keyword 分子動力学シミュレーション，混雑環境，生物物理学，ダイナミクス理論，理論化学，物理化学，分子性統計力学，液体の積分方程式理論，溶液化学
京都大学大学院 工学研究科 分子工学専攻 博士課程
2014年4月 ～ 2018年3月
京都大学大学院 工学研究科 分子工学専攻 修士課程
2012年4月 ～ 2014年3月
溶液化学研究会若手の会 実行委員 学協会
2023年4月 ～ 継続中
溶液化学研究会 編集委員 学協会
2021年6月 ～ 継続中
日本物理学会 領域12・化学物理 運営委員 学協会
2025年10月 ～ 2026年9月
文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術予測・政策基盤調査研究センター 専門調査委員 政府
2025年5月 ～ 2026年3月
計算物質科学協議会: CMSF 次世代計算機対応計算物質科学ソフトウェア開発拠点の形成に関する提言書WGメンバー 学協会
2024年4月 ～ 2026年3月
日本生物物理学会
蛋白質科学会
溶液化学研究会
分子科学会
日本化学会
ナノテク・材料 / 基礎物理化学 /
自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /
溶液化学研究会奨励賞
笠原健人 溶液化学研究会 2022年10月
第10回分子科学討論会 分子科学会優秀講演賞
分子科学会 2016年10月
第19回理論化学討論会 最優秀ポスター賞
理論化学研究会（現 理論化学会） 2016年6月
第36回溶液化学シンポジウム ポスター賞
溶液化学研究会 2013年10月
Ion Transport Analysis of Anion-Exchange Membranes in Various Hydration States: Combining Experiments with Molecular Dynamics Simulation
Yuri Nara, Kento Kasahara, Kiyoshi Yagi, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi, Hiroyoshi Kawakami, Manabu Tanaka
ACS Applied Polymer Materials Vol. 7 No. 20 p. 13971-13981 2025年10月9日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Characterizing the embedded states of a fluorescent probe within a lipid bilayer using molecular dynamics simulations
Ryo Okabe, Natsuumi Ito, Yuya Matsubara, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 163 p. 034708-034719 2025年7月 研究論文（学術雑誌）
Solvent-Environment Dependence of the Excess Chemical Potential and Its Computation Scheme Formulated through Error Minimization
Stefan Hervø-Hansen, Kazuya Okita, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
Journal of Chemical Theory and Computation Vol. 21 No. 3 p. 1064-1077 2025年1月29日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution
Kazuya Okita, Yusei Maruyama, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 162 No. 3 2025年1月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
Dual effect of cholesterol on interfacial water dynamics in lipid membranes: Interplay between membrane packing and hydration
Kokoro Shikata, Kento Kasahara, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
arXiv:2507.21622 2025年
膜透過現象を記述する分子論
笠原健人, 松林伸幸
溶液化学研究会誌 Vol. 6 p. 21-30 2024年9月 研究論文（学術雑誌）
A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation
Yuya Matsubara, Ryo Okabe, Ren Masayama, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 161 No. 2 2024年7月10日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Influence of cholesterol on hydrogen-bond dynamics of water molecules in lipid-bilayer systems at varying temperatures
Kokoro Shikata, Kento Kasahara, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 161 No. 1 2024年7月3日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Solvation dynamics on the diffusion timescale elucidated using energy-represented dynamics theory
Kazuya Okita, Natsuumi Ito, Nozomi Morishita-Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
Physical Chemistry Chemical Physics Vol. 26 p. 12852-12861 2024年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)
Free-energy decomposition of salt effects on the solubilities of small molecules and the role of excluded-volume effects
Stefan Hervø-Hansen, Daoyang Lin, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
Chemical Science Vol. 15 No. 2 p. 477-489 2024年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)
Elucidating protein-ligand binding kinetics based on returning probability theory
Kento Kasahara, Ren Masayama, Kazuya Okita, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics 2023年9月 研究論文（学術雑誌）
凝縮系のダイナミクスを解析するためのエネルギー表示理論の開発
笠原健人, 沖田和也, 松林伸幸
理論化学会誌「フロンティア」 Vol. 5 No. 2 p. 90-98 2023年4月 研究論文（学術雑誌）
分子会合過程に対する理論的アプローチ
笠原健人
化学と工業 2023年4月
溶液統計力学と分子動力学に基づく分子会合過程の理論的解析
笠原健人
溶液化学研究会誌 Vol. 3 2023年3月 研究論文（学術雑誌）
Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase
Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
ACS Chemical Biology Vol. 18 No. 2 p. 340-346 2023年1月20日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Diffusion theory of molecular liquids in the energy representation and application to solvation dynamics
Kazuya Okita, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 157 No. 24 p. 244505-244505 2022年12月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
Crystal Growth of Urea and Its Modulation by Additives as Analyzed by All-Atom MD Simulation and Solution Theory
Senri Tanaka, Naoki Yamamoto, Kento Kasahara, Yoshiki Ishii, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Physical Chemistry B Vol. 126 No. 28 p. 5274-5290 2022年7月21日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
Modified protein-water interactions in CHARMM36m for thermodynamics and kinetics of proteins in dilute and crowded solutions
Daiki Matsubara, Kento Kasahara, Hisham Dokainish, Hiraku Oshima, Yuji Sugita
Molecules Vol. 27 No. 17 p. 5726-5743 2022年 研究論文（学術雑誌）
分子動力学シミュレーション法の基礎
笠原健人
溶液化学研究会誌 Vol. 1 p. 22-30 2022年 研究論文（学術雑誌）
Constructing a Memory Kernel of the Returning Probability to Efficiently Describe Molecular Binding Processes
Kento Kasahara, Ren Masayama, Yuya Matsubara, Nobuyuki Matubayasi
Chemistry Letters Vol. 51 No. 8 p. 823-827 2022年 研究論文（学術雑誌）
Solvation in nitration of benzene and the valence electronic structure of the Wheland intermediate
Kaho Nakatani, Sho Teshigawara, Yuta Tanahashi, Kento Kasahara, Masahiro Higashi, Hirofumi Sato
Physical Chemistry Chemical Physics Vol. 24 No. 27 p. 16453-16461 2022年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)
Atomistic description of molecular binding processes based on returning probability theory
Kento Kasahara, Ren Masayama, Kazuya Okita, Nobuyuki Matubayasi
J. Chem. Phys. Vol. 155 No. 20 2021年 研究論文（学術雑誌）
Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems
Jung, Jaewoon, Kasahara, Kento, Kobayashi, Chigusa, Oshima, Hiraku, Mori, Takaharu, Sugita, Yuji
Journal of Chemical Theory and Computation Vol. 17 No. 9 p. 5312-5321 2021年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：ACS Publications
New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems
Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Kasahara, Kento, Tan, Cheng, Kuroda, Akiyoshi, Minami, Kazuo, Ishiduki, Shigeru, Nishiki, Tatsuo, Inoue, Hikaru, Ishikawa, Yutaka, others
Journal of Computational Chemistry Vol. 42 No. 4 p. 231-241 2021年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Wiley Online Library
Reduced efficacy of a Src kinase inhibitor in crowded protein solution
Kasahara, Kento, Re, Suyong, Nawrocki, Grzegorz, Oshima, Hiraku, Mishima-Tsumagari, Chiemi, Miyata-Yabuki, Yukako, Kukimoto-Niino, Mutsuko, Yu, Isseki, Shirouzu, Mikako, Feig, Michael, Sugita, Yuji
Nature Communications Vol. 12 No. 1 p. 1-8 2021年 研究論文（学術雑誌）
博士論文紹介「分子性液体における拡散と溶媒和の積分方程式理論」
笠原健人
アンサンブル Vol. 22 No. 1 p. 81-86 2020年 研究論文（学術雑誌）
Encounter complexes and hidden poses of kinase-inhibitor binding on the free-energy landscape
Re, Suyong, Oshima, Hiraku, Kasahara, Kento, Kamiya, Motoshi, Sugita, Yuji
Proceedings of the National Academy of Sciences Vol. 116 No. 37 p. 18404-18409 2019年 研究論文（学術雑誌）
Time-dependent pair distribution functions based on Smoluchowski equation and application to an electrolyte solution
Kento Kasahara, Hirofumi Sato
Journal of Computational Chemistry Vol. 39 No. 20 p. 1491-1497 2018年7月30日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：John Wiley and Sons Inc.
Solvation structure of LiClO4/ethylene carbonate solution near a graphite electrode in lithium-ion batteries: 3D-RISM study
Kento Kasahara, Hirofumi Sato
Chemistry Letters Vol. 47 No. 3 p. 311-314 2018年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Chemical Society of Japan
Dynamics theory for molecular liquids based on an interaction site model
Kento Kasahara, Hirofumi Sato
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Vol. 19 No. 41 p. 27917-27929 2017年11月 研究論文（学術雑誌）
Theoretical Study of the Solvation Effect on the Reductive Reaction of Vinylene Carbonate in the Electrolyte Solution of Lithium Ion Batteries
Kento Kasahara, Hiroshi Nakano, Hirofumi Sato
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 121 No. 20 p. 5293-5299 2017年5月 研究論文（学術雑誌）
A theory of diffusion controlled reactions in polyatomic molecule system
Kento Kasahara, Hirofumi Sato
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 145 No. 19 2016年11月 研究論文（学術雑誌）
Solvent structure of ionic liquid with carbon dioxide
Kenichi Kikui, Seigo Hayaki, Kentaro Kido, Daisuke Yokogawa, Kento Kasahara, Yoshihiro Matsumura, Hirofumi Sato, Shigeyoshi Sakaki
JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS Vol. 217 p. 12-16 2016年5月 研究論文（学術雑誌）
A molecular level study of selective cation capture by a host–guest mechanism for 25,26,27,28-tetramethoxycalix[4]arene in MClO4 solution (M = Na, K)
Kentaro Kido, Kento Kasahara, Hirofumi Sato, Shigeyoshi Sakaki
Mol. Simul. Vol. 41 No. 10-12 p. 881-891 2015年8月 研究論文（学術雑誌）
A hybrid framework of first principles molecular orbital calculations and a three-dimensional integral equation theory for molecular liquids: Multi-center molecular Ornstein-Zernike self-consistent field approach
Kentaro Kido, Kento Kasahara, Daisuke Yokogawa, Hirofumi Sato
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 143 No. 1 2015年7月 研究論文（学術雑誌）
Development of three-dimensional site-site Smoluchowski-Vlasov equation and application to electrolyte solutions
Kento Kasahara, Hirofumi Sato
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS Vol. 140 No. 24 2014年6月 研究論文（学術雑誌）
アニオン交換膜のイオン輸送特性に関する 全原子分子動力学解析
笠原 健人
高分子イオニクスシンポジウム 2025年3月18日
分子シミュレーションと2分子反応理論の連携による 会合動力学の系統的解析
笠原 健人
Koopman作用素周辺の理論・データ解析研究会 2025年2月27日
A methodology of quantifying membrane permeability based on bimolecular reaction theory
Kento Kasahara
UCR (University of California, Riverside) Physical Chemistry Seminar 2024年11月4日
Transport phenomena in complex systems elucidated using molecular dynamics simulations and bimolecular reaction theory
Kento Kasahara
International Conference on Advanced Materials Development & Performance (AMDP) 2024年9月23日
2分子反応理論と分子動力学シミュレーションによる 分子会合過程の物理化学的解析
笠原 健人
日本物理学会 第79回年次大会 2024年9月18日
Elucidating molecular binding kinetics based on diffusion-influenced reaction theory
Kento Kasahara
University of Wisconsin Madison Seminar (Prof. Xuhui Huang's group) 2024年4月19日
Protein-ligand binding kinetics based on diffusion-influenced reaction theory and molecular dynamics
Kento kasahara
Telluride Workshop 2024年1月10日
Atomistic description of molecular binding kinetics based on returning probability theory and molecular dynamics
Kento Kasahara
UCR (University of California, Riverside) Chemistry Department Seminar 2023年12月1日
分子動力学と統計力学に基づくタンパク質–リガンド結合の速度論解析
笠原 健人
文部科学省 スーパーコンピュータ｢富岳｣成果創出加速プログラム 「物理-化学連携による持続的成長に向けた高機能・長寿命材料の探索・制御」 研究フォーラム（第1回） 2023年10月31日
Elucidating Protein-Ligand Binding Kinetics Based on Bimolecular Reaction Theory
Kento Kasahara
The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS) 2023年10月6日
分子動力学に基づいてタンパク質‒リガンド結合過程を 解析する統計力学手法の開発
笠原 健人
生体分子凝縮体セミナー 2023年9月8日
Atomistic Description of Molecular Binding Processes Based on Bimolecular Reaction Theory
笠原健人
9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex Systems (9IDMRCS) 2023年8月17日
分子動力学と2分子反応理論に基づく 分子会合過程の記述
笠原 健人
次世代若手研究者による応用計算・理論化学研究会2023 2023年7月25日
分子会合ダイナミクスを記述する理論的手法の開発
笠原健人
研究会「理論化学若手セミナー」 2023年7月8日
Atomistic Description of Molecular Binding Processes Based on Bimolecular Reaction Theory
Kento Kasahara
StudyCamp2023 2023年6月7日
溶液統計力学と分子動力学に基づく分子会合過程の理論的解析
笠原健人
第44回溶液化学シンポジウム 2022年10月27日
分子動力学に基づく分子会合過程の理論的解析
笠原 健人
溶液化学研究会 第１回 溶液化学夏季講演会 2021年7月26日
混雑環境がタンパク質–リガンド結合に及ぼす影響の分子動力学解析
笠原健人
九州大学セミナー 2019年12月5日
拡散律速反応ダイナミクスの分子理論
研究会『化学反応のポテンシャル曲面とダイナミクス』 2017年4月9日
分子動力学と2分子反応理論に基づく分子会合過程の記述
笠原健人
次世代若手研究者による応用計算・理論化学研究会2023
Molecular dynamics analysis of the crowding effects on protein-ligand binding mechanism
Kento Kasahara, Suyong Re, Hiraku Oshima, Nawrocki Grzegorz, Michael Feig, Yuji Sugita
第42回日本分子生物学会年会
分子集合系計算科学セミナー
笠原健人・石井良樹 https://sites.google.com/view/bunsisyugo/%E9%96%8B%E5%82%AC%E5%B1%A5%E6%AD%B4?authuser=0
2021年9月28日 ～ 継続中
第2回分子集合系計算科学セミナー
2021年10月4日 ～ 2021年10月4日
第1回分子集合系計算科学セミナー
笠原健人・石井良樹
2021年9月28日 ～ 2021年9月28日
Characterizing the embedded states of a fluorescent probe within a lipid bilayer using molecular dynamics simulations
Okabe Ryo, Ito Natsuumi, Matsubara Yuya, Morishita Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki
The Journal of Chemical Physics Vol. 163 No. 3 2025年7月16日
Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution
Okita Kazuya, Maruyama Yusei, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki
Journal of Chemical Physics Vol. 162 No. 3 2025年1月15日
A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation
Matsubara Yuya, Okabe Ryo, Masayama Ren, Morishita Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki
Journal of Chemical Physics Vol. 161 No. 2 2024年7月14日
Solvation dynamics on the diffusion timescale elucidated using energy-represented dynamics theory
Okita Kazuya, Ito Natsuumi, Morishita-Watanabe Nozomi, Umakoshi Hiroshi, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki
Physical Chemistry Chemical Physics Vol. 26 No. 16 p. 12852-12861 2024年4月16日
Elucidating protein-ligand binding kinetics based on returning probability theory
Kasahara Kento, Masayama Ren, Okita Kazuya, Matubayasi Nobuyuki
Journal of Chemical Physics Vol. 159 No. 13 2023年10月7日
Diffusion theory of molecular liquids in the energy representation and application to solvation dynamics
Okita Kazuya, Kasahara Kento, Matubayasi Nobuyuki
Journal of Chemical Physics Vol. 157 No. 24 2022年12月28日
Atomistic description of molecular binding processes based on returning probability theory
Kasahara Kento, Masayama Ren, Okita Kazuya, Matubayasi Nobuyuki
Journal of Chemical Physics Vol. 155 No. 20 2021年11月28日
