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Cooperative Protein Dynamics of Heterotetrameric Hemoglobin from Scapharca inaequivalvis
Xiang Gao, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Yasuhisa Mizutani
The Journal of Physical Chemistry B 2024年8月8日 研究論文(学術雑誌)
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Structural dynamics of the heme pocket and intersubunit coupling in the dimeric hemoglobin from Scapharca inaequivalvis
Xiang Gao, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Srinivasan Muniyappan, Hyotcherl Ihee, Yasuhisa Mizutani
The Journal of Chemical Physics 2024年4月28日 研究論文(学術雑誌)
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Heme Pocket Structure and Its Functional Implications in an Ancestral Globin Protein.
Yu Iritani, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Yasuhisa Mizutani
Biochemistry Vol. 62 No. 18 p. 2727-2737 2023年9月19日 研究論文(学術雑誌)
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Regulatory Switching by Concerted Motions on the Microsecond Time Scale of the Oxygen Sensor Protein FixL
Takeo Yamawaki, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani
The Journal of Physical Chemistry B Vol. 125 No. 25 p. 6847-6856 2021年7月1日 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:American Chemical Society ({ACS})
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Unique Electronic Structures of the Highly Ruffled Hemes in Heme-Degrading Enzymes of Staphylococcus aureus, IsdG and IsdI, by Resonance Raman and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopies
Satoshi Takahashi, Shusuke Nambu, Toshitaka Matsui, Hiroshi Fujii, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani, Kouhei Tsumoto, Masao Ikeda-Saito
Biochemistry Vol. 59 No. 40 p. 3918-3928 2020年10月13日 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:American Chemical Society ({ACS})
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Force detection of high-frequency electron paramagnetic resonance spectroscopy of microliter solution sample
Okamoto Tsubasa, Takahashi Hideyuki, Ohmichi Eiji, Ishikawa Haruto, Mizutani Yasuhisa, Ohta Hitoshi
APPLIED PHYSICS LETTERS Vol. 113 No. 22 p. 223702-223702 2018年11月26日 研究論文(学術雑誌)
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Potent Antimalarial Activity of Two Arenes Linked with Triamine Designed To Have Multiple Interactions with Heme.
Yosuke Sakata, Kosuke Yabunaka, Yuko Kobayashi, Hirohisa Omiya, Naoki Umezawa, Hye-Sook Kim, Yusuke Wataya, Yoshimi Tomita, Yosuke Hisamatsu, Nobuki Kato, Hirokazu Yagi, Tadashi Satoh, Koichi Kato, Haruto Ishikawa, Tsunehiko Higuchi
ACS medicinal chemistry letters Vol. 9 No. 10 p. 980-985 2018年10月11日 研究論文(学術雑誌)
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Redox-dependent axial ligand replacement and its functional significance in heme-bound iron regulatory proteins
Mariko Ogura, Ryosuke Endo, Haruto Ishikawa, Yukiko Takeda, Takeshi Uchida, Kazuhiro Iwai, Kazuo Kobayashi, Koichiro Ishimori
Journal of Inorganic Biochemistry Vol. 182 p. 238-248 2018年5月1日 研究論文(学術雑誌)
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Tertiary dynamics of human adult hemoglobin fixed in R and T quaternary structures
Shanyan Chang, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani
Physical Chemistry Chemical Physics Vol. 20 No. 5 p. 3363-3372 2018年2月7日 研究論文(学術雑誌)
出版者・発行元:Royal Society of Chemistry
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A Study of the Dynamics of the Heme Pocket and C-helix in CooA upon CO Dissociation Using Time-Resolved Visible and UV Resonance Raman Spectroscopy
Akihiro Otomo, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Tetsunari Kimura, Minoru Kubo, Yoshitsugu Shiro, Shigetoshi Aono, Yasuhisa Mizutani
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 120 No. 32 p. 7836-7843 2016年8月 研究論文(学術雑誌)
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Regulatory Implications of Structural Changes in Tyr201 of the Oxygen Sensor Protein FixL
Takeo Yamawaki, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Hiro Nakamura, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani
BIOCHEMISTRY Vol. 55 No. 29 p. 4027-4035 2016年7月 研究論文(学術雑誌)
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Redox-Dependent Dynamics in Heme-Bound Bacterial Iron Response Regulator (Irr) Protein
Kazuo Kobayashi, Megumi Nakagaki, Haruto Ishikawa, Kazuhiro Iwai, Mark R. O'Brian, Koichiro Ishimori
BIOCHEMISTRY Vol. 55 No. 29 p. 4047-4054 2016年7月 研究論文(学術雑誌)
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Effect of the N-terminal residues on the quaternary dynamics of human adult hemoglobin
Shanyan Chang, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani
CHEMICAL PHYSICS Vol. 469 p. 31-37 2016年5月 研究論文(学術雑誌)
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Carbon monoxide binding properties of domain-swapped dimeric myoglobin
Satoshi Nagao, Haruto Ishikawa, Takuya Yamada, Yasuhisa Mizutani, Shun Hirota
JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY Vol. 20 No. 3 p. 523-530 2015年4月 研究論文(学術雑誌)
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Vibrational Energy Flow in Hemeproteins
Yasuhisa Mizutani, Naoki Fujii, Mitsuhiro Miyamoto, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa
ULTRAFAST PHENOMENA XIX Vol. 162 p. 532-534 2015年 研究論文(国際会議プロシーディングス)
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Observing Vibrational Energy Flow in a Protein with the Spatial Resolution of a Single Amino Acid Residue
Naoki Fujii, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS Vol. 5 No. 18 p. 3269-3273 2014年9月 研究論文(学術雑誌)
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Identification of Essential Histidine Residues Involved in Heme Binding and Hemozoin Formation in Heme Detoxification Protein from Plasmodium falciparum
Keisuke Nakatani, Haruto Ishikawa, Shigetoshi Aono, Yasuhisa Mizutani
SCIENTIFIC REPORTS Vol. 4 2014年8月 研究論文(学術雑誌)
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2P094 タンパク質を基盤とした酸素濃度FRETセンサー(02. ヘム蛋白質,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Ishikawa Haruto, Aono Shigetoshi, Mizutani Yasuhisa
生物物理 Vol. 54 No. 1 2014年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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2P095 細胞内の遊離ヘムの可視化に向けた融合タンパク質の開発(02. ヘム蛋白質,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))
Matsumoto Kazuyuki, Ishikawa Haruto, Aono Shigetoshi, Mizutani Yasuhisa
生物物理 Vol. 54 No. 1 2014年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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Vibrational energy flow in hemeproteins
Mizutani Y, Fujii N, Miyamoto M, Mizuno M, Ishikawa H
Optics InfoBase Conference Papers 2014年
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Ultraviolet Resonance Raman Observations of the Structural Dynamics of Rhizobial Oxygen Sensor FixL on Ligand Recognition
Shinji Yano, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Hiro Nakamura, Yoshitsugu Shiro, Yasuhisa Mizutani
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 117 No. 49 p. 15786-15791 2013年12月 研究論文(学術雑誌)
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Intersubunit Communication via Changes in Hemoglobin Quaternary Structures Revealed by Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy: Direct Observation of the Perutz Mechanism
Kenta Yamada, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, Naoya Shibayama, Yasuhisa Mizutani
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 117 No. 41 p. 12461-12468 2013年10月 研究論文(学術雑誌)
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Heme-binding properties of heme detoxification protein from Plasmodium falciparum
Keisuke Nakatani, Haruto Ishikawa, Shigetoshi Aono, Yasuhisa Mizutani
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS Vol. 439 No. 4 p. 477-480 2013年10月 研究論文(学術雑誌)
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2P099 時間分解共鳴ラマン分光法を用いたCO解離に伴うCooAのタンパク質ダイナミクスの研究(02.ヘム蛋白質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))
Otomo Akihiro, Ishikawa Haruto, Mizuno Misao, Aono Shigetoshi, Mizutani Yasuhisa
生物物理 Vol. 53 No. 1 2013年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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2P098 ヘム結晶化を促進するサシガメ由来α-グルコシダーゼのヘム結合部位の検討(02.ヘム蛋白質,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))
Kaku Shotaro, Nakatani Keisuke, Ishikawa Haruto, Mizutani Yasuhisa
生物物理 Vol. 53 No. 1 2013年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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Structural dynamics of proximal heme pocket in HemAT-Bs associated with oxygen dissociation
Yuu Yoshida, Haruto Ishikawa, Shigetoshi Aono, Yasuhisa Mizutani
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS Vol. 1824 No. 7 p. 866-872 2012年7月 研究論文(学術雑誌)
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Protein Dynamics of Isolated Chains of Recombinant Human Hemoglobin Elucidated by Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy
Kenta Yamada, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B Vol. 116 No. 6 p. 1992-1998 2012年2月 研究論文(学術雑誌)
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Structural basis for oxygen sensing and signal transduction of the heme-based sensor protein Aer2 from Pseudomonas aeruginosa
Hitomi Sawai, Hiroshi Sugimoto, Yoshitsugu Shiro, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani, Shigetoshi Aono
CHEMICAL COMMUNICATIONS Vol. 48 No. 52 p. 6523-6525 2012年 研究論文(学術雑誌)
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Unusual Heme Binding in the Bacterial Iron Response Regulator Protein: Spectral Characterization of Heme Binding to the Heme Regulatory Motif
Haruto Ishikawa, Megumi Nakagaki, Ai Bamba, Takeshi Uchida, Hiroshi Hori, Mark R. O'Brian, Kazuhiro Iwai, Koichiro Ishimori
BIOCHEMISTRY Vol. 50 No. 6 p. 1016-1022 2011年2月 研究論文(学術雑誌)
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PHYS 430-Enzyme dynamical changes upon substrate binding and structural interconversions measured with ultrafast 2-D IR vibrational echo spectroscopy
Michael D. Fayer, Haruto Ishikawa, Ilya J. Finkelstein, Jean K. Chung, Kyungwon Kwak, Seongheun Kim
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY Vol. 237 2009年3月
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Ultrafast 2D-IR vibration echo spectroscopy of proteins
Ishikawa, H., Kim, S., Finkelstein, I.J., Fayer, M.D.
Advances in Biomedical Spectroscopy Vol. 2 p. 79-103 2009年 研究論文(学術雑誌)
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Direct observation of fast protein conformational switching
Haruto Ishikawa, Kyungwon Kwak, Jean K. Chung, Seongheun Kim, Michael D. Fayer
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 105 No. 25 p. 8619-8624 2008年6月 研究論文(学術雑誌)
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Disulfide bond influence on protein structural dynamics probed with 2D-IR vibrational echo spectroscopy
Haruto Ishikawa, Seongheun Kim, Kyungwon Kwak, Keisuke Wakasugi, Michael D. Fayer
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 104 No. 49 p. 19309-19314 2007年12月 研究論文(学術雑誌)
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Neuroglobin dynamics observed with ultrafast 2D-IR vibrational echo spectroscopy
Haruto Ishikawa, Ilya J. Finkelstein, Seongheun Kim, Kyungwon Kwak, Jean K. Chung, Keisuke Wakasugi, Aaron M. Massari, Michael D. Fayer
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 104 No. 41 p. 16116-16121 2007年10月 研究論文(学術雑誌)
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Influence of environment and substrate binding on the dynamics of heme proteins
Ilya J. Finkelstein, Haruto Ishikawa, Seongheun Kim, Michael D. Fayer
ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY Vol. 233 2007年3月
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Substrate binding and protein conformational dynamics measured by 2D-IR vibrational echo spectroscopy
Ilya J. Finkelstein, Haruto Ishikawa, Seongheun Kim, Aaron M. Massari, M. D. Fayer
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 104 No. 8 p. 2637-2642 2007年2月 研究論文(学術雑誌)
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Probing dynamics of complex molecular systems with ultrafast 2D IR vibrational echo spectroscopy
Ilya J. Finkelstein, Junrong Zheng, Haruto Ishikawa, Seongheun Kim, Kyungwon Kwak, Michael D. Fayer
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS Vol. 9 No. 13 p. 1533-1549 2007年
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Mechanism underlying ubiquitination of iron regulatory protein 2 (IRP2)
Iwai, K., Ishikawa, H.
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme. Vol. 51 No. 10 Suppl p. 1287-1291 2006年 研究論文(学術雑誌)
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Involvement of heme regulatory motif in heme-mediated ubiquitination and degradation of IRP2
H Ishikawa, M Kato, H Hori, K Ishimori, T Kirisako, F Tokunaga, K Iwai
MOLECULAR CELL Vol. 19 No. 2 p. 171-181 2005年7月 研究論文(学術雑誌)
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3P104 鉄濃度制御蛋白質IRP2におけるヘムの配位環境(ヘム蛋白質))
遠藤 良輔, 石川 春人, 内田 毅, 小林 一雄, 北川 禎三, 岩井 一宏, 石森 浩一郎
生物物理 Vol. 45 2005年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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3P081 鉄濃度センサー蛋白質Irrにおけるヘムの配位環境とその制御機構(ヘム蛋白質))
中垣 恵実, 内田 毅, 小林 一雄, 石川 春人, 北川 禎三, 岩井 一宏, O'Brian Mark, 石森 浩一郎
生物物理 Vol. 45 2005年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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Identification, expression, and assay of an oxidation-specific ubiquitin ligase, HOIL-1
K Iwai, H Ishikawa, T Kirisako
UBIQUITIN AND PROTEIN DEGRADATION, PART A Vol. 398 p. 256-271 2005年 論文集(書籍)内論文
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Steric effects of isoleucine 107 on heme reorientation reaction in human myoglobin
H Ishikawa, S Takahashi, K Ishimori, Morishima, I
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS Vol. 324 No. 3 p. 1095-1100 2004年11月 研究論文(学術雑誌)
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Identification of crucial histidines for heme binding in the N-terminal domain of the heme-regulated eIF2 alpha kinase
T Inuzuka, BG Yun, H Ishikawa, S Takahashi, H Hori, RL Matts, K Ishimori, Morishima, I
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Vol. 279 No. 8 p. 6778-6782 2004年2月 研究論文(学術雑誌)
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2P062 鉄濃度センサー蛋白質Irrにおけるヘムの親和性とその機能発現機構(ヘム蛋白質)
中垣 恵実, 馬場 藍, 石川 春人, 岩井 一宏, O'Brian Mark, 森島 績, 石森 浩一郎
生物物理 Vol. 44 2004年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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2P063 鉄濃度制御蛋白質IRP2におけるヘムの結合とその配位環境(ヘム蛋白質)
遠藤 良輔, 石川 春人, 岩井 一宏, 森島 績, 石森 浩一郎
生物物理 Vol. 44 2004年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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Identification of the ubiquitin-protein ligase that recognizes oxidized IRP2
K Yamanaka, H Ishikawa, Y Megumi, F Tokunaga, M Kanie, TA Rouault, Morishima, I, N Minato, K Ishimori, K Iwai
NATURE CELL BIOLOGY Vol. 5 No. 4 p. 336-340 2003年4月 研究論文(学術雑誌)
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Iron hemiporphycene as a functional prosthetic group for myoglobin
S Neya, K Imai, H Hori, H Ishikawa, K Ishimori, D Okuno, S Nagatomo, T Hoshino, M Hata, N Funasaki
INORGANIC CHEMISTRY Vol. 42 No. 5 p. 1456-1461 2003年3月 研究論文(学術雑誌)
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NO-induced activation mechanism of the heme-regulated eIF2 alpha kinase
H Ishikawa, BG Yun, S Takahashi, H Hori, RL Matts, K Ishimori, Morishima, I
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY Vol. 124 No. 46 p. 13696-13697 2002年11月 研究論文(学術雑誌)
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Binding of CO at the Pro(2) side is crucial for the activation of CO-sensing transcriptional activator CooA - H-1 NMR spectroscopic studies
K Yamamoto, H Ishikawa, S Takahashi, K Ishimori, Morishima, I, H Nakajima, S Aono
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Vol. 276 No. 15 p. 11473-11476 2001年4月 研究論文(学術雑誌)
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Ligand migration in human myoglobin: Steric effects of isoleucine 107(G8) on O-2 and CO binding
H Ishikawa, T Uchida, S Takahashi, K Ishimori, Morishima, I
BIOPHYSICAL JOURNAL Vol. 80 No. 3 p. 1507-1517 2001年3月 研究論文(学術雑誌)
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Ligand migration in human myoglobin: Steric effects of isoleucine 107(G8) on O-2 and CO binding
H Ishikawa, T Uchida, S Takahashi, K Ishimori, Morishima, I
BIOPHYSICAL JOURNAL Vol. 80 No. 3 p. 1507-1517 2001年3月 研究論文(学術雑誌)
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Time-resolved hole-burning study on myoglobin: Fluctuation of restricted water within distal pocket
Y Shibata, H Ishikawa, S Takahashi, Morishima, I
BIOPHYSICAL JOURNAL Vol. 80 No. 2 p. 1013-1023 2001年2月 研究論文(学術雑誌)
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3P088IRPs-IRE配列認識部位と結合部位の機能の特性と相違
渡辺 孝太郎, 石川 春人, 岩井 一宏, 石森 浩一郎, 森島 績
生物物理 Vol. 41 2001年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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1L1430 蛍光異方性を用いたヘム含有転写調節因子CooA-DNA結合活性の研究
山本 克彦, 石川 春人, 石森 浩一郎, 森島 績, 中島 洋, 青野 重利
生物物理 Vol. 40 2000年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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2PA087 ヘモグロビンβ鎖の疎水性残基Leu28による配位子結合反応の制御に関する研究
小西 一誠, 石川 春人, 近藤 詩乃, 高橋 聡, 石森 浩一郎, 森島 績
生物物理 Vol. 39 1999年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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2PA094 転写調節因子CooAの機能発現に関与するヘム軸配位子の研究
山本 克彦, 石川 春人, 高橋 聡, 石森 浩一郎, 森島 績, 中島 洋, 青野 重利
生物物理 Vol. 39 1999年
出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会
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Heme environmental structure of CooA is modulated by the target DNA binding
T Uchida, H Ishikawa, S Takahashi, K Ishimori, Morishima, I, K Ohkubo, H Nakajima, S Aono
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Vol. 273 No. 32 p. 19988-19992 1998年8月 研究論文(学術雑誌)