺伝子欠損株の解析によって明らかになった中心炭素代謝の新経路
中東憲治, 戸谷吉博, 石井伸佳, 曽我朋義, 長谷川美紀, 渡辺寿美, 高井幸, 本間雅之, 森浩禎, 冨田勝
日本ゲノム微生物学会年会要旨集 Vol. 4th 2010年3月4日
栄養欠乏状態におけるがん細胞のメタボロミクス
紙健次郎, 冨塚江利子, 戸谷吉博, 北潔, 江角浩安, 曽我朋義, 冨田勝
生化学 2010年
栄養欠乏状態におけるがん細胞のメタボロミクス
紙健次郎, 冨塚江利子, 戸谷吉博, 北潔, 江角浩安, 曽我朋義, 冨田勝
生化学 2010年
増殖,非増殖状態におけるタンパク質ターンオーバーの環境変化に伴う変化
中東憲治, 石濱泰, 戸谷吉博, 冨田勝
生化学 2010年
メタボローム解析による栄養飢餓状態におけるがん細胞のエネルギー代謝の解明
紙健次郎, 冨塚江利子, 戸谷吉博, 北潔, 江角浩安, 曽我朋義
生化学 2009年9月25日
生命に係わる化学物質・反応 細胞のエネルギー代謝(解糖系,クエン酸回路,電子伝達系)
戸谷吉博
化学と教育 Vol. 57 No. 9 p. 434-437 2009年9月20日
出版者・発行元：公益社団法人 日本化学会
CE‐TOFMSを利用した13C代謝流束解析と回分培養での代謝の時間変化解析
戸谷吉博, 石井伸佳, 中東憲治, 平沢敬, 曽我朋義, 冨田勝, 清水和幸
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 61st p. 96-96 2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
メタボローム解析による栄養欠乏状態におけるがん細胞の新奇エネルギー代謝機構の解明
紙健次郎, 冨塚江利子, 戸谷吉博, 北潔, 江角浩安, 曽我朋義, 冨田勝
日本分子生物学会年会講演要旨集 Vol. 32nd No. Vol.2 2009年
システムバイオロジー―解析データ応用の第2ステージへ―微生物代謝のシステムバイオロジー―オミックス解析からシミュレーションへ―
戸谷吉博, 石井伸佳, 冨田勝
Bio Ind Vol. 25 No. 12 p. 44-51 2008年12月12日
CE‐TOF/MSを利用した13C代謝流束解析の回分培養への応用
戸谷吉博, 石井伸佳, 平沢敬, 曽我朋義, 冨田勝, 清水和幸
生化学 2008年
メタボローム解析による新規抗腫瘍性物質キガマイシンの毒性作用機序の解明
紙健次郎, 戸谷吉博, 冨塚江利子, 金原左京, 北潔, 江角浩安, 曽我朋義, 冨田勝
生化学 2008年
マルチオミクスによる大腸菌の遺伝・環境変化に対する応答解析
石井伸佳, 中東憲治, 馬場知哉, ROBERT Martin, 曽我朋義, 金井昭夫, 平沢敬, 那波幹, 平井健太, HOQUE Aminul, HO Pei Yee, 嘉数勇二, 菅原香織, 五十嵐沙織, 原田諭, 増田豪, 杉山直幸, 柚木克之, 荒川和晴, 岩田那由太, 戸谷吉博, 中山洋一, 西岡孝明, 清水和幸, 森浩禎, 冨田勝
生化学 2008年
多重変異株のフェノーム解析による中心炭素代謝経路の未知ネットワーク探索
中東憲治, 石井伸佳, 戸谷吉博, 曽我朋義, 長谷川美紀, 渡辺寿美, 森浩禎, 冨田勝
生化学 2008年
大腸菌代謝ネットワークのmulti‐omics解析
石井伸佳, 中東憲治, 馬場知哉, ROBERT Martin, 曽我朋義, 金井昭夫, 平沢敬, 那波幹, 平井健太, HOQUE Aminul, HO Pei Yee, 嘉数勇二, 菅原香織, 五十嵐沙織, 原田諭, 増田豪, 杉山直幸, 富樫貴, 長谷川美紀, 高井幸, 柚木克之, 柚木克之, 荒川和晴, 岩田那由太, 戸谷吉博, 中山洋一
高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第6回連携研究会 理研シンポジウム 平成19年 p. 12-13 2007年
網羅的ハイスループット解析による大腸菌の遺伝的・環境的変動への応答の観測
石井伸佳, 中東憲治, 馬場知哉, ROBERT Martin, 曽我朋義, 金井昭夫, 平沢敬, 那波幹, 平井健太, HOQUE Aminul, HO Pei Yee, 嘉数勇二, 菅原香織, 五十嵐沙織, 原田諭, 増田豪, 杉山直幸, 柚木克之, 荒川和晴, 岩田那由太, 戸谷吉博, 中山洋一, 西岡孝明, 清水和幸
生化学 2007年
大腸菌ダイナミックモデル構築に向けての代謝スナップショットの網羅的収集
石井伸佳, 馬場知哉, 曽我朋義, 金井昭夫, 中東憲治, 富樫貴, 平沢敬, 那波幹, 平井健太, HOQUE Aminul, 嘉数勇二, 菅原香織, 五十嵐沙織, 原田諭, 増田豪, 杉山直幸, ROBERT Martin, 柚木克之, 荒川和晴, 岩田那由太, 戸谷吉博, 中山洋一, 萩谷聡子, 吉野昌孝, 西岡孝明, 清水和幸, 森浩禎, 冨田勝
日本分子生物学会年会講演要旨集 Vol. 28th 2005年11月25日
同位体標識を利用した代謝流束解析のためのソフトウェアシステムの開発
戸谷吉博, 石井伸佳, 清水和幸, 冨田勝
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 27th 2004年11月25日
動的/静的ハイブリッドシミュレーションアルゴリズムを用いた大腸菌主要代謝経路のモデリング
石井伸佳, 戸谷吉博, 落海雅仁, 中山洋一, 冨田勝
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 26th 2003年11月25日
微生物を用いた有用物質生産技術の開発
戸谷 吉博, 清水 浩
技術情報協会 2024年6月
ISBN: 9784867980231
微生物を活用した有用物質の製造技術
戸谷 吉博, 松田 史生, 石井 純, 原 清敬, 監修 蓮沼誠久
シーエムシー出版 2023年5月
ISBN: 9784781317403
代謝工学的アプローチに基づくギ酸資化大腸菌の開発
戸谷吉博
日本農芸化学会2025年度大会 2025年3月6日
シミュレーションに基づく代謝経路の合理的設計
戸谷吉博
JBA バイオエンジニアリング研究会小委員会 2024年11月19日
Metabolic reactivation for efficient microbial productions using optogenetic tools
Yoshihiro Toya
i-BioN 2024 2024年11月8日
Optogenetic technologies for microbial metabolic engineering
Yoshihiro Toya
Northeast Asian Symposium 2024 2024年9月10日
光を利用した新しい微生物バイオプロセスの開発（+α）
戸谷吉博
関西バイオものづくりオンライン月例発表会 2024年8月27日
Microbial metabolic engineering using optogenetic tools
Yoshihiro Toya
Enzymes & Photosynthesis – key for a green and sustainable future – 2024年5月16日
光を利用して微生物の代謝の流れを制御するための技術開発
戸谷吉博
JPC関西･ABPI研勉強会 2023年12月8日
微生物を利用した物質生産のための代謝経路設計とフラックス分布制御
戸谷吉博
有用物質生産(7), JACI 2023年10月26日
様々な光環境におけるシアノバクテリアの中枢代謝ロジスティクスの解析
戸谷吉博
日本植物学会第87回大会 2023年9月7日
Systems biology of Synechocystis sp. PCC 6803 and its applications in metabolic engineering
Metalloenzymes – cofactor assembly, catalytic mechanism and redox partners 2022年11月29日
Optogenetic approaches for efficient microbial bio-productions
Yoshihiro Toya
2022 KSBB Fall Meeting and International Symposium 2022年9月30日
微生物共培養のためのリアクター制御装置の開発
戸谷 吉博
Laboratory Automation月例勉強会 2022年1月29日
微生物を利用した有用物質生産のためのシミュレーションに基づく代謝経路設計
戸谷吉博
第68回日本放線菌学会学術講演会 2021年11月19日
光誘導スイッチによる細胞の代謝の流れのコントロール
戸谷 吉博
"未来へのバイオ技術" 勉強会「遠隔・自動化・制御」 JBAバイオインダストリー協会主催 2021年6月28日
微生物の中枢代謝経路フラックスを制御するための技術
戸谷 吉博
関西スマートセルフォーラム2021 2021年3月10日
Optogenetic control of the central carbon metabolism in Escherichia coli
Toya Y
The 22nd Academic Exchange Seminar Between Shanghai Jiao Tong University and Osaka University 2020年11月27日
フラックスバランス解析を利用した増殖連動型物質生産のための代謝設計とその応用
戸谷 吉博
2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会 2020年9月2日
Light-inducible flux control of the central carbon metabolism in Escherichia coli
Toya Y
ASBA2019 2019年10月29日
大腸菌の代謝経路のフラックス比が物質生産に及ぼす影響
戸谷 吉博, 鎌田 健太郎, 妹尾 幸枝, Tandar Sebastian Tommi, 清水 浩
第12回メタボロームシンポジウム 2018年10月19日
13C代謝フラックス解析に基づくメバロン酸生産大腸菌の評価
戸谷 吉博, 増田 亜美, 和田 圭介, 徳山 健斗, 坂野 聡美, 吉川 勝徳, 松田 史生, 清水 浩
第11回メタボロームシンポジウム 2017年11月14日
Flux measurement and control techniques for efficient bio-production in Escherichia coli
Yoshihiro Toya
International Workshop "Integration of Synthetic Biology and Systems Biology of Microbes 2016年3月18日
in silico 代謝デザインプラットフォームの開発
戸谷吉博
学振第160委員会（第5期）第1回研究会 2016年3月4日
微生物の代謝を観測・デザインするための技術とその応用
戸谷吉博
第9回日本ゲノム微生物学会年会 2015年3月7日
枯草菌変異株及びその利用
増田 健太, 劉 生浩, 影山 泰, 清水 浩, 戸谷 吉博
特許第6760757号
出願日:2016/04/28
登録日:2020/09/07
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法
劉 生浩, 森本 拓也, 清水 浩, 戸谷 吉博, 平沢 敬
特許第6527669号
出願日:2014/05/12
登録日:2019/05/17
発酵プロセス利用による有用物質の製造方法
原 清敬, 原 陽子, 戸谷 吉博, 松田 史生, 鎌田 健太郎, 田中 涼
WO2020-050113
出願日:2019/08/28
ロドプシンの新規変異体
原 清敬, 原(弘埜) 陽子, 伊藤 創平, 中野 祥吾, 佐藤 良樹, 川崎 真由, 松田 史生, 戸谷 吉博, 清家 泰介, 大塚 健介
出願日:2022/10/07
組み換え体及びスクアレンの製造方法
浅野 真菜, 久野 斉, 永久保 雅夫, 清水 浩, 松田 史生, 戸谷 吉博, 神田 義貴
出願日:2017/09/05
藻類及び藻類の製造方法
戸谷 吉博, 清水 浩, 吉川 勝徳, 松迫 卓也, 松田 史生, 永久保 雅夫
出願日:2016/07/27
枯草菌変異株及びその利用
増田 健太, 劉 生浩, 影山 泰, 清水 浩, 戸谷 吉博
出願日:2016/04/28
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法
劉 生浩, 増田 健太, 影山 泰, 清水 浩, 戸谷 吉博
出願日:2016/04/28
藻類及び藻類の製造方法
永久保 雅夫, 清水 浩, 吉川 勝徳, 小川 健一, 戸谷 吉博, 松田 史生
出願日:2016/04/07
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法
劉 生浩, 森本 拓也, 清水 浩, 戸谷 吉博, 平沢 敬
出願日:2014/05/12
枯草菌変異株及びそれを用いたポリ−γ−グルタミン酸の製造方法
増田 健太, 森本 拓也, 清水 浩, 戸谷 吉博, 平沢 敬
出願日:2014/05/09
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法
森本 拓也, 増田 健太, 清水 浩, 戸谷 吉博, 平沢 敬
出願日:2014/02/25
大腸菌 光でパワーアップ
2022年5月2日
微細藻類シアノバクテリアが強い光でも生育できる遺伝子
2021年4月9日
微細藻類、強い光でも生育
2021年3月18日
大腸菌の反応 光で調節
2019年9月6日
大腸菌の代謝経路 光で制御可能に
2019年7月8日
微生物の代謝 光で制御
2019年7月4日
大腸菌の代謝経路 光でオン・オフ
2019年6月25日
¹³C-metabolic flux analysis of respiratory chain disrupted strain ΔndhF1 of Synechocystis sp. PCC 6803
Wada Keisuke, Toya Yoshihiro, Matsuda Fumio, Shimizu Hiroshi
Applied Biochemistry and Biotechnology 2025年1月15日
A genome-scale metabolic model of a globally disseminated hyperinvasive M1 strain of Streptococcus pyogenes
Hirose Yujiro, Zielinski Daniel C., Poudel Saugat, Rychel Kevin, Baker Jonathon L., Toya Yoshihiro, Yamaguchi Masaya, Heinken Almut, Thiele Ines, Kawabata Shigetada, Palsson Bernhard O., Nizet Victor
mSystems Vol. 9 No. 9 2024年9月17日
