keyword バイオインフォマティクス，シングルセル，トランスクリプトーム
京都大学 バイオインフォマティクスセンター（修士・博士）
2004年4月 ～ 2009年3月
ライフサイエンス / ゲノム生物学 /
ライフサイエンス / 免疫学 /
Embryonic LTR retrotransposons supply promoter modules to somatic tissues
Kosuke Hashimoto, Eeva-Mari Jouhilahti, Virpi Töhönen, Piero Carninci, Juha Kere, Shintaro Katayama
Genome Research Vol. 31 No. 11 p. 1983-1993 2021年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory
Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians
Kosuke Hashimoto, Tsukasa Kouno, Tomokatsu Ikawa, Norihito Hayatsu, Yurina Miyajima, Haruka Yabukami, Tommy Terooatea, Takashi Sasaki, Takahiro Suzuki, Matthew Valentine, Giovanni Pascarella, Yasushi Okazaki, Harukazu Suzuki, Jay W. Shin, Aki Minoda, Ichiro Taniuchi, Hideyuki Okano, Yasumichi Arai, Nobuyoshi Hirose, Piero Carninci
Proceedings of the National Academy of Sciences Vol. 116 No. 48 p. 24242-24251 2019年11月26日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Proceedings of the National Academy of Sciences
Single-Nucleotide Resolution Mapping of Hepatitis B Virus Promoters in Infected Human Livers and Hepatocellular Carcinoma
Kübra Altinel, Kosuke Hashimoto, Yu Wei, Christine Neuveut, Ishita Gupta, Ana Maria Suzuki, Alexandre Dos Santos, Pierrick Moreau, Tian Xia, Soichi Kojima, Sachi Kato, Yasuhiro Takikawa, Isao Hidaka, Masahito Shimizu, Tomokazu Matsuura, Akihito Tsubota, Hitoshi Ikeda, Sumiko Nagoshi, Harukazu Suzuki, Marie-Louise Michel, Didier Samuel, Marie Annick Buendia, Jamila Faivre, Piero Carninci
Journal of Virology Vol. 90 No. 23 p. 10811-10822 2016年12月 研究論文（学術雑誌）
CAGE profiling of ncRNAs in hepatocellular carcinoma reveals widespread activation of retroviral LTR promoters in virus-induced tumors
Kosuke Hashimoto, Ana Maria Suzuki, Alexandre Dos Santos, Christophe Desterke, Agnese Collino, Serena Ghisletti, Emilie Braun, Alessandro Bonetti, Alexandre Fort, Xian-Yang Qin, Enrico Radaelli, Bogumil Kaczkowski, Alistair R.R. Forrest, Soichi Kojima, Didier Samuel, Gioacchino Natoli, Marie Annick Buendia, Jamila Faivre, Piero Carninci
Genome Research Vol. 25 No. 12 p. 1812-1824 2015年12月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory
Deep transcriptome profiling of mammalian stem cells supports a regulatory role for retrotransposons in pluripotency maintenance
Alexandre Fort, Kosuke Hashimoto, Daisuke Yamada, Md Salimullah, Chaman A Keya, Alka Saxena, Alessandro Bonetti, Irina Voineagu, Nicolas Bertin, Anton Kratz, Yukihiko Noro, Chee-Hong Wong, Michiel de Hoon, Robin Andersson, Albin Sandelin, Harukazu Suzuki, Chia-Lin Wei, Haruhiko Koseki, Yuki Hasegawa, Alistair R R Forrest, Piero Carninci
Nature Genetics Vol. 46 No. 6 p. 558-566 2014年6月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
Oncogenic potential is related to activating effect of cancer single and double somatic mutations in receptor tyrosine kinases
Kosuke Hashimoto, Igor B. Rogozin, Anna R. Panchenko
HUMAN MUTATION Vol. 33 No. 11 p. 1566-1575 2012年11月 研究論文（学術雑誌）
Caught in self-interaction: evolutionary and functional mechanisms of protein homooligomerization.
Kosuke Hashimoto, Hafumi Nishi, Stephen Bryant, Anna R Panchenko
Physical biology Vol. 8 No. 3 p. 035007-035007 2011年6月 研究論文（学術雑誌）
Mechanisms of protein oligomerization, the critical role of insertions and deletions in maintaining different oligomeric states
Kosuke Hashimoto, Anna R. Panchenko
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 107 No. 47 p. 20352-20357 2010年11月 研究論文（学術雑誌）
Functional States of Homooligomers: Insights from the Evolution of Glycosyltransferases
Kosuke Hashimoto, Thomas Madej, Stephen H. Bryant, Anna R. Panchenko
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY Vol. 399 No. 1 p. 196-206 2010年5月 研究論文（学術雑誌）
Comprehensive analysis of glycosyltransferases in eukaryotic genomes for structural and functional characterization of glycans
Kosuke Hashimoto, Toshiaki Tokimatsu, Shin Kawano, Akiyasu C. Yoshizawa, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Minoru Kanehisa
CARBOHYDRATE RESEARCH Vol. 344 No. 7 p. 881-887 2009年5月 研究論文（学術雑誌）
Mining significant tree patterns in carbohydrate sugar chains
Kosuke Hashimoto, Ichigaku Takigawa, Motoki Shiga, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
BIOINFORMATICS Vol. 24 No. 16 p. I167-I173 2008年8月 研究論文（学術雑誌）
The repertoire of desaturases and elongases reveals fatty acid variations in 56 eukaryotic genomes
Kosuke Hashimoto, Akiyasu C. Yoshizawa, Shujiro Okuda, Keiichi Kuma, Susumu Goto, Minoru Kanehisa
JOURNAL OF LIPID RESEARCH Vol. 49 No. 1 p. 183-191 2008年1月 研究論文（学術雑誌）
KEGG as a glycome informatics resource
Kosuke Hashimoto, Susumu Goto, Shin Kawano, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Nobuhisa Ueda, Masami Hamajima, Toshisuke Kawasaki, Minoru Kanehisa
Glycobiology Vol. 16 No. 5 p. 63R-70R 2006年5月1日 研究論文（学術雑誌）
Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties
Kyohei Koyama, Kosuke Hashimoto, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Frontiers in Bioinformatics Vol. 3 2023年12月18日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Frontiers Media SA
Evidence-Based Prediction of Cellular Toxicity for Amorphous Silica Nanoparticles
Martin, Reiko Watanabe, Kosuke Hashimoto, Kazuma Higashisaka, Yuya Haga, Yasuo Tsutsumi, Kenji Mizuguchi
ACS Nano 2023年5月30日 研究論文（学術雑誌）
PCGF1-PRC1 links chromatin repression with DNA replication during hematopoietic cell lineage commitment
Junichiro Takano, Shinsuke Ito, Yixing Dong, Jafar Sharif, Yaeko Nakajima-Takagi, Taichi Umeyama, Yong-Woon Han, Kyoichi Isono, Takashi Kondo, Yusuke Iizuka, Tomohiro Miyai, Yoko Koseki, Mika Ikegaya, Mizuki Sakihara, Manabu Nakayama, Osamu Ohara, Yoshinori Hasegawa, Kosuke Hashimoto, Erik Arner, Robert J. Klose, Atsushi Iwama, Haruhiko Koseki, Tomokatsu Ikawa
Nature Communications Vol. 13 No. 1 p. 7159-7159 2022年11月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
Recombination of repeat elements generates somatic complexity in human genomes.
Giovanni Pascarella, Chung Chau Hon, Kosuke Hashimoto, Annika Busch, Joachim Luginbühl, Callum Parr, Wing Hin Yip, Kazumi Abe, Anton Kratz, Alessandro Bonetti, Federico Agostini, Jessica Severin, Shigeo Murayama, Yutaka Suzuki, Stefano Gustincich, Martin Frith, Piero Carninci
Cell Vol. 185 No. 16 p. 3025-3040 2022年8月4日 研究論文（学術雑誌）
DUX4 is a multifunctional factor priming human embryonic genome activation.
Sanna Vuoristo, Shruti Bhagat, Christel Hydén-Granskog, Masahito Yoshihara, Lisa Gawriyski, Eeva-Mari Jouhilahti, Vipin Ranga, Mahlet Tamirat, Mikko Huhtala, Ida Kirjanov, Sonja Nykänen, Kaarel Krjutškov, Anastassius Damdimopoulos, Jere Weltner, Kosuke Hashimoto, Gaëlle Recher, Sini Ezer, Priit Paluoja, Pauliina Paloviita, Yujiro Takegami, Ai Kanemaru, Karolina Lundin, Tomi T Airenne, Timo Otonkoski, Juha S Tapanainen, Hideya Kawaji, Yasuhiro Murakawa, Thomas R Bürglin, Markku Varjosalo, Mark S Johnson, Timo Tuuri, Shintaro Katayama, Juha Kere
iScience Vol. 25 No. 4 p. 104137-104137 2022年4月15日 研究論文（学術雑誌）
FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs.
Imad Abugessaisa, Jordan A Ramilowski, Marina Lizio, Jesicca Severin, Akira Hasegawa, Jayson Harshbarger, Atsushi Kondo, Shuhei Noguchi, Chi Wai Yip, Jasmine Li Ching Ooi, Michihira Tagami, Fumi Hori, Saumya Agrawal, Chung Chau Hon, Melissa Cardon, Shuya Ikeda, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, Masaki Kato, Kosuke Hashimoto, Alessandro Bonetti, Masaki Kato, Norio Kobayashi, Jay Shin, Michiel de Hoon, Yoshihide Hayashizaki, Piero Carninci, Hideya Kawaji, Takeya Kasukawa
Nucleic acids research Vol. 49 No. D1 2021年1月8日 研究論文（学術雑誌）
Analysis of splice variants of the human protein disulfide isomerase (P4HB) gene.
Daniela Kajihara, Chung-Chau Hon, Aimi Naim Abdullah, João Wosniak Jr, Ana Iochabel S Moretti, Joice F Poloni, Diego Bonatto, Kosuke Hashimoto, Piero Carninci, Francisco R M Laurindo
BMC genomics Vol. 21 No. 1 p. 766-766 2020年11月4日 研究論文（学術雑誌）
Use of Cap Analysis Gene Expression to detect human papillomavirus promoter activity patterns at different disease stages.
Ayumi Taguchi, Kazunori Nagasaka, Charles Plessy, Hiroe Nakamura, Yoshiko Kawata, Sachi Kato, Kosuke Hashimoto, Takeshi Nagamatsu, Katsutoshi Oda, Iwao Kukimoto, Kei Kawana, Piero Carninci, Yutaka Osuga, Tomoyuki Fujii
Scientific reports Vol. 10 No. 1 p. 17991-17991 2020年10月22日 研究論文（学術雑誌）
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping.
Jordan A Ramilowski, Chi Wai Yip, Saumya Agrawal, Jen-Chien Chang, Yari Ciani, Ivan V Kulakovskiy, Mickaël Mendez, Jasmine Li Ching Ooi, John F Ouyang, Nick Parkinson, Andreas Petri, Leonie Roos, Jessica Severin, Kayoko Yasuzawa, Imad Abugessaisa, Altuna Akalin, Ivan V Antonov, Erik Arner, Alessandro Bonetti, Hidemasa Bono, Beatrice Borsari, Frank Brombacher, Christopher JF Cameron, Carlo Vittorio Cannistraci, Ryan Cardenas, Melissa Cardon, Howard Chang, Josée Dostie, Luca Ducoli, Alexander Favorov, Alexandre Fort, Diego Garrido, Noa Gil, Juliette Gimenez, Reto Guler, Lusy Handoko, Jayson Harshbarger, Akira Hasegawa, Yuki Hasegawa, Kosuke Hashimoto, Norihito Hayatsu, Peter Heutink, Tetsuro Hirose, Eddie L Imada, Masayoshi Itoh, Bogumil Kaczkowski, Aditi Kanhere, Emily Kawabata, Hideya Kawaji, Tsugumi Kawashima, S Thomas Kelly, Miki Kojima, Naoto Kondo, Haruhiko Koseki, Tsukasa Kouno, Anton Kratz, Mariola Kurowska-Stolarska, Andrew Tae Jun Kwon, Jeffrey Leek, Andreas Lennartsson, Marina Lizio, Fernando López-Redondo, Joachim Luginbühl, Shiori Maeda, Vsevolod J Makeev, Luigi Marchionni, Yulia A Medvedeva, Aki Minoda, Ferenc Müller, Manuel Muñoz-Aguirre, Mitsuyoshi Murata, Hiromi Nishiyori, Kazuhiro R Nitta, Shuhei Noguchi, Yukihiko Noro, Ramil Nurtdinov, Yasushi Okazaki, Valerio Orlando, Denis Paquette, Callum J C Parr, Owen J L Rackham, Patrizia Rizzu, Diego Fernando Sánchez Martinez, Albin Sandelin, Pillay Sanjana, Colin A M Semple, Youtaro Shibayama, Divya M Sivaraman, Takahiro Suzuki, Suzannah C Szumowski, Michihira Tagami, Martin S Taylor, Chikashi Terao, Malte Thodberg, Supat Thongjuea, Vidisha Tripathi, Igor Ulitsky, Roberto Verardo, Ilya E Vorontsov, Chinatsu Yamamoto, Robert S Young, J Kenneth Baillie, Alistair R R Forrest, Roderic Guigó, Michael M Hoffman, Chung Chau Hon, Takeya Kasukawa, Sakari Kauppinen, Juha Kere, Boris Lenhard, Claudio Schneider, Harukazu Suzuki, Ken Yagi, Michiel J L de Hoon, Jay W Shin, Piero Carninci
Genome research Vol. 30 No. 7 p. 1060-1072 2020年7月 研究論文（学術雑誌）
RADICL-seq identifies general and cell type-specific principles of genome-wide RNA-chromatin interactions.
Alessandro Bonetti, Federico Agostini, Ana Maria Suzuki, Kosuke Hashimoto, Giovanni Pascarella, Juliette Gimenez, Leonie Roos, Alex J Nash, Marco Ghilotti, Christopher J F Cameron, Matthew Valentine, Yulia A Medvedeva, Shuhei Noguchi, Eneritz Agirre, Kaori Kashi, Samudyata, Joachim Luginbühl, Riccardo Cazzoli, Saumya Agrawal, Nicholas M Luscombe, Mathieu Blanchette, Takeya Kasukawa, Michiel de Hoon, Erik Arner, Boris Lenhard, Charles Plessy, Gonçalo Castelo-Branco, Valerio Orlando, Piero Carninci
Nature communications Vol. 11 No. 1 p. 1018-1018 2020年2月24日 研究論文（学術雑誌）
Broad Heterochromatic Domains Open in Gonocyte Development Prior to De Novo DNA Methylation.
Soichiro Yamanaka, Hidenori Nishihara, Hidehiro Toh, Luis Augusto Eijy Nagai, Kosuke Hashimoto, Sung-Joon Park, Aoi Shibuya, Ana Maria Suzuki, Yujiro Tanaka, Kenta Nakai, Piero Carninci, Hiroyuki Sasaki, Haruhiko Siomi
Developmental cell Vol. 51 No. 1 p. 21-34 2019年10月7日 研究論文（学術雑誌）
Multi-year whole-blood transcriptome data for the study of onset and progression of Parkinson's Disease.
Matthew N Z Valentine, Kosuke Hashimoto, Takeshi Fukuhara, Shinji Saiki, Kei-Ichi Ishikawa, Nobutaka Hattori, Piero Carninci
Scientific data Vol. 6 No. 1 p. 20-20 2019年4月5日 研究論文（学術雑誌）
OVOL2 induces mesenchymal-to-epithelial transition in fibroblasts and enhances cell-state reprogramming towards epithelial lineages.
Watanabe K, Liu Y, Noguchi S, Murray M, Chang JC, Kishima M, Nishimura H, Hashimoto K, Minoda A, Suzuki H
Scientific reports Vol. 9 No. 1 2019年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Dynamics of cardiomyocyte transcriptome and chromatin landscape demarcates key events of heart development.
Michal Pawlak, Katarzyna Z Kedzierska, Maciej Migdal, Karim Abu Nahia, Jordan A Ramilowski, Lukasz Bugajski, Kosuke Hashimoto, Aleksandra Marconi, Katarzyna Piwocka, Piero Carninci, Cecilia L Winata
Genome research Vol. 29 No. 3 p. 506-519 2019年3月 研究論文（学術雑誌）
Prevention of hepatocellular carcinoma by targeting MYCN-positive liver cancer stem cells with acyclic retinoid.
Xian-Yang Qin, Harukazu Suzuki, Masao Honda, Hikari Okada, Shuichi Kaneko, Ikuyo Inoue, Etsuko Ebisui, Kosuke Hashimoto, Piero Carninci, Keita Kanki, Hideki Tatsukawa, Naoto Ishibashi, Takahiro Masaki, Tomokazu Matsuura, Hiroyuki Kagechika, Kan Toriguchi, Etsuro Hatano, Yohei Shirakami, Goshi Shiota, Masahito Shimizu, Hisataka Moriwaki, Soichi Kojima
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Vol. 115 No. 19 p. 4969-4974 2018年5月8日 研究論文（学術雑誌）
An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse
Derek de Rie, Imad Abugessaisa, Tanvir Alam, Erik Arner, Peter Arner, Haitham Ashoor, Gaby Astrom, Magda Babina, Nicolas Bertin, A. Maxwell Burroughs, Ailsa J. Carlisle, Carsten O. Daub, Michael Detmar, Ruslan Deviatiiarov, Alexandre Fort, Claudia Gebhard, Daniel Goldowitz, Sven Guhl, Thomas J. Ha, Jayson Harshbarger, Akira Hasegawa, Kosuke Hashimoto, Meenhard Herlyn, Peter Heutink, Kelly J. Hitchens, Chung Chau Hon, Edward Huang, Yuri Ishizu, Chieko Kai, Takeya Kasukawa, Peter Klinken, Timo Lassmann, Charles-Henri Lecellier, Weonju Lee, Marina Lizio, Vsevolod Makeev, Anthony Mathelier, Yulia A. Medvedeva, Niklas Mejhert, Christopher J. Mungall, Shohei Noma, Mitsuhiro Ohshima, Mariko Okada-Hatakeyama, Helena Persson, Patrizia Rizzu, Filip Roudnicky, Pal Saetrom, Hiroki Sato, Jessica Severin, Jay W. Shin, Rolf K. Swoboda, Hiroshi Tarui, Hiroo Toyoda, Kristoffer Vitting-Seerup, Louise Winteringham, Yoko Yamaguchi, Kayoko Yasuzawa, Misako Yoneda, Noriko Yumoto, Susan Zabierowski, Peter G. Zhang, Christine A. Wells, Kim M. Summers, Hideya Kawaji, Albin Sandelin, Michael Rehli, Yoshihide Hayashizaki, Piero Carninci, Alistair R. R. Forrest, Michiel J. L. de Hoon
NATURE BIOTECHNOLOGY Vol. 35 No. 9 p. 872-+ 2017年9月 研究論文（学術雑誌）
Deficiency of multidrug resistance 2 contributes to cell transformation through oxidative stress
Ali Tebbi, Florence Levillayer, Gregory Jouvion, Laurence Fiette, Guillaume Soubigou, Hugo Varet, Nesrine Boudjadja, Stefano Cairo, Kosuke Hashimoto, Ana Maria Suzuki, Piero Carninci, Annamaria Carissimo, Diego di Bernardo, Yu Wei
CARCINOGENESIS Vol. 37 No. 1 p. 39-48 2016年1月 研究論文（学術雑誌）
STAP cells are derived from ES cells
Daijiro Konno, Takeya Kasukawa, Kosuke Hashimoto, Takehiko Itoh, Taeko Suetsugu, Ikuo Miura, Shigeharu Wakana, Piero Carninci, Fumio Matsuzaki
NATURE Vol. 525 No. 7570 p. E4-+ 2015年9月 研究論文（学術雑誌）
Nuclear transcriptome profiling of induced pluripotent stem cells and embryonic stem cells identify non-coding loci resistant to reprogramming
Alexandre Fort, Daisuke Yamada, Kosuke Hashimoto, Haruhiko Koseki, Piero Carninci
CELL CYCLE Vol. 14 No. 8 p. 1148-1155 2015年4月 研究論文（学術雑誌）
Characterization of novel transcripts of human papillomavirus type 16 using cap analysis gene expression technology.
Ayumi Taguchi, Kazunori Nagasaka, Kei Kawana, Kosuke Hashimoto, Rika Kusumoto-Matsuo, Charles Plessy, Miranda Thomas, Hiroe Nakamura, Alessandro Bonetti, Katsutoshi Oda, Iwao Kukimoto, Piero Carninci, Lawrence Banks, Yutaka Osuga, Tomoyuki Fujii
Journal of virology Vol. 89 No. 4 p. 2448-52 2015年2月 研究論文（学術雑誌）
Evolutionary, Physicochemical, and Functional Mechanisms of Protein Homooligomerization
Hafumi Nishi, Kosuke Hashimoto, Thomas Madej, Anna R. Panchenko
OLIGOMERIZATION IN HEALTH AND DISEASE Vol. 117 p. 3-24 2013年 論文集(書籍)内論文
Cancer missense mutations alter binding properties of proteins and their interaction networks.
Hafumi Nishi, Manoj Tyagi, Shaolei Teng, Benjamin A Shoemaker, Kosuke Hashimoto, Emil Alexov, Stefan Wuchty, Anna R Panchenko
PloS one Vol. 8 No. 6 2013年
Mutations that reduce its specific DNA binding inhibit high NaCl-induced nuclear localization of the osmoprotective transcription factor NFAT5
Yuichiro Izumi, Jinxi Li, Courtney Villers, Kosuke Hashimoto, Maurice B. Burg, Joan D. Ferraris
AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-CELL PHYSIOLOGY Vol. 303 No. 10 p. C1061-C1069 2012年11月 研究論文（学術雑誌）
Large-scale mapping of human protein interactome using structural complexes
Manoj Tyagi, Kosuke Hashimoto, Benjamin A. Shoemaker, Stefan Wuchty, Anna R. Panchenko
EMBO REPORTS Vol. 13 No. 3 p. 266-271 2012年3月 研究論文（学術雑誌）
Phosphorylation in Protein-Protein Binding: Effect on Stability and Function
Hafumi Nishi, Kosuke Hashimoto, Anna R. Panchenko
STRUCTURE Vol. 19 No. 12 p. 1807-1815 2011年12月 研究論文（学術雑誌）
KEGG GLYCAN for integrated analysis of pathways, genes, and glycan structures
Kosuke Hashimoto, Minoru Kanehisa
Handbook of Glycomics p. 197-210 2010年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Elsevier Inc.
The Global Picture of Glycosyltransferase Families in Eukaryotes
Kosuke Hashimoto, Toshiaki Tokimatsu, Susumu Goto, Minoru Kanehisa
GLYCOBIOLOGY Vol. 18 No. 11 p. 968-968 2008年11月
A new efficient probabilistic model for mining labeled ordered trees applied to glycobiology
Kosuke Hashimoto, Kiyoko Flora Aoki-Kinoshita, Nobuhisa Ueda, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
ACM Transactions on Knowledge Discovery from Data Vol. 2 No. 1 2008年3月1日 研究論文（学術雑誌）
An improved scoring scheme for predicting glycan structures from gene expression data
Akitsugu Suga, Yoshihiro Yamanishi, Kosuke Hashimoto, Susumu Goto, Minoru Kanehisa
GENOME INFORMATICS 2007, VOL 18 Vol. 18 p. 237-246 2007年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
A new efficient probabilistic model for mining labeled ordered trees
Kosuke Hashimoto, Kiyoko F. Aqki-Kinoshita, Nobuhisa Ueda, Minoru Kanehisa, Hiroshi Mamitsuka
Proceedings of the ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining Vol. 2006 p. 177-186 2006年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Association for Computing Machinery (ACM)
The repertoire of desaturases for unsaturated fatty acid synthesis in 397 genomes.
Hashimoto K, Yoshizawa AC, Saito K, Yamada T, Kanehisa M
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics Vol. 17 No. 1 p. 173-183 2006年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Prediction of glycan structures from gene expression data based on glycosyltransferase reactions
S Kawano, K Hashimoto, T Miyama, S Goto, M Kanehisa
BIOINFORMATICS Vol. 21 No. 21 p. 3976-3982 2005年11月 研究論文（学術雑誌）
A global representation of the carbohydrate structures: a tool for the analysis of glycan.
Hashimoto K, Kawano S, Goto S, Aoki-Kinoshita KF, Kawashima M, Kanehisa M
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics Vol. 16 No. 1 p. 214-222 2005年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Extraction of species-specific glycan substructures.
Hizukuri Y, Yamanishi Y, Hashimoto K, Kanehisa M
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics Vol. 15 No. 1 p. 69-81 2004年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
GLYCAN: The Database of Carbohydrate Structures
Hashimoto Kosuke, Hamajima Masami, Goto Susumu, Masumoto Shigekazu, Kawasima Masayuki, Kanehisa Minoru
Genome Informatics Vol. 14 p. 649-650 2003年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
Prediction of Glycan Structures from Glycosyltransferase Expression Profiles
Kawano Shin, Okuno Yasushi, Hashimoto Kosuke, Yamamoto Harumi, Takematsu Hiromu, Kozutsumi Yasunori, Goto Susumu, Kanehisa Minoru
Genome Informatics Vol. 14 p. 304-305 2003年
出版者・発行元：Japanese Society for Bioinformatics
【百寿者研究から探る健康長寿への道】シングルセルデータから推定するスーパーセンチナリアンの生物学的年齢
橋本 浩介
医学のあゆみ Vol. 288 No. 4 p. 279-282 2024年1月
出版者・発行元：医歯薬出版(株)百寿者にみる老化後期におけるリンパ球の変化
橋本 浩介, 新井 康通
実験医学 Vol. 41 No. 8 p. 1276-1279 2023年5月
出版者・発行元：(株)羊土社
加速する1細胞レベルのT細胞レセプター解析-百寿者研究への応用-
橋本浩介, 新井康通
月刊臨床免疫・アレルギー科 Vol. 78 No. 2 p. 194-198 2022年8月
トランスクリプトームデータの一般的な解析手順
橋本浩介
医学のあゆみ Vol. 280 No. 12 p. 1267-1272 2022年3月
百寿者免疫細胞の1細胞トランスクリプトーム解析
橋本浩介, 新井康通
医学のあゆみ Vol. 276 No. 10 p. 998-1002 2021年3月
一細胞トランスクリプトーム解析の現況
橋本浩介
月刊臨床免疫・アレルギー科 Vol. 74 No. 1 p. 93-96 2020年
Epi-drivers and cancer-testis genes
Bogumil Kaczkowski, Kosuke Hashimoto, Piero Carninci
TRANSLATIONAL CANCER RESEARCH Vol. 5 No. 3 p. 334-336 2016年6月 その他
大規模トランスクリプトーム解析によるncRNAの発見
橋本浩介
実験医学 Vol. 33 No. 20 p. 3302-3303 2015年
肝臓がんで発現するキメラnon-coding RNA
橋本浩介
実験医学 Vol. 32 No. 9 p. 1378-1379 2014年
セルロース合成関連遺伝子群のゲノムコンテキスト解析
河野信, 橋本浩介, 吉沢明康
セルロース学会年次大会講演要旨集 Vol. 17th 2010年
KEGG GLYCANデータベースと糖鎖インフォマティクス
橋本 浩介, 五斗 進, 金久 實
蛋白質・核酸・酵素 Vol. 53 No. 12 p. 1698-1702 2008年9月
出版者・発行元：共立出版(株)KEGG 生命システム情報統合データベース
橋本 浩介, 五斗 進, 金久 實
実験医学 Vol. 26 No. 7 p. 1142-1147 2008年5月
出版者・発行元：(株)羊土社
Efficiently finding significant substructural patterns conserved in glycans
TAKIGAWA Ichigaku, HASHIMOTO Kosuke, SHIGA Motoki, KANEHISA Minoru, MAMITSUKA Hiroshi
Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform Vol. 2008 2008年
DesaturaseとElongaseの網羅的探索及びその組合せによる脂肪酸予測
橋本浩介, 吉沢明康, 奥田修二郎, 隈啓一, 五斗進, 金久實
生化学 2007年
110歳以上の人たちに特殊な免疫細胞
NHK
2019年11月
110歳以上の人に特殊な免疫細胞
産経新聞
2019年11月
110歳以上 特殊免疫細胞多く
読売新聞
2019年11月
110歳以上 秘密は免疫細胞
朝日新聞
2019年11月
プレスリリース: 110歳以上の超長寿者が持つ特殊なT細胞
2019年11月 ～ 2019年11月
プレスリリース: B型肝炎ウイルスの詳細な転写マップを作成
2016年10月 ～ 2016年10月
プレスリリース: 肝細胞がんで活性化するレトロウイルス由来のRNA
2015年10月 ～ 2015年10月
Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties
Koyama Kyohei, Hashimoto Kosuke, Nagao Chioko, Mizuguchi Kenji
Frontiers in Bioinformatics Vol. 3 2023年12月18日
Evidence-Based Prediction of Cellular Toxicity for Amorphous Silica Nanoparticles
Martin, Watanabe Reiko, Hashimoto Kosuke, Higashisaka Kazuma, Haga Yuya, Tsutsumi Yasuo, Mizuguchi Kenji
ACS Nano Vol. 17 No. 11 p. 9987-9999 2023年6月13日
