研究者総覧 - 大阪大学

中村　昇太

Nakamura Syouta

微生物病研究所，准教授

keyword 微生物叢解析，メタゲノム解析，ゲノム解析，構造生物学，バイオインフォマティクス

学歴

～ 2006年，大阪大学，大学院薬学研究科，分子薬科学専攻博士後期課程修了
～ 2003年，大阪大学，大学院薬学研究科，分子薬化学専攻博士前期課程修了
～ 2001年，広島大学，理学部，化学科卒業

経歴

2023年01月～継続中，大阪大学，微生物病研究所遺伝情報実験センター感染症メタゲノム研究分野，准教授
2016年04月～ 2022年12月，大阪大学微生物病研究所，感染症国際研究センター病原体同定研究グループ，特任准教授（常勤）
2011年～ 2016年，大阪大学微生物病研究所，遺伝情報実験センターゲノム情報解析分野，助教
2006年～ 2011年，大阪大学微生物病研究所，日本・タイ感染症共同研究センターバイオインフォマティクス部門，特任助教（常勤）

研究内容・専門分野

ライフサイエンス，衛生学、公衆衛生学分野：実験系を含む
ライフサイエンス，ゲノム生物学
ライフサイエンス，感染症内科学
ライフサイエンス，細菌学
ライフサイエンス，構造生物化学

所属学会

日本結核・非結核性抗酸菌症学会
日本分子生物学会
日本ウイルス学会
日本細菌学会
日本結晶学会

論文

IncA/C plasmid encoding blaCTX-M-55 in non-O1 Vibrio cholerae isolates from the edible river fish Mastacembelus sp.，Takahiro Yamaguchi,Michio Jinnai,Doan Tran Nguyen Minh,Oanh Nguyen Hoang,Hien Le Thi,Phong Ngo Thanh,Phuong Hoang Hoai,Phuc Nguyen Do,Chinh Dang Van,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yuko Kumeda,Atsushi Hase,Tatsuya Nakayama，Microbiology resource announcements，Vol. 13，No. 3，2024年03月12日，研究論文（学術雑誌）
Dysbiosis of gut microbiota in patients with severe COVID-19.，Kentaro Shimizu,Haruhiko Hirata,Natsuko Tokuhira,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Akiko Ueda,Jotaro Tachino,Moe Koide,Akinori Uchiyama,Hiroshi Ogura,Jun Oda，Acute medicine & surgery，Vol. 11，No. 1，2024年，研究論文（学術雑誌）
Detection of chromosome-mediated blaNDM-1-carrying Aeromonas spp. in the intestinal contents of fresh water river fish in Ho Chi Minh City, Vietnam.，Takahiro Yamaguchi,Masaharu Yokota,Michio Jinnai,Doan Tran Nguyen Minh,Oanh Nguyen Hoang,Hien Le Thi,Phong Ngo Thanh,Phuong Hoang Hoai,Phuc Nguyen Do,Chinh Dang Van,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Ryuji Kawahara,Yuko Kumeda,Atsushi Hase,Tatsuya Nakayama，Marine pollution bulletin，Vol. 198，p. 115812-115812，2024年01月，研究論文（学術雑誌）
The UDP-glucose/P2Y14 receptor axis promotes eosinophil-dependent large intestinal inflammation.，Li Liu,Takayoshi Ito,Bo Li,Haruka Tani,Daisuke Okuzaki,Daisuke Motooka,Hazuki Miyazaki,Takayuki Ogino,Shota Nakamura,Kiyoshi Takeda,Hisako Kayama，International immunology，2023年12月18日，研究論文（学術雑誌）
Non-tuberculosis Mycobacterial Pulmonary Disease Caused by Mycobacterium kiyosense, a New Species.，Kotaro Yamada,Takafumi Koyauchi,Koshi Yokomura,Taiga Fujita,Hiroki Sugiyama,Ryo Shimota,Nobuhiro Shimura,Yuki Matsumoto,Shota Nakamura,Kinuyo Chikamatsu,Satoshi Mitarai,Takafumi Suda，Internal medicine (Tokyo, Japan)，2023年11月13日，研究論文（学術雑誌）
Analysis of gut microbiome, host genetics, and plasma metabolites reveals gut microbiome-host interactions in the Japanese population.，Yoshihiko Tomofuji,Toshihiro Kishikawa,Kyuto Sonehara,Yuichi Maeda,Kotaro Ogawa,Shuhei Kawabata,Eri Oguro-Igashira,Tatsusada Okuno,Takuro Nii,Makoto Kinoshita,Masatoshi Takagaki,Kenichi Yamamoto,Noriko Arase,Mayu Yagita-Sakamaki,Akiko Hosokawa,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Shiro Ohshima,Shota Nakamura,Manabu Fujimoto,Hidenori Inohara,Haruhiko Kishima,Hideki Mochizuki,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Yukinori Okada，Cell reports，p. 113324-113324，2023年10月30日，研究論文（学術雑誌）
Fungal dysbiosis and decreased tear mucin at the conjunctiva in patients with conjunctival mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma，Kazunobu Asao,Noriyasu Hashida,Daisuke Motooka,Teruhisa Tsukamoto,Shota Nakamura,Kazuichi Maruyama,Kohji Nishida，BMJ Open Ophthalmology，BMJ，Vol. 8，No. 1，p. e001360-e001360，2023年09月30日，研究論文（学術雑誌）
Changes in salivary microbiota due to gastric cancer resection and its relation to gastric fluid microbiota.，Eri Komori,Nahoko Kato-Kogoe,Yoshiro Imai,Shoichi Sakaguchi,Kohei Taniguchi,Michi Omori,Mayu Ohmichi,Shota Nakamura,Takashi Nakano,Sang-Woong Lee,Takaaki Ueno，Scientific reports，Vol. 13，No. 1，p. 15863-15863，2023年09月22日，研究論文（学術雑誌）
Alteration of microbial composition in the skin and blood in vasculitis.，Ryujin Miyata,Chie Miyabe,Hiroya Oki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshishige Miyabe,Yuko Takenaka,Yasuko Fukuya,Kazuo Yudo,Naoko Ishiguro，Scientific reports，Vol. 13，No. 1，p. 15317-15317，2023年09月15日，研究論文（学術雑誌）
A cell wall synthase accelerates plasma membrane partitioning in mycobacteria.，Takehiro Kado,Zarina Akbary,Daisuke Motooka,Ian L Sparks,Emily S Melzer,Shota Nakamura,Enrique R Rojas,Yasu S Morita,M Sloan Siegrist，eLife，Vol. 12，2023年09月04日，研究論文（学術雑誌）
Comparative evaluation of 16S rRNA metagenomic sequencing in the diagnosis and understanding of bacterial endophthalmitis.，Kazunobu Asao,Noriyasu Hashida,Kazuichi Maruyama,Daisuke Motooka,Teruhisa Tsukamoto,Yoshihiko Usui,Shota Nakamura,Kohji Nishida，BMJ open ophthalmology，Vol. 8，No. 1，2023年09月01日，研究論文（学術雑誌）
Adult-onset botulism in a Japanese woman with prolonged spore excretion.，Keigo Kihara,Yuta Kajiyama,Yasuyoshi Kimura,Shuhei Okazaki,Naoya Esa,Ryosuke Nobe,Kentaro Shimizu,Kiyoshi Ohno,Daisuke Motooka,Takuhiro Matsumura,Takeshi Shimazu,Shota Nakamura,Yukako Fujinaga,Hideki Mochizuki，Journal of infection and chemotherapy : official journal of the Japan Society of Chemotherapy，2023年08月18日，研究論文（学術雑誌）
Multiple mutations of Mycobacterium intracellulare subsp. chimaera causing false-negative reaction to the transcription-reverse transcription concerted method for pathogen detection.，Atsushi Togawa,Kinuyo Chikamatsu,Akiko Takaki,Yuki Matsumoto,Michinobu Yoshimura,Shigeo Tsuchiya,Shota Nakamura,Satoshi Mitarai，International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases，Vol. 133，p. 14-17，2023年08月，研究論文（学術雑誌）
Sialylation shapes mucus architecture inhibiting bacterial invasion in the colon.，Mugen Taniguchi,Ryu Okumura,Takahisa Matsuzaki,Ayaka Nakatani,Kei Sakaki,Shota Okamoto,Airi Ishibashi,Haruka Tani,Momoka Horikiri,Naritaka Kobayashi,Hiroshi Y Yoshikawa,Daisuke Motooka,Daisuke Okuzaki,Shota Nakamura,Toshiyuki Kida,Akihiko Kameyama,Kiyoshi Takeda，Mucosal immunology，Vol. 16，No. 5，p. 624-641，2023年07月13日，研究論文（学術雑誌）
Reconstruction of the personal information from human genome reads in gut metagenome sequencing data.，Yoshihiko Tomofuji,Kyuto Sonehara,Toshihiro Kishikawa,Yuichi Maeda,Kotaro Ogawa,Shuhei Kawabata,Takuro Nii,Tatsusada Okuno,Eri Oguro-Igashira,Makoto Kinoshita,Masatoshi Takagaki,Kenichi Yamamoto,Takashi Kurakawa,Mayu Yagita-Sakamaki,Akiko Hosokawa,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Shiro Ohshima,Shota Nakamura,Hidenori Inohara,Haruhiko Kishima,Hideki Mochizuki,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Yukinori Okada，Nature microbiology，Vol. 8，No. 6，p. 1079-1094，2023年06月，研究論文（学術雑誌）
Genetic and phenotypic analyses of mcr-harboring extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli isolates from companion dogs and cats in Japan.，Mayo Yasugi,Shingo Hatoya,Daisuke Motooka,Daisuke Kondo,Hideo Akiyoshi,Masayuki Horie,Shota Nakamura,Terumasa Shimada，Veterinary microbiology，Vol. 280，p. 109695-109695，2023年05月01日，研究論文（学術雑誌）
Tuberculostearic Acid Controls Mycobacterial Membrane Compartmentalization.，Malavika Prithviraj,Takehiro Kado,Jacob A Mayfield,David C Young,Annie D Huang,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,M Sloan Siegrist,D Branch Moody,Yasu S Morita，mBio，Vol. 14，No. 2，2023年04月25日，研究論文（学術雑誌）
Seasonal variations in gut microbiota and disease course in patients with inflammatory bowel disease.，Mizuki Tani,Shinichiro Shinzaki,Akiko Asakura,Taku Tashiro,Takahiro Amano,Yuriko Otake-Kasamoto,Takeo Yoshihara,Shunsuke Yoshii,Yoshiki Tsujii,Yoshito Hayashi,Takahiro Inoue,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hideki Iijima,Tetsuo Takehara，PloS one，Vol. 18，No. 4，2023年04月18日，研究論文（学術雑誌）
高齢者男性の血中テストとステロン値に関係する腸内細菌叢の検討(Gut Microbiome corelated with Blood Testosterone Levels in Elderly Men)，藤田和利,松下慎,波多野浩士,秦淳也,吉山あずさ,兼平貢,西本光寿,福原慎一郎,南高文,中村昇太,吉村一宏,野々村祝夫,植村天受，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 110回，p. AOP01-04，2023年04月
Impact of G29179T mutation on two commercial PCR assays for SARS-CoV-2 detection，Wakaki Kami,Takeshi Kinjo,Hiroe Hashioka,Wakako Arakaki,Kohei Uechi,Ami Takahashi,Hiroya Oki,Kentaro Tanaka,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masashi Nakamatsu,Shiro Maeda,Kazuko Yamamoto,Jiro Fujita，Journal of Virological Methods，Vol. 314，2023年04月01日，研究論文（学術雑誌）
Gut dysbiosis is associated with aortic aneurysm formation and progression in Takayasu arteritis.，Yusuke Manabe,Tomohiko Ishibashi,Ryotaro Asano,Shuichi Tonomura,Yuichi Maeda,Daisuke Motooka,Jin Ueda,Masahiro Yanagawa,Yuko Edamoto-Taira,Tomomi Chikaishi-Kirino,Takeshi Masaki,Tadakatsu Inagaki,Shota Nakamura,Yoshinori Katada,Makoto Okazawa,Masashi Narazaki,Takeshi Ogo,Atsushi Kumanogoh,Yoshikazu Nakaoka，Arthritis research & therapy，Vol. 25，No. 1，p. 46-46，2023年03月24日，研究論文（学術雑誌）
MGIT-seq for the Identification of Nontuberculous Mycobacteria and Drug Resistance: a Prospective Study.，Kiyoharu Fukushima,Yuki Matsumoto,Takanori Matsuki,Haruko Saito,Daisuke Motooka,Sho Komukai,Eriko Fukui,June Yamuchi,Tadayoshi Nitta,Takayuki Niitsu,Yuko Abe,Hiroshi Nabeshima,Yasuharu Nagahama,Takuro Nii,Kazuyuki Tsujino,Keisuke Miki,Seigo Kitada,Atsushi Kumanogoh,Shizuo Akira,Shota Nakamura,Hiroshi Kida，Journal of clinical microbiology，Vol. 61，No. 4，2023年03月22日，研究論文（学術雑誌）
Rapid and Comprehensive Identification of Nontuberculous Mycobacteria.，Yuki Matsumoto,Shota Nakamura，Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)，Vol. 2632，p. 247-255，2023年02月14日，研究論文（学術雑誌）
Genomic repertoires linked with pathogenic potency of arthritogenic Prevotella copri isolated from the gut of patients with rheumatoid arthritis.，Takuro Nii,Yuichi Maeda,Daisuke Motooka,Mariko Naito,Yuki Matsumoto,Takao Ogawa,Eri Oguro-Igashira,Toshihiro Kishikawa,Makoto Yamashita,Satoshi Koizumi,Takashi Kurakawa,Ryu Okumura,Hisako Kayama,Mari Murakami,Taiki Sakaguchi,Bhabatosh Das,Shota Nakamura,Yukinori Okada,Atsushi Kumanogoh,Kiyoshi Takeda，Annals of the rheumatic diseases，BMJ，Vol. 82，No. 5，p. 621-629，2023年01月10日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of Oral Microbiota Following Chemotherapy in Patients With Hematopoietic Malignancies.，Michi Omori,Nahoko Kato-Kogoe,Shoichi Sakaguchi,Eri Komori,Kazuya Inoue,Kayoko Yamamoto,Wataru Hamada,Tomoyoshi Hayase,Tomoyuki Tano,Shota Nakamura,Takashi Nakano,Hidenori Une,Takaaki Ueno，Integrative cancer therapies，Vol. 22，p. 1.53474E+16-1.53474E+16，2023年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Prokaryotic and viral genomes recovered from 787 Japanese gut metagenomes revealed microbial features linked to diets, populations, and diseases.，Yoshihiko Tomofuji,Toshihiro Kishikawa,Yuichi Maeda,Kotaro Ogawa,Yuriko Otake-Kasamoto,Shuhei Kawabata,Takuro Nii,Tatsusada Okuno,Eri Oguro-Igashira,Makoto Kinoshita,Masatoshi Takagaki,Naoki Oyama,Kenichi Todo,Kenichi Yamamoto,Kyuto Sonehara,Mayu Yagita,Akiko Hosokawa,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Shiro Ohshima,Shinichiro Shinzaki,Shota Nakamura,Hideki Iijima,Hidenori Inohara,Haruhiko Kishima,Tetsuo Takehara,Hideki Mochizuki,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Yukinori Okada，Cell genomics，Vol. 2，No. 12，p. 100219-100219，2022年12月14日，研究論文（学術雑誌）
Localization and potential role of prostate microbiota，Koichi Okada,Kentaro Takezawa,Go Tsujimura,Takahiro Imanaka,Sohei Kuribayashi,Norichika Ueda,Koji Hatano,Shinichiro Fukuhara,Hiroshi Kiuchi,Kazutoshi Fujita,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshihisa Koyama,Shoichi Shimada,Norio Nonomura，Frontiers in Cellular and Infection Microbiology，Frontiers Media SA，Vol. 12，p. 1048319-1048319，2022年12月07日，研究論文（学術雑誌）
Prolonged gut microbial alterations in post-transplant survivors of allogeneic haematopoietic stem cell transplantation.，Akihisa Hino,Kentaro Fukushima,Shinsuke Kusakabe,Tomoaki Ueda,Takao Sudo,Jiro Fujita,Daisuke Motooka,Aya K Takeda,Natsuko O Shinozaki,Satoshi Watanabe,Takafumi Yokota,Hirohiko Shibayama,Shota Nakamura,Naoki Hosen，British journal of haematology，Vol. 201，No. 4，p. 725-737，2022年12月05日，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic analysis of diarrheal stools in Kolkata, India, indicates the possibility of subclinical infection of Vibrio cholerae O1，Eizo Takahashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shin-ichi Miyoshi,Goutam Chowdhury,Asish K. Mukhopadhyay,Shanta Dutta,Daichi Morita,Tetsuya Iida,Keinosuke Okamoto，Scientific Reports，Springer Science and Business Media LLC，Vol. 12，No. 1，p. 19473-19473，2022年11月14日，研究論文（学術雑誌）
Structural basis for the toxin-coregulated pilus–dependent secretion of Vibrio cholerae colonization factor，Hiroya Oki,Kazuki Kawahara,Minato Iimori,Yuka Imoto,Haruka Nishiumi,Takahiro Maruno,Susumu Uchiyama,Yuki Muroga,Akihiro Yoshida,Takuya Yoshida,Tadayasu Ohkubo,Shigeaki Matsuda,Tetsuya Iida,Shota Nakamura，Science Advances，American Association for the Advancement of Science (AAAS)，Vol. 8，No. 41，2022年10月14日，研究論文（学術雑誌）
Genomic differences between sequence types 1 and 104 of Streptococcus suis Serotype 2.，Anusak Kerdsin,Dan Takeuchi,Yukihiro Akeda,Shota Nakamura,Marcelo Gottschalk,Kazunori Oishi，PeerJ，Vol. 10，2022年10月06日，研究論文（学術雑誌）
Salivary Microbiota Associated with Peripheral Microvascular Endothelial Dysfunction.，Nahoko Kato-Kogoe,Kuniyasu Kamiya,Shoichi Sakaguchi,Michi Omori,Eri Komori,Asako Kudo,Shota Nakamura,Takashi Nakano,Takaaki Ueno,Junko Tamaki,Masaoki Hoshiga，Journal of atherosclerosis and thrombosis，Japan Atherosclerosis Society，Vol. 30，No. 7，p. 820-833，2022年09月22日，研究論文（学術雑誌）
A fatal case of hemophagocytic lymphohistiocytosis associated with gestational psittacosis without symptoms of pneumonia.，Michinobu Yoshimura,Kanako Shimizu,Yukiko Nakura,Kazumi Kawahara,Harutaka Katano,Daisuke Motooka,Makoto Takeuchi,Kisaburo Nagamune,Yoshiaki Imamura,Shota Nakamura,Kiyoshi Yasukawa,Hideki Hasegawa,Yoshio Yoshida,Itaru Yanagihara，The journal of obstetrics and gynaecology research，Vol. 48，No. 12，p. 3325-3330，2022年09月12日，研究論文（学術雑誌）
腸内細菌叢由来LPSはヒスタミンH1受容体シグナル経路を介して前立腺癌増殖を促進する(Lipopolysaccharide from gut microhiota promotes prostate cancer growth through histamine III receptor signaling)，藤田和利,松下慎,元岡大祐,長谷拓明,加藤大悟,波多野浩士,河嶋厚成,南高文,マルコ・デベラスコ,吉村一宏,ジョージ・ネットー,辻川和丈,中村昇太,森井英一,植村天受,野々村祝夫，日本癌学会総会記事，(一社)日本癌学会，Vol. 81回，p. E-3077，2022年09月
High-fat diet promotes prostate cancer growth through histamine signaling.，Makoto Matsushita,Kazutoshi Fujita,Koji Hatano,Takuji Hayashi,Hisako Kayama,Daisuke Motooka,Hiroaki Hase,Akinaru Yamamoto,Toshihiko Uemura,Gaku Yamamichi,Eisuke Tomiyama,Yoko Koh,Taigo Kato,Atsunari Kawashima,Motohide Uemura,Satoshi Nojima,Ryoichi Imamura,Aysha Mubeen,George J Netto,Kazutake Tsujikawa,Shota Nakamura,Kiyoshi Takeda,Eiichi Morii,Norio Nonomura，International journal of cancer，Vol. 151，No. 4，p. 623-636，2022年08月15日，研究論文（学術雑誌）
高齢男性における腸内細菌と血中総テストステロン値との関連，西本光寿,藤田和利,松下慎,元岡大祐,波多野浩士,坂野恵里,秦淳也,福原慎一郎,中村昇太,南高文,吉村一宏,小原航,辻村晃,野々村祝夫,植村天受，日本性機能学会雑誌，(一社)日本性機能学会，Vol. 37，No. 2，p. 137-137，2022年08月
高齢男性における腸内細菌と血中総テストステロン値との関連，西本光寿,藤田和利,松下慎,元岡大祐,波多野浩士,坂野恵里,秦淳也,福原慎一郎,中村昇太,南高文,吉村一宏,小原航,辻村晃,野々村祝夫,植村天受，日本性機能学会雑誌，(一社)日本性機能学会，Vol. 37，No. 2，p. 137-137，2022年08月
腸内細菌による前立腺癌増殖制御メカニズムの解明，松下慎,藤田和利,林拓自,香山尚子,元岡大祐,長谷拓明,神宮司健太郎,山本顕生,植村俊彦,山道岳,冨山栄輔,洪陽子,加藤大悟,波多野浩士,河嶋厚成,植村元秀,今村亮一,辻川和丈,中村昇太,竹田潔,野々村祝夫，泌尿器外科，医学図書出版(株)，Vol. 35，No. 8，p. 858-859，2022年08月
Exacerbation of non-steroidal anti-inflammatory drug-induced enteropathy in C-C chemokine receptor type 7-deficient mice.，Toshio Yamaguchi,Hideki Iijima,Takeo Yoshihara,Mizuki Tani,Yuriko Otake,Shuko Iwatani,Takahiro Amano,Taku Tashiro,Tomohide Kurahashi,Takanori Inoue,Yoshiki Tsujii,Yoshito Hayashi,Takahiro Inoue,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shinichiro Shinzaki,Tetsuo Takehara，Journal of gastroenterology and hepatology，Vol. 37，No. 8，p. 1561-1570，2022年08月01日，研究論文（学術雑誌）
Lysophosphatidylserines derived from microbiota in Crohn's disease elicit pathological Th1 response.，Yuriko Otake-Kasamoto,Hisako Kayama,Toshihiro Kishikawa,Shinichiro Shinzaki,Taku Tashiro,Takahiro Amano,Mizuki Tani,Takeo Yoshihara,Bo Li,Haruka Tani,Li Liu,Akio Hayashi,Daisuke Okuzaki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yukinori Okada,Hideki Iijima,Kiyoshi Takeda,Tetsuo Takehara，The Journal of experimental medicine，Vol. 219，No. 7，2022年07月04日，研究論文（学術雑誌）
Chronic Pulmonary Disease Caused by Tsukamurella toyonakaense.，Tomoki Kuge,Kiyoharu Fukushima,Yuki Matsumoto,Haruko Saito,Yuko Abe,Eri Akiba,Kako Haduki,Tadayoshi Nitta,Akira Kawano,Michio Tanaka,Yumi Hattori,Takahiro Kawasaki,Takanori Matsuki,Takayuki Shiroyama,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Keisuke Miki,Masahide Mori,Seigo Kitada,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Atsushi Kumanogoh,Hiroshi Kida，Emerging infectious diseases，Vol. 28，No. 7，p. 1437-1441，2022年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Firmicutes in Gut Microbiota Correlate with Blood Testosterone Levels in Elderly Men.，Makoto Matsushita,Kazutoshi Fujita,Daisuke Motooka,Koji Hatano,Junya Hata,Mitsuhisa Nishimoto,Eri Banno,Kentaro Takezawa,Shinichiro Fukuhara,Hiroshi Kiuchi,Yue Pan,Toshifumi Takao,Akira Tsujimura,Shinichi Yachida,Shota Nakamura,Wataru Obara,Hirotsugu Uemura,Norio Nonomura，The world journal of men's health，Vol. 40，No. 3，p. 517-525，2022年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Longitudinal alterations of the gut mycobiota and microbiota on COVID-19 severity.，Yuichi Maeda,Daisuke Motooka,Takahiro Kawasaki,Hiroya Oki,Yoshimi Noda,Yuichi Adachi,Takayuki Niitsu,Shota Okamoto,Kentaro Tanaka,Kiyoharu Fukushima,Saori Amiya,Reina Hara,Eri Oguro-Igashira,Takanori Matsuki,Haruhiko Hirata,Yoshito Takeda,Hiroshi Kida,Atsushi Kumanogoh,Shota Nakamura,Kiyoshi Takeda，BMC infectious diseases，Vol. 22，No. 1，p. 572-572，2022年06月24日，研究論文（学術雑誌）
An engineered ACE2 decoy neutralizes the SARS-CoV-2 Omicron variant and confers protection against infection in vivo.，Nariko Ikemura,Shunta Taminishi,Tohru Inaba,Takao Arimori,Daisuke Motooka,Kazutaka Katoh,Yuhei Kirita,Yusuke Higuchi,Songling Li,Tatsuya Suzuki,Yumi Itoh,Yuki Ozaki,Shota Nakamura,Satoaki Matoba,Daron M Standley,Toru Okamoto,Junichi Takagi,Atsushi Hoshino，Science translational medicine，American Association for the Advancement of Science (AAAS)，Vol. 14，No. 650，2022年06月22日，研究論文（学術雑誌）
次世代シーケンサーMinIONを用いた抗酸菌リアルタイム同定システムの開発，松本悠希,福島清春,元岡大祐,金城武士,木田博,中村昇太，結核，(一社)日本結核・非結核性抗酸菌症学会，Vol. 97，No. 4，p. 118-118，2022年06月
Metagenomic identification of pathogenic bacteria for pneumonia from postmortem lung tissue，Hidenori Yoshizawa,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Ken ichi Yoshida，Human Pathology Reports，Vol. 28，2022年06月，研究論文（学術雑誌）
Bile Collected From the Normal Gallbladder of Patients During Surgery Has Simple Bacterial Flora.，Shin Watanabe,Masaaki Minagawa,Tadashi Shinoda,Daisuke Motooka,Mari Tohya,Teruo Kirikae,Shota Nakamura,Akio Saiura，Cureus，Vol. 14，No. 6，2022年06月，研究論文（学術雑誌）
Mycobacterium senriense sp. nov., a slowly growing, non-scotochromogenic species, isolated from sputum of an elderly man.，Yuko Abe,Kiyoharu Fukushima,Yuki Matsumoto,Takayuki Niitsu,Hiroshi Nabeshima,Yasuharu Nagahama,Eri Akiba,Kako Haduki,Haruko Saito,Tadayoshi Nitta,Akira Kawano,Michio Tanaka,Takanori Matsuki,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Keisuke Miki,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Hiroshi Kida，International journal of systematic and evolutionary microbiology，Vol. 72，No. 5，2022年05月，研究論文（学術雑誌）
リアルタイムコアゲノム解析による非結核性抗酸菌症の迅速・高精度同定法の確立および臨床応用，新津敬之,福島清春,松本悠希,安部祐子,新居卓朗,木庭太郎,松木隆典,元岡大祐,辻野和之,三木啓資,中村昇太,木田博，日本呼吸器学会誌，(一社)日本呼吸器学会，Vol. 11，No. 増刊，p. 312-312，2022年04月
Epithelial miR-215 negatively modulates Th17-dominant inflammation by inhibiting CXCL12 production in the small intestine.，Siddhika Pareek,Xenia Sanchenkova,Taiki Sakaguchi,Mari Murakami,Ryu Okumura,Hisako Kayama,Saya Kawauchi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Daisuke Okuzaki,Tadamitsu Kishimoto,Kiyoshi Takeda，Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms，Vol. 27，No. 4，p. 243-253，2022年04月01日，研究論文（学術雑誌）
Analysis of the complete genome sequences of Clostridium perfringens strains harbouring the binary enterotoxin BEC gene and comparative genomics of pCP13-like family plasmids.，Kengo Ueda,Kazuki Kawahara,Narumi Kimoto,Yusuke Yamaguchi,Kazuhiro Yamada,Hiroya Oki,Takuya Yoshida,Shigeaki Matsuda,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Kentaro Kawatsu,Tetsuya Iida,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo,Shinya Yonogi，BMC genomics，Vol. 23，No. 1，p. 226-226，2022年03月23日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of Salivary Microbiota in Patients with Atherosclerotic Cardiovascular Disease: A Case-Control Study.，Nahoko Kato-Kogoe,Shoichi Sakaguchi,Kuniyasu Kamiya,Michi Omori,Yan-Hong Gu,Yuri Ito,Shota Nakamura,Takashi Nakano,Junko Tamaki,Takaaki Ueno,Masaaki Hoshiga，Journal of atherosclerosis and thrombosis，Vol. 29，No. 3，p. 403-421，2022年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Dysbiosis of Gut Microbiome Is Associated With Rupture of Cerebral Aneurysms.，Shuhei Kawabata,Masatoshi Takagaki,Hajime Nakamura,Hiroya Oki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Takeo Nishida,Eisaku Terada,Nobuyuki Izutsu,Tomofumi Takenaka,Yuichi Matsui,Shuhei Yamada,Katsunori Asai,Akihiro Tateishi,Toru Umehara,Yoshihiro Yano,Yohei Bamba,Katsumi Matsumoto,Toshihiro Kishikawa,Yukinori Okada,Tetsuya Iida,Haruhiko Kishima，Stroke，Vol. 53，No. 3，p. 895-903，2022年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Whole gut virome analysis of 476 Japanese revealed a link between phage and autoimmune disease.，Yoshihiko Tomofuji,Toshihiro Kishikawa,Yuichi Maeda,Kotaro Ogawa,Takuro Nii,Tatsusada Okuno,Eri Oguro-Igashira,Makoto Kinoshita,Kenichi Yamamoto,Kyuto Sonehara,Mayu Yagita,Akiko Hosokawa,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Shiro Ohshima,Shota Nakamura,Hidenori Inohara,Hideki Mochizuki,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Yukinori Okada，Annals of the rheumatic diseases，Vol. 81，No. 2，p. 278-288，2022年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of salivary microbiota in elderly patients with type 2 diabetes mellitus: a matched case-control study.，Michi Omori,Nahoko Kato-Kogoe,Shoichi Sakaguchi,Kuniyasu Kamiya,Nozomu Fukui,Yan-Hong Gu,Shota Nakamura,Takashi Nakano,Masaaki Hoshiga,Akihisa Imagawa,Chee Hoe Kit,Junko Tamaki,Takaaki Ueno，Clinical oral investigations，Vol. 26，No. 1，p. 493-504，2022年01月，研究論文（学術雑誌）
A case of massive refractory diarrhea in a patient with <scp>COVID</scp> ‐19，Kentaro Shimizu,Haruhiko Hirata,Natsuko Tokuhira,Akiko Ueda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hiroshi Ogura，Acute Medicine and Surgery，Wiley，Vol. 9，No. 1，2022年01月，研究論文（学術雑誌）
Dynamic change of fecal microbiota and metabolomics in a polymicrobial murine sepsis model，Arisa Muratsu,Mitsunori Ikeda,Kentaro Shimizu,Shoichiro Kameoka,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hisatake Matsumoto,Hiroshi Ogura,Takeshi Shimazu，ACUTE MEDICINE & SURGERY，WILEY，Vol. 9，No. 1，2022年01月，研究論文（学術雑誌）
Enterococcus spp. have higher fitness for survival, in a pH-dependent manner, in pancreatic juice among duodenal bacterial flora.，Saki Itoyama,Emika Noda,Shinji Takamatsu,Jumpei Kondo,Rui Kawaguchi,Munefumi Shimosaka,Tomoya Fukuoka,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masahiro Tanemura,Suguru Mitsufuji,Yoshifumi Iwagami,Hirofumi Akita,Toru Tobe,Yoshihiro Kamada,Hidetoshi Eguchi,Eiji Miyoshi，JGH open : an open access journal of gastroenterology and hepatology，Vol. 6，No. 1，p. 85-90，2022年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Identification of conserved SARS-CoV-2 spike epitopes that expand public cTfh clonotypes in mild COVID-19 patients.，Xiuyuan Lu,Yuki Hosono,Masamichi Nagae,Shigenari Ishizuka,Eri Ishikawa,Daisuke Motooka,Yuki Ozaki,Nicolas Sax,Yuichi Maeda,Yasuhiro Kato,Takayoshi Morita,Ryo Shinnakasu,Takeshi Inoue,Taishi Onodera,Takayuki Matsumura,Masaharu Shinkai,Takashi Sato,Shota Nakamura,Shunsuke Mori,Teru Kanda,Emi E Nakayama,Tatsuo Shioda,Tomohiro Kurosaki,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Hisashi Arase,Hironori Nakagami,Kazuo Yamashita,Yoshimasa Takahashi,Sho Yamasaki，The Journal of experimental medicine，Vol. 218，No. 12，2021年12月06日，研究論文（学術雑誌）
日本人における高悪性度前立腺癌に特徴的な腸内細菌叢の解析，藤田和利,松下慎,波多野浩士,中村昇太,川村憲彦,高田晋吾,西本光寿,坂野恵里,南高文,野澤昌弘,吉村一宏,植村天受,野々村祝夫，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 109回，p. AOP06-09，2021年12月
腸内細菌が産生する短鎖脂肪酸はIGF-1シグナル経路を介して前立腺癌の増殖に関与する，松下慎,藤田和利,加藤大悟,波多野浩士,河嶋厚成,氏家剛,植村元秀,今村亮一,辻川和丈,中村昇太,竹田潔,野々村祝夫，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 109回，p. AOP10-02，2021年12月
腸内細菌叢のFirmicutes/Bacteroidetes比と前立腺肥大との関連(The Firmicutes/Bacteroidetes ratio of the gut microbiota is associated with prostate enlargement)，竹澤健太郎,栗林宗平,岡田紘一,関井洋輔,松下慎,福原慎一郎,木内寛,藤田和利,川村憲彦,高田晋吾,中村昇太,小島祥敬,野々村祝夫，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 109回，p. ISA01-08，2021年12月
日本人における高悪性度前立腺癌に特徴的な腸内細菌叢の解析，藤田和利,松下慎,波多野浩士,中村昇太,川村憲彦,高田晋吾,西本光寿,坂野恵里,南高文,野澤昌弘,吉村一宏,植村天受,野々村祝夫，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 109回，p. AOP06-09，2021年12月
腸内細菌が産生する短鎖脂肪酸はIGF-1シグナル経路を介して前立腺癌の増殖に関与する，松下慎,藤田和利,加藤大悟,波多野浩士,河嶋厚成,氏家剛,植村元秀,今村亮一,辻川和丈,中村昇太,竹田潔,野々村祝夫，日本泌尿器科学会総会，(一社)日本泌尿器科学会総会事務局，Vol. 109回，p. AOP10-02，2021年12月
Impact of sleep on the microbiome of oral biofilms.，Maki Sotozono,Nanako Kuriki,Yoko Asahi,Yuichiro Noiri,Mikako Hayashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Mikiyo Yamaguchi,Tetsuya Iida,Shigeyuki Ebisu，PloS one，Vol. 16，No. 12，2021年12月01日，研究論文（学術雑誌）
The Firmicutes/Bacteroidetes ratio of the human gut microbiota is associated with prostate enlargement.，Kentaro Takezawa,Kazutoshi Fujita,Makoto Matsushita,Daisuke Motooka,Koji Hatano,Eri Banno,Nobutaka Shimizu,Tetsuya Takao,Shingo Takada,Koichi Okada,Shinichiro Fukuhara,Hiroshi Kiuchi,Hirotsugu Uemura,Shota Nakamura,Yoshiyuki Kojima,Norio Nonomura，The Prostate，Vol. 81，No. 16，p. 1287-1293，2021年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Metagenome-wide association study revealed disease-specific landscape of the gut microbiome of systemic lupus erythematosus in Japanese.，Yoshihiko Tomofuji,Yuichi Maeda,Eri Oguro-Igashira,Toshihiro Kishikawa,Kenichi Yamamoto,Kyuto Sonehara,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Mayu Yagita,Takuro Nii,Shiro Ohshima,Shota Nakamura,Hidenori Inohara,Kiyoshi Takeda,Atsushi Kumanogoh,Yukinori Okada，Annals of the rheumatic diseases，BMJ，Vol. 80，No. 12，p. 1575-1583，2021年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Analysis of appendectomy samples identified dysbiosis in acute appendicitis.，Shinya Munakata,Mari Tohya,Hirokazu Matsuzawa,Yuki Tsuchiya,Kota Amemiya,Toshiaki Hagiwara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kazuhiro Sakamoto,Shin Watanabe，Bioscience of microbiota, food and health，Vol. 40，No. 2，p. 92-97，2021年12月，研究論文（学術雑誌）
Chronic pathophysiological changes in the normal brain parenchyma caused by radiotherapy accelerate glioma progression.，Yuichiro Tsuji,Naosuke Nonoguchi,Daisuke Okuzaki,Yusuke Wada,Daisuke Motooka,Yuki Hirota,Taichiro Toho,Nobuhiko Yoshikawa,Motomasa Furuse,Shinji Kawabata,Shin-Ichi Miyatake,Hiroyuki Nakamura,Ryohei Yamamoto,Shota Nakamura,Toshihiko Kuroiwa,Masahiko Wanibuchi，Scientific reports，Vol. 11，No. 1，p. 22110-22110，2021年11月11日，研究論文（学術雑誌）
High production of egc2-related staphylococcal enterotoxins caused a food poisoning outbreak.，Kaoru Umeda,Hisaya K Ono,Takayuki Wada,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hiromi Nakamura,Dong-Liang Hu，International journal of food microbiology，Vol. 357，p. 109366-109366，2021年11月02日，研究論文（学術雑誌）
Vescimonas gen. nov., Vescimonas coprocola sp. nov., Vescimonas fastidiosa sp. nov., Pusillimonas gen. nov. and Pusillimonas faecalis sp. nov. isolated from human faeces.，Maki Kitahara,Yuko Shigeno,Mari Shime,Yuki Matsumoto,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Shota Fukuoka,Hiroyoshi Nishikawa,Yoshimi Benno，International journal of systematic and evolutionary microbiology，Vol. 71，No. 11，2021年11月01日，研究論文（学術雑誌）
Pleural Effusion Caused by Mycolicibacterium mageritense in an Immunocompetent Host: A Case Report.，Takayuki Niitsu,Tomoki Kuge,Kiyoharu Fukushima,Yuki Matsumoto,Yuko Abe,Masashi Okamoto,Kako Haduki,Haruko Saito,Tadayoshi Nitta,Akira Kawano,Takanori Matsuki,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Keisuke Miki,Shota Nakamura,Hiroshi Kida,Atsushi Kumanogoh，Frontiers in medicine，Vol. 8，p. 797171-797171，2021年11月01日
Comparison of the multigene panel test and OncoScan™ for the determination of HER2 amplification in breast cancer.，Kaori Akazawa,Naofumi Kagara,Yoshiaki Sota,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tomohiro Miyake,Tomonori Tanei,Yasuto Naoi,Masafumi Shimoda,Seung Jin Kim,Shinzaburo Noguchi,Kenzo Shimazu，Oncology reports，Vol. 46，No. 4，2021年10月01日，研究論文（学術雑誌）
Serum GPL core antibody levels are associated with disease activity and treatment outcomes in Mycobacterium avium complex lung disease following first line antibiotic treatment.，Kiyoharu Fukushima,Seigo Kitada,Yuki Matsumoto,Sho Komukai,Tomoki Kuge,Takahiro Kawasaki,Takanori Matsuki,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Mari Miki,Keisuke Miki,Shota Nakamura,Hiroshi Kida，Respiratory medicine，Vol. 187，p. 106585-106585，2021年10月01日，研究論文（学術雑誌）
The ATP-hydrolyzing ectoenzyme E-NTPD8 attenuates colitis through modulation of P2X4 receptor-dependent metabolism in myeloid cells.，Haruka Tani,Bo Li,Takashi Kusu,Ryu Okumura,Junichi Nishimura,Daisuke Okuzaki,Daisuke Motooka,Shoya Arakawa,Asuka Mori,Terukazu Yoshihara,Takayuki Ogino,Shih-Han Tsai,Yoki Furuta,Masato Muneta,Shota Nakamura,Eiichiro Fukusaki,Kimiko Yamamoto,Hideo Yagita,Hisako Kayama,Kiyoshi Takeda，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，Vol. 118，No. 39，2021年09月28日，研究論文（学術雑誌）
腸内細菌叢のFirmicutes/Bacteroidetes比は前立腺腫大と関連する，竹澤健太郎,栗林宗平,岡田紘一,関井洋輔,松下慎,福原慎一郎,木内寛,藤田和利,川村憲彦,高田晋吾,中村昇太,小島祥敬,野々村祝夫，日本排尿機能学会誌，(一社)日本排尿機能学会，Vol. 32，No. 1，p. 186-186，2021年09月
腸内細菌叢とがん高grade前立腺癌に関与する腸内細菌叢の解析，藤田和利,松下慎,元岡大祐,波多野浩士,西本光寿,坂野恵里,南高文,野澤昌弘,高尾徹也,高田晋吾,吉村一宏,谷内田真一,中村昇太,植村天受,野々村祝夫，日本癌学会総会記事，(一社)日本癌学会，Vol. 80回，p. [S12-6]，2021年09月
慢性膵炎を引き起こすEnterococcus faecalisの性状解析，下坂宗史,野田愛美香,川口瑠惟,糸山幸来,高松真二,元岡大祐,中村昇太,光藤傑,秋田裕史,岩上佳史,鎌田佳宏,江口英利,三善英知，膵臓，(一社)日本膵臓学会，Vol. 36，No. 3，p. A330-A330，2021年08月
DsRNA sequencing for RNA virus surveillance using human clinical samples，Takuma Izumi,Yuhei Morioka,Syun Ichi Urayama,Daisuke Motooka,Tomokazu Tamura,Takahiro Kawagishi,Yuta Kanai,Takeshi Kobayashi,Chikako Ono,Akinari Morinaga,Takahiro Tomiyama,Norifumi Iseda,Yukiko Kosai,Shoichi Inokuchi,Shota Nakamura,Tomohisa Tanaka,Kohji Moriishi,Hiroaki Kariwa,Tomoharu Yoshizumi,Masaki Mori,Yoshiharu Matsuura,Takasuke Fukuhara，Viruses，Vol. 13，No. 7，2021年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Benchmark of 16S rRNA gene amplicon sequencing using Japanese gut microbiome data from the V1–V2 and V3–V4 primer sets，Shoichiro Kameoka,Daisuke Motooka,Satoshi Watanabe,Ryuichi Kubo,Nicolas Jung,Yuki Midorikawa,Natsuko O. Shinozaki,Yu Sawai,Aya K. Takeda,Shota Nakamura，BMC Genomics，Vol. 22，No. 1，2021年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Low diversity of gut microbiota in the early phase of post-bone marrow transplantation increases the risk of chronic graft-versus-host disease，Tatsuya Konishi,Shinsuke Kusakabe,Akihisa Hino,Kyoko Inamoto,Kota Yoshifuji,Yuko Kiridoshi,Kozue Takeshita,Satoshi Sasajima,Takashi Toya,Aiko Igarashi,Yuho Najima,Takeshi Kobayashi,Noriko Doki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masahiro Suyama,Wataru Suda,Atsushi Shiota,Koji Atarashi,Masahira Hattori,Kenya Honda,Takafumi Yokota,Kazuteru Ohashi,Hirohiko Shibayama,Kentaro Fukushima,Kazuhiko Kakihana，Bone Marrow Transplantation，Springer Science and Business Media LLC，Vol. 56，No. 7，p. 1728-1731，2021年07月，研究論文（学術雑誌）
Engineered ACE2 receptor therapy overcomes mutational escape of SARS-CoV-2.，Yusuke Higuchi,Tatsuya Suzuki,Takao Arimori,Nariko Ikemura,Emiko Mihara,Yuhei Kirita,Eriko Ohgitani,Osam Mazda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yusuke Sakai,Yumi Itoh,Fuminori Sugihara,Yoshiharu Matsuura,Satoaki Matoba,Toru Okamoto,Junichi Takagi,Atsushi Hoshino，Nature communications，Vol. 12，No. 1，p. 3802-3802，2021年06月21日，研究論文（学術雑誌）
Rapid and simultaneous identification of three mutations by the Novaplex™ SARS-CoV-2 variants I assay kit.，Wakaki Kami,Takeshi Kinjo,Wakako Arakaki,Hiroya Oki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Jiro Fujita，Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology，Vol. 141，p. 104877-104877，2021年05月29日，研究論文（学術雑誌）
The gut microbiota associated with high-Gleason prostate cancer.，Makoto Matsushita,Kazutoshi Fujita,Daisuke Motooka,Koji Hatano,Shota Fukae,Norihiko Kawamura,Eisuke Tomiyama,Yujiro Hayashi,Eri Banno,Tetsuya Takao,Shingo Takada,Shinichi Yachida,Hirotsugu Uemura,Shota Nakamura,Norio Nonomura，Cancer science，Vol. 112，No. 8，p. 3125-3135，2021年05月29日，研究論文（学術雑誌）
Gut microbiota-derived short-chain fatty acids promote prostate cancer growth via IGF-1 signaling.，Makoto Matsushita,Kazutoshi Fujita,Takuji Hayashi,Hisako Kayama,Daisuke Motooka,Hiroaki Hase,Kentaro Jingushi,Gaku Yamamichi,Satoru Yumiba,Eisuke Tomiyama,Yoko Koh,Yujiro Hayashi,Kosuke Nakano,Cong Wang,Yu Ishizuya,Taigo Kato,Koji Hatano,Atsunari Kawashima,Takeshi Ujike,Motohide Uemura,Ryoichi Imamura,Maria D C Rodriguez Pena,Jennifer B Gordetsky,George J Netto,Kazutake Tsujikawa,Shota Nakamura,Kiyoshi Takeda,Norio Nonomura，Cancer research，Vol. 81，No. 15，p. 4014-4026，2021年05月26日，研究論文（学術雑誌）
Importance of lymph node immune responses in MSI-H/dMMR colorectal cancer.，Koji Inamori,Yosuke Togashi,Shota Fukuoka,Kiwamu Akagi,Kouetsu Ogasawara,Takuma Irie,Daisuke Motooka,Yoichi Kobayashi,Daisuke Sugiyama,Motohiro Kojima,Norihiko Shiiya,Shota Nakamura,Shoichi Maruyama,Yutaka Suzuki,Masaaki Ito,Hiroyoshi Nishikawa，JCI insight，Vol. 6，No. 9，2021年05月10日，研究論文（学術雑誌）
Gut Dysbiosis Associated with Antibiotics and Disease Severity and Its Relation to Mortality in Critically Ill Patients.，Masahiro Ojima,Kentaro Shimizu,Daisuke Motooka,Takuma Ishihara,Shota Nakamura,Ayumi Shintani,Hiroshi Ogura,Tetsuya Iida,Kazuhisa Yoshiya,Takeshi Shimazu，Digestive diseases and sciences，Vol. 67，No. 6，p. 2420-2432，2021年05月03日，研究論文（学術雑誌）
Alleviation of colonic inflammation by Lypd8 in a mouse model of inflammatory bowel diseases (IBD).，Chiao-Ching Hsu,Ryu Okumura,Daisuke Motooka,Reo Sasaki,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Kiyoshi Takeda，International immunology，2021年04月05日，研究論文（学術雑誌）
次世代シーケンサーを用いた病原性非結核性抗酸菌の多様性の解明，福島清春,松本悠希,久下朋輝,松木隆典,香川浩之,元岡大祐,辻野和之,三木真理,三木啓資,中村昇太,北田清悟,木田博，日本呼吸器学会誌，(一社)日本呼吸器学会，Vol. 10，No. 増刊，p. 219-219，2021年04月
次世代シーケンサーを用いた病原性非結核性抗酸菌の多様性の解明，福島清春,松本悠希,久下朋輝,松木隆典,香川浩之,元岡大祐,辻野和之,三木真理,三木啓資,中村昇太,北田清悟,木田博，日本呼吸器学会誌，(一社)日本呼吸器学会，Vol. 10，No. 増刊，p. 219-219，2021年04月
Low diversity of gut microbiota in the early phase of post-bone marrow transplantation increases the risk of chronic graft-versus-host disease.，Tatsuya Konishi,Shinsuke Kusakabe,Akihisa Hino,Kyoko Inamoto,Kota Yoshifuji,Yuko Kiridoshi,Kozue Takeshita,Satoshi Sasajima,Takashi Toya,Aiko Igarashi,Yuho Najima,Takeshi Kobayashi,Noriko Doki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masahiro Suyama,Wataru Suda,Atsushi Shiota,Koji Atarashi,Masahira Hattori,Kenya Honda,Takafumi Yokota,Kazuteru Ohashi,Hirohiko Shibayama,Kentaro Fukushima,Kazuhiko Kakihana，Bone marrow transplantation，Vol. 56，No. 7，p. 1728-1731，2021年03月08日，研究論文（学術雑誌）
Genomic characterization of clinical Enterobacter roggenkampii co-harbouring bla<inf>IMP-1</inf>- and bla<inf>GES-5</inf>-encoding IncP6 and mcr-9-encoding IncHI2 plasmids isolated in Japan，Kaoru Umeda,Hiromi Nakamura,Akira Fukuda,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshinori Yasui,Hideki Yoshida,Ryuji Kawahara，Journal of Global Antimicrobial Resistance，Vol. 24，p. 220-227，2021年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Whole-genome analyses of extended-spectrum or AmpC β-lactamase-producing Escherichia coli isolates from companion dogs in Japan，Mayo Yasugi,Shingo Hatoya,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Shunsuke Shimamura,Hiroyuki Tani,Masaru Furuya,Keiichiro Mie,Masami Miyake,Shota Nakamura,Terumasa Shimada，PLoS ONE，Vol. 16，No. 2-Feb，2021年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Oral intake of silica nanoparticles exacerbates intestinal inflammation，Takao Ogawa,Ryu Okumura,Kazuya Nagano,Tomomi Minemura,Masahiro Izumi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Yuichi Maeda,Atsushi Kumanogoh,Yasuo Tsutsumi,Kiyoshi Takeda，Biochemical and Biophysical Research Communications，Vol. 534，p. 540-546，2021年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Impacts of sleep on the characteristics of dental biofilm，Maki Sotozono,Nanako Kuriki,Yoko Asahi,Yuichiro Noiri,Mikako Hayashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hiroyuki Machi,Tetsuya Iida,Shigeyuki Ebisu，Scientific Reports，Vol. 11，No. 1，2021年01月01日，研究論文（学術雑誌）
A Metagenome-Wide Association Study of Gut Microbiome in Patients With Multiple Sclerosis Revealed Novel Disease Pathology，Toshihiro Kishikawa,Kotaro Ogawa,Daisuke Motooka,Akiko Hosokawa,Makoto Kinoshita,Ken Suzuki,Kenichi Yamamoto,Tatsuo Masuda,Yuki Matsumoto,Takuro Nii,Yuichi Maeda,Shota Nakamura,Hidenori Inohara,Hideki Mochizuki,Tatsusada Okuno,Yukinori Okada，Frontiers in Cellular and Infection Microbiology，Vol. 10，2020年12月11日，研究論文（学術雑誌）
Pulmonary disease caused by a newly identified mycobacterium: Mycolicibacterium toneyamachuris: a case report，Tomoki Kuge,Kiyoharu Fukushima,Yuki Matsumoto,Yuko Abe,Eri Akiba,Kako Haduki,Haruko Saito,Tadayoshi Nitta,Akira Kawano,Takahiro Kawasaki,Takanori Matsuki,Hiroyuki Kagawa,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Mari Miki,Keisuke Miki,Seigo Kitada,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Hiroshi Kida，BMC Infectious Diseases，Vol. 20，No. 1，2020年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Detection of Genetic Elements Carrying vanA in Vancomycin-Resistant Enterococcus saigonensis VE80TIsolated from Retail Chicken Meat，Tetsuya Harada,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshimasa Yamamoto,Takahiro Yamaguchi,Ryuji Kawahara,Kentaro Kawatsu，Foodborne Pathogens and Disease，Vol. 17，No. 12，p. 772-774，2020年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Novel human reovirus isolated from children and its long-term circulation with reassortments，Seiji P. Yamamoto,Daisuke Motooka,Kazutaka Egawa,Atsushi Kaida,Yuki Hirai,Hideyuki Kubo,Kazushi Motomura,Shota Nakamura,Nobuhiro Iritani，Scientific Reports，Vol. 10，No. 1，2020年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Fecal Gram staining of phagocytosed bacteria to differentiate methicillin-resistant Staphylococcus aureus: A case report，Kentaro Shimizu,Ayumi Takahashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kazunori Tomono,Hiroshi Ogura,Takeshi Shimazu，Journal of Infection and Chemotherapy，Vol. 26，No. 10，p. 1078-1081，2020年10月，研究論文（学術雑誌）
High affinity modified ACE2 receptors prevent SARS-CoV-2 infection，Yusuke Higuchi,Tatsuya Suzuki,Takao Arimori,Nariko Ikemura,Yuhei Kirita,Eriko Ohgitani,Osam Mazda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshiharu Matsuura,Satoaki Matoba,Toru Okamoto,Junichi Takagi,Atsushi Hoshino，Cold Spring Harbor Laboratory，2020年09月16日
Detection of ctDNA with Personalized Molecular Barcode NGS and Its Clinical Significance in Patients with Early Breast Cancer，Tetsuhiro Yoshinami,Naofumi Kagara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tomohiro Miyake,Tomonori Tanei,Yasuto Naoi,Masafumi Shimoda,Kenzo Shimazu,Seung Jin Kim,Shinzaburo Noguchi，Translational Oncology，Vol. 13，No. 8，p. 100787-100787，2020年08月，研究論文（学術雑誌）
Possible biological processes controlled by the circatidal clock in the mangrove cricket inferred from transcriptome analysis，Hiroki Takekata,Shin Ichiro Tachibana,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shin G. Goto，Biological Rhythm Research，Vol. 53，No. 6，p. 908-920，2020年07月30日，研究論文（学術雑誌）
High-Performance Virus Detection System by using Deep Learning，Ying Feng Hsu,Makiko Ito,Takumi Maruyama,Morito Matsuoka,Nicolas Jung,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura，2020 IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC 2020 - Conference Proceedings，2020年07月01日，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Emergence and diversification of a host-parasite RNA ecosystem through Darwinian evolution，Taro Furubayashi,Kensuke Ueda,Yohsuke Bansho,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Ryo Mizuuchi,Norikazu Ichihashi，eLife，Vol. 9，p. 1-15，2020年07月，研究論文（学術雑誌）
UNAGI: an automated pipeline for nanopore full-length cDNA sequencing uncovers novel transcripts and isoforms in yeast，Mohamad Al kadi,Nicolas Jung,Shingo Ito,Shoichiro Kameoka,Takashi Hishida,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Daisuke Okuzaki，Functional and Integrative Genomics，Vol. 20，No. 4，p. 523-536，2020年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Regulatory T Cell-Specific Epigenomic Region Variants Are a Key Determinant of Susceptibility to Common Autoimmune Diseases，Naganari Ohkura,Yoshiaki Yasumizu,Yohko Kitagawa,Atsushi Tanaka,Yamami Nakamura,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yukinori Okada,Shimon Sakaguchi，Immunity，Vol. 52，No. 6，p. 1119-1132.e4，2020年06月16日，研究論文（学術雑誌）
The impact of adjuvant surgical treatment of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease on prognosis and outcome，Kiyoharu Fukushima,Kiyoharu Fukushima,Mari Miki,Yuki Matsumoto,Emi Uda,Yuji Yamamoto,Yuya Kogita,Yuko Kagawa,Takanori Matsuki,Hiroyuki Kagawa,Yohei Oshitani,Daisuke Motooka,Kazuyuki Tsujino,Kenji Yoshimura,Keisuke Miki,Akio Hayashi,Shota Nakamura,Seigo Kitada,Yukiyasu Takeuchi,Hiroshi Kida，Respiratory Research，Vol. 21，No. 1，p. 153-153，2020年06月16日，研究論文（学術雑誌）
Host immune response and novel diagnostic approach to NTM infections，Yuko Abe,Kiyoharu Fukushima,Yuki Hosono,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Naoko Ose,Shota Nakamura,Seigo Kitada,Hiroshi Kida,Atsushi Kumanogoh，International Journal of Molecular Sciences，Vol. 21，No. 12，p. 1-15，2020年06月02日
Whole-genome sequencing and comparative analysis of the genomes of Bacteroides thetaiotaomicron and Escherichia coli isolated from a healthy resident in Vietnam，Mashkoor Mohsin,Kaori Tanaka,Ryuji Kawahara,Shinji Kondo,Hideki Noguchi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Diep Thi Khong,Thang Nam Nguyen,Trong Nang Hoang,Yoshimasa Yamamoto，Journal of Global Antimicrobial Resistance，Vol. 21，p. 65-67，2020年06月
Expression of small RNAs of Bordetella pertussis colonizing murine tracheas，Yukihiro Hiramatsu,Koichiro Suzuki,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yasuhiko Horiguchi，Microbiology and Immunology，Vol. 64，No. 6，p. 469-475，2020年06月01日，研究論文（学術雑誌）
Comparative evaluation of microbial profiles of oral samples obtained at different collection time points and using different methods，Michi Omori,Nahoko Kato-Kogoe,Shoichi Sakaguchi,Nozomu Fukui,Kayoko Yamamoto,Yoichiro Nakajima,Kazuya Inoue,Hiroyuki Nakano,Daisuke Motooka,Takashi Nakano,Shota Nakamura,Takaaki Ueno，Clinical Oral Investigations，Vol. 25，No. 5，p. 2779-2789，2020年05月01日，研究論文（学術雑誌）
Enterococcus: A Predictor of Ravaged Microbiota and Poor Prognosis after Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation，Shinsuke Kusakabe,Kentaro Fukushima,Takafumi Yokota,Akihisa Hino,Jiro Fujita,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hirohiko Shibayama,Yuzuru Kanakura，Biology of Blood and Marrow Transplantation，Vol. 26，No. 5，p. 1028-1033，2020年05月，研究論文（学術雑誌）
Dysregulated Expression of the Nuclear Exosome Targeting Complex Component Rbm7 in Nonhematopoietic Cells Licenses the Development of Fibrosis，Kiyoharu Fukushima,Takashi Satoh,Fuminori Sugihara,Yuki Sato,Toru Okamoto,Yuichi Mitsui,Sachiyo Yoshio,Songling Li,Satoshi Nojima,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hiroshi Kida,Daron M. Standley,Eiichi Morii,Tatsuya Kanto,Motoko Yanagita,Yoshiharu Matsuura,Takashi Nagasawa,Atsushi Kumanogoh,Shizuo Akira，Immunity，Vol. 52，No. 3，p. 542-556.e13，2020年03月17日，研究論文（学術雑誌）
Molecular Barcode Sequencing of the Whole Ligand Binding Domain of the ESR1 Gene in Cell-Free DNA from Patients with Metastatic Breast Cancer，Nanae Masunaga,Naofumi Kagara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tomohiro Miyake,Tomonori Tanei,Yasuto Naoi,Masafumi Shimoda,Kenzo Shimazu,Seung Jin Kim,Shinzaburo Noguchi，Translational Oncology，Vol. 13，No. 3，p. 100735-100735，2020年03月，研究論文（学術雑誌）
High prevalence of colistin-resistant escherichia coli with chromosomally carried mcr-1 in healthy residents in Vietnam，Takahiro Yamaguchi,Ryuji Kawahara,Kouta Hamamoto,Itaru Hirai,Diep Thi Khong,Thang Nam Nguyen,Hoa Thi Tran,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yoshimasa Yamamoto，mSphere，Vol. 5，No. 2，2020年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Bordetella dermonecrotic toxin is a neurotropic virulence factor that uses Ca<inf>v</inf>3.1 as the cell surface receptor，Shihono Teruya,Yukihiro Hiramatsu,Keiji Nakamura,Aya Fukui-Miyazaki,Kentaro Tsukamoto,Noriko Shinoda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Keisuke Ishigaki,Naoaki Shinzawa,Takashi Nishida,Fuminori Sugihara,Yusuke Maeda,Yasuhiko Horiguchi，mBio，Vol. 11，No. 2，p. e03146-19，2020年03月，研究論文（学術雑誌）
The autophagy-related protein GABARAP is induced during overwintering in the bean bug (Hemiptera: Alydidae)，Shin Ichiro Tachibana,Shinji Matsuzaki,Masako Tanaka,Masayuki Shiota,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shin G. Goto，Journal of Economic Entomology，Vol. 113，No. 1，p. 427-434，2020年02月08日，研究論文（学術雑誌）
Phosphorothioation of foreign DNA influences the transformation efficiency in Clostridium perfringens NCTC8239，Mayo Yasugi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masami Miyake，Anaerobe，Vol. 61，2020年02月，研究論文（学術雑誌）
Pre- and post-serial metagenomic analysis of gut microbiota as a prognostic factor in patients undergoing haematopoietic stem cell transplantation，Shinsuke Kusakabe,Kentaro Fukushima,Tetsuo Maeda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Jiro Fujita,Takafumi Yokota,Hirohiko Shibayama,Kenji Oritani,Yuzuru Kanakura，British Journal of Haematology，Vol. 188，No. 3，p. 438-449，2020年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Metagenome-wide association study of gut microbiome revealed novel aetiology of rheumatoid arthritis in the Japanese population.，Toshihiro Kishikawa,Yuichi Maeda,Takuro Nii,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Masato Matsushita,Hidetoshi Matsuoka,Maiko Yoshimura,Shoji Kawada,Satoru Teshigawara,Eri Oguro,Yasutaka Okita,Keisuke Kawamoto,Shinji Higa,Toru Hirano,Masashi Narazaki,Atsushi Ogata,Yukihiko Saeki,Shota Nakamura,Hidenori Inohara,Atsushi Kumanogoh,Kiyoshi Takeda,Yukinori Okada，Annals of the rheumatic diseases，Vol. 79，No. 1，p. 103-111，2020年01月，研究論文（学術雑誌）
Molecular characterization of bla<inf>KHM-1</inf> encoding plasmid in an Enterobacter hormaechei subsp. Hoffmannii isolate from blood culture，Kaoru Umeda,Hiromi Nakamura,Akira Fukuda,Takahiro Yamaguchi,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Ryuji Kawahara，PLoS ONE，Vol. 15，No. 1，2020年01月，研究論文（学術雑誌）
Conjunctival dysbiosis in mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma，Kazunobu Asao,Noriyasu Hashida,Satoru Ando,Daisuke Motooka,Hiroyuki Kurakami,Shota Nakamura,Daisuke Yamashita,Kazuichi Maruyama,Satoshi Kawasaki,Tomomi Yamada,Tetsuya Iida,Kohji Nishida，Scientific Reports，Vol. 9，No. 1，p. 8424-8424，2019年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Comparison of Japanese and Indian intestinal microbiota shows diet-dependent interaction between bacteria and fungi，Siddhika Pareek,Takashi Kurakawa,Bhabatosh Das,Daisuke Motooka,Shuuichi Nakaya,Temsunaro Rongsen-Chandola,Nidhi Goyal,Hisako Kayama,Dylan Dodd,Ryu Okumura,Yuichi Maeda,Kosuke Fujimoto,Takuro Nii,Takao Ogawa,Tetsuya Iida,Nita Bhandari,Toshiyuki Kida,Shota Nakamura,G. Balakrish Nair,Kiyoshi Takeda，npj Biofilms and Microbiomes，Vol. 5，No. 1，2019年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Specific increase of Fusobacterium in the faecal microbiota of neonatal calves infected with Cryptosporidium parvum，Madoka Ichikawa-Seki,Daisuke Motooka,Aiko Kinami,Fumi Murakoshi,Yoko Takahashi,Junya Aita,Kei Hayashi,Atsushi Tashibu,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Toshihiro Horii,Yoshifumi Nishikawa，Scientific Reports，Vol. 9，No. 1，2019年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of human pegivirus infection in liver transplantation recipients，Takuma Izumi,Kazuhito Sakata,Daisuke Okuzaki,Shoichi Inokuchi,Tomokazu Tamura,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Chikako Ono,Masahiro Shimokawa,Yoshiharu Matsuura,Masaki Mori,Takasuke Fukuhara,Tomoharu Yoshizumi，Journal of Medical Virology，Vol. 91，No. 12，p. 2093-2100，2019年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Urinary tract infection due to anaerobic bacteria in a two-month-old infant，Chiaki Tao,Noriko Kinoshita,Kensuke Shoji,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Rumiko Eura,Katsuhiko Ueoka,Mitsuru Kubota,Akira Ishiguro,Isao Miyairi，Journal of Infection and Chemotherapy，Vol. 25，No. 5，p. 368-370，2019年05月，研究論文（学術雑誌）
Allergic conversion of protective mucosal immunity against nasal bacteria in patients with chronic rhinosinusitis with nasal polyposis，Kazuya Takeda,Shuhei Sakakibara,Kazuo Yamashita,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Marwa Ali El Hussien,Jun Katayama,Yohei Maeda,Masanobu Nakata,Shigeyuki Hamada,Daron M. Standley,Masaki Hayama,Takashi Shikina,Hidenori Inohara,Hitoshi Kikutani，Journal of Allergy and Clinical Immunology，Vol. 143，No. 3，p. 1163-1175.e15，2019年03月，研究論文（学術雑誌）
BATF2 prevents T-cell-mediated intestinal inflammation through regulation of the IL-23/IL-17 pathway，Hisako Kayama,Haruka Tani,Shoko Kitada,Anunya Opasawatchai,Ryu Okumura,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kiyoshi Takeda，International Immunology，Vol. 31，No. 6，p. 371-383，2019年02月19日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of Vibrio cholerae isolates from two distinct Kenyan cholera outbreaks in 2007 and 2009，S. P. Awasthi,S. M. Saidi,N. Chowdhury,M. Asakura,P. H. Hoang,A. Hinenoya,D. Motooka,S. Nakamura,Y. Iijima,S. Yamasaki，2019年02月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Coexistence Of plasmid-mediated mcr-1 And bla<inf>NDM-4</inf> genes in a Klebsiella pneumoniae clinical strain in Vietnam，Lien Le,Linh Khanh Tran,Tam Duong Le-Ha,Bich Phuong Tran,Hong Ngoc Le-Vo,Yen Nhi Nguyen,Hanh Lan Nguyen,Khanh Quynh Hoang-Ngoc,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,James W. Jones,Tetsuya Iida,Van Cao，Infection and Drug Resistance，Vol. 12，p. 3703-3707，2019年，研究論文（学術雑誌）
Complex class 1 integron in a clinical Escherichia coli strain from Vietnam carrying both mcr-1 and bla<inf>NDM-1</inf>，Hong Ngoc Le-Vo,Phuong Thi Bich Tran,Lien Le,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,James W. Jones,Tetsuya Iida,Van Cao，Frontiers in Microbiology，Vol. 10，No. OCT，2019年，研究論文（学術雑誌）
Diffusely adherent Escherichia coli strains isolated from healthy carriers suppress cytokine secretions of epithelial cells stimulated by inflammatory substances，Yoshihiko Tanimoto,Sayaka Tamai,Takehiro Matsuzaki,Narumi Takeuchi,Takumi Noju,Saki Yanagida,Eriko Kage-Nakadai,Yoshihiro Yamaguchi,Toshio Kodama,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Tetsuya Iida,Yoshikazu Nishikawaa，Infection and Immunity，Vol. 87，No. 1，2019年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Comprehensive subspecies identification of 175 nontuberculous mycobacteria species based on 7547 genomic profiles，Yuki Matsumoto,Takeshi Kinjo,Daisuke Motooka,Daijiro Nabeya,Nicolas Jung,Kohei Uechi,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Jiro Fujita,Shota Nakamura，Emerging Microbes and Infections，Vol. 8，No. 1，p. 1043-1053，2019年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of a carbapenem- and colistin-resistant Enterobacter cloacae carrying Tn6901 in bla<inf>NDM-1</inf> genomic context，Tam Duong Le-Ha,Lien Le,Hong Ngoc Le-Vo,Mizue Anda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Linh Khanh Tran,Phuong Thi Bich Tran,Tetsuya Iida,Van Cao，Infection and Drug Resistance，Vol. 12，p. 733-739，2019年，研究論文（学術雑誌）
A high-performance sequence analysis engine for shotgun metagenomics through GPU acceleration，Ying Feng Hsu,Morito Matsuoka,Nicolas Jung,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura，Proceedings - 2018 IEEE 18th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2018，p. 54-60，2018年12月06日，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Streptococcus tigurinusによる重症軟部組織感染症の1例，吉澤秀憲,片田竜一,元岡大祐,松本悠希,中村昇太,松本博志，日本法医学雑誌，(NPO)日本法医学会，Vol. 72，No. 2，p. 311-311，2018年12月
Identification of a Golgi GPI-N-acetylgalactosamine transferase with tandem transmembrane regions in the catalytic domain，Tetsuya Hirata,Sushil K. Mishra,Shota Nakamura,Kazunobu Saito,Daisuke Motooka,Yoko Takada,Noriyuki Kanzawa,Yoshiko Murakami,Yusuke Maeda,Morihisa Fujita,Yoshiki Yamaguchi,Taroh Kinoshita，Nature Communications，Vol. 9，No. 1，p. 405-405，2018年12月01日，研究論文（学術雑誌）
A Novel Unifrac-Based Analytical Method for Determining Sequential Changes in Gut Microbiota after Hematopoietic Stem Cell Transplantation，Kusakabe Shinsuke,Fukushima Kentaro,Maeda Tetsuo,Yokota Takafumi,Nakai Ritsuko,Hino Akihisa,Nagate Yasuhiro,Fujita Jiro,Daisuke Motooka,Nakamura Shota,Shibayama Hirohiko,Kanakura Yuzuru，The American Society of Hematology 60th Annual Meeting，Vol. 132，2018年11月
Regnase-1 contro ls colon epithelial regeneration via regulation of mTOR and purine metabolism，Yasuharu Nagahama,Mayuko Shimoda,Guoliang Mao,Shailendra Kumar Singh,Yuuki Kozakai,Xin Sun,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hiroki Tanaka,Takashi Satoh,Kazuhiko Maeda,Shizuo Akira，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，Vol. 115，No. 43，p. 11036-11041，2018年10月23日，研究論文（学術雑誌）
High salt intake increases plasma trimethylamine N-oxide (TMAO) concentration and produces gut dysbiosis in rats，Klaudia Bielinska,Marek Radkowski,Marta Grochowska,Karol Perlejewski,Tomasz Huc,Kinga Jaworska,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Marcin Ufnal，Nutrition，Elsevier Inc.，Vol. 54，p. 33-39，2018年10月，研究論文（学術雑誌）
WU polyomavirus detected in children with severe respiratory failure，Kazuhiro Uda,Chitose Koyama-Wakai,Kensuke Shoji,Noriyasu Iwase,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Isao Miyairi，Journal of Clinical Virology，Vol. 107，p. 25-28，2018年10月，研究論文（学術雑誌）
造血幹細胞移植後腸内細菌叢のUniFrac解析をもとにした検討(UniFrac analysis of gut microbiota following hematopoietic stem cell transplantation)，草壁信輔,前田哲生,中井りつこ,日野彬央,長手泰宏,福島健太郎,藤田二郎,元岡大佑,中村昇太,柴山浩彦,織谷健司,金倉譲，臨床血液，(一社)日本血液学会-東京事務局，Vol. 59，No. 9，p. 1811-1811，2018年09月
Heme ameliorates dextran sodium sulfate-induced colitis through providing intestinal macrophages with noninflammatory profiles，Hisako Kayama,Masako Kohyama,Daisuke Okuzaki,Daisuke Motooka,Soumik Barman,Ryu Okumura,Masato Muneta,Katsuaki Hoshino,Izumi Sasaki,Wataru Ise,Hiroshi Matsuno,Junichi Nishimura,Tomohiro Kurosaki,Shota Nakamura,Hisashi Arase,Tsuneyasu Kaisho,Kiyoshi Takeda，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，Vol. 115，No. 33，p. 8418-8423，2018年08月14日，研究論文（学術雑誌）
Interplay of a secreted protein with type IVb pilus for efficient enterotoxigenic Escherichia coli colonization，Hiroya Oki,Kazuki Kawahara,Takahiro Maruno,Tomoya Imai,Yuki Muroga,Shunsuke Fukakusa,Takaki Iwashita,Yuji Kobayashi,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Tetsuya Iida,Takuya Yoshida,Tadayasu Ohkubo,Shota Nakamura，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，Vol. 115，No. 28，p. 7422-7427，2018年07月10日，研究論文（学術雑誌）
The presence of colistin resistance gene mcr-1 and -3 in ESBL producing Escherichia coli isolated from food in Ho Chi Minh City, Vietnam，Takahiro Yamaguchi,Ryuji Kawahara,Kazuo Harada,Shihono Teruya,Tatsuya Nakayama,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Phuc Do Nguyen,Yuko Kumeda,Chinh Van Dang,Kazumasa Hirata,Yoshimasa Yamamoto，FEMS Microbiology Letters，Oxford University Press，Vol. 365，No. 11，2018年06月01日，研究論文（学術雑誌）
Interplay of a secreted protein with type IVb pilus for efficient enterotoxigenic Escherichia coli colonization，Hiroya Oki,Kazuki Kawahara,Takahiro Maruno,Tomoya Imai,Yuki Muroga,Shunsuke Fukakusa,Takaki Iwashita,Yuji Kobayashi,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Tetsuya Iida,Takuya Yoshida,Tadayasu Ohkubo,Shota Nakamura，Proc. Natl. Acad. Sci. USA.，2018年06月，研究論文（学術雑誌）
A case of severe soft tissue infection due to Streptococcus tigurinus diagnosed by necropsy in which genomic analysis was useful for clarifying its pathogenicity，Hidenori Yoshizawa,Daisuke Motooka,Yuki Matsumoto,Ryuichi Katada,Shota Nakamura,Eiichi Morii,Tetsuya Iida,Hiroshi Matsumoto，Pathology International，Vol. 68，No. 5，p. 301-306，2018年05月，研究論文（学術雑誌）
Molecular characterization of imp-1-producing enterobacter cloacae complex isolates in Tokyo，Kotaro Aoki,Sohei Harada,Koji Yahara,Yoshikazu Ishii,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yukihiro Akeda,Tetsuya Iida,Kazunori Tomono,Satoshi Iwata,Kyoji Moriya,Kazuhiro Tateda，Antimicrobial Agents and Chemotherapy，American Society for Microbiology，Vol. 62，No. 3，2018年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Molecular characterization of imp-1-producing enterobacter cloacae complex isolates in Tokyo，Kotaro Aoki,Sohei Harada,Koji Yahara,Yoshikazu Ishii,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yukihiro Akeda,Tetsuya Iida,Kazunori Tomono,Satoshi Iwata,Kyoji Moriya,Kazuhiro Tateda，Antimicrobial Agents and Chemotherapy，American Society for Microbiology，Vol. 62，No. 3，2018年03月，研究論文（学術雑誌）
N-Glycan-dependent protein folding and endoplasmic reticulum retention regulate GPI-anchor processing.，Yi-Shi Liu,Xin-Yu Guo,Tetsuya Hirata,Yao Rong,Daisuke Motooka,Toshihiko Kitajima,Yoshiko Murakami,Xiao-Dong Gao,Shota Nakamura,Taroh Kinoshita,Morihisa Fujita，The Journal of cell biology，Vol. 217，No. 2，p. 585-599，2018年02月05日，研究論文（学術雑誌）
N-Glycan-dependent protein folding and endoplasmic reticulum retention regulate GPI-anchor processing，Yi Shi Liu,Xin Yu Guo,Tetsuya Hirata,Yao Rong,Daisuke Motooka,Toshihiko Kitajima,Yoshiko Murakami,Xiao Dong Gao,Shota Nakamura,Taroh Kinoshita,Morihisa Fujita，Journal of Cell Biology，Vol. 217，No. 2，p. 585-599，2018年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Non-ischemic heart failure with reduced ejection fraction is associated with altered intestinal microbiota，Themistoklis Katsimichas,Tomohito Ohtani,Daisuke Motooka,Yasumasa Tsukamoto,Hidetaka Kioka,Kei Nakamoto,Shozo Konishi,Misato Chimura,Kaoruko Sengoku,Hiroshi Miyawaki,Taiki Sakaguchi,Ryu Okumura,Konstantinos Theofilis,Tetsuya Iida,Kiyoshi Takeda,Shota Nakamura,Yasushi Sakata，Circulation Journal，Japanese Circulation Society，Vol. 82，No. 6，p. 1640-1650，2018年，研究論文（学術雑誌）
Plasmid dynamics in Vibrio parahaemolyticus strains related to shrimp Acute Hepatopancreatic Necrosis Syndrome (AHPNS) (vol 51, pg 211, 2017)，Chonchanok Theethakaew,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Kaknokrat Chonsin,Orasa Suthienkul,Tetsuya Iida，INFECTION GENETICS AND EVOLUTION，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 57，p. 185-185，2018年01月，研究論文（学術雑誌）
Highly sensitive detection of ESR1 mutations in cell-free DNA from patients with metastatic breast cancer using molecular barcode sequencing，Nanae Masunaga,Naofumi Kagara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tomohiro Miyake,Tomonori Tanei,Yasuto Naoi,Masafumi Shimoda,Kenzo Shimazu,Seung Jin Kim,Shinzaburo Noguchi，Breast Cancer Research and Treatment，Vol. 167，No. 1，p. 49-58，2018年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Hydrogen-rich saline regulates intestinal barrier dysfunction, dysbiosis, and bacterial translocation in a murine model of sepsis，Mitsunori Ikeda,Kentaro Shimizu,Hiroshi Ogura,Takashi Kurakawa,Eiji Umemoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Naotsugu Ichimaru,Kiyoshi Takeda,Shiro Takahara,Hirano Shin-Ichi,Takeshi Shimazu，Shock，Vol. 50，No. 6，p. 640-647，2018年，研究論文（学術雑誌）
Clonal evolution and antigen recognition of anti-nuclear antibodies in acute systemic lupus erythematosus，Shuhei Sakakibara,Takao Arimori,Kazuo Yamashita,Hideyuki Jinzai,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Songling Li,Kazuya Takeda,Jun Katayama,Marwa Ali El Hussien,Masashi Narazaki,Toshio Tanaka,Daron M. Standley,Junichi Takagi,Hitoshi Kikutani，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，No. 1，2017年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Mutation accumulation under UV radiation in Escherichia coli，Atsushi Shibai,Yusuke Takahashi,Yuka Ishizawa,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Bei Wen Ying,Saburo Tsuru，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，No. 1，2017年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Suppression of HBV replication by the expression of nickase-and nuclease dead-Cas9，Takeshi Kurihara,Takasuke Fukuhara,Chikako Ono,Satomi Yamamoto,Kentaro Uemura,Toru Okamoto,Masaya Sugiyama,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masato Ikawa,Masashi Mizokami,Yoshihiko Maehara,Yoshiharu Matsuura，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，No. 1，2017年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Clonal evolution and antigen recognition of anti-nuclear antibodies in acute systemic lupus erythematosus，Shuhei Sakakibara,Takao Arimori,Kazuo Yamashita,Hideyuki Jinzai,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Songling Li,Kazuya Takeda,Jun Katayama,Marwa Ali El Hussien,Masashi Narazaki,Toshio Tanaka,Daron M. Standley,Junichi Takagi,Hitoshi Kikutani，SCIENTIFIC REPORTS，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，No. 1，2017年11月，研究論文（学術雑誌）
Sensitivity of next-generation sequencing metagenomic analysis for detection of RNA and DNA viruses in cerebrospinal fluid: The confounding effect of background contamination，Iwona Bukowska-Ośko,Karol Perlejewski,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Tomasz Stokowy,Joanna Kosińska,Marta Popiel,Rafał Płoski,Andrzej Horban,Dariusz Lipowski,Kamila Caraballo Cortés,Agnieszka Pawełczyk,Urszula Demkow,Adam Stępień,Marek Radkowski,Tomasz Laskus，Advances in Experimental Medicine and Biology，SPRINGER INT PUBLISHING AG，Vol. 944，p. 53-62，2017年11月01日，研究論文（学術雑誌）
The cell envelope-associated phospholipid-binding protein LmeA is required for mannan polymerization in mycobacteria，Kathryn C. Rahlwes,Stephanie A. Ha,Daisuke Motooka,Jacob A. Mayfield,Lisa R. Baumoel,Justin N. Strickland,Ana P. Torres-Ocampo,Shota Nakamura,Yasu S. Morita，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 292，No. 42，p. 17407-17417，2017年10月20日，研究論文（学術雑誌）
Genome-Wide Screening Uncovers the Significance of N-sulfation of Heparan Sulfate as a Host Cell Factor for Chikungunya Virus Infection，Atsushi Tanaka,Uranan Tumkosit,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Natsuko Kishishita,Thongkoon Priengprom,Areerat Sa-ngasang,Taroh Kinoshita,Naokazu Takeda,Yusuke Maeda，2017年10月
BEC, a novel enterotoxin produced by non-CPE producing Type A Clostridium perfringens, is a cause of human gastroenteritis，Shinya Yonogi,Shigeaki Matsuda,Takao Kawai,Tomoko Yoda,Tetsuya Harada,Yuko Kumeda,Kazuyoshi Gotoh,Hirotaka Hiyoshi,Kazuki Kawahara,Ryota Munetomo,Hiroya Oki,Shota Nakamura,Toshio Kodama,Tetsuya Iida，2017年09月
Genetic characterization of bla<inf>NDM</inf>-harboring plasmids in carbapenem-resistant Escherichia coli from Myanmar，Yo Sugawara,Yukihiro Akeda,Noriko Sakamoto,Dan Takeuchi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Hideharu Hagiya,Norihisa Yamamoto,Isao Nishi,Hisao Yoshida,Kazuhisa Okada,Khwar Nyo Zin,Mya Mya Aye,Kazunori Tonomo,Shigeyuki Hamada，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 12，No. 9，2017年09月，研究論文（学術雑誌）
Indigo Naturalis ameliorates murine dextran sodium sulfate-induced colitis via aryl hydrocarbon receptor activation，Shoichiro Kawai,Hideki Iijima,Shinichiro Shinzaki,Satoshi Hiyama,Toshio Yamaguchi,Manabu Araki,Shuko Iwatani,Eri Shiraishi,Akira Mukai,Takahiro Inoue,Yoshito Hayashi,Masahiko Tsujii,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Tetsuo Takehara，Journal of Gastroenterology，SPRINGER JAPAN KK，Vol. 52，No. 8，p. 904-919，2017年08月01日，研究論文（学術雑誌）
The clinical and phylogenetic investigation for a nosocomial outbreak of respiratory syncytial virus infection in an adult hemato-oncology unit，Daijiro Nabeya,Takeshi Kinjo,Gretchen Lynn Parrott,Ayako Uehara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Saifun Nahar,Sawako Nakachi,Masashi Nakamatsu,Sakuko Maeshiro,Shusaku Haranaga,Masao Tateyama,Takeaki Tomoyose,Hiroaki Masuzaki,Toshihiro Horii,Jiro Fujita，Journal of Medical Virology，WILEY，Vol. 89，No. 8，p. 1364-1372，2017年08月，研究論文（学術雑誌）
メタゲノム解析による病原体検出ー現状と課題ー，中村昇太,飯田哲也，化学療法の領域，医薬ジャーナル社，Vol. 33，No. 7，p. 119-125，2017年07月
Genome-wide screening uncovers the significance of N-sulfation of heparan sulfate as a host cell factor for chikungunya virus infection，Atsushi Tanaka,Uranan Tumkosit,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Natsuko Kishishita,Thongkoon Priengprom,Areerat Sa-ngasang,Taroh Kinoshita,Naokazu Takeda,Yusuke Maeda，Journal of Virology，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 91，No. 13，2017年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Plasmid dynamics in Vibrio parahaemolyticus strains related to shrimp Acute Hepatopancreatic Necrosis Syndrome (AHPNS)，Chonchanok Theethakaew,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Kaknokrat Chonsin,Orasa Suthienkul,Tetsuya Iida，Infection, Genetics and Evolution，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 51，p. 211-218，2017年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Phenotype–genotype correlations of PIGO deficiency with variable phenotypes from infantile lethality to mild learning difficulties，Junpei Tanigawa,Haruka Mimatsu,Seiji Mizuno,Nobuhiko Okamoto,Daisuke Fukushi,Koji Tominaga,Hiroyuki Kidokoro,Yukako Muramatsu,Eriko Nishi,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Noriko Nomura,Kiyoshi Hayasaka,Tetsuya Niihori,Yoko Aoki,Shin Nabatame,Masahiro Hayakawa,Jun Natsume,Keiichi Ozono,Taroh Kinoshita,Nobuaki Wakamatsu,Yoshiko Murakami，Human Mutation，Vol. 38，No. 7，p. 805-815，2017年07月，研究論文（学術雑誌）
重症軟部組織感染症に対し起炎菌同定を行った一例，吉澤秀憲,片田竜一,元岡大祐,中間健太郎,石田季子,中村昇太,松本博志，日本法医学雑誌，(NPO)日本法医学会，Vol. 71，No. 1，p. 57-57，2017年05月
Characterization of miR-122-independent propagation of HCV，Chikako Ono,Takasuke Fukuhara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Daisuke Okuzaki,Satomi Yamamoto,Tomokazu Tamura,Hiroyuki Mori,Asuka Sato,Kentaro Uemura,Yuzy Fauzyah,Takeshi Kurihara,Takahiro Suda,Akira Nishio,Su Su Hmwe,Toru Okamoto,Tomohide Tatsumi,Tetsuo Takehara,Kazuaki Chayama,Takaji Wakita,Kazuhiko Koike,Yoshiharu Matsuura，PLoS Pathogens，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 13，No. 5，2017年05月，研究論文（学術雑誌）
Quasispecies of Hepatitis C Virus Participate in Cell-Specific Infectivity，Takasuke Fukuhara,Satomi Yamamoto,Chikako Ono,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Hiroyuki Mori,Takeshi Kurihara,Asuka Sato,Tomokazu Tamura,Takashi Motomura,Toru Okamoto,Michio Imamura,Toru Ikegami,Tomoharu Yoshizumi,Yuji Soejima,Yoshihiko Maehara,Kazuaki Chayama,Yoshiharu Matsuura，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 7，2017年03月22日，研究論文（学術雑誌）
Erratum: Guidance of regulatory T cell development by Satb1-dependent super-enhancer establishment，Yohko Kitagawa,Naganari Ohkura,Yujiro Kidani,Alexis Vandenbon,Keiji Hirota,Ryoji Kawakami,Keiko Yasuda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Motonari Kondo,Ichiro Taniuchi,Terumi Kohwi-Shigematsu,Shimon Sakaguchi，Nature immunology，Vol. 18，No. 4，2017年03月22日，研究論文（学術雑誌）
A cluster of fatal Tick-borne encephalitis virus infection in organ transplant setting，Dariusz Lipowski,Marta Popiel,Karol Perlejewski,Shota Nakamura,Iwona Bukowska-Ośko,Ewa Rzadkiewicz,Tomasz Dzieciątkowski,Anna Milecka,Wojciech Wenski,Michał Ciszek,Alicja Dêbska-Ślizieñ,Ewa Ignacak,Kamila Caraballo Cortes,Agnieszka Pawełczyk,Andrzej Horban,Marek Radkowski,Tomasz Laskus，Journal of Infectious Diseases，OXFORD UNIV PRESS INC，Vol. 215，No. 6，p. 896-901，2017年03月15日，研究論文（学術雑誌）
Streptococcus tigurinusによる軟部組織感染症に対しネクロプシーを行った一例，吉澤秀憲,元岡大祐,中村昇太,森井英一,松本博志，日本病理学会会誌，(一社)日本病理学会，Vol. 106，No. 1，p. 479-479，2017年03月
Postnatal changes in the relative abundance of intestinal Lactobacillus spp. In newborn calves，Tadashi Takino,Yuko Kato-Mori,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Katsuro Hagiwara，Journal of Veterinary Medical Science，Vol. 79，No. 3，p. 452-455，2017年03月，研究論文（学術雑誌）
Fungal ITS1 deep-sequencing strategies to reconstruct the composition of a 26-species community and evaluation of the gut mycobiota of healthy Japanese individuals，Daisuke Motooka,Kosuke Fujimoto,Reiko Tanaka,Takashi Yaguchi,Kazuyoshi Gotoh,Yuichi Maeda,Yoki Furuta,Takashi Kurakawa,Naohisa Goto,Teruo Yasunaga,Masashi Narazaki,Atsushi Kumanogoh,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Kiyoshi Takeda,Shota Nakamura，Frontiers in Microbiology，FRONTIERS MEDIA SA，Vol. 8，No. FEB，2017年02月15日，研究論文（学術雑誌）
生体RNAシークエンス分析から明らかになったBordetella pertussis感染に対する新規の抗原(In vivo RNA-seq reveals novel antigens against Bordetella pertussis infection)，鈴木孝一朗,新澤直明,元岡大祐,中村昇太,石垣佳祐,生田和良,山西弘一,堀口安彦，日本細菌学雑誌，日本細菌学会，Vol. 72，No. 1，p. 60-60，2017年02月
Type IV pilus structure and assembly of human enterotoxigenic Escherichia coli，Hiroya Oki,Kazuki Kawahara,Shunsuke Fukakusa,Takuya Yoshida,Takahiro Maruo,Yuji Kobayashi,Tetsuya Iida,Tadayasu Ohkubo,Shota Nakamura，2017年02月
Guidance of regulatory T cell development by Satb1-dependent super-enhancer establishment，Yohko Kitagawa,Naganari Ohkura,Yujiro Kidani,Alexis Vandenbon,Keiji Hirota,Ryoji Kawakami,Keiko Yasuda,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Motonari Kondo,Ichiro Taniuchi,Terumi Kohwi-Shigematsu,Shimon Sakaguchi，Nature Immunology，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 18，No. 2，p. 173-183，2017年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Whole-genome sequence of Streptococcus tigurinus strain osk_001, isolated from postmortem material，Hidenori Yoshizawa,Daisuke Motooka,Ryuichi Katada,Yuki Matsumoto,Shota Nakamura,Eiichi Morii,Tetsuya Iida,Hiroshi Matsumoto，Genome Announcements，Vol. 5，No. 35，2017年，研究論文（学術雑誌）
Draft genome sequence of Plasmodium gonderi, a malaria parasite of African Old World monkeys，Hajime Honma,Satoru Kawai,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Takahiro Tougan,Toshihiro Horii,Nobuko Arisue，Genome Announcements，Vol. 5，No. 28，p. e00612-17，2017年，研究論文（学術雑誌）
Herpes zoster laryngitis in a patient treated with fingolimod，Hideharu Hagiya,Hisao Yoshida,Mikito Shimizu,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Norihisa Yamamoto,Yukihiro Akeda,Kazunori Tomono，JOURNAL OF INFECTION AND CHEMOTHERAPY，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 22，No. 12，p. 830-832，2016年12月，研究論文（学術雑誌）
Herpes zoster laryngitis in a patient treated with fingolimod，Hideharu Hagiya,Hisao Yoshida,Mikito Shimizu,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Norihisa Yamamoto,Yukihiro Akeda,Kazunori Tomono，Journal of Infection and Chemotherapy，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 22，No. 12，p. 830-832，2016年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Crystal structure of the ADP-ribosylating component of BEC, the binary enterotoxin of Clostridium perfringens，Kazuki Kawahara,Shinya Yonogi,Ryota Munetomo,Hiroya Oki,Takuya Yoshida,Yuko Kumeda,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Tadayasu Ohkubo,Tetsuya Iida,Shota Nakamura，Biochemical and Biophysical Research Communications，ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE，Vol. 480，No. 2，p. 261-267，2016年11月11日，研究論文（学術雑誌）
Dysbiosis Contributes to Arthritis Development via Activation of Autoreactive T Cells in the Intestine，Yuichi Maeda,Takashi Kurakawa,Eiji Umemoto,Daisuke Motooka,Yoshinaga Ito,Kazuyoshi Gotoh,Keiji Hirota,Masato Matsushita,Yoki Furuta,Masashi Narazaki,Noriko Sakaguchi,Hisako Kayama,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Yukihiko Saeki,Atsushi Kumanogoh,Shimon Sakaguchi,Kiyoshi Takeda，Arthritis and Rheumatology，WILEY，Vol. 68，No. 11，p. 2646-2661，2016年11月01日，研究論文（学術雑誌）
Crystal structure of the ADP-ribosylating component of BEC, the binary enterotoxin of Clostridium perfringens，Kazuki Kawahara,Shinya Yonogi,Ryota Munetomo,Hiroya Oki,Takuya Yoshida,Yuko Kumeda,Shigeaki Matsuda,Toshio Kodama,Tadayasu Ohkubo,Tetsuya Iida,Shota Nakamura，BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS，ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE，Vol. 480，No. 2，p. 261-267，2016年11月，研究論文（学術雑誌）
Dysbiosis Contributes to Arthritis Development via Activation of Autoreactive T Cells in the Intestine，Yuichi Maeda,Takashi Kurakawa,Eiji Umemoto,Daisuke Motooka,Yoshinaga Ito,Kazuyoshi Gotoh,Keiji Hirota,Masato Matsushita,Yoki Furuta,Masashi Narazaki,Noriko Sakaguchi,Hisako Kayama,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Yukihiko Saeki,Atsushi Kumanogoh,Shimon Sakaguchi,Kiyoshi Takeda，ARTHRITIS & RHEUMATOLOGY，WILEY，Vol. 68，No. 11，p. 2646-2661，2016年11月，研究論文（学術雑誌）
Enterococcus saigonensis sp. nov., isolated from retail chicken meat and liver，Tetsuya Harada,Van Chinh Dang,Do Phuc Nguyen,Thi Anh Dao Nguyen,Mitsuo Sakamoto,Moriya Ohkuma,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kotaro Uchida,Michio Jinnai,Shinya Yonogi,Ryuji Kawahara,Masashi Kanki,Takao Kawai,Yuko Kumeda,Yoshimasa Yamamoto，International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology，MICROBIOLOGY SOC，Vol. 66，No. 10，p. 3779-3785，2016年10月，研究論文（学術雑誌）
G28A mutation is necessary for an efficient propagation of HCV in miR-122 deficient condition，Chikako Ono,Takasuke Fukuhara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Satomi Yamamoto,Hiroyuki Mori,Kentaro Uemura,Toru Okamoto,Su Su Hmwe,Kazuaki Chayama,Takaji Wakita,Kazuhiko Koike,Yoshiharu Matsuura，2016年10月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
G28A mutation facilitates an efficient propagation of HCV in miR-122-independent manner，Chikako Ono,Takasuke Fukuhara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Satomi Yamamoto,Hiroyuki Mori,Kentaro Uemura,Toru Okamoto,Su Su Hmwe,Kazuaki Chayama,Takaji Wakita,Kazuhiko Koike,Yoshiharu Matsuura，2016年10月，研究論文（その他学術会議資料等）
From Bedside to Lab,from Lab to Bedside 救急医学研究を発展させるために侵襲病態における腸内フローラに関する研究と臨床への応用，池田光憲,清水健太郎,倉川尚,梅本英司,元岡大祐,中村昇太,小倉裕司,嶋津岳士，日本救急医学会雑誌，(一社)日本救急医学会，Vol. 27，No. 9，p. 328-328，2016年09月
Temporal dynamics of bacterial microbiota in the human oral cavity determined using an in situ model of dental biofilms，Nanako Wake,Yoko Asahi,Yuichiro Noiri,Mikako Hayashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kazuyoshi Gotoh,Jiro Miura,Hiroyuki Machi,Tetsuya Iida,Shigeyuki Ebisu，npj Biofilms and Microbiomes，Nature Publishing Group，Vol. 2，2016年08月10日，研究論文（学術雑誌）
Identification of nasal resident bacteria as causative allergens in eosinophilic chronic rhinosinusitis，K. Takeda,S. Sakakibara,D. Motooka,S. Nakamura,K. Yamashita,D. M. Standley,M. Hayama,T. Shikina,H. Inohara,H. Kikutani，EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY，WILEY-BLACKWELL，Vol. 46，p. 1114-1114，2016年08月
LATS2 positively regulates polycomb repressive complex 2，Kosuke Torigata,Okuzaki Daisuke,Satomi Mukai,Akira Hatanaka,Fumiharu Ohka,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Yasuyuki Ohkawa,Norikazu Yabuta,Yutaka Kondo,Hiroshi Nojima，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 11，No. 7，2016年07月01日，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic Analysis Reveals Dynamic Changes of Whole Gut Microbiota in the Acute Phase of Intensive Care Unit Patients，Masahiro Ojima,Daisuke Motooka,Kentaro Shimizu,Kazuyoshi Gotoh,Ayumi Shintani,Kazuhisa Yoshiya,Shota Nakamura,Hiroshi Ogura,Tetsuya Iida,Takeshi Shimazu，Digestive Diseases and Sciences，SPRINGER，Vol. 61，No. 6，p. 1628-1634，2016年06月01日，研究論文（学術雑誌）
Lypd8 promotes the segregation of flagellated microbiota and colonic epithelia，Ryu Okumura,Takashi Kurakawa,Takashi Nakano,Hisako Kayama,Makoto Kinoshita,Daisuke Motooka,Kazuyoshi Gotoh,Taishi Kimura,Naganori Kamiyama,Takashi Kusu,Yoshiyasu Ueda,Hong Wu,Hideki Iijima,Soumik Barman,Hideki Osawa,Hiroshi Matsuno,Junichi Nishimura,Yusuke Ohba,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Masahiro Yamamoto,Eiji Umemoto,Koichi Sano,Kiyoshi Takeda，NATURE，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 532，No. 7597，p. 117-+，2016年04月，研究論文（学術雑誌）
Lypd8 promotes the segregation of flagellated microbiota and colonic epithelia，Ryu Okumura,Takashi Kurakawa,Takashi Nakano,Hisako Kayama,Makoto Kinoshita,Daisuke Motooka,Kazuyoshi Gotoh,Taishi Kimura,Naganori Kamiyama,Takashi Kusu,Yoshiyasu Ueda,Hong Wu,Hideki Iijima,Soumik Barman,Hideki Osawa,Hiroshi Matsuno,Junichi Nishimura,Yusuke Ohba,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Masahiro Yamamoto,Eiji Umemoto,Koichi Sano,Kiyoshi Takeda，Nature，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 532，No. 7597，p. 117-121，2016年04月，研究論文（学術雑誌）
Homo-trimeric Structure of the Type IVb Minor Pilin CofB Suggests Mechanism of CFA/III Pilus Assembly in Human Enterotoxigenic Escherichia coli，Kazuki Kawahara,Hiroya Oki,Shunsuke Fukakusa,Takuya Yoshida,Tomoya Imai,Takahiro Maruno,Yuji Kobayashi,Daisuke Motooka,Tetsuya Iida,Tadayasu Ohkubo,Shota Nakamura，Journal of Molecular Biology，ACADEMIC PRESS LTD- ELSEVIER SCIENCE LTD，Vol. 428，No. 6，p. 1209-1226，2016年03月27日，研究論文（学術雑誌）
生体におけるRNAシークエンス分析から明らかになった百日咳菌Bordetella pertussisの宿主内における感染に関連した遺伝子発現パターン(In vivo RNA-seq revealed infection-linked expression pattern of Bordetella pertussis within host)，新澤直明,鈴木孝一朗,元岡大祐,中村昇太,堀口安彦，日本細菌学雑誌，日本細菌学会，Vol. 71，No. 1，p. 133-133，2016年02月
Reductive evolution towards primitive life: What will we see?，Atsushi Shibai,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Saburo Tsuru，Proceedings of the Artificial Life Conference 2016, ALIFE 2016，p. 188-189，2016年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
An epidemiological analysis of summer influenza epidemics in Okinawa，Satoko Sunagawa,Yoshikazu Iha,Katsuya Taira,Sho Okano,Takeshi Kinjo,Futoshi Higa,Kazufumi Kuba,Masao Tateyama,Katsunori Nakamura,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Toshihiro Horii,Gretchen L. Parrott,Jiro Fujita，Internal Medicine，Japanese Society of Internal Medicine，Vol. 55，No. 24，p. 3579-3584，2016年，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic analysis of cerebrospinal fluid from patients with multiple sclerosis，Karol Perlejewski,Iwona Bukowska-Ośko,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Tomasz Stokowy,Rafał Płoski,Małgorzata Rydzanicz,Beata Zakrzewska-Pniewska,Aleksandra Podlecka-Piętowska,Monika Nojszewska,Anna Gogol,Kamila Caraballo Cortés,Urszula Demkow,Adam Stępień,Tomasz Laskus,Marek Radkowski，Advances in Experimental Medicine and Biology，Springer New York LLC，Vol. 935，p. 89-98，2016年，論文集(書籍)内論文
Interaction of Vibrio parahaemolyticus diarrheal T3SS effector VopV with actin filaments，Mitsuhiro Nishimura,Takashi Fujii,Hirotaka Hiyoshi,Fumiaki Makino,Hajime Inoue,Daisuke Motooka,Toshio Kodama,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Shota Nakamura,Keiichi Namba,Tetsuya Iida，2016年01月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
A novel PIGN mutation and prenatal diagnosis of inherited glycosylphosphatidylinositol deficiency，Taku Nakagawa,Mariko Taniguchi-Ikeda,Yoshiko Murakami,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Tomomi Emoto,Wataru Satake,Masahiro Nishiyama,Daisaku Toyoshima,Naoya Morisada,Satoshi Takada,Shinya Tairaku,Nobuhiko Okamoto,Ichiro Morioka,Hiroki Kurahashi,Tatsushi Toda,Taroh Kinoshita,Kazumoto Iijima，American Journal of Medical Genetics, Part A，WILEY-BLACKWELL，Vol. 170，No. 1，p. 183-188，2016年01月01日，研究論文（学術雑誌）
Next-generation sequencing (NGS) in the identification of encephalitis-causing viruses: Unexpected detection of human herpesvirus 1 while searching for RNA pathogens，Karol Perlejewski,Marta Popiel,Tomasz Laskus,Shota Nakamura,Daisuke Motooka,Tomasz Stokowy,Dariusz Lipowski,Agnieszka Pollak,Urszula Lechowicz,Kamila Caraballo Cortés,Adam Stepień,Marek Radkowski,Iwona Bukowska-Ośko，Journal of Virological Methods，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 226，p. 1-6，2015年12月15日，研究論文（学術雑誌）
Structural basis for dimer formation of human condensin structural maintenance of chromosome proteins and its implications for single-stranded DNA recognition，Susumu Uchiyama,Kazuki Kawahara,Yuki Hosokawa,Shunsuke Fukakusa,Hiroya Oki,Shota Nakamura,Yukiko Kojima,Masanori Noda,Rie Takino,Yuya Miyahara,Takahiro Maruno,Yuji Kobayashi,Tadayasu Ohkubo,Kiichi Fukui，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 290，No. 49，p. 29461-29477，2015年12月04日，研究論文（学術雑誌）
Genomic confirmation of nutrient-dependent mutability of mutators in Escherichia coli，Saburo Tsuru,Yuuka Ishizawa,Atsushi Shibai,Yusuke Takahashi,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Yomo，Genes to Cells，WILEY-BLACKWELL，Vol. 20，No. 12，p. 972-981，2015年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Functional specialization in regulation and quality control in thermal adaptive evolution，Kazuma Yama,Yuki Matsumoto,Yoshie Murakami,Shigeto Seno,Hideo Matsuda,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Bei Wen Ying,Tetsuya Yomo，Genes to Cells，WILEY-BLACKWELL，Vol. 20，No. 11，p. 943-955，2015年11月，研究論文（学術雑誌）
Plasmodium berghei ANKA causes intestinal malaria associated with dysbiosis，Tomoyo Taniguchi,Eiji Miyauchi,Shota Nakamura,Makoto Hirai,Kazutomo Suzue,Takashi Imai,Takahiro Nomura,Tadashi Handa,Hiroko Okada,Chikako Shimokawa,Risa Onishi,Alex Olia,Jun Hirata,Haruyoshi Tomita,Hiroshi Ohno,Toshihiro Horii,Hajime Hisaeda，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，p. 15699-15710，2015年10月27日，研究論文（学術雑誌）
Genome-wide screening of genes required for glycosylphosphatidylinositol biosynthesis，Yao Rong,Shota Nakamura,Tetsuya Hirata,Daisuke Motooka,Yi Shi Liu,Zeng An He,Xiao Dong Gao,Yusuke Maeda,Taroh Kinoshita,Morihisa Fujita，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 10，No. 9，2015年09月18日，研究論文（学術雑誌）
Post-Golgi anterograde transport requires GARP-dependent endosome-to-TGN retrograde transport，Tetsuya Hirata,Morihisa Fujita,Shota Nakamura,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Yoshiko Murakami,Yusuke Maeda,Taroh Kinoshita，Molecular Biology of the Cell，AMER SOC CELL BIOLOGY，Vol. 26，No. 17，p. 3071-3084，2015年09月01日，研究論文（学術雑誌）
Baseline Assessment of Mesophotic Reefs of the Vitória-Trindade Seamount Chain Based on Water Quality, Microbial Diversity, Benthic Cover and Fish Biomass Data.，Meirelles PM,Amado-Filho GM,Pereira-Filho GH,Pinheiro HT,de Moura RL,Joyeux JC,Mazzei EF,Bastos AC,Edwards RA,Dinsdale E,Paranhos R,Santos EO,Iida T,Gotoh K,Nakamura S,Sawabe T,Rezende CE,Gadelha LM Jr,Francini-Filho RB,Thompson C,Thompson FL，PLoS One，Vol. 10，No. 6，2015年06月19日，研究論文（学術雑誌）
A repeat unit of Vibrio diarrheal T3S effector subverts cytoskeletal actin homeostasis via binding to interstrand region of actin filaments，Mitsuhiro Nishimura,Takashi Fujii,Hirotaka Hiyoshi,Fumiaki Makino,Hajime Inoue,Daisuke Motooka,Toshio Kodama,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Shota Nakamura,Keiichi Namba,Tetsuya Iida，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，2015年06月03日，研究論文（学術雑誌）
Cloning, expression, purification, crystallization and X-ray crystallographic analysis of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III from human enterotoxigenic Escherichia coli，Kazuki Kawahara,Hiroya Oki,Shunsuke Fukakusa,Takahiro Maruno,Yuji Kobayashi,Daisuke Motooka,Tooru Taniguchi,Takeshi Honda,Tetsuya Iida,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo，Acta Crystallographica Section F:Structural Biology Communications，International Union of Crystallography，Vol. 71，p. 663-667，2015年06月01日，研究論文（学術雑誌）
Cloning, expression, purification, crystallization and X-ray crystallographic analysis of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III from human enterotoxigenic Escherichia coli，Kazuki Kawahara,Hiroya Oki,Shunsuke Fukakusa,Takahiro Maruno,Yuji Kobayashi,Daisuke Motooka,Tooru Taniguchi,Takeshi Honda,Tetsuya Iida,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo，ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS，WILEY-BLACKWELL，Vol. 71，No. Pt 6，p. 663-667，2015年06月，研究論文（学術雑誌）
Periodic pattern of genetic and fitness diversity during evolution of an artificial cell-like system，Norikazu Ichihashi,Takuyo Aita,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Yomo，Molecular Biology and Evolution，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 32，No. 12，p. 3205-3214，2015年，研究論文（学術雑誌）
Viral detection by high-throughput sequencing，Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Katsuro Hagiwara,Takaaki Nakaya，Methods in Molecular Biology，Vol. 1236，p. 125-134，2015年，研究論文（学術雑誌）
Emergence of infectious malignant thrombocytopenia in Japanese macaques (Macaca fuscata) by SRV-4 after transmission to a novel host，Munehiro Okamoto,Takayuki Miyazawa,Shigeru Morikawa,Fumiko Ono,Shota Nakamura,Eiji Sato,Tomoyuki Yoshida,Rokusuke Yoshikawa,Kouji Sakai,Tetsuya Mizutani,Noriyo Nagata,Jun Ichiro Takano,Sachi Okabayashi,Masataka Hamano,Koji Fujimoto,Takaaki Nakaya,Tetsuya Iida,Toshihiro Horii,Takako Miyabe-Nishiwaki,Akino Watanabe,Akihisa Kaneko,Akatsuki Saito,Atsushi Matsui,Toshiyuki Hayakawa,Juri Suzuki,Hirofumi Akari,Tetsuro Matsuzawa,Hirohisa Hirai，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，2015年，研究論文（学術雑誌）
Amphipathic α-helices in apolipoproteins are crucial to the formation of infectious hepatitis C virus particles.，Fukuhara T,Wada M,Nakamura S,Ono C,Shiokawa M,Yamamoto S,Motomura T,Okamoto T,Okuzaki D,Yamamoto M,Saito I,Wakita T,Koike K,Matsuura Y，PLoS pathogens，Vol. 10，No. 12，2014年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Complete nucleotide sequence of a plasmid containing the botulinum neurotoxin gene in Clostridium botulinum type B strain 111 isolated from an infant patient in Japan，Koji Hosomi,Yoshihiko Sakaguchi,Tomoko Kohda,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Kaoru Umeda,Tetsuya Iida,Shunji Kozaki,Masafumi Mukamoto，Molecular Genetics and Genomics，SPRINGER HEIDELBERG，Vol. 289，No. 6，p. 1267-1274，2014年11月19日，研究論文（学術雑誌）
Endosomes-to-TGN retrograde transport mediated by GARP is required for post-Golgi anterograde transport and glycosylation，Tetsuya Hirata,Morihisa Fujita,Shota Nakamura,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Yoshiko Murakami,Yusuke Maeda,Taroh Kinoshita，GLYCOBIOLOGY，OXFORD UNIV PRESS INC，Vol. 24，No. 11，p. 1188-1189，2014年11月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Virus purification and enrichment by hydroxyapatite chromatography on a chip，Miyako Niimi,Taisuke Masuda,Kunihiro Kaihatsu,Nobuo Kato,Shota Nakamura,Takaaki Nakaya,Fumihito Arai，Sensors and Actuators, B: Chemical，ELSEVIER SCIENCE SA，Vol. 201，p. 185-190，2014年10月01日，研究論文（学術雑誌）
Amphipathic α-helices of Exchangeable Apolipoproteins Paticipate in the Particle Formation of HCV，Takasuke Fukuhara,Masami Wada,Shota Nakamura,Chikako Ono,Satomi Yamamoto,Mai Shiokawa,Toru Okamoto,Kazuhiko Koike,Yoshiharu Matsuura，2014年09月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Amphipathic α-helices of Exchangeable Apolipoproteins Paticipate in the Particle Formation of Hepatitis C Virus，Takasuke Fukuhara,Masami Wada,Shota Nakamura,Chikako Ono,Satomi Yamamoto,Mai Shiokawa,Toru Okamoto,Kazuhiko Koike,Yoshiharu Matsuura，2014年09月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Performance comparison of second- and third-generation sequencers using a bacterial genome with two chromosomes，Mari Miyamoto,Daisuke Motooka,Kazuyoshi Gotoh,Takamasa Imai,Kazutoshi Yoshitake,Naohisa Goto,Tetsuya Iida,Teruo Yasunaga,Toshihiro Horii,Kazuharu Arakawa,Masahiro Kasahara,Shota Nakamura，BMC Genomics，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 15，No. 1，2014年08月21日，研究論文（学術雑誌）
Generation of Rodent Malaria Parasites with a High Mutation Rate by Destructing Proofreading Activity of DNA Polymerase δ，Honma H,Hirai M,Nakamura S,Hakimi H,Kawazu SI,Palacpac NM,Hisaeda H,Matsuoka H,Kawai S,Endo H,Yasunaga T,Ohashi J,Mita T,Horii T,Furusawa M,Tanabe K，DNA Res.，Vol. 21，No. 4，p. 439-446，2014年08月，研究論文（学術雑誌）
Exchageable apolipoproteins participate in the particle formation of hepatitis C virus，Takasuke Fukuhara,Masami Wada,Shota Nakamura,Chikako Ono,Satomi Yamamoto,Mai Shiokawa,Toru Okamoto,Yoshiharu Matsuura，2014年06月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
BEC, a Novel Enterotoxin of Clostridium perfringens Found in Human Clinical Isolates from Acute Gastroenteritis Outbreaks，Shinya Yonogi,Shigeaki Matsuda,Takao Kawai,Tomoko Yoda,Tetsuya Harada,Yuko Kumeda,Kazuyoshi Gotoh,Hirotaka Hiyoshi,Shota Nakamura,Toshio Kodama,Tetsuya Iida，INFECTION AND IMMUNITY，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 82，No. 6，p. 2390-2399，2014年06月，研究論文（学術雑誌）
Oral pathobiont induces systemic inflammation and metabolic changes associated with alteration of gut microbiota，Kei Arimatsu,Hitomi Yamada,Haruna Miyazawa,Takayoshi Minagawa,Mayuka Nakajima,Mark I. Ryder,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Kazuhisa Yamazaki，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 4，No. 4，2014年05月06日，研究論文（学術雑誌）
Endosome-to-TGN retrograde transport mediated by GARP affects post-Golgi anterograde transport and glycosylation，Tetsuya Hirata,Morihisa Fujita,Shota Nakamura,Yoshiko Murakami,Yusuke Mada,Taroh Kinoshsita，2014年05月，研究論文（その他学術会議資料等）
Application of SMRT sequencing to infectious diseases，中村昇太，2014年05月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Peyer's patches play a protective role in nonsteroidal anti-inflammatory drug-induced enteropathy in mice，Satoshi Hiyama,Hideki Iijima,Shinichiro Shinzaki,Takahiro Inoue,Eri Shiraishi,Shoichiro Kawai,Manabu Araki,Motohiko Kato,Yoshito Hayashi,Tsutomu Nishida,Hironobu Fujii,Akira Mukai,Naoko Shibata,Shintaro Sato,Hiroshi Kiyono,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Masahiko Tsujii,Tetsuo Takehara，Inflammatory Bowel Diseases，LIPPINCOTT WILLIAMS & WILKINS，Vol. 20，No. 5，p. 790-799，2014年05月，研究論文（学術雑誌）
Comprehensive metagenomic approach for detecting causative microorganisms in culture-negative infective endocarditis，Atsuko Imai,Kazuyoshi Gotoh,Yoshihiro Asano,Noriaki Yamada,Daisuke Motooka,Masaki Fukushima,Machiko Kanzaki,Tomohito Ohtani,Yasushi Sakata,Hiroyuki Nishi,Koichi Toda,Yoshiki Sawa,Issei Komuro,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Shota Nakamura,Seiji Takashima，International Journal of Cardiology，ELSEVIER IRELAND LTD，Vol. 172，No. 2，p. E288-E289，2014年03月15日，研究論文（学術雑誌）
Characterization of human immunodeficiency virus type 1 CRF01_AE env genes derived from recently infected Thai individuals，Nithinart Chaitaveep,Piraporn Utachee,Shota Nakamura,Thippawan Chuenchitra,Pattama Ekpo,Naokazu Takeda,Kovit Pattanapanyasat,Masanori Kameoka，Microbes and Infection，Vol. 16，No. 2，p. 142-152，2014年02月，研究論文（学術雑誌）
Dynamics of Fecal Microbiota in Bangladeshi Children，Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shirajum Monira,Muniral Alam,Tetsuya Iidav，2014年02月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Mutation accumulation in bacteria exposed to UV radiation，Atsushi Shibai,Saburo Tsuru,Bei Wen Ying,Daisuke Motooka,Kazuyoshi Gotoh,Shota Nakamura,Tetsuya Yomo，Artificial Life 14 - Proceedings of the 14th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems, ALIFE 2014，p. 757-758，2014年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Allergic bronchopulmonary mycosis due to co-infection with Aspergillus fumigatus and Schizophyllum commune，Masafumi Seki,Hideaki Ohno,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Yoshitsugu Miyazaki,Kazunori Tomono，IDCases，Elsevier Ltd，Vol. 1，No. 1，p. 5-8，2014年，研究論文（学術雑誌）
Structural basis for PPARγ transactivation by endocrine-disrupting organotin compounds，Shusaku Harada,Youhei Hiromori,Shota Nakamura,Kazuki Kawahara,Shunsuke Fukakusa,Takahiro Maruno,Masanori Noda,Susumu Uchiyama,Kiichi Fukui,Jun Ichi Nishikawa,Hisamitsu Nagase,Yuji Kobayashi,Takuya Yoshida,Tadayasu Ohkubo,Tsuyoshi Nakanishi，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，2014年，研究論文（学術雑誌）
BEC, a novel enterotoxin of clostridium perfringens found in human clinical isolates from acute gastroenteritis outbreaks，Shinya Yonogi,Shigeaki Matsuda,Takao Kawai,Tomoko Yoda,Tetsuya Harada,Yuko Kumeda,Kazuyoshi Gotoh,Hirotaka Hiyoshi,Shota Nakamura,Toshio Kodama,Tetsuya Iida，Infection and Immunity，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 82，No. 6，p. 2390-2399，2014年，研究論文（学術雑誌）
Reduced-dose telaprevir-based triple antiviral therapy for recurrent hepatitis C after living donor liver transplantation，Toru Ikegami,Tomoharu Yoshizumi,Masaki Kato,Satomi Yamamoto,Takasuke Fukuhara,Yoshiharu Matsuura,Shota Nakamura,Shinji Itoh,Ken Shirabe,Yoshihiko Maehara，Transplantation，Vol. 98，No. 9，p. 994-999，2014年，研究論文（学術雑誌）
Complete genome sequence of Ureaplasma parvum serovar 3 strain SV3F4, isolated in Japan，Heng Ning Wu,Yukiko Nakura,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Fumiko Nishiumi,Saki Ishino,Yasuhiro Kawai,Tatsuya Tanaka,Makoto Takeuchi,Masahiro Nakayama,Tomio Fujita,Itaru Yanagihara，Genome Announcements，American Society for Microbiology，Vol. 2，No. 3，2014年，研究論文（学術雑誌）
Generation of colonic IgA-secreting cells in the caecal patch，Kazunori Masahata,Eiji Umemoto,Hisako Kayama,Manato Kotani,Shota Nakamura,Takashi Kurakawa,Junichi Kikuta,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shintaro Sato,Tomonori Higuchi,Yoshihiro Baba,Tomohiro Kurosaki,Makoto Kinoshita,Yosuke Shimada,Taishi Kimura,Ryu Okumura,Akira Takeda,Masaru Tajima,Osamu Yoshie,Masahiro Fukuzawa,Hiroshi Kiyono,Sidonia Fagarasan,Tetsuya Iida,Masaru Ishii,Kiyoshi Takeda，Nature communications，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，2014年，研究論文（学術雑誌）
Severe respiratory failure due to co-infection with human metapneumovirus and Streptococcus pneumoniae，Masafumi Seki,Hisao Yoshida,Kazuyoshi Gotoh,Nobuyuki Hamada,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Norihisa Yamamoto,Shigeto Hamaguchi,Yukihiro Akeda,Hiroshi Watanabe,Tetsuya Iida,Kazunori Tomono，Respiratory Medicine Case Reports，W.B. Saunders Ltd，Vol. 12，p. 13-15，2014年，研究論文（学術雑誌）
Allergic bronchopulmonary mycosis due to co-infection with Aspergillus fumigatus and Schizophyllum commune，Masafumi Seki,Hideaki Ohno,Kazuyoshi Gotoh,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Yoshitsugu Miyazaki,Kazunori Tomono，IDCases，Elsevier Ltd，Vol. 1，No. 1，p. 5-8，2014年，研究論文（学術雑誌）
Physiologic and metagenomic attributes of the rhodoliths forming the largest CaCO<inf>3</inf> bed in the South Atlantic Ocean，Giselle S. Cavalcanti,Gustavo B. Gregoracci,Eidy O. Dos Santos,Cynthia B. Silveira,Pedro M. Meirelles,Leila Longo,Kazuyoshi Gotoh,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Tomoo Sawabe,Carlos E. Rezende,Ronaldo B. Francini-Filho,Rodrigo L. Moura,Gilberto M. Amado-Filho,Fabiano L. Thompson，ISME Journal，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 8，No. 1，p. 52-62，2014年01月，研究論文（学術雑誌）
A Database for Rapid Detection of Pathogens in Infectious Diseases，Daisuke Motooka,Kazuyoshi Gotoh,Shota Nakamura,Toshihiro Horii，2014年01月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Immunization of rabbits with synthetic peptides derived from a highly conserved β-sheet epitope region underneath the receptor binding site of influenza A virus，Shoji Ideno,Kaoru Sakai,Mikihiro Yunoki,Ritsuko Kubota-Koketsu,Yuji Inoue,Shota Nakamura,Teruo Yasunaga,Yoshinobu Okuno,Kazuyoshi Ikuta，Biologics: Targets and Therapy，Vol. 7，No. 1，p. 233-241，2013年11月05日，研究論文（学術雑誌）
GPAT2, a mitochondrial outer membrane protein, in piRNA biogenesis in germline stem cells，Yusuke Shiromoto,Satomi Kuramochi-Miyagawa,Akito Daiba,Shinichiro Chuma,Ami Katanaya,Akiko Katsumata,Ken Nishimura,Manami Ohtaka,Mahito Nakanishi,Toshinobu Nakamura,Koichi Yoshinaga,Noriko Asada,Shota Nakamura,Teruo Yasunaga,Kanako Kojima-Kita,Daisuke Itou,Tohru Kimura,Toru Nakano，RNA，Vol. 19，No. 6，p. 803-810，2013年06月，研究論文（学術雑誌）
Sequence-Specific and Visual Identification of the Influenza Virus NS Gene by Azobenzene-Tethered Bis-Peptide Nucleic Acid，Kunihiro Kaihatsu,Shinjiro Sawada,Shota Nakamura,Takaaki Nakaya,Teruo Yasunaga,Nobuo Kato，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 8，No. 5，2013年05月21日，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic Analysis of Healthy and White Plague-Affected Mussismilia braziliensis Corals，Gizele D. Garcia,Gustavo B. Gregoracci,Eidy de O. Santos,Pedro M. Meirelles,Genivaldo G.Z. Silva,Rob Edwards,Tomoo Sawabe,Kazuyoshi Gotoh,Shota Nakamura,Tetsuya Iida,Rodrigo L. de Moura,Fabiano L. Thompson，Microbial Ecology，SPRINGER，Vol. 65，No. 4，p. 1076-1086，2013年05月，研究論文（学術雑誌）
Fatal sepsis caused by an unusual Klebsiella species that was misidentified by an automated identification system，Masafumi Seki,Kazuyoshi Gotoh,Shota Nakamura,Yukihiro Akeda,Tadashi Yoshii,Shinichi Miyaguchi,Hidenori Inohara,Toshihiro Horii,Kazunori Oishi,Tetsuya Iida,Kazunori Tomono，Journal of Medical Microbiology，SOC GENERAL MICROBIOLOGY，Vol. 62，No. PART5，p. 801-803，2013年05月，研究論文（学術雑誌）
The lipid mediator protectin D1 inhibits influenza virus replication and improves severe influenza，Masayuki Morita,Keiji Kuba,Akihiko Ichikawa,Mizuho Nakayama,Jun Katahira,Ryo Iwamoto,Tokiko Watanebe,Saori Sakabe,Tomo Daidoji,Shota Nakamura,Ayumi Kadowaki,Takayo Ohto,Hiroki Nakanishi,Ryo Taguchi,Takaaki Nakaya,Makoto Murakami,Yoshihiro Yoneda,Hiroyuki Arai,Yoshihiro Kawaoka,Josef M. Penninger,Makoto Arita,Yumiko Imai，Cell，Vol. 153，No. 1，p. 112-125，2013年03月28日，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic profile of gut microbiota in children during cholera and recovery，Shirajum Monira,Shota Nakamura,Kazuyoshi Gotoh,Kaori Izutsu,Haruo Watanabe,Nur Haque Alam,Takaaki Nakaya,Toshihiro Horii,Sk Imran Ali,Tetsuya Iida,Munirul Alam，Gut Pathogens，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 5，No. 1，2013年，研究論文（学術雑誌）
Structure of the CFA/III major pilin subunit CofA from human enterotoxigenic Escherichia coli determined at 0.90 Å resolution by sulfur-SAD phasing.，Fukakusa S,Kawahara K,Nakamura S,Iwashita T,Baba S,Nishimura M,Kobayashi Y,Honda T,Iida T,Taniguchi T,Ohkubo T，Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography，Vol. 68，No. 10，p. 1418-1429，2012年10月，研究論文（学術雑誌）
Plasmodium cynomolgi genome sequences provide insight into Plasmodium vivax and the monkey malaria clade，Shin Ichiro Tachibana,Steven A. Sullivan,Satoru Kawai,Shota Nakamura,Hyunjae R. Kim,Naohisa Goto,Nobuko Arisue,Nirianne M.Q. Palacpac,Hajime Honma,Masanori Yagi,Takahiro Tougan,Yuko Katakai,Osamu Kaneko,Toshihiro Mita,Kiyoshi Kita,Yasuhiro Yasutomi,Patrick L. Sutton,Rimma Shakhbatyan,Toshihiro Horii,Teruo Yasunaga,John W. Barnwell,Ananias A. Escalante,Jane M. Carlton,Kazuyuki Tanabe，Nature Genetics，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 44，No. 9，p. 1051-1055，2012年09月，研究論文（学術雑誌）
南極の氷中に含まれていた細菌叢の解析，大久保寅彦,佐藤豊孝,中村昇太,飯田哲也,臼井優,能田淳,萩原克郎,田村豊，日本獣医学会学術集会講演要旨集，(公社)日本獣医学会，Vol. 154回，p. 229-229，2012年08月
A comprehensive analysis of reassortment in influenza A virus，U. Chandimal De Silva,Hokuto Tanaka,Shota Nakamura,Naohisa Goto,Teruo Yasunaga，Biology Open，COMPANY OF BIOLOGISTS LTD，Vol. 1，No. 4，p. 385-390，2012年04月，研究論文（学術雑誌）
Frequency of D222G and Q223R hemagglutinin mutants of pandemic (H1N1) 2009 influenza virus in Japan between 2009 and 2010，Mayo Yasugi,Shota Nakamura,Tomo Daidoji,Norihito Kawashita,Ririn Ramadhany,Cheng Song Yang,Teruo Yasunaga,Tetsuya Iida,Toshihiro Horii,Kazuyoshi Ikuta,Kazuo Takahashi,Takaaki Nakaya，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 7，No. 2，2012年02月17日，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic analysis of DNA viruses in a wastewater treatment plant in tropical climate，Hideyuki Tamaki,Rui Zhang,Florent E. Angly,Shota Nakamura,Pei Ying Hong,Teruo Yasunaga,Yoichi Kamagata,Wen Tso Liu，Environmental Microbiology，Vol. 14，No. 2，p. 441-452，2012年02月，研究論文（学術雑誌）
Emergence of HA mutants during influenza virus pneumonia，Maria Eugenia Vázquez Manríquez,Akiko Makino,Motoko Tanaka,Yasuhisa Abe,Hiroyuki Yoshida,Ichiro Morioka,Soichi Arakawa,Yasuhiro Takeshima,Kentaro Iwata,Jin Takasaki,Toshie Manabe,Takaaki Nakaya,Shota Nakamura,Anjarath Lorena Higuera Iglesias,Rosa Maria Rivera Rossales,Erika Pena Mirabal,Tateki Ito,Toshio Kitazawa,Teruaki Oka,Makoto Yamashita,Koichiro Kudo,Kyoko Shinya，International Journal of Clinical and Experimental Pathology，Vol. 5，No. 8，p. 787-795，2012年，研究論文（学術雑誌）
Tropism of pandemic 2009 H1N1 influenza A virus，Ririn Ramadhany,Mayo Yasugi,Shota Nakamura,Tomo Daidoji,Yohei Watanabe,Kazuo Takahashi,Kazuyoshi Ikuta,Takaaki Nakaya，Frontiers in Microbiology，FRONTIERS MEDIA SA，Vol. 3，No. APR，2012年，研究論文（学術雑誌）
The triple helical structure and stability of collagen model peptide with 4(S)-hydroxyprolyl-Pro-Gly units.，Daisuke Motooka,Kazuki Kawahara,Shota Nakamura,Masamitsu Doi,Yoshinori Nishi,Yuji Nishiuchi,Young Kee Kang,Takashi Nakazawa,Susumu Uchiyama,Takuya Yoshida,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi，Biopolymers，WILEY-BLACKWELL，Vol. 98，No. 2，p. 111-121，2012年，研究論文（学術雑誌）
Direct Metagenomic Detection of Viral Pathogens in Human Specimens Using an Unbiased High-Throughput Sequencing Approach，Takaaki Nakaya,Shota Nakamura,Yoshiko Okamoto,Yoshiyuki Nagai,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki,Tetsuya Iida,Toshihiro Horii，Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats，p. 73-80，2011年11月10日，論文集(書籍)内論文
34 海洋細菌が産生するセリンプロテアーゼ阻害剤マリノスタチンの構造と機能(口頭発表の部)，泰地美沙子,山崎俊正,河原一樹,元岡大祐,中村昇太,豊島正,大久保忠恭,小林祐次,西内祐二，天然有機化合物討論会講演要旨集，天然有機化合物討論会，No. 53，p. 199-204，2011年09月02日
Assembly states of the nucleosome assembly protein 1 (NAP-1) revealed by sedimentation velocity and non-denaturing MS，Masanori Noda,Susumu Uchiyama,Adam R. McKay,Akihiro Morimoto,Shigeki Misawa,Akihiro Yoshida,Hideto Shimahara,Hiroto Takinowaki,Shota Nakamura,Yuji Kobayashi,Sachihiro Matsunaga,Tadayasu Ohkubo,Carol V. Robinson,Kiichi Fukui，Biochemical Journal，PORTLAND PRESS LTD，Vol. 436，No. 1，p. 101-112，2011年05月15日，研究論文（学術雑誌）
Gut microbiota of healthy and malnourished children in Bangladesh，Shirajum Monira,Shota Nakamura,Kazuyoshi Gotoh,Kaori Izutsu,Haruo Watanabe,Nur Haque Alam,Hubert Ph Endtz,Alejandro Cravioto,Sk Imran Ali,Takaaki Nakaya,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Munirul Alam，Frontiers in Microbiology，FRONTIERS RESEARCH FOUNDATION，Vol. 2，No. NOV，2011年，研究論文（学術雑誌）
Genotypic profile of streptococcus suis serotype 2 and clinical features of infection in humans, Thailand，Anusak Kerdsin,Surang Dejsirilert,Parichart Puangpatra,Saowalak Sripakdee,Koranan Chumla,Nitsara Boonkerd,Pitimol Polwichai,Susumu Tanimura,Dan Takeuchi,Tatsuya Nakayama,Shota Nakamura,Yukihiro Akeda,Marcelo Gottschalk,Pathom Sawanpanyalert,Kazunori Oishi，Emerging Infectious Diseases，CENTERS DISEASE CONTROL，Vol. 17，No. 5，p. 835-842，2011年，研究論文（学術雑誌）
The role of lysine residue at amino acid position 165 of human immunodeficiency virus type 1 CRF01_AE Gag in reducing viral drug susceptibility to protease inhibitors，Masanori Kameoka,Panasda Isarangkura-na-ayuthaya,Yoko Kameoka,Sompong Sapsutthipas,Bongkot Soonthornsata,Shota Nakamura,Kenzo Tokunaga,Pathom Sawanpanyalert,Kazuyoshi Ikuta,Wattana Auwanit，Virology，ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE，Vol. 405，No. 1，p. 129-138，2010年09月，研究論文（学術雑誌）
Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a human condensin SMC2 hinge domain with short coiled coils，Kazuki Kawahara,Shota Nakamura,Yasuhiro Katsu,Daisuke Motooka,Yuki Hosokawa,Yukiko Kojima,Keiko Matsukawa,Hiroto Takinowaki,Susumu Uchiyama,Yuji Kobayashi,Kiichi Fukui,Tadayasu Ohkubo，Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications，WILEY-BLACKWELL，Vol. 66，No. 9，p. 1067-1070，2010年09月，研究論文（学術雑誌）
Characterization of HIV-1 resistance to a fusion inhibitor, N36, derived from the gp41 amino-terminal heptad repeat，Kazuki Izumi,Shota Nakamura,Hiroaki Nakano,Kazuya Shimura,Yasuko Sakagami,Shinya Oishi,Susumu Uchiyama,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Nobutaka Fujii,Masao Matsuoka,Eiichi N. Kodama，Antiviral Research，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 87，No. 2，p. 179-186，2010年08月，研究論文（学術雑誌）
Structure-activity relationship of marinostatin, a serine protease inhibitor isolated from a marine organism，Misako Taichi,Tohimasa Yamazaki,Kazuki Kawahara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Shusaku Harada,Tadashi Teshima,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Yuji Nishiuchi，Journal of Peptide Science，JOHN WILEY & SONS LTD，Vol. 16，No. 7，p. 329-336，2010年07月，研究論文（学術雑誌）
Two N-linked glycosylation sites in the V2 and C2 regions of human immunodeficiency virus type 1 CRF01-AE envelope glycoprotein gp120 regulate viral neutralization susceptibility to the human monoclonal antibody specific for the CD4 binding domain，Piraporn Utachee,Shota Nakamura,Panasda Isarangkura-na-ayuthaya,Kenzo Tokunaga,Pathom Sawanpanyalert,Kazuyoshi Ikuta,Wattana Auwanit,Masanori Kameoka，Journal of Virology，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 84，No. 9，p. 4311-4320，2010年05月，研究論文（学術雑誌）
Structure and reaction mechanism of human nicotinamide phosphoribosyltransferase，Ryo Takahashi,Shota Nakamura,Takashi Nakazawa,Katsuhiko Minoura,Takuya Yoshida,Yoshinori Nishi,Yuji Kobayashi,Tadayasu Ohkubo，Journal of Biochemistry，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 147，No. 1，p. 95-107，2010年01月，研究論文（学術雑誌）
Clonal dissemination of human isolates of Streptococcus suis serotype 14 in Thailand，Anusak Kerdsin,Kazunori Oishi,Saowalak Sripakdee,Nitsara Boonkerd,Pitimol Polwichai,Shota Nakamura,Ryuichi Uchida,Pathom Sawanpanyalert,Surang Dejsirilert，Journal of Medical Microbiology，Vol. 58，No. 11，p. 1508-1513，2009年11月，研究論文（学術雑誌）
Electrostatically constrained α-helical peptide inhibits replication of HIV-1 resistant to enfuvirtide，Hiroki Nishikawa,Shota Nakamura,Eiichi Kodama,Saori Ito,Keiko Kajiwara,Kazuki Izumi,Yasuko Sakagami,Shinya Oishi,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Akira Otaka,Nobutaka Fujii,Masao Matsuoka，International Journal of Biochemistry and Cell Biology，PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD，Vol. 41，No. 4，p. 891-899，2009年04月，研究論文（学術雑誌）
Phenotypic studies on recombinant human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) containing CRF01_AE env gene derived from HIV-1-infected patient, residing in central Thailand，Piraporn Utachee,Piyamat Jinnopat,Panasda Isarangkura-na-ayuthaya,U. Chandimal de Silva,Shota Nakamura,Uamporn Siripanyaphinyo,Nuanjun Wichukchinda,Kenzo Tokunaga,Teruo Yasunaga,Pathom Sawanpanyalert,Kazuyoshi Ikuta,Wattana Auwanit,Masanori Kameoka，Microbes and Infection，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 11，No. 3，p. 334-343，2009年03月，研究論文（学術雑誌）
Genotypic characterization of CRF01-AE env genes derived from human immunodeficiency virus type 1-infected patients residing in central Thailand，Piraporn Utachee,Piyamat Jinnopat,Panasda Isarangkura-Na-Ayuthaya,Udayanga Chandimal De Silva,Shota Nakamura,Uamporn Siripanyaphinyo,Nuanjun Wichukchinda,Kenzo Tokunaga,Teruo Yasunaga,Pathom Sawanpanyalert,Kazuyoshi Ikuta,Wattana Auwanit,Masanori Kameoka，AIDS Research and Human Retroviruses，MARY ANN LIEBERT INC，Vol. 25，No. 2，p. 229-236，2009年02月01日，研究論文（学術雑誌）
Detection of circulating Asian H5N1 viruses by a newly established monoclonal antibody，Anariwa Du,Tomo Daidoji,Takaaki Koma,Madiha S. Ibrahim,Shota Nakamura,U. Chandimal de Silva,Mayo Ueda,Cheng Song Yang,Teruo Yasunaga,Kazuyoshi Ikuta,Takaaki Nakaya，Biochemical and Biophysical Research Communications，2，Vol. 378，No. 2，p. 197-202，2009年01月09日，研究論文（学術雑誌）
Inhibition of influenza virus infection by targeting genome conserved region with non-natural nucleic acid.，Tomoya Takahashi,Takuya Ohzawa,Shinjiro Sawada,Nobuo Kato,Naohisa Goto,Shota Nakamura,Teruo Yasunaga,Kunihiro Kaihatsu，Nucleic acids symposium series (2004)，No. 53，p. 285-286，2009年，研究論文（学術雑誌）
Stability enhancement of cytochrome c through heme deprotonation and mutations，Takafumi Sonoyama,Jun Hasegawa,Susumu Uchiyama,Shota Nakamura,Yuji Kobayashi,Yoshihiro Sambongi，Biophysical Chemistry，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 139，No. 1，p. 37-41，2009年01月，研究論文（学術雑誌）
Hyperstability and crystal structure of cytochrome c<inf>555</inf> from hyperthermophilic Aquifex aeolicus，Marii Obuchi,Kazuki Kawahara,Daisuke Motooka,Shota Nakamura,Masaru Yamanaka,Taku Takeda,Susumu Uchiyama,Yuji Kobayashi,Tadayasu Ohkubo,Yoshihiro Sambongi，Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography，WILEY-BLACKWELL，Vol. 65，No. 8，p. 804-813，2009年，研究論文（学術雑誌）
Metagenomic diagnosis of bacterial infections，Shota Nakamura,Norihiro Maeda,Ionut Mihai Miron,Myonsun Yoh,Kaori Izutsu,Chidoh Kataoka,Takeshi Honda,Teruo Yasunaga,Takaaki Nakaya,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida，Emerging Infectious Diseases，CENTER DISEASE CONTROL，Vol. 14，No. 11，p. 1784-1786，2008年11月，研究論文（学術雑誌）
Synthesis and characterization of the collagen model peptides containing 4(S)-hydroxyproline，Daisuke Motooka,Kazuki Kawahara,Shota Nakamura,Susumu Uchiyama,Masamitsu Doi,Yuji Nishiuchi,Takashi Nakazawa,Tadayasu Ohkubo,Yoshinori Nishi,Yuji Kobayashi，JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE，JOHN WILEY & SONS LTD，Vol. 14，No. 8，p. 172-172，2008年08月
Reduced incorporation of SARS-CoV spike protein into viral particles due to amino acid substitutions within the receptor binding domain，Shu Ming Li,Gui Mei Li,Shota Nakamura,Kazuyoshi Ikuta,Takaaki Nakaya，Japanese Journal of Infectious Diseases，NATL INST INFECTIOUS DISEASES，Vol. 61，No. 2，p. 123-127，2008年，研究論文（学術雑誌）
Stabilization mechanism of cytochrome c<inf>552</inf> from a moderately thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus，Sayaka Hakamada,Takafumi Sonoyama,Shin Ichi Ichiki,Shota Nakamura,Susumu Uchiyama,Yuji Kobayashi,Yoshihiro Sambongi，Bioscience, Biotechnology and Biochemistry，TAYLOR & FRANCIS LTD，Vol. 72，No. 8，p. 2103-2109，2008年，研究論文（学術雑誌）
Roles of a short connecting disulfide bond in the stability and function of psychrophilic Shewanella violacea cytochrome c<inf>5</inf>，Keiko Ogawa,Takafumi Sonoyama,Taku Takeda,Shin Ichi Ichiki,Shota Nakamura,Yuji Kobayashi,Susumu Uchiyama,Kaoru Nakasone,Shin Ichi J. Takayama,Hajime Mita,Yasuhiko Yamamoto,Yoshihiro Sambongi，Extremophiles，SPRINGER JAPAN KK，Vol. 11，No. 6，p. 797-807，2007年11月，研究論文（学術雑誌）
Crystal structure of Pyrococcus horikoshii PPC protein at 1.60 Å resolution，Linyen Lin,Hiroaki Nakano,Shota Nakamura,Susumu Uchiyama,Satora Fujimoto,Sachihiro Matsunaga,Yuji Kobayashi,Tadayasu Ohkubo,Kiichi Fukui，Proteins: Structure, Function and Genetics，WILEY-LISS，Vol. 67，No. 2，p. 505-507，2007年05月01日，研究論文（学術雑誌）
Crystallization of human nicotinamide phosphoribosyltransferase，Ryo Takahashi,Shota Nakamura,Takuya Yoshida,Yuji Kobayashi,Tadayasu Ohkubo，Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications，BLACKWELL PUBLISHING，Vol. 63，No. 5，p. 375-377，2007年04月，研究論文（学術雑誌）
1P006 3αヒドロキシステロイド脱水素酵素の分子動力学計算 : 基質結合ループの構造変化(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)，中村昇太,苙口友隆,山根努,池口満徳,片岡佐智予,古賀舞子,織田昌幸,小林祐次,大久保忠恭，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 47，2007年
Apo- and holo-structures of 3α-hydroxysteroid dehydrogenase from Pseudomonas sp. B-0831: Loop-helix transition induced by coenzyme binding.，Nakamura, S,Oda, M,Kataoka, S,Ueda, S,Uchiyama, S,Yoshida, T,Kobayashi, Y,Ohkubo, T，J. Biol. Chem.，Vol. 281，No. 42，p. 31876-31884，2006年10月20日，研究論文（学術雑誌）
Crystallization and preliminary X-ray analysis of the complex of NADH and 3α-hydroxysteroid dehydrogenase from Pseudomonas sp. B-0831，Sachiyo Kataoka,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo,Shigeru Ueda,Susumu Uchiyama,Yuji Kobayashi,Masayuki Oda，Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications，BLACKWELL PUBLISHING，Vol. 62，No. 6，p. 569-571，2006年06月，研究論文（学術雑誌）
Structure of cytochrome c552 from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus: comparative study on the thermostability of cytochrome c，Shota Nakamura,Shin Ichi Ichiki,Hiroyuki Takashima,Susumu Uchiyama,Jun Hasegawa,Yuji Kobayashi,Yoshihiro Sambongi,Tadayasu Ohkubo，Biochemistry，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 45，No. 19，p. 6115-6123，2006年05月16日，研究論文（学術雑誌）
Effect of hydration on the thermal stability of the collagen model peptide containing 4(S)-hydroxyproline，Kazuki Kawahara,Yoshinori Nishi,Shota Nakamura,Susumu Uchiyama,Yuji Nishiuchi,Takashi Nakazawa,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi，Peptide Science 2006，Vol. 2006，p. 169-170，2006年，研究論文（学術雑誌）
2P084 コラーゲンモデルペプチド(4(R)-Hyp-4(R)-Hyp-Gly)_<10>のX線結晶構造解析(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))，河原一樹,西義則,中村昇太,内山進,西内祐二,中沢隆,大久保忠恭,小林祐次，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 45，2005年
1P066 コラーゲンモデルペプチド(4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-Gly)_<10>の熱安定性に及ぼす水和の効果(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))，西義則,河原一樹,中村昇太,内山進,西内祐二,中沢隆,大久保忠恭,小林祐次，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 45，2005年
Redox Function and Thermostability of Various P. aeruginosa Cytochrome c551 Mutants（共著），山本,泰彦,K.,Oikawa,S.,Nakamura,S.,Sonoyama,A.,Oshima,Y.,Kobayashi,S.,J. Takayama,S.,Uchiyama,J.,Hasegawa,Y.,Sambongi，Journal of Bioinorganic Chemistry，Vol. 96，p. 5527-5532，2005年01月，研究論文（学術雑誌）
Complete thermal-unfolding profiles of oxidized and reduced cytochromes c，Susumu Uchiyama,Atsushi Ohshima,Shota Nakamura,Jun Hasegawa,Norifumi Terui,Shin Ichi Joseph Takayama,Yasuhiko Yamamoto,Yoshihiro Sambongi,Yuji Kobayashi，Journal of the American Chemical Society，Vol. 126，No. 45，p. 14684-14685，2004年11月17日，研究論文（学術雑誌）
3P014 Pseudomonas aeruginosaのシトクロムc 551とその変異体を用いた蛋白質安定化機構の解明(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)，園山貴文,内山進,中村昇太,大島淳,小林祐次,三本木至宏，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 44，2004年
3P012 高温性水素細菌Hydrogenophilus thermoluteolus cytochrome c-552の構造と安定性の関係(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)，市来伸一,中村昇太,大島淳,小林祐次,長谷川淳,内山進,西原宏史,水田啓子,三本木至宏，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 44，2004年
3P011 好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilusシトクロムcの大腸菌での発現と安定性(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)，及川健太,中村昇太,高山真一,長谷川淳,小林祐次,山本泰彦,内山進,三本木至宏，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 44，2004年
Sequence of the gene for Clostridium botulinum type B neurotoxin associated with infant botulism, expression of the C-terminal half of heavy chain and its binding activity.，Ihara H,Kohda T,Morimoto F,Tsukamoto K,Karasawa T,Nakamura S,Mukamoto M,Kozaki S，Biochimica et biophysica acta，Vol. 1625，No. 1，p. 19-26，2003年01月
Deep learning approach for pathogen detection through shotgun metagenomics sequence classification，Ying Feng Hsu,Makiko Ito,Takumi Maruyama,Morito Matsuoka,Nicolas Jung,Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka,Shota Nakamura，Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)，Vol. 11526 LNAI，p. 24-30，1905年07月11日，研究論文（国際会議プロシーディングス）

MISC

前立腺腫大は前立腺細菌叢と関連するか:前立腺細菌叢のプロファイリング，岡田紘一,竹澤健太郎,小山佳久,元岡大祐,中村昇太,辻村剛,今中岳洋,栗林宗平,福原慎一郎,木内寛,野々村祝夫，日本排尿機能学会誌(Web)，(一社)日本排尿機能学会，Vol. 33，No. 1，p. 208-208，2022年
新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に伴う難治性大量下痢症の1例，清水健太郎,平田陽彦,徳平夏子,上田安希子,元岡大祐,中村昇太,小倉裕司，日本救急医学会雑誌，Vol. 33，No. 1，2022年
リアルタイムコアゲノム解析による非結核性抗酸菌症の迅速・高精度同定法の確立および臨床応用，安部祐子,安部祐子,福島清春,福島清春,福島清春,松本悠希,新津敬之,新津敬之,新居卓朗,木庭太郎,松木隆典,元岡大祐,辻野和之,三木啓資,中村昇太,木田博，日本サルコイドーシス/肉芽腫性疾患学会雑誌，Vol. 41，2021年
臨床試料とペットの大便における抗菌薬耐性菌(Antimicrobial-resistant bacteria in clinical specimens and feces of companion animals)，安木真世,鳩谷晋吾,元岡大祐,島村俊介,谷浩行,古家優,三重慧一郎,三宅眞実,中村昇太,嶋田照雅，日本細菌学雑誌，日本細菌学会，Vol. 74，No. 1，p. 134-134，2019年03月
高効率な非レトロRNAウイルス網羅探索手法FLDSのヒト臓器への適用，浦山俊一,浦山俊一,浦山俊一,田村友和,泉琢磨,中村昇太,元岡大祐,吉住朋晴,平井美穂,高木善弘,布浦拓郎,福原崇介，日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web)，Vol. 67th，2019年
肝臓移植レシピエントにおけるペギウイルス感染の特徴，泉琢磨,坂田一仁,奥崎大介,井口昭一,田村友和,元岡大祐,中村昇太,小野慎子,下川雅弘,松浦善治,森正樹,福原崇介,吉住朋晴，日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web)，Vol. 67th，2019年
Association of gut microbiome with immune status and clinical response in solid tumor patients who received on anti-PD-1 therapies.，Shota Fukuoka,Motooka Daisuke,Yosuke Togashi,Eri Sugiyama,Hibiki Udagawa,Keisuke Kirita,Takahiro Kamada,Akihito Kawazoe,Koichi Goto,Toshihiko Doi,Kohei Shitara,Shota Nakamura,Hiroyoshi Nishikawa，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，AMER SOC CLINICAL ONCOLOGY，Vol. 36，No. 15，2018年05月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
ヒトマイクロバイオーム:メタ16S解析から機能メタゲノミクスへの新展開重症救急患者の腸内細菌叢・腸内環境の変化と臨床との関連，小島将裕,清水健太郎,元岡大祐,中村昇太,小倉裕司,飯田哲也,嶋津岳士，日本化学療法学会雑誌，(公社)日本化学療法学会，Vol. 66，No. 2，p. 237-238，2018年03月
ヒトマイクロバイオーム-メタ16S解析から機能メタゲノミクスへの新展- 重症救急患者の腸内細菌叢・腸内環境の変化と臨床との関連，小島将裕,清水健太郎,元岡大祐,中村昇太,小倉裕司,飯田哲也,嶋津岳士，感染症学雑誌，(一社)日本感染症学会，Vol. 92，No. 2，p. 181-181，2018年03月
本邦初となる死亡妊婦胎盤からのオウム病病原体検出，柳原格,吉村芳修,名倉由起子,竹内真,今村好章,吉田好雄,片野晴隆,長谷川秀樹,元岡大祐,中村昇太,永宗喜三郎，日本細菌学雑誌，日本細菌学会，Vol. 73，No. 1，p. 66-66，2018年02月
造血幹細胞移植後腸内細菌叢のUniFrac解析をもとにした検討，草壁信輔,前田哲生,中井りつこ,日野彬央,長手泰宏,福島健太郎,藤田二郎,元岡大佑,中村昇太,柴山浩彦,織谷健司,金倉譲，臨床血液，Vol. 59，No. 9，2018年
ベトナムの豚肉から分離したmcr-3を有するコリスチン耐性大腸菌の解析，山口貴弘,山口貴弘,河原隆二,照屋志帆乃,原田和生,元岡大祐,中村昇太,中山達哉,山本容正,平田收正，日本細菌学雑誌(Web)，Vol. 73，No. 1，2018年
Genetic characterization of bla(NDM)-harboring plasmids in carbapenem-resistant Escherichia coli from Myanmar (vol 12, e0184720, 2017)，Y. Sugawara,Y. Akeda,N. Sakamoto,D. Takeuchi,D. Motooka,S. Nakamura,Kazunori Tomono，PLOS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 12，No. 12，2017年12月
タイで分離されたCREのゲノム解析と薬剤耐性遺伝子搭載プラスミドの解析，坂本典子,明田幸宏,竹内壇,菅原庸,山本倫久,鈴木仁人,柴山恵吾,朝野和典,浜田茂幸,Santanirand Pitak,Laolerd Warawut,西功,中村昇太,元岡大祐，日本細菌学雑誌，日本細菌学会，Vol. 72，No. 1，p. 143-143，2017年02月
細胞の増殖能力は変異に対してどれほど頑強か，芝井厚,石澤裕佳,高橋祐輔,元岡大祐,中村昇太,津留三良，日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web)，Vol. 19th，2017年
同種造血幹細胞移植における腸内細菌叢の経時的な解析，草壁信輔,前田哲生,堤一仁,野崎健司,森川陽一郎,藤田二郎,元岡大祐,中村昇太,柴山浩彦,織谷健司,金倉譲，日本造血細胞移植学会総会プログラム・抄録集，Vol. 40th，2017年
腸管毒素原性大腸菌（ETEC）が産生するIV型線毛の立体構造解析，河原一樹,沖大也,深草俊輔,吉田卓也,今井友也,丸野孝浩,小林祐次,元岡大祐,飯田哲也,大久保忠恭,中村昇太，日本結晶学会平成28年度年会，2016年11月，研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）
Implications of Spns2-deficiency on S1P-driven lymphocytes egress, HEV-integrity and immunity，S. Simmons,N. Sasaki,E. Umemoto,N. Yoshizumi,S. Fukuhara,Y. Kitazawa,M. Okudaira,A. Inoue,D. Motooka,S. Nakamura,T. Iida,J. Aoki,N. Mochizuki,K. Matsuno,K. Takeda,M. Miyasaka,M. Ishii，EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY，WILEY-BLACKWELL，Vol. 46，p. 267-267，2016年08月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
フタトゲチマダニ単為生殖系(岡山株)の発育胚および雌ダニにおける細菌叢解析，白藤(梅宮)梨可,中村昇太,元岡大祐,按田瑞恵,飯田哲也,堀井俊宏,三原涼,藤崎幸蔵,井上昇,鈴木宏志，日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集，Vol. 85th，2016年02月
栄養依存的な変異率のゲノムワイドな実証，津留三良,石澤裕佳,芝井厚,高橋佑輔,元岡大祐,中村昇太，日本ゲノム微生物学会年会要旨集，Vol. 10th，2016年
再興する百日咳の制御に向けた新規感染防御抗原の探索研究，鈴木孝一朗,鈴木孝一朗,新澤直明,石垣佳祐,元岡大祐,中村昇太,中村昇太,生田和良,山西弘一,堀口安彦，日本小児感染症学会総会・学術集会プログラム・抄録集，Vol. 48th，2016年
百日せきワクチンにおける新規感染防御抗原の探索研究，鈴木孝一朗,鈴木孝一朗,新澤直明,石垣佳祐,元岡大祐,中村昇太,中村昇太,生田和良,山西弘一,堀口安彦，日本ワクチン学会学術集会プログラム・抄録集，Vol. 20th，2016年
フタトゲチマダニ単為生殖系(岡山株)の共生細菌叢について，白藤(梅宮)梨可,中村昇太,元岡大祐,按田瑞恵,飯田哲也,堀井俊宏,三原涼,鈴木宏志,井上昇,藤崎幸蔵，日本ダニ学会誌，Vol. 25，No. 1，2016年
PacBioを用いたHIV薬剤標的遺伝子領域の多様性解析，林晴香,元岡大祐,中山英美,渡邊大,白阪琢磨,塩田達雄,中村昇太,飯田哲也，2015年11月，研究発表ペーパー・要旨（全国大会，その他学術会議）
1‐Cys型ペルオキシレドキシン遺伝子欠損Plasmodium bergheiの赤内型RNA‐seq解析，薄井美帆,増田(菅沼)裕乃,元岡大祐,中村昇太,山岸潤也,福本晋也,井上昇,堀井俊宏,河津信一郎，日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集，Vol. 84th，2015年02月
リポカリン型プロスタグランジンD合成酵素(L-PGDS)とリガンド複合体の構造解析，沖大也,島本茂,秦殊斌,加藤信幸,元岡大祐,中村昇太,河原一樹,吉田卓也,大久保忠恭，日本結晶学会年会講演要旨集，Vol. 2015，2015年
THE HIGH-THROUGHPUT DNA SEQUENCING REVEALS DYNAMIC CHANGE OF GUT MICROBIOTA IN ICU PATIENTS，Masahiro Ojima,Daisuke Motooka,Kentaro Shimizu,Kazuhisa Yoshiya,Hiroshi Ogura,Shota Nakamura,Tetsuya Iide,Takeshi Shimazu，CRITICAL CARE MEDICINE，LIPPINCOTT WILLIAMS & WILKINS，Vol. 42，No. 12，2014年12月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Structural Analysis of the CFA/III Minor Pilin Subunit CofB of Human Enterotoxigenic Escherichia coli，Hiroya Oki,Kazuki Kawahara,Shunsuke Fukakusa,Takuya Yoshida,Yuji Kobayashi,Tooru Taniguchi,Takeshi Honda,Tetsuya Iida,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo，PROTEIN SCIENCE，WILEY-BLACKWELL，Vol. 23，p. 101-101，2014年07月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
キクガシラコウモリ由来新規ガンマヘルペスウイルスの遺伝子解析，野口慧多,下田宙,寺田豊,NGUYEN Dung,水谷哲也,中村昇太,中屋隆明,鈴木哲朗,本道栄一,前田健，日本獣医学会学術集会講演要旨集，Vol. 157th，2014年
肝炎ウイルス研究における遺伝子改変技術の有用性，福原崇介,和田真実,小野慎子,中村昇太,山本聡美,森寛之,岡本徹,奥崎大介,山本卓,松浦善治，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 37th，2014年
抗デングウイルスヒト型単クローン抗体とエンベロープ蛋白質との分子間相互作用解析，西村光広,佐々木正大,PIPATTANABOON Chonlatip,沖大也,小野健一郎,中村昇太,大久保忠恭,小林祐次,黒須剛,生田和良，日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集，Vol. 61st，2013年10月29日
3P-176 インフルエンザウイルスのハイドロキシアパタイトクロマトグラフィーによる精製(生物化学工学,一般講演)，斉藤麻衣子,黒澤八重,中村昇太,中屋隆明,奥山典生，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 65，p. 232-232，2013年
メタゲノム解析を応用した網羅的病原体検出法，中村昇太,中屋隆明,飯田哲也，最新医学，最新医学社，Vol. 67，No. 9，p. 2063-2065，2012年09月
Metagenomic analysis of bacterial infections by means of high-throughput DNA sequencing，Shota Nakamura,Takaaki Nakaya,Tetsuya Iida，Experimental Biology and Medicine，SOC EXPERIMENTAL BIOLOGY MEDICINE，Vol. 236，No. 8，p. 968-971，2011年08月，書評論文,書評,文献紹介等
ニホンザル血小板減少症の原因ウイルスの同定，岡本宗裕,小野文子,藤本浩二,高野淳一朗,濱野正敬,森川茂,永田典代,水谷哲也,酒井宏治,堀井俊宏,中屋隆明,中村昇太,宮沢孝幸,松井淳，日本獣医学会学術集会講演要旨集，(公社)日本獣医学会，Vol. 152回，p. 237-237，2011年08月
京大霊長研で見られたニホンザル血小板減少症(2):原因ウイルスの同定と解析，岡本宗裕,小野文子,藤本浩二,高野淳一朗,濱野正敬,森川茂,永田典代,水谷哲也,酒井宏治,堀井俊宏,中屋隆明,中村昇太,宮沢孝幸,吉川禄助，日本実験動物学会総会講演要旨集，Vol. 58th，2011年05月12日
Structure-Activity Relationship of Marinostatin, an Ester-Linked Serine Protease Inhibitor，TAICHI Misako,YAMAZAKI Toshimasa,KAWAHARA Kazuki,NAKAMURA Shota,MOTOOKA Daisuke,TESHIMA Tadashi,OHKUBO Tadayasu,KOBAYASHI Yuji,NISHIUCHI Yuji，Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium，Vol. 2010，p. 52-52，2011年03月01日
The Crystal Structure of the Collagen Model Peptide containing 4(S)-hydroxyproline-proline-glycine Repeats，MOTOOKA Daisuke,KAWAHARA Kazuki,NAKAMURA Shota,DOI Masamitsu,NISHIUCHI Yuji,NAKAZAWA Takashi,OHKUBO Tadayasu,KOBAYSHI Yuji，Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium，Vol. 2010，p. 153-153，2011年03月01日
Thermodynamic analysis of PPARγ-ligand interaction，MARUNO Takahiro,TAKAHASHI Ryo,HOSOKAWA Chiho,MOTOOKA Daisuke,KAWAHARA Kazuki,NISHIMURA Mitsuhiro,NISHIUCHI Yuji,NAKAMURA Shota,UCHIYAMA Susumu,YOSHIDA Takuya,OHKUBO Tadayasu,YOSHIMATSU Tadanori,FUKUI Kiichi,KOBAYASHI Yuji，Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium，Vol. 2010，p. 294-294，2011年03月01日
Chemical synthesis and structure-function studies of marinostatin, a potent serine protease inhibitor，M. T. Taichi,T. Yamazaki,K. Kawahara,D. Motooka,S. Nakamura,T. Teshima,T. Ohkubo,Y. Kobayashi,Y. Nishiuchi，JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE，JOHN WILEY & SONS LTD，Vol. 16，p. 42-43，2010年09月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
2009パンデミックインフルエンザウイルス(H1N1pdm)感染患者のHA遺伝子における遺伝子多様性の解析，安木(上田)真世,安木(上田)真世,楊成松,楊成松,中村昇太,中村昇太,大道寺智,渡邊洋平,纐纈律子,纐纈律子,柚木幹弘,柚木幹弘,安永照雄,飯田哲也,飯田哲也,堀井俊宏,堀井俊宏,生田和良,高橋和郎,中屋隆明,中屋隆明，日本ウイルス学会学術集会プログラム・抄録集，Vol. 58th，2010年
2P-1098 ヒトSMCタンパク質ヒンジドメインの相互作用解析(2bタンパク質工学,一般講演,酵素学,タンパク質工学および酵素工学,伝統の技と先端科学技術の融合)，宮原佑弥,佐伯直哉,野田勝紀,内山進,松永幸大,河原一樹,中村昇太,細川祐岐,大久保忠恭,福井希一，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 22，p. 33-33，2010年
Direct metagenomic detection of viral pathogens in nasal and fecal specimens using an unbiased high-throughput sequencing approach，Shota Nakamura,Cheng Song Yang,Naomi Sakon,Mayo Ueda,Takahiro Tougan,Akifumi Yamashita,Naohisa Goto,Kazuo Takahashi,Teruo Yasunaga,Kazuyoshi Ikuta,Tetsuya Mizutani,Yoshiko Okamoto,Michihira Tagami,Ryoji Morita,Norihiro Maeda,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki,Yoshiyuki Nagai,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Takaaki Nakaya，PLoS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 4，No. 1，2009年01月19日
4S-ヒドロキシプロリンを含むコラーゲンモデルペプチドの結晶構造解析，元岡大祐,元岡大祐,河原一樹,中村昇太,土井正光,西内祐二,中沢隆,大久保忠恭,小林祐次，日本結晶学会年会講演要旨集，Vol. 2009，2009年
Direct Metagenomic Detection of Viral Pathogens in Nasal and Fecal Specimens Using an Unbiased High-Throughput Sequencing Approach，Shota Nakamura,Cheng-Song Yang,Naomi Sakon,Mayo Ueda,Takahiro Tougan,Akifumi Yamashita,Naohisa Goto,Kazuo Takahashi,Teruo Yasunaga,Kazuyoshi Ikuta,Tetsuya Mizutani,Yoshiko Okamoto,Michihira Tagami,Ryoji Morita,Norihiro Maeda,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki,Yoshiyuki Nagai,Toshihiro Horii,Tetsuya Iida,Takaaki Nakaya，PLOS ONE，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 4，No. 1，2009年01月
Solution structure of the variable-type domain of the receptor for advanced glycation end products: New insight into AGE-RAGE interaction，Shigeyuki Matsumoto,Takuya Yoshida,Hiroko Murata,Shusaku Harada,Naoko Fujita,Shota Nakamura,Yasuhiko Yamamoto,Takuo Watanabe,Hideto Yonekura,Hiroshi Yamamoto,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi，Biochemistry，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 47，No. 47，p. 12299-12311，2008年11月25日
Computational studies of gp41 6-helix bundle: Do stabilized energy of HIV membrane fusion inhibitor C34 and interaction energy of gp41 6-helix bundle have good correlation with their inhibitory activity?，Norihito Kawashita,Yu-Shi Tian,Masashi Yasuda,U. Chandimal de Silva,Rie Kashiwada,Shota Nakamura,Naohisa Goto,Rika Nishikiori,Kousuke Okamoto,Masanori Kameoka,Teruo Yasunaga,Masaya Kawase,Kazuyoshi Ikuta,Tatsuya Takagi，ANTIVIRAL RESEARCH，ELSEVIER SCIENCE BV，Vol. 78，No. 2，p. A42-A42，2008年05月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
HIV gp41の蛋白質間相互作用計算によるアミノ酸残基と膜融合阻害活性との相関，川下理日人,田雨時,中村昇太,岡本晃典,後藤直久,de Silva,U. Chandimal,亀岡正典,川瀬雅也,安永照雄,生田和良,高木達也，日本エイズ学会誌，日本エイズ学会，Vol. 9，No. 4，p. 405-405，2007年11月
HIV-1 gp41 N末端7回反復配列と膜融合阻害剤C34との間の6ヘリックス束モデルの計算アラニン走査，TIAN Yu-Shi,KAWASHITA Norihito,KAWASHITA Norihito,YASUDA Masashi,KAWAGUCHI Akiko,YAMASHITA Noriyuki,DE SILVA U. Chandimal,NAKAMURA Shota,OKAMOTO Kousuke,GOTO Naohisa,NISHIKIORI Rika,KAMEOKA Masanori,KAMEOKA Masanori,KAWASE Masaya,KAWASE Masaya,YASUNAGA Teruo,YASUNAGA Teruo,IKUTA Kazuyoshi,IKUTA Kazuyoshi,TAKAGI Tatsuya,TAKAGI Tatsuya，情報計算化学生物学会大会予稿集，Vol. 2007，2007年
Stabilizing Mechanism of Collagen-like Triple Helical Structure of (4(R)-Hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolyl-glycine)_<10>，NISHI Yoshinori,KAWAHARA Kazuki,NAKAMURA Shota,UCHIYAMA Susumu,NISHIUCHI Yuji,NAKAZAWA Takashi,OHKUBO Tadayasu,KOBAYASHI Yuji，Peptide science : proceedings of the ... Japanese Peptide Symposium，Vol. 2005，p. 393-396，2006年03月01日
Effect of hydration on the thermal stability of the collagen triple helix，K. Kawahara,Y. Nishi,S. Nakamura,S. Uchiyama,M. Doi,Y. Nishiuchi,T. Nakazawa,T. Ohkubo,Y. Kobayashi，JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE，JOHN WILEY & SONS LTD，Vol. 12，p. 198-198，2006年，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
Effect of hydration on the stability of the collagen-like triple-helical structure of [4(R)-hydroxyprolyl-4(R)-hydroxyprolylglycine]<inf>10</inf>，Kazuki Kawahara,Yoshinori Nishi,Shota Nakamura,Susumu Uchiyama,Yuji Nishiuchi,Takashi Nakazawa,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi，Biochemistry，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 44，No. 48，p. 15812-15822，2005年12月06日
Five amino acid residues responsible for the high stability of Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c<inf>552</inf>: Reciprocal mutation analysis，Kenta Oikawa,Shota Nakamura,Takafumi Sonoyama,Atsushi Ohshima,Yuji Kobayashi,Shin Ichi J. Takayama,Yasuhiko Yamamoto,Susumu Uchiyama,Jun Hasegawa,Yoshihiro Sambongi，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 280，No. 7，p. 5527-5532，2005年02月18日
Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray characterization of cytochrome c<inf>552</inf> from a moderate thermophilic bacterium, Hydrogenophilus thermoluteolus，Shin Ichi Ichiki,Shota Nakamura,Tadayasu Ohkubo,Yuji Kobayashi,Jun Hasegawa,Susumu Uchiyama,Hirofumi Nishihara,Keiko Mizuta,Yoshihiro Sambongi，Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications，BLACKWELL PUBLISHING，Vol. 61，No. 4，p. 395-398，2005年
Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a conserved domain in plants and prokaryotes from Pyrococcus horikoshii OT3，Linyen Lin,Hiroaki Nakano,Susumu Uchiyama,Satoru Fujimoto,Tadayasu Ohkubo,Sachihiro Matsunaga,Shota Nakamura,Yuji Kobayashi,Kiichi Fukui，Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications，BLACKWELL PUBLISHING，Vol. 61，No. 4，p. 414-416，2005年
HIV感染に関与するヘリックスバンドルのX線結晶構造決定と熱力学的解析，中村昇太,中野博明,内山進,大高章,藤井信孝,松岡雅雄,児玉栄一,山県ゆり子,小林祐次，生化学，(公社)日本生化学会，Vol. 74，No. 11，p. 1405-1405，2002年11月25日
α‐helix形成モチーフ導入型HIV‐1‐細胞膜融合阻害剤の創製，大高章,中村美紀,児玉栄一,中村昇太,中野宏明,玉村啓和,小林祐次,松岡雅雄,藤井信孝，反応と合成の進歩シンポジウム講演要旨集，Vol. 28th，p. 130-131，2002年10月15日
Remodeling of gp41-C34 peptide leads to highly effective inhibitors of the fusion of HIV-1 with target cells，Akira Otaka,Miki Nakamura,Daisuke Nameki,Eiichi Kodama,Susumu Uchiyama,Syota Nakamura,Hiroaki Nakano,Hirokazu Tamamura,Yuji Kobayashi,Masao Matsuoka,Nobutaka Fujii，Angewandte Chemie - International Edition，WILEY-V C H VERLAG GMBH，Vol. 41，No. 16，p. 2937-2940，2002年08月16日
HIV感染初期過程に関わる6‐helical‐bundle構造を標的とした高活性膜融合阻害剤(SC34)の創出とその応用研究，中村美紀,大高章,児玉栄一,松岡雅雄,内山進,中村昇太,小林祐次,玉村啓和,藤井信孝，日本薬学会年会要旨集，(公社)日本薬学会，Vol. 122nd，No. 2，p. 183-183，2002年03月05日
HIV感染に関与するヘリックスバンドルの熱力学的解析，中村昇太,中野博明,内山進,大久保忠恭,松岡雅雄,児玉栄一,中村美紀,藤井信孝,小林祐次，日本薬学会年会要旨集，(公社)日本薬学会，Vol. 122nd，No. 3，p. 23-23，2002年03月05日
抗HIVペプチドN36耐性株から誘導されたC34KQとN36の複合体のX線結晶解析，中村昇太,中野博明,内山進,大高章,中村美紀,藤井信孝,松岡雅雄,児玉栄一,山縣ゆり子,大久保忠恭，生物物理，(一社)日本生物物理学会，Vol. 41，No. Suppl.1，p. S34-S34，2001年09月

著書

非結核性抗酸菌症の血清診断について，中村昇太，"Insmed合同会社第95回日本感染症学会学術講演会第69回日本化学療法学会総会記録集"，2021年12月
次世代シーケンス技術の現状と今後-2020，中村昇太，公益社団法人日本生物工学会，2021年05月20日
学術書，Structual basis of type IVｂ pilus-mediated bacterial adhesion to the intestinal epithelium，中村昇太,沖大也，Spring-8 SACLA Research Frontiers，2019年08月
一般書・啓蒙書，抗生物質の「先」の薬を目指す，中村昇太，神戸新聞総合出版センター，ISBN:9784343010018，2018年12月
学術書，ウイルス検出のためのNGS解析のデザインと運用，中村昇太，PHARM TECH JAPAN，2018年06月
一般書・啓蒙書，化学療法の領域メタゲノム解析による病原体検出ー現状と課題ー，中村昇太,飯田哲也，医薬ジャーナル社，ISBN:9784753281275，2017年07月
一般書・啓蒙書，次世代シーケンサー活用術：トップランナーの最新研究事例に学ぶ，中村昇太,飯田哲也,中屋隆明,堀井俊宏，化学同人，ISBN:9784759815900，2015年02月
学術書，次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY，中村昇太，羊土社，ISBN:9784758101912，2014年09月

受賞

大学発ベンチャー表彰２０２０文部科学大臣賞，中村昇太，科学技術振興機構及び新エネルギー産業技術総合開発機構，2020年09月
大阪大学総長奨励賞，大阪大学，2014年07月

講演・口頭発表等

メタゲノム解析による環境微生物探索，中村昇太，第151 回関西実験動物研究会，2023年03月
Automated Analysis Pipeline for Nanopore Sequencing ｰ Identification of Non-Tuberculous Mycobacteria，中村昇太，National Institute of Cholera and Enteric Diseases (NICED) Seminar，2023年02月
非結核性抗酸菌の迅速その場同定，中村昇太，第6回抗酸菌研究会，2022年11月
腸内細菌がIVb型線毛システム依存的に分泌するタンパク質の特徴，大嶋恵子,沖大也,飯森南斗,松田重輝,吉田卓也,大久保忠恭,飯田哲也,中村昇太,河原一樹，第45回分子生物学会，2022年11月
コレラ菌のTCPを介した定着因⼦TcpFの輸送機構，中村昇太，第54回ビブリオシンポジウム，2022年10月
感染症メタゲノミクスによる病原体検出と微生物叢解析，中村昇太，第26回日本神経感染症学会学術大会，2022年10月
二成分毒素BECの遺伝子を保有するウェルシュ菌のゲノム解析，上田賢吾、河原一樹、木本成美、山口祐亮、山田和弘、沖大也、吉田卓也、松田重輝、松本悠希、元岡大祐、川津健太郎、飯田哲也、中村昇太、大久保忠恭、余野木伸哉，日本薬学会第142年会，2022年03月
コレラ菌が産生する分泌タンパク質とIV型線毛の相互作用解析，飯森南斗、沖大也、河原一樹、松田重輝、飯田哲也、吉田卓也、大久保忠恭、中村昇太，第44回分子生物学会，2021年12月
BEC遺伝子を保有するウェルシュ菌の完全長ゲノム解析，上田賢吾、河原一樹、木本成美、山口祐亮、山田和弘、沖大也、吉田卓也、松田重輝、松本悠希、元岡大祐、川津健太郎、飯田哲也、中村昇太、大久保忠恭、余野木伸哉，第44回分子生物学会，2021年12月
腸管炎症における Lysophosphatidylserine の作用解析，大竹由利子,香山尚子,岸川敏博,田代拓,良原丈夫,新崎信一郎,岡田随象,奥崎大介,元岡大祐,中村昇太,林昭夫,藤田節子,飯島英樹,竹田潔,竹原徹郎，第58回日本消化器免疫学会総会，2021年07月
非結核性抗酸菌の迅速その場同定，中村昇太，第96回日本結核・非結核性抗酸菌症学会総会・講演会，2021年06月18日
NTMのゲノム研究に関して，中村昇太，"第95 回⽇本感染症学会学術講演会／第69 回⽇本化学療法学会総会合同学会シンポジウム「臨床家のための基礎研究 Up to Date」"，2021年05月
Genomics and Metagenomics using 2nd and 3rd Generation Sequencers，中村昇太，2014年07月
腸内細菌・真菌叢解析による超個体の理解，中村昇太，13th Hematological Malignancy Webinar
微生物と共に生きる，中村昇太，ナレッジキャピタル，2020年08月07日
High-Performance Virus Detection System by using Deep Learning，Ying-Feng Hsu, Morito Matsuoka,Nicolas Jung, Yuki Matsumoto, Daisuke Motooka, Shota Nakamura，2020 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC)
メタゲノミック診断用データベース(iMetDB)の構築，元岡大祐、後藤和義、後藤直久、中村昇太、飯田哲也、安永照雄、堀井俊宏，第8回日本ゲノム微生物学会年会
Dynamics of Fecal Microbiota in Bangladeshi Children，Kazuyoshi Gotoh, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Shirajum Monira, Muniral Alam, Tetsuya Iidav，48th US-Japan Cooperativ Medical Sciences Program Conference on Cholera and Other Bacterial Infections
KHM-1型メタロ-β-ラクタマーゼ産生Enterobacter hormaechei subsp. hoffmanniiのプラスミド解析，梅田薫,中村寛海,福田昭,山口貴弘,松本悠希 , 元岡大祐,中村昇太,河原隆二，第31回日本臨床微生物学会
Deep Learning Approach for Pathogen Detection Through Shotgun Metagenomics Sequence Classification，Ying-Feng Hsu , Makiko Ito, Takumi Maruyama,Morito Matsuoka, Nicolas Jung, Yuki Matsumoto,Daisuke Motooka, and Shota Nakamura，AIME2019 17th Conference on Artificial Intelligence in Medicine
Characterization of virulent plasmid in Providencia rustigianii isolated from a child with diarrhea in Japan，J. Hassan, S. P. Awasthi, N. Hatanaka, P. H. Hoang, S. Nakamura, D. Motooka, A. Shima, G.，日米医学協力研究会、コレラ及び腸管感染症部会
Sequence Analaysis Engine for Shotgun Metagenomics through GPU Acceleration，Ying-Feng Hsu, Morito Matsuoka,Nicolas Jung, Yuki Matsumoto, Daisuke Motooka, Shota Nakamura，The 18th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering
ヒト常在細菌叢の視点からの”若さ”と”老い"，中村昇太，第41回日本分子生物学会年会
Characterization of Vibrio cholerae isolates from two distinct Kenyan cholera outbreaks in 2007 and 2009，S. P. Awasthi, S. M. Saidi, N. Chowdhury, M. Asakura, P. H. Hoang, A. Hinenoya, D. Motooka, S. Nakamura, Y. Iijima and S. Yamasaki，日米医学協力研究会、コレラ及び腸管感染症部会
Identification of the genetic characteristics in Staphylococcus argenteus related food poisoning，Yuki Wakabayashi, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Shinya Yonogi, Kaoru Umeda, Tetsuya Iida, Kentaro Kawatsu，第91回日本細菌学会総会
次世代シーケンス解析技術の概要，中村昇太，日本水処理生物学会第54回大会排水・環境水研究集会
Genome-Wide Screening Uncovers the Significance of N-sulfation of Heparan Sulfate as a Host Cell Factor for Chikungunya Virus Infection，Atsushi Tanaka, Uranan Tumkosit, Shota Nakamura, Daisuke Motooka, Natsuko Kishishita, Thongkoon Priengprom, Areerat Sa-ngasang, Taroh Kinoshita, Naokazu Takeda, Yusuke Maeda，第65回日本ウイルス学会学術集会
次世代シーケンサーを用いたゲノム・メタゲノム解析による感染症研究，中村昇太，2013年度大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所研究会『ゲノム医科学とバイオインフォマティクスの接点と集学研究』
BEC, a novel enterotoxin produced by non-CPE producing Type A Clostridium perfringens, is a cause of human gastroenteritis，Shinya Yonogi, Shigeaki Matsuda,Takao Kawai, Tomoko Yoda, Tetsuya Harada, Yuko Kumeda, Kazuyoshi Gotoh, Hirotaka Hiyoshi, Kazuki Kawahara, Ryota Munetomo, Hiroya Oki, Shota Nakamura, Toshio Kodama, Tetsuya Iida，The 16th Awaji International Forum on Infection and Immunity
PGAP4の糖転移酵素ドメインに挿入された二つの膜貫通領域は糖脂質GPIの認識に関与しうる，平田哲也、Sushil Kumar Mishra、中村昇太、齋藤一伸、元岡大祐、高田洋子、神澤範之、村上良子、前田裕輔、藤田盛久、山口芳樹、木下タロウ，第36回日本糖質学会年会
in vivo RNA-seq reveals novel antigens against Bordetella pertussis infection，鈴木孝一朗、新澤直明、元岡大祐、中村昇太、石垣佳祐、生田和良、山西弘一、堀口安彦，第90回日本細菌学学会総会
A Database for Rapid Detection of Pathogens in Infectious Diseases，Daisuke Motooka, Kazuyoshi Gotoh, Shota Nakamura, Toshihiro Horii，Asian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections - 2014
１分子リアルタイムシークエンシングによる病原体のゲノム解析，中村昇太，第３回感染症若手フォーラム
毒素原性大腸菌由来 IV 型線毛の構造と形成機構 IV 型線毛の構造と形成機構，中村昇太，第90回日本細菌学会総会
Type IV pilus structure and assembly of human enterotoxigenic Escherichia coli.，中村昇太，日米合同コレラ会議
毒素原性大腸菌由来IV型線毛の構造と形成機構，中村昇太, 河原一樹, 沖大也, 飯田哲也，第90回日本細菌学会総会
次世代シーケンサーを用いた病原体迅速同定システム，中村昇太，第27回公衆衛生情報研究協議会研究会
バングラデシュにおける小児糞便細菌叢のダイナミクス，○後藤和義、元岡大祐、中村昇太、飯田哲也、堀井俊宏，第47回腸炎ビブリオシンポジウム
Metagenomic detection of viral and bacterial pathogens using the MiSeq platform，中村昇太，Illumina's First Microbiology Expert Panel Meeting
感染症分野におけるゲノム・メタゲノム解析の応用，中村昇太，東海医学会定例会
Type IV pilus structure and assembly of human enterotoxigenic Escherichia coli，Hiroya Oki, Kazuki Kawahara, Shunsuke Fukakusa, Takuya Yoshida, Takahiro Maruo, Yuji Kobayashi, Tetsuya Iida, Tadayasu Ohkubo, Shota Nakamura，The 51st Joint Conference of U. S. - Japan Cooperative Medical Science Program Cholera and Other Bacterial Enteric Infections Panel
異常な腸内細菌叢とは何か，中村昇太，第47回日本消化吸収学会シンポジウム１『腸内細菌の話題〜現在及び未来〜』
次世代シークエンス技術の発展と感染症研究への応用，中村昇太，【沖縄感染症研究拠点形成促進事業】シンポジウム次世代ゲノム解析技術を応用した感染症診断システムの開発による沖縄型国際感染症研究拠点の基盤形成
Essential Role of Prolyl cis Peptide Bond for the Activity of Marinostatin, an Ester-Linked Bicyclic Serine Protease Inhibitor，Kazuki Kawahara, Misako Taichi, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Toshimasa Yamazaki, Tadashi Teshima, Tadayasu Ohkubo, Yuji Nishiuchi, Yuji Kobayashi，4th Asia-Pacific International Peptide Symposium
メタゲノミック診断法の高速解析パイプラインの構築，○元岡大祐、後藤和義、吉木昭二、中村昇太、飯田哲也、堀井俊宏，NGS現場の会第３回研究会
原因不明食中毒のメタゲノミック診断，○後藤和義、元岡大祐、吉木昭二、中村昇太、飯田哲也、堀井俊宏，NGS現場の会第３回研究会
Genomic and Metagenomic Analysisusing the Ion PGM System，Shota Nakamura，APJ(Asia Pacific Japan)2013 Genetic Analysis Summit(バリ）ライフテクノロジーズ
Type IV pilus structure and assembly of human enterotoxigenic Escherichia coli，中村昇太，日米医学協力研究会コレラ・細菌性腸管感染症専門部会（日米コレラ部会）
立体構造モデルに基づいたGPI-GalNAc 転移酵素PGAP4によるGPI側鎖合成機構，平田哲也、 Sushil Kumar Mishra, 中村昇太、元岡大祐、神澤範行、藤田盛久、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，第35回日本糖質学会年会
G28A mutation facilitates an efficient propagation of HCV in miR-122-independent manner，Chikako Ono, Takasuke Fukuhara, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Satomi Yamamoto, Hiroyuki Mori, Kentaro Uemura, Toru Okamoto, Su Su Hmwe, Kazuaki Chayama, Takaji Wakita, Kazuhiko Koike, and Yoshiharu Matsuura，第64回日本ウイルス学会学術集会
G28A mutation is necessary for an efficient propagation of HCV in miR-122 deficient condition，Chikako Ono, Takasuke Fukuhara, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Satomi Yamamoto, Hiroyuki Mori, Kentaro Uemura, Toru Okamoto, Su Su Hmwe, Kazuaki Chayama, Takaji Wakita, Kazuhiko Koike, and Yoshiharu Matsuura，23rd International Symposium on Hepatitis C Virus and Related Viruses
Metagenomic Diagnosis of Infectious Diseases，中村昇太，DMSc-NIH Seminar
感染症ゲノミクス・メタゲノミクスの未来予想，中村昇太，イルミナゲノムサミット2016 「ゲノム情報活用で変わる未来」
Interaction of Vibrio parahaemolyticus diarrheal T3SS effector VopV with actin filaments，Mitsuhiro Nishimura, Takashi Fujii, Hirotaka Hiyoshi, Fumiaki Makino, Hajime Inoue, Daisuke Motooka, Toshio Kodama, Tadayasu Ohkubo, Yuji Kobayashi, Shota Nakamura, Keiichi Namba, Tetsuya Iida，The 49th Joint Conference of U. S. - Japan Cooperative Medical Science Program Cholera and Other Bacterial Enteric Infections Panel
感染性心内膜炎におけるメタゲノム解析，○朝野仁裕、○今井敦子、中村昇太、後藤和義、元岡大祐、高島成二，NGS現場の会第３回研究会
Metagenomic diagnosis of infectious diseases，中村昇太，seminar at Medical University of Warsaw
チクングニアウイルス感染関連遺伝子の網羅的同定，田中淳、中村昇太、Uranan Tumkosit、元岡大祐、木下タロウ、武田直和、前田裕輔，BMB 2015 （第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会）
複数経路の糖鎖修飾に関係する新規タンパク質の同定ならびにその機能解析，前田裕輔、中村昇太、元岡大祐、Tumkosit Uranan、木下タロウ、武田直和、田中淳，BMB 2015 （第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会）
ゴルジ局在性複数回膜貫通型タンパク質PGAP4はGPI側鎖の合成に必須なGPI-GalNAc転移酵素である，平田哲也、藤田盛久、中村昇太、元岡大祐、神澤範行、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，BMB 2015 （第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会）
ハプロイド細胞を用いたGPIアンカー生合成遺伝子の解析，藤田盛久、Yao Rong、中村昇太、平田哲也、元岡大祐、Yi-Shi Liu、Zeng-An He、Xiao-Dong Gao、前田裕輔、木下タロウ，BMB 2015 （第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会）
次世代シーケンサーを用いた適応進化プロセスの解析，○市橋伯一、中村昇太、四方哲也，NGS現場の会第３回研究会
PacBioを用いたHIV薬剤標的遺伝子領域の多様性解析，林晴香、元岡大祐、中山英美、渡邊大、白阪琢磨、塩田達雄、中村昇太、飯田哲也，第６３回日本ウィルス学会学術集会
PacBioを用いたHIV薬剤標的遺伝子領域の多様性解析，林晴香、元岡大祐、中山英美、渡邊大、白阪琢磨、塩田達雄、中村昇太、飯田哲也，日本細菌学会関西支部総会
第２・第３世代シークエンスデータを使ったCLC Genomics WorkbenchによるDe novoアセンブリ，○宮本真理、元岡大祐、後藤和義、後藤直久、中村昇太，NGS現場の会第３回研究会
PGAP4 is a GPI-GalNAc transferase for generating GPI-anchor side chain，平田哲也、藤田盛久、中村昇太、元岡大祐、神澤範行、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，FASEB Science Research Conference " Protein Lipidation , Signaling, and Membrane Domeins"
腸炎ビブリオ３型分泌エフェクターVopVのFアクチンへの結合様式，西村光広, 藤井高志, 日吉大貴, 牧野文信, 井上肇, 元岡大祐, 児玉年央, 大久保忠恭, 小林祐次, 中村昇太, 難波啓一, 飯田哲也，第４９回腸炎ビブリオシンポジウム
腸管付着阻害剤の開発に向けた細菌定着の構造基盤，中村昇太，第42回分子生物学会
次世代シークエンサーを用いた病原体の網羅的診断法，○後藤和義、元岡大祐、中村昇太、飯田哲也、堀井俊宏，第25回臨床微生物迅速診断研究会総会
NGSをもっと知ろう！，中村昇太，NGS現場の会第３回研究会
GPIイノシトール脱アシル化の制御機構，荣瑶、柳艺石、平田哲也、中村昇太、元岡大祐、喜多島敏彦、张慧杰、高暁冬、木下タロウ、藤田盛久，第34回日本糖質学会年会
全自動DNA電気泳動装置の比較，吉村貴幸、吉木昭二、田中里美、河﨑愛子、神村直子、元岡大祐、中村昇太，NGS現場の会第４回研究会（つくば）
感染症診断におけるクリニカル・シークエンスの質保証，中村昇太，第22回日本遺伝子診療学会大会
PGAP4はGPI側鎖の生合成に必須なGPI-GalNAc 転移酵素である，平田哲也、藤田盛久、中村昇太、元岡大祐、神澤範行、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，第34回日本糖質学会年会
腸管付着阻害剤の開発に向けた細菌定着の構造基盤，中村昇太，第93回細菌学会総会
メタゲノム解析による未知病原体の探索，中村昇太、飯田哲也、堀井俊宏，沖縄感染症医療研究ネットワーク基盤構築事業「第一回研究推進委員会」
次世代シークエンスでウィルスゲノムをどう読むか，中村昇太，阪大微生物病研究会研究開発部門セミナー
メタゲノミック診断用データベース(iMetDB)の構築と高速解析パイプライン，元岡大祐, 後藤直久, 飯田哲也, 堀井俊宏, 安永照雄, 中村昇太，NGS現場の会第四回研究会
GPI側鎖の生合成に必須であるGPI-N-アセチルガラクトサミン転移酵素の同定，平田哲也、藤田盛久、中村昇太、元岡大祐、神澤範行、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，第16回関西グライコサイエンスフォーラム
NGSを用いた網羅的感染症の網羅的メタゲノミック診断，中村昇太，Ion Torrent User Meeting 2013
ノロウイルス集団食中毒事例におけるウイルス亜集団遺伝系統の包括的解析，本村和嗣、飯塚節子、中村昇太、元岡大祐、大出裕高、杉浦亙、佐藤裕徳、田中智之、武田直和，日本ウイルス学会総会
BEC, a Novel Enterotoxin of Clostridium perfringens Found in Human Clinical Isolates from Acute Gastroenteritis Outbreaks，Shinya Yonogi, Shigeaki Matsuda, Takao Kawai, Tomoko Yoda, Tetsuya Harada, Yuko Kumeda, Kazuyoshi Gotoh, Hirotaka Hiyoshi, Shota Nakamura, Toshio Kodama and Tetsuya Iida，The 48th Joint Conference of U. S. - Japan Cooperative Medical Science Program Cholera and Other Bacterial Enteric Infections Panel
アポリポ蛋白質の両親媒性αヘリックスはHCVの感染性粒子産生に寄与する，和田真実、福原崇介、中村昇太、小野慎子、山本聡美、塩川舞、岡本徹、小池和彦、松浦善治，第62回日本ウイルス学会学術集会
Endosomes-to-TGN retrograde transport mediated by GARP is required for post-Golgi anterograde transport and glycosylation，Tetsuya Hirata, Morihisa Fujita, Shota Nakamura, Kazuyoshi Gotoh, Daisuke Motooka, Yoshiko Murakami, Yusuke Maeda, Taroh Kinoshita，2014 SFG & JSCR JOINT MEETING ----Satellite Symposium IV –New Vistas in Glycoscience; Challenges for Junior Scientists” in Hawaii
感染症の新しい遺伝子診断法”メタゲノミック診断法”，中村昇太，第116回日本小児科学会学術集会
GARP複合体を介したエンドソーム-TGN間の逆行輸送はゴルジ体以降の順行輸送や糖鎖修飾に必要である，平田哲也、藤田盛久、中村昇太、後藤和義、元岡大祐、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，第87回日本生化学会大会
次世代シークエンスの過去・現在・未来〜ウィルス研究に与えるインパクト，中村昇太，第62回日本ウィルス学会学術集会
抗SE36抗体の誘導とマラリア抵抗性に関与する遺伝的バックグラウンドの研究，東岸任弘、Nirianne Q. Palacpac、八木正典、中村昇太、後藤和義、Thomas G. Egwang、堀井俊宏，第82回日本寄生虫学会大会
病原性微生物のゲノム・メタゲノム解析，中村昇太，イルミナセミナー2014 微生物ゲノム解析がもたらす新たな知見
抗SE36抗体の誘導とマラリア抵抗性に関与する遺伝的バックグラウンドの研究，東岸任弘、Nirianne Q. Palacpac、八木正典、中村昇太、後藤和義、Thomas G. Egwang、堀井俊宏，感染症若手フォーラム 2013
Generation and evolution of autoreactive B cells in systemic lupus erythematosus patients，Shuhei Sakakibara, Kazuya Takeda, Hideyuki Jinzai, Shota Nakamura, Teruhito Yasui, Hitoshi Kikutani，The 13th Awaji International Immunology Forum
次世代シークエンシングの感染症研究への応用，中村昇太，大阪市立大学セミナー
Genome specific diagnosis of influenza virus strains by hairpin-type. peptide nucleic acid.，K. Kaihatsu, S. Nakamura, T. Nakaya, N. Kato.，7th Handai Nanoscience and nanotechnology International Symposium ,November 10, 2011. Ibaraki, Osaka, Japan
First direct and visual diagnostic for A/H1N1 influenza by bis-peptide nucleic acid，K. Kaihatsu, S. Nakamura, T. Nakaya, N. Kato.，38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry, Nov. 18-19, 2011, Sapporo, Hokkaido, Japan
Genomics and Metagenomics using 2nd and 3rd Generation Sequencers，中村昇太，What's Next…in Sequencing Technology ?
全身性エリテマトーデスにおける自己反応性抗体産生細胞クローンの同定とその動態解析，榊原修平、菊谷仁，第29回自己免疫研究会
GARP複合体を介したTGNへの逆行輸送はゴルジ体以降の順行輸送や糖鎖修飾に必要である。，平田哲也、藤田盛久、後藤和義、元岡大祐、中村昇太、村上良子、前田裕輔、木下タロウ，第33回日本糖質学会年会
Amphipathic α-helices of Exchangeable Apolipoproteins Paticipate in the Particle Formation of Hepatitis C Virus，Takasuke Fukuhara, Masami Wada, Shota Nakamura, Chikako Ono, Satomi Yamamoto, Mai Shiokawa, Toru Okamoto, Kazuhiko Koike, Yoshiharu Matsuura，21st International symposium on Hepatitis C and related viruses
Amphipathic α-helices of Exchangeable Apolipoproteins Paticipate in the Particle Formation of HCV，Takasuke Fukuhara, Masami Wada, Shota Nakamura, Chikako Ono, Satomi Yamamoto, Mai Shiokawa, Toru Okamoto, Kazuhiko Koike, Yoshiharu Matsuura，The 13th Awaji international Forum on Infection and Immunity
Analysis of HERV-K replication mechanism in the human genome.，Kashiwada, R., Yamashita, A., Goto, N., Shota, N., Yasunaga, T.，-
Diagnosis of influenza virus strain by hairpin-type peptide nucleic acid，K. Kaihatsu, S. Sawada, S. Nakamura, T. Nakaya, N. Kato.，International Union of Microbiological Societies (IUMS) 2011 Congress, September 14-16, 2011, Sapporo, Hokkaido
腸管毒素原性大腸菌（ETEC）が産生するIVb型線毛の形成機構解明，沖大也, 河原一樹, 深草俊輔, 吉田卓也, 小林祐次, 飯田哲也, 中村昇太, 大久保忠恭，第12回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2014)
Conservation of Nested genes in Eukaryote.，Shibasaki, T., Yamashita, A., Goto, N., Shota, N., Yasunaga, T.，-
Exchageable apolipoproteins participate in the particle formation of hepatitis C virus，Takasuke Fukuhara, Masami Wada, Shota Nakamura, Chikako Ono, Satomi Yamamoto, Mai Shiokawa, Toru Okamoto, Yoshiharu Matsuura，33rd American Society for Virology, Annual Meeting
Application of SMRT sequencing to infectious diseases，中村昇太，PacBio Asia User Group Meeting
Endosome-to-TGN retrograde transport mediated by GARP affects post-Golgi anterograde transport and glycosylation，Tetsuya Hirata, Morihisa Fujita, Shota Nakamura, Yoshiko Murakami, Yusuke Mada, Taroh Kinoshsita，第15回関西グライコサイエンスフォーラム
1分子リアルタイムシークエンシングの感染症研究への応用，中村昇太，PacBio現場の会
メタゲノミクスによる病原体検出と腸内細菌叢解析，中村昇太，阪大微研 × 慶応先端生命合同研究会
Structual basis for colonization of enterotoxigenic Escherichia coli，中村昇太，日米コレラ会議
腸管系病原菌の定着を制御する分泌タンパク質の立体構造解析，吉田明弘，第１７回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム（ＰＰＦ２０１９）

報道

ウイルスの変異突き止める阪大研究所大量ゲノム高速解析，2021年05月13日
ウイルス変異株、どう調べる?変異研究が重要なわけとは，2021年05月05日
物質から生命への進化を可能にしたカギは寄生体との共進化か，日本経済新聞社，2020年07月21日
物質から生命への進化を可能にしたカギは寄生体との共進化か，2020年07月21日
ウイルス変異株、どう調べる?変異研究が重要なわけとは，朝日新聞社，2020年05月05日
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，産経新聞，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，日経新聞，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，朝日新聞，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，nfection Control Today/US，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，EurekAlert!，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，AlphaGalileo，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，Science Codex/US，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，Scienmag/GB，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，7th pace/NL，2019年07月
非結核性抗酸菌症に対する迅速・正確な病原体同定手法を開発，Phys.org/US，2019年07月
腸管定着に「接着剤」，日本経済新聞，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Science Codex (2018/7/11) USA (2 tweets)，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，BrightSurf.com (2018/7/10) UK，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，The Medical News (2018/7/11) AUS，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Phys.org (2018/7/11) USA (5 tweets, 1 Like, 2 shares)，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Medicine News Line (2018/7/11) USA，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Science Daily (2018/7/11) USA (39 tweets, 25 FB shares)，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Infection Control Today (2018/7/11)，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Laboratory Equipment (2018/7/12) USA，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Medicalnewser.com (2018/7/12) USA，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，International Travel Insurance Journal (2018/7/12) GBR，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Pharmaceutical Microbiology (2018/7/19) CAN (writer: Tim Sandle) (8 tweets, 29 FB shares)，2018年07月
病原性大腸菌がヒト腸管に付着する仕組みを解明，Career Biotech (2018/7/11)，2018年07月
大腸菌、「目印」出して足場，朝日新聞，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，佐賀新聞，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，西日本新聞，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，静岡新聞SBS，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，山形新聞，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，共同通信社，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，福井新聞，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，神戸新聞NEXT，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，福島民報，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，山陰中央新報社，2018年06月
病原性大腸菌付着の鍵解明，47NEWS，2018年06月
感染症備え十分か，日本経済新聞，2017年07月
「ヒトと腸内細菌の契約からはじまる超個体の人生」大阪大学中村特任准教授に聞く、メタゲノム研究が次の医療をつくる可能性，thepedia，2017年03月

学術貢献

第96回日本細菌学会総会共催セミナー，イルミナ株式会社，2023年03月～
NGS EXPO 2022，大阪大学免疫学フロンティア研究センター・大阪大学微生物病研究所，2022年10月～
バイオ計測技術勉強会（日本プロテオーム学会in宮崎），日本プロテオーム学会，2019年07月～
Single–Cell 2019_OSAKAセミナー，微生物病研究所附属遺伝情報実験センター、世界最先端研究機構免疫学フロンティア研究センター，2019年07月～
第33回インフルエンザ研究者交流の会シンポジウム，インフルエンザ研究者交流の会京都府立医科大学，2019年06月～
微生物病研究所×医学部Python会合同ワークショッププログラミングを用いた医学研究への取り組み，微生物病研究所、医学部Python会，2019年06月～
第92回日本細菌学会ランチョンセミナー，イルミナ株式会社，2019年04月～
富士通次世代クラウドシンポジウム，富士通株式会社、大阪大学，2019年02月～
第15回持続的生存圏創成のためのエネルギー循環シンポジウム【第385回生存圏シンポジウム】，京都大学生存圏研究所，2018年11月～
第41回日本分子生物学会年会（展示ブース），日本分子生物学会，2018年11月～
F2Fミーティング，大阪大学（共催富士通），2018年10月～
第17回あわじしま感染症・免疫フォーラム，大阪大学微生物病研究所，2018年09月～
次世代クラウドシンポジウム，大阪大学（共催富士通），2018年02月～
バイオロジクス創製に向けた包括的オミクスと最適化技術，田辺三菱製薬横浜事業所，2017年07月～
がん免疫セミナー，国立研究開発法人国立がん研究センター東病院，2017年06月～
平成29年度基盤医学特論開講通知特徴あるプログラムオミクス解析学プログラム，名古屋大学大学院医学系研究科システム生物学分野，2017年05月～
琉球大学大学院医学研究科細菌学講座，琉球大学大学院医学研究科細菌学講座，2017年05月～

社会貢献

The 1st Thailand Symposium on Nanopore Technology，Thailand Symposium on Nanopore Technology，2022年08月01日～
次世代シーケンサーの歴史と今後の展望、および、感染症研究や腸内細菌叢研究への利活用について，株式会社ジーンベイ社員教育セミナー，2022年06月01日～
腸内細菌・真菌叢解析による超個体の理解，13th Hematological Malignancy Webinar，2021年01月～
微生物と共に生きる，ナレッジキャピタル超学校高校生のミチシルベ，2020年08月～
超学校高校生のミチシルベ，ナレッジキャピタル，2020年08月～
雲雀丘学園高校見学対応，大阪大学微生物病研究所，2018年12月～
研究ときめき＊カフェで研究者と話そう（大阪市立科学館），2013年11月～

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

中村　昇太

学歴

経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

受賞

講演・口頭発表等

報道

学術貢献

社会貢献

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

中村 昇太

学歴

経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

受賞

講演・口頭発表等

報道

学術貢献

社会貢献

中村　昇太