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STANDLEY DARON MICHAELANGELO
STANDLEY DARON MICHAELANGELO
STANDLEY DARON MICHAELANGELO
STANDLEY DARON MICHAELANGELO
機関リポジトリ
微生物病研究所，教授
機関リポジトリ

学歴 2

  1. Columbia University　Chemistry

    1993年 ～ 1998年

  2. Harvey Mudd College　Physics

    1989年 ～ 1993年

研究内容・専門分野 1

  1. ライフサイエンス / 構造生物化学 /

受賞 1

  1. Prize for Outstanding Achievement in Education and Research

    Osaka University　2009年4月

論文 146

  1. High cell surface expression and peptide binding affinity of HLA-DQA1*05:03, a susceptible allele of neuromyelitis optica spectrum disorders (NMOSD).

    Shohei Beppu, Makoto Kinoshita, Jan Wilamowski, Tadahiro Suenaga, Yoshiaki Yasumizu, Kotaro Ogawa, Teruyuki Ishikura, Satoru Tada, Toru Koda, Hisashi Murata, Naoyuki Shiraishi, Yasuko Sugiyama, Keigo Kihara, Tomoyuki Sugimoto, Hisashi Arase, Daron M Standley, Tatsusada Okuno, Hideki Mochizuki

    Scientific reports　Vol. 12　No. 1　p. 106-106　2022年1月7日　研究論文（学術雑誌）

  2. Structural basis of membrane recognition of Toxoplasma gondii vacuole by Irgb6.

    Yumiko Saijo-Hamano, Aalaa Alrahman Sherif, Ariel Pradipta, Miwa Sasai, Naoki Sakai, Yoshiaki Sakihama, Masahiro Yamamoto, Daron M Standley, Ryo Nitta

    Life science alliance　Vol. 5　No. 1　2022年1月1日　研究論文（学術雑誌）

  3. Emerging SARS-CoV-2 variants follow a historical pattern recorded in outgroups infecting non-human hosts.

    Kazutaka Katoh, Daron M Standley

    Communications biology　Vol. 4　No. 1　p. 1134-1134　2021年9月22日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

  4. An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein targeted by antibodies

    Yafei Liu, Wai Tuck Soh, Jun ichi Kishikawa, Mika Hirose, Emi E. Nakayama, Songling Li, Miwa Sasai, Tatsuya Suzuki, Asa Tada, Akemi Arakawa, Sumiko Matsuoka, Kanako Akamatsu, Makoto Matsuda, Chikako Ono, Shiho Torii, Kazuki Kishida, Hui Jin, Wataru Nakai, Noriko Arase, Atsushi Nakagawa, Maki Matsumoto, Yukoh Nakazaki, Yasuhiro Shindo, Masako Kohyama, Keisuke Tomii, Koichiro Ohmura, Shiro Ohshima, Toru Okamoto, Masahiro Yamamoto, Hironori Nakagami, Yoshiharu Matsuura, Takayuki Kato, Masato Okada, Daron M. Standley, Tatsuo Shioda, Hisashi Arase

    Cell　Vol. 184　No. 13　p. 3452-3466.e18　2021年6月24日　研究論文（学術雑誌）

  5. Hepatitis C virus modulates signal peptide peptidase to alter host protein processing

    Junki Hirano, Sachiyo Yoshio, Yusuke Sakai, Li Songling, Tatsuya Suzuki, Yumi Itoh, He Zhang, David Virya Chen, Saori Haga, Hiroko Oomori, Takahiro Kodama, Yusuke Maeda, Yoshihiro Ono, Yu Takahashi, Daron M. Standley, Masahiro Yamamoto, Kohji Moriishi, Kyoji Moriya, Tatsuya Kanto, Tetsuo Takehara, Kazuhiko Koike, Yoshiharu Matsuura, Toru Okamoto

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 118　No. 22　2021年6月1日　研究論文（学術雑誌）

  6. Antigen-independent activation enhances the efficacy of 4-1BB-costimulated CD22 CAR T cells

    Nathan Singh, Noelle V. Frey, Boris Engels, David M. Barrett, Olga Shestova, Pranali Ravikumar, Katherine D. Cummins, Yong Gu Lee, Raymone Pajarillo, Inkook Chun, Amy Shyu, Steven L. Highfill, Andrew Price, Linlin Zhao, Liaomin Peng, Brian Granda, Melissa Ramones, Xueqing Maggie Lu, David A. Christian, Jessica Perazzelli, Simon F. Lacey, Nathan H. Roy, Janis K. Burkhardt, Florent Colomb, Mohammad Damra, Mohamed Abdel-Mohsen, Ting Liu, Dongfang Liu, Daron M. Standley, Regina M. Young, Jennifer L. Brogdon, Stephan A. Grupp, Carl H. June, Shannon L. Maude, Saar Gill, Marco Ruella

    Nature Medicine　Vol. 27　No. 5　p. 842-850　2021年5月　研究論文（学術雑誌）

  7. Analysis of Protein Intermolecular Interactions with MAFFT-DASH

    John Rozewicki, Songling Li, Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)　Vol. 2231　p. 163-177　2021年　研究論文（学術雑誌）

  8. Flexible, Functional, and Familiar: Characteristics of SARS-CoV-2 Spike Protein Evolution

    Dianita S. Saputri, Songling Li, Floris J. van Eerden, John Rozewicki, Zichang Xu, Hendra S. Ismanto, Ana Davila, Shunsuke Teraguchi, Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Frontiers in Microbiology　Vol. 11　2020年9月17日　研究論文（学術雑誌）

  9. Various miRNAs compensate the role of miR-122 on HCV replication

    Chikako Ono, Takasuke Fukuhara, Songling Li, Jian Wang, Asuka Sato, Takuma Izumi, Yuzy Fauzyah, Takuya Yamamoto, Yuhei Morioka, Nikolay V. Dokholyan, Daron M. Standley, Yoshiharu Matsuura

    PLoS Pathogens　Vol. 16　No. 6 June　2020年6月　研究論文（学術雑誌）

  10. Control of enantioselectivity in the enzymatic reduction of halogenated acetophenone analogs by substituent positions and sizes

    Afifa Ayu Koesoema, Daron M. Standley, Shusuke Ohshima, Mayumi Tamura, Tomoko Matsuda

    Tetrahedron Letters　Vol. 61　No. 18　2020年4月　研究論文（学術雑誌）

  11. Impact and relevance of alcohol dehydrogenase enantioselectivities on biotechnological applications

    Afifa Ayu Koesoema, Daron M. Standley, Toshiya Senda, Tomoko Matsuda

    Applied Microbiology and Biotechnology　Vol. 104　No. 7　p. 2897-2909　2020年4月

  12. Access to both enantiomers of substituted 2-tetralol analogs by a highly enantioselective reductase

    Afifa Ayu Koesoema, Daron M. Standley, Kotchakorn T.sriwong, Mayumi Tamura, Tomoko Matsuda

    Tetrahedron Letters　Vol. 61　No. 13　2020年3月26日　研究論文（学術雑誌）

  13. Noncanonical STAT1 phosphorylation expands its transcriptional activity into promoting LPS-induced IL-6 and IL-12p40 production

    Hozaifa Metwally, Toshio Tanaka, Songling Li, Gyanu Parajuli, Sujin Kang, Hamza Hanieh, Shigeru Hashimoto, Jaya P. Chalise, Yohannes Gemechu, Daron M. Standley, Tadamitsu Kishimoto

    Science Signaling　Vol. 13　No. 624　2020年3月24日　研究論文（学術雑誌）

  14. Dysregulated Expression of the Nuclear Exosome Targeting Complex Component Rbm7 in Nonhematopoietic Cells Licenses the Development of Fibrosis

    Kiyoharu Fukushima, Takashi Satoh, Fuminori Sugihara, Yuki Sato, Toru Okamoto, Yuichi Mitsui, Sachiyo Yoshio, Songling Li, Satoshi Nojima, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Hiroshi Kida, Daron M. Standley, Eiichi Morii, Tatsuya Kanto, Motoko Yanagita, Yoshiharu Matsuura, Takashi Nagasawa, Atsushi Kumanogoh, Shizuo Akira

    Immunity　Vol. 52　No. 3　p. 542-556.e13　2020年3月17日　研究論文（学術雑誌）

  15. Methods for sequence and structural analysis of B and T cell receptor repertoires

    Shunsuke Teraguchi, Dianita S. Saputri, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Ana Davila, Diego Diez, Sedat Aybars Nazlica, John Rozewicki, Hendra S. Ismanto, Jan Wilamowski, Jiaqi Xie, Zichang Xu, Martin de Jesus Loza-Lopez, Floris J. van Eerden, Songling Li, Daron M. Standley

    Computational and Structural Biotechnology Journal　Vol. 18　p. 2000-2011　2020年

  16. Initial phospholipid-dependent Irgb6 targeting to Toxoplasma gondii vacuoles mediates host defense

    Youngae Lee, Hiroshi Yamada, Ariel Pradipta, Ji Su Ma, Masaaki Okamoto, Hikaru Nagaoka, Eizo Takashima, Daron M. Standley, Miwa Sasai, Kohji Takei, Masahiro Yamamoto

    Life Science Alliance　Vol. 3　No. 1　2020年　研究論文（学術雑誌）

  17. Structural basis for a highly (S)-enantioselective reductase towards aliphatic ketones with only one carbon difference between side chain

    Afifa Ayu Koesoema, Yosuke Sugiyama, Zichang Xu, Daron M. Standley, Miki Senda, Toshiya Senda, Tomoko Matsuda

    Applied Microbiology and Biotechnology　Vol. 103　No. 23-24　p. 9543-9553　2019年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  18. Reversible control of enantioselectivity by the length of ketone substituent in biocatalytic reduction

    Afifa Ayu Koesoema, Yosuke Sugiyama, Kotchakorn T. Sriwong, Zichang Xu, Samantha Verina, Daron M. Standley, Miki Senda, Toshiya Senda, Tomoko Matsuda

    Applied Microbiology and Biotechnology　Vol. 103　No. 23-24　p. 9529-9541　2019年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  19. Correction to: Structural basis for a highly (S)-enantioselective reductase towards aliphatic ketones with only one carbon difference between side chain (Applied Microbiology and Biotechnology, (2019), 103, 23-24, (9543-9553), 10.1007/s00253-019-10093-w)

    Afifa Ayu Koesoema, Yosuke Sugiyama, Zichang Xu, Daron M. Standley, Miki Senda, Toshiya Senda, Tomoko Matsuda

    Applied Microbiology and Biotechnology　Vol. 103　No. 23-24　p. 9555-9555　2019年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  20. Translation-dependent unwinding of stem-loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs

    Takashi Mino, Noriki Iwai, Masayuki Endo, Kentaro Inoue, Kotaro Akaki, Fabian Hia, Takuya Uehata, Tomoko Emura, Kumi Hidaka, Yutaka Suzuki, Daron M. Standley, Mariko Okada-Hatakeyama, Shigeo Ohno, Hiroshi Sugiyama, Akio Yamashita, Osamu Takeuchi

    Nucleic acids research　Vol. 47　No. 16　p. 8838-8859　2019年9月19日　研究論文（学術雑誌）

  21. N4BP1 restricts HIV-1 and its inactivation by MALT1 promotes viral reactivation

    Daichi Yamasoba, Kei Sato, Takuya Ichinose, Tomoko Imamura, Lennart Koepke, Simone Joas, Elisabeth Reith, Dominik Hotter, Naoko Misawa, Kotaro Akaki, Takuya Uehata, Takashi Mino, Sho Miyamoto, Takeshi Noda, Akio Yamashita, Daron M. Standley, Frank Kirchhoff, Daniel Sauter, Yoshio Koyanagi, Osamu Takeuchi

    Nature Microbiology　Vol. 4　No. 9　p. 1532-1544　2019年9月1日　研究論文（学術雑誌）

  22. Functional clustering of B cell receptors using sequence and structural features

    Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Kazuo Yamashita, Shunsuke Teraguchi, Takeshi Inoue, Ryo Shinnakasu, Sarah Leach, Tomohiro Kurosaki, Daron M. Standley

    Molecular Systems Design and Engineering　Vol. 4　No. 4　p. 769-778　2019年8月　研究論文（学術雑誌）

  23. Repertoire Builder: High-throughput structural modeling of B and T cell receptors

    Dimitri Schritt, Songling Li, John Rozewicki, Kazutaka Katoh, Kazuo Yamashita, Wayne Volkmuth, Guy Cavet, Daron M. Standley

    Molecular Systems Design and Engineering　Vol. 4　No. 4　p. 761-768　2019年8月　研究論文（学術雑誌）

  24. MAFFT-DASH: Integrated protein sequence and structural alignment

    John Rozewicki, Songling Li, Karlou Mar Amada, Daron M. Standley, Kazutaka Katoh

    Nucleic Acids Research　Vol. 47　No. W1　p. W5-W10　2019年7月1日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

  25. Allergic conversion of protective mucosal immunity against nasal bacteria in patients with chronic rhinosinusitis with nasal polyposis

    Kazuya Takeda, Shuhei Sakakibara, Kazuo Yamashita, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Marwa Ali El Hussien, Jun Katayama, Yohei Maeda, Masanobu Nakata, Shigeyuki Hamada, Daron M. Standley, Masaki Hayama, Takashi Shikina, Hidenori Inohara, Hitoshi Kikutani

    Journal of Allergy and Clinical Immunology　Vol. 143　No. 3　p. 1163-1175.e15　2019年3月　研究論文（学術雑誌）

  26. Structural determinants of the APOBEC3G N-terminal domain for HIV-1 RNA association

    Hirofumi Fukuda, Songling Li, Luca Sardo, Jessica L. Smith, Kazuo Yamashita, Anamaria D. Sarca, Kotaro Shirakawa, Daron M. Standley, Akifumi Takaori-Kondo, Taisuke Izumi

    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology　Vol. 9　No. MAY　p. 129-129　2019年　研究論文（学術雑誌）

  27. Structural Modeling of Lymphocyte Receptors and Their Antigens

    Songling Li, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Floris J. van Eerden, John Rozewicki, Ana Davila, Zichang Xu, Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Methods in Molecular Biology　Vol. 2048　p. 207-229　2019年　論文集(書籍)内論文

  28. Arid5a stabilizes OX40 mRNA in murine CD4+ T cells by recognizing a stem-loop structure in its 3'UTR.

    Hanieh H, Masuda K, Metwally H, Chalise JP, Mohamed M, Nyati KK, Standley DM, Li S, Higa M, Zaman MM, Kishimoto T

    European journal of immunology　Vol. 48　No. 4　p. 593-604　2018年4月　研究論文（学術雑誌）

  29. Characterization of SPP inhibitors suppressing propagation of HCV and protozoa

    Junki Hirano, Toru Okamoto, Yukari Sugiyama, Tatsuya Suzuki, Shinji Kusakabe, Makoto Tokunaga, Takasuke Fukuhara, Miwa Sasai, Takahiro Tougan, Yasue Matsunaga, Kazuo Yamashita, Yusuke Sakai, Masahiro Yamamoto, Toshihiro Horii, Daron M. Standley, Kohji Moriishi, Kyoji Moriya, Kazuhiko Koike, Yoshiharu Matsuura

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 114　No. 50　p. E10782-E10791　2017年12月12日　研究論文（学術雑誌）

  30. Clonal evolution and antigen recognition of anti-nuclear antibodies in acute systemic lupus erythematosus

    Shuhei Sakakibara, Takao Arimori, Kazuo Yamashita, Hideyuki Jinzai, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Songling Li, Kazuya Takeda, Jun Katayama, Marwa Ali El Hussien, Masashi Narazaki, Toshio Tanaka, Daron M. Standley, Junichi Takagi, Hitoshi Kikutani

    Scientific Reports　Vol. 7　No. 1　p. 16428-16428　2017年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  31. Structural basis for the assembly of the Ragulator-Rag GTPase complex

    Ryo Yonehara, Shigeyuki Nada, Tomokazu Nakai, Masahiro Nakai, Ayaka Kitamura, Akira Ogawa, Hirokazu Nakatsumi, Keiichi I. Nakayama, Songling Li, Daron M. Standley, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Masato Okada

    Nature Communications　Vol. 8　No. 1　p. 1625-1625　2017年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  32. Modeling Biocatalysts

    Dimitri Schritt, Kazutaka Katoh, Songling Li, Daron M. Standley

    Future Directions in Biocatalysis: Second Edition　p. 385-398　2017年8月15日　論文集(書籍)内論文

  33. Essential role for GABARAP autophagy proteins in interferon-inducible GTPase-mediated host defense

    Miwa Sasai, Naoya Sakaguchi, Ji Su Ma, Shuhei Nakamura, Tsuyoshi Kawabata, Hironori Bando, Youngae Lee, Tatsuya Saitoh, Shizuo Akira, Akiko Iwasaki, Daron M. Standley, Tamotsu Yoshimori, Masahiro Yamamoto

    Nature Immunology　Vol. 18　No. 8　p. 899-910　2017年7月19日　研究論文（学術雑誌）

  34. TLR4-induced NF-κB and MAPK signaling regulate the IL-6 mRNA stabilizing protein Arid5a.

    Nyati KK, Masuda K, Zaman MM, Dubey PK, Millrine D, Chalise JP, Higa M, Li S, Standley DM, Saito K, Hanieh H, Kishimoto T

    Nucleic acids research　Vol. 45　No. 5　p. 2687-2703　2017年3月17日　研究論文（学術雑誌）

  35. Advax, a Delta Inulin Microparticle, Potentiates In-built Adjuvant Property of Co-administered Vaccines

    Masayuki Hayashi, Taiki Aoshi, Yasunari Haseda, Kouji Kobiyama, Edward Wijaya, Noriyuki Nakatsu, Yoshinobu Igarashi, Daron M. Standley, Hiroshi Yamada, Yoshikazu Honda-Okubo, Hiromitsu Hara, Takashi Saito, Toshiyuki Takai, Cevayir Coban, Nikolai Petrovsky, Ken J. Ishii

    EBioMedicine　Vol. 15　p. 127-136　2017年2月1日　研究論文（学術雑誌）

  36. Mapping circulating serum miRNAs to their immune-related target mRNAs

    Bakhtiyor Nosirov, Joël Billaud, Alexis Vandenbon, Diego Diez, Edward Wijaya, Ken J. Ishii, Shunsuke Teraguchi, Daron M. Standley

    Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry　Vol. 10　No. 1　p. 1-9　2017年　研究論文（学術雑誌）

  37. Identification of nasal resident bacteria as causative allergens in eosinophilic chronic rhinosinusitis

    K. Takeda, S. Sakakibara, D. Motooka, S. Nakamura, K. Yamashita, D. M. Standley, M. Hayama, T. Shikina, H. Inohara, H. Kikutani

    EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY　Vol. 46　p. 1114-1114　2016年8月

  38. A simple method to control over-alignment in the MAFFT multiple sequence alignment program

    Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Bioinformatics　Vol. 32　No. 13　p. 1933-1942　2016年7月1日　研究論文（学術雑誌）

  39. Arid5a regulates naive CD4+ T cell fate through selective stabilization of Stat3 mRNA

    Kazuya Masuda, Barry Ripley, Kishan Kumar Nyati, Praveen Kumar Dubey, Mohammad Mahabub Uz Zaman, Hamza Hanieh, Mitsuru Higa, Kazuo Yamashita, Daron M. Standley, Tsukasa Mashima, Masato Katahira, Toru Okamoto, Yoshiharu Matsuura, Osamu Takeuchi, Tadamitsu Kishimoto

    Journal of Experimental Medicine　Vol. 213　No. 4　p. 605-619　2016年4月　研究論文（学術雑誌）

  40. Structural basis for the regulation of enzymatic activity of Regnase-1 by domain-domain interactions

    Mariko Yokogawa, Takashi Tsushima, Nobuo N. Noda, Hiroyuki Kumeta, Yoshiaki Enokizono, Kazuo Yamashita, Daron M. Standley, Osamu Takeuchi, Shizuo Akira, Fuyuhiko Inagaki

    Scientific Reports　Vol. 6　2016年3月1日　研究論文（学術雑誌）

  41. Hepatocyte factor JMJD5 regulates hepatitis B virus replication through interaction with HBx

    Takahisa Kouwaki, Toru Okamoto, Ayano Ito, Yukari Sugiyama, Kazuo Yamashita, Tatsuya Suzuki, Shinji Kusakabe, Junki Hirano, Takasuke Fukuhara, Atsuya Yamashita, Kazunobu Saito, Daisuke Okuzaki, Koichi Watashi, Masaya Sugiyama, Sachiyo Yoshio, Daron M. Standley, Tatsuya Kanto, Masashi Mizokami, Kohji Moriishi, Yoshiharu Matsuura

    Journal of Virology　Vol. 90　No. 7　p. 3530-3542　2016年　研究論文（学術雑誌）

  42. Design of a protein tag and fluorogenic probe with modular structure for live-cell imaging of intracellular proteins

    Yuko Kamikawa, Yuichiro Hori, Kazuo Yamashita, Lin Jin, Shinya Hirayama, Daron M. Standley, Kazuya Kikuchi

    Chemical Science　Vol. 7　No. 1　p. 308-314　2016年1月1日　研究論文（学術雑誌）

  43. RabGDIα is a negative regulator of interferon-γ-inducible GTPase-dependent cell-autonomous immunity to Toxoplasma gondii.

    Ohshima J, Sasai M, Liu J, Yamashita K, Ma JS, Lee Y, Bando H, Howard JC, Ebisu S, Hayashi M, Takeda K, Standley DM, Frickel EM, Yamamoto M

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 112　No. 33　p. E4581-E4590　2015年8月18日　研究論文（学術雑誌）

  44. Regnase-1 and roquin regulate a common element in inflammatory mRNAs by spatiotemporally distinct mechanisms

    Takashi Mino, Yasuhiro Murakawa, Akira Fukao, Alexis Vandenbon, Hans Hermann Wessels, Daisuke Ori, Takuya Uehata, Sarang Tartey, Shizuo Akira, Yutaka Suzuki, Carola G. Vinuesa, Uwe Ohler, Daron M. Standley, Markus Landthaler, Toshinobu Fujiwara, Osamu Takeuchi

    Cell　Vol. 161　No. 5　p. 1058-1073　2015年5月30日　研究論文（学術雑誌）

  45. Hydroxypropyl-β-cyclodextrin spikes local inflammation that induces Th2 cell and T follicular helper cell responses to the coadministered antigen.

    Onishi M, Ozasa K, Kobiyama K, Ohata K, Kitano M, Taniguchi K, Homma T, Kobayashi M, Sato A, Katakai Y, Yasutomi Y, Wijaya E, Igarashi Y, Nakatsu N, Ise W, Inoue T, Yamada H, Vandenbon A, Standley DM, Kurosaki T, Coban C, Aoshi T, Kuroda E, Ishii KJ

    Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)　Vol. 194　No. 6　p. 2673-2682　2015年3月15日　研究論文（学術雑誌）

  46. RNA-LIM: A novel procedure for analyzing protein/single-stranded RNA propensity data with concomitant estimation of interface structure

    Damien Hall, Songling Li, Kazuo Yamashita, Ryuzo Azuma, John A. Carver, Daron M. Standley

    Analytical Biochemistry　Vol. 472　p. 52-61　2015年3月1日　研究論文（学術雑誌）

  47. Akirin2 is critical for inducing inflammatory genes by bridging IκB-ζ and the SWI/SNF complex.

    Tartey S, Matsushita K, Vandenbon A, Ori D, Imamura T, Mino T, Standley DM, Hoffmann JA, Reichhart JM, Akira S, Takeuchi O

    The EMBO journal　Vol. 33　No. 20　p. 2332-2348　2014年10月16日　研究論文（学術雑誌）

  48. Quantifying sequence and structural features of protein-RNA interactions

    Songling Li, Kazuo Yamashita, Karlou Mar Amada, Daron M. Standley

    Nucleic Acids Research　Vol. 42　No. 15　p. 10086-10098　2014年9月2日　研究論文（学術雑誌）

  49. High-resolution modeling of antibody structures by a combination of bioinformatics, expert knowledge, and molecular simulations

    Hiroki Shirai, Kazuyoshi Ikeda, Kazuo Yamashita, Yuko Tsuchiya, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Tatsuaki Morokata, Kenji Mizuguchi, Junichi Higo, Daron M. Standley, Haruki Nakamura

    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics　Vol. 82　No. 8　p. 1624-1635　2014年8月　研究論文（学術雑誌）

  50. A novel protein distance matrix based on the minimum arc-length between two amino-acid residues on the surface of a globular protein

    Damien Hall, Songling Li, Kazuo Yamashita, Ryuzo Azuma, John A. Carver, Daron M. Standley

    Biophysical Chemistry　Vol. 190-191　p. 50-55　2014年6月

  51. Intrinsic disorder mediates cooperative signal transduction in STIM1

    Yukio Furukawa, Shunsuke Teraguchi, Takahisa Ikegami, Onur Dagliyan, Lin Jin, Damien Hall, Nikolay V. Dokholyan, Keiichi Namba, Shizuo Akira, Tomohiro Kurosaki, Yoshihiro Baba, Daron M. Standley

    Journal of Molecular Biology　Vol. 426　No. 10　p. 2082-2097　2014年5月15日　研究論文（学術雑誌）

  52. Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI

    Marc F. Lensink, Iain H. Moal, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, Adrien S.J. Melquiond, Ezgi Karaca, Christophe Schmitz, Marc van Dijk, Alexandre M.J.J. Bonvin, Miriam Eisenstein, Brian Jiménez-García, Solène Grosdidier, Albert Solernou, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallara, Juan Fernández-Recio, Jianqing Xu, Pravin Muthu, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Sergei Grudinin, Georgy Derevyanko, Julie C. Mitchell, John Wieting, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura, Matthieu Chavent, David W. Ritchie, Hahnbeom Park, Junsu Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Yang Shen, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Idit Buch, Efrat Farkash, Haim J. Wolfson, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan Xiang Zhou, Shen You Huang, Xiaoqin Zou, Justyna A. Wojdyla, Colin Kleanthous, Shoshana J. Wodak

    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics　Vol. 82　No. 4　p. 620-632　2014年4月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley-Liss Inc.

  53. Blockade of TLR3 protects mice from lethal radiation-induced gastrointestinal syndrome

    Naoki Takemura, Takumi Kawasaki, Jun Kunisawa, Shintaro Sato, Aayam Lamichhane, Kouji Kobiyama, Taiki Aoshi, Junichi Ito, Kenji Mizuguchi, Thangaraj Karuppuchamy, Kouta Matsunaga, Shoichiro Miyatake, Nobuko Mori, Tohru Tsujimura, Takashi Satoh, Yutaro Kumagai, Taro Kawai, Daron M. Standley, Ken J. Ishii, Hiroshi Kiyono, Shizuo Akira, Satoshi Uematsu

    Nature Communications　Vol. 5　2014年3月18日　研究論文（学術雑誌）

  54. Kotai Antibody Builder: Automated high-resolution structural modeling of antibodies

    Kazuo Yamashita, Kazuyoshi Ikeda, Karlou Amada, Shide Liang, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hiroki Shirai, Daron M. Standley

    Bioinformatics　Vol. 30　No. 22　p. 3279-3280　2014年2月27日　研究論文（学術雑誌）

  55. 2SCP-07 Intrinsic disorder mediates cooperative signal transduction in STIM1(構造バイオインフォマティクスによる蛋白質機能予測・解析,シンポジウム,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

    Daron M. Standley

    生物物理　Vol. 54　No. 1　2014年

    出版者・発行元：一般社団法人 日本生物物理学会

  56. MAFFT: Iterative refinement and additional methods

    Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Methods in Molecular Biology　Vol. 1079　p. 131-146　2014年　研究論文（学術雑誌）

  57. Differential roles of epigenetic changes and Foxp3 expression in regulatory T cell-specific transcriptional regulation

    Hiromasa Morikawa, Naganari Ohkura, Alexis Vandenbon, Masayoshi Itoh, Sayaka Nagao-Sato, Hideya Kawaji, Timo Lassmann, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Alistair R.R. Forrest, Daron M. Standley, Hiroshi Date, Shimon Sakaguchi

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 111　No. 14　p. 5289-5294　2014年　研究論文（学術雑誌）

  58. Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation

    Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Osamu Takeuchi, Yutaka Suzuki, Daron M. Standley

    BMC Genomics　Vol. 15　2014年　研究論文（学術雑誌）

  59. Structures and interface mapping of the TIR domaincontaining adaptor molecules involved in interferon signaling

    Yoshiaki Enokizono, Hiroyuki Kumeta, Kenji Funami, Masataka Horiuchi, Joy Sarmiento, Kazuo Yamashita, Daron M. Standley, Misako Matsumoto, Tsukasa Seya, Fuyuhiko Inagaki

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 110　No. 49　p. 19908-19913　2013年12月3日　研究論文（学術雑誌）

  60. Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

    Rocco Moretti, Sarel J. Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, João P.G.L.M. Rodrigues, Mikaël Trellet, Alexandre M.J.J. Bonvin, Meng Cui, Marianne Rooman, Dimitri Gillis, Yves Dehouck, Iain Moal, Miguel Romero-Durana, Laura Perez-Cano, Chiara Pallara, Brian Jimenez, Juan Fernandez-Recio, Samuel Flores, Michael Pacella, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Petr Popov, Sergei Grudinin, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Nan Zhao, Dmitry Korkin, Xiaolei Zhu, Omar N.A. Demerdash, Julie C. Mitchell, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura, Hasup Lee, Hahnbeom Park, Chaok Seok, Jamica Sarmiento, Shide Liang, Shusuke Teraguchi, Daron M. Standley, Hiromitsu Shimoyama, Genki Terashi, Mayuko Takeda-Shitaka, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Dmitri Beglov, David R. Hall, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven, Zhiping Weng, Yangyu Huang, Haotian Li, Xiufeng Yang, Xiaofeng Ji, Shiyong Liu, Yi Xiao, Martin Zacharias, Sanbo Qin, Huan Xiang Zhou, Sheng You Huang, Xiaoqin Zou, Sameer Velankar, Joël Janin, Shoshana J. Wodak, David Baker

    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics　Vol. 81　No. 11　p. 1980-1987　2013年11月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  61. Deconstructing RNA: Optical measurement of composition and structure

    Alison J. Hobro, Daron M. Standley, Shandar Ahmad, Nicholas I. Smith

    Physical Chemistry Chemical Physics　Vol. 15　No. 31　p. 13199-13208　2013年8月21日　研究論文（学術雑誌）

  62. The second messenger phosphatidylinositol-5-phosphate facilitates antiviral innate immune signaling

    Takumi Kawasaki, Naoki Takemura, Daron M. Standley, Shizuo Akira, Taro Kawai

    Cell Host and Microbe　Vol. 14　No. 2　p. 148-158　2013年8月14日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Cell Press

  63. A novel function prediction approach using protein overlap networks

    Shide Liang, Dandan Zheng, Daron M. Standley, Huarong Guo, Chi Zhang

    BMC Systems Biology　Vol. 7　2013年7月17日　研究論文（学術雑誌）

  64. XMalt1-induced cleavage of regnase-1 in CD4+ helper T cells regulates immune activation

    Takuya Uehata, Hidenori Iwasaki, Alexis Vandenbon, Kazufumi Matsushita, Eduardo Hernandez-Cuellar, Kanako Kuniyoshi, Takashi Satoh, Takashi Mino, Yutaka Suzuki, Daron M. Standley, Tohru Tsujimura, Hiromi Rakugi, Yoshitaka Isaka, Osamu Takeuchi, Shizuo Akira

    Cell　Vol. 153　No. 5　p. 1036-1049　2013年5月23日　研究論文（学術雑誌）

  65. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: Improvements in performance and usability

    Kazutaka Katoh, Daron M. Standley

    Molecular Biology and Evolution　Vol. 30　No. 4　p. 772-780　2013年4月　研究論文（学術雑誌）

  66. A Parzen window-based approach for the detection of locally enriched transcription factor binding sites

    Alexis Vandenbon, Yutaro Kumagai, Shunsuke Teraguchi, Karlou Mar Amada, Shizuo Akira, Daron M. Standley

    BMC Bioinformatics　Vol. 14　2013年1月21日　研究論文（学術雑誌）

  67. The Transcription Factor Jdp2 Controls Bone Homeostasis and Antibacterial Immunity by Regulating Osteoclast and Neutrophil Differentiation

    Kenta Maruyama, Masahiro Fukasaka, Alexis Vandenbon, Tatsuya Saitoh, Takumi Kawasaki, Takeshi Kondo, Kazunari K. Yokoyama, Hiroyasu Kidoya, Nobuyuki Takakura, Daron Standley, Osamu Takeuchi, Shizuo Akira

    Immunity　Vol. 37　No. 6　p. 1024-1036　2012年12月14日　研究論文（学術雑誌）

  68. Systems biology approaches to toll-like receptor signaling

    Alexis Vandenbon, Shunsuke Teraguchi, Shizuo Akira, Kiyoshi Takeda, Daron M. Standley

    Wiley Interdisciplinary Reviews: Systems Biology and Medicine　Vol. 4　No. 5　p. 497-507　2012年9月　研究論文（学術雑誌）

  69. Protein loop modeling with optimized backbone potential functions

    Shide Liang, Chi Zhang, Jamica Sarmiento, Daron M. Standley

    Journal of Chemical Theory and Computation　Vol. 8　No. 5　p. 1820-1827　2012年5月8日　研究論文（学術雑誌）

  70. Prediction of protein-protein complex structures

    Eiji Kanamori, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide Uang, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Yuko Tsucillya, Junicill Higo, Haruki Nakamura

    Biomolecular Forms and Functions: A Celebration of 50 Years of the Ramachandran Map　p. 160-172　2012年1月1日　論文集(書籍)内論文

    出版者・発行元：World Scientific Publishing Co.

  71. A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription.

    Alexis Vandenbon, Yutaro Kumagai, Shizuo Akira, Daron M. Standley

    BMC genomics　Vol. 13 Suppl 7　2012年　研究論文（学術雑誌）

  72. Functional annotation of intrinsically disordered domains by their amino acid content using IDD navigator

    Ashwini Patil, Shunsuke Teraguchi, Huy Dinh, Kenta Nakai, Daron M. Standley

    Pacific Symposium on Biocomputing　p. 164-175　2012年　研究論文（国際会議プロシーディングス）

  73. Protein Data Bank Japan (PDBj): Maintaining a structural data archive and resource description framework format

    Akira R. Kinjo, Hirofumi Suzuki, Reiko Yamashita, Yasuyo Ikegawa, Takahiro Kudou, Reiko Igarashi, Yumiko Kengaku, Hasumi Cho, Daron M. Standley, Atsushi Nakagawa, Haruki Nakamura

    Nucleic Acids Research　Vol. 40　No. D1　p. D453-D460　2012年1月　研究論文（学術雑誌）

  74. Stochastic binary modeling of cells in continuous time as an alternative to biochemical reaction equations

    Shunsuke Teraguchi, Yutaro Kumagai, Alexis Vandenbon, Shizuo Akira, Daron M. Standley

    Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics　Vol. 84　No. 6　2011年12月15日　研究論文（学術雑誌）

  75. The IκB kinase complex regulates the stability of cytokine-encoding mRNA induced by TLR-IL-1R by controlling degradation of regnase-1.

    Iwasaki H, Takeuchi O, Teraguchi S, Matsushita K, Uehata T, Kuniyoshi K, Satoh T, Saitoh T, Matsushita M, Standley DM, Akira S

    Nature immunology　Vol. 12　No. 12　p. 1167-1175　2011年12月　研究論文（学術雑誌）

  76. Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins

    Michael Fernandez, Yutaro Kumagai, Daron M. Standley, Akinori Sarai, Kenji Mizuguchi, Shandar Ahmad

    BMC Bioinformatics　Vol. 12　No. SUPPL. 13　2011年11月30日　研究論文（学術雑誌）

  77. Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology

    Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N.A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun Su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Şefik Kerem Ovali, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Potapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M.J.J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin, David Baker

    Journal of Molecular Biology　Vol. 414　No. 2　p. 289-302　2011年11月25日　研究論文（学術雑誌）

  78. A mutation in the immunoproteasome subunit PSMB8 causes autoinflammation and lipodystrophy in humans

    Akiko Kitamura, Yoichi Maekawa, Hisanori Uehara, Keisuke Izumi, Izumi Kawachi, Masatoyo Nishizawa, Yasuko Toyoshima, Hitoshi Takahashi, Daron M. Standley, Keiji Tanaka, Jun Hamazaki, Shigeo Murata, Koji Obara, Itaru Toyoshima, Koji Yasutomo

    Journal of Clinical Investigation　Vol. 121　No. 10　p. 4150-4160　2011年10月3日　研究論文（学術雑誌）

  79. Fast and accurate prediction of protein side-chain conformations

    Shide Liang, Dandan Zheng, Chi Zhang, Daron M. Standley

    Bioinformatics　Vol. 27　No. 20　p. 2913-2914　2011年10月

  80. Binding energetics of ferredoxin-NADP + reductase with ferredoxin and its relation to function

    Young Ho Lee, Takahisa Ikegami, Daron M. Standley, Kazumasa Sakurai, Toshiharu Hase, Yuji Goto

    ChemBioChem　Vol. 12　No. 13　p. 2062-2070　2011年9月5日　研究論文（学術雑誌）

  81. Protein loop selection using orientation-dependent force fields derived by parameter optimization

    Shide Liang, Chi Zhang, Daron M. Standley

    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics　Vol. 79　No. 7　p. 2260-2267　2011年7月　研究論文（学術雑誌）

  82. Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions

    Shide Liang, Yaoqi Zhou, Nick Grishin, Daron M. Standley

    Journal of Computational Chemistry　Vol. 32　No. 8　p. 1680-1686　2011年6月　研究論文（学術雑誌）

  83. Degree of pyramidality governs the height and peak position of the free-energy-barrier for the cis-trans isomerization of N-Methylacetamide

    Yasushige Yonezawa, Daron M. Standley, Haruki Nakamura

    Chemical Physics Letters　Vol. 503　No. 1-3　p. 139-144　2011年2月8日　研究論文（学術雑誌）

  84. Ab initio simulation of a 57-residue protein in explicit solvent reproduces the native conformation in the lowest free-energy cluster

    Jinzen Ikebe, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Junichi Higo

    Protein Science　Vol. 20　No. 1　p. 187-196　2011年1月　研究論文（学術雑誌）

  85. Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner

    Mieszko Lis, Taeho Kim, Jamica J. Sarmiento, Daisuke Kuroda, Huy Viet Dinh, Akira R. Kinjo, Karlou Amada, Srinivas Devadas, Haruki Nakamura, Daron M. Standley

    Immunome Research　Vol. 7　No. 1　p. 1-8　2011年　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：OMICS Publishing Group

  86. Functional characterization of protein domains common to animal viruses and mouse

    Akira R. Kinjo, Yutaro Kumagai, Huy Dinh, Osamu Takeuchi, Daron M. Standley

    10th Int. Conference on Bioinformatics - 1st ISCB Asia Joint Conference 2011, InCoB 2011/ISCB-Asia 2011: Computational Biology - Proceedings from Asia Pacific Bioinformatics Network (APBioNet)　Vol. 12　No. SUPPL. 3　2011年　研究論文（国際会議プロシーディングス）

  87. Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins

    Shunsuke Teraguchi, Ashwini Patil, Daron M. Standley

    BMC Bioinformatics　Vol. 11　No. SUPPL. 7　2010年10月15日　研究論文（学術雑誌）

  88. The Jmjd3-Irf4 axis regulates M2 macrophage polarization and host responses against helminth infection

    Takashi Satoh, Osamu Takeuchi, Alexis Vandenbon, Koubun Yasuda, Yoshiaki Tanaka, Yutaro Kumagai, Tohru Miyake, Kazufumi Matsushita, Toshihiko Okazaki, Tatsuya Saitoh, Kiri Honma, Toshifumi Matsuyama, Katsuyuki Yui, Tohru Tsujimura, Daron M. Standley, Kenji Nakanishi, Kenta Nakai, Shizuo Akira

    Nature Immunology　Vol. 11　No. 10　p. 936-944　2010年10月　研究論文（学術雑誌）

  89. The DBCLS BioHackathon: Standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows

    Toshiaki Katayama, Kazuharu Arakawa, Mitsuteru Nakao, Keiichiro Ono, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi, Shuichi Kawashima, Hong Woo Chun, Jan Aerts, Bruno Aranda, Lord H. Barboza, Raoul J.P. Bonnal, Richard Bruskiewich, Jan C. Bryne, José M. Fernández, Akira Funahashi, Paul M.K. Gordon, Naohisa Goto, Andreas Groscurth, Alex Gutteridge, Richard Holland, Yoshinobu Kano, Edward A. Kawas, Arnaud Kerhornou, Eri Kibukawa, Akira R. Kinjo, Michael Kuhn, Hilmar Lapp, Heikki Lehvaslaiho, Hiroyuki Nakamura, Yasukazu Nakamura, Tatsuya Nishizawa, Chikashi Nobata, Tamotsu Noguchi, Thomas M. Oinn, Shinobu Okamoto, Stuart Owen, Evangelos Pafilis, Matthew Pocock, Pjotr Prins, René Ranzinger, Florian Reisinger, Lukasz Salwinski, Mark Schreiber, Martin Senger, Yasumasa Shigemoto, Daron M. Standley, Hideaki Sugawara, Toshiyuki Tashiro, Oswaldo Trelles, Rutger A. Vos, Mark D. Wilkinson, William York, Christian M. Zmasek, Kiyoshi Asai, Toshihisa Takagi

    Journal of Biomedical Semantics　Vol. 1　No. 1　p. 8-8　2010年8月21日

  90. EPSVR and EPMeta: Prediction of antigenic epitopes using support vector regression and multiple server results

    Shide Liang, Dandan Zheng, Daron M. Standley, Bo Yao, Martin Zacharias, Chi Zhang

    BMC Bioinformatics　Vol. 11　2010年7月16日　研究論文（学術雑誌）

  91. SeSAW: Balancing sequence and structural information in protein functional mapping

    Daron M. Standley, Reiko Yamashita, Akira R. Kinjo, Hiroyuki Toh, Haruki Nakamura

    Bioinformatics　Vol. 26　No. 9　p. 1258-1259　2010年3月17日　研究論文（学術雑誌）

  92. Automated processing of label-free Raman microscope images of macrophage cells with standardized regression for high-throughput analysis

    Robert J. Milewski, Yutaro Kumagai, Katsumasa Fujita, Daron M. Standley, Nicholas I. Smith

    Immunome Research　Vol. 6　No. 1　2010年　研究論文（学術雑誌）

  93. A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat3

    Masahiro Yamamoto, Daron M. Standley, Seiji Takashima, Hiroyuki Saiga, Megumi Okuyama, Hisako Kayama, Emi Kubo, Hiroshi Ito, Mutsumi Takaura, Tadashi Matsuda, Dominique Soldati-Favre, Kiyoshi Takeda

    Journal of Experimental Medicine　Vol. 206　No. 12　p. 2747-2760　2009年11月23日　研究論文（学術雑誌）

  94. Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A

    Rossen Apostolov, Yasushige Yonezawa, Daron M. Standley, Gota Kikugawa, Yu Takano, Haruki Nakamura

    Biochemistry　Vol. 48　No. 25　p. 5864-5873　2009年6月30日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Chemical Society

  95. Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay

    Kazufumi Matsushita, Osamu Takeuchi, Daron M. Standley, Yutaro Kumagai, Tatsukata Kawagoe, Tohru Miyake, Takashi Satoh, Hiroki Kato, Tohru Tsujimura, Haruki Nakamura, Shizuo Akira

    Nature　Vol. 458　No. 7242　p. 1185-1190　2009年4月　研究論文（学術雑誌）

  96. Outcome of a Workshop on Applications of Protein Models in Biomedical Research

    Torsten Schwede, Andrej Sali, Barry Honig, Michael Levitt, Helen M. Berman, David Jones, Steven E. Brenner, Stephen K. Burley, Rhiju Das, Nikolay V. Dokholyan, Roland L. Dunbrack, Krzysztof Fidelis, Andras Fiser, Adam Godzik, Yuanpeng Janet Huang, Christine Humblet, Matthew P. Jacobson, Andrzej Joachimiak, Stanley R. Krystek, Tanja Kortemme, Andriy Kryshtafovych, Gaetano T. Montelione, John Moult, Diana Murray, Roberto Sanchez, Tobin R. Sosnick, Daron M. Standley, Terry Stouch, Sandor Vajda, Max Vasquez, John D. Westbrook, Ian A. Wilson

    Structure　Vol. 17　No. 2　p. 151-159　2009年2月13日　研究論文（国際会議プロシーディングス）

  97. Functional annotation by sequence-weighted structure alignments: Statistical analysis and case studies from the protein 3000 structural genomics project in Japan

    Daron M. Standley, Hiroyuki Toh, Haruki Nakamura

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 72　No. 4　p. 1333-1351　2008年9月　研究論文（学術雑誌）

  98. Protein structure databases with new web services for structural biology and biomedical research

    Daron M. Standley, Akira R. Kinjo, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura

    Briefings in Bioinformatics　Vol. 9　No. 4　p. 276-285　2008年7月　研究論文（学術雑誌）

  99. Localization and nucleotide specificity of Blastocystis succinyl-CoA synthetase

    Karleigh Hamblin, Daron M. Standley, Matthew B. Rogers, Alexandra Stechmann, Andrew J. Roger, Robin Maytum, Mark Van Der Giezen

    Molecular Microbiology　Vol. 68　No. 6　p. 1395-1405　2008年6月　研究論文（学術雑誌）

  100. Structure-based functional annotation of protein sequences guided by comparative models

    Daron M. Standley, Akira R. Kinjo, Miesko Lis, Mark van der Giezen, Haruki Nakamura

    OPTIMIZATION AND SYSTEMS BIOLOGY, PROCEEDINGS　Vol. 9　p. 395-+　2008年　研究論文（国際会議プロシーディングス）

  101. Lonidamine, a Novel Modulator for the BvgAS System of Bordetella Species.

    Natsuko Ota, Takashi Nishida, Daron M Standley, Aalaa Alrahman Sherif, Satoshi Iwano, Dendi Krisna Nugraha, Toshiya Ueno, Yasuhiko Horiguchi

    Microbiology and immunology　Vol. 69　No. 3　p. 133-147　2025年3月　研究論文（学術雑誌）

  102. Clonal landscape of autoantibody-secreting plasmablasts in COVID-19 patients.

    Shuhei Sakakibara, Yu-Chen Liu, Masakazu Ishikawa, Ryuya Edahiro, Yuya Shirai, Soichiro Haruna, Marwa Ali El Hussien, Zichang Xu, Songling Li, Yuta Yamaguchi, Teruaki Murakami, Takayoshi Morita, Yasuhiro Kato, Haruhiko Hirata, Yoshito Takeda, Fuminori Sugihara, Yoko Naito, Daisuke Motooka, Chao-Yuan Tsai, Chikako Ono, Yoshiharu Matsuura, James B Wing, Hisatake Matsumoto, Hiroshi Ogura, Masato Okada, Atsushi Kumanogoh, Yukinari Okada, Daron M Standley, Hitoshi Kikutani, Daisuke Okuzaki

    Life science alliance　Vol. 7　No. 12　p. e202402774-e202402774　2024年9月　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Life Science Alliance, LLC

  103. Robust detection of infectious disease, autoimmunity, and cancer from the paratope networks of adaptive immune receptors.

    Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Dianita S Saputri, Soichiro Haruna, Guanqun Sun, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Ayan Sengupta, Songling Li, Daron M Standley

    Briefings in bioinformatics　Vol. 25　No. 5　2024年7月25日　研究論文（学術雑誌）

  104. Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz.

    Takuya Uehata, Shinnosuke Yamada, Daisuke Ori, Alexis Vandenbon, Amir Giladi, Adam Jelinski, Yasuhiro Murakawa, Hitomi Watanabe, Kazuhiro Takeuchi, Kazunori Toratani, Takashi Mino, Hisanori Kiryu, Daron M Standley, Tohru Tsujimura, Tomokatsu Ikawa, Gen Kondoh, Markus Landthaler, Hiroshi Kawamoto, Hans-Reimer Rodewald, Ido Amit, Ryo Yamamoto, Masaki Miyazaki, Osamu Takeuchi

    Blood　Vol. 143　No. 3　p. 243-257　2024年1月18日　研究論文（学術雑誌）

  105. BCR, not TCR, repertoire diversity is associated with favorable COVID-19 prognosis.

    Faith Jessica Paran, Rieko Oyama, Abdullah Khasawneh, Tomohiko Ai, Hendra Saputra Ismanto, Aalaa Alrahman Sherif, Dianita Susilo Saputri, Chikako Ono, Mizue Saita, Satomi Takei, Yuki Horiuchi, Ken Yagi, Yoshiharu Matsuura, Yasushi Okazaki, Kazuhisa Takahashi, Daron M Standley, Yoko Tabe, Toshio Naito

    Frontiers in immunology　Vol. 15　p. 1405013-1405013　2024年　研究論文（学術雑誌）

  106. Structural basis of Irgb6 inactivation by Toxoplasma gondii through the phosphorylation of switch I.

    Hiromichi Okuma, Yumiko Saijo-Hamano, Hiroshi Yamada, Aalaa Alrahman Sherif, Emi Hashizaki, Naoki Sakai, Takaaki Kato, Tsuyoshi Imasaki, Satoshi Kikkawa, Eriko Nitta, Miwa Sasai, Tadashi Abe, Fuminori Sugihara, Yoshimasa Maniwa, Hidetaka Kosako, Kohji Takei, Daron M Standley, Masahiro Yamamoto, Ryo Nitta

    Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms　Vol. 29　No. 1　p. 17-38　2024年1月1日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Wiley

  107. Deciphering the antigen specificities of antibodies by clustering their complementarity determining region sequences.

    Dianita S Saputri, Hendra S Ismanto, Dendi K Nugraha, Zichang Xu, Yasuhiko Horiguchi, Shuhei Sakakibara, Daron M Standley

    mSystems　Vol. 8　No. 6　2023年12月21日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Society for Microbiology

  108. Enhancement of SARS-CoV-2 Infection via Crosslinking of Adjacent Spike Proteins by N-Terminal Domain-Targeting Antibodies.

    Tina Lusiany, Tohru Terada, Jun-Ichi Kishikawa, Mika Hirose, David Virya Chen, Fuminori Sugihara, Hendra Saputra Ismanto, Floris J van Eerden, Songling Li, Takayuki Kato, Hisashi Arase, Matsuura Yoshiharu, Masato Okada, Daron M Standley

    Viruses　Vol. 15　No. 12　p. 2421-2421　2023年12月13日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：MDPI AG

  109. Circadian ribosome profiling reveals a role for the Period2 upstream open reading frame in sleep.

    Arthur Millius, Rikuhiro G Yamada, Hiroshi Fujishima, Kazuhiko Maeda, Daron M Standley, Kenta Sumiyama, Dimitri Perrin, Hiroki R Ueda

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 120　No. 40　2023年10月3日　研究論文（学術雑誌）

  110. Expression of the readthrough transcript CiDRE in alveolar macrophages boosts SARS-CoV-2 susceptibility and promotes COVID-19 severity.

    Yuichi Mitsui, Tatsuya Suzuki, Kanako Kuniyoshi, Jun Inamo, Kensuke Yamaguchi, Mariko Komuro, Junya Watanabe, Mio Edamoto, Songling Li, Tsukasa Kouno, Seiya Oba, Tadashi Hosoya, Kentaro Masuhiro, Yujiro Naito, Shohei Koyama, Nobuo Sakaguchi, Daron M Standley, Jay W Shin, Shizuo Akira, Shinsuke Yasuda, Yasunari Miyazaki, Yuta Kochi, Atsushi Kumanogoh, Toru Okamoto, Takashi Satoh

    Immunity　Vol. 56　No. 8　p. 1939-1954　2023年8月8日　研究論文（学術雑誌）

  111. The ClusPro AbEMap web server for the prediction of antibody epitopes.

    Israel T Desta, Sergei Kotelnikov, George Jones, Usman Ghani, Mikhail Abyzov, Yaroslav Kholodov, Daron M Standley, Dmitri Beglov, Sandor Vajda, Dima Kozakov

    Nature protocols　Vol. 18　No. 6　p. 1814-1840　2023年6月1日　研究論文（学術雑誌）

  112. Bacterial induction of B cell senescence promotes age-related changes in the gut microbiota.

    Shimpei Kawamoto, Ken Uemura, Nozomi Hori, Lena Takayasu, Yusuke Konishi, Kazutaka Katoh, Tomonori Matsumoto, Masae Suzuki, Yusuke Sakai, Tatsuyuki Matsudaira, Takahiro Adachi, Naoko Ohtani, Daron M Standley, Wataru Suda, Shinji Fukuda, Eiji Hara

    Nature cell biology　Vol. 25　No. 6　p. 865-876　2023年6月1日　研究論文（学術雑誌）

  113. Intercellular crosstalk in adult dental pulp is mediated by heparin-binding growth factors Pleiotrophin and Midkine.

    Natnicha Jiravejchakul, Gabriela L Abe, Martin Loza, Soyoung Park, Ponpan Matangkasombut, Jun-Ichi Sasaki, Satoshi Imazato, Diego Diez, Daron M Standley

    BMC genomics　Vol. 24　No. 1　p. 184-184　2023年4月6日　研究論文（学術雑誌）

  114. Celastrol suppresses humoral immune responses and autoimmunity by targeting the COMMD3/8 complex

    Taiichiro Shirai, Akiko Nakai, Emiko Ando, Jun Fujimoto, Sarah Leach, Takao Arimori, Daisuke Higo, Floris J. van Eerden, Janyerkye Tulyeu, Yu-Chen Liu, Daisuke Okuzaki, Masanori A. Murayama, Haruhiko Miyata, Kazuto Nunomura, Bangzhong Lin, Akiyoshi Tani, Atsushi Kumanogoh, Masahito Ikawa, James B. Wing, Daron M. Standley, Junichi Takagi, Kazuhiro Suzuki

    Science Immunology　Vol. 8　No. 81　2023年3月31日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science (AAAS)

  115. External stimulation induces the secretion of autophagosome-like vesicles by B cells

    Yu-Diao Kuan, Chao-Yuan Tsai, Shuhei Sakakibara, Daron M Standley, Hitoshi Kikutani

    Autophagy Reports　Vol. 2　No. 1　2023年2月21日　研究論文（学術雑誌）

  116. When the TCR's engaged, the CD3 epsilons will play: A dynamic T cell receptor (TCR) triggering mechanism

    Floris J. van Eerden, Aalaa Alrahman Sherif, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Daron M. Standley

    Biophysical journal　Vol. 122　No. 3S1　2023年2月10日　研究論文（学術雑誌）

  117. Construction of a T cell receptor signaling range for spontaneous development of autoimmune disease.

    Atsushi Tanaka, Shinji Maeda, Takashi Nomura, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Satoshi Tanaka, Lin Jin, Ee Lyn Lim, Hiromasa Morikawa, Yohko Kitagawa, Shuji Akizuki, Yoshinaga Ito, Chihiro Fujimori, Keiji Hirota, Tosei Murase, Motomu Hashimoto, Junichi Higo, Rose Zamoyska, Ryuzo Ueda, Daron M Standley, Noriko Sakaguchi, Shimon Sakaguchi

    The Journal of experimental medicine　Vol. 220　No. 2　2023年2月6日　研究論文（学術雑誌）

  118. The evolution of structural genomics.

    Daron M Standley, Tokuichiro Nakanishi, Zichang Xu, Soichiro Haruna, Songling Li, Sedat Aybars Nazlica, Kazutaka Katoh

    Biophysical reviews　Vol. 14　No. 6　p. 1247-1253　2022年12月1日　研究論文（学術雑誌）

  119. Structural Modeling of Adaptive Immune Responses to Infection.

    Tina Lusiany, Zichang Xu, Dianita S Saputri, Hendra S Ismanto, Sedat Aybars Nazlica, Daron M Standley

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)　Vol. 2552　p. 283-294　2022年11月9日　研究論文（学術雑誌）

  120. Landscape of infection enhancing antibodies in COVID-19 and healthy donors

    Hendra S. Ismanto, Zichang Xu, Dianita S. Saputri, Jan Wilamowski, Songling Li, Dendi K. Nugraha, Yasuhiko Horiguchi, Masato Okada, Hisashi Arase, Daron M Standley

    Computational and Structural Biotechnology Journal　Vol. 20　p. 6033-6040　2022年11月4日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Elsevier BV

  121. CiDRE+ M2c macrophages hijacked by SARS-CoV-2 cause COVID-19 severity

    Yuichi Mitsui, Tatsuya Suzuki, Kanako Kuniyoshi, Jun Inamo, Kensuke Yamaguchi, Mariko Komuro, Junya Watanabe, Mio Edamoto, Songling Li, Tsukasa Kouno, Seiya Oba, Tadashi Hosoya, Shohei Koyama, Nobuo Sakaguchi, Daron M. Standley, Jay W. Shin, Shizuo Akira, Shinsuke Yasuda, Yasunari Miyazaki, Yuta Kochi, Atsushi Kumanogoh, Toru Okamoto, Takashi Satoh

    2022年10月3日

    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

  122. Advances in antibody discovery from human BCR repertoires.

    Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Hao Zhou, Dianita S Saputri, Fuminori Sugihara, Daron M Standley

    Frontiers in bioinformatics　Vol. 2　p. 1044975-1044975　2022年10月1日　研究論文（学術雑誌）

  123. Engineering ACE2 decoy receptors to combat viral escapability.

    Takao Arimori, Nariko Ikemura, Toru Okamoto, Junichi Takagi, Daron M Standley, Atsushi Hoshino

    Trends in pharmacological sciences　Vol. 43　No. 10　p. 838-851　2022年10月1日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Elsevier BV

  124. Improved Antibody-Specific Epitope Prediction Using AlphaFold and AbAdapt.

    Zichang Xu, Ana Davila, Jan Wilamowski, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley

    Chembiochem : a European journal of chemical biology　Vol. 23　No. 18　2022年9月16日　研究論文（学術雑誌）

  125. The protein-stabilizing effects of TMAO in aqueous and non-aqueous conditions.

    Hassan Monhemi, Hai Nam Hoang, Daron M Standley, Tomoko Matsuda, Mohammad Reza Housaindokht

    Physical chemistry chemical physics : PCCP　Vol. 24　No. 35　p. 21178-21187　2022年9月14日　研究論文（学術雑誌）

  126. Mapping of antibody epitopes based on docking and homology modeling.

    Israel T Desta, Sergei Kotelnikov, George Jones, Usman Ghani, Mikhail Abyzov, Yaroslav Kholodov, Daron M Standley, Maria Sabitova, Dmitri Beglov, Sandor Vajda, Dima Kozakov

    Proteins　Vol. 91　No. 2　p. 171-182　2022年9月11日　研究論文（学術雑誌）

  127. InterClone: Store, Search and Cluster Adaptive Immune Receptor Repertoires

    Jan Wilamowski, Zichang Xu, Hendra S Ismanto, Songling Li, Shunsuke Teraguchi, Mara Anais Llamas- Covarrubias, Xiuyuan Lu, Sho Yamasaki, Daron M Standley

    2022年8月1日

    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

  128. An engineered ACE2 decoy neutralizes the SARS-CoV-2 Omicron variant and confers protection against infection in vivo.

    Nariko Ikemura, Shunta Taminishi, Tohru Inaba, Takao Arimori, Daisuke Motooka, Kazutaka Katoh, Yuhei Kirita, Yusuke Higuchi, Songling Li, Tatsuya Suzuki, Yumi Itoh, Yuki Ozaki, Shota Nakamura, Satoaki Matoba, Daron M Standley, Toru Okamoto, Junichi Takagi, Atsushi Hoshino

    Science translational medicine　Vol. 14　No. 650　2022年6月22日　研究論文（学術雑誌）

  129. Cyclin J-CDK complexes limit innate immune responses by reducing proinflammatory changes in macrophage metabolism.

    Yee Kien Chong, Sarang Tartey, Yuki Yoshikawa, Koshi Imami, Songling Li, Masanori Yoshinaga, Ai Hirabayashi, Guohao Liu, Alexis Vandenbon, Fabian Hia, Takuya Uehata, Takashi Mino, Yutaka Suzuki, Takeshi Noda, Dominique Ferrandon, Daron M Standley, Yasushi Ishihama, Osamu Takeuchi

    Science signaling　Vol. 15　No. 729　2022年4月12日　研究論文（学術雑誌）

  130. AbAdapt: An adaptive approach to predicting antibody-antigen complex structures from sequence

    Ana Davila, Zichang Xu, Songling Li, John Rozewicki, Jan Wilamowski, Sergei Kotelnikov, Dima Kozakov, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Michael Gromiha

    Bioinformatics Advances　Vol. 2　No. 1　2022年3月7日　研究論文（学術雑誌）

    出版者・発行元：Oxford University Press ({OUP})

  131. Unbiased integration of single cell transcriptome replicates.

    Martin Loza, Shunsuke Teraguchi, Daron M Standley, Diego Diez

    NAR genomics and bioinformatics　Vol. 4　No. 1　2022年3月1日　研究論文（学術雑誌）

  132. The SARS-CoV-2 Delta variant is poised to acquire complete resistance to wild-type spike vaccines

    Yafei Liu, Noriko Arase, Jun-ichi Kishikawa, Mika Hirose, Songling Li, Asa Tada, Sumiko Matsuoka, Akemi Arakawa, Kanako Akamatsu, Chikako Ono, Hui Jin, Kazuki Kishida, Wataru Nakai, Masako Kohyama, Atsushi Nakagawa, Yoshiaki Yamagishi, Hironori Nakagami, Atsushi Kumanogoh, Yoshiharu Matsuura, Daron M. Standley, Takayuki Kato, Masato Okada, Manabu Fujimoto, Hisashi Arase

    2021年8月23日

    出版者・発行元：Cold Spring Harbor Laboratory

  133. Development of a scoring method for predicting protein complex structures

    Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C227-C227　2008年

  134. Docking of protein molecular surfaces with evolutionary trace analysis

    Eiji Kanamori, Yoichi Murakami, Yuko Tsuchiya, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 69　No. 4　p. 832-838　2007年12月　研究論文（国際会議プロシーディングス）

    出版者・発行元：4

  135. ASH structure alignment package: Sensitivity and selectivity in domain classification

    Daron M. Standley, Hiroyuki Toh, Haruki Nakamura

    BMC Bioinformatics　Vol. 8　2007年4月　研究論文（学術雑誌）

  136. Higher order structure contributes to specific differences in redox potential and electron transfer efficiency of root and leaf ferredoxins

    Ping Gou, Guy T. Hanke, Yoko Kimata-Ariga, Daron M. Standley, Atsushi Kubo, Isao Taniguchi, Haruki Nakamura, Toshiharu Hase

    Biochemistry　Vol. 45　No. 48　p. 14389-14396　2006年12月5日　研究論文（学術雑誌）

  137. Flexible docking of an amyloid-forming peptide from β2-microglobulin

    Daron M. Standley, 米澤 康滋, 中村春木, 後藤

    FEBS Letters　Vol. 580　No. 26　p. 6199-6205　2006年11月13日　研究論文（学術雑誌）

  138. Outcome of a Workshop on Archiving Structural Models of Biological Macromolecules

    Helen M. Berman, Stephen K. Burley, Wah Chiu, Andrej Sali, Alexei Adzhubei, Philip E. Bourne, Stephen H. Bryant, Roland L. Dunbrack, Krzysztof Fidelis, Joachim Frank, Adam Godzik, Kim Henrick, Andrzej Joachimiak, Bernard Heymann, David Jones, John L. Markley, John Moult, Gaetano T. Montelione, Christine Orengo, Michael G. Rossmann, Burkhard Rost, Helen Saibil, Torsten Schwede, Daron M. Standley, John D. Westbrook

    Structure　Vol. 14　No. 8　p. 1211-1217　2006年8月　研究論文（国際会議プロシーディングス）

  139. GASH: An improved algorithm for maximizing the number of equivalent residues between two protein structures

    Daron M. Standley, Hiroyuki Toh, Haruki Nakamura

    BMC Bioinformatics　Vol. 6　2005年9月8日　研究論文（学術雑誌）

  140. Detecting local structural similarity in proteins by maximizing number of equivalent residues

    Daron M. Standley, Hiroyuki Toh, Haruki Nakamura

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 57　No. 2　p. 381-391　2004年11月1日　研究論文（学術雑誌）

  141. AB initio protein structure prediction using a size-dependent tertiary folding potential

    Volker A. Eyrich, Richard A. Friesner, Daron M. Standley

    Advances in Chemical Physics　Vol. 120　p. 223-263　2002年　研究論文（学術雑誌）

  142. Protein structure prediction using a combination of sequence-based alignment, constrained energy minimization, and structural alignment

    Daron M. Standley, Volker A. Eyrich, Yuling An, David L. Pincus, John R. Gunn, Richard A. Friesner

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 45　No. SUPPL. 5　p. 133-139　2001年　研究論文（学術雑誌）

  143. Prediction of protein tertiauy structure to low resolution: Performance for a large and structurally diverse test set

    Volker A. Eyrich, Daron M. Standley, Richard A. Friesner

    Journal of Molecular Biology　Vol. 288　No. 4　p. 725-742　1999年5月14日　研究論文（学術雑誌）

  144. Protein tertiary structure prediction using a branch and bound algorithm

    Volker A. Eyrich, Daron M. Standley, Anthony K. Felts, Richard A. Friesner

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 35　No. 1　p. 41-57　1999年4月　研究論文（学術雑誌）

  145. A branch and bound algorithm for protein structure refinement from sparse NMR data sets

    Daron M. Standley, Volker A. Eyrich, Anthony K. Felts, Richard A. Friesner, Ann E. McDermott

    Journal of Molecular Biology　Vol. 285　No. 4　p. 1691-1710　1999年1月29日　研究論文（学術雑誌）

  146. Tertiary structure prediction of mixed α/β proteins via energy minimization

    Daron M. Standley, John R. Gunn, Richard A. Friesner, Ann E. McDermott

    Proteins: Structure, Function and Genetics　Vol. 33　No. 2　p. 240-252　1998年11月1日　研究論文（学術雑誌）

MISC 3

  1. COVID-19における自己抗体のクローン拡大と体細胞変異による多様性獲得

    榊原修平, 榊原修平, 劉祐誠, 石川昌和, 石川昌和, 枝廣龍哉, 枝廣龍哉, 枝廣龍哉, 白井雄也, 白井雄也, 白井雄也, XU Zichang, LI Songling, LI Songling, 山口勇太, 山口勇太, 村上輝明, 村上輝明, 森田貴義, 森田貴義, 加藤保宏, 加藤保宏, 平田陽彦, 武田吉人, 杉原文徳, 元岡大祐, WING James, WING James, 松本寿健, 松本寿健, 小倉裕司, 熊ノ郷淳, 熊ノ郷淳, 熊ノ郷淳, 熊ノ郷淳, 熊ノ郷淳, 岡田随象, 岡田随象, 岡田随象, 岡田随象, 岡田随象, 岡田随象, 岡田随象, STANDLEY Daron, STANDLEY Daron, STANDLEY Daron, STANDLEY Daron, 菊谷仁, 奥崎大介, 奥崎大介, 奥崎大介, 奥崎大介

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 47th　2024年

  2. Prediction of Protein-Protein Complex Structures Using a Docking Server, surFit

    Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide Liang, Daron Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura

    PROTEIN SCIENCE　Vol. 21　p. 178-178　2012年8月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）

  3. From structures to functions: annotation by structural bioinformatics

    Daron M. Standley, Haruki Nakamura

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　Vol. 53　No. 5　p. 638-644　2008年4月　記事・総説・解説・論説等（その他）

講演・口頭発表等 17

  1. 感染症と疾患のバイオマーカーとしての適応免疫受容体レパートリー

    スタンドレー ダーロン

    September 3-6th , 2023　2023年9月

  2. Adaptive immune receptor repertoires as features for health and disease classification

    Daron Standley

    Bonn Conference on Mathematical Life Science　2023年4月

  3. Molecular Mechanism of SARS-CoV-2 Infection-Enhancing Antibodies”

    Daron M. Standley

    第20回駿河台国際シンポジウム　2022年11月

  4. Molecular Mechanism of SARS-CoV-2 Infection-Enhancing Antibodies”

    Daron M. Standley

    international Conference on Translational Omics and Bioinformatics:Advancing Reserach and Manufacturig for Medical Haalth　2022年11月

  5. Application of structural alignment in immunology

    Daron M. Standley

    PDBj-BINDS joint workshop: Protein and Compound Structural Data for Drug Discovery and Life Science　2020年1月

  6. High-throughput modeling of lymphocyte receptors and their antigens

    Biomedical Sciences in the Era of Big Data　2018年10月18日

  7. High-throughput modeling of lymphocyte receptors and their antigens

    Daron M. Standley

    Hot Spring Harbor International Symposium　2018年10月

  8. Quantifying structural and functional convergence in immune cell repertoires

    Daron M. Standley

    83rd In Silico Megabank Research Seminar　2017年9月8日

  9. JMJD5 regulates HBV replication through interaction with HBx

    Toru Okamoto, Kazuo Yamashita, Tatsuya Suzuki, Shinji Kusakabe, Junki Hirano, Takasuke Fukuhara, Atsuya Yamashita, Kazunobu Saito, Daisue Okuzaki, Daron M Stanley, Khoji Moriishi, Yoshiharu Matsuura

    5th LAPAN-TAIWAN-KOREA HVB Research Symposium 2017　2017年4月

  10. Structural analysis of immune repertoires

    Daron M. Standley

    第10回次世代アジュバント研究会　2017年1月

  11. Next-generation biomarkers from Big Data

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    he 9th Adjuvant Research Conference　2016年1月1日

  12. A structural view of immune repertoires

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    Protein Structure and Function　2015年11月14日

  13. NGS-driven docking of protein-RNA complexes

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    Analysis and prediction of protein assembly structures by bioinformatics　2015年3月6日

  14. Intrinsic disorder mediates cooperative signal transduction in STIM1

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    Biophysical Society of Japan　2014年9月26日

  15. Kotai antibody builder: a pipeline for antibody modeling and design

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    Antibody Design, Modeling, and Applications　2014年1月14日

  16. 3D Molecular Modeling of antibodies and protein-RNA interactions

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    Kyoto University, Institute for Viral Research, Colloquium　2013年8月26日

  17. A structural view of immunology

    STANDLEY, Daron Michaelangelo

    RIKEN RCAI Seminar Series 2012 Toward Integrative Medical Biology　2012年12月18日

特許・実用新案・意匠 3

  1. 免疫学的実体クラスタリングソフトウェア

    WO2018052131A1

    出願日:2017/09/15

  2. 抗原に対するB細胞応答の孤児解消

    ダーロン ミケランジェロ, スタンドレー, ヘンドラ サプトラ イスマント, ディアニタ スシロ サプトリ

    出願日:2023/10/15

  3. 適応免疫受容体レパートリーからの疾患診断のための汎用特徴

    ダーロン ミケランジェロ スタンドレー, 李松龄, 徐子畅

    出願日:2023/09/27

報道 3

  1. たんぱく室解析ソフト 分子生物学のインフラに

    日本経済新聞

    2019年9月

  2. IFReC の研究者による論文が「平成時代を代表する論文」にランク入り

    Clarivate Analytics Japan

    2019年6月

  3. C型肝炎ウイルス、薬剤耐性なく治療する化合物 阪大、アルツハイ マー病治療薬の候補の中に...トキソプラズマなども効果

    産経新聞

    2017年11月

学術貢献活動 1

  1. Innovators' Talk

    2019年3月 ～

機関リポジトリ 3

大阪大学の学術機関リポジトリ（OUKA）に掲載されているコンテンツ

  1. Tiny but mighty! N,N-dimethyl-4-(5-nitrothiophen-2-yl)aniline, a push-pull fluorescent dye for lipid droplet imaging

    Wee Wen Ann, Andini Tatum Melati, Kumagai Tomotaka, Chinnathambi Shanmugavel, Pandian Ganesh N., Millius Arthur, Sugiyama Hiroshi, Standley Daron M., Park Soyoung

    Analytica Chimica Acta　Vol. 1359　2025年5月3日

  2. Lonidamine, a Novel Modulator for the BvgAS System of Bordetella Species

    Ota Natsuko, Nishida Takashi, Standley M. Daron, Sherif Aalaa Alrahman, Iwano Satoshi, Nugraha Dendi Krisna, Ueno Toshiya, Horiguchi Yasuhiko

    Microbiology and Immunology　2024年12月15日

  3. Deciphering the antigen specificities of antibodies by clustering their complementarity determining region sequences

    Saputri Dianita S., Ismanto Hendra S., Nugraha Dendi K., Xu Zichang, Horiguchi Yasuhiko, Sakakibara Shuhei, Standley Daron M., Cristea Ileana M.

    mSystems　Vol. 8　No. 6　2023年12月21日