keyword バイオインフォマティクス，ゲノム情報解析，遺伝子ネットワーク
神戸大学 大学院自然科学研究科 システム科学専攻
1984年4月 ～ 1987年3月
神戸大学 大学院工学研究科 システム工学専攻
1982年4月 ～ 1984年3月
神戸大学 理学部 物理学科
1978年4月 ～ 1982年3月
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会 主査 その他
2017年10月 ～ 継続中
東洋紡バイオテクノロジー研究財団 評議員 その他
2013年5月 ～ 継続中
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター 運営委員 その他
2011年10月 ～ 継続中
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 理事 学協会
2023年4月 ～ 2025年3月
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 理事 学協会
2019年4月 ～ 2022年3月
日本学術振興会学術システム研究センター 専門研究員 その他
2016年4月 ～ 2019年3月
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 理事長 学協会
2011年12月 ～ 2013年3月
日本バイオインフォマティクス学会 会長 学協会
2010年4月 ～ 2011年12月
日本バイオインフォマティクス学会 副会長 学協会
2008年4月 ～ 2010年3月
情報処理学会
日本バイオインフォマティクス学会
情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用優秀論文賞
長村徹, 瀬尾茂人, 藤本健二, 繁田浩功, 松田秀雄 情報処理学会 2025年6月
大阪大学賞 教育貢献部門
超域イノベーション博士課程プログラム 大阪大学 2024年11月
日本バイオインフォマティクス学会賞
松田秀雄 日本バイオインフォマティクス学会 2024年10月
BBB論文賞
Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto 日本農芸化学会 2021年3月
シニア会員
情報処理学会 2014年9月
論文賞
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda 情報処理学会 2014年6月
Best Paper Award
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda Asia-Pacific Bioinformatics Conference 2012 2012年1月
論文賞
瀧浩平, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄 情報科学技術フォーラム 2004年9月
学術奨励賞
情報処理学会 1986年10月
Exploration of Key Signals in Alopecia Areata by Cell-Cell Interaction Analysis
Ayaka Mori-Ichioka, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
International Journal of Pharma Medicine and Biological Sciences Vol. 14 No. 2 p. 75-79 2025年6月 研究論文（学術雑誌）
IRSN-23 gene diagnosis enhances breast cancer subtype classification and predicts response to neoadjuvant chemotherapy: new validation analyses.
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Yasuto Naoi, Keiichiro Honma, Masafumi Shimoda, Tomonori Tanei, Hideo Matsuda, Kenzo Shimazu
Breast cancer (Tokyo, Japan) 2025年3月24日 研究論文（学術雑誌）
Inference of Cell–Cell Interactions Through Spatial Transcriptomics Data Using Graph Convolutional Neural Networks
Takahiro Hiura, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
Parallel and Distributed Processing Techniques (CSCE 2024) p. 139-152 2025年3月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Gene Fusion Detection in Long-Read Transcriptome Datasets from Multiple Cancer Cell Lines
Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda
Frontiers in Bioscience-Landmark Vol. 29 No. 12 2024年12月11日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：IMR Press
Communication Analysis between Human Hair-Follicles and Immune Cells with Single-cell RNA-seq
Ayaka Mori-Ichioka, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2024 11th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering p. 248-252 2024年11月8日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Quantifying the recovery process of skeletal muscle on hematoxylin and eosin stained images via learning from label proportion
Yu Yamaoka, Weng Ian Chan, Shigeto Seno, Kanako Iwamori, So-ichiro Fukada, Hideo Matsuda
Scientific Reports Vol. 14 No. 1 2024年11月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
Effect of applying Lactiplantibacillus plantarum subsp. plantarum N793 to the scalps of men and women with thinning hair: a randomized, double-blind, placebo-controlled, parallel-group study
Ayaka Mori-Ichioka, Yosuke Sunada, Takashi Koikeda, Hideo Matsuda, Shinji Matsuo
Bioscience of Microbiota, Food and Health Vol. 43 No. 3 p. 192-203 2024年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：BMFH Press
Microcirculatory disturbance in acute liver injury is triggered by IFNγ-CD40 axis
Miho Kurokawa, Takeshi Goya, Motoyuki Kohjima, Masatake Tanaka, Sadahiro Iwabuchi, Shigeyuki Shichino, Satoshi Ueha, Tomonobu Hioki, Tomomi Aoyagi, Motoi Takahashi, Koji Imoto, Shigeki Tashiro, Hideo Suzuki, Masaki Kato, Shinichi Hashimoto, Hideo Matsuda, Kouji Matsushima, Yoshihiro Ogawa
Journal of Inflammation Vol. 21 No. 1 2024年6月21日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
A Novel Approach to Detection Algorithms for Artifacts in Clinical Endoscopy
Seiryo Watanabe, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 17 p. 18-26 2024年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Information Processing Society of Japan
High HER2 Intratumoral Heterogeneity Is a Predictive Factor for Poor Prognosis in Early-Stage and Locally Advanced HER2-Positive Breast Cancer
Tomonori Tanei, Shigeto Seno, Yoshiaki Sota, Takaaki Hatano, Yuri Kitahara, Kaori Abe, nanae masunaga, Masami Tsukabe, Tetsuhiro Yoshinami, Tomohiro Miyake, Masafumi Shimoda, Hideo Matsuda, Kenzo Shimazu
Cancers Vol. 16 No. 5 2024年3月 研究論文（学術雑誌）
Accurate Detection of Fusion Genes in Long-Read Transcriptome Datasets from Multiple Cancer Cell Lines
Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2024 14th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics p. 7-13 2024年3月1日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Detecting Fusion Genes in Long-Read Transcriptome Sequencing Data with FUGAREC
Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 17 p. 1-9 2024年2月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Information Processing Society of Japan
Synthetic model ecosystem of 12 cryopreservable microbial species allowing for a noninvasive approach.
Kazufumi Hosoda, Shigeto Seno, Naomi Murakami, Hideo Matsuda, Yutaka Osada, Rikuto Kamiura, Michio Kondoh
Bio Systems Vol. 235 p. 105087-105087 2023年11月19日 研究論文（学術雑誌）
動画像シミュレータを介した強化学習による 細胞追跡手法
長村徹, 瀬尾茂人, 藤本健二, 繁田浩功, 松田秀雄
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 Vol. 16 No. 2 p. 11-22 2023年10月 研究論文（学術雑誌）
Cell Tracking via Reinforcement Learning with Microscopic Image Simulator
Toru Nagamura, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology p. 16-22 2023年6月15日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Pseudotime-based Deep Learning of Gene Regulatory Relationships from Single-Cell Expression Data
Koki Nishi, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology p. 56-62 2023年6月15日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
A Cell Tracking Method for Dynamic Analysis of Immune Cells Based on Deep Learning
Aya Watanabe, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
International Journal of Machine Learning Vol. 13 No. 2 p. 64-69 2023年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：EJournal Publishing
A Novel Method for Fusion Gene Detection using Both End-Fragment Sequences of Long Reads
Keigo Masuda, Yoshiaki Sota, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2022 9th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering p. 88-92 2022年11月10日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Inference of Cell-Cell Communication for Detecting Immune Disease-Associated Signaling Pathways using Single-Cell RNA-seq
Akihiro Nomura, Hideo Matsuda
Proceedings of the 2022 9th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering p. 74-80 2022年11月10日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Myeloid cell-specific ablation of Runx2 gene exacerbates post-infarct cardiac remodeling.
Masashi Tomimatsu, Kotaro Matsumoto, Moe Ashizuka, Shohei Kumagai, Shota Tanaka, Takafumi Nakae, Kosei Yokota, Shunsuke Kominami, Ryota Kajiura, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Aki Shiraishi, Takaya Abe, Hideo Matsuda, Yoshiaki Okada, Makiko Maeda, Shigeto Seno, Masanori Obana, Yasushi Fujio
Scientific Reports Vol. 12 No. 1 p. 16656-16656 2022年10月5日 研究論文（学術雑誌）
Identification of Lineage Markers for T Cell Immune Dysregulation in Sarcoidosis Using Single-Cell RNA-seq
Akihiro Nomura, Hideo Matsuda
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Vol. 12 No. 4 p. 63-70 2022年10月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：International Academy Publishing
MPP6 stimulates both RRP6 and DIS3 to degrade a specified subset of MTR4-sensitive substrates in the human nucleus.
Naoko Fujiwara, Maki Shigemoto, Mizuki Hirayama, Ken-Ichi Fujita, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Masami Nagahama, Seiji Masuda
Nucleic Acids Research Vol. 50 No. 15 p. 8779-8806 2022年7月29日 研究論文（学術雑誌）
A Novel Method for Gene Regulatory Network Inference with Pseudotime Data Using Information Criterion
Shuhei Yao, Kaito Uemura, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
International Jounral of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Vol. 12 No. 3 p. 43-52 2022年7月 研究論文（学術雑誌）
Detection of Biomarkers for Epithelial-Mesenchymal Transition with Single-Cell Trajectory Inference
Kosho Murayama, Hideo Matsuda
Frontiers in Bioscience-Landmark Vol. 27 No. 4 p. 127-127 2022年4月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：IMR Press
A Method for Detection of Markers for Epithelial-Mesenchymal Transition based on Single Cell Transcriptomic Data
Kosho Murayama, Hideo Matsuda
International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB) p. 57-62 2022年1月7日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ACM
Osteoclasts adapt to physioxia perturbation through DNA demethylation
Keizo Nishikawa, Shigeto Seno, Toshitada Yoshihara, Ayako Narazaki, Yuki Sugiura, Reito Shimizu, Junichi Kikuta, Reiko Sakaguchi, Norio Suzuki, Norihiko Takeda, Hiroaki Semba, Masamichi Yamamoto, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Yasuhiro Kobayashi, Makoto Suematsu, Haruhiko Koseki, Hideo Matsuda, Masayuki Yamamoto, Seiji Tobita, Yasuo Mori, Masaru Ishii
EMBO reports Vol. 22 No. e53035 2021年10月18日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：EMBO
SC-JNMF: single-cell clustering integrating multiple quantification methods based on joint non-negative matrix factorization
Mikio Shiga, Shigeto Seno, Makoto Onizuka, Hideo Matsuda
PeerJ Vol. 9 p. e12087-e12087 2021年8月27日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
A CNN-based cell tracking method for multi-slice intravital imaging data
Kenji Fujimoto, Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Vineet Bafna, Hideo Matsuda
Proceedings of the 12th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics No. 35 p. 1-7 2021年8月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：
Detecting Lineage-Specific Marker Genes for Tumor Evolution Based on Single Cell Transcriptome
Kosho Murayama, Hideo Matsuda
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Vol. 11 No. 3 p. 50-57 2021年7月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
SLPI is a critical mediator that controls PTH-induced bone formation
Akito Morimoto, Junichi Kikuta, Keizo Nishikawa, Takao Sudo, Maki Uenaka, Masayuki Furuya, Tetsuo Hasegawa, Kunihiko Hashimoto, Hiroyuki Tsukazaki, Shigeto Seno, Akira Nakamura, Daisuke Okuzaki, Fuminori Sugihara, Akinori Ninomiya, Takeshi Yoshimura, Ryoko Takao-Kawabata, Hideo Matsuda, Masaru Ishii
Nature Communications Vol. 12 No. 1 p. 2136-2136 2021年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Determining homologous recombination deficiency scores with whole exome sequencing and their association with responses to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer
Seung Jin Kim, Yoshiaki Sota, Yasuto Naoi, Keiichiro Honma, Naofumi Kagara, Tomohiro Miyake, Masafumi Shimoda, Tomonori Tanei, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Shinzaburo Noguchi, Kenzo Shimazu
Translational Oncology Vol. 14 No. 2 p. 100986-100986 2021年2月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Glycerol kinase stimulates uncoupling protein 1 expression by regulating fatty acid metabolism in beige adipocytes.
Mari Iwase, Soshi Tokiwa, Shigeto Seno, Takako Mukai, Yu-Sheng Yeh, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Sigenobu Matsumura, Tatsuya Kusudo, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto
The Journal of biological chemistry Vol. 295 No. 20 p. 7033-7045 2020年5月15日 研究論文（学術雑誌）
Anti-Inflammatory and Antioxidative Properties of Isoflavones Provide Renal Protective Effects Distinct from Those of Dietary Soy Proteins against Diabetic Nephropathy.
Huei-Fen Jheng, Kanako Hayashi, Yasuki Matsumura, Teruo Kawada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Wataru Nomura, Haruya Takahashi, Tsuyoshi Goto
Molecular nutrition & food research Vol. 64 No. 10 2020年5月 研究論文（学術雑誌）
Tracking and Analysis of FUCCI-Labeled Cells Based on Particle Filters and Time-to-Event Analysis
Kenji Fujimoto, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics Vol. 10 No. 2 p. 94-109 2020年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
In vivo dynamic analysis of BMP-2-induced ectopic bone formation
Kunihiko Hashimoto, Takashi Kaito, Masayuki Furuya, Shigeto Seno, Daisuke Okuzaki, Junichi Kikuta, Hiroyuki Tsukazaki, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii
Scientific Reports Vol. 10 No. 1 2020年3月16日 研究論文（学術雑誌）
Long non-coding RNA 2310069B03Rik functions as a suppressor of Ucp1 expression under prolonged cold exposure in murine beige adipocytes.
Mari Iwase, Shoko Sakai, Shigeto Seno, Yu-Sheng Yeh, Tony Kuo, Haruya Takahashi, Wataru Nomura, Huei-Fen Jheng, Paul Horton, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Kazuo Inoue, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto
Bioscience, biotechnology, and biochemistry Vol. 84 No. 2 p. 305-313 2020年2月 研究論文（学術雑誌）
URH49 exports mRNA by remodeling complex formation and mediating the NXF1-dependent pathway.
Ken-Ichi Fujita, Tomohiro Yamazaki, Kotaro Harada, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Seiji Masuda
Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms Vol. 1863 No. 2 p. 194480-194480 2020年1月7日 研究論文（学術雑誌）
Thrombomodulin induces anti-inflammatory effects by inhibiting the rolling adhesion of leukocytes in vivo
Shino Nishizawa, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Masahiro Kajiki, Ryuichi Tsujita, Hiroki Mizuno, Takao Sudo, Tomoka Ao, Hideo Matsuda, Masaru Ishii
Journal of Pharmacological Sciences Vol. 1347-8613 No. 20 p. 30002-30005 2020年1月 研究論文（学術雑誌）
Single-cell transcriptome analysis of mouse leukocytes in inflammatory stimulation
Naoki Osato, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) p. 1229-1231 2019年11月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：
Analyzing Leukocyte Migration Trajectories by Deformable Image Matching
Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Shino Nishizawa, Yutaka Uchida, Junichi Kikuta, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
IEEE 19th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE) p. 94-98 2019年10月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
生体蛍光観察動画像の深度を考慮した深層学習による細胞追跡精度の改善
嶋田 彩人, 瀬尾 茂人, 繁田 浩功, 間下 以大, 内田 穣, 石井 優, 松田 秀雄
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM） Vol. 12 No. 2 p. 82-91 2019年7月 研究論文（学術雑誌）
Improvement of detection performance of fusion genes from RNA-seq data by clustering short reads
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzabro Noguchi, Hideo Matsuda
Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol. 17 No. 3 p. 1940008-1940008 2019年6月 研究論文（学術雑誌）
In vivo Multicolor Imaging with Fluorescent Probes Revealed the Dynamics and Function of Osteoclast Proton Pumps
Masafumi Minoshima, Junichi Kikuta, Yuta Omori, Shigeto Seno, Riko Suehara, Hiroki Maeda, Hideo Matsuda, Masaru Ishii, Kazuya Kikuchi
ACS Central Science Vol. 5 No. 6 p. 1059-1066 2019年6月 研究論文（学術雑誌）
DNN Models And Postprocessing Thresholds For Endoscopy Artifact Detection In Practice
Seiryo Watanabe, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
CEUR Workshop Proceedings: the 2019 Challenge on Endoscopy Artefacts Detection (EAD2019) 2019年5月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Asymmetric Integration of Single-Cell Transcriptomic Data using Latent Dirichlet Allocation and Procrustes Analysis
Mitsuhiro Eto, Wataru Hirota, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) p. 2129-2135 2018年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：
Roles of Enhancer RNAs in RANKL-induced Osteoclast Differentiation Identified by Genome-wide Cap-analysis of Gene Expression using CRISPR
Yukako Sakaguchi, Keizo Nishikawa, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Hiroshi Takayanagi, Masaru Ishii
Scientific Reports Vol. 8 No. 1 2018年12月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Nature Publishing Group
The dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitor teneligliptin enhances brown adipose tissue function, thereby preventing obesity in mice
Kenichiro Takeda, Honami Sawazaki, Haruya Takahashi, Yu-Sheng Yeh, Huei-Fen Jheng, Wataru Nomura, Takeshi Ara, Nobuyuki Takahashi, Shigeto Seno, Naoki Osato, Hideo Matsuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto
FEBS Open Bio Vol. 8 No. 11 p. 1782-1793 2018年9月 研究論文（学術雑誌）
Automated transition analysis of activated gene regulation during diauxic nutrient shift in Escherichia coli and adipocyte differentiation in mouse cells
Yoichi Takenaka, Kazuma Mikami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
BMC Bioinformatics Vol. 19 No. 89 p. 49-59 2018年5月8日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：BioMed Central Ltd.
A Phytol-Enriched Diet Activates PPAR-α in the Liver and Brown Adipose Tissue to Ameliorate Obesity-Induced Metabolic Abnormalities
Ji-Yeong An, Huei-Fen Jheng, Hiroyuki Nagai, Kohei Sanada, Haruya Takahashi, Mari Iwase, Natsumi Watanabe, Young-Il Kim, Aki Teraminami, Nobuyuki Takahashi, Rieko Nakata, Hiroyasu Inoue, Shigeto Seno, Hideo Mastuda, Teruo Kawada, Tsuyoshi Goto
Molecular Nutrition & Food Research Vol. 62 No. 6 2018年3月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Chromatin 3D reconstruction from chromosomal contacts using a genetic algorithm
Viacheslav Kapilevich, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yoichi Takenaka
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Vol. 16 No. 5 p. 1-1 2018年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Direct cell–cell contact between mature osteoblasts and osteoclasts dynamically controls their functions in vivo
Masayuki Furuya, Junichi Kikuta, Sayumi Fujimori, Shigeto Seno, Hiroki Maeda, Mai Shirazaki, Maki Uenaka, Hiroki Mizuno, Yoriko Iwamoto, Akito Morimoto, Kunihiko Hashimoto, Takeshi Ito, Yukihiro Isogai, Masafumi Kashii, Takashi Kaito, Shinsuke Ohba, Ung-il Chung, Alexander C. Lichtler, Kazuya Kikuchi, Hideo Matsuda, Hideki Yoshikawa, Masaru Ishii
Nature Communications Vol. 9 No. 1 p. 300-300 2018年1月19日 研究論文（学術雑誌）
Detection of Fusion Genes from Human Breast Cancer Cell-line RNA-Seq Data Using Shifted Short Read Clustering
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda
PROCEEDINGS 2018 IEEE 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING (BIBE) p. 159-162 2018年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Diagnostic Assessment of Deep Learning Algorithms for Detection of Lymph Node Metastases in Women With Breast Cancer
Babak Ehteshami Bejnordi, Mitko Veta, Paul Johannes van Diest, Bram van Ginneken, Nico Karssemeijer, Geert Litjens, Jeroen A. W. M. van der Laak, Meyke Hermsen, Quirine F Manson, Maschenka Balkenhol, Oscar Geessink, Nikolaos Stathonikos, Marcory CRF van Dijk, Peter Bult, Francisco Beca, Andrew H Beck, Dayong Wang, Aditya Khosla, Rishab Gargeya, Humayun Irshad, Aoxiao Zhong, Qi Dou, Quanzheng Li, Hao Chen, Huang-Jing Lin, Pheng-Ann Heng, Christian Haß, Elia Bruni, Quincy Wong, Ugur Halici, Mustafa Ümit Öner, Rengul Cetin-Atalay, Matt Berseth, Vitali Khvatkov, Alexei Vylegzhanin, Oren Kraus, Muhammad Shaban, Nasir Rajpoot, Ruqayya Awan, Korsuk Sirinukunwattana, Talha Qaiser, Yee-Wah Tsang, David Tellez, Jonas Annuscheit, Peter Hufnagl, Mira Valkonen, Kimmo Kartasalo, Leena Latonen, Pekka Ruusuvuori, Kaisa Liimatainen, Shadi Albarqouni, Bharti Mungal, Ami George, Stefanie Demirci, Nassir Navab, Seiryo Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Hady Ahmady Phoulady, Vassili Kovalev, Alexander Kalinovsky, Vitali Liauchuk, Gloria Bueno, M. Milagro Fernandez-Carrobles, Ismael Serrano, Oscar Deniz, Daniel Racoceanu, Rui Venâncio
The Journal of the American Medical Association Vol. 318 No. 22 p. 2199-2199 2017年12月12日 研究論文（学術雑誌）
Over-expression of PPARα in obese mice adipose tissue improves insulin sensitivity.
Takahashi H, Sanada K, Nagai H, Li Y, Aoki Y, Ara T, Seno S, Matsuda H, Yu R, Kawada T, Goto T
Biochemical and biophysical research communications Vol. 493 No. 1 p. 108-114 2017年11月 研究論文（学術雑誌）
Bone marrow cavity segmentation using graph-cuts with wavelet-based texture feature
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY Vol. 15 No. 5 p. 1740004-1-1740004-16 2017年10月 研究論文（学術雑誌）
The hepatokine FGF21 is crucial for peroxisome proliferator-activated receptor-α agonist-induced amelioration of metabolic disorders in obese mice
Tsuyoshi Goto, Mariko Hirata, Yumeko Aoki, Mari Iwase, Haruya Takahashi, Minji Kim, Yongjia Li, Huei-Fen Jheng, Wataru Nomura, Nobuyuki Takahashi, Chu-Sook Kim, Rina Yu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Megumi Aizawa-Abe, Ken Ebihara, Nobuyuki Itoh, Teruo Kawada
The Journal of Biological Chemistry Vol. 292 No. 22 p. 9175-9190 2017年6月 研究論文（学術雑誌）
A simple comparison of the extrinsic noise in gene expression between native and foreign regulations in Escherichia coli
Bei-Wen Ying, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS Vol. 486 No. 3 p. 852-857 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
Correlation between genome reduction and bacterial growth
Masaomi Kurokawa, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying
DNA RESEARCH Vol. 23 No. 6 p. 517-525 2016年12月 研究論文（学術雑誌）
A Bone Marrow Cavity Segmentation Method using Wavelet-based Texture Feature
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Junichi Kikutat, Shigeto Seno, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii
2016 23RD INTERNATIONAL CONFERENCE ON PATTERN RECOGNITION (ICPR) p. 2133-2138 2016年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Proinflammatory cytokine interleukin-1β suppresses cold-induced thermogenesis in adipocytes
Tsuyoshi Goto, Supaporn Naknukool, Rieko Yoshitake, Yuki Hanafusa, Soshi Tokiwa, Yongjia Li, Tomoya Sakamoto, Takahiro Nitta, Minji Kim, Nobuyuki Takahashi, Rina Yu, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Teruo Kawada
Cytokine Vol. 77 p. 107-114 2016年1月 研究論文（学術雑誌）
Comparative Analysis of Transformation Methods for Gene Expression Profiles in Breast Cancer Datasets
Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda
2016 IEEE 16TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOENGINEERING (BIBE) p. 328-333 2016年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Functional specialization in regulation and quality control in thermal adaptive evolution
Kazuma Yama, Yuki Matsumoto, Yoshie Murakami, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Kazuyoshi Gotoh, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo
GENES TO CELLS Vol. 20 No. 11 p. 943-955 2015年11月 研究論文（学術雑誌）
Detecting shifts in gene regulatory networks during time-course experiments at single-time-point temporal resolution
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol. 13 No. 5 2015年10月 研究論文（学術雑誌）
Evolutionary Consequence of a Trade-Off between Growth and Maintenance along with Ribosomal Damages
Bei-Wen Ying, Tomoya Honda, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Yasuaki Kazuta, Tetsuya Yomo
PLOS ONE Vol. 10 No. 8 2015年8月 研究論文（学術雑誌）
A Bone Marrow Recognition Method for Bone Tissue Images using Wavelet Transform
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Takeshi Kaneko, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii
2015年3月 研究論文（大学，研究機関等紀要）
グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割
宇佐見 潤, 繁田 浩功, 間下 以大, 黒田 嘉宏, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄, 竹村 治雄
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 Vol. 8 No. 1 p. 18-27 2015年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Directed evolution of cell size in Escherichia coli
Mari Yoshida, Saburo Tsuru, Naoko Hirata, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY Vol. 14 No. 1 2014年12月 研究論文（学術雑誌）
A Segmentation Method for Bone Marrow Cavity Image Using Graph-Cuts
Tomohiro Mashita, Jun Usami, Hironori Shigeta, Yoshihiro Kuroda, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Masaru Ishii, Hideo Matsuda, Haruo Takemura
2014年9月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Metagenome fragment classification based on multiple motif-occurrence profiles
Naoki Matsushita, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
PEERJ Vol. 2 No. e559 2014年9月 研究論文（学術雑誌）
A Graph Cuts Image Segmentation Method for Quantifying Barrier Permeation in Bone Tissue
Hironori Shigeta, Tomohiro Mashita, Takeshi Kaneko, Junichi Kikuta, Shigeto Senoo, Haruo Takemura, Hideo Matsuda, Masaru Ishii
2014 1st Workshop on Pattern Recognition Techniques for Indirect Immunofluorescence Images p. 16-19 2014年8月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：IEEE
Inference of TFRNs (2)
Hideo Matsuda
Methods in Molecular Biology Vol. 2014 p. 97-107 2014年5月6日 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer New York
Gene expression scaled by distance to the genome replication site
Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Shigeto Seno, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo
MOLECULAR BIOSYSTEMS Vol. 10 No. 3 p. 375-379 2014年 研究論文（学術雑誌）
複数時系列遺伝子発現プロファイルを利用した遺伝子制御ネットワーク推定の精度向上手法
渡邉之人, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 Vol. Vol.6, No.3, pp.151-162 No. 3 p. 151-162 2013年12月
混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法
瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用 Vol. 6 No. 3 p. 140-150 2013年12月 研究論文（学術雑誌）
Integrative prediction of miRNA-mRNA interactions from high-throughput sequencing data
Tomoshige Ohno, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
RECOMB/ISCB Conference on Regulatory and Systems Genomics, with DREAM Challenges 2013 2013年11月
An estimation method for a cellular-state-specific gene regulatory network along tree-structured gene expression profiles
Ryo Araki, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Gene Vol. 518 No. 1 p. 17-25 2013年4月10日 研究論文（学術雑誌）
Multilevel comparative analysis of the contributions of genome reduction and heat shock to the Escherichia coli transcriptome
Bei-Wen Ying, Shigeto Seno, Fuyuro Kaneko, Hideo Matsuda, Tetsuya Yomo
BMC GENOMICS Vol. 14 2013年1月 研究論文（学術雑誌）
Estimate Dynamic Gene Regulatory Networks in Adipocyte Differentiation for Detecting Changes of Gene Regulations by Splitting Time Course Data
Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012) 2012年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Automatic cell tracking for time-lapse fluorescent images of cell cycle
Shigeto Seno, Sakae Maeda, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
2012年10月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Estimation of Dynamic Gene Regulatory Networks for Cell Differentiation by Splitting Time Course Data
Tomoyoshi Nakayama, Yoshiyuki Kido, Hiromi Daiyasu, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
2012年10月
A cell-tracking method for time-lapse multicolor fluorescent images
Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
2012年9月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
An estimation method for inference of gene regulatory net-work using Bayesian network with uniting of partial problems
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology Vol. 13 2012年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Imperial College Press
A method for isoform prediction from RNA-seq data by iterative mapping
Tomoshige Ohno, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 5 p. 27-33 2012年 研究論文（学術雑誌）
An estimation method for inference of gene regulatory net-work using Bayesian network with uniting of partial problems
Yukito Watanabe, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
BMC GENOMICS Vol. 13 No. Suppl.1 2012年1月 研究論文（学術雑誌）
Inference of S-system models of gene regulatory networks using immune algorithm
Tomoyoshi Nakayama, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Journal of Bioinformatics and Computational Biology Vol. 9 No. Suppl.1 p. 75-86 2011年12月 研究論文（学術雑誌）
Perfect Hamming code with a hash table for faster genome mapping
Yoichi Takenaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
BMC GENOMICS Vol. 12 2011年11月 研究論文（学術雑誌）
細胞分化クロストークのモデル化と細胞分化クロストーク遺伝子の推定手法, 情報処理学会論文誌
吉澤陽志, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用 2011年11月 研究論文（学術雑誌）
Exploration of Potential Genomic Portraits Associated with Intrahepatic Recurrence in Human Hepatocellular Carcinoma
Nobuyoshi Kittaka, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Yutaka Takeda, Shogo Kobayashi, Shigeru Marubashi, Keizo Dono, Koji Umeshita, Hiroaki Nagano, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori, Yuichiro Doki
ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY Vol. 17 No. 12 p. 3145-3154 2010年12月 研究論文（学術雑誌）
A Metadata Management System for Composing Bioinformatics Workflows
Takuya Ishibashi, Yoshiyuki Kido, Takanori Fukumoto, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
9th International Conference on Bioinformatics (InCoB2010) 2010年9月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Gene Expression Profile Prospectively Predicts Peritoneal Relapse After Curative Surgery of Gastric Cancer
Atsushi Takeno, Ichiro Takemasa, Shigeto Seno, Makoto Yamasaki, Masaaki Motoori, Hiroshi Miyata, Kiyokazu Nakajima, Shuji Takiguchi, Yoshiyuki Fujiwara, Toshiro Nishida, Toshitsugu Okayama, Kenichi Matsubara, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, Morito Monden, Masaki Mori, Yuichiro Doki
ANNALS OF SURGICAL ONCOLOGY Vol. 17 No. 4 p. 1033-1042 2010年4月 研究論文（学術雑誌）
Improved prediction method for protein interactions using both structural and functional characteristics of proteins
Tatsuya Yoshikawa, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 3 No. 2 p. 10-23 2010年 研究論文（学術雑誌）
A Method for Efficient Execution of Bioinformatics Workflows
Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Genome Informatics Vol. 23 No. 1 p. 139-148 2009年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Gendoo: Functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary
Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH Vol. 37 p. W166-W169 2009年7月 研究論文（学術雑誌）
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.
Harukazu Suzuki, Alistair R R Forrest, Erik van Nimwegen, Carsten O Daub, Piotr J Balwierz, Katharine M Irvine, Timo Lassmann, Timothy Ravasi, Yuki Hasegawa, Michiel J L de Hoon, Shintaro Katayama, Kate Schroder, Piero Carninci, Yasuhiro Tomaru, Mutsumi Kanamori-Katayama, Atsutaka Kubosaki, Altuna Akalin, Yoshinari Ando, Erik Arner, Maki Asada, Hiroshi Asahara, Timothy Bailey, Vladimir B Bajic, Denis Bauer, Anthony G Beckhouse, Nicolas Bertin, Johan Björkegren, Frank Brombacher, Erika Bulger, Alistair M Chalk, Joe Chiba, Nicole Cloonan, Adam Dawe, Josee Dostie, Pär G Engström, Magbubah Essack, Geoffrey J Faulkner, J Lynn Fink, David Fredman, Ko Fujimori, Masaaki Furuno, Takashi Gojobori, Julian Gough, Sean M Grimmond, Mika Gustafsson, Megumi Hashimoto, Takehiro Hashimoto, Mariko Hatakeyama, Susanne Heinzel, Winston Hide, Oliver Hofmann, Michael Hörnquist, Lukasz Huminiecki, Kazuho Ikeo, Naoko Imamoto, Satoshi Inoue, Yusuke Inoue, Ryoko Ishihara, Takao Iwayanagi, Anders Jacobsen, Mandeep Kaur, Hideya Kawaji, Markus C Kerr, Ryuichiro Kimura, Syuhei Kimura, Yasumasa Kimura, Hiroaki Kitano, Hisashi Koga, Toshio Kojima, Shinji Kondo, Takeshi Konno, Anders Krogh, Adele Kruger, Ajit Kumar, Boris Lenhard, Andreas Lennartsson, Morten Lindow, Marina Lizio, Cameron Macpherson, Norihiro Maeda, Christopher A Maher, Monique Maqungo, Jessica Mar, Nicholas A Matigian, Hideo Matsuda, John S Mattick, Stuart Meier, Sei Miyamoto, Etsuko Miyamoto-Sato, Kazuhiko Nakabayashi, Yutaka Nakachi, Mika Nakano, Sanne Nygaard, Toshitsugu Okayama, Yasushi Okazaki, Haruka Okuda-Yabukami, Valerio Orlando, Jun Otomo, Mikhail Pachkov, Nikolai Petrovsky, Charles Plessy, John Quackenbush, Aleksandar Radovanovic, Michael Rehli, Rintaro Saito, Albin Sandelin, Sebastian Schmeier, Christian Schönbach, Ariel S Schwartz, Colin A Semple, Miho Sera, Jessica Severin, Katsuhiko Shirahige, Cas Simons, George St Laurent, Masanori Suzuki, Takahiro Suzuki, Matthew J Sweet, Ryan J Taft, Shizu Takeda, Yoichi Takenaka, Kai Tan, Martin S Taylor, Rohan D Teasdale, Jesper Tegnér, Sarah Teichmann, Eivind Valen, Claes Wahlestedt, Kazunori Waki, Andrew Waterhouse, Christine A Wells, Ole Winther, Linda Wu, Kazumi Yamaguchi, Hiroshi Yanagawa, Jun Yasuda, Mihaela Zavolan, David A Hume, Takahiro Arakawa, Shiro Fukuda, Kengo Imamura, Chikatoshi Kai, Ai Kaiho, Tsugumi Kawashima, Chika Kawazu, Yayoi Kitazume, Miki Kojima, Hisashi Miura, Kayoko Murakami, Mitsuyoshi Murata, Noriko Ninomiya, Hiromi Nishiyori, Shohei Noma, Chihiro Ogawa, Takuma Sano, Christophe Simon, Michihira Tagami, Yukari Takahashi, Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki
Nature genetics Vol. 41 No. 5 p. 553-62 2009年5月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：5
An Architecture of Modeling Data Search using Ontology and Meta-Ontology
Yoshiyuki Kido, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Yoshihisa Kurachi, Hideo Matsuda
The 3rd MEI International SymposiumPhysiome and Systems Biology for IntegratedLife Sciences and Predictive Medicine 2008年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction
Gen Kawamura, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 49 No. 5 p. 46-57 2008年3月 研究論文（学術雑誌）
A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging
Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 49 No. 5 p. 58-64 2008年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Information Processing Society of Japan
Compound-transporter interaction studies using canonical correlation analysis
Masato Kitajima, Yohsuke Minowa, Hideo Matsuda, Yasushi Okuno
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 7 No. 2 p. 24-34 2008年1月12日 研究論文（学術雑誌）
BioCompass: A novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes
Takeru Nakazato, Toru Takinaka, Hironori Mizuguchi, Hideo Matsuda, Hidemasa Bono, Minoru Asogawa
In Silico Biology Vol. 8 No. 1 p. 53-61 2008年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：1
Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression
Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
MEDICAL & BIOLOGICAL ENGINEERING & COMPUTING Vol. 45 No. 11 p. 1029-1036 2007年11月 研究論文（学術雑誌）
Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows using TF-IDF Filtering.
Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol. 2007 No. 128 p. 259-266 2007年3月 研究論文（学術雑誌）
GO based tissue specific functions of mouse using countable gene expression profiles
Yoichi Takenaka, Akit Matsumoto, Hideo Matsuda
GENOME INFORMATICS 2007, VOL 19 Vol. 19 p. 154-+ 2007年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Inference of transcriptional regulatory networks using CAGE transcriptome dataset of Mus musculus
Kohei Taki, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
WORLD CONGRESS ON MEDICAL PHYSICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING 2006, VOL 14, PTS 1-6 Vol. 14 p. 187-190 2007年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
A method for exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE tags
Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
WORLD CONGRESS ON MEDICAL PHYSICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING 2006, VOL 14, PTS 1-6 Vol. 14 p. 163-+ 2007年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
瀧浩平, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用 Vol. 47 No. 14 p. 118-128 2006年10月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows
Junya Seo, Shigeto Senoo, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
6th International Workshop on Distibuted Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics (NETTAB 2006) 2006年7月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
A method for similarity search of genomic positional expression using CAGE
Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Chikatoshi Kai, Jun Kawai, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Hideo Matsuda
PLOS GENETICS Vol. 2 No. 4 p. 578-586 2006年4月 研究論文（学術雑誌）
A framework for biological analysis on the grid
Toshiyuki Okumura, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
GRID COMPUTING IN LIFE SCIENCES p. 79-+ 2006年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Do grid technologies help life sciences? Lessons learnt from biogrid project in Japan
Susumu Date, Kazutoshi Fujikawa, Hideo Matsuda, Haruki Nakamura, Shinji Shimojo
GRID COMPUTING IN LIFE SCIENCES p. 65-+ 2006年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
The transcriptional landscape of the mammalian genome
P Carninci, T Kasukawa, S Katayama, J Gough, MC Frith, N Maeda, R Oyama, T Ravasi, B Lenhard, C Wells, R Kodzius, K Shimokawa, VB Bajic, SE Brenner, S Batalov, ARR Forrest, M Zavolan, MJ Davis, LG Wilming, Aidinis, V, JE Allen, Ambesi-Impiombato, X, R Apweiler, RN Aturaliya, TL Bailey, M Bansal, L Baxter, KW Beisel, T Bersano, H Bono, AM Chalk, KP Chiu, Choudhary, V, A Christoffels, DR Clutterbuck, ML Crowe, E Dalla, BP Dalrymple, B de Bono, G Della Gatta, D di Bernardo, T Down, P Engstrom, M Fagiolini, G Faulkner, CF Fletcher, T Fukushima, M Furuno, S Futaki, M Gariboldi, P Georgii-Hemming, TR Gingeras, T Gojobori, RE Green, S Gustincich, M Harbers, Y Hayashi, TK Hensch, N Hirokawa, D Hill, L Huminiecki, M Iacono, K Ikeo, A Iwama, T Ishikawa, M Jakt, A Kanapin, M Katoh, Y Kawasawa, J Kelso, H Kitamura, H Kitano, G Kollias, SPT Krishnan, A Kruger, SK Kummerfeld, Kurochkin, IV, LF Lareau, D Lazarevic, L Lipovich, J Liu, S Liuni, S McWilliam, MM Babu, M Madera, L Marchionni, H Matsuda, S Matsuzawa, H Miki, F Mignone, S Miyake, K Morris, S Mottagui-Tabar, N Mulder, N Nakano, H Nakauchi, P Ng, R Nilsson, S Nishiguchi, S Nishikawa, F Nori, O Ohara, Y Okazaki, Orlando, V, KC Pang, WJ Pavan, G Pavesi, G Pesole, N Petrovsky, S Piazza, J Reed, JF Reid, BZ Ring, M Ringwald, B Rost, Y Ruan, SL Salzberg, A Sandelin, C Schneider, C Schonbach, K Sekiguchi, CAM Semple, S Seno, L Sessa, Y Sheng, Y Shibata, H Shimada, K Shimada, D Silva, B Sinclair, S Sperling, E Stupka, K Sugiura, R Sultana, Y Takenaka, K Taki, K Tammoja, SL Tan, S Tang, MS Taylor, J Tegner, SA Teichmann, HR Ueda, E van Nimwegen, R Verardo, CL Wei, K Yagi, H Yamanishi, E Zabarovsky, S Zhu, A Zimmer, W Hide, C Bult, SM Grimmond, RD Teasdale, ET Liu, Brusic, V, J Quackenbush, C Wahlestedt, JS Mattick, DA Hume, C Kai, D Sasaki, Y Tomaru, S Fukuda, M Kanamori-Katayama, M Suzuki, J Aoki, T Arakawa, J Iida, K Imamura, M Itoh, T Kato, H Kawaji, N Kawagashira, T Kawashima, M Kojima, S Kondo, H Konno, K Nakano, N Ninomiya, T Nishio, M Okada, C Plessy, K Shibata, T Shiraki, S Suzuki, M Tagami, K Waki, A Watahiki, Y Okamura-Oho, H Suzuki, J Kawai, Y Hayashizaki
SCIENCE Vol. 309 No. 5740 p. 1559-1563 2005年9月 研究論文（学術雑誌）
An Empirical Study of Grid Applications in Life Science - Lesson learnt from Biogrid Project in Japan -
Susumu Date, Kazutoshi Fujikawa, Hideo Matsuda, Haruki Nakamura, Shinji Shimojo
International Journal of Information Technology Vol. 11 No. 3 p. 16-28 2005年8月 研究論文（学術雑誌）
Heterogeneous database federation using grid technology for drug discovery process
Y Tohsato, T Kosaka, S Date, S Shimojo, H Matsuda
GRID COMPUTING IN LIFE SCIENCE Vol. 3370 p. 43-52 2005年 研究論文（学術雑誌）
A grid-based information integration system for drug discovery
Gen Kawamura, Masato Kitajima, Kentaro Wakatsuki, Takehiro Furudate, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda
Proceedings - International Workshop on Biomedical Data Engineering, BMDE2005 Vol. 2005 2005年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法
瀧浩平, 寺本礼仁, 竹中要一, 松田秀雄
情報科学技術レターズ 2004年9月 研究論文（学術雑誌）
Biased biological functions of horizontally transferred genes in prokaryotic genomes
Y Nakamura, T Itoh, H Matsuda, T Gojobori
NATURE GENETICS Vol. 36 No. 7 p. 760-766 2004年7月 研究論文（学術雑誌）
Interaction Seach Between Proteins and Ligands by Database Integration with Grid Technology
Masato Kitajima, Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda
2nd International Conference on Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine 2004年7月
Heterogeneous Database Federation using Grid Technology for Drug Discovery Process
Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda
Proceedings of First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID2004) 2004年5月
A graph analysis method to detect metabolic sub-networks based on phylogenetic profile
Shoko Miyake, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Proceedings - 2004 IEEE Computational Systems Bioinformatics Conference, CSB 2004 p. 634-635 2004年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Inference of gene regulatory network based on module network model with gene functional classifications
K Taki, R Teramoto, Y Takenaka, H Matsuda
2004 IEEE COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOINFORMATICS CONFERENCE, PROCEEDINGS p. 632-633 2004年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
MaXML: Mouse annotation XML
Takeya Kasukawa, Hidemasa Bono, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki, Hideo Matsuda
In Silico Biology Vol. 4 No. 1 p. 7-15 2004年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：1
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones
Tadashi Imanishi, Takeshi Itoh, Yutaka Suzuki, Claire O'Donovan, Satoshi Fukuchi, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Takuro Tamura, Yumi Yamaguchi-Kabata, Motohiko Tanino, Kei Yura, Satoru Miyazaki, Kazuho Ikeo, Keiichi Homma, Arek Kasprzyk, Tetsuo Nishikawa, Mika Hirakawa, Jean Thierry-Mieg, Danielle Thierry-Mieg, Jennifer Ashurst, Libin Jia, Mitsuteru Nakao, Michael A. Thomas, Nicola Mulder, Youla Karavidopoulou, Lihua Jin, Sangsoo Kim, Tomohiro Yasuda, Boris Lenhard, Eric Eveno, Yoshiyuki Suzuki, Chisato Yamasaki, Jun-Ichi Takeda, Craig Gough, Phillip Hilton, Yasuyuki Fujii, Hiroaki Sakai, Susumu Tanaka, Clara Amid, Matthew Bellgard, Maria de Fatima Bonaldo, Hidemasa Bono, Susan K. Bromberg, Anthony J. Brookes, Elspeth Bruford, Piero Carninci, Claude Chelala, Christine Couillault, Sandro J. de Souza, Marie-Anne Debily, Marie-Dominique Devignes, Inna Dubchak, Toshinori Endo, Anne Estreicher, Eduardo Eyras, Kaoru Fukami-Kobayashi, Gopal R. Gopinath, Esther Graudens, Yoonsoo Hahn, Michael Han, Ze-Guang Han, Kousuke Hanada, Hideki Hanaoka, Erimi Harada, Katsuyuki Hashimoto, Ursula Hinz, Momoki Hirai, Teruyoshi Hishiki, Ian Hopkinson, Sandrine Imbeaud, Hidetoshi Inoko, Alexander Kanapin, Yayoi Kaneko, Takeya Kasukawa, Janet Kelso, Paul Kersey, Reiko Kikuno, Kouichi Kimura, Bernhard Korn, Vladimir Kuryshev, Izabela Makalowska, Takashi Makino, Shuhei Mano, Regine Mariage-Samson, Jun Mashima, Hideo Matsuda, Hans-Werner Mewes, Shinsei Minoshima, Keiichi Nagai, Hideki Nagasaki, Naoki Nagata, Rajni Nigam, Osamu Ogasawara, Osamu Ohara, Masafumi Ohtsubo, Norihiro Okada, Toshihisa Okido, Satoshi Oota, Motonori Ota, Toshio Ota, Tetsuji Otsuki, Dominique Piatier-Tonneau, Annemarie Poustka, Shuang-Xi Ren, Naruya Saitou, Katsunaga Sakai, Shigetaka Sakamoto, Ryuichi Sakate, Ingo Schupp, Florence Servant, Stephen Sherry, Rie Shiba, Nobuyoshi Shimizu, Mary Shimoyama, Andrew J. Simpson, Bento Soares, Charles Steward, Makiko Suwa, Mami Suzuki, Aiko Takahashi, Gen Tamiya, Hiroshi Tanaka, Todd Taylor, Joseph D. Terwilliger, Per Unneberg, Vamsi Veeramachaneni, Shinya Watanabe, Laurens Wilming, Norikazu Yasuda, Sook Hyang-Yoo, Marvin Stodolsky, Wojciech Makalowski, Mitiko Go, Kenta Nakai, Toshihisa Takagi, Minoru Kanehisa, Yoshiyuki Sakaki, John Quackenbush, Yasushi Okazaki, Yoshihide Hayashizaki, Winston Hide, Ranajit Chakraborty, Ken Nishikawa, Hideaki Sugawara, Yoshio Tateno, Zhu Chen, Michio Oishi, Peter Tonellato, Rolf Apweiler, Kousaku Okubo, Lukas Wagner, Stefan Wiemann, Robert L. Strausberg, Takao Isogai, Charles Auffray, Nobuo Nomura, Takashi Gojobori, Sumio Sugano
PLoS Biology Vol. 2 No. 6 2004年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：6
FREP: a database of functional repeats in mouse cDNAs
T Nagashima, H Matsuda, DG Silva, N Petrovsky, A Konagaya, C Schonbach
NUCLEIC ACIDS RESEARCH Vol. 32 p. D471-D475 2004年1月 研究論文（学術雑誌）
Architecture of a grid-enabled research platform with location-transparency for bioinformatics.
Kido Y, Date S, Takeda S, Hatano S, Ma J, Shimojo S, Matsuda H
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics Vol. 15 No. 2 p. 3-12 2004年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：2
A method for clustering gene expression data based on graph structure.
Seno S, Teramoto R, Takenaka Y, Matsuda H
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics Vol. 15 No. 2 p. 151-160 2004年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：2
A challenge towards next-generation research infrastructure for advanced life science
H Nakamura, S Date, H Matsuda, S Shimojo
NEW GENERATION COMPUTING Vol. 22 No. 2 p. 157-166 2004年 研究論文（学術雑誌）
Graph-based clustering for finding distant relationships in a large set of protein sequences
H Kawaji, Y Takenaka, H Matsuda
BIOINFORMATICS Vol. 20 No. 2 p. 243-252 2004年1月 研究論文（学術雑誌）
Development of a database system for drug discovery by employing grid technology
M Kitajima, Y Tohsato, T Kosaka, K Yamazaki, R Teramoto, S Date, S Shimojo, H Matsuda
SEVENTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON HIGH PERFORMANCE COMPUTING AND GRID IN ASIA PACIFIC REGION, PROCEEDINGS p. 365-369 2004年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Analysis of gene expression profiles based on clustering
Y Takenaka, H Matsuda
GENOME RESEARCH Vol. 13 No. 6B p. 1558-1558 2003年6月 研究論文（学術雑誌）
Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system
T Kasukawa, M Furuno, Nikaido, I, H Bono, DA Hume, C Bult, DP Hill, R Baldarelli, J Gough, A Kanapin, H Matsuda, LM Schriml, Y Hayashizaki, Y Okazaki, J Quackenbush
GENOME RESEARCH Vol. 13 No. 6B p. 1542-1551 2003年6月 研究論文（学術雑誌）
Mouse Proteome Analysis
Alexander Kanapin, Serge Batalov, Melissa J. Davis, Julian Gough, Sean Grimmond, Hideya Kawaji, Michele Magrane, Hideo Matsuda, Christian Schoenbach, Rohan D. Teasdale, RIKEN GER Group, GSL Members, Zheng Yuan
Genome Research, 13, 6B, 1335-1344 Vol. 13 No. 6B p. 1335-44 2003年6月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory Press
BioGrid project in Kansai: towards a Grid technology for advanced life science
Shinji Shimojo, Susumu Date, Toyokazu Akiyama, Toshiyuki Okumura, Hideo Matsuda, Haruki Nakamura
Grid Computing and e-Science 2003年6月 研究論文（その他学術会議資料等）
A clustering method for comparative analysis between genomes and pathways
S Miyake, Y Tohsato, Y Takenaka, H Matsuda
EIGHTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON DATABASE SYSTEMS FOR ADVANCED APPLICATIONS, PROCEEDINGS p. 327-334 2003年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs
Y Okazaki, M Furuno, T Kasukawa, J Adachi, H Bono, S Kondo, Nikaido, I, N Osato, R Saito, H Suzuki, Yamanaka, I, H Kiyosawa, K Yagi, Y Tomaru, Y Hasegawa, A Nogami, C Schonbach, T Gojobori, R Baldarelli, DP Hill, C Bult, DA Hume, J Quackenbush, LM Schriml, A Kanapin, H Matsuda, S Batalov, KW Beisel, JA Blake, D Bradt, Brusic, V, C Chothia, LE Corbani, S Cousins, E Dalla, TA Dragani, CF Fletcher, A Forrest, KS Frazer, T Gaasterland, M Gariboldi, C Gissi, A Godzik, J Gough, S Grimmond, S Gustincich, N Hirokawa, IJ Jackson, ED Jarvis, A Kanai, H Kawaji, Y Kawasawa, RM Kedzierski, BL King, A Konagaya, Kurochkin, IV, Y Lee, B Lenhard, PA Lyons, DR Maglott, L Maltais, L Marchionni, L McKenzie, H Miki, T Nagashima, K Numata, T Okido, WJ Pavan, G Pertea, G Pesole, N Petrovsky, R Pillai, JU Pontius, D Qi, S Ramachandran, T Ravasi, JC Reed, DJ Reed, J Reid, BZ Ring, M Ringwald, A Sandelin, C Schneider, CAM Semple, M Setou, K Shimada, R Sultana, Y Takenaka, MS Taylor, RD Teasdale, M Tomita, R Verardo, L Wagner, C Wahlestedt, Y Wang, Y Watanabe, C Wells, LG Wilming, A Wynshaw-Boris, M Yanagisawa, Yang, I, L Yang, Z Yuan, M Zavolan, Y Zhu, A Zimmer, P Carninci, N Hayatsu, T Hirozane-Kishikawa, H Konno, M Nakamura, N Sakazume, K Sato, T Shiraki, K Waki, J Kawai, K Aizawa, T Arakawa, S Fukuda, A Hara, W Hashizume, K Imotani, Y Ishii, M Itoh, Kagawa, I, A Miyazaki, K Sakai, D Sasaki, K Shibata, A Shinagawa, A Yasunishi, M Yoshino, R Waterston, ES Lander, J Rogers, E Birney, Y Hayashizaki
NATURE Vol. 420 No. 6915 p. 563-573 2002年12月 研究論文（学術雑誌）
Using data compression for multidimensional distribution analysis
K Onizuka, T Noguchi, Y Akiyama, H Matsuda
IEEE INTELLIGENT SYSTEMS Vol. 17 No. 3 p. 48-54 2002年5月 研究論文（学術雑誌）
Exploration of novel motifs derived from mouse cDNA sequences
H Kawaji, C Schonbach, Y Matsuo, J Kawai, Y Okazaki, Y Hayashizaki, H Matsuda
GENOME RESEARCH Vol. 12 No. 3 p. 367-378 2002年3月 研究論文（学術雑誌）
An application of a pathway alignment method to comparative analysis between genome and pathways
S. Miyake, Y. Tahsato, H. Matsuda
Proceedings - IEEE Computer Society Bioinformatics Conference, CSB 2002 2002年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
P-quasi complete linkage analysis for gene-expression data
S. Seno, R. Teramoto, H. Matsuda
Proceedings - IEEE Computer Society Bioinformatics Conference, CSB 2002 2002年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
Using Data Compression for Multidimensional Distribution Analysis
Yutaka Akiyama, Tamotsu Noguchi, Kentaro Onizuka, Hideo Matsuda
IEEE Intelligent Systems Vol. 17 No. 3 p. 48-54 2002年 研究論文（学術雑誌）
An Application of a Pathway Alignment Method to the Analysis of Metabolic Pathways
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, 15, 3/4, 179-191 2001年12月 研究論文（学術雑誌）
Prediction of Protein Secondary Structure Using the Threading Algorithm and Local Sequence Similarity
Tamotsu Noguchi, Masahiro Ito, Hideo Matsuda, Yutaka Akiyama, Ken Nishikawa
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, 15, 1/2, 115-131 Vol. 5 No. 1-2 2001年10月 研究論文（学術雑誌）
Peptide Conformation Prediction by High-Speed Parallel Tree Search on a Massively Parallel Computer
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda
Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, 15, 1/2, 95-114 Vol. 5 No. 1-2 2001年10月 研究論文（学術雑誌）
Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection
J Kawai, A Shinagawa, K Shibata, M Yoshino, M Itoh, Y Ishii, T Arakawa, A Hara, Y Fukunishi, H Konno, J Adachi, S Fukuda, K Aizawa, M Izawa, K Nishi, H Kiyosawa, S Kondo, Yamanaka, I, T Saito, Y Okazaki, T Gojobori, H Bono, T Kasukawa, R Saito, K Kadota, H Matsuda, M Ashburner, S Batalov, T Casavant, W Fleischmann, T Gaasterland, C Gissi, B King, H Kochiwa, P Kuehl, S Lewis, Y Matsuo, Nikaido, I, G Pesole, J Quackenbush, LM Schriml, F Staubli, R Suzuki, M Tomita, L Wagner, T Washio, K Sakai, T Okido, M Furuno, H Aono, R Baldarelli, G Barsh, J Blake, D Boffelli, N Bojunga, P Carninci, MF de Bonaldo, MJ Brownstein, C Bult, C Fletcher, M Fujita, M Gariboldi, S Gustincich, D Hill, M Hofmann, DA Hume, M Kamiya, NH Lee, P Lyons, L Marchionni, J Mashima, J Mazzarelli, P Mombaerts, P Nordone, B Ring, M Ringwald, Rodriguez, I, N Sakamoto, H Sasaki, K Sato, C Schonbach, T Seya, Y Shibata, KF Storch, H Suzuki, K Toyo-oka, KH Wang, C Weitz, C Whittaker, L Wilming, A Wynshaw-Boris, K Yoshida, Y Hasegawa, H Kawaji, S Kohtsuki, Y Hayashizaki
NATURE Vol. 409 No. 6821 p. 685-690 2001年2月 研究論文（学術雑誌）
Conformational Search and Potential Energy Analysis of Protein β-Hairpin Formations by Parallel Exhaustive Tree Search
Ando Makoto, Akiyama Yutaka, Matsuda Hideo
Genome Informatics Vol. 12 p. 362-363 2001年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB)
T Noguchi, H Matsuda, Y Akiyama
NUCLEIC ACIDS RESEARCH Vol. 29 No. 1 p. 219-220 2001年1月 研究論文（学術雑誌）
A graph-based clustering method for a large set of sequences using a graph partitioning algorithm.
Kawaji H, Yamaguchi Y, Matsuda H, Hashimoto A, Genome informatics. International Conference on Genome Informatics
Genome Informatics Vol. 12 p. 93-102 2001年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム
遠里由佳子, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用, 41, 3, 49-56 Vol. 41 No. 7 p. 41-48 2000年11月 研究論文（学術雑誌）
Automatic detection of conserved gene clusters in multiple genomes by graph comparison and P-quasi grouping
Wataru Fujibuchi, Hiroyuki Ogata, Hideo Matsuda, Minoru Kanehisa
Nucleic Acids Research Vol. 28 No. 20 p. 4029-4036 2000年10月15日 研究論文（学術雑誌）
A Multiple Alignment Algorithm for Metabolic Pathway Analysis using Enzyme Hierarchy
Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto
Proc. 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2000), 376-383 p. 376-383 2000年8月
Quick selection of representative protein chain sets based on customizable requirements
T Noguchi, K Onizuka, M Ando, H Matsuda, Y Akiyama
BIOINFORMATICS Vol. 16 No. 6 p. 520-526 2000年6月 研究論文（学術雑誌）
Determination of the complete nucleotide sequence and haplotypes in the D-loop region of the mitochondrial genome in the Oriental white stork, Ciconia boyciana
Yoshihiro Yamamoto, Koichi Murata, Hideo Matsuda, Takahisa Hosoda, Kazuo Tamura, Jun-Ichi Furuyama
Genes and Genetic Systems Vol. 75 No. 1 p. 25-32 2000年2月 研究論文（学術雑誌）
Detection of conserved domains in protein sequences using a maximum-density subgraph algorithm
Matsuda, H.
IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences Vol. E83-A No. 4 2000年 研究論文（学術雑誌）
An Application of a Pathway Alignment Method to the Analysis of Amino Acid Biosynthesis
Tohsato Yukako, Matsuda Hideo, Hashimoto Akihiro
Genome Informatics Vol. 11 p. 284-285 2000年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Representing Functional Annotations of Mouse cDNA Sequences in XML
Kasukawa Takeya, Bono Hidemasa, Matsuda Hideo, Okazaki Yasushi, Kohtsuki Shotaro, Hayashizaki Yoshihide
Genome Informatics Vol. 11 p. 376-377 2000年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Hierarchical Approach to Parallel Tree Search for Protein Conformational Analysis.
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda
Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications(PDPTA) 2000年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：CSREA PressESCAPE 2.0: Parallel exhaustive conformational search system of peptides with conformational libraries as building blocks
M. Ando, Y. Akiyama, H. Matsuda
Proceedings - 4th International Conference/Exhibition on High Performance Computing in the Asia-Pacific Region, HPC-Asia 2000 Vol. 2 p. 1097-1102 2000年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
GXML: A Novel Method for Exchanging and Querying Complete Genomes by Representing them as Structured Documents
AARONJ.STOKES, HIDEO MATSUDA, AKIHIRO HASHIMOTO
情報処理学会論文誌データベース（TOD） Vol. 40 No. 6 p. 66-78 1999年8月15日
出版者・発行元：情報処理学会
類似構造検索機能を持つ分子系統データベースシステムの実現
吉川 孝伸, 田部 智宏, 岸浪 リサ, 松田 秀雄, 橋本 昭洋
情報処理学会論文誌データベース（TOD） Vol. 40 No. 6 p. 54-65 1999年8月15日
出版者・発行元：情報処理学会
New method for maintaining semi-structured data described in XML
Takeya Kasukawa, Hideo Matsuda, Michio Nakanishi, Akihiro Hashimoto
IEEE Pacific RIM Conference on Communications, Computers, and Signal Processing - Proceedings p. 258-261 1999年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：IEEEApplication to Gene Cluster Analysis of Inductive Inference of Languages over Patterns with Conceptual Hierarchy
Tohsato Yukako, Matsuda Hideo, Hashimoto Akihiro
Genome Informatics Vol. 10 p. 324-325 1999年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Making High-level Queries on Diverse Genome Data: A Structured Genome Document Database System Based on GXML and GQL
Stokes Aaron, Matsuda Hideo, Hashimoto Akihiro
Genome Informatics Vol. 10 p. 176-185 1999年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Phylogenetic analysis of the third Hsp70 homolog in Escherichia coli; a novel member of the Hsc66 subfamily and its possible Co-chaperone
Takeshi Itoh, Hideo Matsuda, Hirotada Mori
DNA Research Vol. 6 No. 5 p. 299-305 1999年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Universal Academy Press Inc.
Querying molecular biology databases by integration using multiagents
H Matsuda, T Imai, M Nakanishi, A Hashimoto
IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS Vol. E82D No. 1 p. 199-207 1999年1月 研究論文（学術雑誌）
Classifying molecular sequences using a linkage graph with their pairwise similarities
H Matsuda, T Ishihara, A Hashimoto
THEORETICAL COMPUTER SCIENCE Vol. 210 No. 2 p. 305-325 1999年1月 研究論文（学術雑誌）
分散データベースシステムにおける効率的な実体化ビュー更新手続き
粕川雄也, 中西通雄, 松田秀雄, 橋本昭洋
電子情報通信学会論文誌. D-I, 情報・システム, I-コンピュータ Vol. 81 No. 8 p. 1003-1013 1998年8月
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
Automatic Detection of Gene Clusters by P-Quasi Complete Linkage Grouping
Fujibuchi Wataru, Ogata Hiroyuki, Matsuda Hideo, Kanehisa Minoru
Genome Informatics Vol. 9 p. 300-301 1998年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
A Method for Querying Complete Genomes by Viewing Them as Structured Documents
Stokes Aaron J., Matsuda Hideo, Hashimoto Akihiro
Genome Informatics Vol. 9 p. 314-315 1998年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Implementation of a parallel Prolog system on a distributed memory parallel computer
H Matsuda, T Kawabata, Y Kaneda
IEICE TRANSACTIONS ON INFORMATION AND SYSTEMS Vol. E80D No. 4 p. 504-509 1997年4月 研究論文（学術雑誌）
An approach to detection of protein structural motifs using an encoding scheme of backbone conformations.
Matsuda, H., Taniguchi, F., Hashimoto, A.
Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing 1997年 研究論文（学術雑誌）
Implementing an integrated system for heterogeneous molecular biology databases with intelligent agents
T Imai, H Matsuda, T Sekihara, M Nakanishi, A Hashimoto
1997 IEEE PACIFIC RIM CONFERENCE ON COMMUNICATIONS, COMPUTERS AND SIGNAL PROCESSING, VOLS 1 AND 2 p. 807-810 1997年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP-1におけるスケーラブルI/Oサブシステムの構成
中條拓伯, 中野智行, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫
情報処理学会論文誌 Vol. 37 No. 7 p. 1429-1439 1996年7月15日
遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
川本芳久, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会論文誌 Vol. 37 No. 6 p. 1107-1116 1996年6月15日
Protein phylogenetic inference using maximum likelihood with a genetic algorithm.
Matsuda, H.
Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing 1996年 研究論文（学術雑誌）
Construction of Phylogenetic Trees from Amino Acid Sequences using a Genetic Algorithm
松田 秀雄
Genome Informatics Vol. 6 p. 19-28 1995年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
High Performance I/O System of the Distributed Shared-Memory Massively Parallel Computer JUMP-1.
Hironori Nakajo, Takashi Matsumoto, Masaki Kohata, Hideo Matsuda, Kei Hiraki, Yukio Kaneda
Proceedings of the Seventh IASTED/ISMM International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems, Washington, D.C., USA, October 19-21, 1995 p. 470-473 1995年
出版者・発行元：IASTED/ACTA Press
Overview of the JUMP-1, an MPP Prototype for General-Purpose Parallel Computations
Kei Hiraki, Hideharu Amano, Morihiro Kuga, Toshinori Sueyoshi, Tomohiro Kudoh, Hiroshi Nakashima, Hironori Nakajo, Hideo Matsuda, Takashi Matsumoto, Shin-ichiro Mori
Proc. Intl. Symp. Parallel Architectures, Algorithms and Networks p. 427-434 1994年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Fast phylogenetic analysis on a massively parallel machine
Hideo Matsuda, Gary J. Olsen, Ross Overbeek, Yukio Kaneda
Proceedings of the International Conference on Supercomputing Vol. 129421 p. 297-302 1994年7月16日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Association for Computing Machinery
An application of an OR-Parallel Prolog system to phylogenetic analysis
Hideo Matsuda, Yukio Kaneda
LISP and Symbolic Computation Vol. 7 No. 2-3 p. 211-229 1994年6月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
プライオリティ制御機構を有するOR並列Prologの分子系統樹作成への応用
松田秀雄, 金田悠紀夫
情報処理学会論文誌 Vol. 35 No. 4 p. 658-665 1994年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：情報処理学会
FASTDNAML - A TOOL FOR CONSTRUCTION OF PHYLOGENETIC TREES OF DNA-SEQUENCES USING MAXIMUM-LIKELIHOOD
GJ OLSEN, H MATSUDA, R HAGSTROM, R OVERBEEK
COMPUTER APPLICATIONS IN THE BIOSCIENCES Vol. 10 No. 1 p. 41-48 1994年2月 研究論文（学術雑誌）
Molecular Phylogenetic Analysis using both DNA and Amino Acid Sequence Data and Its Parallelization
松田 秀雄, 山下 浩, 金田 悠紀夫
Genome Informatics Vol. 5 p. 120-129 1994年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Efficient Query Processing on Genomic Database using Data-Parallel Logic Programming Language
Hideo Matsuda
Genome Informatics Vol. 4 p. 17-24 1993年12月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Proc. Genome Informatics Workshop IV
Implementation of a Parallel Processing System for Inference of Phylogenetic Trees
Hideo Matsuda, Gary J. Olsen, Ray Hagstrom, Ross Overbeek, Yukio Kaneda
Proceedings of IEEE Pacific Rim Conference on Communications, Computers and Signal Processing p. 280-283 1993年5月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
OR並列Prologにおけるプライオリティ制御とその応用
松田秀雄, 鈴鹿重雄, 金田悠紀夫
情報処理学会論文誌 Vol. 34 No. 4 p. 773-781 1993年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：情報処理学会論文誌INTRODUCTION OF DOSIM PREDICATE TO PROLOG
Y KANEDA, H MATSUDA
NEW GENERATION COMPUTING Vol. 8 No. 2 p. 163-181 1990年 研究論文（学術雑誌）
密結合マルチプロセッサ上でのFGHC処理系の実現
松田秀雄, 石田英雄, 金田悠紀夫, 前川禎男
情報処理学会論文誌 Vol. 30 No. 10 p. 1289-1297 1989年10月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：情報処理学会論文誌A Study on Distributed Simulation for Flexible Manufacturing Systems
Susumu Fujii, Hiroaki Sandoh, Hideo Matsuda, Mitsunobu Tasaka
p. 27-32 1989年9月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Proc. IFAC Symposium INCOMA Study on Collision-Free Path Planning for a Robot Manipulator
Susumu Fujii, Hiroaki Sandoh, Hideo Matsuda, Kazuhiro Kumamoto
Proceedings of the USA-Japan Symposium on Flexible Automation p. 301-306 1988年7月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
マルチプロセッサシステムPARK上での並列Prolog処理系の実現
松田秀雄, 小畑正貴, 増尾剛, 金田悠紀夫, 前川禎男
情報処理学会論文誌 Vol. 29 No. 1 p. 38-46 1988年1月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：情報処理学会論文誌
Sequential Prolog machine PEK
Yukio Kaneda, Naoyuki Tamura, Koichi Wada, Hideo Matsuda, Shumin Kuo, Sadao Maekawa
New Generation Computing Vol. 4 No. 1 p. 51-66 1986年3月 研究論文（学術雑誌）
Parallel Prolog Machine PARK : Its Hardware Structure and Prolog System
H MATSUDA, M KOHATA, T MASUO, Y KANEDA, S MAEKAWA
LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE Vol. 221 p. 35-43 1986年 研究論文（学術雑誌）
並列Prolog処理系"K - Prolog"の実現
松田 秀雄, 田村 直之, 小畑 正貴, 金田 悠紀夫, 前川 禎男
情報処理学会論文誌 Vol. 26 No. 2 p. 296-303 1985年3月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Structure-based prediction of protein functions by identifying protein domains with deep-learning protein structure prediction
Masaya Kwabata, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024年10月24日 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
A method for predicting cell types by deep learning using single-cell RNA-seq data with an information entropy criterion
Haruka Sunagawa, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Hideo Matsuda
1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024年10月23日 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
HER2陽性乳癌における高いHER2腫瘍内不均一性は不良予後の予測因子である
多根井 智紀, 瀬尾 茂人, 草田 義昭, 波多野 高明, 北原 友梨, 阿部 かおり, 増永 奈苗, 三嶋 千恵子, 塚部 昌美, 吉波 哲大, 三宅 智博, 下田 雅史, 松田 秀雄, 島津 研三
日本癌治療学会学術集会抄録集 Vol. 62回 p. O72-1 2024年10月
出版者・発行元：(一社)日本癌治療学会UCP1レポーター脂肪細胞株を用いたβ-アドレナリンシグナル調節遺伝子の探索
川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 岡松 優子, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 木村 和弘, 斉藤 昌之, 松田 秀雄, 井上 和生, 後藤 剛
日本栄養・食糧学会大会講演要旨集 Vol. 77回 p. 267-267 2023年3月
出版者・発行元：(公社)日本栄養・食糧学会レポーター脂肪細胞株を用いたβ-アドレナリン刺激応答性UCP1発現誘導調節遺伝子の探索
川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 岡松 優子, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 木村 和弘, 斉藤 昌之, 松田 秀雄, 井上 和生, 後藤 剛
肥満研究 Vol. 28 No. Suppl. p. 318-318 2022年11月
出版者・発行元：(一社)日本肥満学会A clustering method based on cell type identification for single-cell RNA-seq data
Sohta Nishida, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda
The Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2022) 2022年7月 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
レポーター前駆脂肪細胞株を用いた新規UCP1発現調節遺伝子の探索
川原崎 聡子, 瀬尾 茂人, 鄭 惠芬, 高橋 春弥, 野村 亘, 神戸 大朋, 松田 秀雄, 井上 和生, 河田 照雄, 後藤 剛
肥満研究 Vol. 27 No. Suppl. p. 338-338 2022年3月
出版者・発行元：(一社)日本肥満学会Feature selection with VAE for scRNA-seq analysis
Toshiya Tanaka, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
The Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology / the European Conference on Computational Biology ISMB/ECCB 2021 2021年7月 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
A method for classification of cell migration types based on cell-tracking results from live-cell imaging
Aya Watanabe, Tsubasa Mizugaki, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Hideo Matsuda
The Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology / the European Conference on Computational Biology ISMB/ECCB 2021 2021年7月 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Cell trajectory inference for mouse stem cell differentiation using cell type information from single-cell RNA-seq data
Yutaka Izeki, Mona Mizutome, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda
29th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2021) 2021年7月 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
白色脂肪組織のglycerol kinaseは細胞内脂肪酸代謝調節を介して褐色化を制御する
後藤剛, 後藤剛, 岩瀬麻里, 常盤颯志, 瀬尾茂人, 向井貴子, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei-Fen, 松村成暢, 楠堂達也, 大里直樹, 松田秀雄, 井上和生, 井上和生, 河田照雄, 河田照雄
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2021 2021年
炎症の進行過程解明のための一細胞トランスクリプトーム解析
松田秀雄
医学のあゆみ Vol. 275 No. 10 p. 1085-1091 2020年12月 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
A model ecosystem of twelve cryopreservable microbial species allowing for a non-invasive approach
Kazufumi Hosoda, Shigeto Seno, Naomi Murakami, Hideo Matsuda, Yutaka Osada, Michio Kondoh
2020年10月23日
出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory
Cell trajectory inference for revealing differentiation process of mouse stem cells using single cell RNA-seq data
Takumi Adachi, Junko Yoshida, Shigeto Seno, Kyoji Horie, Hideo Matsuda
28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2020年7月
A method for tracking cell migration in vivo based on deep learning with target detection
Tsubasa Mizugaki, Utkrisht Rajkumar, Kenji Fujimoto, Hironori Shigeta, Shigeto Seno, Yutaka Uchida, Masaru Ishii, Vineet Bafna, Hideo Matsuda
28th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2020年7月
骨芽細胞・破骨細胞は細胞間接触を介して骨リモデリングを調節する
古家 雅之, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 前田 拓樹, 柏井 将文, 海渡 貴司, 橋本 国彦, 松田 秀雄, 菊地 和也, 石井 優, 吉川 秀樹
日本整形外科学会雑誌 Vol. 94 No. 3 p. S1099-S1099 2020年3月
出版者・発行元：(公社)日本整形外科学会脂肪細胞におけるSTAT3を介したUCP1発現制御機構の解明
疋田菜光, 岩瀬麻里, 川原崎聡子, 酒井章子, 坂本智弥, 大里直樹, 瀬尾茂人, 野村亘, 野村亘, 高橋春弥, 松田秀雄, 井上和生, 井上和生, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本栄養・食糧学会近畿支部大会および公開シンポジウム講演抄録集 Vol. 59th 2020年
脂肪組織におけるglycerol kinaseのUcp1発現制御機構
岩瀬 麻里, 常盤 颯志, 瀬尾 茂人, 向井 貴子, 高橋 春弥, 野村 亘, Jheng Huei-Fen, 楠堂 達也, 大里 直樹, 松田 秀雄, 井上 和生, 河田 照雄, 後藤 剛
肥満研究 Vol. 25 No. Suppl. p. 280-280 2019年10月
出版者・発行元：(一社)日本肥満学会白色脂肪組織の褐色化に対するglycerol kinaseの役割
岩瀬麻里, 常盤颯志, 瀬尾茂人, 向井貴子, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei‐Fen, 荒武, 楠堂達也, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本栄養・食糧学会大会講演要旨集 Vol. 73rd 2019年4月22日
IL‐1βが白色脂肪組織におけるUCP1発現誘導に及ぼす影響の検討
新谷真和, 吉竹里依子, 岩瀬麻里, 高橋春弥, 野村亘, JHENG Huie‐Fun, 荒武, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
肥満研究 Vol. 24 No. Supplement 2018年9月25日
FGF21はPPARαアゴニスト摂取時の代謝異常改善に重要である
岩瀬麻里, 平田茉莉子, 高橋春弥, JHENG Huei‐Fen, 野村亘, 荒武, 高橋信之, 高橋信之, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 阿部恵, 海老原健, 伊藤信行, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本栄養・食糧学会大会講演要旨集 Vol. 72nd 2018年4月27日
DPP‐4阻害剤テネリグリプチンが脂肪組織のUCP‐1発現に与える影響
澤崎穂菜美, 武田健一郎, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei‐fen, 荒武, 高橋信之, 高橋信之, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 後藤剛
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2018 2018年3月5日
Ucp1発現を制御するnon‐coding RNAの探索と機能解析
岩瀬麻里, 酒井章子, 瀬尾茂人, TONY Kuo, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huie‐Fun, 荒武, PAUL Horton, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) Vol. 2018 2018年3月5日
褐色脂肪細胞機能におけるglycerol kinaseの役割
岩瀬麻里, 常盤颯志, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huei-Fun, 荒武, 大里直樹, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本食品科学工学会関西支部大会市民フォーラム講演要旨集 Vol. 1st 2018年
発現制御に関するmiRNAの探索及び機能解析
酒井章子, 大久保麻里, 高橋春弥, 野村亘, 野村亘, JHENG Huie‐Fen, 荒武, 瀬尾茂人, 大里直樹, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
日本栄養・食糧学会近畿支部大会および公開シンポジウム講演抄録集 Vol. 56th 2017年11月1日
脂肪細胞特異的PPARα高発現マウスの糖代謝異常改善とメタボローム解析
高橋春弥, 眞田康平, 永井宏幸, 青木ゆめこ, 伊藤哲朗, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 河田照雄, 後藤剛, 後藤剛
肥満研究 Vol. 23 No. Supplement 2017年9月22日
二光子励起生体イメージングを用いた破骨細胞・骨芽細胞コミュニケーションの解明
古家雅之, 古家雅之, 古家雅之, 菊田順一, 瀬尾茂人, 前田拓樹, 柏井将文, 海渡貴司, 菊地和也, 松田秀雄, 吉川秀樹, 石井優
日本整形外科学会雑誌 Vol. 91 No. 8 2017年
Message from the BIBE 2016 Program Chairs
Hideo Matsuda, Ka-Lok Ng, Chi-Ren Shyu
Proceedings - 2016 IEEE 16th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2016 2016年12月16日
出版者・発行元：Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
脂肪細胞特異的PPARα高発現が食餌誘導性の糖代謝異常に与える影響
眞田康平, 高橋春弥, 永井宏幸, 瀬尾茂人, 松田秀雄, 河田照雄, 後藤剛, 河田照雄, 後藤剛
肥満研究 Vol. 22 No. Supplement 2016年9月20日
模様特徴量とグラフカットを利用した生体骨組織の骨髄腔の領域分割
繁田 浩功, 間下 以大, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄
第5回生命医薬情報学連合大会 2016年9月
ウェーブレット特徴量を用いた生体骨組織の骨髄腔の領域分割手法
繁田浩功, 間下以大, 菊田順一, 瀬尾茂人, 竹村治雄, 松田秀雄, 石井優
2016年6月
コンポーネントツリーを用いたグローバルデータアソシエーションによる細胞追跡手法
藏重昂平, 瀬尾茂人, 間下以大, 菊田順一, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
2015年6月
生体骨組織における骨髄腔画像のウェーブレット変換を用いた骨髄腔領域の認識手法
繁田 浩功, 間下 以大, 金子 雄, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 竹村 治雄, 松田 秀雄, 石井 優
2015年1月
Improvement approach of cell tracking accuracy by using inter-frame information
Kohei Kurashige, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Junichi Kikuta, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
2014年10月
An automatic event detection method using semi-supervised learning for time-lapse imaging data
Kojiro Fukuda, Shigeto Seno, Tomohiro Mashita, Yoichi Takenaka, Masaru Ishii, Hideo Matsuda
2014年10月
リードの由来階級の既知・未知予測に基づくメタゲノム配列の系統分類手法
吉田拓真, 竹中要一, 松田秀雄
研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2014 No. 4 p. 1-6 2014年9月12日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
大域データ対応付けの反復実行による細胞追跡精度の改善手法
藏重 昂平, 福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会研究報告 Vol. 2014 No. 1 p. 1-8 2014年9月
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法 (情報論的学習理論と機械学習)
津田 絢子, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 Vol. 114 No. 105 p. 47-53 2014年6月25日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法
津田絢子, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2014 No. 9 p. 1-7 2014年6月18日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
ベイジアンネットワークによる遺伝子制御ネットワーク推定結果の反復構築のための計算速度向上手法
津田絢子, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2014 No. 9 p. 1-7 2014年6月18日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
タイムラプスイメージングによる細胞周期観測画像の時空間解析
福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄
2014年6月
マルチチャンネル蛍光顕微鏡動画のためのパーティクルフィルタを用いた細胞追跡手法
小森康祐, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 松田秀雄
第76回全国大会講演論文集 Vol. 2014 No. 1 p. 291-292 2014年3月
グラフカットを用いた骨髄腔画像の領域分割
宇佐見 潤, 繁田 浩功, 間下 以大, 黒田 嘉宏, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 石井 優, 松田 秀雄, 竹村 治雄
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2014 No. 17 p. 1-6 2014年2月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
経時観測蛍光画像からのモーションヒストリーイメージを用いた細胞分裂の検出方法
福田浩二郎, 瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
2013年8月
Global Data Associationによる経時観察画像における破骨前駆細胞の自動追跡手法
尾野貴広, 瀬尾茂人, 間下以大, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
2013年7月
グラフカットを用いた生体骨組織における血管透過性の評価手法
繁田 浩功, 間下 以大, 金子 雄, 菊田 順一, 瀬尾 茂人, 竹村 治雄, 松田 秀雄, 石井 優
研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2013 No. 3 p. 1-6 2013年3月14日
Improvement of the Accuracy of Mapping by Composing Alleles
奥田華代, 竹中要一, 大野朋重, 瀬尾茂人, 松田秀雄
全国大会講演論文集 Vol. 2013 No. 1 p. 269-271 2013年3月6日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
混合正規分布モデルを用いた経時観測蛍光画像からの細胞核の検出と追跡手法
瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2013 No. 5 p. 1-6 2013年2月20日
Gene Set Enrichment Analysis for Time-Series Gene Expression Profile
Yuta Yuta Okuma, Seno Shigeto, takenaka yoichi, Matsuda Hideo
生体医工学 Vol. 51 p. R-166-R-166 2013年
出版者・発行元：Japanese Society for Medical and Biological Engineering
多色蛍光イメージングによる経時観測データのための細胞追跡手法
瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
View2012 2012年12月
Large-Scale Gene Regulatory Network Analysis for Adipocyte Differentiation on High-Performance Computer
Hideo Matsuda
23rd International Conference on Genome Informatics 2012年12月
多色蛍光タイムラプスイメージングによる細胞周期観測データのための細胞自動追跡手法
瀬尾茂人, 間下以大, 前田栄, 竹中要一, 石井優, 松田秀雄
2012年11月
時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法
大熊 祐太, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2012 No. 26 p. 1-7 2012年6月21日
時系列発現プロファイルのための遺伝子機能グループ解析手法
大熊 祐太, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング Vol. 112 No. 108 p. 141-147 2012年6月21日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
AI-3 数理的手法を用いたバイオロジー(AI-3.数理的手法を用いたバイオロジー,依頼シンポジウム,ソサイエティ企画)
遠里 由佳子, 小林 孝一, 松田 秀雄, 東 俊一
電子情報通信学会総合大会講演論文集 Vol. 2012 p. "SS-95"-"SS-96" 2012年3月6日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
SF-090-4 疾患プロテオミクスによる大腸癌新規関連タンパク質マルチマーカーの開発(SF-090 サージカルフォーラム(90)大腸 基礎-3(遺伝子),第112回日本外科学会定期学術集会)
賀川 義規, 竹政 伊知朗, 松尾 英一, 金子 直樹, 瀬尾 茂人, 渡辺 真, 西村 潤一, 水島 恒和, 池田 正孝, 山本 浩文, 関本 貢嗣, 松田 秀雄, 西村 紀, 土岐 祐一郎, 森 正樹
日本外科学会雑誌 Vol. 113 No. 2 p. 407-407 2012年3月5日
出版者・発行元：一般社団法人日本外科学会
近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現
上田 大介, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2012 No. 27 p. 1-2 2012年2月23日
生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法
池田 成吾, 木戸 善之, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング Vol. 111 No. 96 p. 51-57 2011年6月16日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
生物情報解析ワークフローのためのRESTサービスのSOAPサービス変換手法
池田成吾, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会バイオ情報学研究会報告 Vol. 2011 No. 9 p. 1-7 2011年6月
メタデータを利用した生物情報解析ワークフローの作成支援手法の提案
福本貴紀, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会関西支部 支部大会講演論文集 Vol. 2010 2010年9月
Inference of Gene Regulatory Network for Cell Differentiations
Hideo Matsuda
The Korean Society for Bioinformatics and Systems Biology (KSBSB) Summer School 2010 p. 35-38 2010年7月
マルチスケールシミュレーションのための Web サービスとデータ探索に関する研究
木戸 善之, 福本 貴紀, 野村 泰伸, 倉智 嘉久, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 = IPSJ SIG technical reports Vol. 20 No. 13 p. M1-M6 2010年3月4日
出版者・発行元：情報処理学会
立体構造情報と機能情報によるタンパク質間相互作用予測法の改良
吉川達也, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会研究報告 Vol. 2010 No. 1 p. 1-8 2010年3月
Tanimoto係数を用いた類似化合物検索のクラスタリングによる高速化手法
グエンカムリー, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2010 No. 7 p. 1-8 2010年2月25日
出版者・発行元：情報処理学会
マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究
木戸善之, 福本貴紀, 野村泰伸, 野村泰伸, 倉智嘉久, 倉智嘉久, 松田秀雄, 松田秀雄
情報処理学会研究報告(CD-ROM) Vol. 2009 No. 6 2010年
Ｗｅｂサービス情報の統合のためのレポジトリ連携手法の提案
野中崇史, 瀬尾淳哉, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田 秀雄
情報処理学会バイオ情報学研究会報告 Vol. 2009 No. 25 p. 1-4 2009年3月
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
DISCOVERY OF RELATION BETWEEN MODELING DATA USING IN-SILICO MODELING ONTOLOGY AND META-ONTOLOGY
Yoshiyuki Kido, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Yoshihisa Kurachi, Hideo Matsuda
JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES Vol. 59 No. Supplement 1 p. 308-308 2009年 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Architecture of an Efficient Data Transfer System and Manager for Genome-wide Analysis Workflows
Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
The 3rd MEI International Symposium 2008 2008年12月
A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key
Takashi Shimizu, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics 2008年12月
A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations
Masahiko Hamada, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Hiromi Daiyasu, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
The Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics 2008年12月
Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary
Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi
Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008), P070/T07 2008年12月
脂肪細胞・骨芽細胞分化における遺伝子制御ネットワークの推定
松田秀雄, 竹中要一, 水野洋介, 瀬尾茂人, 徳澤佳美, 仲地豊, 坊農秀雅, 岡崎康司
第31回日本分子生物学会・第81回日本生化学会大会合同大会 2008年12月
ISMO: in-Silico Modeling Ontologyの提案
木戸善之, 浅井義之, 野村泰伸, 倉智嘉久, 松田秀雄
生体医工学シンポジウム2008講演予稿集（2008/09/19-20，豊中） 2008年9月
構造キーの分割によるTanimoto係数を用いた化合物検索の計算範囲の絞り込み手法
清水隆史, 木戸善之, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
情報処理学会バイオ情報学研究会報告 Vol. 2008 No. 86 p. 5-8 2008年9月
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
大規模な化合物データベースからの類似化合物探索手法
河村 元, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
全国大会講演論文集 Vol. 70 p. 233-234 2008年3月13日
化合物‐タンパク質相互作用情報に基づく新規in silico化合物探索手法の開発
小川哲平, 北島正人, 箕輪洋介, 松田秀雄, 藤井信孝, 奥野恭史
日本薬学会年会要旨集 Vol. 128th No. 2 2008年3月5日
化合物活性予測のためのTanimoto係数とRandom ForestのProximity Measureの組合せ手法
河村 元, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2008 No. 15 p. 39-46 2008年3月4日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法
清水 隆史, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2008 No. 15 p. 47-54 2008年3月4日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction
Kawamura Gen, Seno Shigeto, Takenaka Yoichi, Matsuda Hideo
IPSJ Digital Courier Vol. 4 p. 238-249 2008年
出版者・発行元：Information Processing Society of Japan
A Method for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows
Junya Seo, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
Proceedings of 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics 2007年12月
生物情報解析ワークフローにおけるデータ転送経路の効率化
瀬尾淳哉, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
日本ソフトウェア科学会第２４回大会 2007年9月
多様なグリッドミドルウェアに対応する転送サービスの設計
木戸善之, 若月謙太郎, 松田秀雄
情報処理学会シンポジウムシリーズ (SACSIS 2007) 2007年5月
絶対値発現量を用いた外れ値検出法に基づく組織特徴的な代謝反応バスウエイの抽出手法
迫岡 洋輔, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2007 No. 21 p. 25-32 2007年3月5日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
反応分類番号によるバスウェイアライメントの提案
新免 剛, 瀬尾 茂人, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2007 No. 21 p. 41-48 2007年3月5日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows Using TF-IDF Filtering
Seo Junya, Seno Shigeto, Takenaka Yoichi, Matsuda Hideo
IPSJ Digital Courier Vol. 3 p. 164-173 2007年
出版者・発行元：Information Processing Society of Japan
Nucleotide Encoding according to Perfect Linear Code and its Application to Multiple Alignment
Yoichi Takenaka, Masato Sakata, Hideo Matsuda
情報処理学会研究報告 バイオ情報学研究会 2006年6月
D-4-16 Webサービス統合環境実現のためのメディェータシステムの設計と実装(D-4.データ工学,一般講演)
小野 圭亮, 竹中 要一, 松田 秀雄
電子情報通信学会総合大会講演論文集 Vol. 2006 No. 1 p. 32-32 2006年3月8日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
D-7-9 CAGEデータに基づく組織特異的な代謝反応パスウェイの抽出(D-7.MEとバイオサイバネティックスA(バイオサイバネティックス),一般講演)
迫岡 洋輔, 瀬尾 茂人, 瀧 浩平, 竹中 要一, 松田 秀雄
電子情報通信学会総合大会講演論文集 Vol. 2006 No. 1 p. 63-63 2006年3月8日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
バイオデータサービス
川本祥子, 松田秀雄
情報処理 2006年3月
系統プロファイルを利用した代謝反応ネットワーク中の保存領域抽出手法
三宅 晶子, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） Vol. 2005 No. 128 p. 27-34 2005年12月22日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
瀧 浩平, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2005 No. 126 p. 13-16 2005年12月20日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
in-Silico スクリーニングを支援するワークフロースキーマの設計と実装
木戸 善之, 伊達 進, 前野 隆志, 長谷川 一郎, 下條 真司, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 Vol. 2 No. 99 p. 17-24 2005年10月7日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Designing a rule-based environment to interoperate life-scientific ontologies for drug discover
T Kosaka, S Date, H Matsuda, S Shimojo
2005 SYMPOSIUM ON APPLICATIONS AND THE INTERNET WORKSHOPS, PROCEEDINGS Vol. 2005 p. 324-327 2005年
An OGSA-Based Integration of Life Scientific Resources toward Drug Discovery
Takahiro Kosaka, Yukako Tohsato, Susumu Date, Hideo Matsuda, Shinji Shimojo
Vol. 44 No. 2 2004年1月
生物学的知見を利用したModule Bayesian Networkによる 遺伝子制御ネットワークの推定
瀧 浩平, 竹中 要一, 松田 秀雄
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2003 No. 91 p. 73-76 2003年9月18日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
メタデータを用いたバイオ情報データベース連携検索手法の提案
上田真由美, 高坂貴弘, 細川卓哉, 遠里由佳子, 伊達進, 松田秀雄, 下條真司
第2回情報科学技術フォーラム（FIT2003） 2003年9月
データグリッド技術を用いた異種分子生物学データベースの連携手法
細川 卓哉, 高坂 貴弘, 遠里 由佳子, 伊達 進, 下條 真司, 松田 秀雄
第46回MPS研究会 Vol. 2003 No. 91 p. 37-40 2003年9月
出版者・発行元：情報処理学会OGSA-DAI による異種バイオデータベースの連携手法とその評価
高坂貴弘, 細川卓哉, 遠里由佳子, 伊達進, 松田秀雄, 下條真司
電子情報通信学会 CPSY2003-20、pp. 7-12 2003年8月
Frequency enumeration of DNA subsequences from large-scale sequences using linear codes
Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 2003年7月
P-Quasi complete linkage clustering method for gene-expression profiles based on distribution analysis
Shigeto Seno, Reiji Teramoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 2003年7月
バイオグリッドプロジェクト「スーパーコンピュータネットワークの構築」 : アカデミック分野での応用(<特集>グリッドコンピューティング)
伊達進, 奥村利幸, 秋山豊和, 下條真司, 松田秀雄, 中村春木
情報処理 Vol. 44 No. 6 p. 601-607 2003年6月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Conformational Search and Analysis of Β - hairpin Formation by High - Speed Exhaustive Tree Search
Makoto Ando, Yutaka Akiyama, Hideo Matsuda
情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） Vol. 2002 No. 89 p. 33-36 2002年9月20日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出 (ゲノムサイエンスの新たなる挑戦) -- (第3部 ゲノム情報科学)
松田 秀雄, 遠里 由佳子
蛋白質核酸酵素 Vol. 46 No. 16 p. 2550-2554 2001年12月
出版者・発行元：共立出版
Detection of similar reaction patterns by using metabolic pathway alignment
Matsuda, H., Tohsato, Y.
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme Vol. 46 No. 16 Suppl 2001年
階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi
安藤 誠, 秋山 泰, 松田秀雄
情報処理学会論文誌 Vol. 42 No. SIG09 p. 36-44 2001年
デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
坪井 宣洋, 松田 秀雄, 橋本 昭洋
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM） Vol. 41 No. 7 p. 49-56 2000年11月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
マウス完全長cDNAシーケンス解析における共通保存領域の探索
川路英哉, 松田秀雄, 近藤伸二, 河合純, 林崎良英, 橋本昭洋
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 23rd 2000年
配列集合からの共通保存領域検出のためのクラスタリング手法
山口陽介, 長尾充大, 川路英哉, 竹中要一, 松田秀雄, 橋本昭洋
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 23rd 2000年
統計的スコアに基づく局所マルチプルアライメントアルゴリズム
長尾充大, 山口陽介, 川路英哉, 竹中要一, 松田秀雄, 橋本昭洋
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 23rd 2000年
大腸菌ゲノムデータベース(GenoBase)
旭弘子, 荒武, 松田秀雄, 磯野克己, 森浩禎
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 23rd 2000年
An efficient procedure for maintaining materialized views on distributed database systems.
Takeya Kasukawa, Michio Nakanishi, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto
Systems and Computers in Japan Vol. 31 No. 5 p. 86-96 2000年
概念階層を持つパターン言語の帰納学習による遺伝子クラスタ解析への応用
遠里由佳子, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 99 No. 76 p. 41-44 1999年9月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Introduction of Aggregate Functions to a Language for Querying Structured Genome Documents (夏のデータベースワークショップ1999(DBWS'99)沖縄--1999年7の月,天から大量データが降ってくる!) -- (4C:半構造データ検索(2))
Stokes Aaron J., Matsuda Hideo, Hashimoto Akihiro
電子情報通信学会技術研究報告. DE, データ工学 Vol. 99 No. 202 p. 111-116 1999年7月22日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
Introduction of Aggregate Functions to a Language for Querying Structured Genome Documents
AARONJ.STOKES, HIDEO MATSUDA, AKIHIRO HASHIMOTO
情報処理学会研究報告データベースシステム（DBS） Vol. 1999 No. 61 p. 237-242 1999年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価
廣中 大雅, 田部 智宏, 吉川 孝伸, 松田 秀雄, 橋本 昭洋
電子情報通信学会技術研究報告. DE, データ工学 Vol. 99 No. 201 p. 37-42 1999年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
増山 智久, 岸浪 リサ, 吉川 孝伸, 松田 秀雄, 橋本 昭洋
電子情報通信学会技術研究報告. DE, データ工学 Vol. 99 No. 201 p. 31-36 1999年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
文書画像からの分子系統樹データの抽出手法とその評価
廣中大雅, 田部智宏, 吉川孝伸, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. データベース・システム研究会報告 Vol. 99 No. 61 p. 37-42 1999年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
XMLによる分子系統樹データの表現とその検索手法
増山智久, 岸浪リサ, 吉川孝伸, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. データベース・システム研究会報告 Vol. 99 No. 61 p. 31-36 1999年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
生命を構成する全遺伝子セットのコンピュータ解析 (特集 ゲノム情報から生命の原理を探る)
松田 秀雄
Bit Vol. 31 No. 6 p. 8-12 1999年6月
出版者・発行元：共立出版
An Approximation Algorithm for Genome Rearrangements with Reversals and Transpositions
松田 秀雄, 山中 啓之, 橋本 昭洋
情報処理学会論文誌数理モデル化と応用（TOM） Vol. 40 No. 2 p. 82-90 1999年2月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Gene Classification Method Based on Batch-Learning SOM
Abe Takashi, Kanaya Shigehiko, Kinouchi Makoto, Kudo Yoshihiro, Mori Hirotada, Matsuda Hideo, Carpio Carlos Del, Ikemura Toshimichi
Genome Informatics Vol. 10 p. 314-315 1999年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
S34 配列類似度の密度に基づく遺伝子配列間の共通モジュールの検出
松田 秀雄
日本生物工学会大会講演要旨集 Vol. 11 p. 351-351 1999年
出版者・発行元：日本生物工学会
クラスター分析を用いた微生物ゲノムORFの機能ドメインの抽出
荒武, 鈴木健二, 松田秀雄, 森浩禎
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 22nd 1999年
広域WWWキャッシュサーバネットワークの設計
川本芳久, 中西通雄, 松田秀雄, 橋本昭洋, 坂本佳則
情報処理学会研究報告. マルチメディア通信と分散処理研究会報告 Vol. 99 No. 4 p. 145-150 1999年
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
デジタル信号処理に基づく遺伝子のクラスタリング
坪井宣洋, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 99 No. 96 p. 5-8 1999年
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
マルコフモデルに基づくゲノム配列からの外来性遺伝子の検出
坪井 宣洋, 松田 秀雄, 伊藤 剛, 森 浩禎, 五條堀 孝, 橋本 昭洋
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 21 p. 258-258 1998年12月1日
ゲノムプロジェクトにおける情報科学技術の応用 : 遺伝子配列解析を中心に
松田秀雄
電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 Vol. 1998 p. 357-358 1998年9月7日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法
竹谷英泰, 谷秀城, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 98 No. 67 p. 49-54 1998年7月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
一般化suffix arrayによるタンパク質アミノ酸配列集合からの文字列出現特性の解析
川口俊朗, 粕川雄也, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 98 No. 67 p. 55-60 1998年7月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
アミノ酸残基の分布に基づくタンパク質局所構造のモデル化
喜多川哲, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 98 No. 67 p. 43-48 1998年7月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
反転と転移によるゲノム再編成の近似アルゴリズム
松田秀雄, 山中啓之, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 98 No. 44 p. 13-18 1998年5月22日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
単語の共起頻度と範囲内重要度による分子生物学データベースの関連エントリ探索手法
川本芳久, 日浦太, 中西通雄, 松田秀雄, 橋本昭洋
電子情報通信学会技術研究報告. DE, データ工学 Vol. 98 No. 42 p. 15-22 1998年5月13日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
遺伝的アルゴリズムによる最尤系統樹の探索
松田 秀雄
生産と技術 Vol. 50 No. 1 p. 57-60 1998年1月
出版者・発行元：生産技術振興協会
マルチエージェントによる異種の分子生物学データベースの統合と検索の実現
三上知親, 今井孝, 吉川孝伸, 粕川雄也, 松田秀雄, 中西通雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. データベース・システム研究会報告 Vol. 98 No. 2 p. 121-128 1998年
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
Implementation of a Parallel Prolog System on a Distributed Memory Parallel Computer
MATSUDA Hideo, KAWABATA Toru, KANEDA Yukio
IEICE transactions on information and systems Vol. 80 No. 4 p. 504-509 1997年4月25日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
タンパク質立体構造の文字列によるコード化
松田 秀雄, 谷口 文浩, 橋本 昭洋
日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 Vol. 19 p. 739-739 1996年8月1日
配列類似度に基づく大規模配列集合の高速分類アルゴリズム
岩出智行, 石原達也, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. AL, アルゴリズム研究会報告 Vol. 96 No. 67 p. 33-40 1996年7月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
タンパク質における立体構造のコード化とその解析
多田淳一, 谷口文浩, 松田秀雄, 橋本昭洋
情報処理学会研究報告. AL, アルゴリズム研究会報告 Vol. 96 No. 67 p. 41-48 1996年7月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP - 1におけるスケーラブルI/0サブシステムの構成
中條拓伯, 中野 智行, 松本 尚, 小畑 正貴, 松田 秀雄, 平木 敬, 金田 悠紀夫
情報処理学会論文誌 Vol. 37 No. 7 p. 1429-1439 1996年7月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
川本 芳久, 松田 秀雄, 橋本 昭洋
情報処理学会論文誌 Vol. 37 No. 6 p. 1107-1116 1996年6月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
遺伝的アルゴリズムによる生物の系統関係の探索
松田 秀雄
自律分散システム・シンポジウム資料 = SICE Symposium on Decentralized Autonomous Systems Vol. 8 p. 207-212 1996年
遺伝子情報解析の計算機支援
松田秀雄, 橋本昭洋
電子情報通信学会誌 Vol. 79 No. 12 p. 1204-1212 1996年
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
2種類の部分木交叉オペレータを持つ遺伝的アルゴリズムによる最尤分子系統樹の探索
松田秀雄, 山下浩, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 Vol. 96 No. 118 p. 48-56 1996年
OR並列Prolog処理系のための分散管理方式による負荷分散機構のAP1000上での実現
川畑徹, 内垣雄一郎, 松田秀雄, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告. PRO, [プログラミング] Vol. 95 No. 82 p. 89-96 1995年8月24日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
超並列計算機JUMP-1におけるディスク入出力サブシステムの実装
中野智行, 中條拓伯, 岡田勉, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告. 計算機アーキテクチャ研究会報告 Vol. 95 No. 80 p. 137-144 1995年8月23日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP‐1のディスク入出力サブシステム
中条拓伯, 岡田勉, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫
並列処理シンポジウム論文集 Vol. 1995 p. 67-74 1995年5月
遺伝的アルゴリズムによる分子系統樹の作成
松田秀雄, 山下浩, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告. 情報学基礎研究会報告 Vol. 95 No. 17 p. 15-22 1995年
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
プライオリティ制御機構を有するOR並列Prologにおける負荷分散方式とその評価
内垣 雄一郎, 林 彰吾, 松田 秀雄, 金田 悠紀夫
情報処理学会研究報告. [プログラミング-言語基礎実践-] Vol. 94 No. 65 p. 65-72 1994年7月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
超並列計算機JUMP‐1における入出力サブシステムのアクセス方式
岡田勉, 中条拓伯, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告 Vol. 94 No. 66(ARC-107) p. 177-184 1994年7月21日
分散共有メモリ型超並列計算機JUMP‐1の入出力サブシステム
中条拓伯, 松本尚, 小畑正貴, 松田秀雄, 平木敬, 金田悠紀夫
情報処理学会研究報告 Vol. 94 No. 13(ARC-104 OS-62) p. 113-120 1994年1月27日
超並列計算機におけるワークステーションクラスタ・ファイルシステム
中條 拓伯, 松田 秀雄, 金田 悠紀夫
情報処理学会計算機アーキテクチャ研究会報告 p. 185-192 1994年
海外の並列処理研究動向：アルゴンヌ国立研究所における並列処理研究
松田 秀雄
情報処理 Vol. 34 No. 6 p. 789-794 1993年6月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
デ-タ並列論理型言語とその応用
松田秀雄, 金田 悠紀夫
情報処理学会研究会資料 Vol. 93 p. 105-112 1993年
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
超並列プロトタイプ計算機 JUMP-1 の構想
平木 敬, 天野 英晴, 久我 守弘, 末吉 敏則, 工藤 知宏, 中島 浩, 中條 拓伯, 松田 秀雄, 松本 尚, 森 眞一郎
情処処理学会計算機アーキテクチャ研究会報告 p. 73-84 1993年
An integrated database to support research on Escherichia coli
A. Baehr, G. Dunham, Hideo Matsuda, G. Michaels, R. Taylor, R. Overbeek, K.E. Rudd, A. Ginsburg, D. Joerg, T. Kazic, R. Hagstrom, D. Zawada, C. Smith, Kaoru Yoshida
Technical Report, Argonne National Lab. Vol. 92 No. 1 p. 1-59 1992年1月1日 記事・総説・解説・論説等（大学・研究所紀要）
出版者・発行元：Office of Scientific and Technical Information (OSTI)
論理型言語指向の推論マシン：4. 逐次型推論マシンのアーキテクチャ
金田 悠紀夫, 松田 秀雄
情報処理 Vol. 32 No. 4 p. p450-457 1991年4月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
論理型言語の最近の動向 (新世代のソフトウエア特集号)
田村 直之, 松田 秀雄
システム・制御・情報 Vol. 33 No. 3 p. p143-150 1989年3月
出版者・発行元：システム制御情報学会
Prologへの並列化述語dosimの導入
金田 悠紀夫, 下谷 清, 松田 秀雄, 秋吉 克己, 前川 禎男
全国大会講演論文集 Vol. 37 p. 679-680 1988年9月12日
87-13 RISCによる論理型言語の高速実行
松田 秀雄
情報処理 Vol. 28 No. 5 p. 644-645 1987年5月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
マルチプロセッサシステムPARKのOSについて
松田 秀雄, 増尾 剛, 金田 悠紀夫, 前川 禎男
情報処理学会研究報告システムソフトウェアとオペレーティング・システム（OS） Vol. 1986 No. 84 p. 1-8 1986年12月12日
並列PrologマシンPARK上のProlog処理系の実現について
松田 秀雄, 増尾 剛, 小畑 正貴, 金田 悠紀夫, 前川 禎男
全国大会講演論文集 Vol. 33 p. 123-124 1986年10月1日
リチャード・C・ホルト 著, 大野 豊 監訳, 伊藤 潔, 広田豊彦 訳, "並行処理と UNIX : Concurrent EUCLID,UNIX,TUNIS", 啓学出版, A5判, 360p., 3,900円,1985
松田 秀雄
情報処理 Vol. 27 No. 3 p. 329-329 1986年3月15日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
K - Prologの並列処理方式とその評価
松田秀雄, 田村直之, 小畑正貴, 金田悠紀夫, 前川禎男
情報処理学会研究報告計算機アーキテクチャ（ARC） Vol. 1984 No. 21 p. 1-9 1984年7月13日
Transcription Factor Regulatory Networks: Methods and Protocols
E. Miyamoto-Sato
Humana Press, Springer Science+Business Media 2014年6月 学術書
ISBN: 9781493908042
Microbial Gene Essentiality: Protocols and Bioinformatics
Andrei L. Osterman, Svetlana Y. Gerdes
Humana 2008年2月
バイオインフォマティクス事典
日本バイオインフォマティクス
共立出版 2006年6月 学術書
Genome Informatics Vol.12
Hideo Matsuda, Satoru Miyano, Toshihisa Takagi, Limsoon Wong
Universal Academy Press 2001年12月 学術書
Large-Scale Gene Regulatory Network Analysis for Adipocyte Differentiation on High-Performance Computer
Hideo Matsuda
The 23rd International Conference on Genome Informatics (GIW2012) 2012年12月12日
Reconstruction of Gene Regulatory Networks for Drug Target Discovery
Hideo Matsuda
The 3rd National Seminar and Workshop on Computer Aided-Drug Design: Virtual Screening (CADD2010) 2010年12月3日
Inference of Gene Regulatory Network for Cell Differentiations
Hideo Matsuda
The Korean Society for Bioinformatics and Systems Biology (KSBSB) Summer School 2010 2010年7月2日
A grid environment for data integration of scientific databases
Hideo Matsuda
Proceedings - First International Conference on e-Science and Grid Computing, e-Science 2005 2005年
マルチプレックス大腸がんマーカーパネル
渡辺真, 松尾英一, 金子直樹, 森正樹, 西村紀, 竹政伊知朗, 松田秀雄, 瀬尾茂人, 松原稔哉
特許5805518
出願日:2011/12/21
登録日:2015/09/11
評価方法、評価装置およびプログラム
石井優, 菊田順一, 松田秀雄, 瀬尾茂人
出願日:2018/01/19
Osteoclasts adapt to physioxia perturbation through DNA demethylation
Nishikawa Keizo, Seno Shigeto, Yoshihara Toshitada, Narazaki Ayako, Sugiura Yuki, Shimizu Reito, Kikuta Junichi, Sakaguchi Reiko, Suzuki Norio, Takeda Norihiko, Semba Hiroaki, Yamamoto Masamichi, Okuzaki Daisuke, Motooka Daisuke, Kobayashi Yasuhiro, Suematsu Makoto, Koseki Haruhiko, Matsuda Hideo, Yamamoto Masayuki, Tobita Seiji, Mori Yasuo, Ishii Masaru
EMBO Reports Vol. 22 No. 12 2021年12月6日
SLPI is a critical mediator that controls PTH-induced bone formation
Morimoto Akito, Kikuta Junichi, Nishikawa Keizo, Sudo Takao, Uenaka Maki, Furuya Masayuki, Hasegawa Tetsuo, Hashimoto Kunihiko, Tsukazaki Hiroyuki, Seno Shigeto, Nakamura Akira, Okuzaki Daisuke, Sugihara Fuminori, Ninomiya Akinori, Yoshimura Takeshi, Takao-Kawabata Ryoko, Matsuda Hideo, Ishii Masaru
Nature Communications Vol. 12 No. 1 2021年4月9日
Thrombomodulin induces anti-inflammatory effects by inhibiting the rolling adhesion of leukocytes in vivo
Nishizawa Shino, Kikuta Junichi, Seno Shigeto, Kajiki Masahiro, Tsujita Ryuichi, Mizuno Hiroki, Sudo Takao, Ao Tomoka, Matsuda Hideo, Ishii Masaru
Journal of Pharmacological Sciences Vol. 143 No. 1 p. 17-22 2020年5月1日
In vivo dynamic analysis of BMP-2-induced ectopic bone formation
Hashimoto Kunihiko, Kaito Takashi, Furuya Masayuki, Seno Shigeto, Okuzaki Daisuke, Kikuta Junichi, Tsukazaki Hiroyuki, Matsuda Hideo, Yoshikawa Hideki, Ishii Masaru
Scientific Reports Vol. 10 No. 1 2020年3月16日
