研究者総覧 - 大阪大学

清水　浩

Shimizu Hiroshi

情報科学研究科　バイオ情報工学専攻，教授

keyword 機械学習によるタンパク質機能改変，代謝工学，13C代謝フラックス解析，ゲノムスケール代謝シミュレーション，実験室進化

学歴

1990年07月～，京都大学工学博士
1989年03月～，京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学

経歴

2019年04月～継続中，大阪大学，国際共創大学院学位プログラム推進機構「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」，部門長、コーディネータ
2003年～継続中，大阪大学大学院・情報科学研究科，教授
2015年08月～ 2019年03月，大阪大学，未来戦略機構第四部門「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」，部門長、コーディネータ
2011年08月～ 2014年03月，大阪大学，大学院情報科学研究科，評議員
2007年08月～ 2011年08月，大阪大学，大学院情報科学研究科
2002年～ 2003年，大阪大学・大学院情報科学研究科，助教授
1995年～ 2001年，大阪大学工学研究科，助教授
1996年06月～ 1997年06月，マサチューセッツ工科大学（MIT）化学工学科（文部科学省在外研究員），Stephanopoulos教授
1990年～ 1994年，大阪大学工学部，助手

研究内容・専門分野

情報通信，生命、健康、医療情報学
ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学），バイオ機能応用、バイオプロセス工学

所属学会

日本農芸化学会
バイオインダストリー協会
日本分子生物学会
化学工学会
日本生物工学会

論文

Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin，Chinatsu Matsuyama,Taisuke Seike,Nobuyuki Okahashi,Teppei Niide,Kiyotaka Y. Hara,Yoko Hirono-Hara,Jun Ishii,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda，Journal of Bioscience and Bioengineering，2024年03月，研究論文（学術雑誌）
Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli.，Hayato Akagi,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，Biotechnology and bioengineering，2023年12月20日，研究論文（学術雑誌）
Effects of n-butanol production on metabolism and the photosystem in Synecococcus elongatus PCC 7942 based on metabolic flux and target proteome analyses.，Keisuke Wada,Kiyoka Uebayashi,Yoshihiro Toya,Sastia Prama Putri,Fumio Matsuda,Eiichiro Fukusaki,James C Liao,Hiroshi Shimizu，The Journal of general and applied microbiology，Vol. 69，p. 185-195，2023年03月20日，研究論文（学術雑誌）
Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions.，Kenta Miyoshi,Ryutaro Kawai,Teppei Niide,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 135，No. 4，p. 291-297，2023年01月29日，研究論文（学術雑誌）
Effect of light fluctuations on photosynthesis and metabolic flux in Synechocystis sp. PCC 6803.，Tatsumi Imada,Chiaki Yamamoto,Masakazu Toyoshima,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology progress，2023年01月26日，研究論文（学術雑誌）
Conversion of Mevalonate to Isoprenol Using Light Energy in Escherichia coli without Consuming Sugars for ATP Supply，Mikoto Sano,Ryo Tanaka,Kentaro Kamata,Yoko Hirono-Hara,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Kiyotaka Y. Hara,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，ACS Synthetic Biology，American Chemical Society (ACS)，Vol. 11，No. 12，p. 3966-3972，2022年11月28日，研究論文（学術雑誌）
Logistic Regression-Guided Identification of Cofactor Specificity-Contributing Residues in Enzyme with Sequence Datasets Partitioned by Catalytic Properties.，Sou Sugiki,Teppei Niide,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，ACS synthetic biology，2022年11月02日，研究論文（学術雑誌）
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産，村上茉奈美,川井隆太郎,三吉健太,芝井厚,前田智也,堀之内貴明,古澤力,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 2022年，p. 225-225，2022年10月
Metabolic pathway design for growth-associated phenylalanine production using synthetically designed mutualism.，Ryutaro Kawai,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Bioprocess and biosystems engineering，Vol. 45，No. 9，p. 1539-1546，2022年08月05日，研究論文（学術雑誌）
13C metabolic flux analysis clarifies distinct metabolic phenotypes of cancer cell spheroid mimicking tumor hypoxia.，Shingo Noguchi,Kenichi Wakita,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Metabolic engineering，Vol. 73，p. 192-200，2022年07月31日，研究論文（学術雑誌）
Optogenetic reprogramming of carbon metabolism using light-powering microbial proton pump systems，Yoshihiro Toya,Yoko Hirono-Hara,Hidenobu Hirayama,Kentaro Kamata,Ryo Tanaka,Mikoto Sano,Sayaka Kitamura,Kensuke Otsuka,Rei Abe-Yoshizumi,Satoshi P. Tsunoda,Hiroshi Kikukawa,Hideki Kandori,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda,Jun Ishii,Kiyotaka Y. Hara，Metabolic Engineering，Elsevier BV，Vol. 72，p. 227-236，2022年07月，研究論文（学術雑誌）
Constitutive expression of the global regulator AbrB restores the growth defect of a genome-reduced Bacillus subtilis strain and improves its metabolite production.，Junya Yamamoto,Onuma Chumsakul,Yoshihiro Toya,Takuya Morimoto,Shenghao Liu,Kenta Masuda,Yasushi Kageyama,Takashi Hirasawa,Fumio Matsuda,Naotake Ogasawara,Hiroshi Shimizu,Ken-Ichi Yoshida,Taku Oshima,Shu Ishikawa，DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes，Vol. 29，No. 3，2022年05月24日，研究論文（学術雑誌）
Metabolic pathway engineering for the non-growth-associated succinate production in Escherichia coli based on flux solution space，Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Journal of Bioscience and Bioengineering，Elsevier BV，Vol. 134，No. 1，p. 29-33，2022年05月，研究論文（学術雑誌）
Improvement of 2,3-butanediol production by dCas9 gene expression system in Saccharomyces cerevisiae，Keisuke Morita,Taisuke Seike,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Journal of Bioscience and Bioengineering，Elsevier BV，Vol. 133，No. 3，p. 208-212，2022年01月，研究論文（学術雑誌）
Acceleration of target production in co‐culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution，Ryutaro Kawai,Yoshihiro Toya,Kenta Miyoshi,Manami Murakami,Teppei Niide,Takaaki Horinouchi,Tomoya Maeda,Atsushi Shibai,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，Biotechnology and Bioengineering，Wiley，Vol. 119，No. 3，p. 936-945，2021年12月28日，研究論文（学術雑誌）
mfapy: An open-source Python package for 13C-based metabolic flux analysis.，Fumio Matsuda,Kousuke Maeda,Takeo Taniguchi,Yuya Kondo,Futa Yatabe,Nobuyuki Okahashi,Hiroshi Shimizu，Metabolic engineering communications，Vol. 13，2021年12月，研究論文（学術雑誌）
Recent advances in metabolic engineering–integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways，Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，Journal of Bioscience and Bioengineering，Elsevier {BV}，Vol. 132，No. 5，p. 429-436，2021年11月，研究論文（学術雑誌）
Reactor control system in bacterial co-culture based on fluorescent proteins using an Arduino-based home-made device.，Minori Kusuda,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，Biotechnology journal，Vol. 16，No. 12，2021年09月23日，研究論文（学術雑誌）
Proteome analysis of response to different spectral light irradiation in Synechocystis sp. PCC 6803.，Masakazu Toyoshima,Masumi Sakata,Yoshifumi Ueno,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Seiji Akimoto,Hiroshi Shimizu，Journal of proteomics，Vol. 246，p. 104306-104306，2021年06月19日，研究論文（学術雑誌）
Soft-sensor development for monitoring the lysine fermentation process.，Kento Tokuyama,Yoshiki Shimodaira,Yohei Kodama,Ryuzo Matsui,Yasuhiro Kusunose,Shunsuke Fukushima,Hiroaki Nakai,Yuichiro Tsuji,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 132，No. 2，p. 183-189，2021年05月03日，研究論文（学術雑誌）
Treatment of RB1-intact hepatocellular carcinoma with CDK4/6 inhibitor combination therapy.，Jindan Sheng,Susumu Kohno,Nobuhiro Okada,Nobuyuki Okahashi,Kana Teranishi,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Paing Linn,Naoko Nagatani,Minako Yamamura,Kenichi Harada,Shin-Ichi Horike,Hiroshi Inoue,Seiji Yano,Sharad Kumar,Shunsuke Kitajima,Itsuki Ajioka,Chiaki Takahashi，Hepatology (Baltimore, Md.)，Vol. 74，No. 4，p. 1971-1993，2021年04月30日，研究論文（学術雑誌）
Random Transfer of Ogataea polymorpha Genes into Saccharomyces cerevisiae Reveals a Complex Background of Heat Tolerance.，Taisuke Seike,Yuki Narazaki,Yoshinobu Kaneko,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Journal of fungi (Basel, Switzerland)，MDPI AG，Vol. 7，No. 4，p. 302-302，2021年04月15日，研究論文（学術雑誌）
Mutations in hik26 and slr1916 lead to high-light stress tolerance in Synechocystis sp. PCC6803.，Katsunori Yoshikawa,Kenichi Ogawa,Yoshihiro Toya,Seiji Akimoto,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Communications biology，Vol. 4，No. 1，p. 343-343，2021年03月16日，研究論文（学術雑誌）
Role of type I NADH dehydrogenase in Synechocystis sp. PCC 6803 under phycobilisome excited red light，Masakazu Toyoshima,Chiaki Yamamoto,Yoshifumi Ueno,Yoshihiro Toya,Seiji Akimoto,Hiroshi Shimizu，Plant Science，Elsevier BV，Vol. 304，p. 110798-110798，2021年03月，研究論文（学術雑誌）
Thioredoxin pathway in anabaena sp. PCC 7120: activity of NADPH-thioredoxin reductase C.，Frédéric Deschoenmaeker,Shoko Mihara,Tatsuya Niwa,Hideki Taguchi,Ken-Ichi Wakabayashi,Masakazu Toyoshima,Hiroshi Shimizu,Toru Hisabori，Journal of biochemistry，2021年02月04日，研究論文（学術雑誌）
Novel allosteric inhibition of phosphoribulokinase identified by ensemble kinetic modeling of Synechocystis sp. PCC 6803 metabolism.，Hiroki Nishiguchi,James Liao,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Metabolic engineering communications，Vol. 11，2020年12月，研究論文（学術雑誌）
Estimation of linear and cyclic electron flows in photosynthesis based on 13C-metabolic flux analysis.，Chiaki Yamamoto,Masakazu Toyoshima,Sayaka Kitamura,Yoshifumi Ueno,Seiji Akimoto,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 131，No. 3，p. 277-282，2020年11月20日，研究論文（学術雑誌）
Identification of a rate-limiting step in a metabolic pathway using the kinetic model and in vitro experiment.，Sayaka Kitamura,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 131，No. 3，p. 271-276，2020年11月07日，研究論文（学術雑誌）
Assessment of Protein Content and Phosphorylation Level in Synechocystis sp. PCC 6803 under Various Growth Conditions Using Quantitative Phosphoproteomic Analysis.，Masakazu Toyoshima,Yuma Tokumaru,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Molecules (Basel, Switzerland)，Vol. 25，No. 16，2020年08月06日，研究論文（学術雑誌）
Direct and quantitative analysis of altered metabolic flux distributions and cellular ATP production pathway in fumarate hydratase-diminished cells.，Shingo Noguchi,Hirokazu Ishikawa,Kenichi Wakita,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Scientific reports，Vol. 10，No. 1，p. 13065-13065，2020年08月03日，研究論文（学術雑誌）
Data science-based modeling of the lysine fermentation process.，Kento Tokuyama,Yoshiki Shimodaira,Takahiro Terawaki,Yasuhiro Kusunose,Hiroaki Nakai,Yuichiro Tsuji,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 130，No. 4，p. 409-415，2020年07月21日，研究論文（学術雑誌）
Effects of mutations of GID protein-coding genes on malate production and enzyme expression profiles in Saccharomyces cerevisiae.，Hiroaki Negoro,Kengo Matsumura,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Yoji Hata,Hiroki Ishida，Applied microbiology and biotechnology，Vol. 104，No. 11，p. 4971-4983，2020年06月，研究論文（学術雑誌）
Transcription Factor ArcA is a Flux Sensor for the Oxygen Consumption Rate in Escherichia Coli.，Naoya Nochino,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology journal，Vol. 15，No. 6，2020年05月08日，研究論文（学術雑誌）
Comparison of metabolic profiles of yeasts based on the difference of the Crabtree positive and negative.，Makoto Imura,Katsuaki Nitta,Ryo Iwakiri,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Eiichiro Fukusaki，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 129，No. 1，p. 52-58，2020年01月，研究論文（学術雑誌）
Flux balance analysis of cyanobacteria reveals selective use of photosynthetic electron transport components under different spectral light conditions.，Toyoshima M,Toya Y,Shimizu H，Photosynthesis research，Vol. 143，No. 1，p. 31-43，2020年01月，研究論文（学術雑誌）
Light-inducible flux control of triosephosphate isomerase on glycolysis in Escherichia coli.，Sachie Senoo,Sebastian Tommi Tandar,Sayaka Kitamura,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology and bioengineering，Vol. 116，No. 12，p. 3292-3300，2019年12月，研究論文（学術雑誌）
High-yielding rice Takanari has superior photosynthetic response to a commercial rice Koshihikari under fluctuating light.，Shunsuke Adachi,Yu Tanaka,Atsuko Miyagi,Makoto Kashima,Ayumi Tezuka,Yoshihiro Toya,Shunzo Kobayashi,Satoshi Ohkubo,Hiroshi Shimizu,Maki Kawai-Yamada,Rowan F Sage,Atsushi J Nagano,Wataru Yamori，Journal of experimental botany，Vol. 70，No. 19，p. 5287-5297，2019年10月15日，研究論文（学術雑誌）
Repression of mitochondrial metabolism for cytosolic pyruvate-derived chemical production in Saccharomyces cerevisiae.，Keisuke Morita,Fumio Matsuda,Koji Okamoto,Jun Ishii,Akihiko Kondo,Hiroshi Shimizu，Microbial cell factories，Vol. 18，No. 1，p. 177-177，2019年10月15日
Time-resolved analysis of short term metabolic adaptation at dark transition in Synechocystis sp. PCC 6803.，Masaharu Maruyama,Hiroki Nishiguchi,Masakazu Toyoshima,Nobuyuki Okahashi,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 128，No. 4，p. 424-428，2019年10月，研究論文（学術雑誌）
Prediction of Rate-Limiting Reactions for Growth-Associated Production Using a Constraint-Based Approach.，Kento Tokuyama,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology journal，Vol. 14，No. 9，2019年09月，研究論文（学術雑誌）
Optogenetic switch for controlling the central metabolic flux of Escherichia coli.，Sebastian Tommi Tandar,Sachie Senoo,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic engineering，Vol. 55，p. 68-75，2019年09月，研究論文（学術雑誌）
クラブトリー陽性および陰性の差異に基づく酵母代謝のプロファイルの比較，井村誠,新田克章,岩切亮,松田史生,清水浩,福崎英一郎，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 2019年，p. 179-179，2019年08月
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生の物質生産への応用，田中涼,鎌田健太郎,戸谷吉博,松田史生,石井純,柘植謙爾,弘埜陽子,原清敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 2019年，p. 170-170，2019年08月
Theophylline-inducible riboswitch accurately regulates protein expression at low level in Escherichia coli.，Rikuto Kamiura,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Biotechnology letters，Vol. 41，No. 6-7，p. 743-751，2019年07月，研究論文（学術雑誌）
Effect of precise control of flux ratio between the glycolytic pathways on mevalonate production in Escherichia coli.，Kentaro Kamata,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology and bioengineering，Vol. 116，No. 5，p. 1080-1088，2019年05月，研究論文（学術雑誌）
Transomics data-driven, ensemble kinetic modeling for system-level understanding and engineering of the cyanobacteria central metabolism.，Hiroki Nishiguchi,Natsuki Hiasa,Kiyoka Uebayashi,James Liao,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Metabolic engineering，Vol. 52，p. 273-283，2019年03月
Magnesium starvation improves production of malonyl-CoA-derived metabolites in Escherichia coli.，Kento Tokuyama,Yoshihiro Toya,Fumio Matsuda,Brady F Cress,Mattheos A G Koffas,Hiroshi Shimizu，Metabolic engineering，Vol. 52，p. 215-223，2019年03月，研究論文（学術雑誌）
Targeted proteome analysis of microalgae under high-light conditions by optimized protein extraction of photosynthetic organisms.，Masakazu Toyoshima,Masumi Sakata,Kazuki Ohnishi,Yuma Tokumaru,Yusuke Kato,Ryutaro Tokutsu,Wataru Sakamoto,Jun Minagawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 127，No. 3，p. 394-402，2019年03月，研究論文（学術雑誌）
Fragmentation of Dicarboxylic and Tricarboxylic Acids in the Krebs Cycle Using GC-EI-MS and GC-EI-MS/MS.，Nobuyuki Okahashi,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Mass spectrometry (Tokyo, Japan)，Vol. 8，No. 1，2019年，研究論文（学術雑誌）
13C-Metabolic Flux Analysis Reveals Effect of Phenol on Central Carbon Metabolism in Escherichia coli.，Sayaka Kitamura,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Frontiers in microbiology，Vol. 10，p. 1010-1010，2019年，研究論文（学術雑誌）
Sugar phosphate analysis with baseline separation and soft ionization by gas chromatography-negative chemical ionization-mass spectrometry improves flux estimation of bidirectional reactions in cancer cells.，Nobuyuki Okahashi,Kousuke Maeda,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Metabolic engineering，Elsevier {BV}，Vol. 51，p. 43-49，2019年01月，研究論文（学術雑誌）
Characterization of oil-producing yeast Lipomyces starkeyi on glycerol carbon source based on metabolomics and 13C-labeling.，Yuki Maruyama,Yoshihiro Toya,Hiroshi Kurokawa,Yuka Fukano,Atsushi Sato,Hiroyasu Umemura,Kaoru Yamada,Hideaki Iwasaki,Norio Tobori,Hiroshi Shimizu，Applied microbiology and biotechnology，Vol. 102，No. 20，p. 8909-8920，2018年10月，研究論文（学術雑誌）
Expression of Saccharomyces cerevisiae cDNAs to enhance the growth of non-ethanol-producing S. cerevisiae strains lacking pyruvate decarboxylases.，Narazaki Y,Nomura Y,Morita K,Shimizu H,Matsuda F，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 126，No. 3，p. 317-321，2018年09月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic flux of the oxidative pentose phosphate pathway under low light conditions in Synechocystis sp. PCC 6803.，Ueda K,Nakajima T,Yoshikawa K,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 126，No. 1，p. 38-43，2018年07月，研究論文（学術雑誌）
Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain.，Tokuyama K,Toya Y,Horinouchi T,Furusawa C,Matsuda F,Shimizu H，Biotechnology and bioengineering，Wiley，Vol. 115，No. 6，p. 1542-1551，2018年06月，研究論文（学術雑誌）
Comparative analysis of fermentation and enzyme expression profiles among industrial Saccharomyces cerevisiae strains.，Uebayashi K,Shimizu H,Matsuda F，Applied microbiology and biotechnology，Vol. 102，No. 16，p. 7071-7081，2018年06月，研究論文（学術雑誌）
Transcriptome analysis of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and mechanisms of photoinhibition tolerance under extreme high light conditions.，Ogawa K,Yoshikawa K,Matsuda F,Toya Y,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Elsevier {BV}，Vol. 126，No. 5，p. 596-602，2018年06月，研究論文（学術雑誌）
Mass Spectrometry-Based Method to Study Inhibitor-Induced Metabolic Redirection in the Central Metabolism of Cancer Cells.，Araki C,Okahashi N,Maeda K,Shimizu H,Matsuda F，Mass spectrometry (Tokyo, Japan)，Vol. 7，No. 1，2018年06月
A pyruvate carbon flux tugging strategy for increasing 2,3-butanediol production and reducing ethanol subgeneration in the yeast Saccharomyces cerevisiae.，Ishii J,Morita K,Ida K,Kato H,Kinoshita S,Hataya S,Shimizu H,Kondo A,Matsuda F，Biotechnology for biofuels，Vol. 11，2018年06月
Integrated Analysis of the Transcriptome and Metabolome of Corynebacterium glutamicum during Penicillin-Induced Glutamic Acid Production.，Hirasawa T,Saito M,Yoshikawa K,Furusawa C,Shmizu H，Biotechnology journal，Vol. 13，No. 5，2018年05月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering of mevalonate-producing Escherichia coli strains based on thermodynamic analysis.，Nagai H,Masuda A,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H，Metabolic engineering，Vol. 47，p. 1-9，2018年05月，研究論文（学術雑誌）
Comparative Targeted Proteomics of the Central Metabolism and Photosystems in SigE Mutant Strains of Synechocystis sp. PCC 6803.，Tokumaru Y,Uebayashi K,Toyoshima M,Osanai T,Matsuda F,Shimizu H，Molecules (Basel, Switzerland)，Vol. 23，No. 5，2018年05月，研究論文（学術雑誌）
13C-metabolic flux analysis of ethanol-assimilating Saccharomyces cerevisiae for S-adenosyl-L-methionine production.，Hayakawa K,Matsuda F,Shimizu H，Microbial cell factories，Vol. 17，No. 1，2018年05月，研究論文（学術雑誌）
Optimal 13C-labeling of glycerol carbon source for precise flux estimation in Escherichia coli.，Toya Y,Ohashi S,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 125，No. 3，p. 301-305，2018年03月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic impact of nutrient starvation in mevalonate-producing Escherichia coli，Ami Masuda,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，BIORESOURCE TECHNOLOGY，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 245，No. Pt B，p. 1634-1640，2017年12月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering of isopropyl alcohol-producing Escherichia coli strains with C-13-metabolic flux analysis，Nobuyuki Okahashi,Fumio Matsuda,Katsunori Yoshikawa,Tomokazu Shirai,Yoshiko Matsumoto,Mitsufumi Wada,Hiroshi Shimizu，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，WILEY，Vol. 114，No. 12，p. 2782-2793，2017年12月，研究論文（学術雑誌）
Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism.，Matsuda F,Toya Y,Shimizu H，Biotechnology advances，Vol. 35，No. 8，p. 971-980，2017年12月
Identification of alcohol stress tolerance genes of Synechocystis sp PCC 6803 using adaptive laboratory evolution，Takuya Matsusako,Yoshihiro Toya,Katsunori Yoshikawa,Hiroshi Shimizu，BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 10，2017年12月，研究論文（学術雑誌）
Prediction of Cross-resistance and Collateral Sensitivity by Gene Expression profiles and Genomic Mutations，Takaaki Horinouchi,Shingo Suzuki,Hazuki Kotani,Kumi Tanabe,Natsue Sakata,Hiroshi Shimizu,Chikara Furusawa，SCIENTIFIC REPORTS，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，No. 1，2017年10月，研究論文（学術雑誌）
The RB-IL-6 axis controls self-renewal and endocrine therapy resistance by fine-tuning mitochondrial activity.，S Kitajima,A Yoshida,S Kohno,F Li,S Suzuki,N Nagatani,Y Nishimoto,N Sasaki,H Muranaka,Y Wan,T C Thai,N Okahashi,F Matsuda,H Shimizu,T Nishiuchi,Y Suzuki,K Tominaga,N Gotoh,M Suzuki,M E Ewen,D A Barbie,O Hirose,T Tanaka,C Takahashi，Oncogene，Vol. 36，No. 36，p. 5145-5157，2017年09月07日，研究論文（学術雑誌）
Heterologous expression of bacterial phosphoenol pyruvate carboxylase and Entner-Doudoroff pathway in Saccharomyces cerevisiae for improvement of isobutanol production，Keisuke Morita,Yuta Nomura,Jun Ishii,Fumio Matsuda,Akihiko Kondo,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 124，No. 3，p. 263-270，2017年09月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.，Nakajima T,Yoshikawa K,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H，Plant & cell physiology，Vol. 58，No. 5，p. 976-976，2017年05月
Metabolic engineering of Synechocystis sp PCC 6803 for enhanced ethanol production based on flux balance analysis，Katsunori Yoshikawa,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING，SPRINGER，Vol. 40，No. 5，p. 791-796，2017年05月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.，Nakajima T,Yoshikawa K,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H，Plant & cell physiology，Vol. 58，No. 3，p. 537-545，2017年03月，研究論文（学術雑誌）
C-13-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coli，Keisuke Wada,Yoshihiro Toya,Satomi Banno,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 123，No. 2，p. 177-182，2017年02月，研究論文（学術雑誌）
Targeted proteome analysis of single-gene deletion strains of Saccharomyces cerevisiae lacking enzymes in the central carbon metabolism，Fumio Matsuda,Syohei Kinoshita,Shunsuke Nishino,Atsumi Tomita,Hiroshi Shimizu，PLOS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 12，No. 2，2017年02月，研究論文（学術雑誌）
Prediction of Hopeless Peptides Unlikely to be Selected for Targeted Proteome Analysis.，Matsuda F,Tomita A,Shimizu H，Mass spectrometry (Tokyo, Japan)，Vol. 6，No. 1，2017年02月
Metabolic Adaptation to Nutritional Stress in Human Colorectal Cancer.，Masaaki Miyo,Masamitsu Konno,Naohiro Nishida,Toshinori Sueda,Kozo Noguchi,Hidetoshi Matsui,Hugh Colvin,Koichi Kawamoto,Jun Koseki,Naotsugu Haraguchi,Junichi Nishimura,Taishi Hata,Noriko Gotoh,Fumio Matsuda,Taroh Satoh,Tsunekazu Mizushima,Hiroshi Shimizu,Yuichiro Doki,Masaki Mori,Hideshi Ishii，Scientific reports，Vol. 6，p. 38415-38415，2016年12月07日，研究論文（学術雑誌）
Recent advances in amino acid production by microbial cells，Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY，CURRENT BIOLOGY LTD，Vol. 42，p. 133-146，2016年12月
Investigation of useful carbon tracers for 13C-metabolic flux analysis of Escherichia coli by considering five experimentally determined flux distributions.，Maeda K,Okahashi N,Toya Y,Matsuda F,Shimizu H，Metabolic engineering communications，Vol. 3，p. 187-195，2016年12月，研究論文（学術雑誌）
Combinatorial deletions of glgC and phaCE enhance ethanol production in Synechocystis sp PCC 6803，Katsunori Namakoshi,Tubasa Nakajima,Katsunori Yoshikawa,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 239，p. 13-19，2016年12月，研究論文（学術雑誌）
Glutamic acid fermentation: Discovery of glutamic acid-producing microorganisms, analysis of the production mechanism, metabolic engineering, and industrial production process，Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，Industrial Biotechnology: Products and Processes，Wiley-VCH Verlag，p. 339-360，2016年11月26日，論文集(書籍)内論文
Positive effects of proline addition on the central metabolism of wild-type and lactic acid-producing Saccharomyces cerevisiae strains，Riyanto Heru Nugroho,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING，SPRINGER，Vol. 39，No. 11，p. 1711-1716，2016年11月，研究論文（学術雑誌）
GC-MS/MS survey of collision-induced dissociation of tert-butyldimethylsilyl-derivatized amino acids and its application to C-13-metabolic flux analysis of Escherichia coli central metabolism，Nobuyuki Okahashi,Shuichi Kawana,Junko Iida,Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY，SPRINGER HEIDELBERG，Vol. 408，No. 22，p. 6133-6140，2016年09月，研究論文（学術雑誌）
Significant association of cadaveric dura mater grafting with subpial Aβ deposition and meningeal amyloid angiopathy.，Hamaguchi T,Taniguchi Y,Sakai K,Kitamoto T,Takao M,Murayama S,Iwasaki Y,Yoshida M,Shimizu H,Kakita A,Takahashi H,Suzuki H,Naiki H,Sanjo N,Mizusawa H,Yamada M，Acta neuropathologica，Vol. 132，No. 2，p. 313-315，2016年08月
Metabolome analysis of Saccharomyces cerevisiae and optimization of culture medium for S-adenosyl-L-methionine production，Kenshi Hayakawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，AMB EXPRESS，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 6，No. 1，2016年06月，研究論文（学術雑誌）
Enhancement of 1,5-diaminopentane production in a recombinant strain of Corynebacterium glutamicum by Tween 40 addition，Yuta Matsushima,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY，MICROBIOL RES FOUNDATION，Vol. 62，No. 1，p. 42-45，2016年，研究論文（学術雑誌）
Metabolic characterization of cultured mammalian cells by mass balance analysis, tracer labeling experiments and computer-aided simulations.，Okahashi N,Kohno S,Kitajima S,Matsuda F,Takahashi C,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 120，No. 6，p. 725-731，2015年12月，研究論文（学術雑誌）
Enhanced dipicolinic acid production during the stationary phase in Bacillus subtilis by blocking acetoin synthesis.，Toya Y,Hirasawa T,Ishikawa S,Chumsakul O,Morimoto T,Liu S,Masuda K,Kageyama Y,Ozaki K,Ogasawara N,Shimizu H，Bioscience, biotechnology, and biochemistry，Vol. 79，No. 12，p. 2073-2080，2015年12月，研究論文（学術雑誌）
Construction of a Genome-Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis NIES-39 and Metabolic Design for Cyanobacterial Bioproduction.，Yoshikawa K,Aikawa S,Kojima Y,Toya Y,Furusawa C,Kondo A,Shimizu H，PloS one，Vol. 10，No. 12，2015年12月，研究論文（学術雑誌）
(13)C-metabolic flux analysis in S-adenosyl-L-methionine production by Saccharomyces cerevisiae.，Hayakawa K,Kajihata S,Matsuda F,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 120，No. 5，p. 532-538，2015年11月，研究論文（学術雑誌）
Metabolomic analysis of acid stress response in Saccharomyces cerevisiae.，Nugroho RH,Yoshikawa K,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 120，No. 4，p. 396-404，2015年10月，研究論文（学術雑誌）
Absolute quantitation of glycolytic intermediates reveals thermodynamic shifts in Saccharomyces cerevisiae strains lacking PFK1 or ZWF1 genes.，Nishino S,Okahashi N,Matsuda F,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 120，No. 3，p. 280-286，2015年09月，研究論文（学術雑誌）
Phenotypic convergence in bacterial adaptive evolution to ethanol stress.，Horinouchi T,Suzuki S,Hirasawa T,Ono N,Yomo T,Shimizu H,Furusawa C，BMC evolutionary biology，Vol. 15，2015年09月，研究論文（学術雑誌）
¹³C-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect.，Kajihata S,Matsuda F,Yoshimi M,Hayakawa K,Furusawa C,Kanda A,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 120，No. 2，p. 140-144，2015年08月，研究論文（学術雑誌）
SSDesign: Computational metabolic pathway design based on flux variability using elementary flux modes.，Toya Y,Shiraki T,Shimizu H，Biotechnology and bioengineering，Vol. 112，No. 4，p. 759-768，2015年04月，研究論文（学術雑誌）
Effect of malic enzyme on ethanol production by Synechocystis sp. PCC 6803.，Yoshikawa K,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 119，No. 1，p. 82-84，2015年01月，研究論文（学術雑誌）
Nano-scale liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry using the multiple reaction monitoring mode based quantitative platform for analyzing multiple enzymes associated with central metabolic pathways of Saccharomyces cerevisiae using ultra，Matsuda F,Ogura T,Tomita A,Hirano I,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 119，No. 1，p. 117-120，2015年01月，研究論文（学術雑誌）
Development of an Automated Culture System for Laboratory Evolution，Takaaki Horinouchi,Teruaki Minamoto,Shingo Suzuki,Hiroshi Shimizu,Chikara Furusawa，JALA，SAGE PUBLICATIONS INC，Vol. 19，No. 5，p. 478-482，2014年10月，研究論文（学術雑誌）
Integrated Metabolic Flux and Omics Analysis of Synechocystis sp PCC 6803 under Mixotrophic and Photoheterotrophic Conditions，Tsubasa Nakajima,Shuichi Kajihata,Katsunori Yoshikawa,Fumio Matsuda,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，PLANT AND CELL PHYSIOLOGY，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 55，No. 9，p. 1605-1612，2014年09月，研究論文（学術雑誌）
C-13-metabolic flux analysis in heterologous cellulase production by Bacillus subtilis genome-reduced strain，Yoshihiro Toya,Takashi Hirasawa,Takuya Morimoto,Kenta Masuda,Yasushi Kageyama,Katsuya Ozaki,Naotake Ogasawara,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 179，p. 42-49，2014年06月，研究論文（学術雑誌）
Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli，Kento Tokuyama,Satoshi Ohno,Katsunori Yoshikawa,Takashi Hirasawa,Shotaro Tanaka,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，MICROBIAL CELL FACTORIES，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 13，2014年05月，研究論文（学術雑誌）
Reliable Metabolic Flux Estimation in Escherichia coli Central Carbon Metabolism Using Intracellular Free Amino Acids.，Okahashi N,Kajihata S,Furusawa C,Shimizu H，Metabolites，Vol. 4，No. 2，p. 408-420，2014年05月
Glutamic Acid，Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，Bioprocessing of Renewable Resources to Commodity Bioproducts，Wiley Blackwell，p. 473-495，2014年04月28日，論文集(書籍)内論文
FastPros: screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering，Satoshi Ohno,Hiroshi Shimizu,Chikara Furusawa，BIOINFORMATICS，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 30，No. 7，p. 981-987，2014年04月，研究論文（学術雑誌）
Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction，Takashi Hirasawa,Yoshihiro Ida,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，BIOENGINEERED，LANDES BIOSCIENCE，Vol. 5，No. 2，p. 123-128，2014年03月，研究論文（学術雑誌）
OpenMebius: An Open Source Software for Isotopically Nonstationary C-13-Based Metabolic Flux Analysis，Shuichi Kajihata,Chikara Furusawa,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu，BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL，HINDAWI PUBLISHING CORPORATION，Vol. 2014，2014年，研究論文（学術雑誌）
Enhanced acetic acid and succinic acid production under microaerobic conditions by Corynebacterium glutamicum harboring Escherichia coli transhydrogenase gene pntAB，Yuto Yamauchi,Takashi Hirasawa,Masato Nishii,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY，MICROBIOL RES FOUNDATION，Vol. 60，No. 3，p. 112-118，2014年，研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae to improve succinic acid production based on metabolic profiling，Yuma Ito,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY，TAYLOR & FRANCIS LTD，Vol. 78，No. 1，p. 151-159，2014年01月，研究論文（学術雑誌）
A Vector Library for Silencing Central Carbon Metabolism Genes with Antisense RNAs in Escherichia coli，Nobutaka Nakashima,Satoshi Ohno,Katsunori Yoshikawa,Hiroshi Shimizu,Tomohiro Tamura，APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 80，No. 2，p. 564-573，2014年01月，研究論文（学術雑誌）
Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms，Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Biotechnology Advances，Elsevier BV，Vol. 31，No. 6，p. 818-826，2013年11月，研究論文（学術雑誌）
Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms.，Toya Y,Shimizu H，Biotechnology advances，Vol. 31，No. 6，p. 818-826，2013年11月
ArtPathDesign: rational heterologous pathway design system for the production of nonnative metabolites.，Chatsurachai S,Furusawa C,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 116，No. 4，p. 524-527，2013年10月，研究論文（学術雑誌）
Genome-wide identification of the targets for genetic manipulation to improve L-lactate production by Saccharomyces cerevisiae by using a single-gene deletion strain collection.，Hirasawa T,Takekuni M,Yoshikawa K,Ookubo A,Furusawa C,Shimizu H，Journal of biotechnology，Vol. 168，No. 2，p. 185-193，2013年10月，研究論文（学術雑誌）
Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction，Takashi Hirasawa,Yoshihiro Ida,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，Bioengineered，Vol. 5，No. 2，2013年09月26日，研究論文（学術雑誌）
Design of superior cell factories based on systems wide omics analysis，Katsunori Yoshikawa,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，Systems Metabolic Engineering，Springer Netherlands，p. 57-81，2013年08月01日，論文集(書籍)内論文
Utilization of Saccharomyces cerevisiae recombinant strain incapable of both ethanol and glycerol biosynthesis for anaerobic bioproduction.，Ida Y,Hirasawa T,Furusawa C,Shimizu H，Applied microbiology and biotechnology，Vol. 97，No. 11，p. 4811-4819，2013年06月，研究論文（学術雑誌）
Integrated transcriptomic and metabolomic analysis of the central metabolism of Synechocystis sp. PCC 6803 under different trophic conditions.，Yoshikawa K,Hirasawa T,Ogawa K,Hidaka Y,Nakajima T,Furusawa C,Shimizu H，Biotechnology journal，Vol. 8，No. 5，p. 571-580，2013年05月，研究論文（学術雑誌）
Systems metabolic engineering for the production of bio-nylon precursor.，Shimizu H，Biotechnology journal，Vol. 8，No. 5，p. 513-514，2013年05月，研究論文（学術雑誌）
In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites.，Ohno S,Furusawa C,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 115，No. 2，p. 221-228，2013年02月，研究論文（学術雑誌）
Development of a physical model-based algorithm for the detection of single-nucleotide substitutions by using tiling microarrays.，Ono N,Suzuki S,Furusawa C,Shimizu H,Yomo T，PloS one，Vol. 8，No. 1，2013年01月，研究論文（学術雑誌）
Investigating the effects of perturbations to pgi and eno gene expression on central carbon metabolism in Escherichia coli using C-13 metabolic flux analysis，Yuki Usui,Takashi Hirasawa,Chikara Furusawa,Tomokazu Shirai,Natsuko Yamamoto,Hirotada Mori,Hiroshi Shimizu，MICROBIAL CELL FACTORIES，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 11，2012年06月，研究論文（学術雑誌）
An in silico platform for the design of heterologous pathways in nonnative metabolite production，Sunisa Chatsurachai,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，BMC BIOINFORMATICS，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 13，2012年05月，研究論文（学術雑誌）
Understanding the mechanism of heat stress tolerance caused by high trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray，Siraje Arif Mahmud,Takashi Hirasawa,Chikara Furusawa,Katsunori Yoshikawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 113，No. 4，p. 526-528，2012年04月，研究論文（学術雑誌）
Stable disruption of ethanol production by deletion of the genes encoding alcohol dehydrogenase isozymes in Saccharomyces cerevisiae，Yoshihiro Ida,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 113，No. 2，p. 192-195，2012年02月，研究論文（学術雑誌）
Systems metabolic engineering: the creation of microbial cell factories by rational metabolic design and evolution.，Furusawa C,Horinouchi T,Hirasawa T,Shimizu H，Advances in biochemical engineering/biotechnology，Vol. 131，p. 1-23，2012年02月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering innovation and developmentintegration of omics research and analysis of metabolism，Shimizu, H.,Furusawa, C.,Hirasawa,Katsunori, Y.,Ono, N.,Yoshihiro, T.,Satoru, S.，Seibutsu-kogaku Kaishi，Vol. 90，No. 10，2012年，研究論文（学術雑誌）
Fluctuation-driven adaptation and symbiosis in cellular dynamics，Chikara Furusawa,Kota Ijichi,Hiroshi Shimizu，Lecture Notes of the Institute for Computer Sciences, Social-Informatics and Telecommunications Engineering，Vol. 87，p. 238-248，2012年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Molecular mechanisms and metabolic engineering of glutamate overproduction in Corynebacterium glutamicum.，Hirasawa T,Kim J,Shirai T,Furusawa C,Shimizu H，Sub-cellular biochemistry，Vol. 64，p. 261-281，2012年，研究論文（学術雑誌）
Improving protein secretion of a transglutaminase-secreting Corynebacterium glutamicum recombinant strain on the basis of C-13 metabolic flux analysis，Motoki Umakoshi,Takashi Hirasawa,Chikara Furusawa,Yasuhiro Takenaka,Yoshimi Kikuchi,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 112，No. 6，p. 595-601，2011年12月，研究論文（学術雑誌）
Evaluating C-13 enrichment data of free amino acids for precise metabolic flux analysis，Eiji Mori,Chikara Furusawa,Shuichi Kajihata,Tomokazu Shirai,Hiroshi Shimizu，BIOTECHNOLOGY JOURNAL，WILEY-BLACKWELL，Vol. 6，No. 11，p. 1377-1387，2011年11月，研究論文（学術雑誌）
Reconstruction and verification of a genome-scale metabolic model for Synechocystis sp PCC6803，Katsunori Yoshikawa,Yuta Kojima,Tsubasa Nakajima,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER，Vol. 92，No. 2，p. 347-358，2011年10月，研究論文（学術雑誌）
Engineering strategy of yeast metabolism for higher alcohol production，Fumio Matsuda,Chikara Furusawa,Takashi Kondo,Jun Ishii,Hiroshi Shimizu,Akihiko Kondo，MICROBIAL CELL FACTORIES，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 10，2011年09月，研究論文（学術雑誌）
Investigation of phosphorylation status of OdhI protein during penicillin- and Tween 40-triggered glutamate overproduction by Corynebacterium glutamicum，Jongpill Kim,Takashi Hirasawa,Masaki Saito,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER，Vol. 91，No. 1，p. 143-151，2011年07月，研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis of single-gene deletion and overexpression strains of Saccharomyces cerevisiae，Katsunori Yoshikawa,Tadamasa Tanaka,Yoshihiro Ida,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，YEAST，WILEY-BLACKWELL，Vol. 28，No. 5，p. 349-361，2011年05月，研究論文（学術雑誌）
1E1312 P71 Whole genome resequencing of experimentally evolved Escherichia coli using a next generation sequencer(Genome biology, Bioinformatics,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)，Ono Naoaki,Horinouchi Takaaki,Tamaoka Kuniyasu,Suzuki Shingo,Hirasawa Takashi,Furusawa Chikara,Yomo Tetsuya,Shimizu Hiroshi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 51，2011年
3N1112 実験室進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析が示す長い時間スケールを持つ適応現象(蛋白質_蛋白質工学/進化工学、生命の起源・進化,第49回年会講演予稿集)，Horinouchi Takaaki,Suzuki Shingo,Ono Naoaki,Tamaoka Kuniyasu,Hirasawa Takashi,Yomo Tetsuya,Shimizu Hiroshi,Furusawa Chikara，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 51，2011年
Genome-wide expression analysis of Saccharomyces pastorianus orthologous genes using oligonucleotide microarrays.，Horinouchi T,Yoshikawa K,Kawaide R,Furusawa C,Nakao Y,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 110，No. 5，p. 602-607，2010年11月，研究論文（学術雑誌）
Genome-wide expression analysis of Saccharomyces pastorianus orthologous genes using oligonucleotide microarrays.，Horinouchi T,Yoshikawa K,Kawaide R,Furusawa C,Nakao Y,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，5，Vol. 110，No. 5，p. 602-607，2010年11月，研究論文（学術雑誌）
Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress.，Horinouchi T,Tamaoka K,Furusawa C,Ono N,Suzuki S,Hirasawa T,Yomo T,Shimizu H，BMC genomics，Vol. 11，2010年10月01日，研究論文（学術雑誌）
Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology?，Hirasawa T,Furusawa C,Shimizu H，Applied microbiology and biotechnology，2，Vol. 87，No. 2，p. 391-400，2010年06月
Requirement of de novo synthesis of the OdhI protein in penicillin-induced glutamate production by Corynebacterium glutamicum.，Kim J,Fukuda H,Hirasawa T,Nagahisa K,Nagai K,Wachi M,Shimizu H，Applied microbiology and biotechnology，3，Vol. 86，No. 3，p. 911-920，2010年04月，研究論文（学術雑誌）
Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses.，Mahmud SA,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 109，No. 3，p. 262-266，2010年03月，研究論文（学術雑誌）
Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses.，Mahmud SA,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，3，Vol. 109，No. 3，p. 262-266，2010年03月，研究論文（学術雑誌）
1P284 1H1255 複数時間スケールを持つ環境適応ダイナミクス : エタノールストレス環境下での大腸菌人工進化実験における網羅的表現型/遺伝子型解析(生命の起源・進化,口頭発表,第48回日本生物物理学会年会)，Horinouchi Takaaki,Tamaoka Kuniyasu,Furusawa Chikara,Ono Naoaki,Suzuki Shingo,Hirasawa Takashi,Yomo Tetsuya,Shimizu Hiroshi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 50，No. 2，2010年
Relationship between noise characteristics in protein expressions and regulatory structures of amino acid biosynthesis pathways，Yamada T,Ou J,Furusawa C,Hirasawa T,Yomo T,Shimizu H，Iet Systems Biology，Vol. 4，No. 1，p. 82-89，2010年，研究論文（学術雑誌）
Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in l-lactate production by Saccharomyces cerevisiae.，Hirasawa T,Ookubo A,Yoshikawa K,Nagahisa K,Furusawa C,Sawai H,Shimizu H，Applied microbiology and biotechnology，6，Vol. 84，No. 6，p. 1149-1159，2009年10月，研究論文（学術雑誌）
Analysis of stochasticity in promoter activation by using a dual-fluorescence reporter system.，Ou J,Furusawa C,Yomo T,Shimizu H，Bio Systems，3，Vol. 97，No. 3，p. 160-164，2009年09月，研究論文（学術雑誌）
Development and experimental verification of a genome-scale metabolic model for Corynebacterium glutamicum.，Shinfuku Y,Sorpitiporn N,Sono M,Furusawa C,Hirasawa T,Shimizu H，Microbial cell factories，Vol. 8，2009年08月03日，研究論文（学術雑誌）
Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.，Dinh TN,Nagahisa K,Yoshikawa K,Hirasawa T,Furusawa C,Shimizu H，Bioprocess and biosystems engineering，5，Vol. 32，No. 5，p. 681-688，2009年08月，研究論文（学術雑誌）
Proteomic analysis of responses to osmotic stress in laboratory and sake-brewing strains of Saccharomyces cerevisiae，Takashi Hirasawa,Kazuyuki Yamada,Keisuke Nagahisa,Thai Nho Dinh,Chikara Furusawa,Yoshio Katakura,Suteaki Shioya,Hiroshi Shimizu，PROCESS BIOCHEMISTRY，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 44，No. 6，p. 647-653，2009年06月，研究論文（学術雑誌）
Analysis of metabolic network based on conservation of molecular structure.，Hogiri T,Furusawa C,Shinfuku Y,Ono N,Shimizu H，Bio Systems，3，Vol. 95，No. 3，p. 175-178，2009年03月，研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae.，Yoshikawa K,Tanaka T,Furusawa C,Nagahisa K,Hirasawa T,Shimizu H，FEMS yeast research，1，Vol. 9，No. 1，p. 32-44，2009年02月，研究論文（学術雑誌）
3P-227 次世代シーケンサにおけるメイトペアの距離情報を利用した配列解析アルゴリズムの開発(ゲノム生物学-ゲノム解析,第47回日本生物物理学会年会)，Ono Naoaki,Suzuki Shingo,Furusawa Shingo,Shimizu Hiroshi,Yomo Tetsuya，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 49，2009年
Effect of odhA overexpression and odhA antisense RNA expression on Tween-40-triggered glutamate production by Corynebacterium glutamicum.，Kim J,Hirasawa T,Sato Y,Nagahisa K,Furusawa C,Shimizu H，Applied microbiology and biotechnology，6，Vol. 81，No. 6，p. 1097-1106，2009年01月，研究論文（学術雑誌）
Model-based analysis of non-specific binding for background correction of high-density oligonucleotide microarrays.，Furusawa C,Ono N,Suzuki S,Agata T,Shimizu H,Yomo T，Bioinformatics (Oxford, England)，1，Vol. 25，No. 1，p. 36-41，2009年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Effect of trehalose accumulation on response to saline stress in Saccharomyces cerevisiae.，Mahmud SA,Nagahisa K,Hirasawa T,Yoshikawa K,Ashitani K,Shimizu H，Yeast (Chichester, England)，1，Vol. 26，No. 1，p. 17-30，2009年01月，研究論文（学術雑誌）
Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae.，Yoshikawa K,Furusawa C,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 106，No. 5，p. 507-510，2008年11月，研究論文（学術雑誌）
Improvement of L-lactate production by CYB2 gene disruption in a recombinant Saccharomyces cerevisiae strain under low pH condition.，Ookubo A,Hirasawa T,Yoshikawa K,Nagahisa K,Furusawa C,Shimizu H，Bioscience, biotechnology, and biochemistry，11，Vol. 72，No. 11，p. 3063-3066，2008年11月，研究論文（学術雑誌）
Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae.，Yoshikawa K,Furusawa C,Hirasawa T,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，5，Vol. 106，No. 5，p. 507-510，2008年11月，研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis of yeast under ethanol stress condition，Katsunori Yoshikawa,Tadamasa Tanaka,Chikara Furusawa,Keisuke Nagahisa,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 136，p. S111-S111，2008年10月
Beer volatile compounds and their application to low-malt beer fermentation.，Kobayashi M,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 106，No. 4，p. 317-323，2008年10月
Beer volatile compounds and their application to low-malt beer fermentation.，Kobayashi M,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，4，Vol. 106，No. 4，p. 317-323，2008年10月
Adaptation of Saccharomyces cerevisiae cells to high ethanol concentration and changes in fatty acid composition of membrane and cell size.，Dinh TN,Nagahisa K,Hirasawa T,Furusawa C,Shimizu H，PloS one，7，Vol. 3，No. 7，2008年07月09日，研究論文（学術雑誌）
An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays.，Ono N,Suzuki S,Furusawa C,Agata T,Kashiwagi A,Shimizu H,Yomo T，Bioinformatics (Oxford, England)，10，Vol. 24，No. 10，p. 1278-1285，2008年05月01日，研究論文（学術雑誌）
Dynamic change in promoter activation during lysine biosynthesis in Escherichia coli cells.，Ou J,Yamada T,Nagahisa K,Hirasawa T,Furusawa C,Yomo T,Shimizu H，Molecular bioSystems，2，Vol. 4，No. 2，p. 128-134，2008年02月，研究論文（学術雑誌）
1P-283 リシーケンスマイクロアレイを用いた大腸菌の全ゲノム変異解析(ゲノム生物学,第46回日本生物物理学会年会)，ONO Naoaki,SUZUKI Shingo,FURUSAWA Chikara,SHIMIZU Hiroshi,YOMO Tetsuya，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 48，2008年
1P-296 複雑な生態系理解へ向けた細胞集団の動的適応モデル(数理生物学,第46回日本生物物理学会年会)，Ijichi Kota,Furusawa Chikara,Ono Naoaki,Shimizu Hiroshi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 48，2008年
Distinct roles of two anaplerotic pathways in glutamate production induced by biotin limitation in Corynebacterium glutamicum，Sato, H,Orishimo, K,Shirai, T,Hirasawa, T,Nagahisa, K,Shimizu, H,Wachi, M，J. Biosci. Biotechnol.，Vol. 106，No. 1，p. 51-58，2008年，研究論文（学術雑誌）
Analysis of fluctuation in protein abundance without promoter regulation based on Escherichia coli continuous culture，Tadashi Yamada,Chikara Furusawa,Keisuke Nagahisa,Akiko Kashiwagi,Tetsuya Yomo,Hiroshi Shimizu，BIOSYSTEMS，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 90，No. 3，p. 614-622，2007年11月，研究論文（学術雑誌）
Identification of target genes conferring ethanol stress tolerance to Saccharomyces cerevisiae based on DNA microarray data analysis.，Hirasawa T,Yoshikawa K,Nakakura Y,Nagahisa K,Furusawa C,Katakura Y,Shimizu H,Shioya S，Journal of biotechnology，1，Vol. 131，No. 1，p. 34-44，2007年08月01日，研究論文（学術雑誌）
Study on roles of anaplerotic pathways in glutamate overproduction of Corynebacterium glutamicum by metabolic flux analysis.，Shirai T,Fujimura K,Furusawa C,Nagahisa K,Shioya S,Shimizu H，Microbial cell factories，Vol. 6，2007年06月02日，研究論文（学術雑誌）
Analysis of hemin effect on lactate reduction in Lactococcus lactis，Machiko Nagayasu,Agustin Krisna Wardani,Keisuke Nagahisa,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 103，No. 6，p. 529-534，2007年06月，研究論文（学術雑誌）
Physiological analysis of yeast cells by flow cytometry during serial-repitching of low-malt beer fermentation.，Kobayashi M,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 103，No. 5，p. 451-456，2007年05月，研究論文（学術雑誌）
Extracting the hidden features in saline osmotic tolerance in Saccharomyces cerevisiae from DNA microarray data using the self-organizing map: biosynthesis of amino acids，Gaurav Pandey,Katsunori Yoshikawa,Takashi Hirasawa,Keisuke Nagahisa,Yoshio Katakura,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER，Vol. 75，No. 2，p. 415-426，2007年05月，研究論文（学術雑誌）
Physiological analysis of yeast cells by flow cytometry during serial-repitching of low-malt beer fermentation.，Kobayashi M,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，5，Vol. 103，No. 5，p. 451-456，2007年05月，研究論文（学術雑誌）
Kinetic modeling of kefiran production in mixed culture of Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae，Benjamas Cheirsilp,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，PROCESS BIOCHEMISTRY，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 42，No. 4，p. 570-579，2007年04月，研究論文（学術雑誌）
Production of glutamate and glutamate-related amino acids: Molecular mechanism analysis and metabolic engineering，Hiroshi Shimizu,Takashi Hirasawa，Microbiology Monograph，Vol. 5，p. 1-38，2007年
Characterization and enzymatic degradation of microbial copolyester P(3HB-co-3HV)s produced by metabolic reaction model-based system，Suchada Chanprateep,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，POLYMER DEGRADATION AND STABILITY，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 91，No. 12，p. 2941-2950，2006年12月，研究論文（学術雑誌）
Comparison of transcriptional responses to osmotic stresses induced by NaCl and sorbitol additions in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.，Hirasawa T,Ashitani K,Yoshikawa K,Nagahisa K,Furusawa C,Katakura Y,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 102，No. 6，p. 568-571，2006年12月，研究論文（学術雑誌）
Simultaneous control of apparent extract and volatile compounds concentrations in low-malt beer fermentation.，Kobayashi M,Nagahisa K,Shimizu H,Shioya S，Applied microbiology and biotechnology，3，Vol. 73，No. 3，p. 549-558，2006年12月，研究論文（学術雑誌）
Comparison of transcriptional responses to osmotic stresses induced by NaCl and sorbitol additions in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.，Hirasawa T,Ashitani K,Yoshikawa K,Nagahisa K,Furusawa C,Katakura Y,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，6，Vol. 102，No. 6，p. 568-571，2006年12月，研究論文（学術雑誌）
Precise metabolic flux analysis of coryneform bacteria by gas chromatography-mass spectrometry and verification by nuclear magnetic resonance.，Shirai T,Matsuzaki K,Kuzumoto M,Nagahisa K,Furusawa C,Shioya S,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 102，No. 5，p. 413-424，2006年11月，研究論文（学術雑誌）
Precise metabolic flux analysis of coryneform bacteria by gas chromatography-mass spectrometry and verification by nuclear magnetic resonance.，Shirai T,Matsuzaki K,Kuzumoto M,Nagahisa K,Furusawa C,Shioya S,Shimizu H，Journal of bioscience and bioengineering，5，Vol. 102，No. 5，p. 413-424，2006年11月，研究論文（学術雑誌）
Computational prediction of impact of rerouting the carbon flux in metabolic pathway on cell growth and nisin production by Lactococcus lactis，AK Wardani,S Egawa,K Nagahisa,H Shimizu,S Shioya，BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL，ELSEVIER SCIENCE SA，Vol. 28，No. 3，p. 220-230，2006年03月，研究論文（学術雑誌）
Robustness of cascade pH and dissolved oxygen control in symbiotic nisin production process system of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus.，Wardani AK,Egawa S,Nagahisa K,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，Vol. 101，No. 3，p. 274-276，2006年03月，研究論文（学術雑誌）
Robustness of cascade pH and dissolved oxygen control in symbiotic nisin production process system of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus.，Wardani AK,Egawa S,Nagahisa K,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，3，Vol. 101，No. 3，p. 274-276，2006年03月，研究論文（学術雑誌）
2P480 Relationship between Evolutionary Dynamics and Preservation of Molecular Structures in Metabolic Network(50. Non-equilibrium and complex system,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)，Hogiri Tomoharu,Ono Naoaki,Furusawa Chikara,Shimizu Hiroshi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 46，No. 2，2006年
1P402 Heterogeneity of cell population in continuous culture of Escherichia coli(16. Cell-cell communication,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)，Sadamitsu Makoto,Furusawa Chikara,Kashiwagi Akiko,Yomo Tetsuya,Shimizu Hiroshi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 46，No. 2，2006年
Microbial interaction in a symbiotic bioprocess of lactic acid bacterium and diary yeast，Hiroshi Shimizu,Sunao Egawa,Agustin K. Wardani,Keisuke Nagahisa,Suteaki Shioya，Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)，Vol. 3853，p. 93-106，2006年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Analysis of fluctuation in gene expression based on continuous culture system，Tadashi Yamada,Makoto Sadamitsu,Keisuke Nagahisa,Akiko Kashiwagi,Chikara Furusawa,Tetsuya Yomo,Hiroshi Shimizu，Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)，Vol. 3853，p. 113-127，2006年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Application of a mathematical model and Differential Evolution algorithm approach to optimization of bacteriocin production by Lactococcus lactis C7，Sompop Moonchai,Weeranuch Madlhoo,Kanidtha Jariyachavalit,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya,Somchai Chauvatcharin，Bioprocess and Biosystems Engineering，Vol. 28，No. 1，p. 15-26，2005年12月，研究論文（学術雑誌）
Comparative analysis of transcriptional responses to saline stress in the laboratory and brewing strains of Saccharomyces cerevisiae with DNA microarray.，Hirasawa T,Nakakura Y,Yoshikawa K,Ashitani K,Nagahisa K,Furusawa C,Katakura Y,Shimizu H,Shioya S，Appl Microbiol Biotechnol.，Vol. 70，No. 3，p. 346-357，2005年11月，研究論文（学術雑誌）
Development of Co-Culture Systems of Lactic Acid Bacteria and Yeasts of Bioproduction，SHIMIZU Hiroshi,CHEIRSILP Benjamas,SHIOYA Suteaki，日本乳酸菌学会誌 = Journal of Japan Society for Lactic Acid Bacteria，日本乳酸菌学会，Vol. 16，No. 1，p. 2-10，2005年06月01日
Comparative study of flux redistribution of metabolic pathway in glutamate production by two coryneform bacteria，T Shirai,A Nakato,N Izutani,K Nagahisa,S Shioya,E Kimura,Y Kawarabayasi,A Yamagishi,T Gojobori,H Shimizu，METABOLIC ENGINEERING，ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE，Vol. 7，No. 2，p. 59-69，2005年03月，研究論文（学術雑誌）
On-line estimation and control of apparent extract concentration in low-malt beer fermentation，Michiko Kobayashi,Toshinari Hiroshima,Keisuke Nagahisa,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，Journal of the Institute of Brewing，John Wiley and Sons Inc.，Vol. 111，No. 2，p. 128-136，2005年，研究論文（学術雑誌）
DNA microarray analysis on Saccharomyces cerevisiae under high carbon dioxide concentration in fermentation process，Nagahisa K,Nakajima T,Yoshikawa K,Hirasawa T,Katakura Y,Furusawa C,Shioya S,Shimizu H，Biotechnology and Bioprocess Engineering，Vol. 10，No. 5，p. 451-461，2005年，研究論文（学術雑誌）
Analysis of Cell Population Dynamics in Continuous Culture of Escherichia coli，Yamada Tadashi,Maeoka Kouhei,Kashiwagi Akiko,Nagahisa Keisuke,Furusawa Chikara,Shioya Suteaki,Yomo Tetsuya,Shimizu Hiroshi，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 809-809，2004年
Analysis of DNA Microarray Data using Self-Organizing Map and Hierarchical Clustering，Yoshikawa Katsunori,Pandey Gaurav,Hirasawa Takashi,Katakura Yoshio,Nagahisa Keisuke,Furusawa Chikara,Shioya Suteaki,Shimizu Hiroshi，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 778-778，2004年
Simultaneous Control of Apparent Extract and Volatile Compounds Concentrations in a Beer Brewing Process，Kobayashi Michiko,Nagahisa Keisuke,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 787-787，2004年
Metabolic Flux Analysis in Two Kinds of Coryneform Bacteria with GC-MS and NMR，Shirai Tomokazu,Kuzumoto Masanori,Matsuzaki Kunihiro,Satou Yoshiyasu,Nagahisa Keisuke,Furusawa Chikara,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 775-775，2004年
Metabolic Systems Analysis at a Key Branch Point of Glutamate Production by Coryneform Bacteria，Shimizu Hiroshi,Shirai Tomokazu,Kuzumoto Masanori,Hirasawa Takashi,Katakura Yoshio,Nagahisa Keisuke,Furusawa Chikara,Shioya Suteaki，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 423-423，2004年
Rational Design of Metabolic Pathway Improvement based on DNA Microarray Data in Yeast，Hirasawa Takashi,Nakakura Yuki,Hui Zhao,Nagahisa Keisuke,Katakura Yoshio,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 422-422，2004年
Metabolic Pathway Recruiting through Modeling of Saccharomyces cerevisiae based on Genomics for Industrial Application，Shioya Suteaki,Shimizu Hiroshi,Hirasawa Takashi,Nagahisa Keisuke,Katakura Yoshio,Furusawa Chikara，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 416-416，2004年
Analysis of Adaptation of Yeast Cells to a High Osmotic Pressure Stress based on Proteomics，Nagahisa Keisuke,Yamada Kazuyuki,Nakakura Yuki,Hirasawa Takashi,Katakura Yoshio,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 2004，p. 431-431，2004年
Analysis of responses of complex bionetworks to changes in environmental conditions，H Shimizu,T Hirasawa,K Nagahisa,S Shioya，BIOLOGICALLY INSPIRED APPROACHES TO ADVANCED INFORMATION TECHNOLOGY，SPRINGER-VERLAG BERLIN，Vol. 3141，p. 13-27，2004年，研究論文（学術雑誌）
Interactions between Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae in mixed culture for kefiran production.，Cheirsilp B,Shoji H,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，3，Vol. 96，No. 3，p. 279-284，2003年12月，研究論文（学術雑誌）
Clustering gene expression pattern and extracting relationship in gene network based on artificial neural networks.，Huang J,Shimizu H,Shioya S，Journal of bioscience and bioengineering，5，Vol. 96，No. 5，p. 421-428，2003年12月，研究論文（学術雑誌）
Nonisothermal crystallization kinetics of biodegradable random poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and block one，Suchada Chanprateep,Kensuke Kikuya,Hiroshi Shimizu,Shuhei Seki,Seiichi Tagawa,Suteaki Shioya，Journal of Chemical Engineering of Japan，Vol. 36，No. 6，p. 639-646，2003年06月，研究論文（学術雑誌）
Effects of the changes in enzyme activities on metabolic flux redistribution around the 2-oxoglutarate branch in glutamate production by Corynebacterium glutamicum，H Shimizu,H Tanaka,A Nakato,K Nagahisa,E Kimura,S Shioya，BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING，SPRINGER-VERLAG，Vol. 25，No. 5，p. 291-298，2003年03月，研究論文（学術雑誌）
Enhanced kefiran production by mixed culture of Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae，B Cheirsilp,H Shimizu,S Shioya，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 100，No. 1，p. 43-53，2003年01月，研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering - Integrating methodologies of molecular breeding and bioprocess systems engineering，H Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 94，No. 6，p. 563-573，2002年12月
Classification of fermentation performance by multivariate analysis based on mean hypothesis testing，JH Huang,H Nanami,A Kanda,H Shimizu,S Shioya，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 94，No. 3，p. 251-257，2002年09月，研究論文（学術雑誌）
Data preprocessing and output evaluation of an autoassociative neural network model for online fault detection in virginiamycin production，JH Huang,H Shimizu,S Shioya，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 94，No. 1，p. 70-77，2002年07月，研究論文（学術雑誌）
Model predictive controller for biodegradable polyhydroxyalkanoate production in fed-batch culture，S Chanprateep,K Kikuya,H Shimizu,S Shioya，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 95，No. 2，p. 157-169，2002年05月，研究論文（学術雑誌）
Roles of glucose and acetate as carbon sources in L-histidine production with Brevibacterium flavum FERM1564 revealed by metabolic flux analysis，Hiroshi Shimizu,Nobuyuki Shimizu,Suteaki Shioya，Biotechnology and Bioprocess Engineering，Korean Society for Biotechnology and Bioengineering，Vol. 7，No. 3，p. 171-177，2002年，研究論文（学術雑誌）
Importance of carbon source feeding and pH control strategies for maximum kojic acid production from sago starch by Aspergillus flavus，Mohamad Rosfarizan,Ariff Arbakariya,Mohd Ali Hassan,Mohamed Ismail Abdul Karim,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，Journal of Bioscience and Bioengineering，Society of Fermentation and Bioengineering，Vol. 94，No. 2，p. 99-105，2002年，研究論文（学術雑誌）
Metabolic control analysis in glutamate synthetic pathway: Experimental sensitivity analysis at a key branch point，H Shimizu,H Tanaka,A Nakato,K Nagahisa,S Shioya，BIOLOGICAL SYSTEMS ENGINEERING，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 830，p. 39-52，2002年，研究論文（学術雑誌）
Modelling and optimization of environmental conditions for kefiran production by Lactobacillus kefiranofaciens，B Cheirsilp,H Shimizu,S Shioya，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER-VERLAG，Vol. 57，No. 5-6，p. 639-646，2001年12月，研究論文（学術雑誌）
Multivariable control of alcohol concentrations in the production of polyhydroxyalkanoates (PHAs) by Paracoccus denitrificans，S Chanprateep,N Abe,H Shimizu,T Yamane,S Shioya，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，WILEY-BLACKWELL，Vol. 74，No. 2，p. 116-124，2001年07月，研究論文（学術雑誌）
Maximizing yellow pigment production in fed-batch culture of Monascus sp.，Somchai Krairak,Kouji Yamamura,Ryoichi Irie,Mikio Nakajima,Hiroshi Shimizu,Patoomporn Chim-Anage,Busaba Yongsmith,Suteaki Shioya，Journal of Bioscience and Bioengineering，Elsevier Science Publishers B.V.，Vol. 90，No. 4，p. 363-367，2000年，研究論文（学術雑誌）
Mining of biological data II: Assessing data structure and class homogeneity by cluster analysis，Roy T. Kamimura,Silvio Bicciato,Hiroshi Shimizu,Joe Alford,Gregory Stephanopoulos，Metabolic Engineering，Academic Press Inc.，Vol. 2，No. 3，p. 228-238，2000年，研究論文（学術雑誌）
Mining of biological data I: Identifying discriminating features via mean hypothesis testing，Roy T. Kamimura,Silvio Bicciato,Hiroshi Shimizu,Joe Alford,Gregory Stephanopoulos，Metabolic Engineering，Academic Press Inc.，Vol. 2，No. 3，p. 218-227，2000年，研究論文（学術雑誌）
A Maximum Production Strategy of Lysine Based on a Simplified Model Derived from a Metabolic Reaction Network，Hiroshi Shimizu,Noboru Takiguchi,Hisaya Tanaka,Suteaki Shioya，METABOLIC ENGINEERING，ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE，Vol. 1，No. 4，p. 299-308，1999年10月，研究論文（学術雑誌）
Nisin production by a mixed-culture system consisting of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus，H Shimizu,T Mizuguchi,E Tanaka,S Shioya，APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 65，No. 7，p. 3134-3141，1999年07月，研究論文（学術雑誌）
On-line monitoring of fungal cell concentration by dielectric spectroscopy，S. Krairak,K. Yamamura,M. Nakajima,H. Shimizu,S. Shioya，Journal of Biotechnology，Elsevier Sci B.V.，Vol. 69，No. 2-3，p. 115-123，1999年04月15日，研究論文（学術雑誌）
Maximum production strategy for biodegradable copolymer P(HB-co-HV) in fed-batch culture of Alcaligenes eutrophus，H Shimizu,Y Kozaki,H Kodama,S Shioya，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，WILEY-BLACKWELL，Vol. 62，No. 5，p. 518-525，1999年03月，研究論文（学術雑誌）
Optimization of agitation and aeration conditions for maximum virginiamycin production，S Shioya,M Morikawa,Y Kajihara,H Shimizu，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER VERLAG，Vol. 51，No. 2，p. 164-169，1999年02月，研究論文（学術雑誌）
Bioprocess fault detection by nonlinear multivariate analysis: Application of an artificial autoassociative neural network and wavelet filter bank，Hiroshi Shimizu,Kouichi Yasuoka,Keiji Uchiyama,Suteaki Shioya，Biotechnology Progress，AIChE，Vol. 14，No. 1，p. 79-87，1998年01月，研究論文（学術雑誌）
Method of Corynebacterium glutamicum fermentation time extension with high lysine production rate by leucine addition，Noboru Takiguchi,Naoki Fukui,Nobuyuki Shimizu,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，Journal of Fermentation and Bioengineering，Elsevier Sci B.V.，Vol. 86，No. 2，p. 180-184，1998年，研究論文（学術雑誌）
An on-line physiological state recognition system for the lysine fermentation process based on a metabolic reaction model，N Takiguchi,H Shimizu,S Shioya，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 55，No. 1，p. 170-181，1997年07月，研究論文（学術雑誌）
On-line fault diagnosis for optimal rice α-amylase production process of a temperature-sensitive mutant of Saccharomyces cerevisiae by an autoassociative neural network，Hiroshi Shimizu,Kouichi Yasuoka,Keiji Uchiyama,Suteaki Shioya，Journal of Fermentation and Bioengineering，Elsevier Sci B.V.，Vol. 83，No. 5，p. 435-442，1997年，研究論文（学術雑誌）
On-line recognition of physiological state in a yeast fed-batch culture，H Shimizu,K Miura,S Shioya,K Suga，JOURNAL OF PROCESS CONTROL，BUTTERWORTH-HEINEMANN LTD，Vol. 6，No. 6，p. 373-378，1996年12月，研究論文（学術雑誌）
Maximum virginiamycin production by optimization of cultivation conditions in batch culture with autoregulator addition，YK Yang,M Morikawa,H Shimizu,S Shioya,K Suga,T Nihira,Y Yamada，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 49，No. 4，p. 437-444，1996年02月，研究論文（学術雑誌）
Comparison of estimation techniques for a time-dependent parameter in a metabolic reaction model，Hiroshi Shimizu,Keigo Miura,Noboru Takiguchi,Suteaki Shioya，Journal of Fermentation and Bioengineering，Society of Fermentation and Bioengineering, Japan，Vol. 81，No. 4，p. 363-365，1996年，研究論文（学術雑誌）
Mole fraction control of poly(3-hydroxybutyric-co-3-hydroxyvaleric) acid in fed-batch culture of Alcaligenes eutrophus，Yoshiyuki Ishihara,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，Journal of Fermentation and Bioengineering，Society of Fermentation and Bioengineering, Japan，Vol. 81，No. 5，p. 422-428，1996年，研究論文（学術雑誌）
Image analysis of mycelial morphology in virginiamycin production by batch culture of Streptomyces virginiae，YK Yang,M Morikawa,H Shimizu,S Shioya,K Suga,T Nihira,Y Yamada，JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 81，No. 1，p. 7-12，1996年，研究論文（学術雑誌）
OPTIMUM AUTOREGULATOR ADDITION STRATEGY FOR MAXIMUM VIRGINIAMYCIN PRODUCTION IN BATCH CULTURE OF STREPTOMYCES-VIRGINIAE，YK YANG,H SHIMIZU,S SHIOYA,K SUGA,T NIHIRA,Y YAMADA，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 46，No. 5，p. 437-442，1995年06月，研究論文（学術雑誌）
FUZZY CONTROL OF ETHANOL CONCENTRATION AND ITS APPLICATION TO MAXIMUM GLUTATHIONE PRODUCTION IN YEAST FED-BATCH CULTURE，CG ALFAFARA,K MIURA,H SHIMIZU,S SHIOYA,K SUGA,K SUZUKI，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 41，No. 4，p. 493-501，1993年02月，研究論文（学術雑誌）
KINETIC-STUDY OF POLY-D(-)-3-HYDROXYBUTYRIC ACID (PHB) PRODUCTION AND ITS MOLECULAR-WEIGHT DISTRIBUTION CONTROL IN A FED-BATCH CULTURE OF ALCALIGENES-EUTROPHUS，H SHIMIZU,S TAMURA,S SHIOYA,K SUGA，JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING，SOC FERMENTATION BIOENGINEERING, JAPAN，Vol. 76，No. 6，p. 465-469，1993年，研究論文（学術雑誌）
CYSTEINE ADDITION STRATEGY FOR MAXIMUM GLUTATHIONE PRODUCTION IN FED-BATCH CULTURE OF SACCHAROMYCES-CEREVISIAE，C ALFAFARA,K MIURA,H SHIMIZU,S SHIOYA,K SUGA，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER VERLAG，Vol. 37，No. 2，p. 141-146，1992年05月，研究論文（学術雑誌）
OPTIMAL PRODUCTION OF GLUTATHIONE BY CONTROLLING THE SPECIFIC GROWTH-RATE OF YEAST IN FED-BATCH CULTURE，H SHIMIZU,K ARAKI,S SHIOYA,K SUGA，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 38，No. 2，p. 196-205，1991年06月，研究論文（学術雑誌）
MEASUREMENT OF ENZYME REACTION-RATES USING ADVANCED PH CONTROL-SYSTEM - APPLICATION OF REPETITIVE PF SYSTEM，H SHIMIZU,E SADA,S SHIOYA,K SUGA，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 34，No. 6，p. 794-803，1989年09月，研究論文（学術雑誌）
PROFILE CONTROL OF THE SPECIFIC GROWTH-RATE IN FED-BATCH EXPERIMENTS，H SHIMIZU,S SHIOYA,K SUGA,T TAKAMATSU，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER VERLAG，Vol. 30，No. 3，p. 276-282，1989年03月，研究論文（学術雑誌）
An algorithmic approach to constructing the on‐line estimation system for the specific growth rate，Hiroshi Shimizu,Takeichiro Takamatsu,Suteaki Shioya,Ken‐Ichi Suga，Biotechnology and Bioengineering，Vol. 33，No. 3，p. 354-364，1989年，研究論文（学術雑誌）

MISC

多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー，清水浩,戸谷吉博，生物物理，Vol. 62，No. 4，p. 104-109，2022年04月
バイオによるものづくりに貢献する機械学習・深層学習技術，徳山健斗,清水浩，化学工学会誌，Vol. 86，No. 4，p. 161-164，2022年04月
データサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリング，徳山健斗,下平祥貴,寺脇貴弘,楠瀬泰弘,中井裕章,辻󠄀雄一郎,戸谷吉博,松田史生,清水浩，生物工学会誌，Vol. 100，No. 2，p. 80-80，2022年02月
多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー，清水浩,戸谷吉博，生物物理(Web)，Vol. 62，No. 2，2022年
微生物共培養のための精製タンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発，川本優一,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性変換，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
共培養代謝工学のための経路分断方法の検討，多田一紀,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
マルチカラー光による大腸菌の代謝経路のフラックス制御に向けた検討，赤木駿斗,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討，三吉健太,川井隆太郎,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発，宮脇佳汰,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
青色光応答タンパク質を利用した中枢代謝フラックスの制御技術の開発，赤木駿斗,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化，松本拓也,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
アンチセンスRNAを利用した光照射による代謝フラックス制御技術の開発，櫻井翔太,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発，川本優一,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン，三吉健太,一色衣香,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
配列保存度情報を組み入れた酵素工学，二井手哲平,杉木創,宮脇佳汰,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発，宮脇佳汰,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
マイクロドロップレットを用いた大腸菌指向進化実験のとりくみ，佐藤玲子,大竹理寛,高イクサイ,戸谷吉博,清水浩,鈴木宏明，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割，今田辰海,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
CO2排出を抑制した物質生産に向けた大腸菌における逆グリオキシル酸経路の利用，田中恒作,清水浩,戸谷吉博，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 53rd，2022年
共培養チロシン生産に適した代謝改変の検討，多田一紀,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 53rd，2022年
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案，二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 53rd，2022年
人工的な相利共生関係を利用した指向性進化による有用物質生産菌の開発，川井隆太郎,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 53rd，2022年
指向性進化を目的としたマイクロ流路細胞培養システムの開発，大竹理寛,佐藤玲子,戸谷吉博,清水浩,鈴木宏明，日本機械学会年次大会講演論文集(CD-ROM)，Vol. 2022，2022年
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産，村上茉奈美,川井隆太郎,三吉健太,芝井厚,前田智也,堀之内貴明,古澤力,古澤力,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
ロドプシンによる光駆動プロトンポンプが大腸菌の弱酸耐性に及ぼす影響，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上，戸谷吉博,佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 87th，2022年
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明，岡橋伸幸,清水浩,松田史生,谷口赳夫,西本和生，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点，Vol. 2021，2022年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変を利用した最適メバロン酸生産，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 74th，2022年
大腸菌の染色体上リボゾーム結合部位改変を利用した中枢炭素代謝フラックスの精密制御，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 53rd，2022年
発酵生産プロセスにおけるDX：データ駆動型のリジン発酵自律制御システムの開発，徳山健斗,清水浩，バイオサイエンスとインダストリー，Vol. 80，No. 1，p. 26-30，2022年01月
バイオプロセス運転の最適化と自動化，清水浩，生物工学会誌，Vol. 99，p. 538-542，2021年10月
大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価，三吉健太,川井隆太郎,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
FBAシミュレーションによるシアノバクテリアにおける光合成電子伝達フラックスの解析，豊島正和,豊島正和,山本千晶,植野嘉文,戸谷吉博,秋本誠志,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
mBFPセンサーを使った栄養飢餓大腸菌における細胞内NADPHレベルの摂動解析，上野航一郎,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
逆グリオキシル酸経路を導入した大腸菌の創出と代謝評価，田中恒作,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析，田島遼太郎,池原万由,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
機械学習を利用した代謝酵素の補酵素特異性の設計と活性測定による検証，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
目的物質生産フラックス強化のためのシミュレーションに基づく増殖連動型の代謝設計，戸谷吉博,一色衣香,SHI Xinchi,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
シアノバクテリアの代謝工学，清水浩,戸谷吉博,豊島正和,山本千晶，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 52nd，2021年
機械学習を用いたリンゴ酸酵素の補酵素特異性の予測，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 52nd，2021年
青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討，赤木駿斗,塚本雅士,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 52nd，2021年
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析，村上茉奈美,川井隆太郎,前田智也,堀之内貴明,古澤力,古澤力,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発，戸谷吉博,川井隆太郎,三吉健太,村上茉奈美,一色衣香,堀之内貴明,前田智也,古澤力,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 52nd，2021年
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明，松田史生,清水浩,岡橋伸幸,丸山正晴，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点，Vol. 2020，2021年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変による中枢代謝フラックスの調節，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換，佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
光駆動プロトンポンプを発現させたメバロン酸生産大腸菌の代謝解析，松山千夏,清家泰介,岡橋伸幸,戸谷吉博,弘埜陽子,平山英伸,石井純,清水浩,原清敬,松田史生，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 73rd，2021年
光照射により代謝フラックスをコントロールする技術の開発，戸谷吉博,清水浩，バイオサイエンスとインダストリー，Vol. 78，No. 1，p. 30-31，2020年01月
計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究，清水浩，生物工学会誌，Vol. 97，No. 1，2019年01月25日
Editorial overview: Recent progress in analytical technologies for design-build-test-learn cycle in biotechnology.，Hiroshi Shimizu,Fumio Matsuda，Current opinion in biotechnology，Vol. 54，p. 145-147，2018年12月
大腸菌中枢代謝経路のフラックス制御が物質生産に及ぼす影響の解析，戸谷吉博,鎌田健太郎,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 50th，2018年09月18日
増殖連動型物質生産のin silico解析における反応律速点の同定法の開発と実験検証，清水浩,徳山健斗,戸谷吉博,松田史生，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 50th，2018年09月18日
大腸菌によるメバロン酸高生産のための流加培養条件の評価，前田健仁,戸谷吉博,松田史生,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 50th，2018年09月18日
フェノールが大腸菌の中枢代謝に及ぼす影響の解析，北村さや香,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 70th，p. 279-279，2018年08月07日
シアノバクテリア中心炭素代謝における光量変化時の短期応答の解析，丸山正晴,西口大貴,豊島正和,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生，鎌田健太郎,戸谷吉博,弘埜陽子,原清敬,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 70th，p. 110-110，2018年08月07日
がん種の異なる細胞間での中心代謝における13C代謝フラックス解析，上原ひかる,荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,岡橋伸幸,松田史生,高橋智聡,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
代謝工学による光合成の統合解析と工学応用，豊島正和,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究，清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産に向けた不活性型Cas9によるエタノール生合成経路の抑制，森田啓介,松田史生,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
ガスクロマトグラフィー負化学イオン化質量分析法を用いた糖リン酸新規分析法の構築と13C代謝フラックス解析への応用，岡橋伸幸,前田昂亮,川名修一,飯田順子,飯田順子,清水浩,松田史生，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
様々な波長の光照射下におけるシアノバクテリアの解析，豊島正和,阪田真澄,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
動的代謝モデルアンサンブルを用いたエタノール生産シアノバクテリアの代謝工学，西口大貴,永井暉,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 70th，2018年08月07日
大腸菌のArcAによる酸素消費速度の感知システム，後野直哉,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 70th，p. 280-280，2018年08月07日
ヒストン脱メチル化酵素KDM5AとRBが制御する代謝分子の探索，河野晋,岡橋伸幸,松田史生,清水浩,高橋智聡，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 6th，2018年05月
GC‐NCI‐MSを用いた糖リン酸の高感度分離分析法の開発とがん細胞株の13C代謝フラックス解析への応用，岡橋伸幸,前田昂亮,川名修一,飯田順子,飯田順子,清水浩,松田史生，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 66th，2018年05月01日
代謝工学に基づく大腸菌フェノール生産株の育種，北村さや香,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 83rd，2018年03月13日
安定同位体非定常の13C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析によるn‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatus PCC7942の代謝状態の推定，和田圭介,植林希代加,戸谷吉博,傳寶雄大,PUTRI Sastia,松田史生,福崎英一郎,LIAO James C,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 83rd，2018年03月13日
光照射による大腸菌の中枢代謝経路のフラックス制御，妹尾幸枝,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 83rd，2018年03月13日
酸素レベルに応答した大腸菌の代謝制御の可視化と解明，後野直哉,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 83rd，2018年03月13日
光量変化に対するシアノバクテリア代謝応答の解析，丸山正晴,西口大貴,豊島正和,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2018，2018年03月05日
クラミドモナス光化学系の定量プロテオミクス法の開発，大西一輝,徳丸雄磨,得津隆太郎,皆川純,豊島正和,松田史夫,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2018，2018年03月05日
ミトコンドリア代謝の抑制による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産能力の向上，森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2018，2018年03月05日
FBAを用いた出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価，神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2018，2018年03月05日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明，清水浩,松田史生,荒木千絵,上原ひかる，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点，Vol. 2017，2018年
13C代謝フラックス解析による細胞の生理状態の理解と工学応用，清水浩,松田史生,戸谷吉博,岡橋伸幸,前田昂亮，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 49th，2017年09月20日
光による遺伝子発現制御系を利用した大腸菌代謝制御の検討，妹尾幸枝,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 49th，2017年09月20日
光合成微生物の代謝モデルの開発と応用，豊島正和,戸谷吉博,吉川勝徳,松田史生,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 49th，2017年09月20日
中枢代謝のフラックス制御がメバロン酸経路に及ぼす影響の解析，鎌田健太郎,増田亜美,和田圭介,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 49th，2017年09月20日
Synechocystis sp.PCC6803の中心代謝経路と光化学系の制御メカニズムの解析，和田圭介,戸谷吉博,吉川勝徳,松田史生,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 49th，2017年09月20日
In vitro腫瘍細胞における中心代謝経路の13C代謝フラックス解析法の構築，岡橋伸幸,岡橋伸幸,河野晋,松田史生,高橋智聡,清水浩，JSBMS Letters，Vol. 42，No. Supplement，2017年08月25日
出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価，神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
枯草菌中枢代謝経路における酵素発現レベルとフラックス分布の関係，戸谷吉博,富田淳美,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
13C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析を用いたn‐ブタノール生産シアノバクテリア株の代謝解析，和田圭介,植林希代加,戸谷吉博,傳寶雄大,PUTRI Sastia,松田史生,福崎英一郎,LIAO James,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
ピルビン酸代謝フローの転換による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産性の向上，森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
出芽酵母中心代謝酵素欠損株のトランスオミクス解析，松田史生,西野駿佑,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
代謝物濃度絶対定量値を用いたエタノール生産シアノバクテリア代謝律速点の解析，西口大貴,永井暉,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803の光化学反応を精緻化したゲノムスケールモデルを用いた様々な光条件における代謝シミュレーション，豊島正和,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
代謝シミュレーションに基づいた有用発酵微生物の育種，徳山健斗,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，(公社)日本生物工学会，Vol. 69th，p. 93-93，2017年08月08日
シグマ因子SigEによるシアノバクテリア代謝制御の定量プロテオーム解析，徳丸雄磨,植林希代加,小山内崇,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
任意の栄養要求生変異株構築に向けた代謝シミュレーション法の開発，徳山健斗,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 69th，2017年08月08日
13C代謝フラックス解析を用いた中央代謝のがん細胞株間比較，上原ひかる,荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,高橋智聡,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 5th，2017年07月
抗がん剤処理によるがん細胞代謝フラックス変動の解析，松田史生,荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 5th，2017年07月
医薬品開発における抗薬物抗体分析の現状と課題，田中登,角辻賢太,北野未知,笹原里美,清水浩之,相馬雅子,高村不二子,花田智彦,細木淳,野村達希,宮和弘,宮本裕恵,山本健一，医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス，日本公定書協会，Vol. 48，No. 5，p. 282‐291-291，2017年05月10日
代謝阻害剤投与直後のがん細胞中心代謝変動の13C‐代謝フラックスシフト解析，前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 65th，2017年05月01日
中心代謝物絶対定量に基づく光合成微生物代謝律速点の解析，西口大貴,永井暉,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 65th，2017年05月01日
13C代謝フラックス解析によるがん細胞中心代謝株間比較，上原ひかる,荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,高橋智聡,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 65th，2017年05月01日
QconCAT法を用いたシアノバクテリア光化学装置の定量プロテオミクス，徳丸雄磨,植林希代加,徳山健斗,和田圭介,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 65th，2017年05月01日
Garuda platformを用いた質量分析トランスオミクスデータの自動可視化，山田洋平,松田史生,GHOSH Samik,長谷武志,木下翔平,西野駿佑,富田淳美,TSORMAN Nikolaos,遠山敦彦,梶原茂樹,向紀雄,松岡由希子,清水浩,福崎英一郎,北野宏明,飯田順子,飯田順子，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 65th，2017年05月01日
出芽酵母のメバロン酸経路の強化に有効な遺伝子破壊の探索，神田義貴,戸谷吉博,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 82nd，2017年03月06日
中心代謝フラックス分布のがん細胞株間比較，上原ひかる,荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 82nd，2017年03月06日
定常期における大腸菌メバロン酸生産株の13C代謝フラックス解析，増田亜美,徳山健斗,戸谷吉博,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 82nd，2017年03月06日
実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定，徳山健斗,戸谷吉博,堀之内貴明,古澤力,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 82nd，2017年03月06日
ロテノンを処理した動物培養細胞の代謝フラックス解析，荒木千絵,前田昴亮,岡橋伸幸,松田史生,高橋智聡,清水浩，日本農薬学会大会講演要旨集，Vol. 42nd，2017年03月06日
実用酵母中心代謝の比較プロテオミクス，植林希代加,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2017，2017年03月05日
マイトファジー抑制による出芽酵母の細胞質物質生産能力向上，森田啓介,松田史生,岡本浩二,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2017，2017年03月05日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明，清水浩,松田史生,岡橋伸幸,前田昂亮,荒木千絵，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点，Vol. 2016，2017年
悪性進展課程におけるRBの代謝調節機能，河野晋,岡橋伸幸,松田史生,清水浩,高橋智聡，日本生化学会大会(Web)，Vol. 90th，2017年
in silico代謝設計と実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築，徳山健斗,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 48th，2016年09月06日
大腸菌による効率的なメバロン酸生産のための代謝解析，戸谷吉博,和田圭介,増田亜美,徳山健斗,坂野聡美,吉川勝徳,松田史生,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 48th，2016年09月06日
蛍光タンパク質を利用した大腸菌の酸素レベルに応じた代謝解析，後野直哉,戸谷吉博,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 48th，2016年09月06日
n‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatusの13C代謝フラックス解析，和田圭介,戸谷吉博,松田史生,LIAO James C,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 48th，2016年09月06日
13C代謝フラックス解析法を用いた動物培養細胞のNADPHターンオーバー速度の計測，岡橋伸幸,松田史生,河野晋,高橋智聡,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
メバロン酸生産大腸菌の細胞内代謝状態の定量的な評価，永井暉,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
メバロン酸生産大腸菌株の定常期における代謝状態の解明，増田亜美,戸谷吉博,徳山健斗,坂野聡美,吉川勝徳,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
in silico代謝シミュレーションと実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築，徳山健斗,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
Corynebacterium glutamicumによるグルタミン酸生産に対するストレスの影響，尾形駿介,齊藤正輝,吉川勝徳,古澤力,清水浩,平沢敬，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
定量プロテオミクスを用いた出芽酵母中心代謝安定化機構の解析，松田史生,富田淳美,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
イソブタノール生産酵母の構築:オルガネラ局在の検討，森田啓介,松田史生,伊田賢吾,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
代謝経路解析に基づく定常期にコハク酸を生産する大腸菌の開発，戸谷吉博,白木孝典,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 68th，2016年08月25日
シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803代謝の定量プロテオーム解析，松田史生,日浅夏希,植林希代加,清水浩，日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集，Vol. 34th，2016年08月20日
Metabolic rewiring in Rb deficient cells during cancer progression，Susumu Kohno,Nobuyuki Okahashi,Shunsuke Kitajima,Sawako Suzuki,Tomoaki Tanaka,Fumio Matsuda,Hiroshi Shimizu,Chiaki Takahashi，CANCER RESEARCH，AMER ASSOC CANCER RESEARCH，Vol. 76，2016年07月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
同位体ターンオーバー情報を用いた中心代謝フラックス解析法の構築，岡橋伸幸,前田昴亮,荒木千絵,河野晋,松田史生,高橋智聡,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 4th，2016年07月
質量分析装置を用いた酵母中心代謝のトランスオミクス解析，松田史生,西野駿佑,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 64th，2016年05月09日
代謝阻害剤で処理した動物培養細胞の13C代謝フラックス解析，荒木千絵,前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 64th，2016年05月09日
シアノバクテリアの光合成装置のターゲットプロテオーム分析，植林希代加,松田史生,日浅夏希,小倉泰郎,平野一郎,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 64th，2016年05月09日
13C代謝フラックス解析法の精度向上のためのGC‐MS/MSによる新規アミノ酸フラグメントイオンの探索，岡橋伸幸,川名修一,飯田順子,飯田順子,清水浩,松田史生，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 64th，2016年05月09日
大腸菌における細胞内代謝物濃度の絶対定量法の開発，永井暉,岡橋伸幸,松田史生,松本佳子,和田光史,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
ガスクロマトグラフィー‐タンデム四重極質量分析装置(GC‐MS/MS)を用いた13C代謝フラックス解析の精度向上，岡橋伸幸,川名修一,飯田順子,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
細胞増殖定常期の制限基質による3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌への影響，徳山健斗,戸谷吉博,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
蛍光タンパク質を利用した細胞内代謝状態の可視化と評価，戸谷吉博,渡辺祥,後野直哉,増田亜美,徳山健斗,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
動物培養細胞の代謝フラックス変化の解析，荒木千絵,岡橋伸幸,前田昂亮,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
がん細胞の同位体非定常代謝フラックス解析法の構築，前田昂亮,岡橋伸幸,荒木千絵,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 81st，2016年03月13日
代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発，清水浩,松田史生,戸谷吉博，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
異種遺伝子発現による出芽酵母イソブタノール合成活性化，森田啓介,松田史生,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
代謝フラックス解析に基づいた枯草菌ゲノム縮小株MGB874のジピコリン酸生産性の向上，LIU Shenghao,増田健太,戸谷吉博,平沢敬,平沢敬,森本拓也,影山泰,吉田健一,清水浩,小笠原直毅,尾崎克也,萩原浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
コリネ型細菌によるグルタミン酸発酵における遺伝子発現・代謝プロファイルの解析，平沢敬,齊藤正輝,吉川勝徳,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
増殖期と増殖停止期におけるイソプロピルアルコール生産大腸菌の13C代謝フラックス解析，岡橋伸幸,吉川勝徳,松田史生,松本佳子,白井智量,和田光史,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
枯草菌ゲノム縮小株における代謝工学によるポリグルタミン酸の生産性向上，増田健太,LIU Shenghao,戸谷吉博,平沢敬,平沢敬,森本拓也,影山泰,吉田健一,清水浩,小笠原直毅,尾崎克也,萩原浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
解糖系フラックスセンサーを利用した高効率物質生産のための代謝制御手法の開発，戸谷吉博,渡辺祥,徳山健斗,吉川勝徳,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
2,3‐ブタンジオール高生産出芽酵母株の構築，松田史生,伊田賢吾,木下翔平,森田啓介,石井寛子,富田淳美,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2016，2016年03月05日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明，清水浩,松田史生,岡橋伸幸,前田昴亮，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点，Vol. 2015，2016年
RB不活性化に伴うメタボリックリワイヤリング機構の解明，河野晋,岡橋伸幸,北嶋俊輔,鈴木佐和子,田中知明,松田史生,清水浩,高橋智聡，日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集，(公社)日本生化学会，Vol. 88回・38回，p. [4T18L-09(3P1086)]，2015年12月
Saccharomyces cerevisiaeのS‐adenosyl‐L‐methionine生産機構の解析，早川謙嗣,早川謙嗣,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 67th，2015年09月25日
全自動実験室進化による様々な化合物ストレスに対する耐性大腸菌の創成と耐性化機構の解析，堀之内貴明,鈴木真吾,清水浩,古澤力,古澤力，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 121-121，2015年09月25日
3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌の定常期におけるメタボローム解析，徳山健斗,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 204-204，2015年09月25日
大腸菌代謝フラックス解析の実験デザインの最適化，前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 204-204，2015年09月25日
蛍光タンパク質を用いた代謝フラックスの可視化とその応用，戸谷吉博,渡辺祥,後野直哉,増田亜美,徳山健斗,吉川勝徳,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 204-204，2015年09月25日
出芽酵母中心代謝制御のトランスオミクス解析，松田史生,西野駿佑,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 67th，2015年09月25日
メバロン酸を生産する大腸菌の増殖期における13C代謝フラックス解析，和田圭介,戸谷吉博,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 204-204，2015年09月25日
高級アルコール生産に向けた酵母の細胞内補酵素バランスの改変，野村悠太,森田啓介,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67th，p. 290-290，2015年09月25日
13Cフラックス解析に基づくグリセロール炭素源における大腸菌の中枢代謝の理解，戸谷吉博,大橋秀伍,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 47th，2015年09月09日
Synechocystis sp.PCC6803のエタノール生産における代謝改変デザインとその実現，清水浩,吉川勝徳,仲嶋翼，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 47th，2015年09月09日
代謝フラックス解析と中心代謝のトランスオミクス，松田史生,清水浩，JSBMS Lett，Vol. 40，No. Supplement，2015年08月20日
代謝デザインと13C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用，清水浩,松田史生,戸谷吉博，化学と生物，公益社団法人日本農芸化学会，Vol. 53，No. 7，p. 455-461，2015年06月20日
動物培養細胞中枢代謝経路における13C代謝フラックス解析法の構築，岡橋伸幸,河野晋,松田史生,高橋智聡,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 63rd，2015年06月08日
UFMS(ultra‐fast mass spectrometry)を用いた出芽酵母1遺伝子破壊株29株の中心代謝酵素発現量プロファイリング，松田史生,小倉泰郎,富田淳美,平野一郎,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 63rd，2015年06月08日
光合成微生物Synechocystis sp.PCC6803中心代謝酵素の定量プロテオミクス，日浅夏希,松田史生,小倉泰郎,平野一郎,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 63rd，2015年06月08日
13C代謝フラックス解析に用いる13C標識炭素源の最適化，前田昂亮,岡橋伸幸,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 63rd，2015年06月08日
代謝工学的アプローチに基づく枯草菌のジピコリン酸生産の強化，戸谷吉博,平沢敬,劉生浩,増田健太,森本拓也,影山泰,尾崎克也,萩原浩,小笠原直毅,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 80th，2015年03月19日
動物培養細胞の代謝流束解析，岡橋伸幸,松田史生,清水浩,河野晋,高橋智聡，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 80th，2015年03月19日
出芽酵母遺伝子破壊株における中心代謝酵素発現量の変化，松田史生,小倉泰郎,富田淳美,平野一郎,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
S‐adenosyl‐L‐methionineを生産するSaccharomyces cerevisiaeの代謝フラックス解析，早川謙嗣,早川謙嗣,梶畠秀一,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
大腸菌を用いた定常期におけるメバロン酸生産，増田亜美,戸谷吉博,徳山健斗,坂野聡美,吉川勝徳,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
グリセロール炭素源における大腸菌中枢代謝経路の13Cフラックス解析，大橋秀伍,戸谷吉博,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
長期継代培養によるエタノール非生産酵母の増殖改善株の取得，森田啓介,富田淳美,松田史生,石井純,近藤昭彦,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
p53ノックアウトマウス軟部腫瘍由来細胞株におけるグルタミンの還元的代謝の解析，岡橋伸幸,松田史生,河野晋,高橋智聡,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
代謝システム解析に基づく酵母Saccharomyces cerevisiaeの中心代謝調節機構の解明，西野駿佑,岡橋伸幸,富田淳美,松田史夫,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2015，2015年03月05日
大腸菌による有用物質生産に向けた3重反応破壊のin silicoスクリーニング(2014生物工学論文賞)，大野,聡,古澤,力,清水,浩，生物工学会誌 : Seibutsu-kogaku Kaishi，日本生物工学会，Vol. 93，No. 2，2015年02月25日
3P-059 Saccharomyces cerevisiaeのS-adenosyl-L-methionine生産機構の解析(発酵生理学,発酵工学,一般講演)，早川謙嗣,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 67，p. 285-285，2015年
Rb不活性化による代謝リワイヤリング機構の解明，河野晋,岡橋伸幸,北嶋俊輔,鈴木佐和子,田中知明,松田史生,清水浩,高橋智聡，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 3rd，2015年
p53欠損マウス軟部腫瘍由来細胞株の13C代謝フラックス解析，岡橋伸幸,河野晋,松田史生,高橋智聡,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 3rd，2015年
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明，清水浩,松田史生,岡橋伸幸，金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点，Vol. 2014，2015年
13C標識実験によるグルタミンの還元的代謝の解析，岡橋伸幸,松田史生,河野晋,高橋智聡,清水浩，日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集，2015年
RB不活性化によって誘導される代謝リワイヤリング機構の解明，河野晋,北嶋俊輔,鈴木佐和子,田中知明,岡橋伸幸,松田史生,清水浩,高橋智聡，日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集，2015年
全自動実験室進化システムを用いた多系列・多種ストレス環境の実験室進化による大腸菌のストレス適応戦略の解析，堀之内貴明,鈴木真吾,清水浩,古澤力,古澤力，日本生化学会大会(Web)，(公社)日本生化学会，Vol. 88th，p. 2T18P‐07(2P0834) (WEB ONLY)-07(2P0834)]，2015年
単層カーボンナノチューブ複合体を用いた薄膜トランジスタ型バイオセンサ，磯貝和生,清水浩二,村瀬清一郎,金井康,大野恭秀,前橋兼三,松本和彦，応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)，Vol. 75th，2014年09月01日
SSDesiga:エレメンタリーモード解析を利用した解空間に基づく代謝経路デザイン，戸谷吉博,白木孝典,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 133-133，2014年08月05日
Ultra‐fast mass spectrometryを用いたエタノール非生産遺伝子欠損酵母株の中心代謝酵素定量プロテオーム分析，松田史生,小倉泰郎,富田淳美,平野一郎,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 133-133，2014年08月05日
人工進化実験によるみSynechocystis sp.PCC 6803のイソブタノール耐性株の獲得と変異解析，松迫卓也,仲嶋翼,吉川勝徳,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 132-132，2014年08月05日
酵母中心代謝物質の絶対定量，西野駿佑,岡橋伸幸,木下翔平,松田史生,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 132-132，2014年08月05日
グリセロール単一炭素源における正確な代謝フラックス推定のための13C標識条件の検討，大橋秀伍,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 133-133，2014年08月05日
細胞内遊離代謝物質の13C標識情報を用いた動物培養細胞の代謝フラックス解析法の構築，岡橋伸幸,松田史生,河野晋,高橋智聡,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 205-205，2014年08月05日
アンチセンスRNA法による大腸菌代謝経路の包括的な解析とin silico代謝予測，中島信孝,大野聡,吉川勝徳,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 95-95，2014年08月05日
ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の様々なストレスへの耐性機構の解析，堀之内貴明,清水浩,古澤力，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 66th，p. 94-94，2014年08月05日
ゲノムスケール代謝モデルを用いたアミノ酸生合成代謝コストの解析，松田史生,吉川勝徳,清水浩，日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集，Vol. 32nd，2014年07月30日
13C代謝フラックス解析ソフトウェアのOpenMebiusの開発，松田史生,梶畠秀一,岡橋伸幸,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 2nd，2014年07月10日
RB不活性化によって誘導されるがん幹細胞様未分化状態におけるPgam2の役割，河野晋,北嶋俊輔,佐々木信成,村中勇人,鈴木佐和子,田中知明,岡橋伸幸,松田史生,清水浩,高橋智聡，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 2nd，2014年07月10日
細胞内遊離代謝物質の13C同位体標識比率の計測による代謝フラックス解析，岡橋伸幸,梶畠秀一,古澤力,松田史生,清水浩，質量分析総合討論会講演要旨集，Vol. 62nd，2014年05月07日
Synechocystis sp.PCC6803のTCAバイパス経路の解明，日浅夏希,吉川勝徳,清水浩，日本植物生理学会年会要旨集，Vol. 55th，2014年03月11日
枯草菌ゲノム縮小株によるケミカル代替素材の生産，増田健太,森本拓也,戸谷吉博,平沢敬,ONUMA Chumsakul,石川周,影山泰,清水浩,小笠原直毅,尾崎克也，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
人工進化実験によるSynechocystis sp.PCC6803へのイソブタノール耐性の賦与，松迫卓也,仲嶋翼,吉川勝徳,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
微細藻類を用いたエタノール生産におけるmalic enzymeの影響，吉川勝徳,平沢敬,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
代謝予測に基づいた3HP高生産大腸菌の構築，徳山健斗,大野聡,吉川勝徳,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
ED経路導入による酵母中央代謝系路の拡張，森田啓介,梶畠秀一,石井純,松田史生,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
定常期の枯草菌によるジピコリン酸生産における13C代謝フラックス解析，戸谷吉博,平沢敬,増田健太,森本拓也,影山泰,尾崎克也,小笠原直毅,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2014，2014年03月05日
出芽酵母の代謝フラックス解析法の確立，梶畠秀一,古澤力,松田史生,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 79th，2014年02月18日
フラックスバランス解析に基づく有用物質生産微生物の構築，清水浩,吉川勝徳,古澤力,平沢敬,戸谷吉博,松田史生，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 46th，2014年
エレメンタリーモード解析を利用した有用物質生産のための代謝経路デザイン，白木孝典,戸谷吉博,清水浩，日本ゲノム微生物学会年会要旨集，Vol. 8th，2014年
代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用 (特集産業微生物の力を深化させる日本の技~育種の最前線~我が国独自の起点・技術から)，松田史生,吉川勝徳,清水浩，生物工学会誌，日本生物工学会，Vol. 92，No. 11，p. 593-597，2014年
続・生物工学基礎講座バイオよもやま話生命現象の数理表現と生命システムデザイン，清水浩，生物工学会誌，日本生物工学会，Vol. 91，No. 12，p. 712-716，2013年12月25日
代謝工学的手法によるがん細胞でのグルタミン還元的代謝の解析，岡橋伸幸,松田史生,河野晋,高橋智聡,清水浩，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 1st，2013年10月30日
RBの中心炭素代謝調節機能，河野晋,北嶋俊輔,佐々木信成,村中勇人,鈴木佐和子,田中知明,岡橋伸幸,松田史生,清水浩,高橋智聡，がんと代謝研究会プログラム&抄録集，Vol. 1st，2013年10月30日
出芽酵母のNADH依存型アルコールデヒドロゲナーゼ欠損株を用いた有用物質生産，井田祥弘,平沢敬,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 54-54，2013年08月25日
代謝シミュレーションに基づいた3HP高生産大腸菌の構築，徳山健斗,大野聡,吉川勝徳,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 55-55，2013年08月25日
コリネ型細菌のカダベリン生産に対するTween40の効果，松嶋裕太,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 133-133，2013年08月25日
Synechocystis sp.PCC6803のTCAバイパス経路の解明，日浅夏希,吉川勝徳,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 65th，2013年08月25日
代謝ダイナミクスモデルを用いた大腸菌メタボロミクスデータの評価，小野直亮,本田謙一郎,金谷重彦,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 65th，2013年08月25日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の代謝フラックス解析，岡橋伸幸,吉川勝徳,松本佳子,白井智量,松田史生,平沢敬,古澤力,和田光史,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 135-135，2013年08月25日
in silicoスクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析，大野聡,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 56-56，2013年08月25日
対糖収率を向上させたイソプロピルアルコール生産大腸菌の開発，松本佳子,藤井亮太,天野仰,白井智量,安楽城正,平野淳一郎,高橋均,竹林のぞみ,森重敬,舘野俊博,平沢敬,古澤力,清水浩,和田光史，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 44-44，2013年08月25日
推定値の信頼区間の算出機能を組み込んだ13C代謝フラックス解析ソフトウェアの開発，梶畠秀一,松田史生,岡橋伸幸,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 56-56，2013年08月25日
定常期における有用物質生産を目的としたElementary mode analysisに基づく代謝デザイン，白木孝典,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 56-56，2013年08月25日
Synechocystis sp.PCC6803の強光耐性株の獲得とマルチオミクス解析，吉川勝徳,小川健一,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 55-55，2013年08月25日
シアノバクテリアの代謝フラックス解析における推定精度の信頼区間評価，仲嶋翼,梶畠秀一,吉川勝徳,松田史生,平沢敬,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 55-55，2013年08月25日
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における13C代謝フラックス解析，戸谷吉博,平沢敬,増田健太,森本拓也,影山泰,尾崎克也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 55-55，2013年08月25日
ラボオートメーションによる全自動多系列実験室進化システムの構築，堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65th，p. 191-191，2013年08月25日
メタボロミクスデータを用いた代謝フラックス解析，清水浩,松田史生,平沢敬,吉川勝徳,戸谷吉博,小野直亮,古澤力，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 45th，2013年08月16日
Synechocystis sp.PCC 6803における進化実験による強光ストレス耐性株の獲得，小川健一,吉川勝徳,清水浩，日本植物生理学会年会要旨集，Vol. 54th，2013年03月14日
大腸菌によるグリセロールからの3‐ヒドロキシプロピオン酸生産，徳山健斗,田中章太郎,大野聡,吉川勝徳,平沢敬,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2013，2013年03月05日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発，松本佳子,藤井亮太,天野仰,白井智量,安楽城正,平野淳一郎,高橋均,竹林のぞみ,森重敬,舘野俊博,古澤力,平沢敬,清水浩,和田光史，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2013，2013年03月05日
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における転写,代謝フラックス解析，戸谷吉博,河崎優樹,平沢敬,増田健太,森本拓也,ONUMA Chumsakul,石川周,大島拓,影山泰,尾崎克也,小笠原直毅,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2013，2013年03月05日
出芽酵母によるコハク酸生産におけるメタボロミクスを活用した代謝評価とその生産性の向上，平沢敬,伊東佑真,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2013，2013年03月05日
高効率なバイオプロセスを実現する宿主細胞の創製に向けた枯草菌の代謝解析，平沢敬,戸谷吉博,河崎優樹,白木孝典,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 78th，2013年02月17日
微細藻類の細胞工場の実現に向けたシステムバイオロジー解析，吉川勝徳,仲嶋翼,小川健一,梶畠秀一,古澤力,平沢敬,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 78th，2013年02月17日
全自動実験室進化システムによる大腸菌の多系列・多種ストレス環境の実験室進化，堀之内貴明,源晃明,鈴木真吾,清水浩,古澤力，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 36th，2013年
特集によせて，清水浩，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 90，No. 10，p. 618-618，2012年10月25日
光合成微生物システムバイオロジー，吉川勝徳,古澤力,平沢敬,清水浩，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 90，No. 10，p. 627-628，2012年10月25日
代謝工学の創成と発展 : 代謝解析とオミクス研究との融合，清水浩,古澤力,平沢敬,吉川勝徳,小野直亮,戸谷吉博,白井智量，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 90，No. 10，p. 619-620，2012年10月25日
FastPros:有用物質生産性向上に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング，大野聡,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 66-66，2012年09月25日
出芽酵母のコハク酸生産組換え株の構築とメタボローム解析による評価，伊東佑真,平沢敬,井田祥弘,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 63-63，2012年09月25日
グルタミン酸生産を誘発するペニシリン処理が引き起こすコリネ型細菌の遺伝子発現変化の解析，齊藤正輝,平沢敬,吉川勝徳,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 58-58，2012年09月25日
ダイナミックモデルを用いたメタボロミクスの評価系の構築，小野直亮,犬石浩嗣,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 218-218，2012年09月25日
遺伝子発現に対する摂動が細胞内代謝フラックス分布におよぼす影響の解析，臼井佑希,平沢敬,古澤力,白井智量,山本奈津子,森浩禎,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 58-58，2012年09月25日
光独立栄養条件におけるSynechocystis sp.PCC 6803の代謝フラックス解析，仲嶋翼,梶畠秀一,吉川勝徳,古澤力,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 59-59，2012年09月25日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発，松本佳子,天野仰,白井智量,平野淳一郎,高橋均,竹林のぞみ,森重敬,舘野俊博,古澤力,平沢敬,清水浩,和田光史，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 205-205，2012年09月25日
中間代謝物質の同位体比率に基づく代謝フラックス解析法の構築と従来法との比較，岡橋伸幸,梶畠秀一,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 66-66，2012年09月25日
進化実験から得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析，堀之内貴明,鈴木真吾,小野直亮,玉岡邦康,平沢敬,四方哲也,清水浩,古澤力，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 64th，p. 141-141，2012年09月25日
13C濃縮度の経時変化を利用可能な汎用性の高い代謝フラックス解析ソフトウェアの開発，梶畠秀一,古澤力,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 44th，2012年08月19日
異なる栄養条件下におけるSynechocystis sp.PCC6803株のマルチオミクス解析，吉川勝徳,仲嶋翼,小川健一,梶畠秀一,平沢敬,古澤力,清水浩，日本植物生理学会年会要旨集，Vol. 53rd，2012年03月09日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発，天野仰,白井智量,松本佳子,平野淳一郎,高橋均,竹林のぞみ,森重敬,舘野俊博,古澤力,平沢敬,清水浩,和田光史，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2012，2012年03月05日
異なる栄養条件下におけるSynechocystis sp.PCC6803株のメタボローム,トランスクリプトーム,代謝フラックスの統合解析，吉川勝徳,仲嶋翼,小川健一,梶畠秀一,平沢敬,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)，Vol. 2012，2012年03月05日
出芽酵母における複数の環境ストレスに対するトレハロース蓄積の効果の差異，MAHMUD Siraje Arif,平沢敬,清水浩，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 90，No. 2，p. 80-80，2012年02月25日
エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析とストレス耐性賦与，堀之内貴明,古澤力,小野直亮,鈴木真吾,平沢敬,四方哲也,清水浩，化学工学会バイオ部会ニュースレター，Vol. 29，p. 9-12，2012年
複数炭素源における枯草菌の13C代謝フラックス解析，河崎優樹,戸谷吉博,平沢敬,清水浩，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 35th，2012年
汎用的高効率バイオプロセス細胞の創製を目的とした枯草菌の代謝デザインと評価，戸谷吉博,河崎優樹,白木孝典,平沢敬,清水浩,CHATSURACHAI Sunisa，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 35th，2012年
代謝シミュレーションを用いた有用物質生産性を向上させる複数遺伝子破壊の予測アルゴリズム開発，大野聡,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 69-69，2011年08月25日
大腸菌エタノール耐性進化株の次世代シーケンサを用いた全ゲノム解析，小野直亮,堀之内貴明,玉岡邦康,鈴木真吾,平沢敬,古澤力,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 75-75，2011年08月25日
混合炭素源での代謝フラックス推定を可能とする解析ソフトウェアの開発，梶畠秀一,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 70-70，2011年08月25日
次世代バイオアルコール生産酵母の代謝デザイン，松田史生,古澤力,石井純,近藤貴志,清水浩,近藤昭彦，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 68-68，2011年08月25日
シアノバクテリアを用いた物質生産に向けたゲノムスケール代謝モデルによる代謝予測，吉川勝徳,小嶌悠太,仲嶋翼,古澤力,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 188-188，2011年08月25日
中間代謝物質の13C濃縮度時系列データに基づく動的代謝解析法の開発，長廻達也,森英詞,梶畠秀一,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 69-69，2011年08月25日
異なる栄養条件下でのシアノバクテリアの網羅的遺伝子発現解析，小川健一,吉川勝徳,仲嶋翼,平沢敬,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 188-188，2011年08月25日
遊離アミノ酸データに基づくフラックス解析に向けた13C濃縮度ダイナミクスの解析，森英詞,古澤力,梶畠秀一,白井智量,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 70-70，2011年08月25日
光合成阻害剤がSynechocystis sp.PCC6803の代謝に与える影響の解析，仲嶋翼,梶畠秀一,吉川勝徳,平沢敬,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 188-188，2011年08月25日
有用微生物創製を目指した代謝フラックス解析―in vivo代謝観測システムとin Silico代謝予測システム，平沢敬,古澤力,吉川勝徳,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 63rd，p. 91-91，2011年08月25日
エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析，堀之内貴明,玉岡邦康,古澤力,小野直亮,鈴木真吾,平沢敬,四方哲也,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 43rd，2011年08月14日
コリネ型細菌によるグルタミン酸生産におけるOdhIタンパク質の役割，平沢敬,金鍾弼,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
Synechocystis sp.PCC6803株のゲノムスケール代謝モデルによる物質生産に向けた代謝予測，吉川勝徳,小嶌悠太,古澤力,平沢敬,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
13C‐Glucoseを用いたSynechocystis sp.PCC 6803の代謝解析，仲嶋翼,梶畠秀一,小嶌悠太,吉川勝徳,平沢敬,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
Corynebacterium glutamicum OdhIタンパク質の増殖における機能，竹内さほ,平沢敬,金鍾弼,清水浩,和地正明，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
遊離アミノ酸の13C濃縮度に基づく大腸菌フラックス解析，森英詞,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
代謝フラックス解析のための汎用性の高いプログラムの開発，梶畠秀一,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2011，2011年03月05日
細胞共生ネットワークの自発的形成メカニズム，古澤力,伊地智厚太,清水浩，電子情報通信学会論文誌. D, 情報・システム = The IEICE transactions on information and systems (Japanese edition)，一般社団法人電子情報通信学会，Vol. 94，No. 3，p. 614-622，2011年03月01日
人工進化工学と網羅的遺伝子発現情報解析によるストレス耐性細胞の創製，堀之内貴明,玉岡邦康,古澤力,小野直亮,鈴木真吾,平沢敬,四方哲也,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，Vol. 76th，2011年02月22日
ラボオートメーションを活用した全自動実験室進化システムの構築，源晃明,堀之内貴明,古澤力,清水浩，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 34th，2011年
ペニシリン処理により誘発されるコリネ型細菌のグルタミン酸生産における網羅的遺伝子発現解析，齊藤正輝,平沢敬,吉川勝徳,古澤力,清水浩，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 34th，2011年
大腸菌の実験室進化によるエタノールストレス環境下への適応過程における網羅的解析，堀之内貴明,鈴木真吾,小野直亮,玉岡邦康,平沢敬,四方哲也,清水浩,古澤力，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 34th，2011年
細胞内の酸化還元バランスに摂動を与えたコリネ型細菌の代謝解析，山内雄人,平沢敬,西井将登,古澤力,清水浩，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 34th，2011年
NADH再酸化経路に着目した有用物質生産酵母の構築，井田祥弘,平沢敬,古澤力,清水浩，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 34th，2011年
ゲノムスケール代謝モデルによる代謝フラックス予測とその実験的検証，古澤力,平沢敬,小野直亮,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 62nd，2010年09月25日
次世代シーケンサを用いた大腸菌DH1株の全ゲノム解析，小野直亮,鈴木真吾,古澤力,清水浩,四方哲也，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 135-135，2010年09月25日
Corynebacterium glutamicumのOdhIタンパク質の増殖における機能，竹内さほ,平沢敬,KIM Jongpill,清水浩,和地正明，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 62nd，2010年09月25日
ゲノムスケール代謝モデルを用いたSynechocystis sp.PCC6803の代謝予測，小嶌悠太,仲嶋翼,古澤力,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 137-137，2010年09月25日
Corynebacterium glutamicumによるグルタミン酸生産におけるOdhIタンパク質のリン酸化状態の解析，平沢敬,KIM Jongpill,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 15-15，2010年09月25日
人工進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌株の網羅的遺伝子発現解析とゲノム変異解析，堀之内貴明,玉岡邦康,古澤力,小野直亮,鈴木真吾,平沢敬,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 40-40，2010年09月25日
異種タンパク質を分泌生産するコリネ型細菌の代謝フラックス解析，馬越元基,平沢敬,古澤力,竹中康浩,菊池慶実,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 89-89，2010年09月25日
大腸菌のゲノムスケール代謝モデルによる有用物質生産に向けた代謝予測，大野聡,古澤力,田中章太郎,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 62nd，p. 137-137，2010年09月25日
プロテオミクスによるコリネ型細菌グルタミン酸生産メカニズム解析と生産性向上，KIM Jongpill,福田洋久,平沢敬,永久圭介,古澤力,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 42nd，p. ROMBUNNO.M314-514，2010年08月06日
大腸菌の中央代謝系酵素遺伝子発現調節株の構築―遺伝子摂動が代謝におよぼす影響の解析に向けて，平沢敬,臼井佑希,古澤力,山本奈津子,森浩禎,清水浩，日本ゲノム微生物学会年会要旨集，Vol. 4th，2010年03月04日
3P-1125 Corynebacterium glutamicumのOdhIタンパク質の増殖における機能(3b代謝工学,一般講演,代謝生理学・発酵生産,伝統の技と先端科学技術の融合)，竹内さほ,平沢敬,金鍾弼,清水浩,和地正明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 22，p. 89-89，2010年
1S-Dp10 ゲノムスケール代謝モデルによる代謝フラックス予測とその実験的検証(大学発技術シーズ発表会<物質生産、装置、分析、周辺機器に関するシーズ提案>,シンポジウム,伝統の技と先端科学技術の融合)，古澤力,平沢敬,小野直亮,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 22，p. 225-225，2010年
出芽酵母による有用物質生産に向けたアルコール生産経路破壊株の構築，井田祥弘,平沢敬,古澤力,清水浩，生化学，2010年
網羅的遺伝子発現情報に基づくストレス耐性酵母の創製に重要な遺伝子の同定，平沢敬,古澤力,清水浩，生化学，2010年
エタノール環境下での長期植え継ぎ培養によって得られた耐性大腸菌株の遺伝子発現・ゲノム変異解析，堀之内貴明,玉岡邦康,古澤力,小野直亮,鈴木真吾,平沢敬,四方哲也,清水浩，生化学，(公社)日本生化学会，Vol. 83回・33回，p. ROMBUNNO.4T19-8-8，2010年
高エネルギー重イオン照射によるCeO2への磁性付加，清水浩貴,田原佑規,小杉晋也,藤田直樹,松井利之,堀史説,岩瀬彰宏,安永和史,石川法人，KURRI KR (CD) (CD-ROM)，No. 31，2010年
A model-based analysis method for detection of single-base substitution using resequencing microarrays，Naoaki Ono,Shingo Suzuki,Chikara Furusawa,Hiroshi Shimizu,Tetsuya Yomo，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 108，p. S160-S160，2009年11月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
High constitutive trehalose is required for resistance to multiple stresses in Saccharomyces cerevisiae，Siraje Arif Mahmud,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 108，p. S169-S169，2009年11月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Flux balance analysis of Corynebacterium glutamicum using a genome-scale metabolic model，Chikara Furusawa,Yohei Shinfuku,Natee Sorpitiporn,Masahiro Sono,Takashi Hirasawa,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING，SOC BIOSCIENCE BIOENGINEERING JAPAN，Vol. 108，p. S166-S166，2009年11月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
システムバイオテクノロジーによる生物生産，清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 61st，2009年08月25日
タイリングアレイを用いたエタノール耐性大腸菌株のゲノム変異解析，玉岡邦康,堀之内貴明,古澤力,平沢敬,小野直亮,鈴木真吾,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 61st，p. 97-97，2009年08月25日
異種タンパク質を分泌生産するコリネ型細菌の代謝解析，馬越元基,平沢敬,古澤力,竹中康浩,菊池慶実,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 61st，p. 179-179，2009年08月25日
ゲノムスケール代謝モデルを用いたCorynebacterium glutamicumの代謝解析とその実験的検証，新福洋平,SORPITIPORN Natee,園雅博,古澤力,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 61st，p. 98-98，2009年08月25日
メイトペア情報に基づいた次世代シーケンサによるresequencing解析アルゴリズムの開発，小野直亮,鈴木真吾,古澤力,清水浩,四方哲也，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 61st，p. 98-98，2009年08月25日
酵母を用いたL‐乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析，竹國正矩,平沢敬,吉川勝徳,大久保亜紀,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 61st，p. 94-94，2009年08月25日
ゲノム情報を基盤とする代謝予測システム開発と実験検証，新福洋平,SORPITIPORN Natee,園雅博,平沢敬,古澤力,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 41st，p. L124-348，2009年08月16日
ラガービール酵母の発酵過程における重複遺伝子の網羅的解析，堀之内貴明,吉川勝徳,古澤力,中尾嘉宏,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 41st，p. AE3P61-1077，2009年08月16日
メタボリック・プロファイリングを用いたクズ蔓中総イソフラボノイド量予測，團迫智子,清水浩美,中野智彦,木村聡,岡澤敦司,福崎英一郎,河村幸雄，日本植物生理学会年会要旨集，日本植物生理学会，Vol. 50th，p. 160-0204，2009年03月16日
Characterization of new isolated Ralstonia eutropha strain A-04 and kinetic study of biodegradable copolyester poly(3-hydroxybutyrate-co-4-hydroxybutyrate) production，Suchada Chanprateep,Yoshio Katakura,Sirirat Visetkoop,Hiroshi Shimizu,Songsri Kulpreecha,Suteaki Shioya，JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY，SPRINGER HEIDELBERG，Vol. 35，No. 11，p. 1205-1215，2008年11月
Analysis of lager brewing yeast at low temperature fermentation using DNA microarray，Takaaki Horinouchi,Katsunori Yoshikawa,Chikara Furusawa,Yoshihiro Nakao,Hiroshi Shimizu，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 136，p. S351-S352，2008年10月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Systems biotechnology of coryneform bacteria，Hiroshi Shimizu,Chikara Furusawa,Takashi Hirasawa，JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 136，p. S100-S100，2008年10月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
コリネ型細菌の代謝評価とアミノ酸生産機構の解明，白井智量,古澤力,平沢敬,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 40th，p. X155-985，2008年08月24日
乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種，平沢敬,大久保亜紀,吉川勝徳,永久圭介,古澤力,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 40th，p. I203-415，2008年08月24日
バイオ情報を基盤とする有用生物創製の時代を拓く代謝情報工学，清水浩,古澤力,平沢敬，バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry，バイオインダストリー協会，Vol. 66，No. 8，p. 426-432，2008年08月01日
物理モデルを用いたマイクロアレイの非特異的ハイブリダイゼーションの解析，古澤力,小野直亮,縣朋治,鈴木真吾,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 60th，p. 113-113，2008年07月11日
高密度マイクロアレイを用いた大腸菌全ゲノムの一塩基レベル変異解析，小野直亮,鈴木真吾,古澤力,清水浩,四方哲也，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 60th，p. 113-113，2008年07月11日
ラガー酵母の低温発酵特性の理解に向けた発酵挙動と遺伝子発現の解析，堀之内貴明,吉川勝徳,古澤力,中尾嘉宏,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 60th，p. 114-114，2008年07月11日
ゲノムスケール代謝モデルを用いたCorynebacterium glutamicumの代謝解析，新福洋平,古澤力,平沢敬,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 60th，p. 93-93，2008年07月11日
細胞のデザイナビリティ向上に向けて，清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 60th，2008年07月11日
ペニシリンにより誘導されるグルタミン酸生産におけるコリネ型細菌のプロテオーム解析，平沢敬,福田洋久,永久圭介,和地正明,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 60th，p. 94-94，2008年07月11日
DNAマイクロアレイを用いたラガー酵母の低温発酵特性の解明，堀之内貴明,吉川勝時,古澤力,中尾嘉宏,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2008，2008年03月05日
酵母を用いたL‐乳酸生産に対するCYB2遺伝子破壊の効果，平沢敬,大久保亜紀,吉川勝徳,永久圭介,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2008，2008年03月05日
ストレス環境下における酵母‐遺伝子破壊株のフェノーム解析，吉川勝徳,田中忠昌,永久圭介,平沢敬,古澤力,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 73rd，2008年02月17日
ガスクロマトグラフ-質量分析計によるコリネ型細菌の精密な代謝フラックス解析と核磁気共鳴を用いた解析結果の検証，白井智量,松崎匡浩,葛本雅宣,永久圭介,古澤力,塩谷捨明,清水浩，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 86，No. 1，p. 14-14，2008年01月25日
1Cp06 Effect of odhA antisense RNA expression on glutamate production in Corynebacterium glutamicum :，KIM Jongpill,HIRASAWA Takashi,SATO Yoshiyasu,NAGAHISA Keisuke,FURUSAWA Chikara,SHIMIZU Hiroshi，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 20，p. 94-94，2008年
ゲノムスケール代謝反応モデルを用いた酵母の代謝解析，井田祥弘,古澤力,CHATSURACHAI Sunisa,新福洋平,平沢敬,清水浩，生化学，2008年
DNAマイクロアレイデータを用いた高浸透圧ストレスに対する酵母の遺伝子発現応答の解析，平沢敬,吉川勝徳,古澤力,清水浩,芦谷建吾,片倉啓雄,塩谷捨明，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 39th，p. 30F098-996，2007年08月13日
低窒素麦汁ビール醸造における新しい制御法の開発，小林倫子,塩谷捨明,清水浩，化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)，公益社団法人化学工学会，Vol. 39th，p. U324-754，2007年08月13日
熱力学モデルに基づくマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析の改良，小野直亮,縣朋治,鈴木真吾,柏木明子,古澤力,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 59th，p. 95-95，2007年08月02日
コリネ型細菌のグルタミン酸生産期における代謝フラックス解析法の確立と補充経路の役割の解明，白井智量,藤村興輝,古澤力,永久圭介,塩谷捨明,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 59th，2007年08月02日
Corynebacterium glutamicumのゲノムスケール代謝解析システムの開発，新福洋平,園雅博,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 59th，p. 54-54，2007年08月02日
大腸菌連続培養系における細胞状態の多様性，定光信,古澤力,永久圭介,柏木明子,四方哲也,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 59th，p. 143-143，2007年08月02日
ストレス環境下における酵母の遺伝子破壊株の網羅的解析，吉川勝徳,田中忠昌,永久圭介,平沢敬,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 59th，p. 95-95，2007年08月02日
Metabolic pathway recruiting through genomic data analysis for industrial application of Saccharomyces cerevisiae，Suteaki Shioya,Hiroshi Shimizu,Takashi Hirasawa,Keisuke Nagahisa,Chikara Furusawa,Gaurav Pandey,Yoshio Katakura，BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 36，No. 1，p. 28-37，2007年08月
Reduction of lactate production in Lactococcus lactis, a combined strategy: metabolic engineering by introducing foreign alanine dehydrogenase gene and hemin addition，Agustin Krisna Wardani,Keisuke Nagahisa,Hiroshi Shimizu,Suteaki Shioya，WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY，SPRINGER，Vol. 23，No. 7，p. 947-953，2007年07月
高エタノール濃度環境下における酵母の遺伝子破壊株の網羅的解析，田中忠昌,吉川勝徳,永久圭介,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2007，2007年03月05日
浸透圧環境下における酵母の遺伝子発現情報と遺伝子破壊株の表現型における関連性の解析，吉川勝徳,永久圭介,古澤力,清水浩，日本農芸化学会大会講演要旨集，Vol. 2007，2007年03月05日
電気自動車実用化への道，清水浩,高野正,江本聞夫,河上清源，電子情報通信学会技術研究報告. EE, 電子通信エネルギー技術，一般社団法人電子情報通信学会，Vol. 106，No. 562，p. 9-14，2007年02月23日
酵母の多階層網羅的情報の統合解析，吉川勝徳,田中忠昌,永久圭介,古澤力,清水浩，化学工学会年会研究発表講演要旨集，公益社団法人化学工学会，Vol. 72nd，p. 323-322，2007年02月19日
1P268 タイリングアレイを用いた大腸菌トランスクリプトームの定量的解析(ゲノム生物学,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)，小野直亮,鈴木真吾,縣朋治,古澤力,清水浩,四方哲也，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 47，No. 0，2007年
3P354 アミノ酸生合成系にみられる遺伝子発現量のノイズとその発現量制御構造の相関の解析(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)，山田忠司,古澤力,四方哲也,清水浩，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 47，No. 0，2007年
1P285 大腸菌の連続培養系を用いた県境適応過程における表現型多様性の研究(数理生物学、非平衡・生体リズム,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)，鳳桐智治,浦田沙央里,古澤力,清水浩，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 47，No. 0，2007年
1P293 代謝ネットワークにおける代謝フラックスと分子構造保存性の関係(数理生物学、非平衡・生体リズム,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)，鳳桐智治,新福洋平,小野直亮,古澤力,清水浩，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 47，No. 0，2007年
ラガービール酵母のマイクロアレイデータマイニング，堀之内貴明,吉川勝徳,古澤力,中尾嘉宏,児玉由紀子,下永(藤村)朋子,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 58th，2006年08月03日
1B14-5 有用細胞創製に向けた遺伝子発現情報と破壊株の表現型における関連性の解析(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)，吉川勝徳,永久圭介,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 18，p. 23-23，2006年
1B15-3 クロスハイブリダイゼーションの解析に基づくオリゴヌクレオチドアレイの高精度化(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)，縣朋治,小野直亮,鈴木真吾,柏木明子,四方哲也,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 18，p. 24-24，2006年
1B15-4 ラガービール酵母のマイクロアレイデータマイニング(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)，堀之内貴明,吉川勝徳,古澤力,中尾嘉宏,児玉由紀子,下永(藤村) 朋子,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 18，p. 24-24，2006年
2B09-2 コリネ型細菌の持つ2つの補充経路のグルタミン酸生産における役割(代謝工学,メタボローム,一般講演)，佐藤裕紀,折下圭太,白井智量,永久圭介,平沢敬,清水浩,和地正明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 18，p. 27-27，2006年
2B09-1 Corynebacterium glutamicumのodhA発現調節株の代謝フラックス解析(代謝工学,メタボローム,一般講演)，佐藤由康,金鎚弼,白井智量,平沢敬,永久圭介,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 18，p. 27-27，2006年
Responses of different strains of Saccharomyces cerevisiae to osmotic stress，N.T. Kofli,K. Nagahisa,H. Shimizu,S. Shioya，Sains Malaysiana，Vol. 35，No. 2，p. 9-15，2006年
2F13-4 ナイシン生産プロセスにおけるヘミン添加培養による乳酸生産抑制の効果(代謝工学・メタボローム・生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)，長安真智子,永久圭介,塩谷捨明,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 17，p. 178-178，2005年09月25日
2F13-3 アラニン脱水素酵素を導入した乳酸菌の特性(代謝工学・メタボローム・生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)，永久圭介,AGUSTIN Wardani,塩谷捨明,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 17，p. 178-178，2005年09月25日
2A12-2 DNAマイクロアレイデータ解析に基づいたエタノールストレス耐性酵母の育種(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)，平沢敬,中倉悠岐,吉川勝徳,永久圭介,古澤力,片倉啓雄,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 17，p. 62-62，2005年09月25日
2F09-4 GC-MSを用いた有用微生物の高精度代謝フラックス解析(代謝工学・メタボローム,一般講演)，松崎匡浩,白井智量,永久圭介,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 17，p. 175-175，2005年
2D13-4 ポリヒドロキシアルカノエート生産におけるParacoccus denitrificansの網羅的タンパク質発現解析(ペプチド工学・プロテオーム,生合成・天然物化学,一般講演)，増田康之,永久圭介,古澤力,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 17，p. 132-132，2005年
Metabolic flux control analysis of branch points: An improved approach to obtain flux control coefficients from large perturbation data，J. J. Heijnen,W. M. Van Gulik,H. Shimizu,G. Stephanopoulos，Metabolic Engineering，Vol. 6，No. 4，p. 391-400，2004年10月，書評論文,書評,文献紹介等
2C12-3 マイクロアレイ解析データを利用した酵母の高浸透圧ストレス耐性株の育種(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)，平沢敬,芦谷建吾,吉川勝徳,永久圭介,古澤力,片倉啓雄,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 16，p. 139-139，2004年08月25日
2I11-3 乳酸菌と酵母の共培養によるケフィラン生産 : 溶存酸素濃度が共培養に与える影響(生物化学工学,一般講演)，夛田志緒里,CHEIRSILP Benjamas,清水浩,仁宮一章,片倉啓雄,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 16，p. 222-222，2004年08月25日
2K16-2 乳酸デビドロゲナーゼ遺伝子を欠損させた乳酸菌の代謝解析(代謝工学・メタボローム・生体情報工学,一般講演)，永久圭介,黒平智行,KRISNA Agustin,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 16，p. 252-252，2004年08月25日
2K11-3 Understanding the Osmotic Tolerance Based on DNA Microarray Data in Saccharomyces cerevisiae : Regulation of Amino Acids Biosynthesis :，PANDEY Gaurav,YOSHIKAWA Katsunori,HIRASAWA Takashi,KATAKURA Yoshio,NAGAHISA Keisuke,FURUSAWA Chikara,SHIOYA Suteaki,SHIMIZU Hiroshi，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 16，p. 248-248，2004年
3E09-2 高エタノール濃度環境下における酵母の遺伝子発現解析，中倉悠岐,平沢敬,永久圭介,片倉啓雄,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 15，p. 135-135，2003年08月25日
3E09-3 高二酸化炭素濃度状態下における酵母の遺伝子発現解析，永久圭介,中島俊治,平沢敬,片倉啓雄,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 15，p. 135-135，2003年08月25日
1H13-3 二種のコリネ型細菌の脂肪酸エステル添加におけるグルタミン酸生産の代謝解析，白井智量,泉谷憲幸,平沢敬,塩谷捨明,永久圭介,清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 15，p. 177-177，2003年08月25日
2G09-2 Modeling of The Nisin Production by Batch Fermentation of Lactococcus lactis subsp. lactis ATCC 11454 and Its Application on Metabolic Pathway Modification :，Agustin Krisna Wardani,Nagahisa Keisuke,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 15，p. 163-163，2003年
S905 乳酸菌Lactobacillus kefiranofaciensと酵母Saccharomyces cerevisiaeの共培養によるケフィラン生産(ポスト食をめざす乳酸菌研究,シンポジウム)，Cheirsilpa Benjamas,東海林寛史,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 182-182，2002年09月25日
704 コリネ型細菌のグルタミン酸生産における遺伝子発現解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)，泉谷憲幸,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 119-119，2002年09月25日
703 自己組織マップ(SOM)による遺伝子発現プロファイルのクラスタリング解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)，黄済華,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 119-119，2002年09月25日
702 培養系における酵母代謝経路モデリングを指向した代謝物質解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)，平沢敬,Kofli Noorhisham Tan,越智大輔,山田和幸,中島俊治,中倉悠岐,黄済華,小林倫子,山崎旭,永久圭介,片倉啓雄,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 119-119，2002年09月25日
701 二酸化炭素雰囲気下における酵母の遺伝子発現解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)，中島俊治,中倉悠岐,平沢敬,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 119-119，2002年09月25日
368 ^<13>C-NMRを用いたコリネ型細菌によるグルタミン酸発酵のフラックス分配比決定(代謝工学,一般講演)，白井智量,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 44-44，2002年09月25日
367 温度特性の異なるグルタミン酸生産菌の代謝制御の解析(代謝工学,一般講演)，中藤昭典,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 44-44，2002年09月25日
354 Paracoccus denitrificansを用いたランダム性PHAの最適生産(生物化学工学,代謝工学,一般講演)，菊谷健介,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 14，p. 41-41，2002年09月25日
763 ビール醸造における揮発性成分とアパレントエキス濃度の同時制御(醸造・醸造工学,食品・食品工学,一般講演)，小林倫子,廣島俊成,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 14，p. 135-135，2002年
334 大腸菌連続培養系における細胞集団の動的挙動に関する研究(生物化学工学,一般講演)，入江良一,前岡耕平,清水浩,柏木明子,和田亮一,四方哲也,ト部格,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 14，p. 36-36，2002年
721 ^<13>C-NMR解析によるグルタミン酸発酵のフラックス分配比決定，白井智量,中藤昭典,泉谷憲幸,葛本雅宣,大住剛,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 13，p. 295-295，2001年08月24日
815 乳酸菌Lactobacillus kefiranofaciensとSaccharomyces cerevisiaeの混合培養によるケフィラン生産，Cheirsilp Benjamas,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 13，p. 318-318，2001年08月24日
1031 白已想起型ニューラルネットワークを用いた異常検知 : データ前処理と出力データ評価方法についての検討，黄済華,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 13，p. 388-388，2001年08月24日
Bioprocess systems engineering and metabolic engineering，H Shimizu,S Shioya，NIPPON NOGEIKAGAKU KAISHI-JOURNAL OF THE JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND AGROCHEMISTRY，JAPAN SOC BIOSCI BIOTECHN AGROCHEM，Vol. 75，No. 6，p. 678-682，2001年06月，書評論文,書評,文献紹介等
722 適応温度の異なるグルタミン酸生産菌の培養特性の比較，中藤昭典,泉谷憲幸,白井智量,葛本雅宣,大住剛,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 13，p. 295-295，2001年
927 ビール発酵工程におけるエキス消費のオレライン推定と制御，廣島俊成,小林倫子,永久圭介,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 13，p. 356-356，2001年
生物プロセス工学発酵プロセスにおけるデータベースマイニング，清水浩，Bio Ind，Vol. 17，No. 10，p. 49-56，2000年10月12日
醸造工程におけるエキス消費のオンライン推定と制御，広島俊成,清水浩,福井宣之,芦刈俊彦,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 2000，p. 17-17，2000年07月10日
醸造工程の解析と培養条件の検討，水野征一,広島俊成,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 2000，p. 63-63，2000年07月10日
代謝工学的アプローチによるグルタミン酸発酵の解析，田中久也,中藤昭典,木村英一郎,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 2000，p. 30-30，2000年07月10日
糸状菌培養プロセスの菌体濃度オンライン計測，塩谷捨明,Krairak Somchai,山村幸司,中嶋幹男,清水浩，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 78，No. 5，p. 155-158，2000年05月25日
ニューラルネットワークを用いたバージニアマイシン生産プロセスの異常検知，黄済華,清水浩,塩谷捨明，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 65th，2000年02月29日
Lactobacillus kefiranofaciensを用いたケフィランの生産，CHEIRSILPA B,清水浩,塩谷捨明，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 65th，2000年02月29日
混合培養を利用したバクテリオシンの効率的生産 (特集乳酸菌の新しい機能と用途開発)，塩谷捨明,清水浩，食品工業，光琳，Vol. 42，No. 24，p. 43-46，1999年12月
バクテリオシンな生乳酸菌の培養工学，塩谷捨明,清水浩,内山圭司，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 77，No. 11，p. 461-462，1999年11月25日
代謝反応フラックス情報の獲得と培養操作への利用，清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1999，p. 353-353，1999年08月16日
バイオプロセス正常運転のためのデータ解析，名波秀哲,清水浩,神田彰久,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1999，p. 266-266，1999年08月16日
バイオプロセスにおけるデータマイニング，清水浩，生物工学会誌，Vol. 77，No. 7，1999年07月25日
代謝工学の進歩代謝ネットワークの観測性，清水浩，ケミカルエンジニヤリング，化学工業社，Vol. 44，No. 6，p. 425-430，1999年06月01日
Monascus sp.の流加培養による黄色色素生産，KRAIRAK S,山村幸司,中嶋幹男,清水浩,塩谷捨明，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 64th，1999年02月25日
1138 Multivariable Control of Alcohol Concentrations in Bio-Polymer, PHAs, Production Process :，阿部修也,Chanprateep Suchada,清水浩,山根恒夫,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 11，p. 259-259，1999年
乳酸菌によるバクテリオシン生産に関する培養工学，塩谷捨明,清水浩,内山圭司，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，日本生物工学会，Vol. 76，No. 11，p. 460-461，1998年11月25日
968 乳酸菌と酵母の混合培養による乳酸除去と抗菌物質の効率的生産，田中英司,水口泰治,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 10，p. 213-213，1998年08月31日
物質生産を目的とした代謝工学，清水浩,塩谷捨明，バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry，バイオインダストリ-協会，Vol. 56，No. 5，p. 11-16，1998年05月01日
967 代謝反応モデルに基づくリジン発酵プロセスの最適化，田中久也,滝口昇,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 10，p. 212-212，1998年
1221 Paracoccus denitrificansによる生分解性高分子の生産特性と共重合分率，阿部修也,清水浩,山根恒夫,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 10，p. 307-307，1998年
1215 分離型混合培養装置を用いた酵素間相互作用の解析，児玉博宣,有本智一,内山圭司,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 10，p. 304-304，1998年
1239 フローサイトメトリーによる混合培養系中の菌数計測法の開発，有本智一,児玉博宣,内山圭司,清水浩,塩谷捨明,四方秀子,古久保進,米澤岳志,芦刈俊彦，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 10，p. 316-316，1998年
微生物培養プロセスの状態認識への知識工学的手法の応用，清水浩，生物工学会誌，Vol. 76，No. 8，p. 338-348，1998年
バイオプロセスにおけるデータベースマイニング，清水浩,塩谷捨明,STEPHANOPOULOS G，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1997，p. 320-320，1997年
微生物培養プロセスの状態認識への知識工学的手法の応用，清水浩，日本生物工学会大会講演要旨集，Vol. 1997，1997年
放線菌によるvirginiamycin生産における酸素供給条件の最適化，梶原芳典,守川斉利,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1997，p. 99-99，1997年
ファジィ理論を利用した酵母半回分培養プロセスの状態認識と制御(ファジィ推論・制御の展開)(バイオプロセスにおける知識工学的手法の応用 : 平成7年度知識工学的手法の応用研究部会報告)，清水浩,塩谷捨明，生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 74，No. 3，p. 205-208，1996年05月25日
自己想起型ニューラルネットワークを用いた組換え酵母培養系の異常診断，安岡光一,内山圭司,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1996，p. 95-95，1996年
ONLINE STATE RECOGNITION IN A YEAST FED-BATCH CULTURE USING ERROR VECTORS，H SHIMIZU,K MIURA,S SHIOYA,K SUGA，BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING，JOHN WILEY & SONS INC，Vol. 47，No. 2，p. 165-173，1995年07月
酵素法による生体試料中D体アミノ酸濃度の測定法，中恵一,下条信雄,巽典之,田端省三,大川二朗,清水浩,杉山正康，臨床検査，Vol. 39，No. 7，p. 841-844，1995年07月
代謝反応モデルによるリジン発酵プロセスのflux解析，滝口昇,後藤知史,清水浩,塩谷捨明,菅健一，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 60th，No. Pt 3，1995年03月
Streptomyces virginiaeによるvirginiamycin生産の最適化，梁栄国,守川斉利,清水浩,塩谷捨明,菅健一,仁平卓也,山田靖宙，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 60th，No. Pt 1，1995年03月
343 Mole Fraction Control of PHA in Fed-Batch Culture of Alcaligenes eutrophus :，Ishihara Yoshiyuki,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 7，p. 98-98，1995年
放線菌によるvirginiamycin生産における酵母エキス濃度の影響，守川斉利,YANG Y K,清水浩,塩谷捨明,仁平卓也,山田靖宙，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1995，p. 172-172，1995年
代謝反応モデルを用いたヘントース・リン酸経路のモルフラックスとリジン生産速度の関係の解析，滝口昇,後藤知史,清水浩,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1995，p. 192-192，1995年
代謝工学的アプローチによる培養操作，清水浩,滝口昇,塩谷捨明，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1995，p. 31-31，1995年
培養状態のファジィオンライン同定 (バイオプロセス制御<特集>)，塩谷捨明,清水浩，ケミカルエンジニヤリング，化学工業社，Vol. 39，No. 4，p. p295-298，1994年04月
生分解性ポリマーPHAの生産条件の評価，清水浩,田村真二,石原義幸,中津留有紀,塩谷捨明,菅健一，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 59th，No. Pt 1，1994年03月
782 Alcaligenes eutrophusによる生分解性高分子生産の生産特性と共重合分率，石原義幸,田村真二,清水浩,塩谷捨明,菅健一，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 6，p. 287-287，1994年
Streptomyces Virginiaeによるvirginiamycinの生産と画像処理による形態解析，YANG Y K,清水浩,塩谷捨明,菅健一,仁平卓也,山田靖宙，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1994，p. 278-278，1994年
酵母培養系における代謝反応モデルのオンラインパラメータ推定，清水浩,三浦圭吾,塩谷捨明,菅健一，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 1994，p. 266-266，1994年
水素細菌の流加培養による生分解性高分子の生産特性と分子量分布，田村真二,石原義幸,清水浩,塩谷捨明,菅健一，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 58th，No. Pt 1，1993年03月
酵母培養プロセスのオンライン状態認識，三浦圭吾,清水浩,塩谷捨明,菅健一，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 58th，No. Pt 1，1993年03月
275 水素細菌Alcaligenes eutrophusによる生分解性共重合高分子の生産，石原義幸,田村真二,清水浩,塩谷捨明,菅健一，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 5，p. 77-77，1993年
遺伝的アルゴリズムによる発酵プロセスの最適軌道算出，松浦一雄,斯波大幸,布川弥太郎,清水浩,塩谷捨明,菅健一，生物工学会誌，Vol. 71，No. 3，p. 171-178，1993年
305. 水素細菌Alcaligenes eutrophus流加培養によるバイオプラスチックスの生産，清水浩,田村真二,塩谷捨明,菅健一，日本生物工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 4，p. 91-91，1992年10月10日
EFFECT OF AMINO-ACIDS ON GLUTATHIONE PRODUCTION BY SACCHAROMYCES-CEREVISIAE，CG ALFAFARA,A KANDA,T SHIOI,H SHIMIZU,S SHIOYA,K SUGA，APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY，SPRINGER VERLAG，Vol. 36，No. 4，p. 538-540，1992年01月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
比増殖速度をもとにした流加培養系の最適化とその実現，塩谷捨明,清水浩,CHIM‐ANAGE P,菅健一，化学工学論文集，Vol. 17，No. 3，p. 572-578，1991年05月
生分解性高分子の生産法の検討，清水浩,園尾伸二,玉麗,塩谷捨明,管健一，化学工学会年会研究発表講演要旨集，Vol. 56th，1991年03月
250 発酵プロセスにおけるファジィ制御とその評価，清水浩,三浦圭吾,ALFAFARA Catalino.,塩谷捨明,菅健一,鈴木一如，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，Vol. 3，p. 63-63，1991年
572 EFFECT OF CYSTEINE ADDITION ON GLUTATHIONE FERMENTATION BY <SACCHAROMYCES>___- <CEREVISIAE>___- :，Alfafara Catalino G.,Miura Keigo,Shioi Toru,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki,Suga Ken-ichi，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，Vol. 2，p. 196-196，1990年
717 比増殖速度を指標としたグルタチオンの最適生産，清水浩,荒木克洋,塩谷捨明,菅健一，日本醗酵工学会大会講演要旨集，公益社団法人日本生物工学会，Vol. 0，p. 186-186，1989年10月11日
417 EFFECT OF AMINO ACIDS ON GLUTATHIONE PRODUCTION BY SACCHAROMYCES CEREVISIAE :，Kanda Akihisa,Alfafara Catalino,Araki Katsuhiro,Shimizu Hiroshi,Shioya Suteaki,Suga Ken-ichi，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，p. 109-109，1989年
652 グルコース指数流加法による酵母のグルタチオン生産性，荒木克洋,神田彰久,小倉雅志,清水浩,塩谷捨明,菅健一，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，Vol. 63，p. 214-214，1988年
422 酵素反応速度測定系におけるpHの適応制御，清水浩,高松武一郎,塩谷捨明,菅健一，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，Vol. 62，p. 137-137，1987年
578 半回分培養系における比増殖速度の推定と制御，清水浩,高松武一郎,塩谷捨明,菅健一，日本醗酵工学会大会講演要旨集，日本醗酵工学会，Vol. 61，p. 217-217，1986年

著書

微生物を活用した有用物質の製造技術第3章化成品原料の生産，清水浩,監修蓮沼誠久，CMC出版，ISBN:9784781317403，2023年05月
光合成第Ⅳ部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ，清水浩,豊島正和，朝倉書店，ISBN:9784254171761，2021年12月
代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析，岡橋伸幸,松田史生,清水浩，シーエムシー出版，ISBN:9784781313504，2018年09月
BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5，Wiley-VCH，2017年02月
バイオプロセスシステム : 効率よく利用するための基礎と応用，清水, 浩，シーエムシー出版，ISBN:9784781300832，2009年05月
酵母による環境調和型化学物質生産を目的とした代謝経路のインシリコデザイン，清水浩，[清水浩]，2008年05月
バイオプロダクション、化学工学会バイオ部会編、４章メタボリックエンジニアリング，コロナ社，2006年
バイオプロセスシステムエンジニアリング，清水, 浩，シーエムシー出版，ISBN:4882313774，2002年11月
代謝工学 : 原理と方法論，Stephanopoulos, G.,Aristidou, Aristos A.,Nielsen, Jens,清水, 浩,塩谷, 捨明，東京電機大学出版局，ISBN:4501619104，2002年06月
代謝多変数制御系による生分解性ポリマーの品質および分解特性の制御に関する研究，清水浩，[清水浩]，2002年03月
微生物利用の大展開，エヌ・ティー・エス，2002年
生命工学-分子から環境まで-第7章代謝工学(共著)，共立出版，2000年
バイオプロセスの知的制御、山根恒夫、塩谷捨明編，共立出版，1997年
酵母流加培養系における物質生産の最適化，21世紀に向かう酵母研究，1994年
バイオプロセスシステム工学，アイピーシー社，1994年
生物工学実験書，培風館，1992年

特許・実用新案・意匠

藻類及び藻類の製造方法，戸谷吉博,清水浩,吉川勝徳,松迫卓也,松田史生,永久保雅夫，特願2016-147580，出願日:2016年07月27日
枯草菌変異株及びその利用，増田健太,劉生浩,影山泰,清水浩,戸谷吉博，特願2016-091787，出願日:2016年04月28日
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法，劉生浩,増田健太,影山泰,清水浩,戸谷吉博，特願2016-091786，出願日:2016年04月28日
微生物による(S)−アデノシル−L−メチオニンの製造方法，早川謙嗣,清水浩，特願2014-039537，出願日:2014年02月28日
マイクロアレイデータの解析方法及び解析装置，古澤力,縣朋治,小野直亮,鈴木真吾,柏木明子,四方哲也,清水浩,金子邦彦，特願2006-211110，出願日:2006年08月02日

受賞

第31回生物工学論文賞，戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会，2023年09月
トピックス賞，佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会，2021年10月
第29回生物工学論文賞，徳山健斗ら、清水浩，日本生物工学会，2021年
第26回生物工学論文賞，和田圭介、戸谷吉博、坂野聡美、吉川勝徳、松田史生、清水浩，日本生物工学会，2018年09月
第12回生物工学功績賞，清水浩，日本生物工学会，2018年09月
第22回生物工学論文賞，大野聡、古澤力、清水浩，日本生物工学会，2014年09月
第19回生物工学論文賞，Siraje A Mahmud,平沢敬,清水浩，日本生物工学会，2011年09月
第15回日本生物工学会論文賞，白井智量ら、清水浩，日本生物工学会，2007年09月
発酵と代謝奨励賞，清水浩，日本バイオインダストリー協会，2002年10月
生物工学会奨励賞（照井賞），清水浩，日本生物工学会，1997年09月

講演・口頭発表等

赤木駿斗、清水浩、戸谷吉博，マルチカラー光による大腸菌代謝経路のフラックス制御技術の開発，"化学工学会第89年会 "
グリコールアルデヒドがシアノバクテリアの代謝に与える影響の解析，今田辰海,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第89年会
大腸菌におけるメバロン酸生産のための光遺伝学技術を利用した代謝工学，櫻井翔太,清水浩,戸谷吉博，化学工学会第89年会
"Metabolic Engineering Based on in Silico Design and Experimental Analysis for Bioproduction "，Hiroshi Shimizu，ASBA2023
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製，清水浩,戸谷吉博,古澤力,芝井厚,堀之内貴明,鈴木宏明,徳山健斗,二井手哲平，化学工学会第54回秋季大会
光遺伝学技術を利用した代謝フラックス制御とその応用，戸谷吉博,赤木駿斗,櫻井翔太,川西寿和,塚本雅士,清水浩，化学工学会第54回秋季大会
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換，二井手哲平,杉木創,森聖也,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第54回秋季大会
蛍光タンパク質センサを利用した大腸菌の新規NADPH再生反応の同定，上野航一郎,澤田将吾,石橋真衣,神田義貴,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジステック回帰モデルの有用性，二井手哲平,杉木創,森聖也,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
シアノバクテリアにおけるグリコールアルデヒドによる生理状態への影響，今田辰海,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
マルチカラー光による大腸菌の代謝フラックス分布の光遺伝学的制御，赤木駿斗,清水浩,戸谷吉博，第75回日本生物工学会大会
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変，三吉健太,一色衣香,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
光駆動プロトンポンプを利用した大腸菌の酸耐性の強化と有用物質生産への応用，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,清水浩,戸谷吉博，第75回日本生物工学会大会
光遺伝学による複数酵素を対象とした代謝フラックス抑制技術の開発，櫻井翔太,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン，宮脇佳汰,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
光遺伝学代謝フラックス制御を利用した大腸菌の1,3-プロパンジオール生産，川西寿和,櫻井翔太,清水浩,戸谷吉博，第75回日本生物工学会大会
リボソーム結合配列の改変による幅広い解糖系のフラックス比を持つ大腸菌ライブラリの構築，下谷朋輝,澤田将吾,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
大腸菌におけるギ酸資化経路を稼働させるための培養条件の探索，巽慶太郎,小林祐摩,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
機械学習を用いた代謝酵素の基質特異性決定残基の推定と変換，森聖也,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第75回日本生物工学会大会
Effects of glycolaldehyde on physiological states of cyanobacteria，Tatsumi Imada,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，MPA2023
Optimal production of mevalonate by modification of ribosome-binding sequences of Escherichia coli chromosome，Shogo Sawada,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engineering 15
Light-driven ATP regeneration for enhancing 3-hydroxypropionic acid and isoprenol productions in Escherichia coli，Yoshihiro Toya,Mikoto Sano,Ryo Tanaka,Kentaro Kamata,Fumio Matsuda,Jun Ishii,Yoko Hirono-Hara,Kiyotaka Y. Hara,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engineering 15
Machine learning-guided cofactor specificity conversion of a malic enzyme using sequence datasets divided by catalytic properties，Teppei Niide,Sou Sugiki,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engineering 15
Metabolic design of butyrolactam-producing Escherichia coli introducing non-oxidative glycolysis by elementary mode analysis，Kenta Miyoshi,Teppei Niide,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engineering 15
EL222-based optogenetic flux control on the glycolytic pathways in Escherichia coli，Hayto Akagi,Hiroshi Shimizu,Yoshihiro Toya，Metabolic Engineering 15
モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放，戸谷吉博,三吉健太,川本優一,芝井厚,古澤力,清水浩，化学工学会第88年会
エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン，三吉健太,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第88年会
In silico代謝デザインプラットフォームと代謝フラックス解析による微生物発酵の育種とプロセス開発の高度化，清水浩，生物工学会中部支部第9回CHUBU懇話会，2022年12月15日
がん培養細胞株における熱と好気的解糖の関連解析，岡橋伸幸,島知輝,近藤佑哉,荒木千絵,辻周真,澤井茜,上原ひかる,河野晋,清水浩,高橋智聡,松田史生，第45回日本分子生物学会年会
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,戸谷吉博,清水浩，IT連携フォーラム OACIS 第43回シンポジウム「Z世代とダイバーシティ推進」，2022年11月18日
In silico and Experimental Metabolic Flux Analyses and their Applications to Fermentation Processes，2022 Agricultural Biotechnology Symposium, Metabolomics for Food and Human Health, Center for Food and Bioconvergence，2022年11月
Effect of fluctuating light condition on photosynthesis and central carbon metabolism in Synechosystis sp. PCC 6803，Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Yoshihiro Toya, and Hiroshi Shimizu，International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation，2022年11月
Metabolic engineering and systems biology of cyanobacteria，Hiroshi Shimizu，International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation，2022年11月
マイクロドロップレットを用いた大腸菌指向進化実験のとりくみ，佐藤玲子,大竹理寛,高イクサイ,戸谷吉博,清水浩,鈴木宏明，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変を利用した最適メバロン酸生産，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,〇清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割，今田辰海,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン，三吉健太,一色衣香,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
青色光応答タンパク質を利用した中枢代謝フラックスの制御技術の開発，赤木駿斗,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産，村上茉奈美,川井隆太郎,三吉健太,芝井厚,前田智也,堀之内貴明,古澤力,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発，川本優一,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
アンチセンスRNAを利用した光照射による代謝フラックス制御技術の開発，櫻井翔太,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化，松本拓也,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発，宮脇佳汰,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第74回日本生物工学会大会，2022年10月
がん培養細胞株比較オミクス解析が示唆する好気的解糖と代謝熱の関，岡橋伸幸,島知輝,近藤佑哉,荒木千絵,辻周真,澤井茜,上原ひかる,河野晋,清水浩,高橋智聡,松田史生，第16回メタボロームシンポジウムin鶴岡
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案，二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第53回秋季大会
CO2排出を抑制した物質生産に向けた大腸菌における逆グリオキシル酸経路の利用，田中恒作,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第53回秋季大会
共培養チロシン生産に適した代謝改変の検討，多田一紀,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第53回秋季大会
大腸菌の染色体上リボゾーム結合部位改変を利用した中枢炭素代謝フラックスの精密制御，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第53回秋季大会
人工的な相利共生関係を利用した指向性進化による有用物質生産菌の開発，川井隆太郎,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第53回秋季大会
シアノバクテリアにおけるエントナードウドロフ経路の生理学的影響の解析，今田辰海,戸谷吉博,清水浩，第63回日本植物生理学会
ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上，戸谷吉博,佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,清水浩，化学工学会第87年会
機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性の変換，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第87年会
共培養代謝工学のための経路分断方法の検討，多田一紀,清水浩,戸谷吉博，化学工学会第87年会
微生物共培養のための精製タンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発，川本優一,清水浩,戸谷吉博，化学工学会第87年会
大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討，三吉健太,川井隆太郎,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第87年会
ロドプシンによる光駆動プロトンポンプが大腸菌の弱酸耐性に及ぼす影響，小林祐摩,佐野海瑚人,弘埜陽子,松田史生,石井純,原清敬,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第87年会
マルチカラー光による代謝経路のフラックス制御に向けた検討，赤木駿斗,清水浩,戸谷吉博，化学工学会第87年会
補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発，宮脇佳汰,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第87年会
環境調和型ものづくり-発酵技術の高度化-，清水浩，第73回日本生物工学会大会ランチタイムセミナー，2021年10月28日
目的物質生産フラックス強化のためのシミュレーションに基づく増殖連動型の代謝設計，戸谷吉博,一色衣香,施欣馳,清水浩，第73回日本生物工学会大会
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変による中枢代謝フラックスの調節，澤田将吾,松田史生,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析，田島遼太郎,池原万由,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価，三吉健太,川井隆太郎,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
mBFPセンサーを使った栄養飢餓大腸菌における細胞内NADPHレベルの摂動解析，上野航一郎,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換，佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
機械学習を利用した代謝酵素の補酵素特異性の設計と活性測定による検証，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
逆グリオキシル酸経路を導入した大腸菌の開発と代謝評価，田中恒作,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析，村上茉奈美,川井隆太郎,前田智也,堀之内貴明,古澤力,戸谷吉博,清水浩，第73回日本生物工学会大会
光駆動プロトンポンプを発現させたメバロン酸生産大腸菌の代謝解析，松山千夏,清家泰介,岡橋伸幸,戸谷吉博,弘埜陽子,平山英伸,石井純,清水浩,原清敬,松田史生，第73回日本生物工学会大会
シアノバクテリアの代謝工学，清水浩,戸谷吉博,豊島正和,山本千晶，化学工学会第52回秋季大会，2021年09月
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発，戸谷吉博,川井隆太郎,三吉健太,村上茉奈美,一色衣香,堀之内貴明,前田智也,古澤力,清水浩，化学工学会第52回秋季大会，2021年09月
青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討，赤木駿斗,塚本雅士,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第52回秋季大会，2021年09月
機械学習を用いたリンゴ酸酵素の補酵素特異性の予測，杉木創,二井手哲平,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第52回秋季大会，2021年09月
13c- Metabolic Flux Analysis of Synechocystis Sp. PCC 6803 Under Fluctuation Light Condition，Chiaki Yamamoto,Masakazu Toyoshima,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engneering 14，2021年07月
Enhanced Mevalonate Uptake Rate of Escherichia coli through Adaptive Laboratory Evolution for Isoprenol Production in Co-Culture，Ryutaro Kawai,Kenta Miyoshi,Manami Murakami,Teppei Niide,Takaaki Horinouchi,Tomoya Maeda,Chikara Furusawa,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，Metabolic Engneering 14，2021年07月
蛍光タンパク質を利用した共培養のための菌体比率制御技術の開発，楠田みのり,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第86年会，2021年03月
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による高効率細胞工場の創製，清水浩，日本化学会第101春季年会，2021年03月
連続培養を用いた指向性進化実験による大腸菌のメバロン酸取り込み能力の強化，村上茉奈美,川井隆太郎,前田智也,堀之内貴明,古澤力,戸谷吉博,清水浩，日本農芸化学会2021年度大会，2021年03月
FBA シミュレーションによるシアノバクテリアにおける PSI/PSII励起比と光合成電子伝達フラックスの関係ならびに NDH-1 の機能解析，豊島正和,山本千晶,植野嘉文,戸谷吉博,秋本誠志,清水浩，第6回光合成細菌ワークショップ，2021年03月13日
光合成生物のシステムバイオロジー，清水浩，第62回日本植物生理学会年会，2021年03月
Synechocystis sp. PCC 6803のΔndhD1/D2株を用いたレドックスバランス感知フィコビリソーム分解制御機構の解析，豊島正和,阪田真澄,山本千晶,植野嘉文,戸谷吉博,秋本誠志,清水浩，第62回日本植物生理学会年会，2021年03月
NAD(P)H dehydrogenase deletion enhances accumulation of polyhydroxybutyrate in Synechocystis sp. PCC 6803，Masakazu Yajima,Masakazu Toyoshima,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，2021年03月
動的代謝モデルを用いたカルビン回路の代謝制御機構の解析，田島遼太郎,池原万由,戸谷吉博,清水浩，第62回日本植物生理学会年会，2021年03月
代謝モデルを利用した指向性進化による大腸菌イソプレノール合成のボトルネック解消，川井隆太郎,三吉健太,堀之内貴明,前田智也,古澤力,戸谷吉博,清水浩，日本生物工学会【関西支部】2020年度学生オンライン発表会，2020年12月
光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発，塚本雅士,戸谷吉博,清水浩，OACIS第39回シンポジウム「ICT産学連携フェア2020 ニューノーマルにおける学び方・働き方」，2020年11月
13C-metabolic flux analysis reveals photosynthetic cofactor production rates in cyanobacteria，Chiaki Yamamoto,Sayaka Kitamura,Masakazu Toyoshima,Yoshihiro Toya,Hiroshi Shimizu，上海交通大学学術交流セミナー，2020年11月
異なる波長の光照射下におけるシアノバクテリアの光合成と代謝のシミュレーション予測による適応機構の解析，豊島正和,山本千晶,植野嘉文,戸谷吉博,秋本誠志,清水浩，日本植物学会第84回大会，2020年09月
相利共生関係を利用した増殖連動型の有用物質生産株の代謝設計，川井隆太郎,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第51回秋季大会，2020年09月
試験管内反応系を利用した代謝経路の律速段階の同定，北村さや香,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第51回秋季大会，2020年09月
実験室進化実験による大腸菌の非酸化的解糖経路のフラックス増強，三吉健太,川井隆太郎,堀之内貴明,前田智也,古澤力,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第51回秋季大会，2020年09月
光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発，塚本雅士,戸谷吉博,清水浩，化学工学会第51回秋季大会，2020年09月
微生物物質生産の代謝デザインと細胞性能評価，清水浩,戸谷吉博，化学工学会第51回秋季大会，2020年09月
Application of CcaS/CcaR optogenetic switch for controlling the central carbon metabolism in Escherichia coli，Toya Yoshihiro,Tandar Sebastian Tommi,Senoo Sachie,Shimizu Hiroshi，Optogenetic Technologies and Applications，2019年12月10日
"ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上，戸谷吉博,佐野海瑚人,田中涼,鎌田健太郎,松田史生,石井純,弘埜陽子,原清敬,清水浩，化学工学会第87年会

報道

阪大、酵素の基質選択性をAIで切り替える手法を開発，2022年11月
微細藻類シアノバクテリアが強い光でも生育できる遺伝子，2021年04月09日
微細藻類、強い光でも生育，2021年03月18日
大腸菌の反応光で調節阪大チーム，2019年09月
微生物の代謝光で制御，2019年07月
大腸菌の代謝経路光で制御可能に，2019年07月
光でオン・オフ-阪大有用物質を効率生産，2019年06月

学術貢献

日本生物工学会理事，2019年～継続中
Microbial Cell Factories誌編集委員，2014年～継続中
日本生物工学会代謝工学研究部会代表，2011年～継続中
日本生物工学会代議員，2011年～継続中
バイオインダストリー協会発酵と代謝研究会常任幹事，2010年～継続中
バイオインダストリー協会バイオエンジニアリング研究会幹事，2006年～継続中
Bioprocess and Biosystems Engineering誌編集委員，2001年～継続中
化学工学会バイオ部会副部会長，2012年～ 2016年
日本生物工学会常任理事，2007年～ 2011年
Journal of Bioscience and Bioengineering誌編集委員，2005年～ 2009年
日本生物工学会評議員，2005年～ 2007年
Applied Microbiology and Biotechnology誌編集委員，2004年～ 2006年
Biotechnology Journal 誌Special Issue “Metabolic Engineering “ 編集者，2020年～
Metabolite誌Special Issue “Metabolomics for Biotechnology”編集者，2019年～
Current Opinion in Biotechnology誌 Special Issue “Analytical Biotechnology“ 編集者，2018年～
Metabolic Engineering 11 大会実行委員会副委員長，2016年～

委員歴

学協会，公益社団法人日本生物工学会，理事副会長，2023年～ 2025年
政府，国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)，革新的GX技術創出事業（GteX）バイオものづくり領域領域アドバイザー，2023年～ 2025年
政府，国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)，未来社会創造事業「地球環境課題である低炭素社会の実現」領域研究開発運営会議外部専門家，2023年～ 2025年
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)，領域アドバイザー（ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」），2022年06月～ 2024年03月
政府，国立研究開発法人科学技術振興機構，先端的低炭素化技術開発事業（ALCA)推進委員会分科会委員および未来社会創造事業低炭素社会領域研究開発運営会議（分科会）外部専門家，2019年04月～ 2023年03月
学協会，公益社団法人日本生物工学会，理事庶務会計担当，2021年～ 2023年
政府，国立研究開発法人科学技術振興機構，領域アドバイザー（ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」），2020年06月～ 2022年05月
政府，文部科学省研究振興局，科学研究費助成事業学術変革領域研究（A）（Ⅳ）委員会評価者，2020年03月～ 2021年03月
学協会，公益社団法人日本生物工学会，理事庶務会計担当，2019年～ 2021年

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

清水　浩

学歴

経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

特許・実用新案・意匠

受賞

講演・口頭発表等

報道

学術貢献

委員歴

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

清水 浩

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経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

特許・実用新案・意匠

受賞

講演・口頭発表等

報道

学術貢献

委員歴

清水　浩