研究者総覧 - 大阪大学

岡田　眞里子

Okada Mariko

蛋白質研究所，教授

keyword バイオDX，バイオインフォマティクス，炎症，免疫，がん，数理モデル，オミクス，転写制御，シグナル伝達，システム生物学

学歴

～ 1988年03月，東京農工大学，連合農学研究科修了

経歴

2016年07月～継続中，大阪大学，蛋白質研究所，教授
2022年12月～ 2024年03月，大阪大学WPIヒューマン・メタバース疾患研究拠点，副拠点長、PI
2022年04月～ 2024年03月，大阪大学，蛋白質研究所，所長
2013年～ 2016年06月，特定国立研究開発法人理化学研究所，統合生命医科学研究センター（IMS），チームリーダー
2009年～ 2013年，特定国立研究開発法人理化学研究所，免疫アレルギー科学総合研究センター（RCAI），チームリーダー
2008年～ 2009年，特定国立研究開発法人理化学研究所，基幹研究所（ASI）先端計算科学研究領域，チームリーダー
2000年07月～ 2008年07月，特定国立研究開発法人理化学研究所，ゲノム科学総合研究センター（GSC），研究員、上級研究員（2005年〜チームリーダー）
1996年～ 1999年，カリフォルニア大学デイビス校，客員研究員
1988年～ 1996年，ノボ・ノルディスクバイオインダストリー（株），研究開発部，研究員、グループリーダー、マネージャー

研究内容・専門分野

ライフサイエンス，応用生物化学
ライフサイエンス，細胞生物学，システム生物学

所属学会

日本生化学会
日本免疫学会
International Society of Systems Biology (ISSB) (Committee Member)
日本バイオインフォマティクス学会
日本生物物理学会
日本癌学会
日本分子生物学会

論文

Extending BioMASS to construct mathematical models from external knowledge，Kiwamu Arakane,Hiroaki Imoto,Fabian Ormersbach,Mariko Okada，2024年04月04日，研究論文（学術雑誌）
Clonal Origin and Lineage Ambiguity in Mixed Neuroendocrine Carcinoma of the Uterine Cervix.，Masamune Masuda,Keita Iida,Sadahiro Iwabuchi,Mie Tanaka,Satoshi Kubota,Hiroyuki Uematsu,Kunishige Onuma,Yoji Kukita,Kikuya Kato,Shoji Kamiura,Aya Nakajima,Roberto Coppo,Mizuki Kanda,Kiyoshi Yoshino,Yutaka Ueda,Eiichi Morii,Tadashi Kimura,Jumpei Kondo,Mariko Okada-Hatakeyama,Shinichi Hashimoto,Masahiro Inoue，The American journal of pathology，2023年12月14日，研究論文（学術雑誌）
Omics-Based Mathematical Modeling Unveils Pathogenesis of Periodontitis in an Experimental Murine Model，C Fujihara,K Murakami,S Magi,D Motooka,T Nantakeeratipa,A Canela,RJ Tanaka,M Okada,S Murakami，Journal of Dental Research，2023年10月03日
A Combination of Conformation-Specific RAF Inhibitors Overcome Drug Resistance Brought about by RAF Overexpression，Hiroaki Imoto,Nora Rauch,Ashish J. Neve,Fahimeh Khorsand,Martina Kreileder,Leonidas G. Alexopoulos,Jens Rauch,Mariko Okada,Boris N. Kholodenko,Oleksii S. Rukhlenko，Biomolecules，MDPI AG，Vol. 13，No. 8，p. 1212-1212，2023年08月02日，研究論文（学術雑誌）
Positive and negative feedback regulation of the TGF-β1-SMAD4 axis explains two equilibrium states in human skin aging，Masatoshi Haga,Keita Iida,Mariko Okada，bioRxiv，2023年07月19日，研究論文（学術雑誌）
LncRNA <i>ZNNT1</i> induces p53 degradation by interfering with the interaction between p53 and the SART3-USP15 complex，Kenzui Taniue,Takeaki Oda,Tomoatsu Hayashi,Yuki Kamoshida,Yasuko Takeda,Anzu Sugawara,Yuki Shimoura,Lumi Negishi,Takeshi Nagashima,Mariko Okada-Hatakeyama,Yoshifumi Kawamura,Naoki Goshima,Nobuyoshi Akimitsu,Tetsu Akiyama，PNAS Nexus，Oxford University Press (OUP)，2023年07月04日，研究論文（学術雑誌）
Quantitative Imaging Analysis of NF-κB for Mathematical Modeling Applications，Johannes Nicolaus Wibisana,Takehiko Inaba,Yasushi Sako,Mariko Okada，Computational Modeling of Signaling Networks (Springer US)，p. 253-266，2023年04月20日，研究論文（学術雑誌）
NFκB nuclear dynamics orchestrate inflammatory aging，Sho Tabata,Keita Matsuda,Kenshiro Nagai,Yoshihiro Izumi,Masatomo Takahashi,Yasutaka Motomura,Ayaka Ichikawa Nagasato,Shuichi Shimma,Kazuyo Moro,Takeshi Bamba,Mariko Okada，bioRxiv，2023年04月18日
Type 2 helper T cells convert into Interleukin-13-expressing follicular helper T cells after antigen repriming，Yasuyo HARADA,Takanori SASAKI,Johannes Nicolaus WIBISANA,Mariko OKADA-HATAKEYAMA,Chaohong LIU,Hideki UENO,Peter D. BURROWS,Masato KUBO，Translational and Regulatory Sciences，AMED iD3 Catalyst Unit，Vol. 早期公開中，2023年02月，研究論文（学術雑誌）
Distinct but interchangeable subpopulations of colorectal cancer cells with different growth fates and drug sensitivity，Roberto Coppo,Jumpei Kondo,Keita Iida,Mariko Okada,Kunishige Onuma,Yoshihisa Tanaka,Mayumi Kamada,Masayuki Ohue,Kenji Kawada,Kazutaka Obama,Masahiro Inoue，iScience，Elsevier BV，Vol. 26，No. 2，p. 105962-105962，2023年02月，研究論文（学術雑誌）
生化学反応過程を記述した文章による実行可能な数理モデルの生成と患者固有モデリングへの応用，Hiroaki IMOTO,Mariko OKADA，Seibutsu Butsuri，Biophysical Society of Japan，Vol. 63，No. 6，p. 320-324，2023年，研究論文（学術雑誌）
Inference of Genetic Networks using Random Forests: Performance Improvement using a New Variable Importance Measure，S.Kimura,Y.Takeda,M.Tokuhisa,M.Okada，Chem-Bio Informatics Journal, Vol.22，Vol. 88，No. 109，2022年12月29日，研究論文（学術雑誌）
Systems biology of protein network，Mariko Okada，Biophysical Reviews，Vol. 14，No. 6，p. 1231-1232，2022年12月13日，研究論文（学術雑誌）
TGF-β generates a population of cancer cells residing in G1 phase with high motility and metastatic potential via KRTAP2-3，Kazuki Takahashi,Katarzyna A. Podyma-Inoue,Maki Saito,Shintaro Sakakitani,Akinari Sugauchi,Keita Iida,Sadahiro Iwabuchi,Daizo Koinuma,Kyoko Kurioka,Toru Konishi,Susumu Tanaka,Atsushi Kaida,Masahiko Miura,Shinichi Hashimoto,Mariko Okada,Toshihiro Uchihashi,Kohei Miyazono,Tetsuro Watabe，Cell Reports，Vol. 40，No. 13，2022年09月27日，研究論文（学術雑誌）
Protocol for stratification of triple-negative breast cancer patients using in silico signaling dynamics，Hiroaki Imoto,Sawa Yamashiro,Ken Murakami,Mariko Okada，Vol. 3，No. 3，p. 101619-101619，2022年09月16日，研究論文（学術雑誌）
ASURAT: functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes，Keita Iida,Jumpei Kondo,Johannes Nicolaus Wibisana,Masahiro Inoue,Mariko Okada，Bioinformatics，Vol. 38，No. 18，p. 4330-4336，2022年09月15日，研究論文（学術雑誌）
Encoding and decoding NF-κB nuclear dynamics，Johannes Nicolaus Wibisana,Mariko Okada，Current Opinion in Cell Biology，Vol. 77，p. 102103-102103，2022年08月01日，研究論文（学術雑誌）
Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers，Johannes N. Wibisana,Takehiko Inaba,Hisaaki Shinohara,Noriko Yumoto,Tetsutaro Hayashi,Mana Umeda,Masashi Ebisawa,Itoshi Nikaido,Yasushi Sako,Mariko Okada，PLoS Genetics，Vol. 18，No. 6，p. e1010235-e1010235，2022年06月01日，研究論文（学術雑誌）
A text-based computational framework for patient -specific modeling for classification of cancers，Imoto, Hiroaki,Yamashiro, Sawa,Okada, Mariko，iScience，Elsevier BV，p. 103944-103944，2022年03月10日，研究論文（学術雑誌）
Systems approaches to investigate the role of NF-κB signaling in aging，Haga, Masatoshi,Okada, Mariko，The Biochemical journal，Portland Press Ltd.，Vol. 479，No. 2，p. 161-183，2022年01月28日，研究論文（学術雑誌）
IκBα is required for full transcriptional induction of some NFκB-regulated genes in response to TNF in MCF-7 cells，Minami Ando,Shigeyuki Magi,Masahide Seki,Yutaka Suzuki,Takeya Kasukawa,Diane Lefaudeux,Alexander Hoffmann,Mariko Okada，npj Syst Biol Appl，Vol. 7，No. 42，p. 1-15，2021年12月01日，研究論文（学術雑誌）
Distinct and interchangeable growing patterns in colorectal cancer stem-like cells are regulated by Musashi-1，Roberto Coppo,Jumpei Kondo,Keita Iida,Mariko Okada,Kunishige Onuma,Yoshihisa Tanaka,Mayumi Kamada,Masayuki Ohue,Kenji Kawada,Kazutaka Obama,Masahiro Inoue，Cold Spring Harbor Laboratory，2021年11月26日
Essential Role of STAT3 Signaling in Hair Follicle Homeostasis，Kosuke Miyauchi,Sewon Ki,Masao Ukai,Yoshie Suzuki,Kentaro Inoue,Wataru Suda,Takeshi Matsui,Yoshihiro Ito,Kenya Honda,Haruhiko Koseki,Osamu Ohara,Reiko J. Tanaka,Mariko Okada-Hatakeyama,Masato Kubo，Frontiers in Immunology，Frontiers Media SA，Vol. 12，p. 663177-663177，2021年11月11日，研究論文（学術雑誌）
A combination approach of pseudotime analysis and mathematical modeling for understanding drug-resistant mechanisms，Shigeyuki Magi,Sewon Ki,Masao Ukai,Elisa Domínguez-Hüttinger,Atsuhiko T Naito,Yutaka Suzuki,Mariko Okada，Scientific Reports，Vol. 11，No. 1，p. 18511-18511，2021年09月16日，研究論文（学術雑誌）
p52Shc regulates the sustainability of ERK activation in a RAF-independent manner，Ryo Yoshizawa,Nobuhisa Umeki,Akihiro Yamamoto,Mariko Okada,Masayuki Murata,Yasushi Sako，Molecular Biology of the Cell，American Society for Cell Biology (ASCB)，p. mbc.E21-01，2021年07月14日，研究論文（学術雑誌）
Reengineering protein-phosphorylation switches，Kholodenko, Boris N,Okada, Mariko，Science (New York, N.Y.)，American Association for the Advancement of Science (AAAS)，Vol. 373，No. 6550，p. 25-26，2021年07月02日，研究論文（学術雑誌）
Building patient‐specific models for receptor tyrosine kinase signaling networks，Kyoichi Ebata,Sawa Yamashiro,Keita Iida,Mariko Okada，The FEBS Journal，Wiley，2021年05月14日，研究論文（学術雑誌）
Cell shape‐based chemical screening reveals an epigenetic network mediated by focal adhesions，Tomomi Kanazawa,Hiroki Michida,Yuki Uchino,Akari Ishihara,Suxiang Zhang,Sho Tabata,Yutaka Suzuki,Akira Imamoto,Mariko Okada，The FEBS Journal，Wiley，2021年04月22日，研究論文（学術雑誌）
Mathematical Modeling and Transcriptome Profiling of Breast Cancer Cells During Tamoxifen Treatment Reveal Multiple Trajectories for Resistant Subtypes，Shigeyuki Magi,Sewon Ki,Masao Ukai,Atsuhiko Naito,Yutaka Suzuki,Mariko Okada，Research Square，2021年01月13日
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network，Grapotte, Mathys,Saraswat, Manu,Bessière, Chloé,Menichelli, Christophe,Ramilowski, Jordan A,Severin, Jessica,Hayashizaki, Yoshihide,Itoh, Masayoshi,Tagami, Michihira,Murata, Mitsuyoshi,Kojima-Ishiyama, Miki,Noma, Shohei,Noguchi, Shuhei,Kasukawa, Takeya,Hasegawa, Akira,Suzuki, Harukazu,Nishiyori-Sueki, Hiromi,Frith, Martin C,FANTOM consortium,Chatelain, Clément,Carninci, Piero,de Hoon, Michiel J L,Wasserman, Wyeth W,Bréhélin, Laurent,Lecellier, Charles-Henri，Nature communications，2021年，研究論文（学術雑誌）
Inference of genetic networks from time-series and static gene expression data: combining a random-forest-based inference method with feature selection methods，Shuhei Kimura,Ryo Fukutomi,Masato Tokuhisa,Mariko Okada，Frontiers in Genetics，Vol. 11，No. 595912，2020年12月，研究論文（学術雑誌）
A Computational Framework for Prediction and Analysis of Cancer Signaling Dynamics from RNA Sequencing Data—Application to the ErbB Receptor Signaling Pathway，Hiroaki Imoto,Suxiang Zhang,Mariko Okada，Cancers，MDPI AG，Vol. 12，No. 10，p. 2878-2878，2020年10月07日，研究論文（学術雑誌）
The Number of Transcription Factors at an Enhancer Determines Switch-like Gene Expression.，Hiroki Michida,Hiroaki Imoto,Hisaaki Shinohara,Noriko Yumoto,Masahide Seki,Mana Umeda,Tetsutaro Hayashi,Itoshi Nikaido,Takeya Kasukawa,Yutaka Suzuki,Mariko Okada-Hatakeyama，Cell Reports，Vol. 31，No. 9，2020年06月02日，研究論文（学術雑誌）
Inferring the transcriptional regulatory mechanism of signal-dependent gene expression via an integrative computational approach，Chiang, Sufeng,Shinohara, Hisaaki,Huang, Jia-Hsin,Tsai, Huai-Kuang,Okada, Mariko，FEBS letters，Vol. 594，No. 10，p. 1477-1496，2020年05月，研究論文（学術雑誌）
2SBP: overview of the trans-omics session-measure × analyze metabolic adaptation of biological systems-at the 2019 BSJ Meeting in Miyazaki，Okada, Mariko,Bamba, Takeshi，Biophysical reviews，2020年03月，研究論文（学術雑誌）
ATF7-Dependent Epigenetic Changes Are Required for the Intergenerational Effect of a Paternal Low-Protein Diet，Yoshida K,Maekawa T,Ly NH,Fujita SI,Muratani M,Ando M,Katou Y,Araki H,Miura F,Shirahige K,Okada M,Ito T,Chatton B,Ishii S，Molecular Cell，2020年03月，研究論文（学術雑誌）
Essential role of the Crk family-dosage in DiGeorge-like anomaly and metabolic homeostasis.，Akira Imamoto,Sewon Ki,Leiming Li,Kazunari Iwamoto,Venkat Maruthamuthu,John Devany,Ocean Lu,Tomomi Kanazawa,Suxiang Zhang,Takuji Yamada,Akiyoshi Hirayama,Shinji Fukuda,Yutaka Suzuki,Mariko Okada，Life Science Alliance，Vol. 3，No. 2，2020年02月，研究論文（学術雑誌）
Feature Selection based on Random Forests and its Application to a Modeling of Sewage Treatment Plant，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Akiyuki Uemura,Mariko Okada，2019 International Conference on Technologies and Applications of Artiﬁcial Intelligence (TAAI)，IEEE，2019年11月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Translation-dependent unwinding of stem–loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs，Takashi Mino,Noriki Iwai,Masayuki Endo,Kentaro Inoue,Kotaro Akaki,Fabian Hia,Takuya Uehata,Tomoko Emura,Kumi Hidaka,Yutaka Suzuki,Daron M Standley,Mariko Okada-Hatakeyama,Shigeo Ohno,Hiroshi Sugiyama,Akio Yamashita,Osamu Takeuchi，Nucleic Acids Research，Vol. 47，No. 16，p. 8838-8859，2019年09月19日，研究論文（学術雑誌）
Inference of genetic networks using random forests: Assigning different weights for gene expression data，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Mariko Okada，Journal of Bioinformatics and Computational Biology，World Scientific Pub Co Pte Lt，Vol. 17，No. 04，p. 1950015-1950015，2019年08月，研究論文（学術雑誌）
Hunt for the tipping point during endocrine resistance process in breast cancer by dynamic network biomarkers，Liu, Rui,Wang, Jinzeng,Ukai, Masao,Sewon, Ki,Chen, Pei,Suzuki, Yutaka,Wang, Haiyun,Aihara, Kazuyuki,Okada-Hatakeyama, Mariko,Chen, Luonan，Journal of molecular cell biology，2019年08月，研究論文（学術雑誌）
Signal-dependent regulation of early-response genes and cell cycle: a quantitative view，Hiroaki Imoto,Mariko Okada，Current Opinion in Systems Biology，Vol. 15，p. 100-108，2019年06月，研究論文（学術雑誌）
A hepatic post-transcriptional network comprised of CCR4-NOT deadenylase and FGF21 maintains systemic metabolic homeostasis，Masahiro Morita,Nadeem Siddiqui,Sakie Katsumura,Christopher Rouya,Ola Larsson,Takeshi Nagashima,Bahareh Hekmatnejad,Akinori Takahashi,Hiroshi Kiyonari,Mengwei,Zang,Ren_ St-Arnaud,Vincent Gigu_re,Ivan Topisirovic,Mariko Okada-Hatakeyama,Tadashi Yamamoto,Nahum Sonenberg，PNAS，Vol. 116 (16)，No. 16，p. 7973-7981，2019年03月，研究論文（学術雑誌）
Postnatal liver functional maturation requires Cnot complex-mediated decay of mRNAs encoding cell cycle and immature liver genes，Toru Suzuki,Chisato Kikuguchi,Saori Nishijima,Takeshi Nagashima,Akinori Takahashi,Mariko Okada,Tadashi Yamamoto，Development，Vol. 146: dev168146，No. 4，2019年02月，研究論文（学術雑誌）
Pulmonary phagocyte-derived NPY controls the pathology of severe influenza virus infection，Seiki Fujiwara,Midori Hoshizaki,Yu Ichida,Dennis Lex,Etsushi Kuroda,Ken Ishii,Shigeyuki Magi,Mariko Okada,Hiroyuki Takao,Masahiro Gandou,Hirotaka Imai,Ryujiro Hara,Herbert Herzog,Akihiko Yoshimura,Hitoshi Okamura,Josef Penninger,Arthur Slutsky,Stefan Uhlig,Keiji Kuba,Yumiko Imai，Nature Microbiology，Vol. 4，No. 2，p. 258-268，2019年02月，研究論文（学術雑誌）
Tamoxifen mechanically reprograms the tumor microenvironment via HIF‐1A and reduces cancer cell survival，Ernesto Cortes,Dariusz Lachowski,Benjamin Robinson,Muge Sarper,Jaakko S. Teppo,Stephen D. Thorpe,Tyler J. Lieberthal,Kazunari Iwamoto,David A. Lee,Mariko Okada‐Hatakeyama,Markku T. Varjosalo,Armando E. del,R_o Hern_ndez，EMBO Reports，Vol. 20，No. 1，2019年01月，研究論文（学術雑誌）
Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-series and Static Gene Expression Data，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Mariko Okada-Hatakeyama，Proc. of the 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering，p. 98-103，2018年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
High-Quality Overlapping Paired-End Reads for the Detection of A-to-I Editing on Small RNA.，Josephine Galipon,Rintaro Ishii,Soh Ishiguro,Yutaka Suzuki,Shinji Kondo,Mariko Okada-Hatakeyama,Masaru Tomita,Kumiko Ui-Tei，Methods in Molecular Biology，Vol. 1823，p. 167-183，2018年，研究論文（学術雑誌）
Base-pairing probability in the microRNA stem region affects the binding and editing specificity of human A-to-I editing enzymes ADAR1-p110 and ADAR2.，Soh Ishiguro,Josephine Galipon,Rintaro Ishii,Yutaka Suzuki,Shinji Kondo,Mariko Okada-Hatakeyama,Masaru Tomita,Kumiko Ui-Tei，RNA biology，Vol. 15，No. 7，p. 976-989，2018年，研究論文（学術雑誌）
Transcriptionally inducible pleckstrin homology-like domain, family a, member 1, attenuates ERBB receptor activity by inhibiting receptor oligomerization，Shigeyuki Magi,Kazunari Iwamoto,Noriko Yumoto,Michio Hiroshima,Takeshi Nagashima,Rieko Ohki,Amaya Garcia-Munoz,Natalia Volinsky,Alexander Von Kriegsheim,Yasushi Sako,Koichi Takahashi,Shuhei Kimura,Boris N. Kholodenko,Mariko Okada-Hatakeyama，Journal of Biological Chemistry，American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.，Vol. 293，No. 6，p. 2206-2218，2018年，研究論文（学術雑誌）
Genome-scale regression analysis reveals a linear relationship for promoters and enhancers after combinatorial drug treatment，Trisevgeni Rapakoulia,Xin Gao,Yi Huang,Michiel de Hoon,Mariko Okada-Hatakeyama,Harukazu Suzuki,Erik Arner，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 33，No. 23，p. 3696-3700，2017年12月，研究論文（学術雑誌）
Inference of genetic networks from time-series of gene expression levels using random forests，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Mariko Okada-Hatakeyama，2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, CIBCB 2017，Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.，2017年10月04日，研究論文（国際会議プロシーディングス）
An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse，Derek de Rie,Imad Abugessaisa,Tanvir Alam,Erik Arner,Peter Arner,Haitham Ashoor,Gaby Astrom,Magda Babina,Nicolas Bertin,A. Maxwell Burroughs,Ailsa J. Carlisle,Carsten O. Daub,Michael Detmar,Ruslan Deviatiiarov,Alexandre Fort,Claudia Gebhard,Daniel Goldowitz,Sven Guhl,Thomas J. Ha,Jayson Harshbarger,Akira Hasegawa,Kosuke Hashimoto,Meenhard Herlyn,Peter Heutink,Kelly J. Hitchens,Chung Chau Hon,Edward Huang,Yuri Ishizu,Chieko Kai,Takeya Kasukawa,Peter Klinken,Timo Lassmann,Charles-Henri Lecellier,Weonju Lee,Marina Lizio,Vsevolod Makeev,Anthony Mathelier,Yulia A. Medvedeva,Niklas Mejhert,Christopher J. Mungall,Shohei Noma,Mitsuhiro Ohshima,Mariko Okada-Hatakeyama,Helena Persson,Patrizia Rizzu,Filip Roudnicky,Pal Saetrom,Hiroki Sato,Jessica Severin,Jay W. Shin,Rolf K. Swoboda,Hiroshi Tarui,Hiroo Toyoda,Kristoffer Vitting-Seerup,Louise Winteringham,Yoko Yamaguchi,Kayoko Yasuzawa,Misako Yoneda,Noriko Yumoto,Susan Zabierowski,Peter G. Zhang,Christine A. Wells,Kim M. Summers,Hideya Kawaji,Albin Sandelin,Michael Rehli,Yoshihide Hayashizaki,Piero Carninci,Alistair R. R. Forrest,Michiel J. L. de Hoon，Nature Biotechnology，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 35，No. 9，p. 872-+，2017年09月，研究論文（学術雑誌）
FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples.，Shuhei Noguchi,Takahiro Arakawa,Shiro Fukuda,Masaaki Furuno,Akira Hasegawa,Fumi Hori,Sachi Ishikawa-Kato,Kaoru Kaida,Ai Kaiho,Mutsumi Kanamori-Katayama,Tsugumi Kawashima,Miki Kojima,Atsutaka Kubosaki,Ri-Ichiroh Manabe,Mitsuyoshi Murata,Sayaka Nagao-Sato,Kenichi Nakazato,Noriko Ninomiya,Hiromi Nishiyori-Sueki,Shohei Noma,Eri Saijyo,Akiko Saka,Mizuho Sakai,Christophe Simon,Naoko Suzuki,Michihira Tagami,Shoko Watanabe,Shigehiro Yoshida,Peter Arner,Richard A Axton,Magda Babina,J Kenneth Baillie,Timothy C Barnett,Anthony G Beckhouse,Antje Blumenthal,Beatrice Bodega,Alessandro Bonetti,James Briggs,Frank Brombacher,Ailsa J Carlisle,Hans C Clevers,Carrie A Davis,Michael Detmar,Taeko Dohi,Albert S B Edge,Matthias Edinger,Anna Ehrlund,Karl Ekwall,Mitsuhiro Endoh,Hideki Enomoto,Afsaneh Eslami,Michela Fagiolini,Lynsey Fairbairn,Mary C Farach-Carson,Geoffrey J Faulkner,Carmelo Ferrai,Malcolm E Fisher,Lesley M Forrester,Rie Fujita,Jun-Ichi Furusawa,Teunis B Geijtenbeek,Thomas Gingeras,Daniel Goldowitz,Sven Guhl,Reto Guler,Stefano Gustincich,Thomas J Ha,Masahide Hamaguchi,Mitsuko Hara,Yuki Hasegawa,Meenhard Herlyn,Peter Heutink,Kelly J Hitchens,David A Hume,Tomokatsu Ikawa,Yuri Ishizu,Chieko Kai,Hiroshi Kawamoto,Yuki I Kawamura,Judith S Kempfle,Tony J Kenna,Juha Kere,Levon M Khachigian,Toshio Kitamura,Sarah Klein,S Peter Klinken,Alan J Knox,Soichi Kojima,Haruhiko Koseki,Shigeo Koyasu,Weonju Lee,Andreas Lennartsson,Alan Mackay-Sim,Niklas Mejhert,Yosuke Mizuno,Hiromasa Morikawa,Mitsuru Morimoto,Kazuyo Moro,Kelly J Morris,Hozumi Motohashi,Christine L Mummery,Yutaka Nakachi,Fumio Nakahara,Toshiyuki Nakamura,Yukio Nakamura,Tadasuke Nozaki,Soichi Ogishima,Naganari Ohkura,Hiroshi Ohno,Mitsuhiro Ohshima,Mariko Okada-Hatakeyama,Yasushi Okazaki,Valerio Orlando,Dmitry A Ovchinnikov,Robert Passier,Margaret Patrikakis,Ana Pombo,Swati Pradhan-Bhatt,Xian-Yang Qin,Michael Rehli,Patrizia Rizzu,Sugata Roy,Antti Sajantila,Shimon Sakaguchi,Hiroki Sato,Hironori Satoh,Suzana Savvi,Alka Saxena,Christian Schmidl,Claudio Schneider,Gundula G Schulze-Tanzil,Anita Schwegmann,Guojun Sheng,Jay W Shin,Daisuke Sugiyama,Takaaki Sugiyama,Kim M Summers,Naoko Takahashi,Jun Takai,Hiroshi Tanaka,Hideki Tatsukawa,Andru Tomoiu,Hiroo Toyoda,Marc van de Wetering,Linda M van den Berg,Roberto Verardo,Dipti Vijayan,Christine A Wells,Louise N Winteringham,Ernst Wolvetang,Yoko Yamaguchi,Masayuki Yamamoto,Chiyo Yanagi-Mizuochi,Misako Yoneda,Yohei Yonekura,Peter G Zhang,Silvia Zucchelli,Imad Abugessaisa,Erik Arner,Jayson Harshbarger,Atsushi Kondo,Timo Lassmann,Marina Lizio,Serkan Sahin,Thierry Sengstag,Jessica Severin,Hisashi Shimoji,Masanori Suzuki,Harukazu Suzuki,Jun Kawai,Naoto Kondo,Masayoshi Itoh,Carsten O Daub,Takeya Kasukawa,Hideya Kawaji,Piero Carninci,Alistair R R Forrest,Yoshihide Hayashizaki，Scientific data，Vol. 4，p. 170112-170112，2017年08月29日，研究論文（学術雑誌）
Mathematical modeling of atopic dermatitis reveals “double-switch” mechanisms underlying 4 common disease phenotypes，Elisa Dominguez-Huttinger,Panayiotis Christodoulides,Kosuke Miyauchi,Alan D. Irvine,Mariko Okada-Hatakeyama,Masato Kubo,Reiko J. Tanaka，Journal of Allergy and Clinical Immunology，Vol. 139，No. 6，p. 1861-1872. e7，2017年06月，研究論文（学術雑誌）
Robustness analysis of the detailed kinetic model of an ErbB signaling network by using dynamic sensitivity，Hiroyuki Masunaga,Yurie Sugimoto,Shigeyuki Magi,Ryunosuke Itasaki,Mariko Okada-Hatakeyama,Hiroyuki Kurata，PLoS One，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 12，No. 5，2017年05月，研究論文（学術雑誌）
Current status of mathematical modeling of cancer - from the viewpoint of cancer hallmarks，Shigeyuki Magi,Kazunari Iwamoto,Mariko Okada-Hatakeyama，Current Opinion in Systems Biology，Elsevier Ltd，Vol. 2，p. 39-48，2017年04月01日
Using A Priori Knowledge after Genetic Network Inference: Integrating Multiple Kinds of Knowledge，Shuhei Kimura,Koji Kitazawa,Masato Tokuhisa,Mariko Okada-Hatakeyama，Chem-Bio Informatics Journal，CHEM-BIO INFORMATICS SOC，Vol. 17，p. 53-71，2017年，研究論文（学術雑誌）
Protective neutralizing influenza antibody response in the absence of T follicular helper cells，Kosuke Miyauchi,Akiko Sugimoto-Ishige,Yasuyo Harada,Yu Adachi,Yoshiko Usami,Tomohiro Kaji,Kentaro Inoue,Hideki Hasegawa,Takashi Watanabe,Atsushi Hijikata,Satoshi Fukuyama,Tadashi Maemura,Mariko Okada-Hatakeyama,Osamu Ohara,Yoshihiro Kawaoka,Yoshimasa Takahashi,Toshitada Takemori,Masato Kubo，Nature Immunology，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 17，No. 12，p. 1447-1458，2016年12月，研究論文（学術雑誌）
ASBEL-TCF3 complex is required for the tumorigenicity of colorectal cancer cells，Kenzui Taniue,Akiko Kurimoto,Yasuko Takeda,Takeshi Nagashima,Mariko Okada-Hatakeyama,Yuki Katou,Katsuhiko Shirahige,Tetsu Akiyama，PNAS，NATL ACAD SCIENCES，Vol. 113，No. 45，p. 12739-12744，2016年11月，研究論文（学術雑誌）
Oscillation dynamics underlie functional switching of NF-κB for B-cell activation，Kentaro Inoue,Hisaaki Shinohara,Marcelo Behar,Noriko Yumoto,Gouhei Tanaka,Alexander Hoffmann,Kazuyuki Aihara,Mariko Okada-Hatakeyama，npj Systems Biology and Applications，Vol. 2，No. 16024，2016年10月，研究論文（学術雑誌）
MYU, a Target lncRNA for Wnt/c-Myc Signaling, Mediates Induction of CDK6 to Promote Cell Cycle Progression，Yoshihiro Kawasaki,Mimon Komiya,Kosuke Matsumura,Lumi Negishi,Sakiko Suda,Masumi Okuno,Naoko Yokota,Tomoya Osada,Takeshi Nagashima,Masaya Hiyoshi,Mariko Okada-Hatakeyama,Joji Kitayama,Katsuhiko Shirahige,Tetsu Akiyama，Cell Reports，CELL PRESS，Vol. 16，No. 10，p. 2554-2564，2016年09月，研究論文（学術雑誌）
A pre-metazoan origin of the CRK gene family and co-opted signaling network，Yoko Shigeno-Nakazawa,Takuma Kasai,Sewon Ki,Elina Kostyanovskaya,Jana Pawlak,Junya Yamagishi,Noriaki Okimoto,Makoto Taiji,Mariko Okada,Jody Westbrook,Yoko Satta,Takanori Kigawa,Akira Imamoto，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 6，No. 34349，2016年09月，研究論文（学術雑誌）
CD4 memory T cells develop and acquire functional competence by sequential cognate interactions and stepwise gene regulation，Tomohiro Kaji,Atsushi Hijikata,Akiko Ishige,Toshimori Kitami,Takashi Watanabe,Osamu Ohara,Noriyuki Yanaka,Mariko Okada,Michiko Shimoda,Masaru Taniguchi,Toshitada Takemori，International Immunology，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 28，No. 6，p. 267-282，2016年06月，研究論文（学術雑誌）
Stimulus-Dependent Inhibitor of Apoptosis Protein Expression Prolongs the Duration of B Cell Signalling，Hisaaki Shinohara,Kentaro Inoue,Noriko Yumoto,Takeshi Nagashima,Mariko Okada-Hatakeyama，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 6，No. 27706，2016年06月，研究論文（学術雑誌）
Microarray expression analysis of genes involved in innate immune memory in peritoneal macrophages，Keisuke Yoshida,Claire Renard-Guillet,Kentaro Inoue,Katsuhiko Shirahige,Mariko Okada-Hatakeyama,Shunsuke Ishii，Genomics Data，Elsevier Inc.，Vol. 7，p. 90-91，2016年03月01日，研究論文（学術雑誌）
Genetic network inference using hierarchical structure，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Mariko Okada-Hatakeyama，Frontiers in Physiology，Frontiers Media S.A.，Vol. 7，No. 57，2016年02月23日，研究論文（学術雑誌）
Long noncoding RNA UPAT promotes colon tumorigenesis by inhibiting degradation of UHRF1，Kenzui Taniue,Akiko Kurimoto,Hironobu Sugimasa,Emiko Nasu,Yasuko Takeda,Kei Iwasaki,Takeshi Nagashima,Mariko Okada-Hatakeyama,Masaaki Oyama,Hiroko Kozuka-Hata,Masaya Hiyoshi,Joji Kitayama,Lumi Negishi,Yoshihiro Kawasaki,Tetsu Akiyama，PNAS，NATL ACAD SCIENCES，Vol. 113，No. 5，p. 1273-1278，2016年02月，研究論文（学術雑誌）
Observer Design of Positive Quadratic Systems，Yuji Okamoto,Jun-ichi Imura,Mariko Okada-Hatakeyama，Proceedings of the 2016 European Control Conference (ECC’16)，IEEE，p. 843-848，2016年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Simultaneous Execution Method of Gene Clustering and Network Inference，Shuhei Kimura,Masato Tokuhisa,Mariko Okada-Hatakeyama，2016 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB)，IEEE，p. 1-7，2016年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Application of Gene Expression Trajectories Initiated from ErbB Receptor Activation Highlights the Dynamics of Divergent Promoter Usage，Daniel Carbajo,Shigeyuki Magi,Masayoshi Itoh,Hideya Kawaji,Timo Lassmann,Erik Arner,Alistair R. R. Forrest,Piero Carninci,Yoshihide Hayashizaki,Carsten O. Daub,Mariko Okada-Hatakeyama,Jessica C. Mar，PLOS One，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 10，No. 12，2015年12月，研究論文（学術雑誌）
Positive quadratic system approximate representation of nonlinear systems，Yuji Okamoto,Jun-Ichi Imura,Mariko Okada-Hatakeyama，IFAC-PapersOnLine，Vol. 28，No. 18，p. 65-70，2015年11月01日，研究論文（国際会議プロシーディングス）
The transcription factor ATF7 mediates lipopolysaccharide-induced epigenetic changes in macrophages involved in innate immunological memory，Keisuke Yoshida,Toshio Maekawa,Yujuan Zhu,Claire Renard-Guillet,Bruno Chatton,Kentaro Inoue,Takeru Uchiyama,Ken-ichi Ishibashi,Takuji Yamada,Naohito Ohno,Katsuhiko Shirahige,Mariko Okada-Hatakeyama,Shunsuke Ishii，Nature Immunology，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 16，No. 10，p. 1034-+，2015年10月，研究論文（学術雑誌）
Promoter-level expression clustering identifies time development of transcriptional regulatory cascades initiated by ErbB receptors in breast cancer cells，Marco Mina,Shigeyuki Magi,Giuseppe Jurman,Masayoshi Itoh,Hideya Kawaji,Timo Lassmann,Erik Arner,Alistair R. R. Forrest,Piero Carninci,Yoshihide Hayashizaki,Carsten O. Daub,Mariko Okada-Hatakeyama,Cesare Furlanello，Scientific Reports，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 5，No. 11999，2015年07月，研究論文（学術雑誌）
Signalling mechanisms regulating phenotypic changes in breast cancer cells，Natalia Volinsky,Cormac J. McCarthy,Alex von Kriegsheim,Nina Saban,Mariko Okada-Hatakeyama,Walter Kolch,Boris N. Kholodenko，Bioscience Report，PORTLAND PRESS LTD，Vol. 35，No. e0017，2015年04月，研究論文（学術雑誌）
Transcriptional Dynamics Reveal Critical Roles for Non-coding RNAs in the Immediate-Early Response，Stuart Aitken,Shigeyuki Magi,Ahmad M. N. Alhendi,Masayoshi Itoh,Hideya Kawaji,Timo Lassmann,Carsten O. Daub,Erik Arner,Piero Carninci,Alistair R. R. Forrest,Yoshihide Hayashizaki,Levon M. Khachigian,Mariko Okada-Hatakeyama,Colin A. Semple，PLOS Computational Biology，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 11，No. 4，2015年04月，研究論文（学術雑誌）
Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells，Erik Arner,Carsten O. Daub,Kristoffer Vitting-Seerup,Robin Andersson,Berit Lilje,Finn Drablos,Andreas Lennartsson,Michelle Roennerblad,Olga Hrydziuszko,Morana Vitezic,Tom C. Freeman,Ahmad M. N. Alhendi,Peter Arner,Richard Axton,J. Kenneth Baillie,Anthony Beckhouse,Beatrice Bodega,James Briggs,Frank Brombacher,Margaret Davis,Michael Detmar,Anna Ehrlund,Mitsuhiro Endoh,Afsaneh Eslami,Michela Fagiolini,Lynsey Fairbairn,Geoffrey J. Faulkner,Carmelo Ferrai,Malcolm E. Fisher,Lesley Forrester,Daniel Goldowitz,Reto Guler,Thomas Ha,Mitsuko Hara,Meenhard Herlyn,Tomokatsu Ikawa,Chieko Kai,Hiroshi Kawamoto,Levon M. Khachigian,S. Peter Klinken,Soichi Kojima,Haruhiko Koseki,Sarah Klein,Niklas Mejhert,Ken Miyaguchi,Yosuke Mizuno,Mitsuru Morimoto,Kelly J. Morris,Christine Mummery,Yutaka Nakachi,Soichi Ogishima,Mariko Okada-Hatakeyama,Yasushi Okazaki,Valerio Orlando,Dmitry Ovchinnikov,Robert Passier,Margaret Patrikakis,Ana Pombo,Xian-Yang Qin,Sugata Roy,Hiroki Sato,Suzana Savvi,Alka Saxena,Anita Schwegmann,Daisuke Sugiyama,Rolf Swoboda,Hiroshi Tanaka,Andru Tomoiu,Louise N. Winteringham,Ernst Wolvetang,Chiyo Yanagi-Mizuochi,Misako Yoneda,Susan Zabierowski,Peter Zhang,Imad Abugessaisa,Nicolas Bertin,Alexander D. Diehl,Shiro Fukuda,Masaaki Furuno,Jayson Harshbarger,Akira Hasegawa,Fumi Hori,Sachi Ishikawa-Kato,Yuri Ishizu,Masayoshi Itoh,Tsugumi Kawashima,Miki Kojima,Naoto Kondo,Marina Lizio,Terrence F. Meehan,Christopher J. Mungall,Mitsuyoshi Murata,Hiromi Nishiyori-Sueki,Serkan Sahin,Sayaka Nagao-Sato,Jessica Severin,Michiel J. L. de Hoon,Jun Kawai,Takeya Kasukawa,Timo Lassmann,Harukazu Suzuki,Hideya Kawaji,Kim M. Summers,Christine Wells,David A. Hume,Alistair R. R. Forrest,Albin Sandelin,Piero Carninci,Yoshihide Hayashizaki，Science，AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE，Vol. 347，No. 6225，p. 1010-1014，2015年02月，研究論文（学術雑誌）
Feedforward regulation of mRNA stability by prolonged extracellular signal-regulated kinase activity，Takeshi Nagashima,Norihiko Inoue,Noriko Yumoto,Yuko Saeki,Shigeyuki Magi,Natalia Volinsky,Alexander Sorkin,Boris N. Kholodenko,Mariko Okada-Hatakeyama，FEBS JOURNAL，WILEY-BLACKWELL，Vol. 282，No. 4，p. 613-629，2015年02月
The statistical geometry of transcriptome divergence in cell-type evolution and cancer，Liang, Cong,FANTOM Consortium,Forrest, Alistair R R,Wagner, Günter P，Nature communications，2015年，研究論文（学術雑誌）
The Constrained Maximal Expression Level Owing to Haploidy Shapes Gene Content on the Mammalian X Chromosome，Hurst, Laurence D,Ghanbarian, Avazeh T,Forrest, Alistair R R,FANTOM consortium,Huminiecki, Lukasz，PLoS biology，2015年，研究論文（学術雑誌）
Positive Quadratic System Representation of Molecular Interaction in a Cell，Yuji Okamoto,Jun-ichi Imura,Mariko Okada-Hatakeyama，2015 EUROPEAN CONTROL CONFERENCE (ECC)，IEEE，p. 1554-1559，2015年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Improvement of Reliabilities of Regulations using a Hierarchical Structure in a Genetic Network，Shuhei Kimura,Mariko Okada-Hatakeyama，2015 INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON NEURAL NETWORKS (IJCNN)，IEEE，p. pp. 485-491，2015年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Genome-wide comprehensive analysis of transcriptional regulation by ArgR in Thermus thermophilus，Naoki Iwanaga,Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Takeo Tomita,Yoshihiro Agari,Akeo Shinkai,Seiki Kuramitsu,Mariko Okada-Hatakeyama,Tomohisa Kuzuyama,Makoto Nishiyama，Extremophiles，SPRINGER JAPAN KK，Vol. 18，No. 6，p. 995-1008，2014年11月，研究論文（学術雑誌）
A Fast Parameter Estimation Method for Inferring Reduced S-system Models of Genetic Networks，Shuhei Kimura,Munehiro Furuta,Masanao Sato,Mariko Okada-Hatakeyama，Proceedings of 2014 International Conference on Information Systems and Computing Technology，p. 45-50，2014年10月
Positive feedback within a kinase signaling complex functions as a switch mechanism for NF-kappa B activation，Hisaaki Shinohara,Marcelo Behar,Kentaro Inoue,Michio Hiroshima,Tomoharu Yasuda,Takeshi Nagashima,Shuhei Kimura,Hideki Sanjo,Shiori Maeda,Noriko Yumoto,Sewon Ki,Shizuo Akira,Yasushi Sako,Alexander Hoffmann,Tomohiro Kurosaki,Mariko Okada-Hatakeyama，Science，AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE，Vol. 344，No. 6185，p. 760-764，2014年05月，研究論文（学術雑誌）
Fluctuation of Rac1 activity is associated with the phenotypic and transcriptional heterogeneity of glioma cells，Hiroko Yukinaga,Clara Shionyu,Eishu Hirata,Kumiko Ui-Tei,Takeshi Nagashima,Shinji Kondo,Mariko Okada-Hatakeyama,Honda Naoki,Michiyuki Matsuda，Journal of Cell Science，COMPANY OF BIOLOGISTS LTD，Vol. 127，No. 8，p. 1805-1815，2014年04月，研究論文（学術雑誌）
A promoter-level mammalian expression atlas.，Alistair R R Forrest,Hideya Kawaji,Michael Rehli,J Kenneth Baillie,Michiel J L de Hoon,Vanja Haberle,Timo Lassmann,Ivan V Kulakovskiy,Marina Lizio,Masayoshi Itoh,Robin Andersson,Christopher J Mungall,Terrence F Meehan,Sebastian Schmeier,Nicolas Bertin,Mette Jørgensen,Emmanuel Dimont,Erik Arner,Christian Schmidl,Ulf Schaefer,Yulia A Medvedeva,Charles Plessy,Morana Vitezic,Jessica Severin,Colin A Semple,Yuri Ishizu,Robert S Young,Margherita Francescatto,Intikhab Alam,Davide Albanese,Gabriel M Altschuler,Takahiro Arakawa,John A C Archer,Peter Arner,Magda Babina,Sarah Rennie,Piotr J Balwierz,Anthony G Beckhouse,Swati Pradhan-Bhatt,Judith A Blake,Antje Blumenthal,Beatrice Bodega,Alessandro Bonetti,James Briggs,Frank Brombacher,A Maxwell Burroughs,Andrea Califano,Carlo V Cannistraci,Daniel Carbajo,Yun Chen,Marco Chierici,Yari Ciani,Hans C Clevers,Emiliano Dalla,Carrie A Davis,Michael Detmar,Alexander D Diehl,Taeko Dohi,Finn Drabløs,Albert S B Edge,Matthias Edinger,Karl Ekwall,Mitsuhiro Endoh,Hideki Enomoto,Michela Fagiolini,Lynsey Fairbairn,Hai Fang,Mary C Farach-Carson,Geoffrey J Faulkner,Alexander V Favorov,Malcolm E Fisher,Martin C Frith,Rie Fujita,Shiro Fukuda,Cesare Furlanello,Masaaki Furino,Jun-ichi Furusawa,Teunis B Geijtenbeek,Andrew P Gibson,Thomas Gingeras,Daniel Goldowitz,Julian Gough,Sven Guhl,Reto Guler,Stefano Gustincich,Thomas J Ha,Masahide Hamaguchi,Mitsuko Hara,Matthias Harbers,Jayson Harshbarger,Akira Hasegawa,Yuki Hasegawa,Takehiro Hashimoto,Meenhard Herlyn,Kelly J Hitchens,Shannan J Ho Sui,Oliver M Hofmann,Ilka Hoof,Furni Hori,Lukasz Huminiecki,Kei Iida,Tomokatsu Ikawa,Boris R Jankovic,Hui Jia,Anagha Joshi,Giuseppe Jurman,Bogumil Kaczkowski,Chieko Kai,Kaoru Kaida,Ai Kaiho,Kazuhiro Kajiyama,Mutsumi Kanamori-Katayama,Artem S Kasianov,Takeya Kasukawa,Shintaro Katayama,Sachi Kato,Shuji Kawaguchi,Hiroshi Kawamoto,Yuki I Kawamura,Tsugumi Kawashima,Judith S Kempfle,Tony J Kenna,Juha Kere,Levon M Khachigian,Toshio Kitamura,S Peter Klinken,Alan J Knox,Miki Kojima,Soichi Kojima,Naoto Kondo,Haruhiko Koseki,Shigeo Koyasu,Sarah Krampitz,Atsutaka Kubosaki,Andrew T Kwon,Jeroen F J Laros,Weonju Lee,Andreas Lennartsson,Kang Li,Berit Lilje,Leonard Lipovich,Alan Mackay-Sim,Ri-ichiroh Manabe,Jessica C Mar,Benoit Marchand,Anthony Mathelier,Niklas Mejhert,Alison Meynert,Yosuke Mizuno,David A de Lima Morais,Hiromasa Morikawa,Mitsuru Morimoto,Kazuyo Moro,Efthymios Motakis,Hozumi Motohashi,Christine L Mummery,Mitsuyoshi Murata,Sayaka Nagao-Sato,Yutaka Nakachi,Fumio Nakahara,Toshiyuki Nakamura,Yukio Nakamura,Kenichi Nakazato,Erik van Nimwegen,Noriko Ninomiya,Hiromi Nishiyori,Shohei Noma,Shohei Noma,Tadasuke Noazaki,Soichi Ogishima,Naganari Ohkura,Hiroko Ohimiya,Hiroshi Ohno,Mitsuhiro Ohshima,Mariko Okada-Hatakeyama,Yasushi Okazaki,Valerio Orlando,Dmitry A Ovchinnikov,Arnab Pain,Robert Passier,Margaret Patrikakis,Helena Persson,Silvano Piazza,James G D Prendergast,Owen J L Rackham,Jordan A Ramilowski,Mamoon Rashid,Timothy Ravasi,Patrizia Rizzu,Marco Roncador,Sugata Roy,Morten B Rye,Eri Saijyo,Antti Sajantila,Akiko Saka,Shimon Sakaguchi,Mizuho Sakai,Hiroki Sato,Suzana Savvi,Alka Saxena,Claudio Schneider,Erik A Schultes,Gundula G Schulze-Tanzil,Anita Schwegmann,Thierry Sengstag,Guojun Sheng,Hisashi Shimoji,Yishai Shimoni,Jay W Shin,Christophe Simon,Daisuke Sugiyama,Takaai Sugiyama,Masanori Suzuki,Naoko Suzuki,Rolf K Swoboda,Peter A C 't Hoen,Michihira Tagami,Naoko Takahashi,Jun Takai,Hiroshi Tanaka,Hideki Tatsukawa,Zuotian Tatum,Mark Thompson,Hiroo Toyodo,Tetsuro Toyoda,Elvind Valen,Marc van de Wetering,Linda M van den Berg,Roberto Verado,Dipti Vijayan,Ilya E Vorontsov,Wyeth W Wasserman,Shoko Watanabe,Christine A Wells,Louise N Winteringham,Ernst Wolvetang,Emily J Wood,Yoko Yamaguchi,Masayuki Yamamoto,Misako Yoneda,Yohei Yonekura,Shigehiro Yoshida,Susan E Zabierowski,Peter G Zhang,Xiaobei Zhao,Silvia Zucchelli,Kim M Summers,Harukazu Suzuki,Carsten O Daub,Jun Kawai,Peter Heutink,Winston Hide,Tom C Freeman,Boris Lenhard,Vladimir B Bajic,Martin S Taylor,Vsevolod J Makeev,Albin Sandelin,David A Hume,Piero Carninci,Yoshihide Hayashizaki，Nature，Vol. 507，No. 7493，p. 462-470，2014年03月27日，研究論文（学術雑誌）
Differential roles of epigenetic changes and Foxp3 expression in regulatory T cell-specific transcriptional regulation，Morikawa, Hiromasa,Ohkura, Naganari,Vandenbon, Alexis,Itoh, Masayoshi,Nagao-Sato, Sayaka,Kawaji, Hideya,Lassmann, Timo,Carninci, Piero,Hayashizaki, Yoshihide,Forrest, Alistair R R,Standley, Daron M,Date, Hiroshi,Sakaguchi, Shimon,FANTOM Consortium，Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America，2014年，研究論文（学術雑誌）
An effective method for the inference of reduced S-system models of Genetic Networks，Shuhei Kimura,Masanao Sato,Mariko Okada-Hatakeyama，IPSJ Transactions on Bioinformatics，Information Processing Society of Japan，Vol. 7，p. 30-38，2014年，研究論文（学術雑誌）
Both mutated and unmutated memory B cells accumulate mutations in the course of the secondary response and develop a new antibody repertoire optimally adapted to the secondary stimulus，Tomohiro Kaji,Koji Furukawa,Akiko Ishige,Itsumi Toyokura,Masaki Nomura,Mariko Okada,Yoshimasa Takahashi,Michiko Shimoda,Toshitada Takemori，International Immunology，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 25，No. 12，p. 683-695，2013年12月，研究論文（学術雑誌）
Inference of Vohradsky's Models of Genetic Networks by Solving Two-Dimensional Function Optimization Problems，Shuhei Kimura,Masanao Sato,Mariko Okada-Hatakeyama，PLOS One，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 8，No. 12，2013年12月，研究論文（学術雑誌）
Capturing drug responses by quantitative promoter activity profiling，Kazuhiro Kajiyama,Mariko Okada-Hatakeyama,Yoshihide Hayashizaki,Hideya Kawaji,Hirokazu Suzuki，CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology，Vol. 2(9)，No. e77，2013年09月，研究論文（学術雑誌）
Statistical significance of combinatorial regulations，Aika Terada,Mariko Okada-Hatakeyama,Koji Tsuda,Jun Sese，PNAS，NATL ACAD SCIENCES，Vol. 110，No. 32，p. 12996-13001，2013年08月，研究論文（学術雑誌）
Functional analysis of a novel long ncRNA involved in the tumorigenicity of colorectal cancer，Vol. Article_in_Cancer Research Vol. 73 (8 Supplement)，p. 1831-1831，2013年04月
Individual hematopoietic stem cells in human bone marrow of patients with aplastic anemia or myelodysplastic syndrome stably give rise to limited cell lineages，Takamasa Katagiri,Hiroshi Kawamoto,Takashi Nakakuki,Ken Ishiyama,Mariko Okada-Hatakeyama,Shigeki Ohtake,Yu Seiki,Kohei Hosokawa,Shinji Nakao，Stem Cells，Vol. 31，No. 3，p. 536-546，2013年03月，研究論文（学術雑誌）
3P179 生細胞内における厳密なPI3Kヘテロダイマー複合体のシグナル応答(12.細胞生物的課題,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))，Pack Chan-Gi,Saeki Yuko,Okada Mariko,Sako Yasushi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 53，No. 1，2013年
Methods for the Analysis of Intracellular Signal Transduction Systems，Takashi Nakakuki,Mariko Okada-Hatakeyama，Technological Advancements in Biomedicine for Healthcare Applications，Vol. 34，p. 347-353，2013年
Computational design of small peptide inhibitors of Protein-Protein interactions in CRK-SH2 mediated intracellular signaling，Junya Yamagishi,Noriaki Okimoto,Takuma Kasai,Atsushi Suenaga,Mariko Okada,Akira Imamoto,Makoto Taiji，Models in Bioscience and Materials Research，p. 155-166，2013年01月
Development of an efficient parameter estimation method for the inference of Vohradský's neural network models of genetic networks，Shuhei Kimura,Masanao Sato,Mariko Okada-Hatakeyama，Proceedings of the International Joint Conference on Neural Networks，p. 2676-2681，2013年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Phase responses of oscillating components in a signaling pathway，Masaki Nomura,Mariko Okada-Hatakeyama，Frontiers in Physiology，FRONTIERS RESEARCH FOUNDATION，Vol. 4，No. 68，2013年，研究論文（学術雑誌）
Distinct cellular pathways select germline-encoded and somatically mutated antibodies into immunological memory，Tomohiro Kaji,Akiko Ishige,Masaki Hikida,Junko Taka,Atsushi Hijikata,Masato Kubo,Takeshi Nagashima,Yoshimasa Takahashi,Tomohiro Kurosaki,Mariko Okada,Osamu Ohara,Klaus Rajewsky,Toshitada Takemori，The Journal of Experimental Medicine，ROCKEFELLER UNIV PRESS，Vol. 209，No. 11，p. 2079-2097，2012年10月，研究論文（学術雑誌）
Dynamically varying interactions between heregulin and ErbB proteins detected by single-molecule analysis in living cells，Michio Hiroshima,Yuko Saeki,Mariko Okada-Hatakeyama,Yasushi Sako，PNAS，Vol. 109，No. 35，p. 13984-13989，2012年08月
Catching transcriptional regulation by thermostatistical modeling，Till D. Frank,Alex Cheong,Mariko Okada-Hatakeyama,Boris N. Kholodenko，Physical Biology，IOP PUBLISHING LTD，Vol. 9，No. 4，p. 1-11，2012年08月，研究論文（学術雑誌）
An ErbB receptor-mediated AP-1 regulatory network is modulated by STAT3 and c-MYC during calcium-dependent keratinocyte differentiation，Yuko Saeki,Takeshi Nagashima,Shuhei Kimura,Mariko Okada-Hatakeyama，Experimental Dermatology，WILEY-BLACKWELL，Vol. 21，No. 4，p. 293-298，2012年04月，研究論文（学術雑誌）
Inference of S-system models of genetic networks by solving one-dimensional function optimization problems，Shuhei Kimura,D. Araki,Koki Matsumura,Mariko Okada-Hatakeyama，Mathematical Biosciences，ELSEVIER SCIENCE INC，Vol. 235，No. 2，p. 161-170，2012年02月，研究論文（学術雑誌）
Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving Linear Programming Problems and Sets of Linear Algebraic Equations，Shuhei Kimura,Koki Matsumura,Mariko Okada-Hatakeyama，2012 INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON NEURAL NETWORKS (IJCNN)，IEEE，p. 1-8，2012年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Obesity resistance and increased hepatic expression of catabolism-related mRNAs in Cnot3(-/+) mice，Masahiro Morita,Yuichi Oike,Takeshi Nagashima,Tsuyoshi Kadomatsu,Mitsuhisa Tabata,Toru Suzuki,Takahisa Nakamura,Nobuaki Yoshida,Mariko Okada,Tadashi Yamamoto，The EMBO Journal，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 30，No. 22，p. 4678-4691，2011年11月，研究論文（学術雑誌）
A rank-based statistical test for measuring synergistic effects between two gene sets，Yuichi Shiraishi,Mariko Okada-Hatakeyama,Satoru Miyano，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 27，No. 17，p. 2399-2405，2011年09月，研究論文（学術雑誌）
Epidermal growth factor receptor mutation in combination with expression of MIG6 alters gefitinib sensitivity，Yoshimi Naruo,Takeshi Nagashima,Ryoko Ushikoshi-Nakayama,Yuko Saeki,Takashi Nakakuki,Takashi Naka,Hiroshi Tanaka,Shih-Feng Tsai,Mariko Okada-Hatakeyama，BMC Systems Biology，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 5，No. 29，p. 1-14，2011年02月，研究論文（学術雑誌）
3L1534 ErbB signaling-Quantification of protein diffusion and interaction networks in MCF7 cells using FCS and FCCS(Cell biology 5,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)，Pack Chan-Gi,Saeki Yuko,Hiroshima Michio,Okada Mariko,Sako Yasushi，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 51，2011年
AGLSDC: a Genetic Local Search Suitable for Parallel Computation，S.Kimura,T.Nakakuki,S.Kirita,M.Okada，SICE Journal of Control, Measurement, and System Integration，The Society of Instrument and Control Engineers，Vol. 4，No. 2，p. 105-113，2011年，研究論文（学術雑誌）
Efficient parameter estimation for the inference of s-system models of genetic networks: Proposition of further problem decomposition and alternate function optimization，Shuhei Kimura,Koki Matsumura,Mariko Okada-Hatakeyama，Chem-Bio Informatics Journal，Chem-Bio Informatics Society，Vol. 11，No. 1，p. 24-40，2011年，研究論文（学術雑誌）
Computation of restoration of ligand response in the random kinetics of a prostate cancer cell signaling pathway，Saswati Dana,Takashi Nakakuki,Mariko Hatakeyama,Shuhei Kimura,Soumyendu Raha，Computer Methods and Programs in Biomedicine，ELSEVIER IRELAND LTD，Vol. 101，No. 1，p. 1-22，2011年01月，研究論文（学術雑誌）
Integrated Quantitative Analysis of the Phosphoproteome and Transcriptome in Tamoxifen-resistant Breast Cancer，Masaaki Oyama,Takeshi Nagashima,Takashi Suzuki,Hiroko Kozuka-Hata,Noriko Yumoto,Yuichi Shiraishi,Kazuhiro Ikeda,Yoko Kuroki,Noriko Gotoh,Takanori Ishida,Satoshi Inoue,Hiroaki Kitano,Mariko Okada-Hatakeyama，The Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 286，No. 1，p. 818-829，2011年01月，研究論文（学術雑誌）
Particle simulation of epidermal growth factor receptor in prostate cancer cells，Ryusuke Kenmochi,Tatsunori Hanai,Takashi Nakakuki,Mariko Okada,Chiharu Ishii，IFAC Proceedings Volumes (IFAC-PapersOnline)，Vol. 18，No. 1，p. 9633-9637，2011年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Ligand-Specific c-Fos Expression Emerges from the Spatiotemporal Control of ErbB Network Dynamics，Takashi Nakakuki,Marc R. Birtwistle,Yuko Saeki,Noriko Yumoto,Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Lutz Brusch,Babatunde A. Ogunnaike,Mariko Okada-Hatakeyama,Boris N. Kholodenko，Cell，CELL PRESS，Vol. 141，No. 5，p. 884-896，2010年05月，研究論文（学術雑誌）
Inferring cluster-based networks from differently stimulated multiple time-course gene expression data，Yuichi Shiraishi,Shuhei Kimura,Mariko Okada，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 26，No. 8，p. 1073-1081，2010年04月，研究論文（学術雑誌）
Bootstrap Analysis of Genetic Networks inferred by the Method Using LPMs，Shuhei Kimura,Koki Matsumura,Mariko Okada-Hatakeyama，Proceedings of the 2010 International Conference on Computational Science and its Applications，p. 296-299，2010年03月
Inference of Genetic Networks Using Lpms: Assessment of Confidence Values of Regulations.，Shuhei Kimura,Yuichi Shiraishi,Mariko Okada，J. Bioinform. Comput. Biol.，Vol. 8，No. 4，p. 661-677，2010年，研究論文（学術雑誌）
Effective Parameter Estimation for S-system Models using LPMs and Evolutionary Algorithms，Shuhei Kimura,Yusuke Amano,Koki Matsumura,Mariko Okada-Hatakeyama，2010 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC)，IEEE，p. 2034-2041，2010年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Ligand-specific sequential regulation of transcription factors for differentiation of MCF-7 cells，Yuko Saeki,Takaho Endo,Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Noriko Yumoto,Tetsuro Toyoda,Harukazu Suzuki,Yoshihide Hayashizaki,Yoshiyuki Sakaki,Mariko Okada-Hatakeyama，BMC Genomics，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 10，2009年11月，研究論文（学術雑誌）
Mutation of epidermal growth factor receptor is associated with MIG6 expression，Takeshi Nagashima,Ryoko Ushikoshi-Nakayama,Atsushi Suenaga,Kaori Ide,Noriko Yumoto,Yoshimi Naruo,Kaoru Takahashi,Yuko Saeki,Makoto Taiji,Hiroshi Tanaka,Shih-Feng Tsai,Mariko Hatakeyama，FEBS Journal，WILEY-BLACKWELL PUBLISHING, INC，Vol. 276，No. 18，p. 5239-5251，2009年09月，研究論文（学術雑誌）
Structural and Functional Basis of a Role for CRKL in a Fibroblast Growth Factor 8-Induced Feed-Forward Loop，Ji-Heui Seo,Atsushi Suenaga,Mariko Hatakeyama,Makoto Taiji,Akira Imamoto，Molecular and Cellular Biology，AMER SOC MICROBIOLOGY，Vol. 29，No. 11，p. 3076-3087，2009年06月，研究論文（学術雑誌）
The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.，Harukazu Suzuki,Alistair R R Forrest,Erik van Nimwegen,Carsten O Daub,Piotr J Balwierz,Katharine M Irvine,Timo Lassmann,Timothy Ravasi,Yuki Hasegawa,Michiel J L de Hoon,Shintaro Katayama,Kate Schroder,Piero Carninci,Yasuhiro Tomaru,Mutsumi Kanamori-Katayama,Atsutaka Kubosaki,Altuna Akalin,Yoshinari Ando,Erik Arner,Maki Asada,Hiroshi Asahara,Timothy Bailey,Vladimir B Bajic,Denis Bauer,Anthony G Beckhouse,Nicolas Bertin,Johan Björkegren,Frank Brombacher,Erika Bulger,Alistair M Chalk,Joe Chiba,Nicole Cloonan,Adam Dawe,Josee Dostie,Pär G Engström,Magbubah Essack,Geoffrey J Faulkner,J Lynn Fink,David Fredman,Ko Fujimori,Masaaki Furuno,Takashi Gojobori,Julian Gough,Sean M Grimmond,Mika Gustafsson,Megumi Hashimoto,Takehiro Hashimoto,Mariko Hatakeyama,Susanne Heinzel,Winston Hide,Oliver Hofmann,Michael Hörnquist,Lukasz Huminiecki,Kazuho Ikeo,Naoko Imamoto,Satoshi Inoue,Yusuke Inoue,Ryoko Ishihara,Takao Iwayanagi,Anders Jacobsen,Mandeep Kaur,Hideya Kawaji,Markus C Kerr,Ryuichiro Kimura,Syuhei Kimura,Yasumasa Kimura,Hiroaki Kitano,Hisashi Koga,Toshio Kojima,Shinji Kondo,Takeshi Konno,Anders Krogh,Adele Kruger,Ajit Kumar,Boris Lenhard,Andreas Lennartsson,Morten Lindow,Marina Lizio,Cameron Macpherson,Norihiro Maeda,Christopher A Maher,Monique Maqungo,Jessica Mar,Nicholas A Matigian,Hideo Matsuda,John S Mattick,Stuart Meier,Sei Miyamoto,Etsuko Miyamoto-Sato,Kazuhiko Nakabayashi,Yutaka Nakachi,Mika Nakano,Sanne Nygaard,Toshitsugu Okayama,Yasushi Okazaki,Haruka Okuda-Yabukami,Valerio Orlando,Jun Otomo,Mikhail Pachkov,Nikolai Petrovsky,Charles Plessy,John Quackenbush,Aleksandar Radovanovic,Michael Rehli,Rintaro Saito,Albin Sandelin,Sebastian Schmeier,Christian Schönbach,Ariel S Schwartz,Colin A Semple,Miho Sera,Jessica Severin,Katsuhiko Shirahige,Cas Simons,George St Laurent,Masanori Suzuki,Takahiro Suzuki,Matthew J Sweet,Ryan J Taft,Shizu Takeda,Yoichi Takenaka,Kai Tan,Martin S Taylor,Rohan D Teasdale,Jesper Tegnér,Sarah Teichmann,Eivind Valen,Claes Wahlestedt,Kazunori Waki,Andrew Waterhouse,Christine A Wells,Ole Winther,Linda Wu,Kazumi Yamaguchi,Hiroshi Yanagawa,Jun Yasuda,Mihaela Zavolan,David A Hume,Takahiro Arakawa,Shiro Fukuda,Kengo Imamura,Chikatoshi Kai,Ai Kaiho,Tsugumi Kawashima,Chika Kawazu,Yayoi Kitazume,Miki Kojima,Hisashi Miura,Kayoko Murakami,Mitsuyoshi Murata,Noriko Ninomiya,Hiromi Nishiyori,Shohei Noma,Chihiro Ogawa,Takuma Sano,Christophe Simon,Michihira Tagami,Yukari Takahashi,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki，Nature Genetics，5，Vol. 41，No. 5，p. 553-62，2009年05月，研究論文（学術雑誌）
Genetic network inference as a series of discrimination tasks，Shuhei Kimura,Satoshi Nakayama,Mariko Hatakeyama，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 25，No. 7，p. 918-925，2009年04月，研究論文（学術雑誌）
Molecular Dynamics Simulations Reveal that Tyr-317 Phosphorylation Reduces Shc Binding Affinity for Phosphotyrosyl Residues of Epidermal Growth Factor Receptor，Atsushi Suenaga,Mariko Hatakeyama,Anatoly B. Kiyatkin,Ravi Radhakrishnan,Makoto Taiji,Boris N. Kholodenko，Biophysical Journal，CELL PRESS，Vol. 96，No. 6，p. 2278-2288，2009年03月，研究論文（学術雑誌）
Inference of Genetic Networks using Linear Programming Machines: Application of A Priori Knowledge，S. Kimura,Y. Shiraishi,M. Hatakeyama，IJCNN: 2009 INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON NEURAL NETWORKS, VOLS 1- 6，IEEE，p. 694-+，2009年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Topological Analysis of MAPK Cascade for Kinetic ErbB Signaling，Takashi Nakakuki,Noriko Yumoto,Takashi Naka,Mikako Shirouzu,Shigeyuki Yokoyama,Mariko Hatakeyama，PLOS One，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 3，No. 3，2008年03月，研究論文（学術雑誌）
Integrative Genome-Wide Expression Analysis Bears Evidence of Estrogen Receptor-Independent Transcription in Heregulin-Stimulated MCF-7 Cells，Takeshi Nagashima,Takahiro Suzuki,Shinji Kondo,Yoko Kuroki,Kaoru Takahashi,Kaori Ide,Noriko Yumoto,Aki Hasegawa,Tetsuro Toyoda,Toshio Kojima,Akihiko Konagaya,Harukazu Suzuki,Yoshihide Hayashizaki,Yoshiyuki Sakaki,Mariko Hatakeyama，PLOS One，PUBLIC LIBRARY SCIENCE，Vol. 3，No. 3，2008年03月，研究論文（学術雑誌）
1S2-3 実験と数理モデルによる細胞反応ネットワークの量変化から質変化への追跡(1S2 理論解析と実験から見出される生物物理学,第46回日本生物物理学会年会)，畠山眞里子，生物物理，一般社団法人日本生物物理学会，Vol. 48，2008年
Function approximation approach to the inference of reduced NGnet models of genetic networks，Shuhei Kimura,Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Hideki Maeda,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，BMC Bioinformatics，BIOMED CENTRAL LTD，Vol. 9，No. 23，2008年01月，研究論文（学術雑誌）
Phosphoproteome and transcriptome analyses of ErbB ligand-stimulated MCF-7 cells，Takeshi Nagashima,Masaaki Oyama,Hiroko Kozuka-Hata,Noriko Yumoto,Yoshiyuki Sakaki,Mariko Hatakeyama，Cancer Genomics and Proteomics，International Institute of Anticancer Research，Vol. 5，No. 3-4，p. 161-168，2008年，研究論文（学術雑誌）
Ligand-dependent responses of the ErbB signaling network: experimental and modeling analyses，Marc R. Birtwistle,Mariko Hatakeyama,Noriko Yumoto,Babatunde A. Ogunnaike,Jan B. Hoek,Boris N. Kholodenko，Molecular Systems Biology，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 3，No. 144，2007年11月，研究論文（学術雑誌）
Quantitative transcriptional control of ErbB receptor signaling undergoes graded to biphasic response for cell differentiation，Takeshi Nagashima,Hidetoshi Shimodaira,Kaori Ide,Takashi Nakakuki,Yukitaka Tani,Kaoru Takahashi,Noriko Yumoto,Mariko Hatakeyama，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 282，No. 6，p. 4045-4056，2007年02月，研究論文（学術雑誌）
System properties of ErbB receptor signaling for the understanding of cancer progression，Mariko Hatakeyama，Molecular Biosystems，ROYAL SOC CHEMISTRY，Vol. 3，No. 2，p. 111-116，2007年02月，研究論文（学術雑誌）
Function Approximation Approach to the Inference of Neural Network Models of Genetic Networks，Shuhei Kimura,Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，IPSJ Transactions on Bioinformatics，Information Processing Society of Japan，Vol. 48，p. 9-19，2007年
Inference of genetic networks using a reduced NGnet model，Shuhei Kimura,Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Kotaro Yoshida,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，2007 IEEE INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON NEURAL NETWORKS, VOLS 1-6，IEEE，p. 932-+，2007年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Expression of the ErbB4 receptor causes reversal regulation of PP2A in the Shc signal transduction pathway in human cancer cells，Noriko Yumoto,Xiaomei Yu,Mariko Hatakeyama，Molecular and Cellular Biochemistry，SPRINGER，Vol. 285，No. 1-2，p. 165-171，2006年04月，研究論文（学術雑誌）
Compensation effect of the MAPK cascade on formation of phospho-protein gradients，Takashi Naka,Mariko Hatakeyama,Naoto Sakamoto,Akihiko Konagaya，Biosystems，ELSEVIER SCI LTD，Vol. 83，No. 2-3，p. 167-177，2006年02月，研究論文（学術雑誌）
Function approximation approach Gaussian network models to the inference of normalized of genetic networks，Shuhei Kimura,Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，2006 IEEE INTERNATIONAL JOINT CONFERENCE ON NEURAL NETWORK PROCEEDINGS, VOLS 1-10，IEEE，p. 2218-+，2006年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
The International Consortium on Systems Biology of Receptor Tyrosine Kinase Regulatory Networks，Sakaki, Yoshiyuki,Kholodenko, Boris N,Hatakeyama, Mariko,Kitano, Hiroaki,Kolch, Walter,De Meyts, Pierre,Yarden, Yosef,Westerhoff, Hans V,Wiley, H Steven，Systems biology，Vol. 2，No. 2，p. 53-60，2005年06月，研究論文（学術雑誌）
White paper: The International Receptor Tyrosine Kinase Networks Consortium，Y Sakaki,H Kitano,W Kolch,P De Meyts,Y Yarden,HV Westerhoff,HS Wiley,M Hatakeyama,J Schlessinger，The Scientist，SCIENTIST INC，Vol. 19，No. 8，p. 8-9，2005年04月
Inference of S-system models of genetic networks using a cooperative coevolutionary algorithm，Shuhei Kimura,Kaori Ide,Aiko Kashihara,Makoto Kano,Mariko Hatakeyama,Ryoji Masui,Noriko Nakagawa,Shigeyuki Yokoyama,Seiki Kuramitsu,Akihiko Konagaya，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 21，No. 7，p. 1154-1163，2005年04月，研究論文（学術雑誌）
Novel mechanism of interaction of p85 subunit of phosphatidylinositol 3-kinase and ErbB3 receptor-derived phosphotyrosyl peptides，A Suenaga,N Takada,M Hatakeyama,M Ichikawa,XM Yu,K Tomii,N Okimoto,N Futatsugi,T Narumi,M Shirouzu,S Yokoyama,A Konagaya,M Taiji，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 280，No. 2，p. 1321-1326，2005年01月，研究論文（学術雑誌）
Software-aided mass spectrometry analysis for identification of protein-protein interaction in signal transduction pathways，Aki Hasegawa,Kazumi Kuriyama-Matsumura,Yu Xiaomei,Mariko Hatakeyama,Akihiko Konagaya，Proceedings - International Workshop on Biomedical Data Engineering, BMDE2005，Vol. 2005，2005年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Inference of genetic networks using neural network models，Shuhei Kimura, Katsuki Sonoda, Soichiro Yamane, Koki Matsumura, Mariko Hatakeyama，Proceedings of the 2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation，IEEE，Vol. 2，p. 1738-1745，2005年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Genome-wide functional annotation environment for Thermus thermophilus in OBIGrid，Akinobu Fukuzaki, Takeshi Nagashima, Kaori Ide, Fumikazu Konishi, Mariko Hatakeyama, Shigeyuki Yokoyama, Seiki Kuramitsu, Akihiko Konagaya，GRID COMPUTING IN LIFE SCIENCE，SPRINGER-VERLAG BERLIN，Vol. 3370，p. 82-91，2005年，研究論文（学術雑誌）
OBIYagns: a grid-based biochemical simulator with a parameter estimator，Shuhei Kimura, Takuji Kawasaki, Mariko Hatakeyama, Takashi Naka, Fumikazu Konishi, Akihiko Konagaya，Bioinformatics，OXFORD UNIV PRESS，Vol. 20，No. 10，p. 1646-1648，2004年07月，研究論文（学術雑誌）
Transformation potency of ErbB heterodimer signaling is determined by B-Raf kinase，Mariko Hatakeyama, Noriko Yumoto, Xiaomei Yu, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya，Oncogene，NATURE PUBLISHING GROUP，Vol. 23，No. 29，p. 5023-5031，2004年06月，研究論文（学術雑誌）
Tyr-317 phosphorylation increases shc structural rigidity and reduces coupling of domain motions remote from the phosphorylation site as revealed by molecular dynamics simulations，Atsushi Suenaga, Anatoly B. Kiyatkin, Mariko Hatakeyama, Noriyuki Futatsugi, Noriaki Okimoto, Yoshinori Hirano, Tetsu Narumi, Atsushi Kawai, Ryutaro Susukita, Takahiro Koishi, Hideaki Furusawa, Kenji Yasuoka, Naoki Takada, Yousuke Ohno, Makoto Taiji, Toshikazu Ebisuzaki, Jan B. Hoek, Akihiko Konagaya, Boris N. Kholodenko，Journal of Biological Chemistry，AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC，Vol. 279，No. 6，p. 4657-4662，2004年02月，研究論文（学術雑誌）
遺伝子ネットワークのS-systemモデル同定のためのクラスタリング手法に関する考察(一般講演)，木村周平,畠山眞里子,松村幸輝，バイオメディカル・ファジィ・システム学会大会講演論文集，バイオメディカル・ファジィ・システム学会，Vol. 17，p. 15-18，2004年
Parameter estimation for the simulation of biochemical pathways，Shuhei Kimura, Mariko Okada-Hatakeyama, Takuji Kawasaki, Takashi Naka, Akihiko Konagaya，Proceedings of the Fifteenth IASTED International Conference on Modelling and Simulation，ACTA PRESS，p. 266-271，2004年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
The superstructure toward open bioinformatics grid，Akihiko Konagaya, Fumikazu Konishi, Mariko Hatakeyama, Kenji Satou，New Generation Computing，SPRINGER，Vol. 22，No. 2，p. 167-176，2004年，研究論文（学術雑誌）
Inference of S-system models of genetic networks from noisy time-series data，Shuhei Kimura,Mariko Hatakeyama,Akihiko Konagaya，Chem-Bio Informatics Journal，Vol. 4，No. 1，p. 1-14，2004年，研究論文（学術雑誌）
OBIYagns: A Biochemical Simulator in Grid Environment，Shuhei Kimura,Takuji Kawasaki,Mariko Hatakeyama,Takashi Naka,Fumikazu Konishi,Akihiko Konagaya，Genome Informatics 14 (Proceedings of GIW2003 -The 14th International Conference on Genome Informatics)，Japanese Society for Bioinformatics，Vol. 14，p. 621-622，2003年12月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
A computational model on the modulation of mitogen-activated protein kinase (MAPK) and Akt pathways in heregulin-induced ErbB signalling，Mariko Hatakeyama,Shuhei Kimura,Takashi Naka,Takuji Kawasaki,Noriko Yumoto,Mio Ichikawa,Jae-Hoon Kim,Kazuki Saito,Mihoro Saeki,Mikako Shirouzu,Shigeyuki Yokoyama,Akihiko Konagaya，Biochemical Journal，PORTLAND PRESS，Vol. 373，p. 451-463，2003年07月，研究論文（学術雑誌）
Molecular dynamics, free energy, and SPR analyses of the interactions between the SH2 domain of grb2 and ErbB phosphotyrosyl peptides，Atsushi Suenaga,Mariko Hatakeyama,Mio Ichikawa,Xiaomei Yu,Noriyuki Futatsugi,Tetsu Narumi,Kazuhiko Fukui,Takaho Terada,Makoto Taiji,Mikako Shirouzu,Shigeyuki Yokoyama,Akihiko Konagaya，Biochemistry，AMER CHEMICAL SOC，Vol. 42，No. 18，p. 5195-5200，2003年05月，研究論文（学術雑誌）
Inference of S-system models of genetic networks using a genetic local search，S Kimura,M Hatakeyama,A Konagaya，Proceedings of Congress on Evolutionary Computation (CEC) 2003，Vol. 1-4，p. 631-638，2003年，研究論文（国際会議プロシーディングス）
A Mathematical Modeling of Signal Transduction Cascade on Raf-Akt Cross-Talk，Mariko Hatakeyama,Shuhei Kimura,Noriko Yumoto,Mio Ichikawa,Takuji Kawasaki,Takashi Naka,Akihiko Konagaya，Genome Informatics 13 (Proceedings of GIW2002 -The 13th International Conference on Genome Informatics)，Japanese Society for Bioinformatics，Vol. 13，p. 359-360，2002年12月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Development of Biochemical System Simulator with Parameter Estimator，Takuji Kawasaki,Shuhei Kimura,Mariko Hatakeyama,Takashi Naka,Akihiko Konagaya，Genome Informatics 13 (Proceedings of GIW2002 -The 13th International Conference on Genome Informatics)，Japanese Society for Bioinformatics，Vol. 13，p. 463-464，2002年12月，研究論文（国際会議プロシーディングス）
Foci formation of MCF7 cells as an in vitro screening method for estrogenic chemicals，Enmin Zou,Mariko Hatakeyama,Fumio Matsumura，Environmental Toxicology and Pharmacology，Vol. 11，No. 2，p. 71-77，2002年03月
Estrogenic action of β-HCH through activation of c-Neu in MCF-7 breast carcinoma cells，Mariko Hatakeyama,Daniel M. Tessier,Debra Y. Dunlap,Enmin Zou,Fumio Matsumura，Environmental Toxicology and Pharmacology，Vol. 11，No. 1，p. 27-38，2002年01月
Comparison of the characteristic of estrogenic action patterns of beta-HCH and heregulin beta 1 in MCF-7 human breast cancer cells，Mariko Hatakeyama,Enmin Zou,Fumio Matsumura，Journal of Biochemical and Molecular Toxicology，Vol. 16，No. 5，p. 209-219，2002年，研究論文（学術雑誌）
Correlation between the activation of Neu tyrosine kinase and promotion of foci formation induced by selected organochlorine compounds in the MCF‐7 model system，Mariko Hatakeyama,Fumio Matsumura，Journal of Biochemical and Molecular Toxicology，Vol. 13，No. 6，p. 296-302，1999年，研究論文（学術雑誌）

MISC

PHLDA3は膵島細胞の分化と代謝を制御することで非機能性膵神経内分泌腫瘍の悪性化を抑制する。，陳ヨ,岩淵禎弘,清野透,平岡伸介,飯田渓太,新井康仁,横山明彦,岡田眞里子,橋本真一,大木理恵子，日本癌学会総会記事. 2022. 81回. P-2033，Vol. 81回，p. P-2033，2022年09月
がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility)，井上カタジナアンナ,高橋和樹,須河内昭成,飯田渓太,岩淵禎弘,鯉沼代造,栗岡恭子,小西徹,田中晋,戒田篤志,三浦雅彦,橋本真一,岡田眞里子,内橋俊大,宮園浩平,渡部徹郎，日本癌学会総会記事，(一社)日本癌学会，Vol. 81回，p. SS1-5，2022年09月
がん研究における女性研究者 TGF-βは増殖が低下して運動能が上昇したがん細胞集団を形成することで口腔がんの転移を亢進する(TGF-β enhances metastasis of oral cancer via generation of a population of cancer cells in G1 phase with high motility)，井上カタジナアンナ,高橋和樹,須河内昭成,飯田渓太,岩淵禎弘,鯉沼代造,栗岡恭子,小西徹,田中晋,戒田篤志,三浦雅彦,橋本真一,岡田眞里子,内橋俊大,宮園浩平,渡部徹郎，日本癌学会総会記事，(一社)日本癌学会，Vol. 81回，p. SS1-5，2022年09月
免疫系の１細胞解析による転写制御機構の予測，Johannes Nicolaus Wibisana,飯田渓太,岡田眞里子，医学のあゆみ 1細胞解析・技術と応用（企画菅野純夫），Vol. 276，No. 10，p. 983-988，2021年03月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
子宮頸部神経内分泌腫瘍の腺癌混合腫瘍における分化の可塑性，井上正宏,岡田眞里子,橋本真一,木村正,近藤純平，日本癌学会総会記事，(一社)日本癌学会，Vol. 79回，p. IS3-4，2020年10月
Quantitative imaging analysis of NF-κB for mathematical modelling applications. Computational Modeling of Signaling Networks (Edited by Lan Nguyen).，Johannes Nicolaus Wibisana,Takehiko Inaba,Yasushi Sako,Mariko Okada，2020年10月
細胞制御メカニズム理解のための数理モデル構築とツール開発，岡田眞里子,井元宏明，京都大学数理解析研究所講究録「第16回生物数学の理論とその応用 -生命現象の定量的理解に向けて-」，Vol. No.2166，p. 7-11，2020年10月，記事・総説・解説・論説等（大学・研究所紀要）
PHLDA3遺伝子とMEN1遺伝子による膵臓神経内分泌腫瘍抑制機構の解明(Unraveling the mechanisms of pancreatic neuroendocrine tumorigenesis using a new mouse model)，陳ヨ,岩淵禎弘,清野透,間木重行,新井康仁,横山明彦,岡田眞里子,橋本真一,仙波憲太郎,大木理恵子，日本癌学会総会記事，日本癌学会，Vol. 78回，p. P-1177，2019年09月
父親マウスの低タンパク食の影響の遺伝は,ATF7に依存する，吉田圭介,前川利男,LY Nhung Hong,LY Nhung Hong,藤田晋一郎,村谷匡史,安藤美波,加藤由紀,荒木啓充,三浦史仁,白髭克彦,岡田眞里子,伊藤隆司,BRUNO Chatton,石井俊輔,石井俊輔，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 42nd，2019年
EGF受容体ファミリーによる細胞周期の制御メカニズム，山城紗和,井元宏明,江端恭一,岡田眞里子,岡田眞里子，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 42nd，2019年
ErbBシグナル伝達経路と細胞周期の統合数理モデルを用いた細胞応答の予測，井元宏明,岩本一成,間木重行,張素香,岡田眞里子，日本生化学会大会プログラム・講演要旨集，(公社)日本生化学会，Vol. 91回，p. [2P-260]，2018年09月
数理モデルとゲノムビッグデータの組み合わせによるがん遺伝子変異不均一性の解析，岩本一成,井元宏明,岡田眞里子，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 41st，2018年
数理モデルを用いたアトピー性皮膚炎の発症および悪化メカニズムの解析，田中玲子,久保允人,岡田眞里子，臨床免疫・アレルギー科 = Clinical immunology & allergology，科学評論社，Vol. 68，No. 2，p. 230-235，2017年08月
モデリング・シミュレーションの戦略と方法を知る 3.数理モデル解析を用いたシグナル伝達機構の解明―ErbB受容体の負のフィードバック制御の解析事例，岩本一成,間木重行,岡田眞里子,岡田眞里子，実験医学，Vol. 35，No. 5，2017年03月15日
乳がんの内分泌療法抵抗性獲得過程の時系列解析，間木重行,間木重行,奇世媛,鵜飼正雄,鈴木穣,岡田眞里子,岡田眞里子，日本生化学会大会(Web)，Vol. 90th，2017年
システムズバイオロジーを用いた皮膚恒常性制御機構の理解，久保允人,岡田眞里子,田中玲子，炎症と免疫，Vol. 25，No. 1，p. 3-10，2017年01月
Wnt/c-Myc経路の新規標的lncRNA:MYUはCDK6の発現を誘導して細胞周期を進める，川崎善博,小宮美文,松村厚佑,根岸瑠美,須田咲希子,奥野ます美,横田直子,長田知也,長嶋剛史,日吉雅也,岡田眞里子,北山丈二,白髭克彦,秋山徹，日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)，Vol. 39th，2016年
負の制御タンパク質PHLDA1を含むErbBシグナル伝達経路のモデリング，岩本一成,間木重行,岡田眞里子，第15回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨集,2016，2016年
B細胞の免疫応答を制御するシグナル活性の閾値決定機構，篠原久明,井上健太郎,岡田眞里子，感染炎症免疫，Vol. 45，No. 1，p. 78-81，2015年04月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
B細胞受容体シグナル伝達系における正のフィードバック制御によるNF-κBの活性化のスイッチ様の応答，篠原久明,井上健太郎,岡田眞里子，ライフサイエンス新着論文レビュー, 2014年6月18日，2014年06月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
キナーゼシグナル複合体内における正のフィードバックはNF-kBを活性化するスイッチとして働く，篠原久明,井上健太郎,岡田眞里子，Japanese Scientists in Science 2014，2014年
シグナル伝達系における制御の規則性と細胞応答の予測，岡田眞里子，領域融合レビュー，Vol. 3，No. e001，2014年01月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
がんシグナル伝達ネットワークの多階層制御，岡田眞里子，実験医学，Vol. 31，No. 18，2013年11月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
ゲノムから見た乳がんのシグナル伝達とシステム生物学，岡田眞里子，実験医学増刊ゲノム医学・生命科学研究総集編，Vol. 31，No. 15，p. 118-125，2013年09月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
がん細胞情報伝達のダイナミクスとシステムバイオロジー，岡田眞里子，応用数理，Vol. 22，No. 3，p. 193-201，2012年
遺伝子ネットワークのスイッチが細胞運命を決定する，岡田眞里子，実験医学，Vol. 29，No. 20，p. 127-132，2011年12月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
Individual Hematopoietic Stem Cells in Human Bone Marrow Stably Give Rise to Limited Cell Lineages，Takamasa Katagiri,Hiroshi Kawamoto,Takashi Nakakuki,Mariko Okada,Shigeki Ohtake,Shinji Nakao，BLOOD，AMER SOC HEMATOLOGY，Vol. 118，No. 21，p. 1459-1460，2011年11月，研究発表ペーパー・要旨（国際会議）
リン酸化プロテオームとトランスクリプトーム動態の統合的解析により乳癌の薬剤耐性特性を解明できる(Integrative analysis of phosphoproteome and transcriptome dynamics defines drug-resistance properties of breast cancer)，尾山大明,長嶋剛史,秦裕子,湯本範子,白石友一,池田和博,黒木陽子,後藤典子,井上聡,北野宏明,岡田眞里子，日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集，(公社)日本生化学会，Vol. 83回・33回，p. 4T16-3，2010年12月
乳癌の新規薬剤ターゲット探索に向けたリン酸化シグナルネットワークの包括的時系列解析(Time-resolved analysis of global phosphoproteome dynamics for network-wide exploration of novel drug targets against breast cancer)，尾山大明,秦裕子,湯本範子,長嶋剛史,黒木陽子,井上聡,畠山眞里子,北野宏明，日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集，(公社)日本生化学会，Vol. 81回・31回，p. 4T25-4，2008年11月
数理モデルを用いた細胞内シグナル伝達系の解析~ポストゲノム時代におけるシステムバイオロジー研究の最前線~，中茎隆,仲隆,畠山眞里子，計測と制御，計測自動制御学会，Vol. 47，No. 2，p. 132-138，2008年02月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
2S1p03 シグナル伝達系のネットワーク構造と細胞運命 : ウェットとドライのクロストーク(網羅情報に基づく細胞システムの理解とバイオ産業への展開-システムバイオロジーの現状と課題、そして今後,シンポジウム)，佐伯夕子,畠山眞里子，日本生物工学会大会講演要旨集，日本生物工学会，Vol. 20，p. 9-9，2008年
シグナル伝達系のシステムバイオロジー‐細胞制御の理論と予測‐，畠山眞里子，月刊バイオインダストリー，Vol. 25，No. 12，p. 20-25，2008年，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
癌細胞を用いたシグナル伝達研究における多数リン酸化蛋白解析，畠山眞里子，分子消化器病，Vol. 4，No. 3，p. 233-238，2007年09月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
A-2-14 NGnetを用いた遺伝子ネットワークの同定(A-2.非線形問題,一般講演)，前田英樹,園田克樹,山根総一郎,木村周平,松村幸輝,畠山眞里子，電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集，一般社団法人電子情報通信学会，Vol. 2007，p. 36-36，2007年08月29日
生命の謎に"システム解析"で迫るー生物現象を定式化してデザインする研究，畠山眞里子，化学，化学同人，Vol. 62，No. 8，p. 52-56，2007年08月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
細胞制御理解に向けたRTKシグナル伝達系の統合システム解析，畠山眞里子，実験医学，Vol. 25，No. 11，2007年07月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
遺伝子ネットワークのニューラルネットワークモデル同定法の提案，木村周平,園田克樹,山根総一郎,松村幸輝,畠山眞里子，情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO），一般社団法人情報処理学会，Vol. 2007，No. 21，p. 79-84，2007年03月05日
数理モデル解析を用いたシグナル伝達機構の解明―ErbB受容体の負のフィードバック制御の解析事例，岩本一成,間木重行,岡田眞里子，実験医学（増刊）はじめての数理モデルとシミュレーション（鈴木貴、久保田浩行編集），Vol. 35，No. 5，p. 788-793，2007年
シングルセルシークエンスデータを読み解くための情報解析，岩本一成,岡本眞里子，実験医学（別冊）シングルセル解析プロトコール（菅野純夫編集），p. 326-331，2007年，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）
RTKシグナル伝達系のシステムバイオロジー -数理解析の基礎と創薬への応用，畠山眞里子,中茎隆,仲隆，実験医学，Vol. 24，No. 16，p. 2530-2535，2006年10月，記事・総説・解説・論説等（学術雑誌）

著書

Computational Modeling of Signaling Networks，Johannes Nicolaus Wibisana,Takehiko Inaba,Yasushi Sako,Mariko Okada，Springer US，2023年04月20日

受賞

平成30年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞研究部門，岡田眞里子，2018年04月

講演・口頭発表等

Regulation of cellular senescence by NFkB dynamics，Mariko Okada，NTU-OsakaU Bilateral Symposium on Systems Biology in Human Disease，2024年04月11日
NFkB Dynamics And Transcriptional Regulation In Cellular Senescence，岡田眞里子，RIKEN BDR Symposium 2024，2024年03月06日
LLMとAIを用いた細胞シグナリングのモデル化，岡田眞里子，第6回 ExCELLSシンポジウム，2024年01月22日
数式フリーの数理モデリングによる細胞制御機構の解明分子ネットワークの設計による生命現象の再構築と操作第46回日本分子生物学会年会, 神戸，岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月07日
Multi-omics analysis of stimulus-response heterogeneity in hippocampal neural cells，齋藤克成,村上賢,伊藤夏穂,鈴木穣,合田裕紀子,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月06日
ディープラーニング手法を用いた一細胞レベルエンハンサー検出法の開発，村上賢,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月06日
自然言語処理による知識抽出とシグナル伝達系の数理モデルのデータ駆動的な構築，荒金究,井元宏明,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月08日
"Understanding the ligand-specific of the HER2 signaling network in cell cycle G1/S transition"，リリンラーマラフェブリ,市川彩花,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月06日
炎症性老化におけるNFκBダイナミクスと遺伝子発現制御，松田啓汰,田畑祥,茂呂和代,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月06日
NF-κBの持続的活性化による炎症性細胞老化への細胞運命制御機構の解析，添田翔,松田啓汰,高田洋子,足立淳,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会，2023年12月06日
分子ネットワークの設計による生命現象の再構築と操作，木賀大介,岡田眞里子，第46回日本分子生物学会年会シンポジウム，2023年12月07日
数理モデリングとディープラーニングによるエンハンサー制御と遺伝子発現の解明，岡田眞里子，血液がん・免疫・数理融合研究シンポジウム，2023年12月02日
Multi-omics analysis of stimulus-response heterogeneity in hippocampal neural cells，齋藤克成,村上賢,伊藤夏穂,鈴木穣,合田裕紀子,岡田眞里子，第61回日本生物物理学会年会，2023年11月14日
自然言語処理による細胞内ネットワーク構造の抽出と数理モデル構築の自動化，荒金究,岡田眞里子，第61回日本生物物理学会年会，2023年11月14日
炎症性老化におけるNFκBダイナミクスと遺伝子発現制御，松田啓汰,田畑祥,茂呂和代,岡田眞里子，第61回日本生物物理学会年会，2023年11月14日
炎症性老化におけるNF;Bダイナミクスと遺伝子発現制御，松田啓汰,田畑祥,茂呂和代,岡田眞里子，第96回日本生化学会大会，2023年10月31日
Mechanism of cell fate decision for inflammatory senescence induced by sustained activation of NF-κB.，添田翔,松田啓汰,高田洋子,足立淳,岡田眞里子，第96回日本生化学会大会，2023年10月31日
Role of ErbB2 receptor expression on cell cycle progression and quiescence via Cyclin D1 and c-Myc，市川彩花,村上賢,青木一洋,岡田眞里子，第96回日本生化学会大会，2023年10月31日
Detection of enhancer activity at the single-cell level by deep learning method，村上賢,岡田眞里子，第14回国際ゲノム会議，2023年10月04日
言語モデルを用いた細胞シミュレーションとデータ統合，岡田眞里子，トーゴーの日シンポジウム2023，2023年10月05日
BioMASS&Text2Mode1: 細胞のダイナミクスを表現してデザインする計算ツール，岡田眞里子，「細胞を創る」研究会理論と計算で細胞システムを理解する，2023年09月26日
ディープラーニング手法を用いた一細胞レベルエンハンサー検出法の開発，村上賢,岡田眞里子，第82回日本癌学会学術総会，2023年09月22日
Data-driven mathematical modeling of human skin aging,，Masatoshi Haga, Mariko Okada，NET SKIN MODELS, European Network for Skin Engineering and Modeling，2023年09月14日
Multi-omics analysis of stimulus-response heterogeneity in hippocampal neural cells，齋藤克成,村上賢,伊藤夏穂,鈴木穣,合田裕紀子,岡田眞里子，2023バイオインフォマティクス学会年会第12回生命医薬情報学連合大会，2023年09月
炎症性老化におけるNFκBダイナミクスと遺伝子発現制御，松田啓汰,田畑祥,茂呂和代,岡田眞里子，2023バイオインフォマティクス学会年会第12回生命医薬情報学連合大会，2023年09月07日
言語モデルを用いた数式フリーの細胞シミュレーション法と応用. 「生命科学研究の革新に向けたバイオDXの挑戦」，岡田眞里子，第75回日本生物工学会年次大会，2023年09月03日
Applying natural language processing to extract intracellular networks for mathematical modeling，荒金究,井元宏明,岡田眞里子，OKO International Symposium 2023, Mathematical Biology from genes to cells to humans，2023年08月
Data-driven functional analysis of NFκB-dependent gene regulation in inflammatory aging，松田啓汰,田畑祥,岡田眞里子，OKO International Symposium 2023 Mathematical Biology from genes to cells to humans，2023年08月28日
A computational platform for Patient-specific Modeling，岡田眞里子，OKO International Symposium 2023 Mathematical Biology from genes to cells to humans，2023年08月31日
テキストマイニングによる PubMed・PubMed Central からの遺伝子ネットワークの抽出，荒金究,井元宏明,岡田眞里子，AIロボット駆動科学シンポジウム2023，2023年07月06日
Encoding and decoding of NF-B nuclear dynamics and cell fate regulation，Mariko Okada，上原財団主催 AI駆動型生命科学研究国際シンポジウム，2023年06月05日
NFkB transcription factor dynamics in B cell development and aging，Mariko Okada，Seminar at Walter;Eliza Hall Institute of;Medical Research;WEHI，2023年05月19日
Encoding and decoding of NFBk transcriptional regulation，Mariko Okada，Cell Signalling and its Therapeutic Implications (CSTI 2023)，2023年05月17日
自然言語処理とシミュレーションによる細胞制御探索法の構築，岡田眞里子，CRESTバイオDX領域会議，2023年05月11日
Applying Text-Mined Knowledge from PubMed and PubMed Central to Signaling Pathways，荒金究,井元宏明,岡田眞里子，27th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology，2023年04月18日
テキストマイニングによる PubMed・PubMed Central からの遺伝子ネットワークの抽出，荒金究,井元宏明,岡田眞里子，言語処理学会第29回年次大会(NLP2023)，2023年03月15日
疾患シグナルネットワークの患者固有モデルの構築と応用，岡田眞里子，日本生理学会第100回記念大会，2023年03月15日
Detection of enhancer activity at the single-cell level by deep learning，村上賢,岡田眞里子，Keystone Symposia/Scientific Conference on Biomedical and Life Science Topics/Chromatin Architecture in Development and Human Health，2023年03月14日
Patient-specific Modeling of Human Diseases，Mariko Okada，Osaka University WPI Premium Research Institute for Human Metaverse Medicine（WPI-PRIMe） Kick-off Symposium，2023年03月14日
Gene expression heterogeneity arising from signaling networks，岡田眞里子，INSERM-JSPS Joint Seminar，2022年12月03日
Using personalized kinetic models to identify predictive prognostic factors in cancer，井元宏明,山城紗和,村上賢,岡田眞里子，Inserm/JSPS Joint Seminar，2022年12月03日
NF-κB転写制御におけるデジタル応答のメカニズム解明，岡田眞里子，第45回日本分子生物学会年会「定量と定性の予測検証生物学」，2022年12月02日
神経細胞における初期応答遺伝子調節機構のシングルセルマルチオミクス解析，伊藤夏穂,合田裕紀子,鈴木穣,岡田眞理子，第45回日本分子生物学会年会，2022年11月30日
スーパーエンハンサーに着目した白血病細胞クラスタリング手法の開発，村上賢,岡田眞里子，第45回日本分子生物学会年会，2022年11月30日
細胞周期G1/S移行におけるErbBシグナル―CDK4クロストーク制御の解明，市川彩花,村上賢,青木一洋,岡田眞里子，第45回日本分子生物学会年会，2022年11月03日
自然言語処理とシミュレーションによる細胞制御探索法の構築，岡田眞里子，CRESTバイオDXキックオフシンポ，2022年11月20日
ErBbシグナル伝達系を介した細胞周期G1/S以降の制御機構，市川彩花,村上賢,青木一洋,岡田眞里子，第95回日本生化学会大会，2022年11月09日
Modeling cell-cell heterogeneity from a signaling network，IBS BIMAG seminar, KAIST Korea，2022年11月09日
Induction of cellular senescence by sustained NFκB activation，田畑祥,和泉自泰,高橋政友,馬場健史,岡田眞里子，第17回生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム，2022年10月13日
Gene expression heterogeneity arises from signaling networks，Mariko Okada，The 21st International Conference on Systems Biology (ICSB 2022)，2022年10月11日
Data-driven mathematical modeling of human skin aging and its application for natural compound screening，Masatoshi Haga,Tsuyoshi Ishii,Mariko Okada，The 21st International Conference on Systems Biology (ICSB 2022)，2022年10月09日
スーパーエンハンサーに着目した白血病細胞クラスタリング手法の開発，村上賢,岡田眞里子，第81回日本癌学会学術総会，2022年09月29日
臨床オミクスを用いた患者固有シミュレーション基盤と今後の展望，岡田眞里子，2022年日本バイオインフォマティクス学会年会第1１回生命医薬情報学連合大会，2022年09月13日
持続的NFκB活性による細胞老化および代謝変動，田畑祥,和泉自泰,高橋政友,馬場健史,岡田眞里子，第8回がんと代謝研究会 in 佐渡，2022年07月19日
神経細胞における初期応答遺伝子調節機構の定量的解析，伊藤夏穂,岡田眞里子，NEURO2022（日本神経科学学会第45回大会），2022年06月30日
Non-genetic heterogeneity arising from biological networks，岡田眞里子，The 1st International Symposium on Aihara Moonshot Project, Online，2022年06月08日
細胞AI学習に基づくがん増殖メカニズム同定法の開発，岡田眞里子，上原記念生命科学財団研究計画発表会，2022年05月29日
Pasmopy – Patient-Specific Modeling in Python for Classification of Cancers，岡田眞里子，The 8th Conference on Systems Biology of Mammalian Cells，2022年05月17日
ASURAT clusters single-cell transcriptomes through multifaceted biological aspects，飯田渓太,Johannes Nicolaus Wibisana,岡田眞里子，The Biology of Genomes，2022年05月10日
数理モデリングは本当に役に立つのか？臨床データ解析編，岡田眞里子，「生命科学の理解を飛躍させるデジタルな研究環境革新」第433回CBI学会講演会 CBI学会関西部会，2022年05月13日
Stratification of cancer patients based on the signaling dynamics.，Mariko Okada，International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics 2022. Co-hosted with the Institute for Protein Research (IPR) , Osaka University，2022年03月13日
Metabolic alterations associated with cellular senescence induced by sustained NFκB activation，田畑祥,和泉自泰,高橋政友,馬場健史,岡田眞里子，第95回日本薬理学会年会，2022年03月08日
A computational platform for mathematical modeling of cancer networks，岡田眞里子，The international Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021，2021年12月21日
NFκBの持続的な活性化による細胞老化の誘導，田畑祥,溝口亜紀美,Miguel Luis A. Francisco,高橋政友,和泉自泰,馬場健史,岡田眞里子，第44回日本分子生物学会年会，2021年12月03日
数理モデルを用いたCOVID-19の重症化メカニズムの解明，永井賢史郎,井元宏明,Ulrike Muenzner,Johannes Nicolaus Wibisana,岡田眞里子，第44回日本分子生物学会年会，2021年12月02日
A Dynamic Molecular Regulatory Network to Determine Hippocampal Cell Fate during Embrogenesis，王梓,岡田眞里子，第44回日本分子生物学会年会，2021年12月01日
神経細胞における早期発現遺伝子制御のマルチミクス解析，伊藤夏穂,岡田眞里子，第44回日本分子生物学会年会，2021年12月01日
神経細胞における早期遺伝子制御の定量的解析，伊藤夏穂,岡田眞里子，第59回日本生物物理学会年会，2021年11月26日
A Dynamic Molecular Regulatory Network to Determine Hippocampal Cell Fate during Embrogenesis，王梓,岡田眞里子，第59回日本生物物理学会年会，2021年11月25日
バイオDXを支える誰にでも使いやすい細胞モデリング基盤の構築と応用，岡田眞里子，バイオDXの最前線JST CREST キックオフシンポジウム，2021年11月21日
Functional annotation-driven unsupervised clustering of single-cell transcriptomes，飯田渓太,近藤純平,Johannes Nicolaus Wibisana,井上正宏,岡田眞里子，バイオDXの最前線JST CREST キックオフシンポジウム，2021年11月21日
Classification of TNBC using a patient-specific ErbB network model，山城紗和,井元宏明,岡田眞里子，第80回日本癌学会学術総会，2021年10月02日
時系列オミクスデータを用いたヒトの皮膚老化数理モデルの構築，羽賀雅俊,石井強,岡田眞里子，2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021），2021年09月27日
A Dynamic Molecular Regulatory Network to Determine Hippocampal Cell Fate during Embrogenesis，王梓,岡田眞里子，2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021），2021年09月28日
神経細胞における初期遺伝子制御のマルチオミクス解析，伊藤夏穂,道田大貴,岡田眞里子，第44回日本神経科学大会/ CJK 第1回国際会議，2021年07月28日
細胞AI学習に基づくがん増殖メカニズム同定法の開発，岡田眞里子，上原記念生命科学財団研究計画発表会，2021年07月05日
時系列オミクスデータを用いたヒトの皮膚老化数理モデルの構築と検証，羽賀雅俊,石井強,岡田眞里子，第21回日本抗加齢医学会総会，2021年06月
個別化医療に向けた臨床オミクスデータの数理モデルへの適用，岡田眞里子，第47回東北眼疾患病態研究会，2021年01月08日
時系列オミクスデータを用いたヒトの皮膚老化数理モデルの構築，羽賀雅俊,石井強,岡田眞里子，第43回日本分子生物学会年会，2020年12月
Building a mathematical model of periodontal disease，Teerachate Nantakeeratipat,Chiharu Fujihara,Johannes Nicolous Wibisana,Hiroaki Imoto,Keita Iida,Mariko Okada,Shinya Murakami，第43回日本分子生物学会年会，2020年12月04日
転写因子NF-kBによるエピジェネティック制御の定量的解析，道田大貴,井元宏明,粕川雄也,岡田眞里子，第43回日本分子生物学会年会，2020年12月02日
Prediction and validation of NF-kB mediated gene expression mechanisms in B cells using bulk and single cell sequencing data，Mariko Okada，8th Annual Meeting of the International Cytokine & Interferon Society，2020年11月04日
PHLDA3-Akt ネットワークによる膵神経内分泌腫瘍悪性化の制御，陳ヨ,岩淵禎弘,清野透,間木重行,新井康仁,横山明,彦,岡田眞里子,橋本真一,仙波憲太郎,大木理恵子，第79回日本癌学会学術総会，2020年10月
子宮頸部神経内分泌腫瘍の腺癌混合腫瘍における分化の可塑性，井上正宏,岡田眞理子,橋本真一,木村正,近藤純平，第79回日本癌学会学術総会，2020年10月01日
Biological significance of the oscillatory dynamics of NF-kB for target gene expression，Biological significance of,the oscillatory,dynamics of,NF-kB for,target gene expression，第91回日本生化学会大会，2020年09月
Crk遺伝子ファミリーによる細胞機能制御の統合的解析，金沢朋実,岩本一成,間木重行,張素香,今本公,岡田眞里子，第91回日本生化学会大会，2020年09月
Mechanisms of biphasic transcriptional responses in cell fate regulation，Mariko Okada，RIKEN Center for Sustainable Resource Science (CSRS) Seminar，2020年09月21日
NF-κB mediated transcriptional regulation in B cell，Johannes Nicolaus Wibisana,Takehiko Inaba,Yasushi Sako,Mariko Okada，第58回日本生物物理学会年会，2020年09月
遺伝子発現レベルの情報からErbBシグナルの動態を予測する数理モデリング基盤の開発，井元宏明,前田真理恵,張素香,岡田眞里子，第58回日本生物物理学会年会，2020年09月
The number of transcription factor molecules loading at an enhancer determines gene expression quantity，Hiroki Michida,Hiroaki Imoto,Takeya Kasukawa,Mariko Okada，The 1st International Symposium on Human InformatiX，2020年02月
Reclassification of cancer subtypes based on the dynamic behaviors，Mariko Okada，The 1st International Symposium on Human InformatiX，2020年02月27日
創薬を加速する細胞モデリング基盤の構築，岡田眞里子，JST未来社会創造事業・探索加速型「革新的な知や製品を創出する共通基盤システム・装置の実現」キックオフ会議，2019年12月10日
Model-based understanding of cell proliferation.，岡田眞里子，第42回日本分子生物学会年会，2019年12月05日
Investigation of the function of CRK gene family in TGF-β signaling response，Suxiang Zhang,Sewon Ki,Sayaka Inoue,Akira Imamoto,Mariko Okada，第42回日本分子生物学会大会
Reclassification of signal-dependent breast cancer subtypes，Sawa Yamashiro,Hiroaki Imoto,Kyoichi Ebata,Keita Iida,Mariko Okada，第42回日本分子生物学会年会
Quantitative analysis of immune response using Omics and imaging.，岡田眞里子，新学術国際シンポジウム/ワークショップ，2019年11月27日
Cooperative mechanism in epigenetic network controls gene expression quantity，岡田眞里子，Seminar at Academia Sinica，2019年11月20日
Bioinformatic processing of single-cell RNA-seq data for genome-wide parameter estimation upon eukaryotic gene expressions，Keita Iida,Takeya Kasukawa,Mariko Okada，International Conference of Systems Biology
Model-based identification of ErbB network principles among cell types，Hiroaki Imoto,Kyouichi Ebata,Su xiang Zhang,Shigeyuki Magi,Mariko Okada，International Conference of Systems Biology
A Multi-layer Analysis of Signal-dependent Cell Cycle Proression，Kyoichi Ebata,Sawa Yamashiro,Hiroaki Imoto,Oleksii Rukhlenko,Boris Kholodenko,Mariko Okada，International Conference of Systems Biology
A NF-kB - p38 MAPK crosstalk shapes oscillatory gene expression，Hiroki Michida,Minami Ando,Shigeyuki Magi,Mariko Okada，International Conference of Systems Biology
Multi-dimensional analysis of NF-kB nuclear dynamics，Johannes Nicolaus Wibisana,Takehiko Inaba,Yasushi Sako,Mariko Okada，International Conference of Systems Biology
Quantitative analysis of transcription using Omics and imaging.，岡田眞里子，Trans-Omics workshop – The 3rd International Symposium for Trans-Omics –, International Conference of Systems Biology，2019年10月31日
Crosstalk between estrogen receptor and ErbB signaling pathways in breast cancer cells，Suxiang Zhang,Shigeyuki Magi,Mariko Okada，第78回日本癌学会学術総会，2019年09月26日
オミクスを数理モデルでつなぐ，岡田眞里子，第57回日本生物物理学会年会，2019年09月25日
A comprehensive model of heterogeneous cell cycle responses，Hiraoki Imoto,Kyouichi Ebata,Shigeyuki Magi,Suxiang Zhang,Mariko Okada，第57回日本生物物理学会年会
Quantitative Analysis of Signal-dependent Cell Cycle Regulation，Kyoichi Ebata,Hiroaki Imoto,Sawa Yamashiro,Mariko Okada，第57回日本生物物理学会年会
Quantitative analysis of biological networks using mathematical models，岡田眞里子，2019年07月17日
Quantitative evaluation of kinase activities and transcriptional regulation using mathematical model，Mariko Okada，第92回日本薬理学会年会，2019年03月14日
細胞制御メカニズム理解のための数理モデル構築とツール開発，岡田眞里子，第16回生物数学の理論とその応用～生命現象の定量的理解に向けて～，2019年01月29日
Time-series analysis on the process of acquiring resistance for estrogen receptor antagonist in breast cancer cells，Masao Ukai,Yutaka Suzuki,Mariko Okada，The 3rd Symposium on Complex Biodynamics & Networks (cBio)，2018年12月11日
Signal-dependent transcriptional regulation for cell fate control.，Mariko Okada，The 3rd Symposium on Complex Biodynamics & Networks (cBio)，2018年12月10日
乳がんのタモキシフェン耐性獲得過程の時系列解析，間木重行,奇世媛,鵜飼正雄,鈴木穣,岡田眞里子，第41回日本分子生物学会年会
NF-kB - p38 MAPKクロストークによる遺伝子発現動態制御の解明，Hiroki Michida,Minami Ando,Shigeyuki Magi,Mariko Okada，第41回日本分子生物学会年会
細胞システム解析の考え方と基礎・応用，岡田眞里子，第16回日本糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム，2018年11月26日
Quantitative Transcription Control Mediated by Signaling Network，Mariko Okada-Hatakeyama，The 19th International Conference on Systems Biology (ICSB 2018)，2018年10月28日
Quantitative analysis of transcriptional regulation，Mariko Okada，Shanghai CAS Seminar，2018年10月17日
Time-series analysis on the process of acquiring tamoxifen resistance in breast cancer cells，Shigeyuki Magi,Yutaka Suzuki,Mariko Okada，第77回日本癌学会学術総会
多次元速度論からの生物の理解，岡田眞里子，第91回日本生化学会大会，2018年09月26日
Investigation of the crosstalk mechanism between two damped oscillators, NF-kB and p38 MAP kinase，Hiroki Michida,Minami Ando,Kazunari Iwamoto,Shigeyuki Magi,Mariko Okada，第56回日本生物物理学会年会，2018年09月17日
Elucidating transcriptional mechanisms of NF-kB target gene expression based on various sequence data，Minami Ando,Shigeyuki Magi,Kazunari Iwamoto,Mariko Okada，第56回日本生物物理学会年会，2018年09月15日
Model-based prediction of ErbB signaling activities on cell cycle entry，Hiroaki Imoto,Kazunari Iwamoto,Shigeyuki Magi,Suxiang Zhang,Mariko Okada，第56回日本生物物理学会年会，2018年09月16日
Experimental Validation of a Mathematical Model of ErbB Receptor Signaling to Cell Cycle，Kyoichi Ebata,Hiroaki Imoto,Kazunari Iwamoto,Shigeyuki Magi,Suxiang Zhang,Mariko Okada-Hatakeyama，第56回日本生物物理学会年会，2018年09月17日
がん細胞の遺伝子変異不均一性に関する数理モデル解析，岩本一成,岡田眞里子，新学術領域研究「数理シグナル」第2回若手ワークショップ
Data-driven modelling of cellular network，Mariko Okada，The 2018 International Conference on Computational Systems Biology (ISB 2018)，2018年08月18日
Integrative analysis to reveal transcriptional regulation of NF-κB，Mariko Okada，IMS-JSI International Symposium on Immunology 2018 "Checkpoint in medical science and its technology"，2018年07月07日
Quantitative transcriptional control of NF-kB，Mariko Okada，The 26th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2018), ModSys COCI session，2018年07月06日
Modeling of signal-transcriptional network，Mariko Okada，18th World Congress of Basic and Clinical Pharmacology (WCP2018)，2018年07月01日
Integrative analysis to reveal transcriptional regulation of NF-kB，岡田眞里子，IMS-JSI International Symposium on Immunology 2018 "Checkpoint in medical science and its technology，2018年06月08日
Modeling and Omics analysis of NF-κB system，Mariko Okada，IPR Seminar "BioNetworks in Health and Diseases"，2018年04月18日
ErbBシグナル伝達経路と細胞周期の統合数理解析，Hiroaki Imoto,Kazunari Iwamoto,Mariko Okada，理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理X」
Systems biology of signaling network，岡田眞里子，Seminar at Centre for Molecular Medicine, JNU New Delhi，2018年03月07日
Classic yet unique dynamic properties of NF-κB gene regulation，Mariko Okada，OIST-JST Joint Seminar，2017年11月28日
システムバイオロジーとバイオデータベース，岡田眞里子，NBDCワークショップ，2017年11月13日
Trans-Omics analysis of NF-κB regulation，Mariko Okada，Trans-Omics analysis of NF-κB regulation，2017年11月
細胞形態と代謝を繋ぐシグナル軸の同定，岡田眞里子，アステラス病態代謝研究会平成29年度研究報告会，2017年10月21日
NF-B転写因子の動態と機能，岡田眞里子，九州大学生体防御制御研究所セミナー，2017年08月10日
シグナル伝達の数理モデル化と細胞変換，岡田眞里子，新学術領域「数理シグナル」第１回若手ワークショップ，2017年08月07日
Mathematical modeling of cancer signaling network，Mariko Okada，The Third Trilateral Workshop for Frontier Protein Studies 2017，2017年08月
Analysis of Omics data using kinetic model，Mariko Okada，Seminar at Department of Bioengineering, Imperial College London，2017年05月18日
Multiple-scale cooperativity in signal-transcription network for cellular commitment，Mariko Okada，Trans-Omics: New Approaches in Biology and Medicine 2016，2016年11月
シグナル伝達・転写ネットワークの協同性と階層統合，岡田眞里子，CRESTシンポジウム「トランスオミクスによる生命システムの解明」，2016年03月
On/off switching mechanisms in signaling network，Mariko Okada-Hatakeyama，2nd Symposium on Complex Biodynamics & Networks (Bio 2015)，2015年05月
Identifying logics of signal-transcription network for cellular differentiation，Mariko Okada，IFReC/IPR Joint Seminar，2011年11月
がんシグナル転写ネットワークの定量的かつ予測的解析，岡田眞里子，第70回日本癌学会学術総会，2011年10月
c-Fos転写因子のスイッチ様活性化を説明するシグナル_転写ネットワークの速度論的解析，岡田眞里子，第84回日本生化学会大会，2011年09月
Modeling cellular signaling functions in breast cancer cells，Mariko Hatakeyama-Okada，International conference on Systems Biology (ICSB)2010，2010年10月
Network design of cell differentiation，Mariko Okada-Hatakeyama，US-Japan International Cancer Systems Biology Meeting，2009年10月
細胞運命予測のための実験と数理モデル構築，畠山眞里子，第19回日本数理生物学会大会，2009年09月
Binary response of ErbB signaling to determine cell fate，Hatakeyama Mariko，The 2nd RIKEN - University of Edinburgh Joint Workshop for Computational and Systems Biology，2009年05月
細胞ネットワークの量から質への変化，畠山眞里子，理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理」，2009年04月
細胞分化を誘導するシグナルと転写の反応骨格，畠山眞里子,白石友一，第22回回路とシステム軽井沢ワークショップ，2009年04月
The signaling and transcription in the wild-type and tamoxifen-resistant breast cancer cells，Mariko Hatakeyama,Takeshi Nagashima,Kazuhiro Ikeda,Yoko Kuroki,Noriko Gotoh,Masaaki, Oyama,Satoshi Inoue,Hiroaki Kitano，9th Annual International Proteomics Conference (KHUPO)，2009年03月
乳癌細胞MCF-7野生株と薬剤耐性株においてリガンド刺激によって誘導される遺伝子の解析，Mariko Hatakeyama,Takeshi Nagashima,Kazuhiro Ikeda,Yoko Kuroki,Noriko Gotoh,Masaaki Oyama,Satoshi Inoue,Hiroaki Kitano，31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan/ 81th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society (BMB2008)，2008年12月
Time-resolved analysis of global phosphoproteome dynamics for network-wide exploration of novel drug targets against breast cancer，Masaaki Oyama,Hiroko Kozuka-Hata,Noriko Yumoto,Takeshi Nagashima,Yoko Kuroki,Satoshi Inoue,Mariko Hatakeyama,Hiroaki Kitano，31th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan/ 81th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society (BMB2008)，2008年12月
実験と数理モデルによる細胞反応ネットワークの量変化から質変化への追跡，畠山眞里子，第46回生物物理学会年会，2008年12月
細胞分化を決定するシグナル伝達・転写ネットワーク構造の実験と計算による同定，畠山眞里子，日本分子生物学会・日本生化学会合同大会 Biochemistry and Molecular Biology (BMB) 2008，2008年12月
Crosstalk between signaling and transcription produces switch-like response in ErbB receptor network，Yuko Saeki,Mariko Hatakeyama，Keystone Symposium. Structural Biology & Activation Mechanism of Membrane Receptors，2008年09月
Difference and commonality of gene regulatory networks in ligand-stimulated wild type and drug-resistant MCF-7 breast cancer cells，9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)，2008年08月
Time-resolved description of global phosphoproteome dynamics for network-wide exploration of novel drug targets against breast cancer，Masaaki Oyama,Hiroko Kozuka-Hata,Noriko Yumoto,Takeshi Nagashima,Yoko Kuroki,Satoshi Inoue,Mariko Hatakeyama,Hiroaki Kitano，9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)，2008年08月
シグナル伝達系のネットワーク構造と細胞運命"ウェットとドライのクロストーク"，佐伯夕子,畠山眞里子，第60回日本生物工学会大会，2008年08月
Switch-like response of ErbB receptor network drives cell differentiation，Takashi Nakakuki,Mariko Hatakeyama，Conference on Systems Biology of Mammalian Cells 2008 (SBMC 2008)，2008年05月
細胞システムのモデリングとパラメータ推定に関する研究，中茎隆,仲隆,木村周平,畠山眞里子，理研シンポジウム「ペタ超級のアプリケーション開発に向けて」，2008年03月
頑強な癌シグナルネットワークをどう崩すか，畠山眞里子，高度医療都市を創出する未来技術シンポジウム先端テクノロジーの総合戦略：がんと感染症を考える，2008年03月
Dynamics of MAPK signaling and cell behaviors，Mariko Hatakeyama，OIST Workshop on Systems Biology of MAPK pathways，2008年03月
Cooperative regulation of signaling and transcription in ErbB receptor-expressing cancer cells，Mariko Hatakeyama，Future Challenges for Systems Biology (FCSB) 2008，2008年02月
肺癌細胞H1299において刺激およびEGFR変異に応じて発現変動する遺伝子の同定と機能推定，Takeshi Nagashima,Yoshimi Naruo,Kaori Ide,Kaoru Takahashi,Hiroshi Tanaka,Shih-Feng Tsai,Mariko Hatakeyama，第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)，2007年12月
Mathematical analysis of EGFR signal transduction associated with lung cancer，Yoshimi Naruo,Takeshi Nagashima,Ryoko Nakayama,Shih-Feng Tsai,Hiroshi Tanaka,Mariko Hatakeyama，2007年日本バイオインフォマティクス学会年会（JSBi2007），2007年12月
EGFシグナル伝達研究におけるシステムバイオロジー，畠山眞里子，システムバイオロジーの展開動向−基礎研究から応用へ（神奈川科学技術アカデミー），2007年11月
Rule-based modeling法による受容体型チロシンキナーゼシグナル伝達系の数理モデル化と超並列計算機を利用したパラメータ推定，中茎隆,木村周平,仲隆,畠山眞里子，次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007，2007年10月11日
Systems Biology of Mammalian Signal Transduction Network，Mariko Hatakeyama，Edinburgh-RIKEN workshop "International Systems Biology: Progress and Issues，2007年09月
シグナル伝達系と遺伝子発現制御の包括モデル解析を目指して，畠山眞里子，理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第6回連携研究会，2007年08月
Quantitative transcriptional control by the ErbB signal transduction network for cell fate decision，Mariko Hatakeyama，Joint RTK consortium and BSPR and EBI 2007 Workshop，2007年07月
In silico simulation of epidermal growth factor signaling in prostate cancer cells，Nakakuki Takashi,Ide Kaori,Yumoto Noriko,Nagashima Takeshi,Hatakeyama Mariko，IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics，2007年06月
Integrative analyses of ErbB receptor signaling and transcriptional network，Takashi Nakakuki,Mariko Hatakeyama，FEBS SysBio2007，2007年03月
Integrated analysis of quantitative signal transduction network，Mariko Hatakeyama，IISc-RIKEN conference on Genomics and bioinformatics，2007年03月
システムバイオロジーの基礎と応用：薬剤開発への期待，畠山眞里子，Bio-Rad セミナー，2007年
Integrative analysis of mammalian signal transduction，Mariko Hatakeyama，1st Annual Symposium on Japanese-French Frontiers of Science (JFFoS)，2007年01月
Prediction of ligand- and ErbB receptor-specific transcription factors from time-course gene expression data of cancer cells，Takeshi Nagashima,Jun Horiuchi,Kenji Nakano,Kaori Ide,Kaoru Takahashi,Mariko Hatakeyama，17th International Conference on Genome Informatics 2006 (GIW 2006)，2006年12月
Quantitative control of early transcription by ERK and Akt signal transduction，Takashi Nakakuki,Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Kaoru Takahashi,Noriko Yumoto,Mariko Hatakeyama，17th International Conference on Genome Informatics 2006 (GIW 2006)，2006年12月
Quantitative control of transcription by the RTK-mediated signal transduction network，Takeshi Nagashima,Hidetoshi Shimodaira,Kaori Ide,Takashi Nakakuki,Mariko Hatakeyama，20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress，2006年06月
Mathematical analysis of the ErbB receptor signaling: implications to cancer，Takashi Nakakuki,Takashi Naka,Mariko Hatakeyama，6th Human Genome Organization (HUGO) Pacific Meeting \& 7th Asia-Pacific Human Genetics Conference (HUGO-AP 2006)，2006年03月
Inference of Genetic Networks from Ligand-Stimulated ErbB Expressing Cells，Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Shuhei Kimura,Mariko Hatakeyama，6th International Conference on Systems Biology，2005年10月
癌細胞系を用いたシグナル伝達研究における多数リン酸化タンパク質の同時測定，畠山眞里子，第64回日本癌学会学術総会ランチョンセミナー，2005年09月
Dynamics of MAPK cascade in a double spherical configuration of cell space，Takashi Naka,Naoto Sakamoto,Mariko Hatakeyama，4th European Conference on Computational Biology 2005 (ECCB/05)，2005年09月
Inference of Genetic Networks using Neural Network Models，Shuhei Kimura,Katsuki Sonoda,Soichiro Yamane,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，2005 IEEE Congress on Evolutionary Computation，2005年09月
Estimation of protein-protein interactions in the ErbB signal transduction pathways using molecular dynamics simulation，Atsushi Suenaga,Makoto Taiji,Mariko Hatakeyama，Life Engineering Symposium，2005年08月
モデルを用いた細胞内情報伝達系の解析および好度高熱菌丸ごと一匹プロジェクトにおける情報解析について，畠山眞里子，第7回システムバイオロジー研究会，2005年06月
Model-aided analysis of cellular signal transduction pathways，Mariko Hatakeyama，Northwest Symposium for SYSTEMS BIOLOGY 2005，2005年06月
Software-aided mass spectrometry analysis for identification of protein-protein interaction in signal transduction pathways，Aki Hasegawa,Kazumi Matsumura,Gyoubai Yu,Mariko,Hatakeyama,Akihiko Konagaya，International Workshop on Biomedical Data Engineering (BMDE2005)，2005年04月
Computer simulation analysis ErbB signaling for understanding of cellular transformation mechanism，Kaori Ide,Takeshi Nagashima,Yoshiki Yamaguchi,Takashi Naka,Shuhei Kimura,Atsushi Suenaga,Makoto Taiji,Mariko Hatakeyama，1st FEBS Advanced Lecture Course, Systems Biology: From Molecules and Modeling to Cells，2005年03月
遺伝子ネットワークのニューラルネットワークモデル同定，木村周平,園田克樹,山根総一郎,松村幸輝,畠山眞里子，RIKEN Symposium on 4th Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8，2005年
細胞内情報伝達系におけるリガンド特異的遺伝子発現ネットワークの同定，長嶋剛史,井手香,木村周平,畠山眞里子，GeneChipフォーラム2005，2005年
耐熱性および常温性酵素の温度依存性のメカニズム：分子動力学シミュレーションによる研究，沖本憲明,末永敦,井手香,畠山眞里子,泰地真弘人，RIKEN Symposium on 4th Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8，2005年
Breast cancer signaling and gene expression，Mariko Okada，International Consortium on Systems Biology of Receptor Tyrosine Kinase Regulatory Networks (RTK Consortium) The First Discussion and Organizational Meeting，2005年01月
Data-drivenなシステムバイオロジーのためのシグナル伝達系の定量解析，畠山眞里子，第77回日本生化学会年会，2004年10月
Thermus thermophilus HB8用に開発されたweb baseのアノテーションの利用方法，福崎昭伸,小西史一,長嶋剛志,井手香,畠山眞里子,倉光成紀,小長谷明彦，高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第3回連携研究会，2004年07月
強調的共進化アルゴリズムを用いた遺伝子ネットワークの同定，木村周平,畠山眞里子,小長谷明彦，高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第3回連携研究会，2004年07月
Computer simulation of ErbB signaling，Mariko Hatakeyama,Noriko Yumoto,Takashi Naka,Shuhei Kimura,Akihiko Konagaya，The 10th Meeting on Protein Phosphorylation and Cell Signaling，2004年06月
細胞内情報伝達系モデル化のためのネットワークシミュレーションと分子シミュレーションの融合，畠山眞里子,末永敦,木村周平,仲隆,高田直樹,川崎琢冶,泰地真弘人,小長谷明彦，第2回システムバイオロジー研究会，2004年02月
細胞内情報伝達系のコンピュータシミュレーション，畠山眞里子，Initiative for Parallel and Bioinformatics (IPAB)シンポジウム2003，2003年11月
Ras-ERKおよびPI3K-Aktクロストークを含む細胞内情報伝達モデル，畠山眞里子，The 4th Annual Meetings of Chem-Bio Informatics Society, 公開シンポジウム，2003年09月
A computational model on Raf-Akt cross-talk in ErbB Signaling，Mariko Hatakeyama,Shuhei Kimura,Takashi Naka,Takuji Kawasaki,Noriko Yumoto,Mio Ichikawa,Shigeyuki Yokoyama,Akihiko Konagaya，International Conference Pathways, Networks, and Systems: Theory and Experiments，2003年09月
Approaches for the mathematical modeling of cellular signal transduction，Mariko Hatakeyama，RIKEN GSC Symposium _Bionetworks and Phenomics-，2003年06月
ラット肋軟骨X型コラーゲンに関する研究，岡田眞里子,藤本大三郎，日本農芸化学会大会，1987年10月
疾患システム科学の考え方とデータ解析への応用，岡田眞里子，第43回東北眼疾患病態研究会，2018年07月23日
Quantitative transcriptional control of NF-kB，Mariko Okada，Seminar at UCLA Biology Institute，2018年07月17日
炎症疾患の代謝アダプテーション，岡田眞里子，新学術研究「代謝オミクス」第２回領域会議，2018年06月11日
細胞接着を起点とした細胞代謝応答ネットワークの実験・情報学的解明，岡田眞里子，長瀬科学技術振興財団平成２９年度研究成果発表会，2018年04月26日
An input-output relationship of signaling-epigenetic regulation，岡田眞里子，Symposium on Chromosome Biology and Cell Signalling. Joint IPR Seminar by IISER TVM and Osaka Univ，2018年03月05日
細胞モデリングとAI - オミクス研究から実用的システム生物学の構築へ，岡田眞里子，ConBio2017，2017年12月07日
システムバイオロジーと創薬，岡田眞里子，バイオグリッド研究会2017 ～AI、シミュレーション、システムバイオロジーと創薬～，2017年05月27日
PHLDA3は膵島細胞の分化と代謝を制御することで非機能性膵神経内分泌腫瘍の悪性化を抑制する。，陳ヨ,岩淵禎弘,清野透,平岡伸介,飯田渓太,新井康仁,横山明彦,岡田眞里子,橋本真一,大木理恵子
Predictions of cellular responses with a mathematical model integrating ErbB signaling and cell cycle，Hiroaki Imoto,Kazunari Iwamoto,Shigeyuki Magi,Suxiang Zhang,Mariko Okada，第91回日本生化学会大会
Dynamics and regulatory principles of biological networks，Mariko Okada，蛋白研60周年記念講演会
Understanding negative feedback mechanism of ErbB signaling using mathematical modeling of cell population dynamics，Shigeyuki Magi，International IPR Seminar on "Frontiers of Multiscale Structural Biology Order-disorder transitions and dynamic membrane interactions"
細胞ネットワークの数理モデリングと疾患研究への応用，岡田眞里子，公開シンポジウム「医療情報分析の実際」
「システムバイオロジーと創薬」，岡田眞里子，バイオグリッド研究会2017 〜AI、シミュレーション、システムバイオロジーと創薬〜
NF-kB転写因子の動態と機能，岡田眞里子，九州大学生体防御制御研究所セミナー
細胞の形態と代謝ネットワーク，岡田眞里子，第11回メタボロームシンポジウム
細胞モデリングとAI - オミクス研究から実用的システム生物学の構築へ-，岡田眞里子，ConBio2017
オミクスと数理モデリングによる細胞制御機構の解明，岡田眞里子，23th Cardiovascular Metabolism and Aging Conference
Systems biology of signaling network. Seminar at Centre for Molecular Medicine，Mariko Okada，Seminar at Centre for Molecular Medicine, JNU New Delhi
An input-output relationship of signaling-epigenetic regulation. Symposium on Chromosome Biology and Cell Signalling，Mariko Okada，Symposium on Chromosome Biology and Cell Signalling. Joint IPR Seminar by IISER TVM and Osaka University
システムバイオロジーを用いた免疫シグナル・エピジェネティクスネットワークの理解，岡田眞里子，第372回CBI学会講演会システムバイオロジーの最新動向
数理モデルを用いたプロテオーム・オミクスデータの統合とNF-κBの分子機能，岡田眞里子，第89回日本生化学会大会「プロテオーム大規模解析が切り開く新たな生化学研究」
ダイナミクスの分解と合成による細胞ネットワークの理解，岡田眞里子，「細胞を創る研究会9.0」
動的セントラルドグマの計算的予測と実験検証，岡田眞里子，第39回日本分子生物学会年会
Switch-like activation of transcription factors in cell decision program，Mariko Okada-Hatakeyama，Lecture at Academia Sinica
Experimental and mathematical analysis of signaling network，Mariko Okada-Hatakeyama，Lecture at National Taiwan University
Experimental and modeling analysis of signal transduction network in mammalian cells，Mariko Okada-Hatakeyama，2016 A3 Workshop on Interdisciplinary Research Connecting Mathematics and Biology
Mathematical modeling for quantitative understanding of cellular network，Mariko Okada，Japan Korea Bilateral Symposium on Multi-scale Structural Biology
定量的な時系列測定データに基づくErbBシグナル伝達パスの同定と数理モデルを用いたシステム解析，中茎隆,湯本範子,仲隆,畠山眞里子，第12回システムバイオロジー研究会
遺伝子ネットワーク解析にもとづく疾病の理解と制御戦略，岡田眞里子，第2回統合生命医科学研究センター公開シンポジウム
一細胞解析ではじめてわかるシグナル伝達ネットワークの制御機構，岡田眞里子，GE Life Sciences Day 2015
CAGEを使ってシグナル伝達−転写ネットワークを解剖する，岡田眞里子，理研公開シンポジウム「転写産物解析を使って疾患を研究する」
数理モデルによるオミクスデータの統合と疾患メカニズムの予測，岡田眞里子，第53回日本生物物理学会年会シンポジウム
細胞制御における転写因子のデジタル活性化，岡田眞里子，第10回スーパーコンピュータ「京」と創薬・医療の産学連携セミナー - HPCI計算生命科学推進プログラム-バイオシミュレーションの最前線
Data-based modeling of on/off switch mechanism arising from biochemical network，Mariko Okada-Hatakeyama，EquaDiff2015
Data-based modeling of signal-transcription network for cell fate control，Mariko Okada-Hatakeyama，BioNetVista Workshop-ICSB2015
Mechanisms of dynamics behaviors of NF-kB signaling in B cell，Mariko Okada-Hatakeyama，ICSB 2015-16th International Conference of Systems Biology
Modeling Cellular Signaling Functions in Mammalian Cells，Mariko Okada-Hatakeyama，The 4th Bioscience and Biotechnology International Symposium. Multifaceted Approaches to Disease Intervention
オミクス階層クロストークと細胞制御，岡田眞里子，第87回日本生化学会大会シンポジウム
An On/Off switching mechanism in transcription factor activation，Mariko Okada-Hatakeyama，RIKEN Epigenetics in Kobe, Computational Science in Epigenetics
Data-based modeling of signal-transcription network，岡田眞里子，京都大学ウィルス研究所生物情報解析研修会
Analog to Digital Conversion in Signal-Transcription Networks，Mariko Okada，The Third BMIRC International Symposium for Virtual Physiological Human
Regulation of cancer signaling network，Mariko Okada-Hatakeyama，第72回日本癌学会学術総会
細胞内シグナルネットワークの多階層制御，岡田眞里子，第36回日本分子生物学会年会
シグナル伝達のダイナミクスと転写のオン・オフ制御，岡田眞里子，新学術領域研究「修飾シグナル病」第3回公開シンポジウム
生態学におけるビッグデータの創出、抽出と解析，岡田眞里子，第61回日本生態学会大会
実験と計算による細胞情報処理機構の同定，岡田眞里子，情報処理学会バイオ情報学研究会 (SIG BIO)
シグナル転写ネットワークのダイナミクスと疾病制御，岡田眞里子，文部科学省イノベーションシステム整備事業先端融合領域イノベーション創出拠点形成プログラム「翻訳後修飾プロテオミクス医療研究拠点の形成」第4回公開シンポジウムバイオインフォマティクスの最前線
コンピュータで病気が治る？新しい生物学の展開，岡田眞里子，サイエンス・カフェ
A switch in NF-kappaB immune signaling，Mariko Okada-Hatakeyama，The first Q-Bio Winter Meeting
実験と数理モデルによるシグナル−転写解析と薬剤応答予測への応用，岡田眞里子，第一回応用システムバイオロジー研究会
シグナル伝達の空間制御と不均一性に関するモデル化の試み，岡田眞里子，理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理III」
細胞運命を決定する遺伝子ネットワークのスイッチ機構，岡田眞里子，数理生物ミニシンポジウム：計算ウイルス学・免疫学の展開
細胞の運命決定理解のためのシグナル-転写ネットワークの数理解析，岡田眞里子，理研ASI 細胞システムコロキウムシリーズ?「理論生物」
Mathematical Modeling of Cell Fate Decision，Mariko Okada-Hatakeyama，Sino-Japan Workshop Systems Biology and Complex Diseases
数理モデルを用いた細胞内シグナル伝達の統合的な解析，畠山眞里子，平成19年度前期(第6回)クリニカル・ゲノム・インフォマティクス(CGI)人材養成ユニットバイオシミュレーション特論
NGnetモデルを用いた遺伝子ネットワーク同定，木村周平,園田克樹,山根総一郎,松村幸輝,畠山眞里子，第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI)
癌に関わるErbBシグナル伝達系の数理解析，成尾佳美,長嶋剛史,中山亮子,田中博,畠山眞理子，京都大学数理解析研究所研究集会「生物数学の理論とその応用」
NGnetを用いた遺伝子ネットワークの同定，前田英樹,園田克樹,山根総一郎,木村周平,松村幸,畠山眞里子，電子情報通信学会2007年ソサィエティ大会
膜受容体シグナル伝達による遺伝子発現の定量的制御，畠山眞里子，第2回癌システムバイオロジー研究会
遺伝子ネットワークのニューラルネットワークモデル同定法の提案，木村周平,園田克樹,山根総一郎,松村幸輝,畠山眞里子，情報処理学会バイオ情報学研究会
定量的なシグナル伝達系解析を通じてのシステム理解：実践と問題点，畠山眞里子，癌研セミナー
数理モデルを用いた細胞内シグナル伝達の解析，クリニカル・ゲノム・インフォマティクス人材育成ユニットバイオシミュレーション
Quantitative analysis of dose- and time-dependent early transcription controlled by RTK-mediated signal transduction pathways，Takeshi Nagashima,Hidetoshi Shimodaira,Kaori Ide,Takashi Nakakuki,Yukitaka Tani,Mariko Hatakeyama，7th International Conference on Systems Biology (ICSB 2006)
A modeling technique based on transfer function for biological systems and its application to MAPK signal transduction，Takashi Nakakuki,Noriko Yumoto,Takashi Naka,Mariko Hatakeyama，7th International Conference on Systems Biology (ICSB 2006)
Ligand-dependent cell fate control of ErbB signaling network in breast cancer cells，Mariko Hatakeyama，7th International Conference on Systems Biology (ICSB 2006)
細胞運命制御理解のための定量的時系列遺伝子発現解析，畠山眞里子，Affymetrix GeneChip Forum 2006
キナーゼ阻害剤探索系としての細胞内シグナル伝達系のシステム解析，畠山眞里子，第268回CBI学会研究講演会
Quantitative control of early transcription by ErbB receptor-mediated signal transduction，Taishi Tsubouchi,Takeshi Nagashima,Hidetoshi Shimodaira,Kaori Ide,Takashi,Nakakuki,Mariko Hatakeyama，12th Meeting on Protein Phosphorylation and Cell Signaling
Function approximation approach to the inference of normalized gaussian network models of genetic networks，Shuhei Kimura,Katsuki Sonod,SoichiroYamane,Koki Matsumura,Mariko Hatakeyama，2006 International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN2006)
細胞運命メカニズム解明のためのシグナル伝達と遺伝子発現の統合的定量解析，畠山眞里子，理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第5回連携研究会
生物とは何か：多様なデータからあぶりだす生命像，畠山眞里子，東京大学大学院新領域創成科学研究科21世紀COEプログラム｢言語から読み解くゲノムと生命システム｣公開シンポジウム：東大−産総研−理研連携によるバイオインフォマティクス教育インフラストラクチャー
From molecular to networks，Yoshiyuki Sakaki,Mariko Hatakeyama,Makoto Taiji
時系列遺伝子発現データからのネットワーク予測，園田克樹,山根総一郎,木村周平,畠山眞里子，第8回システムバイオロジー研究会
反復配列解析とそのためのシステム構築，長嶋剛史，ゲノム情報利用ワークショップ2005：実戦系バイオインフォマティクス＠かずさ
Transcriptional network of ErbB receptor signaling，Mariko Hatakeyama，Symposium on Systems Biology of Signal Transduction and Gene Transcription Networks in Health and Disease
Disruption of Thermus thermophilus HB8 Genes and Transcriptome Analysis，中川紀子,柏原愛子,中井恵美,吉良聡,井手香,長嶋剛史,小西史一,畠山眞里子,小長谷明彦,横山茂之,倉光成紀，RIKEN Symposium on 4th Annual Meeting of Structural-Biological Whole Cell Project of Thermus thermophilus HB8
ErbB1発現細胞とErbB1/4共発現細胞における上皮細胞増殖因子によるMAPK情報伝達の比較に基づいた数理モデルの構築，中茎隆,仲隆,畠山眞里子，第9回システムバイオロジー研究会
細胞内情報伝達系におけるリガンド特異的に変動する遺伝子の同定と遺伝子ネットワーク推定，長嶋剛史,井手香,木村周平,畠山眞里子，28th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
細胞内局在変化によるERK活性キネティクスへの影響：シミュレーション解析，仲隆,畠山眞里子，28th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
Understanding of ErbB signaling pathways that define ligand-specific kinetic response in breast cancer cells-Systems Biology Approach，畠山眞里子,Birtwistle Marc,Kholodenko Boris，28th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
モデルを利用した細胞内シグナル伝達系の統合解析，畠山眞里子，日本神経回路学会H17年度時限研究会「プラットフォームシミュレータを用いた分子から神経回路までの統合的理解」

報道

阪大、生化学反応過程を説明する文章を数式・数理モデルに自動変換するモデル構築手法「Text2Model」を開発，2022年03月11日
イン・シリコ患者固有モデルでがんの予後と薬剤応答を予測－細胞シミュレーションによる疾患分類法の開発－，大阪大学、JST，2022年03月07日
がんゲノム情報×細胞シミュレーションで個別化医療へ大きく前進誰にでも使える創薬支援解析ツールを開発・公開！，大阪大学、JST，2020年10月
免疫の初期防御応答における閾値（いきち）機構の解明，大阪大学，2020年06月
22番目の染色体欠失による指定難病「22q11.2欠失症候群」に糖代謝制御異常が関与する可能性を発見，大阪大学，2020年02月
免疫応答の要となる分子の閾値（いきち）決定機構を解明，理化学研究所，2014年05月
細胞の測定データから細胞分化を引き起こす分子回路を同定，理化学研究所，2010年05月

委員歴

AMED CREST・PRIME，研究開発総括，2024年04月～継続中
日本学術会議（基礎生物委員会），会員，2023年10月～継続中
国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）創発的研究支援事業，プログラムオフィサー（PO)，2023年08月～継続中
国立研究開発法人科学技術振興機構（JST)，細胞と遊ぶ（CREST）領域アドバイザー，2023年06月～継続中
文部科学省，次世代計算基盤に係るシステム検討ワーキンググループ，2021年～継続中
日本学術会議，連携委員 (バイオインフォマティクス分科会および生物物理分科会)，2014年～ 2023年09月
JST 創発的研究支援事業合田パネルアドバイザー，2020年～ 2023年08月
JSPS世界トップレベル研究拠点プログラム委員会拠点作業部会委員，2019年～ 2022年10月
国立研究開発法人科学技術振興機構（JST），バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）基盤技術分科会委員，2017年～ 2021年03月
国立研究開発法人科学技術振興機構（JST），統合1細胞解析のための革新的技術基盤（CREST）領域アドバイザー，2014年～ 2021年03月
日本生物物理学会，代議員、理事，2019年～ 2021年

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

岡田　眞里子

学歴

経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

受賞

講演・口頭発表等

報道

委員歴

基本情報

研究

社会活動

その他の活動

岡田 眞里子

学歴

経歴

研究内容・専門分野

所属学会

論文

MISC

著書

受賞

講演・口頭発表等

報道

委員歴

岡田　眞里子