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Profile

Research

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Yamamoto Natsuko

山本　奈津子

Institute for Datability Science, Associate Professor

Education

  • 1995/04 - 2001/03, Nara Women's University, Graduate School of Humanities and Sciences

Research History

  • 2023/04 - Present, Osaka University, Institute for Datability Science, Associate Professor
  • 2018/04 - 2023/03, 大阪大学 データビリティフロンティア機構, 特任講師
  • 2015/05 - 2018/03, Osaka University, Graduate School of Medicine
  • 2012/04 - 2017/04, Osaka University, Graduate School of Medicine
  • 2010/04 - 2012/03, Kyoto University, Institute for Research in Humanities
  • 2002/04 - 2010/03, Nara Institute of Science and Technology
  • 2004/08 - 2004/11, Purdue University
  • 2001/05 - 2002/03, 京都大学ウイルス研究所

Research Areas

  • Informatics, Biological, health, and medical informatics
  • Life sciences, Genomics
  • Humanities & social sciences, Philosophy and ethics

Papers

  • The Data Use Ontology to streamline responsible access to human biomedical datasets., Jonathan Lawson,Moran N Cabili,Giselle Kerry,Tiffany Boughtwood,Adrian Thorogood,Pinar Alper,Sarion R Bowers,Rebecca R Boyles,Anthony J Brookes,Matthew Brush,Tony Burdett,Hayley Clissold,Stacey Donnelly,Stephanie O M Dyke,Mallory A Freeberg,Melissa A Haendel,Chihiro Hata,Petr Holub,Francis Jeanson,Aina Jene,Minae Kawashima,Shuichi Kawashima,Melissa Konopko,Irene Kyomugisha,Haoyuan Li,Mikael Linden,Laura Lyman Rodriguez,Mizuki Morita,Nicola Mulder,Jean Muller,Satoshi Nagaie,Jamal Nasir,Soichi Ogishima,Vivian Ota Wang,Laura D Paglione,Ravi N Pandya,Helen Parkinson,Anthony A Philippakis,Fabian Prasser,Jordi Rambla,Kathy Reinold,Gregory A Rushton,Andrea Saltzman,Gary Saunders,Heidi J Sofia,John D Spalding,Morris A Swertz,Ilia Tulchinsky,Esther J van Enckevort,Susheel Varma,Craig Voisin,Natsuko Yamamoto,Chisato Yamasaki,Lyndon Zass,Jaime M Guidry Auvil,Tommi H Nyrönen,Mélanie Courtot, Cell genomics, Vol. 1, No. 2, 2021/11/10
  • ゲノム医療の始動とゲノムデータ利用の倫理的課題解決への取組み, 山本奈津子, ジュリスト, Vol. 1559, p. 19-24, 2021
  • Public reactions to direct-to-consumer genetic health tests: A comparison across the US, UK, Japan and Australia., Jan Charbonneau,Dianne Nicol,Don Chalmers,Kazuto Kato,Natsuko Yamamoto,Jarrod Walshe,Christine Critchley, European journal of human genetics : EJHG, Vol. 28, No. 3, p. 339-348, 2020/03
  • Trend Review 法律<続>改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか?, 山本 奈津子,川嶋 実苗,清水 佳奈,片山 俊明,荻島 創一, 実験医学, (株)羊土社, Vol. 36, No. 13, p. 2260-2268, 2018/08
  • The inclusion of genomic data in the 2015 revision of Japan's Protection of Personal Information Act: protection of wider range of genomic data as our next challenge., Natsuko Yamamoto,Takanori Fujita,Minae Kawashima,Joshua Wittig,Masatomo Suzuki,Kazuto Kato, Journal of human genetics, Vol. 63, No. 4, p. 537-538, 2018/04
  • Trend Review 法律 改正個人情報保護法でゲノム研究はどう変わるか? 個人識別符号・要配慮情報としてのゲノムデータ, 清水 佳奈,山本 奈津子,川嶋 実苗,片山 俊明,荻島 創一, 実験医学, (株)羊土社, Vol. 35, No. 4, p. 600-605, 2017/03
  • 遺伝/ゲノム情報の改正個人情報保護法上の位置づけとその影響, 藤田卓仙,山本奈津子,米村滋人, 情報ネットワーク・ローレビュー, Vol. 15, p. 52-81, 2017
  • Combinatorial selection for replicable RNA by Qβ replicase while maintaining encoded gene function., Mio Yumura,Natsuko Yamamoto,Katsushi Yokoyama,Hirotada Mori,Tetsuya Yomo,Norikazu Ichihashi, PloS one, Vol. 12, No. 3, 2017
  • 【ゲノムデータをどう扱えば、医学と医療は変わるのか 遺伝統計学の力と創薬・個別化医療】ヒトゲノムデータの保護と利用に向けた仕組み作り, 加藤 和人,山本 奈津子, 実験医学, (株)羊土社, Vol. 34, No. 16, p. 2670-2671, 2016/10
  • How should the legal framework for the protection of human genomic data be formulated?-Implications from the revision processes of the Act on the Protection of Personal Information (PPI Act)., Natsuko Yamamoto,Minae Kawashima,Takanori Fujita,Masatomo Suzuki,Kazuto Kato, Journal of human genetics, Vol. 60, No. 4, p. 225-6, 2015/04
  • GenoBase: comprehensive resource database of Escherichia coli K-12., Yuta Otsuka,Ai Muto,Rikiya Takeuchi,Chihiro Okada,Motokazu Ishikawa,Koichiro Nakamura,Natsuko Yamamoto,Hitomi Dose,Kenji Nakahigashi,Shigeki Tanishima,Sivasundaram Suharnan,Wataru Nomura,Toru Nakayashiki,Walid G Aref,Barry R Bochner,Tyrrell Conway,Michael Gribskov,Daisuke Kihara,Kenneth E Rudd,Yukako Tohsato,Barry L Wanner,Hirotada Mori, Nucleic acids research, Vol. 43, No. Database issue, 2015/01
  • 【医療・医科学分野のパーソナルデータ-社会的・法的・倫理的側面】ヒトゲノム情報は21世紀の"新しい石油"となるか? パーソナルゲノム時代の倫理的・法的・社会的課題, 山本 奈津子, 医学のあゆみ, 医歯薬出版(株), Vol. 251, No. 3, p. 207-212, 2014/10
  • Development of a system for discovery of genetic interactions for essential genes in Escherichia coli K-12., Han Tek Yong,Natsuko Yamamoto,Rikiya Takeuchi,Yi-Ju Hsieh,Tom M Conrad,Kirill A Datsenko,Toru Nakayashiki,Barry L Wanner,Hirotada Mori, Genes & genetic systems, Vol. 88, No. 4, p. 233-40, 2013
  • Investigating the effects of perturbations to pgi and eno gene expression on central carbon metabolism in Escherichia coli using (13)C metabolic flux analysis., Yuki Usui,Takashi Hirasawa,Chikara Furusawa,Tomokazu Shirai,Natsuko Yamamoto,Hirotada Mori,Hiroshi Shimizu, Microbial cell factories, Vol. 11, p. 87-87, 2012/06/21
  • The Escherichia coli K-12 ORFeome: a resource for comparative molecular microbiology., Seesandra V Rajagopala,Natsuko Yamamoto,Adrienne E Zweifel,Tomoko Nakamichi,Hsi-Kuang Huang,Jorge David Mendez-Rios,Jonathan Franca-Koh,Meher Preethi Boorgula,Kazutoshi Fujita,Ken-ichirou Suzuki,James C Hu,Barry L Wanner,Hirotada Mori,Peter Uetz, BMC genomics, Vol. 11, p. 470-470, 2010/08/11
  • Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants., Natsuko Yamamoto,Kenji Nakahigashi,Tomoko Nakamichi,Mihoko Yoshino,Yuki Takai,Yae Touda,Akemi Furubayashi,Satoko Kinjyo,Hitomi Dose,Miki Hasegawa,Kirill A Datsenko,Toru Nakayashiki,Masaru Tomita,Barry L Wanner,Hirotada Mori, Molecular systems biology, Vol. 5, p. 335-335, 2009
  • eSGA: E. coli synthetic genetic array analysis., Gareth Butland,Mohan Babu,J Javier Díaz-Mejía,Fedyshyn Bohdana,Sadhna Phanse,Barbara Gold,Wenhong Yang,Joyce Li,Alla G Gagarinova,Oxana Pogoutse,Hirotada Mori,Barry L Wanner,Henry Lo,Jas Wasniewski,Constantine Christopolous,Mehrab Ali,Pascal Venn,Anahita Safavi-Naini,Natalie Sourour,Simone Caron,Ja-Yeon Choi,Ludovic Laigle,Anaies Nazarians-Armavil,Avnish Deshpande,Sarah Joe,Kirill A Datsenko,Natsuko Yamamoto,Brenda J Andrews,Charles Boone,Huiming Ding,Bilal Sheikh,Gabriel Moreno-Hagelseib,Jack F Greenblatt,Andrew Emili, Nature methods, Vol. 5, No. 9, p. 789-95, 2008/09
  • High-throughput, quantitative analyses of genetic interactions in E. coli., Athanasios Typas,Robert J Nichols,Deborah A Siegele,Michael Shales,Sean R Collins,Bentley Lim,Hannes Braberg,Natsuko Yamamoto,Rikiya Takeuchi,Barry L Wanner,Hirotada Mori,Jonathan S Weissman,Nevan J Krogan,Carol A Gross, Nature methods, Vol. 5, No. 9, p. 781-7, 2008/09
  • Crystal structure of AcrB in complex with a single transmembrane subunit reveals another twist., Susanna Törnroth-Horsefield,Pontus Gourdon,Rob Horsefield,Lars Brive,Natsuko Yamamoto,Hirotada Mori,Arjan Snijder,Richard Neutze, Structure (London, England : 1993), Vol. 15, No. 12, p. 1663-73, 2007/12
  • 【ゲノム情報と生命現象の統合的理解2007 SNP・比較ゲノム・分子ネットワーク解析からここまでわかった発生・分化・進化と疾患研究】ゲノム解析から見えてきた生命現象の分子メカニズム 大腸菌ゲノムの体系的機能解析から探る細胞の基本分子機構, 山本 奈津子,森 浩禎, 実験医学, (株)羊土社, Vol. 25, No. 2, p. 138-143, 2007/02
  • Large-scale identification of protein-protein interaction of Escherichia coli K-12., Mohammad Arifuzzaman,Maki Maeda,Aya Itoh,Kensaku Nishikata,Chiharu Takita,Rintaro Saito,Takeshi Ara,Kenji Nakahigashi,Hsuan-Cheng Huang,Aki Hirai,Kohei Tsuzuki,Seira Nakamura,Mohammad Altaf-Ul-Amin,Taku Oshima,Tomoya Baba,Natsuko Yamamoto,Tomoyo Kawamura,Tomoko Ioka-Nakamichi,Masanari Kitagawa,Masaru Tomita,Shigehiko Kanaya,Chieko Wada,Hirotada Mori, Genome research, Vol. 16, No. 5, p. 686-91, 2006/05
  • Abrupt increase in UV sensitivity at late log-phase of growth in Paramecium tetraurelia., Natsuko Yamamoto,Rie Komori,Yoshiomi Takagi, The Journal of eukaryotic microbiology, Wiley, Vol. 52, No. 3, p. 218-222, 2005
  • Changes in UV sensitivity with cell cycle, clonal age, and cultural age in Paramecium tetraurelia., Yamamoto N,Hayashihara K,Takagi Y, Zoological Science, Zoological Society of Japan, Vol. 14, No. 5, p. 747-752, 1997

Misc.

  • Towards Genomic or Omics Data Collection and Utilization, 藤田卓仙,藤田卓仙,山本奈津子,岡田随象,川嶋実苗,荻島創一, 医療情報学連合大会論文集(CD-ROM), Vol. 39th, 2019
  • 未来志向型ゲノム研究ガバナンスのためのELSIの分析と俯瞰, 古結敦士,戸谷洋志,小門穂,大橋範子,奥井ひかり,相澤弥生,荻島創一,川嶋実苗,片山俊明,山本奈津子,岡田随象,長神風二,加藤和人, 日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集, Vol. 63rd, 2018
  • 個人情報保護法改正の影響を考える, 藤田 卓仙,湯地 晃一郎,荻島 創一,三井 純,鈴木 穣,上原 哲太郎,山本 奈津子,川嶋 実苗,鈴木 正朝, 医療情報学連合大会論文集, (一社)日本医療情報学会, Vol. 36回, No. 1, p. 202-203, 2016/11
  • Study on handling of personal genomic information in the amended Personal Information Protection laws in Japan, 山本奈津子,川嶋実苗,藤田卓仙, 医療情報学連合大会論文集, Vol. 36回, No. 2, p. 940-943, 2016/11
  • 二兎を追うためのパーソナルデータポリシー, 藤田卓仙,山本奈津子,川嶋実苗,新保史生,鈴木正朝, 医療情報学連合大会論文集, (一社)日本医療情報学会, Vol. 35回, p. 874-877, 2015/11
  • 個人の遺伝情報の保護における国レベルでのルール形成に向けた試論―個人情報保護法とその改正法を中心に―, 山本奈津子,鈴木正朝,川嶋実苗,藤田卓仙, 医療・生命と倫理・社会, 大阪大学大学院医学系研究科・医の倫理と公共政策学教室, No. 12, p. 115-123, 2015/03
  • ビッグデータ時代における医療等情報の取り扱い方針に関する検討, 藤田卓仙,山本奈津子,川嶋実苗,鈴木正朝, 医療情報学連合大会論文集, (一社)日本医療情報学会, Vol. 34回, p. 770-772, 2014/11
  • 個人ゲノム情報の取り扱いに関する倫理的,法的課題, 山本奈津子,川嶋実苗,藤田卓仙,鈴木正朝, 日本遺伝子診療学会大会プログラム・抄録集, Vol. 21st, 2014
  • 2Ga05 Response of metabolic network to gene expression perturbations in Escherichia coli, Usui Yuki,Hirasawa Takashi,Furusawa Chikara,Shirai Tomokazu,Yamamoto Natsuko,Mori Hirotada,Shimizu Hiroshi, Vol. 64, p. 58-58, 2012
  • パーソナルゲノム時代の生命倫理, 加藤和人,加藤和人,加藤和人,吉澤剛,三成寿作,山本奈津子,岡田健, 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), Vol. 35th, 2012
  • ヒトゲノム研究に関する日本のELSI体制, 山本奈津子,英芳和,英芳和,加藤和人, 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), Vol. 35th, 2012
  • 大腸菌の二重欠失株を用いたゲノムワイドな遺伝的相互作用解析, 竹内力矢,草田善之,船岡宣孝,山本奈津子,中屋敷徹,森浩禎, 日本ゲノム微生物学会年会要旨集, Vol. 4th, 2010
  • 大腸菌の中央代謝系酵素遺伝子発現調節株の構築-遺伝子摂動が代謝におよぼす影響の解析に向けて, 平沢敬,臼井佑希,古澤力,山本奈津子,森浩禎,森浩禎,清水浩, 日本ゲノム微生物学会年会要旨集, Vol. 4th, 2010
  • Evaluation of Document Processing Techniques Towards Escherichia coli Bibliographic Database, HORAI Hisayuki,BABA Tomoya,DOI Kouichi,MITSUMORI Tomohiro,YAMAMOTO Natsuko,MORI Hirotada,DOI Hirofumi, IPSJ SIG technical reports, Information Processing Society of Japan (IPSJ), Vol. 4, p. 73-80, 2006/02/09
  • 3A11-2 Comprehensive resources of Escherichia coli : Post-genome study for understanding of potentials in microorganisms, BABA Tomoya,KITAGAWA Masanari,YAMAMOTO Natsuko,TOMITA Masaru,MORI Hirotada, Vol. 2005, p. 69-69, 2005
  • 大腸菌;モデル微生物としてのポストゲノム研究, 馬場知哉,山本奈津子,青野英司,長谷川美紀,高井幸,冨田勝,森浩禎, 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, Vol. 27th, 2004
  • GenoBase(Ver.5.0);大腸菌ポストゲノム研究のためのリソースと解析データベース, 平井晶,馬場知哉,荒武,旭浩子,山本奈津子,金谷重彦,磯野重彦,堀内嵩,森浩禎, 日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集, Vol. 27th, 2004

Publications

  • 新しい生物科学, 弥益, 恭,中尾, 啓子(生物学),野口, 航, 培風館, ISBN:4563078247, 2018/05/01

Presentations

  • ゲノムデータはだれのものか？, 山本奈津子, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会合同シンポジウム「5〜7年後のゲノム社会を考える」, 2021/09/28
  • 仮名加工情報」に関して, 山本奈津子, 第9回ゲノム医療情報学研究会（ウェビナー）, 2021/06/30
  • 研究データの産業界での利用と本人同意, 山本奈津子, 2020年度第2回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」〜 二次利用における同意を考える 〜, 2020/08/25
  • AIの開発研究において懸念される倫理的な課題, 山本奈津子, 厚生労働省 令和２年度 臨床研究総合促進事業 「倫理審査委員会・治験審査委員会委員養成研修」, 2020/08/08
  • AI時代を見据えた健康・医療分野での個人データ利用のためのルール作り, 山本奈津子, 第39回医療情報学連合大会,公募ワークショップ８「ゲノム・オミクス情報の収集と利活用に向けて」, 2019/11/24
  • ヒトデータを用いる医学系研究における倫理的・法的手続きと、個人情報の保護について, 山本奈津子, 第7回生命医薬連合大会AMEDスポンサーセッション, 2018/09/19
  • Making supportive guidance for gathering and sharing clinical and omics data to develop next-generation medicine under the recent legislative efforts to protect personal information, Natsuko Yamamoto,Noriko Ohashi,Kazuto Kato, Human Genome Meeting 2018, 2018/03/12
  • How the amendment of Japan’s Act of Protection of Personal Information(PPI Act) effects the use of genomic data, Yamamoto Natsuko, Symposium on Genomics and Society: Genome ELSI Kyoto, 2017/11/14
  • 個人情報保護法と研究倫理指針の改正に伴う試料・情報の取扱いの変更点について, 山本奈津子, 石川県立看護大学倫理研修会, 2017/07/06
  • Recent legislative efforts to balance the use of large-scale personal genomic data and the protection of privacy in Japan, Natsuko Yamamoto, 2017/01/11
  • 個人情報保護法の改正について, 山本奈津子, 市民公開シンポジウム 生命科学研究の最前線, 2017/01/11
  • EUデータ保護の動向, 山本奈津子, バイオインフォマティクス学会, 2016/09/29
  • ゲノム解析研究倫理審査関係者と考えた多施設・共同研究の課題－ゲノム支援ゲノムELSIユニットの体験から, 山本奈津子, 研究倫理を語る会, 2015/12/12
  • How can we ensure that medical and healthcare systems can adapt to the social challenges of using personal data?, Natsuko Yamamoto, Translation in Healthcare ELSI2.0 Conference,, 2015/06/24
  • 個人情報保護法の改正をめぐって, 山本奈津子, GMRCアドバンストセミナー, 2015/02/28
  • 遺伝情報・ゲノム情報の取り扱いについて ---個人情報保護法およびヒトゲノム指針の観点から, 山本奈津子, 私立宇和島病院倫理研修会, 2015/02/23

Committee Memberships

  • 全国大学等遺伝子研究支援施設連絡協議会, Gene Driveワーキンググループ委員, 2016/04 - Present
  • 長浜バイオ大学, 研究倫理審査委員会委員, 2016/04 - Present
  • 日本ユーザビリティ医療情報化推進協議会(JUMP), ゲノムが作る新たな医療推進委員会委員, 2015/04 - Present
  • 奈良先端科学技術大学院大学, ヒト由来試料を用いた研究に関する倫理審査委員会委員, 2015/04 - Present
  • 国立循環器病研究センター, 倫理委員会利益相反委員会委員, 2018/04 - 2019/06