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CBI学会
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ライフサイエンス / 生物物理学 /
Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence-oriented analysis of protein structures.
Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu
Protein science : a publication of the Protein Society Vol. 34 No. 3 2025年3月 研究論文(学術雑誌)
Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures.
Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu
Journal of molecular biology p. 169013-169013 2025年2月15日 研究論文(学術雑誌)
Phosphoproteomic subtyping of gastric cancer reveals dynamic transformation with chemotherapy and guides targeted cancer treatment
Hirokazu Shoji, Hidekazu Hirano, Yosui Nojima, Daigo Gunji, Akina Shinkura, Satoshi Muraoka, Yuichi Abe, Ryohei Narumi, Chioko Nagao, Masahiko Aoki, Kazutaka Obama, Kazufumi Honda, Kenji Mizuguchi, Takeshi Tomonaga, Yutaka Saito, Takaki Yoshikawa, Ken Kato, Narikazu Boku, Jun Adachi
Cell Reports p. 114774-114774 2024年10月 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:Elsevier BVFamilial Episodic Pain Syndrome: A Japanese Family Harboring the Novel Variant c.2431C>T (p.Leu811Phe) in SCN11A.
Chioko Nagao, Hiroko Okuda, Gert-Jan Bekker, Atsuko Noguchi, Tsutomu Takahashi, Akio Koizumi, Shohab Youssefian, Tohru Tezuka, Shinji Akioka
Biochemical genetics 2024年7月25日 研究論文(学術雑誌)
Construction of a Tm-Value Prediction Model and Molecular Dynamics Study of AmNA-Containing Gapmer Antisense Oligonucleotide
Masataka Kuroda, Yuuya Kasahara, Masako Hirose, Harumi Yamaguma, Masayuki Oda, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Molecular Therapy - Nucleic Acids p. 102272-102272 2024年7月 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:Elsevier BVImpact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model
Yulong Gou, Suyong Re, Kenji Mizuguchi, Chioko Nagao
ACS Medicinal Chemistry Letters 2023年12月21日 研究論文(学術雑誌)
Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties
Kyohei Koyama, Kosuke Hashimoto, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Frontiers in Bioinformatics Vol. 3 2023年12月18日 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:Frontiers Media SADruMAP: A Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform
Hitoshi Kawashima, Reiko Watanabe, Tsuyoshi Esaki, Masataka Kuroda, Chioko Nagao, Yayoi Natsume-Kitatani, Rikiya Ohashi, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi
Journal of Medicinal Chemistry 2023年7月14日 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の提案
長尾知生子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 深川明子, 片山俊明, 川島秀一, 水口賢司, 安倍理加
医薬品情報学 Vol. 24 No. 4 p. 187-195 2023年2月 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:一般社団法人 日本医薬品情報学会Data-driven patient stratification and drug target discovery by using medical information and serum proteome data of idiopathic pulmonary fibrosis patients
Yayoi Natsume-Kitatani, Mari N Itoh, Yoshito Takeda, Masataka Kuroda, Haruhiko Hirata, Kohtaro Miyake, Takayuki Shiroyama, Yuya Shirai, Yoshimi Noda, Yuichi Adachi, Takatoshi Enomoto, Saori Amiya, Jun Adachi, Ryohei Narumi, Satoshi Muraoka, Takeshi Tomonaga, Sadao Kurohashi, Fei Cheng, Ribeka Tanaka, Shuntaro Yada, Eiji Aramaki, Shoko Wakamiya, Yi-An Chen, Chihiro Higuchi, Yosui Nojima, Takeshi Fujiwara, Chioko Nagao, Yasushi Matsumura, Kenji Mizuguchi, Atsushi Kumanogoh, Naonori Ueda
2022年3月29日
出版者・発行元:Research Square Platform LLCDeveloping a Kinase-Specific Target Selection Method Using a Structure-Based Machine Learning Approach.
Arina Afanasyeva, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Advances and applications in bioinformatics and chemistry : AABC Vol. 13 p. 27-40 2020年12月 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:Informa UK LimitedNovel anti-flavivirus drugs targeting the nucleolar distribution of core protein.
Makoto Tokunaga, Yoichi Miyamoto, Tatsuya Suzuki, Mayumi Otani, Shinsuke Inuki, Tsuyoshi Esaki, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, Hiroaki Ohno, Yoshihiro Yoneda, Toru Okamoto, Masahiro Oka, Yoshiharu Matsuura
Virology Vol. 541 p. 41-51 2020年2月 研究論文(学術雑誌)
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1.
Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara, Mitsuo Iwadate, Hideaki Umeyama, Takaaki Ichikawa, Reiji Teramoto, Kun-Yi Hsin, Vipul Gupta, Hiroaki Kitano, Mika Sakamoto, Akiko Higuchi, Nobuaki Miura, Kei Yura, Masahiro Mochizuki, Chandrasekaran Ramakrishnan, A Mary Thangakani, D Velmurugan, M Michael Gromiha, Itsuo Nakane, Nanako Uchida, Hayase Hakariya, Modong Tan, Hironori K Nakamura, Shogo D Suzuki, Tomoki Ito, Masahiro Kawatani, Kentaroh Kudoh, Sakurako Takashina, Kazuki Z Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Daisuke Kobayashi, Tatsuya Okuno, Shintaro Minami, George Chikenji, Philip Prathipati, Chioko Nagao, Attayeb Mohsen, Mari Ito, Kenji Mizuguchi, Teruki Honma, Takashi Ishida, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama, Masakazu Sekijima
Scientific reports Vol. 9 No. 1 p. 19585-19585 2019年12月20日 研究論文(学術雑誌)
Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information incorporating fraction unbound in plasma as a descriptor.
Reiko Watanabe, Rikiya Ohashi, Tsuyoshi Esaki, Hitoshi Kawashima, Yayoi Natsume-Kitatani, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Scientific reports Vol. 9 No. 1 p. 18782-18782 2019年12月11日 研究論文(学術雑誌)
Constructing an In Silico Three-Class Predictor of Human Intestinal Absorption With Caco-2 Permeability and Dried-DMSO Solubility.
Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Reiko Watanabe, Yayoi Natsume-Kitatani, Hitoshi Kawashima, Chioko Nagao, Hiroshi Komura, Kenji Mizuguchi
Journal of pharmaceutical sciences Vol. 108 No. 11 p. 3630-3639 2019年11月 研究論文(学術雑誌)
Computational Model To Predict the Fraction of Unbound Drug in the Brain.
Tsuyoshi Esaki, Rikiya Ohashi, Reiko Watanabe, Yayoi Natsume-Kitatani, Hitoshi Kawashima, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Journal of chemical information and modeling Vol. 59 No. 7 p. 3251-3261 2019年7月22日 研究論文(学術雑誌)
High-Contrast Facile Imaging with Target-Directing Fluorescent Molecular Rotors, the N3-Modified Thioflavin T Derivatives.
Yuka Kataoka, Hiroto Fujita, Arina Afanaseva, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, Yuuya Kasahara, Satoshi Obika, Masayasu Kuwahara
Biochemistry Vol. 58 No. 6 p. 493-498 2019年2月12日 研究論文(学術雑誌)
Prediction of the secondary structure of short DNA aptamers.
Arina Afanasyeva, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
Biophysics and physicobiology Vol. 16 p. 287-294 2019年 研究論文(学術雑誌)
Predicting Fraction Unbound in Human Plasma from Chemical Structure: Improved Accuracy in the Low Value Ranges.
Watanabe R, Esaki T, Kawashima H, Natsume-Kitatani Y, Nagao C, Ohashi R, Mizuguchi K
Molecular pharmaceutics Vol. 15 No. 11 p. 5302-5311 2018年11月 研究論文(学術雑誌)
Data Curation can Improve the Prediction Accuracy of Metabolic Intrinsic Clearance.
Esaki T, Watanabe R, Kawashima H, Ohashi R, Natsume-Kitatani Y, Nagao C, Mizuguchi K
Molecular informatics Vol. 38 No. 1-2 2018年9月 研究論文(学術雑誌)
Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling: 2. Classification of aqueous solubility measured using the dried-DMSO method
Tsuyoshi Esaki, Reiko Watanabe, Hitoshi Kawashima, Yayoi Natsume-Kitatani, Chioko Nagao, Rikiya Ohashi, Kenji Mizuguchi
Chem-Bio Informatics Society Annual Meeting 2017年10月
Improved pose and affinity predictions using different protocols tailored on the basis of data availability
Philip Prathipati, Chioko Nagao, Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN Vol. 30 No. 9 p. 817-828 2016年9月 研究論文(学術雑誌)
Dextran sulfate-resistant A/Puerto Rico/8/34 influenza virus is associated with the emergence of specific mutations in the neuraminidase glycoprotein
Hiroshi Yamada, Chioko Nagao, Ahmad M. Haredy, Yasuko Mori, Kenji Mizuguchi, Koichi Yamanishi, Shigefumi Okamoto
ANTIVIRAL RESEARCH Vol. 111 p. 69-77 2014年11月 研究論文(学術雑誌)
Crystal structure of FtsA from Staphylococcus aureus
Junso Fujita, Yoko Maeda, Chioko Nagao, Yuko Tsuchiya, Yuma Miyazaki, Mika Hirose, Eiichi Mizohata, Yoshimi Matsumoto, Tsuyoshi Inoue, Kenji Mizuguchi, Hiroyoshi Matsumura
FEBS LETTERS Vol. 588 No. 10 p. 1879-1885 2014年5月 研究論文(学術雑誌)
Prediction of Detailed Enzyme Functions and Identification of Specificity Determining Residues by Random Forests
Chioko Nagao, Nozomi Nagano, Kenji Mizuguchi
PLOS ONE Vol. 9 No. 1 2014年1月 研究論文(学術雑誌)
Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic study of FtsA from methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Junso Fujita, Yuma Miyazaki, Mika Hirose, Chioko Nagao, Eiichi Mizohata, Yoshimi Matsumoto, Kenji Mizuguchi, Tsuyoshi Inoue, Hiroyoshi Matsumura
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS Vol. 69 No. Pt 8 p. 895-898 2013年8月 研究論文(学術雑誌)
Computational design, construction, and characterization of a set of specificity determining residues in protein-protein interactions
Chioko Nagao, Nozomi Izako, Shinji Soga, Samia Haseeb Khan, Shigeki Kawabata, Hiroki Shirai, Kenji Mizuguchi
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS Vol. 80 No. 10 p. 2426-2436 2012年10月 研究論文(学術雑誌)
Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan
Mizuki Morita, Yoshinobu Igarashi, Maori Ito, Yi-An Chen, Chioko Nagao, Yuki Sakaguchi, Ryuichi Sakate, Tohru Masui, Kenji Mizuguchi
BMC Research Notes Vol. 5 2012年 研究論文(学術雑誌)
Detecting subtle functional differences in ketopantoate reductase and related enzymes using a rule-based approach with sequence-structure homology recognition scores
Sukanta Mondal, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION Vol. 23 No. 11 p. 859-869 2010年11月 研究論文(学術雑誌)
Relationships between functional subclasses and information contained in active-site and ligand-binding residues in diverse superfamilies
Chioko Nagao, Nozomi Nagano, Kenji Mizuguchi
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS Vol. 78 No. 10 p. 2369-2384 2010年8月 研究論文(学術雑誌)
Creation of lysine-deficient mutant lymphotoxin-alpha with receptor selectivity by using a phage display system
Yasuo Yoshioka, Hikaru Watanabe, Tomohiro Morishige, Xinglei Yao, Shinji Ikemizu, Chioko Nagao, Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi, Shin-ichi Tsunoda, Yasuo Tsutsumi, Yohei Mukai, Naoki Okada, Shinsaku Nakagawa
BIOMATERIALS Vol. 31 No. 7 p. 1935-1943 2010年3月 研究論文(学術雑誌)
Bioinformatics Approaches for Analysis of Protein-Ligand Interactions
Munazah Andrabi, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, Shandar Ahmad
Pharmaceutical Data Mining: Approaches and Applications for Drug Discovery p. 267-299 2009年12月1日
Creation of lysine-deficient mutant lymphotoxin-alpha with receptor selectivity by using phage display
Yasuo Yoshioka, Hikaru Watanabe, Tomohiro Morishige, Xinglei Yao, Shinji Ikemizu, Chioko Nagao, Shandar Ahmad, Kenji Mizuguchi, Yasuo Tsutsumi, Yohei Mukai, Naoki Okada, Shinsaku Nakagawa
CYTOKINE Vol. 48 No. 1-2 p. 111-111 2009年10月
Correlation between evolutionary structural development and protein folding
C Nagao, TP Terada, T Yomo, M Sasai
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 102 No. 52 p. 18950-18955 2005年12月 研究論文(学術雑誌)
Observation of the highly excited vibrational levels of HCP: Application of IR-UV-SEP triple resonance spectroscopy
H Ishikawa, C Nagao, N Mikami
CHEMISTRY LETTERS No. 9 p. 941-942 1999年9月 研究論文(学術雑誌)
Observation of the nuCH Excited Vibrational Levels in the Ã1A" State of HCP by IR-UV Double Resonance Spectroscopy.
Ishikawa H, Nagao C, Mikami N
Journal of molecular spectroscopy Vol. 194 No. 1 p. 52-60 1999年3月 研究論文(学術雑誌)
Spectroscopic investigation af the generation of "isomerization" states: Eigenvector analysis of the bend-CP stretch polyad
H Ishikawa, C Nagao, N Mikami, RW Field
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 109 No. 2 p. 492-503 1998年7月 研究論文(学術雑誌)
Observation of the ''isomerization states'' of HCP by stimulated emission pumping spectroscopy: Comparison between theory and experiment
H Ishikawa, C Nagao, N Mikami, RW Field
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 106 No. 7 p. 2980-2983 1997年2月 研究論文(学術雑誌)
PRISM成果利用システム「峰」の構築 新薬創出を加速する人工知能の開発
樋口千洋, 黒田正孝, 黒田正孝, 伊藤眞里, 長尾知生子, 長尾知生子, 浜本隆二, 黒橋禎夫, 高村大也, 奥野恭史, 山西芳裕, 水口賢司, 水口賢司, 夏目やよい, 夏目やよい
医療情報学連合大会論文集(CD-ROM) Vol. 42nd 2022年
「新薬創出を加速する人工知能の開発」特発性肺線維症への取り組み
伊藤眞里, 武田吉人, 木田博, 木庭太郎, 野島陽水, 藤原大, 長尾知生子, 夏目やよい, 武田理宏, 松村泰志, 熊ノ郷淳, 水口賢司
日本呼吸器学会誌(Web) Vol. 8 2019年3月10日
間質性肺炎 診断と予後 新薬創出を加速する人工知能の開発 特発性肺線維症への取り組み
伊藤 眞里, 武田 吉人, 木田 博, 木庭 太郎, 野島 陽水, 藤原 大, 長尾 知生子, 夏目 やよい, 武田 理宏, 松村 泰志, 熊ノ郷 淳, 水口 賢司
日本呼吸器学会誌 Vol. 8 No. 増刊 p. 167-167 2019年3月
出版者・発行元:(一社)日本呼吸器学会プレシジョンメディシンと創薬 5 創薬における計算機の果たす役割―プレシジョンメディシンに向けて―
長尾知生子, 夏目やよい, 水口賢司
月刊Precision Medicine Vol. 1 No. 1 2018年10月25日
Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling: 1. In silico prediction of fraction of unbound drug in the brain homogenate
Tsuyoshi Esaki, Reiko Watanabe, Rikiya Ohashi, Yayoi Natsume-Kitatani, Hitoshi Kawashima, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi
2018 International Meeting on 22nd MDO and 33rd JSSX 2018年10月 研究発表ペーパー・要旨(国際会議)
人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 7.データベース・計算環境~知識データベース・AI基盤
長尾知生子, 種石慶
医薬ジャーナル Vol. 54 No. 9 2018年9月1日
データベース・計算環境 : 知識データベース・AI基盤 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)
長尾 知生子, 種石 慶
医薬ジャーナル Vol. 54 No. 9 p. 2063-2067 2018年9月
出版者・発行元:医薬ジャーナル社公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて ‐創薬への応用を目指して‐
伊藤眞里, 長尾知生子, 夏目やよい, 水口賢司
CICSJ Bulletin (Web) Vol. 35 No. 3 2017年
公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて:―創薬への応用を目指して―
伊藤 眞里, 長尾 知生子, 夏目 やよい, 水口 賢司
日本化学会情報化学部会誌 Vol. 35 No. 3 2017年
出版者・発行元:公益社団法人 日本化学会・情報化学部会レセプター指向性を有するリンフォトキシンαの創製と特性評価
吉岡靖雄, 渡辺光, 堤康央, AHMAD Shandar, 長尾知生子, 池水信二, 水口賢司, 向洋平, 岡田直貴, 中川晋作
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 Vol. 9th 2009年4月24日
19aTC-7 遺伝子発現過程を考慮した粗視化DNAモデルの構築(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
徳田 直子, 長尾 知生子, 笹井 理生, 千見寺 浄慈
日本物理学会講演概要集 Vol. 62 No. 1 p. 336-336 2007年2月28日
出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会インタビューフォームの構造化に向けた技術的な取り組み
長尾知生子
IMICユーザ会 2023年11月2日
タンパク質立体構造予測の進歩 Alphafoldの出現からその先へ
長尾知生子
日本乳酸菌学会2023年度大会 2023年7月7日
医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の試み
長尾知生子
第25回日本医薬品情報学学会総会・学術大会 2023年6月10日
ウテログロビンを構造基盤とする二重特異性ポリペプチド
新山真由美, 秋葉宏樹, 阿部康弘, 永田諭志, 伊勢知子, 長尾知生子, 鎌田春彦, 津本浩平, 水口賢司, アリーナ・アファナシェヴァ, 井上豪, 福田庸太
出願日:2018/03/12
Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures
Bekker Gert-Jan, Nagao Chioko, Shirota Matsuyuki, Nakamura Tsukasa, Katayama Toshiaki, Kihara Daisuke, Kinoshita Kengo, Kurisu Genji
Protein Science Vol. 34 No. 3 2025年3月1日
Protein Data Bank Japan : Computational Resources for Analysis of Protein Structures
Bekker Gert Jan, Nagao Chioko, Shirota Matsuyuki, Nakamura Tsukasa, Katayama Toshiaki, Kihara Daisuke, Kinoshita Kengo, Kurisu Genji
Journal of Molecular Biology 2025年2月15日
Construction of a Tm-value prediction model and molecular dynamics study of AmNA-containing gapmer antisense oligonucleotide
Kuroda Masataka, Kasahara Yuuya, Hirose Masako, Yamaguma Harumi, Oda Masayuki, Nagao Chioko, Mizuguchi Kenji
Molecular Therapy Nucleic Acids Vol. 35 No. 3 2024年9月10日
Impact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model
Gou Yulong, Re Suyong, Mizuguchi Kenji, Nagao Chioko
ACS Medicinal Chemistry Letters Vol. 15 No. 1 p. 54-59 2023年12月21日
Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties
Koyama Kyohei, Hashimoto Kosuke, Nagao Chioko, Mizuguchi Kenji
Frontiers in Bioinformatics Vol. 3 2023年12月18日
Improved pose and affinity predictions using different protocols tailored on the basis of data availability
Prathipati Philip, Nagao Chioko, Ahmad Shandar, Mizuguchi Kenji
Journal of Computer-Aided Molecular Design Vol. 30 No. 9 p. 817-828 2016年10月6日