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Yamashita Eiki
山下　栄樹
Yamashita Eiki
山下　栄樹
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Institute for Protein Research, Associate Professor
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Research History 4

  1. 2017/01 - Present
    Osaka University　Institute for Protein Research

  2. 2007/04 - 2017/12
    Osaka University

  3. 1997/07 - 2007/03
    Osaka University　Institute for Protein Research

  4. 1997/04 - 1997/06
    Japan Society for the Promotion of Science

Education 4

  1. Osaka University　Graduate School of Science

    1995/04 - 1997/03

  2. The University of Tokushima　Graduate School of Engineering

    1994/04 - 1995/03

  3. The University of Tokushima　Graduate School of Engineering

    1992/04 - 1994/03

  4. The University of Tokushima　Faculty of Engineering　Department of Biological Science and Technology

    1988/04 - 1992/03

Research Areas 1

  1. Life sciences / Structural biochemistry /

Papers 143

  1. A planar dimer of bovine ATP synthase

    Chimari Jiko, Atsuki Nakano, Yosuke Teshirogi, Eiki Yamashita, Genji Kurisu, Daron M Standley, Tohru Terada, Kaoru Mitsuoka, Ken Yokoyama, Christoph Gerle

    2025/07/24

  2. Conformational plasticity across phylogenetic clusters of RND multidrug efflux pumps and its impact on substrate specificity

    Mariya Lazarova, Thomas Eicher, Clara Börnsen, Hui Zeng, Mohd Athar, Ui Okada, Eiki Yamashita, Inga M. Spannaus, Max Borgosch, Hi-jea Cha, Attilio V. Vargiu, Satoshi Murakami, Kay Diederichs, Achilleas S. Frangakis, Klaas M. Pos

    2024/11/22

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory

  3. Evolutionary Origins of Self-sustained Kai Protein Circadian Oscillators

    Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike, Kumiko Ito-Miwa, Yasuhiro Onoue, Kota Horiuchi, Eiki Yamashita, Shuji Akiyama

    2024/07/24

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory

  4. RND型多剤排出トランスポーターの構造機能研究～輸送素過程の考察

    村上 聡, 岡田有意, 山下栄樹

    生物物理　Vol. 64　No. 4　p. 185-189　2024/07　Research paper (scientific journal)

  5. Determination of the three-dimensional structure of bacteriophage Mu(-) tail fiber and its characterization.

    Yukina Mori, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Tomoki Matsuzawa, Minoru Inagaki, Yoshifumi Aiba, Syu Tanaka, Syunya Hatori, Maeda Ayami, Shigeki Takeda

    Virology　Vol. 593　p. 110017-110017　2024/05　Research paper (scientific journal)

  6. Structure-function relationship of KaiC around dawn

    Yoshihiko Furuike, Eiki Yamashita, Shuji Akiyama

    Biophysics and Physicobiology　Vol. 21　No. 1　p. n/a-n/a　2024　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Biophysical Society of Japan

  7. Crystallographic cyanide-probing for cytochrome c oxidase reveals structural bases suggesting that a putative proton transfer H-pathway pumps protons.

    Atsuhiro Shimada, Jumpei Baba, Shuhei Nagao, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Kazumasa Muramoto, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    The Journal of biological chemistry　p. 105277-105277　2023/09/22　Research paper (scientific journal)

  8. Crystal structures of multidrug efflux transporters from Burkholderia pseudomallei suggest details of transport mechanism

    Takaaki Kato, Ui Okada, Li-Wei Hung, Eiki Yamashita, Heung-Bok Kim, Chang-Yub Kim, Thomas C. Terwilliger, Herbert P. Schweizer, Satoshi Murakami

    Proceedings of the National Academy of Sciences　Vol. 120　No. 29　2023/07/18　Research paper (scientific journal)

  9. Multifunctional chemical inhibitors of the florigen activation complex discovered by structure-based high-throughput screening.

    Ken-Ichiro Taoka, Ikumi Kawahara, Shoko Shinya, Ken-Ichi Harada, Eiki Yamashita, Zenpei Shimatani, Kyoko Furuita, Tomoaki Muranaka, Tokitaka Oyama, Rie Terada, Atsushi Nakagawa, Toshimichi Fujiwara, Hiroyuki Tsuji, Chojiro Kojima

    The Plant journal : for cell and molecular biology　Vol. 112　No. 6　p. 1337-1349　2022/10/26　Research paper (scientific journal)

  10. Highly sensitive tryptophan fluorescence probe for detecting rhythmic conformational changes of KaiC in the cyanobacterial circadian clock system.

    Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike, Eiki Yamashita, Shuji Akiyama

    The Biochemical journal　Vol. 479　No. 14　p. 1505-1515　2022/07/29　Research paper (scientific journal)

  11. Crystal structure of potato 14-3-3 protein St14f revealed the importance of helix I in StFDL1 recognition.

    Ken-Ichi Harada, Kyoko Furuita, Eiki Yamashita, Ken-Ichiro Taoka, Hiroyuki Tsuji, Toshimichi Fujiwara, Atsushi Nakagawa, Chojiro Kojima

    Scientific reports　Vol. 12　No. 1　p. 11596-11596　2022/07/08　Research paper (scientific journal)

  12. Theoretical Model of the Far-Red-Light-Adapted Photosystem I Reaction Center of Cyanobacterium Acaryochloris marina Using Chlorophyll d and the Effect of Chlorophyll Exchange

    Akihiro Kimura, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Toshimichi Aota, Tasuku Hamaguchi, Koji Yonekura, Keisuke Kawakami, Kyoko Shinzawa-Itoh, Natsuko Inoue-Kashino, Kentaro Ifuku, Eiki Yamashita, Yasuhiro Kashino, Shigeru Itoh

    The Journal of Physical Chemistry B　Vol. 126　No. 22　p. 4009-4021　2022/05/26　Research paper (scientific journal)

    Publisher: American Chemical Society (ACS)

  13. Regulation Mechanisms of the Dual ATPase in KaiC

    Yoshihiko Furuike, Atsushi Mukaiyama, Shin-ichi Koda, Damien Simon, Dongyan Ouyang, Kumiko Ito-Miwa, Shinji Saito, Eiki Yamashita, Taeko Nishiwaki-Ohkawa, Kazuki Terauchi, Takao Kondo, Shuji Akiyama

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 119　No. 19　2021/10/28　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory

  14. Structure and function relationship of OqxB efflux pump from Klebsiella pneumoniae.

    Nagakumar Bharatham, Purnendu Bhowmik, Maho Aoki, Ui Okada, Sreevalli Sharma, Eiki Yamashita, Anirudh P Shanbhag, Sreenath Rajagopal, Teby Thomas, Maitrayee Sarma, Riya Narjari, Savitha Nagaraj, Vasanthi Ramachandran, Nainesh Katagihallimath, Santanu Datta, Satoshi Murakami

    Nature communications　Vol. 12　No. 1　p. 5400-5400　2021/09/13　Research paper (scientific journal)

  15. Critical roles of the CuB site in efficient proton pumping as revealed by crystal structures of mammalian cytochrome c oxidase catalytic intermediates

    Atsuhiro Shimada, Fumiyoshi Hara, Kyoko Shinzawa-Itoh, Nobuko Kanehisa, Eiki Yamashita, Kazumasa Muramoto, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    Journal of Biological Chemistry　Vol. 297　No. 3　p. 100967-100967　2021/09　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV

  16. Elucidation of Master Allostery Essential for Circadian Clock Oscillation in Cyanobacteria

    Y. Furuike, A. Mukaiyama, D. Ouyang, K. Ito-Miwa, D. Simon, E. Yamashita, T. Kondo, S. Akiyama

    Science advances　Vol. 8　No. 15　2021/08/31　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Cold Spring Harbor Laboratory

  17. The 1.3-Å resolution structure of bovine cytochrome c oxidase suggests a dimerization mechanism

    Kyoko Shinzawa-Itoh, Miki Hatanaka, Kazuya Fujita, Naomine Yano, Yumi Ogasawara, Jun Iwata, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa, Kazumasa Muramoto

    BBA Advances　Vol. 1　p. 100009-100009　2021　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier BV

  18. Cooperative regulation of PBI1 and MAPKs precisely controls the master transcription factor WRKY45 in rice immunity

    Kota Ichimaru, Kenichi Harada, Shusuke Shigeta, Koji Yamaguchi, Keita Shimada, Kazuya Ishikawa, Kento Inoue, Yusaku Nishio, Satomi Yoshimura, Haruhiko Inoue, Eiki Yamashita, Toshimichi Fujiwara, Atsushi Nakagawa, Chojiro Kojima, Tsutomu Kawasaki

    Nature communications　Vol. 13　No. 1　p. 2397-2397　2020/09/09　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Research Square

  19. Structure of the far-red light utilizing photosystem I of Acaryochloris

    Tasuku Hamaguchi, Keisuke Kawakami, Kyoko Shinzawa-Itoh, Natsuko Inoue-Kashino, Shigeru Itoh, Kentaro Ifuku, Eiki Yamashita, Kou Maeda, Koji Yonekura, Yasuhiro Kashino

    Nature communications　Vol. 12　No. 1　p. 2333-2333　2020/08/12　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Research Square

  20. X-ray structures of catalytic intermediates of cytochrome c oxidase provide insights into its O2 activation and unidirectional proton-pump mechanisms.

    Atsuhiro Shimada, Yuki Etoh, Rika Kitoh-Fujisawa, Ai Sasaki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Takeshi Hiromoto, Eiki Yamashita, Kazumasa Muramoto, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    The Journal of biological chemistry　Vol. 295　No. 17　p. 5818-5833　2020/04/24　Research paper (scientific journal)

  21. Author Correction: Conformational rearrangements of the C1 ring in KaiC measure the timing of assembly with KaiB.

    Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike, Jun Abe, Shin-Ichi Koda, Eiki Yamashita, Takao Kondo, Shuji Akiyama

    Scientific reports　Vol. 10　No. 1　p. 2702-2702　2020/02/11

  22. Observation of unexpected molecular binding activity for Mu phage tail fibre chaperones

    Kohei Sakai, Takuma Iwazaki, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Fumiya Sakuraba, Atsushi Enomoto, Minoru Inagaki, Shigeki Takeda

    Journal of biochemistry　Vol. 166　No. 6　p. 529-535　2019/12/01　Research paper (scientific journal)

    Publisher: NLM (Medline)

  23. Muファージ・テールファイバーのシャペロンに対する予想外の分子結合活性の観察(Observation of unexpected molecular binding activity for Mu phage tail fibre chaperones)

    Sakai Kohei, Iwazaki Takuma, Yamashita Eiki, Nakagawa Atsushi, Sakuraba Fumiya, Enomoto Atsushi, Inagaki Minoru, Takeda Shigeki

    The Journal of Biochemistry　Vol. 166　No. 6　p. 529-535　2019/12

    Publisher: (公社)日本生化学会

  24. Phage tail fibre assembly proteins employ a modular structure to drive the correct folding of diverse fibres

    North Olesia I, Sakai Kouhei, Yamashita Eiki, Nakagawa Atsushi, Iwazaki Takuma, Buttner Carina R, Takeda Shigeki, Davidson Alan R

    NATURE MICROBIOLOGY　Vol. 4　No. 10　p. 1645-1653　2019/10　Research paper (scientific journal)

  25. Monomeric structure of an active form of bovine cytochrome c oxidase

    Kyoko Shinzawa-Itoh, Takashi Sugimura, Tomonori Misaki, Yoshiki Tadehara, Shogo Yamamoto, Makoto Hanada, Naomine Yano, Tetsuya Nakagawa, Shigefumi Uene, Takara Yamada, Hiroshi Aoyama, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa, Kazumasa Muramoto

    Proceedings of the National Academy of Sciences　Vol. 116　No. 40　p. 19945-19951　2019/10/01　Research paper (scientific journal)

  26. SPring-8 BL44XU, a synchrotron radiation beamline for biological macromolecular assemblies, operated by the Institute for Protein Research, Osaka University.

    Yamashita E, Nakagawa A

    Biophysical reviews　Vol. 11　No. 4　p. 521-523　2019/08

  27. Low-dose X-ray structure analysis of cytochrome c oxidase utilizing high-energy X-rays

    Ueno Go, Shimada Atsuhiro, Yamashita Eiki, Hasegawa Kazuya, Kumasaka Takashi, Shinzawa-Itoh Kyoko, Yoshikawa Shinya, Tsukihara Tomitake, Yamamoto Masaki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　Vol. 26　No. Pt 4　p. 912-921　2019/07　Research paper (scientific journal)

  28. Structures of the wild-type MexAB-OprM tripartite pump reveal its complex formation and drug efflux mechanism.

    Tsutsumi K, Yonehara R, Ishizaka-Ikeda E, Miyazaki N, Maeda S, Iwasaki K, Nakagawa A, Yamashita E

    Nature communications　Vol. 10　No. 1　p. 1520-1520　2019/04　Research paper (scientific journal)

  29. Conformational rearrangements of the C1 ring in KaiC measure the timing of assembly with KaiB

    Atsushi Mukaiyama, Yoshihiko Furuike, Jun Abe, Eiki Yamashita, Takao Kondo, Shuji Akiyama

    Scientific Reports　Vol. 8　No. 1　2018/12/01　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Nature Publishing Group

  30. BpeB, a major resistance-nodulation-cell division transporter from Burkholderia cenocepacia: Construct design, crystallization and preliminary structural analysis

    Horikawa, T., Hung, L.-W., Kim, H.-B., Shaya, D., Kim, C.-Y., Terwilliger, T.C., Yamashita, E., Aoki, M., Okada, U., Murakami, S.

    Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications　Vol. 74　No. Pt 11　p. 710-716　2018/11/01　Research paper (scientific journal)

  31. Structural Basis for Selective Binding of Export Cargoes by Exportin-5.

    Yamazawa R, Jiko C, Choi S, Park IY, Nakagawa A, Yamashita E, Lee SJ

    Structure (London, England : 1993)　Vol. 26　No. 10　p. 1393-1398.e2　2018/10　Research paper (scientific journal)

  32. X-ray structural analyses of azide-bound cytochrome c oxidases reveal that the H-pathway is critically important for the proton-pumping activity

    Atsuhiro Shimada, Keita Hatano, Hitomi Tadehara, Naomine Yano, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Kazumasa Muramoto, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    Journal of Biological Chemistry　Vol. 293　No. 38　p. 14868-14879　2018/09/21　Research paper (scientific journal)

    Publisher: American Society for Biochemistry & Molecular Biology (ASBMB)

  33. Structure of the γ–ε complex of cyanobacterial F <inf>1</inf> -ATPase reveals a suppression mechanism of the γ subunit on ATP hydrolysis in phototrophs

    Murakami, S., Kondo, K., Katayama, S., Hara, S., Sunamura, E.-I., Yamashita, E., Groth, G., Hisabori, T.

    Biochemical Journal　Vol. 475　No. 18　p. 2925-2939　2018/09　Research paper (scientific journal)

  34. Three-dimensional structures of bacteriophage neck subunits are shared in Podoviridae, Siphoviridae and Myoviridae

    Iwasaki, T., Yamashita, E., Nakagawa, A., Enomoto, A., Tomihara, M., Takeda, S.

    Genes to Cells　Vol. 23　No. 7　p. 528-536　2018/07　Research paper (scientific journal)

  35. Structure of bovine cytochrome c oxidase in the ligand-free reduced state at neutral pH

    Fangjia Luo, Kyoko Shinzawa-Itoh, Kaede Hagimoto, Atsuhiro Shimada, Satoru Shimada, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    Acta Crystallographica Section F: Structural Biology Communications　Vol. 74　No. 2　p. 92-98　2018/02/01　Research paper (scientific journal)

    Publisher: International Union of Crystallography

  36. Structural basis for the assembly of the Ragulator-Rag GTPase complex

    Ryo Yonehara, Shigeyuki Nada, Tomokazu Nakai, Masahiro Nakai, Ayaka Kitamura, Akira Ogawa, Hirokazu Nakatsumi, Keiichi I. Nakayama, Songling Li, Daron M. Standley, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Masato Okada

    NATURE COMMUNICATIONS　Vol. 8　No. 1　2017/11　Research paper (scientific journal)

  37. Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Acinetobacter baumannii

    Ui Okada, Eiki Yamashita, Arthur Neuberger, Mayu Morimoto, Hendrik W. van Veen, Satoshi Murakami

    NATURE COMMUNICATIONS　Vol. 8　No. 1　2017/11　Research paper (scientific journal)

  38. Structure of bovine cytochrome c oxidase crystallized at a neutral pH using a fluorinated detergent

    Fangjia Luo, Kyoko Shinzawa-Itoh, Kaede Hagimoto, Atsuhiro Shimada, Satoru Shimada, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　Vol. 73　No. 7　p. 416-422　2017/07　Research paper (scientific journal)

  39. A nanosecond time-resolved XFEL analysis of structural changes associated with CO release from cytochrome c oxidase

    Atsuhiro Shimada, Minoru Kubo, Seiki Baba, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Go Ueno, Takashi Nomura, Tetsunari Kimura, Kyoko Shinzawa-Itoh, Junpei Baba, Keita Hatano, Yuki Eto, Akari Miyamoto, Hironori Murakami, Takashi Kumasaka, Shigeki Owada, Kensuke Tono, Makina Yabashi, Yoshihiro Yamaguchi, Sachiko Yanagisawa, Miyuki Sakaguchi, Takashi Ogura, Ryo Komiya, Jiwang Yan, Eiki Yamashita, Masaki Yamamoto, Hideo Ago, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    SCIENCE ADVANCES　Vol. 3　No. 7　2017/07　Research paper (scientific journal)

  40. Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode

    Satoru Shimada, Kyoko Shinzawa-Itoh, Junpei Baba, Shimpei Aoe, Atsuhiro Shimada, Eiki Yamashita, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    EMBO JOURNAL　Vol. 36　No. 3　p. 291-300　2017/02　Research paper (scientific journal)

  41. The Mg2+-containing Water Cluster of Mammalian Cytochrome c Oxidase Collects Four Pumping Proton Equivalents in Each Catalytic Cycle

    Naomine Yano, Kazumasa Muramoto, Atsuhiro Shimada, Shuhei Takemura, Junpei Baba, Hidenori Fujisawa, Masao Mochizuki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　Vol. 291　No. 46　p. 23882-23894　2016/11　Research paper (scientific journal)

  42. Structural Basis for the Development of SARS 3CL Protease Inhibitors From a Peptide Mimic to an aza-Decaline Scaffold

    Kenta Teruya, Yasunao Hattori, Yasuhiro Shimamoto, Kazuya Kobayashi, Akira Sanjoh, Atsushi Nakagawa, Eiki Yamashita, Kenichi Akaji

    BIOPOLYMERS　Vol. 106　No. 4　p. 391-403　2016/07　Research paper (scientific journal)

  43. Plant-specific DUF1110 protein from Oryza sativa: expression, purification and crystallization

    Kenichi Harada, Eiki Yamashita, Kento Inoue, Koji Yamaguchi, Toshimichi Fujiwara, Atsushi Nakagawa, Tsutomu Kawasaki, Chojiro Kojima

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　Vol. 72　p. 480-484　2016/06　Research paper (scientific journal)

  44. Crystal structures of OprN and OprJ, outer membrane factors of multidrug tripartite efflux pumps of Pseudomonas aeruginosa

    Ryo Yonehara, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　Vol. 84　No. 6　p. 759-769　2016/06　Research paper (scientific journal)

  45. SPring-8 BL44XU, Beamline Designed for Structure Analysis of Large Biological Macromolecular Assemblies

    Akifumi Higashiura, Eiki Yamashita, Masato Yoshimura, Kazuya Hasegawa, Yukito Furukawa, Takashi Kumasaka, Go Ueno, Masaki Yamamoto, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa

    PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015)　Vol. 1741　2016　Research paper (international conference proceedings)

  46. Utilization of light by fucoxanthin-chlorophyll-binding protein in a marine centric diatom, Chaetoceros gracilis

    Tomoko Ishihara, Kentaro Ifuku, Eiki Yamashita, Yuko Fukunaga, Yuri Nishino, Atsuo Miyazawa, Yasuhiro Kashino, Natsuko Inoue-Kashino

    PHOTOSYNTHESIS RESEARCH　Vol. 126　No. 2-3　p. 437-447　2015/12　Research paper (scientific journal)

  47. Low pH-driven folding of WW45-SARAH domain leads to stabilization of the WW45-Mst2 complex

    Jinsue Song, Hye Rim Hong, Eiki Yamashita, Il Yeong Park, Soo Jae Lee

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY　Vol. 158　No. 3　p. 181-188　2015/09　Research paper (scientific journal)

  48. Evaluation of transition-state mimics in a superior BACE1 cleavage sequence as peptide-mimetic BACE1 inhibitors

    Yasunao Hattori, Kazuya Kobayashi, Ayaka Deguchi, Yukie Nohara, Tomomi Akiyama, Kenta Teruya, Akira Sanjoh, Atsushi Nakagawa, Eiki Yamashita, Kenichi Akaji

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 23　No. 17　p. 5626-5640　2015/09　Research paper (scientific journal)

  49. Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock

    Jun Abe, Takuya B. Hiyama, Atsushi Mukaiyama, Seyoung Son, Toshifumi Mori, Shinji Saito, Masato Osako, Julie Wolanin, Eiki Yamashita, Takao Kondo, Shuji Akiyama

    SCIENCE　Vol. 349　No. 6245　p. 312-316　2015/07　Research paper (scientific journal)

  50. X-ray structure of cyanide-bound bovine heart cytochrome c oxidase in the fully oxidized state at 2.0 angstrom resolution

    Naomine Yano, Kazumasa Muramoto, Masao Mochizuki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　Vol. 71　p. 726-730　2015/06　Research paper (scientific journal)

  51. A Diffraction-Quality Protein Crystal Processed as an Autophagic Cargo

    Hidekazu Tsutsui, Yuka Jinno, Keiko Shoda, Akiko Tomita, Makoto Matsuda, Eiki Yamashita, Hiroyuki Katayama, Atsushi Nakagawa, Atsushi Miyawaki

    MOLECULAR CELL　Vol. 58　No. 1　p. 186-193　2015/04　Research paper (scientific journal)

  52. Structural and functional analysis of Hikeshi, a new nuclear transport receptor of Hsp70s

    Jinsue Song, Shingo Kose, Ai Watanabe, Se-Young Son, Saehae Choi, Hyerim Hong, Eiki Yamashita, Il Yeong Park, Naoko Imamoto, Soo Jae Lee

    Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography　Vol. 71　p. 473-483　2015/03/01　Research paper (scientific journal)

    Publisher: International Union of Crystallography

  53. Structural and functional analysis of Hikeshi, a new nuclear transport receptor of Hsp70s

    Jinsue Song, Shingo Kose, Ai Watanabe, Se-Young Son, Saehae Choi, Hyerim Hong, Eiki Yamashita, Il Yeong Park, Naoko Imamoto, Soo Jae Lee

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY　Vol. 71　p. 473-483　2015/03　Research paper (scientific journal)

  54. Fused-ring structure of decahydroisoquinolin as a novel scaffold for SARS 3CL protease inhibitors

    Yasuhiro Shimamoto, Yasunao Hattori, Kazuya Kobayashi, Kenta Teruya, Akira Sanjoh, Atsushi Nakagawa, Eiki Yamashita, Kenichi Akaji

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　Vol. 23　No. 4　p. 876-890　2015/02　Research paper (scientific journal)

  55. Traffic within the Cytochrome b(6)f Lipoprotein Complex: Gating of the Quinone Portal

    S. Saif Hasan, Elizabeth A. Proctor, Eiki Yannashita, Nikolay V. Dokholyan, William A. Cramer

    BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 107　No. 7　p. 1620-1628　2014/10　Research paper (scientific journal)

  56. Determination of damage-free crystal structure of an X-ray-sensitive protein using an XFEL

    Kunio Hirata, Kyoko Shinzawa-Itoh, Naomine Yano, Shuhei Takemura, Koji Kato, Miki Hatanaka, Kazumasa Muramoto, Takako Kawahara, Tomitake Tsukihara, Eiki Yamashita, Kensuke Tono, Go Ueno, Takaaki Hikima, Hironori Murakami, Yuichi Inubushi, Makina Yabashi, Tetsuya Ishikawa, Masaki Yamamoto, Takashi Ogura, Hiroshi Sugimoto, Jian-Ren Shen, Shinya Yoshikawa, Hideo Ago

    NATURE METHODS　Vol. 11　No. 7　p. 734-U174　2014/07　Research paper (scientific journal)

  57. X-ray crystal structure of voltage-gated proton channel

    Kohei Takeshita, Souhei Sakata, Eiki Yamashita, Yuichiro Fujiwara, Akira Kawanabe, Tatsuki Kurokawa, Yoshifumi Okochi, Makoto Matsuda, Hirotaka Narita, Yasushi Okamura, Atsushi Nakagawa

    NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 21　No. 4　p. 352-U170　2014/04　Research paper (scientific journal)

  58. Structural basis for the selective nuclear import of the C2H2 zinc-finger protein Snail by importin beta

    Saehae Choi, Eiki Yamashita, Noriko Yasuhara, Jinsue Song, Se-Young Son, Young Han Won, Hye Rim Hong, Yoon Sik Shin, Toshihiro Sekimoto, Il Yeong Park, Yoshihiro Yoneda, Soo Jae Lee

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 70　No. 4　p. 1050-1060　2014/04　Research paper (scientific journal)

  59. Transmembrane signaling and assembly of the cytochrome b(6)f-lipidic charge transfer complex

    S. Saif Hasan, Eiki Yamashita, William A. Cramer

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1827　No. 11-12　p. 1295-1308　2013/11

  60. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human importin beta-Snail zinc finger domain complex

    Saehae Choi, Jinsue Song, Se-Young Son, Il Yeong Park, Eiki Yamashita, Soo Jae Lee

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 69　No. 9　p. 1049-1051　2013/09　Research paper (scientific journal)

  61. Lipid-Induced Conformational Changes within the Cytochrome b(6)f Complex of Oxygenic Photosynthesis

    S. Saif Hasan, Jason T. Stofleth, Eiki Yamashita, William A. Cramer

    BIOCHEMISTRY　Vol. 52　No. 15　p. 2649-2654　2013/04　Research paper (scientific journal)

  62. A new protein complex promoting the assembly of Rad51 filaments

    Hiroyuki Sasanuma, Maki S. Tawaramoto, Jessica P. Lao, Harumi Hosaka, Eri Sanda, Mamoru Suzuki, Eiki Yamashita, Neil Hunter, Miki Shinohara, Atsushi Nakagawa, Akira Shinohara

    NATURE COMMUNICATIONS　Vol. 4　2013/04　Research paper (scientific journal)

  63. Quinone-dependent proton transfer pathways in the photosynthetic cytochrome b6f complex

    S. Saif Hasan, Eiki Yamashita, Danas Baniulis, William A. Cramer

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　Vol. 110　No. 11　p. 4297-4302　2013/03/12　Research paper (scientific journal)

  64. Structure-Function of the Cytochrome b6f Complex of Oxygenic Photosynthesis

    W. A. Cramer, E. Yamashita, D. Baniulis, J. Whitelegge, S. S. Hasan

    Encyclopedia of Biological Chemistry: Second Edition　p. 329-334　2013/02/15　Part of collection (book)

    Publisher: Elsevier Inc.

  65. Methods for studying interactions of detergents and lipids with α-helical and β-barrel integral membrane proteins

    S. Saif Hasan, Danas Baniulis, Eiki Yamashita, Mariya V. Zhalnina, Stanislav D. Zakharov, Jason T. Stofleth, William A. Cramer

    Current Protocols in Protein Science　Vol. 74　No. 74　2013　Research paper (scientific journal)

    Publisher: John Wiley and Sons Inc.

  66. Methods for studying interactions of detergents and lipids with α-helical and β-barrel integral membrane proteins

    S. Saif Hasan, Danas Baniulis, Eiki Yamashita, Mariya V. Zhalnina, Stanislav D. Zakharov, Jason T. Stofleth, William A. Cramer

    Current Protocols in Protein Science　No. 74　2013　Research paper (scientific journal)

    Publisher: John Wiley and Sons Inc.

  67. Crystal structure of the C-terminal domain of Mu phage central spike and functions of bound calcium ion

    Kenichi Harada, Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Takamitsu Miyafusa, Kouhei Tsumoto, Takashi Ueno, Yoshiharu Toyama, Shigeki Takeda

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS　Vol. 1834　No. 1　p. 284-291　2013/01　Research paper (scientific journal)

  68. Colicins

    O. Sharma, S. D. Zakharov, M. V. Zhalnina, E. Yamashita, W. A. Cramer

    Handbook of Biologically Active Peptides　p. 93-100　2013　Part of collection (book)

    Publisher: Elsevier Inc.

  69. Pathways of colicin import: utilization of BtuB, OmpF porin and the TolC drug-export protein

    Stanislav D. Zakharov, Onkar Sharma, Mariya Zhalnina, Eiki Yamashita, William A. Cramer

    BIOCHEMICAL SOCIETY TRANSACTIONS　Vol. 40　No. 6　p. 1463-1468　2012/12　Research paper (scientific journal)

  70. Structural flexibility regulates phosphopeptide-binding activity of the tyrosine kinase binding domain of Cbl-c

    Kohei Takeshita, Tohru Tezuka, Yukari Isozaki, Eiki Yamashita, Mamoru Suzuki, Minsoo Kim, Yuji Yamanashi, Tadashi Yamamoto, Atsushi Nakagawa

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY　Vol. 152　No. 5　p. 487-495　2012/11　Research paper (scientific journal)

  71. Membrane proteins in four acts: Function precedes structure determination

    W. A. Cramer, S. D. Zakharov, S. Saif Hasan, H. Zhang, D. Baniulis, M. V. Zhalnina, G. M. Soriano, O. Sharma, J. C. Rochet, C. Ryan, J. Whitelegge, G. Kurisu, E. Yamashita

    METHODS　Vol. 55　No. 4　p. 415-420　2011/12　Research paper (scientific journal)

  72. Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of the human MST2 SARAH domain

    Jinsue Song, Hyerim Hong, Saehae Choi, Yong Hee Lee, Eiki Yamashita, Suk-Chul Bae, Il Yeong Park, Soo Jae Lee

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 67　No. 11　p. 1403-1405　2011/11　Research paper (scientific journal)

  73. Conservation of Lipid Functions in Cytochrome bc Complexes

    S. Saif Hasan, Eiki Yamashita, Christopher M. Ryan, Julian P. Whitelegge, William A. Cramer

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 414　No. 1　p. 145-162　2011/11　Research paper (scientific journal)

  74. The host-binding domain of the P2 phage tail spike reveals a trimeric iron-binding structure

    Eiki Yamashita, Atsushi Nakagawa, Junichi Takahashi, Kin-ichi Tsunoda, Seiko Yamada, Shigeki Takeda

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 67　No. 8　p. 837-841　2011/08　Research paper (scientific journal)

  75. Distinguishing between Cl- and O-2(2-) as the bridging element between Fe3+ and Cu2+ in resting-oxidized cytochrome c oxidase

    Michihiro Suga, Naomine Yano, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh, Tomoko Maeda, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 67　No. 8　p. 742-744　2011/08　Research paper (scientific journal)

  76. The Q cycle of cytochrome bc complexes: A structure perspective

    William A. Cramer, S. Saif Hasan, Eiki Yamashita

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1807　No. 7　p. 788-802　2011/07

  77. Crystal Structure of the Cytoplasmic Phosphatase and Tensin Homolog (PTEN)-like Region of Ciona intestinalis Voltage-sensing Phosphatase Provides Insight into Substrate Specificity and Redox Regulation of the Phosphoinositide Phosphatase Activity

    Makoto Matsuda, Kohei Takeshita, Tatsuki Kurokawa, Souhei Sakata, Mamoru Suzuki, Eiki Yamashita, Yasushi Okamura, Atsushi Nakagawa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　Vol. 286　No. 26　p. 23368-23377　2011/07　Research paper (scientific journal)

  78. Structural insight into maintenance methylation by mouse DNA methyltransferase 1 (Dnmt1)

    Kohei Takeshita, Isao Suetake, Eiki Yamashita, Michihiro Suga, Hirotaka Narita, Atsushi Nakagawa, Shoji Tajima

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 108　No. 22　p. 9055-9059　2011/05　Research paper (scientific journal)

  79. Selective nuclear export mechanism of small RNAs

    Soo Jae Lee, Chimari Jiko, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara

    CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY　Vol. 21　No. 1　p. 101-108　2011/02　Research paper (scientific journal)

  80. Elucidation of the function based on the whole structure of rat liver vault, the largest ribonucleo-protein particle

    Hideaki Tanaka, Koji Kato, Tomoyuki Sumizawa, Eiki Yamashita

    Seikagaku　Vol. 83　No. 5　p. 392-395　2011　Research paper (scientific journal)

  81. Bovine cytochrome c oxidase structures enable O-2 reduction with minimization of reactive oxygens and provide a proton-pumping gate

    Kazumasa Muramoto, Kazuhiro Ohta, Kyoko Shinzawa-Itoh, Katsumasa Kanda, Maki Taniguchi, Hiroyuki Nabekura, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 107　No. 17　p. 7740-7745　2010/04　Research paper (scientific journal)

  82. X-ray structure of the NO-bound Cu-B in bovine cytochrome c oxidase

    Kazuhiro Ohta, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 66　No. 3　p. 251-253　2010/03　Research paper (scientific journal)

  83. A High-Resolution Structure of the Pre-microRNA Nuclear Export Machinery

    Chimari Okada, Eiki Yamashita, Soo Jae Lee, Satoshi Shibata, Jun Katahira, Atsushi Nakagawa, Yoshihiro Yoneda, Tomitake Tsukihara

    SCIENCE　Vol. 326　No. 5957　p. 1275-1279　2009/11　Research paper (scientific journal)

  84. A description of the structural determination procedures of a gap junction channel at 3.5 angstrom resolution

    Michihiro Suga, Shoji Maeda, So Nakagawa, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 65　No. 8　p. 758-766　2009/08　Research paper (scientific journal)

  85. Structure of the connexin 26 gap junction channel at 3.5 A resolution.

    Shoji Maeda, So Nakagawa, Michihiro Suga, Eiki Yamashita, Atsunori Oshima, Yoshinori Fujiyoshi, Tomitake Tsukihara

    Nature　Vol. 458　No. 7238　p. 597-602　2009/04/02

  86. Structure-Function, Stability, and Chemical Modification of the Cyanobacterial Cytochrome b(6)f Complex from Nostoc sp PCC 7120

    Danas Baniulis, Eiki Yamashita, Julian P. Whitelegge, Anna I. Zatsman, Michael P. Hendrich, S. Saif Hasan, Christopher M. Ryan, William A. Cramer

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　Vol. 284　No. 15　p. 9861-9869　2009/04　Research paper (scientific journal)

  87. X-ray crystal structural determination of rat vault, a large nucleoprotein complex at 3.5Å resolution.

    H. Tanaka, K. Kato, E. Yamashita, T. Sumizawa, Y. Zhou, M. Yao, K. Iwasaki, M. Yoshimura, T. Tsukihara

    2009/03　Research paper (other academic)

  88. A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry (vol 64, pg 525, 2008)

    Koji Kato, Hideaki Tanaka, Tomoyuki Sumizawa, Masato Yoshimura, Eiki Yamashita, Kenji Iwasaki, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 65　No. 3　p. 301-301　2009/03

  89. A peroxide bridge between Fe and Cu ions in the O-2 reduction site of fully oxidized cytochrome c oxidase could suppress the proton pump

    Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh, Kunio Hirata, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Takashi Ogura, Shinya Yoshikawa

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 106　No. 7　p. 2165-2169　2009/02　Research paper (scientific journal)

  90. The Structure of Rat Liver Vault at 3.5 Angstrom Resolution

    Hideaki Tanaka, Koji Kato, Eiki Yamashita, Tomoyuki Sumizawa, Yong Zhou, Min Yao, Kenji Iwasaki, Masato Yoshimura, Tomitake Tsukihara

    Science　Vol. 49　No. Supplement 1　2009/01

  91. [Development of data processing technique for diffraction data collection from micro-crystals].

    Nakagawa, A., Yamashita, E., Yoshimura, M., Suzuki, M.

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　Vol. 54　No. 12 Suppl　p. 1496-1498　2009　Research paper (scientific journal)

  92. The Structure of Rat Liver Vault at 3.5 Angstrom Resolution

    Hideaki Tanaka, Koji Kato, Eiki Yamashita, Tomoyuki Sumizawa, Yong Zhou, Min Yao, Kenji Iwasaki, Masato Yoshimura, Tomitake Tsukihara

    SCIENCE　Vol. 323　No. 5912　p. 384-388　2009/01　Research paper (scientific journal)

  93. Cytochrome b6f Complex, Colon Structure, Spectroscopy, and Function of Heme cn n-Side Electron and Proton Transfer Reactions

    William A. Cramer, Danas Baniulis, Eiki Yamashita, Huamin Zhang, Anna I. Zatsman, Mike P. Hendrich

    Photosynthetic Protein Complexes: A Structural Approach　p. 155-179　2008/09/05　Part of collection (book)

    Publisher: Wiley-VCH Verlag GmbH &amp; Co. KGaA

  94. Structural analysis of Arabidopsis CnfU protein: An iron-sulfur cluster biosynthetic scaffold in chloroplasts

    Toshiki Yabe, Eiki Yamashita, Akihiro Kikuchi, Kozo Morimoto, Atsushi Nakagawa, Tomitake Tsukihara, Masato Nakai

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 381　No. 1　p. 160-173　2008/08　Research paper (scientific journal)

  95. Crystal structures of the OmpF porin: function in a colicin translocon

    Eiki Yamashita, Mariya V. Zhalnina, Stanislav D. Zakharov, Onkar Sharma, William A. Cramer

    EMBO JOURNAL　Vol. 27　No. 15　p. 2171-2180　2008/08　Research paper (scientific journal)

  96. S11.27 X-ray structural analysis of zinc/cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Kazunori Maeda, Takeshi Takahashi, Kunio Hirata, Kyoko Shinzawa-Itoh, Tomoko Maeda, Shinji Yoko-o, Eiki Yamashita, Hiroshi Aoyama, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics　Vol. 1777　p. S71-S72　2008/07　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier {BV}

  97. S11.17 A peroxide bridge between the two metals in the dinuclear center of the fully oxidized cytochrome c oxidase

    Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Kunio Hirata, Michihiro Suga, Eiki Yamashita, Kyoko Shinzawa-Itoh, Takashi Ogura, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics　Vol. 1777　2008/07　Research paper (scientific journal)

    Publisher: Elsevier {BV}

  98. A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry

    Koji Kato, Hideaki Tanaka, Tomoyuki Sumizawa, Masato Yoshimura, Eiki Yamashita, Kenji Iwasaki, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 64　No. 5　p. 525-531　2008/05　Research paper (scientific journal)

  99. Structure of human monoamine oxidase A at 2.2-angstrom resolution: The control of opening the entry for substrates/inhibitors

    Se-Young Son, Achun Ma, Youhei Kondou, Masato Yoshimura, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 105　No. 15　p. 5739-5744　2008/04　Research paper (scientific journal)

  100. On the structural role of the aromatic residue environment of the chlorophyll a in the cytochrome b(6)f complex

    Jiusheng Yan, Naranbaatar Dashdorj, Danas Baniulis, Eiki Yamashita, Sergei Savikhin, William A. Cramer

    BIOCHEMISTRY　Vol. 47　No. 12　p. 3654-3661　2008/03　Research paper (scientific journal)

  101. The structure of melon necrotic spot virus determined at 2.8 angstrom resolution

    Yasunobu Wada, Hideaki Tanaka, Eiki Yamashita, Chikako Kubo, Tamaki Ichiki-Uehara, Eiko Nakazono-Nagaoka, Toshihiro Omura, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 64　No. 1　p. 8-13　2008/01　Research paper (scientific journal)

  102. Ultrafast optical pump-probe studies of the cytochrome b(6)f complex in solution and crystalline states

    Naranbaatar Dashdorj, Eiki Yamashita, John Schaibley, William A. Cramer, Sergei Savikhin

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　Vol. 111　No. 51　p. 14405-14410　2007/12　Research paper (scientific journal)

  103. Structure of the complex of the colicin E2 R-domain and its BtuB receptor - The outer membrane colicin translocon

    Onkar Sharma, Eiki Yamashita, Mariya V. Zhalnina, Stanislav D. Zakharov, Kirill A. Datsenko, Barry L. Wanner, William A. Cramer

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　Vol. 282　No. 32　p. 23163-23170　2007/08　Research paper (scientific journal)

  104. Structure of the cytochrome b(6)f complex: Quinone analogue inhibitors as ligands of heme c(n)

    E. Yamashita, H. Zhang, W. A. Cramer

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 370　No. 1　p. 39-52　2007/06　Research paper (scientific journal)

  105. The crystal structure of a virus-like particle from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus provides insight into the evolution of viruses

    Fusamichi Akita, Khoon Tee Chong, Hideaki Tanaka, Eiki Yamashita, Naoyuki Miyazaki, Yuichiro Nakaishi, Mamoru Suzuki, Kazunori Namba, Yasuko Ono, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 368　No. 5　p. 1469-1483　2007/05　Research paper (scientific journal)

  106. A histidine residue acting as a controlling site for dioxygen reduction and proton pumping by cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Kunio Hirata, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinji Yoko-o, Eiki Yamashita, Hiroshi Aoyama, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 104　No. 19　p. 7881-7886　2007/05　Research paper (scientific journal)

  107. Structures and physiological roles of 13 integral lipids of bovine heart cytochrome c oxidase

    Kyoko Shinzawa-Itoh, Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Hirohito Terada, Tsuyoshi Kurauchi, Yoshiki Tadehara, Akiko Yamasaki, Takashi Sugimura, Sadamu Kurono, Kazuo Tsujimoto, Tsunehiro Mizushima, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    EMBO JOURNAL　Vol. 26　No. 6　p. 1713-1725　2007/03　Research paper (scientific journal)

  108. Beamline for biological macromolecular assemblies (BL44XU) at SPring-8

    Masato Yoshimura, Eiki Yamashita, Mamoru Suzuki, Masaki Yamamoto, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa

    SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　Vol. 879　p. 1916-+　2007　Research paper (international conference proceedings)

  109. In meso structure of the cobalamin transporter, BtuB, at 1.95 angstrom resolution

    V. Cherezov, E. Yamashita, W. Liu, M. Zhalnina, W. A. Cramer, M. Caffrey

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 364　No. 4　p. 716-734　2006/12　Research paper (scientific journal)

  110. Crystal structure of the DsbB-DsbA complex reveals a mechanism of disulfide bond generation

    Kenji Inaba, Satoshi Murakami, Mamoru Suzuki, Atsushi Nakagawa, Eiki Yamashita, Kengo Okada, Koreaki Ito

    CELL　Vol. 127　No. 4　p. 789-801　2006/11　Research paper (scientific journal)

  111. Crystal structures of a multidrug transporter reveal a functionally rotating mechanism

    Satoshi Murakami, Ryosuke Nakashima, Eiki Yamashita, Takashi Matsumoto, Akihito Yamaguchi

    NATURE　Vol. 443　No. 7108　p. 173-179　2006/09　Research paper (scientific journal)

  112. The asymmetric IscA homodimer with an exposed [2Fe-2S] cluster suggests the structural basis of the fe-S cluster biosynthetic scaffold

    Kozo Morimoto, Eiki Yamashita, Youhei Kondou, Soo Jae Lee, Fumio Arisaka, Tomitake Tsukihara, Masato Nakai

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 360　No. 1　p. 117-132　2006/06　Research paper (scientific journal)

  113. Crystal structures of the catalytic domain of human stromelysin-1 (MMP-3) and collagenase-3 (MMP-13) with a hydroxamic acid inhibitor SM-25453

    T Kohno, H Hochigai, E Yamashita, T Tsukihara, M Kanaoka

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS　Vol. 344　No. 1　p. 315-322　2006/05　Research paper (scientific journal)

  114. Absolute configuration of the hydroxyfarnesylethyl group of haem A, determined by X-ray structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase using methods applicable at 2.8 angstrom resolution

    E Yamashita, H Aoyama, M Yao, K Muramoto, K Shinzawa-Itoh, S Yoshikawa, T Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 61　No. 10　p. 1373-1377　2005/10　Research paper (scientific journal)

  115. Structure of the central hub of bacteriophage Mu baseplate determined by X-ray crystallography of gp44

    Y Kondou, D Kitazawa, S Takeda, Y Tsuchiya, E Yamashita, M Mizuguchi, K Kawano, T Tsukihara

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 352　No. 4　p. 976-985　2005/09　Research paper (scientific journal)

  116. Crystal structure of human T-protein of glycine cleavage system at 2.0 angstrom resolution and its implication for understanding non-ketotic hyperglycinemia

    K Okamura-Ikeda, H Hosaka, M Yoshimura, E Yamashita, S Toma, A Nakagawa, K Fujiwara, Y Motokawa, H Taniguchi

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 351　No. 5　p. 1146-1159　2005/09　Research paper (scientific journal)

  117. Expression and molecular characterization of spherical particles derived from the genome of the hyperthermophilic euryarchaeote Pyrococcus furiosus

    K Namba, K Hagiwara, H Tanaka, Y Nakaishi, KT Chong, E Yamashita, GE Armah, Y Ono, Y Ishino, T Omura, T Tsukihara, A Nakagawa

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY　Vol. 138　No. 2　p. 193-199　2005/08　Research paper (scientific journal)

  118. Crystallization and preliminary X-ray analysis of gene product 44 from bacteriophage Mu

    Y Kondou, D Kitazawa, S Takeda, E Yamashita, M Mizuguchi, K Kawano, T Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　Vol. 61　No. 1　p. 104-105　2005/01　Research paper (scientific journal)

  119. Structure of rat monoamine oxidase A and its specific recognitions for substrates and inhibitors

    JC Ma, M Yoshimura, E Yamashita, A Nakagawa, A Ito, T Tsukihara

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 338　No. 1　p. 103-114　2004/04　Research paper (scientific journal)

  120. Crystallization and preliminary crystallographic analysis of rat monoamine oxidase A complexed with clorgyline

    JC Ma, F Kubota, M Yoshimura, E Yamashita, A Nakagawa, A Ito, T Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 60　No. 2　p. 317-319　2004/02　Research paper (scientific journal)

  121. Scaling of one-shot oscillation images with a reference data set

    K Hirata, E Yamashita, H Aoyama, K Muramoto, S Yoshikawa, T Tsukihara

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　Vol. 11　No. 1　p. 60-63　2004/01　Research paper (scientific journal)

  122. The low-spin heme of cytochrome c oxidase as the driving element of the proton-pumping process

    T Tsukihara, K Shimokata, Y Katayama, H Shimada, K Muramoto, H Aoyoma, M Mochizuki, K Shinzawa-Itoh, E Yamashita, M Yao, Y Ishimura, S Yoshikawa

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　Vol. 100　No. 26　p. 15304-15309　2003/12　Research paper (scientific journal)

  123. The structure of importin-beta bound to SREBP-2: Nuclear import of a transcription factor

    SJ Lee, T Sekimoto, E Yamashita, E Nagoshi, A Nakagawa, N Imamoto, M Yoshimura, H Sakai, KT Chong, T Tsukihara, Y Yoneda

    SCIENCE　Vol. 302　No. 5650　p. 1571-1575　2003/11　Research paper (scientific journal)

  124. Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the importin-beta-SRERP-2 complex

    SJ Lee, T Sekimoto, E Yamashita, E Nagoshi, A Nakagawa, H Tanaka, Y Yoneda, T Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 59　No. 10　p. 1866-1868　2003/10　Research paper (scientific journal)

  125. Crystal structure of bacterial multidrug efflux transporter AcrB

    S Murakami, R Nakashima, E Yamashita, A Yamaguchi

    NATURE　Vol. 419　No. 6907　p. 587-593　2002/10　Research paper (scientific journal)

  126. Trichromatic concept optimizes MAD experiments in synchrotron X-ray crystallography

    T Kumasaka, M Yamamoto, E Yamashita, H Moriyama, T Ueki

    STRUCTURE　Vol. 10　No. 9　p. 1205-1210　2002/09　Research paper (scientific journal)

  127. The 1.55 angstrom resolution structure of Nicotiana alata S-F11-RNase associated with gametophytic self-incompatibility

    K Ida, S Norioka, M Yamamoto, T Kumasaka, E Yamashita, E Newbigin, AE Clarke, F Sakiyama, M Sato

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 314　No. 1　p. 103-112　2001/11　Research paper (scientific journal)

  128. Intermonomer interactions in dimer of bovine heart cytochrome c oxidase

    SJ Lee, E Yamashita, T Abe, Y Fukumoto, T Tsukihara, K Shinzawa-Itoh, H Ueda, S Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 57　No. 7　p. 941-947　2001/07　Research paper (scientific journal)

  129. Optimization of the energy constant of the methionine (S delta-C epsilon) bond for X-PLOR refinement of protein structure

    M Odoko, M Yao, E Yamashita, R Nakashima, K Hirata, H Aoyama, K Muramoto, K Shinzawa-Itoh, S Yoshikawa, T Tsukihara

    JOURNAL OF APPLIED CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 34　No. 1　p. 80-81　2001/02　Research paper (scientific journal)

  130. Prospects for X-ray crystal structure analysis of selenoproteins with SPring-8 synchrotron radiation

    M Yamamoto, T Kumasaka, E Yamashita, H Moriyama, M Sato, T Ueki

    JOURNAL OF HEALTH SCIENCE　Vol. 46　No. 6　p. 426-429　2000/12

  131. Crystal structure of N-carbamyl-D-amino acid amidohydrolase with a novel catalytic framework common to amidohydrolases

    T Nakai, T Hasegawa, E Yamashita, M Yamamoto, T Kumasaka, T Ueki, H Nanba, Y Ikenaka, S Takahashi, M Sato, T Tsukihara

    STRUCTURE WITH FOLDING & DESIGN　Vol. 8　No. 7　p. 729-737　2000/07　Research paper (scientific journal)

  132. X-ray structure of azide-bound fully oxidized cytochrome c oxidase from bovine heart at 2.9 angstrom resolution

    MJ Fei, E Yamashita, N Inoue, M Yao, H Yamaguchi, T Tsukihara, K Shinzawa-Ito, R Nakashima, S Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 56　No. 5　p. 529-535　2000/05　Research paper (scientific journal)

  133. X-ray structure of beta-carbonic anhydrase from the red alga, Porphyridium purpureum, reveals a novel catalytic site for CO2 hydration

    S Mitsuhashi, T Mizushima, E Yamashita, M Yamamoto, T Kumasaka, H Moriyama, T Ueki, S Miyachi, T Tsukihara

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　Vol. 275　No. 8　p. 5521-5526　2000/02　Research paper (scientific journal)

  134. Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a beta-carbonic anhydrase from the red alga Porphyridium purpureum

    S Mitsuhashi, T Mizushima, E Yamashita, S Miyachi, T Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 56　No. 2　p. 210-211　2000/02　Research paper (scientific journal)

  135. Structure analysis of bovine heart cytochrome c oxidase at 2.8 angstrom resolution

    T Tomizaki, E Yamashita, H Yamaguchi, H Aoyama, T Tsukihara, K Shinzawa-Itoh, R Nakashima, R Yaono, S Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　Vol. 55　No. 1　p. 31-45　1999/01　Research paper (scientific journal)

  136. Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase

    S Yoshikawa, K Shinzawa-Itoh, R Nakashima, R Yaono, E Yamashita, N Inoue, M Yao, MJ Fei, CP Libeu, T Mizushima, H Yamaguchi, T Tomizaki, T Tsukihara

    SCIENCE　Vol. 280　No. 5370　p. 1723-1729　1998/06　Research paper (scientific journal)

  137. Crystallization of bovine heart mitochondrial cytochrome c oxidase for X-ray diffraction at atomic resolution (2.8 angstrom)

    K Shinzawa-Itoh, R Yaono, R Nakashima, H Aoyama, E Yamashita, T Tomizaki, T Tsukihara, S Yoshikawa

    OXYGEN HOMEOSTASIS AND ITS DYNAMICS　Vol. 1　p. 98-101　1998　Research paper (international conference proceedings)

  138. STUDIES ON THE MAD METHOD AT THE RIKEN BEAMLINE I BL45XU

    Yamamoto, M, Kumasaka, T, Yamashita, E

    SPring-8 Research Frontiers　Vol. 1997-1998　p. 6-8　1998

  139. The whole structure of the 13-subunit oxidized cytochrome c oxidase at 2.8 angstrom

    T Tsukihara, H Aoyama, E Yamashita, T Tomizaki, H Yamaguchi, K ShinzawaItoh, R Nakashima, R Yaono, S Yoshikawa

    SCIENCE　Vol. 272　No. 5265　p. 1136-1144　1996/05　Research paper (scientific journal)

  140. Crystallization of bovine heart mitochondrial cytochrome c oxidase for X-ray diffraction at atomic resolution(2.8 Å)

    Kyoko Shinzawa-Itoh, Rieko Yaono, Ryosuke Nakajima, Hiroshi Aoyama, Eiki Yamashita, Takashi Tomizaki, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    Keio Journal of Medicine　Vol. 45　p. S46-S54　1996　Research paper (scientific journal)

  141. STRUCTURES OF METAL SITES OF OXIDIZED BOVINE HEART CYTOCHROME-C-OXIDASE AT 2.8 ANGSTROM

    T TSUKIHARA, H AOYAMA, E YAMASHITA, T TOMIZAKI, H YAMAGUCHI, K SHINZAWAITOH, R NAKASHIMA, R YAONO, S YOSHIKAWA

    SCIENCE　Vol. 269　No. 5227　p. 1069-1074　1995/08　Research paper (scientific journal)

  142. EFFECTS OF ETHYLENEGLYCOL CHAIN-LENGTH OF DODECYL POLYETHYLENEGLYCOL MONOETHER ON THE CRYSTALLIZATION OF BOVINE HEART CYTOCHROME-C-OXIDASE

    K SHINZAWAITOH, H UEDA, S YOSHIKAWA, H AOYAMA, E YAMASHITA, T TSUKIHARA

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 246　No. 5　p. 572-575　1995/03

  143. X-ray crystal structural analysis of biological assembly

    Tsukihara, T., Morimoto, Y., Yamashita, E.

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　Vol. 38　No. 7　p. 1247-1253　1993　Research paper (scientific journal)

Misc. 332

  1. 緑膿菌由来多剤排出トランスポーターMexYの構造解析

    崔星眞, 堤研太, 松田真, 中川敦史, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2024　2024

  2. 蛍光タンパク質を介した細胞外タンパク質の結晶構造解析

    松田真, 山下栄樹, 原由美子, 原由美子, 成田宏隆, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2024　2024

  3. Development of a novel purification method and structural analysis of mammalian FoF1ATP synthase

    慈幸千真理, 中野敦樹, 三角裕子, 山下栄樹, 栗栖源嗣, 森本幸生, 月原冨武, 横山謙, GERLE Christoph

    KURNS-EKR (Web)　No. 19　2024

  4. ヘテロ三量体型多剤排出トランスポーターMuxBCの構造解析

    堤研太, 比嘉悠貴, 中川敦史, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2023　2023

  5. 多剤排出トランスポーターMexBの中性付近の結晶構造解析

    上田雄士, 米原涼, 池田悦子, 中川敦史, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2023　2023

  6. がん進展に関わるCDCP1の結晶構造解析

    松田真, 山下栄樹, 梶原健太郎, 赤松香奈子, 杉本楓, 岡田雅人, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2023　2023

  7. Three-dimensional structure of bacteriophage Mu tail fiber and structural comparison with the other tail fiber of Mu phage

    森有希奈, 山下栄樹, 中川敦史, 武田茂樹

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 45th　2022

  8. 緑膿菌由来膜融合タンパク質MexXの機能解明に向けた構造解析

    上田雄士, 荒谷剛史, 米原涼, 池田悦子, 堤研太, 中川敦史, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2022　2022

  9. チトクロムc酸化酵素の構造多型結晶での反応中間体の構造決定

    島田敦広, 原史剛, 江藤勇樹, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 村本和優, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2022　2022

  10. Atomic Mechanisms of Clock Protein KaiC Orchestrating Circadian Oscillation

    古池美彦, 古池美彦, 向山厚, 向山厚, 山下栄樹, 近藤孝男, 秋山修志, 秋山修志

    時間生物学　Vol. 28　No. 2　2022

  11. 大阪大学蛋白質研究所BL44XU

    山下栄樹, 櫻井啓介, 吉村政人, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　Vol. 35th　2022

  12. SPring-8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    櫻井啓介, 山下栄樹, 吉村政人, 長谷川和也, 村上博則, 熊坂崇, 古川行人, 上野剛, 山本雅貴, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　Vol. 35th　2022

  13. Theoretical analysis of optical properties and light harvesting mechanisms in far-red adapted A. marina photosystem I.

    木村明洋, 鬼頭宏任, 青田俊道, 浜口祐, 米倉功治, 川上恵典, 新沢(伊藤)恭子, 井上(菓子野)名津子, 伊福健太郎, 菓子野康浩, 山下栄樹, 伊藤繁

    日本物理学会講演概要集(CD-ROM)　Vol. 77　No. 1　2022

  14. 藍藻の概日リズムを制御する時計タンパク質KaiCのアロステリー

    古池美彦, 古池美彦, 向山厚, 向山厚, 欧陽東彦, 伊藤(三輪)久美子, SIMON Damien, SIMON Damien, 山下栄樹, 近藤孝男, 秋山修志, 秋山修志

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2021　2021

  15. Second cytochrome c binding structure of the bovine heart cytochrome c oxidase

    伊藤(新澤)恭子, 青江新平, 島田悟, 馬場淳平, 藤本光輝, 島田敦広, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武, 村本和優

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 47th (CD-ROM)　2021

  16. Core Allosteric Regulation in Cyanobacterial Circadian Clock Protein KaiC

    FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, OUYANG Dongyan, ITO-MIWA Kumiko, DAMIEN Simon, DAMIEN Simon, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao

    生物物理(Web)　Vol. 61　No. Supplement 1-2　2021

  17. 【立体構造から読み解く多剤耐性のメカニズム】緑膿菌由来の2つの膜を貫く巨大な排出ポンプMexAB-OprMの構造

    堤 研太, 山下 栄樹

    ファルマシア　Vol. 56　No. 6　p. 504-508　2020/06　Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)

    Publisher: (公社)日本薬学会

  18. CDCP1細胞外領域の構造基盤の解明

    杉本楓, 赤松香奈子, 松田真, 梶原健太郎, 山下栄樹, 中川敦史, 岡田雅人

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 43rd　2020

  19. The 1.3 Å resolution structure of bovine mitochondrial respiratory oxygen reductase suggests a dimerization mechanism

    SHINZAWA-ITOH Kyoko, HATANAKA Miki, FUJITA Kazuya, YANO Naomine, OGASAWARA Yumi, IWATA Jun, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya, MURAMOTO Kazumasa

    生物物理(Web)　Vol. 60　No. Supplement 1-2　2020

  20. O2-activation and unidirectional proton-pump mechanisms of cytochrome c oxidase elucidated by X-ray structures of its catalytic intermediates

    SHIMADA Atsuhiro, ETOH Yuki, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, MURAMOTO Kazumasa, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 20th (Web)　2020

  21. The 1.3 Å resolution structure of bovine cytochrome c oxidase suggests a dimerization mechanism

    伊藤新澤恭子, 畑中美紀, 藤田和也, 矢野直峰, 小笠原由美, 岩田淳, 山下栄樹, 月原冨武, 月原冨武, 吉川信也, 村本和優

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 46th　2020

  22. ウシチトクロム酸化酵素の活性型モノマー構造

    伊藤 恭子[新澤], 杉村 高志, 御前 智則, 蓼原 吉輝, 山本 省吾, 矢野 直峰, 花田 真, 中川 徹也, 上根 滋史, 山田 聖, 青山 浩, 山下 栄樹, 月原 富武, 吉川 信也, 村本 和優

    日本生化学会大会プログラム・講演要旨集　Vol. 92回　p. [2T06m-05]　2019/09

    Publisher: (公社)日本生化学会

  23. クライオ電子顕微鏡による多剤排出ポンプ複合体MexAB-OprMの構造解析(The wild-type structures of MexAB-OprM multidrug efflux pump revealed by cryo-electron microscopy)

    Tsutsumi Kenta, Yonehara Ryo, Ishizaka-Ikeda Etsuko, Miyazaki Naoyuki, Maeda Shintaro, Iwasaki Kenji, Nakagawa Atsushi, Yamashita Eiki

    生物物理　Vol. 59　No. Suppl.1-2　p. S383-S383　2019/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  24. ウシミトコンドリア由来酸素還元酵素の活性型の単量体構造(Monomeric structure of an active form of respiratory oxygen reductase from bovine mitochondria)

    Shinzawa-Itoh Kyoko, Sugimura Takashi, Misaki Tomonori, Tadehara Yoshiki, Yamamoto Shogo, Hanada Makoto, Yano Naomine, Nakagawa Tetsuya, Uene Shigefumi, Yamada Takara, Aoyama Hiroshi, Yamashita Eiki, Tsukihara Tomitake, Yoshikawa Shinya, Muramoto Kazumasa

    生物物理　Vol. 59　No. Suppl.1-2　p. S392-S392　2019/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  25. Structural Diversity of KaiC Hexamer in Cyanobacterial Circadian Clock

    FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 59　No. Supplement 1-2　2019

  26. イネの細胞膜共受容体OsCERK1および受容体型細胞質キナーゼOsRLCK185のキナーゼドメインの結晶構造解析

    原田健一, 山口公志, 山下栄樹, 新家粧子, 中居由依奈, 児玉高志, 藤原敏道, 中川敦史, 川崎努, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 42nd　2019

  27. Monomeric structure of an active form of respiratory oxygen reductase from bovine mitochondria

    SHINZAWA-ITOH Kyoko, SUGIMURA Takashi, MISAKI Tomonori, TADEHARA Yoshiki, YAMAMOTO Shogo, HANADA Makoto, YANO Naomine, NAKAGAWA Tetsuya, UENE Shigefumi, YAMADA Takara, AOYAMA Hiroshi, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya, MURAMOTO Kazumasa

    生物物理(Web)　Vol. 59　No. Supplement 1-2　2019

  28. Allosteric Regulation Designed in Clock Protein KaiC

    FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 58　No. Supplement 1-2　2018

  29. Conformational rearrangements of the C1 ring in KaiC measure the timing of assembly with KaiB via a conformational selection mechanism

    MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 58　No. Supplement 1-2　2018

  30. ジャガイモの14-3-3タンパク質St14fの結晶構造解析

    原田健一, 新家粧子, 山下栄樹, 田岡健一郎, 辻寛之, 藤原敏道, 中川敦史, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 18th　2018

  31. 構造解析における動的ゆらぎと構造多型の区別-CO結合還元型チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析の場合

    島田敦広, 矢野直峰, 山下栄樹, 廣本武史, 伊藤(新澤)恭子, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2018　2018

  32. 生体分子モーターが力を発生させているところを見る静的・動的X線結晶構造解析による哺乳類F1‐ATPaseの回転力発生機構の分析

    鈴木俊治, 鈴木俊治, 鈴木俊治, 飯田直也, 平田邦生, 山下栄樹, 馬場清喜, 熊坂崇, 遠藤斗志也, 久堀徹, 吉田賢右, 野地博行

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 43rd　2017/12/05

  33. Ragulator‐Rag GTPase複合体形成の構造基盤

    中井昌弘, 岡田雅人, 名田茂之, 小川輝, 北村絢香, 中井友和, 中川敦史, 山下栄樹, 米原涼, 中山敬一, 中津海洋一

    日本生化学会大会(Web)　Vol. 2017年度　p. [1P-0130]　2017/12

    Publisher: 生命科学系学会合同年次大会運営事務局

  34. 生体分子モーターが力を発生させているところを見る―時分割動的構造解析による哺乳類F1‐ATPaseのリン酸解離駆動の回転力発生機構の分析―

    鈴木俊治, 鈴木俊治, 鈴木俊治, 平田邦生, 山下栄樹, 飯田直也, 遠藤斗志也, 久堀徹, 吉田賢右, 野地博行

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2017　2017/11/23

  35. リン酸化および脱リン酸化した時計タンパク質KaiCの結晶構造解析

    古池美彦, 古池美彦, 向山厚, 向山厚, 山下栄樹, 近藤孝男, 秋山修志, 秋山修志

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2017　2017/11/23

  36. 角度分割・時分割X線結晶構造解析による、哺乳類F1-ATPaseのリン酸解離駆動の回転力発生機構の分析(Molecular mechanism of Phosphate-driven rotation of mammalian F1 by the angle-divided and time-resolved X-ray crystallographic studies)

    Suzuki Toshiharu, Hirata Kunio, Yamashita Eiki, Iida Naoya, Endo Toshiya, Hisabori Toru, Yoshida Masasuke, Noji Hiroyuki

    生物物理　Vol. 57　No. Suppl.1-2　p. S220-S220　2017/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  37. 温度補償能を欠損した時計タンパク質KaiC変異体の同定(Identification of Clock Protein KaiC Mutants Losing Temperature Compensation Ability)

    Furuike Yoshihiko, Mukaiyama Atsushi, Yamashita Eiki, Kondo Takao, Akiyama Shuji

    生物物理　Vol. 57　No. Suppl.1-2　p. S266-S266　2017/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  38. Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel interprotein interaction mode

    K. Shinzawa-Itoh, S. Shimada, J. Baba, S. Aoe, A. Shimada, E. Yamashita, J. Kang, M. Tateno, S. Yoshikawa, T. Tsukihara

    EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS　Vol. 46　p. S174-S174　2017/07　Research paper, summary (international conference)

  39. イネの細胞膜受容体OsCERK1の細胞内ドメインの結晶構造およびその活性化機構

    原田健一, 山口公志, 山下栄樹, 新家粧子, 藤原敏道, 中川敦史, 川崎努, 児嶋長次郎, 児嶋長次郎

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 17th　2017/05/22

  40. 角度分割・時分割X線結晶構造解析による,哺乳類F1‐ATPaseのリン酸解離駆動の回転力発生機構の分析

    鈴木俊治, 平田邦生, 山下栄樹, 遠藤斗志也, 久堀徹, 吉田賢右, 野地博行

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 17th　2017/05/22

  41. Identification of Clock Protein KaiC Mutants Losing Temperature Compensation Ability

    FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 57　No. Supplement 1-2　2017

  42. Ragulatorの構造とRagとの複合体形成機構

    名田茂之, 米原涼, 中井昌弘, 北村彩佳, 小川輝, 山下栄樹, 中川敦史, 岡田雅人

    日本生化学会大会(Web)　Vol. 90th　2017

  43. 高エネルギX線を利用した休止酸化型チトクロム酸化酵素の低損傷構造解析

    上野剛, 島田敦広, 山下栄樹, 長谷川和也, 熊坂崇, 伊藤(新澤, 恭子, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武, 山本雅貴

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2016　2016/11/17

  44. ミトコンドリアの分子マシナリーと機能管理 合成、構造、機能、適応、そして淘汰 精密X線結晶構造解析によるチトクロム酸化酵素の酸素還元・プロトンポンプ機構(Management of mitochondrial functions by molecular machineries: biogenesis, structure, function, adaptation, and elimination Detailed crystal structural studies of bovine cytochrome oxidase to elucidate the coupling mechanism of dioxygen reduction and proton pump)

    Tsukihara Tomitake, Shimada Atsuhiro, Yano Naomine, Muramoto Kazumasa, Shinzawa-Itoh Kyoko, Yamashita Eiki, Yoshikawa Shinya

    生物物理　Vol. 56　No. Suppl.1-2　p. S172-S172　2016/10

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  45. チトクロムcとチトクロムc酸化酵素の複合体構造が示す新しいタンパク質間相互作用様式(Complex structure of cytochrome c and cytochrome c oxidase shows a novel inter-protein interaction mode)

    Shimada Satoru, Shinzawa-Itoh Kyoko, Baba Junpei, Aoe Shimpei, Shimada Atsuhiro, Yamashita Eiki, Kang Jiyoung, Tateno Masaru, Yoshikawa Shinya, Tsukihara Tomitake

    生物物理　Vol. 56　No. Suppl.1-2　p. S189-S189　2016/10

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  46. チトクロム酸化酵素の高分解能結晶構造から明らかとなった高効率プロトンポンプ機構(High-resolution crystal structure of cytochrome c oxidase reveals the mechanism of highly efficient proton pumping)

    Shimada Atsuhiro, Yano Naomine, Muramoto Kazumasa, Yamashita Eiki, Shinzawa-Itoh Kyoko, Tsukihara Tomitake, Yoshikawa Shinya

    生物物理　Vol. 56　No. Suppl.1-2　p. S190-S190　2016/10

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  47. 蛍光分光法による時計タンパク質KaiCの動的構造変化の解析(Spectroscopic characterization of the conformational change of the cyanobacterial clock protein KaiC)

    Mukaiyama Atsushi, Abe Jun, Furuike Yoshihiko, Yamashita Eiki, Kondo Takao, Akiyama Shuji

    生物物理　Vol. 56　No. Suppl.1-2　p. S221-S221　2016/10

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  48. 時計タンパク質KaiCのリン酸化状態と脱リン酸化状態における構造上の差異(Structural Differences between Phosphorylated and Dephosphorylated States of Clock Protein KaiC)

    Furuike Yoshihiko, Abe Jun, Yamashita Eiki, Kondo Takao, Akiyama Shuji

    生物物理　Vol. 56　No. Suppl.1-2　p. S228-S228　2016/10

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  49. STRUCTURE ACTIVITY RELATIONSHIP STUDY FOR P1-P1 ' SITE OF TRANSITION STATE MIMIC INHIBITORS FOR BACE1

    K. Kobayashi, Y. Hattori, K. Teruya, A. Sanjoh, A. Nakagawa, E. Yamashita, K. Akaji

    JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE　Vol. 22　p. S42-S42　2016/09　Research paper, summary (international conference)

  50. チトクロム酸化酵素F型中間体の1.6Å分解能X線結晶構造解析

    江藤勇樹, 島田敦広, 山下栄樹, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  51. イネの耐病性応答に関与するOsPBI1の結晶構造解析

    原田健一, 山下栄樹, 井上健人, 山口公志, 藤原敏道, 中川敦史, 川崎努, 児嶋長次郎

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  52. チトクロムcとチトクロム酸化酵素の複合体での結晶構造が示す新しい蛋白質間相互作用様式

    島田悟, 青江新平, 伊藤(新澤)恭子, 馬場淳平, 島田敦広, KANG Jiyoung, 舘野賢, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  53. 緑膿菌由来多剤排出ポンプの外膜因子,OprNとOprJの結晶構造解析

    米原涼, 山下栄樹, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  54. チトクロム酸化酵素の様々な反応中間体及び反応中間体類似物の構造から提唱されるプロトンボンプ機構

    島田敦広, 馬場淳平, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  55. X線自由電子レーザーを用いた,ポンプ・プローブ法によるチトクロム酸化酵素の時分割結晶構造解析

    波多野啓太, 島田敦広, 宮本朱梨, 馬場清喜, 山下恵太郎, 久保稔, 吾郷日出夫, 平田邦生, 上野剛, 村上博則, 山本雅貴, 熊坂崇, 山下栄樹, 小倉尚志, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 16th　2016/05/19

  56. 新興呼吸器症候群の治療薬開発を目指したプロテアーゼ阻害剤の設計

    服部恭尚, 嶋本康広, 照屋健太, 三城明, 中川敦史, 山下栄樹, 小林数也, 赤路健一

    日本化学療法学会雑誌　Vol. 64　No. Supplement-A　2016/05/09

  57. Spectroscopic characterization of the conformational change of the cyanobacterial clock protein KaiC

    MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, ABE Jun, FURUIKE Yoshihiko, FURUIKE Yoshihiko, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 56　No. Supplement 1-2　2016

  58. High-resolution crystal structure of cytochrome c oxidase reveals the mechanism of highly efficient proton pumping

    SHIMADA Atsuhiro, YANO Naomine, MURAMOTO Kazumasa, YAMASHITA Eiki, YAMASHITA Eiki, SHINZAWA-ITOH Kyoko, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理(Web)　Vol. 56　No. Supplement 1-2　2016

  59. Detailed crystal structural studies of bovine cytochrome oxidase to elucidate the coupling mechanism of dioxygen reduction and proton pump

    TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, SHIMADA Atsuhiro, YANO Naomine, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理(Web)　Vol. 56　No. Supplement 1-2　2016

  60. X線自由電子レーザーを用いたチトクロム酸化酵素の時分割構造解析から明らかとなった,銅イオンへの配位子結合によって制御されるプロトンポンプ経路の閉鎖メカニズム

    島田敦広, 波多野啓太, 宮本朱梨, 伊藤(新澤, 恭子, 久保稔, 馬場清喜, 熊坂崇, 山本雅貴, 吾郷日出夫, 平田邦生, 山下恵太郎, 山下栄樹, 上野剛, 吉川信也, 月原冨武, 月原冨武

    日本生化学会大会(Web)　Vol. 89th　2016

  61. 緑膿菌由来異物排出トランスポーターMuxBのX線結晶構造解析

    比嘉悠貴, 米原涼, 中川敦史, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2015　2015/10/17

  62. チトクロム酸化酵素内のMgを含む水クラスターが酸素取り込み前に4等量のプロトンを蓄積することで,高効率プロトンポンプ反応を可能にする

    島田敦広, 矢野直峰, 武村秀平, 村本和優, 山下栄樹, 伊藤(新澤)恭子, 前田友子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  63. 第2のチトクロムc結合部位を持つチトクロムc‐チトクロム酸化酵素共結晶のX線結晶構造解析

    青江新平, 島田悟, 伊藤(新澤, 恭子, 島田敦広, 馬場淳平, 武村秀平, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  64. チトクロム酸化酵素F型中間体の高分解能X線結晶構造解析

    江藤勇樹, 島田敦広, 前田友子, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  65. チトクロムcとチトクロム酸化酵素共結晶の高分解能X線結晶構造に基づく相互作用解明

    島田悟, 青江新平, 伊藤(新澤)恭子, 島田敦広, 馬場淳平, 武村秀平, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  66. 高分解能X線結晶構造解析によるチトクロム酸化酵素の酸素還元・プロトンポンプ機構の解明

    月原冨武, 島田敦広, 島田悟, 武村秀平, 馬場淳平, 村本和優, 山下栄樹, 伊藤(新澤)恭子, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  67. チトクロム酸化酵素の真のアジ化物イオン結合型構造により明らかになった,酸素還元中心の構造変化とプロトンポンプ経路の関係性

    波多野啓太, 島田敦広, 引田理英, 蓼原瞳, 山本旭麻, 山下栄樹, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  68. 核外輸送に置けるExportin‐5の構造基盤

    山澤龍治, 小林武, 慈幸千真理, 月原冨武, 中川敦史, 山下栄樹

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  69. 中性領域(pH7.3)でのウシ心筋チトクロム酸化酵素の結晶化及び構造解明

    萩本楓, 伊藤(新澤)恭子, 島田敦広, 島田悟, FANGJIA Luo, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  70. シアン結合完全還元型チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析から明らかになった,活性中心を構成するheme a3の高い可動性

    馬場淳平, 島田敦広, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 15th　2015/05/26

  71. 緑膿菌由来異物排出蛋白質のX線結晶構造解析

    住田一真, 米原涼, 中江太治, 中川敦史, 山下栄樹

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 28th　2015/01/10

  72. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 東浦彰史, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 28th　2015/01/10

  73. Circadian timing governed by cyanobacterial KaiC ATPase

    MUKAIYAMA Atsushi, MUKAIYAMA Atsushi, ABE Jun, HIYAMA Takuya, SON Seyoung, MORI Toshifumi, MORI Toshifumi, SAITO Shinji, SAITO Shinji, OSAKO Masato, WOLANIN Julie, YAMASHITA Eiki, KONDO Takao, AKIYAMA Shuji, AKIYAMA Shuji

    生物物理(Web)　Vol. 55　No. Supplement 1-2　2015

  74. 基質ペプチド配列に基づくアザ‐デカリン型SARS3CLプロテアーゼ阻害剤の合成と阻害活性評価

    服部恭尚, 嶋本康広, 小林数也, 照屋健太, 三城明, 中川敦史, 山下栄樹, 赤路健一

    日本農芸化学会中部支部例会講演要旨集(Web)　Vol. 174th　2015

  75. アザ‐デカリン骨格を有する新規SARS‐3CLプロテアーゼ阻害剤の合成と評価

    嶋本康広, 服部恭尚, 小林数也, 照屋健太, 三城明, 中川敦史, 山下栄樹, 赤路健一

    メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集　Vol. 32nd　2014/11/07

  76. ATPase活性調節の理解に向けた時計タンパク質KaiCの機能的・構造的解析

    阿部淳, 檜山卓也, 向山厚, 山下栄樹, 近藤孝男, 秋山修志

    生体分子科学討論会講演要旨集　Vol. 41st　p. 48-49　2014/06/06

  77. 時計タンパク質KaiCのATPase活性に焦点をあてた周期調節の解析

    阿部淳, 檜山卓也, 向山厚, 山下栄樹, 近藤考男, 秋山修志

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  78. 電位依存性プロトンチャネル(VSOP)の静的状態の結晶構造から考察する膜電位センサーの動作原理

    竹下浩平, 坂田宗平, 山下栄樹, 藤原祐一郎, 岡村康司, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  79. CO結合型ウシ心筋チトクロムc酸化酵素に対する高分解能X線結晶構造解析法を用いた金属酸化還元中心によるプロトンポンプ制御機構の解明

    馬場淳平, 島田敦広, 矢野直峰, 山下栄樹, 武村秀平, 前田友子, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  80. 時計タンパク質KaiC ATPaseのメカニズム解明に向けた構造生物学的研究

    檜山卓也, 阿部淳, 向山厚, 山下栄樹, 近藤孝男, 秋山修志

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  81. 電位依存性プロトンチャネル(VSOP)の静的状態の結晶構造から考察する膜電位センサーの動作原理

    竹下浩平, 坂田宗平, 山下栄樹, 藤原祐一郎, 岡村康司, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  82. CN-結合酸化型およびCN-結合部分還元型チトクロムc酸化酵素の高分解能X線結晶構造解析

    川原貴子, 長尾修平, 島田敦広, 矢野直峰, 武村秀平, 前田友子, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  83. 高分解能X線結晶構造解析によって明らかになったチトクロムc酸化酵素のプロトンポンプ反応過程におけるMgを含む水クラスターの機能

    矢野直峰, 武村秀平, 前田友子, 村本和優, 山下栄樹, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 14th　2014/05/26

  84. X線自由電子レーザーを利用した球殻構造体の単粒子解析への取り組み

    日比真仁, 竹田一旗, 富崎友理子, 花園祐矢, 高場圭章, 東浦彰史, 村上満里奈, 岩崎憲治, 山下栄樹, 中川敦史, 三木邦夫

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 27th　2014/01/11

  85. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 東浦彰史, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 27th　2014/01/11

  86. 3P093 X-ray structural analysis of the cytochrome c and cytochrome c oxidase(02. Heme proteins,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

    Shimada Satoru, Shinzawa-Itoh Kyoko, Aoe Shimpei, Shimada Atsuhiro, Baba Jumpei, Takemura Syuhei, Yamashita Eiki, Tsukihara Tomitake, Yoshikawa Shinya

    Seibutsu Butsuri　Vol. 54　No. 1　2014

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  87. 1P112 High-resolution crystal structural analysis reveals that the two azide ions bind to Cytochrome c oxidase in different manner(03. Membrane proteins,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

    Shimada Atsuhiro, Hikita Masahide, Tadehara Hitomi, Yamamoto Akima, Yamashita Eiki, Shinzawa-Itoh Kyoko, Maeda Tomoko, Tsukihara Tomitake, Yoshikawa Shinya

    Seibutsu Butsuri　Vol. 54　No. 1　2014

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  88. 3P012 Preliminary study of voltage-gated proton channel in activated state for X-ray crystallography(01A. Protein: Structure,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

    Kumano Wataru, Takeshita Kohei, Emura Kohta, Yamashita Eiki, Okamura Yasushi, Nakagawa Atsushi

    Seibutsu Butsuri　Vol. 54　No. 1　2014

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  89. チトクロム酸化酵素のプロトンポンプ逆流防止機構の解析

    馬場淳平, 長尾修平, 川原貴子, 矢野直峰, 島田敦広, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2014　2014

  90. 高分解能X線結晶構造解析によるチトクロム酸化酵素のMgを含む水クラスターの機能

    矢野直峰, 武村修平, 島田敦広, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2014　2014

  91. バクテリオファージMuのネックサブユニットgp36の結晶構造

    岩崎拓真, 山下栄樹, 中川敦史, 武田茂樹

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 37th　2014

  92. バクテリオファージMu尾繊維サブユニットとその特異的シャペロン複合体の精製,構造解析

    坂井康平, 山下栄樹, 中川敦史, 武田茂樹

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　Vol. 37th　2014

  93. 電位依存性プロトンチャネルの結晶構造と膜電位センサーの作動機構

    竹下浩平, 坂田宗平, 山下栄樹, 藤原祐一郎, 岡村康司, 中川敦史

    日本生化学会大会(Web)　Vol. 87th　p. 1S06P-4 (WEB ONLY)-4]　2014

    Publisher: (公社)日本生化学会

  94. ヒドロキシメチルカルボニル型及びヒドロキシエチルアミン型BACE1阻害剤の合成と活性評価

    小林数也, 秋山朋美, 野原由江, 後藤紗希, 岡部真実, 佐藤夏美, 伊藤美紀, 上野佳奈美, 服部恭尚, 照屋健太, 三城明, 中川敦史, 山下栄樹, 赤路健一

    メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集　Vol. 31st　2013/11/01

  95. SACLAによるウシ心筋チトクロム酸化酵素の無損傷高分解能結晶構造解析

    吾郷日出夫, 平田邦生, 上野剛, 村上博則, 山本雅貴, 山下栄樹, 伊藤(新澤)恭子, 加藤公児, 畑中美樹, 武村修平, 矢野直峰, 吉川信也, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2013　2013/10/12

  96. X線自由電子レーザーを用いた球状生体超分子複合体の単粒子構造解析への取り組み

    東浦彰史, 村上満理奈, 岩崎憲治, 山下栄樹, 竹田一旗, 花園祐矢, 高場圭章, 日比真仁, 富崎友理子, 三木邦夫, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2013　2013/10/12

  97. リガンドフリー型Exportin‐5の構造解析

    山澤龍治, 小林武, 慈幸千真理, 李守宰, 中川敦史, 柴田理志, 岡正啓, 片平じゅん, 米田悦啓, 月原冨武, 山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2013　2013/10/12

  98. Proton pumping mechanism of bovine heart cytochrome c oxidase

    S. Yoshikawa, M. Kubo, S. Nakashima, T. Ogura, J. Kang, M. Tateno, N. Yano, K. Muramoto, K. Shinzawa-Itoh, E. Yamashita, T. Tsukihara

    FEBS JOURNAL　Vol. 280　p. 252-252　2013/07　Research paper, summary (international conference)

  99. ウシ心筋チトクロム酸化酵素のMgを含む水クラスターの機能の高分解能X線結晶構造解析による研究

    矢野直峰, 加藤公児, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 13th　2013/05/31

  100. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酸性アミノ酸残基のイオン化状態のX線結晶学的解析

    武村秀平, 加藤公児, 矢野直峰, 山下栄樹, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 月原富武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 13th　2013/05/31

  101. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)8L44XUの現状

    山下栄樹, 東浦彰史, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 26th　2013/01/12

  102. 異物排出タンパク質のX線結晶構造解析

    板倉勇太, 藤岡美貴, 米原涼, 池田悦子, 原田健一, 中江太治, 山下栄樹, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 26th　2013/01/12

  103. 3P287 Approaches to cohherent X-ray diffraction imaging of single virus particle using X-ray free-electron laser(27. Bioimaging,Poster)

    Higashiura Akifumi, Murakami Marina, Iwasaki Kenji, Yamashita Eiki, Takeda Kazuki, Hanazono Yuya, Takaba Kiyofumi, Hibi Masahito, Tomisaki Yuriko, Miki Kunio, Nakagawa Atsushi

    Seibutsu Butsuri　Vol. 53　No. 1　2013

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  104. Structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase in the cyanide- and azide-bound fully oxidized states

    MURAMOTO Kazumasa, MOCHIZUKI Masao, YANO Naomine, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 53　No. Supplement 1-2 (Web)　2013

  105. Structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase in the CO- and cyanide-bound mixed valence states

    MURAMOTO Kazumasa, MOCHIZUKI Masao, TANIGUCHI Maki, YANO Naomine, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 53　No. Supplement 1-2 (Web)　2013

  106. 精密結晶構造解析によるチトクロム酸化酵素の反応機構の研究

    矢野直峰, 新澤(伊藤)恭子, 畑中美紀, 武村修平, 藤澤秀徳, 村本和優, 加藤公児, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2012　p. 19-s19　2012/10/25

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  107. 低分解能データを利用したディスオーダー領域の構造解析に向けた試み

    木平清人, 姜志れい, 前田将司, 中川宗, 三角裕子, 菅倫寛, 山下栄樹, 舘野賢, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2012　2012/10/25

  108. ウシ心筋チトクロム酸化酵素休止酸化型の高分解能X線結晶構造解析

    矢野直峰, 村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 前田友子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 12th　2012/05/31

  109. 氷晶防止剤の導入方法によるウシ心筋チトクロム酸化酵素結晶の分解能の向上

    畑中美紀, 藤田和也, 矢野直峰, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 村本和優, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 12th　2012/05/31

  110. ウシ心筋チトクロム酸化酵素反応中間体のX線結晶構造解析

    村本和優, 木登梨佳, 佐々木歩惟, 藤澤秀徳, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 12th　2012/05/31

  111. Exportin‐5によるRNAsの核外輸送メカニズムの解明

    山澤龍治, 山下栄樹, LEE Soo Jae, 慈幸千真理, 柴田理志, 片平じゅん, 中川敦史, 米田悦啓, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 12th　2012/05/31

  112. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 梅名泰史, 東浦彰史, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 25th　2012/01/06

  113. X-ray structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase to clarify redox coupled structural changes at H atom level

    YANO Naomine, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Tomoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya, SHIRO Yoshitugu, SHIRO Yoshitugu

    生物物理　Vol. 52　No. Supplement 1　2012

  114. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の高分解能X線構造解析と水クラスターの役割

    矢野直峰, 村本和優, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也, 城宜嗣

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 38th　p. 83-84　2012

  115. 緑膿菌由来多剤排出トランスポーターMexBの構造生物学的研究

    米原涼, 山下栄樹, 原田健一, 佐藤尚紀, 松浦孝範, 村上聡, 中江太治, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  116. ウシ心筋チトクロム酸化酵素休止酸化型の1.4Å分解能X線構造解析

    矢野直峰, 村本和優, 中川徹也, 前田友子, 新澤(伊藤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  117. 緑膿菌多剤排出ポンプサブユニットMexAの全体構造解析への試み

    原田健一, 米原涼, 松浦孝範, 山下栄樹, 鈴木守, 中江太治, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  118. Dnmt1によるメチル化模様維持機構に関する構造生物学的研究

    竹下浩平, 末武勲, 山下栄樹, 菅倫寛, 中川敦史, 田嶋正二

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  119. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の還元・再酸化による構造変化

    村本和優, 田村直樹, 藤澤秀徳, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  120. ウシ心筋チトクロム酸化酵素還元型の1.4Å分解能X線構造解析

    藤澤秀徳, 村本和優, 矢野直峰, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 11th　2011/05/27

  121. 全立体構造決定から切り開く謎の巨大粒子ボルトの機能解明

    田中秀明, 加藤公児, 住澤知之, 山下栄樹

    生化学　Vol. 83　No. 5　p. 392-395　2011/05/25

  122. Lipid Binding Sites in Membrane Proteins: Cytochrome BC Complexes

    S. Saif Hasan, Eiki Yamashita, William A. Cramer

    BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 100　No. 3　p. 383-383　2011/02　Research paper, summary (international conference)

  123. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 鈴木守, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 24th　2011/01/07

  124. 緑膿菌におけるRND型トランスポーターMexBの高分解能X線結晶構造解析

    米原涼, 山下栄樹, 原田健一, 佐藤尚紀, 松浦孝範, 鈴木守, 村上聡, 中江太治, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 24th　2011/01/07

  125. 2SJ-05 X-ray structure of the vault, the largest cytoplasmic ribonucleo protein particle(2SJ New developments in protein complex research: From molecules to supramolecules and aggregates,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Tanaka Hideaki, Kato Koji, Yamashita Eiki, Sumizawa Tomoyuki, Zhou Yong, Yao Min, Iwasaki Kenji, Yoshimura Masato, Tsukihara Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 51　2011

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  126. Structural changes of bovine cytochrome c oxidase dependent on the redox states

    Kazumasa Muramoto, Hidenori Fujisawa, Naomine Yano, Tomoko Maeda, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 67　p. C265-C265　2011　Research paper, summary (international conference)

  127. High resolution analysis and anomalous dispersion analysis of bovine cytochrome c oxidase

    Naomine Yano, Kazumasa Muramoto, Michihiro Suga, Tomoko Maeda, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 67　p. C265-C266　2011　Research paper, summary (international conference)

  128. X-ray structural analysis of cytochrome c oxidase in the resting oxidized state at 1.4Å resolution

    YANO Naomine, MURAMOTO Kazumasa, NAKAGAWA Tetsuya, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Tomoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  129. Crystallization of bovine cytochrome c oxidase by detergents mixture

    HATANAKA Miki, MAEDA Tomoko, MISAKI Tomonori, SUGIMURA Takashi, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MURAMOTO Kazumasa, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  130. X-ray structural analysis of P form intermediate of bovine cytochrome c oxidase

    KITO Rika, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, ITO-SHINZAWA Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  131. X-ray structural analysis of F form intermediate of bovine cytochrome c oxidase

    SASAKI Ai, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  132. X-ray structural analysis of R and O form intermediates of bovine cytochrome c oxidase

    FUJISAWA Hidenori, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  133. Structural insight into maintenance methylation by mouse DNA methyltransferase 1 (Dnmt1)

    TAKESHITA Kohei, SUETAKE Isao, YAMASHITA Eiki, SUGA Michihiro, NARITA Hirotaka, NAKAGAWA Atsushi, TAJIMA Shoji

    生物物理　Vol. 51　No. Supplement 1　2011

  134. Crystal structure analysis of multidrug transporter MexB

    Ryo Yonehara, Eiki Yamashita, Kenichi Harada, Naoki Sato, Takanori Matsuura, Satoshi Murakami, Taiji Nakae, Atsushi Nakagawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 67　p. C744-C744　2011　Research paper, summary (international conference)

  135. チトクロム酸化酵素反応サイクルの構造解析

    村本和優, 木登梨佳, 佐々木歩惟, 藤澤秀徳, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 37th　p. 42-43　2011

  136. チトクロム酸化酵素反応中間体(P型,F型,O型)の構造解析

    木登梨佳, 村本和優, 佐々木歩惟, 藤澤秀徳, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 37th　p. 102-103　2011

  137. チトクロム酸化酵素の高分解能X線結晶構造解析戦略

    藤澤秀徳, 矢野直峰, 村本和優, 新澤(伊藤)恭子, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2011　2011

  138. Muファージのテールスパイクタンパク質gp45のC末端のX線構造解析

    原田健一, 山下栄樹, 中川敦史, 上野貴志, 武田茂樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2011　2011

  139. Photo-dependent binding structures of CO and NO on the heme-copper site in bovine cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Kazuhiro Ohta, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1797　p. 97-98　2010/07　Research paper, summary (international conference)

  140. The O-2 reduction and proton pumping gate mechanisms of bovine heart cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Kazuhiro Ohta, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1797　p. 102-103　2010/07　Research paper, summary (international conference)

  141. 緑膿菌の多剤排出ポンプ,MexA‐OprM複合体のX線結晶構造解析への試み

    米原涼, 山下栄樹, 原田健一, 佐藤尚紀, 松浦孝範, 鈴木守, 村上聡, 中江太治, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  142. 巨大な超分子複合体を見る

    加藤公児, 田中秀明, 山下栄樹, 住澤知之, 周勇, 姚閔, 岩崎憲治, 吉村政人, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  143. microRNA核外輸送複合体のX線結晶構造解析

    慈幸千真理, 山下栄樹, 李守宰, 柴田理志, 片平じゅん, 中川敦史, 米田悦啓, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  144. 還元型ウシ心筋チトクロム酸化酵素の高分解能X線構造解析

    藤澤秀徳, 村本和優, 伊藤(新沢)恭子, 前田友子, 山下栄樹, 吉川信也, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  145. microRNA核外輸送複合体のX線結晶構造解析

    慈幸千真理, 山下栄樹, 李守宰, 柴田理志, 片平じゅん, 中川敦史, 米田悦啓, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  146. ギャップジャンクションヘミチャンネル間の相互作用に関する構造研究

    中川宗, 前田将司, 菅倫寛, 山下栄樹, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  147. ユビキチンE3リガーゼCblファミリーの標的分子認識の特異性

    竹下浩平, 手塚徹, 山下栄樹, 鈴木守, 山本正, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  148. 膜電位感受性ホスファターゼVSPの細胞質領域のX線結晶構造解析

    松田真, 坂田宗平, 竹下浩平, 鈴木守, 山下栄樹, 岡村康司, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  149. チトクロム酸化酵素の水素位置決定を目的としたX線結晶構造解析

    菅倫寛, 矢野直峰, 村本和優, 山下栄樹, 望月正雄, 前田和範, 伊藤(新澤)恭子, 吉川信也, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  150. ウシチトクロム酸化酵素のヘム・銅部位におけるNO,COの光化学的結合解離構造

    村本和優, 太田和宏, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  151. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酵素還元反応とプロトンポンプゲート機構

    村本和優, 太田和宏, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 10th　2010/05/15

  152. X-ray structural analysis of catclytic F intermediates in bovine cytochrome c oxidase

    SASAKI Ai, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  153. High resolution X-ray structural analysis of cytochrome c oxidase to clarify the proton pumping mechanism at hydrogen atom level.

    YANO Naomine, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MOCHIZUKI Masao, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  154. An X-ray structural evaluation of the possibility of chloride binding to the O2 reduction site of bovine heart cytochrome c oxidase

    TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, SUGA Michihiro, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Tomoko, YAMASHITA Eiki, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  155. Reaction mechanism of cytochrome c oxidase based on the O2 analogues-bound structures.

    MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  156. Redox dependent structural change of cytochrome c oxidase at 1.4Å resolution

    FUJISAWA Hidenori, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Kazunori, MOCHIZUKI Masao, SUGA Michihiro, OHTA Kazuhiro, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  157. X-ray structural analysis of catalytic O intermediate in bovine cytochrome c oxidase

    YOSHIKAWA Shinya, MURAMOTO Kazumasa, NAKABAYASHI Ryota, MAEDA Tomoko, ITO-SHINZAWA Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  158. X-ray structural analysis of catalytic peroxy intermediate in bovine cytochrome c oxidase

    KITO Rika, MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Tomoko, ITO-SHINZAWA Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  159. Photo-dependent binding structures of CO and NO on the heme-copper site in bovine cytochrome c oxidase.

    MURAMOTO Kazumasa, OHTA Kazuhiro, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 50　No. Supplement 2　2010

  160. Exciton Interactions Between Hemes b(n) and b(p) in the Cytochrome b(6)f Complex

    S. Saif Hasan, Stanislav D. Zakharov, Eiki Yamashita, H. Bohme, William A. Cramer

    BIOPHYSICAL JOURNAL　Vol. 98　No. 3　p. 564A-564A　2010/01　Research paper, summary (international conference)

  161. pre‐microRNA核外輸送複合体のX線結晶構造解析

    山下栄樹, 慈幸千真理, LEE Soo Jae, 柴田理志, 片平じゅん, 中川敦史, 米田悦啓, 月原冨武

    生化学　2010

  162. 緑膿菌由来多剤排出トランスポーター,MexBの高分解能X線結晶構造解析

    米原涼, 山下栄樹, 原田健一, 佐藤尚紀, 松浦孝範, 鈴木守, 村上聡, 中江太治, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2010　2010

  163. 緑膿菌由来の多剤排出トランスポーターMexAの全体構造解析への試み

    原田健一, 米原涼, 松浦孝範, 山下栄樹, 鈴木守, 中江太治, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2010　2010

  164. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の高分解能X線構造解析

    矢野直峰, 村本和優, 藤澤秀徳, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 望月正雄, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 36th　p. 136-137　2010

  165. SPring‐8阪大蛋白研ビームラインBL44XUの現状

    山下栄樹, 鈴木守, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2010　2010

  166. チトクロム酸化酵素のO2還元反応機構

    村本和優, 太田和宏, 木登梨佳, 佐々木歩惟, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 36th　p. 140-141　2010

  167. A Description of a Structure Determination Procedure of a Gap Junction Channel at 3.5A Resolution.

    菅倫寛, 前田将司, 中川宗, 山下栄樹

    日本結晶学会誌　Vol. 51　No. 6　p. 327-333　2009/12/30

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  168. 高精度の異常分散効果の測定より明らかになった事実:酸化型チトクロム酸化酵素の還元中心Fe‐Cu間にはCl-イオンは存在しない

    菅倫寛, 村本和優, 山下栄樹, 望月正雄, 前田和範, 伊藤(新澤)恭子, 吉川信也, 月原冨武

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 23rd　2009/12/10

  169. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 吉村政人, 鈴木守, 長谷川和也, 古川行人, 大畑通, 熊坂崇, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 23rd　2009/12/10

  170. 超巨大タンパク質‐核酸複合体vaultの構造解析

    山下栄樹, 加藤公児, 田中秀明

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 23rd　2009/12/10

  171. X-ray structure analysis of a 10MDa biological macromolecule

    山下栄樹, 加藤公児, 田中秀明

    放射光　Vol. 22　No. 6　p. 284-291　2009/11/30

  172. 鉄硫黄クラスター生合成機構の構造基盤

    矢部俊樹, 海野昌喜, 菊池晶裕, 山下栄樹, 松井敏高, 中井正人, 齋藤正男

    酸化反応討論会講演要旨集　Vol. 42nd　p. 129-131　2009/11/14

  173. ターゲットタンパク研究プログラムの紹介 2.解析部門 高難度蛋白質をターゲットとした放射光X線結晶構造解析技術の開発 微小結晶からのデータ収集のためのデータ処理技術の開発

    中川敦史, 山下栄樹, 吉村政人, 鈴木守

    蛋白質 核酸 酵素　Vol. 54　No. 12　p. 1496-1498　2009/09/10

    Publisher: 共立出版

  174. X-ray Crystal Structure of the Vault, Largest Ribonucleoprotein Particle, with a Molecular Weight of 10 MDa

    田中秀明, 加藤公児, 山下栄樹

    日本結晶学会誌　Vol. 51　No. 3　p. 189-194　2009/06/30

  175. ユビキチンE3リガーゼCblファミリーの標的分子認識の特異性

    竹下浩平, 手塚徹, 野村さつき, 山下栄樹, 鈴木守, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 9th　2009/04/24

  176. 3.5Å分解能でのギャップジャンクションチャネルの構造決定手順

    菅倫寛, 前田将司, 中川宗, 山下栄樹, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 9th　2009/04/24

  177. 緑膿菌多剤排出トランスポーターサブユニットMexAのdisordered domainの結晶構造解析への試み

    原田健一, 松浦孝範, 山下栄樹, 鈴木守, 中江太治, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 9th　2009/04/24

  178. ギャップ結合チャネルのX線結晶構造

    前田将司, 中川宗, 菅倫寛, 山下栄樹, 大嶋篤典, 藤吉好則, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 9th　2009/04/24

  179. 巨大複合体結晶の放射光X線データ測定と処理―巨大超分子の構造に原子レベルで迫る

    山下栄樹, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 9th　2009/04/24

  180. 1YP1-09 Crystal structure of human connexin 26 gap junction channel(1YP1 Early Research in Biophysics Award Candidate Presentations,The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Maeda Shoji, Nakagawa So, Suga Michihiro, Yamashita Eiki, Oshima Atsunori, Fujiyoshi Yoshinori, Tsukihara Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 49　2009

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  181. 1P-010 Structural insight into docking compatibility of heterotyic gap junction channel(Protein:Structure, The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Nakagawa So, Maeda Shoji, Suga Michihiro, Yamashita Eiki, Tsukihara Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 49　2009

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  182. X-ray structural analysis of cytochrome c oxidase in the resting oxidized state at 1.4Å resolution

    MAEDA Kazunori, MURAMOTO Kazumasa, MOCHIZUKI Masao, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, SUGA Michihiro, OHTA Kazuhiro, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 49　No. Supplement 1　2009

  183. Cytochrome c oxidase crystal in the F intermediate state produced by reoxidation

    MURAMOTO Kazumasa, HARADA Rie, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 49　No. Supplement 1　2009

  184. Refined structural analysis of azide ion bound cytochrome c oxidase in the oxidized state

    MURAMOTO Kazumasa, INAOKA Rika, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 49　No. Supplement 1　2009

  185. Cytochrome c Oxidase Structures Facilitating the Four-Electron Reduction of Oxygen in One-Step and the High Proton Pump Efficiency

    OHTA Kazuhiro, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MOCHIZUKI Masao, KANDA Katsumasa, TANIGUCHI Maki, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 49　No. Supplement 1　2009

  186. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(大阪大学蛋白質研究所)BL44XUの現状

    山下栄樹, 鈴木守, 吉村政人, 長谷川和也, 熊坂崇, 古川行人, 大端通, 上野剛, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 22nd　2009

  187. チトクロム酸化酵素のO2還元反応機構

    村本和優, 太田和宏, 前田友子, 伊藤(新澤)恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 35th　p. 25-26　2009

  188. 分子量約1000万の核酸‐タンパク質複合体vaultのX線結晶構造解析

    田中秀明, 加藤公児, 山下栄樹, 住澤知之, 周勇, 姚閔, 岩崎憲治, 吉村政人, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2009　2009

  189. 高精度の異常分散効果の測定により明らかになった事実:酸化型チトクロム酸化酵素の還元中心Fe‐Cu間にCl-イオンは存在しない

    菅倫寛, 村本和優, 山下栄樹, 望月正雄, 前田和範, 伊藤(新澤)恭子, 吉川信也, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2009　2009

  190. 低・中分解能データから引き出される超分子の振るまい―高難度タンパク質複合体の構造解析を目指して―

    山下栄樹

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2009　2009

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  191. X-ray structure of the vault purified from rat liver

    TANAKA Hideaki, KATO Koji, SUMIZAWA Tomoyuki, YAMASHITA Eiki, YOSHIMURA Masato, YONG Zhou, YAO Min, IWASAKI Kenji, TSUKIHARA Tomitake

    生物物理　Vol. 48　No. Supplement 1　2008/12

  192. Structure-Function of the Cytochrome b(6)f Complex

    D. Baniulis, E. Yamashita, H. Zhang, S. S. Hasan, W. A. Cramer

    PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY　Vol. 84　No. 6　p. 1349-1358　2008/11　Book review, literature introduction, etc.

  193. Structural analyses for lipid/protein interactions in bovine heart cytochrome c oxidase

    Yoko Shinzawa-Itoh, Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Hirohito Terada, Tsuyoshi Kurauchi, Yoshiki Tadehara, Akiko Yamasaki, Takashi Sugimura, Sadamu Kurono, Kazuo Tsujimoto, Tsunehiro Mizushimae, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1777　p. S71-S71　2008/07　Research paper, summary (international conference)

  194. X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome c oxidase

    Masao Mochizuki, Isao Tomita, Kazumasa Muramoto, Iyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1777　p. S69-S69　2008/07　Research paper, summary (international conference)

  195. X-ray structure of carbon monoxide at copper site of the dinuclear site of cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Naoki Nakagawa, Maki Taniguchi, Katsumasa Kandy, Yoko Shinzawa-Itoh, Tomoko Maeda, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1777　p. S71-S71　2008/07　Research paper, summary (international conference)

  196. High resolution X-ray diffraction experiment of bovine cytochrome c oxidase

    Michihiro Suga, Kyoko Ito-Shinzawa, Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOENERGETICS　Vol. 1777　p. S68-S68　2008/07　Research paper, summary (international conference)

  197. 2P-057 A target recognition mechanism of human Cb1 family ubiquitin E3 ligase(The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Takeshita Kohei, Tezuka Tohru, Nomura Satsuki, Yamashita Eiki, Suzuki Mamoru, Yamamoto Tadashi, Nakagawa Atsushi

    Seibutsu Butsuri　Vol. 48　p. S83-S84　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  198. 1S6-3 Crystal structural analysis using diffraction intensity data collected from many isomorphous protein crystals(1S6 Cutting edge of protein crystallography with synchrotron radiation,The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Yamashita Eiki

    Seibutsu Butsuri　Vol. 48　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  199. 1P-002 X-ray structure of the vault purified from rat liver(Invited Talk for Early Research in Biophysics Award,Early Research in Biophysics Award)(The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Tanaka Hideaki, Kato Koji, Sumizawa Tomoyuki, Yamashita Eiki, Yoshimura Masato, Yong Zhou, Yao Min, Iwasaki Kenji, Tsukihara Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 48　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  200. 1P-022 Crystal structure of human gap junction channel(The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Maeda Shoji, Suga Michihiro, Nakagawa So, Yamashita Eiki, Oshima Atsunori, Fujiyoshi Yoshinori, Tsukihara Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 48　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  201. X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome c oxidase

    Masao Mochizuki, Isao Tomita, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C287-C288　2008　Research paper, summary (international conference)

  202. X-ray structural analysis of Zinc/Cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase

    Kazumasa Muramoto, Kazunori Maeda, Takeshi Takahashi, Kunio Hirata, Kyoko Shinzawa-Itoh, Tomoko Maeda, Shinji Yoko-o, Eiki Yamashita, Hiroshi Aoyama, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C288-C289　2008　Research paper, summary (international conference)

  203. Structural analysis for lipid/protein interactions in bovine heart cytochrome c oxidase

    Kyoko Shinzawa-Itoh, Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Hirohito Terada, Tsuyosyhi Kurauchi, Yoshiki Tadehara, Akiko Yamasaki, Takashi Sugimura, Sadamu Kurono, Kazuo Tsujimoto, Tsunehiro Mizushima, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C289-C289　2008　Research paper, summary (international conference)

  204. High resolution diffraction experiment of bovine cytochrome c oxidase

    Michihiro Suga, Kyoko Ito-Sinzawa, Hiroshi Aoyama, Kazumasa Muramoto, Eiki Yamashita, Shinya Yoshikawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C370-C370　2008　Research paper, summary (international conference)

  205. X-ray structure of carbon monoxide at copper site of the dinuclear site of cytochrome c oxidase

    Shinya Yoshikawa, Kazumasa Muramoto, Naoki Nakagawa, Maki Taniguchi, Katsumasa Kanda, Kyoko Shinzawa-Itoh, Tomoko Maeda, Eiki Yamashita, Tomitake Tsukihara

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C288-C288　2008　Research paper, summary (international conference)

  206. Refined structural analysis of carbon monoxide and nitric oxide at the dinuclear site of cytochrome c oxidase

    MURAMOTO Kazumasa, NAKAGAWA Naoki, OHTA Kazuhiro, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 48　No. Supplement 1　2008

  207. X-ray structural analysis of zinc/cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase

    MAEDA Kazunori, MURAMOTO Kazumasa, TAKAHASHI Takeshi, MAEDA Tomoko, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 48　No. Supplement 1　2008

  208. High resolution and precise X-ray crystal structure determination of Cyctochrome c Oxidase

    SUGA Michihiro, ITO-SHINZAWA Kyoko, AOYAMA Hiroshi, MURAMOTO Kazumasa, YAMASHITA Eiki, YOSHIKAWA Shinya, TSUKIHARA Tomitake

    生物物理　Vol. 48　No. Supplement 1　2008

  209. IPR beamline for macromolecular assemblies at SPring-8

    Eiki Yamashita, Masato Yoshimura, Mamoru Suzuki, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Shinya Yoshikawa, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　Vol. 64　p. C340-C340　2008　Research paper, summary (international conference)

  210. SPring‐8生体超分子複合体結晶構造解析ビームライン(BL44XU)

    吉村政人, 山下栄樹, 鈴木守, 山本雅貴, 吉川信也, 月原冨武, 中川敦史

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 21st　2007/12/20

  211. SPring‐8生体超分子複合体構造解析ビームライン(BL44XU)の現状

    山下栄樹, 吉村政人, 鈴木守, 熊坂崇, 山本雅貴, 吉川信也, 中川敦史, 月原冨武

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 21st　2007/12/20

  212. シトクロムP450camの結晶構造解析

    櫻井啓介, 島田秀夫, 山下栄樹, 月原冨武

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 21st　2007/12/20

  213. 酸化型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線構造(X-ray structure of fully oxidized state of bovine heart cytochrome c oxidase)

    青山 浩, 村本 和優, 平田 邦夫, 菅 倫寛, 伊藤 恭子[新澤], 山下 栄樹, 吉川 信也, 月原 冨武

    生物物理　Vol. 47　No. Suppl.1　p. S227-S227　2007/11

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  214. 超好熱古細菌Pyrococcus furiosus由来ウイルス様粒子の自己組織化及び耐熱機構について

    秋田総理, CHONG Tee Khoon, 小笠原京子, 田中秀明, 山下栄樹, 宮崎直幸, 難波一徳, 中石雄一郎, 小野泰子, 鈴木守, 月原冨武, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 7th　2007/05/07

  215. Structure of the cytochrome b(6)f complex: Quinone analogue inhibitors as ligands of heme

    W. Cramer, E. Yamashita, H. Zhang, D. Baniulis

    PHOTOSYNTHESIS RESEARCH　Vol. 91　No. 2-3　p. 188-188　2007/02　Research paper, summary (international conference)

  216. 3P098 X-ray structure of fully oxidized state of bovine heart cytochrome c oxidase(Hemeproteins,Poster Presentations)

    Aoyama H., Muramoto K., Hirata K., Suga M., Shinzawa-Itoh K., Yamashita E., Yoshikawa S., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 47　2007

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  217. X-ray structural analysis of catalytic intermediates in bovine heart cytochrome c oxidase

    NABEKURA Hiroyuki, MURAMOTO Kazumasa, MOCHIZUKI Masao, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Tomoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 47　No. Supplement 1　2007

  218. X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome c oxidase

    MOCHIZUKI Masao, TOMITA Isao, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 47　No. Supplement 1　2007

  219. X-ray structural analysis of Zn inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase

    MURAMOTO Kazumasa, MAEDA Kazunori, SHINZAWA-ITOH Kyoko, MAEDA Tomoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 47　No. Supplement 1　2007

  220. X-ray structural analysis of the bovine heart cytochrome c oxidase in the mixed valence state

    TANIGUCHI Maki, MURAMOTO Kazumasa, SHINZAWA-ITOH Kyoko, YAMASHITA Eiki, TSUKIHARA Tomitake, YOSHIKAWA Shinya

    生物物理　Vol. 47　No. Supplement 1　2007

  221. Entry of nuclease E colicins through the BtuB-OmpF translocon

    Onkar Sharma, E. Yamashita, M. V. Zhalnina, S. D. Zakharov, W. A. Cramer

    BIOPHYSICAL JOURNAL　p. 435A-435A　2007/01　Research paper, summary (international conference)

  222. Structure of the cytochrome b6f complex: Mechanism of inhibition by the quinone analogue, NQNO

    Eiki Yamashita, Huamin Zhang, Xiaowei Shi, William A. Cramer

    BIOPHYSICAL JOURNAL　p. 74A-74A　2007/01　Research paper, summary (international conference)

  223. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酸素透過経路のX線構造解析

    村本和優, 伊藤(新澤)恭子, 倉内毅, 青山浩, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 33rd　p. 53-54　2007

  224. ラット肝臓由来vaultのX線結晶構造解析

    田中秀明, 加藤公児, 住澤知之, 吉村政人, 山下栄樹, 岩崎憲治, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 2007　2007

  225. 葉緑体における鉄硫黄クラスター生合成機構の構造生物学

    矢部俊樹, 山下栄樹, 菊池晶裕, 齋藤正男, 中井正人

    生体分子科学討論会講演要旨集　Vol. 34th　p. 82-83　2007

  226. ラット肝臓由来RNA‐蛋白質複合体(ボルト)のX線結晶構造解析

    加藤公児, 田中秀明, 山下栄樹, 藤田千鶴子, 住澤友之, 月原冨武

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 6th　2006/03/31

  227. 超好熱古細菌Pyrococcus furiosus由来ウィルス様粒子の構造解析から予測されるウィルスの進化について

    秋田総理, TEE Khoon Chong, 田中秀明, 宮崎直幸, 難波一徳, 中石雄一郎, 小野泰子, 山下栄樹, 鈴木守, 月原冨武, 中川敦史

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　Vol. 6th　2006/03/31

  228. 2P041 X-ray crystal structural analysis of vault from rat liver(29. Protein structure and dynamics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

    TANAKA Hideaki, KATO Koji, Yamashita Eiki, FUJITA Chizuko, SUMIZAWA Tomoyuki, TSUKIHARA Tomitake

    Seibutsu Butsuri　Vol. 46　No. 2　2006

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  229. 超好熱細菌Pyrococcus furiosus由来ウィルス様粒子のX線結晶構造解析

    秋田総理, 田中秀明, 宮崎直幸, 難波一徳, 小野泰子, 山下栄樹, 鈴木守, 月原冨武, 中川敦史

    日本農芸化学会大会講演要旨集　Vol. 2005　2005/03/05

  230. 3P111 Analysis of the CO-bound structure of cytochrome c oxidase

    Kanda K., Muramoto K., Shinzawa-Itoh K., Yamashita E., Aoyama H., Tukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  231. 3P112 Analysis of the cyanide-bound structure of cytochrome c oxidase in the reduced state

    Ohta K., Muramoto K., Shinzawa-Itoh K., Yamashita E., Aoyama H., Tsukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  232. 3P110 Strategies for collecting high resolution data of bovine heart cytochrome c oxidase

    Aoyama H., Yamashita E., Shinzawa-Itoh K., Yoshikawa S., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  233. 3P113 Structural analysis of the x-ray induced photoreduction of cytochrome c oxidase

    Ido W., Muramoto K., Shinzawa-Itoh K., Yamashita E., Aoyama H., Tsukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  234. 3P016 Improvement of resolution of cytochrome c oxidase crystal using annealing method

    Suga M., Ito-Shinzawa K., Aoyama H., Yamashita E., Yoshikawa S., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  235. 1P028 Crystal Structure of Human T-protein of Glycine Cleavage System

    Okamura-Ikeda K., Hosaka H., Yoshimura M., Yamashita E., Toma S., Nakagawa A., Fujiwara K., Motokawa Y., Taniguchi H.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 45　2005

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  236. 酸化型ウシ心筋チトクロム酸化酵素の活性中心の構造

    青山 浩, 村本 和優, 菅 倫寛, 平田 邦夫, 山下 栄樹, 伊藤 恭子[新沢], 吉川 信也, 月原 冨武

    生物物理　Vol. 44　No. Suppl.1　p. S132-S132　2004/11

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  237. 2P093 Structural refinement of the NO- and CO-coordination in cytochrome c oxidase in the reduced state

    Muramoto K., Aoyama H., Ishida K., Kurauchi T., Aonami S., Yamashita E., ShinzawaItoh K., Tsukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 44　2004

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  238. 3SB06 High resolution structure of cytochrome c oxidase

    Muramoto K., Aoyama H., Yamashita E., Shinzawa-Itoh K., Tsukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 44　2004

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  239. Crystal structure of Tryptophan Synthase a subunit from Escherichiacoli

    K.Nishio, Y.Morimoto, M.Ishiduka, E.Yamashita, K.Ogasawara, K.Yutani, T.Tsukihara

    SPring-8 User Experiment Report　Vol. 12　p. 293-0　2004

  240. Importin‐betaとSREBP‐2の複合体の結晶構造解析

    LEE S J, 関本敏博, 山下栄樹, 名越絵美, 中川敦, 今本尚子, 酒井宏明, 吉村政人, 米田悦啓

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集　Vol. 26th　2003/11/25

  241. 大腸菌多剤排出膜輸送体のX線結晶構造解析

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集　Vol. 26th　2003/11/25

  242. Crystal Structure of Bacterial Multi-Drug Efflux Transporter AcrB

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    日本結晶学会誌　Vol. 45　No. 4　p. 256-261　2003/08/29

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  243. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酸素還元中心のシアン化物結合構造

    村本 和優, 原 正生, 青波 里実, 平田 邦生, 青山 浩, 山下 栄樹, 倉内 毅, 横尾 信次, 伊藤 恭子[新沢], 月原 冨武, 吉川 信也

    生物物理　Vol. 43　No. Suppl.1　p. S82-S82　2003/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  244. ウシ心筋チトクロム酸化酵素Na+/Ca2+結合部位の構造

    村本 和優, 前河 早希, 青波 里実, 平田 邦生, 青山 浩, 山下 栄樹, 横尾 信次, 倉内 毅, 伊藤 恭子[新沢], 月原 冨武, 吉川 信也

    生物物理　Vol. 43　No. Suppl.1　p. S82-S82　2003/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  245. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酸素還元中心付近における酸素透過経路

    村本 和優, 山下 栄樹, 青山 浩, 伊藤 恭子[新沢], 望月 正雄, 櫻井 啓介, 月原 冨武, 吉川 信也

    生物物理　Vol. 43　No. Suppl.1　p. S82-S82　2003/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  246. X線照射による酸化型チトクロム酸化酵素活性中心の構造変化

    青山 浩, 西原 正晴, 村本 和優, 山下 栄樹, 伊藤 恭子[新沢], 吉川 信也, 月原 冨武

    生物物理　Vol. 43　No. Suppl.1　p. S83-S83　2003/08

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  247. Crystal Structure of Bacterial Multi-drug Efflux Transporter AcrB

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    放射光　Vol. 16　No. 4　p. 204-212　2003/07/31

    Publisher: 日本放射光学会

  248. Crystal structure of bacterial multidrug efflux transporter AcrB

    A Yamaguchi, S Murakami, R Nakshima, E Yamashita

    FASEB JOURNAL　Vol. 17　No. 5　p. A1185-A1185　2003/03　Research paper, summary (international conference)

  249. Crystal structure of raat monoamine oxidase A, a transmembrane protein

    Ma J., Yoshimura M., Kubota F., Yamashita E., Nakagawa A., Ito A., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 43　2003

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  250. 大腸菌異物排出トランスポーターAcrBの結晶構造

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    生体膜と薬物の相互作用シンポジウム講演要旨集　Vol. 24th　p. 63-66　2002/11/07

  251. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の酸化還元に伴うHis503のプロトン取り込み機構

    村本和優, 青波里実, 平田邦生, 青山浩, 伊藤(新沢, 恭子, 山下栄樹, 月原冨武, 横尾信次, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 40th　No. Suppl.2　p. S127-S127　2002/11

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  252. 大腸菌多剤排出トランスポーターAcrBの結晶構造

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 40th　No. 2　2002/11

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  253. 呼吸阻害剤(ヘム配位子)結合還元型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析

    村本和優, 石田訓康, 倉内毅, 青山浩, 山下栄樹, 平田邦生, 月原冨武, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 40th　No. Suppl.2　p. S126-S126　2002/11

    Publisher: (一社)日本生物物理学会

  254. 完全酸化型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線回折強度データ収集

    青山浩, 平田邦生, 村本和優, 山下栄樹, 小倉尚志, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也, 月原冨武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 40th　No. 2　2002/11

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  255. ウシ心筋チトクロム酸化酵素サブユニットIIIの役割 酸素透過経路へのDCCD結合構造

    村本和優, 青波里実, 倉内毅, 青山浩, 山下栄樹, 平田邦生, 月原冨武, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 40th　No. 2　2002/11

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  256. 超好熱菌由来のウイルス様粒子の構造解析

    CHONG K T, 中石雄一郎, 万代有美, 小野泰子, 田中秀明, 山下栄樹, 中川敦史, 月原冨武

    情報計算化学生物学会大会論文集　Vol. 3rd　p. 326-327　2002/09/18

  257. 異物排出膜輸送体AcrBのX線結晶構造

    村上聡, 中島良介, 山下栄樹, 山口明人

    生化学　Vol. 74　No. 8　2002/08/25

  258. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の反応機構

    吉川信也, 村本和優, 伊藤恭子, 望月正雄, 青山浩, 山下栄樹, 月原冨武

    生化学　Vol. 74　No. 8　p. 663-663　2002/08/25

    Publisher: (公社)日本生化学会

  259. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の高分解能構造解析の現状

    青山浩, 平田邦夫, 山下栄樹, 月原富武, 岡田英理, 村本和優, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 39th　2001/10

  260. ウシ心筋チトクロム酸化酵素のZn2+,Cd2+金属イオンの結合サイト

    平田邦生, 山下栄樹, 月原冨武, 村本和優, 青波里実, 青山浩, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 39th　2001/10

  261. 還元型ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析によるヘムa側鎖の構造変化

    村本和優, 青波里実, 青山浩, 伊藤(新沢, 恭子, 小倉尚志, 平田邦生, 山下栄樹, 月原冨武, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 39th　2001/10

  262. High resolution strucure analysis of bovine heart cytochrome c oxidase

    Aoyama H., Hirata K., Yamashita E., Tsukihara T., Okada E., Muramoto K., Itoh-Shinzawa K., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 41　2001

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  263. Structural change of heme a side chain revealed by x-ray crystallography of bovine heart cytochrome c oxidase in the reduced state.

    Muramoto K., Aonami S., Aoyama H., Shinzawa-Itoh K., Ogura T., Hirata K., Yamashita E., Akitsu T., Tsukihara T., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 41　2001

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  264. The binding sites of Zn^<2+> and Cd^<2+> in bovine heart cytochrome c oxidase.

    Hirata K., Yamashita E., Tsukihara T., Muramoto K., Aonami S., Aoyama H., Shinzawa-Itoh K, Yoshikawa S

    Seibutsu Butsuri　Vol. 41　2001

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  265. Stractural Biology Topics タバコの自家不和合性に関与するS糖蛋白(S‐RNase)のMAD法を用いたX線結晶構造解析

    井田孝, 佐藤衛, 乗岡茂巳, 崎山文夫, 山下栄樹, 山本雅貴, 熊坂崇

    構造生物学　p. 15-16　2001

  266. 生体超分子複合体構造解析ビームライン(BL44XU)の現状 (高輝度光科学研究センターS)

    中川敦史, 山下栄樹, 月原冨武

    SPring-8利用者情報　Vol. 5　No. 5　p. 340-343　2000/09/18

  267. 生体超分子複合体構造解析ビームライン(SPring‐8)におけるX線結晶構造解析

    山下栄樹, 中川敦史, 山本雅貴, CHONG K T, 松垣直宏, 平田邦生, 大床真美子, 吉川信也, 月原冨武

    生化学　Vol. 72　No. 8　2000/08/25

  268. Proton and water transfer pathways of bovine heart cytochrome C oxidase.

    S Yoshikawa, K Shinzawa-Itoh, K Muramoto, E Yamashita, H Aoyama, T Tsukihara

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　Vol. 220　p. U168-U168　2000/08　Research paper, summary (international conference)

  269. X-ray Crystal Structure of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase.

    山下栄樹, 月原冨武

    生物物理　Vol. 40　No. 1　p. 5-12　2000/02

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  270. Crystallization of 70 S ribosome from the hyperthermophilic bacterium, Pyrococcus furiosus

    Tanaka H., Yamashita E., Chong K.T., Matsugaki N., Nakaishi Y., Michinomae M., Uritani M., Yamato M., Ishino Y., Nakagawa A., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  271. X-ray structural refinement of cytochrome c oxidase at 2.0Å resolution by analysis of amino acid side-chain.

    Odoko M., Nakashima R., Mizushima T., Yao M., Yamashita E., Shinzawa-Itoh K., Yoshikawa S., Tsukihara T.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  272. Functions of the big water cluster in bovine heart cytochrome c oxidase.

    Odoko M., Yamashita E., Tsukihara T., Muramoto K., Itoh-Shinzawa K., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  273. Pathway for protonn translocation in cytochrome c oxidase : Comparison of bovine and P. denitrificans enzymes.

    Aonami s., Muramoto K., Liveu Clare Peters, Yamashita E., Yao M., Mizushima T., Tsukihara T., Itoh-Shinzawa K., Nakashima R., Odoko M., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  274. チトクロム酸化酵素の結晶構造解析

    山下 栄樹

    日本結晶学会誌　Vol. 42　p. 32-32　2000

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  275. Data collection of bovine heart cytochrome c oxidase at 1.8Å resolution

    Aoyama H., Hirata K., Yamashita E., Tsukihara T., Kato H., Odoko M., Muramoto K., Itoh-Shinzawa K., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  276. The crystals of bovine heart cytochrome c oxidase in catalytic cycle.

    Muramoto K., Ogura T., Aoyama H., Yamashita E., Tsukihara T., Itoh-Shinzawa K., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  277. The crystal structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase in catalytic cycle

    Yamashita E, Hirata K., Tsukihara T., Aoyama H., Muamoto K., Itoh-Sinzawa K., Yoshikawa S.

    Seibutsu Butsuri　Vol. 40　2000

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  278. チトクロム酸化酵素中の水の構造と機能

    大床真美子, 中島良介, 村本和優, 伊藤, 新沢恭子, 吉川信也, YAO M, 水島恒裕, 山下栄樹, 月原冨武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 37th　1999/09/02

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  279. チトクロム酸化酵素の水分子を捉える

    月原冨武, 中島良介, 大床真美子, ちょう びん, 水島恒裕, 山下栄樹, 伊藤, 新沢恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 37th　1999/09/02

    Publisher: 一般社団法人 日本生物物理学会

  280. チトクロム酸化酵素のプロトン輸送経路 サブユニットI内のHチャネルの解析

    村本和優, LIBEU C P, 山下栄樹, YAO M, 水島恒裕, 月原冨武, 伊藤, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 37th　1999/09/02

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  281. Construction of Macromolecular Assemblies (BL44XU).

    山下栄樹, 月原冨武

    SPring-8利用者情報　Vol. 4　No. 4　p. 28-30　1999/07/15

  282. チトクロムc酸化酵素における酸素還元・プロトン輸送機構析

    月原冨武, 中島良介, 大床真美子, よう びん, 水島恒裕, 山下栄樹, 伊藤, 新沢恭子, 八百野リエ子, 吉川信也

    生体分子科学討論会講演要旨集　Vol. 26th　p. 22-23　1999/07

  283. SPring‐8における蛋白質結晶構造解析 多波長異常分散法に最適化したBL45XU(理研ビームラインI)

    熊坂崇, 山本雅貴, 山下栄樹, 森山英明, 植木龍夫

    スーパーコンピュータと専用計算機における計算科学講演要旨集　Vol. 1999　p. 45-46　1999/03/16

  284. ウシ心筋のチトクロム酸化酵素の高分解能回折強度測定

    平田邦生, 中島良介, 水島恒裕, 山下栄樹, YAO M, 月原冨武, 村本和優, 新沢‐伊藤恭子, 吉川信也

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 12th　1999/01/07

  285. SPring‐8理研ビームラインに於ける4×4配列型CCD素子X線検出器の評価実験

    鈴木昌世, 山本雅貴, 熊坂崇, 佐藤一道, 豊川秀訓, 山下栄樹, 森山英明, 植木龍夫

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 12th　1999/01/07

  286. 低温酸化型チトクロム酸化酵素の2.0Å分解能での構造精密化

    大床真美子, 中島良介, 伊藤, 新沢恭子, 八百野リエ子, 吉川信也, よう びん, 水島恒裕, 山下栄樹, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1998　p. 35-35　1998/11

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  287. ウシ心筋チトクロムc酸化酵素のアジド結合型の2.9Å結晶構造解析

    費明潔, 山下栄樹, 井上典子, よう びん, 青山浩, 富崎孝司, 月原冨武, 中島良介, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1998　p. 34-34　1998/11

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  288. 理研ビームラインIでのMAD法

    熊坂崇, 山本雅貴, 山下栄樹, 森山英明, 植木龍夫

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1998　p. 119-119　1998/11

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  289. Conservation of the Proton Pump in Eukaryotic Cytochrome c oxidases

    Yamashita Eiki, Clare Peters Libeu, Itoh-Shinzawa Kyoko, Nakashima Ryousuke, Yaono Rieko, Yoshikawa Shinya, Min Yao, Inoue Noriko, Aoyama Hiroshi, Yamaguchi Hiroshi, Tomizaki Takashi, Tsukihara Tomitake

    Biophysics　Vol. 38　No. 2　1998/09/07

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  290. Structural organization of bovine heart cytochrome c oxidase.

    山下栄樹, 海野昌喜, 水島恒裕, 井上典子, 青山浩, 富崎孝司, 山口宏, 八百野リエ子, 吉川信也

    タンパク質構造討論会講演要旨集　Vol. 49th　1998/09

  291. 膜蛋白質複合体チトクロム酸化酵素結晶の急速凍結法

    中島良介, 伊藤(新沢)恭子, 八百野リエ子, 吉川信也, 山下栄樹, 水島恒裕, 月原富武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　1998/09

  292. 真核生物におけるチトクロム酸化酵素のプロトン輸送機構の普遍性

    山下栄樹, LIBEU C P, 伊藤(新沢)恭子, 中島良介, 八百野リエ子, 吉川信也, MIN Y, 井上典子, 月原冨武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　1998/09

  293. 膜蛋白質複合体中に含まれるリン脂質の立体構造

    水島恒裕, MIN Y, 井上典子, 青山浩, 山下栄樹, 山口宏, 月原冨武, 中島良介, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　1998/09

  294. 膜蛋白質複合体,チトクロム酸化酵素の構造形成機構

    山下栄樹, 水島恒裕, YAO M, LEE S J, 青山浩, 月原冨武, 中島良介, 新沢(伊藤)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　1998/09

  295. 水素イオン輸送におけるメチオニンの役割

    YAO M, 山下栄樹, 月原冨武, 伊藤(新沢)恭子, LIBEU C P, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　1998/09

  296. シアン結合型ウシ心筋チトクロム酸化酵素の結晶構造

    村本和優, 山下栄樹, YAO M, 青山浩, 富崎孝司, 月原冨武, 中島良介, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 36th　No. 2　1998/09

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  297. 理研ビームラインI・蛋白質結晶構造解析ステーション

    山本雅貴, 熊坂崇, 山下栄樹, 森山英明, 植木龍夫

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　Vol. 11th　1998/01/09

  298. Organism micro structure analysis ( Osaka Univ. ) beam line (BL44IN).

    山下栄樹

    構造生物学 平成10年　1998

  299. The crystal structure of oxidized from Cytochrome c Oxidase at 2.3 A resolution

    INOUE N., MIZUSHIMA T., YAO Min, MING JIE Fei, YAMASHITA E., YAMAGUCHI H., TOMIZAKI T., TSUKIHARA T., NAKASHIMA R., ITOH-SHINZAWA K., YAONO R., YOSHIKAWA S.

    Biophysics　Vol. 37　1997/10

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  300. Crystalstructures of reduced, CO and cryo Cytochrome c Oxidase

    MIZUSHIMA T., INOUE N., YAO Min, FEI Ming Jie, YAMASHITA E., TOMIZAKI T., SAKAI H., YAMAGUCHI H., TSUKIHARA T., NAKASHIMA R., SHINZAWA-ITOH K., YAONO R., YOSHIKAWA S.

    Biophysics　Vol. 37　1997/10

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  301. 六方晶及び正方晶のウシ心筋チトクロム酸化酵素の結晶構造解析

    LEE S J, 福本義久, 阿部敏雄, 山下栄樹, 月原冨武, 伊藤, 新沢恭子, 山下博久, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 35th　1997/09

  302. ウシ心筋チトクロム酸化酵素の低温結晶のX線回折実験

    中島良介, 伊藤, 新沢恭子, 八百野リエ子, 吉川信也, 山下栄樹, 水島恒裕, 井上典子, 酒井宏明, 月原冨武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 35th　1997/09

  303. Exclusive beam line. Outline of the biological supramolecular structure analysis ( Osaka Univ. ) beam line (BL44XU). ( High Intensity Light Science Research Center S ).

    月原冨武, 山下栄樹

    SPring-8利用者情報　Vol. 2　No. 5　p. 28-31　1997/09

  304. 酸化型チトクロムc酸化酵素2.3Å分解能結晶構造解析

    井上 典子, Min Yao, 山下 栄樹, 山口 宏, 富崎 孝司, 月原 冨武, 中島 良介, 伊藤-新沢 恭子, 八百野 リエ子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 39　p. 167-167　1997

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  305. A mechanism of Cytochrome c Oxidase Proposed by the Crystal Structures at Different Oxidation and Ligand Binding States

    TSUKIHARA Tomitake, AOYAMA Hiroshi, YAMASHITA Eiki, TOMIZAKI Takashi, YAMAGUCHI Hiroshi, SHINZAWA ITOH Kyoko, NAKASHIMA Ryosuke, YAONO Rieko, YOSHIKAWA Shinya

    Vol. 45　1996/12/01

  306. 還元型ウシ心筋チトクロムc酸化酵素のX線結晶構造解析

    山下栄樹, 井上典子, 山口宏, 富崎孝司, 青山宏, 月原冨武, 中島良介, 伊藤(新沢)恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 34th　1996/10

  307. チトクロム酸化酵素の還元型及び各種リガンド結合型の結晶の調製

    中島良介, 伊藤(新沢)恭子, 八百野リエ子, 吉川信也, 青山浩, 山下栄樹, 富崎孝司, 山口宏, 月原富武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 34th　1996/10

  308. The 7th Workshop on Neutron Crystallography in Biology.

    中迫雅由, 中川敦史, 唐沢裕子, 岩田豊, 野田幸男, 山口泰男, 小泉智, 山田和芳, 山下栄樹

    日本原子力研究所JAERI-Conf　1996/02

  309. 還元型チトクロム酸化酵素の構造精密化

    山下 栄樹, 井上 典子, 山口 宏, 富崎 孝司, 青山 浩, 月原 冨武, 中島 良介, 八百野 リエ子, 新沢 恭子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 38　p. 130-130　1996

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  310. チトクロムc酸化酵素中のリン脂質の構造と機能

    月原 冨武, 山下 栄樹, 井上 典子, 山口 宏, 富崎 孝司, 青山 浩, 中島 良介, 伊藤―新沢 恭子, 八百野 リエ子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 38　p. 132-132　1996

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  311. CO型チトクロムc酸化酵素のX線結晶構造解析

    井上 典子, 山下 栄樹, 山口 宏, 富崎 孝司, 青山 浩, 月原 冨武, 中島 良介, 伊藤―新沢 恭子, 八百野 リエ子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 38　p. 131-131　1996

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  312. 酸化型チトクロム酸化酵素の構造精密化

    山口 宏, 山下 栄樹, 井上 典子, 富崎 孝司, 青山 浩, 月原 冨武, 中島 良介, 伊藤 一新, 沢 恭子, 八百野 リエ子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 38　p. 129-129　1996

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  313. チトクロム酸化酵素の膜貫通へリックスの傾きを決定する因子

    海野 昌喜, 山下 栄樹, 富崎 孝司, 山口 宏, 月原 冨武, 中島 良介, 伊藤-新沢 恭子, 八百野 リエ子, 吉川 信也

    日本結晶学会誌　Vol. 38　p. 133-133　1996

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  314. Crystal structure of the 13 subunit heart cytochrome C oxidase.

    H ShinzawaItoh, T Tsukihara, H Aoyama, E Yamashita, T Tomizaki, H Yamaguchi, R Nakashima, R Yaono, S Yoshikawa

    PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY　Vol. 65　p. PA111-PA111　1996　Research paper, summary (international conference)

  315. ウシ心筋のチトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析

    富崎孝司, 青山浩, 山下栄樹, 山口宏, 月原冨武, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1995　p. 84-84　1995/10

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  316. ウシ心筋のチトクロム酸化酵素のX線結晶解析 活性中心及び26サブユニットの構造

    山下栄樹, 富崎孝司, 青山浩, 山口宏, 月原冨武, 中島良介, 八百野リエ子, 新沢恭子, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1995　p. 135-135　1995/10

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  317. ウシ心筋のチトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析 回折強度データ収集

    青山浩, 山下栄樹, 富崎孝司, 山口宏, 月原冨武, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1995　p. 83-83　1995/10

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  318. Tertialy and quartanary structure of bovine heart cytochrome c oxidase.

    青山浩, 山下栄樹, 富崎孝司, 山口宏, 月原富武, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 33rd　1995/08

  319. Structure of activity center of cattle heart muscle cytochrome oxydase.

    中島良介, 伊藤恭, 八百野リエ子, 吉川信也, 青山浩, 山下栄樹, 富崎孝司, 山口寛, 月原富武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 33rd　1995/08

  320. The data processing of supramacromoleclar.

    富崎孝司, 青山浩, 山下栄樹, 月原冨武, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 33rd　1995/08

  321. Phase deteremination of bovine heart cytochrome c oxidase at high resolution.

    山下栄樹, 青山浩, 富崎孝司, 月原富武, 新沢恭子, 中島良介, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 33rd　1995/08

  322. Crystallization of film protein complex.

    新沢恭子, 中島良介, 八百野リエ子, 吉川信也, 青山浩, 山下栄樹, 富崎孝史, 月原富武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 33rd　1995/08

  323. On X-ray diffraction deta processing method of supramolecular complex crystal. DENZO and WEIS.

    富崎孝司, 山下栄樹, 青山浩, 内藤久志, 森本幸生, 月原冨武

    日本結晶学会年会講演要旨集　Vol. 1994　p. 112-112　1994/11

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  324. Crystallization of Cytochrome Oxidase.

    伊藤(新沢)恭子, 八百野リエ子, 中島良介, 吉川信也, 青山浩, 山下栄樹, 月原冨武

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 32nd　1994/09

  325. Biological Supramolecular Crystallography.

    山下栄樹, 月原冨武

    日本結晶学会誌　Vol. 36　No. 4　p. 294-296　1994/08

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

  326. Development of Molecular Replacement Method for Strructure Analysis of Biological Macromolecular Assemblies.

    山下栄樹, 青山浩, 森本幸生, 月原冨武, 新沢恭子, 吉川信也

    日本化学会講演予稿集　Vol. 67th　No. 1　1994/03

  327. Crystal Structure Analysis of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase at Low Resolution.

    青山浩, 山下栄樹, 富崎孝司, 森本幸生, 月原冨武, 伊藤(新沢)恭子, 八百野リエ子, 吉川信也

    生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 20th　p. 104-105　1994

  328. Crystal structure of bovine heart cytochrome c oxidase.

    山下栄樹, 青山浩, 森本幸生, 月原冨武, 伊藤恭子, 吉川信也

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 31st　1993/09

  329. X-ray Crystal Structural Analysis of Biological Assembly.

    月原富武, 森本幸生, 山下栄樹

    蛋白質 核酸 酵素　Vol. 38　No. 7　p. 1247-1253　1993/05

  330. Crystallization and crystallographic structure of bovine heart cytochrome c oxidase.

    吉川信也, 新沢恭子, 青山浩, 山下栄樹, 月原富武, 佐藤文乃, 豊島近

    生体エネルギー研究会討論会講演要旨集　Vol. 19th　p. 32-33　1993

  331. ミトコンドリア呼吸鎖電子伝達複合体の結晶化

    新沢恭子, 吉川信也, 青山浩, 山下栄樹, 森本幸夫, 月原富武, 久保田智巳, 河本正秀, 松原央

    日本生物物理学会年会講演予稿集　Vol. 30th　1992/10

  332. チトクローム酸化酵素の低分解能結晶構造解析

    山下栄樹, 福本義久, 森本幸生, 月原冨武, 新沢恭子, 吉川信也

    日本化学会講演予稿集　Vol. 63rd　No. 1　1992/03

Industrial Property Rights 1

  1. 球状粒子を形成する新規タンパク質、及びそのタンパク質をコードする新規遺伝子

    中川 敦史, 山下 栄樹, 田中 秀明, 月原 冨武, 石野 良純

    出願日:2003/01/31

Institutional Repository 2

Content Published in the University of Osaka Institutional Repository (OUKA)

  1. Crystal structure of the cytoplasmic phosphatase and tensin homolog (PTEN)-like region of Ciona intestinalis voltage-sensing phosphatase provides insight into substrate specificity and redox regulation of the phosphoinositide phosphatase activity

    Matsuda Makoto, Takeshita Kohei, Kurokawa Tatsuki, Sakata Souhei, Suzuki Mamoru, Yamashita Eiki, Okamura Yasushi, Nakagawa Atushi

    Vol. 286　No. 26　p. 23368-23377　2011/07

  2. The Whole Structure of the 13-Subunit Oxidized Cytochrome c Oxidase from Bovine Heart at 2.8 Å Resolution

    Yamashita Eiki