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Graph neural network-based structural classification of glass-forming liquids and its interpretation via self-attention mechanism
Kohei Yoshikawa, Kentaro Yano, Shota Goto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
Vol. 163 2025年7月10日
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Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinates
Kyohei Kawashima, Takumi Sato, Kei-ichi Okazaki, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi, Toshifumi Mori
APL Machine Learning Vol. 3 No. 1 2025年3月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Atomistic analysis of nematic phase transition in 4-cyano-4′-n-alkyl biphenyl liquid crystals: Sampling for the first-order phase transition and the free-energy decomposition
Shunsuke Ogita, Yoshiki Ishii, Go Watanabe, Hitoshi Washizu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 162 No. 5 2025年2月4日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Persistent Homology Reveals the Role of Stiffness in Forming Topological Glasses in Dense Solutions of Ring Polymers
Shota Goto, Takenobu Nakamura, Davide Michieletto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
2024年11月17日
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Influence of cholesterol on hydrogen-bond dynamics of water molecules in lipid-bilayer systems at varying temperatures
Kokoro Shikata, Kento Kasahara, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 161 No. 1 2024年7月3日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach
Kazushi Okada, Takuma Kikutsuji, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 160 No. 17 2024年5月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Scale Separation of Shear-Induced Criticality in Glasses
Norihiro Oyama, Takeshi Kawasaki, Kang Kim, Hideyuki Mizuno
Physical Review Letters Vol. 132 No. 14 2024年4月3日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Physical Society (APS)
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Unraveling the Glass-like Dynamic Heterogeneity in Ring Polymer Melts: From Semiflexible to Stiff Chain
Shota Goto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
ACS Polymers Au Vol. 3 No. 6 p. 437-446 2023年8月22日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Chemical Society (ACS)
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Revealing the hidden dynamics of confined water in acrylate polymers: Insights from hydrogen-bond lifetime analysis
Kokoro Shikata, Takuma Kikutsuji, Nobuhiro Yasoshima, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 158 No. 17 2023年5月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Explaining reaction coordinates of alanine dipeptide isomerization obtained from deep neural networks using Explainable Artificial Intelligence (XAI)
Takuma Kikutsuji, Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 156 2022年4月19日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Simulating the nematic-isotropic phase transition of liquid crystal model via generalized replica-exchange method
Kengo Takemoto, Yoshiki Ishii, Hitoshi Washizu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 156 2022年1月3日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Effects of chain length on Rouse modes and non-Gaussianity in linear and ring polymer melts
Shota Goto, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 155 No. 12 p. 124901-124901 2021年9月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Breakdown of the Stokes–Einstein relation in supercooled liquids: A cage-jump perspective
Raffaele Pastore, Takuma Kikutsuji, Francesco Rusciano, Nobuyuki Matubayasi, Kang Kim, Francesco Greco
The Journal of Chemical Physics Vol. 155 No. 11 p. 114503-114503 2021年9月16日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Transition pathway of hydrogen bond switching in supercooled water analyzed by the Markov state model
Takuma Kikutsuji, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 154 No. 23 2021年6月21日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Understanding the scaling of boson peak through insensitivity of elastic heterogeneity to bending rigidity in polymer glasses
Naoya Tomoshige, Shota Goto, Hideyuki Mizuno, Tatsuya Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
Journal of Physics: Condensed Matter Vol. 33 No. 27 2021年5月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：
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Learning reaction coordinates via cross-entropy minimization: Application to alanine dipeptide
Yusuke Mori, Kei-ichi Okazaki, Toshifumi Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 153 No. 5 2020年8月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AIP Publishing
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Local Density Fluctuation Governs the Divergence of Viscosity Underlying Elastic and Hydrodynamic Anomalies in a 2D Glass-Forming Liquid
Hayato Shiba, Takeshi Kawasaki, Kang Kim
Physical Review Letters Vol. 123 No. 26 2019年12月23日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Physical Society (APS)
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Boson peak, elasticity, and glass transition temperature in polymer glasses: Effects of the rigidity of chain bending
Naoya Tomoshige, Hideyuki Mizuno, Tatsuya Mori, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
Scientific Reports Vol. 9 No. 1 2019年12月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC
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Consistency of geometrical definitions of hydrogen bonds based on the two-dimensional potential of mean force with respect to the time correlation in liquid water over a wide range of temperatures
Takuma Kikutsuji, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
Journal of Molecular Liquids Vol. 294 2019年11月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier BV
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Classification of mobile- and immobile-molecule timescales for the Stokes-Einstein and Stokes-Einstein-Debye relations in supercooled water
Kawasaki T, Kim K
Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment Vol. 2019 No. 8 2019年8月 研究論文（学術雑誌）
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Spurious violation of the Stokes-Einstein-Debye relation in supercooled water
Kawasaki T, Kim K
Scientific Reports Vol. 9 2019年5月 研究論文（学術雑誌）
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Diffusion dynamics of supercooled water modeled with the cage-jump motion and hydrogen-bond rearrangement
Takuma Kikutsuji, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
The Journal of Chemical Physics Vol. 150 No. 20 2019年5月 研究論文（学術雑誌）
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Bridging the gap between molecular dynamics and hydrodynamics in nanoscale Brownian motions
Mizuta K, Ishii Y, Kim K, Matubayasi N
Soft Matter Vol. 15 No. 21 p. 4380-4390 2019年4月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Royal Society of Chemistry ({RSC})
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Free-energy analysis of the hydration and cosolvent effects on the β-sheet aggregation through all-atom molecular dynamics simulation.
Masutani K, Yamamori Y, Kim K, Matubayasi N
The Journal of chemical physics Vol. 150 No. 14 2019年4月 研究論文（学術雑誌）
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How do hydrogen bonds break in supercooled water?: Detecting pathways not going through saddle point of two-dimensional potential of mean force
Kikutsuji T, Kim K, Matubayasi N
The Journal of Chemical Physics Vol. 148 No. 24 2018年6月 研究論文（学術雑誌）
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Connecting thermodynamic and dynamical anomalies of water-like liquid-liquid phase transition in the Fermi-Jagla model
Saki Higuchi, Daiki Kato, Daisuke Awaji, Kang Kim
Journal of Chemical Physics Vol. 148 No. 9 2018年3月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
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Spatial-decomposition analysis of viscosity with application to Lennard-Jones fluid
Kai-Min Tu, Kang Kim, Nobuyuki Matubayasi
Journal of Chemical Physics Vol. 148 No. 9 2018年3月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
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Lane formation dynamics of oppositely self-driven binary particles: Effects of density and finite system size
Kosuke Ikeda, Kang Kim
Journal of the Physical Society of Japan Vol. 86 No. 4 2017年4月15日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Physical Society of Japan
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Identifying time scales for violation/preservation of Stokes-Einstein relation in supercooled water
Takeshi Kawasaki, Kang Kim
Science Advances Vol. 3 No. 8 2017年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Association for the Advancement of Science
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Unveiling Dimensionality Dependence of Glassy Dynamics: 2D Infinite Fluctuation Eclipses Inherent Structural Relaxation
Hayato Shiba, Yasunori Yamada, Takeshi Kawasaki, Kang Kim
Physical Review Letters Vol. 117 No. 24 2016年12月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Physical Society
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Tuning pairwise potential can control the fragility of glass-forming liquids: From a tetrahedral network to isotropic soft sphere models
Misaki Ozawa, Kang Kim, Kunimasa Miyazaki
Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment Vol. 2016 No. 7 2016年7月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Institute of Physics Publishing
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Dynamics in a tetrahedral network glassformer: Vibrations, network rearrangements, and diffusion
Takeshi Kawasaki, Kang Kim, Akira Onuki
Journal of Chemical Physics Vol. 140 No. 18 2014年5月7日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
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ガラス転移のフラジリティと動的不均一性：モデル依存性の系統的な解析
金 鋼, 斉藤 真司
アンサンブル Vol. 16 No. 2 p. 103-109 2014年
出版者・発行元：分子シミュレーション研究会
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Multiple length and time scales of dynamic heterogeneities in model glass-forming liquids: A systematic analysis of multi-point and multi-time correlations
Kang Kim, Shinji Saito
Journal of Chemical Physics Vol. 138 No. 12 2013年3月28日 研究論文（学術雑誌）
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Dynamic length scales in glass-forming liquids: An inhomogeneous molecular dynamics simulation approach
Kang Kim, Shinji Saito, Kunimasa Miyazaki, Giulio Biroli, David R. Reichman
Journal of Physical Chemistry B Vol. 117 No. 42 p. 13259-13267 2013年 研究論文（学術雑誌）
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Slow dynamics of supercooled liquids confined in random pinning fields: Type A-B relaxations and reentrant transition
Kang Kim, Kunimasa Miyazaki, Shiji Saito
AIP Conference Proceedings Vol. 1518 p. 227-231 2013年 研究論文（国際会議プロシーディングス）
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Hidden slow time scale of correlated motions in supercooled liquids: Multi-time correlation function approach
Kang Kim, Shinji Saito
Journal of Non-Crystalline Solids Vol. 357 No. 2 p. 371-375 2011年1月15日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
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Slow dynamics, dynamic heterogeneities, and fragility of supercooled liquids confined in random media
Kang Kim, Kunimasa Miyazaki, Shinji Saito
Journal of Physics Condensed Matter Vol. 23 No. 23 2011年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：23
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Molecular dynamics studies of slow dynamics in random media: Type A-B and reentrant transitions
K. Kim, K. Miyazaki, S. Saito
European Physical Journal: Special Topics Vol. 189 No. 1 p. 135-139 2010年10月 研究論文（学術雑誌）
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Role of the lifetime of dynamical heterogeneity in the frequency-dependent Stokes-Einstein relation of supercooled liquids
Kang Kim, Shinji Saito
Journal of the Physical Society of Japan Vol. 79 No. 9 2010年9月 研究論文（学術雑誌）
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Multi-time density correlation functions in glass-forming liquids: Probing dynamical heterogeneity and its lifetime
Kang Kim, Shinji Saito
Journal of Chemical Physics Vol. 133 No. 4 2010年7月28日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：4
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Direct simulation of flowing colloidal dispersions by smoothed profile method
Yasuya Nakayama, Kang Kim, Ryoichi Yamamoto
Advanced Powder Technology Vol. 21 No. 2 p. 206-211 2010年3月 研究論文（学術雑誌）
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Slow dynamics in random media: Crossover from glass to localization transition
K. Kim, K. Miyazaki, S. Saito
Europhysics Letters Vol. 88 No. 3 2009年11月 研究論文（学術雑誌）
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Smoothed profile method to simulate colloidal particles in complex fluids
Ryoichi Yamamoto, Yasuya Nakayama, Kang Kim
International Journal of Modern Physics C Vol. 20 No. 9 p. 1457-1465 2009年9月 研究論文（学術雑誌）
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Multiple time scales hidden in heterogeneous dynamics of glass-forming liquids
Kang Kim, Shinji Saito
Physical Review E - Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics Vol. 79 No. 6 2009年6月12日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：6 Pt 1
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Anisotropic cooperative structural rearrangements in sheared supercooled liquids
Akira Furukawa, Kang Kim, Shinji Saito, Hajime Tanaka
Physical Review Letters Vol. 102 No. 1 2009年1月5日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：1
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On the role of hydrodynamic interactions in colloidal gelation
Ryoichi Yamamoto, Kang Kim, Yasuya Nakayama, Kunimasa Miyazaki, David R. Reichman
Journal of the Physical Society of Japan Vol. 77 No. 8 2008年8月 研究論文（学術雑誌）
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Simulating (electro)hydrodynamic effects in colloidal dispersions: Smoothed profile method
Y. Nakayama, K. Kim, R. Yamamoto
European Physical Journal E Vol. 26 No. 4 p. 361-368 2008年8月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：4
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Strict simulations of non-equilibrium dynamics of colloids
Ryoichi Yamamoto, Kang Kim, Yasuya Nakayama
Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects Vol. 311 No. 1-3 p. 42-47 2007年12月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Elsevier
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Simulating electrohydrodynamics in charged colloidal dispersions: A smoothed profile method
Kang Kim, Yasuya Nakayama, Ryoichi Yamamoto
AIP Conference Proceedings Vol. 832 p. 251-256 2006年5月5日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
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Hydrodynamic effects in colloidal dispersions studied by a new efficient direct simulation
Yasuya Nakayama, Kang Kim, Ryoichi Yamamoto
AIP Conference Proceedings Vol. 832 p. 245-250 2006年5月5日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
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KAPSEL: Kyoto advanced particle simulator for electrohydrodynamics ─Toward direct numerical simulations of colloidal dispersions
Ryoichi Yamamoto, Kang Kim, Yasuya Nakayama
KONA Powder and Particle Journal Vol. 24 No. March p. 167-182 2006年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：Hosokawa Powder Technology Foundation
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Direct numerical simulations of electrophoresis of charged colloids
Kang Kim, Yasuya Nakayama, Ryoichi Yamamoto
Physical Review Letters Vol. 96 No. 20 2006年 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：20
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A method to resolve hydrodynamic interactions in colloidal dispersions
Ryoichi Yamamoto, Yasuya Nakayama, Kang Kim
Computer Physics Communications Vol. 169 No. 1-3 p. 301-304 2005年7月1日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
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Efficient simulations of charged colloidal dispersions: A density functional approach
Kang Kim, Ryoichi Yamamoto
Macromolecular Theory and Simulations Vol. 14 No. 4 p. 278-284 2005年5月12日 研究論文（学術雑誌）
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A Smooth Interface Method for Simulating Liquid Crystal Colloid Dispersions
Yamamoto R, Nakayama Y, Kim K
Journal of Physics: Condensed Matter Vol. 16 p. S1945-S1955 2004年5月 研究論文（学術雑誌）
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Glass transition of hard sphere systems-molecular dynamics and density functional approaches
Kang Kim, Toyonori Munakata
AIP Conference Proceedings Vol. 708 p. 707-708 2004年4月30日 研究論文（国際会議プロシーディングス）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
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Glass transition of hard sphere systems: molecular dynamics and density functional theory.
Kim K, Munakata T
Physical Review E Vol. 68 No. 2,Pt.1 2003年8月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：2 Pt 1
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Effects of pinned particles on the structural relaxation of supercooled liquids
K. Kim
Europhysics Letters Vol. 61 No. 6 p. 790-795 2003年3月 研究論文（学術雑誌）
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Three-body hypernetted-chain equation and its numerical solution
Kang Kim, Toyonori Munakata
Journal of Chemical Physics Vol. 117 No. 1 p. 277-281 2002年7月1日 研究論文（学術雑誌）
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M-body density functional theory and the generalized hypernetted-chain equation
Toyonori Munakata, Kang Kim
Journal of Chemical Physics Vol. 113 No. 10 p. 3975-3979 2000年9月8日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：American Institute of Physics Inc.
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Heterogeneity and finite size effects in the dynamics of supercooled liquids
R. Yamamoto, K. Kim
Journal de Physique IV Vol. 10 No. PR7 p. Pr7-15 2000年5月 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：EDP Sciences
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Apparent finite-size effects in the dynamics of supercooled liquids
Kim K, Yamamoto R
PHYSICAL REVIEW E Vol. 61 No. 1 p. R41-R44 2000年1月1日 研究論文（学術雑誌）
出版者・発行元：AMERICAN PHYSICAL SOC
