研究者総覧 - 大阪大学

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清水　浩

Shimizu Hiroshi

清水　浩

Shimizu Hiroshi

情報科学研究科　バイオ情報工学専攻，教授

keyword 機械学習によるタンパク質機能改変，代謝工学，13C代謝フラックス解析，ゲノムスケール代謝シミュレーション，実験室進化

経歴 10

2025年4月～継続中

大阪大学学際大学院機構「ヒューマンウェアイノベーション学位プログラム」部門長、コーディネータ
2003年～継続中

大阪大学大学院・情報科学研究科　教授
2019年4月～ 2025年3月

大阪大学　国際共創大学院学位プログラム推進機構「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」　部門長、コーディネータ
2015年8月～ 2019年3月

大阪大学　未来戦略機構第四部門「ヒューマンウェアイノベーション博士課程教育プログラム」　部門長、コーディネータ
2011年8月～ 2014年3月

大阪大学　大学院情報科学研究科　評議員
2007年8月～ 2011年8月

大阪大学　大学院情報科学研究科
2002年～ 2003年

大阪大学・大学院情報科学研究科　助教授
1995年～ 2001年

大阪大学工学研究科　助教授
1996年6月～ 1997年6月

マサチューセッツ工科大学（MIT）化学工学科（文部科学省在外研究員）　Stephanopoulos教授
1990年～ 1994年

大阪大学工学部　助手

学歴 2

博士（工学）（京都大学）

1990年7月～
京都大学工学研究科化学工学専攻博士後期課程単位取得退学

1989年3月～

委員歴 17

公益社団法人日本生物工学会　理事会長　学協会

2025年5月～継続中
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)　技術委員

2024年12月～継続中
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)　先端国際共同研究推進事業（ASPIRE）研究主幹（Program Officer (PO)）　政府

2024年4月～継続中
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)　革新的GX技術創出事業（GteX）バイオものづくり領域領域アドバイザー　政府

2023年～継続中
国立研究開発法人科学技術振興機構　領域アドバイザー（ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」）　政府

2020年6月～継続中
公益社団法人日本生物工学会　理事副会長　学協会

2023年5月～ 2025年5月
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 未来社会創造事業（探索加速型）「地球規模課題である低炭素社会の実現」領域　外部専門家　政府

2023年4月～ 2025年3月
文部科学省研究振興局科学研究費助成事業学術変革研究（A）（Ⅳ）委員会　評価者

2023年7月～ 2024年6月
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)　領域アドバイザー（ACT-X研究領域「環境とバイオテクノロジー」）

2022年6月～ 2024年3月
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) 先端的低炭素化技術開発事業(ALCA)推進委員会分科会委員および未来社会創造事業「地球規模課題である低炭素社会の実現」　外部専門家

2021年4月～ 2023年3月
国立研究開発法人科学技術振興機構　先端的低炭素化技術開発事業（ALCA)推進委員会分科会委員および未来社会創造事業低炭素社会領域研究開発運営会議（分科会）外部専門家　政府

2019年4月～ 2023年3月
公益社団法人日本生物工学会　理事庶務会計担当　学協会

2021年～ 2023年
文部科学省研究振興局　科学研究費助成事業学術変革領域研究（A）（Ⅳ）委員会評価者　政府

2020年3月～ 2021年3月
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)先端的低炭素化技術開発事業(ALCA)推進委員会分科会委員および未来社会創造事業低炭素社会領域研究開発運営会議（分科会）　外部専門家

2019年4月～ 2021年3月
公益社団法人日本生物工学会　理事庶務会計担当　学協会

2019年～ 2021年
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)未来社会創造事業低炭素社会領域研究開発運営会議（分科会）　外部専門家

2017年7月～ 2019年3月
国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)先端的低炭素化技術開発事業(ALCA)推進委員会　分科会委員

2017年6月～ 2019年3月

所属学会 5

日本農芸化学会
バイオインダストリー協会
日本分子生物学会
化学工学会
日本生物工学会

研究内容・専門分野 2

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /
ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / バイオ機能応用、バイオプロセス工学 /

受賞 11

第32回生物工学論文賞

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩　日本生物工学会　2024年9月
第31回生物工学論文賞

戸谷吉博, 清水浩　日本生物工学会　2023年9月
トピックス賞

佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩　日本生物工学会　2021年10月
第29回生物工学論文賞

徳山健斗ら、清水浩　日本生物工学会　2021年
第26回生物工学論文賞

和田圭介、戸谷吉博、坂野聡美、吉川勝徳、松田史生、清水浩　日本生物工学会　2018年9月
第12回生物工学功績賞

清水浩　日本生物工学会　2018年9月
第22回生物工学論文賞

大野聡、古澤力、清水浩　日本生物工学会　2014年9月
第19回生物工学論文賞

Siraje A Mahmud, 平沢敬, 清水浩　日本生物工学会　2011年9月
第15回日本生物工学会論文賞

白井智量ら、清水浩　日本生物工学会　2007年9月
発酵と代謝奨励賞

清水浩　日本バイオインダストリー協会　2002年10月
生物工学会奨励賞（照井賞）

清水浩　日本生物工学会　1997年9月

論文 264

Engineering anaerobic electron flow through heterologous rhodoquinone synthesis in model microbial and photosynthetic platforms

Haruki Sasaki, Yuri Yanagihara, Yui Satofuka, Masaki Hasegawa, Yuichiro Kashiyama, Kimitoshi Sakamoto, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Takayuki Fujiwara, Shin'ya Miyagishima, Mitsuhiro Ueda, Tatsuji Sakamoto, Masami Nakazawa

Journal of Bioscience and Bioengineering　2025年7月　研究論文（学術雑誌）
Efficient selection of pyruvate decarboxylase sequences from database for high ethanol productivity in Synechocystis sp. PCC 6803

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Journal of Bioscience and Bioengineering　2025年6月　研究論文（学術雑誌）
13C-metabolic flux analysis of respiratory chain disrupted strain ΔndhF1 of Synechocystis sp. PCC 6803

Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Applied Biochemistry and Biotechnology　2025年5月　研究論文（学術雑誌）
Glycolaldehyde affects the growth of and metabolic flux distribution in Synechocystis sp. PCC 6803.

Tatsumi Imada, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Bioscience, biotechnology, and biochemistry　2025年4月4日　研究論文（学術雑誌）
Modification of intracellular metabolism by expression of a C-terminal variant of phosphoribulokinase from Synechocystis sp. PCC 6803.

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Bioscience, biotechnology, and biochemistry　2025年2月3日　研究論文（学術雑誌）
Growth inhibition by ppc deletion is rescued by isocitrate dehydrogenase mutations in Escherichia coli

Yoshihiro Toya, Tatsumi Imada, Mai Ishibashi, Yuuichi Kawamoto, Kinuka Isshiki, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

FEMS Microbiology Letters　2025年1月27日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Oxford University Press (OUP)
Identification of a novel NADPH generation reaction in the pentose phosphate pathway in Escherichia coli using mBFP

Koichiro Ueno, Shogo Sawada, Mai Ishibashi, Yoshiki Kanda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Journal of Bacteriology　2024年10月10日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Society for Microbiology
Utilizing Ribose 1,5-Bisphosphate Isomerase and RuBisCO-Equipped Escherichia coli Nissle for Low-Carbon Footprint GABA Production

Sefli Sri Wahyu Effendi, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu, Chengfeng Xue, I-Son Ng

ACS Sustainable Chemistry & Engineering　2024年7月16日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Engineering Escherichia coli for efficient glutathione production

Hiroki Mori, Misato Matsui, Takahiro Bamba, Yoshimi Hori, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Ryota Hidese, Hisashi Yasueda, Tomohisa Hasunuma, Hiroshi Shimizu, Naoaki Taoka, Shingo Kobayashi

Metabolic Engineering　2024年7月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin

Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y. Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda

Journal of Bioscience and Bioengineering　2024年3月　研究論文（学術雑誌）
Multicolor optogenetics for regulating flux ratio of three glycolytic pathways using EL222 and CcaSR in Escherichia coli.

Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Biotechnology and bioengineering　2023年12月20日　研究論文（学術雑誌）
Effects of n-butanol production on metabolism and the photosystem in Synecococcus elongatus PCC 7942 based on metabolic flux and target proteome analyses.

Keisuke Wada, Kiyoka Uebayashi, Yoshihiro Toya, Sastia Prama Putri, Fumio Matsuda, Eiichiro Fukusaki, James C Liao, Hiroshi Shimizu

The Journal of general and applied microbiology　Vol. 69　p. 185-195　2023年3月20日　研究論文（学術雑誌）
Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions.

Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 135　No. 4　p. 291-297　2023年1月29日　研究論文（学術雑誌）
Effect of light fluctuations on photosynthesis and metabolic flux in Synechocystis sp. PCC 6803.

Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology progress　2023年1月26日　研究論文（学術雑誌）
Conversion of Mevalonate to Isoprenol Using Light Energy in Escherichia coli without Consuming Sugars for ATP Supply

Mikoto Sano, Ryo Tanaka, Kentaro Kamata, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Fumio Matsuda, Kiyotaka Y. Hara, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

ACS Synthetic Biology　Vol. 11　No. 12　p. 3966-3972　2022年11月28日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Logistic Regression-Guided Identification of Cofactor Specificity-Contributing Residues in Enzyme with Sequence Datasets Partitioned by Catalytic Properties.

Sou Sugiki, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

ACS synthetic biology　2022年11月2日　研究論文（学術雑誌）
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産

村上茉奈美, 川井隆太郎, 三吉健太, 芝井厚, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2022年　p. 225-225　2022年10月
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
Metabolic pathway design for growth-associated phenylalanine production using synthetically designed mutualism.

Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Bioprocess and biosystems engineering　Vol. 45　No. 9　p. 1539-1546　2022年8月5日　研究論文（学術雑誌）
13C metabolic flux analysis clarifies distinct metabolic phenotypes of cancer cell spheroid mimicking tumor hypoxia.

Shingo Noguchi, Kenichi Wakita, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Metabolic engineering　Vol. 73　p. 192-200　2022年7月31日　研究論文（学術雑誌）
Optogenetic reprogramming of carbon metabolism using light-powering microbial proton pump systems

Yoshihiro Toya, Yoko Hirono-Hara, Hidenobu Hirayama, Kentaro Kamata, Ryo Tanaka, Mikoto Sano, Sayaka Kitamura, Kensuke Otsuka, Rei Abe-Yoshizumi, Satoshi P. Tsunoda, Hiroshi Kikukawa, Hideki Kandori, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda, Jun Ishii, Kiyotaka Y. Hara

Metabolic Engineering　Vol. 72　p. 227-236　2022年7月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Constitutive expression of the global regulator AbrB restores the growth defect of a genome-reduced Bacillus subtilis strain and improves its metabolite production.

Junya Yamamoto, Onuma Chumsakul, Yoshihiro Toya, Takuya Morimoto, Shenghao Liu, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Takashi Hirasawa, Fumio Matsuda, Naotake Ogasawara, Hiroshi Shimizu, Ken-Ichi Yoshida, Taku Oshima, Shu Ishikawa

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes　Vol. 29　No. 3　2022年5月24日　研究論文（学術雑誌）
Metabolic pathway engineering for the non-growth-associated succinate production in Escherichia coli based on flux solution space

Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Journal of Bioscience and Bioengineering　Vol. 134　No. 1　p. 29-33　2022年5月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Improvement of 2,3-butanediol production by dCas9 gene expression system in Saccharomyces cerevisiae

Keisuke Morita, Taisuke Seike, Jun Ishii, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Journal of Bioscience and Bioengineering　Vol. 133　No. 3　p. 208-212　2022年1月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Acceleration of target production in co‐culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution

Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

Biotechnology and Bioengineering　Vol. 119　No. 3　p. 936-945　2021年12月28日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley
mfapy: An open-source Python package for 13C-based metabolic flux analysis.

Fumio Matsuda, Kousuke Maeda, Takeo Taniguchi, Yuya Kondo, Futa Yatabe, Nobuyuki Okahashi, Hiroshi Shimizu

Metabolic engineering communications　Vol. 13　2021年12月　研究論文（学術雑誌）
Recent advances in metabolic engineering–integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways

Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Journal of Bioscience and Bioengineering　Vol. 132　No. 5　p. 429-436　2021年11月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Reactor control system in bacterial co-culture based on fluorescent proteins using an Arduino-based home-made device.

Minori Kusuda, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Biotechnology journal　Vol. 16　No. 12　2021年9月23日　研究論文（学術雑誌）
Proteome analysis of response to different spectral light irradiation in Synechocystis sp. PCC 6803.

Masakazu Toyoshima, Masumi Sakata, Yoshifumi Ueno, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Seiji Akimoto, Hiroshi Shimizu

Journal of proteomics　Vol. 246　p. 104306-104306　2021年6月19日　研究論文（学術雑誌）
Soft-sensor development for monitoring the lysine fermentation process.

Kento Tokuyama, Yoshiki Shimodaira, Yohei Kodama, Ryuzo Matsui, Yasuhiro Kusunose, Shunsuke Fukushima, Hiroaki Nakai, Yuichiro Tsuji, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 132　No. 2　p. 183-189　2021年5月3日　研究論文（学術雑誌）
Treatment of RB1-intact hepatocellular carcinoma with CDK4/6 inhibitor combination therapy.

Jindan Sheng, Susumu Kohno, Nobuhiro Okada, Nobuyuki Okahashi, Kana Teranishi, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu, Paing Linn, Naoko Nagatani, Minako Yamamura, Kenichi Harada, Shin-Ichi Horike, Hiroshi Inoue, Seiji Yano, Sharad Kumar, Shunsuke Kitajima, Itsuki Ajioka, Chiaki Takahashi

Hepatology (Baltimore, Md.)　Vol. 74　No. 4　p. 1971-1993　2021年4月30日　研究論文（学術雑誌）
Random Transfer of Ogataea polymorpha Genes into Saccharomyces cerevisiae Reveals a Complex Background of Heat Tolerance.

Taisuke Seike, Yuki Narazaki, Yoshinobu Kaneko, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Journal of fungi (Basel, Switzerland)　Vol. 7　No. 4　p. 302-302　2021年4月15日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：MDPI AG
Mutations in hik26 and slr1916 lead to high-light stress tolerance in Synechocystis sp. PCC6803.

Katsunori Yoshikawa, Kenichi Ogawa, Yoshihiro Toya, Seiji Akimoto, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Communications biology　Vol. 4　No. 1　p. 343-343　2021年3月16日　研究論文（学術雑誌）
Role of type I NADH dehydrogenase in Synechocystis sp. PCC 6803 under phycobilisome excited red light

Masakazu Toyoshima, Chiaki Yamamoto, Yoshifumi Ueno, Yoshihiro Toya, Seiji Akimoto, Hiroshi Shimizu

Plant Science　Vol. 304　p. 110798-110798　2021年3月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Thioredoxin pathway in anabaena sp. PCC 7120: activity of NADPH-thioredoxin reductase C.

Frédéric Deschoenmaeker, Shoko Mihara, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Ken-Ichi Wakabayashi, Masakazu Toyoshima, Hiroshi Shimizu, Toru Hisabori

Journal of biochemistry　2021年2月4日　研究論文（学術雑誌）
Novel allosteric inhibition of phosphoribulokinase identified by ensemble kinetic modeling of Synechocystis sp. PCC 6803 metabolism.

Hiroki Nishiguchi, James Liao, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Metabolic engineering communications　Vol. 11　2020年12月　研究論文（学術雑誌）
Estimation of linear and cyclic electron flows in photosynthesis based on 13C-metabolic flux analysis.

Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Sayaka Kitamura, Yoshifumi Ueno, Seiji Akimoto, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 131　No. 3　p. 277-282　2020年11月20日　研究論文（学術雑誌）
Identification of a rate-limiting step in a metabolic pathway using the kinetic model and in vitro experiment.

Sayaka Kitamura, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 131　No. 3　p. 271-276　2020年11月7日　研究論文（学術雑誌）
Assessment of Protein Content and Phosphorylation Level in Synechocystis sp. PCC 6803 under Various Growth Conditions Using Quantitative Phosphoproteomic Analysis.

Masakazu Toyoshima, Yuma Tokumaru, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Molecules (Basel, Switzerland)　Vol. 25　No. 16　2020年8月6日　研究論文（学術雑誌）
Direct and quantitative analysis of altered metabolic flux distributions and cellular ATP production pathway in fumarate hydratase-diminished cells.

Shingo Noguchi, Hirokazu Ishikawa, Kenichi Wakita, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Scientific reports　Vol. 10　No. 1　p. 13065-13065　2020年8月3日　研究論文（学術雑誌）
Data science-based modeling of the lysine fermentation process.

Kento Tokuyama, Yoshiki Shimodaira, Takahiro Terawaki, Yasuhiro Kusunose, Hiroaki Nakai, Yuichiro Tsuji, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 130　No. 4　p. 409-415　2020年7月21日　研究論文（学術雑誌）
Effects of mutations of GID protein-coding genes on malate production and enzyme expression profiles in Saccharomyces cerevisiae.

Hiroaki Negoro, Kengo Matsumura, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu, Yoji Hata, Hiroki Ishida

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 104　No. 11　p. 4971-4983　2020年6月　研究論文（学術雑誌）
Transcription Factor ArcA is a Flux Sensor for the Oxygen Consumption Rate in Escherichia Coli.

Naoya Nochino, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology journal　Vol. 15　No. 6　2020年5月8日　研究論文（学術雑誌）
Comparison of metabolic profiles of yeasts based on the difference of the Crabtree positive and negative.

Makoto Imura, Katsuaki Nitta, Ryo Iwakiri, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu, Eiichiro Fukusaki

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 129　No. 1　p. 52-58　2020年1月　研究論文（学術雑誌）
Flux balance analysis of cyanobacteria reveals selective use of photosynthetic electron transport components under different spectral light conditions.

Toyoshima M, Toya Y, Shimizu H

Photosynthesis research　Vol. 143　No. 1　p. 31-43　2020年1月　研究論文（学術雑誌）
Light-inducible flux control of triosephosphate isomerase on glycolysis in Escherichia coli.

Sachie Senoo, Sebastian Tommi Tandar, Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology and bioengineering　Vol. 116　No. 12　p. 3292-3300　2019年12月　研究論文（学術雑誌）
High-yielding rice Takanari has superior photosynthetic response to a commercial rice Koshihikari under fluctuating light.

Shunsuke Adachi, Yu Tanaka, Atsuko Miyagi, Makoto Kashima, Ayumi Tezuka, Yoshihiro Toya, Shunzo Kobayashi, Satoshi Ohkubo, Hiroshi Shimizu, Maki Kawai-Yamada, Rowan F Sage, Atsushi J Nagano, Wataru Yamori

Journal of experimental botany　Vol. 70　No. 19　p. 5287-5297　2019年10月15日　研究論文（学術雑誌）
Repression of mitochondrial metabolism for cytosolic pyruvate-derived chemical production in Saccharomyces cerevisiae.

Keisuke Morita, Fumio Matsuda, Koji Okamoto, Jun Ishii, Akihiko Kondo, Hiroshi Shimizu

Microbial cell factories　Vol. 18　No. 1　p. 177-177　2019年10月15日
Time-resolved analysis of short term metabolic adaptation at dark transition in Synechocystis sp. PCC 6803.

Masaharu Maruyama, Hiroki Nishiguchi, Masakazu Toyoshima, Nobuyuki Okahashi, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 128　No. 4　p. 424-428　2019年10月　研究論文（学術雑誌）
Prediction of Rate-Limiting Reactions for Growth-Associated Production Using a Constraint-Based Approach.

Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology journal　Vol. 14　No. 9　2019年9月　研究論文（学術雑誌）
Optogenetic switch for controlling the central metabolic flux of Escherichia coli.

Sebastian Tommi Tandar, Sachie Senoo, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic engineering　Vol. 55　p. 68-75　2019年9月　研究論文（学術雑誌）
クラブトリー陽性および陰性の差異に基づく酵母代謝のプロファイルの比較

井村誠, 新田克章, 岩切亮, 松田史生, 清水浩, 福崎英一郎

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2019年　p. 179-179　2019年8月
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生の物質生産への応用

田中涼, 鎌田健太郎, 戸谷吉博, 松田史生, 石井純, 柘植謙爾, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2019年　p. 170-170　2019年8月
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
Theophylline-inducible riboswitch accurately regulates protein expression at low level in Escherichia coli.

Rikuto Kamiura, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Biotechnology letters　Vol. 41　No. 6-7　p. 743-751　2019年7月　研究論文（学術雑誌）
Effect of precise control of flux ratio between the glycolytic pathways on mevalonate production in Escherichia coli.

Kentaro Kamata, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology and bioengineering　Vol. 116　No. 5　p. 1080-1088　2019年5月　研究論文（学術雑誌）
Transomics data-driven, ensemble kinetic modeling for system-level understanding and engineering of the cyanobacteria central metabolism.

Hiroki Nishiguchi, Natsuki Hiasa, Kiyoka Uebayashi, James Liao, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Metabolic engineering　Vol. 52　p. 273-283　2019年3月
Magnesium starvation improves production of malonyl-CoA-derived metabolites in Escherichia coli.

Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda, Brady F Cress, Mattheos A G Koffas, Hiroshi Shimizu

Metabolic engineering　Vol. 52　p. 215-223　2019年3月　研究論文（学術雑誌）
Targeted proteome analysis of microalgae under high-light conditions by optimized protein extraction of photosynthetic organisms.

Masakazu Toyoshima, Masumi Sakata, Kazuki Ohnishi, Yuma Tokumaru, Yusuke Kato, Ryutaro Tokutsu, Wataru Sakamoto, Jun Minagawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 127　No. 3　p. 394-402　2019年3月　研究論文（学術雑誌）
Fragmentation of Dicarboxylic and Tricarboxylic Acids in the Krebs Cycle Using GC-EI-MS and GC-EI-MS/MS.

Nobuyuki Okahashi, Shuichi Kawana, Junko Iida, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Mass spectrometry (Tokyo, Japan)　Vol. 8　No. 1　2019年　研究論文（学術雑誌）
13C-Metabolic Flux Analysis Reveals Effect of Phenol on Central Carbon Metabolism in Escherichia coli.

Sayaka Kitamura, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Frontiers in microbiology　Vol. 10　p. 1010-1010　2019年　研究論文（学術雑誌）
Sugar phosphate analysis with baseline separation and soft ionization by gas chromatography-negative chemical ionization-mass spectrometry improves flux estimation of bidirectional reactions in cancer cells.

Nobuyuki Okahashi, Kousuke Maeda, Shuichi Kawana, Junko Iida, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Metabolic engineering　Vol. 51　p. 43-49　2019年1月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Characterization of oil-producing yeast Lipomyces starkeyi on glycerol carbon source based on metabolomics and 13C-labeling.

Yuki Maruyama, Yoshihiro Toya, Hiroshi Kurokawa, Yuka Fukano, Atsushi Sato, Hiroyasu Umemura, Kaoru Yamada, Hideaki Iwasaki, Norio Tobori, Hiroshi Shimizu

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 102　No. 20　p. 8909-8920　2018年10月　研究論文（学術雑誌）
Expression of Saccharomyces cerevisiae cDNAs to enhance the growth of non-ethanol-producing S. cerevisiae strains lacking pyruvate decarboxylases.

Narazaki Y, Nomura Y, Morita K, Shimizu H, Matsuda F

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 126　No. 3　p. 317-321　2018年9月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Metabolic flux of the oxidative pentose phosphate pathway under low light conditions in Synechocystis sp. PCC 6803.

Ueda K, Nakajima T, Yoshikawa K, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 126　No. 1　p. 38-43　2018年7月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain.

Tokuyama K, Toya Y, Horinouchi T, Furusawa C, Matsuda F, Shimizu H

Biotechnology and bioengineering　Vol. 115　No. 6　p. 1542-1551　2018年6月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley
Comparative analysis of fermentation and enzyme expression profiles among industrial Saccharomyces cerevisiae strains.

Uebayashi K, Shimizu H, Matsuda F

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 102　No. 16　p. 7071-7081　2018年6月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Transcriptome analysis of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and mechanisms of photoinhibition tolerance under extreme high light conditions.

Ogawa K, Yoshikawa K, Matsuda F, Toya Y, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 126　No. 5　p. 596-602　2018年6月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier {BV}
Mass Spectrometry-Based Method to Study Inhibitor-Induced Metabolic Redirection in the Central Metabolism of Cancer Cells.

Araki C, Okahashi N, Maeda K, Shimizu H, Matsuda F

Mass spectrometry (Tokyo, Japan)　Vol. 7　No. 1　2018年6月
A pyruvate carbon flux tugging strategy for increasing 2,3-butanediol production and reducing ethanol subgeneration in the yeast Saccharomyces cerevisiae.

Ishii J, Morita K, Ida K, Kato H, Kinoshita S, Hataya S, Shimizu H, Kondo A, Matsuda F

Biotechnology for biofuels　Vol. 11　2018年6月
Integrated Analysis of the Transcriptome and Metabolome of Corynebacterium glutamicum during Penicillin-Induced Glutamic Acid Production.

Hirasawa T, Saito M, Yoshikawa K, Furusawa C, Shmizu H

Biotechnology journal　Vol. 13　No. 5　2018年5月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Metabolic engineering of mevalonate-producing Escherichia coli strains based on thermodynamic analysis.

Nagai H, Masuda A, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H

Metabolic engineering　Vol. 47　p. 1-9　2018年5月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Comparative Targeted Proteomics of the Central Metabolism and Photosystems in SigE Mutant Strains of Synechocystis sp. PCC 6803.

Tokumaru Y, Uebayashi K, Toyoshima M, Osanai T, Matsuda F, Shimizu H

Molecules (Basel, Switzerland)　Vol. 23　No. 5　2018年5月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
¹³C-metabolic flux analysis of ethanol-assimilating Saccharomyces cerevisiae for S-adenosyl-L-methionine production.

Hayakawa K, Matsuda F, Shimizu H

Microbial cell factories　Vol. 17　No. 1　2018年5月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Optimal ¹³C-labeling of glycerol carbon source for precise flux estimation in Escherichia coli.

Toya Y, Ohashi S, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 125　No. 3　p. 301-305　2018年3月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Metabolic impact of nutrient starvation in mevalonate-producing Escherichia coli

Ami Masuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

BIORESOURCE TECHNOLOGY　Vol. 245　No. Pt B　p. 1634-1640　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering of isopropyl alcohol-producing Escherichia coli strains with C-13-metabolic flux analysis

Nobuyuki Okahashi, Fumio Matsuda, Katsunori Yoshikawa, Tomokazu Shirai, Yoshiko Matsumoto, Mitsufumi Wada, Hiroshi Shimizu

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 114　No. 12　p. 2782-2793　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism.

Matsuda F, Toya Y, Shimizu H

Biotechnology advances　Vol. 35　No. 8　p. 971-980　2017年12月
出版者・発行元：
Identification of alcohol stress tolerance genes of Synechocystis sp PCC 6803 using adaptive laboratory evolution

Takuya Matsusako, Yoshihiro Toya, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu

BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS　Vol. 10　2017年12月　研究論文（学術雑誌）
Prediction of Cross-resistance and Collateral Sensitivity by Gene Expression profiles and Genomic Mutations

Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Hazuki Kotani, Kumi Tanabe, Natsue Sakata, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa

SCIENTIFIC REPORTS　Vol. 7　No. 1　2017年10月　研究論文（学術雑誌）
The RB-IL-6 axis controls self-renewal and endocrine therapy resistance by fine-tuning mitochondrial activity.

S Kitajima, A Yoshida, S Kohno, F Li, S Suzuki, N Nagatani, Y Nishimoto, N Sasaki, H Muranaka, Y Wan, T C Thai, N Okahashi, F Matsuda, H Shimizu, T Nishiuchi, Y Suzuki, K Tominaga, N Gotoh, M Suzuki, M E Ewen, D A Barbie, O Hirose, T Tanaka, C Takahashi

Oncogene　Vol. 36　No. 36　p. 5145-5157　2017年9月7日　研究論文（学術雑誌）
Heterologous expression of bacterial phosphoenol pyruvate carboxylase and Entner-Doudoroff pathway in Saccharomyces cerevisiae for improvement of isobutanol production

Keisuke Morita, Yuta Nomura, Jun Ishii, Fumio Matsuda, Akihiko Kondo, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 124　No. 3　p. 263-270　2017年9月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.

Nakajima T, Yoshikawa K, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H

Plant & cell physiology　Vol. 58　No. 5　p. 976-976　2017年5月
Metabolic engineering of Synechocystis sp PCC 6803 for enhanced ethanol production based on flux balance analysis

Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING　Vol. 40　No. 5　p. 791-796　2017年5月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic Flux Analysis of the Synechocystis sp. PCC 6803 ΔnrtABCD Mutant Reveals a Mechanism for Metabolic Adaptation to Nitrogen-Limited Conditions.

Nakajima T, Yoshikawa K, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H

Plant & cell physiology　Vol. 58　No. 3　p. 537-545　2017年3月　研究論文（学術雑誌）
C-13-metabolic flux analysis for mevalonate-producing strain of Escherichia coli

Keisuke Wada, Yoshihiro Toya, Satomi Banno, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 123　No. 2　p. 177-182　2017年2月　研究論文（学術雑誌）
Targeted proteome analysis of single-gene deletion strains of Saccharomyces cerevisiae lacking enzymes in the central carbon metabolism

Fumio Matsuda, Syohei Kinoshita, Shunsuke Nishino, Atsumi Tomita, Hiroshi Shimizu

PLOS ONE　Vol. 12　No. 2　2017年2月　研究論文（学術雑誌）
Prediction of Hopeless Peptides Unlikely to be Selected for Targeted Proteome Analysis.

Matsuda F, Tomita A, Shimizu H

Mass spectrometry (Tokyo, Japan)　Vol. 6　No. 1　2017年2月
Omics-integrated approach for metabolic state analysis of microbial processes

Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Tomokazu Shirai, Fumio Matsuda

Applied Bioengineering: Innovations and Future Directions　p. 213-236　2017年1月1日　論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：wiley
Metabolic Adaptation to Nutritional Stress in Human Colorectal Cancer.

Masaaki Miyo, Masamitsu Konno, Naohiro Nishida, Toshinori Sueda, Kozo Noguchi, Hidetoshi Matsui, Hugh Colvin, Koichi Kawamoto, Jun Koseki, Naotsugu Haraguchi, Junichi Nishimura, Taishi Hata, Noriko Gotoh, Fumio Matsuda, Taroh Satoh, Tsunekazu Mizushima, Hiroshi Shimizu, Yuichiro Doki, Masaki Mori, Hideshi Ishii

Scientific reports　Vol. 6　p. 38415-38415　2016年12月7日　研究論文（学術雑誌）
Recent advances in amino acid production by microbial cells

Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY　Vol. 42　p. 133-146　2016年12月
Investigation of useful carbon tracers for ¹³C-metabolic flux analysis of Escherichia coli by considering five experimentally determined flux distributions.

Maeda K, Okahashi N, Toya Y, Matsuda F, Shimizu H

Metabolic engineering communications　Vol. 3　p. 187-195　2016年12月　研究論文（学術雑誌）
Combinatorial deletions of glgC and phaCE enhance ethanol production in Synechocystis sp PCC 6803

Katsunori Namakoshi, Tubasa Nakajima, Katsunori Yoshikawa, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 239　p. 13-19　2016年12月　研究論文（学術雑誌）
Glutamic acid fermentation: Discovery of glutamic acid-producing microorganisms, analysis of the production mechanism, metabolic engineering, and industrial production process

Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

Industrial Biotechnology: Products and Processes　p. 339-360　2016年11月26日　論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Wiley-VCH Verlag
Positive effects of proline addition on the central metabolism of wild-type and lactic acid-producing Saccharomyces cerevisiae strains

Riyanto Heru Nugroho, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING　Vol. 39　No. 11　p. 1711-1716　2016年11月　研究論文（学術雑誌）
GC-MS/MS survey of collision-induced dissociation of tert-butyldimethylsilyl-derivatized amino acids and its application to C-13-metabolic flux analysis of Escherichia coli central metabolism

Nobuyuki Okahashi, Shuichi Kawana, Junko Iida, Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY　Vol. 408　No. 22　p. 6133-6140　2016年9月　研究論文（学術雑誌）
Significant association of cadaveric dura mater grafting with subpial Aβ deposition and meningeal amyloid angiopathy.

Hamaguchi T, Taniguchi Y, Sakai K, Kitamoto T, Takao M, Murayama S, Iwasaki Y, Yoshida M, Shimizu H, Kakita A, Takahashi H, Suzuki H, Naiki H, Sanjo N, Mizusawa H, Yamada M

Acta neuropathologica　Vol. 132　No. 2　p. 313-315　2016年8月
出版者・発行元：
Metabolome analysis of Saccharomyces cerevisiae and optimization of culture medium for S-adenosyl-L-methionine production

Kenshi Hayakawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

AMB EXPRESS　Vol. 6　No. 1　2016年6月　研究論文（学術雑誌）
(13)C-metabolic flux analysis of ethanol-assimilating saccharomyces cerevisiae for S-adenosyl-L-methionine production

K. Hayakawa, F. Matsuda, H. Shimizu

Metabolic Engineering 11　p. 635-636　2016年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：AIChE
Enhancement of 1,5-diaminopentane production in a recombinant strain of Corynebacterium glutamicum by Tween 40 addition

Yuta Matsushima, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY　Vol. 62　No. 1　p. 42-45　2016年　研究論文（学術雑誌）
Metabolic characterization of cultured mammalian cells by mass balance analysis, tracer labeling experiments and computer-aided simulations.

Okahashi N, Kohno S, Kitajima S, Matsuda F, Takahashi C, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 120　No. 6　p. 725-731　2015年12月　研究論文（学術雑誌）
Enhanced dipicolinic acid production during the stationary phase in Bacillus subtilis by blocking acetoin synthesis.

Toya Y, Hirasawa T, Ishikawa S, Chumsakul O, Morimoto T, Liu S, Masuda K, Kageyama Y, Ozaki K, Ogasawara N, Shimizu H

Bioscience, biotechnology, and biochemistry　Vol. 79　No. 12　p. 2073-2080　2015年12月　研究論文（学術雑誌）
Construction of a Genome-Scale Metabolic Model of Arthrospira platensis NIES-39 and Metabolic Design for Cyanobacterial Bioproduction.

Yoshikawa K, Aikawa S, Kojima Y, Toya Y, Furusawa C, Kondo A, Shimizu H

PloS one　Vol. 10　No. 12　2015年12月　研究論文（学術雑誌）
(13)C-metabolic flux analysis in S-adenosyl-L-methionine production by Saccharomyces cerevisiae.

Hayakawa K, Kajihata S, Matsuda F, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 120　No. 5　p. 532-538　2015年11月　研究論文（学術雑誌）
Metabolomic analysis of acid stress response in Saccharomyces cerevisiae.

Nugroho RH, Yoshikawa K, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 120　No. 4　p. 396-404　2015年10月　研究論文（学術雑誌）
Absolute quantitation of glycolytic intermediates reveals thermodynamic shifts in Saccharomyces cerevisiae strains lacking PFK1 or ZWF1 genes.

Nishino S, Okahashi N, Matsuda F, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 120　No. 3　p. 280-286　2015年9月　研究論文（学術雑誌）
Phenotypic convergence in bacterial adaptive evolution to ethanol stress.

Horinouchi T, Suzuki S, Hirasawa T, Ono N, Yomo T, Shimizu H, Furusawa C

BMC evolutionary biology　Vol. 15　2015年9月　研究論文（学術雑誌）
¹³C-based metabolic flux analysis of Saccharomyces cerevisiae with a reduced Crabtree effect.

Kajihata S, Matsuda F, Yoshimi M, Hayakawa K, Furusawa C, Kanda A, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 120　No. 2　p. 140-144　2015年8月　研究論文（学術雑誌）
SSDesign: Computational metabolic pathway design based on flux variability using elementary flux modes.

Toya Y, Shiraki T, Shimizu H

Biotechnology and bioengineering　Vol. 112　No. 4　p. 759-768　2015年4月　研究論文（学術雑誌）
Effect of malic enzyme on ethanol production by Synechocystis sp. PCC 6803.

Yoshikawa K, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 119　No. 1　p. 82-84　2015年1月　研究論文（学術雑誌）
Nano-scale liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry using the multiple reaction monitoring mode based quantitative platform for analyzing multiple enzymes associated with central metabolic pathways of Saccharomyces cerevisiae using ultra

Matsuda F, Ogura T, Tomita A, Hirano I, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 119　No. 1　p. 117-120　2015年1月　研究論文（学術雑誌）
Development of an Automated Culture System for Laboratory Evolution

Takaaki Horinouchi, Teruaki Minamoto, Shingo Suzuki, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa

JALA　Vol. 19　No. 5　p. 478-482　2014年10月　研究論文（学術雑誌）
Integrated Metabolic Flux and Omics Analysis of Synechocystis sp PCC 6803 under Mixotrophic and Photoheterotrophic Conditions

Tsubasa Nakajima, Shuichi Kajihata, Katsunori Yoshikawa, Fumio Matsuda, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　Vol. 55　No. 9　p. 1605-1612　2014年9月　研究論文（学術雑誌）
C-13-metabolic flux analysis in heterologous cellulase production by Bacillus subtilis genome-reduced strain

Yoshihiro Toya, Takashi Hirasawa, Takuya Morimoto, Kenta Masuda, Yasushi Kageyama, Katsuya Ozaki, Naotake Ogasawara, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 179　p. 42-49　2014年6月　研究論文（学術雑誌）
Increased 3-hydroxypropionic acid production from glycerol, by modification of central metabolism in Escherichia coli

Kento Tokuyama, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Shotaro Tanaka, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

MICROBIAL CELL FACTORIES　Vol. 13　2014年5月　研究論文（学術雑誌）
Reliable Metabolic Flux Estimation in Escherichia coli Central Carbon Metabolism Using Intracellular Free Amino Acids.

Okahashi N, Kajihata S, Furusawa C, Shimizu H

Metabolites　Vol. 4　No. 2　p. 408-420　2014年5月
Glutamic Acid

Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

Bioprocessing of Renewable Resources to Commodity Bioproducts　p. 473-495　2014年4月28日　論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Wiley Blackwell
FastPros: screening of reaction knockout strategies for metabolic engineering

Satoshi Ohno, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa

BIOINFORMATICS　Vol. 30　No. 7　p. 981-987　2014年4月　研究論文（学術雑誌）
Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction

Takashi Hirasawa, Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

BIOENGINEERED　Vol. 5　No. 2　p. 123-128　2014年3月　研究論文（学術雑誌）
OpenMebius: An Open Source Software for Isotopically Nonstationary C-13-Based Metabolic Flux Analysis

Shuichi Kajihata, Chikara Furusawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL　Vol. 2014　2014年　研究論文（学術雑誌）
Enhanced acetic acid and succinic acid production under microaerobic conditions by Corynebacterium glutamicum harboring Escherichia coli transhydrogenase gene pntAB

Yuto Yamauchi, Takashi Hirasawa, Masato Nishii, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY　Vol. 60　No. 3　p. 112-118　2014年　研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae to improve succinic acid production based on metabolic profiling

Yuma Ito, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　Vol. 78　No. 1　p. 151-159　2014年1月　研究論文（学術雑誌）
A Vector Library for Silencing Central Carbon Metabolism Genes with Antisense RNAs in Escherichia coli

Nobutaka Nakashima, Satoshi Ohno, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu, Tomohiro Tamura

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　Vol. 80　No. 2　p. 564-573　2014年1月　研究論文（学術雑誌）
Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms

Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Biotechnology Advances　Vol. 31　No. 6　p. 818-826　2013年11月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms.

Toya Y, Shimizu H

Biotechnology advances　Vol. 31　No. 6　p. 818-826　2013年11月
ArtPathDesign: rational heterologous pathway design system for the production of nonnative metabolites.

Chatsurachai S, Furusawa C, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 116　No. 4　p. 524-527　2013年10月　研究論文（学術雑誌）
Genome-wide identification of the targets for genetic manipulation to improve L-lactate production by Saccharomyces cerevisiae by using a single-gene deletion strain collection.

Hirasawa T, Takekuni M, Yoshikawa K, Ookubo A, Furusawa C, Shimizu H

Journal of biotechnology　Vol. 168　No. 2　p. 185-193　2013年10月　研究論文（学術雑誌）
Potential of a Saccharomyces cerevisiae recombinant strain lacking ethanol and glycerol biosynthesis pathways in efficient anaerobic bioproduction

Takashi Hirasawa, Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

Bioengineered　Vol. 5　No. 2　2013年9月26日　研究論文（学術雑誌）
Design of superior cell factories based on systems wide omics analysis

Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

Systems Metabolic Engineering　p. 57-81　2013年8月1日　論文集(書籍)内論文
出版者・発行元：Springer Netherlands
Utilization of Saccharomyces cerevisiae recombinant strain incapable of both ethanol and glycerol biosynthesis for anaerobic bioproduction.

Ida Y, Hirasawa T, Furusawa C, Shimizu H

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 97　No. 11　p. 4811-4819　2013年6月　研究論文（学術雑誌）
Integrated transcriptomic and metabolomic analysis of the central metabolism of Synechocystis sp. PCC 6803 under different trophic conditions.

Yoshikawa K, Hirasawa T, Ogawa K, Hidaka Y, Nakajima T, Furusawa C, Shimizu H

Biotechnology journal　Vol. 8　No. 5　p. 571-580　2013年5月　研究論文（学術雑誌）
Systems metabolic engineering for the production of bio-nylon precursor.

Shimizu H

Biotechnology journal　Vol. 8　No. 5　p. 513-514　2013年5月　研究論文（学術雑誌）
In silico screening of triple reaction knockout Escherichia coli strains for overproduction of useful metabolites.

Ohno S, Furusawa C, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 115　No. 2　p. 221-228　2013年2月　研究論文（学術雑誌）
Development of a physical model-based algorithm for the detection of single-nucleotide substitutions by using tiling microarrays.

Ono N, Suzuki S, Furusawa C, Shimizu H, Yomo T

PloS one　Vol. 8　No. 1　2013年1月　研究論文（学術雑誌）
Investigating the effects of perturbations to pgi and eno gene expression on central carbon metabolism in Escherichia coli using C-13 metabolic flux analysis

Yuki Usui, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Tomokazu Shirai, Natsuko Yamamoto, Hirotada Mori, Hiroshi Shimizu

MICROBIAL CELL FACTORIES　Vol. 11　2012年6月　研究論文（学術雑誌）
An in silico platform for the design of heterologous pathways in nonnative metabolite production

Sunisa Chatsurachai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

BMC BIOINFORMATICS　Vol. 13　2012年5月　研究論文（学術雑誌）
Understanding the mechanism of heat stress tolerance caused by high trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray

Siraje Arif Mahmud, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Katsunori Yoshikawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 113　No. 4　p. 526-528　2012年4月　研究論文（学術雑誌）
Stable disruption of ethanol production by deletion of the genes encoding alcohol dehydrogenase isozymes in Saccharomyces cerevisiae

Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 113　No. 2　p. 192-195　2012年2月　研究論文（学術雑誌）
Systems metabolic engineering: the creation of microbial cell factories by rational metabolic design and evolution.

Furusawa C, Horinouchi T, Hirasawa T, Shimizu H

Advances in biochemical engineering/biotechnology　Vol. 131　p. 1-23　2012年2月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering innovation and developmentintegration of omics research and analysis of metabolism

Shimizu, H., Furusawa, C., Hirasawa, Katsunori, Y., Ono, N., Yoshihiro, T., Satoru, S.

Seibutsu-kogaku Kaishi　Vol. 90　No. 10　2012年　研究論文（学術雑誌）
Fluctuation-driven adaptation and symbiosis in cellular dynamics

Chikara Furusawa, Kota Ijichi, Hiroshi Shimizu

Lecture Notes of the Institute for Computer Sciences, Social-Informatics and Telecommunications Engineering　Vol. 87　p. 238-248　2012年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Molecular mechanisms and metabolic engineering of glutamate overproduction in Corynebacterium glutamicum.

Hirasawa T, Kim J, Shirai T, Furusawa C, Shimizu H

Sub-cellular biochemistry　Vol. 64　p. 261-281　2012年　研究論文（学術雑誌）
Improving protein secretion of a transglutaminase-secreting Corynebacterium glutamicum recombinant strain on the basis of C-13 metabolic flux analysis

Motoki Umakoshi, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Yasuhiro Takenaka, Yoshimi Kikuchi, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 112　No. 6　p. 595-601　2011年12月　研究論文（学術雑誌）
Evaluating C-13 enrichment data of free amino acids for precise metabolic flux analysis

Eiji Mori, Chikara Furusawa, Shuichi Kajihata, Tomokazu Shirai, Hiroshi Shimizu

BIOTECHNOLOGY JOURNAL　Vol. 6　No. 11　p. 1377-1387　2011年11月　研究論文（学術雑誌）
Reconstruction and verification of a genome-scale metabolic model for Synechocystis sp PCC6803

Katsunori Yoshikawa, Yuta Kojima, Tsubasa Nakajima, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 92　No. 2　p. 347-358　2011年10月　研究論文（学術雑誌）
Engineering strategy of yeast metabolism for higher alcohol production

Fumio Matsuda, Chikara Furusawa, Takashi Kondo, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Akihiko Kondo

MICROBIAL CELL FACTORIES　Vol. 10　2011年9月　研究論文（学術雑誌）
Investigation of phosphorylation status of OdhI protein during penicillin- and Tween 40-triggered glutamate overproduction by Corynebacterium glutamicum

Jongpill Kim, Takashi Hirasawa, Masaki Saito, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 91　No. 1　p. 143-151　2011年7月　研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis of single-gene deletion and overexpression strains of Saccharomyces cerevisiae

Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Yoshihiro Ida, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

YEAST　Vol. 28　No. 5　p. 349-361　2011年5月　研究論文（学術雑誌）
1E1312 P71 Whole genome resequencing of experimentally evolved Escherichia coli using a next generation sequencer(Genome biology, Bioinformatics,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Ono Naoaki, Horinouchi Takaaki, Tamaoka Kuniyasu, Suzuki Shingo, Hirasawa Takashi, Furusawa Chikara, Yomo Tetsuya, Shimizu Hiroshi

生物物理　Vol. 51　2011年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
3N1112 実験室進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析が示す長い時間スケールを持つ適応現象(蛋白質_蛋白質工学/進化工学、生命の起源・進化,第49回年会講演予稿集)

Horinouchi Takaaki, Suzuki Shingo, Ono Naoaki, Tamaoka Kuniyasu, Hirasawa Takashi, Yomo Tetsuya, Shimizu Hiroshi, Furusawa Chikara

生物物理　Vol. 51　2011年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Genome-wide expression analysis of Saccharomyces pastorianus orthologous genes using oligonucleotide microarrays.

Horinouchi T, Yoshikawa K, Kawaide R, Furusawa C, Nakao Y, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 110　No. 5　p. 602-607　2010年11月　研究論文（学術雑誌）
Genome-wide expression analysis of Saccharomyces pastorianus orthologous genes using oligonucleotide microarrays.

Horinouchi T, Yoshikawa K, Kawaide R, Furusawa C, Nakao Y, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 110　No. 5　p. 602-607　2010年11月　研究論文（学術雑誌）
Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress.

Horinouchi T, Tamaoka K, Furusawa C, Ono N, Suzuki S, Hirasawa T, Yomo T, Shimizu H

BMC genomics　Vol. 11　2010年10月1日　研究論文（学術雑誌）
Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology?

Hirasawa T, Furusawa C, Shimizu H

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 87　No. 2　p. 391-400　2010年6月
Requirement of de novo synthesis of the OdhI protein in penicillin-induced glutamate production by Corynebacterium glutamicum.

Kim J, Fukuda H, Hirasawa T, Nagahisa K, Nagai K, Wachi M, Shimizu H

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 86　No. 3　p. 911-920　2010年4月　研究論文（学術雑誌）
Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses.

Mahmud SA, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 109　No. 3　p. 262-266　2010年3月　研究論文（学術雑誌）
Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses.

Mahmud SA, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 109　No. 3　p. 262-266　2010年3月　研究論文（学術雑誌）
1P284 1H1255 複数時間スケールを持つ環境適応ダイナミクス : エタノールストレス環境下での大腸菌人工進化実験における網羅的表現型/遺伝子型解析(生命の起源・進化,口頭発表,第48回日本生物物理学会年会)

Horinouchi Takaaki, Tamaoka Kuniyasu, Furusawa Chikara, Ono Naoaki, Suzuki Shingo, Hirasawa Takashi, Yomo Tetsuya, Shimizu Hiroshi

生物物理　Vol. 50　No. 2　2010年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Relationship between noise characteristics in protein expressions and regulatory structures of amino acid biosynthesis pathways

Yamada T, Ou J, Furusawa C, Hirasawa T, Yomo T, Shimizu H

Iet Systems Biology　Vol. 4　No. 1　p. 82-89　2010年　研究論文（学術雑誌）
Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in l-lactate production by Saccharomyces cerevisiae.

Hirasawa T, Ookubo A, Yoshikawa K, Nagahisa K, Furusawa C, Sawai H, Shimizu H

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 84　No. 6　p. 1149-1159　2009年10月　研究論文（学術雑誌）
Analysis of stochasticity in promoter activation by using a dual-fluorescence reporter system.

Ou J, Furusawa C, Yomo T, Shimizu H

Bio Systems　Vol. 97　No. 3　p. 160-164　2009年9月　研究論文（学術雑誌）
Development and experimental verification of a genome-scale metabolic model for Corynebacterium glutamicum.

Shinfuku Y, Sorpitiporn N, Sono M, Furusawa C, Hirasawa T, Shimizu H

Microbial cell factories　Vol. 8　2009年8月3日　研究論文（学術雑誌）
Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.

Dinh TN, Nagahisa K, Yoshikawa K, Hirasawa T, Furusawa C, Shimizu H

Bioprocess and biosystems engineering　Vol. 32　No. 5　p. 681-688　2009年8月　研究論文（学術雑誌）
Proteomic analysis of responses to osmotic stress in laboratory and sake-brewing strains of Saccharomyces cerevisiae

Takashi Hirasawa, Kazuyuki Yamada, Keisuke Nagahisa, Thai Nho Dinh, Chikara Furusawa, Yoshio Katakura, Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu

PROCESS BIOCHEMISTRY　Vol. 44　No. 6　p. 647-653　2009年6月　研究論文（学術雑誌）
Analysis of metabolic network based on conservation of molecular structure.

Hogiri T, Furusawa C, Shinfuku Y, Ono N, Shimizu H

Bio Systems　Vol. 95　No. 3　p. 175-178　2009年3月　研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae.

Yoshikawa K, Tanaka T, Furusawa C, Nagahisa K, Hirasawa T, Shimizu H

FEMS yeast research　Vol. 9　No. 1　p. 32-44　2009年2月　研究論文（学術雑誌）
3P-227 次世代シーケンサにおけるメイトペアの距離情報を利用した配列解析アルゴリズムの開発(ゲノム生物学-ゲノム解析,第47回日本生物物理学会年会)

Ono Naoaki, Suzuki Shingo, Furusawa Shingo, Shimizu Hiroshi, Yomo Tetsuya

生物物理　Vol. 49　2009年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Effect of odhA overexpression and odhA antisense RNA expression on Tween-40-triggered glutamate production by Corynebacterium glutamicum.

Kim J, Hirasawa T, Sato Y, Nagahisa K, Furusawa C, Shimizu H

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 81　No. 6　p. 1097-1106　2009年1月　研究論文（学術雑誌）
Model-based analysis of non-specific binding for background correction of high-density oligonucleotide microarrays.

Furusawa C, Ono N, Suzuki S, Agata T, Shimizu H, Yomo T

Bioinformatics (Oxford, England)　Vol. 25　No. 1　p. 36-41　2009年1月1日　研究論文（学術雑誌）
Effect of trehalose accumulation on response to saline stress in Saccharomyces cerevisiae.

Mahmud SA, Nagahisa K, Hirasawa T, Yoshikawa K, Ashitani K, Shimizu H

Yeast (Chichester, England)　Vol. 26　No. 1　p. 17-30　2009年1月　研究論文（学術雑誌）
Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae.

Yoshikawa K, Furusawa C, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 106　No. 5　p. 507-510　2008年11月　研究論文（学術雑誌）
Improvement of L-lactate production by CYB2 gene disruption in a recombinant Saccharomyces cerevisiae strain under low pH condition.

Ookubo A, Hirasawa T, Yoshikawa K, Nagahisa K, Furusawa C, Shimizu H

Bioscience, biotechnology, and biochemistry　Vol. 72　No. 11　p. 3063-3066　2008年11月　研究論文（学術雑誌）
Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae.

Yoshikawa K, Furusawa C, Hirasawa T, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 106　No. 5　p. 507-510　2008年11月　研究論文（学術雑誌）
Comprehensive phenotypic analysis of yeast under ethanol stress condition

Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 136　p. S111-S111　2008年10月
Beer volatile compounds and their application to low-malt beer fermentation.

Kobayashi M, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 106　No. 4　p. 317-323　2008年10月
Beer volatile compounds and their application to low-malt beer fermentation.

Kobayashi M, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 106　No. 4　p. 317-323　2008年10月
Adaptation of Saccharomyces cerevisiae cells to high ethanol concentration and changes in fatty acid composition of membrane and cell size.

Dinh TN, Nagahisa K, Hirasawa T, Furusawa C, Shimizu H

PloS one　Vol. 3　No. 7　2008年7月9日　研究論文（学術雑誌）
An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays.

Ono N, Suzuki S, Furusawa C, Agata T, Kashiwagi A, Shimizu H, Yomo T

Bioinformatics (Oxford, England)　Vol. 24　No. 10　p. 1278-1285　2008年5月1日　研究論文（学術雑誌）
Dynamic change in promoter activation during lysine biosynthesis in Escherichia coli cells.

Ou J, Yamada T, Nagahisa K, Hirasawa T, Furusawa C, Yomo T, Shimizu H

Molecular bioSystems　Vol. 4　No. 2　p. 128-134　2008年2月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic flux balance analysis of an industrially useful microorganism corynebacerium glutamicum by a genome-scale reconstructed model

Hiroshi Shimizu, Yohei Shinfuku, Masahiro Sono, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa

3rd International ICST Conference on Bio-Inspired Models of Network, Information and Computing Systems, BIONETICS 2008　2008年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ICST
Quantitative expression analysis using oligonucleotide microarrays based on a physico-chemical model

Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo

3rd International ICST Conference on Bio-Inspired Models of Network, Information and Computing Systems, BIONETICS 2008　2008年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：ICST
1P-283 リシーケンスマイクロアレイを用いた大腸菌の全ゲノム変異解析(ゲノム生物学,第46回日本生物物理学会年会)

ONO Naoaki, SUZUKI Shingo, FURUSAWA Chikara, SHIMIZU Hiroshi, YOMO Tetsuya

生物物理　Vol. 48　2008年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
1P-296 複雑な生態系理解へ向けた細胞集団の動的適応モデル(数理生物学,第46回日本生物物理学会年会)

Ijichi Kota, Furusawa Chikara, Ono Naoaki, Shimizu Hiroshi

生物物理　Vol. 48　2008年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Distinct roles of two anaplerotic pathways in glutamate production induced by biotin limitation in Corynebacterium glutamicum

Sato, H, Orishimo, K, Shirai, T, Hirasawa, T, Nagahisa, K, Shimizu, H, Wachi, M

J. Biosci. Biotechnol.　Vol. 106　No. 1　p. 51-58　2008年　研究論文（学術雑誌）
Analysis of fluctuation in protein abundance without promoter regulation based on Escherichia coli continuous culture

Tadashi Yamada, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Akiko Kashiwagi, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu

BIOSYSTEMS　Vol. 90　No. 3　p. 614-622　2007年11月　研究論文（学術雑誌）
Identification of target genes conferring ethanol stress tolerance to Saccharomyces cerevisiae based on DNA microarray data analysis.

Hirasawa T, Yoshikawa K, Nakakura Y, Nagahisa K, Furusawa C, Katakura Y, Shimizu H, Shioya S

Journal of biotechnology　Vol. 131　No. 1　p. 34-44　2007年8月1日　研究論文（学術雑誌）
Study on roles of anaplerotic pathways in glutamate overproduction of Corynebacterium glutamicum by metabolic flux analysis.

Shirai T, Fujimura K, Furusawa C, Nagahisa K, Shioya S, Shimizu H

Microbial cell factories　Vol. 6　2007年6月2日　研究論文（学術雑誌）
Analysis of hemin effect on lactate reduction in Lactococcus lactis

Machiko Nagayasu, Agustin Krisna Wardani, Keisuke Nagahisa, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 103　No. 6　p. 529-534　2007年6月　研究論文（学術雑誌）
Physiological analysis of yeast cells by flow cytometry during serial-repitching of low-malt beer fermentation.

Kobayashi M, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 103　No. 5　p. 451-456　2007年5月　研究論文（学術雑誌）
Extracting the hidden features in saline osmotic tolerance in Saccharomyces cerevisiae from DNA microarray data using the self-organizing map: biosynthesis of amino acids

Gaurav Pandey, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Keisuke Nagahisa, Yoshio Katakura, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 75　No. 2　p. 415-426　2007年5月　研究論文（学術雑誌）
Physiological analysis of yeast cells by flow cytometry during serial-repitching of low-malt beer fermentation.

Kobayashi M, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 103　No. 5　p. 451-456　2007年5月　研究論文（学術雑誌）
Kinetic modeling of kefiran production in mixed culture of Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae

Benjamas Cheirsilp, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

PROCESS BIOCHEMISTRY　Vol. 42　No. 4　p. 570-579　2007年4月　研究論文（学術雑誌）
Inverse metabolic engineering by integration of multiple omics analyses

Hiroshi Shimizu, Takashi Hirasawa, Katsunori Yoshikawa, Yuki Nakakura, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Yoshio Katakura, Suteaki Shioya

IFAC Proceedings Volumes (IFAC-PapersOnline)　Vol. 10　p. 19-24　2007年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：IFAC Secretariat
Production of glutamate and glutamate-related amino acids: Molecular mechanism analysis and metabolic engineering

Hiroshi Shimizu, Takashi Hirasawa

Microbiology Monograph　Vol. 5　p. 1-38　2007年
Characterization and enzymatic degradation of microbial copolyester P(3HB-co-3HV)s produced by metabolic reaction model-based system

Suchada Chanprateep, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

POLYMER DEGRADATION AND STABILITY　Vol. 91　No. 12　p. 2941-2950　2006年12月　研究論文（学術雑誌）
Comparison of transcriptional responses to osmotic stresses induced by NaCl and sorbitol additions in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.

Hirasawa T, Ashitani K, Yoshikawa K, Nagahisa K, Furusawa C, Katakura Y, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 102　No. 6　p. 568-571　2006年12月　研究論文（学術雑誌）
Simultaneous control of apparent extract and volatile compounds concentrations in low-malt beer fermentation.

Kobayashi M, Nagahisa K, Shimizu H, Shioya S

Applied microbiology and biotechnology　Vol. 73　No. 3　p. 549-558　2006年12月　研究論文（学術雑誌）
Comparison of transcriptional responses to osmotic stresses induced by NaCl and sorbitol additions in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray.

Hirasawa T, Ashitani K, Yoshikawa K, Nagahisa K, Furusawa C, Katakura Y, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 102　No. 6　p. 568-571　2006年12月　研究論文（学術雑誌）
Precise metabolic flux analysis of coryneform bacteria by gas chromatography-mass spectrometry and verification by nuclear magnetic resonance.

Shirai T, Matsuzaki K, Kuzumoto M, Nagahisa K, Furusawa C, Shioya S, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 102　No. 5　p. 413-424　2006年11月　研究論文（学術雑誌）
Precise metabolic flux analysis of coryneform bacteria by gas chromatography-mass spectrometry and verification by nuclear magnetic resonance.

Shirai T, Matsuzaki K, Kuzumoto M, Nagahisa K, Furusawa C, Shioya S, Shimizu H

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 102　No. 5　p. 413-424　2006年11月　研究論文（学術雑誌）
Computational prediction of impact of rerouting the carbon flux in metabolic pathway on cell growth and nisin production by Lactococcus lactis

AK Wardani, S Egawa, K Nagahisa, H Shimizu, S Shioya

BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL　Vol. 28　No. 3　p. 220-230　2006年3月　研究論文（学術雑誌）
Robustness of cascade pH and dissolved oxygen control in symbiotic nisin production process system of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus.

Wardani AK, Egawa S, Nagahisa K, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 101　No. 3　p. 274-276　2006年3月　研究論文（学術雑誌）
Robustness of cascade pH and dissolved oxygen control in symbiotic nisin production process system of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus.

Wardani AK, Egawa S, Nagahisa K, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 101　No. 3　p. 274-276　2006年3月　研究論文（学術雑誌）
2P480 Relationship between Evolutionary Dynamics and Preservation of Molecular Structures in Metabolic Network(50. Non-equilibrium and complex system,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Hogiri Tomoharu, Ono Naoaki, Furusawa Chikara, Shimizu Hiroshi

生物物理　Vol. 46　No. 2　2006年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
1P402 Heterogeneity of cell population in continuous culture of Escherichia coli(16. Cell-cell communication,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

Sadamitsu Makoto, Furusawa Chikara, Kashiwagi Akiko, Yomo Tetsuya, Shimizu Hiroshi

生物物理　Vol. 46　No. 2　2006年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
Microbial interaction in a symbiotic bioprocess of lactic acid bacterium and diary yeast

Hiroshi Shimizu, Sunao Egawa, Agustin K. Wardani, Keisuke Nagahisa, Suteaki Shioya

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)　Vol. 3853　p. 93-106　2006年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Analysis of fluctuation in gene expression based on continuous culture system

Tadashi Yamada, Makoto Sadamitsu, Keisuke Nagahisa, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu

Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)　Vol. 3853　p. 113-127　2006年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Application of a mathematical model and Differential Evolution algorithm approach to optimization of bacteriocin production by Lactococcus lactis C7

Sompop Moonchai, Weeranuch Madlhoo, Kanidtha Jariyachavalit, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya, Somchai Chauvatcharin

Bioprocess and Biosystems Engineering　Vol. 28　No. 1　p. 15-26　2005年12月　研究論文（学術雑誌）
Comparative analysis of transcriptional responses to saline stress in the laboratory and brewing strains of Saccharomyces cerevisiae with DNA microarray.

Hirasawa T, Nakakura Y, Yoshikawa K, Ashitani K, Nagahisa K, Furusawa C, Katakura Y, Shimizu H, Shioya S

Appl Microbiol Biotechnol.　Vol. 70　No. 3　p. 346-357　2005年11月　研究論文（学術雑誌）
Development of Co-Culture Systems of Lactic Acid Bacteria and Yeasts of Bioproduction

SHIMIZU Hiroshi, CHEIRSILP Benjamas, SHIOYA Suteaki

日本乳酸菌学会誌 = Journal of Japan Society for Lactic Acid Bacteria　Vol. 16　No. 1　p. 2-10　2005年6月1日
出版者・発行元：日本乳酸菌学会
Comparative study of flux redistribution of metabolic pathway in glutamate production by two coryneform bacteria

T Shirai, A Nakato, N Izutani, K Nagahisa, S Shioya, E Kimura, Y Kawarabayasi, A Yamagishi, T Gojobori, H Shimizu

METABOLIC ENGINEERING　Vol. 7　No. 2　p. 59-69　2005年3月　研究論文（学術雑誌）
On-line estimation and control of apparent extract concentration in low-malt beer fermentation

Michiko Kobayashi, Toshinari Hiroshima, Keisuke Nagahisa, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

Journal of the Institute of Brewing　Vol. 111　No. 2　p. 128-136　2005年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：John Wiley and Sons Inc.
DNA microarray analysis on Saccharomyces cerevisiae under high carbon dioxide concentration in fermentation process

Nagahisa K, Nakajima T, Yoshikawa K, Hirasawa T, Katakura Y, Furusawa C, Shioya S, Shimizu H

Biotechnology and Bioprocess Engineering　Vol. 10　No. 5　p. 451-461　2005年　研究論文（学術雑誌）
Gene network analysis by a self-organizing map and an artificial neural network

Jihua Huang, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

IFAC Proceedings Volumes (IFAC-PapersOnline)　Vol. 37　No. 3　p. 275-280　2004年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：IFAC Secretariat
Simultaneous control of apparent extract and volatile compounds concentrations in beer fermentation

Suteaki Shioya, Michiko Kobayashi, Toshinari Hiroshima, Hiroshi Shimizu

IFAC Proceedings Volumes (IFAC-PapersOnline)　Vol. 37　No. 3　p. 451-456　2004年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：IFAC Secretariat
Analysis of Cell Population Dynamics in Continuous Culture of Escherichia coli

Yamada Tadashi, Maeoka Kouhei, Kashiwagi Akiko, Nagahisa Keisuke, Furusawa Chikara, Shioya Suteaki, Yomo Tetsuya, Shimizu Hiroshi

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 809-809　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Analysis of DNA Microarray Data using Self-Organizing Map and Hierarchical Clustering

Yoshikawa Katsunori, Pandey Gaurav, Hirasawa Takashi, Katakura Yoshio, Nagahisa Keisuke, Furusawa Chikara, Shioya Suteaki, Shimizu Hiroshi

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 778-778　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Simultaneous Control of Apparent Extract and Volatile Compounds Concentrations in a Beer Brewing Process

Kobayashi Michiko, Nagahisa Keisuke, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 787-787　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Metabolic Flux Analysis in Two Kinds of Coryneform Bacteria with GC-MS and NMR

Shirai Tomokazu, Kuzumoto Masanori, Matsuzaki Kunihiro, Satou Yoshiyasu, Nagahisa Keisuke, Furusawa Chikara, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 775-775　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Metabolic Systems Analysis at a Key Branch Point of Glutamate Production by Coryneform Bacteria

Shimizu Hiroshi, Shirai Tomokazu, Kuzumoto Masanori, Hirasawa Takashi, Katakura Yoshio, Nagahisa Keisuke, Furusawa Chikara, Shioya Suteaki

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 423-423　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Rational Design of Metabolic Pathway Improvement based on DNA Microarray Data in Yeast

Hirasawa Takashi, Nakakura Yuki, Hui Zhao, Nagahisa Keisuke, Katakura Yoshio, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 422-422　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Metabolic Pathway Recruiting through Modeling of Saccharomyces cerevisiae based on Genomics for Industrial Application

Shioya Suteaki, Shimizu Hiroshi, Hirasawa Takashi, Nagahisa Keisuke, Katakura Yoshio, Furusawa Chikara

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 416-416　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Analysis of Adaptation of Yeast Cells to a High Osmotic Pressure Stress based on Proteomics

Nagahisa Keisuke, Yamada Kazuyuki, Nakakura Yuki, Hirasawa Takashi, Katakura Yoshio, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

アジア・太平洋化学工学会議発表論文要旨集　Vol. 2004　p. 431-431　2004年
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
Analysis of responses of complex bionetworks to changes in environmental conditions

H Shimizu, T Hirasawa, K Nagahisa, S Shioya

BIOLOGICALLY INSPIRED APPROACHES TO ADVANCED INFORMATION TECHNOLOGY　Vol. 3141　p. 13-27　2004年　研究論文（学術雑誌）
Interactions between Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae in mixed culture for kefiran production.

Cheirsilp B, Shoji H, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 96　No. 3　p. 279-284　2003年12月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：3
Clustering gene expression pattern and extracting relationship in gene network based on artificial neural networks.

Huang J, Shimizu H, Shioya S

Journal of bioscience and bioengineering　Vol. 96　No. 5　p. 421-428　2003年12月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：5
Nonisothermal crystallization kinetics of biodegradable random poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) and block one

Suchada Chanprateep, Kensuke Kikuya, Hiroshi Shimizu, Shuhei Seki, Seiichi Tagawa, Suteaki Shioya

Journal of Chemical Engineering of Japan　Vol. 36　No. 6　p. 639-646　2003年6月　研究論文（学術雑誌）
Effects of the changes in enzyme activities on metabolic flux redistribution around the 2-oxoglutarate branch in glutamate production by Corynebacterium glutamicum

H Shimizu, H Tanaka, A Nakato, K Nagahisa, E Kimura, S Shioya

BIOPROCESS AND BIOSYSTEMS ENGINEERING　Vol. 25　No. 5　p. 291-298　2003年3月　研究論文（学術雑誌）
Enhanced kefiran production by mixed culture of Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae

B Cheirsilp, H Shimizu, S Shioya

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 100　No. 1　p. 43-53　2003年1月　研究論文（学術雑誌）
Metabolic engineering - Integrating methodologies of molecular breeding and bioprocess systems engineering

H Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 94　No. 6　p. 563-573　2002年12月
Classification of fermentation performance by multivariate analysis based on mean hypothesis testing

JH Huang, H Nanami, A Kanda, H Shimizu, S Shioya

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 94　No. 3　p. 251-257　2002年9月　研究論文（学術雑誌）
Data preprocessing and output evaluation of an autoassociative neural network model for online fault detection in virginiamycin production

JH Huang, H Shimizu, S Shioya

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 94　No. 1　p. 70-77　2002年7月　研究論文（学術雑誌）
Model predictive controller for biodegradable polyhydroxyalkanoate production in fed-batch culture

S Chanprateep, K Kikuya, H Shimizu, S Shioya

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 95　No. 2　p. 157-169　2002年5月　研究論文（学術雑誌）
Effect of carbon and nitrogen additions on consumption activity of apparent extract of yeast cells in a brewing process

Hiroshi Shimizu, Seiichi Mizuno, Toshinari Hiroshima, Suteaki Shioya

Journal of the American Society of Brewing Chemists　Vol. 60　No. 4　p. 163-169　2002年　研究論文（学術雑誌）
Roles of glucose and acetate as carbon sources in L-histidine production with Brevibacterium flavum FERM1564 revealed by metabolic flux analysis

Hiroshi Shimizu, Nobuyuki Shimizu, Suteaki Shioya

Biotechnology and Bioprocess Engineering　Vol. 7　No. 3　p. 171-177　2002年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Korean Society for Biotechnology and Bioengineering
Importance of carbon source feeding and pH control strategies for maximum kojic acid production from sago starch by Aspergillus flavus

Mohamad Rosfarizan, Ariff Arbakariya, Mohd Ali Hassan, Mohamed Ismail Abdul Karim, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

Journal of Bioscience and Bioengineering　Vol. 94　No. 2　p. 99-105　2002年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Fermentation and Bioengineering
Metabolic control analysis in glutamate synthetic pathway: Experimental sensitivity analysis at a key branch point

H Shimizu, H Tanaka, A Nakato, K Nagahisa, S Shioya

BIOLOGICAL SYSTEMS ENGINEERING　Vol. 830　p. 39-52　2002年　研究論文（学術雑誌）
Modelling and optimization of environmental conditions for kefiran production by Lactobacillus kefiranofaciens

B Cheirsilp, H Shimizu, S Shioya

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 57　No. 5-6　p. 639-646　2001年12月　研究論文（学術雑誌）
Multivariable control of alcohol concentrations in the production of polyhydroxyalkanoates (PHAs) by Paracoccus denitrificans

S Chanprateep, N Abe, H Shimizu, T Yamane, S Shioya

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 74　No. 2　p. 116-124　2001年7月　研究論文（学術雑誌）
Maximizing yellow pigment production in fed-batch culture of Monascus sp.

Somchai Krairak, Kouji Yamamura, Ryoichi Irie, Mikio Nakajima, Hiroshi Shimizu, Patoomporn Chim-Anage, Busaba Yongsmith, Suteaki Shioya

Journal of Bioscience and Bioengineering　Vol. 90　No. 4　p. 363-367　2000年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier Science Publishers B.V.
Mining of biological data II: Assessing data structure and class homogeneity by cluster analysis

Roy T. Kamimura, Silvio Bicciato, Hiroshi Shimizu, Joe Alford, Gregory Stephanopoulos

Metabolic Engineering　Vol. 2　No. 3　p. 228-238　2000年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Academic Press Inc.
Mining of biological data I: Identifying discriminating features via mean hypothesis testing

Roy T. Kamimura, Silvio Bicciato, Hiroshi Shimizu, Joe Alford, Gregory Stephanopoulos

Metabolic Engineering　Vol. 2　No. 3　p. 218-227　2000年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Academic Press Inc.
A Maximum Production Strategy of Lysine Based on a Simplified Model Derived from a Metabolic Reaction Network

Hiroshi Shimizu, Noboru Takiguchi, Hisaya Tanaka, Suteaki Shioya

METABOLIC ENGINEERING　Vol. 1　No. 4　p. 299-308　1999年10月　研究論文（学術雑誌）
Nisin production by a mixed-culture system consisting of Lactococcus lactis and Kluyveromyces marxianus

H Shimizu, T Mizuguchi, E Tanaka, S Shioya

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　Vol. 65　No. 7　p. 3134-3141　1999年7月　研究論文（学術雑誌）
On-line monitoring of fungal cell concentration by dielectric spectroscopy

S. Krairak, K. Yamamura, M. Nakajima, H. Shimizu, S. Shioya

Journal of Biotechnology　Vol. 69　No. 2-3　p. 115-123　1999年4月15日　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier Sci B.V.
Maximum production strategy for biodegradable copolymer P(HB-co-HV) in fed-batch culture of Alcaligenes eutrophus

H Shimizu, Y Kozaki, H Kodama, S Shioya

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 62　No. 5　p. 518-525　1999年3月　研究論文（学術雑誌）
Optimization of agitation and aeration conditions for maximum virginiamycin production

S Shioya, M Morikawa, Y Kajihara, H Shimizu

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 51　No. 2　p. 164-169　1999年2月　研究論文（学術雑誌）
Feeding strategy of required components by metabolic engineering approach in a lysine production process

N Takiguchi, N Fukui, N Shimizu, H Shimizu, S Shioya

COMPUTER APPLICATIONS IN BIOTECHNOLOGY 1998　p. 375-380　1998年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
Bioprocess fault detection by nonlinear multivariate analysis: Application of an artificial autoassociative neural network and wavelet filter bank

Hiroshi Shimizu, Kouichi Yasuoka, Keiji Uchiyama, Suteaki Shioya

Biotechnology Progress　Vol. 14　No. 1　p. 79-87　1998年1月　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIChE
Method of Corynebacterium glutamicum fermentation time extension with high lysine production rate by leucine addition

Noboru Takiguchi, Naoki Fukui, Nobuyuki Shimizu, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

Journal of Fermentation and Bioengineering　Vol. 86　No. 2　p. 180-184　1998年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier Sci B.V.
An on-line physiological state recognition system for the lysine fermentation process based on a metabolic reaction model

N Takiguchi, H Shimizu, S Shioya

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 55　No. 1　p. 170-181　1997年7月　研究論文（学術雑誌）
On-line fault diagnosis for optimal rice α-amylase production process of a temperature-sensitive mutant of Saccharomyces cerevisiae by an autoassociative neural network

Hiroshi Shimizu, Kouichi Yasuoka, Keiji Uchiyama, Suteaki Shioya

Journal of Fermentation and Bioengineering　Vol. 83　No. 5　p. 435-442　1997年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier Sci B.V.
On-line recognition of physiological state in a yeast fed-batch culture

H Shimizu, K Miura, S Shioya, K Suga

JOURNAL OF PROCESS CONTROL　Vol. 6　No. 6　p. 373-378　1996年12月　研究論文（学術雑誌）
Maximum virginiamycin production by optimization of cultivation conditions in batch culture with autoregulator addition

YK Yang, M Morikawa, H Shimizu, S Shioya, K Suga, T Nihira, Y Yamada

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 49　No. 4　p. 437-444　1996年2月　研究論文（学術雑誌）
Comparison of estimation techniques for a time-dependent parameter in a metabolic reaction model

Hiroshi Shimizu, Keigo Miura, Noboru Takiguchi, Suteaki Shioya

Journal of Fermentation and Bioengineering　Vol. 81　No. 4　p. 363-365　1996年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Fermentation and Bioengineering, Japan
Mole fraction control of poly(3-hydroxybutyric-co-3-hydroxyvaleric) acid in fed-batch culture of Alcaligenes eutrophus

Yoshiyuki Ishihara, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

Journal of Fermentation and Bioengineering　Vol. 81　No. 5　p. 422-428　1996年　研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Society of Fermentation and Bioengineering, Japan
Image analysis of mycelial morphology in virginiamycin production by batch culture of Streptomyces virginiae

YK Yang, M Morikawa, H Shimizu, S Shioya, K Suga, T Nihira, Y Yamada

JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING　Vol. 81　No. 1　p. 7-12　1996年　研究論文（学術雑誌）
OPTIMUM AUTOREGULATOR ADDITION STRATEGY FOR MAXIMUM VIRGINIAMYCIN PRODUCTION IN BATCH CULTURE OF STREPTOMYCES-VIRGINIAE

YK YANG, H SHIMIZU, S SHIOYA, K SUGA, T NIHIRA, Y YAMADA

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 46　No. 5　p. 437-442　1995年6月　研究論文（学術雑誌）
FUZZY CONTROL OF ETHANOL CONCENTRATION AND ITS APPLICATION TO MAXIMUM GLUTATHIONE PRODUCTION IN YEAST FED-BATCH CULTURE

CG ALFAFARA, K MIURA, H SHIMIZU, S SHIOYA, K SUGA, K SUZUKI

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 41　No. 4　p. 493-501　1993年2月　研究論文（学術雑誌）
KINETIC-STUDY OF POLY-D(-)-3-HYDROXYBUTYRIC ACID (PHB) PRODUCTION AND ITS MOLECULAR-WEIGHT DISTRIBUTION CONTROL IN A FED-BATCH CULTURE OF ALCALIGENES-EUTROPHUS

H SHIMIZU, S TAMURA, S SHIOYA, K SUGA

JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING　Vol. 76　No. 6　p. 465-469　1993年　研究論文（学術雑誌）
CYSTEINE ADDITION STRATEGY FOR MAXIMUM GLUTATHIONE PRODUCTION IN FED-BATCH CULTURE OF SACCHAROMYCES-CEREVISIAE

C ALFAFARA, K MIURA, H SHIMIZU, S SHIOYA, K SUGA

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 37　No. 2　p. 141-146　1992年5月　研究論文（学術雑誌）
Fuzzy control of ethanol concentration and its application to glutathione production in yeast fed-batch culture

H. Shimizu, K. Miura, C. G. Alfafara, S. Shioya, K. Suga, K. Suzuki

IFAC Symposia Series　No. 10　p. 433-436　1992年　研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：Publ by Pergamon Press Inc
OPTIMAL PRODUCTION OF GLUTATHIONE BY CONTROLLING THE SPECIFIC GROWTH-RATE OF YEAST IN FED-BATCH CULTURE

H SHIMIZU, K ARAKI, S SHIOYA, K SUGA

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 38　No. 2　p. 196-205　1991年6月　研究論文（学術雑誌）
MEASUREMENT OF ENZYME REACTION-RATES USING ADVANCED PH CONTROL-SYSTEM - APPLICATION OF REPETITIVE PF SYSTEM

H SHIMIZU, E SADA, S SHIOYA, K SUGA

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 34　No. 6　p. 794-803　1989年9月　研究論文（学術雑誌）
PROFILE CONTROL OF THE SPECIFIC GROWTH-RATE IN FED-BATCH EXPERIMENTS

H SHIMIZU, S SHIOYA, K SUGA, T TAKAMATSU

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 30　No. 3　p. 276-282　1989年3月　研究論文（学術雑誌）
An algorithmic approach to constructing the on‐line estimation system for the specific growth rate

Hiroshi Shimizu, Takeichiro Takamatsu, Suteaki Shioya, Ken‐Ichi Suga

Biotechnology and Bioengineering　Vol. 33　No. 3　p. 354-364　1989年　研究論文（学術雑誌）

MISC 451

Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals

Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Current Opinion in Biotechnology　Vol. 87　p. 103133-103133　2024年6月
出版者・発行元：Elsevier BV
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明

岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点　Vol. 2023　2024年
人工代謝経路との共役による非標準型補酵素利用酵素のスクリーニング法の開発

二井手哲平, 青木南都, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 76th　2024年
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基の予測と実証

森聖也, 戸谷吉博, 清水浩, 二井手哲平

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 76th　2024年
速度論的代謝解析におけるアンサンブルモデリングの高速化に向けた経験的棄却法の提案と検証

竹谷友之, 戸谷吉博, 佐藤美和, 二井手哲平, 田邉麻衣子, 清水浩, 神鳥明彦

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2024　2024年
代謝酵素の基質認識に寄与するアミノ酸残基の推定と機能創出

二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

生化学　Vol. 96　No. 5　2024年
同位体標識を利用した大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価

寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 76th　2024年
大腸菌における非酸化的解糖経路フラックス評価のための¹³Cグルコース標識方法

三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 76th　2024年
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 54th　2023年
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製

清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 54th　2023年
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明

岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点　Vol. 2022　2023年
光駆動プロトンポンプを利用した大腸菌の酸耐性の強化と有用物質生産への応用

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 75th　2023年
がん培養細胞株における好気的解糖と代謝熱の関連

岡橋伸幸, 島知輝, 近藤佑哉, 荒木千絵, 辻周真, 澤井茜, 上原ひかる, 河野晋, 清水浩, 高橋智聡, 松田史生

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 46th　2023年
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジスティック回帰モデルの有用性

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 75th　2023年
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 75th　2023年
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 75th　2023年
機械学習を用いた代謝酵素の基質特異性決定残基の推定と変換

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 75th　2023年
モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放

戸谷吉博, 三吉健太, 川本優一, 芝井厚, 古澤力, 古澤力, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 88th　2023年
エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン

三吉健太, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 88th　2023年
大腸菌由来ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ変異体の構造機能

三宅智哉, 西村和樹, 松田佳央理, 藤田純三, 藤田純三, 藤田純三, 難波啓一, 難波啓一, 徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩, 栗栖源嗣, GERT-JAN Bekker, 上原了, 松村浩由

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 46th　2023年
多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー

清水浩, 戸谷吉博

生物物理　Vol. 62　No. 4　p. 104-109　2022年4月
バイオによるものづくりに貢献する機械学習・深層学習技術

徳山健斗, 清水浩

化学工学会誌　Vol. 86　No. 4　p. 161-164　2022年4月
データサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリング

徳山健斗, 下平祥貴, 寺脇貴弘, 楠瀬泰弘, 中井裕章, 辻󠄀雄一郎, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

生物工学会誌　Vol. 100　No. 2　p. 80-80　2022年2月
多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー

清水浩, 戸谷吉博

生物物理(Web)　Vol. 62　No. 2　2022年
微生物共培養のための精製タンパク質を利用した¹³C代謝フラックス比解析技術の開発

川本優一, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性変換

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
共培養代謝工学のための経路分断方法の検討

多田一紀, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
マルチカラー光による大腸菌の代謝経路のフラックス制御に向けた検討

赤木駿斗, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
青色光応答タンパク質を利用した中枢代謝フラックスの制御技術の開発

赤木駿斗, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化

松本拓也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
アンチセンスRNAを利用した光照射による代謝フラックス制御技術の開発

櫻井翔太, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した¹³C代謝フラックス比解析技術の開発

川本優一, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
配列保存度情報を組み入れた酵素工学

二井手哲平, 杉木創, 宮脇佳汰, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
マイクロドロップレットを用いた大腸菌指向進化実験のとりくみ

佐藤玲子, 大竹理寛, 高イクサイ, 戸谷吉博, 清水浩, 鈴木宏明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割

今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
CO₂排出を抑制した物質生産に向けた大腸菌における逆グリオキシル酸経路の利用

田中恒作, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 53rd　2022年
共培養チロシン生産に適した代謝改変の検討

多田一紀, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 53rd　2022年
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案

二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 53rd　2022年
人工的な相利共生関係を利用した指向性進化による有用物質生産菌の開発

川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 53rd　2022年
指向性進化を目的としたマイクロ流路細胞培養システムの開発

大竹理寛, 佐藤玲子, 戸谷吉博, 清水浩, 鈴木宏明

日本機械学会年次大会講演論文集(CD-ROM)　Vol. 2022　2022年
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産

村上茉奈美, 川井隆太郎, 三吉健太, 芝井厚, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
ロドプシンによる光駆動プロトンポンプが大腸菌の弱酸耐性に及ぼす影響

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上

戸谷吉博, 佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 87th　2022年
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明

岡橋伸幸, 清水浩, 松田史生, 谷口赳夫, 西本和生

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点　Vol. 2021　2022年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変を利用した最適メバロン酸生産

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 74th　2022年
大腸菌の染色体上リボゾーム結合部位改変を利用した中枢炭素代謝フラックスの精密制御

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 53rd　2022年
発酵生産プロセスにおけるDX：データ駆動型のリジン発酵自律制御システムの開発

徳山健斗, 清水浩

バイオサイエンスとインダストリー　Vol. 80　No. 1　p. 26-30　2022年1月
バイオプロセス運転の最適化と自動化

清水浩

生物工学会誌　Vol. 99　p. 538-542　2021年10月
大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
FBAシミュレーションによるシアノバクテリアにおける光合成電子伝達フラックスの解析

豊島正和, 豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
mBFPセンサーを使った栄養飢餓大腸菌における細胞内NADPHレベルの摂動解析

上野航一郎, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
逆グリオキシル酸経路を導入した大腸菌の創出と代謝評価

田中恒作, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析

田島遼太郎, 池原万由, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
機械学習を利用した代謝酵素の補酵素特異性の設計と活性測定による検証

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
目的物質生産フラックス強化のためのシミュレーションに基づく増殖連動型の代謝設計

戸谷吉博, 一色衣香, SHI Xinchi, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
シアノバクテリアの代謝工学

清水浩, 戸谷吉博, 豊島正和, 山本千晶

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 52nd　2021年
機械学習を用いたリンゴ酸酵素の補酵素特異性の予測

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 52nd　2021年
青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討

赤木駿斗, 塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 52nd　2021年
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析

村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発

戸谷吉博, 川井隆太郎, 三吉健太, 村上茉奈美, 一色衣香, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 52nd　2021年
代謝フラックス解析を用いたがん幹細胞特異的代謝の解明

松田史生, 清水浩, 岡橋伸幸, 丸山正晴

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的共同研究拠点　Vol. 2020　2021年
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変による中枢代謝フラックスの調節

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換

佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
光駆動プロトンポンプを発現させたメバロン酸生産大腸菌の代謝解析

松山千夏, 清家泰介, 岡橋伸幸, 戸谷吉博, 弘埜陽子, 平山英伸, 石井純, 清水浩, 原清敬, 松田史生

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 73rd　2021年
Flux controlling technology for central carbon metabolism for efficient microbial bio-production

Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Current Opinion in Biotechnology　Vol. 64　p. 169-174　2020年8月1日　書評論文,書評,文献紹介等
出版者・発行元：Elsevier Ltd
異なる波長の光照射下におけるシアノバクテリアの光合成と代謝のシミュレーション予測による適応機構の解析

豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM)　Vol. 84th　2020年
光照射により代謝フラックスをコントロールする技術の開発

戸谷吉博, 清水浩

バイオサイエンスとインダストリー　Vol. 78　No. 1　p. 30-31　2020年1月
計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究

清水浩

生物工学会誌　Vol. 97　No. 1　2019年1月25日
Editorial overview: Recent progress in analytical technologies for design-build-test-learn cycle in biotechnology.

Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda

Current opinion in biotechnology　Vol. 54　p. 145-147　2018年12月
大腸菌中枢代謝経路のフラックス制御が物質生産に及ぼす影響の解析

戸谷吉博, 鎌田健太郎, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2018年9月18日
増殖連動型物質生産のin silico解析における反応律速点の同定法の開発と実験検証

清水浩, 徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2018年9月18日
大腸菌によるメバロン酸高生産のための流加培養条件の評価

前田健仁, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 50th　2018年9月18日
フェノールが大腸菌の中枢代謝に及ぼす影響の解析

北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　p. 279-279　2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
シアノバクテリア中心炭素代謝における光量変化時の短期応答の解析

丸山正晴, 西口大貴, 豊島正和, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
ロドプシンを利用した大腸菌における光駆動ATP再生

鎌田健太郎, 戸谷吉博, 弘埜陽子, 原清敬, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　p. 110-110　2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
がん種の異なる細胞間での中心代謝における¹³C代謝フラックス解析

上原ひかる, 荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 岡橋伸幸, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
代謝工学による光合成の統合解析と工学応用

豊島正和, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究

清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産に向けた不活性型Cas9によるエタノール生合成経路の抑制

森田啓介, 松田史生, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
ガスクロマトグラフィー負化学イオン化質量分析法を用いた糖リン酸新規分析法の構築と¹³C代謝フラックス解析への応用

岡橋伸幸, 前田昂亮, 川名修一, 飯田順子, 飯田順子, 清水浩, 松田史生

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
様々な波長の光照射下におけるシアノバクテリアの解析

豊島正和, 阪田真澄, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
動的代謝モデルアンサンブルを用いたエタノール生産シアノバクテリアの代謝工学

西口大貴, 永井暉, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　2018年8月7日
大腸菌のArcAによる酸素消費速度の感知システム

後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 70th　p. 280-280　2018年8月7日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
ヒストン脱メチル化酵素KDM5AとRBが制御する代謝分子の探索

河野晋, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 6th　2018年5月
GC‐NCI‐MSを用いた糖リン酸の高感度分離分析法の開発とがん細胞株の¹³C代謝フラックス解析への応用

岡橋伸幸, 前田昂亮, 川名修一, 飯田順子, 飯田順子, 清水浩, 松田史生

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 66th　2018年5月1日
代謝工学に基づく大腸菌フェノール生産株の育種

北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 83rd　2018年3月13日
安定同位体非定常の¹³C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析によるn‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatus PCC7942の代謝状態の推定

和田圭介, 植林希代加, 戸谷吉博, 傳寶雄大, PUTRI Sastia, 松田史生, 福崎英一郎, LIAO James C, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 83rd　2018年3月13日
光照射による大腸菌の中枢代謝経路のフラックス制御

妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 83rd　2018年3月13日
酸素レベルに応答した大腸菌の代謝制御の可視化と解明

後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 83rd　2018年3月13日
光量変化に対するシアノバクテリア代謝応答の解析

丸山正晴, 西口大貴, 豊島正和, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2018　2018年3月5日
クラミドモナス光化学系の定量プロテオミクス法の開発

大西一輝, 徳丸雄磨, 得津隆太郎, 皆川純, 豊島正和, 松田史夫, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2018　2018年3月5日
ミトコンドリア代謝の抑制による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産能力の向上

森田啓介, 松田史生, 岡本浩二, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2018　2018年3月5日
FBAを用いた出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価

神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2018　2018年3月5日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明

清水浩, 松田史生, 荒木千絵, 上原ひかる

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点　Vol. 2017　2018年
¹³C代謝フラックス解析による細胞の生理状態の理解と工学応用

清水浩, 松田史生, 戸谷吉博, 岡橋伸幸, 前田昂亮

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 49th　2017年9月20日
光による遺伝子発現制御系を利用した大腸菌代謝制御の検討

妹尾幸枝, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 49th　2017年9月20日
光合成微生物の代謝モデルの開発と応用

豊島正和, 戸谷吉博, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 49th　2017年9月20日
中枢代謝のフラックス制御がメバロン酸経路に及ぼす影響の解析

鎌田健太郎, 増田亜美, 和田圭介, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 49th　2017年9月20日
Synechocystis sp.PCC6803の中心代謝経路と光化学系の制御メカニズムの解析

和田圭介, 戸谷吉博, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 49th　2017年9月20日
In vitro腫瘍細胞における中心代謝経路の¹³C代謝フラックス解析法の構築

岡橋伸幸, 岡橋伸幸, 河野晋, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

JSBMS Letters　Vol. 42　No. Supplement　2017年8月25日
出芽酵母のメバロン酸経路強化遺伝子破壊の探索と評価

神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
枯草菌中枢代謝経路における酵素発現レベルとフラックス分布の関係

戸谷吉博, 富田淳美, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
¹³C代謝フラックス解析およびプロテオーム解析を用いたn‐ブタノール生産シアノバクテリア株の代謝解析

和田圭介, 植林希代加, 戸谷吉博, 傳寶雄大, PUTRI Sastia, 松田史生, 福崎英一郎, LIAO James, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
ピルビン酸代謝フローの転換による出芽酵母2,3‐ブタンジオール生産性の向上

森田啓介, 松田史生, 岡本浩二, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
出芽酵母中心代謝酵素欠損株のトランスオミクス解析

松田史生, 西野駿佑, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
代謝物濃度絶対定量値を用いたエタノール生産シアノバクテリア代謝律速点の解析

西口大貴, 永井暉, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803の光化学反応を精緻化したゲノムスケールモデルを用いた様々な光条件における代謝シミュレーション

豊島正和, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
代謝シミュレーションに基づいた有用発酵微生物の育種

徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　p. 93-93　2017年8月8日
出版者・発行元：(公社)日本生物工学会
シグマ因子SigEによるシアノバクテリア代謝制御の定量プロテオーム解析

徳丸雄磨, 植林希代加, 小山内崇, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
任意の栄養要求生変異株構築に向けた代謝シミュレーション法の開発

徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 69th　2017年8月8日
¹³C代謝フラックス解析を用いた中央代謝のがん細胞株間比較

上原ひかる, 荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 5th　2017年7月
抗がん剤処理によるがん細胞代謝フラックス変動の解析

松田史生, 荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 5th　2017年7月
医薬品開発における抗薬物抗体分析の現状と課題

田中登, 角辻賢太, 北野未知, 笹原里美, 清水浩之, 相馬雅子, 高村不二子, 花田智彦, 細木淳, 野村達希, 宮和弘, 宮本裕恵, 山本健一

医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス　Vol. 48　No. 5　p. 282‐291-291　2017年5月10日
出版者・発行元：日本公定書協会
代謝阻害剤投与直後のがん細胞中心代謝変動の¹³C‐代謝フラックスシフト解析

前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 65th　2017年5月1日
中心代謝物絶対定量に基づく光合成微生物代謝律速点の解析

西口大貴, 永井暉, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 65th　2017年5月1日
¹³C代謝フラックス解析によるがん細胞中心代謝株間比較

上原ひかる, 荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 65th　2017年5月1日
QconCAT法を用いたシアノバクテリア光化学装置の定量プロテオミクス

徳丸雄磨, 植林希代加, 徳山健斗, 和田圭介, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 65th　2017年5月1日
Garuda platformを用いた質量分析トランスオミクスデータの自動可視化

山田洋平, 松田史生, GHOSH Samik, 長谷武志, 木下翔平, 西野駿佑, 富田淳美, TSORMAN Nikolaos, 遠山敦彦, 梶原茂樹, 向紀雄, 松岡由希子, 清水浩, 福崎英一郎, 北野宏明, 飯田順子, 飯田順子

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 65th　2017年5月1日
出芽酵母のメバロン酸経路の強化に有効な遺伝子破壊の探索

神田義貴, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 82nd　2017年3月6日
中心代謝フラックス分布のがん細胞株間比較

上原ひかる, 荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 82nd　2017年3月6日
定常期における大腸菌メバロン酸生産株の¹³C代謝フラックス解析

増田亜美, 徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 82nd　2017年3月6日
実験室進化実験に基づく大腸菌の高コハク酸生産に有効な変異同定

徳山健斗, 戸谷吉博, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 82nd　2017年3月6日
ロテノンを処理した動物培養細胞の代謝フラックス解析

荒木千絵, 前田昴亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

日本農薬学会大会講演要旨集　Vol. 42nd　2017年3月6日
実用酵母中心代謝の比較プロテオミクス

植林希代加, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2017　2017年3月5日
マイトファジー抑制による出芽酵母の細胞質物質生産能力向上

森田啓介, 松田史生, 岡本浩二, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2017　2017年3月5日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明

清水浩, 松田史生, 岡橋伸幸, 前田昂亮, 荒木千絵

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点　Vol. 2016　2017年
悪性進展課程におけるRBの代謝調節機能

河野晋, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

日本生化学会大会(Web)　Vol. 90th　2017年
in silico代謝設計と実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築

徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 48th　2016年9月6日
大腸菌による効率的なメバロン酸生産のための代謝解析

戸谷吉博, 和田圭介, 増田亜美, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 48th　2016年9月6日
蛍光タンパク質を利用した大腸菌の酸素レベルに応じた代謝解析

後野直哉, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 48th　2016年9月6日
n‐ブタノールを生産するSynechococcus elongatusの¹³C代謝フラックス解析

和田圭介, 戸谷吉博, 松田史生, LIAO James C, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 48th　2016年9月6日
¹³C代謝フラックス解析法を用いた動物培養細胞のNADPHターンオーバー速度の計測

岡橋伸幸, 松田史生, 河野晋, 高橋智聡, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
メバロン酸生産大腸菌の細胞内代謝状態の定量的な評価

永井暉, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
メバロン酸生産大腸菌株の定常期における代謝状態の解明

増田亜美, 戸谷吉博, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
in silico代謝シミュレーションと実験室進化実験の統合によるコハク酸高生産大腸菌の構築

徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
Corynebacterium glutamicumによるグルタミン酸生産に対するストレスの影響

尾形駿介, 齊藤正輝, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩, 平沢敬

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
定量プロテオミクスを用いた出芽酵母中心代謝安定化機構の解析

松田史生, 富田淳美, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
イソブタノール生産酵母の構築:オルガネラ局在の検討

森田啓介, 松田史生, 伊田賢吾, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
代謝経路解析に基づく定常期にコハク酸を生産する大腸菌の開発

戸谷吉博, 白木孝典, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 68th　2016年8月25日
シアノバクテリアSynechocystis sp.PCC6803代謝の定量プロテオーム解析

松田史生, 日浅夏希, 植林希代加, 清水浩

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集　Vol. 34th　2016年8月20日
Metabolic rewiring in Rb deficient cells during cancer progression

Susumu Kohno, Nobuyuki Okahashi, Shunsuke Kitajima, Sawako Suzuki, Tomoaki Tanaka, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu, Chiaki Takahashi

CANCER RESEARCH　Vol. 76　2016年7月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
同位体ターンオーバー情報を用いた中心代謝フラックス解析法の構築

岡橋伸幸, 前田昴亮, 荒木千絵, 河野晋, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 4th　2016年7月
質量分析装置を用いた酵母中心代謝のトランスオミクス解析

松田史生, 西野駿佑, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 64th　2016年5月9日
代謝阻害剤で処理した動物培養細胞の¹³C代謝フラックス解析

荒木千絵, 前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 64th　2016年5月9日
シアノバクテリアの光合成装置のターゲットプロテオーム分析

植林希代加, 松田史生, 日浅夏希, 小倉泰郎, 平野一郎, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 64th　2016年5月9日
¹³C代謝フラックス解析法の精度向上のためのGC‐MS/MSによる新規アミノ酸フラグメントイオンの探索

岡橋伸幸, 川名修一, 飯田順子, 飯田順子, 清水浩, 松田史生

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 64th　2016年5月9日
大腸菌における細胞内代謝物濃度の絶対定量法の開発

永井暉, 岡橋伸幸, 松田史生, 松本佳子, 和田光史, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
ガスクロマトグラフィー‐タンデム四重極質量分析装置(GC‐MS/MS)を用いた¹³C代謝フラックス解析の精度向上

岡橋伸幸, 川名修一, 飯田順子, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
細胞増殖定常期の制限基質による3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌への影響

徳山健斗, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
蛍光タンパク質を利用した細胞内代謝状態の可視化と評価

戸谷吉博, 渡辺祥, 後野直哉, 増田亜美, 徳山健斗, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
動物培養細胞の代謝フラックス変化の解析

荒木千絵, 岡橋伸幸, 前田昂亮, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
がん細胞の同位体非定常代謝フラックス解析法の構築

前田昂亮, 岡橋伸幸, 荒木千絵, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 81st　2016年3月13日
代謝フラックスを基盤とする物質生産法の開発

清水浩, 松田史生, 戸谷吉博

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
異種遺伝子発現による出芽酵母イソブタノール合成活性化

森田啓介, 松田史生, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
代謝フラックス解析に基づいた枯草菌ゲノム縮小株MGB874のジピコリン酸生産性の向上

LIU Shenghao, 増田健太, 戸谷吉博, 平沢敬, 平沢敬, 森本拓也, 影山泰, 吉田健一, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也, 萩原浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
コリネ型細菌によるグルタミン酸発酵における遺伝子発現・代謝プロファイルの解析

平沢敬, 齊藤正輝, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
増殖期と増殖停止期におけるイソプロピルアルコール生産大腸菌の¹³C代謝フラックス解析

岡橋伸幸, 吉川勝徳, 松田史生, 松本佳子, 白井智量, 和田光史, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
枯草菌ゲノム縮小株における代謝工学によるポリグルタミン酸の生産性向上

増田健太, LIU Shenghao, 戸谷吉博, 平沢敬, 平沢敬, 森本拓也, 影山泰, 吉田健一, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也, 萩原浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
解糖系フラックスセンサーを利用した高効率物質生産のための代謝制御手法の開発

戸谷吉博, 渡辺祥, 徳山健斗, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
2,3‐ブタンジオール高生産出芽酵母株の構築

松田史生, 伊田賢吾, 木下翔平, 森田啓介, 石井寛子, 富田淳美, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2016　2016年3月5日
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明

清水浩, 松田史生, 岡橋伸幸, 前田昴亮

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点　Vol. 2015　2016年
RB不活性化に伴うメタボリックリワイヤリング機構の解明

河野晋, 岡橋伸幸, 北嶋俊輔, 鈴木佐和子, 田中知明, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集　Vol. 88回・38回　p. [4T18L-09(3P1086)]　2015年12月
出版者・発行元：(公社)日本生化学会
Saccharomyces cerevisiaeのS‐adenosyl‐L‐methionine生産機構の解析

早川謙嗣, 早川謙嗣, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　2015年9月25日
全自動実験室進化による様々な化合物ストレスに対する耐性大腸菌の創成と耐性化機構の解析

堀之内貴明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力, 古澤力

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 121-121　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
3‐ヒドロキシプロピオン酸生産大腸菌の定常期におけるメタボローム解析

徳山健斗, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 204-204　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
大腸菌代謝フラックス解析の実験デザインの最適化

前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 204-204　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
蛍光タンパク質を用いた代謝フラックスの可視化とその応用

戸谷吉博, 渡辺祥, 後野直哉, 増田亜美, 徳山健斗, 吉川勝徳, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 204-204　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
出芽酵母中心代謝制御のトランスオミクス解析

松田史生, 西野駿佑, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　2015年9月25日
メバロン酸を生産する大腸菌の増殖期における¹³C代謝フラックス解析

和田圭介, 戸谷吉博, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 204-204　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
高級アルコール生産に向けた酵母の細胞内補酵素バランスの改変

野村悠太, 森田啓介, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67th　p. 290-290　2015年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
¹³Cフラックス解析に基づくグリセロール炭素源における大腸菌の中枢代謝の理解

戸谷吉博, 大橋秀伍, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 47th　2015年9月9日
Synechocystis sp.PCC6803のエタノール生産における代謝改変デザインとその実現

清水浩, 吉川勝徳, 仲嶋翼

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 47th　2015年9月9日
代謝フラックス解析と中心代謝のトランスオミクス

松田史生, 清水浩

JSBMS Lett　Vol. 40　No. Supplement　2015年8月20日
代謝デザインと¹³C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用

清水浩, 松田史生, 戸谷吉博

化学と生物　Vol. 53　No. 7　p. 455-461　2015年6月20日
出版者・発行元：公益社団法人日本農芸化学会
動物培養細胞中枢代謝経路における¹³C代謝フラックス解析法の構築

岡橋伸幸, 河野晋, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 63rd　2015年6月8日
UFMS(ultra‐fast mass spectrometry)を用いた出芽酵母1遺伝子破壊株29株の中心代謝酵素発現量プロファイリング

松田史生, 小倉泰郎, 富田淳美, 平野一郎, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 63rd　2015年6月8日
光合成微生物Synechocystis sp.PCC6803中心代謝酵素の定量プロテオミクス

日浅夏希, 松田史生, 小倉泰郎, 平野一郎, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 63rd　2015年6月8日
¹³C代謝フラックス解析に用いる¹³C標識炭素源の最適化

前田昂亮, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 63rd　2015年6月8日
代謝工学的アプローチに基づく枯草菌のジピコリン酸生産の強化

戸谷吉博, 平沢敬, 劉生浩, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 萩原浩, 小笠原直毅, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 80th　2015年3月19日
動物培養細胞の代謝流束解析

岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 河野晋, 高橋智聡

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 80th　2015年3月19日
出芽酵母遺伝子破壊株における中心代謝酵素発現量の変化

松田史生, 小倉泰郎, 富田淳美, 平野一郎, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
S‐adenosyl‐L‐methionineを生産するSaccharomyces cerevisiaeの代謝フラックス解析

早川謙嗣, 早川謙嗣, 梶畠秀一, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
大腸菌を用いた定常期におけるメバロン酸生産

増田亜美, 戸谷吉博, 徳山健斗, 坂野聡美, 吉川勝徳, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
グリセロール炭素源における大腸菌中枢代謝経路の¹³Cフラックス解析

大橋秀伍, 戸谷吉博, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
長期継代培養によるエタノール非生産酵母の増殖改善株の取得

森田啓介, 富田淳美, 松田史生, 石井純, 近藤昭彦, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
p53ノックアウトマウス軟部腫瘍由来細胞株におけるグルタミンの還元的代謝の解析

岡橋伸幸, 松田史生, 河野晋, 高橋智聡, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
代謝システム解析に基づく酵母Saccharomyces cerevisiaeの中心代謝調節機構の解明

西野駿佑, 岡橋伸幸, 富田淳美, 松田史夫, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2015　2015年3月5日
大腸菌による有用物質生産に向けた3重反応破壊のin silicoスクリーニング(2014生物工学論文賞)

大野,聡, 古澤,力, 清水,浩

生物工学会誌 : Seibutsu-kogaku Kaishi　Vol. 93　No. 2　2015年2月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
3P-059 Saccharomyces cerevisiaeのS-adenosyl-L-methionine生産機構の解析(発酵生理学,発酵工学,一般講演)

早川謙嗣, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 67　p. 285-285　2015年
出版者・発行元：日本生物工学会
Rb不活性化による代謝リワイヤリング機構の解明

河野晋, 岡橋伸幸, 北嶋俊輔, 鈴木佐和子, 田中知明, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 3rd　2015年
p53欠損マウス軟部腫瘍由来細胞株の¹³C代謝フラックス解析

岡橋伸幸, 河野晋, 松田史生, 高橋智聡, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 3rd　2015年
がん幹細胞特異的代謝フラックスの解明

清水浩, 松田史生, 岡橋伸幸

金沢大学がん進展制御研究所がんの転移・薬剤耐性に関わる先導的研究拠点　Vol. 2014　2015年
¹³C標識実験によるグルタミンの還元的代謝の解析

岡橋伸幸, 松田史生, 河野晋, 高橋智聡, 清水浩

日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集　2015年
RB不活性化によって誘導される代謝リワイヤリング機構の解明

河野晋, 北嶋俊輔, 鈴木佐和子, 田中知明, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

日本癌学会シンポジウム/共同利用・共同研究拠点シンポジウム抄録集　2015年
全自動実験室進化システムを用いた多系列・多種ストレス環境の実験室進化による大腸菌のストレス適応戦略の解析

堀之内貴明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力, 古澤力

日本生化学会大会(Web)　Vol. 88th　p. 2T18P‐07(2P0834) (WEB ONLY)-07(2P0834)]　2015年
出版者・発行元：(公社)日本生化学会
単層カーボンナノチューブ複合体を用いた薄膜トランジスタ型バイオセンサ

磯貝和生, 清水浩二, 村瀬清一郎, 金井康, 大野恭秀, 前橋兼三, 松本和彦

応用物理学会秋季学術講演会講演予稿集(CD-ROM)　Vol. 75th　2014年9月1日
SSDesiga:エレメンタリーモード解析を利用した解空間に基づく代謝経路デザイン

戸谷吉博, 白木孝典, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 133-133　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
Ultra‐fast mass spectrometryを用いたエタノール非生産遺伝子欠損酵母株の中心代謝酵素定量プロテオーム分析

松田史生, 小倉泰郎, 富田淳美, 平野一郎, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 133-133　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
人工進化実験によるみSynechocystis sp.PCC 6803のイソブタノール耐性株の獲得と変異解析

松迫卓也, 仲嶋翼, 吉川勝徳, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 132-132　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
酵母中心代謝物質の絶対定量

西野駿佑, 岡橋伸幸, 木下翔平, 松田史生, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 132-132　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
グリセロール単一炭素源における正確な代謝フラックス推定のための¹³C標識条件の検討

大橋秀伍, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 133-133　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
細胞内遊離代謝物質の¹³C標識情報を用いた動物培養細胞の代謝フラックス解析法の構築

岡橋伸幸, 松田史生, 河野晋, 高橋智聡, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 205-205　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
アンチセンスRNA法による大腸菌代謝経路の包括的な解析とin silico代謝予測

中島信孝, 大野聡, 吉川勝徳, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 95-95　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
ハイスループット実験室進化とオミックス解析による大腸菌の様々なストレスへの耐性機構の解析

堀之内貴明, 清水浩, 古澤力

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 66th　p. 94-94　2014年8月5日
出版者・発行元：日本生物工学会
ゲノムスケール代謝モデルを用いたアミノ酸生合成代謝コストの解析

松田史生, 吉川勝徳, 清水浩

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集　Vol. 32nd　2014年7月30日
¹³C代謝フラックス解析ソフトウェアのOpenMebiusの開発

松田史生, 梶畠秀一, 岡橋伸幸, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 2nd　2014年7月10日
RB不活性化によって誘導されるがん幹細胞様未分化状態におけるPgam2の役割

河野晋, 北嶋俊輔, 佐々木信成, 村中勇人, 鈴木佐和子, 田中知明, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 2nd　2014年7月10日
細胞内遊離代謝物質の¹³C同位体標識比率の計測による代謝フラックス解析

岡橋伸幸, 梶畠秀一, 古澤力, 松田史生, 清水浩

質量分析総合討論会講演要旨集　Vol. 62nd　2014年5月7日
Synechocystis sp.PCC6803のTCAバイパス経路の解明

日浅夏希, 吉川勝徳, 清水浩

日本植物生理学会年会要旨集　Vol. 55th　2014年3月11日
枯草菌ゲノム縮小株によるケミカル代替素材の生産

増田健太, 森本拓也, 戸谷吉博, 平沢敬, ONUMA Chumsakul, 石川周, 影山泰, 清水浩, 小笠原直毅, 尾崎克也

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
人工進化実験によるSynechocystis sp.PCC6803へのイソブタノール耐性の賦与

松迫卓也, 仲嶋翼, 吉川勝徳, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
微細藻類を用いたエタノール生産におけるmalic enzymeの影響

吉川勝徳, 平沢敬, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
代謝予測に基づいた3HP高生産大腸菌の構築

徳山健斗, 大野聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
ED経路導入による酵母中央代謝系路の拡張

森田啓介, 梶畠秀一, 石井純, 松田史生, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
定常期の枯草菌によるジピコリン酸生産における¹³C代謝フラックス解析

戸谷吉博, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 小笠原直毅, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2014　2014年3月5日
出芽酵母の代謝フラックス解析法の確立

梶畠秀一, 古澤力, 松田史生, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 79th　2014年2月18日
フラックスバランス解析に基づく有用物質生産微生物の構築

清水浩, 吉川勝徳, 古澤力, 平沢敬, 戸谷吉博, 松田史生

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 46th　2014年
エレメンタリーモード解析を利用した有用物質生産のための代謝経路デザイン

白木孝典, 戸谷吉博, 清水浩

日本ゲノム微生物学会年会要旨集　Vol. 8th　2014年
代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用 (特集産業微生物の力を深化させる日本の技~育種の最前線~我が国独自の起点・技術から)

松田史生, 吉川勝徳, 清水浩

生物工学会誌　Vol. 92　No. 11　p. 593-597　2014年
出版者・発行元：日本生物工学会
続・生物工学基礎講座バイオよもやま話生命現象の数理表現と生命システムデザイン

清水浩

生物工学会誌　Vol. 91　No. 12　p. 712-716　2013年12月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝工学的手法によるがん細胞でのグルタミン還元的代謝の解析

岡橋伸幸, 松田史生, 河野晋, 高橋智聡, 清水浩

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 1st　2013年10月30日
RBの中心炭素代謝調節機能

河野晋, 北嶋俊輔, 佐々木信成, 村中勇人, 鈴木佐和子, 田中知明, 岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩, 高橋智聡

がんと代謝研究会プログラム&抄録集　Vol. 1st　2013年10月30日
出芽酵母のNADH依存型アルコールデヒドロゲナーゼ欠損株を用いた有用物質生産

井田祥弘, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 54-54　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝シミュレーションに基づいた3HP高生産大腸菌の構築

徳山健斗, 大野聡, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 55-55　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
コリネ型細菌のカダベリン生産に対するTween40の効果

松嶋裕太, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 133-133　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
Synechocystis sp.PCC6803のTCAバイパス経路の解明

日浅夏希, 吉川勝徳, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　2013年8月25日
代謝ダイナミクスモデルを用いた大腸菌メタボロミクスデータの評価

小野直亮, 本田謙一郎, 金谷重彦, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　2013年8月25日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の代謝フラックス解析

岡橋伸幸, 吉川勝徳, 松本佳子, 白井智量, 松田史生, 平沢敬, 古澤力, 和田光史, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 135-135　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
in silicoスクリーニングにより代謝物質生産が予測された大腸菌多重遺伝子破壊株の特徴解析

大野聡, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 56-56　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
対糖収率を向上させたイソプロピルアルコール生産大腸菌の開発

松本佳子, 藤井亮太, 天野仰, 白井智量, 安楽城正, 平野淳一郎, 高橋均, 竹林のぞみ, 森重敬, 舘野俊博, 平沢敬, 古澤力, 清水浩, 和田光史

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 44-44　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
推定値の信頼区間の算出機能を組み込んだ¹³C代謝フラックス解析ソフトウェアの開発

梶畠秀一, 松田史生, 岡橋伸幸, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 56-56　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
定常期における有用物質生産を目的としたElementary mode analysisに基づく代謝デザイン

白木孝典, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 56-56　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
Synechocystis sp.PCC6803の強光耐性株の獲得とマルチオミクス解析

吉川勝徳, 小川健一, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 55-55　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
シアノバクテリアの代謝フラックス解析における推定精度の信頼区間評価

仲嶋翼, 梶畠秀一, 吉川勝徳, 松田史生, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 55-55　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における¹³C代謝フラックス解析

戸谷吉博, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, 影山泰, 尾崎克也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 55-55　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
ラボオートメーションによる全自動多系列実験室進化システムの構築

堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 65th　p. 191-191　2013年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
メタボロミクスデータを用いた代謝フラックス解析

清水浩, 松田史生, 平沢敬, 吉川勝徳, 戸谷吉博, 小野直亮, 古澤力

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 45th　2013年8月16日
Synechocystis sp.PCC 6803における進化実験による強光ストレス耐性株の獲得

小川健一, 吉川勝徳, 清水浩

日本植物生理学会年会要旨集　Vol. 54th　2013年3月14日
大腸菌によるグリセロールからの3‐ヒドロキシプロピオン酸生産

徳山健斗, 田中章太郎, 大野聡, 吉川勝徳, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2013　2013年3月5日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発

松本佳子, 藤井亮太, 天野仰, 白井智量, 安楽城正, 平野淳一郎, 高橋均, 竹林のぞみ, 森重敬, 舘野俊博, 古澤力, 平沢敬, 清水浩, 和田光史

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2013　2013年3月5日
枯草菌ゲノム縮小株を用いた組換えタンパク質生産における転写,代謝フラックス解析

戸谷吉博, 河崎優樹, 平沢敬, 増田健太, 森本拓也, ONUMA Chumsakul, 石川周, 大島拓, 影山泰, 尾崎克也, 小笠原直毅, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2013　2013年3月5日
出芽酵母によるコハク酸生産におけるメタボロミクスを活用した代謝評価とその生産性の向上

平沢敬, 伊東佑真, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2013　2013年3月5日
高効率なバイオプロセスを実現する宿主細胞の創製に向けた枯草菌の代謝解析

平沢敬, 戸谷吉博, 河崎優樹, 白木孝典, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 78th　2013年2月17日
微細藻類の細胞工場の実現に向けたシステムバイオロジー解析

吉川勝徳, 仲嶋翼, 小川健一, 梶畠秀一, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 78th　2013年2月17日
全自動実験室進化システムによる大腸菌の多系列・多種ストレス環境の実験室進化

堀之内貴明, 源晃明, 鈴木真吾, 清水浩, 古澤力

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 36th　2013年
特集によせて

清水浩

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 90　No. 10　p. 618-618　2012年10月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
光合成微生物システムバイオロジー

吉川勝徳, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 90　No. 10　p. 627-628　2012年10月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝工学の創成と発展 : 代謝解析とオミクス研究との融合

清水浩, 古澤力, 平沢敬, 吉川勝徳, 小野直亮, 戸谷吉博, 白井智量

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 90　No. 10　p. 619-620　2012年10月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
FastPros:有用物質生産性向上に向けた多重遺伝子破壊のin silicoスクリーニング

大野聡, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 66-66　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
出芽酵母のコハク酸生産組換え株の構築とメタボローム解析による評価

伊東佑真, 平沢敬, 井田祥弘, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 63-63　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
グルタミン酸生産を誘発するペニシリン処理が引き起こすコリネ型細菌の遺伝子発現変化の解析

齊藤正輝, 平沢敬, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 58-58　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
ダイナミックモデルを用いたメタボロミクスの評価系の構築

小野直亮, 犬石浩嗣, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 218-218　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
遺伝子発現に対する摂動が細胞内代謝フラックス分布におよぼす影響の解析

臼井佑希, 平沢敬, 古澤力, 白井智量, 山本奈津子, 森浩禎, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 58-58　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
光独立栄養条件におけるSynechocystis sp.PCC 6803の代謝フラックス解析

仲嶋翼, 梶畠秀一, 吉川勝徳, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 59-59　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発

松本佳子, 天野仰, 白井智量, 平野淳一郎, 高橋均, 竹林のぞみ, 森重敬, 舘野俊博, 古澤力, 平沢敬, 清水浩, 和田光史

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 205-205　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
中間代謝物質の同位体比率に基づく代謝フラックス解析法の構築と従来法との比較

岡橋伸幸, 梶畠秀一, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 66-66　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
進化実験から得られたエタノール耐性大腸菌のマルチオミックス解析

堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 64th　p. 141-141　2012年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
¹³C濃縮度の経時変化を利用可能な汎用性の高い代謝フラックス解析ソフトウェアの開発

梶畠秀一, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 44th　2012年8月19日
異なる栄養条件下におけるSynechocystis sp.PCC6803株のマルチオミクス解析

吉川勝徳, 仲嶋翼, 小川健一, 梶畠秀一, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本植物生理学会年会要旨集　Vol. 53rd　2012年3月9日
イソプロピルアルコール高生産大腸菌の開発

天野仰, 白井智量, 松本佳子, 平野淳一郎, 高橋均, 竹林のぞみ, 森重敬, 舘野俊博, 古澤力, 平沢敬, 清水浩, 和田光史

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2012　2012年3月5日
異なる栄養条件下におけるSynechocystis sp.PCC6803株のメタボローム,トランスクリプトーム,代謝フラックスの統合解析

吉川勝徳, 仲嶋翼, 小川健一, 梶畠秀一, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　Vol. 2012　2012年3月5日
出芽酵母における複数の環境ストレスに対するトレハロース蓄積の効果の差異

MAHMUD Siraje Arif, 平沢敬, 清水浩

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 90　No. 2　p. 80-80　2012年2月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析とストレス耐性賦与

堀之内貴明, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

化学工学会バイオ部会ニュースレター　Vol. 29　p. 9-12　2012年
複数炭素源における枯草菌の13C代謝フラックス解析

河崎優樹, 戸谷吉博, 平沢敬, 清水浩

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 35th　2012年
汎用的高効率バイオプロセス細胞の創製を目的とした枯草菌の代謝デザインと評価

戸谷吉博, 河崎優樹, 白木孝典, 平沢敬, 清水浩, CHATSURACHAI Sunisa

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 35th　2012年
代謝シミュレーションを用いた有用物質生産性を向上させる複数遺伝子破壊の予測アルゴリズム開発

大野聡, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 69-69　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
大腸菌エタノール耐性進化株の次世代シーケンサを用いた全ゲノム解析

小野直亮, 堀之内貴明, 玉岡邦康, 鈴木真吾, 平沢敬, 古澤力, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 75-75　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
混合炭素源での代謝フラックス推定を可能とする解析ソフトウェアの開発

梶畠秀一, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 70-70　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
次世代バイオアルコール生産酵母の代謝デザイン

松田史生, 古澤力, 石井純, 近藤貴志, 清水浩, 近藤昭彦

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 68-68　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
シアノバクテリアを用いた物質生産に向けたゲノムスケール代謝モデルによる代謝予測

吉川勝徳, 小嶌悠太, 仲嶋翼, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 188-188　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
中間代謝物質の¹³C濃縮度時系列データに基づく動的代謝解析法の開発

長廻達也, 森英詞, 梶畠秀一, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 69-69　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
異なる栄養条件下でのシアノバクテリアの網羅的遺伝子発現解析

小川健一, 吉川勝徳, 仲嶋翼, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 188-188　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
遊離アミノ酸データに基づくフラックス解析に向けた¹³C濃縮度ダイナミクスの解析

森英詞, 古澤力, 梶畠秀一, 白井智量, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 70-70　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
光合成阻害剤がSynechocystis sp.PCC6803の代謝に与える影響の解析

仲嶋翼, 梶畠秀一, 吉川勝徳, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 188-188　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
有用微生物創製を目指した代謝フラックス解析―in vivo代謝観測システムとin Silico代謝予測システム

平沢敬, 古澤力, 吉川勝徳, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 63rd　p. 91-91　2011年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析

堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 43rd　2011年8月14日
コリネ型細菌によるグルタミン酸生産におけるOdhIタンパク質の役割

平沢敬, 金鍾弼, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
Synechocystis sp.PCC6803株のゲノムスケール代謝モデルによる物質生産に向けた代謝予測

吉川勝徳, 小嶌悠太, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
¹³C‐Glucoseを用いたSynechocystis sp.PCC 6803の代謝解析

仲嶋翼, 梶畠秀一, 小嶌悠太, 吉川勝徳, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
Corynebacterium glutamicum OdhIタンパク質の増殖における機能

竹内さほ, 平沢敬, 金鍾弼, 清水浩, 和地正明

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
遊離アミノ酸の¹³C濃縮度に基づく大腸菌フラックス解析

森英詞, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
代謝フラックス解析のための汎用性の高いプログラムの開発

梶畠秀一, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2011　2011年3月5日
細胞共生ネットワークの自発的形成メカニズム

古澤力, 伊地智厚太, 清水浩

電子情報通信学会論文誌. D, 情報・システム = The IEICE transactions on information and systems (Japanese edition)　Vol. 94　No. 3　p. 614-622　2011年3月1日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
人工進化工学と網羅的遺伝子発現情報解析によるストレス耐性細胞の創製

堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 76th　2011年2月22日
ラボオートメーションを活用した全自動実験室進化システムの構築

源晃明, 堀之内貴明, 古澤力, 清水浩

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 34th　2011年
ペニシリン処理により誘発されるコリネ型細菌のグルタミン酸生産における網羅的遺伝子発現解析

齊藤正輝, 平沢敬, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 34th　2011年
大腸菌の実験室進化によるエタノールストレス環境下への適応過程における網羅的解析

堀之内貴明, 鈴木真吾, 小野直亮, 玉岡邦康, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩, 古澤力

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 34th　2011年
細胞内の酸化還元バランスに摂動を与えたコリネ型細菌の代謝解析

山内雄人, 平沢敬, 西井将登, 古澤力, 清水浩

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 34th　2011年
NADH再酸化経路に着目した有用物質生産酵母の構築

井田祥弘, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 34th　2011年
ゲノムスケール代謝モデルによる代謝フラックス予測とその実験的検証

古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　2010年9月25日
次世代シーケンサを用いた大腸菌DH1株の全ゲノム解析

小野直亮, 鈴木真吾, 古澤力, 清水浩, 四方哲也

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 135-135　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
Corynebacterium glutamicumのOdhIタンパク質の増殖における機能

竹内さほ, 平沢敬, KIM Jongpill, 清水浩, 和地正明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　2010年9月25日
ゲノムスケール代謝モデルを用いたSynechocystis sp.PCC6803の代謝予測

小嶌悠太, 仲嶋翼, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 137-137　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
Corynebacterium glutamicumによるグルタミン酸生産におけるOdhIタンパク質のリン酸化状態の解析

平沢敬, KIM Jongpill, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 15-15　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
人工進化実験によって得られたエタノール耐性大腸菌株の網羅的遺伝子発現解析とゲノム変異解析

堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 40-40　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
異種タンパク質を分泌生産するコリネ型細菌の代謝フラックス解析

馬越元基, 平沢敬, 古澤力, 竹中康浩, 菊池慶実, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 89-89　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
大腸菌のゲノムスケール代謝モデルによる有用物質生産に向けた代謝予測

大野聡, 古澤力, 田中章太郎, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 62nd　p. 137-137　2010年9月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
プロテオミクスによるコリネ型細菌グルタミン酸生産メカニズム解析と生産性向上

KIM Jongpill, 福田洋久, 平沢敬, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 42nd　p. ROMBUNNO.M314-514　2010年8月6日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
大腸菌の中央代謝系酵素遺伝子発現調節株の構築―遺伝子摂動が代謝におよぼす影響の解析に向けて

平沢敬, 臼井佑希, 古澤力, 山本奈津子, 森浩禎, 清水浩

日本ゲノム微生物学会年会要旨集　Vol. 4th　2010年3月4日
3P-1125 Corynebacterium glutamicumのOdhIタンパク質の増殖における機能(3b代謝工学,一般講演,代謝生理学・発酵生産,伝統の技と先端科学技術の融合)

竹内さほ, 平沢敬, 金鍾弼, 清水浩, 和地正明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 22　p. 89-89　2010年
出版者・発行元：日本生物工学会
1S-Dp10 ゲノムスケール代謝モデルによる代謝フラックス予測とその実験的検証(大学発技術シーズ発表会<物質生産、装置、分析、周辺機器に関するシーズ提案>,シンポジウム,伝統の技と先端科学技術の融合)

古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 22　p. 225-225　2010年
出版者・発行元：日本生物工学会
出芽酵母による有用物質生産に向けたアルコール生産経路破壊株の構築

井田祥弘, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

生化学　2010年
網羅的遺伝子発現情報に基づくストレス耐性酵母の創製に重要な遺伝子の同定

平沢敬, 古澤力, 清水浩

生化学　2010年
エタノール環境下での長期植え継ぎ培養によって得られた耐性大腸菌株の遺伝子発現・ゲノム変異解析

堀之内貴明, 玉岡邦康, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

生化学　Vol. 83回・33回　p. ROMBUNNO.4T19-8-8　2010年
出版者・発行元：(公社)日本生化学会
高エネルギー重イオン照射によるCeO₂への磁性付加

清水浩貴, 田原佑規, 小杉晋也, 藤田直樹, 松井利之, 堀史説, 岩瀬彰宏, 安永和史, 石川法人

KURRI KR (CD) (CD-ROM)　No. 31　2010年
A model-based analysis method for detection of single-base substitution using resequencing microarrays

Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 108　p. S160-S160　2009年11月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
High constitutive trehalose is required for resistance to multiple stresses in Saccharomyces cerevisiae

Siraje Arif Mahmud, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 108　p. S169-S169　2009年11月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Flux balance analysis of Corynebacterium glutamicum using a genome-scale metabolic model

Chikara Furusawa, Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　Vol. 108　p. S166-S166　2009年11月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
システムバイオテクノロジーによる生物生産

清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　2009年8月25日
タイリングアレイを用いたエタノール耐性大腸菌株のゲノム変異解析

玉岡邦康, 堀之内貴明, 古澤力, 平沢敬, 小野直亮, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　p. 97-97　2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
異種タンパク質を分泌生産するコリネ型細菌の代謝解析

馬越元基, 平沢敬, 古澤力, 竹中康浩, 菊池慶実, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　p. 179-179　2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
ゲノムスケール代謝モデルを用いたCorynebacterium glutamicumの代謝解析とその実験的検証

新福洋平, SORPITIPORN Natee, 園雅博, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　p. 98-98　2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
メイトペア情報に基づいた次世代シーケンサによるresequencing解析アルゴリズムの開発

小野直亮, 鈴木真吾, 古澤力, 清水浩, 四方哲也

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　p. 98-98　2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
酵母を用いたL‐乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析

竹國正矩, 平沢敬, 吉川勝徳, 大久保亜紀, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 61st　p. 94-94　2009年8月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
ゲノム情報を基盤とする代謝予測システム開発と実験検証

新福洋平, SORPITIPORN Natee, 園雅博, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 41st　p. L124-348　2009年8月16日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
ラガービール酵母の発酵過程における重複遺伝子の網羅的解析

堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 41st　p. AE3P61-1077　2009年8月16日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
メタボリック・プロファイリングを用いたクズ蔓中総イソフラボノイド量予測

團迫智子, 清水浩美, 中野智彦, 木村聡, 岡澤敦司, 福崎英一郎, 河村幸雄

日本植物生理学会年会要旨集　Vol. 50th　p. 160-0204　2009年3月16日
出版者・発行元：日本植物生理学会
Characterization of new isolated Ralstonia eutropha strain A-04 and kinetic study of biodegradable copolyester poly(3-hydroxybutyrate-co-4-hydroxybutyrate) production

Suchada Chanprateep, Yoshio Katakura, Sirirat Visetkoop, Hiroshi Shimizu, Songsri Kulpreecha, Suteaki Shioya

JOURNAL OF INDUSTRIAL MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY　Vol. 35　No. 11　p. 1205-1215　2008年11月
Analysis of lager brewing yeast at low temperature fermentation using DNA microarray

Takaaki Horinouchi, Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Yoshihiro Nakao, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 136　p. S351-S352　2008年10月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Systems biotechnology of coryneform bacteria

Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　Vol. 136　p. S100-S100　2008年10月　研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
コリネ型細菌の代謝評価とアミノ酸生産機構の解明

白井智量, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 40th　p. X155-985　2008年8月24日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種

平沢敬, 大久保亜紀, 吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 40th　p. I203-415　2008年8月24日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
バイオ情報を基盤とする有用生物創製の時代を拓く代謝情報工学

清水浩, 古澤力, 平沢敬

バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry　Vol. 66　No. 8　p. 426-432　2008年8月1日
出版者・発行元：バイオインダストリー協会
物理モデルを用いたマイクロアレイの非特異的ハイブリダイゼーションの解析

古澤力, 小野直亮, 縣朋治, 鈴木真吾, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　p. 113-113　2008年7月11日
出版者・発行元：日本生物工学会
高密度マイクロアレイを用いた大腸菌全ゲノムの一塩基レベル変異解析

小野直亮, 鈴木真吾, 古澤力, 清水浩, 四方哲也

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　p. 113-113　2008年7月11日
出版者・発行元：日本生物工学会
ラガー酵母の低温発酵特性の理解に向けた発酵挙動と遺伝子発現の解析

堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　p. 114-114　2008年7月11日
出版者・発行元：日本生物工学会
ゲノムスケール代謝モデルを用いたCorynebacterium glutamicumの代謝解析

新福洋平, 古澤力, 平沢敬, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　p. 93-93　2008年7月11日
出版者・発行元：日本生物工学会
細胞のデザイナビリティ向上に向けて

清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　2008年7月11日
ペニシリンにより誘導されるグルタミン酸生産におけるコリネ型細菌のプロテオーム解析

平沢敬, 福田洋久, 永久圭介, 和地正明, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 60th　p. 94-94　2008年7月11日
出版者・発行元：日本生物工学会
DNAマイクロアレイを用いたラガー酵母の低温発酵特性の解明

堀之内貴明, 吉川勝時, 古澤力, 中尾嘉宏, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2008　2008年3月5日
酵母を用いたL‐乳酸生産に対するCYB2遺伝子破壊の効果

平沢敬, 大久保亜紀, 吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2008　2008年3月5日
ストレス環境下における酵母‐遺伝子破壊株のフェノーム解析

吉川勝徳, 田中忠昌, 永久圭介, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 73rd　2008年2月17日
ガスクロマトグラフ-質量分析計によるコリネ型細菌の精密な代謝フラックス解析と核磁気共鳴を用いた解析結果の検証

白井智量, 松崎匡浩, 葛本雅宣, 永久圭介, 古澤力, 塩谷捨明, 清水浩

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 86　No. 1　p. 14-14　2008年1月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
1Cp06 Effect of odhA antisense RNA expression on glutamate production in Corynebacterium glutamicum :

KIM Jongpill, HIRASAWA Takashi, SATO Yoshiyasu, NAGAHISA Keisuke, FURUSAWA Chikara, SHIMIZU Hiroshi

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 20　p. 94-94　2008年
出版者・発行元：日本生物工学会
ゲノムスケール代謝反応モデルを用いた酵母の代謝解析

井田祥弘, 古澤力, CHATSURACHAI Sunisa, 新福洋平, 平沢敬, 清水浩

生化学　2008年
DNAマイクロアレイデータを用いた高浸透圧ストレスに対する酵母の遺伝子発現応答の解析

平沢敬, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩, 芦谷建吾, 片倉啓雄, 塩谷捨明

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 39th　p. 30F098-996　2007年8月13日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
低窒素麦汁ビール醸造における新しい制御法の開発

小林倫子, 塩谷捨明, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM)　Vol. 39th　p. U324-754　2007年8月13日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
熱力学モデルに基づくマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析の改良

小野直亮, 縣朋治, 鈴木真吾, 柏木明子, 古澤力, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 59th　p. 95-95　2007年8月2日
出版者・発行元：日本生物工学会
コリネ型細菌のグルタミン酸生産期における代謝フラックス解析法の確立と補充経路の役割の解明

白井智量, 藤村興輝, 古澤力, 永久圭介, 塩谷捨明, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 59th　2007年8月2日
Corynebacterium glutamicumのゲノムスケール代謝解析システムの開発

新福洋平, 園雅博, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 59th　p. 54-54　2007年8月2日
出版者・発行元：日本生物工学会
大腸菌連続培養系における細胞状態の多様性

定光信, 古澤力, 永久圭介, 柏木明子, 四方哲也, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 59th　p. 143-143　2007年8月2日
出版者・発行元：日本生物工学会
ストレス環境下における酵母の遺伝子破壊株の網羅的解析

吉川勝徳, 田中忠昌, 永久圭介, 平沢敬, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 59th　p. 95-95　2007年8月2日
出版者・発行元：日本生物工学会
Metabolic pathway recruiting through genomic data analysis for industrial application of Saccharomyces cerevisiae

Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu, Takashi Hirasawa, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Gaurav Pandey, Yoshio Katakura

BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL　Vol. 36　No. 1　p. 28-37　2007年8月
Reduction of lactate production in Lactococcus lactis, a combined strategy: metabolic engineering by introducing foreign alanine dehydrogenase gene and hemin addition

Agustin Krisna Wardani, Keisuke Nagahisa, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya

WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY　Vol. 23　No. 7　p. 947-953　2007年7月
高エタノール濃度環境下における酵母の遺伝子破壊株の網羅的解析

田中忠昌, 吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2007　2007年3月5日
浸透圧環境下における酵母の遺伝子発現情報と遺伝子破壊株の表現型における関連性の解析

吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2007　2007年3月5日
電気自動車実用化への道

清水浩, 高野正, 江本聞夫, 河上清源

電子情報通信学会技術研究報告. EE, 電子通信エネルギー技術　Vol. 106　No. 562　p. 9-14　2007年2月23日
出版者・発行元：一般社団法人電子情報通信学会
酵母の多階層網羅的情報の統合解析

吉川勝徳, 田中忠昌, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 72nd　p. 323-322　2007年2月19日
出版者・発行元：公益社団法人化学工学会
1P268 タイリングアレイを用いた大腸菌トランスクリプトームの定量的解析(ゲノム生物学,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

小野直亮, 鈴木真吾, 縣朋治, 古澤力, 清水浩, 四方哲也

生物物理　Vol. 47　No. 0　2007年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
3P354 アミノ酸生合成系にみられる遺伝子発現量のノイズとその発現量制御構造の相関の解析(その他,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

山田忠司, 古澤力, 四方哲也, 清水浩

生物物理　Vol. 47　No. 0　2007年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
1P285 大腸菌の連続培養系を用いた県境適応過程における表現型多様性の研究(数理生物学、非平衡・生体リズム,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

鳳桐智治, 浦田沙央里, 古澤力, 清水浩

生物物理　Vol. 47　No. 0　2007年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
1P293 代謝ネットワークにおける代謝フラックスと分子構造保存性の関係(数理生物学、非平衡・生体リズム,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)

鳳桐智治, 新福洋平, 小野直亮, 古澤力, 清水浩

生物物理　Vol. 47　No. 0　2007年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
ラガービール酵母のマイクロアレイデータマイニング

堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 児玉由紀子, 下永(藤村)朋子, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 58th　2006年8月3日
1B14-5 有用細胞創製に向けた遺伝子発現情報と破壊株の表現型における関連性の解析(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)

吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 18　p. 23-23　2006年
出版者・発行元：日本生物工学会
1B15-3 クロスハイブリダイゼーションの解析に基づくオリゴヌクレオチドアレイの高精度化(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)

縣朋治, 小野直亮, 鈴木真吾, 柏木明子, 四方哲也, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 18　p. 24-24　2006年
出版者・発行元：日本生物工学会
1B15-4 ラガービール酵母のマイクロアレイデータマイニング(醸造学,醸造工学/センサー・計測工学,ロボット工学/生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)

堀之内貴明, 吉川勝徳, 古澤力, 中尾嘉宏, 児玉由紀子, 下永(藤村) 朋子, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 18　p. 24-24　2006年
出版者・発行元：日本生物工学会
2B09-2 コリネ型細菌の持つ2つの補充経路のグルタミン酸生産における役割(代謝工学,メタボローム,一般講演)

佐藤裕紀, 折下圭太, 白井智量, 永久圭介, 平沢敬, 清水浩, 和地正明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 18　p. 27-27　2006年
出版者・発行元：日本生物工学会
2B09-1 Corynebacterium glutamicumのodhA発現調節株の代謝フラックス解析(代謝工学,メタボローム,一般講演)

佐藤由康, 金鎚弼, 白井智量, 平沢敬, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 18　p. 27-27　2006年
出版者・発行元：日本生物工学会
Responses of different strains of Saccharomyces cerevisiae to osmotic stress

N.T. Kofli, K. Nagahisa, H. Shimizu, S. Shioya

Sains Malaysiana　Vol. 35　No. 2　p. 9-15　2006年
2F13-4 ナイシン生産プロセスにおけるヘミン添加培養による乳酸生産抑制の効果(代謝工学・メタボローム・生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)

長安真智子, 永久圭介, 塩谷捨明, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 17　p. 178-178　2005年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2F13-3 アラニン脱水素酵素を導入した乳酸菌の特性(代謝工学・メタボローム・生体情報工学(バイオインフォマティクス),一般講演)

永久圭介, AGUSTIN Wardani, 塩谷捨明, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 17　p. 178-178　2005年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2A12-2 DNAマイクロアレイデータ解析に基づいたエタノールストレス耐性酵母の育種(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)

平沢敬, 中倉悠岐, 吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 片倉啓雄, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 17　p. 62-62　2005年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2F09-4 GC-MSを用いた有用微生物の高精度代謝フラックス解析(代謝工学・メタボローム,一般講演)

松崎匡浩, 白井智量, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 17　p. 175-175　2005年
出版者・発行元：日本生物工学会
2D13-4 ポリヒドロキシアルカノエート生産におけるParacoccus denitrificansの網羅的タンパク質発現解析(ペプチド工学・プロテオーム,生合成・天然物化学,一般講演)

増田康之, 永久圭介, 古澤力, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 17　p. 132-132　2005年
出版者・発行元：日本生物工学会
Metabolic flux control analysis of branch points: An improved approach to obtain flux control coefficients from large perturbation data

J. J. Heijnen, W. M. Van Gulik, H. Shimizu, G. Stephanopoulos

Metabolic Engineering　Vol. 6　No. 4　p. 391-400　2004年10月　書評論文,書評,文献紹介等
2C12-3 マイクロアレイ解析データを利用した酵母の高浸透圧ストレス耐性株の育種(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)

平沢敬, 芦谷建吾, 吉川勝徳, 永久圭介, 古澤力, 片倉啓雄, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 16　p. 139-139　2004年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2I11-3 乳酸菌と酵母の共培養によるケフィラン生産 : 溶存酸素濃度が共培養に与える影響(生物化学工学,一般講演)

夛田志緒里, CHEIRSILP Benjamas, 清水浩, 仁宮一章, 片倉啓雄, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 16　p. 222-222　2004年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2K16-2 乳酸デビドロゲナーゼ遺伝子を欠損させた乳酸菌の代謝解析(代謝工学・メタボローム・生体情報工学,一般講演)

永久圭介, 黒平智行, KRISNA Agustin, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 16　p. 252-252　2004年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2K11-3 Understanding the Osmotic Tolerance Based on DNA Microarray Data in Saccharomyces cerevisiae : Regulation of Amino Acids Biosynthesis :

PANDEY Gaurav, YOSHIKAWA Katsunori, HIRASAWA Takashi, KATAKURA Yoshio, NAGAHISA Keisuke, FURUSAWA Chikara, SHIOYA Suteaki, SHIMIZU Hiroshi

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 16　p. 248-248　2004年
出版者・発行元：日本生物工学会
3E09-2 高エタノール濃度環境下における酵母の遺伝子発現解析

中倉悠岐, 平沢敬, 永久圭介, 片倉啓雄, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 15　p. 135-135　2003年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
3E09-3 高二酸化炭素濃度状態下における酵母の遺伝子発現解析

永久圭介, 中島俊治, 平沢敬, 片倉啓雄, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 15　p. 135-135　2003年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
1H13-3 二種のコリネ型細菌の脂肪酸エステル添加におけるグルタミン酸生産の代謝解析

白井智量, 泉谷憲幸, 平沢敬, 塩谷捨明, 永久圭介, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 15　p. 177-177　2003年8月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
2G09-2 Modeling of The Nisin Production by Batch Fermentation of Lactococcus lactis subsp. lactis ATCC 11454 and Its Application on Metabolic Pathway Modification :

Agustin Krisna Wardani, Nagahisa Keisuke, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 15　p. 163-163　2003年
出版者・発行元：日本生物工学会
S905 乳酸菌Lactobacillus kefiranofaciensと酵母Saccharomyces cerevisiaeの共培養によるケフィラン生産(ポスト食をめざす乳酸菌研究,シンポジウム)

Cheirsilpa Benjamas, 東海林寛史, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 182-182　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
704 コリネ型細菌のグルタミン酸生産における遺伝子発現解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)

泉谷憲幸, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 119-119　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
703 自己組織マップ(SOM)による遺伝子発現プロファイルのクラスタリング解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)

黄済華, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 119-119　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
702 培養系における酵母代謝経路モデリングを指向した代謝物質解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)

平沢敬, Kofli Noorhisham Tan, 越智大輔, 山田和幸, 中島俊治, 中倉悠岐, 黄済華, 小林倫子, 山崎旭, 永久圭介, 片倉啓雄, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 119-119　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
701 二酸化炭素雰囲気下における酵母の遺伝子発現解析(生物情報工学,発酵・発酵工学,一般講演)

中島俊治, 中倉悠岐, 平沢敬, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 119-119　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
368 ^<13>C-NMRを用いたコリネ型細菌によるグルタミン酸発酵のフラックス分配比決定(代謝工学,一般講演)

白井智量, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 44-44　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
367 温度特性の異なるグルタミン酸生産菌の代謝制御の解析(代謝工学,一般講演)

中藤昭典, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 44-44　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
354 Paracoccus denitrificansを用いたランダム性PHAの最適生産(生物化学工学,代謝工学,一般講演)

菊谷健介, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 41-41　2002年9月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
763 ビール醸造における揮発性成分とアパレントエキス濃度の同時制御(醸造・醸造工学,食品・食品工学,一般講演)

小林倫子, 廣島俊成, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 135-135　2002年
出版者・発行元：日本生物工学会
334 大腸菌連続培養系における細胞集団の動的挙動に関する研究(生物化学工学,一般講演)

入江良一, 前岡耕平, 清水浩, 柏木明子, 和田亮一, 四方哲也, ト部格, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 14　p. 36-36　2002年
出版者・発行元：日本生物工学会
721 ^<13>C-NMR解析によるグルタミン酸発酵のフラックス分配比決定

白井智量, 中藤昭典, 泉谷憲幸, 葛本雅宣, 大住剛, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 13　p. 295-295　2001年8月24日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
815 乳酸菌Lactobacillus kefiranofaciensとSaccharomyces cerevisiaeの混合培養によるケフィラン生産

Cheirsilp Benjamas, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 13　p. 318-318　2001年8月24日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
1031 白已想起型ニューラルネットワークを用いた異常検知 : データ前処理と出力データ評価方法についての検討

黄済華, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 13　p. 388-388　2001年8月24日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
Bioprocess systems engineering and metabolic engineering

H Shimizu, S Shioya

NIPPON NOGEIKAGAKU KAISHI-JOURNAL OF THE JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND AGROCHEMISTRY　Vol. 75　No. 6　p. 678-682　2001年6月　書評論文,書評,文献紹介等
722 適応温度の異なるグルタミン酸生産菌の培養特性の比較

中藤昭典, 泉谷憲幸, 白井智量, 葛本雅宣, 大住剛, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 13　p. 295-295　2001年
出版者・発行元：日本生物工学会
927 ビール発酵工程におけるエキス消費のオレライン推定と制御

廣島俊成, 小林倫子, 永久圭介, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 13　p. 356-356　2001年
出版者・発行元：日本生物工学会
生物プロセス工学発酵プロセスにおけるデータベースマイニング

清水浩

Bio Ind　Vol. 17　No. 10　p. 49-56　2000年10月12日
醸造工程におけるエキス消費のオンライン推定と制御

広島俊成, 清水浩, 福井宣之, 芦刈俊彦, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2000　p. 17-17　2000年7月10日
出版者・発行元：日本生物工学会
醸造工程の解析と培養条件の検討

水野征一, 広島俊成, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2000　p. 63-63　2000年7月10日
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝工学的アプローチによるグルタミン酸発酵の解析

田中久也, 中藤昭典, 木村英一郎, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 2000　p. 30-30　2000年7月10日
出版者・発行元：日本生物工学会
糸状菌培養プロセスの菌体濃度オンライン計測

塩谷捨明, Krairak Somchai, 山村幸司, 中嶋幹男, 清水浩

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 78　No. 5　p. 155-158　2000年5月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
ニューラルネットワークを用いたバージニアマイシン生産プロセスの異常検知

黄済華, 清水浩, 塩谷捨明

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 65th　2000年2月29日
Lactobacillus kefiranofaciensを用いたケフィランの生産

CHEIRSILPA B, 清水浩, 塩谷捨明

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 65th　2000年2月29日
混合培養を利用したバクテリオシンの効率的生産 (特集乳酸菌の新しい機能と用途開発)

塩谷捨明, 清水浩

食品工業　Vol. 42　No. 24　p. 43-46　1999年12月
出版者・発行元：光琳
バクテリオシンな生乳酸菌の培養工学

塩谷捨明, 清水浩, 内山圭司

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 77　No. 11　p. 461-462　1999年11月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝反応フラックス情報の獲得と培養操作への利用

清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1999　p. 353-353　1999年8月16日
出版者・発行元：日本生物工学会
バイオプロセス正常運転のためのデータ解析

名波秀哲, 清水浩, 神田彰久, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1999　p. 266-266　1999年8月16日
出版者・発行元：日本生物工学会
バイオプロセスにおけるデータマイニング

清水浩

生物工学会誌　Vol. 77　No. 7　1999年7月25日
代謝工学の進歩代謝ネットワークの観測性

清水浩

ケミカルエンジニヤリング　Vol. 44　No. 6　p. 425-430　1999年6月1日
出版者・発行元：化学工業社
Monascus sp.の流加培養による黄色色素生産

KRAIRAK S, 山村幸司, 中嶋幹男, 清水浩, 塩谷捨明

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 64th　1999年2月25日
1138 Multivariable Control of Alcohol Concentrations in Bio-Polymer, PHAs, Production Process :

阿部修也, Chanprateep Suchada, 清水浩, 山根恒夫, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 11　p. 259-259　1999年
出版者・発行元：日本生物工学会
乳酸菌によるバクテリオシン生産に関する培養工学

塩谷捨明, 清水浩, 内山圭司

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 76　No. 11　p. 460-461　1998年11月25日
出版者・発行元：日本生物工学会
968 乳酸菌と酵母の混合培養による乳酸除去と抗菌物質の効率的生産

田中英司, 水口泰治, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 10　p. 213-213　1998年8月31日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
物質生産を目的とした代謝工学

清水浩, 塩谷捨明

バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry　Vol. 56　No. 5　p. 11-16　1998年5月1日
出版者・発行元：バイオインダストリ-協会
967 代謝反応モデルに基づくリジン発酵プロセスの最適化

田中久也, 滝口昇, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 10　p. 212-212　1998年
出版者・発行元：日本生物工学会
1221 Paracoccus denitrificansによる生分解性高分子の生産特性と共重合分率

阿部修也, 清水浩, 山根恒夫, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 10　p. 307-307　1998年
出版者・発行元：日本生物工学会
1215 分離型混合培養装置を用いた酵素間相互作用の解析

児玉博宣, 有本智一, 内山圭司, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 10　p. 304-304　1998年
出版者・発行元：日本生物工学会
1239 フローサイトメトリーによる混合培養系中の菌数計測法の開発

有本智一, 児玉博宣, 内山圭司, 清水浩, 塩谷捨明, 四方秀子, 古久保進, 米澤岳志, 芦刈俊彦

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 10　p. 316-316　1998年
出版者・発行元：日本生物工学会
微生物培養プロセスの状態認識への知識工学的手法の応用

清水浩

生物工学会誌　Vol. 76　No. 8　p. 338-348　1998年
バイオプロセスにおけるデータベースマイニング

清水浩, 塩谷捨明, STEPHANOPOULOS G

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1997　p. 320-320　1997年
出版者・発行元：日本生物工学会
微生物培養プロセスの状態認識への知識工学的手法の応用

清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1997　1997年
放線菌によるvirginiamycin生産における酸素供給条件の最適化

梶原芳典, 守川斉利, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1997　p. 99-99　1997年
出版者・発行元：日本生物工学会
ファジィ理論を利用した酵母半回分培養プロセスの状態認識と制御(ファジィ推論・制御の展開)(バイオプロセスにおける知識工学的手法の応用 : 平成7年度知識工学的手法の応用研究部会報告)

清水浩, 塩谷捨明

生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　Vol. 74　No. 3　p. 205-208　1996年5月25日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
自己想起型ニューラルネットワークを用いた組換え酵母培養系の異常診断

安岡光一, 内山圭司, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1996　p. 95-95　1996年
出版者・発行元：日本生物工学会
ONLINE STATE RECOGNITION IN A YEAST FED-BATCH CULTURE USING ERROR VECTORS

H SHIMIZU, K MIURA, S SHIOYA, K SUGA

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING　Vol. 47　No. 2　p. 165-173　1995年7月
酵素法による生体試料中D体アミノ酸濃度の測定法

中恵一, 下条信雄, 巽典之, 田端省三, 大川二朗, 清水浩, 杉山正康

臨床検査　Vol. 39　No. 7　p. 841-844　1995年7月
代謝反応モデルによるリジン発酵プロセスのflux解析

滝口昇, 後藤知史, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 60th　No. Pt 3　1995年3月
Streptomyces virginiaeによるvirginiamycin生産の最適化

梁栄国, 守川斉利, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一, 仁平卓也, 山田靖宙

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 60th　No. Pt 1　1995年3月
343 Mole Fraction Control of PHA in Fed-Batch Culture of Alcaligenes eutrophus :

Ishihara Yoshiyuki, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 7　p. 98-98　1995年
出版者・発行元：日本生物工学会
放線菌によるvirginiamycin生産における酵母エキス濃度の影響

守川斉利, YANG Y K, 清水浩, 塩谷捨明, 仁平卓也, 山田靖宙

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1995　p. 172-172　1995年
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝反応モデルを用いたヘントース・リン酸経路のモルフラックスとリジン生産速度の関係の解析

滝口昇, 後藤知史, 清水浩, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1995　p. 192-192　1995年
出版者・発行元：日本生物工学会
代謝工学的アプローチによる培養操作

清水浩, 滝口昇, 塩谷捨明

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1995　p. 31-31　1995年
出版者・発行元：日本生物工学会
培養状態のファジィオンライン同定 (バイオプロセス制御<特集>)

塩谷捨明, 清水浩

ケミカルエンジニヤリング　Vol. 39　No. 4　p. p295-298　1994年4月
出版者・発行元：化学工業社
生分解性ポリマーPHAの生産条件の評価

清水浩, 田村真二, 石原義幸, 中津留有紀, 塩谷捨明, 菅健一

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 59th　No. Pt 1　1994年3月
782 Alcaligenes eutrophusによる生分解性高分子生産の生産特性と共重合分率

石原義幸, 田村真二, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 6　p. 287-287　1994年
出版者・発行元：日本生物工学会
Streptomyces Virginiaeによるvirginiamycinの生産と画像処理による形態解析

YANG Y K, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一, 仁平卓也, 山田靖宙

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1994　p. 278-278　1994年
出版者・発行元：日本生物工学会
酵母培養系における代謝反応モデルのオンラインパラメータ推定

清水浩, 三浦圭吾, 塩谷捨明, 菅健一

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 1994　p. 266-266　1994年
出版者・発行元：日本生物工学会
水素細菌の流加培養による生分解性高分子の生産特性と分子量分布

田村真二, 石原義幸, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 58th　No. Pt 1　1993年3月
酵母培養プロセスのオンライン状態認識

三浦圭吾, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 58th　No. Pt 1　1993年3月
275 水素細菌Alcaligenes eutrophusによる生分解性共重合高分子の生産

石原義幸, 田村真二, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 5　p. 77-77　1993年
出版者・発行元：日本生物工学会
遺伝的アルゴリズムによる発酵プロセスの最適軌道算出

松浦一雄, 斯波大幸, 布川弥太郎, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

生物工学会誌　Vol. 71　No. 3　p. 171-178　1993年
305. 水素細菌Alcaligenes eutrophus流加培養によるバイオプラスチックスの生産

清水浩, 田村真二, 塩谷捨明, 菅健一

日本生物工学会大会講演要旨集　Vol. 4　p. 91-91　1992年10月10日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
EFFECT OF AMINO-ACIDS ON GLUTATHIONE PRODUCTION BY SACCHAROMYCES-CEREVISIAE

CG ALFAFARA, A KANDA, T SHIOI, H SHIMIZU, S SHIOYA, K SUGA

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　Vol. 36　No. 4　p. 538-540　1992年1月　記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
比増殖速度をもとにした流加培養系の最適化とその実現

塩谷捨明, 清水浩, CHIM‐ANAGE P, 菅健一

化学工学論文集　Vol. 17　No. 3　p. 572-578　1991年5月
生分解性高分子の生産法の検討

清水浩, 園尾伸二, 玉麗, 塩谷捨明, 管健一

化学工学会年会研究発表講演要旨集　Vol. 56th　1991年3月
250 発酵プロセスにおけるファジィ制御とその評価

清水浩, 三浦圭吾, ALFAFARA Catalino., 塩谷捨明, 菅健一, 鈴木一如

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 3　p. 63-63　1991年
出版者・発行元：日本醗酵工学会
572 EFFECT OF CYSTEINE ADDITION ON GLUTATHIONE FERMENTATION BY <SACCHAROMYCES>___- <CEREVISIAE>___- :

Alfafara Catalino G., Miura Keigo, Shioi Toru, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki, Suga Ken-ichi

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 2　p. 196-196　1990年
出版者・発行元：日本醗酵工学会
717 比増殖速度を指標としたグルタチオンの最適生産

清水浩, 荒木克洋, 塩谷捨明, 菅健一

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 0　p. 186-186　1989年10月11日
出版者・発行元：公益社団法人日本生物工学会
417 EFFECT OF AMINO ACIDS ON GLUTATHIONE PRODUCTION BY SACCHAROMYCES CEREVISIAE :

Kanda Akihisa, Alfafara Catalino, Araki Katsuhiro, Shimizu Hiroshi, Shioya Suteaki, Suga Ken-ichi

日本醗酵工学会大会講演要旨集　p. 109-109　1989年
出版者・発行元：日本醗酵工学会
652 グルコース指数流加法による酵母のグルタチオン生産性

荒木克洋, 神田彰久, 小倉雅志, 清水浩, 塩谷捨明, 菅健一

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 63　p. 214-214　1988年
出版者・発行元：日本醗酵工学会
422 酵素反応速度測定系におけるpHの適応制御

清水浩, 高松武一郎, 塩谷捨明, 菅健一

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 62　p. 137-137　1987年
出版者・発行元：日本醗酵工学会
578 半回分培養系における比増殖速度の推定と制御

清水浩, 高松武一郎, 塩谷捨明, 菅健一

日本醗酵工学会大会講演要旨集　Vol. 61　p. 217-217　1986年
出版者・発行元：日本醗酵工学会

著書 17

微生物を用いた有用物質生産技術の開発

技術情報協会　2024年6月

ISBN: 9784867980231
微生物を活用した有用物質の製造技術第3章化成品原料の生産

清水浩, 監修蓮沼誠久

CMC出版　2023年5月

ISBN: 9784781317403
光合成第Ⅳ部、3. 光合成のカギとなる段階を探せ

清水浩, 豊島正和

朝倉書店　2021年12月

ISBN: 9784254171761
代謝センシング -健康,食,美容,薬,そして脳の代謝を知る- 第25章培養動物細胞の13C代謝フラックス解析

岡橋伸幸, 松田史生, 清水浩

シーエムシー出版　2018年9月

ISBN: 9784781313504
BIOTECHNOLOGY, Wiley-VCH book series, Weinheim, Vol 5

Wiley-VCH　2017年2月
バイオプロセスシステム : 効率よく利用するための基礎と応用

清水, 浩

シーエムシー出版　2009年5月

ISBN: 9784781300832
酵母による環境調和型化学物質生産を目的とした代謝経路のインシリコデザイン

清水浩

[清水浩]　2008年5月
バイオプロダクション、化学工学会バイオ部会編、４章メタボリックエンジニアリング

コロナ社　2006年
バイオプロセスシステムエンジニアリング

清水, 浩

シーエムシー出版　2002年11月

ISBN: 4882313774
代謝工学 : 原理と方法論

Stephanopoulos, G., Aristidou, Aristos A., Nielsen, Jens, 清水, 浩, 塩谷, 捨明

東京電機大学出版局　2002年6月

ISBN: 4501619104
代謝多変数制御系による生分解性ポリマーの品質および分解特性の制御に関する研究

清水浩

[清水浩]　2002年3月
微生物利用の大展開

エヌ・ティー・エス　2002年
生命工学-分子から環境まで-第7章代謝工学(共著)

共立出版　2000年
バイオプロセスの知的制御、山根恒夫、塩谷捨明編

共立出版　1997年
酵母流加培養系における物質生産の最適化

21世紀に向かう酵母研究　1994年
バイオプロセスシステム工学

アイピーシー社　1994年
生物工学実験書

培風館　1992年

講演・口頭発表等 127

大腸菌における3ヒドロキシプロピオン酸生産のためのリボソーム結合配列改変による段階的な代謝フラックスの操作

下谷朋輝, 今田辰海, 澤田将吾, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第90年会
代謝解析技術を用いた非酸化的解糖経路導入大腸菌による物質高生産系の合理的デザイン

三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第90年会
配列情報を利用した酵素の基質特異性を司るアミノ酸残基の予測と構造的洞察

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第90年会
大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価と物質生産の応用可能性への検討

寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第90年会
13C代謝フラックス解析による液相培養系におけるAcinetobacter sp. Tol 5の中枢代謝の評価

宮本絵里菜, 今田辰海, 寺木遥, 三吉健太, 二井手哲平, 吉本将悟, 津川裕司, 堀克敏, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第90年会
O-acetyl-L-serine sulfhydrylaseを用いたin vitroでの多様な非標準アミノ酸の合成

得能翔太, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第90年会
代謝工学的アプローチに基づくギ酸資化大腸菌ベーシックの開発

戸谷吉博, 今田辰海, 巽慶太郎, 清水浩

日本農芸化学会2025年度大会
代謝工学による微生物代謝改良とプロセス開発の高度化

清水浩

第3回先端バイオ工学研究センターシンポジウム　2025年1月28日
Enhanced Formate Assimilation via Tetrahydrofolate Cycle by Overexpressing GlyA in Escherichia coli

Tatsumi Imada, Keitaro Tatsumi, Kyoka Mizuta, Kinuka Isshiki, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

2024 Sakura-Bio Meeting
In silico design and experimental analysis of metabolic pathways for microbial bioproduction of valuable compounds

Hiroshi Shimizu

The 5th Sino-Japan Symposium on Biocatalysis and Biotransformation　2024年11月15日
Metabolic reactivation for efficient microbial productions using optogenetic tools

Yoshihiro Toya, Shota Sakurai, Hayato Akagi, Hiroshi Shimizu

i-BioN 2024
Development of Open-Source Software for Optimal Substrate Label Pattern Suggestion in 13C-Metabolic Flux Analysis.

Tatsumi Imada, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

i-BioN 2024
Selection for the functional sequences for improvement of chemical production in cyanobacteria from enormous sequences in the database

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Asia Pacific Bioinfomatics Joint Conference (APBJC)
酵素のフィードバック阻害の解除に向けたファージ支援連続進化システムの開発

米本大翼, 二井手哲平, 太田磨良, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第55回秋季大会
代謝経路の速度論モデル構築におけるパラメータ決定の優先順位付け方法

吉見優希奈, 今田辰海, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第55回秋季大会
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基を予測する方法の提案

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第55回秋季大会
共基質利用時における非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産の評価

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第55回秋季大会
高精度フラックス推定のための支援機能を有する13C-MFAソフトウェアの開発

今田辰海, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第55回秋季大会
探索空間を限定したin silico変異導入による酵素の耐熱化研究

二井手哲平, 宮脇佳汰, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第55回秋季大会
代謝工学的アプローチの微生物共培養への適用

戸谷吉博, 川本優一, 多田一紀, 今田辰海, 二井手哲平, 清水浩

化学工学会第55回秋季大会
同位体標識を利用した大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価

寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博

第76回日本生物工学会大会
光照射を入力としたフラックス制御による大腸菌の1,3-プロパンジオール生産

川西寿和, 櫻井翔太, 塚本雅士, 清水浩, 戸谷吉博

第76回日本生物工学会大会
大腸菌におけるリボソーム結合部位の改変による代謝フラックス制御と効率的な物質生産

下谷朋輝, 澤田将吾, 戸谷吉博, 清水浩

第76回日本生物工学会大会
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基の予測と実証

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第76回日本生物工学会大会
大腸菌における非酸化的解糖経路フラックス評価のための13Cグルコース標識方法

三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第76回日本生物工学会大会
ギ酸分解経路がギ酸資化性大腸菌に与える影響の解析

今田辰海, 一色衣香, 巽慶太郎, 清水浩, 戸谷吉博

第76回日本生物工学会大会
人工代謝経路との共役による非標準型補酵素利用酵素のスクリーニング

二井手哲平, 青木南都, 戸谷吉博, 清水浩

第76回日本生物工学会大会
グルタチオン発酵生産２：13C標識を利用したグルタチオン生産時の代謝フラックスの評価

戸谷吉博, 森弘樹, 北村さや香, 小林新吾, 蓮沼誠久, 清水浩

第76回日本生物工学会大会
Investigation of 13C-labeled glucose suitable for metabolic flux analysis of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli

Kenta Miyoshi, Tstsumi Imada, Haruka Teraki, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Society for Industrial Microbiology and Biotechnology
大腸菌における非酸化的解糖経路の機能評価と物質生産への応用可能性の検討

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

2024年度生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2024
マルチカラー光による大腸菌代謝経路のフラックス制御技術の開発

赤木駿斗, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第89年会
グリコールアルデヒドがシアノバクテリアの代謝に与える影響の解析

今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第89年会
大腸菌におけるメバロン酸生産のための光遺伝学技術を利用した代謝工学

櫻井翔太, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第89年会
計算機工学を基盤とするバイオテクノロジーの高度化

清水浩

バイオプロセス講演会「生物機能を利用したモノづくり」に貢献するプロセス強化　2024年3月15日
"Metabolic Engineering Based on in Silico Design and Experimental Analysis for Bioproduction "

Hiroshi Shimizu

ASBA2023
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製

清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平

化学工学会第54回秋季大会
光遺伝学技術を利用した代謝フラックス制御とその応用

戸谷吉博, 赤木駿斗, 櫻井翔太, 川西寿和, 塚本雅士, 清水浩

化学工学会第54回秋季大会
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第54回秋季大会
蛍光タンパク質センサを利用した大腸菌の新規NADPH再生反応の同定

上野航一郎, 澤田将吾, 石橋真衣, 神田義貴, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジステック回帰モデルの有用性

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
シアノバクテリアにおけるグリコールアルデヒドによる生理状態への影響

今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
マルチカラー光による大腸菌の代謝フラックス分布の光遺伝学的制御

赤木駿斗, 清水浩, 戸谷吉博

第75回日本生物工学会大会
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
光駆動プロトンポンプを利用した大腸菌の酸耐性の強化と有用物質生産への応用

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 清水浩, 戸谷吉博

第75回日本生物工学会大会
光遺伝学による複数酵素を対象とした代謝フラックス抑制技術の開発

櫻井翔太, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
光遺伝学代謝フラックス制御を利用した大腸菌の1,3-プロパンジオール生産

川西寿和, 櫻井翔太, 清水浩, 戸谷吉博

第75回日本生物工学会大会
リボソーム結合配列の改変による幅広い解糖系のフラックス比を持つ大腸菌ライブラリの構築

下谷朋輝, 澤田将吾, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
大腸菌におけるギ酸資化経路を稼働させるための培養条件の探索

巽慶太郎, 小林祐摩, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
機械学習を用いた代謝酵素の基質特異性決定残基の推定と変換

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
Effects of glycolaldehyde on physiological states of cyanobacteria

Tatsumi Imada, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

MPA2023
Optimal production of mevalonate by modification of ribosome-binding sequences of Escherichia coli chromosome

Shogo Sawada, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
Light-driven ATP regeneration for enhancing 3-hydroxypropionic acid and isoprenol productions in Escherichia coli

Yoshihiro Toya, Mikoto Sano, Ryo Tanaka, Kentaro Kamata, Fumio Matsuda, Jun Ishii, Yoko Hirono-Hara, Kiyotaka Y. Hara, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
Machine learning-guided cofactor specificity conversion of a malic enzyme using sequence datasets divided by catalytic properties

Teppei Niide, Sou Sugiki, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
Metabolic design of butyrolactam-producing Escherichia coli introducing non-oxidative glycolysis by elementary mode analysis

Kenta Miyoshi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
EL222-based optogenetic flux control on the glycolytic pathways in Escherichia coli

Hayto Akagi, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya

Metabolic Engineering 15
モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放

戸谷吉博, 三吉健太, 川本優一, 芝井厚, 古澤力, 清水浩

化学工学会第88年会
エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン

三吉健太, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第88年会
In silico代謝デザインプラットフォームと代謝フラックス解析による微生物発酵の育種とプロセス開発の高度化

清水浩

生物工学会中部支部第9回CHUBU懇話会　2022年12月15日
がん培養細胞株における熱と好気的解糖の関連解析

岡橋伸幸, 島知輝, 近藤佑哉, 荒木千絵, 辻周真, 澤井茜, 上原ひかる, 河野晋, 清水浩, 高橋智聡, 松田史生

第45回日本分子生物学会年会
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

IT連携フォーラム OACIS 第43回シンポジウム「Z世代とダイバーシティ推進」　2022年11月18日
In silico and Experimental Metabolic Flux Analyses and their Applications to Fermentation Processes

2022 Agricultural Biotechnology Symposium, Metabolomics for Food and Human Health, Center for Food and Bioconvergence　2022年11月
Effect of fluctuating light condition on photosynthesis and central carbon metabolism in Synechosystis sp. PCC 6803

Tatsumi Imada, Chiaki Yamamoto, Yoshihiro Toya, and Hiroshi Shimizu

International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation　2022年11月
Metabolic engineering and systems biology of cyanobacteria

Hiroshi Shimizu

International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation　2022年11月
マイクロドロップレットを用いた大腸菌指向進化実験のとりくみ

佐藤玲子, 大竹理寛, 高イクサイ, 戸谷吉博, 清水浩, 鈴木宏明

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変を利用した最適メバロン酸生産

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 〇清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
シアノバクテリアにおけるEntner-Doudoroff経路の生理学的役割

今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
青色光応答タンパク質を利用した中枢代謝フラックスの制御技術の開発

赤木駿斗, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
異なる炭素源を消費する2種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産

村上茉奈美, 川井隆太郎, 三吉健太, 芝井厚, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発

川本優一, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
大腸菌におけるロドプシンの光駆動プロトンポンプが弱酸耐性に及ぼす影響

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
アンチセンスRNAを利用した光照射による代謝フラックス制御技術の開発

櫻井翔太, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化

松本拓也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会　2022年10月
がん培養細胞株比較オミクス解析が示唆する好気的解糖と代謝熱の関

岡橋伸幸, 島知輝, 近藤佑哉, 荒木千絵, 辻周真, 澤井茜, 上原ひかる, 河野晋, 清水浩, 高橋智聡, 松田史生

第16回メタボロームシンポジウムin鶴岡
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案

二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
CO2排出を抑制した物質生産に向けた大腸菌における逆グリオキシル酸経路の利用

田中恒作, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
共培養チロシン生産に適した代謝改変の検討

多田一紀, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
大腸菌の染色体上リボゾーム結合部位改変を利用した中枢炭素代謝フラックスの精密制御

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
人工的な相利共生関係を利用した指向性進化による有用物質生産菌の開発

川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
シアノバクテリアにおけるエントナードウドロフ経路の生理学的影響の解析

今田辰海, 戸谷吉博, 清水浩

第63回日本植物生理学会
ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上

戸谷吉博, 佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩

化学工学会第87年会
機械学習を活用したリンゴ酸酵素の補酵素特異性の変換

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第87年会
共培養代謝工学のための経路分断方法の検討

多田一紀, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第87年会
微生物共培養のための精製タンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発

川本優一, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第87年会
大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第87年会
ロドプシンによる光駆動プロトンポンプが大腸菌の弱酸耐性に及ぼす影響

小林祐摩, 佐野海瑚人, 弘埜陽子, 松田史生, 石井純, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第87年会
マルチカラー光による代謝経路のフラックス制御に向けた検討

赤木駿斗, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第87年会
補酵素特異性改変を目指した合理的酵素設計プロセスの開発

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第87年会
環境調和型ものづくり-発酵技術の高度化-

清水浩

第73回日本生物工学会大会ランチタイムセミナー　2021年10月28日
目的物質生産フラックス強化のためのシミュレーションに基づく増殖連動型の代謝設計

戸谷吉博, 一色衣香, 施欣馳, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
大腸菌染色体上のリボソーム結合配列改変による中枢代謝フラックスの調節

澤田将吾, 松田史生, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
動的代謝モデルを用いたシアノバクテリアのカルビン回路における制御機構の解析

田島遼太郎, 池原万由, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
mBFPセンサーを使った栄養飢餓大腸菌における細胞内NADPHレベルの摂動解析

上野航一郎, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
光エネルギーを利用した大腸菌におけるメバロン酸のイソプレノールへの変換

佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
機械学習を利用した代謝酵素の補酵素特異性の設計と活性測定による検証

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
逆グリオキシル酸経路を導入した大腸菌の開発と代謝評価

田中恒作, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析

村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

第73回日本生物工学会大会
光駆動プロトンポンプを発現させたメバロン酸生産大腸菌の代謝解析

松山千夏, 清家泰介, 岡橋伸幸, 戸谷吉博, 弘埜陽子, 平山英伸, 石井純, 清水浩, 原清敬, 松田史生

第73回日本生物工学会大会
シアノバクテリアの代謝工学

清水浩, 戸谷吉博, 豊島正和, 山本千晶

化学工学会第52回秋季大会　2021年9月
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発

戸谷吉博, 川井隆太郎, 三吉健太, 村上茉奈美, 一色衣香, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 清水浩

化学工学会第52回秋季大会　2021年9月
青色光による遺伝子発現制御系を用いた大腸菌代謝制御の検討

赤木駿斗, 塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第52回秋季大会　2021年9月
機械学習を用いたリンゴ酸酵素の補酵素特異性の予測

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第52回秋季大会　2021年9月
13c- Metabolic Flux Analysis of Synechocystis Sp. PCC 6803 Under Fluctuation Light Condition

Chiaki Yamamoto, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engneering 14　2021年7月
Enhanced Mevalonate Uptake Rate of Escherichia coli through Adaptive Laboratory Evolution for Isoprenol Production in Co-Culture

Ryutaro Kawai, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Chikara Furusawa, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engneering 14　2021年7月
蛍光タンパク質を利用した共培養のための菌体比率制御技術の開発

楠田みのり, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第86年会　2021年3月
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による高効率細胞工場の創製

清水浩

日本化学会第101春季年会　2021年3月
連続培養を用いた指向性進化実験による大腸菌のメバロン酸取り込み能力の強化

村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本農芸化学会2021年度大会　2021年3月
FBA シミュレーションによるシアノバクテリアにおける PSI/PSII励起比と光合成電子伝達フラックスの関係ならびに NDH-1 の機能解析

豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩

第6回光合成細菌ワークショップ　2021年3月13日
光合成生物のシステムバイオロジー

清水浩

第62回日本植物生理学会年会　2021年3月
Synechocystis sp. PCC 6803のΔndhD1/D2株を用いたレドックスバランス感知フィコビリソーム分解制御機構の解析

豊島正和, 阪田真澄, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩

第62回日本植物生理学会年会　2021年3月
NAD(P)H dehydrogenase deletion enhances accumulation of polyhydroxybutyrate in Synechocystis sp. PCC 6803

Masakazu Yajima, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

2021年3月
動的代謝モデルを用いたカルビン回路の代謝制御機構の解析

田島遼太郎, 池原万由, 戸谷吉博, 清水浩

第62回日本植物生理学会年会　2021年3月
代謝モデルを利用した指向性進化による大腸菌イソプレノール合成のボトルネック解消

川井隆太郎, 三吉健太, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会【関西支部】2020年度学生オンライン発表会　2020年12月
光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発

塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩

OACIS第39回シンポジウム「ICT産学連携フェア2020 ニューノーマルにおける学び方・働き方」　2020年11月
13C-metabolic flux analysis reveals photosynthetic cofactor production rates in cyanobacteria

Chiaki Yamamoto, Sayaka Kitamura, Masakazu Toyoshima, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

上海交通大学学術交流セミナー　2020年11月
異なる波長の光照射下におけるシアノバクテリアの光合成と代謝のシミュレーション予測による適応機構の解析

豊島正和, 山本千晶, 植野嘉文, 戸谷吉博, 秋本誠志, 清水浩

日本植物学会第84回大会　2020年9月
相利共生関係を利用した増殖連動型の有用物質生産株の代謝設計

川井隆太郎, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第51回秋季大会　2020年9月
試験管内反応系を利用した代謝経路の律速段階の同定

北村さや香, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第51回秋季大会　2020年9月
実験室進化実験による大腸菌の非酸化的解糖経路のフラックス増強

三吉健太, 川井隆太郎, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第51回秋季大会　2020年9月
光誘導スイッチを利用した代謝フラックスの動的な調節技術の開発

塚本雅士, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第51回秋季大会　2020年9月
微生物物質生産の代謝デザインと細胞性能評価

清水浩, 戸谷吉博

化学工学会第51回秋季大会　2020年9月
Application of CcaS/CcaR optogenetic switch for controlling the central carbon metabolism in Escherichia coli

Toya Yoshihiro, Tandar Sebastian Tommi, Senoo Sachie, Shimizu Hiroshi

Optogenetic Technologies and Applications　2019年12月10日
"ロドプシンを利用した光駆動ATP再生によるイソプレノールおよび3ヒドロキシプロピオン酸生産の向上

戸谷吉博, 佐野海瑚人, 田中涼, 鎌田健太郎, 松田史生, 石井純, 弘埜陽子, 原清敬, 清水浩

化学工学会第87年会

特許・実用新案・意匠 5

藻類及び藻類の製造方法

戸谷吉博, 清水浩, 吉川勝徳, 松迫卓也, 松田史生, 永久保雅夫

出願日:2016/07/27
枯草菌変異株及びその利用

増田健太, 劉生浩, 影山泰, 清水浩, 戸谷吉博

出願日:2016/04/28
枯草菌変異株及びそれを用いたジピコリン酸の製造方法

劉生浩, 増田健太, 影山泰, 清水浩, 戸谷吉博

出願日:2016/04/28
微生物による(S)−アデノシル−L−メチオニンの製造方法

早川謙嗣, 清水浩

出願日:2014/02/28
マイクロアレイデータの解析方法及び解析装置

古澤力, 縣朋治, 小野直亮, 鈴木真吾, 柏木明子, 四方哲也, 清水浩, 金子邦彦

出願日:2006/08/02

報道 8

阪大、酵素の基質選択性をAIで切り替える手法を開発

2022年11月
脱炭素に貢献できる大腸菌？光のパワーで有用物質の生産力アップ

2022年5月2日
微細藻類シアノバクテリアが強い光でも生育できる遺伝子

2021年4月9日
微細藻類、強い光でも生育

2021年3月18日
大腸菌の反応光で調節阪大チーム

2019年9月
微生物の代謝光で制御

2019年7月
大腸菌の代謝経路光で制御可能に

2019年7月
光でオン・オフ-阪大有用物質を効率生産

2019年6月

学術貢献活動 16

日本生物工学会理事

2019年～継続中
Microbial Cell Factories誌編集委員

2014年～継続中
日本生物工学会代謝工学研究部会代表

2011年～継続中
日本生物工学会代議員

2011年～継続中
バイオインダストリー協会発酵と代謝研究会常任幹事

2010年～継続中
バイオインダストリー協会バイオエンジニアリング研究会幹事

2006年～継続中
Bioprocess and Biosystems Engineering誌編集委員

2001年～継続中
化学工学会バイオ部会副部会長

2012年～ 2016年
日本生物工学会常任理事

2007年～ 2011年
Journal of Bioscience and Bioengineering誌編集委員

2005年～ 2009年
日本生物工学会評議員

2005年～ 2007年
Applied Microbiology and Biotechnology誌編集委員

2004年～ 2006年
Biotechnology Journal 誌Special Issue “Metabolic Engineering “ 編集者

2020年～
Metabolite誌Special Issue “Metabolomics for Biotechnology”編集者

2019年～
Current Opinion in Biotechnology誌 Special Issue “Analytical Biotechnology“ 編集者

2018年～
Metabolic Engineering 11 大会実行委員会副委員長

2016年～

機関リポジトリ 1

大阪大学の学術機関リポジトリ（OUKA）に掲載されているコンテンツ

¹³C-metabolic flux analysis of respiratory chain disrupted strain ΔndhF1 of Synechocystis sp. PCC 6803

Wada Keisuke, Toya Yoshihiro, Matsuda Fumio, Shimizu Hiroshi

Applied Biochemistry and Biotechnology　2025年1月15日