keyword BioStation，ABINIT-MP，FMO創薬，フラグメント分子軌道法（FMO法），量子化学，計算構造生物学，計算生命科学
立教大学 理学研究科 化学専攻
1997年4月1日 ～ 2000年3月31日
立教大学 理学研究科 化学専攻
1995年4月1日 ～ 1997年3月31日
立教大学 理学部 化学科
1991年4月1日 ～ 1995年3月31日
一般社団法人 HPCIコンソーシアム 理事
2024年6月 ～ 継続中
大阪大学教育研究評議会 評議員
2024年4月 ～ 継続中
CBIジャーナル 編集委員長
2024年4月 ～ 継続中
文部科学省 HPCI計画推進委員会 委員 政府
2023年4月 ～ 継続中
日本薬学会構造活性相関部会 幹事 学協会
2019年4月 ～ 継続中
CBI学会FMO研究会 主査 学協会
2016年8月 ～ 継続中
FMO創薬コンソーシアム 代表 その他
2014年11月 ～ 継続中
CBI学会 評議員 学協会
2014年 ～ 継続中
分子科学会 編集委員
2014年11月 ～ 2022年8月
FMO研究会 幹事 学協会
2012年4月 ～ 2016年7月
日本コンピュータ化学会 理事
2022年4月 ～
日本DDS学会
日本コンピュータ化学会
日本薬学会
分子科学会
日本化学会
CBI学会
ナノテク・材料 / 基礎物理化学 /
ライフサイエンス / 構造生物化学 /
ナノテク・材料 / 生体化学 /
ナノテク・材料 / 生物分子化学 /
情報通信 / 計算科学 /
第11回 HPCI利用研究課題優秀成果賞
2024年10月
大谷賞
星薬科大学 2019年5月
第５回 「京を中核とする」HPCIシステム利用研究課題 優秀成果賞
福澤 薫 2018年11月
第4回 「京を中核とする」HPCIシステム利用研究課題 優秀成果賞
福澤 薫 2017年11月
第８回 資生堂女性研究者サイエンスグラント
福澤 薫 2017年6月
The Effectiveness of Local Fine-Tuned LLMs: Assessment of the Japanese National Examination for Pharmacists
Hiroto Asano, Daisuke Takaya, Asuka Hatabu, Minako Ohishi, Kaori Fukuzawa, Kenji Ikeda, Yu-Shi Tian
2025年4月15日
The seventh blind test of crystal structure prediction: structure generation methods
Lily M. Hunnisett, Jonas Nyman, Nicholas Francia, Nathan S. Abraham, Claire S. Adjiman, Srinivasulu Aitipamula, Tamador Alkhidir, Mubarak Almehairbi, Andrea Anelli, Dylan M. Anstine, John E. Anthony, Joseph E. Arnold, Faezeh Bahrami, Michael A. Bellucci, Rajni M. Bhardwaj, Imanuel Bier, Joanna A. Bis, A. Daniel Boese, David H. Bowskill, James Bramley, Jan Gerit Brandenburg, Doris E. Braun, Patrick W. V. Butler, Joseph Cadden, Stephen Carino, Eric J. Chan, Chao Chang, Bingqing Cheng, Sarah M. Clarke, Simon J. Coles, Richard I. Cooper, Ricky Couch, Ramon Cuadrado, Tom Darden, Graeme M. Day, Hanno Dietrich, Yiming Ding, Antonio DiPasquale, Bhausaheb Dhokale, Bouke P. van Eijck, Mark R. J. Elsegood, Dzmitry Firaha, Wenbo Fu, Kaori Fukuzawa, Joseph Glover, Hitoshi Goto, Chandler Greenwell, Rui Guo, Jürgen Harter, Julian Helfferich, Detlef W. M. Hofmann, Johannes Hoja, John Hone, Richard Hong, Geoffrey Hutchison, Yasuhiro Ikabata, Olexandr Isayev, Ommair Ishaque, Varsha Jain, Yingdi Jin, Aling Jing, Erin R. Johnson, Ian Jones, K. V. Jovan Jose, Elena A. Kabova, Adam Keates, Paul F. Kelly, Dmitry Khakimov, Stefanos Konstantinopoulos, Liudmila N. Kuleshova, He Li, Xiaolu Lin, Alexander List, Congcong Liu, Yifei Michelle Liu, Zenghui Liu, Zhi-Pan Liu, Joseph W. Lubach, Noa Marom, Alexander A. Maryewski, Hiroyuki Matsui, Alessandra Mattei, R. Alex Mayo, John W. Melkumov, Sharmarke Mohamed, Zahrasadat Momenzadeh Abardeh, Hari S. Muddana, Naofumi Nakayama, Kamal Singh Nayal, Marcus A. Neumann, Rahul Nikhar, Shigeaki Obata, Dana O'Connor, Artem R. Oganov, Koji Okuwaki, Alberto Otero-de-la-Roza, Constantinos C. Pantelides, Sean Parkin, Chris J. Pickard, Luca Pilia, Tatyana Pivina, Rafał Podeszwa, Alastair J. A. Price, Louise S. Price, Sarah L. Price, Michael R. Probert, Angeles Pulido, Gunjan Rajendra Ramteke, Atta Ur Rehman, Susan M. Reutzel-Edens, Jutta Rogal, Marta J. Ross, Adrian F. Rumson, Ghazala Sadiq, Zeinab M. Saeed, Alireza Salimi, Matteo Salvalaglio, Leticia Sanders de Almada, Kiran Sasikumar, Sivakumar Sekharan, Cheng Shang, Kenneth Shankland, Kotaro Shinohara, Baimei Shi, Xuekun Shi, A. Geoffrey Skillman, Hongxing Song, Nina Strasser, Jacco van de Streek, Isaac J. Sugden, Guangxu Sun, Krzysztof Szalewicz, Benjamin I. Tan, Lu Tan, Frank Tarczynski, Christopher R. Taylor, Alexandre Tkatchenko, Rithwik Tom, Mark E. Tuckerman, Yohei Utsumi, Leslie Vogt-Maranto, Jake Weatherston, Luke J. Wilkinson, Robert D. Willacy, Lukasz Wojtas, Grahame R. Woollam, Zhuocen Yang, Etsuo Yonemochi, Xin Yue, Qun Zeng, Yizu Zhang, Tian Zhou, Yunfei Zhou, Roman Zubatyuk, Jason C. Cole
Acta Crystallographica Section B Structural Science, Crystal Engineering and Materials Vol. 80 No. 6 2024年12月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：International Union of Crystallography (IUCr)
Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method
Daisuke Takaya, Shu Ohno, Toma Miyagishi, Sota Tanaka, Koji Okuwaki, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Yu-Shi Tian, Kaori Fukuzawa
Scientific Data 2024年10月23日 研究論文（学術雑誌）
Effects of Glass Bead Size on Dissolution Profiles in Flow-through Dissolution Systems (USP 4)
Hiroyuki Yoshida, Keita Teruya, Yasuhiro Abe, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Ken-ichi Izutsu
AAPS PharmSciTech Vol. 25 No. 8 2024年10月22日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
New Catalytic Residues and Catalytic Mechanism of the RNase T1 Family
Katsuki Takebe, Mamoru Suzuki, Yumiko Hara, Takuya Katsutani, Naomi Motoyoshi, Tadashi Itagaki, Shuhei Miyakawa, Kuniaki Okamoto, Kaori Fukuzawa, Hiroko Kobayashi
ACS Bio & Med Chem Au 2024年9月20日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Docosahexaenoic acid enhances the treatment efficacy for castration-resistant prostate cancer by inhibiting autophagy through Atg4B inhibition.
Yudai Kudo, Kana Nakamura, Honoka Tsuzuki, Kotaro Hirota, Mina Kawai, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma, Yuta Yoshino, Mitsuhiro Nakamura, Masaki Shiota, Naohiro Fujimoto, Akira Ikari, Satoshi Endo
Archives of biochemistry and biophysics Vol. 760 p. 110135-110135 2024年8月23日 研究論文（学術雑誌）
Geometry Optimization using the Frozen Domain and Partial Dimer Approach with the Fragment Molecular Orbital Method: Implementation, Benchmark, and Application for Ligand-Binding Site of Proteins
Koji Okuwaki, Naoki Watanabe, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Naofumi Nakayama, Akifumi Kato, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa
2024年7月24日
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
A machine learning model for predicting quantum chemistry based protein-drug molecule interactions
Ryosuke KITA, Chiduru WATANABE, Masateru OHTA, Naoki TANIMURA, Koji OKUWAKI, Mitsunori IKEGUCHI, Kaori FUKUZAWA, Teruki HONMA, Tsuyohiko FUJIGAYA, Koichiro KATO
The 38th Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence Vol. 38 2024年5月 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Characterization and drug solubilization of arginine-based ionic liquids – Impact of counterions and stoichiometry
Siran Wang, Qihui Xu, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
International Journal of Pharmaceutics p. 124228-124228 2024年5月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Crystal Polymorph Search in the NPT Ensemble via a Deposition/Sublimation Alchemical Path
Aaron J. Nessler, Okimasa Okada, Yuya Kinoshita, Koki Nishimura, Hiroomi Nagata, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Michael J. Schnieders
Crystal Growth & Design 2024年4月17日 研究論文（学術雑誌）
The Development and Characterization of Novel Ionic Liquids Based on Mono- and Dicarboxylates with Meglumine for Drug Solubilizers and Skin Permeation Enhancers
Takayuki Furuishi, Sara Taguchi, Siran Wang, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Pharmaceutics Vol. 16 No. 3 p. 322-322 2024年2月26日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：MDPI AG
FMOe: Preprocessing and visualizing package of the fragment molecular orbital method for Molecular Operating Environment and its applications in covalent ligand and metalloprotein analyses
Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma
2024年2月8日
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Analysis of Moisture Stability in Amorphous Solid DispersionsUsing Molecular Dynamics and FMO Methods
Honoka MATSUMOTO, Koji OKUWAKI, Kenjirou HIGASHI, Takayuki FURUISHI, Kaori FUKUZAWA, Etsuo YONEMOCHI
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 23 No. 4 p. 115-125 2024年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
Probing RNA–Small Molecule Interactions Using Biophysical and Computational Approaches
Amiu Shino, Maina Otsu, Koji Imai, Kaori Fukuzawa, Ella Czarina Morishita
ACS Chemical Biology 2023年11月17日 研究論文（学術雑誌）
Pateamine A mediates RNA sequence-selective translation repression by anchoring eIF4A and DDX3 to GNG motifs
Shintaro Iwasaki, Hironori Saito, Yuma Handa, Mingming Chen, Tilman Schneider-Poetsch, Yuichi Shichino, Mari Takahashi, Daniel Romo, Minoru Yoshida, Alois Furstner, Takuhiro Ito, Kaori Fukuzawa
2023年9月21日
Crystal structure prediction with force field, DFT-D3 and FMO techniques
S. Obata, Y. Utsumi, Y. Ikabata, K. Okuwaki, K. Fukuzawa, N. Nakayama, E. Yonemochi, H. Goto
Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances Vol. 79 No. a2 p. C890-C890 2023年8月22日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：International Union of Crystallography (IUCr)
Prediction of Binding Pose and Affinity of SARS-CoV-2 Main Protease and Repositioned Drugs by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations
Yuma Handa, Koji Okuwaki, Yusuke Kawashima, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka, Takayuki Furuishi, Etsuo Yonemochi, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa
2023年7月25日
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method
Koichiro Kato*, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 23 p. 14-25 2023年7月20日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society
Structural and Computational Analyses of the Unique Interactions of Opicapone in the Binding Pocket of Catechol O-Methyltransferase: A Crystallographic Study and Fragment Molecular Orbital Analyses
Katsuki Takebe, Mamoru Suzuki, Takao Kuwada-Kusunose, Satoko Shirai, Kaori Fukuzawa, Tomoko Takamiya, Narikazu Uzawa, Hiroshi Iijima
Journal of Chemical Information and Modeling 2023年7月12日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Characterization of Co-amorphous Carvedilol–Maleic Acid System Prepared by Solvent Evaporation
Takayuki Furuishi, Nanami Sato-Hata, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Pharmaceutical Development and Technology p. 1-13 2023年3月22日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Informa UK Limited
Functional molecular evolution of a GTP sensing kinase: PI5P4Kβ.
Koh Takeuchi, Miki Senda, Yoshiki Ikeda, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Mika Sasaki, Atsuo T Sasaki, Toshiya Senda
The FEBS journal 2023年3月1日 研究論文（学術雑誌）
Structure and Mechanism Analysis of Proteins by Fragment Molecular Orbital Calculations
Kaori FUKUZAWA, Chiduru WATANABE, Koichiro KATO
Nihon Kessho Gakkaishi Vol. 65 No. 1 p. 17-25 2023年2月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：The Crystallographic Society of Japan
Promoting Activity of Terpenes on Skin Permeation of Famotidine
Qihui Xu, Yifan Wu, Hiroki Saito, Yuki Ofuchi, Haruna Setoyama, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Yasuko Obata
Chemical and Pharmaceutical Bulletin Vol. 71 No. 2 p. 111-119 2023年2月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Pharmaceutical Society of Japan
Physicochemical Properties and Transdermal Absorption of a Flurbiprofen and Lidocaine Complex in the Non-Crystalline Form
Qihui Xu, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Pharmaceutics Vol. 15 No. 2 2023年1月 研究論文（学術雑誌）
Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir (Xocova) Compared with Its Initial Screening Hit
Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma
2022年12月2日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti
Kazue Inaba, Kana Ebihara, Miki Senda, Ryunosuke Yoshino, Chisako Sakuma, Kotaro Koiwai, Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Akira Watanabe, Yusuke Kawashima, Kaori Fukuzawa, Riyo Imamura, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Nozomi Uemura, Shinji Kasai, Hirotaka Kanuka, Takashi Nishimura, Kodai Watanabe, Hideshi Inoue, Yuuta Fujikawa, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa
BMC Biology Vol. 20 No. 1 2022年12月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
Fragment molecular orbital calculations containing Mg<sup>2+</sup> ions: PPlase domain of Cyclophilin G
Masayasu Fujii, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 22 p. 55-62 2022年9月16日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society
Evaluating the correlation of binding affinities between isothermal titration calorimetry and fragment molecular orbital method of estrogen receptor beta with diarylpropionitrile (DPN) or DPN derivatives.
Chiaki Handa, Yuki Yamazaki, Shigeru Yonekubo, Noritaka Furuya, Takaki Momose, Tomonaga Ozawa, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
The Journal of steroid biochemistry and molecular biology Vol. 222 p. 106152-106152 2022年9月 研究論文（学術雑誌）
Study of Orally Disintegrating Tablets Using Erythritol as an Excipient Produced by Moisture-Activated Dry Granulation (MADG)
Mizuki Yamada, Agata Ishikawa, Shun Muramatsu, Takayuki Furuishi, Yoshinori Onuki, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Pharmaceuticals Vol. 15 No. 8 p. 1004-1004 2022年8月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：MDPI AG
Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy
Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki, Norihito Kawashita, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
Journal of Computational Chemistry Vol. 43 No. 20 p. 1362-1371 2022年7月30日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley
The GTP responsiveness of PI5P4Kβ evolved from a compromised trade-off between activity and specificity.
Koh Takeuchi, Yoshiki Ikeda, Miki Senda, Ayaka Harada, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Hong Yang Yu, Lisa Nagase, Misaki Imai, Mika Sasaki, Yu-Hua Lo, Doshun Ito, Natsuki Osaka, Yuki Fujii, Atsuo T Sasaki, Toshiya Senda
Structure (London, England : 1993) Vol. 30 No. 6 p. 886-899 2022年6月2日 研究論文（学術雑誌）
FMO calculations for zinc metalloprotease: Fragmentation of amino-acid residues coordinated to zinc ion
Imai, K., Takimoto, D., Saito, R., Watanabe, C., Fukuzawa, K., Kurita, N.
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 22 p. 21-25 2022年6月 研究論文（学術雑誌）
Computational approach to elucidate the formation and stabilization mechanism of amorphous formulation using molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation.
Xiaohan Ma, Kenjirou Higashi, Kaori Fukuzawa, Keisuke Ueda, Kazunori Kadota, Yuichi Tozuka, Etsuo Yonemochi, Kunikazu Moribe
International journal of pharmaceutics Vol. 615 p. 121477-121477 2022年3月5日 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital calculations for biomolecules
Fukuzawa, K., Tanaka, S.
Current Opinion in Structural Biology Vol. 72 p. 127-134 2022年2月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Sulfated Hyaluronan Binds to Heparanase and Blocks Its Enzymatic and Cellular Actions in Carcinoma Cells
Shi, J., Kanoya, R., Tani, Y., Ishikawa, S., Maeda, R., Suzuki, S., Kawanami, F., Miyagawa, N., Takahashi, K., Oku, T., Yamamoto, A., Fukuzawa, K., Nakajima, M., Irimura, T., Higashi, N.
International Journal of Molecular Sciences Vol. 23 No. 9 2022年 研究論文（学術雑誌）
Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method
Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka
Applied Physics Express Vol. 15 No. 1 p. 017001-017001 2022年1月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：IOP Publishing
Altered Media Flow and Tablet Position as Factors of How Air Bubbles Affect Dissolution of Disintegrating and Non-disintegrating Tablets Using a USP 4 Flow-Through Cell Apparatus
Hiroyuki Yoshida, Keita Teruya, Yasuhiro Abe, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Ken-ichi Izutsu
AAPS PHARMSCITECH Vol. 22 No. 7 2021年8月 研究論文（学術雑誌）
Dynamic Cooperativity of Ligand–Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method
Shigenori Tanaka, Shusuke Tokutomi, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki
The Journal of Physical Chemistry B Vol. 125 No. 24 p. 6501-6512 2021年6月24日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})
Special feature of COVID-19 in FMODB: Fragment molecular orbital calculations and interaction energy analysis of SARS-CoV-2 related proteins
Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Teruki Honma
2021年6月18日
出版者・発行元：Cambridge University Press (CUP)
Computational ab initio interaction analyses between neutralizing antibody and SARS-CoV-2 variant spike proteins using the fragment molecular orbital method
Kazuki Watanabe, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Yu-Shi Tian, Yusuke Kawashima, Norihito Kawashita, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Takagi
Bulletin of the Chemical Society of Japan 2021年5月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：The Chemical Society of Japan
Manufacturability and Properties of Granules and Tablets Using the Eco-Friendly Granulation Method Green Fluidized Bed Granulation Compared to Direct Compression
Agata Ishikawa, Hiroshi Takasaki, Atsushi Sakurai, Takuma Katayama, Koichi Wada, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Yasuko Obata, Etsuo Yonemochi
Chemical and Pharmaceutical Bulletin Vol. 69 No. 5 p. 447-455 2021年5月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Pharmaceutical Society of Japan
Stabilization mechanism of amorphous carbamazepine by transglycosylated rutin, a non-polymeric amorphous additive with a high glass transition temperature.
Chisa Aoki, Xiaohan Ma, Kenjirou Higashi, Yuya Ishizuka, Keisuke Ueda, Kazunori Kadota, Kaori Fukuzawa, Yuichi Tozuka, Kohsaku Kawakami, Etsuo Yonemochi, Kunikazu Moribe
International journal of pharmaceutics Vol. 600 p. 120491-120491 2021年5月1日 研究論文（学術雑誌）
Intermolecular Interaction Analyses on SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain and Human Angiotensin-Converting Enzyme 2 Receptor-Blocking Antibody/Peptide Using Fragment Molecular Orbital Calculation
Kazuki Watanabe, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Yu-Shi Tian, Yusuke Kawashima, Norihito Kawashita, Tatsuya Takagi, Kaori Fukuzawa
The Journal of Physical Chemistry Letters Vol. 12 No. 16 p. 4059-4066 2021年4月29日 研究論文（学術雑誌）
Crystal Structures of Antiarrhythmic Drug Disopyramide and Its Salt with Phthalic Acid
Majid Ismail Tamboli, Yushi Okamoto, Yohei Utsumi, Takayuki Furuishi, Siran Wang, Daiki Umeda, Okky Dwichandra Putra, Kaori Fukuzawa, Hidehiro Uekusa, Etsuo Yonemochi
Crystals Vol. 11 No. 4 p. 379-379 2021年4月6日 研究論文（学術雑誌）
Molecular recognition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: quantum chemical hot spot and epitope analyses dagger
Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma
CHEMICAL SCIENCE Vol. 12 No. 13 2021年4月 研究論文（学術雑誌）
Crystal Structure of Novel Terephthalate Salt of Antiarrhythmic Drug Disopyramide
Majid Ismail Tamboli, Yohei Utusmi, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Crystals Vol. 11 No. 4 2021年3月31日 研究論文（学術雑誌）
FMODB: The World’s First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method
Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi, Tatsuya Takagi, Norihito Kawashita, Kenichiro Takaba, Tomonaga Ozawa, Midori Takimoto-Kamimura, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma
Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 61 No. 2 p. 777-794 2021年2月22日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation
Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka
Applied Physics Express Vol. 14 No. 2 p. 027003-027003 2021年2月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：{IOP} Publishing
Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method
Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Katsunori Segawa, Yuji Mochizuki
Bulletin of the Chemical Society of Japan Vol. 94 No. 1 p. 91-96 2021年1月15日 研究論文（学術雑誌）
FMO Drug Design Consortium
Fukuzawa, K., Tanaka, S., Yagi, Y., Kurita, N., Kawashita, N., Takaba, K., Honma, T.
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability 2021年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability
Improving the Accuracy of Crystal Structure Prediction Using FMO Crystal Energy: An Example of Target XXIII
Yohei UTSUMI, Daiki UMEDA, Koji OKUWAKI, Shigeaki OBATA, Naofumi NAKAYAMA, Hitoshi GOTO, Takayuki FURUISHI, Kaori FUKUZAWA, Etsuo YONEMOCHI
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 20 No. 3 p. 92-93 2021年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
化合物のAmes予測におけるGraph Convolutional Networkの特徴評価
半田 千彰, 小沢 知永, 福澤 薫, 米持 悦生
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 20 No. 1 p. 1-9 2021年
出版者・発行元：日本コンピュータ化学会
Modeling of Solid and Surface
Koichiro Kato, Aya Hashimoto, Eiichi Tamiya, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Ishikawa, Yuji Mochizuki
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method p. 407-424 2021年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer Singapore
The ABINIT-MP Program
Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Takeshi Ishikawa, Yuto Komeiji, Yuji Kato, Naoki Watanabe, Takashi Tsukamoto, Hirotoshi Mori, Koji Okuwaki, Shigenori Tanaka, Akifumi Kato, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method p. 53-67 2021年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer Singapore
How to Perform FMO Calculation in Drug Discovery
Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method p. 93-125 2021年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer Singapore
Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations
Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka
RSC Advances Vol. 11 No. 6 p. 3272-3279 2021年 研究論文（学術雑誌）
Identification of correlated inter-residue interactions in protein complex based on the fragment molecular orbital method
Shigenori Tanaka, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Kazue Ohishi, Tadashi Maruyama
Journal of Molecular Graphics and Modelling Vol. 100 p. 107650-107650 2020年11月 研究論文（学術雑誌）
Intermolecular interaction among Remdesivir, RNA and RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2 analyzed by fragment molecular orbital calculation
Kato, K., Honma, T., Fukuzawa, K.
Journal of Molecular Graphics and Modelling Vol. 100 p. 107695-107695 2020年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Machine learning prediction of inter-fragment interaction energies between ligand and amino-acid residues on the fragment molecular orbital calculations for Janus kinase - inhibitor complex
Shusuke Tokutomi, Kohei Shimamura, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 757 2020年10月 研究論文（学術雑誌）
Self-Degradable Lipid-Like Materials Based on "Hydrolysis accelerated by the intra-Particle Enrichment of Reactant (HyPER)" for Messenger RNA Delivery
Hiroki Tanaka, Tatsunari Takahashi, Manami Konishi, Nae Takata, Masaki Gomi, Daiki Shirane, Ryo Miyama, Shinya Hagiwara, Yuki Yamasaki, Yu Sakurai, Keisuke Ueda, Kenjirou Higashi, Kunikazu Moribe, Eiji Shinsho, Ruka Nishida, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuta Nakai, Kota Tange, Hiroki Yoshioka, Shinya Tamagawa, Hidetaka Akita
ADVANCED FUNCTIONAL MATERIALS Vol. 30 No. 34 2020年8月 研究論文（学術雑誌）
High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning
Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda, Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma
Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 60 No. 7 p. 3361-3368 2020年7月27日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease − Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7)
Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka
Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 60 No. 7 p. 3593-3602 2020年7月27日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society ({ACS})
Activity-specificity trade-off gives PI5P4Kβ a nucleotide preference to function as a GTP-sensing kinase
Koh Takeuchi, Yoshiki Ikeda, Miki Senda, Ayaka Harada, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Hongyang Yu, Lisa Nagase, Misaki Imai, Mika Sasaki, YuHua Lo, Atsuo T. Sasaki, Toshiya Senda
2020年6月10日
Fragmentation at sp2 carbon atoms in fragment molecular orbital method
Yoshinobu Akinaga, Koichiro Kato, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki
Journal of Computational Chemistry Vol. 41 No. 15 p. 1416-1420 2020年6月5日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley
An integrated approach to unravel a crucial structural property required for the function of the insect steroidogenic Halloween protein Noppera-bo
Kotaro Koiwai, Kazue Inaba, Kana Morohashi, Sora Enya, Reina Arai, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Yuuta Fujikawa, Hideshi Inoue, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa, Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuko Shimada-Niwa, Akira Nakamura, Fumiaki Yumoto, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Vol. 295 No. 20 p. 7154-7167 2020年5月 研究論文（学術雑誌）
Crystal Structural Analysis of DL-Mandelate Salt of Carvedilol and Its Correlation with Physicochemical Properties
Nanami Hata, Takayuki Furuishi, Majid I. Tamboli, Momiji Ishizaki, Daiki Umeda, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
Crystals 2020年1月20日 研究論文（学術雑誌）
Development Status of ABINIT-MP in 2020
Yuji MOCHIZUKI, Kota SAKAKURA, Hiromasa WATANABE, Koji OKUWAKI, Koichiro KATO, Naoki WATANABE, Yoshio OKIYAMA, Kaori FUKUZAWA, Tatsuya NAKANO
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 19 No. 4 p. 142-145 2020年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
Interaction Analyses between Calcite/Apatite and Peptides by Fragment Molecular Orbital Method
Ryo HATADA, Kouichiro KATO, Koji OKUWAKI, Kaori FUKUZAWA, Yuji MOCHIZUKI
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 19 No. 1 p. 1-7 2020年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
Folding simulation of small proteins by dissipative particle dynamics (DPD) with non-empirical interaction parameters based on fragment molecular orbital calculations
Koji Okuwaki, Hideo Doi, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki
Applied Physics Express Vol. 13 No. 1 p. 017002-017002 2020年1月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：{IOP} Publishing
Interaction between calcite and adsorptive peptide analyzed by fragment molecular orbital method
Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki
Japanese Journal of Applied Physics Vol. 58 No. 12 p. 120906-120906 2019年12月1日 研究論文（学術雑誌）
実験と計算によるイルソグラジン—マレイン酸の結晶構造の予測
坂田 千夏, 岡本 有史, 梅田 大貴, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生
J. Comput. Chem. Jpn Vol. 18 p. 156-158 2019年11月 研究論文（学術雑誌）
Effect of sulfobutyl ether-β-cyclodextrin and propylene glycol alginate on the solubility of clozapine
Takayuki Furuishi, Kohei Sekino, Mihoko Gunji, Kaori Fukuzawa, Hiromasa Nagase, Tomohiro Endo, Haruhisa Ueda, Etsuo Yonemochi
Pharmaceutical Development and Technology Vol. 24 No. 4 p. 479-486 2019年4月 研究論文（学術雑誌）
Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules
Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Teruki Honma
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 19 No. 0 p. 5-18 2019年3月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society
The Translation Inhibitor Rocaglamide Targets a Bimolecular Cavity between eIF4A and Polypurine RNA.
Shintaro Iwasaki, Wakana Iwasaki, Mari Takahashi, Ayako Sakamoto, Chiduru Watanabe, Yuichi Shichino, Stephen N Floor, Koichi Fujiwara, Mari Mito, Kosuke Dodo, Mikiko Sodeoka, Hiroaki Imataka, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Takuhiro Ito, Nicholas T Ingolia
Molecular cell Vol. 73 No. 4 p. 738-748 2019年2月21日 研究論文（学術雑誌）
Destabilization of DNA through interstrand crosslinking by UO22+
Rossberg, A., Abe, T., Okuwaki, K., Barkleit, A., Fukuzawa, K., Nakano, T., Mochizuki, Y., Tsushima, S.
Chemical Communications Vol. 55 No. 14 p. 2015-2018 2019年2月18日 研究論文（学術雑誌）
Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: II. Protein and Its Ligand-Binding System Studies
Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
The Journal of Physical Chemistry B Vol. 123 No. 5 p. 957-973 2019年2月7日 研究論文（学術雑誌）
Development of an Analysis Toolkit, AnalysisFMO, to Visualize Interaction Energies Generated by Fragment Molecular Orbital Calculations
Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Vladimir Sladek, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Fuminori Misaizu, Yasuteru Shigeta
Journal of Chemical Information and Modeling Vol. 59 No. 1 p. 25-30 2019年1月28日 研究論文（学術雑誌）
X線小角散乱と散逸粒子動力学法を用いた脂質膜およびベシクル形成メカニズムの解明
新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生
J. Comp. Chem. Jpn. Vol. 17 No. 4 p. 172-179 2019年1月
A Radical Correction for Inter Fragment Interaction Energy (IFIE) between Fragments Sharing Bond Detached Atom (BDA)
Tatsuya Nakano, Yuji Mochidzuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe
Journal of Computer Aided Chemistry Vol. 20 No. 0 p. 1-6 2019年 研究論文（学術雑誌）
Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules
Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Teruki Honma
CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL Vol. 19 p. 5-18 2019年 研究論文（学術雑誌）
Interaction between a Single-Stranded DNA and a Binding Protein Viewed by the Fragment Molecular Orbital Method
Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa
Bulletin of the Chemical Society of Japan Vol. 91 No. 11 p. 1596-1605 2018年11月 研究論文（学術雑誌）
Application of singular value decomposition to the inter-fragment interaction energy analysis for ligand screening
Keiya Maruyama, Yinglei Sheng, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
Computational and Theoretical Chemistry Vol. 1132 p. 23-34 2018年5月15日 研究論文（学術雑誌）
Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: Implementation and DNA Study
Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka
The Journal of Physical Chemistry B Vol. 122 No. 16 p. 4457-4471 2018年4月26日 研究論文（学術雑誌）
Development and Application of FMO Calculation − DPD Simulation Conbination Scheme
Okuwaki Koji, Doi Hideo, Mochizuki Yuji, Ozawa Taku, Yasuoka Kenji, Fukuzawa Kaori
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 17 No. 3 2018年
FMO計算-粗視化シミュレーション連携手法の開発と応用
奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 小沢拓, 泰岡顕治, 福澤薫
J. Comp. Chem. Jpn. Vol. 17 p. 144-146 2018年
Formation Mechanism of Lipid Membrane and Vesicle Using Small Angle X-ray Scattering and Dissipative Particle Dynamics (DPD) Method
Eiji Shinsho, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Yuji Mochizuki, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN Vol. 17 No. 4 p. 172-179 2018年 研究論文（学術雑誌）
Towards good correlation between fragment molecular orbital interaction energies and experimental IC50 for ligand binding: A case study of p38 MAP kinase
Yinglei Sheng, Hirofumi Watanabe, Keiya Maruyama, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL Vol. 16 p. 421-434 2018年 研究論文（学術雑誌）
Analysis of ligand binding specificity of estrogen receptor by the fragment molecular orbital method
Yuya Seki, Tsukasa Kato, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yone
JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN Vol. 17 No. 3 p. 160-162 2018年 研究論文（学術雑誌）
Accuracy of Dimer-ES Approximation on Fragment Molecular Orbital (FMO) Method
Nakano Tatsuya, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Watanabe Chiduru, Komeiji Yuto, Mochizuki Yuji
CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL Vol. 18 p. 119-122 2018年 研究論文（学術雑誌）
Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO plus MM-PBSA) Approach
Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Lorien J. Parker, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Shigeyuki Yokoyama, Hirofumi Nakano, Shigenori Tanaka, Teruki Honma
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING Vol. 57 No. 12 p. 2996-3010 2017年12月 研究論文（学術雑誌）
Epalrestat tetrahydrofuran monosolvate: crystal structure and phase transition
Daiki Umeda, Okky Dwichandra Putra, Mihoko Gunji, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION E-CRYSTALLOGRAPHIC COMMUNICATIONS Vol. 73 p. 941-+ 2017年7月 研究論文（学術雑誌）
Solubility improvement of epalrestat by layered structure formation via cocrystallization
Okky Dwichandra Putra, Daiki Umeda, Yuda Prasetya Nugraha, Takayuki Furuishi, Hiromasa Nagase, Kaori Fukuzawa, Hidehiro Uekusa, Etsuo Yonemochi
CRYSTENGCOMM Vol. 19 No. 19 p. 2614-2622 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital (FMO) calculations on DNA by a scaled third-order Moller-Plesset perturbation (MP2.5) scheme
Haruka Yamada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Yuto Komeiji
COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY Vol. 1101 p. 46-54 2017年2月 研究論文（学術雑誌）
Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: A suitable protocol for fragment molecular orbital calculation
Komeiji, Y., Okiyama, Y., Mochizuki, Y., Fukuzawa, K.
Chem-Bio Informatics Journal Vol. 17 No. 0 p. 72-84 2017年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Chem-Bio Informatics Society
Current Status of ABINIT-MP as a FMO Program and Related Works with Machine Learning
Yuji MOCHIZUKI, Kota SAKAKURA, Yoshinobu AKINAGA, Kouichiro KATO, Hiromasa WATANABE, Yoshio OKIYAMA, Tatsuya NAKANO, Yuto KOMEIJI, Akira OKUSAWA, Kaori FUKUZAWA, Shigenori TANAKA
Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 16 No. 5 p. 119-122 2017年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
FMOプログラムABINIT-MPの開発状況と機械学習との連携
望月祐志, 坂倉耕太, 秋永宜伸, 加藤幸一郎, 渡邊啓正, 沖山佳生, 中野達也, 古明地勇人, 奥沢明, 福澤薫, 田中成典
J. Comp. Chem. Jpn. Vol. 16 p. 119-122 2017年
A new solvate of epalerstat, a drug for diabetic neuropathy
Okky Dwichandra Putra, Daiki Umeda, Kaori Fukuzawa, Mihoko Gunji, Etsuo Yonemochi
Acta Crystallographica Section E: Crystallographic Communications Vol. 73 p. 1264-1267 2017年 研究論文（学術雑誌）
Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: a suitable protocol for fragment molecular orbital calculation
Komeiji Yuto, Okiyama Yoshio, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori
CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL Vol. 17 p. 72-84 2017年
A Preliminary Study of Correction for Inter Fragment Interaction Energy (IFIE) between Fragments Sharing Bond Detached Atom (BDA)
Tatsuya Nakano, Yuji Mochidzuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe
Journal of Computer Aided Chemistry Vol. 18 No. 0 p. 143-148 2017年 研究論文（学術雑誌）
Hydration of ligands of influenza virus neuraminidase studied by the fragment molecular orbital method
Kana Tokuda, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING Vol. 69 p. 144-153 2016年9月 研究論文（学術雑誌）
ペプトイド類のフラグメント分子軌道計算
川田修太郎, 坂口正貴, 米倉伊吹, 奥脇弘次, 望月祐志, 福澤薫
J. Comp. Chem. Jpn. Vol. 15 No. 3 p. 51-52 2016年
出版者・発行元：日本コンピュータ化学会
赤色蛍光タンパク質 DsRed の色素部周辺における水分子ならびに隣接アミノ酸残基の構造の励起エネルギーへの影響評価
坂口 正貴, 望月 祐志, 渡邉 千鶴, 福澤 薫
日本コンピュータ化学会誌 Vol. 14 No. 5 p. 155-163 2015年12月3日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：日本コンピュータ化学会
Novel type of virtual ligand screening on the basis of quantum-chemical calculations for protein-ligand complexes and extended clustering techniques
Ryo Kurauchi, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY Vol. 1061 p. 12-22 2015年6月 研究論文（学術雑誌）
Modeling of hydroxyapatite-peptide interaction based on fragment molecular orbital method
Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 629 p. 58-64 2015年6月 研究論文（学術雑誌）
Explicit solvation modulates intra- and inter-molecular interactions within DNA: Electronic aspects revealed by the ab initio fragment molecular orbital (FMO) method
Kaori Fukuzawa, Ikuo Kurisaki, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji
Computational and Theoretical Chemistry Vol. 1054 p. 29-37 2015年2月 研究論文（学術雑誌）
相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析
塚本 貴志, 加藤 幸一郎, 加藤 昭史, 中野 達也, 望月 祐志, 福澤 薫
日本コンピュータ化学会誌 Vol. 14 No. 1 p. 1-9 2015年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：日本コンピュータ化学会
フラグメント分子軌道法を用いたspin-component-scaled MP2法に基づくタンパク－リガンド相互作用クラスター解析
甘利 真司, 望月 祐志, 加藤 昭史, 福澤 薫, 渡邉 千鶴, 沖山 佳生, 田中 成典, 中野 達也
CBI学会誌 Vol. 2 No. 4 p. 17-25 2014年11月30日 研究論文（大学，研究機関等紀要）
出版者・発行元：CBI学会
インシリコ創薬におけるFMO法と周辺基盤技術の進歩
福澤薫
SAR News No.27 2014年10月 研究論文（学術雑誌）
Interaction energy analysis on specific binding of influenza virus hemagglutinin to avian and human sialosaccharide receptors: Importance of mutation-induced structural change
Satoshi Anzaki, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING Vol. 53 p. 48-58 2014年9月 研究論文（学術雑誌）
Charge Clamps of Lysines and Hydrogen Bonds Play Key Roles in the Mechanism to Fix Helix 12 in the Agonist and Antagonist Positions of Estrogen Receptor alpha: Intramolecular Interactions Studied by the Ab Initio Fragment Molecular Orbital Method
Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Sachiko Aida-Hyugaji
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 118 No. 19 p. 4993-5008 2014年5月 研究論文（学術雑誌）
Accuracy of the fragment molecular orbital (FMO) calculations for DNA: Total energy, molecular orbital, and inter-fragment interaction energy
Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Ikuo Kurisaki, Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji
COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY Vol. 1034 p. 7-16 2014年4月 研究論文（学術雑誌）
Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems
Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Vol. 16 No. 22 p. 10310-10344 2014年 研究論文（学術雑誌）
Modeling of peptide–silica interaction based on four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) calculations
Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki
Chemical Physics Letters Vol. 566 p. 25-31 2013年4月 研究論文（学術雑誌）
Three- and four-body corrected fragment molecular orbital calculations with a novel subdividing fragmentation method applicable to structure-based drug design
Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Akifumi Kato, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING Vol. 41 p. 31-42 2013年4月 研究論文（学術雑誌）
Device, system, method and program for producing fragment model
Mochizuki Yuji, Tsukamoto Takayuki, Fukuzawa Kaori
2013年3月
出版者・発行元：Google PatentsABINIT-MP/BioStation によるFMO 法の創薬への適用
福澤薫, 渡邉千鶴
CICSJ Bulletin Vol. 31 No. 4 p. 89-89 2013年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：公益社団法人 日本化学会・情報化学部会
フラグメント分子軌道法によるインフルエンザウイルス表面タンパク質の大規模量子化学計算
福澤薫, 望月祐志, 中野達也, 田中成典
CBI学会誌 2013年 研究論文（学術雑誌）
Structure-based drug designを指向した新規フラグメント分割法に基づく4体補正フラグメント分子軌道(FMO4)計算
渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 田中成典, 中野達也
CBI学会誌 Vol. 1 No. 1 2013年 研究論文（学術雑誌）
Interaction energy calculation system, method and program
Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori
2012年8月
出版者・発行元：Google PatentsPartial geometry optimization with FMO-MP2 gradient: Application to TrpCage
Takayuki Tsukamoto, Yuji Mochizuki, Naoki Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 535 p. 157-162 2012年5月 研究論文（学術雑誌）
New fragmentation of fragment molecular orbital method applicable to fragment based drug design
Watanabe Chiduru, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Tsukamoto Takayuki, Kato Akifumi, Tanaka Shigenori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji
2012年
Continuous multipole methodによるfragment molecular orbital法の高速化
中野達也, 山下勝美, 瀬川勝智, 沖山佳生, 渡邊千鶴, 福澤薫, 田中成典, 望月祐志
p. 44-50 2012年
Development of the four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) method
Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Katsunori Segawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Shigenori Tanaka
Chemical Physics Letters Vol. 523 p. 128-133 2012年1月 研究論文（学術雑誌）
Antigen-antibody interactions of influenza virus hemagglutinin revealed by the fragment molecular orbital calculation
Akio Yoshioka, Kazutomo Takematsu, Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka
THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS Vol. 130 No. 4-6 p. 1197-1202 2011年12月 研究論文（学術雑誌）
Higher-order correlated calculations based on fragment molecular orbital scheme
Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Naoki Taguchi, Shigenori Tanaka
THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS Vol. 130 No. 2-3 p. 515-530 2011年10月 研究論文（学術雑誌）
Prediction of probable mutations in influenza virus hemagglutinin protein based on large-scale ab initio fragment molecular orbital calculations
Akio Yoshioka, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING Vol. 30 p. 110-119 2011年9月 研究論文（学術雑誌）
Counterpoise-corrected interaction energy analysis based on the fragment molecular orbital scheme
Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Haruka Yamada, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
Chemical Physics Letters Vol. 509 No. 1-3 p. 67-71 2011年6月 研究論文（学術雑誌）
Sialic Acid Recognition of the Pandemic Influenza 2009 H1N1 Virus: Binding Mechanism Between Human Receptor and Influenza Hemagglutinin
Kaori Fukuzawa, Katsumi Omagari, Katsuhisa Nakajima, Eri Nobusawa, Shigenori Tanaka
PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS Vol. 18 No. 5 p. 530-539 2011年5月 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital (FMO) study on stabilization mechanism of neuro-oncological ventral antigen (NOVA)-RNA complex system
Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM Vol. 962 No. 1-3 p. 45-55 2010年12月 研究論文（学術雑誌）
Large-scale FMO-MP3 calculations on the surface proteins of influenza virus, hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA)
Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Naoki Taguchi, Yoshio Okiyama, Misako Tsuboi, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
Chemical Physics Letters Vol. 493 No. 4-6 p. 346-352 2010年6月 研究論文（学術雑誌）
Theoretical Analysis of the Molecular Mechanism of Stabilization of Nova-RNA Complex System: Fragment Molecular Orbital Method Based Quantum Chemical Calculation For the Effect of the Complex Formation on the Electronic State of Biomacromolecular System
Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
BIOPHYSICAL JOURNAL Vol. 98 No. 3 p. 74A-74A 2010年1月
Accuracy of fragmentation in ab initio calculations of hydrated sodium cation
Takatoshi Fujita, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 478 No. 4-6 p. 295-300 2009年8月 研究論文（学術雑誌）
Fragment Molecular Orbital (FMO) and FMO-MO Calculations of DNA: Accuracy Validation of Energy and Interfragment Interaction Energy
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Tatsuya Nakano, Umpei Nagashima
JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND THEORETICAL NANOSCIENCE Vol. 6 No. 6 p. 1328-1337 2009年6月 研究論文（学術雑誌）
Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding
Kazutomo Takematsu, Kaori Fukuzawa, Katsumi Omagari, Setsuko Nakajima, Katsuhisa Nakajima, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 113 No. 15 p. 4991-4994 2009年4月 研究論文（学術雑誌）
Developments of FMO methodology and graphical user interface in ABINIT-MP
Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Kato Akifumi, Fukuzawa Kaori, Ishikawa Takeshi, Amari Shinji, Kurisaki Ikuo, Tanaka Shigenori
p. 37-62 2009年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：CRC Press: Boca Raton, FL
Analysis of Mutation Mechanisms of Influenza Virus Based on the Fragment Molecular Orbital Method
Tanaka Shigenori, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori, Yamashita Katsumi, Nakano Tatsuya
Annual Report of the Earth Simulator Center April Vol. 2010 2009年
7 Application of the FMO Method to Specific Molecular Recognition of Biomacromolecules
Fukuzawa Kaori, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Tanaka Shigenori
The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems p. 133-169 2009年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：CRC Press
3P-063 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (Protein: Function, 2SP6 Towards Supercomputiong for Electronic Structures of Biological
Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori
Seibutsu Butsuri Vol. 49 No. supplement 2009年
出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association2SP6-07 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (2SP6 Towards Supercomputing for Electronic Structures of Biological Macromolecules, The
Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori
Seibutsu Butsuri Vol. 49 No. supplement 2009年
出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated AssociationDiscovery of boron-conjugated 4-anilinoquinazoline as a prolonged inhibitor of EGFR tyrosine kinase
Hyun Seung Ban, Taikou Usui, Wataru Nabeyama, Hidetoshi Morita, Kaori Fukuzawa, Hiroyuki Nakamura
ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY Vol. 7 No. 21 p. 4415-4427 2009年 研究論文（学術雑誌）
Fragment Molecular Orbital Calculations on Red Fluorescent Proteins (DsRed and mFruits)
Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Minoru Sakurai, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 113 No. 4 p. 1153-1161 2009年1月 研究論文（学術雑誌）
Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides. II. Towards an improvement of force fields used for classical molecular dynamics simulations
Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Kuniyoshi Ebina, Shigenori Tanaka
Chemical Physics Letters Vol. 467 No. 4-6 p. 417-423 2009年1月 研究論文（学術雑誌）
Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions in liganded retinoid X receptor: Specification of residues associated with ligand inducible information transmission
Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 112 No. 38 p. 12081-12094 2008年9月 研究論文（学術雑誌）
COMP 246-Simulation study of RNA-binding protein by fragment molecular orbital (FMO) method
Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY Vol. 236 2008年8月
Theoretical analysis of binding specificity of influenza viral hemagglutinin to avian and human receptors based on the fragment molecular orbital method
Tatsunori Iwata, Kaori Fukuzawa, Katsuhisa Nakajima, Sachiko Aida-Hyugaji, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY Vol. 32 No. 3 p. 198-211 2008年6月 研究論文（学術雑誌）
Water-mediated interactions in the CRP-cAMP-DNA complex: Does water mediate sequence-specific binding at the DNA primary-kink site?
Bryan M. B. VanSchouwen, Heather L. Gordon, Stuart M. Rothstein, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY Vol. 32 No. 3 p. 149-158 2008年6月 研究論文（学術雑誌）
Large scale FMO-MP2 calculations on a massively parallel-vector computer
Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 457 No. 4-6 p. 396-403 2008年5月 研究論文（学術雑誌）
Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid X receptor and its coactivator; Part II: Influence of mutations in transcriptional activation function 2 activating domain core on the molecular interactions
Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A Vol. 112 No. 10 p. 1986-1998 2008年3月 研究論文（学術雑誌）
Receptor-specific scoring functions derived from quantum chemical models improve affinity estimates for in-silico drug discovery
Bernhard Fischer, Kaori Fukuzawa, Wolfgang Wenzel
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS Vol. 70 No. 4 p. 1264-1273 2008年3月 研究論文（学術雑誌）
Visualization analysis of inter-fragment interaction energies of CRP-cAMP-DNA complex based on the fragment molecular orbital method
Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Janine Imada, Arleta Chmielewski, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka
BIOPHYSICAL CHEMISTRY Vol. 130 No. 1-2 p. 1-9 2007年10月 研究論文（学術雑誌）
Intra- and intermolecular interactions between Cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study (vol 27, pg 948, 2006)
Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yujj Mochizuki, Akifumi Kato, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY Vol. 28 No. 13 p. 2237-2239 2007年10月
DNA and estrogen receptor interaction revealed by fragment molecular orbital calculations
Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Lennart Nilsson, Umpei Nagashima
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 111 No. 32 p. 9621-9627 2007年8月 研究論文（学術雑誌）
Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid x receptor and its coactivator: Roles of helix 12 in the coactivator binding mechanism
Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 111 No. 13 p. 3525-3533 2007年4月 研究論文（学術雑誌）
Erratum: Intra- and intermodular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study (Journal of Computational Chemistry (2006) 27 (948))
Fukuzawa, K., Komeiji, Y., Mochizuki, Y., Kato, A., Nakano, T., Tanaka, S.
Journal of Computational Chemistry Vol. 28 No. 13 2007年 研究論文（学術雑誌）
2P058 Theoretical study on the sequence specific recognition mechanism of Pumilio RNA-binding domain by Fragment Molecular Orbital (FMO) method (Proteins-structure and structure-function relationship, Poster Presentations)
Kurisaki Ikuo, Fukuzawa Kaori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori
Seibutsu Butsuri Vol. 47 No. supplement 2007年
出版者・発行元：The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association
Comparison of epitope structures of H3HAs through protein modeling of influenza a virus hemagglutinin: Mechanism for selection of antigenic variants in the presence of a monoclonal antibody
Setsuko Nakajima, Katsuhisa Nakajima, Eri Nobusawa, Jin Zhao, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa
MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY Vol. 51 No. 12 p. 1179-1187 2007年 研究論文（学術雑誌）
Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides
Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Shigenori Tanaka, Kuniyoshi Ebina
Chemical Physics Letters Vol. 449 No. 4-6 p. 329-335 2007年 研究論文（学術雑誌）
エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化
前田 紘輔, Schug Alexander, 渡邉 博文, 福澤 薫, 望月 祐志, 中野 達也, 田中 成典
日本コンピュータ化学会誌 Vol. 6 No. 1 p. 33-46 2007年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry, Japan
フラグメント分子軌道法による生体高分子の応用計算
福澤薫, 中野達也, 加藤昭史, 望月祐志, 田中成典
J. Comput. Chem. Jpn. Vol. 6 No. 3 p. 185-198 2007年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry, Japan
フラグメント分子軌道法に基づいた生体巨大分子の電子状態計算の現状と今後の展望
中野達也, 望月祐志, 甘利 真司, 小林 将人, 福澤薫, 田中成典
J. Comput. Chem. Jpn Vol. 6 No. 3 p. 173-184 2007年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：日本コンピュータ化学会
フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPによる受容体－リガンド相互作用解析
福澤薫, 中野達也
CBI学会ソリューションガイドモノグラフ「構造に基づく薬の設計法（SBDD）の進歩」＋ソリューションガイド 2007年 研究論文（その他学術会議資料等）
Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method (vol 110, pg 24276, 2006)
Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 110 No. 47 p. 24276-24276 2006年11月
Advanced scientific computational methods and their applications to nuclear technologies - (6) Simulation methods in discretized systems, (2)
Seiichi Koshizuka, Kiyoshi Matsubara, Kaori Fukuzawa
JOURNAL OF THE ATOMIC ENERGY SOCIETY OF JAPAN Vol. 48 No. 9 p. 684-689 2006年9月 研究論文（学術雑誌）
Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method
Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 110 No. 32 p. 16102-16110 2006年8月 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital calculations on large scale systems containing heavy metal atom
Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Hirotoshi Mori, Hiroaki Honda, Takatoshi Fujita, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 427 No. 1-3 p. 159-165 2006年8月 研究論文（学術雑誌）
Intra- and intermolecular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study
K Fukuzawa, Y Komeiji, Y Mochizuki, A Kato, T Nakano, S Tanaka
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY Vol. 27 No. 8 p. 948-960 2006年6月 研究論文（学術雑誌）
Drug discovery using grid technology
Hitoshi Goto, Sigeaki Obata, Toshiyuki Kamakura, Naofumi Nakayama, Mitsuhisa Sato, Yoshihiro Nakajima, Umpei Nagashima, Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Masakatsu Ito, Takeshi Nishikawa, Tatsuya Nakano, Lennart Nilsson, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Inagaki, Michiaki Hamada, Hiroshi Chuman
Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers p. 227-248 2006年 論文集(書籍)内論文
Developments and applications of ABINIT-MP software based on the fragment molecular orbital method
Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Shinji Amari, Shigenori Tanaka
Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers p. 39-52 2006年 論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Elsevier
VISCANA: Visualized cluster analysis of protein-ligand interaction based on the ab initio fragment molecular orbital method for virtual ligand screening
S Amari, M Aizawa, JW Zhang, K Fukuzawa, Y Mochizuki, Y Iwasawa, K Nakata, H Chuman, T Nakano
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING Vol. 46 No. 1 p. 221-230 2006年1月 研究論文（学術雑誌）
量子化学計算（FMO法）
中野達也, 望月祐志, 甘利真司, 福澤薫
東京大学情報基盤センター・スーパーコンピューティングニュース 2006年 研究論文（大学，研究機関等紀要）
分子軌道法
松原聖, 福澤薫
原子力学会誌 2006年 研究論文（学術雑誌）
BioStation Viewer：生体高分子の相互作用の解析と可視化
加藤昭史, 福澤薫, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也
可視化情報学会誌 Vol. 26 No. 101 p. 124-129_1 2006年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：The Visualization Society of Japan
1A configuration analysis for fragment interaction
Y Mochizuki, K Fukuzawa, A Kato, S Tanaka, K Kitaura, T Nakano
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 410 No. 4-6 p. 247-253 2005年7月 研究論文（学術雑誌）
Numerical methodology of sodium-water reaction with multiphase flow analysis
T Takata, A Yamaguchi, K Fukuzawa, K Matsubara
NUCLEAR SCIENCE AND ENGINEERING Vol. 150 No. 2 p. 221-236 2005年6月 研究論文（学術雑誌）
Fragment Molecular Orbital Study on Molecular Interaction between Estrogen Receptor and Their Ligands
福澤 薫, 望月 祐志, 田中 成典, 甘利 真志, 北浦 和夫, 中野 達也
Proceedings of 7th Congress of the World Association of Theoretically Oriented Chemists (WATOC) (Cape Town, South Africa) Vol. ES-P23, 2005年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
Ab initio quantum mechanical study of the binding energies of human estrogen receptor alpha with its ligands: An application of fragment molecular orbital method
K Fukuzawa, K Kitaura, M Uebayasi, K Nakata, T Kaminuma, T Nakano
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY Vol. 26 No. 1 p. 1-10 2005年1月 研究論文（学術雑誌）
量子化学計算でみるエストロゲン受容体と化学物質の相互作用
福澤薫
バイオニクス Vol. 2 No. 7 p. 65-67 2005年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：オーム社
Ab initio potential energy surfaces of the ion-molecule reaction: C2H2+O+
K Fukuzawa, T Matsushita, K Morokuma
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 121 No. 7 p. 3117-3129 2004年8月 研究論文（学術雑誌）
非経験的フラグメント分子軌道法によるエストロゲン受容体とリガンドとの結合性予測
長嶋雲兵, 福澤薫, 中野達也
ファインケミカル Vol. 33 No. 4 p. 44-52 2004年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：シーエムシー出版
Fragment molecular orbital study of the binding energy of ligands to the estrogen receptor
K Fukuzawa, K Kitaura, K Nakata, T Kaminuma, T Nakano
PURE AND APPLIED CHEMISTRY Vol. 75 No. 11-12 p. 2405-2410 2003年11月 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital method: application to molecular dynamics simulation, 'ab initio FMO-MD'
Y Komeiji, T Nakano, K Fukuzawa, Y Ueno, Y Inadomi, T Nemoto, M Uebaysai, DG Fedorov, K Kitaura
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 372 No. 3-4 p. 342-347 2003年4月 研究論文（学術雑誌）
DNA鎖の第一原理計算の現状と将来
田中成典, 福澤薫, 中野達也, 栗田典之
表面科学 2003年 研究論文（学術雑誌）
Fragment molecular orbital method: use of approximate electrostatic potential
T Nakano, T Kaminuma, T Sato, K Fukuzawa, Y Akiyama, M Uebayasi, K Kitaura
CHEMICAL PHYSICS LETTERS Vol. 351 No. 5-6 p. 475-480 2002年1月 研究論文（学術雑誌）
An ab initio and experimental study of vibrational effects in low energy O++C2H2 charge-transfer collisions
K Fukuzawa, T Matsushita, K Morokuma, DJ Levandier, YH Chiu, RA Dressler, E Murad, A Midey, S Williams, AA Viggiano
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 115 No. 7 p. 3184-3194 2001年8月 研究論文（学術雑誌）
Ion-molecule reactions producing HC3NH+ in interstellar space: Forbiddenness of the reaction between cyclic C3H3+ and the N atom
N Takagi, K Fukuzawa, Y Osamura, HF Schaefer
ASTROPHYSICAL JOURNAL Vol. 525 No. 2 p. 791-798 1999年11月 研究論文（学術雑誌）
A molecular orbital study of the HC3NH+ + e(-) dissociative recombination and its role in the production of cyanoacetylene isomers in interstellar clouds
Y Osamura, K Fukuzawa, R Terzieva, E Herbst
ASTROPHYSICAL JOURNAL Vol. 519 No. 2 p. 697-704 1999年7月 研究論文（学術雑誌）
Are neutral-neutral reactions effective for the carbon-chain growth of cyanopolyynes and polyacetylenes in interstellar space?
K Fukuzawa, Y Osamura, HF Schaefer
ASTROPHYSICAL JOURNAL Vol. 505 No. 1 p. 278-285 1998年9月 研究論文（学術雑誌）
Molecular orbital study of neutral-neutral reactions concerning HC3N formation in interstellar space
K Fukuzawa, Y Osamura
ASTROPHYSICAL JOURNAL Vol. 489 No. 1 p. 113-121 1997年11月 研究論文（学術雑誌）
実験手法と分子シミュレーションを用いたβ-シクロデキストリンとイブプロフェン鏡像異性体間の相互作用解析
古石誉之, 古石誉之, 伊野希, 奥脇弘次, 池上眞由美, 遠藤朋宏, 米持悦生, 米持悦生, 福澤薫
シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集 Vol. 40th 2024年
立体構造と量子化学計算に基づくCOMT-リガンド分子間相互作用新規リガンド骨格を目指して
福澤薫, 福澤薫, 白井智子, 武部克希, 高谷大輔, 飯島洋, 飯島洋
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
フラグメント分子軌道計算によるキサンチン酸化還元酵素と阻害剤相互作用解析
TIAN Yu-Shi, MARTIN, MARTIN, NASUTION Mochammad Arfin Fardiansyah, 高谷大輔, 水口賢司, 水口賢司, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
実験及び計算手法を併用したEudragit Eによる薬物可溶化機構の解明
齊藤智輝, 植田圭祐, 東顕二郎, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生, 森部久仁一
日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 39th 2024年
トルブタミドとメグルミンからなるイオン液体含有口腔内崩壊フィルム製剤の設計
古石誉之, 土井優月, 井上元基, 福澤薫, 米持悦生
日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 39th 2024年
フラグメント分子軌道法を活用したm-Glu5新規阻害剤の検討
小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する分子動力学計算と量子化学計算を用いた解析
半田佑磨, 半田佑磨, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 本間光貴, 伊藤拓宏, 岩崎信太郎, 岩崎信太郎, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
トコフェルソラン固体分散体中の薬物の分子状態および分子間相互作用評価への計算化学の適用
米持悦生, 小林千夏, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 山下雄史, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
分子シミュレーションによる核酸添加ssPalmナノ粒子の構造および相互作用解析
小浪なおこ, 佐々木香純, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
クエン酸とアルギニンからなるイオン液体の薬物可溶化能評価
田中菜緒, 岡部華奈, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
FamotidineとSaccharinによる新規複合体の結晶構造解析
市川高弘, LI Ye, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
実験手法と分子シミュレーションによるイオン性脂質ナノ粒子の特性評価
小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
計算科学手法を用いたPI5P4KβのGTP特異性の解析
宮川柊兵, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 千田美紀, 千田俊哉, 竹内恒, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
分子動力学計算とフラグメント分子軌道法を用いたβ-シクロデキストリンとノルエフェドリン光学異性体の複合体構造の解析
古石誉之, 奈良友里衣, 遠藤朋宏, 奥脇弘次, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
FMO計算を用いたIL-10受容体複合体間の相互作用解析に基づく分子設計
上村憲汰, 半田佑磨, 半田佑磨, 宮岸澄真, 古石誉之, 米持悦生, 遠藤真弓, 上村みどり, TIAN Yushi, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 144th 2024年
NMRおよび動的FMO計算を用いたBzDANPとバルジRNAとの複合体の構造および相互作用解析【JST機械翻訳】
OHNO Shu, FUJIWARA Aina, KAWAI Gota, NAKATANI Kazuhiko, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori
CBI学会大会(CD-ROM) Vol. 2023 2023年
MDおよびFMO計算を用いたIL-10受容体複合体の相互作用解析【JST機械翻訳】
MIYAGISHI Toma, KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi, OKUWAKI Koji, MORI Yoshiharu, TANAKA Shigenori, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori
CBI学会大会(CD-ROM) Vol. 2023 2023年
リガンド-RNA相互作用を予測するためのニューラルネットワークポテンシャルの適用性【JST機械翻訳】
ASANO Hiroto, MATSUMOTO Hiromu, OHNO Shu, HANDA Yuma, HANDA Yuma, HATABU Asuka, TAKAYA Daisuke, IKEDA Kenji, TIAN Yu-Shi, FUKUZAWA Kaori, KATO Koichiro
CBI学会大会(CD-ROM) Vol. 2023 2023年
フラグメント分子軌道法を用いたインターロイキン-10とインターロイキン-10受容体間の計算相互作用解析【JST機械翻訳】
KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, FURUISHI Takayuki, YONEMOTI Etuto, TIAN Yu-shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori, FUKUZAWA Kaori, MIYAGISHI Toma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi
CBI学会大会(CD-ROM) Vol. 2023 2023年
フラグメント分子軌道法を活用した代謝型グルタミン酸受容体5阻害剤の分子設計
小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫
構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM) Vol. 51st 2023年
分子動力学法を用いたトコフェルソラン固体分散体中の薬物の分散状態および分子間相互作用の評価
小林千夏, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 67th 2023年
ファモチジンの新規複合体作製と計算科学を用いた安定性の評価
市川高弘, LI Ye, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 山下雄史, 米持悦生
日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 67th 2023年
クエン酸とアルギニンによるイオン液体の作製と薬物可溶化能評価
田中菜緒, 岡部華奈, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 67th 2023年
分子動力学計算を用いたEudragit Eによる薬物可溶化機構の解明
齊藤智輝, 植田圭祐, 東顕二郎, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 森部久仁一
日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 67th 2023年
計算科学的手法を用いたssPalmナノ粒子の構造および相互作用評価
小浪なおこ, 氏家かれん, 佐々木香純, 奥脇弘次, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 143rd 2023年
固体分散体製剤の吸湿挙動評価へのin silicoシミュレーションの適用
米持悦生, 松本穂香, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 143rd 2023年
実験手法と分子シミュレーションによる脂質ナノ粒子-核酸複合体の特性評価
佐々木香純, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会年会要旨集(Web) Vol. 143rd 2023年
処方設計への応用に向けた計算科学を用いたイオン性脂質ナノ粒子の構造予測
小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 山下雄史, 米持悦生, 福澤薫
製剤と粒子設計シンポジウム講演要旨集 Vol. 40th 2023年
分子動力学計算とフラグメント分子軌道法を用いたβ-シクロデキストリンとノルエフェドリン光学異性体の包接挙動の解明
奈良友里衣, 古石誉之, 奥脇弘次, 遠藤朋宏, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集 Vol. 39th 2023年
イオン化脂質のプロトン化による脂質ナノ粒子の構造変化に関する研究
小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集 Vol. 39th 2023年
トルブタミドとメグルミンからなるイオン液体含有口腔内崩壊フィルム製剤の開発
古石誉之, 古石誉之, 土井優月, 福澤薫, 米持悦生
日本DDS学会学術集会プログラム予稿集 Vol. 39th 2023年
実験手法および分子シミュレーションを用いたイオン性脂質ナノ粒子の構造評価
小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生
日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 38th 2023年
クエン酸/アルギニンからなるイオン液体の特性と薬物可溶化能
古石誉之, 岡部華奈, 田中菜緒, 福澤薫, 米持悦生
日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 38th 2023年
アルギニンとアスパラギンによる分子複合体の製剤用結合剤としての機能発現機構と処方最適化条件
加藤里佳, 佐藤瑠莉, 村松駿, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生
日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 38th 2023年
インシリコスクリーニング(LBDD)のための最近のフィンガープリントの性能検討
高谷大輔, 田雨時, 福澤薫
構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM) Vol. 50th 2022年
実験手法と分子シミュレーションを用いた脂質ナノ粒子-核酸複合体の構造解析に基づく処方設計
佐々木香純, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 福澤薫, 東顕二郎
製剤と粒子設計シンポジウム講演要旨集 Vol. 39th 2022年
Ready-to-Use型mRNA内封脂質ナノ粒子製剤の物性評価
山川拓真, 田中浩揮, 萩原伸哉, 櫻井遊, 佐々木香純, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万
遺伝子・デリバリー研究会シンポジウム要旨集 Vol. 21st (CD-ROM) 2022年
Ready-to-Use型LNP製剤の開発
田中浩揮, 萩原伸哉, 山川拓真, 櫻井遊, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万
日本核酸医薬学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 7th 2022年
mRNA内封脂質ナノ粒子Ready-to-Use製剤の物性評価
山川拓真, 田中浩揮, 萩原伸哉, 櫻井遊, 佐々木香純, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万
日本核酸医薬学会年会講演要旨集(CD-ROM) Vol. 7th 2022年
RNA含有ナノ粒子の構造変化機構の検討
米持悦生, 古石誉之, 福澤薫
KEK Progress Report (Web) No. 2022-5 2022年
FMO計算を用いたIL10-IL10受容体複合体間の相互作用解析
上村憲汰, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 上村みどり, 遠藤真弓, 田雨時, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫
日本薬学会関東支部大会講演要旨集 Vol. 66th (CD-ROM) 2022年
セラミドの立体配置が角層細胞間脂質の構造変化に及ぼす影響
荒井梨絵, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生, 小幡誉子, 石田賢哉
日本薬学会関東支部大会講演要旨集 Vol. 66th (CD-ROM) 2022年
リポプレックス生成過程における脂質二重膜に及ぼすCholesterolの影響
田中渓, 佐々木香純, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生
日本薬学会関東支部大会講演要旨集 Vol. 66th (CD-ROM) 2022年
FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算
渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀, 原田一真, 川下理日人, 藤井真靖, 森義治, 田中成典, 本間光貴, 福澤薫
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 Vol. 22nd (Web) 2022年
FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明
渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴
構造活性相関シンポジウム講演要旨集 Vol. 50th (CD-ROM) 2022年
FMO計算によるSARS-CoV-2変異株RBD-中和抗体間の相互作用解析
渡邉一樹, 渡邉一樹, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 本間光貴, 田雨時, 川嶋裕介, 川下理日人, 星野忠次, 西田紀貴, 福澤薫, 福澤薫, 高木達也
日本薬学会関東支部大会講演要旨集 Vol. 65th 2021年
フラグメント分子軌道法を用いた中和抗体とSARS-CoV-2変異体スパイク蛋白質間の計算ab initio相互作用解析
Watanabe Kazuki, Watanabe Chiduru, Watanabe Chiduru, Honma Teruki, Tian Yu-Shi, Kawashima Yusuke, Kawashita Norihito, Fukuzawa Kaori, Fukuzawa Kaori, Takagi Tatsuya
Bulletin of the Chemical Society of Japan (Web) Vol. 94 No. 6 2021年
製剤と粒子設計 計算化学が拓く新しい製剤設計戦略-LNP製剤・固体分散体製剤への応用-
米持悦生, 福澤薫
Pharm Tech Japan Vol. 37 No. 8 2021年
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability
Mochizuki, Y., Tanaka, S., Fukuzawa, K.
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability 2021年
出版者・発行元：Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability
COMT/阻害剤複合体の結晶構造解析及び,量子化学計算による相互作用解析
武部克希, 福澤薫, 鈴木守, 桑田(楠瀬)隆生, 鵜澤成一, 飯島洋
構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM) Vol. 48th 2020年
正電荷リポプレックスの膜安定性に与えるコレステロール誘導体の影響
米持悦生, 古石誉之, 福澤薫
KEK Progress Report (Web) No. 2020-6 2020年
Taking Water into Account with the Fragment Molecular Orbital Method.
Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) Vol. 2114 p. 105-122 2020年
ABINIT-MP Openシリーズの最新の開発状況について
望月 祐志, 秋永 宜伸, 坂倉 耕太, 渡邊 啓正, 加藤 幸一郎, 渡辺 尚貴, 奥脇 弘次, 中野 達也, 福澤 薫
J. Comp. Chem. Jpn. Vol. 18 No. 3 p. 129-131 2019年 速報，短報，研究ノート等（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Computer Chemistry Japan
側鎖分割したペプチドに対するdimer-es近似のHF及びMP2電子相関エネルギーに与える影響に関する検討
中野達也, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志
Chem-Bio Informatics Journal (Web) Vol. 18 2018年
脂質・遺伝子ナノ複合体の溶液中における生成機構
米持悦生, 古石誉之, 福澤薫
KEK Progress Report (Web) No. 2018-7 2018年
創薬シリーズ(8)創薬研究の新潮流(13)量子論に基づくタンパク質-化学物質相互作用解析 : FMO創薬の実現に向けて
福澤 薫
日本薬理学雑誌 = Folia pharmacologica Japonica : くすりとからだ : ファーマコロジカ Vol. 149 No. 5 p. 240-246 2017年5月
出版者・発行元：日本薬理学会
FMO創薬を加速する大規模データ解析
田中成典, 福澤薫, 本間光貴
CICSJ Bull. Vol. 35 No. No. 3 p. 205-209 2017年 記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
フラグメント分子軌道法の生物間相互作用解析 : ウイルスの受容体への結合特異性解析への応用
丸山 正, 嶋根 康弘, 岩沢 美佐子, 秦田 勇二, 吉田 尊雄, 高木 善弘, 大石 和恵, 田中 成典, 渡邉 博文, 徐 逢祺, 望月 祐志, 福澤 薫, 古明地 勇人
Annual report of the earth simulator p. 251-257 2016年4月
出版者・発行元：Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析
塚本貴志, 加藤幸一郎, 加藤昭史, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫
Journal of Computer Chemistry, Japan (Web) Vol. 14 No. 1 2015年
Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method: Analyses of the Interactions between Virus Hamagglutinins and Their Receptors
T. Maruyama, Y. Shimane, K. Ohishi, M. Iwasawa, Y. Hatada, Y. Takaki, T. Yoshida, 田中 成典, S. Anzaki, Y. Komeiji, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa
Annual Report of the Earth Simulator Center Vol. April 2014 – March 2015 p. 131-135 2015年 速報，短報，研究ノート等（大学，研究機関紀要）
出版者・発行元：Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
医薬品候補化合物とタンパク質の相互作用解析
福澤薫
JST 産学官連携ジャーナル 2014年5月15日 記事・総説・解説・論説等（その他）
Large-Scale Electronic-State Calculations of Protein-Ligand Systems for Drug Design with Fragment Molecular Orbital Method
田中 成典, Y. Mochizuki, K. Yamashita, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, T. Nakano
Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2011 – March 2012 p. 185-190 2012年 機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
出版者・発行元：Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
Large-Scale Electronic-State Calculations of Influenza Viral Proteins with Fragment Molecular Orbital Method and Applications to Mutation Prediction
田中 成典, A. Yoshioka, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, K. Yamashita, T. Nakano
Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2010 – March 2011 p. 187-191 2011年 機関テクニカルレポート，技術報告書，プレプリント等
DNA and Estrogen Receptor Interaction Revealed by the Fragment Molecular Orbital Method
WATANABE Toshio, WATANABE Toshio, INADOMI Yuichi, FUKUZAWA Kaori, TANAKA Shigenori, NAKANO Tatsuya, NILSSON Lennart, NAGASHIMA Umpei
生物物理 Vol. 46 No. Supplement 2 2006年10月1日
「バイオ・イメージング」特集の企画にあたって
阿部 行伸, 福澤 薫
可視化情報学会誌 = Journal of the Visualization Society of Japan Vol. 26 No. 101 p. 123-123 2006年4月1日
FMO-MD: a new ab initio molecular dynamics simulation method applicable to proteins
Y Komeiji, T Nakano, K Fukuzawa, Y Ueno, T Nemoto, DG Fedorov, M Uebayasi, K Kitaura
BIOPHYSICAL JOURNAL Vol. 84 No. 2 p. 465A-465A 2003年2月 研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
In silico創薬におけるスクリーニングの高速化・効率化技術
福澤 薫
技術情報協会 2018年1月
The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems
Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka
Taylor & Francis/ CRC Press 2009年5月18日 学術書
プログラムで実践する生体分子量子化学計算
佐藤文俊, 中野達也, 望月祐志, 福澤薫, 甘利真司
森北出版 2008年10月10日 学術書
Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers
T. Nakano, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, S. Amari, S. Tanaka
Elsevier Science 2006年9月27日 学術書
フラグメント分子軌道法入門‐ABINIT-MPによるタンパク質の非経験的量子化学計算‐
中野達也, 谷森奏一郎, 加藤昭史, 小池上繁, 雨宮克樹, 福澤薫
アドバンスソフト株式会社 2004年7月10日 学術書
HPCIを活用したFMO創薬プラットフォームの構築
福澤 薫
日本薬学会第139年会 FMOデータベース公開記念シンポジウム 2019年3月21日
フラグメント分子軌道法に基づく創薬基盤の構築
福澤 薫
第46回構造活性相関シンポジウム 2018年12月6日
第5回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会
福澤 薫
2018年11月2日
HPCIを活用したFMO創薬技術の開発
福澤 薫
サイエンティフィック・システム研究会科学技術計算分科会 2018年10月25日
フラグメント分子軌道法に基づく創薬プラットフォームの構築
福澤 薫
兵庫県立大学 第１１回医工連携セミナー 2018年7月17日
In silico Drug Discovery Based on the Fragment Molecular Orbital method
福澤 薫
Symposium on Streamlining Drug Discovery 2018年6月5日
HPCIを活用したFMO創薬プラットフォームの構築
福澤 薫
第４回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会 2017年11月2日
FMO創薬コンソーシアムにおける活動
福澤 薫
FMODD・KBDD合同公開シンポジウム 2017年10月4日
Towards realizing FMO based drug design
福澤 薫
構造科学と計算科学の融合ワークショップ 2017年3月28日
フラグメント分子軌道法による生体高分子およびナノバイオ系の量子化学計算
福澤 薫
日本表面科学会 関東支部セミナー 2016年11月26日
FMO創薬の実現に向けた取り組み
福澤 薫
CBI学会2016年次大会 2016年10月26日
創薬分子設計におけるFMO法の役割
福澤薫
第10回分子科学討論会 2016年9月14日
FMO創薬コンソーシアムFMO創薬コンソーシアムにおけるタンパク質－リガンド相互作用の高精度解析と創薬への応用
福澤薫
バイオグリッド研究会2016 2016年5月28日
Application of fragment molecular orbital method for structure-based drug design
Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Teruki Honma, Yuji Mochizuki, Satoshi Anzaki, Shigenori Tanaka
Pacifichem 2015 2015年12月
フラグメント分子軌道法の創薬への応用～FMO創薬の実現に向けて～
福澤薫
第43回 構造活性相関シンポジウム SAR2015 2015年9月29日
Fragment Molecular Orbital Study Concerning Influenza Viral Surface Proteins
第8回CBI学会FMO研究会 2015年5月13日
ペプチド結合における新規フラグメント分割方法の検証および精度評価
坂口正貴, 福澤薫, 渡邉千鶴, 望月祐志
日本化学会 第95春季年会 (2015) 2015年3月29日
アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み＃２
加藤幸一郎, 福澤薫, 望月祐志
2015年春季学術講演会 2015年3月13日
フラグメント分子軌道法でナノ－バイオ界面を見る
望月祐志, 福澤薫
2015年春季学術講演会 2015年3月12日
フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPの創薬への適用
福澤薫
第6回ProteinDF, ABINIT-MPユーザ会「生体分子量子化学研究会～state of the arts 生体分子シミュレーションの今～」 2015年3月4日
フラグメント分子軌道法のインシリコ創薬への応用
福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 渡邉博文, 本間光貴, 望月祐志, 田中成典
日本化学会 第95春季年会 (2015) 2015年3月
FMO法の実際と創薬への応用可能性
福澤薫
第３回先進科学技術活用力養成講座 ＦＭＯ計算法の創薬への活用 2015年2月10日
フラグメント分子軌道法と応用事例～創薬、ウイルス感染症、そしてナノバイオ分子設計
福澤薫
NTT物性科学基礎研究所BBL-Seminar 2015年1月9日
構造ベース創薬におけるFMO計算法の活用
福澤薫
第５回神戸大学研究拠点サロン「構造ベース創薬の現状と新しい取り組み」 2014年11月17日
Benchmark for new fragmentation breaking peptide bonds
CBI学会2014年大会 2014年10月
FMO-based analysis on DsRed chromophore
2014年10月
Prediction of activity cliff among Pim1 inhibitors using FMO and MM-PBSA calculations
2014年10月
Theoretical calculations on proteins with fragment molecular orbital method
2014年10月
フラグメント分子軌道法(FMO法)を用いた、酵素NylBの誘導適合過程における残基間相互作用エネルギー変化の統計的解析
安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 福澤 薫, 望月祐志, 中野雅由
分子科学討論会 2014年9月
フラグメント分子軌道法の概要と超分解能解析への展開
福澤薫
「FMO法を用いた超分解能結晶構造解析の実現に向けて」セミナー 2014年8月28日
ナノバイオ複合系の分子シミュレーション―FMO 計算によるタンパク質と固体表面の相互作用モデリング―
福澤薫
FOCUS事例集 2014年
フラグメントモデル作成装置、フラグメントモデル作成システム、フラグメントモデル作成方法、及び、フラグメントモデル作成プログラム
望月祐志, 塚本貴志, 福澤薫
5357320
出願日:2012/11/16
フラグメントモデルを作成するための装置、システム、方法、及びプログラム
望月祐志, 塚本貴志, 福澤薫
出願日:2013/03/27
相互作用エネルギー算出システム、方法、及びプログラム
中野達也, 望月祐志, 福澤薫
出願日:2012/08/06
相互作用エネルギー算出システム、相互作用エネルギー算出方法及び相互作用エネルギー算出プログラム
中野達也, 望月祐志, 福澤薫
5067682
出願日:2011/11/09
Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method
Takaya Daisuke, Ohno Shu, Miyagishi Toma, Tanaka Sota, Okuwaki Koji, Watanabe Chiduru, Kato Koichiro, Tian Yu-Shi, Fukuzawa Kaori
Scientific Data Vol. 11 2024年10月23日
フラグメント分子軌道法による量子生命情報基盤の構築 : タンパク質基本フォールドと生体分子動的挙動の解析
福澤 薫
サイバーメディアHPCジャーナル Vol. 14 p. 109-112 2024年7月
Prediction of Binding Pose and Affinity of Nelfinavir, a SARS-CoV-2 Main Protease Repositioned Drug, by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations
Handa Yuma, Okuwaki Koji, Kawashima Yusuke, Hatada Ryo, Mochizuki Yuji, Komeiji Yuto, Tanaka Shigenori, Furuishi Takayuki, Yonemochi Etsuo, Honma Teruki, Fukuzawa Kaori
Journal of Physical Chemistry B Vol. 128 No. 10 p. 2249-2265 2024年3月14日
